> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -35.65 New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.326, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -40.12 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))(((((((.........((((.......))))...(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...)).)))))..]]]]]]]]] New DP sens: 0.053, New DP ppv: 0.040, New DP F-measure: 0.045, New DP Energy: -40.08 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))...((((((..(((....)))..)))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -39.15 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))..........)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) 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New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -38.02 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -37.97 ..............((((((((......(((((....)))))[[[[[[[(((...(((.(((((..........))))).)))...)))....)))))))).....]]]]]]]....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.319, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -37.97 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........))))))............(((((((..(((....)))..))))))) 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New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.349, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -36.66 .....((((..(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.341, New DP F-measure: 0.354, New DP Energy: -36.57 New DP F-measure-avg: 0.329, New DP F-measure-best: 0.476, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -14.44 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -36.12 New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -40.13 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.347, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -39.86 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -39.03 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. 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New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -37.39 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.465, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -37.36 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....)))))))(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -37.32 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.468, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -37.02 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -36.80 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.477, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -36.68 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. 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New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -36.26 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............))))(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -36.22 New DP F-measure-avg: 0.458, New DP F-measure-best: 0.591, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -48.37 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -48.09 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -47.78 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... 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New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -46.97 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((....))).......((((((((.(((((....)))))..)))))))).................))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -46.45 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.475, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.437, New DP Energy: -46.32 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....)))))))...((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.475, New DP ppv: 0.396, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -46.01 (((........)))...(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).............(((((((....))))))).... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.57 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -45.44 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((((.((((........)))).))............((((((((.(((((....)))))..))))))))..........)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -45.34 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -45.20 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -45.07 (((((((........(((((.......)))))..((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -45.03 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((((((.............(((((.(((((....)))))..)))))))))))).............))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -44.90 ...((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....)))).))))............((((((((.(((((....)))))..)))))))).......(((((.....))))).......(((((((....))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.84 New DP F-measure-avg: 0.573, New DP F-measure-best: 0.787, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.456, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -33.93 ((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.627, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -33.88 ((((((....((((((.((((.....(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.473, New DP F-measure: 0.477, New DP Energy: -33.07 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.604, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -33.02 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...))))))).....((((.....(((..............)))......))))....)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -32.97 ((((((....((((((.((((.....(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -32.80 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..)))........(((......((.........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..))......)))...)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -32.77 ((((((....((((((.((((.............((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.352, New DP ppv: 0.396, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -32.73 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -32.71 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -32.68 ((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -32.55 ((((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))......))))).((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -32.48 ((((((....((((((..((((............((((((..........)))))).(((((((...))))))).)))).......((((......)))).......(((((...))))).......)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -32.43 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -32.28 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))............((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -32.26 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....)))((((...))))...)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -32.23 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -32.21 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -32.19 New DP F-measure-avg: 0.519, New DP F-measure-best: 0.660, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). Energy of known structure: -13.51 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -15.05 New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -18.57 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.960, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -18.25 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.75 .......(((((((((......(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -17.38 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.710, New DP F-measure: 0.786, New DP Energy: -17.18 .(((............)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -17.13 .(((...........)))...(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.926, New DP Energy: -16.86 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -16.78 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.72 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -16.59 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -16.48 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -16.48 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -16.46 ..((((...)))).........(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.31 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -16.27 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -16.16 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -16.08 .......(((((((((.....(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -16.03 ..((((...))))((((.....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......)))))).)))).......... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -15.97 .(((............)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -15.74 New DP F-measure-avg: 0.667, New DP F-measure-best: 0.926, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -35.73 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -48.91 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -50.64 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -50.33 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))............(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.468, New DP F-measure: 0.547, New DP Energy: -48.46 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).....((((........)))).(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.509, New DP F-measure: 0.574, New DP Energy: -47.52 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -46.53 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -46.42 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -46.39 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -46.22 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -46.08 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))))))))....((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.525, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -46.03 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -45.77 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -45.77 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -45.71 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -45.46 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))(((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))).....))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -45.02 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))...............((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.568, New DP ppv: 0.439, New DP F-measure: 0.495, New DP Energy: -44.99 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -44.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -44.72 ..................(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))))))))))...((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -44.35 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -44.08 New DP F-measure-avg: 0.632, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -33.12 ...(((.(...........).)))...((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))......((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.525, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -31.12 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -30.99 ..((((...[[[[......[[[[[[..[[[[....[.[[[[...........)))).....]]]].]...]]]]..]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -30.77 ((((.....((.(......).))....((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...)))).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.525, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.27 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -30.11 .........((((......((((((..((((....(.((((.......((((....)))).)))).)...))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -29.97 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]...(((((............[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -29.89 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........))))))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -29.84 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]....((((......))))..((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -29.65 .........((((........((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))[[[[[[..)))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -29.43 ..((((((.[[[[......[[[[[[..........(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -29.41 ...(((.(...........).))).....(((((.(((.....((((..(((.(((((....)).))).)))))))...)))..))))).................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -29.27 .........((((......((((((..((((....(((...)))....((((....))))..........))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -29.13 ((((.....[[[[.........(((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))).....]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -29.00 ..((((((...........[[[[[[....{{{{{.(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]..}}}}}.................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -28.87 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))...[[[[[..))))))....((((((.]]]]].)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -28.73 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -28.47 New DP F-measure-avg: 0.559, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.634, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.72 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..((((.......)))).....{{{{{...((......))......))))))]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.537, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -26.92 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..........(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -26.89 (((((..............((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.756, New DP ppv: 0.861, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -26.17 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[............(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -33.79 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -30.49 New DP sens: 0.884, New DP ppv: 0.884, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -35.95 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -34.63 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.843, New DP Energy: -33.90 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -33.20 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -28.85 New DP F-measure-avg: 0.570, New DP F-measure-best: 0.884, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.79 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -29.66 New DP sens: 0.310, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -34.00 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -32.25 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -31.28 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -30.57 ((((......((((.......))))..[[[[[..[[[[[[[[.[[[.[[[...........)))).....]]].]]].]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -27.23 New DP F-measure-avg: 0.314, New DP F-measure-best: 0.659, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.39 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -27.82 New DP sens: 0.953, New DP ppv: 0.953, New DP F-measure: 0.953, New DP Energy: -30.94 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -30.03 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.884, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.916, New DP Energy: -28.89 .........((((.(((..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -28.82 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.628, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.659, New DP Energy: -27.09 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).))))))).....)))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -26.95 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.721, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -26.47 ...((((......))))..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.488, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.519, New DP Energy: -26.40 ..........((((.......))))..(((((..(((((((..(((.(((((...((.........)).))))).)))..))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -27.07 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -21.14 New DP sens: 0.977, New DP ppv: 0.977, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -28.62 ((((((((((.(((.......)))...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.641, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -27.20 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.907, New DP ppv: 0.975, New DP F-measure: 0.940, New DP Energy: -26.57 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[...........((((((....))))))..))))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -25.01 (((((.....((((.......)))).........((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.972, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -23.03 New DP F-measure-avg: 0.558, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((....((.(((...(((..(((.......)))..)))....))).))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.01 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -13.88 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.43 .(((((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -15.65 ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -13.43 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.792, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((((..................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.82 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -14.85 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -17.73 ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -14.73 New DP F-measure-avg: 0.694, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -14.87 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -17.58 .(((((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -16.80 ...........((((((....(((....)))..........((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -15.12 New DP F-measure-avg: 0.785, New DP F-measure-best: 0.844, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -13.86 New DP sens: 0.955, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -16.44 .(((((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -15.66 ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -13.44 ...........((((((................((((..........)))).[[[[.......)))))).............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -12.96 New DP F-measure-avg: 0.831, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.39 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -16.32 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -16.32 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -15.54 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -14.03 New DP F-measure-avg: 0.918, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.37 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -17.31 New DP sens: 0.957, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.863, New DP Energy: -18.82 .(((((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -18.04 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -17.31 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -17.03 ...........((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.826, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.42 ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -15.82 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))... New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -15.76 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -15.22 .....(((((.........)))))........((((((.(((..(((................))).)))..))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -15.19 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.207, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -15.05 .....((((([[[[.....)))))........((((((............................]]]]..))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -14.92 .....(((((.[[[[[[..))))).....(((((((.....................{{{{{{{{.]]]]]].............)))))))............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -14.91 .(((.(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........)))...............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -14.88 New DP F-measure-avg: 0.524, New DP F-measure-best: 0.863, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.09 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -16.09 New DP sens: 0.957, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -18.97 .(((((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -18.19 ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -15.97 ...........((((((..........(((.....(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -15.33 New DP F-measure-avg: 0.772, New DP F-measure-best: 0.880, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -10.56 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -14.43 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -17.14 .(((((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -16.36 ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -14.14 New DP F-measure-avg: 0.738, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.77 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -31.81 New DP sens: 0.881, New DP ppv: 0.860, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -37.27 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -36.19 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.854, New DP Energy: -35.22 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -34.52 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -34.26 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.868, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -34.07 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.738, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -33.37 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -33.17 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -33.11 (((((....(((((.........(((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -32.74 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]].(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.356, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -31.79 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -31.30 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.610, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -30.82 (((((....(((((..((......))..((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.447, New DP F-measure: 0.425, New DP Energy: -30.62 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.658, New DP Energy: -30.34 .((((......((...((.(((..((....(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -30.34 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((.....))..)))).[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -30.20 (((((....(((((((((...........)))).........((((..((.....))..))))..((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -30.00 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[..((((((.....)))))).....)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.525, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -29.98 (((((....(((((..((......))..((((..........((((............))))..((((...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -29.90 New DP F-measure-avg: 0.600, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -52.08 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -56.79 New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.849, New DP F-measure: 0.874, New DP Energy: -57.32 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.830, New DP F-measure: 0.854, New DP Energy: -56.48 .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.980, New DP ppv: 0.925, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -56.36 ....(((((((.((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.660, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -55.32 ....(((((((((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......))))))))......))))))).. New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -54.53 ....(((((((..(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.627, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -54.21 ....((((((((((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............))))))))......))))))).. New DP sens: 0.620, New DP ppv: 0.620, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -54.03 .((((((((....(((((((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -53.08 .((((((((...((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -52.84 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -52.53 ...........((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.612, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -52.49 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.820, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -52.45 .((((((((...((((.(((((((.............((....))...((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -52.43 .((((((((........(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.918, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -52.40 .((((((((((((.(.((((((((...............))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).....((..(((....(((((...........)))))....)))...))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -52.18 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -52.12 ...........(((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -51.99 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.820, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -51.69 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).........(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -51.66 ....(((((((.((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.327, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -50.84 New DP F-measure-avg: 0.720, New DP F-measure-best: 0.951, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -27.46 ((((((((((.................((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....))))........(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -27.00 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -26.95 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))............((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -26.53 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -25.84 ((((((((((................((((((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))))))).....(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -25.44 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -25.33 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -25.32 ((((((((((....................((((.......))))..(((((((..(((....))).(((((....))))).))))))).(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -25.20 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((...))))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -25.14 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).))))))....((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -25.01 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))..((((....))))((((.....))))............)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -24.79 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -24.63 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).)))))).....((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.258, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -24.32 .....(((((...(((....((..((.((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....)))).))..)).(((((....))))).))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.23 ((((((((((..........((......))((((((.(((((....((((((.......))))..))....)))))...)))))).....(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -24.15 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -24.12 New DP F-measure-avg: 0.457, New DP F-measure-best: 0.794, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).((.......((.(((((....))))).)).......))..))))))))). Energy of known structure: -24.25 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -21.24 New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -27.19 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.906, New DP Energy: -26.56 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.931, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -26.33 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -26.14 (((((((((......((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -25.96 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.885, New DP Energy: -25.92 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -25.74 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....)))(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -25.27 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -25.16 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((((..........)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -25.14 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -24.99 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.441, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -24.78 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.847, New DP Energy: -24.77 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).............((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.847, New DP Energy: -24.71 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -24.39 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -24.10 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -24.01 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.95 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -23.88 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))................(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -23.56 New DP F-measure-avg: 0.655, New DP F-measure-best: 0.906, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... ....((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -11.75 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -10.90 New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -14.58 .(((((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -12.97 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -12.89 ..........................................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -12.35 .............((((((.......................[[[[[..............))))))............]]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -11.62 .............((((((.....[[[[[.............[[[[[..............))))))(((((.......]]]]]............]]]]]))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.13 .............((((((..........................................))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.69 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.578, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. Energy of known structure: -9.24 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.379, Initial F-measure: 0.393, Initial Energy: -18.96 New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -19.78 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -18.60 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -18.50 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -18.15 ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -17.73 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -17.24 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))......[[[[[))))...]]]]].....]]]]...... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -17.13 ...(((([[[[(((((((((((.......{{{{.....................)))).))))))).......[[[[[))))...]]]]]....]]]]...}}}} New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -17.11 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -17.07 ...((((...((((((((................................[[[[[....)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]]]}}}}}. New DP sens: 0.296, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -17.01 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -16.94 ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{......)))).............]]]]}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -16.91 ...((((...((((((((((((....((......................))..)))).))))))))[[[[[.[[[[[))))...]]]]].........]]]]]. New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -16.82 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -16.49 ...((((...((((((((((((....((......................))..)))).))))))))[[[[[.[[[..))))..............]]]]]]]]. New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -16.44 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -16.24 ....((.(..((((((((((((....((......................))..)))).))))))))...).)).....(((((...)))))............. New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -16.16 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.......(((((...)))))...]]]]))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -16.13 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -16.10 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.(((((.......))))).....]]]]))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -15.96 New DP F-measure-avg: 0.455, New DP F-measure-best: 0.694, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.67 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -16.49 New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.902, New DP Energy: -16.49 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -14.32 .............(((((..(((...(((...................)))..))).....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -12.65 New DP F-measure-avg: 0.777, New DP F-measure-best: 0.902, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.70 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -18.28 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -22.31 ......((((....(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))..)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.622, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.52 .........((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.730, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -20.26 ..........(((((((((.[[[[[[[.....................)))))))))]]]]]]]..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -18.78 .........((((.(((......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -18.40 .((.......))........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -18.37 New DP F-measure-avg: 0.661, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.27 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -21.91 New DP sens: 0.893, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -21.91 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -20.18 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -19.72 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -19.08 ..........((((((((((..............................[[[[)).))))))))............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -18.76 ..........((((((((................................[[[[...))))))))............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -18.46 New DP F-measure-avg: 0.781, New DP F-measure-best: 0.893, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -5.11 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -12.21 New DP sens: 0.741, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -13.08 ..........((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -10.82 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -10.42 .....((((.[[[[[[[..)))).((.(((..............))).)).......]]]]]]]...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -9.95 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -9.78 ..........((((((((((((...[[[[[[[.................)))))...))))))).........((((]]]]]]]...[[[[[..)))).]]]]] New DP sens: 0.259, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -9.32 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -9.26 New DP F-measure-avg: 0.531, New DP F-measure-best: 0.727, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -30.15 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -31.87 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.883, New DP Energy: -36.00 .........((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -33.95 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -31.81 New DP F-measure-avg: 0.817, New DP F-measure-best: 0.883, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((..((((.....((.(((((.....)))))...)).))))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -23.61 New DP sens: 0.906, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -23.61 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -21.88 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.05 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.688, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -19.53 New DP F-measure-avg: 0.832, New DP F-measure-best: 0.951, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA .(..((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))...((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.91 Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -20.45 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.978, New DP Energy: -21.05 .........(((((......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......))))...))))).((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -18.88 ...(((((.[[[[[(((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))).))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -18.79 ...(((((.[[[[[......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).......))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -18.28 ...(((.(....).)))...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -18.16 ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))..((((((........))))))...... New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -17.86 ...(((((.....((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.841, New DP ppv: 0.881, New DP F-measure: 0.860, New DP Energy: -17.08 New DP F-measure-avg: 0.819, New DP F-measure-best: 0.978, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... ....((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.17 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -12.67 New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -17.30 ...........((((((((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............)))))).}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -16.64 .(((((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.808, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -16.52 ...........((((((.............(((.......[[[[[.....))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -16.16 ..........(((....[[[[[[.......)))]]]]]].(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.731, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -14.28 ..........((((...((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............))))...}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -14.27 ...........((((((((((((..........)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -14.17 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -14.02 ...........((((((.............(((.[[[[..[[[[[.....))).............)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -13.90 ...........((((((.....[[[[.....((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -13.73 .(((.............((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))........)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.346, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -13.72 ............((((..............))))......(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -13.64 .................((((((..........)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -13.51 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.844, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(..(((((((...(((..........((.........))......)))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -13.86 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -16.73 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -16.73 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -15.95 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -14.39 ..........(((((((((((((...........[[[[......))))))........)))))))...............((((((((((]]]])))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -14.23 ..........(((((((..(((...(.......)...)))....[[[[[.........)))))))...........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -12.86 New DP F-measure-avg: 0.687, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -20.20 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.971, New DP Energy: -22.12 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -18.41 ...(((((.........)))))((((..((((..((..((....))..))..))))..))))...(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -18.12 ...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.........)))..)))....((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -18.01 New DP F-measure-avg: 0.742, New DP F-measure-best: 0.971, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -18.64 New DP sens: 0.946, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.972, New DP Energy: -19.42 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))....((((((..........))))))....... New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -17.62 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -17.56 .((.....)).........(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..(((((((...........[[[[[[..))))))).]]]]]]....... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -15.94 New DP F-measure-avg: 0.751, New DP F-measure-best: 0.972, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. Energy of known structure: -15.04 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -18.59 New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -20.36 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.954, New DP Energy: -19.37 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -17.51 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[......{{{{{{{.)))))]]]]]]]]]]]]].......}}}}}}}........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.361, New DP F-measure: 0.371, New DP Energy: -16.90 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((..........))))......... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -16.51 ...(((((.........)))))((((((((((..((...........))..))))))))))...((.((......)))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -16.06 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -15.90 .((.....)).........(((((((((((((......[[[[[[[......))))))))))))).......]]]]]]]........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.394, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -15.74 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[..............)))))]]]]]]]]]]]]].....(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -15.73 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 0.954, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). Energy of known structure: -33.47 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -37.52 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -39.28 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -37.91 .....(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -36.74 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -36.57 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -35.37 ((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New DP sens: 0.838, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -34.75 .....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.568, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -34.03 .....(((((......((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))..)))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -33.76 .....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))........ New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -32.30 .....(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.730, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -32.21 ((((((...((.(((.((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).)).))).))...))))))....(((((((.............))))))).... New DP sens: 0.216, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -31.90 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -31.77 ((((.(((((((.....((((((((...........))).))))).....((........)).........((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -31.67 New DP F-measure-avg: 0.678, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -54.79 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -58.32 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.894, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -58.60 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.956, New DP ppv: 0.956, New DP F-measure: 0.956, New DP Energy: -57.42 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -56.44 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.911, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -56.22 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -53.60 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.511, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -52.40 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.698, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -52.35 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -51.04 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.659, New DP Energy: -50.97 ((((((((.(((((..((((..(((((..(((..........)))....)))))..)))).)))))(((..(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..)))..)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -50.02 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.628, New DP F-measure: 0.614, New DP Energy: -49.77 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.822, New DP ppv: 0.881, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -49.71 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.822, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.881, New DP Energy: -49.49 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -49.39 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -48.51 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -48.29 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.523, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))....((((........)))).....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.610, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -48.14 (((((......)))))..((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..(((.......))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -48.09 (((((......)))))..((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......))).. New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -47.88 New DP F-measure-avg: 0.713, New DP F-measure-best: 0.956, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). Energy of known structure: -37.23 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -41.05 New DP sens: 0.744, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.734, New DP Energy: -43.57 (((.(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -42.67 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -42.54 ....(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.684, New DP Energy: -41.85 ....(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -40.95 (((.(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -40.86 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.685, New DP Energy: -40.82 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.703, New DP Energy: -40.60 ....(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -39.14 (((.(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -38.91 ....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -38.88 ....(((((......((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))..)))))....... New DP sens: 0.487, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -38.87 (((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -38.78 ....(((((......((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -37.88 ....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -37.75 ((((((((((.....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))....)).))))))))((((((.....)))))).((..((((.(....).)))))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -37.67 ....(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -37.32 ....(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.744, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -37.06 (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).)).............((((((((.....))))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -36.51 (((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -36.40 New DP F-measure-avg: 0.669, New DP F-measure-best: 0.877, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))...(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -16.37 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -24.46 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -24.59 ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))..(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -24.38 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -23.56 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -22.38 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -21.27 ((((((((((((((......((((((....))...((.......)).....)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.317, New DP Energy: -21.19 New DP F-measure-avg: 0.582, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. Energy of known structure: -31.02 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.784, Initial F-measure: 0.806, Initial Energy: -27.88 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -33.79 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -32.27 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -31.17 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -30.13 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.63 (((((((((......(((((.......)))))......((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.58 (((((((((......(((((.......))))).......((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -29.13 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -29.08 (((((((((........((((((........))))))...(((.......)))..((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -28.61 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -28.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))....(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -28.28 (((((((((........((((((........)))))).((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -28.24 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -27.96 (((((((((........((((((........))))))..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -27.80 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((....)))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -27.54 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))....(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -27.47 (((((((((......(((((.......))))).(((((((((.............((((....))))...........))))))))).......(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -27.31 (.(....).)...((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))........... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -27.21 (((((((((...................((((............)))).......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -27.09 New DP F-measure-avg: 0.495, New DP F-measure-best: 0.829, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.639, New DP Energy: -25.05 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))..((((((...............)))))).(((.....)))...))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -23.74 (((((((((.................(((((.......)))))..((((............))))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -23.28 New DP F-measure-avg: 0.664, New DP F-measure-best: 0.795, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.763, New DP Energy: -31.07 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((........((((((....))))))......)))))).)))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -28.51 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.42 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -28.30 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.01 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.528, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -26.45 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.528, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -26.33 ((((((((((........((((............))))(((.......))).....(((((((....((((...........(((((....)))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -25.93 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -25.91 ((((((((((...................(((((..........))))).......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -25.81 (((.....))).....((((((.......(((((..........)))))........))))))((((((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))).)))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -25.80 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -25.34 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.71 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -22.64 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -26.47 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).)).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -25.97 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -25.26 (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -22.75 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -22.25 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((....((((((....))))))...)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -22.19 (((((((((..............................(((((.............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -21.79 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.........(((((.(.......)..)))))..((....))..)))))..........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -21.74 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -21.37 New DP F-measure-avg: 0.656, New DP F-measure-best: 0.882, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -25.06 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -26.49 (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).(((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).......(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -24.77 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -24.57 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -24.03 ((((((((((...((((((((.......((((............))))......)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -23.53 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((....))..........((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -23.10 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -22.92 (((((((((.........((....))..((((............))))....((((....)))).(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -22.62 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((((((((((.......))))...((....)).)))))).........)))))))))).. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -21.22 New DP F-measure-avg: 0.704, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -30.77 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -30.37 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -34.77 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -33.12 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((....))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -28.60 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).........((.(((((.(((....))).))))).)).......))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -28.53 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((((...(((....)))))))))).(((.....)))...))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -28.48 New DP F-measure-avg: 0.698, New DP F-measure-best: 0.767, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............))))))).(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. Energy of known structure: -15.96 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.70 New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -21.94 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.603, New DP Energy: -21.60 .(((((((((((((..........))))).........(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.603, New DP Energy: -21.56 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((....[[[[.....)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))......]]]] New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -20.02 .((((((((......((((((...................................))))))...((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.862, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -19.80 .(((((((((((((..........))))).....(((((((...((....(((((.((((......)))).)))))....)).)))))))(((...........)))..)))))))).. New DP sens: 0.276, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -19.48 ......((((.....((((((.....((......................))....))))))(((((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).)))..)))) New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.655, New DP Energy: -19.19 .(((((((((((((..........)))))...(((((((((((((.............)))))))..(((((....)))))...))))))(((...........)))..)))))))).. New DP sens: 0.276, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -19.07 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((....[[[[.....))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).......]]]] New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -19.03 .....(((((((((..........))))..........[[[[[[[....)))))....]]]]]]]((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -18.44 .....(((((((((..........))))..........[[[[[[[....)))))....]]]]]]]((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.32 .....(((((((((..........)))).........[[[[[[[[....)))))....]]]]]]]](((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.31 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............)))))))).(((((....)))))..(((....)))..(((.....)))...)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.21 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -18.10 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -17.97 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -17.89 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -17.85 .........(((((..........)))))...(((((((((((((....[[[[.....)))))))[[[[[[[[...........))))))((....))...]]]]]]]]......]]]] New DP sens: 0.172, New DP ppv: 0.156, New DP F-measure: 0.164, New DP Energy: -17.58 New DP F-measure-avg: 0.425, New DP F-measure-best: 0.877, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -22.57 New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.848, New DP F-measure: 0.836, New DP Energy: -23.25 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -21.72 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))......(((((((...((((....))))]]]]]]......)))))))....... New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.70 .....((((......((((((.......(((([[[[........))))........))))))))))(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -21.63 .....((((......((((((....(((((((............))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -21.60 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -21.48 ...............((((((....(((((((............))))..)))...))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -21.33 ....(((((..((((((((((....(((((((............))))..)))...)))))..((((...((.......)).((((....))))))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -21.06 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -20.80 ...............((((((.......(((([[[[........))))........))))))..(((((((......((.((((((]]]])))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -20.80 .............((((((((.......(((([[[[........))))........)))))).)).(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -20.67 ...............((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..(((((((...........((((....))))]]]]]]...))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -20.64 .............((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.52 .....((((......((((((.......((((............))))........))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -20.48 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{{.........]]]]]]...)))))}}}}}}...... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -20.45 .(((((.........((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..{{{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}}}.......... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -20.45 .(((((.......((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -20.44 .............((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....))))))........... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.28 ...............((((((.......((((............))))........))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -20.21 .....((((..[[[[[(((((....(((((((............))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... 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Energy of known structure: -26.56 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -26.78 New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -29.01 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -27.59 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -26.79 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -25.72 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... 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New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -23.73 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.369, New DP Energy: -23.71 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -23.59 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -23.50 New DP F-measure-avg: 0.445, New DP F-measure-best: 0.853, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. ((((((((((((.((((.((((....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))....))))...)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -26.86 Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -26.98 New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.195, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -30.08 (((((((((....((.((((......((((((............))))..))......)))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -29.60 (((((((((.................(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -28.90 (((((((((...(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -28.57 (((((((((.......(((((.....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -27.96 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -27.88 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -27.55 ((((((((((((.((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.225, New DP Energy: -27.40 (((((((((.......((((......((((((............))))..))......))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -27.36 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -26.95 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -26.94 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.225, New DP Energy: -26.90 (((((((((.......((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -26.62 (((((((((.......((........))........(((((((((.............)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -26.56 ((((((((((((.((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -26.38 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -25.93 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -25.88 ((((((((........((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))...(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -25.83 (((((((((.......((((((....((((((............))))..)).........))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -25.74 ......(((.......))).......(((((((((.((..........[[[[[..)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))........]]]]] New DP sens: 0.206, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -25.12 New DP F-measure-avg: 0.359, New DP F-measure-best: 0.725, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((............))))..)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). Energy of known structure: -24.01 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -24.21 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.861, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -25.27 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.912, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -24.72 (((((((((..(((...(.((.((((((((((............)))).........)))))).)).)...)))...((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -23.75 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -23.71 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -23.66 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -23.03 (((((((((......(((((...(((..((((............))))..)))....))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -23.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -22.83 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -22.10 (((((((((.......((......))..((((............))))((((.......))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -22.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -21.07 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -21.02 (((((((((.......((......))..((((............)))).(((.......))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.60 New DP F-measure-avg: 0.780, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). Energy of known structure: -19.27 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -27.47 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -28.98 (((((((((...((((((((........((((............))))((((.......))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -26.23 (((((((((...((((((((.............((((............(((.......)))))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -24.81 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((((((.......))))...)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -24.79 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -23.66 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((((((.......))))...)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.51 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((((((.......))))...)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -23.23 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.758, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -25.98 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -27.33 New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -29.71 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.17 (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -25.73 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -25.19 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.237, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -24.82 (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.31 New DP F-measure-avg: 0.595, New DP F-measure-best: 0.783, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).))).((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -23.42 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -24.91 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -25.97 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -25.00 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -24.58 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -23.54 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.921, New DP Energy: -22.53 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -22.25 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -20.91 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.963, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -20.79 New DP F-measure-avg: 0.798, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. Energy of known structure: -24.59 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -25.22 New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -27.13 ((((((..((((...(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.171, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -26.17 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -25.94 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -25.15 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -24.70 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -24.68 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -24.17 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -23.96 ......((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -23.84 ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.83 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -23.51 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.49 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -23.42 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -23.27 ((((((..........(((((((...((((((............))))..))........)))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...))))).....)))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -23.00 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -22.70 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -22.65 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.525, New DP Energy: -22.64 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -22.55 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((((.(((....))).))))).............)))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -22.51 New DP F-measure-avg: 0.523, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -28.22 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -29.25 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.943, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -28.50 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -27.46 (((((((((...(((((((...(((((.(....((((.........)).))....).)))))...))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -25.54 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -25.25 (((((((((...........((((......)))).((((((((.................))))))))((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -24.54 New DP F-measure-avg: 0.717, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.((((...(((.......)))..))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -30.13 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -30.74 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -31.14 .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -30.13 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -27.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -27.45 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -26.78 .(((((.((((((....)))))).((((.......))))..((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -26.71 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.((((...(((.......)))..)))))))))).((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -26.52 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -26.29 .(((((.((((((....))))))...........[[[[..[[[.[[[[..)))))...........]]]]]]]]]]]((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -25.81 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -24.93 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.((((...(((.......)))..)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.639, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -24.93 New DP F-measure-avg: 0.827, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) ....((.(.((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -43.47 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -43.17 New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.951, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -48.09 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -45.42 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))((((.......))))..........(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -43.71 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -42.85 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -42.84 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -42.53 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -42.31 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.779, New DP Energy: -41.08 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((....((((....))))......))))))). 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New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.558, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -39.42 New DP F-measure-avg: 0.724, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -34.60 New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.755, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -38.04 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -37.40 ....(((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.787, New DP ppv: 0.787, New DP F-measure: 0.787, New DP Energy: -35.84 ....(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ 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New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -32.99 New DP F-measure-avg: 0.660, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] Energy of known structure: -4.62 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -26.43 New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -31.75 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) 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New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -28.65 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))..............(((((((....((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -28.57 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -28.28 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -27.94 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -27.91 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) 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Energy of known structure: -25.13 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -24.81 New DP sens: 0.844, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -25.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -25.73 ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -25.13 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -25.12 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. 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New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -22.31 New DP F-measure-avg: 0.598, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..((((((((....)))))).)). .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) Energy of known structure: -18.48 Initial sens: 0.935, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.935, Initial Energy: -21.42 New DP sens: 0.935, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.935, New DP Energy: -21.42 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).))) New DP sens: 0.871, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.885, New DP Energy: -20.21 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........)))))).(((((((((....)))))).))) New DP sens: 0.742, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -19.79 .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...)))))))))))....((((((....)))))).... New DP sens: 0.871, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.915, New DP Energy: -18.38 ...................((((((....))))))((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((((((((....)))))).))) 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -17.17 New DP F-measure-avg: 0.792, New DP F-measure-best: 0.935, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..(..(((....)))..)..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -21.05 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -24.78 New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -25.24 ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.78 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((...(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -23.34 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.....(((((((....))))))).......))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -22.76 (((((..((((..(((......)))......)))))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. 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Energy of known structure: -22.64 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -25.27 New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.121, New DP F-measure: 0.121, New DP Energy: -27.10 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.80 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -25.33 (((((((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... 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New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -23.92 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((((((.(((........))).)))...))..)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -23.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.(((.(((........))).))).........((((((((....))))))))))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.25 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -22.73 ((((....(((((((....)))))))..........((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.131, New DP Energy: -22.36 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.[[[[.............))))..........((((((((....))))))))]]]]....... New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.131, New DP Energy: -22.35 ....(((.(((((((....))))))).)))..((((((...)))))).................(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.33 ........(((((((....)))))))........((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -22.33 (((((((((((((............)))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -22.01 ((((((((((((.........(((((..((((((......))).))).....)))))(((................)))......)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.305, New DP Energy: -21.71 New DP F-measure-avg: 0.155, New DP F-measure-best: 0.349, New DP best-subopt: 17, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -22.83 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -24.91 New DP sens: 0.974, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.961, New DP Energy: -24.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -23.58 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -22.42 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))............(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -22.27 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -22.25 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -21.77 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -21.59 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))..(((((...................)))))..)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -21.51 ..((((((((.....(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))......)))))))).... New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -21.32 ((((((((((((((.(((((..((((((............((((....(((....)))....)))).........))))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -21.17 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))(((.......)))......)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -20.93 ((((((((((((((.........((((.......))))(((((....))))).(((...(((..(((((.......))))).)))....))).)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -20.83 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.37 ..((((((((.....(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))......)))))))).... New DP sens: 0.132, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.147, New DP Energy: -19.99 New DP F-measure-avg: 0.571, New DP F-measure-best: 0.961, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... Energy of known structure: -30.19 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -32.54 New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -33.23 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -32.96 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -31.52 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -30.56 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.53 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.47 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.17 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[...))))))))).]]]].... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.84 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -29.63 ((((((((((((((((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).)))..))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -29.41 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.83 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.77 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.47 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[...))))))))).]]]].... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -28.14 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -27.70 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((..(((.......)))))))) New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -27.25 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((...((....))...))))). New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -26.74 (((((((((((((...((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -26.74 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -26.71 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -26.65 New DP F-measure-avg: 0.742, New DP F-measure-best: 0.928, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... Energy of known structure: -27.45 Initial sens: 0.843, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -47.34 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -48.62 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -48.26 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -45.75 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -45.39 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -45.05 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -44.69 ((((.....((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -42.80 ((((.....((((((..((((.......(((((((((....(((((.((((....)))).))))).((((.......))))..(((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))))))........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.549, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -42.55 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))............))))))..)))).... New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -42.25 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -42.18 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))............))))))..)))).... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -41.89 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -41.82 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -41.46 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))(((((((((((((((....(((.......(((........)))......(((....))).)))..))))))).)))))))).........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -41.43 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))............)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -41.12 ((((.....((((((..((((........(((...(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....))).(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))...............))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.627, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -40.93 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))((((((((((..((((..((((.......)))).)))).((.(((....(((....)))....))).))..)))))))))).........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.255, New DP ppv: 0.277, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -40.78 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))............)))).... New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -40.76 ((((.....((((((..((((....(((((((((((((.........))))...(((((((((..(((.((........)).))).......((...(((....)))..))..)))))))))..)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.371, New DP Energy: -40.11 .........((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....)))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -39.93 New DP F-measure-avg: 0.652, New DP F-measure-best: 0.845, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ Energy of known structure: -30.31 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -32.85 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.817, New DP Energy: -33.79 ((((((((((..(((((((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -33.08 ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -32.71 ((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -31.63 ((((((((((.....((((.(((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -30.55 ((((((((((......((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -29.83 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((...(.(((....)))..).(((...(((.....)))...)))))))))..))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -29.54 ((((((((((......(((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -29.12 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -28.60 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((....(((((.......((.......))........)))))..))))))..))))..))))))))))........ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.412, New DP Energy: -28.54 ((((((((((..((((.(((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...........)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.914, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -28.29 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))...(((....)))....(((...(((.....)))...))))))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -28.11 ((((((((((..((((((((.(((................(((((..(.(((....)))..).((....)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -27.95 ((((((((((..((((((((.(((.................((((..(.(((....)))..).))))..(((.....)))...))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -27.94 ((((((((((..((((..((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))(((....))).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -27.81 ((((((((((......((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -27.67 ((((((((((..((((((((.(((......(((..........)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -27.55 ((((((((((..((((((((.(((................(((((....(((....))).((.......)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -27.43 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))..(((((.......((.......))........)))))..)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -27.09 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -29.95 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -29.94 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -29.46 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)))..[[[[[..))))))))]]]]]... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.721, New DP Energy: -28.92 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((..((((...((...((....))...)))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.91 ((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.379, New DP Energy: -27.66 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....))))...............)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.484, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -27.43 ((((((((((((((..((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))........))))))...))))))))........ New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -27.42 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).[[[[....)))))))).]]]]... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -27.40 ((((((((.((((...(((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))..........)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -27.29 .(((((....))))).(((((............((((..[[[[[[[..[[[[[..))))[[[[[..........)))))]]]]]]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.129, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -27.22 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((...(((....)))..))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.18 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((..(((....)))...))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.07 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((...(((....)))..)))))]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -26.60 ((((((((((((((...................((((....(((....)))....)))).......(((....))).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -26.55 ((((((((.((((...((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))..........))))...))))))))........ New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -26.52 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((..(((....)))...)))))]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -26.49 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.949, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ Energy of known structure: -25.36 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -21.62 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -25.84 ((((((((.((((((..((((..........(((....))).((....))..))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -23.69 ((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.452, New DP F-measure: 0.438, New DP Energy: -23.45 ((((((((.((((((.(((((((.((((...(((....)))......)))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -22.91 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -22.78 ((((((((.((((((.(((((((.......(((((...........))))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -22.47 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.469, New DP Energy: -21.60 ((((((((.((((((..((((....((....(((....)))...))...)))).((((........))))........))))))..))))))))........ New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -21.35 New DP F-measure-avg: 0.582, New DP F-measure-best: 0.969, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... (((((((.(((.((.((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).)).)))(((((.......))))).....)))))))....... Energy of known structure: -22.46 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -22.16 New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -24.73 ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -24.01 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((....))..))))...)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -22.84 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((....))..))))........))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -22.32 ((((((((.(((((((((......)))......((((..(.(((....)))..).))))....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -21.68 ......(((((....(((......)))..(((((((((((.(((....)))((((.((....))..)))).....))))).))))))..)))))....... New DP sens: 0.091, New DP ppv: 0.107, New DP F-measure: 0.098, New DP Energy: -21.27 ((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -20.84 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......))))).....)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -20.52 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....)))))).(((((((.((....))..))))...))).))))).....)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -20.36 ((((((((.......(((......)))....((((((....)))))).........((((...((((......))))...))))..))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -20.20 ((((((((((.....)))......((((...((((((....)))))))))).....((((...((((......))))...))))...)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -20.12 ((((((((.......(((......)))........(((((((((....)))((((.((....))..))))....))))))......))))))))....... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -19.91 ((((((((.((....)).....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -19.80 New DP F-measure-avg: 0.319, New DP F-measure-best: 0.677, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))....... Energy of known structure: -26.98 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -30.25 New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.433, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -32.40 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...((((.((((...)))).).)))))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -30.69 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -30.21 ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((.((((((....)))......))).....)))).(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -29.96 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.82 ((((((..((((((......))))))........((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.441, New DP Energy: -27.79 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -27.79 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -27.74 (((((((.((((((......))))))........((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -27.73 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((..(.(((....)))..).))))......((((......)))).....))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -27.66 New DP F-measure-avg: 0.267, New DP F-measure-best: 0.508, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) Energy of known structure: -33.86 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -31.73 New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -35.47 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -31.39 (((((((((((((((.(((.((...(............)...)).)))(((....))).....(((((((..........)))))))......))))))))))))))) New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.77 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -30.13 (((((((((((((((((((.((...(............)...)).))))......(((((((.((((....)))).)))...)))).......))))))))))))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.441, New DP Energy: -29.25 (((((((((((((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -29.11 (((((((((((((((..((((((.................((....))(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -29.00 (((((((((((((((..............((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((.(((...)))..))).))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -28.76 New DP F-measure-avg: 0.722, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). 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New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -42.59 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).(((.......))).((((((...(((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...))))))))).....)))))))) New DP sens: 0.123, New DP ppv: 0.123, New DP F-measure: 0.123, New DP Energy: -42.58 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))........................)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -42.09 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -41.79 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]](((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.148, New DP Energy: -41.57 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.456, New DP ppv: 0.456, New DP F-measure: 0.456, New DP Energy: -41.44 ((((((((........((((.((((........))))))))...(((((......((((((...(((....)))..))))))...)))))..(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.288, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -41.28 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -41.09 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.327, New DP Energy: -40.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((............(((.(((.........))).))).....)))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -40.33 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..)))))).(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New DP sens: 0.456, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -40.15 ..((((((((.......)))..)))))..............(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.155, New DP Energy: -39.97 ((((((((...(((((...)))))...(((((((...........)))))))...((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -39.91 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -39.77 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]]......(((((((.((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............)))))).......))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.148, New DP Energy: -39.61 ..((((((((.......)))..)))))(((((((...........)))))))...((..(((((((((...((((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...)))))))))......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -39.45 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.451, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -39.42 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.404, New DP Energy: -39.42 New DP F-measure-avg: 0.284, New DP F-measure-best: 0.468, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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Energy of known structure: -77.66 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -122.20 New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.504, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -124.44 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).(((((((..(((..((((((.(.((..........)).)))))))....)))(((((..((...(....((......))...)...))...)))))..))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.439, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.460, New DP Energy: -120.52 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.((......))..(((((((...))))))).))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..((((((((.....((((((((....))))))))(((......)))(((....(((((((......)))))))....)))....)))))))).)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -119.29 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.629, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -118.07 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -117.97 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))........((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -117.18 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))..(....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.598, New DP ppv: 0.653, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -117.14 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.598, New DP ppv: 0.653, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -116.97 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.582, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -116.90 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. 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New DP sens: 0.598, New DP ppv: 0.653, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -114.93 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((....(((((................((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....))))).........(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -114.75 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((....(((........)))..))(((((((...)))))))...........((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.610, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -114.40 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((............((((((((....)))))))).........))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -114.38 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((............((((((((....)))))))).........))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -114.28 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...............((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -114.23 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..)))))))).(...((...((.....))..))...).((((((((....)))))))).(((((....((((((.......))))))..))))).....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.582, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -114.04 New DP F-measure-avg: 0.573, New DP F-measure-best: 0.627, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...[[[[...[[[[[[[.))))).))))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). Energy of known structure: -14.05 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.39 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.633, New DP Energy: -23.70 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((.((....)).)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -21.36 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((..........)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -20.84 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))...........(((((((.......(((.........))).....))))))).. New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.355, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -20.64 ((((((((((...........[[[[...[[[[[[[.........))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). 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New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -16.52 New DP F-measure-avg: 0.514, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. Energy of known structure: -32.59 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -48.31 New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -54.42 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....((((........))))...((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]]]...]]]]]].........]]]]]]]]]]]].. New DP sens: 0.592, New DP ppv: 0.446, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -54.17 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))).........)))))))))))))).. 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New DP sens: 0.449, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -51.12 ..........(((((((((..........((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...))))))))))))))).((((....)))). New DP sens: 0.367, New DP ppv: 0.290, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -51.07 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[...((((......((((((.((((........))))..))))))..(.((((((.....((((.(((((.................))))).)))))))))))..))))..)))))))))...((((......))))...........(((((...)))))......]]]]]]]]]]]].. New DP sens: 0.510, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -50.90 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((....((((........)))).((((((.(.(.((((((.....((((.(((((.................))))).)))))))))))..)))))))...........((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -50.79 .......((((((.(((((.......((((((.(.((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..)))))))))).).)))))))))))......))))))...... New DP sens: 0.367, New DP ppv: 0.295, New DP F-measure: 0.327, New DP Energy: -50.61 ...((((.....)))).(((((((((((((((((.((((((((((...........((.(((((.....(((((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))..))).)))))))..((((......))))..))))))))))((((...)))).))).)))))))))))))).. New DP sens: 0.551, New DP ppv: 0.397, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -50.49 ...((((.....)))).((((((((((((......((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))((((...)))).......)))))))))))).. New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -50.46 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[....((((........))))...((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]]]((((...)))).]]].]]]]]]]]]]]]]].. New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.456, New DP F-measure: 0.530, New DP Energy: -50.17 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((....))...((((.(((((.................))))).)))).........)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. New DP sens: 0.510, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -50.03 New DP F-measure-avg: 0.429, New DP F-measure-best: 0.561, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -24.14 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -24.17 New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -24.17 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -22.97 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -22.34 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -21.99 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -21.94 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -21.16 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -21.00 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.697, New DP Energy: -20.96 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.271, New DP Energy: -20.94 .(((........)))((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -20.81 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -20.80 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -20.75 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -20.45 .(((........)))..(((((..(((((((((...)))))))))(((..((...(((.....(((.((((.......)))).)))))).)))))....))))). New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -20.45 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -20.40 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -20.18 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -20.18 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -20.02 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].............((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -19.96 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -19.91 New DP F-measure-avg: 0.595, New DP F-measure-best: 0.818, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -41.01 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.738, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -40.93 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -40.80 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))............((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -40.68 ....(((((..((..((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...)).)))))...(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.386, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -40.63 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...((((((.....(((((((((...)))))))))))))..)).........((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.534, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -40.58 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -40.45 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -40.02 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((.......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).)))).........))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.689, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -39.87 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -39.67 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).)))))))))).....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.414, New DP ppv: 0.518, New DP F-measure: 0.460, New DP Energy: -39.59 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))........(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.603, New DP F-measure: 0.547, New DP Energy: -39.56 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -39.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).))))...((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -39.51 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -39.42 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....)))).((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).(((..............))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -39.36 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -39.32 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.............)))).)))))))))).....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.496, New DP Energy: -39.31 New DP F-measure-avg: 0.593, New DP F-measure-best: 0.718, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -22.16 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -22.16 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -21.59 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -21.27 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -20.70 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New DP sens: 0.714, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -20.61 ...(((((((..............)))))))..((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -20.19 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -20.10 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -19.80 (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.75 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ 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New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.38 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -19.25 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.08 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -19.08 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -19.00 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -18.94 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -18.79 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). 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New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -41.28 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.807, New DP ppv: 0.836, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -40.86 (((((.....(((...((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....)))).))........((((......))))......)))((......))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.681, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -40.79 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.628, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -40.57 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -40.27 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.653, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -40.16 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.737, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -40.15 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -40.00 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.754, New DP ppv: 0.843, New DP F-measure: 0.796, New DP Energy: -39.58 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -39.56 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -39.45 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.681, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -38.99 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.509, New DP ppv: 0.644, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -38.88 .((((.....))))......((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))..........((.......(((((.(((...))).)))))........)).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.551, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -38.76 .((((.....))))....((((((...))))))..(((((..((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......)))..))))).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -38.56 (((((...............(((.....)))(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -38.43 (((((...............((((..........((((....((((....))))....))))........))))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.689, New DP F-measure: 0.608, New DP Energy: -38.37 (((((....(((.........)))....((((((((((....((((....))))....)))).((.......)).....................)))))).......((......))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -38.18 New DP F-measure-avg: 0.616, New DP F-measure-best: 0.821, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. 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New DP sens: 0.547, New DP ppv: 0.492, New DP F-measure: 0.518, New DP Energy: -33.83 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.528, New DP ppv: 0.509, New DP F-measure: 0.519, New DP Energy: -33.77 .((((((........)))))).(((((....((((((...[[[[[...{{{{{.)))))).........{{{{{{{{{{...........]]]]]...))))).....}}}}}}}}}}...}}}}}.............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.339, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -33.66 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((......(((...((......))..)))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.566, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -33.27 ((((((.......[[[[((((((....)))))).......(((((...[[[[[................[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.453, New DP ppv: 0.436, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -33.23 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]].............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.453, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.440, New DP Energy: -33.18 ((((((.......[[[[..((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. 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New DP sens: 0.547, New DP ppv: 0.527, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -32.39 New DP F-measure-avg: 0.462, New DP F-measure-best: 0.593, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -44.91 New DP F-measure-avg: 0.434, New DP F-measure-best: 0.722, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))........((((.....)))).((((....))))..))))).. Energy of known structure: -30.94 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -29.22 New DP sens: 0.646, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -36.81 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -36.70 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -36.66 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))(((..(((...((((.....))))...)))....)))..))))).. 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New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.804, New DP F-measure: 0.787, New DP Energy: -34.54 New DP F-measure-avg: 0.723, New DP F-measure-best: 0.918, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -38.01 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -43.02 New DP sens: 0.839, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -44.12 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.849, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -43.52 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -43.19 .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -41.66 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -41.53 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -40.95 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). 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New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.608, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -37.00 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.913, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... Energy of known structure: -21.41 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -45.09 New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.373, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -47.01 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.347, New DP Energy: -45.70 ...........((((((..(((((((.....))))))).)))))).....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.351, New DP Energy: -45.63 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... 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New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.449, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -42.19 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))((((((((((((((((..((......)).))))).))))..........)).)))))....(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New DP sens: 0.213, New DP ppv: 0.204, New DP F-measure: 0.208, New DP Energy: -42.13 New DP F-measure-avg: 0.305, New DP F-measure-best: 0.463, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -29.95 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -29.86 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.48 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...))))...........(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.851, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -29.39 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -29.22 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.837, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -28.75 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.630, New DP Energy: -27.94 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))))))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.540, New DP ppv: 0.574, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -27.55 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... 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New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.634, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -27.11 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -26.96 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.617, New DP Energy: -26.93 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.605, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -26.80 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New DP sens: 0.540, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.587, New DP Energy: -26.69 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -26.49 New DP F-measure-avg: 0.667, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ Energy of known structure: -48.07 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -41.32 New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -49.63 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -49.58 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].....(((.(((((.......))))).)))((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))........]]]]]]]]]]]....((....))......... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -49.15 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ 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New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.713, New DP Energy: -47.65 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.887, New DP F-measure: 0.817, New DP Energy: -47.18 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -47.00 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].........(((((.......)))))....((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))........]]]]]]]]]]]....((....))......... New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.713, New DP Energy: -46.63 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -46.33 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[....[[[[[[[.......)))))))]]]]]]].......(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -45.86 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New DP sens: 0.726, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.796, New DP Energy: -45.86 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -45.68 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].........(((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))............... New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -45.60 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.......)))))..)).)))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.713, New DP Energy: -45.58 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]].........(((((.......)))))....((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))........]]]]]]]]]]]....((....))......... New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -45.31 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).......(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -45.26 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -45.21 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((.(((((.(((.((((....))))))).))))).........))))))).... New DP sens: 0.597, New DP ppv: 0.627, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -45.03 New DP F-measure-avg: 0.693, New DP F-measure-best: 0.817, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.746, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -50.59 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -49.69 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -49.48 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... 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New DP sens: 0.483, New DP ppv: 0.527, New DP F-measure: 0.504, New DP Energy: -43.58 New DP F-measure-avg: 0.623, New DP F-measure-best: 0.765, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. 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Energy of known structure: -11.72 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.99 New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -22.71 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.(.((((........))))..).))))))).................... New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -21.49 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -18.91 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New DP sens: 0.194, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.218, New DP Energy: -18.70 ((((((((((([[[[[...)))))))))))...............(((((((...]]]]][[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. 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New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -17.39 New DP F-measure-avg: 0.371, New DP F-measure-best: 0.467, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... Energy of known structure: 14.58 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.93 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.00 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.93 .((((((....[[[[[...))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))....]]]]].....[[[[[............))))))))....]]]]]..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.28 .((((((...[[[[[[...))))))...(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...]]]]]](((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.16 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))............]]]]]]]].............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.98 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.92 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.85 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.72 .((((((....[[[[[...))))))...(((((..((.......))(((.(((((((((...))))))))).))).)))))]]]]]...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.87 New DP F-measure-avg: 0.000, New DP F-measure-best: 0.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. Energy of known structure: -19.58 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -17.89 New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -26.89 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.....((....(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).)....))...))))). New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.344, New DP Energy: -23.15 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((........[[[[[[........)))))))..........]]]]]]. New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -22.67 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -21.40 ((((([[[[[)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -21.37 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))............((((((((...((........))...))...)))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -20.90 ((((([[[[[))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......((((((((...((........))...))...)))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.89 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((...........(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).).........))))). New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.355, New DP Energy: -20.87 ....(((((....(((....))).............((((.........))))......((....)))))))............(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -20.86 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))..........)))))))))...(((............))). New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -20.82 (((((.....))))).......(((.(((....(((((((.........))))...)))....))).))).(((((.(((((((((((........)).))))...))))).)))))..((((............)))) New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.132, New DP F-measure: 0.143, New DP Energy: -20.82 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.............(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........))))). New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.328, New DP Energy: -20.79 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..((........))...((((((((...((........))...))...)))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -20.72 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))...(((............))). New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.172, New DP F-measure: 0.164, New DP Energy: -20.71 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))...[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -20.63 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((............)))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.317, New DP Energy: -20.50 New DP F-measure-avg: 0.438, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[.)))))))))....(.((((((......((((.....))))..{{{{.]]]]].....)))))))...............}}}}. (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). Energy of known structure: -15.36 Initial sens: 0.174, Initial ppv: 0.138, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -22.79 New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -24.87 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -24.55 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -24.26 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....((((((((....)))..........(((..........))).))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -24.09 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.207, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -23.22 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((([[[[.(.(((........))).)......))))..............]]]].. New DP sens: 0.565, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.520, New DP Energy: -23.12 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((..((...((........))...)).........)))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -22.95 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]............((((((((....)))..........(((..........))).))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -22.60 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((......(((((...)))))..{{{{.]]]]].....))))))................}}}}. New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -22.51 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((([[[[.......(((....)))........))))..............]]]].. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.81 (((((((((..[[[[[.))))))))).((((.{{{{{{.......))))..........((((.]]]]].....}}}}}}................)))). New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.157, New DP Energy: -21.80 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...))))..........((((..((...((........))...)).........)))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.72 (((((((((........)))))))))....(.((((((......(((((...)))))..(((....))).....))))))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.72 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.69 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((.(((.(((....)))..))).........)))).................... New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -21.66 New DP F-measure-avg: 0.250, New DP F-measure-best: 0.609, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((.........((....))..((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... .........((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))((((((((.......))))))))........ Energy of known structure: -16.19 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.850, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -16.81 New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -18.49 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -17.60 ((((...........((....))..((((((.......)))))).(((((((.......))))))).)))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -17.51 .(((.......))).(((((.....[[[[[[)))))..]]]]]]((((((((.......))))))))........ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -17.29 ((((.....((((........))))((((((.......))))))((((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -16.93 .........((((..[[[[[...))))....]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -16.75 ((((.....((((..((....))))))((((.......))))..((((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -16.56 .........((((..[[[[[.))))......]]]]].....(((((((((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.53 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -16.50 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.19 .(((.......))).((....))..((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.74 .........((((..[[[[[...))))....]]]]].....(((((((((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -15.68 (((((((..((((..((....))))))((((.......)))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -15.44 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))....)))) New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -15.22 (((((((........((....))..((((((.......))))))(((((.........))))).))))))).... New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -14.76 .(((.......))).(((((...........)))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -14.73 .........((((........))))((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -14.67 .........((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))(((((.........)))))............ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -14.45 (((((((..((((........))))((((((.......))))))(((((.........))))).))))))).... New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -14.45 ..((((...((((..((....)))))).....)))).....(((((((((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -14.44 New DP F-measure-avg: 0.565, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -20.04 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -20.06 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -20.37 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))(((.(..........).)))..))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -19.80 .((((....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))...)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -17.29 (((((((..((((........))))...((((((........))))))(((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -17.11 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -17.01 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -16.86 (((((((..((((........))))...(((((...)))))(((((..............)))))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -16.57 .........((((...[[[[.)))).(((((((...))))))).(((.(((((.......))))).)))]]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -16.43 New DP F-measure-avg: 0.724, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -15.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.89 New DP sens: 0.905, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -16.58 (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.89 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -15.38 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -14.69 ...(((...((((........))))...(((.......))).......(((((.......))))))))..... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -12.82 New DP F-measure-avg: 0.894, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((...(((..........))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -13.74 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -11.13 New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.905, New DP Energy: -14.64 (((((((.((((....)))).....((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -14.29 ((((((..((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -14.22 ((((((...(((..........)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -13.80 ((.((...((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -12.96 ...(((((.[[[.)))))....]]]((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -12.91 ...((...((((....))))..)).((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -12.90 ....((((((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -12.43 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -11.81 ...(((((.[[[.)))))....]]]....(((((((.............((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -11.32 ((.((...((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -11.20 (((((((........[[[.......((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -11.18 (((((((.((((....)))).(((...............)))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -11.00 .....((((......))))...(((((((((((...)))))).....((((((.......))))))...))))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -10.98 ((((((([[[.......((....))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -10.96 ((((((..((((....)))).(((...............))).....((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -10.93 ........((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -10.92 ((((((([[[.(((((.((....))((((((((...))))))))........)))))........))))))).]]] New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -10.74 ((((((...(((...[[[....)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -10.71 ....((((((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -10.67 New DP F-measure-avg: 0.596, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.38 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -19.11 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.38 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -20.07 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).((((....))))....)))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -18.23 (((((((((((.((...((.........)))).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -18.04 ((((((((((...(((......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -17.67 (((((((([[[((((..((.........))...)))).((((..((((....))))...)))).))))))))]]]. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -17.29 ((((((((.((((........))))....(((......)))........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -17.29 (((((((.[[[..(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -17.14 (((((((([[[..(((......))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -17.09 (((((((.....[[[...........(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -16.99 ((((((((.((((........)))).)..(((......))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -16.95 ((((((((....[[[...........(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -16.94 ((((((((((..[[[...........(((((.......))))).((((....))))....)))..)))))))]]]. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -16.39 New DP F-measure-avg: 0.677, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -17.74 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -16.36 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -17.86 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -17.85 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......)))))..(.((((((.......)))))..).)... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -17.63 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).(((.(((((.......)))))..)))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -17.39 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......)))))........ New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -17.17 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...((((....))))(((((.......))))).))))... 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New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -15.17 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))((((([[[[[..)))))...]]]]] New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -14.84 ((((((.......)))))).......(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -14.21 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))(((((.......)))))........ New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -14.16 ((((((...[[[[))))))..]]]]...((((((...........[[[[.)))))).....]]]]........ New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -14.13 (((((((...(((........)))((((((((((..((((....))))..))))))...))))..))))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -14.09 (((((((.....(((((............)))))..((((....))))(((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -14.05 .........((((........)))).(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -13.91 New DP F-measure-avg: 0.528, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.(((((((((.(.((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.96 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.511, Initial Energy: -16.86 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.96 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -20.41 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -19.16 (((((....((((........))))....))))).......((((...(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.96 ..((((...[[[[))))....]]]].(((((.......))))).((..(((((.......))))).....)).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -18.56 ..((((...[[[[))))....]]]]((.(((...))).)).((((...(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -18.07 .((((....)))).....((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -18.02 ((((((((.((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))............)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -17.88 ..((((...[[[[))))....]]]].(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -17.82 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -17.50 .((((....))))........((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -17.41 ..((((.......)))).((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -17.21 .((((....)))).....((((....(((((.......))))).....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -16.93 (((((((..((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -16.87 (((((((..((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........)).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -16.77 New DP F-measure-avg: 0.580, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... Energy of known structure: -2.82 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -3.71 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -6.95 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... 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New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -4.83 ............(((((.....[[[[[((((((.......)))))))))))...]]]]]...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.81 (((............)))......((((((([[[)))))))...........]]].......... New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -4.77 .(((((((((......................)))).)))))..(((....)))........... New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.194, New DP Energy: -4.75 ..(((((((........)))))))((((((([[[)))))))...........]]].......... New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -4.71 ((((((((....(((((......................[[[....)))))..)))))))).]]] New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -4.57 ((((...)))).(((((.......((((((([[[))))))).....))))).]]].......... New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -4.39 (((......[[[[[.)))..]]]]]....(((((((............))))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.36 New DP F-measure-avg: 0.193, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((........))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -5.62 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -6.07 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.30 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]]...((..((((.......)))).))........ New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -5.99 (((((....(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))..))))).... New DP sens: 0.944, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.971, New DP Energy: -5.80 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]].......((((.......))))........... New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -5.68 ........(((((((((........)))))))))...((..((((.......)))).))........ New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -4.98 ........(((((((((........))))))))).......((((.......))))........... New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -4.67 (((((...(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))..))))).... New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -4.43 ....((..........)).(((((.......))))).....((((.......))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -4.38 ....((..........)).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -4.37 .........(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))........... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -4.20 .........(((...))).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -4.19 ....(((..........)))((((.......))))..((..((((.......)))).))........ New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -3.66 ....(((..........)))....((((......))))...((((.......))))........... New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -3.66 ....(((.[[[[[....)))...............]]]]].((((.......))))........... New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -3.01 ........(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))........... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -2.68 New DP F-measure-avg: 0.499, New DP F-measure-best: 0.971, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 14 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.33 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -19.65 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -20.82 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -19.54 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -18.87 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -18.78 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -18.49 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -18.40 (((((((..((((((....)).))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -17.25 ....((((((...((..((((...((...(((((((......)))))))....))...))))...))....)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.17 (((((((..((((.........))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.684, New DP Energy: -17.16 (((((((..((((...........)))).(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -17.07 New DP F-measure-avg: 0.456, New DP F-measure-best: 0.744, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 9 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... (((((((.....(((((.......)))))....(((....)))))))))).... Energy of known structure: -1.05 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -3.20 New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.71 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.55 ((((((((....(((((.......))))).....((....)))))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -5.38 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -4.38 ............(((((.......)))))...((((((..........)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.24 (((((((((((((((((.......))))).......)))))..))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -4.10 ............(((((.[[[[..)))))......]]]]............... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.90 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -3.53 ((((((((........(((..............)))......)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -3.02 ............(((((.......))))).......(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.00 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -2.77 New DP F-measure-avg: 0.364, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.12 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.12 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -15.55 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -17.43 New DP sens: 0.947, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.973, New DP Energy: -17.43 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -15.58 New DP F-measure-avg: 0.908, New DP F-measure-best: 0.973, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.54 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.54 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -18.85 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -18.85 .((((((((....)))))))).(((.(((.......))))))((((....))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -18.54 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -16.92 ...((((((....))))))((((....)))).......(((((((....))))))). New DP sens: 0.867, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -16.18 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -15.32 New DP F-measure-avg: 0.732, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -8.73 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -12.59 .((((((((....)))))))).............(((.[[[[[[))).]]]]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -10.99 .((((((((....)))))))).............(((..[[[..)))]]]..... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -8.90 New DP F-measure-avg: 0.825, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -8.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.99 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.99 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.25 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.25 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -6.84 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.84 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.84 ....(((((.......))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.58 New DP F-measure-avg: 0.500, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -18.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.64 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -20.64 .((((((((....))))))))............((((....[[[[))))]]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -18.39 .((((((((....))))))))............((((....[[[[)))).]]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.38 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -16.99 New DP F-measure-avg: 0.742, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -30.15 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -30.15 ...((((((....))))))((((.(((((....))))).[[[[[[[[[))))....]]]]]]]]]. New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -25.74 New DP F-measure-avg: 0.796, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). Energy of known structure: -22.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -22.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -23.74 New DP F-measure-avg: 0.909, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... .(.((((((....)))))).). Energy of known structure: -7.23 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -7.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.23 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. Energy of known structure: -15.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -16.50 New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -16.77 .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -16.50 .((((((((....)))))))).....(((...[[[[))).....]]]]... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -15.22 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -14.71 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -13.15 New DP F-measure-avg: 0.751, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.........))).(((((...))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -9.18 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -11.35 ((((..(((....)))...)))).(((.........))).(((((...))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -9.80 .((((.(((....))).)))).....(((....[[[[...))).....]]]]. New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -9.23 .((((.(((....))).)))).((((.......[[[[...))))....]]]]. New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -9.10 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -8.11 ((((..(((....)))...))))...(((....[[[[...))).....]]]]. New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -8.00 .(((..(((....)))....))).(((.........))).(((((...))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -7.59 New DP F-measure-avg: 0.485, New DP F-measure-best: 0.737, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.29 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.29 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.29 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....)))))..)))... Energy of known structure: -4.24 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.56 New DP sens: 0.867, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -10.52 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -9.96 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -8.85 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((......)))))..... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -7.01 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((........)))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.71 .((((((((....)))))))).....((((.................))))............... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -6.66 New DP F-measure-avg: 0.601, New DP F-measure-best: 0.839, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((((((((....))))))))).... .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -5.03 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.238, Initial F-measure: 0.278, Initial Energy: -9.48 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -11.55 .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -10.35 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]].....(((((((.........))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -9.00 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))).))))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -8.90 ........(((((.....(((.......)))..)))))..(((((((((....))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -8.65 .(((((.((....)).))))).......((((......)))).(((((((.........))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -7.88 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..((((.[[[[[..))))..]]]]]... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -7.82 .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))).))))... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -7.70 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..((((.[[[[[..))))]]]]]..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -7.50 .......((....)).(((((..........)))))....(((((((((....))))))))).... New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -7.35 .(((((..[[[[[...))))).....((((...]]]]]..[[[[...)))).....]]]]...... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.303, New DP Energy: -6.43 New DP F-measure-avg: 0.465, New DP F-measure-best: 0.774, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) Energy of known structure: -12.82 Initial sens: 0.846, Initial ppv: 0.611, Initial F-measure: 0.710, Initial Energy: -16.09 New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -16.09 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -15.25 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -14.75 .((((((((....)))))))).........(((....)))((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -14.74 .((((((((....))))))))(((......(((....))).(((....)))))). New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -14.52 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -14.12 .((((((((....))))))))(((..(((.(((....))).))).......))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -13.55 .(((((((([[[.))))))))(((......)))((((((....]]]..)))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -13.29 ...((((....))))..(((((....(((.(((....))).)))....))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.12 New DP F-measure-avg: 0.618, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).................(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). .(((.(((((....)))))))).....((........))(((((((((...((((.......))))...))))))))). Energy of known structure: -24.27 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -23.50 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -25.67 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.......))))...))))))))). New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -24.60 .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -22.99 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.......))))...)))))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -22.22 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....)))))))).(((........)))...((((((....)))))). Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -19.53 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -20.20 New DP F-measure-avg: 0.903, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.99 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.99 .((((((((....))))))))..........((((.......))))......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -6.95 .((((((((....))))))))........(((((....)))))............ New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -6.55 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -6.00 .((((((((....))))))))...................(((....)))..... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -4.82 .((((((((....))))....((((...((((.....))))...))))..)))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -4.42 .((((((((....))))))))...........((((...))))............ New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -4.11 New DP F-measure-avg: 0.621, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -11.43 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.76 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -11.43 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -25.50 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -25.50 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -24.65 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -24.58 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -24.27 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -23.51 .((((((((....))))))))(((......)))((((....[[[[[[[[))))]]]]]]]].... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -22.36 .((((((((....)))))))).....(((((((([[[[[))))))))((....)).]]]]].... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.69 .((((((((....))))))))(((......))).(((((.......(((....)))))))).... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -20.57 New DP F-measure-avg: 0.745, New DP F-measure-best: 0.865, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.42 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.42 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.42 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -15.06 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -16.26 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -16.26 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.06 .((((((((....))))))))(((((.......................))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -15.03 .((((((((....)))))...[[[[[.........)))...........]]]]] New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -13.36 .((((((((....))))))))...............(((............))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -12.80 New DP F-measure-avg: 0.654, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -10.64 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -11.57 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -11.57 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.64 .((((((((....))))))))....((((((..(((((.[[[))))))))))).......]]]. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -10.00 .((((((((....))))))))............(((((.[[[))))).............]]]. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -8.79 ..(((((((....)))))))((((......)))).........((((((....))))))..... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -8.46 .((((((((....))))))))....((((((........[[[.....)))))).......]]]. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -8.24 ..(((((((....)))))))((((......))))..(((((.....)))))............. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -7.73 .((((((((....))))))))..........((.......)).((((((....))))))..... New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -7.64 New DP F-measure-avg: 0.723, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.46 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.46 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.46 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....)))))))...................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -21.92 New DP sens: 0.960, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.980, New DP Energy: -22.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -22.23 ..(((((((....)))))))...................(.(((..((((((((..(((((....))))))))))))).))).). New DP sens: 0.920, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -21.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -21.23 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -20.12 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -19.62 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -19.42 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -19.40 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -19.35 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -19.12 .(((((.......))))).....................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -18.89 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -18.78 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -18.69 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -18.62 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -18.53 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -18.42 .(((((.......)))))..............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -18.41 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -18.30 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.27 New DP F-measure-avg: 0.551, New DP F-measure-best: 0.980, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. Energy of known structure: -15.12 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -16.91 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -19.32 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[...))))))....]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -16.57 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........)))))). New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -16.24 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[....{{{...))))))..]]]}}} New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -15.85 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[....))))))...]]].. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.60 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[..........))))))..]]]... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).((((((............[[[...)))))).....]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -14.61 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -12.90 .((((((((....)))))))).((((((..................))))))........ New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -12.90 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -12.49 New DP F-measure-avg: 0.564, New DP F-measure-best: 0.848, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....)))))))...................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -19.52 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -21.06 New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.898, New DP Energy: -21.99 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -21.41 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -19.80 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.520, New DP Energy: -19.33 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -19.13 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.89 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -18.88 .(((((...(((.......)))..........(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -18.87 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -18.48 .(((((.......))))).....................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -18.17 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.01 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.87 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.204, New DP Energy: -17.72 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -17.69 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New DP sens: 0.120, New DP ppv: 0.111, New DP F-measure: 0.115, New DP Energy: -17.68 .(((((((((((.......)))............))))))))((.((.(((((..((((((....))))))))))))).)).... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -17.67 New DP F-measure-avg: 0.429, New DP F-measure-best: 0.898, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -9.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.54 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -12.54 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -22.75 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -22.75 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -22.71 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -18.94 New DP F-measure-avg: 0.716, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -24.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -29.07 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -29.07 New DP F-measure-avg: 0.878, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -29.06 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -29.02 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -29.06 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -28.58 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -25.75 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.55 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((........))))............. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -23.28 New DP F-measure-avg: 0.804, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.28 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.28 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .((((((...)))))). Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -2.21 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.65 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((.......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -7.87 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -10.95 New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -11.08 .(((.......[[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -9.04 ........((([[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -9.02 ....((.(..((((((.......))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -8.42 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -8.13 .((.....)).((((((..........))))))...........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -7.78 ........((((((((.......)))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -7.30 ....((.(..((((((.......))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -7.26 New DP F-measure-avg: 0.630, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... Energy of known structure: -12.27 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.958, Initial Energy: -17.51 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -17.51 ....(((((((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -16.76 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -16.58 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -15.83 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((....)))))..[[[[[....)))))..]]]]].... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -15.78 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -15.59 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))..(((((...........))))).... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -15.00 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))................. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -14.94 ....((((.((((....))))...........(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -14.84 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -14.66 ........(((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).......... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -14.59 (((((...(((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))))........ New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -14.32 ........(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))..[[[[[.))))).))).]]]]].... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -14.27 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((......)))))......))))).)))...))))... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -14.14 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....))))...........(((((...........))))).... New DP sens: 0.208, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -14.10 ........(((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).............. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -13.98 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((......)))))[[[[[....)))))..]]]]].... New DP sens: 0.208, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.208, New DP Energy: -13.96 ....((((.((((....))))...........(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -13.91 .........((((....))))...((((.((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).))))..... New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -13.86 ........(((((.......))))).......(((((........(((((....)))))..[[[[[.))))).....]]]]].... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -13.79 New DP F-measure-avg: 0.673, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.51 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -24.37 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -28.31 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.920, New DP Energy: -28.31 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -28.12 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -27.59 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -25.74 .....(((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -25.61 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -25.37 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -25.18 .((((.........((((...)))).((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -24.22 .((((.........((((...))))..(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.17 .((((..((((......((((.....))))((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -24.10 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -24.05 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New DP sens: 0.208, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -23.81 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -23.72 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....)))))).......))))........)))). New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -23.49 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -23.33 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -23.10 .((((..((((...((((...)))).....((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -22.97 .....(((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))........ New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -22.80 .....(((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).......... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -22.67 New DP F-measure-avg: 0.658, New DP F-measure-best: 0.920, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -8.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.30 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New DP sens: 0.769, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -6.87 New DP F-measure-avg: 0.935, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -12.78 New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -14.68 ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.979, New DP Energy: -12.78 .((((..[[[[[[[)))).....((((((........]]]]]]].))))))((((((((......)))))))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -12.02 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -11.13 ((((...(((((((.(((((....[[[....))))).))))))).)))).]]]((((((......))))))... New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -10.97 .......(((((((.........[[[[[[........))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -10.97 .((((.[[[[[[..)))).....((((((....]]]]]]......))))))((((((((......)))))))). New DP sens: 0.348, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -10.20 .((((..[[[[[[[)))).....((((((.{{{{{..]]]]]]].))))))...........}}}}}....... New DP sens: 0.304, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -9.84 ......((((((...........[[[[[[....))))))......]]]]]]((((((((......)))))))). New DP sens: 0.348, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -9.28 .......(((((((.(((((....[[[....))))).)))))))......]]]((((((......))))))... New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -9.07 .((((..[[[[[[[))))...(((........)))..]]]]]]].......((((((((......)))))))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -8.96 .......(((((((.........[[[[[[.{{{{{..))))))).]]]]]]...........}}}}}....... New DP sens: 0.304, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -8.79 New DP F-measure-avg: 0.646, New DP F-measure-best: 0.979, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). ......((((.(((......)))))))..... ......((((.(((......)))))))..... Energy of known structure: -0.48 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -3.82 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -3.82 (((((.[[[[.))))).......]]]]..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -3.71 (((((.[[[[.)))))....]]]]........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.54 (((((...[[[)))))]]]............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.08 ...........(((.[[[[.)))]]]]..... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -2.78 ........((([[[..))).]]]......... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -2.70 (((((...[[[)))))]]]..(((.....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.58 .((((......))))((((....))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.56 ........((([[[[.)))...]]]]...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.41 (((((......)))))(((....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.86 ......((((..........))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.61 ...........(((......)))......... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -1.07 (((((......))))).....(((.....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.90 ...........((((.......))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.80 ........(((.....)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.69 ........(((.....)))..(((.....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.19 New DP F-measure-avg: 0.174, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -1.94 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -5.59 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.59 .((((..........[[[.[[[[.))))]]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.76 ((((....)))).......((((.....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.61 .((((..............[[[[.))))]]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.52 .((((((((((..........))))....)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -3.36 ((((....))))........((((........)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.63 .((((...............[[[[))))....]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.66 New DP F-measure-avg: 0.107, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL guggguGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCC .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). Energy of known structure: -15.05 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -14.64 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.05 .((((((.((((....))))...))))))...((((.....))))((((((....)))))). 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New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -11.64 .((((((..(((.......))).)))))).....((((..(((......))).....)))). New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -11.47 .((((((.((((....))))...))))))...((((.....))))....((((....)))). New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -11.37 .((((((.((((....))))...)))))).....(((............[[[[.)))]]]]. New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...))))))............(((.....[[[[.)))]]]]. New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...)))))).....((((...(((..........))))))). New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -11.16 New DP F-measure-avg: 0.539, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00650; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.saccatum.C1.SSU.1512; ORGANISM=NULL UUCCGUUAACACACCUAGCGGAU .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). Energy of known structure: -3.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.99 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.99 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL auggguGGUUUUCCAUCAGCAUUACCCAACACAGCUUUCAAGCUAGUA .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))....((((....)))).... Energy of known structure: -7.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.86 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -7.86 .((((((((........[[[)))))))).....]]]............ 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.87 New DP F-measure-avg: 0.274, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00672; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.P.carinii.Pc3.C1.LSU.1921; ORGANISM=NULL UAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUG .(((((((..........))))))). ((((((((..........)))))))) .(((((((..........))))))). Energy of known structure: -5.39 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -4.77 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.39 .....(((((....)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.92 ..........(((....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.61 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL guggugguAGAACUACAUGUGCCACCUACAGCUUAUAUUGCUAGUCUAUCGUAACUGAUGGGCA .((((((((..........................))))))))((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). ..(((((((..........)))))))....((.......))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -6.91 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -11.23 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -12.71 (((((([[[[.........))))))]]]](((.......))).((((((((....)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -11.36 ..(((((((..[[[[....)))))))....((((((.....]]]]............)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.63 ..(((((((..........)))))))....((((((.((((.........))))...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.55 (((((([[[[.........))))))]]]].((((((.((((.........))))...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.89 ((((((.............)))))).....((.......))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -9.85 (((((.[[[[.))))).........]]]](((.......))).((((((((....)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -9.73 ..(((((((..........)))))))............((((.(((..........))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.70 (((((([[[[.{{{{....))))))]]]].((((((.....}}}}............)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.44 (((((([[[[.........))))))]]]].........((((.(((..........))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.36 ..(((((((..[[[[....)))))))....((.......))]]]]((((((....))))))... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -9.09 (((((......))))).............(((.......))).((((((((....)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.83 New DP F-measure-avg: 0.225, New DP F-measure-best: 0.500, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00697; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.T.malaccensis.C1.LSU.1925; ORGANISM=NULL ACUCUCUAAAUUGUAAAAUUUCCUUUGGAGGGA .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). Energy of known structure: -6.22 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.22 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.22 .((((..(((((....))))).....))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.46 New DP F-measure-avg: 0.500, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00715; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.m.S.luteus.A1.LSU.2504; ORGANISM=NULL cgauAGUUUAAAUGUCGCUUAAAUUAGAAAUAAUUUAU (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). Energy of known structure: -5.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.17 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.17 ....(((.........)))(((((((....))))))). New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -3.32 ...((((((((.......))))))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.78 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00002; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=17RA; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUAAGGAUUACCUAUGCC (((((.(((....)))))))) ((((((.((....)))))))) ((((((.((....)))))))) Energy of known structure: -4.58 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -4.58 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -4.58 ((((((.........)))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -2.93 ......(((....)))..... 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Energy of known structure: -3.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -8.71 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -8.71 (((((((((.......)))....)))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -5.32 New DP F-measure-avg: 0.599, New DP F-measure-best: 0.824, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00015; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ATV; ORGANISM=SYNTHETIC GGGACCAGAAGGUCCCG ((((((....)))))). ((((((....)))))). ((((((....)))))). Energy of known structure: -7.78 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.78 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.78 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00028; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1C0O; ORGANISM=TETRAHYMENA THERMOPHILA GGGUCUUCGGGUCC (((((....))))) ((..(....)..)) (((((....))))) Energy of known structure: -4.34 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -3.17 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.34 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00049; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EOR; ORGANISM=NULL GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) Energy of known structure: -6.68 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.68 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.68 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -2.75 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -4.22 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -4.22 .((((......))))(((......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.74 (((...........)))..(....).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.58 New DP F-measure-avg: 0.308, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -2.59 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -2.59 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -9.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.03 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.03 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -3.44 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.44 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.44 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -1.81 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.81 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -1.81 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) .((((((.((.(((....))))).)))))). Energy of known structure: -6.63 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -7.81 New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -8.07 (((((((...((((....))))..))))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -7.81 ..........((((....))))((....)). New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -6.11 New DP F-measure-avg: 0.728, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -9.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.01 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.01 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.65 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -21.04 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -23.58 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -23.58 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.936, New DP Energy: -23.16 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -22.41 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -21.85 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -21.14 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -20.68 New DP F-measure-avg: 0.832, New DP F-measure-best: 0.936, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -4.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.86 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.86 ......(((.....)))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -1.54 ...(((.........)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.97 New DP F-measure-avg: 0.515, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -8.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.51 .((((.....[[[))))]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.61 .((((.....[[[))))...]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.54 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -13.80 New DP sens: 0.920, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -17.54 (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).((((((...))))))..))))))))) New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -15.24 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -14.34 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -13.82 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -13.78 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -13.78 New DP F-measure-avg: 0.505, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.05 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -12.05 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -4.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.30 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -11.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -12.21 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -12.21 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -11.04 New DP F-measure-avg: 0.926, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -6.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.79 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.79 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -6.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -7.08 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -7.08 New DP F-measure-avg: 0.933, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -0.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -4.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -4.65 New DP F-measure-avg: 0.857, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -5.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.01 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.01 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -7.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -8.75 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.947, New DP Energy: -8.75 ((((...((((((....))...))))...)))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -6.71 ((((......(((....))).........)))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -5.14 (((.......))).....(((...)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.02 New DP F-measure-avg: 0.666, New DP F-measure-best: 0.947, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -10.06 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.06 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.06 ((((((...(((((....))))).........)))))) New DP sens: 0.846, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.917, New DP Energy: -9.19 New DP F-measure-avg: 0.958, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -17.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -35.79 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -35.79 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -32.52 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -31.15 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -30.43 .......(((((..(.((((.......)))).)...))))).((((..[[[[.))))..]]]]....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -29.67 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))......]]]].........(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -29.27 New DP F-measure-avg: 0.716, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -9.88 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -11.54 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -11.54 New DP F-measure-avg: 0.952, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((.(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))....))). Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -19.06 New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -19.09 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -18.56 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.57 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -17.11 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New DP sens: 0.522, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -17.07 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -16.52 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New DP sens: 0.522, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -16.50 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -16.43 .....(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))........ New DP sens: 0.739, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -15.62 .(((((((((.......)))))....((((((((....(((((........)))))........))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -15.43 .....(((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...)))))............ New DP sens: 0.391, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -15.15 New DP F-measure-avg: 0.607, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.30 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) Energy of known structure: -29.43 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -33.89 New DP sens: 0.967, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.967, New DP Energy: -33.89 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -32.31 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -32.21 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -31.97 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New DP sens: 0.767, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -31.82 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[[....))))).(.(((....)))..)..]]]]]]]......... New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -31.70 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.644, New DP Energy: -30.75 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -30.65 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.931, New DP F-measure: 0.915, New DP Energy: -30.40 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -30.37 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -30.10 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -29.99 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[[....))))).(.(((....)))..)..]]]]]]]......... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -29.98 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[[....))))).(.(((....)))..)..]]]]]]]......... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -29.87 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))....)))))..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -29.72 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -29.53 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((....((....))(((....))).....))))))).....)))) New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -29.25 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -29.05 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........))))))..... New DP sens: 0.767, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.836, New DP Energy: -28.82 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -28.82 New DP F-measure-avg: 0.693, New DP F-measure-best: 0.967, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -13.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.03 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.03 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((...........)))))))) Energy of known structure: -9.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.08 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -9.28 New DP F-measure-avg: 0.889, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) Energy of known structure: -6.36 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -4.14 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -7.03 ..(((((((((........))..((((........)))).))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.519, New DP Energy: -4.73 ..(((((((....(((..................)))...))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -4.38 ........(((........))).((((........))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.21 New DP F-measure-avg: 0.523, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -11.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.66 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -13.66 (((((((.((((....))))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -12.23 New DP F-measure-avg: 0.905, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.65 .....((((((((((((....))))))))))))........ New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -15.40 New DP F-measure-avg: 0.879, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -3.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.51 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -15.02 New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -18.82 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -17.09 ...(((((.((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -16.62 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -16.24 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -16.02 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -15.92 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.88 .((((....((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -15.87 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.72 New DP F-measure-avg: 0.632, New DP F-measure-best: 0.914, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.24 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.24 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.24 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -12.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -13.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -13.51 New DP F-measure-avg: 0.963, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -8.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -10.94 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -10.94 New DP F-measure-avg: 0.923, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((..((((.((((.......)))))))))))))))) Energy of known structure: -4.08 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -5.27 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -6.44 (((((.(((.....((((((.......))))))..)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -6.10 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -5.77 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -4.50 .........((((((((................)))))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.99 (((((((((.......))))..(((((....)))))..))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -3.83 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -3.52 ...........((((.((((.......))))))))........ New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -2.55 New DP F-measure-avg: 0.592, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((.....(((....)))....))))) Energy of known structure: -8.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.71 New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -9.15 (((((((((........))))...))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -5.72 New DP F-measure-avg: 0.748, New DP F-measure-best: 0.941, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -11.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -11.12 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -11.12 (((((...((((....).)))..))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -7.26 New DP F-measure-avg: 0.816, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). (((((.((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...)))..))))). Energy of known structure: -15.11 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -17.74 New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -17.84 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -17.22 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -16.93 ((((((......(((.........)))...............(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.703, New DP Energy: -14.52 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -14.49 ((((((..(((((((.........))).......))))..........((((......)))).......)))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.684, New DP Energy: -13.97 ((((((((((....))))......((..........))....(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.91 New DP F-measure-avg: 0.672, New DP F-measure-best: 0.829, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))((....((((......))))....))......)))))))) Energy of known structure: -19.54 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -20.02 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -21.47 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -20.57 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -20.48 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -19.82 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -19.58 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -19.10 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -18.99 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....(((.......))).((....))....)))))))) New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -18.93 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -18.92 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -18.77 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -18.34 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -18.20 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) New DP sens: 0.958, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -18.11 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -17.93 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -17.86 ((((((((.....(((((......)))))(((...((....((((......))))....)))))...)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -17.58 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -17.39 New DP F-measure-avg: 0.568, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -4.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.93 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.93 ....(((....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.94 New DP F-measure-avg: 0.500, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -12.94 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -9.27 New DP sens: 0.938, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.968, New DP Energy: -12.97 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -9.83 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -9.80 New DP F-measure-avg: 0.879, New DP F-measure-best: 0.968, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -11.45 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -10.28 New DP sens: 0.938, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.968, New DP Energy: -11.48 (((((((..........)))))))....(((....((....))...))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.41 .((((((.....)))))).((.((....((......))......)).)) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.46 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -8.34 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -8.31 (((((((.......[[[)))))))....(((....]]]........))) New DP sens: 0.188, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.207, New DP Energy: -8.18 .((((((.....))))))...(((....)))....((....))...... New DP sens: 0.188, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -7.59 New DP F-measure-avg: 0.438, New DP F-measure-best: 0.968, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -9.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.91 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.91 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -14.21 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -14.21 (((((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))))) New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -11.77 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -11.63 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -11.19 New DP F-measure-avg: 0.747, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -7.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -10.33 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -10.33 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -8.04 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -7.62 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -7.32 .....((((((((...))))...[[[[[[[..........))))...]]]]]]] New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -6.98 New DP F-measure-avg: 0.580, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -6.30 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.51 New DP sens: 0.929, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -9.51 (((((((...((((((.........))))))(((.......)))...))))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -8.38 .....((((.(((((([[[......))))))....))))..]]].......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.72 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -7.62 ..........(((((([[[......))))))..........]]].......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.56 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -7.35 (((((((....(((((.........)))))(((((.....)))))..))))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -6.95 ..........(((...))).........(((((......))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -6.48 .....((((.(((...))).........[[[[[..))))]]]]].......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -6.24 (((((((...(((...)))...........(((((.....)))))..))))))) New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -5.94 New DP F-measure-avg: 0.431, New DP F-measure-best: 0.897, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.533, Initial F-measure: 0.552, Initial Energy: -9.70 New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -10.21 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New DP sens: 0.929, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -9.86 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -9.77 .....((((((((...))))........[[[[[..))))]]]]].......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -9.15 .....((((((((...)))))..)))....(((((.....)))))......... New DP sens: 0.357, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -6.66 ...((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -6.29 ........(((((...))))).........(((((.....)))))......... New DP sens: 0.357, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -6.22 New DP F-measure-avg: 0.624, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... Energy of known structure: -6.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -8.48 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -8.55 .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.968, New DP Energy: -8.48 .....((((((((...))))......[[[[[[[.......))))]]]]]]]... New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -8.16 ....(((.[[[)))..]]].......(((((((...........)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.43 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -5.92 ........(((.....))).......(((((((...........)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.88 .((((((.(((.....))).........(((((......)))))...)))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -5.77 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -5.20 ....(((....)))............(((((((...........)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.18 New DP F-measure-avg: 0.369, New DP F-measure-best: 0.968, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -9.56 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -19.84 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -20.19 ((((((.((((((((...)))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -19.89 ((((((.((((((.......)))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -19.77 ((((((.((((((.......)))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -19.72 ((((((.((((((((...)))))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -19.47 ((((((.((((((((...)))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -19.42 ..(((..((((((.......)))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.15 ..(((..((((((.......)))))))))....((((((((.((((((....)))...)))))))...))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -17.73 ..(((..((((((.......)))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -17.68 .......((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.44 ((((((.((((((.......))))))..........((((((((((((....))))).)).))))).........)))))) New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -16.39 ((((((............((((...))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.29 New DP F-measure-avg: 0.606, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -11.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -15.13 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -15.13 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -13.80 ........(((((((....)))))))(((....((((....))))....)))... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -13.60 ........(((((((....))))))).......((((....)))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -12.57 ....(((((((((((....)))))..)))))).((((....)))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -12.00 ........((((((([[[[))))))).......((((....))))......]]]] New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -11.95 New DP F-measure-avg: 0.670, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -8.77 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -11.75 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -11.75 .....(((.(((.......))).)))..(((((.[[[[.))))).....]]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -10.31 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -9.39 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.04 ........(((((...))))).......(((((.[[[[.))))).....]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -8.24 New DP F-measure-avg: 0.560, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -9.55 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -12.69 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -12.69 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -10.02 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -9.58 New DP F-measure-avg: 0.767, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. ((((((((.((((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))..))).)))))))).. Energy of known structure: -11.60 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -16.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -20.71 ((((((((...((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))).....)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -20.19 ((((((((.((((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))..))).)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -18.33 ((((((((...((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))).....)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -17.81 ((((((((.(((..((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).))).)))))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -16.88 ((((((((......((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).....)))))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -16.57 New DP F-measure-avg: 0.571, New DP F-measure-best: 0.714, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -7.93 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -13.84 New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -13.84 ..(((([[[[[[[[[...........[[[[[..))))..]]]]]..........]]]]]]]]]. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -13.80 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -13.04 (((((((((...((...(((...(((.......)))...)))....))...)....)))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -12.36 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -12.02 ((((((((..((((.........))))((((........))))..(((....))).)))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -11.81 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -11.37 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.28 ((((((((......((((.....(((.......)))...))))..(((....))).)))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -10.97 ..(((.[[[[[[[[[........)))(((((........)))))..........]]]]]]]]]. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -10.94 ((((((((..((((((................)))))).......(((....))).)))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -10.53 ...((((.(...((...(((...(((.......)))...)))....))...).))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.13 New DP F-measure-avg: 0.350, New DP F-measure-best: 0.571, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). (((((((.(((........(...((((..(((((......)))))..))))...).)))))))))) Energy of known structure: -13.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -14.33 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -14.62 (((((((..........(.(...((((..(((((......)))))..))))...).)..))))))) New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -12.37 (((((((.(((...........(((((...........))))).............)))))))))) New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -12.34 (((((((.(((......(((............)))...(((((...))))).....)))))))))) New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -11.49 (((((((..((.............))...(((((......)))))...(((....))).))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -11.35 (((((((..((.............))......((((..(((((...)))))..))))..))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -11.22 (((((((.(((............((((((((..........))))..)))).....)))))))))) New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -11.17 (((((((................((((..(((((......)))))..))))........))))))) New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -11.10 New DP F-measure-avg: 0.665, New DP F-measure-best: 0.919, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... ....(((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))).... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 0.611, Initial ppv: 0.611, Initial F-measure: 0.611, Initial Energy: -7.43 New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -7.53 (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -7.05 ..................((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].......... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -6.51 ....(((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))))))).... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -6.51 ............((((((.........[[[[..[[[[[..))))))]]]]]]]]].......... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -6.47 ..........((((......))))...((((..(((((........))))))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -6.24 .....((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).....)))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -6.21 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -6.20 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.211, New DP Energy: -5.79 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New DP sens: 0.278, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -5.78 (((.[[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}]]]]].... New DP sens: 0.278, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -5.67 ............(((((..[[[[[....[[[.)))))]]]........]]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.56 .....((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))....)))). New DP sens: 0.278, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -5.51 ..................((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]......... New DP sens: 0.111, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -5.50 ............((((((..........[[[.[[[[[[..))))))]]]]]].]]]......... New DP sens: 0.111, New DP ppv: 0.133, New DP F-measure: 0.121, New DP Energy: -5.46 ............(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.43 (((.[[[[[[..((((((.........[[[[.........))))))..)))]]]]]]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -5.35 ......((((..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]....))))}}}}.......... New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -5.33 (((.[[[[[[..(((((..(((....)))...)))))...........)))....]]]]]].... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -5.27 ............(((((..[[[[[....{{{.)))))...........]]]]]}}}......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.24 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 0.778, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... ....((((((..(((((..((........)).)))))...((((.....))))..)))))).... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.353, Initial F-measure: 0.343, Initial Energy: -6.28 New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -7.53 (((.[[[[[[.(((((.(((.......[[[[....)))...)))))..)))]]]]]]]]]].... 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New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -6.92 ((((((((........(((...)))(((.......)))..)))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -6.43 New DP F-measure-avg: 0.613, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).)))....)))) Energy of known structure: -0.58 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -5.93 New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -5.98 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ 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(((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -11.15 New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -11.15 .((([[[[.....[[[[.)))..]]]]...]]]]....(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.77 ((((((.......((((......))))...(((....)))...)))))) New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -10.72 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -9.95 (((((((((((...)))))(((.((((....).)))...))).)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -9.69 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -9.19 ..(((........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -9.00 ((((((.(((((.((((......)))).....)))))......)))))) New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -8.90 ..((((((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.82 .(((.........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -8.77 ....((((.....((((......))))...))))....(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.49 ..(((..[[[[[.[[[[.)))..]]]].....]]]]].(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -8.46 .(((.(((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.25 .(((...[[[[[.[[[[.)))..]]]].....]]]]].(((....))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -8.23 ..(((.............)))..((((....).)))..(((....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.07 ......(((((...)))))....((((....).)))..(((....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.69 .(((..............)))..((((....).)))..(((....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.41 New DP F-measure-avg: 0.299, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -5.68 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -6.56 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -6.56 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.40 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.03 ..........(((....(((......)))..)))......... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -3.54 .....(((..[[[.)))(((......)))..]]]......... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -2.58 New DP F-measure-avg: 0.264, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.51 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.63 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.62 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -7.03 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.01 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.72 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -8.71 ..(((((..(((...)))((.......))..)))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.38 ..(((((...[[[....(((.......))).)))))..]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.73 New DP F-measure-avg: 0.222, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -5.35 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.696, Initial Energy: -9.33 New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -9.33 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -8.50 .....(((((....)))))...........(((......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.01 .....(((((....))))).........((((......)))). 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New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -5.92 New DP F-measure-avg: 0.251, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -9.74 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -9.26 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -10.25 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -7.66 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.64 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -10.55 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -10.55 (((((((.(((((..........))).))..).....)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -8.19 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.17 ((((((.........(((.....)))...........)))))) New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -6.97 ((((((.(((....)))...(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -6.63 New DP F-measure-avg: 0.547, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((....(((....(((......)))..)))...))))). Energy of known structure: -8.31 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -6.09 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -9.08 New DP F-measure-avg: 0.696, New DP F-measure-best: 0.696, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -6.75 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.32 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -8.31 ((((((...(((...)))..(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -5.30 New DP F-measure-avg: 0.542, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.42 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.54 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.53 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -6.46 New DP F-measure-avg: 0.542, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -4.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.14 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.14 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.55 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.60 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -21.91 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -19.92 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))........ New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -19.12 (((((((((((((..(((..(....(((((((...)))))))...))))))).........)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -18.80 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))...... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -18.68 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -18.66 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......((((....)))))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -18.32 (((([[[[.)))).]]]]....((((((((((...))))))).))).(((((.......)))))(((.....))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -18.26 ((((((.........[[[[...((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -18.09 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -18.08 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -17.91 ((((.....)))).((((....((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).....)))).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -17.78 New DP F-measure-avg: 0.577, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... Energy of known structure: -21.75 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -21.98 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -21.98 ..((((...)))).(.((((((.((.(((((.......)))))......((((.......)))))).)))))).). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -19.57 ..((((...))))...((((((.((.(((((.......)))))..))..((((.......))))...))))))... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -19.36 ..((((...))))...((((((.((((((((.......))))..((((........))))..)))).))))))... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -19.07 ..((((...))))...((((((.((((..........((((((...))))))..........)))).))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.82 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.27 .((((((.........[[[[[[.[[[[.))))))...((((((...))))))..........]]]].]]]]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.95 ((((((...((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........))..)))))).... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -17.90 ((((((...((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -17.65 New DP F-measure-avg: 0.402, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} ((((((((..((....))...))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... Energy of known structure: -18.00 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -14.63 New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -18.49 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -18.44 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -18.01 ((((((((..((....))...))))))))((((....[[[[.))))..(((((.......)))))....]]]]... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -17.64 ((((((((.....[[[[[[..))))))))........((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.192, New DP F-measure: 0.217, New DP Energy: -17.17 ((((((((..((....))...)))))..)))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -17.10 (((((....((((........)))).(((((.......))))).(((((..((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -16.83 .........((((........)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -16.79 (((.....((((([[[[[[....))))))))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.192, New DP F-measure: 0.217, New DP Energy: -16.76 ((((((((.....[[[[[[..))))))))((((....{{{{.))))..(((((.]]]]]])))))....}}}}... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.185, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -16.34 ((([[[[[.((((........))))...)))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -16.20 ((([[[[[(((((..........))))))))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -16.20 ..(((([[[[...[[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]]))))).....]]]].. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -15.97 (((......(((([[[[[[..))))...)))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -15.95 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -15.85 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -15.77 ((((((((..((....))...))))))))((((.........))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -15.75 (((.....(((((..........))))))))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -15.64 ((((((((..((....))...))))))))........((((...(((((..((.......)))))))..))))... New DP sens: 0.100, New DP ppv: 0.095, New DP F-measure: 0.098, New DP Energy: -15.62 ((((((((..((....))...))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -15.30 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.43 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -20.42 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.43 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -17.14 (((((((.........[[[[...((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -16.84 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -16.73 .........((((........)))).(((((.......))))).((..(((((.......))))).....)).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -16.67 .........((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -16.50 New DP F-measure-avg: 0.824, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.26 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -18.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.26 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -19.95 (((((((((((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -18.20 ((((((((((...(((.......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -17.95 (((((((....[[[[............(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -16.89 ((((((((...[[[[............(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.85 ((((((((((((....[[[[.[[[[..(((((.......)))))........))))).....]]]])))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -16.68 (((((((....[[[[......((((..(((((.......))))).((((....)))).....)))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -16.52 (((((((.((...(((.......)))...))((((...)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -16.44 ((((((((........[[[[.......(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.39 ((((((((..............[[[[.(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.37 ((((((((((....))).....[[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -16.32 New DP F-measure-avg: 0.683, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -18.88 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -21.05 New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -21.59 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -20.31 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.79 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -19.17 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.88 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -18.51 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((.....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -18.37 (((((((.....))))((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -17.92 (((((((.....))))((((......)))).))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -17.79 (((((((...........(.(((.((...)).))).)..(((....)))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.68 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -17.42 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -17.40 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -17.37 (((((((.............(((....(((((.......)))))...))).((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -17.34 New DP F-measure-avg: 0.363, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -9.15 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.50 New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -11.50 ....................((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.66 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.17 .......((((...))))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.92 .....((((((((.......[[[[[[[[...............))))))))......]]]]]]]]........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.44 (((((((..((((......)))).((((.........))))....((((((.....))))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -9.21 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -9.19 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.99 (((((((..((((......)))).((((....)))).........((((((.....))))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -7.95 ....................((((((((........(((((.....)))))......))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.94 ....................((((((((...................[[[[[[....))))))))..]]]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.72 .....((((((((..............[[[[[[..........))))))))..]]]]]].............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.71 .........((((......))))....((((((...(((((.....)))))..)))))).............. New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -7.69 .....((((((((..............[[[[[[......{{{{))))))))..]]]]]].....}}}}..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.64 New DP F-measure-avg: 0.225, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... ((((((((((....(((.......(((((.......)))))........)))...))))).)))))..... Energy of known structure: -1.19 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -2.09 New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -3.89 .........((((......))))...............(((((((((((((...)))))).)))))))... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -3.53 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -3.48 ......(((((((...((............))..)))))))....((((((...))))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -3.37 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.323, New DP Energy: -2.93 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -2.63 ......(((((((.....................)))))))....((((((...))))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -2.61 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -2.54 .........(((((((........[[[[..........{{{{{{{)))))))...]]]]..}}}}}}}... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.40 ......(((((((...........[[[[......)))))))..............]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.22 .........((((......)))).((((..........[[[[[[[..........))))..]]]]]]]... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -1.87 .........(((((((......................[[[[[[[))))))).........]]]]]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.84 .......((((((...((............))..))))))(((((((.............))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.82 .........((((......)))).((((............[[[[[[[........)))).]]]]]]].... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -1.50 .....(((((............................[[[[[[[..........))))).]]]]]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.33 .....(((((...............((((.......))))[[[[[[[........)))))]]]]]]].... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.216, New DP Energy: -1.25 .........(((((((........[[[[.................)))))))...]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.51 .........(((((((........(((((.......)))))....)))))))................... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.303, New DP Energy: -0.35 (((((((..((((......))))..............((((.....))))..........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -0.34 .........((((......))))..............((((.....))))..................... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -0.22 New DP F-measure-avg: 0.275, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.57 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -12.37 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -16.70 (((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -16.63 ((((((((..................(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -16.24 ((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.10 (((((((........((((........((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -15.76 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.30 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...)).(((........)))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -14.73 .((((.........))))........(((((.......))))).((.(((((.......)))))))......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -14.52 ((((((((.............((...(((((.......)))))...)).(((........))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -14.51 ...............((((.......[[[.....[[[[[.))))...(((((.......))))).]]]]].]]]. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -14.23 .((((.........))))........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -14.19 (((((((....................((((.....)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -14.13 ..((((((((.....[[[[.......{{{..)))))))).]]]]...(((((.......))))).......}}}. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -14.13 (((((((........[[[[........((((.....)))).......(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -13.90 ..((((((((.....[[[[.......{{{..)))))))).]]]]((.(((((.......))))))).....}}}. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -13.86 ((((((((...................((((.....))))........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -13.67 ((((((((.............((...(((((.......)))))...))((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -13.64 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...))((((......)))).))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -13.62 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -13.60 ..((((((((................[[[..))))))))..((....(((((.......)))))....)).]]]. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -13.47 New DP F-measure-avg: 0.566, New DP F-measure-best: 0.895, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.49 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.57 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -17.16 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -16.06 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -15.54 .((((....((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......))))).))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -15.11 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -14.59 ..((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -14.30 .........((((.........)))).((((([[[[[[.)))))....(((((.......)))))]]]]]]..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -13.88 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((......))))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -13.64 ((((((.......((.(((.......))).))......))).)))...(((((.......)))))..((....)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -13.49 ..((((...((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -13.35 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......)))))..))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -13.35 New DP F-measure-avg: 0.612, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} ((((((...(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))).))))))}}}} Energy of known structure: -7.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -10.35 New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -10.12 ((((((...((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))).))))))}}}} New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.37 ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.909, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -9.03 .........((((.[[[[))))((((((...]]]]))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -8.78 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -8.76 .........(((([[[[[))))..............]]]]]...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.48 ....((((...[[[[..)))).((((((..]]]].))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -8.40 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -8.21 (((([[[[....)))).]]]].((((((.......))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -8.15 (((((((((.....(((((...((((........))))....)))))((.......)).))))))))).... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -8.15 .........((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......)))))........... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -8.08 (((([[[[....)))).]]]].((((........))))......(((((.......)))))........... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -8.06 .........((((.[[[[))))..((((...]]]].........(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -8.01 ((((((...(((([[[[[)))).((((.........]]]]].....[[[[......))))..))))))]]]] New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -7.96 ..............((((....[[[[[[...))))]]]]]]...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -7.92 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -7.78 .........(((([[[[[)))).((((....)))).]]]]]...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -7.68 ((((........))))......((((........))))......(((((.......)))))........... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -7.58 ((((((...((((.....)))).((((....)))).........(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -7.52 ((((........))))......((((((.......))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -7.48 New DP F-measure-avg: 0.553, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ((((((((((......((...((((((..(((((((......)))))))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -18.38 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -14.24 New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -19.93 .((((((.....))))))...((..((((((.......))))))..((((((.......)))))).......)). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.03 .((((((.....)))))).......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -18.92 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -18.34 ........(((((...[[[[.)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).....]]]]. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.67 (((((((.(((((...[[[[.)))))............))))))).((((((.......)))))).....]]]]. New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -17.65 ((((((((((...........((((((..(((((((......)))))))))))))......)))))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -17.59 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -17.52 .((((((.....))))))...((((((..(((((((......)))))))))))))..((((.......))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.07 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...(((((...))))))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -17.05 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -16.92 .(((((([[[[.))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).)))))]]]] New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.217, New DP Energy: -16.42 .((((((.....))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).))))).... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -16.06 ........(((((........)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -15.94 New DP F-measure-avg: 0.440, New DP F-measure-best: 0.737, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... (((((((....((.((((.......)))).))(((((....)))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.38 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -14.92 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -18.15 ((((((((......((.((((..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)))))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -17.45 ((((((((......((((.......)))).(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -17.45 (((((((..(((..((((.......)))).)))((((......)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -17.42 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.38 (((((((.((((..((((.......)))).))))(((......)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -17.18 ((((((((...((.((((.......)))).))(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.84 ((((((((.((((.........))))(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.66 ((((((((((((..((((.......)))).))))((((((((.......)))))..))).....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -16.61 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -16.54 (((((((..((((.(((((................)))))....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -16.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -16.07 ((((((((.(((..((((.......)))).)))((((......))))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.96 (((((((..((((.........))))..(((((((..(((((.......)))))..)))..))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.91 ((((((((.((((.........))))((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -15.88 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -15.80 ((((((((((((..((((.......)))).))))...(((((.......)))))..........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -15.44 ((((((((.((((.........))))((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.23 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -15.15 (((((((.......(((((................)))))........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -15.07 New DP F-measure-avg: 0.548, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.522, Initial F-measure: 0.545, Initial Energy: -15.52 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -15.52 (((((((..(.(......).)......(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -14.78 ((((((((.((((...[[[[..........[[[[...[[[[[..)))).]]]]]...]]]]...))))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -14.77 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.26 ((((((((((((....[[[[..[[[[....))))...(((((.......)))))....]]]]..))))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -14.15 ((((((((.(.(......).).((...(((((.......)))))...))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -14.14 ((((((((........[[[[..((...(((((.......)))))...))((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -13.91 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -13.56 (((((((..((((...[[[[.......(((((.......)))))))))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -13.51 ((((((((.(.(......).).........((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -13.41 ((((((((.((((.........))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -13.35 ((((((((........[[[[..........((((...(((((.......)))))...))))...))))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -13.35 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -13.25 (((((((..((((((((((.........))))))..........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -13.23 ((((((((.(.(......).)......(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -13.15 ((((((((.((((...[[[[..[[[[....[[[[[.........))))..]]]]]...]]]]..))))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -13.08 (((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -12.96 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -12.95 (((((((..((((...[[[[........[[[[.....[[[[[..)))).]]]]].......]]]])))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -12.90 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -12.87 New DP F-measure-avg: 0.633, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((((..(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.43 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -14.46 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -18.96 ((((((..((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -18.21 ((((((..((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -17.61 ((((((........(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -17.43 (((((((((((.....(((..(((........))).))))))))...(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -17.24 ((((((.[[[[..........((...(((((.......)))))...))((((.......))))..))))))]]]] New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -17.09 ((((((((((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -17.08 ((((((........(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -16.99 .((((((....)))).))...(((((((((((..........)))..))))))))..(((((.....)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.81 ((((((.[[[[...(((((...((..........))...)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -16.78 ((((((((((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -16.48 ((((((.[[[[...(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.36 (((((((((((((........)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -16.10 ((((((..((((..............(((((.......))))).))))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -15.82 ((((((.[[[[...(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.80 ((((((.[[[[...............(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -15.80 ....(((((((..........[[[[[[[[.......)))))))....]]]]]]]]..(((((.....)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.60 ((((((((......(((((..(((........)))....)))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.43 .((((((....)))).))........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -15.34 .((.(((((((..((((.(........).))))...))))))).)).(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -15.23 New DP F-measure-avg: 0.524, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.25 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -22.54 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -21.00 (((((((..((((........))))...((((((.......))..))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -19.87 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -18.66 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -18.62 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -18.08 New DP F-measure-avg: 0.795, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.92 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -22.23 ((((((((.((((........)))).(((((((...)))))))........((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -20.77 ((((((((.(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{]]]]]]....))))))))}}}} New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -20.56 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{......]]]]))))))))}}}} New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.05 ((((((((.....((((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[))))))....))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -19.81 ((((((((.....((((((.((.((((((((((...))))))).))).))....))))))....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -19.12 ((((((((.......((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -18.85 ((((((((.((((........))))..(((((((((.................)))))))))..)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -18.45 ((((((((.....((((((.......(((((((...))))))).......[[[[))))))....))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -18.37 ((((((((.((((........)))).(((((((...))))))).......[[[[..........))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -18.34 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -18.33 ((((((((.((((........)))).((((((.............))))))((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -18.31 New DP F-measure-avg: 0.650, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.95 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -19.66 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.95 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -17.80 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -17.16 (((((((..((((........))))...((((((.....((.......)))))))).........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -16.84 New DP F-measure-avg: 0.732, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -6.97 New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -8.29 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New DP sens: 0.684, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -8.07 ((((.....(((((..........(((((.......)))))...)))))....))))............. New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.303, New DP Energy: -5.14 .....(((.[[[[[.......)))(((((.......)))))...]]]]]..................... New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -5.05 ((((.(((.............)))(((((.......)))))............))))............. New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.323, New DP Energy: -5.03 .....(((.............)))(((((.......)))))....((((......))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -4.85 ((((.....((((......)))).((((...................))))..))))............. New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -4.69 New DP F-measure-avg: 0.450, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -14.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.89 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -15.92 (((((((....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -15.50 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -15.22 ((((((((...((((((.((......)).)))))).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -14.26 ((((((((......((((((((.((.(((((.......)))))..)).))...)))))).....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -13.97 New DP F-measure-avg: 0.717, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -19.02 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.69 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -19.89 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -19.09 (((((((..((((..[[[[.))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.917, New DP Energy: -18.81 (((((((..((((.......)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -18.16 (((((((........[[[[.....((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -17.90 ((((((((.((((..[[[[.))))((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.955, New DP ppv: 0.808, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -17.84 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -17.78 ((((((([[[[.............((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -17.76 ((((((((((((.((((......))))))))................((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -17.57 ((((((((.((((.......)))).((((....))))..........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -17.37 ((((((((.......[[[[.....((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -17.25 (((((((....((((((......)))))).................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -16.93 (((((((........((((......((((....)))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -16.79 ((((((((.......[[[[.(((.((((((.......))))))..)))(((.......))).))))))))]]]] New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -16.69 New DP F-measure-avg: 0.741, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((........)))..((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.68 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -14.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -14.66 (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -14.60 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -11.98 ..((((((((((.........)))))).)))).....(((.((....(((((.......)))))....)).))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -11.79 New DP F-measure-avg: 0.669, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.66 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.64 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.66 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -12.74 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -12.66 .(((((((...(((((((............)))))))...........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -12.26 .(((((((.....(((((((((.............)))))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -12.20 .(((((....((...(((.......))).))...)))))(((((....(((((.......)))))...)))))... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -12.00 ((((((.........))))))..............(((.(((((....(((((.......)))))...)))))))) New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -11.85 ((((((.........))))))....((((....))))..(((((....(((((.......)))))...)))))... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -11.72 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -11.55 ((((((....((...(((.......))).))...))))))........(((((.......))))).(((...))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -11.48 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -11.46 .(((((((....(((((........((((....)))))))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.34 ((((((.........(((.......)))......))))))((((....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -11.30 ((((((....((...(((.......))).))...))))))((((((..[[[[[)))))).]]]]].(((...))). 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Energy of known structure: -15.41 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -14.09 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.41 .(((((((.......(((.......))).((((((....))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -14.30 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -13.49 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -13.38 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -12.87 .(((((((...(((((((((........)))))))))...........(((((.......)))))))))))).... 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -11.49 .(((((((........[[[[.........((((((....))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -11.48 New DP F-measure-avg: 0.665, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -17.26 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.32 .(((((((.......((((........))))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.43 .(((((((.......((((........))))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.34 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -16.84 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... 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New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -15.38 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -14.99 (((((((((......((((........)))))))))))))........(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -14.92 New DP F-measure-avg: 0.625, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.64 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -15.79 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.64 ...........(((((.(((........))))))))....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -18.49 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -18.45 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -18.40 (((((((.......(((((...((((.(((((((..........)))..))))))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -18.04 .........((((.........)))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... 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New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.70 .((((((..((((...[[[[..)))).((((........[[[[[{{{{{))))...))))))]]]]].}}}}}]]]] New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.163, New DP Energy: -16.69 (((((((.......(((((...((.(.(((((.......))))).).))..[[[[......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -16.66 .........((((...[[[[..))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..)))))]]]] New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -16.56 .........((((.[[[[[...)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..)))]]]]]. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -16.41 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -16.25 (((((((..((((.[[[[[...))))....((((....)))).........{{{{......]]]]])))))))}}}} New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -16.07 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -15.96 ...........(((((.(((........))))))))........((((((((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -15.93 New DP F-measure-avg: 0.535, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((...((((.........))))..((((.......))))......[[[[[[[.)))))).....]]]]]]].. Energy of known structure: -11.65 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -9.03 New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.381, New DP Energy: -12.36 ((((((...((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))).)))))).... 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -10.22 (((((((..((((.........))))....((((......)))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -10.14 ((((((..........((((........)))).((((....))))....[[[[[[[.)))))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.14 (((((((.........((((........)))).................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -9.92 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -9.85 (((((((.........[[[[..........((((......)))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -9.45 (((((...)))))....(((........)))((((.....[[[......[[[[[...))))]]]]]...]]]..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -9.22 (((((((((((.....[[[[...........[[[[.....{{{...)))))))))))]]]]........}}}.]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.05 (((((((((((.....[[[[...........[[[[...........)))))))))))]]]]............]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.04 .((((............)))).......((((.......))))......(((((.......)))))........... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -9.03 ((((((...........[[[[......(((((.......))))).............)))))).....]]]]..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -8.98 (((((((((((......[[[[......(((((.......)))))..)))))))))))...........]]]]..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -8.98 ((((.............(((........))))))).....((((.....(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -8.93 New DP F-measure-avg: 0.373, New DP F-measure-best: 0.950, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((...((((((...(....)..))))))......((((((........)))))))))))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -14.69 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -18.35 (((((((..((...((((((...........))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -17.50 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -17.21 (((.((((((((.....)))))))).))).((((......[[[[[[...))))......]]]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.78 (((((((...(((....(((......)))..((.......)).)))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -16.43 (((((((.......((((((...........))))))...(((((.(((........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -16.07 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -15.99 (((.((((((((.....)))))))).))).((((.........[[[[[[))))....]]]]]].............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.96 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))...(((((((.......))))).))........ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.67 (((((((...(((.((((((...........)))))).....)))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -15.67 ....((((((((.....)))))))).(((((.........[[[[[[....)))))....]]]]]]............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.59 (((.((((((((.....)))))))).)))..((.......)).((((((........)))))).............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.51 ....((((((((.....)))))))).(((((((.......)).[[[[[[.)))))..]]]]]].............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.47 (((((((...((((((((((......)))).)))........)))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.44 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))((.(((((((.......))))).))..)).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -15.34 (((((((.......((((((...........))))))......((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -15.22 (((((((..(((...........)))..............((((((.............)))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -15.16 ((((((((((((.....))))).((((...)))).........((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -15.14 ((((.(((((((.....)))))))...(((((.......))))).))))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -15.03 (((((((..(((....[[[[...))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -14.97 New DP F-measure-avg: 0.403, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((((.......))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -14.19 New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.47 (((((((.......(((((.((((.......))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -15.30 ((((((...((............)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -14.89 (((((((..((............)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -14.72 (((((((..((.......))...((((((.(((.......))).))))))(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -14.35 .((((..............))))((.(((((.......)))))..(.((((((.......)))))).)..)).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -13.83 .((((.((((.....))))))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -13.62 ..............(((((.((((...[[[[))))...)))))....((((((.......))))))]]]]...... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -13.57 .((((..............))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -13.14 .((((..........[[[[))))...(((((.......)))))....((((((.......))))))]]]]...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -12.70 (((.(..........).)))((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -12.70 .((((.........[[[[[))))....((((.......]]]]]....((((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -12.65 ((((((.........((((.((((.......))))...))))[[[..((((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -12.54 ..((((((((.((..........))..[[[[...)))))))).....((((((.......))))))]]]]...... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -12.52 ..((((((((.....[[[[..(((.......))))))))))).....((((((.......))))))]]]]...... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -12.44 (((((((..((............))...((((((.........))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -12.42 ((((((..........[[[.......(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -12.41 ((((((..............((((.......))))............((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -12.37 .((((...........[[[))))((.(((((.......)))))..(.((((((.......)))))).)..)).]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -12.28 ..((((((((.((..........))..[[[[...))))))))(((..((((((.......))))))]]]]...))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -12.27 New DP F-measure-avg: 0.523, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). Energy of known structure: -19.29 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -18.74 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -21.13 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((....[[[[[..))))).......]]]]]. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -20.44 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -20.36 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -19.42 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..............((((((..[[[[[[)))))).]]]]]].......... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -19.31 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -19.22 ..((((((.[[[[))))))..]]]].............((((((...((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -19.12 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......)).)))))..))))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -19.05 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -18.97 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -18.97 (((((((..((((........))))..((((((...))))))(((((((......)).)))))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -18.88 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))..((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -18.03 ....((((.((((........)))).(((((((...)))))))....((((((.......)))))).....)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.88 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((((......)).)))))............. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -17.71 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -17.31 ..((((((.[[[[)))))).......(((((((...)))))))....((((((.......))))))....]]]].. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -17.12 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))...(((((..............))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -17.07 ..((((((.[[[[))))))..((.(.(((((((...))))))).).))(((((.......))))).....]]]].. 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Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -20.74 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -21.05 (((((((..(((...........))).((((((((..((((..(((((........)))))...)))).)))))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -21.00 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -20.69 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((((.....((......))...)))))))..))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -20.12 (((((((.......(((((.....((.(((((.......)))))...)).......)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -19.92 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -19.11 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -17.65 .(((.....(((...........))).(((((.......))))).))).......((((..(((((.......)))))....))))... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -17.59 (((((((..(((...........))).((((((((..........(((((..............))))))))))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -17.05 (((((((...((((.............(((((.......))))).(((((..............)))))...))))..))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -16.98 New DP F-measure-avg: 0.663, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(((.........))).(((((.......))))).((((....))))..((.((.......)).))))))))).... Energy of known structure: -14.88 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -14.40 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -17.52 .........(((.........)))((((((.......)))))).((((..((..((.((.((.......))))))...)).)))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -13.79 New DP F-measure-avg: 0.710, New DP F-measure-best: 0.884, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... (((((((..(((...........)))..((((((..((........)))))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -16.32 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -18.68 (((((((...........((.....((((((((....).))))))).....))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -18.58 ((((((((((((....((((......(((((((....).))))))))))...)))).(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -18.01 (((((((..................(((((((.......))))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -17.97 (((((((..(((...........)))..((((((..............)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -17.67 ((((((((.................(((((((.......)))))))..........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -17.34 (((((((.........[[[[.....(((((((.......))))))).........(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -17.29 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -16.92 .......(((((.......(((...((((((((....).))))))))))..((..(((((.......)))))..))..))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.73 .......(((((.............(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))..))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -16.31 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -16.29 ((((...[[[[[....)))).....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))..]]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.07 ((((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -16.05 (((((((.........[[[[........((((((..............)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -15.99 (((((((..........(((((.....)))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.91 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -15.68 ((((((((((((...............((((((....).))))))))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -15.53 ((..((((..........))))....))((((((.........[[[[[)))))).(((((.......)))))....]]]]].. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -15.49 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -15.48 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -15.25 New DP F-measure-avg: 0.643, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -9.04 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -10.29 New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -10.29 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -10.07 .........((((.......)))).(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -9.74 ((((((((.((((.......)))).((((((....).))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -9.16 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -9.12 .........((((.......))))...(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -9.01 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -9.00 ((((((((...))))))))......(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -8.79 ((((((((...))))))))..(((.[[[[[....)))]]]]]......((((((..............)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -8.78 (((((((([[[))))))))......(((((.......)))))...]]]((((((..............)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -8.51 .........((((.......)))).((((((....).)))))......((((((..............)))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.24 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -8.22 ((((((((.((((.......))))..[[[[....((((((((.....))))).....)))..))))))))]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.22 .........((((.......))))...(((....[[[[[[[[..)))]]]]].....]]].............. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.62 New DP F-measure-avg: 0.328, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -17.59 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -21.56 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -21.06 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -20.72 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -20.61 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -20.19 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -19.81 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... 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(((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -17.95 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -21.97 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -21.47 (((((((.((((....))))......((((((((...))))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -21.42 (((((((..(((.((....))..)))....(((......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -21.39 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... 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New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -20.60 (((((((...(((((.((.(((.(((.((......))))).))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.28 .(((....((((....))))...))).(((((.......))))).(((....))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -19.74 ((((....))))..((((((......((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).)).)))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -19.53 .(((((...(((.((....))..)))...)))))....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -19.32 .(((....((((....))))...)))((((((((...))))))))(((....))).((((((.......)))))).......... 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -18.52 New DP F-measure-avg: 0.612, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... (((((....(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))..))))).... Energy of known structure: -16.91 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.70 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -22.27 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -22.04 (((((...((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -21.82 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -21.54 (((((....(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -21.43 (((((....(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -21.32 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -21.20 (((((....(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -21.18 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -21.09 (((((...((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.95 (((((((..(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -20.95 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -20.67 (((((....(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -20.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -20.41 (((((...((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -20.16 (((((((.((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -19.88 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -19.30 (((((..((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -19.17 (((((....(((.((....))..))).(((((.......)))))((((...))))....(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -18.85 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......)))))((((...))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -18.62 New DP F-measure-avg: 0.739, New DP F-measure-best: 0.913, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.67 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -21.94 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -24.60 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -23.42 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....))))).((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -23.05 (((((((...(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -22.85 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -21.92 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))).)))))..... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -21.75 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -21.32 (((((((......((((........))))(((.......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.25 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..))))..))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -21.01 ........((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -20.82 ((((((..((((....))))......((((((.......))))))(((....)))...((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -20.79 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......))..))))..))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -20.48 ((((((..((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..)))).))))))...... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -20.43 ((((((..(((((.(((........))))))))..........(((((....))))).((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -20.41 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((..((((.......)))))))))....... 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New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -20.00 New DP F-measure-avg: 0.434, New DP F-measure-best: 0.783, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.42 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -19.07 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.42 (((((((..(((.....)))..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.52 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -16.10 New DP F-measure-avg: 0.864, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.39 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -10.53 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.39 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -12.83 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -12.04 (((((((..((((.............(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -11.07 (((((((..((((........))))...(((.......))).(((..............)))...))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -11.07 (((((((..((((((((((......))))))............)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -11.01 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -10.12 (((((((..((((........))))...((((((.......))))))...[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -9.71 .........(((([[[[[[..))))]]]]]].......(((....)))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -9.66 New DP F-measure-avg: 0.683, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.......)).(((((.......)))))))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -14.56 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -12.01 New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -14.75 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.56 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -14.02 (((((((.(((((.............(((((.......))))))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -13.87 (((((((((((((.((.......)).(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -13.71 (((((((((((((...[[[.......(((((.......)))))))))))((((.......)))).)))))))]]]. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -13.65 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.54 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -13.39 (((((((((((((.............(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -13.27 (((((((.(((((...[[[.......(((((.......))))))))))(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -13.14 (((((((.........[[[..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).)))))))]]]. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -12.93 (((((((((((((((((((......))))))............)))))).[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -12.79 (((((((.........[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -12.66 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -12.38 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -12.34 (((((((..((((...[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -12.23 ((([[[[[{{{{{...)))..]]]]](((((.......)))))}}}}}(((((.......)))))........... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -11.39 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -11.29 ...((((([[[[[...{{{..)))))(((((.......)))))]]]]](((((.......))))).......}}}. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -11.12 (((((((.((((....[[[..((...(((((.......)))))...))...))))..........)))))))]]]. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.04 New DP F-measure-avg: 0.661, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.95 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -23.08 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -23.08 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -21.45 ((((((((.((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))....)))))))).... New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -20.93 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -19.87 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -19.72 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -19.51 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -19.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -18.88 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -18.76 New DP F-measure-avg: 0.637, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.96 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -16.28 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -18.45 (((((((..((((..[[[[..((.(.(((((.......))))).).))[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -16.14 (((((((..((((..[[[[..((((...(((((...........)))))...)))))))).....)))))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -15.85 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -15.24 (((((((..((((........))))....((((...((((...........))))..))))....))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -15.04 ((((((.......(((((...((((...(((((...........)))))...)))).....))))))))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -15.04 (((((((..((((..[[[[.......(((((.......))))).....[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -14.90 (((((((..((((........((((...(((((...........)))))...)))))))).....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -14.76 ((((.....((((........))))...(((((...........))))).))))....(((((....))))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.205, New DP Energy: -14.49 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........((((......)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -14.49 New DP F-measure-avg: 0.531, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))..))))).. Energy of known structure: -18.54 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -16.85 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -19.84 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.76 ((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -19.74 ((((....))))..((((......((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))....)))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -19.73 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -19.65 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))))))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -18.96 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))))))))(((.......))).))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -18.31 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -18.24 ((((((........[[[[[.....((((((...{{{{)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}..}}}}... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -17.48 ((((....))))............((((((...[[[[)))))).((((.(((.......)))))))..]]]]... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -17.15 ((((....))))...........(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.88 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))[[[[.{{{{{{..)))))]]]]}}}}}}... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -16.62 ((((....))))..(((((....(((((((.......))))))).....[[[[[[..)))))....]]]]]]... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.279, New DP Energy: -16.51 ((((((........[[[[[.....((((((..{{{{.)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}.....}}}} New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -16.51 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))).............))))).))))))))]]]] New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -16.35 ((((....))))..(((((.....((((((...[[[[)))))).[[[[.........)))))]]]]..]]]]... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -16.30 ((((....))))............((((((..[[[[.)))))).((((.(((.......))))))).....]]]] New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.18 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.91 New DP F-measure-avg: 0.486, New DP F-measure-best: 0.850, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((...((((.......)))).....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -16.44 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -17.40 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -16.49 (((((((((((.......)))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -16.38 ((((..((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -16.30 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -15.90 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -15.84 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -15.54 .......((((.......)))).....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -15.12 ..((...((((.......)))).....((((((.....)))))).)).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -14.57 .......((((.......)))).....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -14.47 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]].(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -14.45 (((((....((((...(((..........)))....))))..))))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -14.32 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -14.12 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]]....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -13.80 .........((((.........)))).(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -13.72 ......((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.47 New DP F-measure-avg: 0.599, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((((....)))).(((((((...)))))))))))).((((.......)))).))))))).... (((((((..((((.........))))...........((((....)))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.67 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -18.30 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -20.00 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -19.15 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -16.73 (((((((..((((....[[[[.))))...........((((....))))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -16.57 .........((((.........))))....((((.((((((....)))).((((.......))))....)).)))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.410, New DP Energy: -16.20 New DP F-measure-avg: 0.668, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... .(((((........)))))....(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... Energy of known structure: -14.02 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -9.99 New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.74 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.)))))))...(((((.......)))))...]]]]}}}} New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -16.16 (((((.((((...((((......)))).(((((((((.......)))))))))........)))).))))).... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -16.01 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -15.95 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.76 ((((....))))...........(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -15.72 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -15.67 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.20 ((((....)))).(((((........))))).((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -14.96 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -14.93 .(((((........))))).......((((((.[[[[..))))))..(((((.......)))))....]]]]... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -14.74 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -14.74 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -14.71 .(((((........))))).............((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -14.51 .(((((..[[[[..)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))...]]]].... 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Energy of known structure: -16.32 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -16.66 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -17.08 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -16.02 ((((((((((.((...........((((((.......)))))))).))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -16.01 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -15.87 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -15.04 (((((((................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -14.98 .((((....))))..(((......((((((.......))))))((.((((((.......)))))..).))..))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -14.60 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -14.44 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -14.26 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]].... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -13.99 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).....]]]... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -13.93 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))......]]].. 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New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -13.46 ((((((((((((.........))))((((....[[[..[[[[[[....)))).....]]]]]]))))))))]]]. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -13.41 ((((((((.....(((((........)))))..(((..........)))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.38 New DP F-measure-avg: 0.591, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.....)))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.92 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -13.68 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.92 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -14.12 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -13.52 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -12.74 (((((((.........[[[[...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).)))))))]]]] New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -12.58 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -12.58 (((((((.........[[[[...((((((((.......))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -12.51 ..((......))..(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -12.10 ..((......))..(((((....((((((((.......))))..))))(((((.......)))))....))))).. New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -11.82 (((((((..(((..........)))......(((((...........))))).............))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.70 (((((((..(((....[[[[..))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -11.68 (((((((.........[[[[......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -11.41 (((((((..((((...))))((((.......(((((...........)))))........)))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -11.39 (((((((.........[[[[((((.......(((((...........)))))........)))).)))))))]]]] New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -11.26 (((((((..((((...))))..((((............))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -11.25 (((((((.((((....[[[[[[[[..(((((.......)))))........)))).....]]]].)))))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -11.15 ..((......))..........(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.05 ..((......))..(((((.......(((((.......))))).....(((((.......)))))....))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -11.04 (((((((.((((....[[[[...((((........[[[[.....))))...))))..]]]]....)))))))]]]] New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -11.02 New DP F-measure-avg: 0.634, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(...((((.........))))...).))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.74 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -19.18 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -20.35 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -19.84 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.74 (((((((......((((((........)))))).((.......))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -17.51 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.41 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.((...(((((.......)))))...))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -16.30 New DP F-measure-avg: 0.710, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.18 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -22.38 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -22.38 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -21.44 (((((((..((((.........)))).....(((..........)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -20.50 (((((((..(((((((((.......))))(((.......))).))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.20 ((((.....((((.........)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -18.61 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -18.46 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -18.44 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -18.19 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -18.08 New DP F-measure-avg: 0.740, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -6.62 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -7.67 New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -7.67 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -7.30 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -6.62 ........................((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -6.56 (((((((........[[[......((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).]]] New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -6.48 ..........(((((((......)))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -5.85 ..........(((((((......)))))))...............((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -5.67 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.62 (((((((........[[[................(((((((......))))))).........))))))).]]] New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -5.30 .....((((((....[[[......))))))......((((.....((((((.......))))))))))...]]] New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -4.21 ...............(((................(((((((......))))))).................))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 .....((((((.............))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -3.83 New DP F-measure-avg: 0.393, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). ................(((((.[[[)))))...]]]..((((((......)))))). Energy of known structure: -5.88 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -8.00 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.78 .(((.....((((.....)))).....)))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -9.25 .........((((.....))))(((........)))..((((((......)))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -9.24 ................(((((....)))))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.65 .........((((.....))))...........((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -8.59 .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.46 (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.00 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -7.75 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -7.68 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -7.68 ...........((((..(((...(((((((...))))))).....))).)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -7.43 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -7.19 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -6.79 ................((((.............)))).((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.66 ................(((((....)))))........((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.50 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -6.34 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -6.16 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..(.(((....))).). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -6.03 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..((((....))))... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -5.67 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -5.48 New DP F-measure-avg: 0.363, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.46 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.14 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -18.47 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -18.46 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -18.40 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -16.75 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.18 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((..(((....))).(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -16.14 (((((((.....(((((.......)))))...................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -16.11 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..(((((.........))))).)))))).((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -15.69 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..........[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -15.63 ((((((...((((........))))...))).................(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -15.59 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((.............(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -15.57 (((......((((........))))....((((((..(((....))).(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -15.55 ((((((((....(((((.......)))))....................((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -15.50 ...(((((.[[[[.)))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......))))).((.....)). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -15.25 New DP F-measure-avg: 0.571, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((..(((..........))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.06 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -17.99 ((((((((.(((..........))).((((((....).))))).......(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -17.64 (((((((((((((..........))))).......(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -17.55 (((((((.(((((..........)))))((((....).))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -17.13 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -15.92 .(((((([[[[[.............(((.((((..(((((....)))))..)))).)))..))))))....]]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.15 ((((((((.......(((((.....))))).....(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -14.39 (((((((..(((..........)))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -14.19 .((((((.(((((..........)))))...(((.(((((....)))))))).........))))))((....)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.04 New DP F-measure-avg: 0.521, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.81 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -20.67 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -24.00 ...((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))).)))..)))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -22.46 ((((((([[[[...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -21.51 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -20.17 (((((((........[[[[........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -19.68 ...((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -19.59 New DP F-measure-avg: 0.643, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.49 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.45 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -20.45 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -20.29 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.808, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -19.36 (((((((.......(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -18.91 ((((....))))....(((((.....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))......))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -18.63 (((((((.......((((((((....((((((.......))))))...)))....)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -18.54 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -17.94 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -17.86 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]]..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -17.74 ((((.....(((...........)))...))))......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.125, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -17.70 ((((....)))).....((((.......)))).......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.13 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]].((.......))((((.(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -17.11 ((((....)))).......(((....((((((.......))))))...)))......((((.(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -16.70 (((((((..........((((.......))))((....)).......(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -16.62 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.48 ((((...........[[[[[[........))))]]]]]](((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.46 ((((....))))..............((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.45 New DP F-measure-avg: 0.509, New DP F-measure-best: 0.894, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))..((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -17.54 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -23.65 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -24.71 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -24.56 (((((((........((((((........))))))..........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -21.30 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.05 (((((((.(.((....)).)...(((((((((((...)))))))...........)))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -20.94 ........(.((....)).)...(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -20.76 (((((((........((((((.....((((((((...))))))))...))))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -20.25 (((((((........[[[[.......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -19.99 (((......)))...((((....(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))))))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -19.80 New DP F-measure-avg: 0.583, New DP F-measure-best: 0.766, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).((((.......))))..((((...))))..(((((.......))))).(((...))). Energy of known structure: -17.28 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.22 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -22.48 ..((((((((((....))))))))))..((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.63 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -20.76 (((((((.((((....)))).((((....))))..........(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -19.73 ..((((((((((....))))))))))....((((.........)))).......((((((((.......)))))..)))...... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -19.57 ..((((((((((....))))))))))...((((............)))).....((((((((.......)))))..)))...... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -19.49 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -19.40 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -19.37 ..((((((((((....))))))))))....((((.........))))..........(((((.......))))).(((...))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -19.34 ......((((((....))))))(((((.((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.29 ..((((((((((....))))))))))...((((............))))........(((((.......))))).(((...))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -19.26 ((((((([[[[....((((..((((....))))))))......(((((...))))).(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -18.15 New DP F-measure-avg: 0.368, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.33 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -22.13 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -22.13 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -20.33 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -20.12 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -19.28 .(((((((.((((..((.......)).(((((.......)))))...)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -18.72 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -18.49 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -18.10 .((((((([[[[.............(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -17.94 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.93 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -17.84 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -17.72 New DP F-measure-avg: 0.706, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -19.40 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -23.73 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -22.77 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.06 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -20.91 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -19.78 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -19.75 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -19.33 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -19.14 New DP F-measure-avg: 0.634, New DP F-measure-best: 0.850, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.91 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -22.57 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -22.57 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -22.35 ((((((([[[[...(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -20.69 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -20.49 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -20.04 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -19.94 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -19.38 (((((((..........[[[[.......(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -19.37 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -18.71 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....)))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -18.18 (((((((.(((...(((.......)))))).((((.........))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -18.11 New DP F-measure-avg: 0.598, New DP F-measure-best: 0.850, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.48 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -18.92 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.48 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))).)))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -19.23 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....))).))))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -19.06 (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -18.92 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((.......)))....))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -18.09 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -17.22 (((((((..(((((((((........(((((.......))))).......))))).)))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -17.16 ((.((((..((((........)))))))).)).........((((((.(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -17.11 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -16.88 .((((....((((........)))).....)))).......((((((.(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -16.49 (((((((..((((........))))....(((((........))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.30 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((.......)))....))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -15.83 (((((((..((((.(((((.......(((((.......)))))...))))).....)))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.61 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))).............)))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -15.55 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((.......)))....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -15.49 New DP F-measure-avg: 0.655, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... .((((([[[[[..............)))))..]]]]]....((((...((((....))))...))))..... Energy of known structure: -5.94 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -7.41 New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.162, New DP Energy: -8.46 .((((([[[[[........{{{{{.)))))..]]]]]..........(((((....)))))..}}}}}.... New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.205, New DP Energy: -8.12 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -7.78 .((((([[[[[..............)))))..]]]]]..........(((((....)))))........... New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -7.45 ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -7.41 ......(((((...............[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -6.94 .(((((....((((.......)))))))))...........((((...((((....))))...))))..... New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -6.69 ......(((((........[[[[[..[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))..]]]]].... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -6.28 .(((((....((((.......))))))))).................(((((....)))))........... New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -5.68 .....((((.........))))....(((((.......)))))....(((((....)))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -5.37 .(((((.............[[[[[.))))).................(((((....)))))..]]]]].... New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -5.22 .....((((.[[[.....)))).......]]].........((((...((((....))))...))))..... New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -5.00 ......(((((........[[[[[........)))))..........(((((....)))))..]]]]].... New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -4.72 ......(((((........[[[[[....{{{.)))))..........(((((....)))))..]]]]].}}} New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.216, New DP Energy: -4.67 ......(((.[[[..........)))...]]].........((((...((((....))))...))))..... New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -4.49 ......(((((.................[[[.)))))....((((...((((....))))...))))..]]] New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.171, New DP Energy: -4.21 ......(((..............)))(((((.......)))))....(((((....)))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -4.13 .....((((.[[[.....)))).......]]]...............(((((....)))))........... New DP sens: 0.211, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -3.99 ......(((((.....................)))))....((((...((((....))))...))))..... New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -3.96 ..........(((................))).........((((...((((....))))...))))..... New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -3.91 New DP F-measure-avg: 0.334, New DP F-measure-best: 0.788, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..(((((......)))))...)))............(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.90 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -15.26 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.90 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -15.39 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -14.50 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -14.30 ((((((((.((((...(((.........)))...))))...........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -13.79 (((((((..(((..........)))...(((((.........))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -13.61 (((((((.........((((......(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -13.52 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((.............)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -13.13 ((((((((........((((...((.(((((.......)))))..))....)))).........)))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -13.05 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))(((.............)))..)))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -13.00 ((((((((.((((.(((((......)))))....))))...........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -12.90 ((((((((........((((......(((((.......))))).)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -12.48 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -12.45 (((((((.......(((((......)))))..................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -12.42 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -12.38 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((.............)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -12.24 ......(((((......))))).((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).(((....))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -12.19 ((((((((.(((..........)))...(((((.........)))))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -12.18 ((((((((........((((......(((((.......)))))........)))).........)))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -12.05 (((((((.........(((.........))).................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -11.97 New DP F-measure-avg: 0.644, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.43 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -13.81 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.43 (((((((..((((.......))))(((((....)))))(((....)))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -17.36 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.79 (((((((..........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -16.19 (((((((.(((((.........)))))......(((.........)))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -16.01 .........((((.......))))...(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.410, New DP Energy: -15.83 (((((((.(((((.........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -15.07 ........(((((.........)))))(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -14.87 New DP F-measure-avg: 0.633, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.92 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.92 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.92 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -13.63 (((((((..((((........))))...[[[...(((.(((((((.......))))).)).))).)))))))]]]. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -12.95 ...((((.....(((((((..((((.((((.((((......))).).).)))))))....)))))))....)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.19 New DP F-measure-avg: 0.567, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.90 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -13.95 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -18.92 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -16.98 .((((....((((........)))).(((((.......)))))..((.(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -16.79 .((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -16.59 (((((((..((((........))))...((((((..((((((.......)))))).))))))...))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.26 .(((((...((((........)))).....)))))......(((.((.(((((.......))))).)))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -15.24 New DP F-measure-avg: 0.673, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -13.24 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -16.40 .((((....((((.......)))).[[[[[))))...]]]]].((((.((((............)))).)))). 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New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -12.45 New DP F-measure-avg: 0.519, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))....((((......))))))))))).... Energy of known structure: -7.11 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.04 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -7.36 .(((((((.(((................)))..............((((......))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -5.23 ..((((....((((.....))))......))))...((....((.((((......))))..))...)).. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -4.81 .(((((((.(((...............((.......)))))....((((......))))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -3.94 ..((((....((((.....))))......))))........(((((................)))))... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -3.71 ..........((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))........... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -3.38 New DP F-measure-avg: 0.636, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.44 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -13.86 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.44 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.80 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -15.05 (((((((.(((((..........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -15.03 New DP F-measure-avg: 0.806, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -24.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.28 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.28 .((((((..((((........))))...((((((..((((...........)))).))))))...))))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.21 .((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -20.18 .((((((..((((...((((.....)))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.58 New DP F-measure-avg: 0.733, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -17.84 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -19.55 .((((((..((((.........))))...(((........)))......(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -18.21 .((((((..((((...(((........))).))))..............(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -15.79 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -15.55 New DP F-measure-avg: 0.813, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -19.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.99 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -19.85 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -17.74 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -17.17 .((((((..((((..((((........))))))))..(((((.........)))))..........))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -16.17 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -15.96 New DP F-measure-avg: 0.696, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -13.29 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.15 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -16.52 .((((((....(((((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))..))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -16.42 .((((((.......((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))).....))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -15.85 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.22 .((((((..((((...(((........))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -15.12 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -14.73 .((((((....((((..[[[[(((((((((((.......)))))......))))))......)))))))))).]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -14.70 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -14.54 .........((((.........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))....... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -14.52 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -14.29 .........((((....[[[[.)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...]]]] New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -14.22 New DP F-measure-avg: 0.630, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))(((.......)))..))))))..... .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].......(((((.......))))))))))).}}}. Energy of known structure: -8.84 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.409, Initial Energy: -7.50 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -9.15 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -9.06 .((((((..((((((((((....(((.........)))..))))))))))(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -8.42 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -7.98 .((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -7.97 .((((((.(((((...[[[[..)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -7.66 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]].(((((.......))))))))))).}}}. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -7.29 .((((((........((((........(((((.......)))))..........)))).......))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -6.92 ..((((........)))).........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -6.83 .((((((..........(((((..............))))).......(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -6.73 .((((((.((((((..[[[[.......(((((.......))))).....))))))..........)))))).]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -6.66 ........(((((...[[[[..)))))(((((.......)))))....(((((.......))))).......]]]] New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -6.65 ................((((.......(((((.......)))))....(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -6.58 .((((((.........[[[[..........((((....))))......(((((.......))))))))))).]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -6.51 ........(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -6.49 ........(((((....[[[[[)))))....(((..]]]]].......(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -6.49 ........(((((....[[[[[))))).........]]]]].......(((((.......)))))........... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -6.47 ((((......))))..((((.......(((((.......)))))....(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -6.44 .((((((.(((((..[[[[...)))))....{{{..............(((((.]]]]..))))))))))).}}}. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -6.37 .....((((((................[[[[[)))))).]]]]]....(((((.......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -6.29 New DP F-measure-avg: 0.650, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.31 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.31 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -14.03 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -13.97 (((((((..((((.......))))...(((.......)))((((((............))))))))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -13.68 New DP F-measure-avg: 0.738, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -17.80 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -19.19 New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -19.19 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -18.29 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -16.52 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((............))))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -15.71 New DP F-measure-avg: 0.710, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -15.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.48 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -17.32 ......(.(((.(((((......))))).))))......((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.41 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -15.29 (((((((.(((((.((....))))))).((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -14.69 .......((((((.[[[[....))))))...]]]]....((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.50 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((............))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -14.40 (((((((((((((.........))))))((((...........)))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -14.37 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -14.14 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).....[[[[[.......)))))))...]]]]]. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -14.05 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((............))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -13.87 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).....(((((.................))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -13.85 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))....)))))))......... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -13.69 ((((..[[[[(((.......)))))))....]]]]....((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.136, New DP F-measure: 0.140, New DP Energy: -13.58 New DP F-measure-avg: 0.462, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((((((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).......))))))))).... Energy of known structure: -19.45 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.81 New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -19.45 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -18.53 (((((((((((((.......))))..((((((...........)))))).((.......)).))))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -16.42 ......(.(((.(((((......))))).))))......(((((...(((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -15.63 New DP F-measure-avg: 0.578, New DP F-measure-best: 0.744, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((.........((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.74 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -14.35 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -16.46 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -14.62 ....((((((..((.(((.((...(((((((.......)))))))..)).)))))...((.(((....))).))...)))))) New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -14.15 ....((((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))).....)))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -13.94 (((((((.((((((..((.((...(((((((.......)))))))..)).))....))))))..........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -13.62 .....(((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))))))))...... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -13.21 (((((((..(((..........)))....((.......)).(((((((..(((....))).....)))))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -13.14 ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))........)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -13.01 (((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -12.99 ....((((((....((((......(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))).)))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -12.71 New DP F-measure-avg: 0.608, New DP F-measure-best: 0.818, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). (((((((....[[[[[[[[[[[..)))))))..........]]]]]]]]]]].......... Energy of known structure: -0.77 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.83 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.40 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((..........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.94 ((((....((((((.........))))))....)))).((((...[[[......))))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.82 (((((((.................))))))).......((((...[[[......))))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.57 ((((((.....(((((((((((.....((((......))))))))))))))))))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -4.37 ((((((..........(((((((.............)))))))..[[[....))))))]]]. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -4.09 ((((.......[[[[[[[[[[[.......))))........]]]]]]]]]]].......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.05 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]](((((.....))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.55 ((((((..((((((.........)))))).(((((((...))))))).....)))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -3.50 ((((((.....................(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -3.49 ((((....((((((..[[[[[[[))))))))))...]]]]]]]..(((..........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.44 ........((((((..[[[[[[[)))))).......]]]]]]]..(((..........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.43 ((((....((((((.........))))))....))))........(((..........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.36 ((((.....(((((((...)))))))...)))).....((((...[[[......))))]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -3.32 ((((((...(((((((...))))))).(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -3.17 ((((((..................(((..(((((((....)))))))..))))))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -3.13 ........((((((.........)))))).........((((...[[[......))))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.11 ((((((...(((((((...)))))))....(((((((...))))))).....)))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -3.09 (((((((.................)))))))..............(((..........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.05 ((((((..........(((((((.............))))))).........)))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -2.90 New DP F-measure-avg: 0.210, New DP F-measure-best: 0.789, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... ((((.....[[[[.))))....]]]](((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). Energy of known structure: -26.73 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -22.21 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -26.88 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -26.73 ((((((((.((((.........)))).)))))))).......((((...((((((((.......))))..)))))))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -25.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -25.10 (((((((..(((......)))...((((.((.......))))))........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -25.06 (((((((......((((((.........))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.60 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))....(((((((((.......))))..)))))..... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -24.57 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))((..(((((((((.......))))..)))))..)). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -24.55 ((((..........))))........(((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -24.46 (((((((.(((((.(((.........))))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -24.42 ((((((((.((((.........))))..((((.......((((.(((...))))))).......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.90 (((((((..((((...[[[[..)))){{{{{{{{{..(((........)))..))))))).....]]]].}}}}}}}}}. New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.148, New DP F-measure: 0.167, New DP Energy: -23.82 ((((((((.((((.........)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -23.70 ((((((((.....((((((.........))))))...(((........)))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -23.46 ((((((((.(((......)))...((((.((.......)))))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -23.43 ((((((((.((((.........))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -23.35 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -23.34 ((((((((.((((.[[[[[...)))).))))))))..(((........))).(((((.......)))))]]]]]...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -23.07 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((.........((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.381, New DP Energy: -23.02 ((((((((.(((([[[[[[[..)))).))))))))....(((((........]]]]]]].........)))))....... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -23.02 New DP F-measure-avg: 0.504, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -28.20 New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -28.81 ((((..........))))........(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -27.90 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -27.72 ((((((((.((((.........))))...((((((((..(((....)))))).)))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -27.38 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.18 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -27.06 ((((((((.((((.........))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -26.85 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -26.72 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -26.67 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -26.27 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.17 ((((((((.((((.[[[[[...)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))]]]]]...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -25.96 ((((((((.(((([[[[[[[..)))).))))))))....(((....)))........]]]]]]]........((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.170, New DP Energy: -25.94 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))...(((.....)))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -25.91 ((((((((.....((((((.........))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -25.43 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((...(((.....)))((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -25.37 ((((((((.....((((((.........)))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -24.88 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -24.72 ((((((((.((((.........))))..((((.....((((((.((.........)).)))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -24.62 ((((((((.((((.........)))).))))))))..((((((....(((.....)))))))))........((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -24.12 New DP F-measure-avg: 0.441, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((..((((.......))))...........((((((....))))))...))))))).... Energy of known structure: -4.95 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -7.18 New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -9.73 ((((((((((((((((.((((((........)))))).)).....)))))))..))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -9.24 (((((((......((((((((....)))))))).(((((((....)))))))..))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -8.92 (((((((.......((.((((((........)))))).)).......[[[....)))))))]]]. New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -8.19 ((((((.(((((((((.((((((........)))))).)).....))))))).))).)))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.72 (((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....[[[....)))))))]]]. New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -7.29 ((((((((((((((.(.((((((........)))))).)[[[...)))))))..))))))).]]] New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -7.28 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -7.19 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -6.73 (((((((.......((.((((((........)))))).)).....[[[......))))))).]]] New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -6.70 .((((....)))).((.((((((........)))))).))((....((((......))))..)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.52 ..((((...((((.......))))....(((...(((((((....)))))))....))).)))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -6.25 (((((((......((((((((....))))))))..............[[[....)))))))]]]. New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -6.23 .((((....)))).((.((((((........)))))).)).....((((.........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.12 (((((((..((((.......)))).....(((((((...)))))))........))))))).... New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -6.08 (((((((..((((.......)))).....(((((((...))))))).[[[....)))))))]]]. New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -6.05 .((((....))))..(.((((((........)))))).)(((....((((......))))..))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.92 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))...[[[......))))))).]]] New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -5.80 .((((....)))).((.((((((........)))))).))(((....[[[.......))).]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.74 New DP F-measure-avg: 0.388, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... (((((((.((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...))...))))))).... Energy of known structure: -13.66 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.17 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -18.83 (((((((....................(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.895, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -18.74 (((((((......(((((((.......)))))))..........((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -18.26 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -17.07 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.[[[[[.))))).]]]]]..... New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -16.10 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -15.74 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))(....)..... New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -15.42 (((((((.........((((......................))))...........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -14.92 New DP F-measure-avg: 0.567, New DP F-measure-best: 0.810, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.50 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -23.92 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -27.95 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -26.63 (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -26.18 (((((....((((.........))))....))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -25.37 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -24.86 (((((....((((.........))))....))))).......(((((..(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -23.34 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -23.23 (((((....((((.........))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -23.03 (((((....((((.........))))....)))))......((((....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -22.39 New DP F-measure-avg: 0.575, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... (((((((.((((((((...))).)))))(((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -23.47 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -28.97 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -29.00 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -28.38 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.440, New DP Energy: -26.59 (((((((..(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -25.40 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))(((((....)))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -25.08 (((((((.((((((((...))).)))))(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -24.85 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -24.81 ((((..........))))((((.....((((((....((((((((.....))))))))....)))))).))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.44 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -24.43 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -24.33 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))((((((((.....)))))))).........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -23.62 New DP F-measure-avg: 0.488, New DP F-measure-best: 0.913, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((...((........))...))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -1.08 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.03 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.76 ((((((.................(((((...[[[[)))))........))))))]]]] New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -2.83 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.73 ...(((((...............(((((...[[[[)))))))))).........]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -2.63 .......................(((((.......)))))..((((((...)))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -2.49 ((((((.........................[[[[.............))))))]]]] New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -2.47 .......................(((((...[[[[)))))..............]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -2.37 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.04 ...(((((.......................[[[[.....))))).........]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.89 ((((((....................[[[[[[)))))).]]]]]]............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.83 ...............................((((...................)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.49 ..........................((((((.......))))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.06 ((((((....................((((((.......))))))...)))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -1.06 ((((((.....(((((((.........)))))))..............)))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -0.84 ((((((.................(((((.......)))))........)))))).... New DP sens: 0.733, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -0.30 ...(((((...............(((((.......))))))))))............. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: 0.06 New DP F-measure-avg: 0.280, New DP F-measure-best: 0.846, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -18.05 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -13.64 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -18.05 (((((((......(((((...)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -16.66 ((((((((.(((..........))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -16.45 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -16.05 ((((((((.....(((((...)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -15.38 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -15.26 (((((...((((..........))))..))))).....(((......(((((.......)))))..)))... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -14.29 ((((((((.....(((((...)))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -14.29 (((((...((((..........))))..))))).......((((...[[[[[))))...]]]]]........ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -14.15 New DP F-measure-avg: 0.658, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.38 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -24.94 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -26.83 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -25.51 (((((....[[[[.))))).]]]]((((((.......)))))).((((((((.......)))).))))....... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -23.20 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -22.70 ...(((((.((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -21.93 (((((((..((((.......))))..(((((............)))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -21.83 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -21.48 New DP F-measure-avg: 0.684, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.19 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -24.98 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -26.60 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -26.19 (((((((..((((.........))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -25.97 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -25.39 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -24.83 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -24.52 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -24.42 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -22.75 ...(((((.((........))...)))))(((.......)))...(((((((((........)))))))))...... New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.158, New DP F-measure: 0.150, New DP Energy: -21.95 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((........))))).......... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -21.90 .........((((.........)))).(((((.......))))).(((((((((........)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -21.83 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -21.81 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....)))).((((((...........)))))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -21.78 (((((((.(((((.(((.........)))))))).....((((.....))))((.......))...))))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -21.41 New DP F-measure-avg: 0.427, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... Energy of known structure: -3.59 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -4.55 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -5.32 (((((....(((([[[[[[.))))..{{{{............]]]]]]...)))))}}}} New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -5.00 .........(((([[[[[[.)))).(((((((...)))))))]]]]]]............ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -3.97 .........((((.......)))).(((((((...))))))).................. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -3.67 (((((....((((.......))))..[[[[.....................)))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -3.42 ((((((((((((...)))))))...(((((((...))))))).........))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -3.38 (((((........((((((.......[[[[............))))))...)))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -3.26 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -3.15 .........(((([[[[[[.))))..((((............]]]]]]........)))) New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -2.79 (((((....((((.......))))...((((((........))))))....))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -2.66 ........((((((((........))))))))............................ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.48 .............((((((......(((((((...)))))))))))))............ New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -2.30 .....(((((((...)))))))...(((((((...))))))).................. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -2.18 (((((...((((((((........))))))))...................))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -2.08 ((((((((((((...)))))))....[[[[.....................)))))]]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.323, New DP Energy: -1.91 ..(((((((...)))))))......(((((((...))))))).................. 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Energy of known structure: -27.58 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -23.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -29.05 (((((((..(((((........)))))(((((........))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -28.43 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -28.15 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -27.53 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -25.32 (((((((((((((.....((....)).(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -25.08 (((((((((((((.((.......))..(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -24.93 (((((((((((((.....((....))..(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -24.85 ((((((((((((.(((((............)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -24.30 ((((((((((((.(((((((....))....)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -23.83 (((((((.......((((((.(.((((...)))).).......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -23.25 New DP F-measure-avg: 0.653, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -3.34 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -5.87 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -5.87 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -4.89 .(((..........)))..(((((.....)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.22 .....(((...................[[[.)))]]].... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -2.41 New DP F-measure-avg: 0.393, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SRP_00053; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BRU.MAL.; ORGANISM=NULL GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCA ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). ((((((((((......))))))).....(((......)))..))). Energy of known structure: -7.15 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.692, Initial Energy: -6.87 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -7.86 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -7.34 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -7.16 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.15 ..((((((((.[[[..))))))))....]]].((.........)). New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -7.14 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.04 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.240, New DP Energy: -6.91 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.89 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -6.72 .((((......(((.....[[[[.....))).....)))).]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.62 ((((.......))))...((((((.....))))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.43 ...(((((((......)))))))((...(((......)))...)). New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -5.91 .((((.((([[[.)))..((((((.....)))))).))))...]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.42 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -5.28 .((((......(((........[[[...))).....))))...]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.10 .(((((((((......))))).[[[...........))))...]]] New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -4.89 .((((....[[[......((((((.....)))))).))))...]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.88 ((((.......)))).......(((..((((......))))..))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.76 ....((((((......))))))(((..(((.........))).))) New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -4.71 ((((.......))))....((((....((((......)))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.70 New DP F-measure-avg: 0.315, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -2.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.67 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -2.02 .(((((...))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -1.72 New DP F-measure-avg: 0.875, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -23.48 New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -25.08 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -22.26 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))(((....))))))))))))))).... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -21.81 ((((((((((((.(......((((((...(((.........)))...)).)))).(((((......)))))..))))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -21.46 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -21.37 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....))....(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -21.30 ((((((((((((((((((.(((((..........)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.264, New DP Energy: -20.84 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -20.60 ((((((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).........))))))))))))).... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -20.26 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -20.26 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....)).(((((......)))))......)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -20.13 New DP F-measure-avg: 0.476, New DP F-measure-best: 0.846, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.54 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -1.54 New DP F-measure-avg: 0.800, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -20.93 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -29.93 New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -29.93 ((((((((((((.(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))..))))))))))))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -29.44 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -28.82 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -27.43 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))....))))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -26.86 (((((((((...(((((.....((((....(((.....(((....))).....)))......))))......))))))))))))))..... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -26.34 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.415, New DP Energy: -26.19 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -25.84 ((((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..))))))))))))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -25.54 ((((((((((((...((((((.((.........)).))))))...((((((..((....))..)))...)))..))))))))))))..... New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -25.39 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -24.97 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -24.94 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -24.60 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))....))))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -24.36 ((((((((((((..(((.....))).....(((.....(((....))).....)))...(((........))).))))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -24.10 New DP F-measure-avg: 0.548, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))))...... Energy of known structure: -28.21 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -24.51 New DP sens: 0.960, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -30.18 ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)..)))))))))))))...... New DP sens: 0.920, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.902, New DP Energy: -27.36 ((((((((((((((.(((((((((..........))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -26.73 ((((((((((((........(((((.....(((.....((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -26.07 ((((((((((((.(......((((..........))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -25.55 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -25.22 ((((((((((((.......(((((..........)))))...[[[[[.....((((((....))))))......))))))))))))]]]]]. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -25.05 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -24.32 New DP F-measure-avg: 0.580, New DP F-measure-best: 0.941, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -32.99 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -35.05 New DP sens: 0.969, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.954, New DP Energy: -35.05 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -34.93 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New DP sens: 0.969, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.984, New DP Energy: -34.60 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((.(.......).))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.258, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -33.00 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -31.83 ((((((((...(((..........)))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -31.66 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...(((((((....))))))))))))))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -31.54 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((.(.......).))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.262, New DP Energy: -31.16 .(((((....)))))..................((((....[[[[[..[[[[[..)))).(((((((((....)))))))))..]]]]]]]]]] New DP sens: 0.125, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -30.23 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.844, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -30.06 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....((((((....))))))))))...)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -29.88 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...(((((((....)))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.355, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -29.75 ((((((((........((((...((((....)))))))).((((...........)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.262, New DP Energy: -29.69 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.656, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -29.67 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((....))).((.(((..(((((((((....)))))))))....)))..)). New DP sens: 0.094, New DP ppv: 0.100, New DP F-measure: 0.097, New DP Energy: -29.58 .(((((....))))).................((((((((((((....))).........(((((((((....))))))))).))))))))).. New DP sens: 0.094, New DP ppv: 0.115, New DP F-measure: 0.103, New DP Energy: -29.36 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))).((((...........))))....((((((....))))))))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -29.33 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....))).........(((((((((....)))))))))....)))))))) New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -29.30 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))))))).((..((.....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -29.28 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((.......(((((((((....)))))))))..)))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -29.23 New DP F-measure-avg: 0.409, New DP F-measure-best: 0.984, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -0.95 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.64 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.64 ...........((((((.....))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.51 .....(((....))).....(((.........))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -2.00 .....(((....))).....((((......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.38 (((((((.......)))))))(((......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.68 New DP F-measure-avg: 0.100, New DP F-measure-best: 0.500, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (.((((((((......)))))))).).(((....))).... Energy of known structure: -8.56 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -9.09 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -9.25 (((((((......)).))))).((((.(((....))))))) New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -9.16 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.56 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -8.38 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -8.16 (((((((......)).)))))......(((....))).... New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -7.32 .....(((.....((...((.......))...))...))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.95 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.90 ((((([[[........)))))......(((....)))]]]. New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -6.84 .(((((((((......)))))).....[[[...)))]]].. New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -6.79 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.75 (((..((......))....(((((.....)))))...))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -6.74 (((((((......)).)))))......(((......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.68 ((((([[[.[[[....))))).....]]]........]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.67 .......(((((..[[[[.)))))...(((.]]]])))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.36 (((..[[[.))).((...((.......))...))...]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.33 (((..[[[.))).......(((((.....)))))...]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.13 (((....(((((.......)))))...(((....)))))). New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.08 (((......))).((....)).((((.(((....))))))) New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.240, New DP Energy: -6.02 (((((....[[[....))))).....]]]...((....)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.72 New DP F-measure-avg: 0.259, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). ((((((.(.((.((......)))).).)))))). Energy of known structure: -5.63 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -6.61 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -8.06 ..((((((([[[.....))))))).......]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -5.82 ..(((((((.....[[[))))))).......]]] New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -5.82 ((((...[[[[))))..............]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.26 ..(((((((........))))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -4.94 .......((((((((........))))..)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.69 (((([[[....))))............]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.54 New DP F-measure-avg: 0.330, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... Energy of known structure: -7.98 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.92 New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -10.70 ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -9.92 (((([[[....))))]]].........((((((......)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -8.39 ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.98 ......((((((((.((...((((...))))...))..))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.80 .((((((.(((((...((..........))...)))))..))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.51 ....(((.[[[[[..))).........((((((]]]]].)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.34 ..((((((((..[[[[)))))))).........(((((.]]]].))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -7.26 ..(((..[[[[[{{{{)))]]]]]...((((((}}}}..)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -7.21 ....((([[[[[...))).]]]]]...((((((......)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.17 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.06 .......((((([[[[...)))))...((((((]]]]..)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -6.86 ((((((((((..[[[[)))))))......))).(((((.]]]].))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -6.82 .((((((.(((((..(((...........))).)))))..))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.77 ..((((((((..[[[[)))))))).........]]]]............ New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.66 ......((((((((.....(((((...)))))......))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.57 ((((.......))))............((((((......)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -6.50 ....(((........))).........((((((......)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -6.48 ..(((..[[[[[....)))]]]]]...((((((......)))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -6.46 ..((((((((..[[[[))))))))...............]]]]...... New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.38 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -1.96 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.61 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -1.96 .(((((...))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -1.66 New DP F-measure-avg: 0.875, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((...(((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).))))....)))).))))))))))..... Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -13.56 New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -13.59 ((((((((((((((...((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.793, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -12.80 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -12.27 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -12.07 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.808, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -11.93 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........((((.......))))))))))))))..... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -11.76 ((((((((((.....((((((((.......))).......(((....)))....)))))........((((.......))))))))))))))..... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -11.43 ((((((((((((((......(((.......))).......(((....)))((((.......))))............)))).))))))))))..... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -11.34 ((((((((((.((((..((((..(((......((((....(((....)))....))))....))))))))))).........))))))))))..... New DP sens: 0.931, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.947, New DP Energy: -10.93 ((((((((((..........(((.......))).......(((....)))((((.......))))..(((((.....)))))))))))))))..... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -10.84 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -10.72 ((((((((((...................(((((......(((....)))((((.......)))).........)))))...))))))))))..... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -10.17 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -9.80 New DP F-measure-avg: 0.666, New DP F-measure-best: 0.947, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))...... Energy of known structure: -21.69 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -21.35 New DP sens: 0.926, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.926, New DP Energy: -24.91 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -22.72 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))............((((((.....))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -22.25 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -22.12 ((((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....)))))))))))))))...... New DP sens: 0.815, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -22.01 .((((((((((..(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))).))))).)))))........ New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -21.96 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.68 ((((((((((((......((((............)))).......((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -20.49 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))..........(((((......)))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -19.94 New DP F-measure-avg: 0.530, New DP F-measure-best: 0.926, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -11.57 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -17.62 New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -17.62 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New DP sens: 0.739, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -16.51 (((((((((((((..........((((..(((......)))....))))..........))))))).)))))).... New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -14.47 New DP F-measure-avg: 0.750, New DP F-measure-best: 0.875, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) Energy of known structure: -26.24 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -26.61 New DP sens: 0.962, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -28.21 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -24.01 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....))))))))))))) New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -23.78 .(((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).)))) New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -23.41 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -23.17 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -22.94 New DP F-measure-avg: 0.826, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(((((.((((((.....(((....(((........)))..)))..))))))...)))))..)))))))))))..... Energy of known structure: -21.07 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -18.32 New DP sens: 0.852, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.836, New DP Energy: -23.08 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))...)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -22.59 (((((((((((..((((((((((........)))..................)))))))...((....))...)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -20.21 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))(((....))))))))))))))..... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -19.11 (((.......)))(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))..((((((.(((....))).)))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.98 (((((((((((.......((((((.....(((((......))..........)))..))))))(((....))))))))))))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -18.90 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -18.68 New DP F-measure-avg: 0.453, New DP F-measure-best: 0.836, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .((.......)). Energy of known structure: -1.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.36 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -1.71 .((((...)))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.41 ...(((....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 1.36 New DP F-measure-avg: 0.556, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. .(((((.((......)).)))))...(((....)))... Energy of known structure: -4.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.04 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -6.95 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.53 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.31 .....((((((..((.((.......)).)).)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.16 ....((((...(((....))).....[[[))))..]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.88 ....((((...[[[))))]]].....(((....)))... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -5.68 ....((((...(((....))).....[[[))))]]]... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -5.60 ....((((...(((....))).....[[[)))).]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.54 .(((((............)))))...(((....)))... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -5.46 ....((((..........[[[[.......))))..]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.27 ....((((...[[[))))]]].....(((.....))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.26 ....((((......)))).(((((.......)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.18 ....((((......))))........(((....)))... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -5.17 .(((((............)))))...(((.....))).. New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -5.04 ....((((...[[[))))]]].....(((......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.04 (((.((((......))))........[[[...)))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.94 ....((((......))))(((((.....)))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.83 .(((((............)))))...(((......))). New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -4.82 ....(((....)))..((.(((((.......))))).)) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.77 ....(((....)))...((((((.....))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.76 New DP F-measure-avg: 0.224, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -0.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -0.65 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=Bt_PrP; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCCCAUGGAGGUGGCUGGGGCCAGCCUCAUGGAGGUGGCUGGGG ...[[[[[[............((((((]]]]]]....)))))).. ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ ((((((((.(((((((....)))).)))))))).)))........ Energy of known structure: -11.64 Initial sens: 0.417, Initial ppv: 0.385, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -12.27 New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -14.04 ((([[[[[[....))).....((((((]]]]]]....)))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -13.89 ((((((..[[[[[...))))))..]]]]].(((......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.14 ((((((..........))))))(((((..........)))))... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -12.98 .(((((..........)))))((((((..........)))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -12.98 ((((((((.(((((((....)))).))))))))....)))..... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -12.66 (((((((((.((((((....)))).))))))))....)))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -12.38 (((.....[[[[[)))...(((((]]]]].......))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.76 (((((.....)).)))...(((((.((((...))))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.66 ...((((((............[[[[[[))))))....]]]]]].. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -11.64 ((([[[[[[....)))...(((((...]]]]]]...))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -11.51 .(((((..((((((((....)))).))))...........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.99 ((((((..........))))))...(((((..........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.97 ...((((((.((((((....)))).))))))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.95 .(((((......((((....))))(((((...)))))...))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.92 .((((((....)))...))).((((((..........)))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.90 ((((((..........))))))..(((((...)))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.85 (((((((((...((((....))))...))))))....)))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -10.83 (((..........))).....((((((..........)))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -10.53 ..(((.(((......))).(((((.((((...))))))))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.50 New DP F-measure-avg: 0.327, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=BWYV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCGGCACCGUCCGCGGAACAAACGG ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((......))))).......... ..(((((..[[[[)))))......]]]] Energy of known structure: -8.02 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -5.14 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.02 ..(((((......))))).......... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -5.14 .(((.....[[[[.))).......]]]] New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -4.61 .........(((.[[[)))......]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.14 ((.......))..(((.........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.03 .........(((....)))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.77 ((((......))))..((.......)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.67 .(((..........)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.59 .........((((...........)))) New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -1.39 New DP F-measure-avg: 0.314, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=Ec_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGC [[[[[.((((((..]]]]].....)))))) (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] Energy of known structure: -9.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.10 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.10 ((((([[[......)))))......]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -6.99 ...((([[[[[[..))).......]]]]]] New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -5.73 ...(((((.....)))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.08 ......((((((............)))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -5.02 (((((.........)))))........... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -4.66 ......((((.[[[[.)))).....]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.20 ((.....))..((((..........)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.96 .....(((((....)).........))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.92 ...(((........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.16 New DP F-measure-avg: 0.346, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=Ec_PK4; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGAC ((((((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]] ((((((((((.(((........))).))))))))))................ ((((((((((.(((........))).))))))))))................ Energy of known structure: -12.24 Initial sens: 0.684, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.812, Initial Energy: -11.01 New DP sens: 0.684, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -11.01 ((((((((((((((....)))).[[[))))))))))...]]].......... New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -9.04 ((((((((((((((....))))....))))))))))................ New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -8.41 ((((((((((.[[[[...........))))))))))..]]]].......... New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -7.52 New DP F-measure-avg: 0.645, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=EC_S15; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GGGAUCGCUGAAUUAGAGAUCGGCGUCCUUUCAUUCUAUAUACUUUGGAGUUUUAAAAUGUCUCUAA ((((.((((((.[[[[[[[))))))))))...............................]]]]]]] ((((.((((((........))))))))))...............((((((...........)))))) ((((.((((((..[[[[[.))))))))))....]]]]]......((((((...........)))))) Energy of known structure: -10.25 Initial sens: 0.588, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.606, Initial Energy: -10.69 New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -11.98 (((..((((((..[[[[[.))))))))).....]]]]]......((((((...........)))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -10.90 ((((.((((((........))))))))))...............((((((...........)))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -10.69 ((((.((((((........))))))))))...((((((.......))))))................ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -9.38 (((((.(((((........))))))))))...............((((((...........)))))) New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -9.33 (((..((((((........)))))))))................((((((...........)))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -9.31 .....((((((..[[[[[.))))))........]]]]]......((((((...........)))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -9.12 ((((.((((((..[[[[[.))))))))))....]]]]]........(((...........))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -8.66 (((((((((((........)))))).......((((((.......))))))........)))))... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -8.10 (((((.(((((........))))))))))...((((((.......))))))................ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -8.02 (((..((((((........)))))))))....((((((.......))))))................ New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -8.00 ((((.((((((.[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]................... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -7.90 .....((((((........))))))...................((((((...........)))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -7.89 (((((.......[[[[[[[[....)))))...((((((.......))))))........]]]]]]]] New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -7.87 (((((((((((........)))))).......))))).......((((((...........)))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -7.80 (((((...[[[[{{{{{{{{....)))))]]]].((((.......))))..........}}}}}}}} New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -7.79 (((((..[[[[[{{{{{{{{....)))))..............]]]]]...........}}}}}}}} New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -7.76 (((..((((((..[[[[[.))))))))).....]]]]]........(((...........))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -7.58 ((((.((((((........)))))))))).................(((...........))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -7.37 (((((...[[[[.{{{{{......)))))]]]]}}}}}......((((((...........)))))) New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.216, New DP Energy: -7.25 New DP F-measure-avg: 0.480, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 18, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV; TYPE=hepatitis delta virus ribozyme; EXT_SOURCE=Isambert and Siggia 2000; ggccggcatggtcccagcctcctcgctggcgccggctgggcaacauuccgaggggaccguccccucgguaauggcgaaugggaccca [[[[[[[..((((((((((........)))]]]]]]]......(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{{..)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))...}}}}}..]]]]]]].. Energy of known structure: -29.25 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -30.58 New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.710, New DP F-measure: 0.721, New DP Energy: -31.20 .((((((..[[[[[[[(((........)))))))))...((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.967, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -29.40 .((((((..[[[[[[[(((........))))))))).......(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.967, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.983, New DP Energy: -28.33 .((((((..[[[[[[[[[[[..........)))))).]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.867, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -28.32 .((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.433, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -28.18 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)..(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.433, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -28.06 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -28.02 .((((((..[[[[[[[.......[[[[[..))))))..(....)...(((((((((...)))))))))...]]]]]..]]]]]]].. New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -27.33 .((((((......(((((......))))).))))))((((...(((((((((((((...)))))))))........))))...)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -26.91 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.433, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -26.45 .((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.327, New DP Energy: -26.26 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -26.14 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New DP sens: 0.433, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -26.08 .((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.678, New DP Energy: -26.06 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.767, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.793, New DP Energy: -26.01 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.767, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -26.00 .........(((((((((((((..((....)).))..))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -25.61 .((((((......(((((......))))).)))))).......(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -25.58 .((((((..[[[[[[[(((........)))))))))..(....)...(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -25.42 .........(((((((((((....((((....)))).))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -25.38 New DP F-measure-avg: 0.657, New DP F-measure-best: 0.983, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV_anti; TYPE=anti-genomic HDV; EXT_SOURCE=Ferre-D'Amareand et al 1998; GGGUCGGCAUGGCAUCUCCACCUCCUCGCGGUCCGACCUGGGCAUCCGAAGGAGGACGCACGUCCACUCGGAUGGCUAAGGGAGAGCCACU .((((((........[[[[(((.......)))))))))....(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]....... .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. Energy of known structure: -17.54 Initial sens: 0.167, Initial ppv: 0.143, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -23.91 New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -26.51 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))((.(((((((....((((....))))..))))))).))...]]]]]]]]].. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -24.92 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))...(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -24.16 (((((((..[[[[.[[[[[...[[[[[.....)))))))...(((((((..]]]]]...........)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -24.07 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -24.02 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -23.91 ((((((...[[[[.[[[[[.[[[[[[..))))))........(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.423, New DP Energy: -23.16 ...((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[....{{{{{{..{{{{{..))))]]]]]]......}}}}}.}}}}}}.......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.133, New DP F-measure: 0.148, New DP Energy: -23.14 (((((((..[[[[........[[[[[......)))))))((.(((((((....((((....))))..))))))).))..]]]]].]]]].. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -22.91 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))((....))..]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -22.31 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.160, New DP Energy: -22.29 (((((((.......[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]...... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -22.18 (((((((..[[[[.[[[[[..{{{{{......)))))))...(((((((.]]]]]............))))))).....}}}}}.]]]].. New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -22.17 (((((((..[[[[........[[[[[......)))))))...(((((((....((((....))))..))))))).....]]]]].]]]].. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -22.15 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.148, New DP F-measure: 0.157, New DP Energy: -21.94 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]].....(((((....)))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -21.91 ((((((...[[[[.[[[[[.........))))))....(((.(((((((....((((....))))..))))))).)))..]]]]]]]]].. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -21.87 ((((.....[[[[.[[[[[))))....((.((((((..(((((...((........))...))))).)))))).))....]]]]]]]]].. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -21.32 (((((((..[[[[.......[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))...........]]]].. New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -21.11 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))..((.(((......))).)).(((((....)))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.448, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -20.89 New DP F-measure-avg: 0.472, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HIVRT32; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUCAACGGGAAAAUGAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.92 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.92 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.92 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -7.16 .............((((((.........)))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -5.22 ...(((.[[[[[..)))...]]]]].......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -3.68 .......(((((........))))).......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -2.60 ...(((.[[[[...))).....]]]]......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.54 .......((((...........))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.28 New DP F-measure-avg: 0.490, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=HIVRT322; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGGGUAACGGGAAAAUGCCCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.41 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.41 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.41 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.65 .........((....))....(((......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.71 .............((((((.........)))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -4.65 .....(((((....)))))..(((......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 .......(((((..[[[...)))))......]]]. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -3.75 ....(((((((....))....[[[..)))))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.73 .........((....))....(((.......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.66 .......((((...[[[.....)))).....]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.67 ........(((...)))....(((......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.62 .......(((((........))))).......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -2.60 .....(((((....)))))..(((.......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.05 ....(((((.....[[[.........)))))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.97 New DP F-measure-avg: 0.264, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=HIVRT33; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUUGACGGGAAAAUAAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. ((((((.[[[[[..))))))]]]]].......... Energy of known structure: -6.09 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.09 New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -6.32 .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.09 ((((((.[[[[...))))))..]]]]......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.87 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.33 ((((((........))))))............... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.94 .............((((((.........)))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -2.84 .......(((((........))))).......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -2.60 .......((((...........))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.28 ...(((.(((((........)))))......))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -1.22 ...(((.((((...........)))).....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.56 New DP F-measure-avg: 0.388, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=Hs_Prp; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCUCAUGGUGGUGGCUGGGGGCAGCCUCAUGGUGGUGGCUGGGG ...((((((.............[[[[[))))))....]]]]]... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... Energy of known structure: -7.59 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.44 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.44 .((((.((((....))))))))(((((..........)))))... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -10.59 .(((((..........))))).(((((..........)))))... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -10.10 (((((.......[[[[[[))))).(((....)))..]]]]]]... 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New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -13.10 New DP F-measure-avg: 0.668, New DP F-measure-best: 0.710, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=MMTV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCAGUCCCCUAGCCCCACUCAAAAGGGGGAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -12.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -13.23 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -13.23 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -12.24 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.15 (((((..[[[[...)))))........]]]]... 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.69 New DP F-measure-avg: 0.290, New DP F-measure-best: 0.957, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=MMTV_vpk; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCAGUGGGUCAGCGCCACUCAAAAGGCCCAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -11.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -11.59 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -11.59 (((((..[[[[[..)))))]]]]].......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -8.02 (((((.........)))))............... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -6.54 (((....(((((.......)))))....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.02 ......(((((((..............))))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -5.96 (((..(((((.......)))))......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.21 .......(((((....[[[)))))...]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.99 .....(((((.......)))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.19 (((.......)))...(((........))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.40 (((......(((....))).........)))... 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -8.82 ((((....))))...((..((((....)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.66 .......(((((((.((......))....))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -7.50 ((((....)))).....((((((....)))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.25 (((.((.((((.......)))).)).......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.96 ((((((.........))).((((....)))).))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -6.27 ((((....)))).......((((....))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.02 (((([[[.)))).....]]](((....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.78 New DP F-measure-avg: 0.323, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=satRPV; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; ACAGAGCGCGUACUGUCUGACGACGUAUCCGCGCGGACUAGAAGGCUGGUGCCUCGUCCAACAAAUAGAUACA ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((..((.(((....)))))))))........))))). Energy of known structure: -13.06 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -13.47 New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -13.92 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). 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New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -13.03 .....((((((((.(((....))))))..)))))((((....((((....)))).)))).............. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -12.93 .....(((((....(((....))).....)))))((((..((.(((....))))))))).............. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -12.86 .....(((((....(((....))).....)))))((((....((((....)))).)))).............. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.684, New DP Energy: -12.75 .(((([[[[[.....))))..........]]]]]((((..((.(((....))))))))).............. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -12.70 .(((([[[[[.....))))..........]]]]]((((....((((....)))).)))).............. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -12.59 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))..(((((....)))))...]]]]].........}}}}}. 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New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -11.84 New DP F-measure-avg: 0.678, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRV_1; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCCAGCCCCAGGCCCCGAAACAAGCUUAUGGGGCA ((((((.[[[[[.)))))).............]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. Energy of known structure: -14.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -16.16 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -16.16 ((((....))))..((((((...........)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.47 ((((((.......)))))).......((.......)). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -11.34 (((((([[[{{{.)))))).......]]]....}}}.. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -11.33 ((((((.......)))))).......((((...)))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.20 ((((((..[[[..)))))).............]]]... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -10.83 .(((..[[[)))..((((((......]]]..)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.63 .(((...[[[[[[...)))............]]]]]]. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.54 ((((((...[[[.))))))..............]]].. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -10.36 .......(((((((((..........)))..)))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.03 (((((([[[....)))))).......]]]......... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -9.63 (((....[[[[[[..))).............]]]]]]. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -9.61 .((((..[[[[[[.............)))).]]]]]]. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -9.27 .(((.....)))..((((((...........)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.40 .((((.........[[[[[[......)))).]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.26 (((.....)))...((((((...........)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.24 ......(((.....[[[[[[......)))..]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.19 New DP F-measure-avg: 0.380, New DP F-measure-best: 0.957, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=T2_gene32; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; CUGACCAGCUAUGAGGUCAUACAUCGUCAUAGC .[[[[[.(((((((]]]]].......))))))) .......(((((((.(........).))))))) .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -8.69 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -6.42 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.69 .......(((((((.(........).))))))) New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -6.42 .(((((........))))).............. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -4.00 New DP F-measure-avg: 0.763, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=T4_gene32; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGCCAGCUAUGAGGUAAAGUGUCAUAGC [[[[.(((((((]]]].....))))))) .....(((((((.(.....).))))))) ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] Energy of known structure: -6.55 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.737, Initial Energy: -3.53 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.55 .....(((((((.........))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -5.48 ((((.[[[....)))).]]]........ New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -2.15 New DP F-measure-avg: 0.741, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=TMV.L; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; AUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGG ............[[[.((((]]].....))))[[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))....((((........]]]].)))) Energy of known structure: -12.63 Initial sens: 0.160, Initial ppv: 0.160, Initial F-measure: 0.160, Initial Energy: -10.81 New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -13.47 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))....((((]]]].........)))) 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New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -11.06 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..)))).....(((]]]]..........))) New DP sens: 0.320, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -11.03 ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))................]]]]..... New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -10.98 ..........((((((...))))))....(((([[[[......{{{{........))))....((((]]]]....}}}}.)))) New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -10.95 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.)))))).........((((........]]]].)))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -10.93 ................((((........)))).(((((((((......)))))..........[[[[)))).........]]]] New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -10.89 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))........]]]]......(....). New DP sens: 0.320, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -10.82 New DP F-measure-avg: 0.569, New DP F-measure-best: 0.837, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Tt_LSU_P3P7; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; AGACCGUCAAACACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGG .(((((.((....[.[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]]]. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. Energy of known structure: -14.19 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -15.29 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -15.29 .(((((.((.............)).))))).(((((((.....)))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -12.98 .(((((.((......[[[[[..)).)))))((((((......))))))..........]]]]].. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -12.72 .(((((.........[[[[[.....))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -12.17 .(((((.((.............)).)))))(((((...[[[[[[.)))))....]]]]]]..... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -10.80 .(((((.((......[[[[[..)).)))))(((((..........)))))........]]]]].. 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New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.27 .....(((.......)))...(((((.....(((((((.....)))))))....)))))...... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -9.06 New DP F-measure-avg: 0.649, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=TYMV; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=Deiman et al 1997; UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))[[[...((((((]]]...))))))... ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((....[[[)))))..((((((]]]...))))))... ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.......)))((((...[[[[[[))))..]]]]]]... Energy of known structure: -20.75 Initial sens: 0.720, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -20.28 New DP sens: 0.960, New DP ppv: 0.960, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -20.01 ....(((((......))))).((((((.......))))))....((((.......)))).(((((....)))))............ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -19.67 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]..........((((...[[[[[[))))..]]]]]]... New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -19.02 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((.......)))))..((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -18.94 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......))))))... New DP sens: 0.880, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.936, New DP Energy: -18.85 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((.((.......)))))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -18.84 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]......(((.(.(((((....))))).)...))).... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -18.67 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))...((((.......))))......((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -18.57 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.......[[[..)))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -18.54 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((((.......)))))...((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -18.29 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]].......(((.......[[[[[[)))...]]]]]]... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -18.19 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((((.......)))))...((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -18.13 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]............(((((....)))))............ New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -17.07 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((............)))..((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -17.00 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((............)))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -16.90 ((((((....)))))).((((((((((.......))))))....((((.......))))..))))((((((......))))))... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -16.86 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))..............(((.......[[[[[[)))...]]]]]]... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -16.35 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]].((.......)).....((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -16.30 ......((((......(((.(((((((.......)))))))..)))))))........((((...[[[[[[))))..]]]]]]... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -16.02 ((((((....)))))).(((((((((([[[....))))))....((((.......))))..))))((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -15.95 New DP F-measure-avg: 0.731, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > AKV-MuLV GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCACUGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). ((((((((.[[[[[[[)))).))))(((.....))).......]]]]]]] Energy of known structure: -16.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.18 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -15.66 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -15.43 ...(((((.[[[[[[[)))))...(((((......)).)))..]]]]]]] New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -13.99 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -13.45 ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.18 (((.......)))((((((((...(((((......)).))))))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.16 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -12.81 ((((((((..[[[[[.)))).))))(((.....))).......]]]]].. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -12.64 ((((.........[[[[[[[[..........))))......]]]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.31 .........(((((((((((....))))...............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -12.22 ((((.....[[[[[[[.....))))(((.....))).......]]]]]]] New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -12.08 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -12.02 ((((.......[[[[[[(((....)))....))))........]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.88 ((((.........[[[[[[[[))))(((.....))).....]]]]]]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -11.88 (((.(....).)))..((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.36 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((......))))).. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -11.16 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.15 ...(((((..[[[[[.)))))...(((((......)).)))..]]]]].. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -10.97 ((((........[[[[[[.............))))........]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.75 (((.(....).)))..((((....))))....(((((.......))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.72 New DP F-measure-avg: 0.322, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > BaEV GGGCUCUGGAGCCCCCCCCGAGCCCCGGCUAACUCUAUCUGUAGGGGGGC ((((((.((.[[[[[[[))))))))..................]]]]]]] (((((....)))))(((((.(((....))).((.......)).))))).. ((((((...[[[[{{{{{{)))))).]]]].............}}}}}}. Energy of known structure: -16.44 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -12.75 New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -16.43 (((((([[[[[..{{{{{{)))))).......]]]]]......}}}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -15.93 (((((([[[[[.{{{{{{.)))))).......]]]]]......}}}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -15.76 ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] New DP sens: 0.867, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -15.49 ((((((...[[[[.{{{{{)))))).]]]]..............}}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -14.39 (((((([[[[[{{{{{...)))))).......]]]]]......}}}}}.. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -14.35 (((((....))))).......(((((..(((..........))).))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.07 (((((([[[[[...{{{{{)))))).......]]]]].......}}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -13.88 ((((((......[[[[[[.))))))..................]]]]]]. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -13.73 ((((((.......[[[[[[))))))..................]]]]]]. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -13.73 ((((((.((.......)).))))))..(((..(((((....))))).))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -12.77 ((((((...[[[[..{{{{)))))).]]]]...............}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -12.52 (((((([[[[[{{{{....)))))).......]]]]]......}}}}... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -12.37 ((((([[[[)))))(((((.....]]]]................))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.23 ((((((.....[[[[[...))))))..................]]]]].. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -12.15 .((((.[[[[[..{{{{{{.......))))..]]]]]......}}}}}}. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.86 (((((([[[[[....{{{{)))))).......]]]]]........}}}}. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -11.84 ((((((...[[[[......)))))).]]]]..((((.......))))... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -11.80 .((((.[[[[[.{{{{{{........))))..]]]]]......}}}}}}. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.69 ((((((........[[[[[))))))...................]]]]]. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -11.68 New DP F-measure-avg: 0.353, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > BLV GGGGGGACUUAGCGCCCCCCAAACCGU ((((((.....[[[))))))....]]] ((((((........))))))....... ((((((........))))))....... Energy of known structure: -8.65 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -9.98 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -9.98 ((((((.....[[[))))))....]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.65 .(((((.........)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.21 .(((((.....[[[.)))))....]]] New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -6.80 (((((.........)))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.39 New DP F-measure-avg: 0.431, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > Bp_PK2 CCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGGGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGCAACCCCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAAU .((((((..(((....[[[[[[..))).((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... .((((((.((((((((....))))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... Energy of known structure: -26.02 Initial sens: 0.793, Initial ppv: 0.852, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -29.53 New DP sens: 0.793, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -30.15 .((((((.((((((((....))))))))....((((((....)))))).((((....))))........))))))............... New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -28.04 .((((((.((((((((....))))))))((((((((((....))))))..((((...))))...)))).))))))............... New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.33 ..(((((.((((((((....))))))))....((((((....)))))).((((....)))).....)))))................... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.88 .((((((.........[[[[[[......((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. New DP sens: 0.897, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.945, New DP Energy: -26.22 ...((((.((((((((....))))))))))))((((((....)))))).((((....))))....(((....)))............... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -25.74 .((((((.((((((((....))))))))....((((((....))))))..((((...))))........))))))............... New DP sens: 0.517, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -25.22 ...((((.((((((((....))))))))))))((((((....)))))).((((....))))(((.(((....)))...)))......... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.456, New DP Energy: -24.89 New DP F-measure-avg: 0.642, New DP F-measure-best: 0.945, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 7 > BVDV_IRES GGGUAGCAACAGUGGUGAACAGCCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUGUAUUGCUACUAAAAAUCUCUGCU .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. Energy of known structure: -20.66 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.66 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.66 .((((((((..((((((....((((....))))...[[[[[[[..)))))).)))))))).....]]]]]]]. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -17.78 .((((((((((((((((....((((....))))....)).....)))))))..)))))))............. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -16.32 .((((((((((((((((....((((....))))....)).....))))))..))))))))............. New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -16.21 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -15.75 .((((((((((((((....((((((....))..)))).......)))))))..)))))))............. New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -15.75 .((((((((((((((......((((...............)))))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -15.17 .((((((((............((((....))))...[[[[[[[.........)))))))).....]]]]]]]. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -14.40 .((((((((....(((.....)))......((((..[[[[[[[..))))...)))))))).....]]]]]]]. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -13.07 New DP F-measure-avg: 0.759, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > BYDV-NY-RPV GGCGGCGGCGUCCGCCGUAACAAACGC (((((..[[[[))))).......]]]] .(((((((...)))))))......... (((((..[[[[))))).......]]]] Energy of known structure: -8.60 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -7.22 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.60 .(((((((...)))))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.22 (((((......)))))........... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -5.81 .((((((((....)))))......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.17 ....(((((....)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.46 New DP F-measure-avg: 0.343, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > Cas-Br-E-MuLv GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). ((((((((.[[[[[[[)))).))))(((.....))).......]]]]]]] Energy of known structure: -16.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.18 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -15.66 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -15.43 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -13.45 (((.......)))((((((((....(((.....))).....)))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.18 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -12.81 ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -12.79 ((((((((..[[[[[.)))).))))(((.....))).......]]]]].. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -12.64 ((((.........[[[[[[[[..........))))......]]]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.31 .........(((((((((((....))))...............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -12.22 ((((.....[[[[[[[.....))))(((.....))).......]]]]]]] New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -12.08 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -12.02 ((((.........[[[[[[[[))))(((.....))).....]]]]]]]]. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -11.88 (((.(....).)))..((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.36 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((......))))).. New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -11.16 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.15 ((((........[[[[[[.............))))........]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.75 (((.(....).)))..((((....))))....(((((.......))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.72 ((((((((........)))).))))........((((........)))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -10.67 ((((((((..[[[[..)))).))))(((.....))).......]]]]... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -10.66 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((.......))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -10.52 New DP F-measure-avg: 0.381, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > CoxB3 ACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)).... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.680, Initial ppv: 0.895, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -18.06 New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -18.06 .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -17.49 .((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New DP sens: 0.720, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -16.50 (((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -14.84 .((((((((((((................)))))))))))).....(((((((....)))...))))...... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -14.57 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.837, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > CSFV_IRES GACUAGCCGUAGUGGCGAACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAUUAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGCUG .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. Energy of known structure: -20.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.14 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.14 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))................ New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -15.35 ........(((((((......((((....))))[[[{{{{{{{.)))))))..]]]...........}}}}}}}.. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -14.13 .....(((...((((((.....[[[[[[[[..))))))...)))...]]]]]]]]..((((..........)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.97 .....(((.....)))......((((((((......[[[[[[[....))))))))............]]]]]]].. New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -13.69 .(((((((.............((((....))))...[[[[[[[..........))))))).......]]]]]]].. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -13.69 .((((((((((((((............[[[[[.(((.....))))))))))..)))))))........]]]]]... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -13.14 .....(((.....)))......((((((((((.(((.....))))).))))))))..((((..........)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.74 .....(((...(((((.....((((....)))))))))...))).........(((.((...........))))). New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -12.73 ........(((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))................]]]]]]].. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -12.68 .....(((.....))).....((((....))))...(((((((((........)))............)))))).. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -12.65 .....((((...)))).....((((....))))((([[[[[[[..........)))...........]]]]]]].. New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -12.59 .(((((((.....((.......)).....((((.........)))).......)))))))................ New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -12.14 .(((((((.....((.......))......((((..[[[[[[[..))))....))))))).......]]]]]]].. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -12.11 .....(((...((((((.....(((....)))))))))...))).........(((.((...........))))). New DP sens: 0.120, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.143, New DP Energy: -11.98 .(((((((.[[[[[[..........(((((((.(((.....))))).))))).)))))))..........]]]]]] New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -11.86 .....(((.....))).....((((....))))...(((((((...((((......)))).......))))))).. New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -11.43 New DP F-measure-avg: 0.488, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 16 > EIAV GGGGCUCAAGGGAGGCCCCAGAAACAAACUUUCCC ((((((...[[[[))))))............]]]] (((((((....)).)))))................ ((((((.......))))))................ Energy of known structure: -11.02 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -6.80 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -8.04 .(((.....[[[[[[.)))..........]]]]]] New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -6.50 .(((.....[[[[[[.))).........]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.97 (((......[[[[[[)))...........]]]]]] New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -5.68 (((.(((....))).)))................. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.37 (((......[[[[[[)))..........]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.15 .(((.....[[[[[..))).........]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.40 New DP F-measure-avg: 0.227, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > FeLV GGGCCAGGACCCCCCCCCCUGAGCCCAGGAUAACCUUAAGAAUAGGGGGG ((((((((...[[[[[[)))).))))..................]]]]]] (((......))).((((((((..(..(((....)))...)..)))))))) ((((((((...[[[[[[)))).))))(((....)))........]]]]]] Energy of known structure: -15.66 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.98 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -15.20 ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -15.20 ((((((((.[[[[[[..)))).))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -15.03 ((((((((.[[[[[...)))).))))(((....)))........]]]]]. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -14.00 (((......))).(((((((...(..(((....)))...)...))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.40 ((((.........[[[[[[[[.))))(((....)))......]]]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -12.34 ((((((((.........)))).)))).......((((.......)))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -12.17 ((((((((.........)))).)))).......(((((....)))))... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -12.13 (((......))).((((((((.....(((....)))......)))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.09 ((((((((.[[[[....)))).))))(((....)))........]]]].. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -12.02 ((((((((.........)))).)))).......((((........)))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -11.33 ((((........[[[[[[....))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.62 ((((.......[[[[[[.....))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -10.62 ((((......[[[[[[......))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.62 (((.[[[[.{{{{{)))]]]].....(((....)))........}}}}}. New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -10.54 ((((.....[[[[[[.......))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.54 ....((((...[[[[[[)))).....(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -10.41 ....((((..[[[[[[.)))).....(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.41 ((((((((.........)))).)))).......((((.........)))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -10.26 ....((((.[[[[[[..)))).....(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -10.24 New DP F-measure-avg: 0.449, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > FIV GGGGCGAGCUGCAGCCCCAGUGAAUCAAAUGCAGC [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] Energy of known structure: -12.43 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.43 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -12.43 .(((...[[[[[[..)))...........]]]]]] New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -8.53 (((....[[[[[[.)))............]]]]]] New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -7.71 (((((........)))))..((.........)).. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -7.62 (((((........))))).(((.......)))... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -7.36 .......((((((................)))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -6.07 New DP F-measure-avg: 0.665, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > HCV_229E CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAACAGUUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) Energy of known structure: -20.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.85 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.85 ((((((((((((........))))))))))))........((((((........)))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -19.51 ((((((((((((...[[[[[))))))))))))................]]]]]........ New DP sens: 0.708, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -17.78 New DP F-measure-avg: 0.895, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > HCV_Ires CCUCCCGGGAGAACUGCCUGAUAGGGUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUCGUAG (((((((((......(((......)))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]. (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ (((((((((.....(((((....))))).[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] Energy of known structure: -14.63 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -16.09 New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -17.34 (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -16.09 (((((((((......((((....))))(((....)))..)))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -15.47 (((((((((.......(((...)))(((((....))))))))))))))........ New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -14.26 (((((((((.....(((((....)))))...........)))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -13.92 (((((((((.......(((...)))....[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -13.71 ........((((.((.((((...(((((((....))))))))))))).)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.56 ........((((....((((...(((((((....)))))))))))...)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.48 .....(((((...((.((((...(((((((....))))))))))))).)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.01 (((((((((.(.....(((...)))..(((....))).))))))))))........ New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -12.76 .....(((((......((((...(((((((....)))))))))))...)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.49 .(((....)))....((((....(((((((....)))))))[[[[))))]]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.32 New DP F-measure-avg: 0.388, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > HDV-It_g UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. Energy of known structure: -28.96 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -26.97 New DP sens: 0.938, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -30.98 ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.938, New DP ppv: 0.968, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -30.04 ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.448, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -28.41 ((((((((..[[[[[[[......[[[[[[..))))))))(....)...(((((((((...)))))))))...]]]]]].]]]]]]].. New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -28.29 ..((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -28.18 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -28.02 ((((((((......(((((......))))).)))))))).((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -28.00 ((((((((......(((((......))))).)))))))).....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -27.42 ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....(((((((((...)))))))))...(((..........))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -26.58 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -26.45 ..((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -26.26 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.433, New DP Energy: -26.08 ..((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -26.06 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -26.01 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -26.00 ((((((((..[[[[[[[(((........)))))))))))(....)...(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -25.92 ..........(((((((((((((..((....)).))..))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.61 ..........(((((((((((....((((....)))).))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.38 ..((((((......(((((......))))).))))))((((...(((((((((((((...))))))))).))))..........)))) New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.633, New DP Energy: -25.25 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -24.93 New DP F-measure-avg: 0.626, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-1 ucaagAAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAACAa .......[[[[[..((((((]]]]]...))))))... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... Energy of known structure: -6.88 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.88 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.88 .......((((...[[[[[[..))))..]]]]]]... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.80 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -3.56 ..............((((((........))))))... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -3.35 ............(((((..[[[[))))).]]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.97 ....(((.......)))..((((......)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.95 .......((((...........))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.28 ...........(((((.........)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.01 ............(((((......)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.47 ............(((((....)))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.43 ............(((((.....))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 0.33 New DP F-measure-avg: 0.264, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > HIV-1-RT-1-3a gAAUAUCUUCCGAAGCCGAACGGGAAAACCGGCaucu .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... ...........((.((((...........)))).)). .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... Energy of known structure: -6.94 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -4.82 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.94 .......(((([[.[[[[....))))...]]]].]]. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -6.34 .....((((..[[.[[[[...))))....]]]].]]. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -6.14 .......((((...[[[[....))))...]]]].... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -5.86 .....((((.....[[[[...))))....]]]].... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -5.47 ...........((.((((...........)))).)). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -4.82 ..............((((...........)))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -4.39 ..............((((....[[[....)))).]]] New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -3.67 .....(((([[[.........))))....]]]..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.67 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -2.46 ....................(((.....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.17 .........(((..........[[[....)))..]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.39 .......((((...........))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.14 .........(((...((....))......)))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.05 New DP F-measure-avg: 0.368, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > HIV-1-RT-1-6 gAAGAAGAUUACCCAAGCGCAGGGGAGAAGCGCaucu ...........[[[..((((.]]].....)))).... ...........(((..[[[[.))).(((.]]]].))) ...........(((..[[[[.))).....]]]].... Energy of known structure: -7.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -6.15 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.25 ...........(((..[[[[..)))....]]]].... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.76 ................((((.........)))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -4.70 ................((((...[[[...)))).]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -3.79 .....((((.......((((.........)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -3.56 ...........(((.......)))............. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -3.21 ...........(((........)))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.22 .....((((..(((.......))).........)))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -1.33 New DP F-measure-avg: 0.554, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > HIV-1-RT-1-7 agGAAUCGACCCAAGCCAAAGGGGAUAAUGCGGCauc .........[[[..(((...]]]........)))... .((.......))..(((...(.(.....).))))... .........(((..[[[...)))........]]]... Energy of known structure: -5.60 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -2.23 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.60 .........(((..[[[....))).......]]]... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -5.11 .((.......))..(((..............)))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -3.71 .........(((........))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.15 .........(((.........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.10 New DP F-measure-avg: 0.542, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > HIV-1-RT-1-8 ucaagGAUUAACCGACGCCAACGGGAGAAUGGCAGGGau ...........[[[..((((.]]].....))))...... ...........((...((((.(....)..))))..)).. ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... Energy of known structure: -6.53 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -3.73 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.53 ...........((...((((.........)))).))... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -4.53 ....((.....))...((((.........))))...... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -4.01 ...........(((.......)))............... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -2.08 New DP F-measure-avg: 0.708, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > HIV-1-RT-1-9b gAGAGUAUCAUCCGUGCCGGCGGGAUAUCGGCGaucu ..........[[[[((((((]]]]...)))))).... ((..((....(((((....)))))......))..)). .........((((.[[[[[[..)))).]]]]]].... Energy of known structure: -6.63 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -4.37 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -6.00 ..............((((((..[[[[.))))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -5.24 (...(((((..((((....)))))))))...)..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -5.23 ..............((((((.......)))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -4.26 ..........(((((....)))))............. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -3.43 ....(((((..(((...)))...)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.77 ....(((((..[[[.........)))))]]]...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.35 ...........(((........[[[[..)))..]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.29 ....(((((...[[[........)))))..]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.14 ...........(((...)))(((....)))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.78 ...........(((..............)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.73 ............(((.......[[[[....)))]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.61 .........((((.........))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.45 ............(((.....(((....)))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.38 New DP F-measure-avg: 0.199, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 13 > HIV-1-RT-2-10 agUAAAUGAGUCCGUAGGAGGCGGGAUAUCUCCaAcu ..........[[[[..(((((]]]]...))))).... .............((.(((((.......))))).)). .........(((([[.[[[[[..)))).]]]]].]]. Energy of known structure: -6.70 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -4.67 New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.57 .........((((...[[[[[..)))).]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -6.15 .............((.(((((.......))))).)). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -4.67 ................(((((.......))))).... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -4.31 ..........(((((.[[[.)))))...]]]...... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -3.94 .........(((.......))).(((....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.14 ..........(((...)))....(((....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.01 .........((((...[[[....)))).]]]...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.87 ..........(((((.....)))))............ New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -1.72 .........((((..........)))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.44 ..........(((...)))((.((....)).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.16 New DP F-measure-avg: 0.312, New DP F-measure-best: 0.714, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > HIV-1-RT-2-11 gUCAUAUUACCGUUACUCCUCGGGAUAAAGGAGaucu .........[[[...(((((]]].....))))).... ...............(((((........))))).... .........(((...[[[[[))).....]]]]].... Energy of known structure: -6.75 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -3.81 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.75 ...............(((((..[[[[..)))))]]]] New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -5.10 ...............(((((........))))).... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -3.81 .........(((........))).............. New DP sens: 0.375, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -2.98 New DP F-measure-avg: 0.726, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > HIV-1-RT-2-12 ucaagAAUAAUCCGACUCGCGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[.((((]]]]....))))...... ...............((((........))))...... .........((((..[[[[..))))..]]]]...... Energy of known structure: -4.54 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -2.63 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -4.57 ..........((((.[[[[))))....]]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.54 ..........((...((((........))))..)).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -2.73 ...............((((........))))...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -2.63 ..........((((.....)))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -2.20 .........((((........))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.82 New DP F-measure-avg: 0.567, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > HIV-1-RT-2-1b caagAAUAUAUCCGAACUCGACGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[..((((.]]]]....))))...... ........(((((..........)))))........... ........(((((...[[[[...))))).]]]]...... Energy of known structure: -4.51 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.18 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -4.69 ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.51 ........(((((..........)))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.18 ................((((.........))))...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -2.18 ..........((((.......)))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.83 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > HIV-1-RT-2-2b gacaaucaagUACCUAGGUGAUAAAAGGGAGAACACGUGUGa ............[[[..(((.....]]].....)))...... .(((........(((..........))).........))).. ....((((....[[[...))))...]]].............. Energy of known structure: -3.68 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -1.85 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -3.55 ....((((....[[[...))))....]]]............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.13 .(((........(((...........)))........))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.87 ............(((..........))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.58 ............(((...........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.10 ....((((..........)))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.43 New DP F-measure-avg: 0.188, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > HIV-1-RT-2-3a gUUAAACAUAAUCCGUGAUCUUUCACACGGGAGaucuaugaaaga ...........[[[[[[.(((((((]]]]]].......))))))) .............((((((((..(....)..))))).)))..... ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -8.37 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.83 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.37 ...........((...((((((((....))))))))...)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.30 ................((((((((....))))))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.87 ...........(((....[[[[[[[....)))......]]]]]]] New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -5.39 ..............(((([[[[))))..]]]]............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.92 ...........((((((........)))))).............. New DP sens: 0.462, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -4.58 ..................(((((((...((....))..))))))) New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -4.13 ...........(((((((....))))...)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.42 ..............((((....))))..((....))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.77 New DP F-measure-avg: 0.320, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > HIV-1-RT-2-4a agUAGAUAUCCGAAGCUCAACGGGAUAAUGAGCaucu ........[[[[..(((((.]]]]....))))).... ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. Energy of known structure: -7.04 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.476, Initial Energy: -7.71 New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -7.71 ......(((((...[[[[[...))))).]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -7.23 ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.04 ..............(((((...[[[[..)))))]]]] New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -5.23 ...........((.(((((.........))))).)). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -5.16 ..............(((((.........))))).... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -4.73 ...((((.......(((((.........))))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -3.33 (((...[[[[[...))).....]]]]].......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.95 (((.....[[[[..)))...]]]]............. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -2.51 ......(((((...........))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.08 ........((((........))))............. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -1.77 ((([[[[.[[[[..)))...]]]].........]]]] New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -1.64 New DP F-measure-avg: 0.497, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 11 > HIV-1-RT-2-5a ucaagAUAGUAUCCGUUCUUGAUCAUCGGGACAAAUGaucu ...........[[[[.....((((((]]]]....)))))). ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. Energy of known structure: -5.91 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.545, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -7.40 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -7.40 ...........((((.....[[[[[[))))....]]]]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.91 ((((((.....[[[[.))))))....]]]]........... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -5.47 ...........(((......[[[[[[..)))...]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -5.33 ((((((.....[[[..))))))......]]].......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.83 ((((((..........))))))..((((.......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.74 ..((((..........))))((((((........)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -3.55 ((((((..........))))))......(((.......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.54 ...((((.......(((((........))))).....)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.42 ..............(((((........)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.41 ...((((....((((...........)))).......)))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -2.47 ...........((((...........))))........... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -2.40 ................((((((...)))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.84 ...((((.........((((((...))))))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.13 ...((((....(((..............)))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.84 New DP F-measure-avg: 0.281, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 14 > HIV-1-RT-2-6b agUGAAACUUAACCGUUAUCAUAGAUCGGGACAAaucuauga ............[[[...((((((((]]].....)))))))) ..................((((((((........)))))))) ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] Energy of known structure: -7.11 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.842, Initial Energy: -4.33 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.11 ..................((((((((........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -4.33 .((((.......[[[...))))....]]]............. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -3.13 ............(((...........)))............. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -2.65 .(((((((......))).))))......(((....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.41 .((((.............)))).....((......))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.50 New DP F-measure-avg: 0.434, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > HIV-1-RT-2-7a agAUAUGAUCCGUAAGAGGACGGGAUAAACCUCAac ........[[[[...((((.]]]].....))))... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... Energy of known structure: -5.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -6.89 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -6.89 .......((((....[[[[...))))...]]]]... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -5.28 ...............((((..........))))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.35 ........(((......))).(((......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.69 ........(((((......)))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -2.00 ........(((......))).(((.....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.95 .......((((...........)))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.23 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 0.941, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-9 ucaagGUUUCCGAAAGAAAUCGGGAAAACUGucu .......(((((..[[[...)))))......]]] .((...(((((((......)))))))...))... ...((.(((((((......)))))))..)).... Energy of known structure: -2.87 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -4.89 New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -4.96 ....(((((((((......))))..))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -4.69 ......(((((((......)))))))........ New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -4.12 ....((((((.....))))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.03 ....((((((.....)))))).(((......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.28 ......(((((...........)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.85 ....(((((.............[[[))))).]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.29 New DP F-measure-avg: 0.230, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > Hs_SRP_pkn GCCGGGCGCGGUGGCGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCU (((.((((((.[[[[.)))))).....((((.]]]]...))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). ..((((((((......))))))))...(((([[[[....))))]]]] Energy of known structure: 0.13 Initial sens: 0.765, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -11.71 New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -13.44 ..((((((((......))))))))...((((........)))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -12.15 ((((((((((......)))))))....((((........))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -11.95 .....(((([[[[)))).]]]].....(((([[[[....))))]]]] New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -11.50 (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -11.27 ((((((((((......)))))))(((((....)))))......))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -11.14 (((..((((....))))...((((((((....)))))..))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -10.81 (((..(((((....))))).((((((((....))))..)))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -10.52 ...(((((((....)))).[[[[[[[[[))).]]]]].....]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.49 .....(((([[[[)))).]]]].((..((((........)))).)). New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -10.47 ..((((((((......)))))))).......((((........)))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -10.34 ..((((((((......)))))))).((((((........))..)))) New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -10.26 .....(((([[[[)))).]]]].....((((........)))).... New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -10.21 (((..(((((....)))))....(((((....)))))......))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -10.06 (((..((((....))))...((((((((....))))..)))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -10.06 (((..(((((....)))))........((((........))))))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -9.96 .....((((....))))..((((.....(((........))))))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.214, New DP Energy: -9.77 ...((((..[[[[[[....{{{{...))))..]]]]]]....}}}}. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -9.72 .....(((((....)))))........(((([[[[....))))]]]] New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -9.67 ((((....))))(((....))).....(((([[[[....))))]]]] New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -9.61 New DP F-measure-avg: 0.341, New DP F-measure-best: 0.839, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > MMTVgag-pro GGGGCAGUCCCCUAGCCCCGCUCAAAAGGGGGAU [[[[[.(((((((.]]]]]........))))))) (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -13.34 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.34 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.34 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -12.35 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -10.26 .((((.[[[[[[[......))))....]]]]]]] New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -9.89 ((((....))))...((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.67 (((((..[[[[...)))))........]]]]... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -9.64 .(((..[[[[[[[...)))........]]]]]]] New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -9.44 .(((..[[[[[[[[[[)))]]].....]]]]]]] New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -9.15 .((((..[[[[[[......))))...]]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.90 (((...[[[[[[[..))).........]]]]]]] New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -8.51 (((((.........))))).(((....))).... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.50 .(((...[[[[[[...))).......]]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.46 ((((....))))...((((.........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.42 (((((.....[[[.)))))..........]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.22 ((((....)))).((([[[))).......]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.77 ((((.....))))..((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.73 .(((...[[[[[[[[[)))]]]....]]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.70 (((((..[[[....)))))........]]].... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -7.66 .((((..........[[[[))))....]]]]... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.62 (((....[[[[[[..)))........]]]]]].. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.53 New DP F-measure-avg: 0.316, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > Ni_VS GGGCGUCGUCGCCCCGAGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUG ((((...[[[)))).....(((((((((.]]].))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) Energy of known structure: -9.40 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -11.09 New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -11.09 (((....[[[[.)))....(((((((((]]]].))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -8.72 (((((....)))))......((((.......))))....... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.320, New DP Energy: -8.69 (((.[[[[....)))....(((((((((]]]].))))))))) New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -8.53 (((((....)))))..(((((.......)))))......... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -8.00 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 0.867, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > PEMV UUCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((......)))))).......... ((((((..[[[[))))))......]]]] Energy of known structure: -6.31 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -5.21 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.31 .(((((......)))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -5.74 New DP F-measure-avg: 0.833, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > PLRV-S GCGGCACCGUCCGCCAAAACAAACGG [[[[..((((]]]]........)))) ((((......))))............ ((((..[[[[))))........]]]] Energy of known structure: -5.84 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -2.91 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.84 ..(((.[[[[..))).......]]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -5.21 ..(((.......)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.13 ((((......))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -2.91 ......((((............)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.29 ..........(((..........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.09 (((....)))(((..........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.98 New DP F-measure-avg: 0.410, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > PRRSV-16244B GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGUCGCGGCGGCUUGGUUGUUACUGAGACAGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. ((((((..(((((....[[[[[[[))))).))))))(((((....))))).]]]]]]] Energy of known structure: -20.54 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -17.74 New DP sens: 0.947, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -18.08 ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -17.74 (((((([[[[[[[....{{{{{{{......))))))..]]]]]]]......}}}}}}} New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.43 (((((.[[[[[[[....{{{{{{{....))))).....]]]]]]]......}}}}}}} New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -15.51 (((((((((((......)))))).....)))))......((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.75 ((((....)))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]...((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.62 ((((....)))).....((((((((((.(((((......))))).)))...))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -14.55 (((((((((((......)))))).....)))))(.((((((....)))))).)..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.43 (((((............[[[[[[[....)))))..((((((....))))))]]]]]]] New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -14.43 ((((....)))).....(((((((....)))))))((((((....))))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.28 ((((....)))).....(((((((....)))))))....((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.28 (((((([[[[[[[.((((......))))..))))))..]]]]]]].(((......))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -14.17 (((((..(((((.......)))))....)))))......((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.04 ((((((.(((((.......)))))......))))))...((((((.....)))))).. New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -13.86 New DP F-measure-avg: 0.281, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > PRRSV-LV GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGCCGCGGCGGCCUAGUUGUGACUGAAACGGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. Energy of known structure: -20.81 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -19.48 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -19.48 ((((((..(((((....[[[[[[[))))).))))))...............]]]]]]] New DP sens: 0.947, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.973, New DP Energy: -18.70 (((((((((((......)))))).....))))).(((..(((........)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -15.59 New DP F-measure-avg: 0.547, New DP F-measure-best: 0.973, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 2 > SARS-CoV UGCGGUGUAAGUGCAGCCCGUCUUACACCGUGCGGCACAGGCACUAGUACUGAUGUCGUCUACAGGGCU (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))((((((((.........))).)))))...]].]]]]] .((((((((((.((.....))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).......... .((((((((((...[[[[[..))))))))))(((((((((.........))).)))))).....]]]]] Energy of known structure: -18.46 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -14.43 New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.920, New DP Energy: -18.40 (((((((((((...[[[[[..)))))))))))((((((((.........))).)))))......]]]]] New DP sens: 0.923, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -18.13 .((((((((((..........)))))))))).((((((((.........))).)))))........... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -16.33 (((((((((((..........))))))))))).(((((((.........))).))))((((...)))). New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -15.74 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]].(((.........))).....(((.....))). New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -14.77 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]..(((.........))).....(((.....))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -14.65 (((((((((((....[[[...))))))))))).......]]]....((.(((..........))).)). New DP sens: 0.423, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -14.60 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]]...((((..........))))((((...)))). New DP sens: 0.423, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -14.51 .((((((((((....[[[...))))))))))((((((..]]]...........)))))).......... New DP sens: 0.577, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -14.40 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]....((((..........))))((((...)))). New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -14.30 (((((((((((...[[[[[..)))))))))))......((((...............))))...]]]]] New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -14.27 (((((((((((....[[[...))))))))))).......]]]...............((((...)))). New DP sens: 0.423, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.65 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]]..((((...............))))........ New DP sens: 0.423, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.05 ...((((((((..........))))))))((((.......))))..((.(((..........))).)). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -12.84 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]...((((...............))))........ New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -12.84 (((((((((((..........)))))))))))......((((...............))))........ New DP sens: 0.423, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -12.36 New DP F-measure-avg: 0.607, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 15 > SNV GGGUUCUCCCGCCCUCCGUGAACCCAGGCUAAAAGUUAAGGUAGGGGGGC [[[[[[.[..(((((((].]]]]]]..................))))))) (((....)))(((((((....(((..(((.....)))..))).))))))) ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] Energy of known structure: -13.40 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -11.14 New DP sens: 0.929, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -13.02 (((....)))(((((((.....((...(((...)))...))..))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -11.96 ((((((.[[[.[[[[....)))))).................]]]]]]]. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -11.85 ((((((.....[[[[[...))))))..................]]]]].. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -9.81 (((....)))..(((((....(((...(((...)))...)))..))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.81 (((([[[[[[)))).......(((...(((...)))...))).]]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.54 ((((((......[[[[[..))))))...................]]]]]. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -9.34 (((....))).((((((...(((...........)))..)).)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.32 (((....))).(((((.....(((...(((...)))...))).))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.22 ((((......))))........(((..(((.........)))..)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.08 ((((((....[[[{{{{..)))))).]]]................}}}}. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -9.05 .......(((.((((((...(((...........)))..)).))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.04 ((((.[[[[[)))).......(((...(((...)))...)))..]]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.88 ((((((.....[[[[....)))))).................]]]].... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.82 (((((([[[[[[[......)))))).]]]................]]]]. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -8.44 ((((...[[[))))........(((..(((.........))).)))]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.02 (((....)))...((((....(((...(((...)))...)))...)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.99 New DP F-measure-avg: 0.249, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 16 > TMV-L GGGAUUCGAAUUCCCCCGGAACCCCCGGUUGGGGCCCA ...............[[[...((((]]]..)))).... (((........((((((((.....))))..))))))). ((((.......))))..((..((((.....)))).)). Energy of known structure: -6.37 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -8.32 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -9.99 ((((.......))))((((..[[[))))..]]]..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -9.94 (((........[[[[[[[[..)))]]]]..]]]].... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.74 (((..........))).((..((((.....)))).)). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.48 (((........((((((((.....))))..))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.32 (((((....))))).((((..[[[))))..]]]..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -8.25 (((...........)))((..((((.....)))).)). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -8.14 (((((....)))))...((..((((.....)))).)). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -8.06 (((.......[[[[)))]]]].((((....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.01 (((.........[[[[...[[[[)))]]]]]]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.78 (((.......[[[[.[[[[..)))]]]]..]]]].... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -7.57 ((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.50 ((((.......))))......((((.....)))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -7.42 (((.......[[[[)))]]]]((((.....)))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -7.31 ((((.......))))....(((([[[)))).]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.24 (((.........(((((((.....)))...))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -7.23 ...........((((((((.....))))..)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.20 (((..........[[[[[[..)))....]]]]]].... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.05 (((.......((((.((((.....))))..))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -6.94 (((...........))).....((((....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.82 New DP F-measure-avg: 0.276, New DP F-measure-best: 0.533, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > BChV GCGGCGCCGACCGCCAAACAACCGGC [[[[.((((.]]]]........)))) ..((((.....))))........... ((((.[[[[.))))........]]]] Energy of known structure: -6.50 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -3.35 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.50 ((((......))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.49 ..((((.....))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.35 .....((((.............)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.21 ............(((........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.20 .(((.................))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.46 ..........(((.........))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.05 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > CABYV GGCGGCGGCGACCGCCGAAACAACCGC (((((..[[[.)))))........]]] ..((((((...)))))).......... (((((..[[[.)))))........]]] Energy of known structure: -7.31 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.29 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.30 (((((......)))))........... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -6.39 ..((((((...)))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.29 .((((((((....))))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.26 .....((((....)))).......... 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New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -10.73 ((((((((...[[[[..)))))))).......(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -10.63 ((((((((.[[[.....)))))))).......(((.....)))..]]]. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -9.85 ((((((((....[[[[.)))))))).......(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -9.57 ((((((((.....[[[[)))))))).......(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -9.57 ((((((((.........)))))))).......(((.....)))...... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -9.23 (((........))).((((...(((((...........))).)).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.36 ..........(((((((((.......))..............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -8.30 ((((....))))...((((...(((((...........))).)).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.19 ((((....))))(((((((.......)))...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.91 (((.......)))..((((...(((((...........))).)).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.81 .(((....)))(((([[[[......))))...(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.74 .........((((...(((.......)))...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.51 New DP F-measure-avg: 0.396, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-17 agUAAUGACCAGAGGCCCAACUGGUAAACGGGCGGuc .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... ......((((....((((...........)))))))) .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... Energy of known structure: -8.53 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -5.64 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.53 ......((((....((((...........)))))))) New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -5.64 .......(((((.[[[[...)))))........]]]] New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -5.60 ..............((((...........)))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -4.95 .............((((...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.00 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -3.69 ......((((....(((.....)))........)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.37 New DP F-measure-avg: 0.479, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > PLRV-W GCGGCACCGCCCGCCAAAACAAACGG ((((..[[[.)))).........]]] ((((......))))............ ((((..[[[.)))).........]]] Energy of known structure: -4.54 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.727, Initial Energy: -2.89 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.54 ..(((.[[[...)))........]]] New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -3.92 ..(((.......)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.13 ((((......))))............ New DP sens: 0.571, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -2.89 (((....)))(((..........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.07 ..(((...)))............... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.06 ......(((..............))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -0.81 New DP F-measure-avg: 0.398, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_00716; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1SJF; ORGANISM=HOMO SAPIENS AUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACACCAUUGCACUCCGGUGGUGAAUGGGAC ..(((((((...[[[[[[(((.{{.....))))))))))}}....((((..........)))).....]]]]]] .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))...]]]]. Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.37 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.16 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).(((((((.......)))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.72 .((((((((......(((((.[[[[.))))).)))))))).....((((((((.....))))))))...]]]]. New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -21.27 .((((((((...[[[[[[......[[[[[[[.)))))))).((((.....))))...]]]]]]]....]]]]]] New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -20.92 .((((((((...[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((.....))))))))..]]]]]] New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -20.90 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))...(((((.(((....)))...)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.65 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....(((((((.......)))))))........ New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -20.59 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((..........))))......]]]]. New DP sens: 0.182, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -19.78 .(((((((([[[[[.(((((.{{{{.))))).))))))))......]]]]]..(((....)))......}}}}. New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -19.43 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).))....((((((......))))))...]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.43 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((.....))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.27 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((..........))))........... New DP sens: 0.182, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -19.17 .((((((((......(((((.[[[[.))))).)))))))).....((((..........))))......]]]]. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -18.89 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....((((((......))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.82 .(((((((([[[[[.(((((......))))).))))))))......]]]]]......(((........)))... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -18.60 .((((((((...[[[[[[(((........))))))))))).....((((..........)))).....]]]]]] New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -18.52 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))......(((((.(((....)))...)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.46 .((((((((......(((((......))))).))))))))(....).(((((.(((....)))...)))))... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -18.37 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((..........))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -18.04 ....(((((......(((((.[[[[.))))).....)))))....((((((((.....))))))))...]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.04 New DP F-measure-avg: 0.259, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 15, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00944; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B57; ORGANISM=SYNTHETIC GACAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGAUUAUGUC ((((((.....(((((..[..[[)))))..........((((((]]...].))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) Energy of known structure: 1.82 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.919, Initial Energy: -12.89 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -12.89 ..(((((....[[[[[.))))).]]]]]..........((((((.......))))))........ New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -12.19 ...........(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))........ New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -11.37 ...........(((((.......)))))..........((((((.......))))))........ New DP sens: 0.550, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -11.08 ...........((((([[[[[[[)))))..........((((((.......)))))).]]]]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -10.62 New DP F-measure-avg: 0.708, New DP F-measure-best: 0.919, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01009; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DU3; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GCCAGGGUGGCAGAGGGGCUUUGCGGCGGACUGCAGAUCCGCUUUACCCCGGUUCGAAUCCGGGCCCUGGC ((((((([.(((.].......)))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) (((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))) Energy of known structure: -6.53 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -23.22 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -24.04 ((((((((((.((((.((.(((((((....))))))).)).)))).))((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -22.99 ((((((((.((((((...))))))((((((.......)))))).....((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -22.63 (((((((.......((((((((((((....)))))))...)))))..(((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -21.80 ((((((((......((((......((((((.......))))))...))))((.......))..)))))))) New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -21.46 (((((((..((((....(((....)))...)))).............(((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -21.33 ((((((((......((((((((((((....)))))))...)))))...((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.03 ((((((((.((((....(((....)))...))))..............((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -20.43 ((((((((......((((....((((............))))....))))((.......))..)))))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -20.36 ((((((((.((((((...))))))..((((.....((.(((........))).))...)))).)))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -19.84 New DP F-measure-avg: 0.598, New DP F-measure-best: 0.884, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_01021; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EET; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUGUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACCAUGUCCa .((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..)))))).. (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: 0.90 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -17.43 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.872, New DP Energy: -17.43 New DP F-measure-avg: 0.872, New DP F-measure-best: 0.872, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01023; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EEV; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUACAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUGCCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGUCCa (((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -0.53 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.900, Initial Energy: -16.20 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -16.20 (((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..))))))). New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -12.51 New DP F-measure-avg: 0.760, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00632; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 AB037947.1/775-685; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGCCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACGAUCCGAGGGGACUGUCCCUCUCGAGAAUCGGCAAAUGGGGCCCC ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((.(((((((...).))))))..).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......))))))).).))))))...]]]]]]].. 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -24.38 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).......((((((....)))))).........(((.......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.22 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((.......(((((((......)))))))....(((.....))).)))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -24.21 .((((((((..[[[[[[[(((........)))))))))))(....)..(((((((((......))))))).)).........]]]]]]].. New DP sens: 0.815, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -24.17 ...((((((..[[[[[[[........))))))(((((...(....).....((((((....)))))).......)))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -24.12 ...((((((.[[[[[...{{{{{...))))))...]]]]].((..((((((((((((......))))))).).))))))....}}}}}... New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -24.03 New DP F-measure-avg: 0.408, New DP F-measure-best: 0.881, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00636; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 M84917.1/773-684; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCUCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((((((((((...).)))))))).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))...]]]]]]].. Energy of known structure: -21.95 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -27.01 New DP sens: 0.964, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -29.58 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.964, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.931, New DP Energy: -28.64 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -27.01 .((((((((..[[[[[[[......[[[[[[..))))))))(....)...((((((((......))))))))...]]]]]].]]]]]]].. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -26.89 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...((((((((((((......)))))))).)))).............. 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New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -24.86 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -24.68 ...((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -24.66 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -24.61 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -24.60 .((((((((..[[[[[[[(((........)))))))))))(....)...((((((((......))))))))..........]]]]]]].. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.15 New DP F-measure-avg: 0.553, New DP F-measure-best: 0.931, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGGGGGGUGGGCACCCGUAAUCGCUCGCA [[[[..((((((.]]]].....)))))). ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. Energy of known structure: -8.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.90 ...((([[[[[[.)))......]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -8.05 ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -7.99 (((([[[[[[...))))...]]]]]]... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -7.94 ..(.((((((..........)))))).). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.43 ......((((((..........)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -5.41 ((((.........))))............ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -4.29 ((((((((....)))).......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.00 ...(((.......)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.52 ....((((....))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.51 ..(((........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.46 ((((..((((....)))).....)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.52 New DP F-measure-avg: 0.332, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11