> SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.582, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -114.04 New DP F-measure-avg: 0.573, New DP F-measure-best: 0.627, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...[[[[...[[[[[[[.))))).))))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). Energy of known structure: -14.05 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.39 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.633, New DP Energy: -23.70 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((.((....)).)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -21.36 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((..........)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -20.84 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))...........(((((((.......(((.........))).....))))))).. New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.355, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -20.64 ((((((((((...........[[[[...[[[[[[[.........))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). 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New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -16.52 New DP F-measure-avg: 0.514, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. 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New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -22.97 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -22.34 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -21.99 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -21.94 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -21.16 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -21.00 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.697, New DP Energy: -20.96 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.271, New DP Energy: -20.94 .(((........)))((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -20.81 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -20.80 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... 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New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -20.18 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -20.02 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].............((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -19.96 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -19.91 New DP F-measure-avg: 0.595, New DP F-measure-best: 0.818, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -41.01 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.738, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -40.93 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -40.80 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))............((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -40.68 ....(((((..((..((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...)).)))))...(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.386, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -40.63 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...((((((.....(((((((((...)))))))))))))..)).........((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.534, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -40.58 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -40.45 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -40.02 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((.......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).)))).........))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.689, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -39.87 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -39.67 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).)))))))))).....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.414, New DP ppv: 0.518, New DP F-measure: 0.460, New DP Energy: -39.59 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))........(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.603, New DP F-measure: 0.547, New DP Energy: -39.56 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -39.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).))))...((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -39.51 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -39.42 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....)))).((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).(((..............))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -39.36 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -39.32 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.............)))).)))))))))).....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.496, New DP Energy: -39.31 New DP F-measure-avg: 0.593, New DP F-measure-best: 0.718, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -22.16 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -22.16 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... 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New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.38 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -19.25 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.08 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -19.08 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -19.00 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -18.94 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -18.79 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). 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New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -41.28 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.807, New DP ppv: 0.836, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -40.86 (((((.....(((...((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....)))).))........((((......))))......)))((......))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.681, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -40.79 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.628, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -40.57 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -40.27 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.653, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -40.16 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.737, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -40.15 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -40.00 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.754, New DP ppv: 0.843, New DP F-measure: 0.796, New DP Energy: -39.58 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -39.56 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -39.45 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.681, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -38.99 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.509, New DP ppv: 0.644, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -38.88 .((((.....))))......((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))..........((.......(((((.(((...))).)))))........)).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.551, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -38.76 .((((.....))))....((((((...))))))..(((((..((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......)))..))))).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -38.56 (((((...............(((.....)))(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -38.43 (((((...............((((..........((((....((((....))))....))))........))))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.689, New DP F-measure: 0.608, New DP Energy: -38.37 (((((....(((.........)))....((((((((((....((((....))))....)))).((.......)).....................)))))).......((......))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -38.18 New DP F-measure-avg: 0.616, New DP F-measure-best: 0.821, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. 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New DP sens: 0.547, New DP ppv: 0.527, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -32.39 New DP F-measure-avg: 0.462, New DP F-measure-best: 0.593, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.510, New DP F-measure: 0.495, New DP Energy: -49.32 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.241, New DP ppv: 0.232, New DP F-measure: 0.236, New DP Energy: -48.66 (((((........((((((((((.....))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......)))))))))))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -48.62 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -44.91 New DP F-measure-avg: 0.434, New DP F-measure-best: 0.722, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))........((((.....)))).((((....))))..))))).. Energy of known structure: -30.94 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -29.22 New DP sens: 0.646, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -36.81 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -36.70 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -36.66 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))(((..(((...((((.....))))...)))....)))..))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.681, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -35.74 ...........((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New DP sens: 0.729, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -35.38 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.628, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -35.27 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))...(((....(((((.....(...((((((..((((...))))))))))...)..))))).....)))...((((.....))))(((((....))))).))))).. New DP sens: 0.729, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -35.22 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -35.08 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((.......((((((..((((...)))))))))).........)))))........((((.....))))(((((....))))).))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -35.05 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....[[[[[...)))))))(((((..((((...))))))))).......]]]]]...((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New DP sens: 0.938, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.918, New DP Energy: -35.04 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...)))))))))).....(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -34.88 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))....))))).....((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New DP sens: 0.729, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -34.86 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))..(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -34.84 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))......(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -34.84 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.646, New DP ppv: 0.689, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -34.81 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))...(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -34.80 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....))))).))))).. New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.589, New DP Energy: -34.80 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))..((...........)).....((((.....))))(((((....)))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -34.76 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))...((...........)).....((((.....))))(((((....)))))........ New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.841, New DP F-measure: 0.804, New DP Energy: -34.72 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))...........((((.....))))(((((....))))).))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.804, New DP F-measure: 0.787, New DP Energy: -34.54 New DP F-measure-avg: 0.723, New DP F-measure-best: 0.918, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -38.01 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -43.02 New DP sens: 0.839, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -44.12 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.849, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -43.52 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -43.19 .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -41.66 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -41.53 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -40.95 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -40.77 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New DP sens: 0.839, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -39.68 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -39.29 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.894, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -38.53 .....((((((((................))))))))..(((((....(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).(((((((((((....))).))))))))..)))))...(((((((((((........)))))).))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -38.47 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.780, New DP F-measure: 0.736, New DP Energy: -38.40 ........((((((((...(((..(((((...))))).)))....(((.........)))))))))))...(....).((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.446, New DP ppv: 0.521, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -37.88 .....((((((((................))))))))....((((...(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))...))))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.446, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -37.84 .(((((((((..............(((((...))))).(((....(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -37.76 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New DP sens: 0.786, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -37.31 .....((((((((...........[[[[[)))))))).((..(((((.(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))...)))))..))..]]]]].....((((((.......))))))((((((........))))))........ New DP sens: 0.304, New DP ppv: 0.362, New DP F-measure: 0.330, New DP Energy: -37.17 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -37.02 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).))))......(((((...[[[[[[..((((((.......))))))...)))))...]]]]]]........... New DP sens: 0.536, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.561, New DP Energy: -37.00 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).)))))).....((((((.......))))))((((((........))))))........ New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.608, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -37.00 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.913, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... Energy of known structure: -21.41 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -45.09 New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.373, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -47.01 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.347, New DP Energy: -45.70 ...........((((((..(((((((.....))))))).)))))).....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.351, New DP Energy: -45.63 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -44.34 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -44.06 ..(((.(((..((((((..(((((((.....))))))).)))))).(((((((..((......)).))))).))................)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.447, New DP F-measure: 0.447, New DP Energy: -44.05 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -44.04 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.380, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -43.75 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.449, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -43.54 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.277, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -43.42 ..((((((...[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.277, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -43.28 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -43.24 ..(((.(((..((((((..(((((((.....))))))).)))))).(((((((..((......)).))))).))................)).).)))(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.442, New DP Energy: -43.00 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -42.99 ...((((((.(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -42.68 ....(((((((((.(((.......))).))))))))).....((.(((...............))).)).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -42.68 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.351, New DP Energy: -42.44 ..((((((..(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -42.37 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.449, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -42.19 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))((((((((((((((((..((......)).))))).))))..........)).)))))....(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New DP sens: 0.213, New DP ppv: 0.204, New DP F-measure: 0.208, New DP Energy: -42.13 New DP F-measure-avg: 0.305, New DP F-measure-best: 0.463, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -29.95 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -29.86 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.48 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...))))...........(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.851, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -29.39 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -29.22 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.837, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -28.75 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.630, New DP Energy: -27.94 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))))))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.540, New DP ppv: 0.574, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -27.55 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -27.43 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....)))))))))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -27.41 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.540, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.574, New DP Energy: -27.32 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.630, New DP Energy: -27.19 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....))))))........(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.634, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -27.11 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -26.96 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.617, New DP Energy: -26.93 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.605, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -26.80 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.540, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.587, New DP Energy: -26.69 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -26.49 New DP F-measure-avg: 0.667, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ Energy of known structure: -48.07 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -41.32 New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -49.63 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -49.58 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].....(((.(((((.......))))).)))((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))........]]]]]]]]]]]....((....))......... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -49.15 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New DP sens: 0.726, New DP ppv: 0.865, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -48.31 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.678, New DP Energy: -48.26 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]].....(((.(((((.......))))).)))((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))........]]]]]]]]]]]....((....))......... New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -47.83 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... 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New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.713, New DP Energy: -46.63 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -46.33 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[....[[[[[[[.......)))))))]]]]]]].......(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -45.86 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... 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New DP sens: 0.483, New DP ppv: 0.527, New DP F-measure: 0.504, New DP Energy: -43.58 New DP F-measure-avg: 0.623, New DP F-measure-best: 0.765, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. 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New DP sens: 0.388, New DP ppv: 0.442, New DP F-measure: 0.413, New DP Energy: -41.81 New DP F-measure-avg: 0.579, New DP F-measure-best: 0.723, New DP best-subopt: 15, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((.((((..((.(...(((((((..(.......)..)))))))...(((.((((((....))))))))).).))..)))).)))))............. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. Energy of known structure: -11.72 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.99 New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -22.71 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.(.((((........))))..).))))))).................... New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -21.49 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -18.91 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New DP sens: 0.194, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.218, New DP Energy: -18.70 ((((((((((([[[[[...)))))))))))...............(((((((...]]]]][[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. 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New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -17.39 New DP F-measure-avg: 0.371, New DP F-measure-best: 0.467, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... Energy of known structure: 14.58 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.93 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.00 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.93 .((((((....[[[[[...))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))....]]]]].....[[[[[............))))))))....]]]]]..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.28 .((((((...[[[[[[...))))))...(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...]]]]]](((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.16 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))............]]]]]]]].............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.98 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.92 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.85 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.72 .((((((....[[[[[...))))))...(((((..((.......))(((.(((((((((...))))))))).))).)))))]]]]]...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. 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New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.317, New DP Energy: -20.50 New DP F-measure-avg: 0.438, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[.)))))))))....(.((((((......((((.....))))..{{{{.]]]]].....)))))))...............}}}}. (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). Energy of known structure: -15.36 Initial sens: 0.174, Initial ppv: 0.138, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -22.79 New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -24.87 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -24.55 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -24.26 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....((((((((....)))..........(((..........))).))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -24.09 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) 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New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -21.66 New DP F-measure-avg: 0.250, New DP F-measure-best: 0.609, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19