> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -35.65 New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.326, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -40.12 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))(((((((.........((((.......))))...(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...)).)))))..]]]]]]]]] New DP sens: 0.053, New DP ppv: 0.040, New DP F-measure: 0.045, New DP Energy: -40.08 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))...((((((..(((....)))..)))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -39.15 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))..........)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) 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New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -38.02 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -37.97 ..............((((((((......(((((....)))))[[[[[[[(((...(((.(((((..........))))).)))...)))....)))))))).....]]]]]]]....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.319, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -37.97 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........))))))............(((((((..(((....)))..))))))) 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New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.349, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -36.66 .....((((..(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.341, New DP F-measure: 0.354, New DP Energy: -36.57 New DP F-measure-avg: 0.329, New DP F-measure-best: 0.476, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -14.44 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -36.12 New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -40.13 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.347, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -39.86 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -39.03 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. 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New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -37.39 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.465, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -37.36 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....)))))))(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -37.32 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.468, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -37.02 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -36.80 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.477, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -36.68 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. 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New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -36.26 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............))))(((((..(((((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -36.22 New DP F-measure-avg: 0.458, New DP F-measure-best: 0.591, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -48.37 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -48.09 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -47.78 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... 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New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -46.97 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((....))).......((((((((.(((((....)))))..)))))))).................))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -46.45 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.475, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.437, New DP Energy: -46.32 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....)))))))...((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.475, New DP ppv: 0.396, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -46.01 (((........)))...(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).............(((((((....))))))).... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.57 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -45.44 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((((.((((........)))).))............((((((((.(((((....)))))..))))))))..........)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -45.34 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -45.20 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -45.07 (((((((........(((((.......)))))..((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -45.03 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((((((.............(((((.(((((....)))))..)))))))))))).............))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -44.90 ...((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....)))).))))............((((((((.(((((....)))))..)))))))).......(((((.....))))).......(((((((....))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.84 New DP F-measure-avg: 0.573, New DP F-measure-best: 0.787, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.456, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -33.93 ((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.627, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -33.88 ((((((....((((((.((((.....(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.473, New DP F-measure: 0.477, New DP Energy: -33.07 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.604, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -33.02 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...))))))).....((((.....(((..............)))......))))....)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -32.97 ((((((....((((((.((((.....(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -32.80 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..)))........(((......((.........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..))......)))...)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -32.77 ((((((....((((((.((((.............((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.352, New DP ppv: 0.396, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -32.73 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -32.71 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -32.68 ((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -32.55 ((((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))......))))).((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -32.48 ((((((....((((((..((((............((((((..........)))))).(((((((...))))))).)))).......((((......)))).......(((((...))))).......)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -32.43 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -32.28 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))............((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -32.26 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....)))((((...))))...)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -32.23 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -32.21 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -32.19 New DP F-measure-avg: 0.519, New DP F-measure-best: 0.660, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). Energy of known structure: -13.51 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -15.05 New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -18.57 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.960, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -18.25 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.75 .......(((((((((......(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -17.38 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.710, New DP F-measure: 0.786, New DP Energy: -17.18 .(((............)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -17.13 .(((...........)))...(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.926, New DP Energy: -16.86 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -16.78 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.72 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -16.59 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -16.48 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -16.48 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -16.46 ..((((...)))).........(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.31 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -16.27 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -16.16 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -16.08 .......(((((((((.....(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -16.03 ..((((...))))((((.....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......)))))).)))).......... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -15.97 .(((............)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -15.74 New DP F-measure-avg: 0.667, New DP F-measure-best: 0.926, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -35.73 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -48.91 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -50.64 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -50.33 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))............(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.468, New DP F-measure: 0.547, New DP Energy: -48.46 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).....((((........)))).(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.509, New DP F-measure: 0.574, New DP Energy: -47.52 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -46.53 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -46.42 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -46.39 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -46.22 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -46.08 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))))))))....((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.525, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -46.03 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -45.77 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -45.77 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -45.71 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -45.46 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))(((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))).....))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -45.02 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))...............((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.568, New DP ppv: 0.439, New DP F-measure: 0.495, New DP Energy: -44.99 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -44.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -44.72 ..................(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))))))))))...((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -44.35 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -44.08 New DP F-measure-avg: 0.632, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -33.12 ...(((.(...........).)))...((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))......((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.525, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -31.12 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -30.99 ..((((...[[[[......[[[[[[..[[[[....[.[[[[...........)))).....]]]].]...]]]]..]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -30.77 ((((.....((.(......).))....((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...)))).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.525, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.27 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -30.11 .........((((......((((((..((((....(.((((.......((((....)))).)))).)...))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -29.97 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]...(((((............[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -29.89 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........))))))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -29.84 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]....((((......))))..((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -29.65 .........((((........((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))[[[[[[..)))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -29.43 ..((((((.[[[[......[[[[[[..........(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -29.41 ...(((.(...........).))).....(((((.(((.....((((..(((.(((((....)).))).)))))))...)))..))))).................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -29.27 .........((((......((((((..((((....(((...)))....((((....))))..........))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -29.13 ((((.....[[[[.........(((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))).....]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -29.00 ..((((((...........[[[[[[....{{{{{.(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]..}}}}}.................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -28.87 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))...[[[[[..))))))....((((((.]]]]].)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -28.73 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -28.47 New DP F-measure-avg: 0.559, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.634, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.72 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..((((.......)))).....{{{{{...((......))......))))))]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.537, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -26.92 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..........(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -26.89 (((((..............((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.756, New DP ppv: 0.861, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -26.17 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[............(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -33.79 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -30.49 New DP sens: 0.884, New DP ppv: 0.884, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -35.95 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -34.63 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.843, New DP Energy: -33.90 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -33.20 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -28.85 New DP F-measure-avg: 0.570, New DP F-measure-best: 0.884, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.79 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -29.66 New DP sens: 0.310, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -34.00 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -32.25 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -31.28 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -30.57 ((((......((((.......))))..[[[[[..[[[[[[[[.[[[.[[[...........)))).....]]].]]].]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -27.23 New DP F-measure-avg: 0.314, New DP F-measure-best: 0.659, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.39 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -27.82 New DP sens: 0.953, New DP ppv: 0.953, New DP F-measure: 0.953, New DP Energy: -30.94 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -30.03 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.884, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.916, New DP Energy: -28.89 .........((((.(((..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -28.82 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.628, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.659, New DP Energy: -27.09 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).))))))).....)))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -26.95 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.721, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -26.47 ...((((......))))..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.488, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.519, New DP Energy: -26.40 ..........((((.......))))..(((((..(((((((..(((.(((((...((.........)).))))).)))..))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -27.07 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -21.14 New DP sens: 0.977, New DP ppv: 0.977, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -28.62 ((((((((((.(((.......)))...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.641, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -27.20 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.907, New DP ppv: 0.975, New DP F-measure: 0.940, New DP Energy: -26.57 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[...........((((((....))))))..))))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.651, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -25.01 (((((.....((((.......)))).........((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.972, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -23.03 New DP F-measure-avg: 0.558, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((....((.(((...(((..(((.......)))..)))....))).))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.01 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -13.88 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.43 .(((((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -15.65 ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -13.43 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.792, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((((..................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.82 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -14.85 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -17.73 ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -14.73 New DP F-measure-avg: 0.694, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -14.87 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -17.58 .(((((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -16.80 ...........((((((....(((....)))..........((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -15.12 New DP F-measure-avg: 0.785, New DP F-measure-best: 0.844, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -13.86 New DP sens: 0.955, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -16.44 .(((((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -15.66 ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -13.44 ...........((((((................((((..........)))).[[[[.......)))))).............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -12.96 New DP F-measure-avg: 0.831, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.39 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -16.32 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -16.32 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -15.54 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -14.03 New DP F-measure-avg: 0.918, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.37 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -17.31 New DP sens: 0.957, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.863, New DP Energy: -18.82 .(((((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -18.04 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -17.31 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -17.03 ...........((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.826, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -16.42 ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -15.82 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))... New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -15.76 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -15.22 .....(((((.........)))))........((((((.(((..(((................))).)))..))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -15.19 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.207, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -15.05 .....((((([[[[.....)))))........((((((............................]]]]..))))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -14.92 .....(((((.[[[[[[..))))).....(((((((.....................{{{{{{{{.]]]]]].............)))))))............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -14.91 .(((.(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........)))...............}}}}}}}}. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -14.88 New DP F-measure-avg: 0.524, New DP F-measure-best: 0.863, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.09 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -16.09 New DP sens: 0.957, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -18.97 .(((((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -18.19 ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -15.97 ...........((((((..........(((.....(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -15.33 New DP F-measure-avg: 0.772, New DP F-measure-best: 0.880, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -10.56 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -14.43 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -17.14 .(((((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -16.36 ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -14.14 New DP F-measure-avg: 0.738, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.77 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -31.81 New DP sens: 0.881, New DP ppv: 0.860, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -37.27 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -36.19 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.854, New DP Energy: -35.22 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -34.52 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -34.26 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.868, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -34.07 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.738, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -33.37 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -33.17 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -33.11 (((((....(((((.........(((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -32.74 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]].(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.356, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -31.79 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -31.30 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.610, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -30.82 (((((....(((((..((......))..((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.447, New DP F-measure: 0.425, New DP Energy: -30.62 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.658, New DP Energy: -30.34 .((((......((...((.(((..((....(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -30.34 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((.....))..)))).[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -30.20 (((((....(((((((((...........)))).........((((..((.....))..))))..((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -30.00 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[..((((((.....)))))).....)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.525, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -29.98 (((((....(((((..((......))..((((..........((((............))))..((((...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -29.90 New DP F-measure-avg: 0.600, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -52.08 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -56.79 New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.849, New DP F-measure: 0.874, New DP Energy: -57.32 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.830, New DP F-measure: 0.854, New DP Energy: -56.48 .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.980, New DP ppv: 0.925, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -56.36 ....(((((((.((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.660, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -55.32 ....(((((((((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......))))))))......))))))).. New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -54.53 ....(((((((..(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.627, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -54.21 ....((((((((((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............))))))))......))))))).. New DP sens: 0.620, New DP ppv: 0.620, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -54.03 .((((((((....(((((((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -53.08 .((((((((...((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.580, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -52.84 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -52.53 ...........((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.612, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -52.49 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.820, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -52.45 .((((((((...((((.(((((((.............((....))...((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -52.43 .((((((((........(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.918, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -52.40 .((((((((((((.(.((((((((...............))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).....((..(((....(((((...........)))))....)))...))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -52.18 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -52.12 ...........(((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -51.99 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.820, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -51.69 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).........(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -51.66 ....(((((((.((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.327, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -50.84 New DP F-measure-avg: 0.720, New DP F-measure-best: 0.951, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -27.46 ((((((((((.................((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....))))........(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -27.00 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -26.95 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))............((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -26.53 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -25.84 ((((((((((................((((((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))))))).....(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -25.44 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -25.33 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -25.32 ((((((((((....................((((.......))))..(((((((..(((....))).(((((....))))).))))))).(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -25.20 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((...))))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -25.14 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).))))))....((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -25.01 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))..((((....))))((((.....))))............)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -24.79 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -24.63 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).)))))).....((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.258, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -24.32 .....(((((...(((....((..((.((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....)))).))..)).(((((....))))).))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.23 ((((((((((..........((......))((((((.(((((....((((((.......))))..))....)))))...)))))).....(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -24.15 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -24.12 New DP F-measure-avg: 0.457, New DP F-measure-best: 0.794, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).((.......((.(((((....))))).)).......))..))))))))). Energy of known structure: -24.25 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -21.24 New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -27.19 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.906, New DP Energy: -26.56 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.931, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -26.33 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -26.14 (((((((((......((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -25.96 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.885, New DP Energy: -25.92 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -25.74 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....)))(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -25.27 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -25.16 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((((..........)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -25.14 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -24.99 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.441, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -24.78 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.847, New DP Energy: -24.77 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).............((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.847, New DP Energy: -24.71 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -24.39 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -24.10 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -24.01 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.95 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -23.88 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))................(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -23.56 New DP F-measure-avg: 0.655, New DP F-measure-best: 0.906, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... ....((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -11.75 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -10.90 New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -14.58 .(((((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -12.97 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -12.89 ..........................................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -12.35 .............((((((.......................[[[[[..............))))))............]]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -11.62 .............((((((.....[[[[[.............[[[[[..............))))))(((((.......]]]]]............]]]]]))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.13 .............((((((..........................................))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.69 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.578, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. Energy of known structure: -9.24 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.379, Initial F-measure: 0.393, Initial Energy: -18.96 New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -19.78 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -18.60 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -18.50 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -18.15 ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -17.73 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -17.24 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))......[[[[[))))...]]]]].....]]]]...... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -17.13 ...(((([[[[(((((((((((.......{{{{.....................)))).))))))).......[[[[[))))...]]]]]....]]]]...}}}} New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -17.11 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -17.07 ...((((...((((((((................................[[[[[....)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]]]}}}}}. New DP sens: 0.296, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -17.01 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -16.94 ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{......)))).............]]]]}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -16.91 ...((((...((((((((((((....((......................))..)))).))))))))[[[[[.[[[[[))))...]]]]].........]]]]]. New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -16.82 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -16.49 ...((((...((((((((((((....((......................))..)))).))))))))[[[[[.[[[..))))..............]]]]]]]]. New DP sens: 0.519, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -16.44 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -16.24 ....((.(..((((((((((((....((......................))..)))).))))))))...).)).....(((((...)))))............. New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -16.16 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.......(((((...)))))...]]]]))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -16.13 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -16.10 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.(((((.......))))).....]]]]))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -15.96 New DP F-measure-avg: 0.455, New DP F-measure-best: 0.694, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.67 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -16.49 New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.902, New DP Energy: -16.49 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -14.32 .............(((((..(((...(((...................)))..))).....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -12.65 New DP F-measure-avg: 0.777, New DP F-measure-best: 0.902, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.70 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -18.28 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -22.31 ......((((....(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))..)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.622, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.52 .........((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.730, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -20.26 ..........(((((((((.[[[[[[[.....................)))))))))]]]]]]]..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -18.78 .........((((.(((......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -18.40 .((.......))........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -18.37 New DP F-measure-avg: 0.661, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.27 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -21.91 New DP sens: 0.893, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -21.91 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -20.18 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -19.72 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -19.08 ..........((((((((((..............................[[[[)).))))))))............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -18.76 ..........((((((((................................[[[[...))))))))............]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -18.46 New DP F-measure-avg: 0.781, New DP F-measure-best: 0.893, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -5.11 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -12.21 New DP sens: 0.741, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -13.08 ..........((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -10.82 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -10.42 .....((((.[[[[[[[..)))).((.(((..............))).)).......]]]]]]]...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -9.95 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -9.78 ..........((((((((((((...[[[[[[[.................)))))...))))))).........((((]]]]]]]...[[[[[..)))).]]]]] New DP sens: 0.259, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -9.32 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -9.26 New DP F-measure-avg: 0.531, New DP F-measure-best: 0.727, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -30.15 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -31.87 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.883, New DP Energy: -36.00 .........((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -33.95 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -31.81 New DP F-measure-avg: 0.817, New DP F-measure-best: 0.883, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((..((((.....((.(((((.....)))))...)).))))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -23.61 New DP sens: 0.906, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -23.61 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -21.88 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.05 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.688, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -19.53 New DP F-measure-avg: 0.832, New DP F-measure-best: 0.951, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA .(..((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))...((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.91 Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -20.45 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.978, New DP Energy: -21.05 .........(((((......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......))))...))))).((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -18.88 ...(((((.[[[[[(((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))).))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -18.79 ...(((((.[[[[[......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).......))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -18.28 ...(((.(....).)))...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -18.16 ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))..((((((........))))))...... New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -17.86 ...(((((.....((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.841, New DP ppv: 0.881, New DP F-measure: 0.860, New DP Energy: -17.08 New DP F-measure-avg: 0.819, New DP F-measure-best: 0.978, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... ....((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.17 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -12.67 New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -17.30 ...........((((((((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............)))))).}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -16.64 .(((((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.808, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -16.52 ...........((((((.............(((.......[[[[[.....))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -16.16 ..........(((....[[[[[[.......)))]]]]]].(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.731, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -14.28 ..........((((...((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............))))...}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -14.27 ...........((((((((((((..........)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -14.17 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -14.02 ...........((((((.............(((.[[[[..[[[[[.....))).............)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -13.90 ...........((((((.....[[[[.....((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -13.73 .(((.............((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))........)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.346, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -13.72 ............((((..............))))......(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -13.64 .................((((((..........)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -13.51 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.844, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(..(((((((...(((..........((.........))......)))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -13.86 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -16.73 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -16.73 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -15.95 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -14.39 ..........(((((((((((((...........[[[[......))))))........)))))))...............((((((((((]]]])))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -14.23 ..........(((((((..(((...(.......)...)))....[[[[[.........)))))))...........]]]]](((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -12.86 New DP F-measure-avg: 0.687, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -20.20 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.971, New DP Energy: -22.12 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -18.41 ...(((((.........)))))((((..((((..((..((....))..))..))))..))))...(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -18.12 ...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.........)))..)))....((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -18.01 New DP F-measure-avg: 0.742, New DP F-measure-best: 0.971, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -18.64 New DP sens: 0.946, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.972, New DP Energy: -19.42 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))....((((((..........))))))....... New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -17.62 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -17.56 .((.....)).........(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..(((((((...........[[[[[[..))))))).]]]]]]....... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -15.94 New DP F-measure-avg: 0.751, New DP F-measure-best: 0.972, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. Energy of known structure: -15.04 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -18.59 New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -20.36 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.954, New DP Energy: -19.37 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -17.51 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[......{{{{{{{.)))))]]]]]]]]]]]]].......}}}}}}}........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.361, New DP F-measure: 0.371, New DP Energy: -16.90 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((..........))))......... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -16.51 ...(((((.........)))))((((((((((..((...........))..))))))))))...((.((......)))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -16.06 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -15.90 .((.....)).........(((((((((((((......[[[[[[[......))))))))))))).......]]]]]]]........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.394, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -15.74 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[..............)))))]]]]]]]]]]]]].....(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -15.73 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 0.954, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). Energy of known structure: -33.47 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -37.52 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -39.28 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -37.91 .....(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -36.74 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -36.57 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -35.37 ((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New DP sens: 0.838, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -34.75 .....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.568, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -34.03 .....(((((......((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))..)))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -33.76 .....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))........ New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -32.30 .....(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New DP sens: 0.730, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -32.21 ((((((...((.(((.((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).)).))).))...))))))....(((((((.............))))))).... New DP sens: 0.216, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -31.90 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -31.77 ((((.(((((((.....((((((((...........))).))))).....((........)).........((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -31.67 New DP F-measure-avg: 0.678, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -54.79 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -58.32 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.894, New DP F-measure: 0.913, New DP Energy: -58.60 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.956, New DP ppv: 0.956, New DP F-measure: 0.956, New DP Energy: -57.42 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -56.44 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.911, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -56.22 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -53.60 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.511, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -52.40 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.698, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -52.35 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -51.04 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.659, New DP Energy: -50.97 ((((((((.(((((..((((..(((((..(((..........)))....)))))..)))).)))))(((..(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..)))..)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -50.02 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.628, New DP F-measure: 0.614, New DP Energy: -49.77 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.822, New DP ppv: 0.881, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -49.71 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.822, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.881, New DP Energy: -49.49 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -49.39 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -48.51 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -48.29 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.523, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))....((((........)))).....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.610, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -48.14 (((((......)))))..((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..(((.......))) New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -48.09 (((((......)))))..((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......))).. New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -47.88 New DP F-measure-avg: 0.713, New DP F-measure-best: 0.956, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). Energy of known structure: -37.23 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -41.05 New DP sens: 0.744, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.734, New DP Energy: -43.57 (((.(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -42.67 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -42.54 ....(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.684, New DP Energy: -41.85 ....(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -40.95 (((.(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -40.86 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.685, New DP Energy: -40.82 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.703, New DP Energy: -40.60 ....(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -39.14 (((.(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -38.91 ....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -38.88 ....(((((......((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))..)))))....... New DP sens: 0.487, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -38.87 (((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -38.78 ....(((((......((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -37.88 ....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -37.75 ((((((((((.....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))....)).))))))))((((((.....)))))).((..((((.(....).)))))). New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -37.67 ....(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -37.32 ....(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.744, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -37.06 (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).)).............((((((((.....))))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -36.51 (((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -36.40 New DP F-measure-avg: 0.669, New DP F-measure-best: 0.877, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))...(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -16.37 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -24.46 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -24.59 ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))..(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -24.38 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -23.56 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -22.38 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -21.27 ((((((((((((((......((((((....))...((.......)).....)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.317, New DP Energy: -21.19 New DP F-measure-avg: 0.582, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. Energy of known structure: -31.02 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.784, Initial F-measure: 0.806, Initial Energy: -27.88 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -33.79 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -32.27 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -31.17 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -30.13 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.63 (((((((((......(((((.......)))))......((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.58 (((((((((......(((((.......))))).......((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -29.13 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -29.08 (((((((((........((((((........))))))...(((.......)))..((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -28.61 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -28.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))....(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -28.28 (((((((((........((((((........)))))).((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -28.24 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -27.96 (((((((((........((((((........))))))..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -27.80 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((....)))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -27.54 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))....(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -27.47 (((((((((......(((((.......))))).(((((((((.............((((....))))...........))))))))).......(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -27.31 (.(....).)...((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))........... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -27.21 (((((((((...................((((............)))).......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -27.09 New DP F-measure-avg: 0.495, New DP F-measure-best: 0.829, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.622, New DP F-measure: 0.639, New DP Energy: -25.05 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))..((((((...............)))))).(((.....)))...))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -23.74 (((((((((.................(((((.......)))))..((((............))))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -23.28 New DP F-measure-avg: 0.664, New DP F-measure-best: 0.795, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.763, New DP Energy: -31.07 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((........((((((....))))))......)))))).)))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -28.51 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.42 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -28.30 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.01 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.528, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -26.45 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.528, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -26.33 ((((((((((........((((............))))(((.......))).....(((((((....((((...........(((((....)))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -25.93 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -25.91 ((((((((((...................(((((..........))))).......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -25.81 (((.....))).....((((((.......(((((..........)))))........))))))((((((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))).)))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -25.80 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -25.34 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.71 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -22.64 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -26.47 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).)).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -25.97 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -25.26 (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -22.75 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -22.25 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((....((((((....))))))...)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -22.19 (((((((((..............................(((((.............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -21.79 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.........(((((.(.......)..)))))..((....))..)))))..........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -21.74 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -21.37 New DP F-measure-avg: 0.656, New DP F-measure-best: 0.882, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -25.06 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -26.49 (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).(((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).......(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -24.77 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -24.57 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -24.03 ((((((((((...((((((((.......((((............))))......)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -23.53 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((....))..........((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -23.10 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -22.92 (((((((((.........((....))..((((............))))....((((....)))).(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -22.62 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((((((((((.......))))...((....)).)))))).........)))))))))).. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -21.22 New DP F-measure-avg: 0.704, New DP F-measure-best: 0.806, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -30.77 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -30.37 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -34.77 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -33.12 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((....))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -28.60 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).........((.(((((.(((....))).))))).)).......))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -28.53 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((((...(((....)))))))))).(((.....)))...))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -28.48 New DP F-measure-avg: 0.698, New DP F-measure-best: 0.767, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............))))))).(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. Energy of known structure: -15.96 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.70 New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -21.94 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.603, New DP Energy: -21.60 .(((((((((((((..........))))).........(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.603, New DP Energy: -21.56 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((....[[[[.....)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))......]]]] New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -20.02 .((((((((......((((((...................................))))))...((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.862, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -19.80 .(((((((((((((..........))))).....(((((((...((....(((((.((((......)))).)))))....)).)))))))(((...........)))..)))))))).. New DP sens: 0.276, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -19.48 ......((((.....((((((.....((......................))....))))))(((((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).)))..)))) New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.655, New DP Energy: -19.19 .(((((((((((((..........)))))...(((((((((((((.............)))))))..(((((....)))))...))))))(((...........)))..)))))))).. New DP sens: 0.276, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -19.07 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((....[[[[.....))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).......]]]] New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -19.03 .....(((((((((..........))))..........[[[[[[[....)))))....]]]]]]]((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -18.44 .....(((((((((..........))))..........[[[[[[[....)))))....]]]]]]]((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.32 .....(((((((((..........)))).........[[[[[[[[....)))))....]]]]]]]](((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.31 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............)))))))).(((((....)))))..(((....)))..(((.....)))...)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -18.21 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -18.10 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -17.97 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -17.89 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -17.85 .........(((((..........)))))...(((((((((((((....[[[[.....)))))))[[[[[[[[...........))))))((....))...]]]]]]]]......]]]] New DP sens: 0.172, New DP ppv: 0.156, New DP F-measure: 0.164, New DP Energy: -17.58 New DP F-measure-avg: 0.425, New DP F-measure-best: 0.877, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -22.57 New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.848, New DP F-measure: 0.836, New DP Energy: -23.25 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -21.72 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))......(((((((...((((....))))]]]]]]......)))))))....... New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.70 .....((((......((((((.......(((([[[[........))))........))))))))))(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -21.63 .....((((......((((((....(((((((............))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -21.60 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -21.48 ...............((((((....(((((((............))))..)))...))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -21.33 ....(((((..((((((((((....(((((((............))))..)))...)))))..((((...((.......)).((((....))))))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -21.06 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -20.80 ...............((((((.......(((([[[[........))))........))))))..(((((((......((.((((((]]]])))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -20.80 .............((((((((.......(((([[[[........))))........)))))).)).(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -20.67 ...............((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..(((((((...........((((....))))]]]]]]...))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -20.64 .............((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.52 .....((((......((((((.......((((............))))........))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -20.48 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{{.........]]]]]]...)))))}}}}}}...... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -20.45 .(((((.........((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..{{{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}}}.......... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -20.45 .(((((.......((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -20.44 .............((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....))))))........... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.28 ...............((((((.......((((............))))........))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -20.21 .....((((..[[[[[(((((....(((((((............))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... 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Energy of known structure: -26.56 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -26.78 New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -29.01 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -27.59 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -26.79 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -25.72 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... 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New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -23.73 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.369, New DP Energy: -23.71 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -23.59 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -23.50 New DP F-measure-avg: 0.445, New DP F-measure-best: 0.853, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. ((((((((((((.((((.((((....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))....))))...)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -26.86 Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -26.98 New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.195, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -30.08 (((((((((....((.((((......((((((............))))..))......)))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -29.60 (((((((((.................(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -28.90 (((((((((...(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -28.57 (((((((((.......(((((.....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -27.96 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -27.88 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -27.55 ((((((((((((.((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.225, New DP Energy: -27.40 (((((((((.......((((......((((((............))))..))......))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -27.36 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -26.95 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -26.94 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.225, New DP Energy: -26.90 (((((((((.......((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -26.62 (((((((((.......((........))........(((((((((.............)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -26.56 ((((((((((((.((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -26.38 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -25.93 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -25.88 ((((((((........((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))...(((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -25.83 (((((((((.......((((((....((((((............))))..)).........))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -25.74 ......(((.......))).......(((((((((.((..........[[[[[..)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))........]]]]] New DP sens: 0.206, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -25.12 New DP F-measure-avg: 0.359, New DP F-measure-best: 0.725, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((............))))..)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). Energy of known structure: -24.01 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -24.21 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.861, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -25.27 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.912, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -24.72 (((((((((..(((...(.((.((((((((((............)))).........)))))).)).)...)))...((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -23.75 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -23.71 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -23.66 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -23.03 (((((((((......(((((...(((..((((............))))..)))....))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -23.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -22.83 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -22.10 (((((((((.......((......))..((((............))))((((.......))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -22.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -21.07 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -21.02 (((((((((.......((......))..((((............)))).(((.......))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.60 New DP F-measure-avg: 0.780, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). Energy of known structure: -19.27 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -27.47 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -28.98 (((((((((...((((((((........((((............))))((((.......))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -26.23 (((((((((...((((((((.............((((............(((.......)))))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -24.81 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((((((.......))))...)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -24.79 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -23.66 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((((((.......))))...)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.51 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((((((.......))))...)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -23.23 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.758, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -25.98 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -27.33 New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -29.71 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.17 (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.559, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -25.73 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -25.19 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.237, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -24.82 (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.31 New DP F-measure-avg: 0.595, New DP F-measure-best: 0.783, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).))).((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -23.42 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -24.91 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -25.97 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -25.00 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.829, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -24.58 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -23.54 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.921, New DP Energy: -22.53 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -22.25 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -20.91 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.963, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -20.79 New DP F-measure-avg: 0.798, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. Energy of known structure: -24.59 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -25.22 New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -27.13 ((((((..((((...(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.171, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -26.17 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -25.94 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -25.15 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -24.70 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -24.68 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -24.17 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -23.96 ......((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -23.84 ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.83 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -23.51 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.49 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -23.42 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.294, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.294, New DP Energy: -23.27 ((((((..........(((((((...((((((............))))..))........)))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...))))).....)))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -23.00 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -22.70 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -22.65 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.525, New DP Energy: -22.64 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -22.55 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((((.(((....))).))))).............)))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -22.51 New DP F-measure-avg: 0.523, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -28.22 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -29.25 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.943, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -28.50 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -27.46 (((((((((...(((((((...(((((.(....((((.........)).))....).)))))...))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -25.54 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -25.25 (((((((((...........((((......)))).((((((((.................))))))))((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -24.54 New DP F-measure-avg: 0.717, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.((((...(((.......)))..))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -30.13 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -30.74 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -31.14 .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -30.13 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -27.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -27.45 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -26.78 .(((((.((((((....)))))).((((.......))))..((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -26.71 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.((((...(((.......)))..)))))))))).((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -26.52 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -26.29 .(((((.((((((....))))))...........[[[[..[[[.[[[[..)))))...........]]]]]]]]]]]((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -25.81 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -24.93 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.((((...(((.......)))..)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.639, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -24.93 New DP F-measure-avg: 0.827, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) ....((.(.((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -43.47 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -43.17 New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.951, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -48.09 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -45.42 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))((((.......))))..........(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -43.71 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -42.85 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -42.84 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -42.53 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -42.31 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.779, New DP Energy: -41.08 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((....((((....))))......))))))). 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New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.558, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -39.42 New DP F-measure-avg: 0.724, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -34.60 New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.755, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -38.04 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -37.40 ....(((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.787, New DP ppv: 0.787, New DP F-measure: 0.787, New DP Energy: -35.84 ....(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ 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New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -32.99 New DP F-measure-avg: 0.660, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] Energy of known structure: -4.62 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -26.43 New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -31.75 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) 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New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -28.65 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))..............(((((((....((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -28.57 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -28.28 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -27.94 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -27.91 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) 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Energy of known structure: -25.13 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -24.81 New DP sens: 0.844, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -25.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.862, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -25.73 ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -25.13 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -25.12 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. 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New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -22.31 New DP F-measure-avg: 0.598, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..((((((((....)))))).)). .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) Energy of known structure: -18.48 Initial sens: 0.935, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.935, Initial Energy: -21.42 New DP sens: 0.935, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.935, New DP Energy: -21.42 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).))) New DP sens: 0.871, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.885, New DP Energy: -20.21 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........)))))).(((((((((....)))))).))) New DP sens: 0.742, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.807, New DP Energy: -19.79 .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...)))))))))))....((((((....)))))).... New DP sens: 0.871, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.915, New DP Energy: -18.38 ...................((((((....))))))((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((((((((....)))))).))) 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -17.17 New DP F-measure-avg: 0.792, New DP F-measure-best: 0.935, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..(..(((....)))..)..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -21.05 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -24.78 New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -25.24 ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.78 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((...(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -23.34 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.....(((((((....))))))).......))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -22.76 (((((..((((..(((......)))......)))))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. 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Energy of known structure: -22.64 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -25.27 New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.121, New DP F-measure: 0.121, New DP Energy: -27.10 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.80 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -25.33 (((((((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... 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New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -23.92 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((((((.(((........))).)))...))..)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -23.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.(((.(((........))).))).........((((((((....))))))))))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.25 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -22.73 ((((....(((((((....)))))))..........((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.131, New DP Energy: -22.36 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.[[[[.............))))..........((((((((....))))))))]]]]....... New DP sens: 0.121, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.131, New DP Energy: -22.35 ....(((.(((((((....))))))).)))..((((((...)))))).................(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.33 ........(((((((....)))))))........((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -22.33 (((((((((((((............)))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -22.01 ((((((((((((.........(((((..((((((......))).))).....)))))(((................)))......)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.305, New DP Energy: -21.71 New DP F-measure-avg: 0.155, New DP F-measure-best: 0.349, New DP best-subopt: 17, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -22.83 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -24.91 New DP sens: 0.974, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.961, New DP Energy: -24.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -23.58 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -22.42 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))............(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -22.27 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -22.25 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -21.77 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -21.59 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))..(((((...................)))))..)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -21.51 ..((((((((.....(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))......)))))))).... New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.648, New DP Energy: -21.32 ((((((((((((((.(((((..((((((............((((....(((....)))....)))).........))))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -21.17 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))(((.......)))......)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -20.93 ((((((((((((((.........((((.......))))(((((....))))).(((...(((..(((((.......))))).)))....))).)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -20.83 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.37 ..((((((((.....(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))......)))))))).... New DP sens: 0.132, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.147, New DP Energy: -19.99 New DP F-measure-avg: 0.571, New DP F-measure-best: 0.961, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... Energy of known structure: -30.19 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -32.54 New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -33.23 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -32.96 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -31.52 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -30.56 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.53 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.47 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -30.17 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[...))))))))).]]]].... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -29.84 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -29.63 ((((((((((((((((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).)))..))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -29.41 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.83 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.77 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -28.47 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[...))))))))).]]]].... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -28.14 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -27.70 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((..(((.......)))))))) New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -27.25 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((...((....))...))))). New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -26.74 (((((((((((((...((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -26.74 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -26.71 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -26.65 New DP F-measure-avg: 0.742, New DP F-measure-best: 0.928, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... Energy of known structure: -27.45 Initial sens: 0.843, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -47.34 New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -48.62 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -48.26 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -45.75 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -45.39 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.717, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -45.05 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -44.69 ((((.....((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -42.80 ((((.....((((((..((((.......(((((((((....(((((.((((....)))).))))).((((.......))))..(((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))))))........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.549, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -42.55 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))............))))))..)))).... New DP sens: 0.784, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -42.25 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -42.18 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))............))))))..)))).... New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.891, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -41.89 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -41.82 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -41.46 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))(((((((((((((((....(((.......(((........)))......(((....))).)))..))))))).)))))))).........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -41.43 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))............)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -41.12 ((((.....((((((..((((........(((...(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....))).(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))...............))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.627, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -40.93 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))((((((((((..((((..((((.......)))).)))).((.(((....(((....)))....))).))..)))))))))).........))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.255, New DP ppv: 0.277, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -40.78 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))............)))).... New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -40.76 ((((.....((((((..((((....(((((((((((((.........))))...(((((((((..(((.((........)).))).......((...(((....)))..))..)))))))))..)))))).)))....))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.371, New DP Energy: -40.11 .........((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....)))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -39.93 New DP F-measure-avg: 0.652, New DP F-measure-best: 0.845, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ Energy of known structure: -30.31 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -32.85 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.817, New DP Energy: -33.79 ((((((((((..(((((((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -33.08 ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -32.71 ((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -31.63 ((((((((((.....((((.(((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -30.55 ((((((((((......((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -29.83 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((...(.(((....)))..).(((...(((.....)))...)))))))))..))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -29.54 ((((((((((......(((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -29.12 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -28.60 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((....(((((.......((.......))........)))))..))))))..))))..))))))))))........ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.412, New DP Energy: -28.54 ((((((((((..((((.(((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...........)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.914, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -28.29 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))...(((....)))....(((...(((.....)))...))))))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -28.11 ((((((((((..((((((((.(((................(((((..(.(((....)))..).((....)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -27.95 ((((((((((..((((((((.(((.................((((..(.(((....)))..).))))..(((.....)))...))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -27.94 ((((((((((..((((..((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))(((....))).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -27.81 ((((((((((......((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -27.67 ((((((((((..((((((((.(((......(((..........)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -27.55 ((((((((((..((((((((.(((................(((((....(((....))).((.......)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -27.43 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))..(((((.......((.......))........)))))..)))))...))))..))))))))))........ New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -27.09 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ 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New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -29.95 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -29.94 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -29.46 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)))..[[[[[..))))))))]]]]]... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.721, New DP Energy: -28.92 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((..((((...((...((....))...)))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.91 ((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.379, New DP Energy: -27.66 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....))))...............)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.484, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -27.43 ((((((((((((((..((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))........))))))...))))))))........ New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -27.42 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).[[[[....)))))))).]]]]... New DP sens: 0.710, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -27.40 ((((((((.((((...(((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))..........)))))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -27.29 .(((((....))))).(((((............((((..[[[[[[[..[[[[[..))))[[[[[..........)))))]]]]]]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.129, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -27.22 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((...(((....)))..))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.18 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((..(((....)))...))))))))))...)))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.07 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((...(((....)))..)))))]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -26.60 ((((((((((((((...................((((....(((....)))....)))).......(((....))).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -26.55 ((((((((.((((...((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))..........))))...))))))))........ New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -26.52 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((..(((....)))...)))))]]]]]...]]]]]]]... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -26.49 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.949, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ Energy of known structure: -25.36 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -21.62 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -25.84 ((((((((.((((((..((((..........(((....))).((....))..))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -23.69 ((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.452, New DP F-measure: 0.438, New DP Energy: -23.45 ((((((((.((((((.(((((((.((((...(((....)))......)))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -22.91 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -22.78 ((((((((.((((((.(((((((.......(((((...........))))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -22.47 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.469, New DP Energy: -21.60 ((((((((.((((((..((((....((....(((....)))...))...)))).((((........))))........))))))..))))))))........ New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -21.35 New DP F-measure-avg: 0.582, New DP F-measure-best: 0.969, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... (((((((.(((.((.((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).)).)))(((((.......))))).....)))))))....... Energy of known structure: -22.46 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -22.16 New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -24.73 ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -24.01 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((....))..))))...)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -22.84 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((....))..))))........))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -22.32 ((((((((.(((((((((......)))......((((..(.(((....)))..).))))....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -21.68 ......(((((....(((......)))..(((((((((((.(((....)))((((.((....))..)))).....))))).))))))..)))))....... New DP sens: 0.091, New DP ppv: 0.107, New DP F-measure: 0.098, New DP Energy: -21.27 ((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -20.84 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......))))).....)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -20.52 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....)))))).(((((((.((....))..))))...))).))))).....)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -20.36 ((((((((.......(((......)))....((((((....)))))).........((((...((((......))))...))))..))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -20.20 ((((((((((.....)))......((((...((((((....)))))))))).....((((...((((......))))...))))...)))))))....... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -20.12 ((((((((.......(((......)))........(((((((((....)))((((.((....))..))))....))))))......))))))))....... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -19.91 ((((((((.((....)).....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -19.80 New DP F-measure-avg: 0.319, New DP F-measure-best: 0.677, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))....... Energy of known structure: -26.98 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -30.25 New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.433, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -32.40 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...((((.((((...)))).).)))))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -30.69 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -30.21 ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((.((((((....)))......))).....)))).(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -29.96 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.212, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -29.75 ((((((..((((((......)))))).(((....((((....(((....)))....))))....).))...(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.448, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -29.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.......[[[[[[.....))))....(((....(((((((....)))))))...)))...]]]]]] New DP sens: 0.125, New DP ppv: 0.125, New DP F-measure: 0.125, New DP Energy: -29.16 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((....(((((((....)))))))...)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -28.96 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -28.91 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((...(.(((....)))..).((.(....).)))))))..(((....)))))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -28.79 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -28.32 ((((((((((((((((.....)))).))))))((((((...)))))).(((.......)))..........(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.188, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -28.18 ((((((((((((((((.....)))).))))))(((((...(.(((....)))..).((.(....).)))))))(((((....)))))....))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -27.92 ....((((((((((((.....)))).)))))))).((......))((((((.....((.(....).))...(((((((....))))))).........)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.85 ((((((((((((((((.....)))).))))).((((((...))))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.82 ((((((..((((((......))))))........((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))..))))))....... New DP sens: 0.406, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.441, New DP Energy: -27.79 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -27.79 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -27.74 (((((((.((((((......))))))........((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -27.73 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((..(.(((....)))..).))))......((((......)))).....))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -27.66 New DP F-measure-avg: 0.267, New DP F-measure-best: 0.508, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) Energy of known structure: -33.86 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -31.73 New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -35.47 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -31.39 (((((((((((((((.(((.((...(............)...)).)))(((....))).....(((((((..........)))))))......))))))))))))))) New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.77 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -30.13 (((((((((((((((((((.((...(............)...)).))))......(((((((.((((....)))).)))...)))).......))))))))))))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.441, New DP Energy: -29.25 (((((((((((((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -29.11 (((((((((((((((..((((((.................((....))(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -29.00 (((((((((((((((..............((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((.(((...)))..))).))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -28.76 New DP F-measure-avg: 0.722, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............)))))))))..)))))))) Energy of known structure: -24.94 Initial sens: 0.316, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.324, Initial Energy: -35.28 New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -44.46 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..)))))).(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -43.32 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -42.59 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).(((.......))).((((((...(((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...))))))))).....)))))))) New DP sens: 0.123, New DP ppv: 0.123, New DP F-measure: 0.123, New DP Energy: -42.58 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))........................)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -42.09 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -41.79 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]](((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.148, New DP Energy: -41.57 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.456, New DP ppv: 0.456, New DP F-measure: 0.456, New DP Energy: -41.44 ((((((((........((((.((((........))))))))...(((((......((((((...(((....)))..))))))...)))))..(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.288, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -41.28 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -41.09 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.327, New DP Energy: -40.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((............(((.(((.........))).))).....)))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -40.33 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..)))))).(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New DP sens: 0.456, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -40.15 ..((((((((.......)))..)))))..............(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.155, New DP Energy: -39.97 ((((((((...(((((...)))))...(((((((...........)))))))...((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -39.91 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -39.77 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]]......(((((((.((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............)))))).......))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.148, New DP Energy: -39.61 ..((((((((.......)))..)))))(((((((...........)))))))...((..(((((((((...((((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...)))))))))......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -39.45 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.451, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -39.42 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.404, New DP Energy: -39.42 New DP F-measure-avg: 0.284, New DP F-measure-best: 0.468, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19