> Homo_sapiens
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Energy of known structure: -24.43
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> Arabidopsis
UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC
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New CC  F-measure-avg: 0.402, New CC  F-measure-best: 0.568, New CC  best-subopt: 10, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL
CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU
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Energy of known structure: -42.62
Initial sens: 0.975, Initial ppv: 0.661, Initial F-measure: 0.788, Initial Energy: -77.80
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New CC  sens: 0.950, New CC  ppv: 0.679, New CC  F-measure: 0.792, New CC  Energy: -75.01
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New CC  sens: 0.875, New CC  ppv: 0.648, New CC  F-measure: 0.745, New CC  Energy: -74.81
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New CC  sens: 0.950, New CC  ppv: 0.704, New CC  F-measure: 0.809, New CC  Energy: -74.72
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New CC  sens: 0.975, New CC  ppv: 0.722, New CC  F-measure: 0.830, New CC  Energy: -74.62
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New CC  sens: 0.425, New CC  ppv: 0.327, New CC  F-measure: 0.370, New CC  Energy: -74.53
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New CC  sens: 0.875, New CC  ppv: 0.673, New CC  F-measure: 0.761, New CC  Energy: -74.52
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New CC  sens: 0.900, New CC  ppv: 0.692, New CC  F-measure: 0.783, New CC  Energy: -74.42
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New CC  sens: 0.350, New CC  ppv: 0.280, New CC  F-measure: 0.311, New CC  Energy: -74.33
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New CC  sens: 0.950, New CC  ppv: 0.731, New CC  F-measure: 0.826, New CC  Energy: -73.31
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New CC  sens: 0.975, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.848, New CC  Energy: -73.21
New CC  F-measure-avg: 0.719, New CC  F-measure-best: 0.848, New CC  best-subopt: 19, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL
gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC
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Energy of known structure: -35.94
Initial sens: 0.463, Initial ppv: 0.424, Initial F-measure: 0.442, Initial Energy: -58.34
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.446, New CC  F-measure: 0.455, New CC  Energy: -57.69
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.455, New CC  F-measure: 0.459, New CC  Energy: -57.34
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.472, New CC  F-measure: 0.467, New CC  Energy: -57.14
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.463, New CC  F-measure: 0.463, New CC  Energy: -57.09
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New CC  sens: 0.648, New CC  ppv: 0.614, New CC  F-measure: 0.631, New CC  Energy: -56.78
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New CC  sens: 0.389, New CC  ppv: 0.362, New CC  F-measure: 0.375, New CC  Energy: -56.75
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.481, New CC  F-measure: 0.472, New CC  Energy: -56.69
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.463, New CC  F-measure: 0.463, New CC  Energy: -56.64
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New CC  sens: 0.593, New CC  ppv: 0.561, New CC  F-measure: 0.577, New CC  Energy: -56.38
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.463, New CC  F-measure: 0.463, New CC  Energy: -56.14
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.490, New CC  F-measure: 0.476, New CC  Energy: -55.99
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.431, New CC  F-measure: 0.446, New CC  Energy: -55.94
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New CC  sens: 0.648, New CC  ppv: 0.660, New CC  F-measure: 0.654, New CC  Energy: -55.78
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New CC  sens: 0.593, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.593, New CC  Energy: -55.73
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.481, New CC  Energy: -55.64
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New CC  sens: 0.593, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.593, New CC  Energy: -55.39
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New CC  sens: 0.407, New CC  ppv: 0.393, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -55.39
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New CC  sens: 0.463, New CC  ppv: 0.455, New CC  F-measure: 0.459, New CC  Energy: -55.29
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New CC  sens: 0.648, New CC  ppv: 0.673, New CC  F-measure: 0.660, New CC  Energy: -55.08
New CC  F-measure-avg: 0.501, New CC  F-measure-best: 0.660, New CC  best-subopt: 19, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL
ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG
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Energy of known structure: -19.11
Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -29.10
New CC  sens: 0.560, New CC  ppv: 0.412, New CC  F-measure: 0.475, New CC  Energy: -29.10
.......(((((((((......((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....))))))))..
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.690, New CC  Energy: -28.90
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.484, New CC  F-measure: 0.536, New CC  Energy: -28.35
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.429, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -28.30
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New CC  sens: 0.840, New CC  ppv: 0.700, New CC  F-measure: 0.764, New CC  Energy: -28.15
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New CC  sens: 0.840, New CC  ppv: 0.618, New CC  F-measure: 0.712, New CC  Energy: -27.80
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New CC  sens: 0.640, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.561, New CC  Energy: -27.55
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New CC  sens: 0.560, New CC  ppv: 0.378, New CC  F-measure: 0.452, New CC  Energy: -27.11
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New CC  sens: 0.880, New CC  ppv: 0.710, New CC  F-measure: 0.786, New CC  Energy: -27.05
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.556, New CC  F-measure: 0.656, New CC  Energy: -26.91
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New CC  sens: 0.560, New CC  ppv: 0.438, New CC  F-measure: 0.491, New CC  Energy: -26.89
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New CC  sens: 0.720, New CC  ppv: 0.621, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -26.79
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New CC  sens: 0.960, New CC  ppv: 0.857, New CC  F-measure: 0.906, New CC  Energy: -26.59
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.395, New CC  F-measure: 0.476, New CC  Energy: -26.31
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.517, New CC  F-measure: 0.556, New CC  Energy: -26.14
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.455, New CC  F-measure: 0.517, New CC  Energy: -26.09
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New CC  sens: 0.240, New CC  ppv: 0.214, New CC  F-measure: 0.226, New CC  Energy: -26.05
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New CC  sens: 0.760, New CC  ppv: 0.633, New CC  F-measure: 0.691, New CC  Energy: -25.99
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New CC  sens: 0.480, New CC  ppv: 0.444, New CC  F-measure: 0.462, New CC  Energy: -25.85
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New CC  sens: 0.840, New CC  ppv: 0.568, New CC  F-measure: 0.677, New CC  Energy: -25.81
New CC  F-measure-avg: 0.590, New CC  F-measure-best: 0.906, New CC  best-subopt: 12, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL
UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU
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Energy of known structure: -56.16
Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -78.15
New CC  sens: 0.864, New CC  ppv: 0.594, New CC  F-measure: 0.704, New CC  Energy: -78.15
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New CC  sens: 0.864, New CC  ppv: 0.623, New CC  F-measure: 0.724, New CC  Energy: -77.90
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New CC  sens: 0.909, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -77.44
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New CC  sens: 0.659, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.569, New CC  Energy: -74.89
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 0.523, New CC  F-measure: 0.624, New CC  Energy: -72.64
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.492, New CC  F-measure: 0.587, New CC  Energy: -71.64
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.516, New CC  F-measure: 0.604, New CC  Energy: -71.54
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.550, New CC  F-measure: 0.635, New CC  Energy: -70.84
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.582, New CC  F-measure: 0.646, New CC  Energy: -70.70
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New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.467, New CC  F-measure: 0.538, New CC  Energy: -69.65
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 0.567, New CC  F-measure: 0.654, New CC  Energy: -69.44
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New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.491, New CC  F-measure: 0.554, New CC  Energy: -69.40
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.611, New CC  F-measure: 0.673, New CC  Energy: -69.19
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 0.596, New CC  F-measure: 0.673, New CC  Energy: -69.09
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New CC  sens: 0.682, New CC  ppv: 0.545, New CC  F-measure: 0.606, New CC  Energy: -69.09
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New CC  sens: 0.705, New CC  ppv: 0.508, New CC  F-measure: 0.590, New CC  Energy: -69.04
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New CC  sens: 0.886, New CC  ppv: 0.684, New CC  F-measure: 0.772, New CC  Energy: -68.94
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New CC  sens: 0.477, New CC  ppv: 0.328, New CC  F-measure: 0.389, New CC  Energy: -68.89
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New CC  sens: 0.682, New CC  ppv: 0.508, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -68.80
New CC  F-measure-avg: 0.626, New CC  F-measure-best: 0.772, New CC  best-subopt: 17, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -50.34
Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.244, Initial F-measure: 0.247, Initial Energy: -54.50
New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.244, New CC  F-measure: 0.247, New CC  Energy: -54.50
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.256, New CC  F-measure: 0.253, New CC  Energy: -52.85
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New CC  sens: 0.675, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.711, New CC  Energy: -52.29
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -52.00
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -51.89
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.270, New CC  F-measure: 0.260, New CC  Energy: -51.80
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.250, New CC  Energy: -51.69
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -51.66
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -51.15
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -50.95
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -50.85
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.303, New CC  F-measure: 0.274, New CC  Energy: -50.84
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -50.52
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.270, New CC  F-measure: 0.260, New CC  Energy: -50.22
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New CC  sens: 0.400, New CC  ppv: 0.410, New CC  F-measure: 0.405, New CC  Energy: -49.95
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.256, New CC  F-measure: 0.253, New CC  Energy: -49.65
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -49.63
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -49.37
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -49.22
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -49.20
New CC  F-measure-avg: 0.289, New CC  F-measure-best: 0.711, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -49.09
Initial sens: 0.780, Initial ppv: 0.744, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -52.20
New CC  sens: 0.780, New CC  ppv: 0.744, New CC  F-measure: 0.762, New CC  Energy: -52.20
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> SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG
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> SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG
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New CC  sens: 0.581, New CC  ppv: 0.595, New CC  F-measure: 0.588, New CC  Energy: -52.55
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New CC  sens: 0.581, New CC  ppv: 0.641, New CC  F-measure: 0.610, New CC  Energy: -48.30
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> SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -42.11
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.286, New CC  F-measure: 0.260, New CC  Energy: -48.34
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.244, New CC  Energy: -47.94
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.270, New CC  F-measure: 0.253, New CC  Energy: -47.34
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -46.99
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.270, New CC  F-measure: 0.253, New CC  Energy: -46.84
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.256, New CC  F-measure: 0.247, New CC  Energy: -45.07
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.250, New CC  Energy: -44.64
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.303, New CC  F-measure: 0.267, New CC  Energy: -44.24
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.286, New CC  F-measure: 0.260, New CC  Energy: -44.04
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> SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL
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> SSTRAND_ID=CRW_00285; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.minor; ORGANISM=NULL
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> SSTRAND_ID=CRW_00286; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.palmata; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCACGGAAGCUGGCCACGCCCAAAGUCGUUACCCUAACCUUUUGGAGGGGGGCGCCUAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG
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> SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG
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Energy of known structure: -36.65
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New CC  sens: 0.233, New CC  ppv: 0.303, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -37.01
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New CC  sens: 0.512, New CC  ppv: 0.611, New CC  F-measure: 0.557, New CC  Energy: -36.76
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New CC  sens: 0.233, New CC  ppv: 0.286, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -36.68
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New CC  sens: 0.512, New CC  ppv: 0.564, New CC  F-measure: 0.537, New CC  Energy: -36.65
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New CC  sens: 0.233, New CC  ppv: 0.222, New CC  F-measure: 0.227, New CC  Energy: -36.17
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> SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -19.52
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...........((((((....((.(((...(((..(((.......)))..)))....))).))...))))))................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.681, New CC  Energy: -23.13
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.762, New CC  F-measure: 0.780, New CC  Energy: -22.37
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.652, New CC  F-measure: 0.698, New CC  Energy: -22.07
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.762, New CC  F-measure: 0.780, New CC  Energy: -21.40
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...........((((((.................................................))))))................((((((((((....)))))))))).
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -20.50
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.517, New CC  F-measure: 0.612, New CC  Energy: -20.42
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.577, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -20.04
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.435, New CC  F-measure: 0.465, New CC  Energy: -19.93
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New CC  sens: 0.450, New CC  ppv: 0.409, New CC  F-measure: 0.429, New CC  Energy: -19.82
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.625, New CC  F-measure: 0.556, New CC  Energy: -19.75
New CC  F-measure-avg: 0.657, New CC  F-measure-best: 0.889, New CC  best-subopt: 8, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -21.31
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.727, New CC  F-measure: 0.696, New CC  Energy: -21.67
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.762, New CC  F-measure: 0.711, New CC  Energy: -21.48
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.640, New CC  F-measure: 0.653, New CC  Energy: -21.40
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.615, New CC  Energy: -21.11
New CC  F-measure-avg: 0.694, New CC  F-measure-best: 0.816, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 7

> SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG
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Energy of known structure: -20.31
Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -24.70
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New CC  sens: 0.700, New CC  ppv: 0.538, New CC  F-measure: 0.609, New CC  Energy: -23.72
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.681, New CC  Energy: -22.80
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New CC  sens: 0.450, New CC  ppv: 0.310, New CC  F-measure: 0.367, New CC  Energy: -22.67
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -22.32
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.600, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -21.99
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New CC  sens: 0.550, New CC  ppv: 0.407, New CC  F-measure: 0.468, New CC  Energy: -21.85
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.577, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -21.52
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New CC  sens: 0.450, New CC  ppv: 0.321, New CC  F-measure: 0.375, New CC  Energy: -21.49
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.800, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -21.43
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.600, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -21.25
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New CC  sens: 0.550, New CC  ppv: 0.423, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -21.16
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New CC  sens: 0.450, New CC  ppv: 0.321, New CC  F-measure: 0.375, New CC  Energy: -21.14
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -20.82
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New CC  sens: 0.550, New CC  ppv: 0.423, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -20.80
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.577, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -20.32
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.682, New CC  F-measure: 0.714, New CC  Energy: -20.30
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New CC  sens: 0.550, New CC  ppv: 0.407, New CC  F-measure: 0.468, New CC  Energy: -20.23
New CC  F-measure-avg: 0.592, New CC  F-measure-best: 0.800, New CC  best-subopt: 10, New CC  num-subopt: 18

> SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -21.89
Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -23.25
New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.818, New CC  F-measure: 0.818, New CC  Energy: -23.25
...........((((((................((((..........))))............))))))................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.800, New CC  F-measure: 0.762, New CC  Energy: -20.78
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 0.708, New CC  F-measure: 0.739, New CC  Energy: -20.54
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New CC  sens: 0.682, New CC  ppv: 0.652, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -20.22
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 0.708, New CC  F-measure: 0.739, New CC  Energy: -19.80
New CC  F-measure-avg: 0.745, New CC  F-measure-best: 0.818, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 4

> SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG
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Energy of known structure: -23.25
Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -24.45
New CC  sens: 0.952, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.976, New CC  Energy: -24.45
..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.810, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.895, New CC  Energy: -24.00
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New CC  sens: 0.905, New CC  ppv: 0.864, New CC  F-measure: 0.884, New CC  Energy: -23.45
...((((...(((((((........................................)))))))...........))))((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.810, New CC  ppv: 0.810, New CC  F-measure: 0.810, New CC  Energy: -22.39
.(((......(((((((........................................))))))).............)))(((((((((....)))))))))..
New CC  sens: 0.762, New CC  ppv: 0.842, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -20.81
New CC  F-measure-avg: 0.873, New CC  F-measure-best: 0.976, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 4

> SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -21.01
Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -30.94
New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.200, New CC  F-measure: 0.226, New CC  Energy: -30.94
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New CC  sens: 0.609, New CC  ppv: 0.467, New CC  F-measure: 0.528, New CC  Energy: -29.55
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New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.222, New CC  Energy: -28.82
.....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}...(((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.478, New CC  ppv: 0.344, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -28.34
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New CC  sens: 0.826, New CC  ppv: 0.704, New CC  F-measure: 0.760, New CC  Energy: -27.41
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New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.214, New CC  F-measure: 0.235, New CC  Energy: -26.91
.....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}.((((........))))))))).
New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.222, New CC  Energy: -25.34
.....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.640, New CC  Energy: -25.30
.....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}.
New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.255, New CC  Energy: -24.77
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New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.200, New CC  F-measure: 0.226, New CC  Energy: -24.36
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New CC  sens: 0.783, New CC  ppv: 0.621, New CC  F-measure: 0.692, New CC  Energy: -23.96
.....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}.
New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.207, New CC  F-measure: 0.231, New CC  Energy: -23.79
.....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......)))))).....((((..]]]]]].............}}}}}.............))))......
New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.231, New CC  F-measure: 0.245, New CC  Energy: -23.53
.....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))...
New CC  sens: 0.609, New CC  ppv: 0.583, New CC  F-measure: 0.596, New CC  Energy: -23.38
.(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((..((........))..))))))...........]]]]]]..............)))(((((((((....)))))))))..
New CC  sens: 0.652, New CC  ppv: 0.484, New CC  F-measure: 0.556, New CC  Energy: -23.19
.....(((((.[[[[[[..)))))...((((((..((........))..))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.552, New CC  F-measure: 0.615, New CC  Energy: -23.19
.(((.(((((.........)))))........((((((.(((.........................)))..))))))........)))(((((((((....)))))))))..
New CC  sens: 0.391, New CC  ppv: 0.346, New CC  F-measure: 0.367, New CC  Energy: -23.15
...........((((((..........((((((....[[[[[.......))))))...........)))))).............]]]]]((((((((....))))))))...
New CC  sens: 0.609, New CC  ppv: 0.560, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -22.94
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New CC  sens: 0.261, New CC  ppv: 0.214, New CC  F-measure: 0.235, New CC  Energy: -22.88
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New CC  sens: 0.435, New CC  ppv: 0.417, New CC  F-measure: 0.426, New CC  Energy: -22.75
New CC  F-measure-avg: 0.413, New CC  F-measure-best: 0.760, New CC  best-subopt: 4, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -20.59
Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -27.55
New CC  sens: 0.826, New CC  ppv: 0.679, New CC  F-measure: 0.745, New CC  Energy: -27.55
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New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.681, New CC  Energy: -24.72
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New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.842, New CC  F-measure: 0.762, New CC  Energy: -24.54
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New CC  sens: 0.783, New CC  ppv: 0.600, New CC  F-measure: 0.679, New CC  Energy: -24.10
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New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.762, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -23.75
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New CC  sens: 0.609, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.636, New CC  Energy: -22.50
New CC  F-measure-avg: 0.686, New CC  F-measure-best: 0.762, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 8

> SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG
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Energy of known structure: -15.66
Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -24.69
New CC  sens: 0.810, New CC  ppv: 0.586, New CC  F-measure: 0.680, New CC  Energy: -24.69
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New CC  sens: 0.810, New CC  ppv: 0.680, New CC  F-measure: 0.739, New CC  Energy: -23.65
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New CC  sens: 0.524, New CC  ppv: 0.393, New CC  F-measure: 0.449, New CC  Energy: -21.54
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New CC  sens: 0.762, New CC  ppv: 0.696, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -21.46
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New CC  sens: 0.762, New CC  ppv: 0.516, New CC  F-measure: 0.615, New CC  Energy: -21.24
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New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.462, New CC  F-measure: 0.511, New CC  Energy: -21.04
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New CC  sens: 0.524, New CC  ppv: 0.458, New CC  F-measure: 0.489, New CC  Energy: -20.50
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New CC  sens: 0.524, New CC  ppv: 0.440, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -20.28
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New CC  sens: 0.762, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -20.20
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New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.545, New CC  F-measure: 0.558, New CC  Energy: -20.00
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New CC  sens: 0.762, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.653, New CC  Energy: -19.83
New CC  F-measure-avg: 0.597, New CC  F-measure-best: 0.739, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 10

> SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -48.94
Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -55.45
New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.595, New CC  F-measure: 0.595, New CC  Energy: -55.45
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New CC  sens: 0.619, New CC  ppv: 0.650, New CC  F-measure: 0.634, New CC  Energy: -53.65
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New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.625, New CC  F-measure: 0.610, New CC  Energy: -53.40
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.324, New CC  F-measure: 0.304, New CC  Energy: -52.20
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New CC  sens: 0.548, New CC  ppv: 0.605, New CC  F-measure: 0.575, New CC  Energy: -51.49
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New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.625, New CC  F-measure: 0.610, New CC  Energy: -51.35
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New CC  sens: 0.548, New CC  ppv: 0.622, New CC  F-measure: 0.582, New CC  Energy: -51.34
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New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.641, New CC  F-measure: 0.617, New CC  Energy: -51.20
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.316, New CC  F-measure: 0.300, New CC  Energy: -50.99
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New CC  sens: 0.548, New CC  ppv: 0.605, New CC  F-measure: 0.575, New CC  Energy: -50.91
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New CC  sens: 0.357, New CC  ppv: 0.349, New CC  F-measure: 0.353, New CC  Energy: -49.50
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.343, New CC  F-measure: 0.312, New CC  Energy: -49.19
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New CC  sens: 0.238, New CC  ppv: 0.278, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -48.49
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New CC  sens: 0.405, New CC  ppv: 0.436, New CC  F-measure: 0.420, New CC  Energy: -48.33
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New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.378, New CC  F-measure: 0.354, New CC  Energy: -48.28
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New CC  sens: 0.381, New CC  ppv: 0.410, New CC  F-measure: 0.395, New CC  Energy: -48.14
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.324, New CC  F-measure: 0.304, New CC  Energy: -47.48
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New CC  sens: 0.357, New CC  ppv: 0.366, New CC  F-measure: 0.361, New CC  Energy: -47.45
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.320, New CC  Energy: -47.20
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New CC  sens: 0.286, New CC  ppv: 0.353, New CC  F-measure: 0.316, New CC  Energy: -47.19
New CC  F-measure-avg: 0.440, New CC  F-measure-best: 0.634, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus
AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG
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Energy of known structure: -76.51
Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -89.33
New CC  sens: 0.860, New CC  ppv: 0.768, New CC  F-measure: 0.811, New CC  Energy: -89.33
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New CC  sens: 0.980, New CC  ppv: 0.875, New CC  F-measure: 0.925, New CC  Energy: -86.92
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New CC  sens: 0.880, New CC  ppv: 0.786, New CC  F-measure: 0.830, New CC  Energy: -86.58
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.566, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -84.09
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.702, New CC  F-measure: 0.748, New CC  Energy: -83.43
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.545, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -82.88
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.472, New CC  F-measure: 0.485, New CC  Energy: -82.60
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.784, New CC  Energy: -82.49
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New CC  sens: 0.620, New CC  ppv: 0.564, New CC  F-measure: 0.590, New CC  Energy: -82.08
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New CC  sens: 0.640, New CC  ppv: 0.593, New CC  F-measure: 0.615, New CC  Energy: -81.88
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New CC  sens: 0.900, New CC  ppv: 0.865, New CC  F-measure: 0.882, New CC  Energy: -81.28
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.690, New CC  F-measure: 0.741, New CC  Energy: -81.05
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New CC  sens: 0.680, New CC  ppv: 0.654, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -80.58
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New CC  sens: 0.760, New CC  ppv: 0.760, New CC  F-measure: 0.760, New CC  Energy: -80.53
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.463, New CC  F-measure: 0.481, New CC  Energy: -80.25
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.755, New CC  F-measure: 0.777, New CC  Energy: -80.03
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New CC  sens: 0.700, New CC  ppv: 0.673, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -79.78
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New CC  sens: 0.700, New CC  ppv: 0.700, New CC  F-measure: 0.700, New CC  Energy: -79.58
New CC  F-measure-avg: 0.702, New CC  F-measure-best: 0.925, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis
CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC
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Energy of known structure: -31.32
Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.649, Initial F-measure: 0.686, Initial Energy: -43.30
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.649, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -43.30
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New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.676, New CC  F-measure: 0.714, New CC  Energy: -42.74
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New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.606, New CC  Energy: -41.75
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New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.222, New CC  F-measure: 0.232, New CC  Energy: -41.50
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.738, New CC  Energy: -41.38
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New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.588, New CC  F-measure: 0.597, New CC  Energy: -41.34
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New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.781, New CC  F-measure: 0.769, New CC  Energy: -41.05
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New CC  sens: 0.394, New CC  ppv: 0.371, New CC  F-measure: 0.382, New CC  Energy: -40.90
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New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.657, New CC  F-measure: 0.676, New CC  Energy: -40.68
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New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.556, New CC  F-measure: 0.580, New CC  Energy: -40.64
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New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.575, New CC  F-measure: 0.630, New CC  Energy: -40.45
((((((((((...((((((((.....[[[[.........(((....)))........)))))).)).(((((....)))))]]]].....(((((....))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.457, New CC  F-measure: 0.471, New CC  Energy: -40.37
((((((((((...((((((((.[[[[[............(((....)))........)))))).)).(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))).
New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.471, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -40.24
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New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.471, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -40.19
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New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.229, New CC  F-measure: 0.235, New CC  Energy: -39.80
((((((((((...((((((((.[[[[[.((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))).
New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.588, New CC  Energy: -39.75
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New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.618, New CC  F-measure: 0.627, New CC  Energy: -39.74
((((((((((.....((((((.......((((.....[[[[[...))))........))))))........]]]]]..((((((....))))))...........)))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.581, New CC  F-measure: 0.562, New CC  Energy: -39.73
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New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.714, New CC  F-measure: 0.735, New CC  Energy: -39.25
((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))..(.(((((....))))).).......(((((....))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.581, New CC  F-measure: 0.562, New CC  Energy: -39.23
New CC  F-measure-avg: 0.567, New CC  F-measure-best: 0.769, New CC  best-subopt: 6, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL
CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC
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Energy of known structure: -33.97
Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -41.95
New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.444, New CC  F-measure: 0.464, New CC  Energy: -41.95
(((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.474, New CC  F-measure: 0.507, New CC  Energy: -41.55
(((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.486, New CC  F-measure: 0.514, New CC  Energy: -40.65
(((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.522, New CC  Energy: -40.35
(((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))).
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.441, New CC  F-measure: 0.448, New CC  Energy: -40.25
(((((((((......((((((.......((((..[[[[[......))))........))))))......]]]]]..((.(((((....))))).))...........))))))))).
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.781, New CC  Energy: -39.66
(((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))).
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.417, New CC  F-measure: 0.435, New CC  Energy: -39.30
(((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......(((((((((((((...))).)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.222, New CC  F-measure: 0.232, New CC  Energy: -39.10
(((((((((...(((((.(.(....).)))))).(((((........(((((.....)).))).[[[[.)))))............]]]].(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.229, New CC  F-measure: 0.235, New CC  Energy: -38.78
(((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))).
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.781, New CC  Energy: -38.65
(((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))).
New CC  sens: 0.394, New CC  ppv: 0.406, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -38.10
(((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.562, New CC  F-measure: 0.554, New CC  Energy: -37.83
(((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((((....))))...(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.222, New CC  F-measure: 0.232, New CC  Energy: -37.80
(((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))).
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.455, New CC  F-measure: 0.455, New CC  Energy: -37.75
(((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.581, New CC  F-measure: 0.562, New CC  Energy: -37.53
(((((((((......((((((.......((((..[[[[[......))))........))))))......]]]]].....(((((....)))))..............))))))))).
New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.793, New CC  F-measure: 0.742, New CC  Energy: -37.51
(((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))).
New CC  sens: 0.394, New CC  ppv: 0.382, New CC  F-measure: 0.388, New CC  Energy: -37.45
(((((..........((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))(((((..(((((....))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.405, New CC  F-measure: 0.429, New CC  Energy: -37.35
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New CC  sens: 0.545, New CC  ppv: 0.545, New CC  F-measure: 0.545, New CC  Energy: -37.21
(((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))).
New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.588, New CC  Energy: -37.15
New CC  F-measure-avg: 0.491, New CC  F-measure-best: 0.781, New CC  best-subopt: 5, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG
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Energy of known structure: -15.29
Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.52
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -22.52
.....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).))....
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -22.04
..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.417, New CC  ppv: 0.556, New CC  F-measure: 0.476, New CC  Energy: -21.49
.....((((((.(((...........................((((((((...........))))))))...........((((....))))))).)))).))....
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -21.34
.....((((((.(((.........((((..............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]].))))...))).)))).))....
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -21.33
.......((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).......
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -20.64
..........................................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]((((((((....))))))))...
New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.400, New CC  F-measure: 0.364, New CC  Energy: -19.97
.....((((((.(((.........((((..((..........((((((((...........)))))))).((....))..))...))))...))).)))).))....
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -19.95
........................(((((.............((((((((...........))))))))...........((((....))))....)))))......
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -18.59
........................((((..............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]].))))(((....)))........
New CC  sens: 0.125, New CC  ppv: 0.158, New CC  F-measure: 0.140, New CC  Energy: -18.27
........................(((((.............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]............)))))......
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -17.97
New CC  F-measure-avg: 0.089, New CC  F-measure-best: 0.476, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 10

> SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG
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Energy of known structure: -14.54
Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -31.48
New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.400, New CC  F-measure: 0.421, New CC  Energy: -31.48
...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))).
New CC  sens: 0.481, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.491, New CC  Energy: -29.08
..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))).
New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.480, New CC  F-measure: 0.462, New CC  Energy: -27.63
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New CC  sens: 0.407, New CC  ppv: 0.440, New CC  F-measure: 0.423, New CC  Energy: -26.17
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.480, New CC  F-measure: 0.462, New CC  Energy: -26.12
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -25.89
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New CC  sens: 0.222, New CC  ppv: 0.231, New CC  F-measure: 0.226, New CC  Energy: -25.73
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New CC  sens: 0.519, New CC  ppv: 0.583, New CC  F-measure: 0.549, New CC  Energy: -25.63
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New CC  sens: 0.407, New CC  ppv: 0.458, New CC  F-measure: 0.431, New CC  Energy: -24.75
..........((((((((((((.......[[[[.....................)))).))))))))......(((...(((((...)))))....)))..]]]]
New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.471, New CC  Energy: -24.53
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.545, New CC  F-measure: 0.490, New CC  Energy: -24.48
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -24.19
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.444, New CC  F-measure: 0.444, New CC  Energy: -23.97
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New CC  sens: 0.481, New CC  ppv: 0.591, New CC  F-measure: 0.531, New CC  Energy: -23.59
New CC  F-measure-avg: 0.457, New CC  F-measure-best: 0.549, New CC  best-subopt: 7, New CC  num-subopt: 13

> SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG
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Energy of known structure: -12.05
Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -21.10
New CC  sens: 0.885, New CC  ppv: 0.920, New CC  F-measure: 0.902, New CC  Energy: -21.10
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New CC  sens: 0.769, New CC  ppv: 0.909, New CC  F-measure: 0.833, New CC  Energy: -20.30
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New CC  sens: 0.846, New CC  ppv: 0.815, New CC  F-measure: 0.830, New CC  Energy: -19.80
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New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -18.00
..........((((......(((..............................)))......))))...............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.941, New CC  F-measure: 0.744, New CC  Energy: -17.62
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New CC  sens: 0.538, New CC  ppv: 0.700, New CC  F-measure: 0.609, New CC  Energy: -17.35
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New CC  sens: 0.731, New CC  ppv: 0.792, New CC  F-measure: 0.760, New CC  Energy: -17.16
New CC  F-measure-avg: 0.668, New CC  F-measure-best: 0.902, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 6

> SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -29.59
Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -33.28
New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.722, New CC  F-measure: 0.712, New CC  Energy: -33.28
......((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).)))).............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.765, New CC  F-measure: 0.732, New CC  Energy: -32.99
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New CC  sens: 0.541, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -32.99
.........((((.......(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.811, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.896, New CC  Energy: -30.99
.........((((.......(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.649, New CC  ppv: 0.828, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -30.99
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New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.419, New CC  F-measure: 0.382, New CC  Energy: -30.91
......((((..........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.541, New CC  ppv: 0.690, New CC  F-measure: 0.606, New CC  Energy: -29.97
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New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.867, New CC  F-measure: 0.776, New CC  Energy: -29.97
.........((((..........((((((((...(((((........)))))..)))))))).........))))..............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.459, New CC  ppv: 0.630, New CC  F-measure: 0.531, New CC  Energy: -29.16
...((((......))))...(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.541, New CC  ppv: 0.690, New CC  F-measure: 0.606, New CC  Energy: -29.00
...((((......))))...(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.867, New CC  F-measure: 0.776, New CC  Energy: -29.00
......((((.............((((((((...(((((........)))))..))))))))..........)))).............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.481, New CC  F-measure: 0.406, New CC  Energy: -28.21
...((((......))))..((((((((((((..((((.((.....)).))))..)))))))........)))))...............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.514, New CC  ppv: 0.594, New CC  F-measure: 0.551, New CC  Energy: -28.09
...((((......))))......((((((((...(((((........)))))..))))))))...........................((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.481, New CC  F-measure: 0.406, New CC  Energy: -27.80
...((((..[[[[))))...(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).......]]]]..............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.811, New CC  ppv: 0.882, New CC  F-measure: 0.845, New CC  Energy: -27.04
...((((..[[[[))))...(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......]]]]..............((((((((((....)))))))))).
New CC  sens: 0.649, New CC  ppv: 0.727, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -27.04
New CC  F-measure-avg: 0.638, New CC  F-measure-best: 0.896, New CC  best-subopt: 3, New CC  num-subopt: 15

> SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG
.(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))).
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Energy of known structure: -27.33
Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -32.59
New CC  sens: 0.893, New CC  ppv: 0.893, New CC  F-measure: 0.893, New CC  Energy: -32.59
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New CC  sens: 0.786, New CC  ppv: 0.880, New CC  F-measure: 0.830, New CC  Energy: -31.84
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New CC  sens: 0.857, New CC  ppv: 0.800, New CC  F-measure: 0.828, New CC  Energy: -31.59
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New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.741, New CC  Energy: -31.43
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New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.870, New CC  F-measure: 0.784, New CC  Energy: -31.42
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New CC  sens: 0.643, New CC  ppv: 0.857, New CC  F-measure: 0.735, New CC  Energy: -30.84
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New CC  sens: 0.786, New CC  ppv: 0.759, New CC  F-measure: 0.772, New CC  Energy: -30.53
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New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.741, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -30.11
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New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.870, New CC  F-measure: 0.784, New CC  Energy: -29.96
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New CC  sens: 0.643, New CC  ppv: 0.720, New CC  F-measure: 0.679, New CC  Energy: -29.53
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.778, New CC  F-measure: 0.764, New CC  Energy: -28.95
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New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.741, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -28.65
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New CC  sens: 0.679, New CC  ppv: 0.760, New CC  F-measure: 0.717, New CC  Energy: -28.53
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New CC  sens: 0.607, New CC  ppv: 0.739, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -27.95
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New CC  sens: 0.679, New CC  ppv: 0.731, New CC  F-measure: 0.704, New CC  Energy: -27.61
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New CC  sens: 0.607, New CC  ppv: 0.810, New CC  F-measure: 0.694, New CC  Energy: -27.48
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New CC  sens: 0.607, New CC  ppv: 0.708, New CC  F-measure: 0.654, New CC  Energy: -27.28
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New CC  sens: 0.679, New CC  ppv: 0.760, New CC  F-measure: 0.717, New CC  Energy: -27.07
New CC  F-measure-avg: 0.745, New CC  F-measure-best: 0.893, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 18

> SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG
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Energy of known structure: -8.36
Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -20.15
New CC  sens: 0.741, New CC  ppv: 0.588, New CC  F-measure: 0.656, New CC  Energy: -20.15
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New CC  sens: 0.630, New CC  ppv: 0.548, New CC  F-measure: 0.586, New CC  Energy: -19.50
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New CC  sens: 0.630, New CC  ppv: 0.607, New CC  F-measure: 0.618, New CC  Energy: -18.86
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New CC  sens: 0.630, New CC  ppv: 0.773, New CC  F-measure: 0.694, New CC  Energy: -17.12
New CC  F-measure-avg: 0.639, New CC  F-measure-best: 0.694, New CC  best-subopt: 3, New CC  num-subopt: 3

> SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG
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Energy of known structure: -48.66
Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -56.94
New CC  sens: 0.804, New CC  ppv: 0.882, New CC  F-measure: 0.841, New CC  Energy: -56.94
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New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.736, New CC  F-measure: 0.716, New CC  Energy: -52.49
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New CC  sens: 0.768, New CC  ppv: 0.878, New CC  F-measure: 0.819, New CC  Energy: -52.00
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New CC  sens: 0.696, New CC  ppv: 0.780, New CC  F-measure: 0.736, New CC  Energy: -51.25
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New CC  sens: 0.768, New CC  ppv: 0.935, New CC  F-measure: 0.843, New CC  Energy: -50.76
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New CC  sens: 0.464, New CC  ppv: 0.553, New CC  F-measure: 0.505, New CC  Energy: -49.75
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New CC  sens: 0.393, New CC  ppv: 0.449, New CC  F-measure: 0.419, New CC  Energy: -49.15
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New CC  sens: 0.393, New CC  ppv: 0.489, New CC  F-measure: 0.436, New CC  Energy: -48.94
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New CC  sens: 0.464, New CC  ppv: 0.591, New CC  F-measure: 0.520, New CC  Energy: -48.45
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New CC  sens: 0.304, New CC  ppv: 0.309, New CC  F-measure: 0.306, New CC  Energy: -47.95
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New CC  sens: 0.661, New CC  ppv: 0.740, New CC  F-measure: 0.698, New CC  Energy: -47.73
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New CC  sens: 0.464, New CC  ppv: 0.553, New CC  F-measure: 0.505, New CC  Energy: -47.45
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New CC  sens: 0.554, New CC  ppv: 0.660, New CC  F-measure: 0.602, New CC  Energy: -47.44
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New CC  sens: 0.607, New CC  ppv: 0.756, New CC  F-measure: 0.673, New CC  Energy: -46.69
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New CC  sens: 0.554, New CC  ppv: 0.705, New CC  F-measure: 0.620, New CC  Energy: -46.20
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New CC  sens: 0.679, New CC  ppv: 0.927, New CC  F-measure: 0.784, New CC  Energy: -46.20
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New CC  sens: 0.464, New CC  ppv: 0.591, New CC  F-measure: 0.520, New CC  Energy: -46.15
New CC  F-measure-avg: 0.620, New CC  F-measure-best: 0.843, New CC  best-subopt: 4, New CC  num-subopt: 16

> SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG
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Energy of known structure: -33.00
Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -35.44
New CC  sens: 0.906, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.951, New CC  Energy: -35.44
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New CC  sens: 0.812, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.897, New CC  Energy: -34.69
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.889, New CC  F-measure: 0.814, New CC  Energy: -34.28
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New CC  sens: 0.594, New CC  ppv: 0.760, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -31.53
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New CC  sens: 0.688, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.815, New CC  Energy: -31.28
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New CC  sens: 0.594, New CC  ppv: 0.731, New CC  F-measure: 0.655, New CC  Energy: -29.51
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New CC  sens: 0.656, New CC  ppv: 0.808, New CC  F-measure: 0.724, New CC  Energy: -28.81
New CC  F-measure-avg: 0.789, New CC  F-measure-best: 0.951, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 6

> SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL
UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA
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Energy of known structure: -26.75
Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -30.25
New CC  sens: 0.955, New CC  ppv: 0.977, New CC  F-measure: 0.966, New CC  Energy: -30.25
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.767, New CC  F-measure: 0.759, New CC  Energy: -28.86
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New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.783, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -28.76
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New CC  sens: 0.909, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.952, New CC  Energy: -28.14
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.786, New CC  F-measure: 0.767, New CC  Energy: -26.64
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New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.973, New CC  F-measure: 0.889, New CC  Energy: -26.51
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New CC  sens: 0.841, New CC  ppv: 0.881, New CC  F-measure: 0.860, New CC  Energy: -26.44
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New CC  sens: 0.614, New CC  ppv: 0.730, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -25.59
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New CC  sens: 0.773, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.872, New CC  Energy: -24.87
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.805, New CC  F-measure: 0.776, New CC  Energy: -24.34
New CC  F-measure-avg: 0.831, New CC  F-measure-best: 0.966, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 9

> SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG
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Energy of known structure: -21.63
Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -28.32
New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.182, New CC  F-measure: 0.203, New CC  Energy: -28.32
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New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.182, New CC  F-measure: 0.203, New CC  Energy: -27.77
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New CC  sens: 0.423, New CC  ppv: 0.297, New CC  F-measure: 0.349, New CC  Energy: -27.56
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New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.188, New CC  F-measure: 0.207, New CC  Energy: -27.17
.(((.......((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}....)))]]]]]]]]]...}}}}}.......
New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.188, New CC  F-measure: 0.207, New CC  Energy: -26.62
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New CC  sens: 0.423, New CC  ppv: 0.314, New CC  F-measure: 0.361, New CC  Energy: -25.90
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.485, New CC  F-measure: 0.542, New CC  Energy: -25.75
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.593, New CC  Energy: -24.71
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.552, New CC  Energy: -24.24
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.640, New CC  Energy: -24.23
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.516, New CC  F-measure: 0.561, New CC  Energy: -24.09
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New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.211, New CC  Energy: -23.77
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New CC  sens: 0.423, New CC  ppv: 0.344, New CC  F-measure: 0.379, New CC  Energy: -23.61
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New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.211, New CC  Energy: -23.52
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New CC  sens: 0.577, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.536, New CC  Energy: -23.44
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New CC  sens: 0.385, New CC  ppv: 0.303, New CC  F-measure: 0.339, New CC  Energy: -23.31
...((((....((((((.....[[[[[......[[[[[[[............[[[[..........)))))).{{{{{]]]]..))))]]]]]]]......]]]]].}}}}}.
New CC  sens: 0.231, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.211, New CC  Energy: -23.11
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.552, New CC  Energy: -22.81
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New CC  sens: 0.615, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.593, New CC  Energy: -22.74
...((((....((((((..................[[[[[{{{{{.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..))))}}}}}(((((....)))))......
New CC  sens: 0.423, New CC  ppv: 0.379, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -22.66
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> SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG
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..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))).
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...((((...(((((((((((((.....................))))))........)))))))...........))))((((((((((....)))))))))).
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> SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG
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..........(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...............((((((((((....)))))))))).
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......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....((.(((.....))).))...((((((((((....)))))))))).
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...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.((...)).)))..)))....((((((((((....)))))))))).
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> SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG
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New CC  sens: 0.811, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.896, New CC  Energy: -25.65
.(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))).
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New CC  sens: 0.514, New CC  ppv: 0.543, New CC  F-measure: 0.528, New CC  Energy: -23.70
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........(((((.....(((((..(((((((..((.((((....)))).))..)))))))((((((....))))))..)))))...)))))(((((.(((....))).)))))..
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........(((((...((((((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))..))))...............)))))(((((.(((....))).)))))..
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> SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL
CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG
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Energy of known structure: -24.55
Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -28.89
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..........((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))).
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New CC  sens: 0.765, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.867, New CC  Energy: -24.60
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New CC  sens: 0.676, New CC  ppv: 0.697, New CC  F-measure: 0.687, New CC  Energy: -24.59
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New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.517, New CC  F-measure: 0.476, New CC  Energy: -24.04
........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..(((((((......(((((...)))))))))))).......))))...
New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.484, New CC  F-measure: 0.462, New CC  Energy: -23.59
New CC  F-measure-avg: 0.727, New CC  F-measure-best: 0.970, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 5

> SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii
UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC
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Energy of known structure: -55.93
Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -63.33
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((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
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New CC  sens: 0.649, New CC  ppv: 0.727, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -59.53
((((.(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.649, New CC  ppv: 0.706, New CC  F-measure: 0.676, New CC  Energy: -59.53
((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.788, New CC  F-measure: 0.743, New CC  Energy: -58.64
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New CC  sens: 0.649, New CC  ppv: 0.774, New CC  F-measure: 0.706, New CC  Energy: -58.04
((((.(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.688, New CC  F-measure: 0.638, New CC  Energy: -56.33
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New CC  sens: 0.541, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.597, New CC  Energy: -55.73
((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.865, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.928, New CC  Energy: -55.60
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New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.759, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -54.84
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New CC  sens: 0.459, New CC  ppv: 0.548, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -54.43
((((.(((((((......((((((..................(((....)))........)))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
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((((.(((((((......(((((((.....))).........(((....)))........)))).......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.688, New CC  F-measure: 0.638, New CC  Energy: -52.57
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New CC  sens: 0.486, New CC  ppv: 0.643, New CC  F-measure: 0.554, New CC  Energy: -52.53
((((.(((((((......(((((((......)).........(((....)))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.688, New CC  F-measure: 0.638, New CC  Energy: -52.37
((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))).
New CC  sens: 0.703, New CC  ppv: 0.839, New CC  F-measure: 0.765, New CC  Energy: -51.83
((((.((((((((((.((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).)).))).........(((((....)))))............))))))))))).
New CC  sens: 0.595, New CC  ppv: 0.647, New CC  F-measure: 0.620, New CC  Energy: -51.11
New CC  F-measure-avg: 0.689, New CC  F-measure-best: 0.928, New CC  best-subopt: 8, New CC  num-subopt: 16

> SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL
UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG
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Energy of known structure: -86.73
Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -97.35
New CC  sens: 0.933, New CC  ppv: 0.857, New CC  F-measure: 0.894, New CC  Energy: -97.35
((((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).))))))))
New CC  sens: 0.911, New CC  ppv: 0.820, New CC  F-measure: 0.863, New CC  Energy: -93.95
((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))))
New CC  sens: 0.956, New CC  ppv: 0.956, New CC  F-measure: 0.956, New CC  Energy: -92.13
((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).))))))))
New CC  sens: 0.911, New CC  ppv: 0.911, New CC  F-measure: 0.911, New CC  Energy: -89.53
((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).))))))))
New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.698, New CC  F-measure: 0.682, New CC  Energy: -84.00
((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).))))))))
New CC  sens: 0.644, New CC  ppv: 0.659, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -80.90
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New CC  sens: 0.644, New CC  ppv: 0.659, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -78.35
(((((......)))))..((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......)))..
New CC  sens: 0.644, New CC  ppv: 0.659, New CC  F-measure: 0.652, New CC  Energy: -78.15
New CC  F-measure-avg: 0.783, New CC  F-measure-best: 0.956, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 7

> SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL
GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA
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Energy of known structure: -61.93
Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -73.79
New CC  sens: 0.769, New CC  ppv: 0.732, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -73.79
(((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))).
New CC  sens: 0.769, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.769, New CC  Energy: -72.30
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New CC  sens: 0.718, New CC  ppv: 0.683, New CC  F-measure: 0.700, New CC  Energy: -71.39
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New CC  sens: 0.692, New CC  ppv: 0.711, New CC  F-measure: 0.701, New CC  Energy: -70.39
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New CC  sens: 0.718, New CC  ppv: 0.718, New CC  F-measure: 0.718, New CC  Energy: -69.90
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New CC  sens: 0.718, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.737, New CC  Energy: -69.10
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New CC  sens: 0.769, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.789, New CC  Energy: -68.96
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New CC  sens: 0.692, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.720, New CC  Energy: -68.90
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New CC  sens: 0.641, New CC  ppv: 0.658, New CC  F-measure: 0.649, New CC  Energy: -67.99
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.703, New CC  F-measure: 0.684, New CC  Energy: -66.70
(((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))).
New CC  sens: 0.718, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.737, New CC  Energy: -66.56
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New CC  sens: 0.641, New CC  ppv: 0.694, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -66.50
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New CC  sens: 0.872, New CC  ppv: 0.944, New CC  F-measure: 0.907, New CC  Energy: -66.06
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New CC  sens: 0.718, New CC  ppv: 0.800, New CC  F-measure: 0.757, New CC  Energy: -65.76
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New CC  sens: 0.641, New CC  ppv: 0.735, New CC  F-measure: 0.685, New CC  Energy: -65.70
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(((.(((((((......((((((.......((((..((.....))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))).
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New CC  sens: 0.564, New CC  ppv: 0.550, New CC  F-measure: 0.557, New CC  Energy: -63.40
New CC  F-measure-avg: 0.710, New CC  F-measure-best: 0.907, New CC  best-subopt: 12, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL
UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA
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Energy of known structure: -25.73
Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -39.26
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((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))...........((((....))))...........))))))))))))))
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New CC  sens: 0.812, New CC  ppv: 0.788, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -36.62
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((((((((((((((......((((((....)....(((....)))........)))))......(((((..((((........))))..)))))..........))))))))))))))
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(((((((((((((((...((((((((.......((((.............))))........))))))))..(((......((((....)))).....))).).))))))))))))))
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New CC  sens: 0.438, New CC  ppv: 0.424, New CC  F-measure: 0.431, New CC  Energy: -32.30
New CC  F-measure-avg: 0.586, New CC  F-measure-best: 0.800, New CC  best-subopt: 3, New CC  num-subopt: 10

> SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL
GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU
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Energy of known structure: -47.51
Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.784, Initial F-measure: 0.806, Initial Energy: -53.82
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(((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
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(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.853, New CC  F-measure: 0.841, New CC  Energy: -50.85
(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.844, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -49.45
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New CC  sens: 0.486, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.493, New CC  Energy: -49.04
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(((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.486, New CC  ppv: 0.548, New CC  F-measure: 0.515, New CC  Energy: -45.93
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New CC  sens: 0.657, New CC  ppv: 0.719, New CC  F-measure: 0.687, New CC  Energy: -45.61
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New CC  sens: 0.457, New CC  ppv: 0.533, New CC  F-measure: 0.492, New CC  Energy: -45.20
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.618, New CC  F-measure: 0.609, New CC  Energy: -44.36
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New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.273, New CC  F-measure: 0.265, New CC  Energy: -44.00
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(((((((((......(((((.......)))))..........(((((...(((..((((....))))(((((....)))))))).)))))..(((.((.....)).))))))))))))..
New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.254, New CC  Energy: -43.45
(((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((............((....))))))))...........)))))))))..
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New CC  sens: 0.657, New CC  ppv: 0.793, New CC  F-measure: 0.719, New CC  Energy: -43.37
New CC  F-measure-avg: 0.548, New CC  F-measure-best: 0.841, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL
GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
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Energy of known structure: -41.76
Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -52.38
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(((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.763, New CC  F-measure: 0.795, New CC  Energy: -50.57
(((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.761, New CC  Energy: -48.57
(((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.817, New CC  Energy: -47.66
(((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.703, New CC  F-measure: 0.722, New CC  Energy: -47.42
(((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.778, New CC  Energy: -46.51
(((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.853, New CC  F-measure: 0.841, New CC  Energy: -46.43
(((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.694, New CC  F-measure: 0.704, New CC  Energy: -45.92
(((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.794, New CC  F-measure: 0.783, New CC  Energy: -45.66
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New CC  sens: 0.686, New CC  ppv: 0.649, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -44.77
(((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.743, New CC  F-measure: 0.743, New CC  Energy: -44.51
(((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.844, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -44.43
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New CC  sens: 0.657, New CC  ppv: 0.676, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -43.92
(((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.906, New CC  F-measure: 0.866, New CC  Energy: -43.52
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New CC  sens: 0.629, New CC  ppv: 0.629, New CC  F-measure: 0.629, New CC  Energy: -42.77
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New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.656, New CC  F-measure: 0.627, New CC  Energy: -42.07
New CC  F-measure-avg: 0.749, New CC  F-measure-best: 0.866, New CC  best-subopt: 13, New CC  num-subopt: 15

> SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL
GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU
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Energy of known structure: -43.26
Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -54.59
New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.674, New CC  F-measure: 0.734, New CC  Energy: -54.59
((((((((((......((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.659, New CC  F-measure: 0.701, New CC  Energy: -54.59
((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.707, New CC  F-measure: 0.753, New CC  Energy: -52.78
((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.711, New CC  F-measure: 0.730, New CC  Energy: -51.46
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New CC  sens: 0.778, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.718, New CC  Energy: -51.09
((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.730, New CC  F-measure: 0.740, New CC  Energy: -50.81
((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].................(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.583, New CC  ppv: 0.583, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -50.16
((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))).
New CC  sens: 0.556, New CC  ppv: 0.526, New CC  F-measure: 0.541, New CC  Energy: -49.96
((((((((((........((((......[[[[[.))))........(((.........))).]]]]]((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.472, New CC  ppv: 0.447, New CC  F-measure: 0.459, New CC  Energy: -49.57
((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.778, New CC  ppv: 0.651, New CC  F-measure: 0.709, New CC  Energy: -49.29
((((((((((..................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..)))))))((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.472, New CC  ppv: 0.436, New CC  F-measure: 0.453, New CC  Energy: -49.05
((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.744, New CC  F-measure: 0.773, New CC  Energy: -49.03
((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].................(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.583, New CC  ppv: 0.618, New CC  F-measure: 0.600, New CC  Energy: -48.35
(((((((((((.....((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))).
New CC  sens: 0.722, New CC  ppv: 0.684, New CC  F-measure: 0.703, New CC  Energy: -47.42
((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.771, New CC  F-measure: 0.761, New CC  Energy: -47.06
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.421, New CC  F-measure: 0.432, New CC  Energy: -46.47
((((((((((.((...((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.722, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.693, New CC  Energy: -46.12
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -46.09
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New CC  sens: 0.444, New CC  ppv: 0.410, New CC  F-measure: 0.427, New CC  Energy: -45.95
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New CC  sens: 0.472, New CC  ppv: 0.459, New CC  F-measure: 0.466, New CC  Energy: -45.94
New CC  F-measure-avg: 0.632, New CC  F-measure-best: 0.773, New CC  best-subopt: 11, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL
GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU
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Energy of known structure: -38.16
Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -40.80
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.472, New CC  F-measure: 0.493, New CC  Energy: -40.80
(((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.618, New CC  F-measure: 0.627, New CC  Energy: -40.21
(((((((((......((((((..................))))))...(.((((((....)))))).).(((.....((((((.((....))))))))......)))..)))))))))..
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.515, New CC  Energy: -38.81
(((((((((....................(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))....)))))))))..
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.507, New CC  Energy: -38.46
(((((((((...((.((.(((...(((((...[[[[[....(((((....((((((....))))))...))))).......))))).........]]]]]))).)).)))))))))))..
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.257, New CC  Energy: -38.23
(((((((((................................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))...........)))))))))..
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(((((((((...............(((((...[[[[[....(((((..(.((((((....)))))).).))))).......))))).........]]]]].........)))))))))..
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(((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))...........((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.586, New CC  F-measure: 0.548, New CC  Energy: -36.66
(((((((((.......(((((..................)))))((((..((((((....))))))..............(((.((....)).))))))).........)))))))))..
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(((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).((((..((((((....))))))..............(((.((....)).)))))))))).)).)))))))))))..
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(((((((((...((.((.(((...........(((((....(((((....((((((....))))))...))))).......((.((....)).)))))))))).)).)))))))))))..
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(((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).....(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..))).)).)))))))))))..
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(((((((((......(((((.....(((..(((...))).)))..............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).)))))))))..
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(((((((((...............(((((............(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))..(((.((....)).))).....)))))))))..
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(((((((((...((.((.(((...(((((............(((((....((((((....))))))...))))).......)))))....((....))..))).)).)))))))))))..
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(((((((((......((((((..................)))))).(((((.......(((((......)))))..........((....))..)))))..........)))))))))..
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.(((((..........)))))........(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))...............
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.267, New CC  F-measure: 0.254, New CC  Energy: -33.79
(((((((((........................((((((..(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))).(((.((....)).))).....)))))))))..
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.281, New CC  F-measure: 0.277, New CC  Energy: -33.57
(((((((((...((.((.(((............((((((..(((((....((((((....))))))...))))).......))))))...((....))..))).)).)))))))))))..
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.257, New CC  F-measure: 0.265, New CC  Energy: -33.56
New CC  F-measure-avg: 0.400, New CC  F-measure-best: 0.788, New CC  best-subopt: 13, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL
GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC
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((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
Energy of known structure: -35.01
Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -42.74
New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.692, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -42.74
((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.783, New CC  Energy: -41.98
((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.794, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -41.51
((((((((((.......((((....((.((((((......))..))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.600, New CC  F-measure: 0.618, New CC  Energy: -41.19
((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.636, New CC  F-measure: 0.636, New CC  Energy: -40.58
((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.676, New CC  F-measure: 0.687, New CC  Energy: -40.49
((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.677, New CC  F-measure: 0.656, New CC  Energy: -40.11
((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....)))............((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.742, New CC  F-measure: 0.719, New CC  Energy: -39.73
((((((((((.......((((....((.((((............))))))....))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.758, New CC  F-measure: 0.758, New CC  Energy: -39.43
((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....)))............((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.793, New CC  F-measure: 0.742, New CC  Energy: -39.26
((((((((((.......((((.......((((............))))......))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.781, New CC  Energy: -38.96
((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.656, New CC  F-measure: 0.646, New CC  Energy: -38.08
((((((((((...(((.((((...(.((((....)))))...............))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.697, New CC  ppv: 0.657, New CC  F-measure: 0.676, New CC  Energy: -38.07
((((((((((...(((..((....))..((((............))))..............))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
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((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.700, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -37.61
((((((((((.......((((...(.((((....)))))...............)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...))))))))))..
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.531, New CC  F-measure: 0.523, New CC  Energy: -36.67
((((((((((...((...((....))...)).(((((((((.(((((....(((((....)))))....).).))).))))...((....))..))))).........))))))))))..
New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.314, New CC  F-measure: 0.324, New CC  Energy: -36.64
((((((((((......(((((....((.((((............))))))....)))).).....((((...)))).((((((.((....))))))))..........))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.636, New CC  F-measure: 0.636, New CC  Energy: -36.28
((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.735, New CC  F-measure: 0.746, New CC  Energy: -36.04
((((((((((........((....))..((((............))))...............(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...))))))))))..
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.724, New CC  F-measure: 0.677, New CC  Energy: -35.89
New CC  F-measure-avg: 0.683, New CC  F-measure-best: 0.831, New CC  best-subopt: 13, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL
GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU
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Energy of known structure: -47.31
Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -57.12
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(((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.778, New CC  F-measure: 0.789, New CC  Energy: -55.31
(((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.730, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -54.72
((((((((((...(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.711, New CC  F-measure: 0.740, New CC  Energy: -54.62
(((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.778, New CC  Energy: -53.91
(((((((((.((.(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.692, New CC  F-measure: 0.730, New CC  Energy: -53.12
(((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.824, New CC  F-measure: 0.812, New CC  Energy: -52.40
(((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.771, New CC  F-measure: 0.771, New CC  Energy: -51.81
((((((((((...(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.761, New CC  Energy: -51.71
(((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.794, New CC  F-measure: 0.783, New CC  Energy: -51.61
(((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.857, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.811, New CC  Energy: -51.32
((((((((((.....(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.722, New CC  F-measure: 0.732, New CC  Energy: -50.72
(((((((((.((.(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.730, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -50.21
(((((((((.((...(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).))))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.703, New CC  F-measure: 0.722, New CC  Energy: -49.42
(((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((.....))...)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.676, New CC  F-measure: 0.694, New CC  Energy: -49.32
(((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.844, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -48.70
(((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.857, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.833, New CC  Energy: -48.41
(((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((((...((.....)).)))))))..((.....))....)))))))))..
New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -47.97
((((((((((.....(((((((......((((............)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.765, New CC  F-measure: 0.754, New CC  Energy: -47.81
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New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.784, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -47.62
New CC  F-measure-avg: 0.758, New CC  F-measure-best: 0.833, New CC  best-subopt: 16, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens
AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU
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Energy of known structure: -19.70
Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -32.84
New CC  sens: 0.379, New CC  ppv: 0.344, New CC  F-measure: 0.361, New CC  Energy: -32.84
.(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........))))))))..
New CC  sens: 0.379, New CC  ppv: 0.367, New CC  F-measure: 0.373, New CC  Energy: -31.44
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New CC  sens: 0.586, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.548, New CC  Energy: -30.84
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New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -30.82
......((.....))..(((((....[[[[[.[[[[[[....{{{{{...[[[[[.[[[[.)))))]]]].]]]]]........]]]]]].....}}}}}......]]]]]........
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -30.80
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New CC  sens: 0.552, New CC  ppv: 0.457, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -30.16
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New CC  sens: 0.276, New CC  ppv: 0.216, New CC  F-measure: 0.242, New CC  Energy: -30.10
.((((((((.((((...[[[[[..))))......((((((..{{{{{...(((((.((((.]]]]])))).)))))........)))))).....}}}}}.........))))))))..
New CC  sens: 0.276, New CC  ppv: 0.216, New CC  F-measure: 0.242, New CC  Energy: -29.82
.((((((((.((((.[[[[[[...)))).......(((.((....)).))).....]]]]]]...(((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)))))))))))..
New CC  sens: 0.793, New CC  ppv: 0.657, New CC  F-measure: 0.719, New CC  Energy: -29.60
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New CC  sens: 0.103, New CC  ppv: 0.111, New CC  F-measure: 0.107, New CC  Energy: -28.88
..........(((((((.(.....).))..............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........
New CC  sens: 0.103, New CC  ppv: 0.120, New CC  F-measure: 0.111, New CC  Energy: -28.85
.((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.552, New CC  ppv: 0.485, New CC  F-measure: 0.516, New CC  Energy: -28.71
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New CC  sens: 0.586, New CC  ppv: 0.531, New CC  F-measure: 0.557, New CC  Energy: -28.59
.((...(((......)))..))....(((((...((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))........)))))........
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -28.55
.((((((((.((((.[[[[[[...)))).......(((.((....)).))).....]]]]]]...((((((((....((.(..(((....)))..).))..))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.759, New CC  ppv: 0.595, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -28.52
.((((((((......((((((..............(((.((....)).))).....))))))...(((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)))))))))))..
New CC  sens: 0.793, New CC  ppv: 0.742, New CC  F-measure: 0.767, New CC  Energy: -28.45
.((((((((.........((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).))))((((((((..........(((....)))........))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.552, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.525, New CC  Energy: -28.37
.((...(((......)))..))....(((((...((((((..[[[[[...(((((.((((......)))).)))))........)))))).....]]]]]......)))))........
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -28.30
.(((((((((((((..........))))).....((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))...........))))))))..
New CC  sens: 0.276, New CC  ppv: 0.235, New CC  F-measure: 0.254, New CC  Energy: -28.29
.(((((((((((((..........))))).....((((((..[[[[[...(((((.((((......)))).)))))........)))))).....]]]]].........))))))))..
New CC  sens: 0.276, New CC  ppv: 0.242, New CC  F-measure: 0.258, New CC  Energy: -28.04
New CC  F-measure-avg: 0.337, New CC  F-measure-best: 0.767, New CC  best-subopt: 15, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL
AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU
(.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).)..
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Energy of known structure: -34.18
Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -38.79
New CC  sens: 0.824, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.789, New CC  Energy: -38.79
....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))......
New CC  sens: 0.824, New CC  ppv: 0.800, New CC  F-measure: 0.812, New CC  Energy: -38.24
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New CC  sens: 0.765, New CC  ppv: 0.722, New CC  F-measure: 0.743, New CC  Energy: -37.09
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New CC  sens: 0.529, New CC  ppv: 0.562, New CC  F-measure: 0.545, New CC  Energy: -33.59
.....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............
New CC  sens: 0.618, New CC  ppv: 0.656, New CC  F-measure: 0.636, New CC  Energy: -33.54
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New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.417, New CC  F-measure: 0.429, New CC  Energy: -33.54
....((((.......[[[[[[.......[[[[..))))......]]]]........]]]]]]..(((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))..........
New CC  sens: 0.529, New CC  ppv: 0.621, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -33.44
New CC  F-measure-avg: 0.624, New CC  F-measure-best: 0.812, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL
AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC
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Energy of known structure: -39.86
Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -44.42
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.816, New CC  F-measure: 0.861, New CC  Energy: -44.42
(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
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(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.939, New CC  F-measure: 0.925, New CC  Energy: -40.74
(((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
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(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.844, New CC  F-measure: 0.818, New CC  Energy: -39.97
(((((((((.......(((....)))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).)))))))))..
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(((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........)))))))))..
New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.389, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -38.80
(((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
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(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.750, New CC  F-measure: 0.771, New CC  Energy: -38.45
.(((((..........)))))...((((.(((((((......(((((((..(((((....)))))))).))))......((((.((....))))))))))..)))..)))).........
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(((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).)))))))))..
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(((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
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(((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).)))((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....)))))))))..
New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.567, New CC  Energy: -36.96
(((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.833, New CC  F-measure: 0.781, New CC  Energy: -36.93
(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.900, New CC  F-measure: 0.844, New CC  Energy: -36.87
.((((.((((......(((....)))....)))).))))..((((....))))....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...))))....
New CC  sens: 0.353, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.358, New CC  Energy: -36.59
(((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........)))))))))..
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New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.533, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -36.28
(((((((((....((.(((....)))...))..((((((...(((((((..(((((....)))))))).))))........)))))).(((.((....)).))).....)))))))))..
New CC  sens: 0.265, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.254, New CC  Energy: -35.95
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New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.516, New CC  F-measure: 0.492, New CC  Energy: -35.78
New CC  F-measure-avg: 0.663, New CC  F-measure-best: 0.925, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL
GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU
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Energy of known structure: -46.01
Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -50.67
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.845, New CC  Energy: -50.67
(((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).)))))))))..
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(((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.838, New CC  F-measure: 0.873, New CC  Energy: -49.59
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.171, New CC  F-measure: 0.174, New CC  Energy: -47.92
(((((((((.......(((....))).....((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.306, New CC  F-measure: 0.314, New CC  Energy: -47.80
(((((((((.................(((((.((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....))))))))))....))))))))))))))..
New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.429, New CC  F-measure: 0.435, New CC  Energy: -47.78
(((((((((......(((((....((..((((((......))..))))..)).....)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.857, New CC  F-measure: 0.870, New CC  Energy: -47.59
(((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.507, New CC  Energy: -47.53
.((((((.....((....))...))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....)))))..
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -47.24
(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.939, New CC  F-measure: 0.925, New CC  Energy: -46.89
(((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).))).((((.......))))]]]]]].......(((((....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.543, New CC  F-measure: 0.551, New CC  Energy: -46.76
(((((((((..........(((((((.((((..((((..((.....(((......)))..))))))))))....)))))))...((....))..(((((....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.306, New CC  F-measure: 0.314, New CC  Energy: -46.74
(((((((((...........((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.486, New CC  F-measure: 0.493, New CC  Energy: -46.54
.((((((................))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....)))))..
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -45.83
(((((((((....((.(.((....)).).)).((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....)))))))))).........)))))))))..
New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.429, New CC  F-measure: 0.435, New CC  Energy: -45.05
(((((((((......(((((...........[[[[[[.....[[[[[[.........))))).....]]]]]].....]]]]]]((....))..(((((....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.485, New CC  F-measure: 0.478, New CC  Energy: -45.02
(((((((((....((.(.((....)).).))..((((((...((((((...(((((....)))))..))))))........)))))).......(((((....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.265, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.257, New CC  Energy: -44.95
(((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.968, New CC  F-measure: 0.923, New CC  Energy: -44.89
(((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.507, New CC  Energy: -44.84
(((((((((.......(((....))).((((((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.314, New CC  F-measure: 0.319, New CC  Energy: -44.60
New CC  F-measure-avg: 0.476, New CC  F-measure-best: 0.925, New CC  best-subopt: 9, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL
GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU
(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).)))))))))..
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Energy of known structure: -42.76
Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -51.85
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.756, New CC  F-measure: 0.827, New CC  Energy: -51.85
(((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.816, New CC  F-measure: 0.861, New CC  Energy: -50.22
(((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.853, New CC  ppv: 0.763, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -49.79
(((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((........((.(((....))))).......))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.853, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.829, New CC  Energy: -48.22
(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.886, New CC  F-measure: 0.899, New CC  Energy: -47.15
(((((((((........(((((.....((((......((((....)))).......)))).)))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.528, New CC  F-measure: 0.543, New CC  Energy: -46.37
(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((........((.(((....))))).......))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.939, New CC  F-measure: 0.925, New CC  Energy: -45.58
(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.853, New CC  ppv: 0.879, New CC  F-measure: 0.866, New CC  Energy: -45.15
((.....))....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((..((((((((((..((....)).(....)....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.378, New CC  F-measure: 0.394, New CC  Energy: -44.95
(((((((((..................((((((((..((((....)))).........))))))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.543, New CC  F-measure: 0.551, New CC  Energy: -44.85
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New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.412, New CC  F-measure: 0.412, New CC  Energy: -44.65
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New CC  sens: 0.647, New CC  ppv: 0.629, New CC  F-measure: 0.638, New CC  Energy: -44.39
......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(.(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..))))))).)....)))).
New CC  sens: 0.588, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.580, New CC  Energy: -44.10
(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((........((.(((....))))).......))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.853, New CC  ppv: 0.935, New CC  F-measure: 0.892, New CC  Energy: -43.58
((.....))......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(((((((..((((((((((..((....)).(....)....)))))))))))))))))
New CC  sens: 0.353, New CC  ppv: 0.324, New CC  F-measure: 0.338, New CC  Energy: -43.45
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New CC  sens: 0.647, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.657, New CC  Energy: -42.82
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New CC  sens: 0.588, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.597, New CC  Energy: -42.39
(((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))....(((....))).((.(((....)))))((((....))))..)))))))))..
New CC  sens: 0.765, New CC  ppv: 0.684, New CC  F-measure: 0.722, New CC  Energy: -42.15
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New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.400, New CC  F-measure: 0.406, New CC  Energy: -42.04
New CC  F-measure-avg: 0.671, New CC  F-measure-best: 0.925, New CC  best-subopt: 6, New CC  num-subopt: 18

> SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL
GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU
(((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
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Energy of known structure: -43.51
Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -53.00
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.268, New CC  F-measure: 0.293, New CC  Energy: -53.00
(((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.282, New CC  F-measure: 0.301, New CC  Energy: -52.25
(((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.306, New CC  F-measure: 0.314, New CC  Energy: -50.67
(((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).((...)).)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....))))))))))))))..
New CC  sens: 0.353, New CC  ppv: 0.343, New CC  F-measure: 0.348, New CC  Energy: -50.44
(((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.324, New CC  F-measure: 0.324, New CC  Energy: -49.92
(((((((((....(((.((((..((.((((((..((....))..))))..))))..)))).).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.822, New CC  Energy: -49.84
(((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..)))))))))..
New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.471, New CC  F-measure: 0.471, New CC  Energy: -49.75
(((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....))))))))))))))..
New CC  sens: 0.353, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.358, New CC  Energy: -49.69
(((((((((.........((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).)))).........((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.314, New CC  F-measure: 0.319, New CC  Energy: -48.70
(((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..)))))))))..
New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.471, New CC  F-measure: 0.471, New CC  Energy: -48.10
(((((((((....((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........))))..((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.333, New CC  F-measure: 0.328, New CC  Energy: -48.01
(((((((((....((((....................((((....)))).(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.333, New CC  F-measure: 0.328, New CC  Energy: -46.55
(((((((((.................((((.......((((....)))).........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.567, New CC  F-measure: 0.531, New CC  Energy: -46.34
(((((((((.................(((((((((..((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.379, New CC  F-measure: 0.349, New CC  Energy: -46.25
(((((((((.......................((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.265, New CC  ppv: 0.265, New CC  F-measure: 0.265, New CC  Energy: -46.20
(((((((((.......(((((................((((....)))).(((((.((((......)))).))))).((..(.(((....))).)..)).....))))))))))))))..
New CC  sens: 0.353, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.358, New CC  Energy: -45.99
(((((((((.......(((((....((..((....))..)).((((((..(((((.((((......)))).)))))........((....))..))))))....))))))))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.314, New CC  F-measure: 0.319, New CC  Energy: -45.49
(((((((((....((((...........((((............))))..(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.441, New CC  ppv: 0.455, New CC  F-measure: 0.448, New CC  Energy: -44.64
(((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.324, New CC  ppv: 0.379, New CC  F-measure: 0.349, New CC  Energy: -44.60
(((((((((.......((((((...............((((....))))............))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..)))))))))..
New CC  sens: 0.471, New CC  ppv: 0.516, New CC  F-measure: 0.492, New CC  Energy: -44.28
New CC  F-measure-avg: 0.389, New CC  F-measure-best: 0.822, New CC  best-subopt: 5, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa
GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC
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Energy of known structure: -38.16
Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -42.94
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.795, New CC  F-measure: 0.849, New CC  Energy: -42.94
(((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.845, New CC  Energy: -40.94
(((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.818, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -40.59
(((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.771, New CC  F-measure: 0.783, New CC  Energy: -40.19
(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.912, New CC  ppv: 0.912, New CC  F-measure: 0.912, New CC  Energy: -40.02
(((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.714, New CC  F-measure: 0.725, New CC  Energy: -39.12
(((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.758, New CC  F-measure: 0.746, New CC  Energy: -38.51
(((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.765, New CC  ppv: 0.788, New CC  F-measure: 0.776, New CC  Energy: -38.19
(((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.882, New CC  ppv: 0.938, New CC  F-measure: 0.909, New CC  Energy: -38.02
(((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).
New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.781, New CC  F-measure: 0.758, New CC  Energy: -37.68
(((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).)))((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....))))))))).
New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.567, New CC  Energy: -37.36
(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.794, New CC  ppv: 0.900, New CC  F-measure: 0.844, New CC  Energy: -37.27
(((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.618, New CC  ppv: 0.677, New CC  F-measure: 0.646, New CC  Energy: -36.37
(((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]...........((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.618, New CC  ppv: 0.778, New CC  F-measure: 0.689, New CC  Energy: -35.83
(((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.618, New CC  ppv: 0.724, New CC  F-measure: 0.667, New CC  Energy: -35.76
(((((((((.............((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....))))))))).
New CC  sens: 0.382, New CC  ppv: 0.406, New CC  F-measure: 0.394, New CC  Energy: -35.57
(((((((((....((.((......))...)).(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).
New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.424, New CC  F-measure: 0.418, New CC  Energy: -35.55
(((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.765, New CC  ppv: 0.929, New CC  F-measure: 0.839, New CC  Energy: -35.27
(((((((((.......((......))..((((............))))....((((....)))).(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).
New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.758, New CC  F-measure: 0.746, New CC  Energy: -34.74
(((((((((....((((.....((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]].......))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.382, New CC  ppv: 0.419, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -34.69
New CC  F-measure-avg: 0.716, New CC  F-measure-best: 0.912, New CC  best-subopt: 4, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa
GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC
(((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).
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Energy of known structure: -31.08
Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -49.27
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.538, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -49.27
(((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.568, New CC  F-measure: 0.600, New CC  Energy: -48.66
(((((((((...((((((((........((((.[[[[.......))))..............]]]]...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.636, New CC  F-measure: 0.636, New CC  Energy: -47.73
(((((((((...((((((((..((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]]...((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.394, New CC  ppv: 0.351, New CC  F-measure: 0.371, New CC  Energy: -45.92
(((((((((...((((((((...(((..((((((......))..))))..)))....(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.548, New CC  Energy: -44.90
(((((((((...((((((((........((((............)))).......((.(((((......))))))).((((((.((....))))))))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.583, New CC  F-measure: 0.609, New CC  Energy: -44.89
(((((((((...((((((((.............((((....((((....)))).........))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.515, New CC  Energy: -43.47
(((((((((...((((((((........((((.[[[[[[.....)))).........(((((...((....)))))))...]]]]]]...((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.394, New CC  ppv: 0.361, New CC  F-measure: 0.377, New CC  Energy: -43.41
(((((((((...((((((((.............((((((..((((....))))....(((((...((....)))))))...))))))...((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.261, New CC  Energy: -43.10
(((((((((...((((((((........((((............)))).........(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.588, New CC  Energy: -42.99
(((((((((...((((((((.....((((...[[[[[.....((((((....((((....))))..)).))))............))))......]]]]].))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.261, New CC  Energy: -42.88
(((((((((...((((((((............(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.424, New CC  ppv: 0.378, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -42.67
(((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((....((((....))))..)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.257, New CC  Energy: -42.24
(((((((((....((((.(((..(((..((((((......))..))))..)))...))).)))).((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).
New CC  sens: 0.788, New CC  ppv: 0.743, New CC  F-measure: 0.765, New CC  Energy: -42.00
(((((((((...((((((((.....((((...[[[[[....((((....))))....(((((...((....))))))).......))))......]]]]].))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.257, New CC  Energy: -41.93
(((((((((...((((((((.............((((((...((((((....((((....))))..)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.257, New CC  F-measure: 0.265, New CC  Energy: -41.75
(((((((((...((((((((.....((((.............((((((....((((....))))..)).))))....[[[[[[..))))...]]]]]]...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.405, New CC  F-measure: 0.429, New CC  Energy: -41.49
(((((((((...((((((((.............((((....((((....))))....[[[[[)))).......]]]]](((((.((....)))))))....))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.432, New CC  F-measure: 0.457, New CC  Energy: -41.34
(((((((((...((((((((............(((((....((((....))))....(((((...((....)))))))..(((.((....)))))))))).))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.424, New CC  ppv: 0.368, New CC  F-measure: 0.394, New CC  Energy: -41.32
(((((((((...((((((((..((((((.....[[[[[[..((((....))))....))))))..((....))........]]]]]]...((....))...))))))))))))))))).
New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.257, New CC  Energy: -41.06
New CC  F-measure-avg: 0.442, New CC  F-measure-best: 0.765, New CC  best-subopt: 13, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL
GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU
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Energy of known structure: -40.11
Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -49.10
New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.231, New CC  F-measure: 0.243, New CC  Energy: -49.10
(((((((((....(.((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.711, New CC  F-measure: 0.740, New CC  Energy: -48.94
(((((((((................((((.((((....(((((((((((.(((....))).))))...))))))).....)))).))))...((((((.....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.250, New CC  Energy: -47.27
(((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.237, New CC  F-measure: 0.247, New CC  Energy: -42.09
(((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))....((.(((....))).))..((....))((((((.....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.600, New CC  ppv: 0.568, New CC  F-measure: 0.583, New CC  Energy: -42.00
(((((((((...........((.(((....))).)).........((((.(((....))).))))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.486, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.493, New CC  Energy: -41.19
(((((((((.......((.((....)).))......(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))......((....)).(((((.....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.314, New CC  ppv: 0.306, New CC  F-measure: 0.310, New CC  Energy: -39.70
(((((((((................((((.((((...........((((.(((....))).))))...............)))).))))...((((((.....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.257, New CC  ppv: 0.300, New CC  F-measure: 0.277, New CC  Energy: -39.32
New CC  F-measure-avg: 0.393, New CC  F-measure-best: 0.740, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 7

> SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL
GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU
(((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).)))))))))..
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Energy of known structure: -37.31
Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -42.20
New CC  sens: 0.909, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.833, New CC  Energy: -42.20
(((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.909, New CC  ppv: 0.833, New CC  F-measure: 0.870, New CC  Energy: -40.61
(((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....)))))))))))))))..
New CC  sens: 0.879, New CC  ppv: 0.784, New CC  F-measure: 0.829, New CC  Energy: -40.20
(((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.879, New CC  ppv: 0.853, New CC  F-measure: 0.866, New CC  Energy: -38.61
(((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.909, New CC  ppv: 0.938, New CC  F-measure: 0.923, New CC  Energy: -38.19
(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.788, New CC  ppv: 0.788, New CC  F-measure: 0.788, New CC  Energy: -37.75
(((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.788, New CC  ppv: 0.743, New CC  F-measure: 0.765, New CC  Energy: -37.35
(((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.774, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -36.83
(((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.788, New CC  ppv: 0.788, New CC  F-measure: 0.788, New CC  Energy: -36.74
(((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.879, New CC  ppv: 0.967, New CC  F-measure: 0.921, New CC  Energy: -36.19
(((((((((...........(((([[[[((((.{{{{.......))))..))))...]]]].}}}}((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.649, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -36.09
(((((((((...........((((....((((.[[[[.......))))..))))........]]]]((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.727, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -35.98
(((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.758, New CC  F-measure: 0.758, New CC  Energy: -35.35
(((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......))))))))))))))..
New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.774, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -35.09
(((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........)))))))))..
New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.781, New CC  Energy: -34.74
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New CC  sens: 0.273, New CC  ppv: 0.273, New CC  F-measure: 0.273, New CC  Energy: -34.73
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New CC  sens: 0.606, New CC  ppv: 0.606, New CC  F-measure: 0.606, New CC  Energy: -34.59
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.774, New CC  F-measure: 0.750, New CC  Energy: -34.49
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.828, New CC  F-measure: 0.774, New CC  Energy: -34.48
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New CC  sens: 0.788, New CC  ppv: 0.897, New CC  F-measure: 0.839, New CC  Energy: -34.32
New CC  F-measure-avg: 0.764, New CC  F-measure-best: 0.923, New CC  best-subopt: 4, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL
GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU
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Energy of known structure: -40.06
Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -44.92
New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.167, New CC  F-measure: 0.171, New CC  Energy: -44.92
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.176, New CC  F-measure: 0.176, New CC  Energy: -41.04
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New CC  sens: 0.588, New CC  ppv: 0.588, New CC  F-measure: 0.588, New CC  Energy: -39.93
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New CC  sens: 0.529, New CC  ppv: 0.581, New CC  F-measure: 0.554, New CC  Energy: -39.16
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New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.452, New CC  Energy: -38.83
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New CC  sens: 0.235, New CC  ppv: 0.250, New CC  F-measure: 0.242, New CC  Energy: -38.81
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.167, New CC  F-measure: 0.171, New CC  Energy: -38.80
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New CC  sens: 0.647, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.657, New CC  Energy: -38.61
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New CC  sens: 0.588, New CC  ppv: 0.645, New CC  F-measure: 0.615, New CC  Energy: -38.61
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New CC  sens: 0.235, New CC  ppv: 0.229, New CC  F-measure: 0.232, New CC  Energy: -38.07
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.176, New CC  F-measure: 0.176, New CC  Energy: -38.02
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New CC  sens: 0.559, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.567, New CC  Energy: -38.00
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New CC  sens: 0.235, New CC  ppv: 0.258, New CC  F-measure: 0.246, New CC  Energy: -37.92
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.194, New CC  F-measure: 0.185, New CC  Energy: -37.81
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New CC  sens: 0.176, New CC  ppv: 0.188, New CC  F-measure: 0.182, New CC  Energy: -37.50
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New CC  sens: 0.412, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.452, New CC  Energy: -37.43
New CC  F-measure-avg: 0.416, New CC  F-measure-best: 0.812, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL
GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU
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Energy of known structure: -44.21
Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -52.66
New CC  sens: 0.943, New CC  ppv: 0.846, New CC  F-measure: 0.892, New CC  Energy: -52.66
(((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
New CC  sens: 0.943, New CC  ppv: 0.892, New CC  F-measure: 0.917, New CC  Energy: -50.39
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.842, New CC  F-measure: 0.877, New CC  Energy: -50.06
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New CC  sens: 0.886, New CC  ppv: 0.886, New CC  F-measure: 0.886, New CC  Energy: -48.39
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.821, New CC  F-measure: 0.865, New CC  Energy: -48.26
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.889, New CC  F-measure: 0.901, New CC  Energy: -47.79
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New CC  sens: 0.943, New CC  ppv: 0.943, New CC  F-measure: 0.943, New CC  Energy: -47.48
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.865, New CC  F-measure: 0.889, New CC  Energy: -45.99
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New CC  sens: 0.886, New CC  ppv: 0.939, New CC  F-measure: 0.912, New CC  Energy: -45.48
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New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.556, New CC  F-measure: 0.563, New CC  Energy: -45.25
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.941, New CC  F-measure: 0.928, New CC  Energy: -44.88
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New CC  sens: 0.914, New CC  ppv: 0.914, New CC  F-measure: 0.914, New CC  Energy: -43.08
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New CC  sens: 0.857, New CC  ppv: 0.857, New CC  F-measure: 0.857, New CC  Energy: -42.79
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New CC  sens: 0.314, New CC  ppv: 0.306, New CC  F-measure: 0.310, New CC  Energy: -42.62
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New CC  sens: 0.686, New CC  ppv: 0.706, New CC  F-measure: 0.696, New CC  Energy: -42.56
New CC  F-measure-avg: 0.773, New CC  F-measure-best: 0.943, New CC  best-subopt: 6, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC
GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU
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Energy of known structure: -46.65
Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -47.55
New CC  sens: 0.972, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.986, New CC  Energy: -47.55
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New CC  sens: 0.917, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.957, New CC  Energy: -41.42
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.730, New CC  F-measure: 0.740, New CC  Energy: -41.40
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New CC  sens: 0.861, New CC  ppv: 0.886, New CC  F-measure: 0.873, New CC  Energy: -41.25
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New CC  sens: 0.889, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.941, New CC  Energy: -41.20
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New CC  sens: 0.889, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.941, New CC  Energy: -40.95
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New CC  sens: 0.694, New CC  ppv: 0.714, New CC  F-measure: 0.704, New CC  Energy: -40.60
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New CC  sens: 0.778, New CC  ppv: 0.848, New CC  F-measure: 0.812, New CC  Energy: -38.80
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New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.906, New CC  F-measure: 0.853, New CC  Energy: -38.15
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New CC  sens: 0.694, New CC  ppv: 0.735, New CC  F-measure: 0.714, New CC  Energy: -38.10
New CC  F-measure-avg: 0.852, New CC  F-measure-best: 0.986, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 9

> SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI
CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG
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Energy of known structure: -63.90
Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -72.00
New CC  sens: 0.875, New CC  ppv: 0.921, New CC  F-measure: 0.897, New CC  Energy: -72.00
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.714, New CC  F-measure: 0.732, New CC  Energy: -70.00
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New CC  sens: 0.800, New CC  ppv: 0.821, New CC  F-measure: 0.810, New CC  Energy: -69.80
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New CC  sens: 0.825, New CC  ppv: 0.917, New CC  F-measure: 0.868, New CC  Energy: -69.06
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New CC  sens: 0.675, New CC  ppv: 0.675, New CC  F-measure: 0.675, New CC  Energy: -68.30
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.779, New CC  Energy: -67.26
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New CC  sens: 0.700, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -62.99
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New CC  sens: 0.675, New CC  ppv: 0.675, New CC  F-measure: 0.675, New CC  Energy: -62.45
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New CC  sens: 0.625, New CC  ppv: 0.658, New CC  F-measure: 0.641, New CC  Energy: -61.10
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New CC  sens: 0.625, New CC  ppv: 0.658, New CC  F-measure: 0.641, New CC  Energy: -60.79
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New CC  sens: 0.650, New CC  ppv: 0.743, New CC  F-measure: 0.693, New CC  Energy: -60.05
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New CC  sens: 0.575, New CC  ppv: 0.657, New CC  F-measure: 0.613, New CC  Energy: -59.44
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.513, New CC  F-measure: 0.506, New CC  Energy: -59.29
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New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.769, New CC  F-measure: 0.759, New CC  Energy: -58.88
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New CC  sens: 0.575, New CC  ppv: 0.639, New CC  F-measure: 0.605, New CC  Energy: -58.25
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New CC  sens: 0.825, New CC  ppv: 0.805, New CC  F-measure: 0.815, New CC  Energy: -57.86
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New CC  sens: 0.625, New CC  ppv: 0.658, New CC  F-measure: 0.641, New CC  Energy: -57.80
New CC  F-measure-avg: 0.711, New CC  F-measure-best: 0.897, New CC  best-subopt: 0, New CC  num-subopt: 16

> SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS
GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA
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Energy of known structure: -48.01
Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -63.43
New CC  sens: 0.723, New CC  ppv: 0.680, New CC  F-measure: 0.701, New CC  Energy: -63.43
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> SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL
AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC
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Energy of known structure: -11.22
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New CC  sens: 0.743, New CC  ppv: 0.520, New CC  F-measure: 0.612, New CC  Energy: -45.35
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New CC  sens: 0.229, New CC  ppv: 0.157, New CC  F-measure: 0.186, New CC  Energy: -45.23
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New CC  sens: 0.314, New CC  ppv: 0.216, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -44.93
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New CC  sens: 0.314, New CC  ppv: 0.216, New CC  F-measure: 0.256, New CC  Energy: -44.93
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New CC  sens: 0.457, New CC  ppv: 0.302, New CC  F-measure: 0.364, New CC  Energy: -44.37
New CC  F-measure-avg: 0.310, New CC  F-measure-best: 0.612, New CC  best-subopt: 13, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL
AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU
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Energy of known structure: -23.62
Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.609, Initial F-measure: 0.718, Initial Energy: -43.50
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New CC  sens: 0.875, New CC  ppv: 0.636, New CC  F-measure: 0.737, New CC  Energy: -43.30
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New CC  sens: 0.719, New CC  ppv: 0.469, New CC  F-measure: 0.568, New CC  Energy: -41.70
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New CC  sens: 0.812, New CC  ppv: 0.591, New CC  F-measure: 0.684, New CC  Energy: -39.85
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.327, New CC  F-measure: 0.395, New CC  Energy: -39.50
((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).((((((.......((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))..)))))).......
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.340, New CC  F-measure: 0.405, New CC  Energy: -39.30
((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........)))))))))))).......
New CC  sens: 0.812, New CC  ppv: 0.553, New CC  F-measure: 0.658, New CC  Energy: -39.22
((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).((((((.......((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))..)))))).......
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.308, New CC  F-measure: 0.381, New CC  Energy: -38.87
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New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.320, New CC  F-measure: 0.390, New CC  Energy: -38.50
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New CC  sens: 0.625, New CC  ppv: 0.444, New CC  F-measure: 0.519, New CC  Energy: -38.30
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New CC  sens: 0.656, New CC  ppv: 0.447, New CC  F-measure: 0.532, New CC  Energy: -38.05
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New CC  sens: 0.625, New CC  ppv: 0.488, New CC  F-measure: 0.548, New CC  Energy: -37.50
((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).(((((((((.......((((((..............(((((....)))))........))))))....)))))))))
New CC  sens: 0.656, New CC  ppv: 0.420, New CC  F-measure: 0.512, New CC  Energy: -37.42
New CC  F-measure-avg: 0.566, New CC  F-measure-best: 0.737, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=RFA_00612; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U22350.1/211-52; ORGANISM=NULL
UUAUACCCGCAAAUUCAUUCAGGUCUGUAAUAGAUCUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAAAUAUUACCUUCACCAAUUAGGUAUAAUCAAUGGUAUCGCGGGACAAAAGACUAUCGACAUUUGGUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUU
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Energy of known structure: -21.85
Initial sens: 0.848, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -33.88
New CC  sens: 0.848, New CC  ppv: 0.757, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -33.88
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New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.400, New CC  F-measure: 0.438, New CC  Energy: -33.27
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New CC  sens: 0.818, New CC  ppv: 0.771, New CC  F-measure: 0.794, New CC  Energy: -32.50
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New CC  sens: 0.485, New CC  ppv: 0.410, New CC  F-measure: 0.444, New CC  Energy: -31.98
.....(((((.........((((((((...))))))))...............................(((((..[[[[...))))).......]]]]...))))).............(((((((((((.......))))...)))))))........
New CC  sens: 0.576, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.576, New CC  Energy: -31.33
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.649, New CC  F-measure: 0.686, New CC  Energy: -31.22
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New CC  sens: 0.758, New CC  ppv: 0.758, New CC  F-measure: 0.758, New CC  Energy: -31.07
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New CC  sens: 0.727, New CC  ppv: 0.686, New CC  F-measure: 0.706, New CC  Energy: -29.55
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> SSTRAND_ID=RFA_00630; TYPE=RNase E 5 UTR; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00040 AL627269.1/129570-129907; ORGANISM=NULL
UUUCCGCACCGAAACUUGUUAAAACAAAAAGUUUAGCGGAAUAACCCAUUUUGUCUGACCGAUCAUCAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUUUUUCAGACAGU
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> SSTRAND_ID=RFA_00782; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 AF033811.1/112-12; ORGANISM=NULL
GUCGGUACUAGUUAGCUAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC
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> SSTRAND_ID=RFA_00787; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 J02266.1/818-718; ORGANISM=NULL
GUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCAGGGAGACGUCCCAGGGAC
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Energy of known structure: -34.15
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.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).)))..
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New CC  sens: 0.742, New CC  ppv: 0.742, New CC  F-measure: 0.742, New CC  Energy: -34.09
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New CC  sens: 0.645, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.656, New CC  Energy: -31.97
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New CC  sens: 0.613, New CC  ppv: 0.655, New CC  F-measure: 0.633, New CC  Energy: -31.85
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New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.833, New CC  F-measure: 0.820, New CC  Energy: -30.80
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New CC  sens: 0.710, New CC  ppv: 0.733, New CC  F-measure: 0.721, New CC  Energy: -30.70
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New CC  sens: 0.516, New CC  ppv: 0.571, New CC  F-measure: 0.542, New CC  Energy: -30.53
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New CC  sens: 0.581, New CC  ppv: 0.562, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -30.00
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> SSTRAND_ID=RFA_00792; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M26526.1/755-655; ORGANISM=NULL
GCCUGUACUAGUUGGCUGACUAGACCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGGAGUUCCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC
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Energy of known structure: -37.85
Initial sens: 0.938, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -39.90
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New CC  sens: 0.938, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.968, New CC  Energy: -39.40
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New CC  sens: 0.938, New CC  ppv: 0.938, New CC  F-measure: 0.938, New CC  Energy: -39.40
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New CC  sens: 0.844, New CC  ppv: 0.818, New CC  F-measure: 0.831, New CC  Energy: -36.55
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New CC  sens: 0.844, New CC  ppv: 0.931, New CC  F-measure: 0.885, New CC  Energy: -36.05
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New CC  sens: 0.844, New CC  ppv: 0.871, New CC  F-measure: 0.857, New CC  Energy: -36.05
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New CC  sens: 0.250, New CC  ppv: 0.276, New CC  F-measure: 0.262, New CC  Energy: -35.80
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.581, New CC  F-measure: 0.571, New CC  Energy: -34.05
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.562, New CC  F-measure: 0.562, New CC  Energy: -33.75
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New CC  sens: 0.812, New CC  ppv: 0.867, New CC  F-measure: 0.839, New CC  Energy: -33.60
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.621, New CC  F-measure: 0.590, New CC  Energy: -33.55
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.667, New CC  F-measure: 0.610, New CC  Energy: -33.55
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New CC  sens: 0.719, New CC  ppv: 0.852, New CC  F-measure: 0.780, New CC  Energy: -33.30
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New CC  sens: 0.719, New CC  ppv: 0.793, New CC  F-measure: 0.754, New CC  Energy: -33.30
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.643, New CC  F-measure: 0.600, New CC  Energy: -33.25
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New CC  sens: 0.562, New CC  ppv: 0.600, New CC  F-measure: 0.581, New CC  Energy: -33.25
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New CC  sens: 0.438, New CC  ppv: 0.438, New CC  F-measure: 0.438, New CC  Energy: -32.85
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> SSTRAND_ID=RFA_00794; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M93134.1/374-274; ORGANISM=NULL
GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUAGAACUGACGAGUUCGGGAUACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC
..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
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Energy of known structure: -39.25
Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -42.05
New CC  sens: 0.594, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.585, New CC  Energy: -42.05
.......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....))))))))..
New CC  sens: 0.781, New CC  ppv: 0.862, New CC  F-measure: 0.820, New CC  Energy: -41.25
....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
New CC  sens: 0.750, New CC  ppv: 0.706, New CC  F-measure: 0.727, New CC  Energy: -40.90
.......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
New CC  sens: 0.938, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.968, New CC  Energy: -40.10
((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....))))))))..
New CC  sens: 0.594, New CC  ppv: 0.528, New CC  F-measure: 0.559, New CC  Energy: -39.80
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New CC  sens: 0.594, New CC  ppv: 0.655, New CC  F-measure: 0.623, New CC  Energy: -39.25
((((((((.((((((....))))))..)).....))))))..(((((.(((((....)))))(((...))).)))))..((((((((....))))))))..
New CC  sens: 0.406, New CC  ppv: 0.371, New CC  F-measure: 0.388, New CC  Energy: -38.70
(((.((((.((((((....))))))..))))..)))....(((.((((...((((.....))))..)))))))......((((((((....))))))))..
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((((((...((((((....))))))..[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....))))))))..
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.........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
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((((((.((((((....))))))...........))))))..(((((.(((((....)))))(((...))).)))))..((((((((....))))))))..
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....((((.(((((([[[[))))))..))))...((((..(((.((((............]]]]..)))))))))))..((((((((....))))))))..
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((((((...((((((....)))))).........))))))..(((((.(((((....)))))(((...))).)))))..((((((((....))))))))..
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............((((((.........((((((..(((((.(((((.....)).))).))))))))))).))))))...((((((((....))))))))..
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(((.((((.((((((....))))))..))))..)))....(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....))))))))..
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.......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.((((...((((.....))))..)))))))......((((((((....))))))))..
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(((.((.(((.(.(((((.((((........))))))).))...).))).)).)))....(((((...)))))......((((((((....))))))))..
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((((((...((((((....)))))).........))))))(((.((((...((((.....))))..)))))))......((((((((....))))))))..
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> SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL
AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC
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Energy of known structure: -26.10
Initial sens: 0.548, Initial ppv: 0.515, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -36.67
New CC  sens: 0.548, New CC  ppv: 0.515, New CC  F-measure: 0.531, New CC  Energy: -36.67
.((((..((((((....))))))...........(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}}
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.......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).)))
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.......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).)))
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(((((...(((....)))..))))).........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).)))
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.......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........)))))).(((((((((....)))))).)))
New CC  sens: 0.742, New CC  ppv: 0.885, New CC  F-measure: 0.807, New CC  Energy: -30.50
(((((...(((....)))..))))).........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).)))
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.......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...)))))))))))....((((((....))))))....
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.((((..((((((....))))))...........(((((.........(((((....)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]]......))))}}}
New CC  sens: 0.548, New CC  ppv: 0.586, New CC  F-measure: 0.567, New CC  Energy: -27.45
........(((....))).((((((....))))))((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((((((((....)))))).)))
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.......((((((....)))))).((((......(((((.........(((((....)))))...[[[[[[))))).....]]]]]]......))))...
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.......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).))))))....((((((....))))))....
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.((((..((((((....))))))...........(((((.........(((((....)))))...[[[[[[))))).....]]]]]]......))))...
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.......((((((....)))))).((((......(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).......(....)....))))...
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.......((((((....))))))..((((.....))))...((.(((((((((....)))))...))))))......(((((((((....)))))).)))
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.((((..((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).......(....)....))))...
New CC  sens: 0.677, New CC  ppv: 0.778, New CC  F-measure: 0.724, New CC  Energy: -26.70
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> SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL
GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC
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....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....))))))))..
Energy of known structure: -32.50
Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -39.70
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((((((..(((..(((......))))))......))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....))))))))..
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((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....))))))))..
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((((((..(((..(((......))))))......))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....))))))))..
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....((((.((..(((......)))))))))...((((......(((((((((....)))))....))))...))))..((((((((....))))))))..
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....((((.((..(((......)))))))))...((((........(((((((....))))))).........))))..((((((((....))))))))..
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((.(((..(((....)))))).))(((((.....))))).(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....))))))))..
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((((((.......(((......))).........))))))....(((((((((....)))))....)))).........((((((((....))))))))..
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.............(((......))).........((((......(((((((((....)))))....))))...))))..((((((((....))))))))..
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((((((..(((..(((......))))))......))))))....(((((((((....)))))....)))).........((((((((....))))))))..
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.741, New CC  F-measure: 0.702, New CC  Energy: -32.20
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> SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL
GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU
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Energy of known structure: -36.06
Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -41.46
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(((((((((((((((..(.....)..))))....((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....
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((((((((((((((((.....(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..))))))))..)))))))))))....
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....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....)))).........(((((((((....)))))))))..........
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(((((((((((((((..(.....)..))))..(((((.....)))))...((....((((..((.(....).))..))))..))..)))))))))))....
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((((((((((((.........(((((.[[[[.(((((.....))))).....))))).............]]]]...........))))))))))))....
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((((((((((((.........(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..)))......))))))))))))....
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((((((((((((.....((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))........))))))))))))....
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((((((((((((((((.......(((((......((((....(((....)))....))))...)))))...........)))))..)))))))))))....
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((((((((((((((((.....(((((.....[[[[[[.....(((....))))))))...........]]]]]].....)))))..)))))))))))....
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(((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....))))))))))))....
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....(((((((((............)))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))......
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((((((((((((((((.((.(((...........((((....(((....)))....))))...........))).))..)))))..)))))))))))....
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(((((((((((..........(((((......(((((.....))))).....))))).....((((..((((...))))...)))))))))))))))....
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> SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL
AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA
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Energy of known structure: -35.59
Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -39.29
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((((((((((((((.(((((..((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...))))))....)))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.974, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.987, New CC  Energy: -37.94
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))).
New CC  sens: 0.447, New CC  ppv: 0.486, New CC  F-measure: 0.466, New CC  Energy: -37.76
((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((......))(((....))).........)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
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((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.528, New CC  F-measure: 0.514, New CC  Energy: -36.05
((((((((((((((.(((((...((((.......))))..........(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.579, New CC  ppv: 0.647, New CC  F-measure: 0.611, New CC  Energy: -35.05
((((((((((((((.(((((...((((...(((..((.((......))))..)))...))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))).
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((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..(((((....)))))...............)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.789, New CC  ppv: 0.811, New CC  F-measure: 0.800, New CC  Energy: -34.33
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))).
New CC  sens: 0.447, New CC  ppv: 0.531, New CC  F-measure: 0.486, New CC  Energy: -34.26
((((((((((((((.(((((...((((.......))))((......))(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))).
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((((((((((((((...((((..((((...(((..((.((......))))..)))...))))..)))).........(((.....))).....)))))))))))))).
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((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))..(.((((.............))))).......)))))))))))))).
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((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))).
New CC  sens: 0.368, New CC  ppv: 0.424, New CC  F-measure: 0.394, New CC  Energy: -33.90
((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......((((.............))))........)))))))))))))).
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((((((((((((((...((((..............)))).((......(((....))).(((..(((((.......))))).))).)).....)))))))))))))).
New CC  sens: 0.447, New CC  ppv: 0.548, New CC  F-measure: 0.493, New CC  Energy: -33.73
((((((((((((((.(((((................((((.......))))........(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.613, New CC  F-measure: 0.551, New CC  Energy: -33.65
((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))...................)))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.684, New CC  ppv: 0.867, New CC  F-measure: 0.765, New CC  Energy: -33.59
((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))).
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.576, New CC  F-measure: 0.535, New CC  Energy: -33.38
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New CC  sens: 0.579, New CC  ppv: 0.647, New CC  F-measure: 0.611, New CC  Energy: -33.27
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> SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL
GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC
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Energy of known structure: -47.48
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New CC  sens: 0.735, New CC  ppv: 0.694, New CC  F-measure: 0.714, New CC  Energy: -41.69
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> SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL
GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU
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Energy of known structure: -40.64
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New CC  sens: 0.667, New CC  ppv: 0.739, New CC  F-measure: 0.701, New CC  Energy: -65.14
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New CC  sens: 0.725, New CC  ppv: 0.771, New CC  F-measure: 0.747, New CC  Energy: -60.29
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New CC  sens: 0.529, New CC  ppv: 0.614, New CC  F-measure: 0.568, New CC  Energy: -59.69
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> SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL
GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU
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Energy of known structure: -47.22
Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -54.52
New CC  sens: 0.971, New CC  ppv: 0.919, New CC  F-measure: 0.944, New CC  Energy: -54.52
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> SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL
GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU
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Energy of known structure: -49.03
Initial sens: 0.968, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -52.93
New CC  sens: 0.968, New CC  ppv: 0.938, New CC  F-measure: 0.952, New CC  Energy: -52.93
((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)).))))))...))))))))........
New CC  sens: 0.903, New CC  ppv: 0.933, New CC  F-measure: 0.918, New CC  Energy: -51.68
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New CC  sens: 0.968, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.984, New CC  Energy: -51.38
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New CC  sens: 0.774, New CC  ppv: 0.774, New CC  F-measure: 0.774, New CC  Energy: -51.03
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New CC  sens: 0.839, New CC  ppv: 0.867, New CC  F-measure: 0.852, New CC  Energy: -48.10
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New CC  sens: 0.806, New CC  ppv: 0.926, New CC  F-measure: 0.862, New CC  Energy: -47.90
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New CC  sens: 0.484, New CC  ppv: 0.625, New CC  F-measure: 0.545, New CC  Energy: -43.97
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New CC  sens: 0.742, New CC  ppv: 0.793, New CC  F-measure: 0.767, New CC  Energy: -43.83
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((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........
New CC  sens: 0.355, New CC  ppv: 0.407, New CC  F-measure: 0.379, New CC  Energy: -43.59
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New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -43.50
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New CC  sens: 0.484, New CC  ppv: 0.682, New CC  F-measure: 0.566, New CC  Energy: -42.54
New CC  F-measure-avg: 0.657, New CC  F-measure-best: 0.984, New CC  best-subopt: 2, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL
GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU
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Energy of known structure: -41.28
Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -41.53
New CC  sens: 0.939, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.969, New CC  Energy: -41.53
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New CC  sens: 0.939, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.969, New CC  Energy: -40.23
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New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.469, New CC  F-measure: 0.462, New CC  Energy: -38.93
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New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.548, New CC  F-measure: 0.531, New CC  Energy: -38.25
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New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.484, New CC  F-measure: 0.469, New CC  Energy: -38.19
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New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.393, New CC  F-measure: 0.361, New CC  Energy: -37.82
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New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.355, New CC  F-measure: 0.344, New CC  Energy: -37.82
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New CC  sens: 0.848, New CC  ppv: 1.000, New CC  F-measure: 0.918, New CC  Energy: -37.40
((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........
New CC  sens: 0.424, New CC  ppv: 0.452, New CC  F-measure: 0.438, New CC  Energy: -36.62
((((((((.((((((..((((((.(......).))).))).(((....)))........((((((...))))))....))))))..))))))))........
New CC  sens: 0.515, New CC  ppv: 0.567, New CC  F-measure: 0.540, New CC  Energy: -36.40
((((((((....(((....)))(((((((..(((....)))(((....)))........((((((...)))))).)))))))....))))))))........
New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.367, New CC  F-measure: 0.349, New CC  Energy: -36.30
((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))((((((...))))))....))))))..))))))))........
New CC  sens: 0.636, New CC  ppv: 0.778, New CC  F-measure: 0.700, New CC  Energy: -35.44
((((((((.((((((.(((((((........(((....)))(((....)))....(((.(....).))))))))))..))))))..))))))))........
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((((((((.........((((.[[[[[[[.(((((...........))))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........
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((((((((.((((((..((((....................(((....))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........
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((((((((....(((....)))(((((((.(((((...........)))))........((((((...)))))).)))))))....))))))))........
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.276, New CC  F-measure: 0.258, New CC  Energy: -33.79
((((((((.......((((((............((((....(((....)))....))))((((((...))))))......))))))))))))))........
New CC  sens: 0.455, New CC  ppv: 0.556, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -33.53
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> SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL
GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA
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Energy of known structure: -40.18
Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -40.55
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((((((((.((((((((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).....((((......)))).))))))..)))))))).......
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((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..)))))))).......
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(((((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).)))(((((.......)))))....)))))))).......
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((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).))))........))))))..)))))))).......
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((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((.....)).))))...)))).))))))..)))))))).......
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((((((((.((((((((.((((.........((((((....))))))....((((.((.....)).)))))))).)).))))))..)))))))).......
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......(((((....((..((.(((((....((((((....)))))).(((((((.((.....)).))))...))).))))).))..))))))).......
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New CC  sens: 0.424, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.459, New CC  Energy: -33.61
...((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).))...))))))...((((.(((...))).))))......
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -33.45
((((((((.......(((......)))........(((((((((....))).(((.((.....)).))).....))))))......)))))))).......
New CC  sens: 0.333, New CC  ppv: 0.440, New CC  F-measure: 0.379, New CC  Energy: -33.25
((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....)))))))).......
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.296, New CC  F-measure: 0.267, New CC  Energy: -33.09
((((((((........(((.....((((...((((((....))))))))))))).((((((((.....))))....))))......)))))))).......
New CC  sens: 0.242, New CC  ppv: 0.276, New CC  F-measure: 0.258, New CC  Energy: -32.80
......(((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).))..........((((((.....)))))).))))).......
New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -32.45
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> SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL
GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU
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((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...))))))))))))))).......
Energy of known structure: -43.71
Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -50.84
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New CC  sens: 0.000, New CC  ppv: 0.000, New CC  F-measure: 0.000, New CC  Energy: -47.35
(((((((((((..(((.((((...))))))).(((((........[[[[[[.....[[[[..{{{{..)))))...]]]]..}}}}))))))))))).]]]]]]
New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.243, New CC  F-measure: 0.261, New CC  Energy: -46.72
((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))........((((...)))).......))))))))))).......
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(((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......))).((((..((((...))))...))))))))))))))).......
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((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))........((((...))))......)))))))))))).......
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((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))..)))))))
New CC  sens: 0.219, New CC  ppv: 0.206, New CC  F-measure: 0.212, New CC  Energy: -45.69
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New CC  sens: 0.375, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.369, New CC  Energy: -45.50
....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).))).........
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((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).)))))))............)))))))))))).......
New CC  sens: 0.375, New CC  ppv: 0.400, New CC  F-measure: 0.387, New CC  Energy: -44.80
((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......)))..(((..((((...))))...))))))))))))))).......
New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.265, New CC  F-measure: 0.273, New CC  Energy: -44.75
((((((((((((((((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))......(.((((...)))).)..).)))))))))))).......
New CC  sens: 0.500, New CC  ppv: 0.500, New CC  F-measure: 0.500, New CC  Energy: -44.69
((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........)))))))
New CC  sens: 0.219, New CC  ppv: 0.233, New CC  F-measure: 0.226, New CC  Energy: -44.19
....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))...............
New CC  sens: 0.219, New CC  ppv: 0.269, New CC  F-measure: 0.241, New CC  Energy: -43.79
(((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).........((((......((....))..))))......))))))))))).......
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((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....[[[[......))))......]]]]......))))))))))).......
New CC  sens: 0.375, New CC  ppv: 0.387, New CC  F-measure: 0.381, New CC  Energy: -42.81
((((((((((((((((.....)))))..((..(((((.....)))))..)).....((((......((....))..))))......))))))))))).......
New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.310, New CC  F-measure: 0.295, New CC  Energy: -42.79
New CC  F-measure-avg: 0.327, New CC  F-measure-best: 0.516, New CC  best-subopt: 7, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL
GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC
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Energy of known structure: -50.54
Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -56.24
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(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
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((((((((..(((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....)))))..))))))))
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(((((((((((((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....)))))))))))))))
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((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....)))))..))))))))
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(((((((((((((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....)))))))))))))))
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((((((((..(((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....)))))..))))))))
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(((((((((((((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....)))))))))))))))
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((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....)))))..))))))))
New CC  sens: 0.829, New CC  ppv: 0.935, New CC  F-measure: 0.879, New CC  Energy: -49.73
(((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....)))))))))))))))
New CC  sens: 0.886, New CC  ppv: 0.939, New CC  F-measure: 0.912, New CC  Energy: -49.48
((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........)))))..))))))))
New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.806, New CC  F-measure: 0.758, New CC  Energy: -48.30
(((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........)))))))))))))))
New CC  sens: 0.771, New CC  ppv: 0.818, New CC  F-measure: 0.794, New CC  Energy: -48.05
((((((((..(((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............)))))..))))))))
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((((((((..(((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....)))))..))))))))
New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.690, New CC  F-measure: 0.625, New CC  Energy: -47.35
(((((((((((((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............)))))))))))))))
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(((((((((((((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....)))))))))))))))
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((((((((..(((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....)))))..))))))))
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((((((((..(((((.(((.((....................)).)))(((....))).(((.(.(((((....))))).).)))........)))))..))))))))
New CC  sens: 0.457, New CC  ppv: 0.533, New CC  F-measure: 0.492, New CC  Energy: -46.59
(((((((((((((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....)))))))))))))))
New CC  sens: 0.714, New CC  ppv: 0.926, New CC  F-measure: 0.806, New CC  Energy: -46.46
((((((((..(((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....)))))..))))))))
New CC  sens: 0.571, New CC  ppv: 0.741, New CC  F-measure: 0.645, New CC  Energy: -46.41
New CC  F-measure-avg: 0.802, New CC  F-measure-best: 0.958, New CC  best-subopt: 1, New CC  num-subopt: 19

> SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL
UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA
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Energy of known structure: -47.54
Initial sens: 0.316, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.324, Initial Energy: -72.74
New CC  sens: 0.316, New CC  ppv: 0.333, New CC  F-measure: 0.324, New CC  Energy: -72.74
((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.((..((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....))))..........)).)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.263, New CC  ppv: 0.263, New CC  F-measure: 0.263, New CC  Energy: -71.99
((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))).............)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.263, New CC  ppv: 0.273, New CC  F-measure: 0.268, New CC  Energy: -71.09
((((((((...((((.....)))).(((((...........[[[[[[[[[(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))))............]]]]]]]]]..))))))))
New CC  sens: 0.316, New CC  ppv: 0.327, New CC  F-measure: 0.321, New CC  Energy: -70.83
((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).))))))))
New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.276, New CC  F-measure: 0.278, New CC  Energy: -70.69
((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((((.((((((((((....))))))......)))))).)))))).(((((...)))))............)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.404, New CC  ppv: 0.383, New CC  F-measure: 0.393, New CC  Energy: -70.10
((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((((.((((((((((....))))))......)))))).)))))).(((((...)))))............)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.351, New CC  F-measure: 0.351, New CC  Energy: -69.65
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New CC  sens: 0.263, New CC  ppv: 0.288, New CC  F-measure: 0.275, New CC  Energy: -69.58
((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..)))))..(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.(((((......((((.(((....))))))).....((..(((((......)))))..)).)))))..)))))))....))))))))
New CC  sens: 0.316, New CC  ppv: 0.305, New CC  F-measure: 0.310, New CC  Energy: -69.00
((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).......((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.(((((......((((.(((....))))))).....((..(((((......)))))..)).)))))..)))))))....))))))))
New CC  sens: 0.263, New CC  ppv: 0.268, New CC  F-measure: 0.265, New CC  Energy: -67.75
((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).....................)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.316, New CC  ppv: 0.333, New CC  F-measure: 0.324, New CC  Energy: -67.65
((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((.(.((((((((((....))))))...)))).)....)))))..(((((...)))))............)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.404, New CC  ppv: 0.397, New CC  F-measure: 0.400, New CC  Energy: -67.45
(((((...((.((((.....)))))).))))).......((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....))))))))))....(((((.((((...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))...)))))))))..
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((((((((...((((.....)))).(((((.........((((((((((.(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......[[[[[[[.)))))))))).((((.(((....))))))).........]]]]]]]....))))).(((((.....))).))......))))))))
New CC  sens: 0.316, New CC  ppv: 0.310, New CC  F-measure: 0.313, New CC  Energy: -67.26
((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).....................)))))))))..))))))))
New CC  sens: 0.263, New CC  ppv: 0.294, New CC  F-measure: 0.278, New CC  Energy: -67.20
((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...(((....)))((((((.((((((((((....))))))......)))))).))))((.(((((...)))))..))........)))))))))..))))))))
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New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.364, New CC  F-measure: 0.357, New CC  Energy: -67.00
((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))...(((((...((..(((((......)))))..))........)))))......))))))))
New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.296, New CC  F-measure: 0.288, New CC  Energy: -66.99
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New CC  sens: 0.281, New CC  ppv: 0.291, New CC  F-measure: 0.286, New CC  Energy: -66.49
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New CC  sens: 0.351, New CC  ppv: 0.345, New CC  F-measure: 0.348, New CC  Energy: -66.45
New CC  F-measure-avg: 0.307, New CC  F-measure-best: 0.400, New CC  best-subopt: 11, New CC  num-subopt: 19