> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -24.43 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -61.44 New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -61.44 ............(((((((((......((((((....))))))......(.(((((((.........((((.......))))...((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...)).))))).)))))))))) New DP sens: 0.053, New DP ppv: 0.047, New DP F-measure: 0.049, New DP Energy: -59.70 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((..((.....))..))...((((((..(((....)))..)))))). New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -59.64 ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....))).)))))).. 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New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.354, New DP F-measure: 0.395, New DP Energy: -58.49 ............(((((((((...........((((.(..(((..(((((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))((((((((((....).)))))).)))((..((.....))..))...))..)))..).))))...))))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -58.27 ....(((((..((.((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))....((.((....)).)).)).........))))).((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.255, New DP F-measure: 0.282, New DP Energy: -58.19 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).)).(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) 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New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.255, New DP F-measure: 0.282, New DP Energy: -57.15 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).))..(((((......((....))..((..((.....))..))....)))))..(((....)))))))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -56.94 ............(((((((((......((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))....(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -56.74 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))...((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.289, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -56.73 ...........(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -56.69 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............)))))(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.376, New DP Energy: -56.68 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............))))).((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.289, New DP ppv: 0.239, New DP F-measure: 0.262, New DP Energy: -56.38 ............(((((((((..((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...(((....)))))))))))) New DP sens: 0.237, New DP ppv: 0.205, New DP F-measure: 0.220, New DP Energy: -56.18 New DP F-measure-avg: 0.272, New DP F-measure-best: 0.395, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -20.29 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -62.90 New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.218, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -62.90 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.264, New DP Energy: -62.34 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.226, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -61.29 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((............))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -60.73 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -60.60 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.288, New DP F-measure: 0.330, New DP Energy: -60.04 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).))))).))))..(..((....))..)(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -59.94 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -59.79 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((.(((....))).))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.479, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -59.69 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.....((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -59.30 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.510, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -59.23 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.511, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -59.13 .......(((.....((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))(((.(((........))))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.434, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -59.09 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -58.99 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -58.79 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -58.43 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -58.23 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -58.18 ...............((((((.(((((.....))))).....))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -58.15 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.264, New DP Energy: -58.10 New DP F-measure-avg: 0.402, New DP F-measure-best: 0.568, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -76.42 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.729, New DP Energy: -76.22 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -75.61 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -75.41 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.589, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -75.32 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -75.12 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -75.01 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.648, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -74.81 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -74.72 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -74.62 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.425, New DP ppv: 0.327, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -74.53 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -74.52 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -74.42 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -74.33 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -73.91 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -73.71 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.731, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -73.31 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -73.21 New DP F-measure-avg: 0.719, New DP F-measure-best: 0.848, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -57.34 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).).....(.((......)).)..)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -57.14 ((((((((((((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)......))))...........)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -57.09 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.631, New DP Energy: -56.78 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).........((((..(((.....))).((((.(((.........(((..(((((((.(((..(((((...)))))...))).)).)).)))..)))(((((((....))))))).......))).))))..))))...)))))) New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.362, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -56.75 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -56.69 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -56.64 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -56.38 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).......((((((((....))))))))(.((.....((....)))).)..)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -56.14 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.490, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -55.99 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.431, New DP F-measure: 0.446, New DP Energy: -55.94 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -55.78 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -55.73 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.......(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -55.64 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))((((.....(((...(((...)))..)))......))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -55.39 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))..(((..((((......))))..)))..(((((...)))))....((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -55.39 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -55.29 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -55.08 New DP F-measure-avg: 0.501, New DP F-measure-best: 0.660, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. Energy of known structure: -19.11 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -29.10 New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -29.10 .......(((((((((......((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -28.90 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -28.35 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -28.30 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). 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New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -26.05 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.691, New DP Energy: -25.99 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -25.85 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.395, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -25.69 .(((............)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -25.69 .(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -25.59 New DP F-measure-avg: 0.584, New DP F-measure-best: 0.906, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -56.16 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -78.15 New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -78.15 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.623, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -77.90 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -77.44 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).........(((.((.(((..(((((((((....)))))))).)..))).)))))......((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -74.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.523, New DP F-measure: 0.624, New DP Energy: -72.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...((((((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).)))).(((((((.........))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.492, New DP F-measure: 0.587, New DP Energy: -71.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).....((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -71.54 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -70.84 ........((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.582, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -70.70 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -69.65 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -69.44 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -69.40 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.19 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.19 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))((((((((((....)))))))).))................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.09 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -69.09 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.705, New DP ppv: 0.508, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -69.04 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))................(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.772, New DP Energy: -68.94 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((((..((.(((((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))).))....((((.....)))).)))))). New DP sens: 0.477, New DP ppv: 0.328, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -68.89 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -68.74 New DP F-measure-avg: 0.631, New DP F-measure-best: 0.772, New DP best-subopt: 17, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -50.34 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.244, Initial F-measure: 0.247, Initial Energy: -54.50 New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -54.50 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -52.85 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -52.29 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -52.00 ((((.(((............((((......)))).(((..(((.(...((((....))))....).))).)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -51.89 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -51.80 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -51.69 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))........)))).....(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -51.66 ..(((.....(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))....)))(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -51.15 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -50.95 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -50.85 ..(((..(..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........)..)))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.274, New DP Energy: -50.84 .....(((((..........((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -50.52 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -50.22 ..((((....(((((....[[[[[[....{{{{{.....)))))....[[[[))))]]]]......((.....)).]]]]]]..}}}}}(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.405, New DP Energy: -49.95 ((((.(((............((((......)))).(((...)))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -49.65 ..((((....(((((..............[[[[[.....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..]]]]](((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -49.63 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -49.37 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -49.20 ....................((((......))))..(((((.(((...((((....))))....((((......)))).))).))))).(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.274, New DP Energy: -48.75 New DP F-measure-avg: 0.289, New DP F-measure-best: 0.711, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -49.09 Initial sens: 0.780, Initial ppv: 0.744, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -52.20 New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -52.20 ......((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.780, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -51.91 ......((((.((.(((..((((((..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -50.46 (((((.........(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.790, New DP Energy: -49.18 ......((((.((.(((..((((((....((((..(.((((..(((..((.....)).))).)))).).....))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.585, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.608, New DP Energy: -41.96 New DP F-measure-avg: 0.701, New DP F-measure-best: 0.810, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG .(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -53.39 Initial sens: 0.795, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -56.05 New DP sens: 0.795, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -56.05 ......((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.795, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -55.76 ......((((.((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.841, New DP ppv: 0.860, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -55.20 ..(((((......))))).((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -53.51 (((((..........((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -46.86 New DP F-measure-avg: 0.640, New DP F-measure-best: 0.851, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((...(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -46.27 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -52.55 New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -52.55 ..(((((......)))))..((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -50.75 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -50.50 .....((((((((((((...((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......))))............)))).......))))))))... New DP sens: 0.372, New DP ppv: 0.432, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -49.59 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.535, New DP ppv: 0.605, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -48.01 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.349, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.380, New DP Energy: -47.05 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.146, New DP Energy: -46.55 ((((((((((..........(((((...)))))((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).)))).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -46.40 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.302, New DP ppv: 0.382, New DP F-measure: 0.338, New DP Energy: -45.14 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.349, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.380, New DP Energy: -45.00 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((...........))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.093, New DP ppv: 0.108, New DP F-measure: 0.100, New DP Energy: -44.64 ((((([[[[[[[[.(((..(((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))..))))))))............((((....))))....]]]]]]]]... New DP sens: 0.465, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -44.61 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.146, New DP Energy: -44.50 (((((....(((((......(((((...))))).(((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -44.49 .....((((((((........((((..((((..((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))...((((.......)))).......))))))))........))))))))... New DP sens: 0.047, New DP ppv: 0.059, New DP F-measure: 0.052, New DP Energy: -44.15 ((((((((((...((((...(((((...)))))..))))..((((...........))))....((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -43.99 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.627, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -42.11 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -50.29 New DP sens: 0.310, New DP ppv: 0.342, New DP F-measure: 0.325, New DP Energy: -50.29 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -49.19 (((((.....((((.(....))))).........(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -48.34 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((.(((..(((..((....(((((...((((...))))..)))))..)).)))..))).))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -47.94 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -47.34 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..((((((.((......(((......)))..))))))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -46.99 (((((((...((((.(....))))).))......(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -46.84 ((((((((((((((.(....)))))..(..((..((.(((..((((..((....))))))..))).))..))..).....)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -43.96 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -48.50 New DP sens: 0.698, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -48.50 ......((((.(((.(...(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.721, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -47.96 ((((((((...(....)..((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..)))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.698, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -47.66 ((((((((((.....(((((((((......))).....))))))....((((((....)))))).((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -47.10 ......((((.(((.(...(((((((.((((.((((....))))....((((((....)))))).......)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -52.90 Initial sens: 0.814, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.805, Initial Energy: -56.99 New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -56.99 ......((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -56.70 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -53.97 ......((((.((.(((..(((((((.((((...........((((..((....))..))))........)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.658, New DP Energy: -53.51 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -51.36 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.690, Initial F-measure: 0.690, Initial Energy: -58.04 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -58.04 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -57.75 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -56.05 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -55.70 (((((.........(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -55.02 ((((((((((.((((....).)))....((((..((.(((..((((..((....))))))..))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.395, New DP Energy: -53.49 ...((((......))))..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -53.35 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -52.70 ((((((((((.((((....).)))....((((..........((((..((....))))))....(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -51.30 .........((((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -51.10 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -51.00 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -50.65 .((((......((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.487, New DP Energy: -50.50 ......((((.((.(((..(((((((..(((...........((((..((....))))))..........)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -50.40 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.341, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -50.10 (((((..............(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -49.61 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 0.716, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -36.65 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -44.19 New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -44.19 ...((((......)))).....(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -43.49 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -43.25 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -42.90 ...((((......))))..........(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -42.00 ((((((((((...((((...(.((.....)).)...))))...((((.((..(((((.(....).)))))))))))....)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -41.30 (((((((((((((...((..(.((.....)).)...))..((((((..((.....))..)))))).....))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -40.34 ((((((((((...((((...(.((.....)).)...))))((((((..((....))...))))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -39.00 ((((((((((((((.(....)))))..(((((..........((((((....))))))..)))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -38.16 ...((((...(((.((...((.(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..)))..)).))).(((.........))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -37.29 ..((((....((((.(....)))))..........(((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..))))))))))).................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -37.15 ((((((((((...........((((((..................))))))((((((.(....).)))))).........)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -37.01 (((((..............(((((((.((((...((....((((((..((.....))..)))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.512, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -36.76 ((((((((((((((.(....)))))....((((((................))))))......((((...))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -36.68 ...((((......))))..(((((((.((((...((....((((((..((.....))..)))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.512, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -36.65 (((((.....((((.(....)))))[.[[[[[..[[[[[[[[.[[[[.[[..[[[[[...)))))]]]]]]]]]]]..]]]]]]]].]]]]].]............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -21.31 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -24.68 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -24.68 ...........((((((.......................((((((..........)))))).))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -21.75 ...........((((((......(((((..............)))))................))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -21.48 .....((((..[[[[[[...........................))))..........(((((]]]]]].....)))))......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -21.40 ...........((((((.((...(((((..............)))))..)).......[[[[[)))))).....]]]]]......((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -20.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -24.70 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -24.70 ...((((....((((((......(((........)))....((((......))))...))))))............))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -22.80 ........(((((((((......(((........)))....((((......))))...))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.99 ...........((((((........................((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -21.43 .(((.......((((((......(((........)))....((((......))))...))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.25 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.89 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -23.25 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -23.25 ...........((((((................((((..........))))............))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -20.78 ........(((((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -20.54 .(((.......((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. 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Energy of known structure: -23.25 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -24.45 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -24.45 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -24.00 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -23.45 ...((((...(((((((........................................)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -22.39 .(((......(((((((........................................))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -20.81 New DP F-measure-avg: 0.873, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -30.94 New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -30.94 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].............}}}}}((((((((....))))))))... New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -29.55 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......)))))).....((((..]]]]]].[[[[[.......}}}}}.............))))]]]]]. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.194, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -28.82 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}...(((((....)))))))))). New DP sens: 0.478, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -28.34 ...........((((((..(((.....((((((..((........))..))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -22.27 New DP F-measure-avg: 0.438, New DP F-measure-best: 0.760, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.59 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -27.55 New DP sens: 0.826, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -27.55 ...........((((((..............(((.(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -24.72 ...........((((((..........(((.....................)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.54 .(((.......((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -24.10 ...........((((((..........(((.((...............)).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -23.75 New DP F-measure-avg: 0.719, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.66 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -24.69 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -24.69 ...........(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -23.65 .(((...............(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -21.54 .(((.......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -21.24 ...................(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -19.83 New DP F-measure-avg: 0.596, New DP F-measure-best: 0.739, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.94 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -55.45 New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -55.45 ..(((((......)))))..((((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -53.65 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -53.40 ((((((((((.((((....)).))....((((..........((((..((.....))..))))..(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -52.20 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -46.88 New DP F-measure-avg: 0.446, New DP F-measure-best: 0.634, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -76.51 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -89.33 New DP sens: 0.860, New DP ppv: 0.768, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -89.33 .((((((((..((((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.980, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -86.92 .((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -86.58 .((((((((....(((((((((((..((((..(.(..((....))..).).....(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). 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New DP sens: 0.620, New DP ppv: 0.585, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -81.88 ....(((((((..(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -81.88 .((((((((........(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.865, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -81.28 .((((((((..(((((((((((((..((.(....).)).))))))).[[[[[...[[[[[.[[[[[[[..)))))).(((((...]]]]]]].]]]]].]]]]]...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -80.25 .((((((((((((.(.((((((((..((.(....).)).))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.755, New DP F-measure: 0.777, New DP Energy: -80.03 .((((((((....(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -79.88 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...)).......)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -79.78 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -79.58 New DP F-measure-avg: 0.702, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -41.38 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -41.34 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).............(((((...))))).............)))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -41.05 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((....(((...)))....(((((...)))))...))))))....)))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.371, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -40.90 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). 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New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -38.85 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.657, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -38.53 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((....(((...)))....((((....))))....))))))....)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -38.50 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.576, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -38.49 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -38.25 ((((((((((...(.(((..((.....))..))).).(((((...((....))...(((....))).....)))))...(((((...))))).............)))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -38.15 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -38.03 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).))(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -37.99 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -37.73 New DP F-measure-avg: 0.513, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). Energy of known structure: -33.97 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -41.95 New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -41.95 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -41.55 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -40.65 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -40.35 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.441, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -40.25 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -39.30 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......(((((((((((((...))).)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -39.10 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -38.65 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -38.10 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -37.83 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((((....))))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -37.80 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -37.75 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -37.53 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.382, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -37.45 (((((..........((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))(((((..(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.405, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -37.35 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -37.15 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))......((((((((((...))).)))))))........(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -37.05 (((((((((...(((((.(.(....).))))))......(((....)))..))))....((((((((((...))).))))))).(((((..(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.152, New DP ppv: 0.128, New DP F-measure: 0.139, New DP Energy: -36.60 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...))))))...(((...)))....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -36.55 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...(((((...((.(((((....))))).))..((......)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.229, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -35.95 New DP F-measure-avg: 0.441, New DP F-measure-best: 0.781, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... Energy of known structure: -15.29 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.04 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.04 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -21.49 .....((((((.(((...........................((((((((...........))))))))...........((((....))))))).)))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.34 .......((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.64 .....((((((.(((.........((((..((..........((((((((...........)))))))).((....))..))...))))...))).)))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.95 ........................(((((.............((((((((...........))))))))...........((((....))))....)))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.59 New DP F-measure-avg: 0.079, New DP F-measure-best: 0.476, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.379, Initial F-measure: 0.393, Initial Energy: -31.83 New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -31.83 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -29.08 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -27.63 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -25.73 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -23.59 New DP F-measure-avg: 0.446, New DP F-measure-best: 0.549, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -21.10 New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.902, New DP Energy: -21.10 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -20.30 .(((((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -19.80 .......((((.(((.((...(((..((((.((.(((((.((..((.(.....).))...)).))))).)).).)))..)))...))....))).))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.00 ..........((((......(((..............................)))......))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -17.62 .(((......((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).)))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -17.16 New DP F-measure-avg: 0.678, New DP F-measure-best: 0.902, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.59 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -33.28 New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -33.28 ......((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -32.99 ......((((.(((.(....(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -32.99 .........((((.......(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.811, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -30.99 .........((((.......(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -30.99 ......((((.(((.(.......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -30.91 ......((((..........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -29.97 ......((((..........(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -29.97 .........((((..........((((((((...(((((........)))))..)))))))).........))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -28.64 ......((((.............((((((((...(((((........)))))..))))))))..........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -28.21 ...((((......))))..((((((((((((..((((.((.....)).))))..)))))))........)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -28.09 ...((((......))))......((((((((...(((((........)))))..))))))))...........................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -27.80 ...((((..[[[[))))......((((((((...(((((........)))))..)))))))).........]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.94 New DP F-measure-avg: 0.630, New DP F-measure-best: 0.896, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -27.33 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -32.59 New DP sens: 0.893, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -32.59 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -31.84 .(((((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.828, New DP Energy: -31.59 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -31.43 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -31.42 ..........((((((((..............(((.....)))..............))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -30.84 ...((((...((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.772, New DP Energy: -30.53 ...((((...((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -30.11 ..........((((((((((............(((.....)))...........)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -29.96 ...((((...((((((((..............(((.....)))..............))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -29.53 .(((......((((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -28.95 ...((((...((((((((((............(((.....)))...........)).))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -28.65 .(((......((((((((......((......(((.....))).....)).......)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -28.53 .(((......((((((((..............(((.....)))..............)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.95 .(((......((((((((((............(((.....)))...........)).)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -27.07 New DP F-measure-avg: 0.758, New DP F-measure-best: 0.893, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.36 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -20.15 New DP sens: 0.741, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.15 ..........((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -19.50 ..........((((((((((((.......((((((...)))))).....)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -18.86 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -17.12 New DP F-measure-avg: 0.639, New DP F-measure-best: 0.694, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.66 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -56.94 New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.841, New DP Energy: -56.94 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -52.49 .........((((......((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.768, New DP ppv: 0.878, New DP F-measure: 0.819, New DP Energy: -52.00 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.780, New DP F-measure: 0.736, New DP Energy: -51.25 .........((((......((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.768, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.843, New DP Energy: -50.76 .........((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -49.75 ..((((........))))..........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))......(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).))))).....((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.393, New DP ppv: 0.449, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -49.15 .....((((((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......)))))).))).......))))).....................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.393, New DP ppv: 0.489, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -48.94 .........((((.((((((........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))............))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.520, New DP Energy: -48.45 ..((((........)))).......((((((........(((((..(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).)))))....))))).(((((....))))))))))) New DP sens: 0.304, New DP ppv: 0.309, New DP F-measure: 0.306, New DP Energy: -47.95 .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))).. New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.740, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -47.73 .........((((..((((((.......(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))))))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -47.45 .........((((.((((...........))))..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -47.44 ..((((........)))).((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -46.69 .........((((.((((...........))))..((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.705, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -46.20 .........((((......((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -33.00 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -35.44 New DP sens: 0.906, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -35.44 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -34.69 .(((........(((((..((((........(((((.....)))))......))))...))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -34.28 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -31.53 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -24.34 New DP F-measure-avg: 0.869, New DP F-measure-best: 0.966, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... Energy of known structure: -21.63 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -27.77 New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.203, New DP Energy: -27.77 .(((.......((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}....)))]]]]]]]]]...}}}}}....... New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.207, New DP Energy: -26.62 ...........((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -25.75 ...........((((((.(((((.((....)).))))).....((((..(.....)..))))....))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -24.71 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -18.75 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -24.38 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -24.38 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -23.38 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -23.38 ...((((...(((((((((((((.....................))))))........)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -22.32 .(((........(((((((((((.....................))))))........))))))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -19.83 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.85 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -36.93 New DP sens: 0.886, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -36.93 ..........(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -35.08 ..........(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -33.79 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....((.(((.....))).))...((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -31.65 .((((.(((....)))............((((..((..((....))..))..)))).)))).((.(.((((((....)))))).).)).((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.55 New DP F-measure-avg: 0.708, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -27.80 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -29.00 New DP sens: 0.973, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.986, New DP Energy: -29.00 ..........((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.865, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -26.90 ..........((((.....(((((((((((((.....((((....)))).....))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.811, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -25.65 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New DP sens: 0.730, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -24.70 ........((((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..)).............((((((.((.....))))))))))))... 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New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -23.22 New DP F-measure-avg: 0.750, New DP F-measure-best: 0.986, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -24.55 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -28.89 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.970, New DP Energy: -28.89 ..........((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.824, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -26.79 ..........((((.....(((((((((((((...................))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -24.60 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -24.59 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..((..(((......(((((...))))))))..)).......))))... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -24.04 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..(((((((......(((((...)))))))))))).......))))... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -23.59 New DP F-measure-avg: 0.727, New DP F-measure-best: 0.970, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). Energy of known structure: -55.93 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -63.33 New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -63.33 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -61.84 .....(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -59.53 ((((.(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -59.53 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -58.64 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -58.04 ((((.(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -56.33 .....(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... 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New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.903, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -52.89 ((((.(((((((......(((((((.....))).........(((....)))........)))).......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -52.57 .....(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -52.53 ((((.(((((((......(((((((......)).........(((....)))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -52.37 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -51.83 ((((.((((((((((.((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).)).))).........(((((....)))))............))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -51.11 New DP F-measure-avg: 0.689, New DP F-measure-best: 0.928, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -86.73 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -97.35 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -97.35 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.863, New DP Energy: -93.95 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.956, New DP ppv: 0.956, New DP F-measure: 0.956, New DP Energy: -92.13 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.911, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -89.53 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) 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New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -78.15 New DP F-measure-avg: 0.783, New DP F-measure-best: 0.956, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). Energy of known structure: -61.93 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -73.79 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -73.79 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -72.30 (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.683, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -71.39 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -70.39 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -69.90 (((.(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -69.10 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -68.96 ....(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -68.90 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... 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New DP sens: 0.872, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.907, New DP Energy: -66.06 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -65.76 ....(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.685, New DP Energy: -65.70 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -65.56 ....(((((......((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -65.29 ....(((((......((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -63.80 (((.(((((((......((((((.......((((..((.....))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -63.66 (((.(((((((.(((((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...)))))))..((....))))))).((((((.((....))))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -63.40 New DP F-measure-avg: 0.710, New DP F-measure-best: 0.907, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -25.73 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -39.26 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -39.26 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -39.10 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -38.21 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -36.62 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -36.16 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -35.73 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -35.45 ((((((((((((((......((((((....)....(((....)))........)))))......(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -34.25 (((((((((((((((...((((((((.......((((.............))))........))))))))..(((......((((....)))).....))).).)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -34.08 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -33.76 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).(((.(((........))).)))...((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -32.30 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -49.45 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -48.52 (((((((((......(((((.......)))))(((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))).........))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -46.65 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.697, New DP Energy: -46.28 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -45.93 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -45.62 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -45.61 (((((((((.......(((((.......((((((((((((((..((..(......((((....))))....)..))..))))))))).))))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -45.56 (((((((((......(((((.......))))).......................((((....))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -45.20 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -44.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -44.00 (((((((((........(((.......)))(((((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))))).......))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -43.85 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((...(((..((((....))))(((((....)))))))).)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -43.45 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -43.38 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -43.37 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -43.23 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 0.841, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. Energy of known structure: -41.76 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -52.38 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -52.38 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -50.57 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -48.57 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.817, New DP Energy: -47.66 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -47.42 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -46.51 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.841, New DP Energy: -46.43 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -45.92 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -45.66 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.649, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -44.77 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -44.51 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -44.43 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -43.92 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.906, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -43.52 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.629, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -42.77 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))..((((((...............))))))..((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -42.07 New DP F-measure-avg: 0.749, New DP F-measure-best: 0.866, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). Energy of known structure: -43.26 Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -54.59 New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.734, New DP Energy: -54.59 ((((((((((......((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -54.59 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.707, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -52.78 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -51.46 (((((((((((...((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -51.09 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -50.81 ((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.709, New DP Energy: -49.29 ((((((((((..................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..)))))))((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.436, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -49.05 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -49.03 (((((((((((.....((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.703, New DP Energy: -47.42 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -47.06 ((((((((((.((...((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.693, New DP Energy: -46.12 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -46.09 (((((((((((.................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..))))))).(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.427, New DP Energy: -45.95 ((((((((((........((((............))))...(((..(((.........))))))..(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.459, New DP F-measure: 0.466, New DP Energy: -45.94 ((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).....)))))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -45.09 ((((((((((........((((......)))).(((((..................((((....)))).......((.((.((((((....)))))).)).))..))))))))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -44.85 ((((((((((.((...............(((((.((.(((..(((.....)))..)))..))))))).(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -44.65 ((((((((((........((((............))))...(((..(((.........))))))..(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -44.13 New DP F-measure-avg: 0.628, New DP F-measure-best: 0.773, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -40.80 New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -40.80 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -40.21 (((((((((......((((((..................))))))...(.((((((....)))))).).(((.....((((((.((....))))))))......)))..))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -38.81 (((((((((....................(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))....))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -38.46 (((((((((................................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -37.70 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))...........((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -36.66 (((((((((.......(((((..................)))))((((..((((((....))))))..............(((.((....)).))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.355, New DP Energy: -36.36 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).((((..((((((....))))))..............(((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.297, New DP F-measure: 0.314, New DP Energy: -35.70 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -35.59 (((((((((...((.((.(((...........(((((....(((((....((((((....))))))...))))).......((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -35.49 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).....(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.459, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -35.30 (((((((((......(((((.....(((..(((...))).)))..............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -35.21 (((((((((...............(((((............(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))..(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.290, New DP F-measure: 0.281, New DP Energy: -34.36 (((((((((...((.((.(((...(((((............(((((....((((((....))))))...))))).......)))))....((....))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -34.35 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.......(((((......)))))..........((....))..)))))..........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -34.16 .(((((..........)))))........(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))............... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -33.79 (((((((((........................((((((..(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -33.57 (((((((((...((.((.(((............((((((..(((((....((((((....))))))...))))).......))))))...((....))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -33.56 .(((((..........)))))...................((((......((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))....)))).... New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -33.04 (((((((((....................(((((..............(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..)))))....))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -32.86 New DP F-measure-avg: 0.420, New DP F-measure-best: 0.788, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -35.01 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -42.74 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -42.74 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -41.98 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -41.51 ((((((((((.......((((....((.((((((......))..))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -41.19 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -40.58 ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -40.49 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -40.11 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -39.73 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -39.43 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -39.26 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -38.96 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -38.08 ((((((((((...(((.((((...(.((((....)))))...............))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. 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New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -36.64 ((((((((((......(((((....((.((((............))))))....)))).).....((((...)))).((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -36.28 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -36.04 ((((((((((........((....))..((((............))))...............(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -35.89 New DP F-measure-avg: 0.683, New DP F-measure-best: 0.831, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -47.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -57.12 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -57.12 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -55.31 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -54.72 ((((((((((...(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -54.62 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -53.91 (((((((((.((.(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -53.12 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -52.40 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -51.81 ((((((((((...(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -51.71 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -51.61 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -51.32 ((((((((((.....(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -50.72 (((((((((.((.(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -50.21 (((((((((.((...(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -49.42 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((.....))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -49.32 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -48.70 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -48.41 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((((...((.....)).)))))))..((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -47.97 ((((((((((.....(((((((......((((............)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -47.81 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -47.62 New DP F-measure-avg: 0.758, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -32.84 New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -32.84 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -31.44 .((((((((........(((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).)))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -30.84 .((((((((.........((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -30.16 .((...(((......)))..))....(((((...........(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.111, New DP F-measure: 0.107, New DP Energy: -28.88 ..........(((((((.(.....).))..............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.120, New DP F-measure: 0.111, New DP Energy: -28.85 .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -28.71 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -28.59 .((...(((......)))..))....(((((...((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))........)))))........ 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New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -27.90 ....((((.(((((..........))))))))).........(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))...(((.(...).)))... New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.100, New DP F-measure: 0.102, New DP Energy: -27.84 .((((((((......((((((..............(((.((....)).))).....))))))...((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.759, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -27.37 .((...(((......)))..))....(((((...................(((((.((((......)))).))))).((.(..(((....)))..).)).......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.120, New DP F-measure: 0.111, New DP Energy: -27.36 .((((((((.((((..........))))..............((.((...(((((.((((......)))).)))))..)))).(((....)))................)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -27.34 .((((((((.((((..........))))......................(((((.((((......)))).))))).......(((....)))................)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.415, New DP Energy: -27.14 .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((..........(((....)))........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -26.92 .((...(((......)))..))....(((((...........((.((...(((((.((((......)))).)))))..)))).(((....))).............)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.115, New DP F-measure: 0.109, New DP Energy: -26.80 New DP F-measure-avg: 0.369, New DP F-measure-best: 0.767, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... Energy of known structure: -34.18 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -38.79 New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -38.79 ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -38.24 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -37.09 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -36.51 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -36.26 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{((....))..]]]]]]...))))).}}}}}...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -35.25 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))....(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -35.24 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -35.11 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))))))).(((..(((((((...((((....))))..((....))..)))))))))).... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -34.89 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -34.09 .............(.((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -33.79 ...............((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))..(((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -33.79 ....(((((..((((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))..((((...............((((....))))))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -33.76 ....(((((..(((((...........((((...(((((((((..(((((.((.....)).)).)))...)))))....)))).((....))..))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.206, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -33.74 .............((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))........... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -33.59 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -33.54 .....((((..[[[[[(((((....(((((((((......))..))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -33.54 ...............((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))((.((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -33.39 ....(((((..(((((................(((((.(((((..(((((.((.....)).)).)))...))))).......((((....)))).))))).)))))...)))))...... New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.258, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -33.28 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))....(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -33.26 New DP F-measure-avg: 0.621, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -39.86 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -44.42 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.861, New DP Energy: -44.42 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.849, New DP Energy: -42.32 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -40.74 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -40.32 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -39.97 (((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -38.80 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.968, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -38.74 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -38.45 .(((((..........)))))...((((.(((((((......(((((((..(((((....)))))))).))))......((((.((....))))))))))..)))..))))......... New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -37.89 (((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -37.57 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -37.54 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -36.93 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -36.87 .((((.((((......(((....)))....)))).))))..((((....))))....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -36.59 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -36.45 .(((((..........))))).......((((............))))......((.((((..(.(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).).)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -36.28 (((((((((....((.(((....)))...))..((((((...(((((((..(((((....)))))))).))))........)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -35.95 .(((((..........)))))...((..((((((......))..))))..)).....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -35.78 New DP F-measure-avg: 0.663, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. Energy of known structure: -46.01 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -50.67 New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -50.67 (((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.289, New DP F-measure: 0.306, New DP Energy: -50.64 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.838, New DP F-measure: 0.873, New DP Energy: -49.59 .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.171, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -47.92 (((((((((.......(((....))).....((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.314, New DP Energy: -47.80 (((((((((.................(((((.((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....))))))))))....)))))))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -47.78 (((((((((......(((((....((..((((((......))..))))..)).....)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -47.59 (((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -46.54 .((((((................))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -45.83 (((((((((....((.(.((....)).).)).((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....)))))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -45.05 (((((((((....((.(.((....)).).))..((((((...((((((...(((((....)))))..))))))........)))))).......(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -44.95 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.968, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -44.89 (((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -44.84 (((((((((.......(((....))).((((((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..))))...........))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -44.60 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).))).((((.......))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -44.52 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -44.02 New DP F-measure-avg: 0.496, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. Energy of known structure: -42.76 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -51.85 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.827, New DP Energy: -51.85 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.861, New DP Energy: -50.22 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -49.79 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -48.22 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.899, New DP Energy: -47.15 (((((((((........(((((.....((((......((((....)))).......)))).)))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -46.37 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -45.58 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -45.15 ((.....))....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -44.95 (((((((((..................((((((((..((((....)))).........))))))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -44.85 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((..((....)).(....)....))))))))))..)))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.412, New DP Energy: -44.65 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.629, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -44.39 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(.(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..))))))).)....)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.580, New DP Energy: -44.10 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.892, New DP Energy: -43.58 ((.....))......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(((((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.338, New DP Energy: -43.45 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -42.82 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -42.39 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))....(((....))).((.(((....)))))((((....))))..))))))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -42.15 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((((((....))........)).))))))))))..)))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -42.04 New DP F-measure-avg: 0.671, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -50.44 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -49.92 (((((((((....(((.((((..((.((((((..((....))..))))..))))..)))).).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.822, New DP Energy: -49.84 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -49.75 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -49.69 (((((((((.........((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).)))).........((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -48.70 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -48.10 (((((((((....((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.328, New DP Energy: -48.01 (((((((((....((((....................((((....)))).(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.328, New DP Energy: -46.55 (((((((((.................((((.......((((....)))).........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -46.34 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -46.25 (((((((((.......................((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -46.20 (((((((((.......(((((................((((....)))).(((((.((((......)))).))))).((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -45.99 (((((((((.......(((((....((..((....))..)).((((((..(((((.((((......)))).)))))........((....))..))))))....)))))))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -45.49 (((((((((....((((...........((((............))))..(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -44.64 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -44.60 (((((((((.......((((((...............((((....))))............))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -44.28 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 0.822, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -42.94 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.849, New DP Energy: -42.94 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -40.94 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -40.59 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -40.19 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.912, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -40.02 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -39.12 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -38.51 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -38.19 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -38.02 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -37.27 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -36.37 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -35.76 (((((((((....((.((......))...)).(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.418, New DP Energy: -35.55 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -35.27 (((((((((.......((......))..((((............))))....((((....)))).(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -34.74 New DP F-measure-avg: 0.767, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). 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New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -44.89 (((((((((...((((((((.............((((....((((....)))).........))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -43.47 (((((((((...((((((((.............((((((..((((....))))....(((((...((....)))))))...))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -43.10 (((((((((...((((((((........((((............)))).........(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -42.99 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -42.67 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((....((((....))))..)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -42.24 (((((((((....((((.(((..(((..((((((......))..))))..)))...))).)))).((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -42.00 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((....((((....))))..)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -41.75 (((((((((...((((((((............(((((....((((....))))....(((((...((....)))))))..(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -41.32 (((((((((...((((((((........................(((((............)))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -40.69 (((((((((...((((((((........((((.[[[[.......)))).........(((((]]]].......)))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.541, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -39.82 New DP F-measure-avg: 0.493, New DP F-measure-best: 0.765, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -40.11 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -49.10 New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.243, New DP Energy: -49.10 (((((((((....(.((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -48.94 (((((((((................((((.((((....(((((((((((.(((....))).))))...))))))).....)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -47.27 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.237, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -42.09 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))....((.(((....))).))..((....))((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -42.00 (((((((((...........((.(((....))).)).........((((.(((....))).))))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -41.19 (((((((((.......((.((....)).))......(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))......((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.310, New DP Energy: -39.70 (((((((((................((((.((((...........((((.(((....))).))))...............)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -39.32 New DP F-measure-avg: 0.393, New DP F-measure-best: 0.740, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -37.31 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -42.20 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -42.20 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -40.61 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -40.20 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -38.61 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -38.19 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -37.75 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -37.35 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -36.74 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.921, New DP Energy: -36.19 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -35.35 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -35.09 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -34.74 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -34.73 (((((((((.............((((..((((((......))..)))).......))))......(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -34.49 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -34.48 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -34.32 (((((((((.............((((..((((............)))).......))))......(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -33.88 (((((((((...........((((....((((((......))..))))..))))...........(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -33.82 New DP F-measure-avg: 0.779, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. Energy of known structure: -40.06 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -44.92 New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.171, New DP Energy: -44.92 ((((((.......((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -43.61 ((((((.........((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -43.61 ((((((..((((.....(((((........((((......))))))))).(((((.(((........))).)))))......)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -41.04 ......((((.((((.(((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))....(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))..)))))))). New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -40.27 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..))))......((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -39.93 ((((((..((((...((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))....((.(((....))).)))))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -39.22 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..)))).......................(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -39.16 ((((((...........(((((........((((......)))))))))................(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -38.83 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).))).....((....))((((((.....))))))...)))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -38.81 ......((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -38.61 ......((((...((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -38.61 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).))))).((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.229, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -38.07 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -38.02 ((((((..........(((((((...((((((..((....))..))))..))........)))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))).....)))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -38.00 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))............(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.194, New DP F-measure: 0.185, New DP Energy: -37.81 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).)))))..................(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -37.50 (((((((((.................))).......(((((....(....).....)))))....(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -37.43 ((((((.........((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))((..((.(((....))).)).))......(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -37.17 (((...)))......((((((....(.(((.((((..((((....)))).(((((.(((........))).)))))....))))))).)..(((((((.....)))))))...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -36.95 New DP F-measure-avg: 0.422, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. Energy of known structure: -44.21 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -52.66 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.892, New DP Energy: -52.66 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.892, New DP F-measure: 0.917, New DP Energy: -50.39 ((((((((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -50.06 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -48.39 (((((((((.((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -48.26 ((((((((((...((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.901, New DP Energy: -47.79 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.943, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -47.48 (((((((((.((.((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.865, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -45.99 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -45.48 ((((((((((..(((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........).))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.563, New DP Energy: -45.25 ((((((((((...((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -44.88 ((((((((((((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..))).......((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -44.19 ((((((((((.....((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -44.09 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -43.60 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).)))))))))))........((.(((....))))).((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.418, New DP Energy: -43.35 (((((((((.(((((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........))))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.541, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -43.15 (((((((((.((.((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -43.08 (((((((((.((...((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -42.79 ......((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))......)))). New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -42.56 New DP F-measure-avg: 0.798, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -46.65 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -47.55 New DP sens: 0.972, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.986, New DP Energy: -47.55 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -41.42 .(((((.((((((....)))))).(((((.....)))))..((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -41.40 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.(((((((((....)))))....)))))))))).((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.861, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.873, New DP Energy: -41.25 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -41.20 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -40.95 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -40.60 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.848, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -38.80 .((((..((((((....))))))..)))).....(((....)))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.906, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -38.15 .((((..((((((....)))))).(((((.....))))).))))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -38.10 New DP F-measure-avg: 0.852, New DP F-measure-best: 0.986, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) Energy of known structure: -63.90 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -72.00 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.921, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -72.00 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))...((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -70.00 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -69.80 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.868, New DP Energy: -69.06 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -68.30 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.779, New DP Energy: -67.26 ..(((((..[[[[))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -67.00 .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -62.99 .....((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -62.45 (((((.......((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -61.10 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -60.79 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......)))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.693, New DP Energy: -60.05 .((((((............)))))).((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))).((((.......))))...............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.657, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -59.44 .((((((.....[[[[[[.))))))(((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))).]]]]]]..((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.558, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -59.31 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.513, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -59.29 ..(((((..[[[[......[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -58.88 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -58.25 ..(((((..[[[[))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......]]]].(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -57.99 ............((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))..((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -57.80 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.897, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). Energy of known structure: -48.01 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -63.43 New DP sens: 0.723, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -63.43 .((((((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -61.93 ((..(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.809, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -61.45 .(((((((......(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.766, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -60.74 ....(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.809, New DP ppv: 0.776, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -60.05 .(((((((......(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -58.64 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............)))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -58.63 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............))))..(((((((((...)))))))))......))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -58.53 .(((((((......(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -58.29 .((((((((.....(((((((...(((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).).)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -58.00 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -57.66 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -57.44 .((((((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -57.09 .(((((((......(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -56.77 (((..((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....))))......)))...(((((((((...))))))))).............. New DP sens: 0.723, New DP ppv: 0.723, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -56.69 .((((((((.......(((.....)))..(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -56.24 .(((((((.................((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((...........)))).((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -55.94 .((((((((........((((((((..(((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))...))).(((((((.((((...........)))).))))...)))..........)))))))).....)))))))). New DP sens: 0.255, New DP ppv: 0.245, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -55.91 .(((((((..(((.((.(....)..)).)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....((((..((((...)))).......))))...((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.453, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -55.77 .((((((((.....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -55.57 New DP F-measure-avg: 0.651, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} Energy of known structure: -11.22 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -52.13 New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -52.13 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]..]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.302, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -50.85 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.....[[[[))))))))..)))))))..]]]].]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -49.20 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.........))))))))..))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.302, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -47.93 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -47.16 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((...((((......(((........)))..))))...)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]...........)))).)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -46.80 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]................)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -46.73 ...((((((((((((([[[[[[..............(((((.......................{{{{{{{......)))))......{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....)))).........]]]]]].((((}}}}}}}}..}}}}}}}..))))..........>>>>>> New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.102, New DP F-measure: 0.119, New DP Energy: -46.38 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{..............[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[.................}}}}}}.[[[[))))))))..)))))))..]]]]..........]]]]]] New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.102, New DP F-measure: 0.119, New DP Energy: -46.38 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -46.18 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....[[[[[[[[.....{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....))))....]]]]]]]]....((((}}}}}}}}..]]]]]]]..))))..........>>>>>> New DP sens: 0.229, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.97 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.377, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -45.62 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -45.61 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{.......<<<<<<<[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((.................}}}}}}.((((.....>>>>>>>.......))))..........)))))) New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.109, New DP F-measure: 0.123, New DP Energy: -45.60 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -45.35 ...(((([[[[[[[[[.............{{{{{{{[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]](((((((.....))...[[[[[[[[[.(((((...)))))}}}}}}}..))))).....]]]]]]]]]...... New DP sens: 0.229, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.23 ...((((.........(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]..((((((((((...................[[[[[.))))))))))........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]].]]]]] New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -44.93 ...((((.........(((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))..((((((((((...................{{{{{.))))))))))..))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......))))))))).}}}}} New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -44.93 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))){{{{{......))))..(((((((((.........]]]]]]]]......}}}}}.....)))))))))...... New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -44.49 ...(((......))).(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.268, New DP F-measure: 0.330, New DP Energy: -44.38 New DP F-measure-avg: 0.321, New DP F-measure-best: 0.612, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU .....(((..........(.(......).)......................................((((((((.............))))))))......))).......(((((..........((((((..((((.........((((....))))...))))..)))))))))))........ 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New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.489, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -41.50 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.442, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -41.07 ..((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))....)))))).....((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -40.10 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........))))))))))))....... 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Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -39.70 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -39.70 .............(((......))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -37.70 ((((((.......(((......))).........))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.678, New DP Energy: -36.75 ((((((..(((..(((......))))))......))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -36.29 ((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. 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New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -32.20 New DP F-measure-avg: 0.645, New DP F-measure-best: 0.842, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... Energy of known structure: -36.06 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -41.46 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -41.46 ....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -40.64 ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..))))..)))))))))))).... New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -40.46 (((((((((((((..(((.(((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...)))..).)))..).)))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -39.16 (((((((((((((((..(.....)..))))....((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...))))))))))))))).... New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -38.53 ((((((((((((((((.....(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..))))))))..))))))))))).... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -38.05 ....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....)))).........(((((((((....))))))))).......... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -37.94 (((((((((((((((..(.....)..))))..(((((.....)))))...((....((((..((.(....).))..))))..))..))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -37.39 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)).....))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -36.75 ((((((((((((.........(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..)))......)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -36.65 ((((((((((((.....((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))........)))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -36.53 ((((((((((((((((.......(((((......((((....(((....)))....))))...)))))...........)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -36.48 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -36.22 ....(((((((((............)))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -36.18 ((((((((((((((((.((.(((...........((((....(((....)))....))))...........))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -36.14 (((((((((((..........(((((......(((((.....))))).....))))).....((((..((((...))))...))))))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -36.10 (((((((((((((((....))))(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)).....))))).)))))......))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -36.05 ((((((((((((((((.((.((((((((....(((((.....)))))................)))))...))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -36.01 ((((((((((((((((.((.((((((((....((......))(((....)))...........)))))...))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -36.00 (((((((((((((((....))))(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).)))))......))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -35.52 New DP F-measure-avg: 0.516, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -35.59 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -39.29 New DP sens: 0.974, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.961, New DP Energy: -39.29 ((((((((((((((.(((((..((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...))))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.974, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.987, New DP Energy: -37.94 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.466, New DP Energy: -37.76 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((......))(((....))).........)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.868, New DP ppv: 0.892, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -36.25 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -36.05 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..........(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -35.05 ((((((((((((((.(((((...((((...(((..((.((......))))..)))...))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.521, New DP Energy: -34.55 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -34.39 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..(((((....)))))...............)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.789, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -34.33 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -34.26 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))((......))(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -34.25 ((((((((((((((...((((..((((...(((..((.((......))))..)))...))))..)))).........(((.....))).....)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -34.00 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))..(.((((.............))))).......)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -33.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -33.90 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......((((.............))))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -33.87 ((((((((((((((...((((..............)))).((......(((....))).(((..(((((.......))))).))).)).....)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -33.73 ((((((((((((((.(((((................((((.......))))........(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -33.65 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))...................)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -33.59 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -33.38 ((((((((((((((.(((((...............((((.(((.....(((....))))))...(((((.......))))))))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -33.27 New DP F-measure-avg: 0.617, New DP F-measure-best: 0.987, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... Energy of known structure: -47.48 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -51.98 New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -51.98 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))))..))))..)))))))))......... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -50.98 (((((((((((((((((((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -48.90 ((((((((((((((((((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -48.90 (((((((((((((((((((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -47.50 (((((((((((((((((((((((((.....)))........(((....)))..................)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -44.50 (((((((((((((...((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -43.71 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -43.41 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -42.69 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -42.59 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....((((((.((.....))))))))... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -41.98 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -41.69 New DP F-measure-avg: 0.694, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... 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New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -69.35 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.843, New DP ppv: 0.878, New DP F-measure: 0.860, New DP Energy: -69.19 .........((((((((.(((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).))))))))...)))))).......... New DP sens: 0.863, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -67.49 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -67.12 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -65.51 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -65.14 ((((.....(((.(((...........))).))).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..)))).)))).... New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.447, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -64.68 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.768, New DP Energy: -64.58 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -63.53 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -63.44 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -63.28 ((((.............((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))............)))).... New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.787, New DP F-measure: 0.755, New DP Energy: -62.56 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -61.30 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -60.74 ..((.....))......((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))..(((.......)))..... New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -60.29 ((((.((....))..))))(((.....))).....(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..))))......... New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.433, New DP Energy: -60.14 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))(((..(((......))).)))..))))))..)))).... New DP sens: 0.627, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -59.73 .........((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......)))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -59.69 New DP F-measure-avg: 0.707, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ Energy of known structure: -47.22 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -54.52 New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.919, New DP F-measure: 0.944, New DP Energy: -54.52 ((((((((((..((((((((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -51.27 ((((((((((.....((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -49.16 ((((((((((..((((((((((((.................((((....(((....)))....))))..(((.....)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -48.44 ((((((((((..((((((((((((................(((((....(((....)))....((....)).......))))))).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -46.95 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -46.82 ((((((((((........((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).((((.....))))...))))))))))........ New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -45.02 ((((((((((.........(((((((....).))))))((((((.....(((....)))....(((.(.(((.....))).).)))))))))........))))))))))........ New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.394, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -45.00 ((((((((((..((((((((((((......(((.(......).)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -44.80 ((((((((((..((((((((((((......((((((.............(((....)))..........))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.903, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -44.75 New DP F-measure-avg: 0.746, New DP F-measure-best: 0.944, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ Energy of known structure: -49.03 Initial sens: 0.968, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -52.93 New DP sens: 0.968, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -52.93 ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.903, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.918, New DP Energy: -51.68 ((((((((((((((..((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..))))....))))))...))))))))........ New DP sens: 0.968, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.984, New DP Energy: -51.38 ((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)))..))))...))))))))........ New DP sens: 0.774, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -51.03 ((((((((((((((((((((..((.(((...((......))(((....)))..........))).))..)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.839, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -48.10 ((((((((((((((((((((.............((((....(((....)))....))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -47.90 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -47.29 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -47.09 ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...)))...)))))..... 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Energy of known structure: -41.28 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -41.53 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -41.53 ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -40.23 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -38.93 ((((((((.(((((((.((((..........(((....)))(((....))).)))))..((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -38.25 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ 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New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -33.53 New DP F-measure-avg: 0.601, New DP F-measure-best: 0.969, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... Energy of known structure: -40.18 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -40.55 New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -40.55 ((((((((.((((((((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -40.50 ((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -39.74 (((((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).)))(((((.......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -39.00 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).))))........))))))..))))))))....... 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -32.45 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... Energy of known structure: -43.71 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -50.84 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -50.84 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -48.54 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -47.59 ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -47.35 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))........((((...)))).......)))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -46.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......))).((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -46.35 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))........((((...))))......))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -45.99 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))..))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.206, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -45.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).))))))).((((....)))))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.369, New DP Energy: -45.50 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -45.29 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))........(((....)))..........((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.381, New DP Energy: -45.25 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).)))))))............))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -44.80 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......)))..(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -44.75 ((((((((((((((((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))......(.((((...)))).)..).))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.69 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -44.19 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -43.79 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).........((((......((....))..))))......)))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -43.09 ((((((((((((((((.....)))))..((..(((((.....)))))..)).....((((......((....))..))))......)))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -42.79 (((((((.((((((......))))))......(((((.....)))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -42.75 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -42.69 New DP F-measure-avg: 0.306, New DP F-measure-best: 0.516, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) Energy of known structure: -50.54 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -56.24 New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -56.24 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -55.99 ((((((((..(((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -54.46 (((((((((((((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -54.21 ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -51.81 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -51.56 ((((((((..(((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -50.41 (((((((((((((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -50.16 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -49.73 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -49.48 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........)))))..)))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -48.30 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -48.05 ((((((((..(((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............)))))..)))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -47.49 ((((((((..(((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -47.35 (((((((((((((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............))))))))))))))) New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -47.24 (((((((((((((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.710, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -47.10 ((((((((..(((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -46.71 ((((((((..(((((.(((.((....................)).)))(((....))).(((.(.(((((....))))).).)))........)))))..)))))))) New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -46.59 (((((((((((((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -46.46 ((((((((..(((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -46.41 New DP F-measure-avg: 0.802, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). Energy of known structure: -47.54 Initial sens: 0.316, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.324, Initial Energy: -72.74 New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -72.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.((..((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....))))..........)).)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -71.99 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.268, New DP Energy: -71.09 ((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).)))))))) 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New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.291, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -65.90 New DP F-measure-avg: 0.305, New DP F-measure-best: 0.400, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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Energy of known structure: -161.12 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -202.49 New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.823, New DP F-measure: 0.797, New DP Energy: -202.49 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((.....((((((.....((((((((....)))))))).(((((.((..((.(.((((.....))))).))..))..(.((((((((....)))))))).)........)))))...)))))).))))...(((((..(.....)..)))))......)))))))))).. New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.616, New DP F-measure: 0.599, New DP Energy: -200.99 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).((((((((.((....(((((....).))))....(((((((((((...)))))))((((....))))........(((........))).)))))).)))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -197.14 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...)))).((((((.((......))..(((((((...)))))))((((....))))..)))....)))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(..(((............(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))....(((((....(.((((((((....)))))))).)...((.((((((........((((......)))))))))).)).))))).)))..).)))))))))).. New DP sens: 0.553, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -192.29 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).......(((((....).)))).......((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.614, New DP Energy: -189.34 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).........(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. 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New DP sens: 0.492, New DP ppv: 0.546, New DP F-measure: 0.518, New DP Energy: -180.70 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))((...(((..((.....))..))))).((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.477, New DP ppv: 0.512, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -180.43 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).................[[[[[[[..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))]]]]]]].......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.446, New DP Energy: -180.31 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))...............[[[.[[......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....))))))))]].]]]...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.477, New DP ppv: 0.521, New DP F-measure: 0.498, New DP Energy: -180.19 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........(((....[[[[[[[[........))).....((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -180.12 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.492, New DP ppv: 0.546, New DP F-measure: 0.518, New DP Energy: -179.79 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -179.13 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.568, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -178.93 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.621, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -178.77 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -178.41 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.621, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -178.05 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).......(((((....).)))).......((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((...[[[[[[[[.((((((((....)))))))).........))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).]]]]]]]]....(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.598, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -177.36 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))...(((((((.........(((........))).((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....(..(..((.....))..)..)....(((((((......(((....)))((((...)))))))))))........)))))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.547, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -176.32 New DP F-measure-avg: 0.568, New DP F-measure-best: 0.797, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). Energy of known structure: -17.93 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -37.10 New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.297, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -37.10 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New DP sens: 0.292, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -34.65 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -34.11 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New DP sens: 0.292, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.259, New DP Energy: -31.66 ((((((((((...........((((....))))...........))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New DP sens: 0.292, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.259, New DP Energy: -30.15 New DP F-measure-avg: 0.302, New DP F-measure-best: 0.393, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. Energy of known structure: -58.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -87.54 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -87.54 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.574, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -85.42 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)..............(((..(((.....)))..)))..)))))...)))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -85.09 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))....................)))))...)))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -84.99 ...(..(.....)..).((((((((((((((......((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))).(((((...)))))....)))))))))))))).. New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -84.04 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[(((.((((........))))..)))..((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]..........]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New DP sens: 0.653, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.547, New DP Energy: -83.76 ...(..(.....)..).((((((((((((((((((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........))).))).)))))))))))))).. New DP sens: 0.673, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -83.39 ...(..(.....)..).(((((((((((((((((...((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))).(((((...)))))))).)))))))))))))).. New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -83.04 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)..............(((..(((.....)))..)))..)))))...)))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -82.97 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))....................)))))...)))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -82.87 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[......(((((.((((........))))..)))))((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))..............(((..(((.....)))..)))..]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New DP sens: 0.653, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -82.59 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[....((((........))))....((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..)))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]..........]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. 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New DP sens: 0.673, New DP ppv: 0.532, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -81.27 New DP F-measure-avg: 0.550, New DP F-measure-best: 0.686, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -26.29 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -36.29 New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -36.29 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -35.79 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -34.79 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -34.70 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -34.49 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.697, New DP Energy: -33.40 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -32.10 ...............((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -31.80 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -31.39 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -31.29 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -31.20 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -31.19 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -31.09 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -30.99 ...............((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -30.90 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -30.89 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......))))......((((.....)))).... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -30.59 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -30.49 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........)))).....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -30.39 .(((........)))..(((((..(((((((((...)))))))))(((..((..........((((.((((.......)))).)))).))..)))....))))). New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.433, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -30.35 New DP F-measure-avg: 0.641, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New DP sens: 0.671, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -63.74 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.683, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -63.49 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.726, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -63.44 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.603, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -63.20 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.617, New DP Energy: -63.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -62.85 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -62.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -62.35 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.712, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -62.34 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.508, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -62.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -62.10 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.678, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -62.04 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -61.95 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((((.....(((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New DP sens: 0.414, New DP ppv: 0.475, New DP F-measure: 0.443, New DP Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.574, New DP F-measure: 0.534, New DP Energy: -61.69 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -61.65 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -61.59 New DP F-measure-avg: 0.591, New DP F-measure-best: 0.712, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -24.26 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -35.88 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -35.88 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -34.18 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -32.38 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -31.48 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -31.31 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -30.98 ..............(((((((((....))))))))).....(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -30.98 New DP F-measure-avg: 0.639, New DP F-measure-best: 0.795, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). 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New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -72.25 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.509, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -71.98 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -71.59 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -71.18 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -71.04 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...................(((((.(((...))).)))))........)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -70.94 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -70.78 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -70.70 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -70.63 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -70.40 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.589, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -70.39 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.544, New DP F-measure: 0.544, New DP Energy: -70.19 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). 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New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.587, New DP Energy: -69.74 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -69.53 (((((....(((.........)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.554, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -69.53 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.596, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -69.49 New DP F-measure-avg: 0.557, New DP F-measure-best: 0.685, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. Energy of known structure: -29.23 Initial sens: 0.283, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.275, Initial Energy: -59.09 New DP sens: 0.283, New DP ppv: 0.268, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -59.09 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....)))))..[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -57.45 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -57.32 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.352, New DP Energy: -57.25 ((((((.......[[[[[......{{{{{..((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]].((.((..((((.....))))..)).))}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.377, New DP ppv: 0.351, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -56.65 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New DP sens: 0.453, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -56.35 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.283, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -55.64 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New DP sens: 0.283, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -55.04 ((((((...........((((((....))))))((((....))))...[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -54.62 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....))))).......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.431, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -54.58 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.477, New DP Energy: -54.43 ...((((((((..(((((....((((((....))))))...(((.(..(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))...).)))....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New DP sens: 0.396, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -54.39 .((((((........)))))).((((((....)))))).......(((((((..(((....((..(((.((((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))))))..))......))).(((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))).....))).)))). New DP sens: 0.226, New DP ppv: 0.203, New DP F-measure: 0.214, New DP Energy: -54.35 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((..(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..........))))))).. New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.327, New DP Energy: -54.09 .((((((........)))))).(((((.[[[[[[........{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.....]]]]]]..(((((.....))))).....}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.189, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.185, New DP Energy: -54.07 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{.....(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....<<<<<<<.]]]]]..............)))))).......}}}}}}..........>>>>>>>.. New DP sens: 0.283, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.288, New DP Energy: -54.05 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((................((((((((((......(((.(.((......))).)))..))))))))))...)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New DP sens: 0.509, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -54.04 ((((((.............((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -54.02 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....))))))......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New DP sens: 0.453, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -53.98 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.358, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -53.80 New DP F-measure-avg: 0.352, New DP F-measure-best: 0.505, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -61.88 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.473, Initial F-measure: 0.477, Initial Energy: -78.23 New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.473, New DP F-measure: 0.477, New DP Energy: -78.23 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -77.18 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.241, New DP ppv: 0.232, New DP F-measure: 0.236, New DP Energy: -76.92 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.315, New DP ppv: 0.309, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -76.75 (((((........((((((((((.....))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))...))))))))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -76.39 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.241, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -76.17 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.315, New DP ppv: 0.309, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -75.90 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.074, New DP ppv: 0.073, New DP F-measure: 0.073, New DP Energy: -75.74 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.315, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -75.70 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.510, New DP F-measure: 0.495, New DP Energy: -75.49 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -75.29 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.074, New DP ppv: 0.073, New DP F-measure: 0.073, New DP Energy: -74.89 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((...........(((((....)).))).(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.661, New DP Energy: -74.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.074, New DP ppv: 0.067, New DP F-measure: 0.070, New DP Energy: -74.69 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.241, New DP ppv: 0.255, New DP F-measure: 0.248, New DP Energy: -74.48 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.241, New DP ppv: 0.232, New DP F-measure: 0.236, New DP Energy: -74.28 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New DP sens: 0.315, New DP ppv: 0.327, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -73.49 (((((.............((((((...))))))..((((((.(((..........))).........(.((((......)))).)....))))))...........)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -72.84 ((((....))))......((((((...)))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))((((....))))...((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -72.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New DP sens: 0.074, New DP ppv: 0.077, New DP F-measure: 0.075, New DP Energy: -72.48 New DP F-measure-avg: 0.349, New DP F-measure-best: 0.696, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). Energy of known structure: -45.02 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -61.00 New DP sens: 0.604, New DP ppv: 0.604, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -61.00 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -60.40 .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -60.23 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.854, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.854, New DP Energy: -60.20 (((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.729, New DP ppv: 0.686, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -59.56 (((((((.......(((([[[[[............))))..(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.604, New DP ppv: 0.592, New DP F-measure: 0.598, New DP Energy: -58.32 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -58.20 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -58.00 .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((..(((.....))))))))).....(((((....<<<<.....]]]]]..}}}}}.........)))))...>>>>. New DP sens: 0.646, New DP ppv: 0.646, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -57.87 .((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). 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New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -57.54 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -57.50 .((((((....((((((.[[[[[............))))))......(((((....)))))............{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -57.49 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ 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Energy of known structure: -59.16 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -72.56 New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -72.56 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.804, New DP F-measure: 0.804, New DP Energy: -71.66 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -71.66 .((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). 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Energy of known structure: -35.76 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -70.35 New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.388, New DP F-measure: 0.396, New DP Energy: -70.35 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))......... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.454, New DP Energy: -69.46 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))......... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.454, New DP Energy: -69.08 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) 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New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -42.01 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........((((((((((.(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((.....)).......)))....)))))))... New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.415, New DP F-measure: 0.374, New DP Energy: -42.01 ...........(((((...(((((((....)))))))......((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -42.00 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))............[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -41.94 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........(((((((....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))......(((((.....)))))...)))))))... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -41.91 ((((((((...........(((((((....)))))))......((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.814, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -41.65 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).)).))))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -41.40 New DP F-measure-avg: 0.664, New DP F-measure-best: 0.825, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ Energy of known structure: -50.93 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -72.10 New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.129, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -72.10 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.220, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -71.75 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -71.25 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New DP sens: 0.081, New DP ppv: 0.088, New DP F-measure: 0.084, New DP Energy: -70.90 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.133, New DP F-measure: 0.131, New DP Energy: -70.24 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -69.39 .((((((((......))))))))((((((..........[[[[[[.....{{{{{)))))).......]]]]]]..(((((((...((((((....))).))).((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))}}}}}...]]]]]]]]]]]........)))))))...... 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New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -66.90 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.236, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -66.55 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).....(((....)))(((((((....(((((...(((((.(((.......))).))).)).(((((((((((................)))))))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.411, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -66.38 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((((((................)))))))))))....((....))......... 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New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.397, New DP Energy: -65.81 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.145, New DP F-measure: 0.137, New DP Energy: -65.80 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((........((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..))))........)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.224, New DP Energy: -65.70 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((........((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))......)))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.236, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -65.69 .((((((((......))))))))((((((...((((...))))...[[[[[[[[.))))))..((((.((((((((((((]]]]]]]]((((((.(.((....)).).))))))..))))))))...))))))))...(((((......((((...))))....((....))...))))). New DP sens: 0.290, New DP ppv: 0.290, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -65.47 New DP F-measure-avg: 0.262, New DP F-measure-best: 0.586, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.712, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -79.44 (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.695, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -78.80 (((((........))))).....(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -78.10 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.569, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -77.74 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -77.54 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -77.40 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -77.34 (((((........)))))..............(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -77.20 ....((((((.................)))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.764, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -76.52 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -76.44 (((((........)))))..............(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -76.10 (((((........))))).....(((............(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -75.80 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.772, New DP F-measure: 0.752, New DP Energy: -75.61 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -75.50 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.574, New DP Energy: -75.34 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -75.30 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -74.94 ....((((((.................)))))).(((((((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))))..........((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -74.82 (((((........))))).....(((............(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -74.70 New DP F-measure-avg: 0.684, New DP F-measure-best: 0.752, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. 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New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -72.54 (((((........)))))....................(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.723, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -72.50 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New DP sens: 0.592, New DP ppv: 0.617, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -72.38 (((((........))))).........((((....................(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))....... New DP sens: 0.673, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -70.50 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New DP sens: 0.673, New DP ppv: 0.702, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -70.21 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))..))))....... New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -68.30 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New DP sens: 0.490, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -68.10 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -67.98 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))..))))....... New DP sens: 0.490, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -67.80 ..(((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...)))((((((((....)))))))).((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New DP sens: 0.510, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -67.60 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New DP sens: 0.388, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.396, New DP Energy: -67.48 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -67.30 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New DP sens: 0.490, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -66.80 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))...(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))).................. New DP sens: 0.408, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -66.70 (((((........))))).........((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........))))))...))))....... New DP sens: 0.612, New DP ppv: 0.638, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -66.60 New DP F-measure-avg: 0.570, New DP F-measure-best: 0.708, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((.((((..((.(...(((((((..(.......)..)))))))...(((.((((((....))))))))).).))..)))).)))))............. (((((.((((..((.(...(((((((..(.......)..)))))))...(((.((((((....))))))))).).))..)))).)))))............. Energy of known structure: -3.53 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -28.31 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.31 (((((((((((........)))))))))))........((.....(((((((.(.((((........))))..).)))))))....)).............. New DP sens: 0.355, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -27.64 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((........))))....)))))))..)))))............. New DP sens: 0.323, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -27.59 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((.((((((....)))))))))..))))).....)))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.15 (((((((((((........))))))....................(((((((.((((((....))))))......)))))))..)))))............. 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New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -26.48 (((..((.(..((((..((((................))))....))))..)))..))).(((((((((......))..(((....))).....))))))). New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.140, New DP Energy: -25.88 (((((.((((.((..((..(((((((..(.......)..)))))))...))..))((((........))))........)))).)))))............. New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.143, New DP Energy: -24.75 (((((...(((((......(((((((.............))))))).......((((((....)))))).....))))).....)))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.55 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((((.((((....)))))))))..))))).....)))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.45 (((((...(((((.(((..(((((((..(.......)..)))))))...))).((((((....)))))).....))))).....)))))............. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.00 New DP F-measure-avg: 0.201, New DP F-measure-best: 0.467, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. Energy of known structure: 27.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -28.50 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.50 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.45 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.77 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.25 ..((((.(((.(((((.......((((.....))))[[[[[[[[((((..(((((((((...)))))))))..))))....)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.10 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.52 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.49 ..........((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.40 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.15 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.13 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.05 .((((((............))))))(((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.03 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((.................)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.81 New DP F-measure-avg: 0.000, New DP F-measure-best: 0.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) Energy of known structure: -20.41 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -37.91 New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.135, New DP F-measure: 0.145, New DP Energy: -37.91 (((((.....))))).......((............((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..)). New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -37.30 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -37.20 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))) New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -37.00 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -36.73 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........)))).....(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -36.56 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.657, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -36.18 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((.((......)).)))) New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.156, New DP F-measure: 0.156, New DP Energy: -36.15 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -35.50 ((((([[[[[))))).......((((....................{{{{{.......(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).}}}}}...............]]]]]]. New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -35.35 ((((([[[[.))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((........{{{{{{.]]]]...)))))))..........}}}}}}. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -35.26 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((............)))) New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.161, New DP Energy: -34.99 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.......(((((((....)).)))))......]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -34.80 ((((([[[[[)))))..................(((((((((.......................(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -34.23 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New DP sens: 0.656, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -34.18 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))................. New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -34.10 ....(((((((......................[[[[[[[[[............{{{{.((....(((((((....)).)))))..((....))..)))))))))...]]]]]]]]]..((((.......}}}}.)))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.209, New DP Energy: -34.08 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........))))............(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -34.06 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -33.50 (((((.....)))))..................(((((((((.................((.((((........)))).)).((((((........)).)))).....)))))))))..((((.((......)).)))) New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.156, New DP F-measure: 0.156, New DP Energy: -33.45 New DP F-measure-avg: 0.437, New DP F-measure-best: 0.687, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[.)))))))))....(.((((((......((((.....))))..{{{{.]]]]].....)))))))...............}}}}. (((((((((..[[[[[.)))))))))....(.((((((......((((.....))))..{{{{.]]]]].....)))))))...............}}}}. Energy of known structure: -11.80 Initial sens: 0.174, Initial ppv: 0.138, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -36.36 New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -36.35 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -34.18 (((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....))))))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -34.00 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -32.43 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.207, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -30.84 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((.....))))..(((((((..........................))).)))). New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.408, New DP Energy: -30.65 (((((((((........)))))))))......((((((.....[[[[[[(((.(((....)))..)))......))))))...............]]]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -30.43 .....((((..((((((((((.(.....).).))).))))))..((((..((.(.(((.(....).))).)..))..))))...............)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -30.30 (((((((((........)))))))))..................((((.....))))..(((((((..........................))).)))). New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -30.16 .....((((..((((((((((.(.....).).))).))))))..((((.(((.(((....)))..))).........))))...............)))). 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.94 (((((((((........))))))))).................(((((((((.(((....)))..)))...........................)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.83 (((((((((........)))))))))..................((((.(((.(((....)))..))).........)))).................... New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -28.80 .....((((.(((((..((((.(((((.(((..((....))....))))))).).))))(((....)))....)))))..................)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.61 ((((((((..((((....))))..))......((((((......((((.....))))..(((....))).....))))))............))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.35 ((((((.....((((((((((.(.....).).))).))))))..((((.(((.(((....)))..))).........))))...........))))))... New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -28.30 New DP F-measure-avg: 0.200, New DP F-measure-best: 0.612, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((.........((....))..((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... ((((((.........((....))..((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.50 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.850, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -25.70 New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -25.70 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -24.40 ((((((...((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))..((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.955, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -24.13 (((((((..((((..((....))))))..((((((.(((((........)))))))))))....))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -24.00 ((((((...((((........))))((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.955, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -23.80 ..((((...((((..((....)))))).....))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -23.64 ((((((.........((....))..((((((.......))))))((((.(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -23.00 (((((((..((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.898, New DP Energy: -22.83 (((((((..((((..((....))))))....(((((......)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -22.80 ((((((...((((..((....))))))((((.......))))....((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -22.70 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -22.50 (((((((..((((........))))....((((((.(((((........)))))))))))....))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.60 (((((((........((....))..((((((.......))))))(((((.........))))).))))))).... New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -21.50 ((((((...((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))((((.(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -21.43 ((((((...((((........))))((((((.......))))))((((.(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -21.10 ..((((...((((..((....)))))).....))))....((((((((((((.......))))))))....)))) New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -21.04 .((((.....)))).((....))..((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -21.00 .((((.....))))....(((....((((((.......))))))((((((((.......)))))))).))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -20.90 .........((((..((....)))))).............((((((((((((.......))))))))).)))... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -20.80 ((((((...((((..((....))))))((((.......))))..((((.(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -20.80 New DP F-measure-avg: 0.605, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -28.70 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -28.70 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -25.39 .........((((........)))).((((((.....)))))).(((.(((((.......))))).))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -24.50 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -24.30 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -24.20 (((((((..((((.(((.....))).(((((((...))))))).............)))).....))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.44 (((((((..((((........))))...((((.....))))(((((..............)))))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -23.03 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -25.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -25.00 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -24.20 (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.905, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -23.60 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -22.80 New DP F-measure-avg: 0.951, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... Energy of known structure: -17.39 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -21.76 New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -21.76 (((((((.((((....)))).....(((((((.....)))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -21.40 ((((((((((.(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))....))).))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -21.40 ((((((((((......((((((...((((((((...)))))))).....))))))......))).))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -20.75 ((((((((((.(((((.........((((((((...))))))))........)))))....))).))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -20.38 (((((((....(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -20.26 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -20.05 (((((((....(((((.........((((((((...))))))))........)))))........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -19.24 (((((((..(((..........)))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -18.79 (((((((.((((....))))...((((....)))).............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -18.40 New DP F-measure-avg: 0.648, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... Energy of known structure: -26.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -28.80 New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -28.80 (((((((((((.((...((((...))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -27.60 ((((((((.....(((......))).((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -26.80 ((((((((.(((.....)))......((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -26.60 ((((((((.....(((......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -26.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).)))...(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -25.80 ((((((((((...(((......)))..)))).......((((..((((....))))...))))...)))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -25.65 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -25.30 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -25.30 ((((((((((...(((......)))...))))..((.(....).))....(((.......)))...)))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -24.55 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))...))))...)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -24.50 ..(((.((((...(((......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).))).....(((.......)))...)))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -24.40 ((((((((.....(((......))).............((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -23.95 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).......(((.......)))...)))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -23.90 ((((((((.....(((......))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -23.80 ((((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))....)))...)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -23.70 ((((((((.(((.....)))......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -23.60 ((((((((((...(((......))).))))........((((..((((....))))...))))...)))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -23.60 New DP F-measure-avg: 0.475, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -25.20 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -25.20 (((((((..((((........))))...(((((...((((....))))...))))).........))))))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -23.35 (((.(((((.(......).)))))))).(((((...((((....))))...)))))...(((((....))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.60 (((((((...(((........)))(((((((((...((((....))))...)))))...))))..))))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -22.05 (((.(((((.(......).))))))))..((((...((((....))))(((((.......))))).))))... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -21.75 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -21.39 New DP F-measure-avg: 0.493, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.(((((((((.(.((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... ((((((((.(((((((((.(.((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... Energy of known structure: -29.60 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.511, Initial Energy: -30.70 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -30.70 ((((((((.(((((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -30.50 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -29.75 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -28.90 ((((((((...(((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))......)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -27.67 ((((((((.((.......(.(((((....))))).).((((((...))))))..........)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -27.15 ((((((((.((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))............)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -27.10 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -26.85 ((((((((.((...(((.....))).(((((.......))))).((((........))))..)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -26.40 ((((((((..(((......)))..(.(((((.......))))).)....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -25.70 .((((....)))).((..(.(((((....))))).)..)).((((...(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -25.65 .((((....)))).....((((..(.(((((.......))))).)...(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -25.50 ((((((((.(((((((((........(((((.......))))).......))))).))....)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -25.42 .((((....))))........((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -25.00 .((((....))))(((((..(((.(.(((((.......))))).).)))((((.......)))).)))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -24.85 ((((((((.((((........))))............((((((...))))))............)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -24.80 ((((((((........(((((((.(.(((((.......))))).).))..........))))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.67 .((((....((((........))))))))((.......)).((((.(.(((((.......))))).).)))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -24.65 New DP F-measure-avg: 0.519, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 17 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -3.10 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -10.64 New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -10.64 ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -10.61 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -10.45 ((((((((.(((((......)))))..(((..(.......)..))).......)))))))).... New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -9.49 ((((((((.(((((......)))))..((((((.......)))))).......)))))))).... New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -9.30 (((((((((.(....).))))))).))((((((.......)))))).....((.........)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.50 .........((((...((..((...(.(((..(.......)..))))..))...))...)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.49 ((((((((....(((((.............(((((....)))))..)))))..)))))))).... New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -7.17 ..(((((((........)))))))...(((..(.......)..))).....((.........)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.89 ..(((((((........)))))))...((((((.......)))))).....((.........)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.70 New DP F-measure-avg: 0.251, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 9 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -7.00 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -11.35 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -11.35 (((((...(((((((((........)))))))))......(((.........)))...))))).... New DP sens: 0.278, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -7.50 New DP F-measure-avg: 0.386, New DP F-measure-best: 0.486, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -31.19 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -31.19 (((((((..((((((....)).))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -28.90 (((((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -28.39 (((((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -27.90 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -27.79 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -27.29 (((((((..((((((....)).))))..((((((((......)))).(((......)))))))...))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -27.20 (((((((..((((.........))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -27.00 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -26.00 (((((((..((((...........)))).(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -25.98 ..(((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.205, New DP Energy: -25.89 (((((((..........((((.(.((...(..((((......))))..)....)).).))))....))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -25.87 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -25.40 ..(((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -25.39 (((((((.(((((((....)).)).....(..((((......))))..)..........)))....))))))).... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -25.34 (((((((..((((.........))))..((((((((......)))).(((......)))))))...))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -25.30 (((((((..((((...........))))...............(((((((......)).)))))..))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -25.09 New DP F-measure-avg: 0.504, New DP F-measure-best: 0.780, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 16 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -4.16 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.80 New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -9.80 ((((((((.((((......((((((.....))))))))))..)))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -9.45 ((((((((........(((.(((((.....))))))))....)))))))).... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.828, New DP Energy: -9.01 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -8.10 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -7.83 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -7.07 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.00 ((((((((.((((...(((..............)))))))..)))))))).... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -6.28 New DP F-measure-avg: 0.611, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -13.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.80 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -26.60 New DP sens: 0.947, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.973, New DP Energy: -26.60 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -22.60 New DP F-measure-avg: 0.908, New DP F-measure-best: 0.973, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.60 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -30.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -32.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -32.20 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -29.10 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -26.40 ..((....))...((((((.(((....)))))))))..(((((((....))))))). New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -25.90 New DP F-measure-avg: 0.697, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.60 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -20.60 .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.20 .(((((..(....)..))))).........(((...)))(((((....))))).. New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.786, New DP Energy: -17.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((((....))))).. New DP sens: 0.929, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -17.00 New DP F-measure-avg: 0.894, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -13.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.10 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.10 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.00 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -30.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -30.30 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -25.40 New DP F-measure-avg: 0.769, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -41.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -47.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -47.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((((.....).))))))))). New DP sens: 0.944, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -42.30 New DP F-measure-avg: 0.854, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). Energy of known structure: -34.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -34.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -34.80 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -34.40 .((((((((....))))))))((.(((.....)))))..(((((((....))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -34.00 .((((((((.......(((((...))))).)))))))).(((((((....))))))). New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -31.04 ..((((.((((....)))))))).(((.....)))....(((((((....))))))). New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -29.90 ..((((.((((....))))))))...(((.......)))(((((((....))))))). New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -29.70 New DP F-measure-avg: 0.654, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... ...((((((....))))))... Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -11.50 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -11.50 New DP F-measure-avg: 0.923, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -24.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -24.30 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -23.20 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -22.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -22.10 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.00 New DP F-measure-avg: 0.783, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) Energy of known structure: -6.29 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -18.05 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -18.05 ((((..(((....)))...)))).(((.(.....).))).(((((...))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -15.40 .((((.(((....))).))))........((((....))))((((...)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -14.80 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -14.19 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 0.737, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... Energy of known structure: -8.15 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -16.60 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -16.60 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -15.00 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -14.90 ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((.(((((....))))).))).... New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.229, New DP Energy: -13.40 New DP F-measure-avg: 0.544, New DP F-measure-best: 0.774, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((((((((....))))))))).... ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -8.40 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.238, Initial F-measure: 0.278, Initial Energy: -17.80 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -17.80 New DP F-measure-avg: 0.278, New DP F-measure-best: 0.278, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) Energy of known structure: -22.85 Initial sens: 0.846, Initial ppv: 0.611, Initial F-measure: 0.710, Initial Energy: -27.10 New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -27.10 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -24.90 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))((((((..]]]....)))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -24.14 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -24.10 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -23.21 .((((((((....)))))))).....(((.(((....))).)))........... New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -23.20 ...((((((....))))))(((....))).......((((.(((....))))))) New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -22.80 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -22.10 New DP F-measure-avg: 0.679, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).................(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). .(((.(((((....)))))))).................(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). Energy of known structure: -37.60 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -39.90 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -39.90 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -38.00 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.(....)))))...)))))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -34.94 .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -32.77 .(((.(((((....)))))))).........((((...(((((((.(((.(.....).))).)).))))).....)))) New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -32.49 New DP F-measure-avg: 0.638, New DP F-measure-best: 0.818, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -30.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -30.40 .((((((((....))))..(((....)))..))))....((((((....)))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -27.60 New DP F-measure-avg: 0.774, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.40 .((((((((....))))))))((((....(..((....))..).))))....... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -10.65 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -10.50 New DP F-measure-avg: 0.722, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .(((((..(....)..))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -16.40 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -16.40 .((((((((....)))))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.20 New DP F-measure-avg: 0.929, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -34.50 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -40.40 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -40.40 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -38.80 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -38.10 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -37.40 .((((((((....))))))))(((......)))........((((((((....)))))))).... New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -36.10 .((((((((....))))))))((([[[[[.)))....]]]]](((((((....)))))))..... New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -34.97 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -33.06 New DP F-measure-avg: 0.813, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -23.70 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.54 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -25.54 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -23.70 New DP F-measure-avg: 0.767, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -19.00 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -19.00 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.80 New DP F-measure-avg: 0.932, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -16.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). Energy of known structure: -31.95 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -34.30 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.755, New DP Energy: -34.30 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -32.90 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -31.80 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -31.35 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -31.10 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -30.74 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -30.25 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -30.00 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -29.95 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -29.70 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -28.86 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.84 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -28.61 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New DP sens: 0.120, New DP ppv: 0.111, New DP F-measure: 0.115, New DP Energy: -28.45 .((((((((....)))................(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -28.30 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -28.05 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -27.76 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.204, New DP Energy: -27.65 New DP F-measure-avg: 0.397, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). Energy of known structure: -24.05 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -24.71 New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -24.71 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((.(....).)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -24.65 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -23.54 .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((...]]]]]]....)))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.303, New DP Energy: -21.52 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[...))))))....]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -20.35 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -20.30 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -19.81 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.882, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -33.10 New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -33.10 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -32.05 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -31.70 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -31.44 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -30.65 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -30.50 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -30.40 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.520, New DP Energy: -30.15 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -29.85 ....(((((((..............((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -29.25 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.44 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New DP sens: 0.120, New DP ppv: 0.111, New DP F-measure: 0.115, New DP Energy: -28.05 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -27.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -27.70 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -27.65 .((((((((....)))..((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).))))...))))). New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -27.40 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.204, New DP Energy: -27.25 .((((((((....)))................(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -27.20 .(((((.......)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.245, New DP Energy: -27.05 ....(((((((.......((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).)))).))))))). New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -26.79 New DP F-measure-avg: 0.368, New DP F-measure-best: 0.776, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -16.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -16.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -16.50 New DP F-measure-avg: 0.941, New DP F-measure-best: 0.941, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -20.30 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -38.15 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -38.15 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -35.35 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -32.55 New DP F-measure-avg: 0.716, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -44.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -44.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.((.......))))))))). New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -40.40 ...((((((.((.(((.....)))..))..))))))...(((((((.(((....))).))))))). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -35.65 New DP F-measure-avg: 0.714, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -45.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -45.50 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.979, New DP Energy: -45.50 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -44.31 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -41.41 .((((.......((((..(((.((((((....)))))).)))..........)))).......((((....)))).)))). New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -39.01 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -37.60 ............((((......((((((....))))))..............))))..(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -36.41 New DP F-measure-avg: 0.763, New DP F-measure-best: 0.979, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.70 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.70 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .(((((.....))))). Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -6.50 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -6.50 New DP F-measure-avg: 0.909, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.22 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -15.15 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -15.15 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -13.40 ........(((((((((.....))))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -11.40 ..........(((((....)))))....................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.20 New DP F-measure-avg: 0.815, New DP F-measure-best: 0.950, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... Energy of known structure: -19.07 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.958, Initial Energy: -28.54 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -28.54 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -27.44 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -26.80 ....(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.898, New DP Energy: -26.60 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -25.70 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -25.70 ....((((.((((....))))........((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -25.50 ....(((((((((.......))))).......(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -25.50 ....((((.((((....))))...........(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.60 .........((((....))))...((((.((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).))))..... New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -24.44 ....((((.((((....))))...........(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.622, New DP Energy: -24.40 ........(((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).......... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -23.24 New DP F-measure-avg: 0.792, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.10 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.10 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -38.22 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -46.20 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 0.885, New DP F-measure: 0.920, New DP Energy: -46.20 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -45.40 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -43.70 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -41.24 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -41.00 ....((((((.......))))).)...(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -40.80 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -40.44 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -39.90 .((((..((((...((.((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))))....)))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -39.70 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -39.30 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New DP sens: 0.458, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -38.89 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -38.80 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New DP sens: 0.208, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -38.70 .((((((((..(.(((.((((((......))))))))).).((((((....)))))).......))))........)))). New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -38.39 .(((((.((.....)).((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))).......... New DP sens: 0.292, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -37.00 New DP F-measure-avg: 0.606, New DP F-measure-best: 0.920, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -13.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.85 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.85 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New DP sens: 0.769, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -10.90 New DP F-measure-avg: 0.935, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -19.79 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.979, New DP Energy: -19.79 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -18.29 .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -18.21 New DP F-measure-avg: 0.908, New DP F-measure-best: 0.979, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). ......((((.(((......)))))))..... ......((((.(((......)))))))..... Energy of known structure: 0.41 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -4.10 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -4.10 ...............((((....))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.90 ........(((.....)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.80 (((((......)))))(((....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.50 ......((((.............))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.21 ......((((..........))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.19 ........(((.....)))..(((.....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.10 ........(((.[[[.)))..(((.]]].))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.82 New DP F-measure-avg: 0.200, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -3.54 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.90 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.90 (((([[[[))))...(((.((((]]]].))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.68 ((((....)))).......((((.....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.60 .((((((((((..........))))....)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -4.59 (((([[[[)))).......((((]]]].)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.43 ........(((....))).((((.....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 .((((((......................)))))). 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Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -12.80 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -4.90 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -5.97 New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -5.97 .((((......))))....(....).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.40 (((......(((......)))...))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -2.92 New DP F-measure-avg: 0.462, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.60 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.60 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -13.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -13.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.30 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -3.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) (((((((...((((....))))..))))))) Energy of known structure: -10.49 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -13.40 New DP F-measure-avg: 0.952, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.60 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -33.30 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -37.25 New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -37.25 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.936, New DP Energy: -35.95 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -35.55 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -34.15 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -33.15 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -32.45 New DP F-measure-avg: 0.832, New DP F-measure-best: 0.936, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -7.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.80 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.00 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) Energy of known structure: -25.45 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -28.10 New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -28.10 (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) New DP sens: 0.920, New DP ppv: 0.958, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -27.53 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -25.17 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -25.10 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -24.65 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((..........)))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -24.04 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -23.80 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((..........)))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.19 (((((.((((.....((((......))))...((.....))(((((((((......)))))))))...))))))))) New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -22.90 New DP F-measure-avg: 0.466, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.90 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -7.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.60 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -19.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -19.80 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -18.10 New DP F-measure-avg: 0.926, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -10.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -10.30 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -11.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -11.50 New DP F-measure-avg: 0.933, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -7.90 New DP F-measure-avg: 0.857, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -7.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.90 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -11.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -13.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.947, New DP Energy: -13.50 ((((...((((((....))...))))...)))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -10.70 New DP F-measure-avg: 0.895, New DP F-measure-best: 0.947, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.90 ((((((...(((((....))))).........)))))) New DP sens: 0.846, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.917, New DP Energy: -17.36 ((((((..((((((....))).))).......)))))) New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -15.22 New DP F-measure-avg: 0.879, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -26.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -53.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -53.80 ((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -53.05 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -50.05 ((((((((((((..........((((....))))..))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -47.61 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -46.46 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -44.09 New DP F-measure-avg: 0.718, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -15.74 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.05 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -18.05 New DP F-measure-avg: 0.952, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). Energy of known structure: -28.24 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -31.60 New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -31.60 .(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -31.04 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -29.55 .(((((((((.......)))))....((((((((.((((((((........)))))...)))..))))).)))...)))). New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.40 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -28.10 .....(((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))........ New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -27.54 .(((((((((.......))))).......(((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).......)))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -27.54 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New DP sens: 0.870, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -27.20 .(((((((((.......))))).......(((((.((((.((((((....)))))).).)))..))))).......)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -27.15 .((((.......((((....))))..((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -26.70 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -26.54 .((((.......((((....))))..((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New DP sens: 0.826, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -26.14 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New DP sens: 0.522, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -26.05 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New DP sens: 0.522, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -26.05 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -25.85 .(((((((((.......)))))....(((((((((((....)))...((..........))...))))).)))...)))). New DP sens: 0.652, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.79 New DP F-measure-avg: 0.685, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -9.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -9.40 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) Energy of known structure: -45.11 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -50.85 New DP sens: 0.967, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.967, New DP Energy: -50.85 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -50.19 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -47.96 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -47.94 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.962, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -47.65 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -47.04 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -46.99 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -46.60 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.947, New DP Energy: -46.42 (((((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).)))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -46.21 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.786, New DP Energy: -45.76 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.633, New DP Energy: -45.31 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -45.15 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -44.74 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -44.67 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -44.49 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....)))))...(((....)))..........]]]]]]..... New DP sens: 0.767, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.793, New DP Energy: -44.44 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......)))))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.483, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -44.39 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((............(((....))).....))))))).....)))) New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -44.34 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....)))))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -43.95 New DP F-measure-avg: 0.677, New DP F-measure-best: 0.967, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) Energy of known structure: -15.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.00 ((((((((...........)))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -13.69 New DP F-measure-avg: 0.944, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) Energy of known structure: -10.79 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -10.80 New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -10.80 ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -10.79 ..(((((((....(((...((.....))......)))...))))))) New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -10.56 ..(((((((((.(....).))..((((........)))).))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -9.10 New DP F-measure-avg: 0.731, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.10 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -21.10 (((((((.((((....))))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -18.90 New DP F-measure-avg: 0.905, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -26.70 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -26.70 .....((((((((((((....))))))))))))........ New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -22.00 New DP F-measure-avg: 0.879, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -5.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.50 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) Energy of known structure: -18.10 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -26.50 New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -26.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -25.35 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -24.86 ....((((......))))(((.....((((((.......))))))...(((((.......))))).))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -24.40 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.00 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -23.45 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.25 .((((((((.....))))........((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -22.70 ..............(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))....(((....))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -22.57 ...(((((.((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -22.55 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -22.05 ...(((((......(((.(((.....((((((.......))))))....))).))).........))))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -22.04 ..((((((((((.(((((....((...))..)))))...)))))....(((((.......)))))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.211, New DP Energy: -21.85 .((((.........(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))..........)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.83 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...)))))......((((...)))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -21.45 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))....(((((....)))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -21.30 New DP F-measure-avg: 0.511, New DP F-measure-best: 0.757, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -29.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -29.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -29.80 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -19.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -21.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.963, New DP Energy: -21.50 New DP F-measure-avg: 0.963, New DP F-measure-best: 0.963, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -9.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -16.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -16.20 New DP F-measure-avg: 0.923, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) Energy of known structure: -4.52 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -9.85 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -9.85 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -8.47 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -7.04 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -7.00 .........(((((((((((.......))))...))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -6.30 New DP F-measure-avg: 0.623, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) Energy of known structure: -14.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.65 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.65 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). Energy of known structure: -22.00 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -25.99 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.99 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -25.10 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -24.79 ((((((((((....))))......((.(......).))....(((...((((......))))...))).)))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -22.20 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -21.34 New DP F-measure-avg: 0.667, New DP F-measure-best: 0.829, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -33.30 New DP sens: 0.958, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.979, New DP Energy: -33.30 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.792, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -32.10 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -31.70 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) New DP sens: 0.917, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.936, New DP Energy: -31.10 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -31.09 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -30.74 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -30.64 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -29.90 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -29.50 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -29.44 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -29.30 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New DP sens: 0.542, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -28.99 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -28.90 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.381, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -28.50 ((((((((.....(((((......))))).((((.......((((.....))))..)))).......)))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -28.47 ((((((((.......((((((.......)))))).......((((.....))))(((....)))...)))))))) New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -26.70 New DP F-measure-avg: 0.662, New DP F-measure-best: 0.979, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -20.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -20.64 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -20.64 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.44 New DP F-measure-avg: 0.967, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -19.83 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -19.83 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.44 New DP F-measure-avg: 0.967, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -14.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.90 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.90 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -21.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -21.80 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -18.40 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -17.50 New DP F-measure-avg: 0.767, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -17.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -17.00 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -13.60 New DP F-measure-avg: 0.802, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -10.45 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -15.60 New DP sens: 0.929, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -15.60 (((((((......((((....))))...(((((......)))))...))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -13.70 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -12.95 (((((((...((((((.........))))))((((.....))))...))))))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -12.60 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -12.10 New DP F-measure-avg: 0.557, New DP F-measure-best: 0.897, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.533, Initial F-measure: 0.552, Initial Energy: -16.30 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -16.30 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -16.00 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New DP sens: 0.929, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -15.20 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -15.10 ....(((..((((...))))))).....(((((......))))).......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -14.40 (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -12.41 New DP F-measure-avg: 0.669, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). Energy of known structure: -11.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -14.70 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.968, New DP Energy: -14.70 .((((((..(((.......)))......(((((......)))))...)))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -11.30 .....((((((((...)))))..)))(((((((...........)))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -11.29 ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -11.09 New DP F-measure-avg: 0.590, New DP F-measure-best: 0.968, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -15.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -35.60 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -35.60 ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).)).))))...))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -35.20 ((((((.(((((((.....))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -34.94 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -30.50 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).)).))))...))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -30.10 ..(((..(((((((.....))))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -29.84 .......(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -28.80 ((((((.(((((((.....))))))).............(((((((((....))))).)))).((....))....)))))) New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -28.60 ((((((.(((((((.....)))))))..........(((((..(((((....)))))....))))).........)))))) New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -28.55 New DP F-measure-avg: 0.570, New DP F-measure-best: 0.732, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -21.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -25.70 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -25.70 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -22.60 New DP F-measure-avg: 0.777, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -13.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -19.10 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -19.10 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -15.70 New DP F-measure-avg: 0.802, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -15.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -20.30 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.938, New DP Energy: -20.30 (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -16.60 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -16.30 New DP F-measure-avg: 0.705, New DP F-measure-best: 0.938, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -32.21 New DP sens: 0.867, New DP ppv: 0.448, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -32.21 ((((((((...((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))).....)))))))).. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -31.40 New DP F-measure-avg: 0.636, New DP F-measure-best: 0.682, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -21.79 New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.79 ((((((((...........((((((.(((((........)))))..))....)))))))))))) New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -19.85 ((((((((.(((..........(((.(((((........)))))..)))....))))))))))) New DP sens: 0.941, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -19.74 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -19.50 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -18.92 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -18.50 ((((((((..............(((.(((((........)))))..))).......)))))))) New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -18.35 ((((((((.(((((.........)).(((((........))))).........))))))))))) New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -17.90 ..(((([[[[[[[[[.......[[[.[[[[[..))))..]]]]]..]]].....]]]]]]]]]. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -17.76 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -17.60 New DP F-measure-avg: 0.558, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). Energy of known structure: -23.73 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -24.43 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.971, New DP Energy: -24.43 (((((((.(((.......((((.......(((((......)))))..)))).....)))))))))) New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -20.68 New DP F-measure-avg: 0.847, New DP F-measure-best: 0.971, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... ....(((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))).... ....(((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.611, Initial ppv: 0.611, Initial F-measure: 0.611, Initial Energy: -11.00 New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -11.00 ....(((((....((((....))))...(((.((((((........)))))).)))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -9.85 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -8.90 .....((((....((((....))))...(((.((((((........)))))).)))....)))). New DP sens: 0.111, New DP ppv: 0.118, New DP F-measure: 0.114, New DP Energy: -8.55 .............((((....))))..((((..(((((........))))))))).......... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -8.50 ....((((((..(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -8.35 ....((((((..(((((..((........)).)))))...(((((...)))))..)))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.35 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -8.30 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))((.((((.....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -8.30 .............((((....))))...(((.((((((........)))))).)))......... New DP sens: 0.111, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -8.15 ....((((((.........(((....)))((.((((((........)))))).)))))))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.457, New DP Energy: -7.95 ......(((...))).....((.((..((((..(((((........)))))))))..)).))... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -7.80 ....((((((.........((........)).((((((........))))))...)))))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -7.40 ....((((((...((((....)))).......((((((........))))))...)))))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -7.40 ....((((((.........(((((.((.(((......))).)).....)))))..)))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -7.40 New DP F-measure-avg: 0.360, New DP F-measure-best: 0.611, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... ....((((((..(((((..((........)).)))))...((((.....))))..)))))).... ....((((((..(((((..((........)).)))))...((((.....))))..)))))).... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.353, Initial F-measure: 0.343, Initial Energy: -11.35 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.343, New DP Energy: -11.35 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -11.00 ....((((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -10.80 ....((((((..(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -10.65 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))((.((((.....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -10.60 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). 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Energy of known structure: 3.50 Initial sens: 0.353, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.364, Initial Energy: -11.80 New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -11.80 (((..........((((....))))...(((.((((((........)))))).))).)))..... New DP sens: 0.118, New DP ppv: 0.125, New DP F-measure: 0.121, New DP Energy: -11.25 ......((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))..... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -9.80 (((.........(((((..((........)).)))))((.((((.....))))))..)))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.35 ......((((...((((....))))...(((.((((((........)))))).)))))))..... New DP sens: 0.118, New DP ppv: 0.118, New DP F-measure: 0.118, New DP Energy: -8.65 .............((((....))))..((((..(((((........))))))))).......... 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.39 .....((((............)))).......(((........))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.09 ...(((.(((((...........((.......)).)))))..)))... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -4.03 .......(((((...........((.......)).)))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.76 New DP F-measure-avg: 0.115, New DP F-measure-best: 0.300, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00671; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036404.1/166-122; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUGCCAAAUAGGACGAAAUGCGCAUCCUGGAU ((((((.......((.(......).))...((....)).)))))) ((((((.((.((..((((.....)).)).....))))..)))))) ((((((.((.((..((((.....)).)).....))))..)))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.480, Initial Energy: -10.04 New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -10.04 ((((((.((.((.((.((.....))))......))))..)))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -7.29 ((((((.......((((...............))))...)))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -7.10 ((((((........((((.....)).))...........)))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.41 New DP F-measure-avg: 0.566, New DP F-measure-best: 0.640, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00672; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036740.1/159-117; ORGANISM=NULL AUCCAGCUCACGAGUCCCAAAUAGGACGAAACGCGUCCUCCAU ((..((.......((((......))))...(....).))..)) .....(((....))).......((((((.....)))))).... .....(((....))).......((((((.....)))))).... Energy of known structure: 3.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -7.90 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.90 .............((((......))))................ New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -5.40 New DP F-measure-avg: 0.308, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00680; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036754.1/138-91; ORGANISM=NULL AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU ((((((.......((((......))))...((....))....)))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.77 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -16.77 ((((((((((((....(((...)))..........)))).)))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -13.29 New DP F-measure-avg: 0.579, New DP F-measure-best: 0.714, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) Energy of known structure: -1.10 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -10.75 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -10.75 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.381, New DP Energy: -8.25 (((((((((......(((.....))).....)).))....))))) New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -7.40 ((((((.((...(((((......)))))...))......)))))) New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -7.24 New DP F-measure-avg: 0.592, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00723; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 Z69690.1/390-342; ORGANISM=NULL GCCCCGCUGAUGAGGUCAGGGAAGACCGAAAGUGUCGACUCUACGGGGC ((((((.......((((......))))...((.(....).)).)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -16.60 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -20.30 New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -20.30 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -18.31 ((((((.....(((.........((((....).)))..)))..)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -17.49 ((((((.((.........(((..((((....).)))..))))))))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.67 ((((((.((..(((.........((((....).)))..))))))))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -16.55 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -16.50 ((((((.((....((((......((((....).))))))).)))))))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -16.50 New DP F-measure-avg: 0.436, New DP F-measure-best: 0.462, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -8.89 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -10.09 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -10.09 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.40 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.00 ..(((((((.((.((.....)).)).)))........)))).. New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -6.99 ..((((....(((.(((.........)))..)))...)))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -6.89 .((((.....(((....(((......)))..)))...)))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -6.54 ..........(((....(((......)))..)))......... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -6.10 ......(((.((.((.....)).)).))).............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.10 New DP F-measure-avg: 0.316, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.89 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.39 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -15.39 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -13.00 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -12.19 New DP F-measure-avg: 0.486, New DP F-measure-best: 0.640, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) Energy of known structure: -12.19 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -13.09 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -13.09 ((((((....(((...((......))......)))...)))))) New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -12.56 New DP F-measure-avg: 0.755, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.69 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.696, Initial Energy: -13.69 New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -13.69 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -13.19 ((((((((((....))))...................)))))) New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -11.76 .....(((((....))))).........((((......)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.70 .....(((((....)))))...........(((.......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.50 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -10.95 .....(((((....)))))...........(((......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.60 .....(((((....)))))...........(((.....))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.40 ((((((....(((..................)))...)))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -10.25 New DP F-measure-avg: 0.312, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -14.39 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.79 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -15.79 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -13.40 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -12.59 New DP F-measure-avg: 0.486, New DP F-measure-best: 0.640, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -11.59 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -16.43 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -16.43 ((((((..((((...)))).(((..(....)..))).)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -13.00 New DP F-measure-avg: 0.609, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -12.70 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -12.70 ((((((....(((.((((.....))..))..)))...)))))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -11.89 ((((((....(((...((.....))......)))...)))))) New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -11.66 ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -10.99 ((((((...(.((.((((.....))..)).)).)...)))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -10.70 ((((((...(((...))).((.....)).........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -9.30 New DP F-measure-avg: 0.729, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -9.99 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -12.79 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -12.79 ..(((((((..((((.....)).)).))).))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.25 New DP F-measure-avg: 0.320, New DP F-measure-best: 0.640, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.29 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -14.79 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -14.79 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -11.40 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -11.25 New DP F-measure-avg: 0.486, New DP F-measure-best: 0.640, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -6.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.00 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.40 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -31.50 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -31.50 ((((((((((....(.((((.....((((((.....)))))).))))).(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -31.35 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -29.20 ((((.....)))).((((.......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -28.50 ((((.....))))....((((((......))))))..((.((((.(.(((((.......))))).).)))).)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -27.75 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -27.50 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -27.40 ((((.....))))..((((......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))....)))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -27.00 ((((((((((.......((((((......))))))..(((....(((...))).....))))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -26.37 ((((.....))))..((((......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))..)))) New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -26.10 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -25.86 ((((.....)))).((((....(((((((((.....)))))).))).(((((.......))))).....)))).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -25.40 New DP F-measure-avg: 0.536, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... Energy of known structure: -30.90 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -31.20 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -31.20 ((((((.((((...))))..(((.(.(((((.......))))).).)))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -31.05 ..((((...))))...((((((.((((.....(((..(((((.....)))))...)))....)))).))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -29.82 ..((((...))))...((((((.((((..........(((((.....)))))..........)))).))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -29.01 ((((((...((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))..............)))))).... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -27.60 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -26.60 ((((((....(((......))).((((..........((((((...))))))..........)))))))))).... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -26.51 ((((((.((((...))))..(((((....)))))...(((.((.((((........))))))))).)))))).... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -25.80 ((((((...((((........))))............((((((...))))))..............)))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -25.30 New DP F-measure-avg: 0.397, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -30.13 New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -30.13 ((((((((.((.......)).))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -28.65 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -27.40 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -27.05 ((((((((.............))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -26.16 ..((((.((.((....)).)))))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -25.20 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -25.20 ((((((((.............))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -24.56 (((((....(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))..))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -24.14 (((((....(((([[[[[[..))))(((.....))).{{{........(((((.]]]]]])))))..))))).}}} New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -23.87 ..((((.((((...))))...)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -23.75 ......((((......(((..((.(.(((((.......))))).)))..)))(((((....)))))....)))).. New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -23.20 .........((((........)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -22.95 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -22.95 New DP F-measure-avg: 0.439, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -28.80 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -29.90 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -29.90 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -25.40 .(((......)))...((((.(((..(((((.......))))).....(((((.......)))))...))).)))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -25.35 New DP F-measure-avg: 0.721, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... Energy of known structure: -26.00 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -28.90 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -28.90 (((((((..(((.....))).......((((((......))).)))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -27.90 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -27.40 ((((((((.(((.....))).......(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -26.20 (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -25.75 ((((((((((.................(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -25.60 ((((((((((...(((.......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -24.80 (((((((((((.((.................)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -24.77 ..(((.((((...(((.......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.90 ...((((((.....))))))..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))...))..)))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -23.80 ((((((((.(((.....))).......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -23.60 ((((((((.........((((....))))..........((((..((((....))))...)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -23.35 New DP F-measure-avg: 0.496, New DP F-measure-best: 0.829, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -29.37 New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -29.37 (((((((..........(((..((((.((((........(((....)))))))))))..)))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -28.78 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -27.70 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -27.62 (((((((................(((.(((((.......)))))..)))..((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -27.21 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -27.07 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -26.60 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -25.40 (((.............((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -25.34 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -25.32 (((((((..((((.........)))).....(((((...(((....))))))))............))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -24.30 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -24.27 (((((((..((((.........)))).((((........(((....))))))).............))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -23.69 (((......((((.........))))....)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -23.65 ......((.((((.........))))))...........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -23.57 New DP F-measure-avg: 0.445, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -19.80 New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.80 (((((((..((((......))))((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -18.50 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.00 .......(((.....)))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.70 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -17.60 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -17.10 New DP F-measure-avg: 0.276, New DP F-measure-best: 0.524, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -5.00 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -5.00 ......(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -4.45 ......(((((((.....................)))))))....(((((.....)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.303, New DP Energy: -4.29 (((((((.................(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.872, New DP Energy: -3.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -3.60 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.323, New DP Energy: -3.39 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -3.30 .((((((((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))..))))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -3.25 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -3.19 (((((.(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...)))))).)))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -3.05 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -3.00 .(((((...((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -2.90 .((((((((((((.....................)))))))....((((((...))))))..))))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -2.79 (((((.(((((((.....................)))))))....((((((...)))))).)))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -2.59 .....(((((..............))))).........(((((((((((((...)))))).)))))))... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -2.43 .......((((((...((...((....)).))..))))))((((((((((.....)))..))))))).... New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.150, New DP F-measure: 0.146, New DP Energy: -2.35 .........((((......)))).................((((((((((.....)))..))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -2.30 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...)))))).)))))..... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -2.30 ......(((((((....[[[[[..[[[[...[[[)))))))........]]]...]]]]..]]]]]..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.22 (((((....((((......)))).(((((.......)))))....((((((...)))))).)))))..... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -2.10 New DP F-measure-avg: 0.425, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... Energy of known structure: -24.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -26.90 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -26.90 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -26.40 ((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -26.40 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -25.49 ((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -25.24 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((......)))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -24.90 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((........))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -23.30 ((((((((...................((((.....))))........((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -23.30 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((......)))..)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.24 ((((((((........((((.......((((.....))))....))))((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -23.10 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((........))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -21.64 New DP F-measure-avg: 0.428, New DP F-measure-best: 0.632, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.40 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -25.25 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -25.25 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -24.15 .((((....((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -22.95 (((((((..((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((......))))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -22.55 .((((....((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -22.15 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -21.75 (((((((..((((..[[[[...))))...((((((...))))))....(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -20.53 ..((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......)))))..))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -20.35 New DP F-measure-avg: 0.653, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -16.94 New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -16.94 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))))))))))}}}} New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -15.99 (((((((..(((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))............)))))))}}}} New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -15.74 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))..........)))))))))}}}} New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -15.69 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -12.99 (((((((..((((.....)))).((((....((..(((((.....)))))..))..)))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -12.25 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]]...........(((.......))))))))))))}}}} New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -12.04 (((((((.......(((((...((((((.......)))))).)))))((.......))...))))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -11.75 (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -11.70 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -11.45 (((((((..((((.....)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -11.30 (((((((..((((.....)))).((((........(((((.....)))))......)))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -11.14 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....)))))...........)))))))}}}} New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -10.99 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....))))).........)))))))))}}}} New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -10.94 (((((((......(((((.....((((....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -10.70 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -10.52 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))............))))))))).... New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -10.13 ....((((.(((....))).)))).(((..(((.((....))..(((((.......)))))...))).))). New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -9.75 (((((((((((((.....))))..(((....((..(((((.....)))))..))..)))))))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -9.65 .........((((.[[[[))))..((((...]]]].........(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -9.57 New DP F-measure-avg: 0.573, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... Energy of known structure: -26.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -29.44 New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -29.44 ((((((((((...........(((.(((((((((((......))))))))....))).))))))))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -29.25 .((((((.....))))))...((.(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......)). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -28.20 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))...........)))))))))).... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -27.30 (((((((((((((........)))...((((......(((.(....))))....))))...)))))))))).... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -27.25 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -27.00 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...((((.....)))))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -26.70 .((((((.....))))))......(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -26.60 .......((((((...........(((((((.......))))))).((((((.......))))))...)).)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -25.60 .((((((.....))))))............(((((..((....)).((((((.......))))))...))))).. New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -24.00 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -23.80 .((((((.....))))))......(((((........((....)).((((((.......)))))).))))).... New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -23.70 New DP F-measure-avg: 0.443, New DP F-measure-best: 0.696, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -29.20 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -29.20 ((((((((......((.(..(..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)..))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -29.03 ((((((((..(((((....)))))......(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -28.70 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -28.40 ((((((((..............((((((((((.((((......)))).))))))....))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -28.25 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.90 ((((((((..(((((....)))))..((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -27.75 ((((((((..(((((....)))))..((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -26.70 ((((((((...(..((((.......))))..)(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -25.35 ((((((((..(((((....)))))...(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -25.10 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.79 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))........))))))....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -24.59 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.59 ((((((((.((((.(((((................)))))....)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -24.03 ...(((.((..(.....)..)).)))(((((((((((....)))))..))))))..(.((.(((....))).))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.89 ...(((.((..(.....)..)).)))((((((.((((......)))).))))))..(.((.(((....))).))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.74 New DP F-measure-avg: 0.383, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.522, Initial F-measure: 0.545, Initial Energy: -23.55 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -23.55 ((((((((.((((.(.....).))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -23.25 ((((((((.((((..((((...(((........)))...)))).)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -22.95 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -22.39 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -22.25 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -21.59 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -20.99 (((((((..((((((((((.........))))))..........))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -20.85 ((((((((.((((.(.....).)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -20.75 (((((((..((((..((((....................)))).))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -20.74 ((((((((.....((((((.........))))))...(((((.......)))))..........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -20.70 ((((((((.((((((((((.........))))))..........)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -20.25 ((((((((.((((..((((....................)))).)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -20.14 (((((((......((((((.........))))))......(....)..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -20.10 ((((((((..............((((((((((.(((........))).))))))....))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -19.85 (((((((..((((.(.....).))))..((((.....(((((.......))))).......))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.76 ((((((((.........((((.........))))...(((((.......)))))..........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -19.20 New DP F-measure-avg: 0.598, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -29.65 New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -29.65 (((((((((((..((((............))))...))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -27.19 ((((.((((((..((((.(........).))))...)))))).....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -27.05 (((((((.((((..(((((.(((.........))).)))))...))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.80 (((((((((((...((.(........).))......))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -26.07 (((((((.(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -25.60 .(((.(((.((...(((((.(((.........))).))))).)).))).))).....(((((.....)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.10 (((((((((((..((((............))))...)))))))....(((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -24.69 ((((....(((((........)))))(((((.......))))).((((.(((......))).)))).)))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -24.40 ((((((((((....((.(........).))....))))))....((((.(((......))).)))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.195, New DP Energy: -24.19 (((((((.((((..............(((((.......))))).))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -24.02 ((((..(((((.....(((.(((.........))).))))))))((((.(((......))).)))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -23.90 (((((((.((((..(((((.................)))))...))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -23.82 .....((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.75 New DP F-measure-avg: 0.374, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -31.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -31.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -31.50 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -29.90 (((((((.((((((((((..........))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -29.59 (((((((.(((..((((((..((.(((((((.(....)))))).))))......))))))..)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -28.74 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -28.70 (((((((..((((........))))...((((.............))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.21 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -27.79 (((((((.((((((((((.((.....)))))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.20 (((((((.((((((((((..........)))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -26.89 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -26.80 (((((((.(((..((((((.......(((((.......)))))...........))))))..)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -26.62 (((((((....(((((((.((.....))))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -26.50 (((((((....(((((((..........))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -26.19 (((((((..((((........))))...........((((((.......))))))..........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -25.40 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).(((((..............)))))..)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -25.23 New DP F-measure-avg: 0.518, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -32.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -34.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -34.20 ((((((((.((((........))))..(((((((((.....(((......))))))))))))..)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -33.40 ((((((((.....((((((.((..((((((((.....)))))).))..))....))))))....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -33.27 ((((((((.((((........)))).((((((.....))))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -32.90 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -30.57 ((((((((.......((((.((..((((((((.....)))))).))..))..........)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -30.04 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -29.70 ((((((((.....((((((.......(((((((...)))))))...........))))))....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -29.34 ((((((((.((((........)))).((((........)))).......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -28.40 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -28.80 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -28.80 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -26.49 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -25.10 (((((((..((((........))))...((((((................)))))).........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -25.08 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -24.50 (((((((......((((((..((...(((((.(....))))))...))......)))))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.44 (((((((....((((((............))))))..........(((((....)))))......))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -23.19 New DP F-measure-avg: 0.677, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... Energy of known structure: -12.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -12.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.950, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -12.50 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -11.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New DP sens: 0.684, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -11.00 .....(((.((((......)))).(((((.......)))))....((((......)))).....)))... New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -10.90 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))(((....)))..))))............. New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -9.70 ...(((...((((......)))).(((((.......)))))......))).................... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -9.60 (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))(((....)))........))).))).... New DP sens: 0.789, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -9.10 (((((......)))))........(((((.......)))))....((((......))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -9.00 New DP F-measure-avg: 0.693, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... Energy of known structure: -23.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -25.50 New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.279, New DP Energy: -25.50 ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -24.40 ((((((((...((((((.((......)).)))))).((((.(((.(.....).)))))))....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -23.75 ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).((((........))))....)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -23.50 ((((((.....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.45 ((((((((........((((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -23.25 ((((((((......((.(((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -23.19 ((((((((...((((((.((......)).)))))).....((((..............))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -22.58 ((((((((...((((((.((......)).)))))).........((((........))))....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -22.05 ((((((...((((........)))).(((((.......))))).((((........))))......)))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -21.20 ((((((((......((((((.((.(.((((((....).))))).).)).....)))))).....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -20.85 ((((((...((((........)))).............(((((.((((........))))).)))))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.80 New DP F-measure-avg: 0.495, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.30 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -29.20 New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -29.20 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -28.80 ((((((((((.((((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -28.30 ((((((((((((.((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.90 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -27.49 (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -27.30 ((((((((.((((.......))))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.955, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -26.80 ((((((((((.((((((......))))))...((.((.(((......))).)).))...)).)))))))).... 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -24.70 ((((((((((.((((((......))))))...((((...........))))........)).)))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -23.49 New DP F-measure-avg: 0.506, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -22.80 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -22.80 ...(((((..................((((((.....)))))).((.(((((.......)))))..)).))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -19.95 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -19.40 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.895, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -20.39 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -20.39 .((((((.............((((.((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -19.90 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -19.40 .((((((((..(((((((............)))))))...((((((.(....))))))).....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -19.29 .((((((....(((((((............)))))))...........(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -18.99 .((((((((...........((((.((((....))))))))(((((.(....))))))......)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -18.60 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -18.20 .((((((((........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -18.00 .((((((.....(((((........((((....)))))))))......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -17.89 .((((((((................((((....))))...((((((.......)))))).....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -17.20 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -17.20 .((((((..........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -17.10 .((((((((.(..(((.(((((((.((((....)))))))).....))))))...)........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -17.07 .((((((.((((...(((.......))).........)))).......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -16.51 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -16.41 .((((((.((((.............((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -16.37 New DP F-measure-avg: 0.542, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00144; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7631; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAUCGUUGUGGCCGAUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGAUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -20.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -21.80 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -21.80 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -21.40 .((((((((......(((.......))).((((((....))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -19.80 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -19.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -19.20 .((((((.........((((((.............)))))).......(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -18.51 .((((((((.((((........))))..((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -18.20 .((((((((................((((....)))).....((((.(....))))).......)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -18.10 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -17.99 .((((((....(((((((((........)))))))))...........(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -17.90 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -17.81 .((((((((........((((........((((((....))))))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -17.79 .((((((((......(((.......)))........(((((.........))))).........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -17.60 .((((((((......(((.......)))((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -17.60 New DP F-measure-avg: 0.581, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.10 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -27.75 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -27.75 .((((((((......(((((((..((.....))..))))))).......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -26.05 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -25.41 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -25.40 .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -25.10 (((((..(.((((.((((.....)))).)))))..)))))........(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -24.70 .((((((((((....(((((((..((.....))..))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -24.65 .((((((((......(((((((.............))))))).......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -23.71 .((((((((.(((.((((.....)))).)))(((((....)))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -23.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -23.30 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -23.29 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -22.90 (((((((((.(((.((((.....)))).))))))))))))...((...(((((.......))))).....)).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -22.49 .((((((((((....(((((((.............))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -22.31 New DP F-measure-avg: 0.546, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -28.69 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -28.69 (((((((.......(((((...((((.(((((((.((....)).)))..))))))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -28.48 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -26.30 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -25.40 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -24.40 .(((.....)))..(((((...((.(.(((((.......))))).).)).((((.......))))......))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -23.95 ..((((.(((((.....))))))))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -23.80 ..((((.(((((.....)))))))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -23.40 (((((((..((((.........)))).(((((((.((....)).)))..)))).............))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -23.10 (((((((.......(((((........(((((((.((....)).)))..))))........)))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -23.09 New DP F-measure-avg: 0.458, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... Energy of known structure: -16.90 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -19.38 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -19.38 ((((((((((.......((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -18.49 ((((((((((.......(((((((.(.(((...((((....))))....))).)))).))))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -17.98 (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -17.40 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.90 (((((((..........((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -16.68 (((((((..........((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -15.79 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -15.60 ((((((((((.................(((((.......)))))........(((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -15.60 New DP F-measure-avg: 0.521, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((...((((((...(....)..))))))......((((((........)))))))))))))))).... (((((((.(((...((((((...(....)..))))))......((((((........)))))))))))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -28.05 New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -28.05 (((((((..((...((((((...(....)..))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -27.90 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -26.80 (((((((...(((.((((.....(((.....)))..))))..)))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -26.54 ((((((((((((.....))))).....(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).(((.....)))......((((((.............)))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -25.81 (((((((.(((...(((......))).(((((.......)))))(((((........))))).)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -25.70 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -25.59 (((((((.(((.....((((......)))).((.......)).((((((........)))))))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -25.50 (((((((.......((((((...........))))))...(((((.(((........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -25.49 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -25.39 ((((((((((((.....))))).((((...)))).........((((((........))))))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -25.30 ((((((((((((.....))))).....(((((.......)))))(((((........)))))....))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.80 (((((((.........((((......))))..........(((((.(((........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -24.70 (((((((..(((...........)))..............((((((.............)))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -24.40 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((........)))))....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -24.39 (((((((.(((...(((((((......(((((.......))))).)))))))((......)).)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -24.39 (((((((.(((((....))....((((...)))).........((((((........)))))))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -24.30 (((((((.......((((((...........))))))...((((((.............)))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -24.20 (((((((.(((...((((((......[[[[[))))))......((((((.]]]]]..)))))))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -24.16 New DP F-measure-avg: 0.487, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -19.00 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -25.00 New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -25.00 ((((((...((.((.((((.(((((....).))))...)))))).))((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -24.50 ((((((........(((((.(((((....).))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -22.80 (((((((.......(((((.(((((....).))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -21.70 ((((((...((((.....))...)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.878, New DP Energy: -20.10 New DP F-measure-avg: 0.590, New DP F-measure-best: 0.878, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -29.40 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -29.40 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))((((((......))).)))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -27.50 ....((((.((((........)))).((((((.....))))))....((((((.......)))))).....)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -27.20 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -27.00 (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((...........)))))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -26.19 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.596, New DP Energy: -25.85 ..((((((.....))))))..((.(.((((((.....)))))).).))..((.(((.(((.....))).))).)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -25.55 ....((((.((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))........)))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -25.40 ..((((((.....)))))).......(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -25.10 ...(((((.((((........)))).(((((((...))))))).))))).((.(((.(((.....))).))).)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -25.00 .(((.....((((........)))).((((((.....))))))))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -24.20 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -24.14 ((((((((.((((........)))).((((((.....)))))).))))).))).......((((...))))..... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -24.10 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -23.95 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -23.90 .((((....((((........)))).(((((((...)))))))......))))...(.(((((.....))).))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -23.70 ....((((.(((((..(....((.(.((((((.....)))))).).))...)..).))))((((...)))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -23.58 New DP F-measure-avg: 0.517, New DP F-measure-best: 0.744, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00216; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1141; ORGANISM=NULL CCCCAAGUGGCGGAAUAGGUAGACGCAUUGGACUUAAAAUCCAACGGGCUUAAUAUCCUGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCUUGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -31.10 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -31.10 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -28.84 (((((((..(((...........))).((((((((.......(((.(((............))).))).)))))))).))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -28.07 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).(((.......)))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -27.89 (((((((.......(((((.((.(.(.(((((.......))))).).)))......)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -27.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -27.59 (((((((...((((...((((......(((((.......))))).(((.......)))..))))........))))..))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -26.60 (((((((..((((.(((..........(((((.......))))).........))).))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -26.31 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -25.36 (((((((...((((..........((((((((.......))))..(((.......))).)))).........))))..))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -25.21 New DP F-measure-avg: 0.683, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... Energy of known structure: -17.85 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -24.10 New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -24.10 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -22.95 (((((((..(.(((..(((.....((((((.......))))))......)))..(((.(.....).))).))))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -21.80 (((((((..(.(((.......((.((((((.......)))))).))...(((.....)))..........))))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -21.60 (((((((.........(((.....((((((.......))))))......)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -20.65 (((((((..(.(((..........((((((.......))))))((((..(((.....)))...))))...))))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -20.50 (((((((..............((.((((((.......)))))).))........((..(.((.....)))..))))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -20.30 (((((((..(((.........)))..............(((((((((....))))..)))))............))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -20.20 (((((((..(((.........))).(((((.......)))))(((((....))))).((.((.....))..)).))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -19.90 (((((((..(((.........)))((((((.......)))))).(((....)))((..(.((.....)))..))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -19.70 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.........))).....))))))).... New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -19.45 New DP F-measure-avg: 0.619, New DP F-measure-best: 0.727, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... Energy of known structure: -24.09 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -28.45 New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -28.45 ((((((((.............(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -27.50 ((((((((.................(((((((.......)))))))...((((......))))........)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -27.10 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -26.20 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -25.60 ((((((((.........(((((.....)))))....(((....((((....))))((((...)))))))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -25.30 ((((((((.......((((((......((((((....).)))))))))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -25.30 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -24.22 ((((((((.......((((((......((((((....).))))))))))).....((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -24.20 ((((...)))).....((((.(.(.((((((((...(((....((((....))))((((...))))))))))))))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.90 ((((((((........[[[[.(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...))))))))]]]] New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -23.87 (((.....))).....((((.....((((((((...(((....((((....))))((((...)))))))))))))))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.59 ((((((((.((......(((((.....)))))........)).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.49 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -23.40 ((((((((.(((...........)))...((((....(((.((((((....))).)).).)))))))....)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -23.24 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -23.02 (((.....))).....((((.....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))...)))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -22.90 New DP F-measure-avg: 0.490, New DP F-measure-best: 0.711, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -12.30 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -22.07 New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -22.07 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -19.04 (((((((([[[))))))))..(((.{{{{.....)))........]]]((((((....}}}}......)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.44 (((((((((((...........[[[.{{{{....{{{........)))]]]......}}}..))))))))}}}} New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -15.10 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -14.74 ((((((((.((((.......))))..........((((((((.....))))).....)))..)))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -14.60 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -14.30 (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]].........}}}.............. New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -13.85 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -13.80 ........(((..(((.....[[[.{{{{)))..]]]........)))((((((....}}}}......)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.69 (((((((([[[))))))))...............(((........]]][[[[[[...)))........]]]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.61 (((((((([[[))))))))......((((................]]][[[[[[....))))......]]]]]] New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.01 ((((((((.(((.....(((..(((..(((.((.(....).)).))).))))))...)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -12.80 ((((((((...))))))))......((((((....).)))))......((((((..............)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -12.73 ((((((((.((((.......)))).............(((((.....)))))..........)))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -12.50 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -12.50 ((((((((.(((.........(((..........)))(((((.....))))).....)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -11.85 .........((((.......)))).(((((.......)))))......((((((..............)))))) New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -11.73 ((((((((.((((.......))))..[[[[....((((((((.....))))).....)))..))))))))]]]] New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -11.21 ((((((((...))))))))......((((......(.(((((.....))))).)....))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.00 New DP F-measure-avg: 0.319, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 15, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -29.45 New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -29.45 (((((((.((((....))))....(((...((((..((..(.((((((....)))))).)..))..)))).)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -29.45 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -28.10 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))...(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -27.74 .(((((..((((....))))..))).)).((((.....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))...)))) New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.192, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -27.74 (((((((.((((....))))....(((...((((........((((((....))))))........)))).)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.45 (((((((((((((.(((........))).))))))........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -27.25 (((((((.((((....))))....(((...((((..(..((.((((((....)))))).).)..).)))).)))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -27.19 (((((((....((((...((.((..(((.(((.......))).(((((....))))))))..)).))..)))).))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -27.15 (((((((.((((....))))......((((((.......)))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -26.75 .......((((((.(((........))).)))))).(((((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -26.25 (((......)))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.20 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -26.05 (((((..((((((.(((........))).)))))).......((((((....)))))).......)))))....((......)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.95 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))..((((((....))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -25.94 (((......)))...((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.86 (((((...((((....)))).....(((.(((.......))).(((((....)))))))).....)))))....((......)). New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.136, New DP F-measure: 0.140, New DP Energy: -25.80 (((((((.((((....))))..........((((........((((((....))))))........))))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -25.65 (((......)))..(((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))...))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.57 ........((((....)))).........((((.....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))...)))) New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -25.49 New DP F-measure-avg: 0.344, New DP F-measure-best: 0.783, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00254; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7662; ORGANISM=NULL GGCUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUAGGGUAAGGUCCUAGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAGUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -23.99 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -34.85 New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -34.85 (((((((.((((....))))......(((((((.....)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -33.50 (((((((.((((....))))......(((((((.....))))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -32.15 (((((((.((((....))))........(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -31.50 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -30.45 ((((....))))...((((.......(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))......)))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -30.40 (((((((...(((((........((.(((((((.....))))))).)))))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -30.29 ((((....))))(.((((.((.....(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))..))))))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -30.10 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))((.....)). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -29.65 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))((((((..((....))..)))).))......)))) New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -29.55 (((((((..(((.((((........))))..))).((((....(((((....))))).((....)).))))...))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -28.95 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))......((((((.......))))))......)))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -28.90 .((.((..((((....))))..))))..(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......))))).((.....)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -28.85 ........((((....))))...(((.((((((.....)))))).(((....))).((((((.......))))))...))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -28.80 (((((((...(((((...........(((((((.....)))))))...)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -28.49 ((((....))))..............(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -28.40 ((((....))))......(((((((.(((((((.....))))))).)))).)))..((((((.......))))))((.....)). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -28.20 (((((((.....))).)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..((......)). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -28.15 (((((((.((((....))))..........((((.((.((...(((((....)))))..)).))...))))...))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -27.90 New DP F-measure-avg: 0.499, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -30.50 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -30.50 (((((((.((((....))))........(((((....).))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.70 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -26.90 (((((((.((((....))))((((........)))).......((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -26.70 (((((((.........(((((........))))).........((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -26.10 (((((((........((((.......)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -25.50 (((((((((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -25.35 (((((((.((((....)))).......((((((....).)))))((((...))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -25.10 New DP F-measure-avg: 0.565, New DP F-measure-best: 0.723, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -23.49 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -37.10 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.226, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -37.10 (((((((.((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.......((.(((.......))).)).(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).))))....(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -35.30 ((((((((((...((((........))))(((((..(((.((((((((....))))).)))))).)))))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -32.92 ((((((((((((.((((........)))))).........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -32.90 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -32.80 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))..(((.......))).))))))...... New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.130, New DP F-measure: 0.136, New DP Energy: -32.70 ((((((((((.......((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))).........))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -32.60 (((((((....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -32.31 (((((((.((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -32.30 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -32.30 ((((((((((...((((........))))...........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -31.70 (((((((.(((((.(((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -31.60 (((((((......((((........))))((.((..(((.((((((((....))))).))))))..)).))...))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -31.40 ((((((.....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).)))))))).......))))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -31.16 (((((((.((((....))))....((.((......)))).((((((((....))))).))).............))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -31.10 ((((((..(((((.(((........))))))))...((..((((((((....))))).)))..))........))))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -31.10 ((((((((((.(((((..........((((((.......))))))(((....)))......)))))....))).))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -31.00 ((((((..((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).)))............))))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -31.00 New DP F-measure-avg: 0.307, New DP F-measure-best: 0.783, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -25.80 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -25.80 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -21.90 New DP F-measure-avg: 0.902, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -20.90 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -20.90 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -17.80 (((((((..((((........)))).............(((....))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -17.00 (((((((..((((........))))...(((..(.......)..))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -16.99 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -16.80 New DP F-measure-avg: 0.666, New DP F-measure-best: 0.780, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -23.80 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -23.80 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -21.56 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -20.56 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -20.30 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -19.77 New DP F-measure-avg: 0.563, New DP F-measure-best: 0.744, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -31.60 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -32.20 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -32.20 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))....)))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -31.50 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -29.00 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -28.80 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -28.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -27.90 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -27.80 ((((((((((.......(((.((((((((((.......))))))........))))..))))).)))))))).... New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -27.68 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -27.65 (((((((((((((........))).((((((.......)))))).((((.......)))).)).)))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -26.70 New DP F-measure-avg: 0.606, New DP F-measure-best: 0.952, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -26.25 New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -26.25 ((((((((((.....((((((((((.....))).)))))))...(.(((......))).).)))).)))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -25.95 ((((((((((......((((.((((...(((((...........)))))...)))).)))))))).)))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -25.84 (((((((..(((...((((((((((.....))).)))))))...))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -25.20 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.50 ((((..(..(((...((((((((((.....))).)))))))...)))..)))))....(((((....))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.80 (((((((........((((((((((.....))).))))))).(((((((......)))..)))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -23.70 (((((((........((((((((((.....))).))))))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -23.50 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))....(((....(((((....)))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -23.00 ((((((((((......((((.((((.(((((.......))))).........)))).)))))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -22.95 ((((.....((((........)))).(((((.......))))).......))))....(((((....))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -22.10 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).(.(((......))).).)))).)))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -21.85 (((......((((........))))....))).....(((....)))....(((....(((((....)))))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.205, New DP Energy: -21.85 (((((((.........((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).))))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -21.37 (((((((..((((..((((((((((.....))).)))))))...............)))).....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -21.32 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........(((((....))))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -21.30 (((((((..((((........))))...((((((((....)))).))))..(((....)))....))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -21.20 .........((((........)))).(((((.......)))))........(((....(((((....)))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.474, New DP Energy: -21.20 New DP F-measure-avg: 0.418, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. Energy of known structure: -27.60 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -31.30 New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -31.30 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -30.10 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))....)))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.279, New DP Energy: -29.90 ((((((((......((((.....(((((((.......))))))).))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -29.80 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -28.70 ((((((((......(((((.((((((((((.......))))))).........))).))))).)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -28.46 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -28.20 ((((((((((....((((......))))..((((((..(....)..))))))........)).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -26.45 ((((((((((.....(((.....(((((((.......)))))))..)))...........)).)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -26.24 ((((((((((....((((.....(((((((.......))))))).))))...........)).)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -26.12 ((((((((......((((......))))..((((((..(....)..))))))...........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -25.45 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))).............))))).)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -25.17 ((((((((......(((((..(((((((((.......)))))).)))..........))))).)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -25.10 New DP F-measure-avg: 0.536, New DP F-measure-best: 0.850, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -21.80 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -26.00 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -23.70 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -22.90 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -22.30 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).((((((.......))))))..(....).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -22.00 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).....((((....(((......))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -21.00 New DP F-measure-avg: 0.608, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((((....)))).(((((((...)))))))))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((((....)))).(((((((...)))))))))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -28.70 New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -28.70 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.913, New DP F-measure: 0.955, New DP Energy: -27.60 (((((((..((((.........))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -27.30 (((((((.(((((..((((((.((((.....))))...)))))))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.20 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -24.60 (((((((.......((((....)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -24.40 (((((((.......((((....))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -24.10 (((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -23.10 (((((((.......((((((..((((.....))))..((((....))))......)))))).....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -23.01 (((((((..((((.........))))..((((((...))))))(((((...........)))))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -22.99 New DP F-measure-avg: 0.664, New DP F-measure-best: 0.955, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -26.74 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -26.74 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -24.50 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -24.30 .(((((........)))))..............(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.65 ((((....)))).(((((((...))).))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.15 (((((..........(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))).....))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -22.89 ((((....)))).(((((........)))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.55 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))))...)))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -22.40 .(((((........)))))...(((((((...)))))))....(((((((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -22.20 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -22.10 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -21.60 .(((((........)))))...(((((((...)))))))(.(.(((((((((.......)))))...))))).). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -21.60 New DP F-measure-avg: 0.398, New DP F-measure-best: 0.865, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00325; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP8560; ORGANISM=NULL GGGACAUUGGUCUAGUGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGAGUUCGAUUCUCGGAUGUCCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -26.60 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.872, New DP Energy: -26.60 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -24.70 (((((((((..((.(.((.....(((((((.......)))))))..))).))..)........)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -22.52 ((((((.................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).))))))]]]. New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -22.16 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -21.90 (((.(((((...)))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -21.70 (((((....(((.........)))((((((.......)))))).)))))..((((((...))))))......... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -21.70 .((((....))))..(((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.550, New DP Energy: -21.30 New DP F-measure-avg: 0.655, New DP F-measure-best: 0.872, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.....)))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... (((((((..(((.....)))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -17.49 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -18.60 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -18.60 (((((((..(((..........)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -18.44 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -17.49 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -17.40 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -17.20 (((((((..((((...))))((((......((((.((((((.....))...)))).)))))))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -16.50 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -16.40 (((((((..((((...))))..[[[..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]. New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -15.38 (((((((..(((....[[[[..)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -14.84 .........((((...))))..(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.541, New DP Energy: -14.70 (((.......))).(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -14.70 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -14.63 New DP F-measure-avg: 0.615, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.00 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -29.74 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -29.74 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -29.14 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -28.00 (((((((......((((((((...))).)))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -26.60 (((((((......((((((((...))).))))).((((((...........))))))........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -26.49 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -26.00 (((((((......((((((........)))))).((((((...........))))))........))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -25.89 (((((((..((((........)))).........((((((...........))))))........))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -24.29 New DP F-measure-avg: 0.559, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.20 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -31.40 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -31.40 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((...........{{{...)))))...]]]]...)))))))}}}. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -30.91 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -29.12 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((.......))))).{{{.....]]]]]].......)))))))}}}. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -28.90 (((((((..((((((((......)))..((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -28.80 ((((((((((.....((((((...((.(((((.......)))))..)).....))))))...))).))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -27.93 (((((((..(((((......(((((........))))).....))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -27.75 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -27.23 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -27.22 (((((((..((((..[[[[[..)))).(((((..]]]]]))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.808, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -26.20 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.683, New DP Energy: -26.20 ((((.....((((...........((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).)))))))).. New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -25.85 ((((.....((((.........)))).(((((.......))))).(.(((((((.......))))).)).))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.70 ((((.....((((.........)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -25.60 (((((((..((((.........))))..((((.......))))((((((...))))))........))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -25.60 (((((((..........((((.((((..((.(((.(......).))).))...))))..))))...))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -25.52 New DP F-measure-avg: 0.666, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -5.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -12.20 New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -12.20 ..........(((((((......)))))))....((((...(((.((((((.......)))))).))))))).. New DP sens: 0.227, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -8.80 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.60 (((((((........(((((...)))))......(((((((......))))))).........))))))).... New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -8.50 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -8.50 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -8.40 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). Energy of known structure: -10.15 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.03 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -13.03 ...(((......[[[.[[[[..........)))]]]].((((((..]]].)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.59 ......................((((......))))..((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.50 .........((((.....))))((((......))))..((((((......)))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -12.50 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -12.10 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -11.95 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -11.90 .(((.....((((.....)))).((((((.....))))))......)))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -11.40 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -11.20 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -11.04 ...........((((..(((...((((((.....)))))).....))).)))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -10.66 (((.........(((...((...((((((.....))))))...)).)))....))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -10.62 ............(((...((...((((((.....))))))...)).)))........ New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -10.00 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.621, New DP Energy: -10.00 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -9.72 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -9.70 ...(((...((((.....))))........))).....((((((......)))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -9.55 ................((((.............)))).((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.51 ................(((((....)))))........((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.30 ...(((..........(((((....)))))))).....((((((......)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.25 New DP F-measure-avg: 0.360, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... Energy of known structure: -26.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -29.00 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.00 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -26.50 ((((((((.((((........))))...((((((......................))))))..)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -26.04 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))...))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -25.90 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -24.88 (((......((((........))))....((((((.............(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -23.29 New DP F-measure-avg: 0.521, New DP F-measure-best: 0.698, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... Energy of known structure: -21.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -27.19 New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -27.19 ((((((((.(((..........)))(((.((((..(((((....)))))..)))).))).....)))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -25.54 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -24.58 ((((((((.(((..........))).........(((((((((....))).)))))).......)))))))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.99 .((((((.(((((..........)))))......(((((((((....))).))))))....))))))((....)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.99 ((((((((........(((......(((.((((..(((((....)))))..)))).))))))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -23.25 (((((((((((((..........))))).......(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -22.99 New DP F-measure-avg: 0.358, New DP F-measure-best: 0.524, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -24.79 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -34.49 New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -34.49 (((((((.((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))...))...))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -33.59 ((((((((((.(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....))).......))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -33.49 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -33.29 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -32.59 (((((((....(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....)))...........))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -32.29 ...((((.(((...(((........))).((..((((..(((...((((((....))))))....)))))))..))....)))..)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -31.39 (((((((....(((.((((.......)))).)))...........((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -31.20 ((((((((((.................(((((.......))))).((((((....))))))..............))).))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -30.70 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))....))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -30.22 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))...........((((((....))))))..............))).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -30.00 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))........))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -29.02 ...((((....(((.((((.......)))).)))........(((.(((((....)))))..(((((.......))))).)))..)))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -28.80 ...((((.....(((((..(.......(((((.......))))).)..))))).(((((....((((.......)))))))))..)))). New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -28.53 ((((((([[[[(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........)))))))]]]] New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.280, New DP Energy: -28.32 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -28.18 (((((((....(((.((((.......)))).)))......((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -27.70 (((((((..(((...........))).(((((..[[[..))))).((((((....)))))).(((((.]]]...)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -27.70 (((((((.....((((((.........(((((.......)))))...)))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.791, New DP Energy: -27.61 New DP F-measure-avg: 0.425, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -32.15 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -32.15 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -31.15 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))...(((((...)))))..(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -30.15 ((.((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))))).)).......((((.(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.192, New DP F-measure: 0.213, New DP Energy: -28.99 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))....(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... 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New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.217, New DP Energy: -27.10 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -26.45 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))....(((((.(((.....)))))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -26.05 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))....(((((.(((.....)))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.05 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -25.95 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))..(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -25.95 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))....(((((.(((...)))..))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -25.90 ...((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))))..........((((.(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -25.89 New DP F-measure-avg: 0.451, New DP F-measure-best: 0.818, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -37.95 New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.408, New DP Energy: -37.95 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -37.75 (((((((.......(((.((....)).)))((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -37.64 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -36.65 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -34.05 (((((((.......(((.((....)).)))............((.((((((......))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -33.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -33.80 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -32.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -32.70 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -30.64 New DP F-measure-avg: 0.428, New DP F-measure-best: 0.720, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -33.80 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -33.80 ..((((((((((....))))))))))...(((((.........(((((...))))).((((.......)))).)))))....... 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New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -28.90 ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........(((((((....((....))..))))))).))))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.55 ..((((((((((....))))))))))...(((((..........(((((((....((....))..))))))).)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.05 ..((((((((((....))))))))))......((((.......(((((...))))).((((.......))))...))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.00 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..((((.......))))..))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -27.80 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -27.80 ((((((((((((....)))))((((....))))..........(((((...))))).((((.......))))..))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -27.70 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).(((((((....((....))..)))))))...(((...))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.185, New DP F-measure: 0.208, New DP Energy: -27.60 ......((((((....))))))(((((..(((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.55 New DP F-measure-avg: 0.273, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -28.99 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -28.99 .((((((((((((....)))))....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.70 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -28.50 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -27.30 ........((((...((((((.....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))).)))))))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -26.60 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -26.40 ........((((...((((((..((((..(((...(((......(((((...)))))......)))...))))))))))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.71 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -25.57 ........((((...((((((......(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......))))).)))))))))) New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -25.20 ........(((((....))))).(((((((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))......)))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -25.10 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -24.71 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((.((.....((.(((((.......)))))))...)).))) New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.372, New DP Energy: -24.28 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.24 .(((((((......(((((.....................)))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.09 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((((...))))).(((((.......)))))........... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -23.94 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((.((.....((.(((((.......)))))))...)).)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -23.69 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -23.58 ........((((...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))).......)))) New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.35 ....(((((((((....))))...)))))((..(((.........((((...))))..(((((.......)))))...)))..)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.217, New DP F-measure: 0.227, New DP Energy: -23.35 ........(((((....)))))...(((((((.......))))))).(((.....((.(((((.......))))))).....))). New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -23.30 New DP F-measure-avg: 0.544, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -36.55 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -36.55 (((((((.(((..((((((....((((.(((((.......)))))..)))).)))....)))..)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -35.25 (((((((.(((..(((.......((((.(((((.......)))))..))))........)))..)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -33.92 (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -33.80 (((((((.((......)).....((((.(((((.......)))))..))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -32.50 (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -32.29 (((((((.(((............((((.(((((.......)))))..)))).............)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -31.57 (((((((.(((..(((((((........(((((.......)))))...)))).......)))..)))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -29.84 (((((((........((((....(((.(....).)))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -29.50 New DP F-measure-avg: 0.666, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -34.10 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -34.10 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -31.70 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -31.40 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.850, New DP F-measure: 0.850, New DP Energy: -29.90 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -28.10 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -27.90 New DP F-measure-avg: 0.606, New DP F-measure-best: 0.850, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... Energy of known structure: -26.90 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -31.09 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -31.09 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))).)))...))))))).... 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New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -25.30 .(((......))).(((..(((.((....)))))...))).((((((.(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -25.10 New DP F-measure-avg: 0.607, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... Energy of known structure: -9.60 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -13.20 New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -13.20 ......(((((.....[[[{{{{{..[[[[[.))))).]]]]]..............]]]...}}}}}.... New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -12.22 .((((.(((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((....))))))).)))).... New DP sens: 0.947, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -11.20 .(((((....((((.......)))))))))...........((((..(((((....)))))..))))..... New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -10.71 .((((.....((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...)))).... New DP sens: 0.895, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -10.40 ...(((((.....)))))........(((((.......)))))....(((((....)))))........... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -9.80 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -9.60 New DP F-measure-avg: 0.618, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..(((((......)))))...)))............(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..(((((......)))))...)))............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -22.80 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -22.80 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -22.65 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -22.45 (((((((..((((((...))).))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -21.80 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -21.55 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -21.35 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -21.00 ((((((((.(((..(((((......)))))...)))..(((....))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -21.00 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -20.70 (((((((..(((....(((.........)))..)))............(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -20.60 (((((((.........((((......(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.850, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -19.74 ((((((((.((((((...))).))).(((((.......)))))(((...((....))..)))..)))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -19.60 ((((((((...((((((.......)))))).......(((........))).............)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -19.60 (((((((.......(((((......)))))..................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -19.20 (((((((..(((..(((((......)))))...))).(((........)))....((.....)).))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -19.20 ((((((((...((((((.......))))))........(((....))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -19.10 ((((((((.(((....(((.........)))..)))..(((....))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -18.80 ((((((((.(((....(((.........)))..))).(((........))).............)))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.378, New DP Energy: -18.80 ((((((((........((((......(((((.......))))).)))).((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -18.74 (((((((..(((..(((((......)))))...))).(((........)))...((((...))))))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -18.60 New DP F-measure-avg: 0.550, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -27.76 New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -27.76 ((((((((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))...))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.408, New DP Energy: -27.65 (((((((...((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))........))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -27.00 (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -25.90 (((((((.....((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)........))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -25.12 (((((((..........(((((...((((((....).)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -23.95 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -23.90 (((((..(((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).......)))))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.426, New DP Energy: -23.49 (((((((.(((((.........)))))........(((..(((.((...)).)))..)))....))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -23.10 (((((((.(((((....(((((...(((((.......)))))..))))))))))..........))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -22.95 .....(((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))..((.....)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -22.36 .....(((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))..((.....)). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.217, New DP Energy: -22.25 New DP F-measure-avg: 0.508, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -23.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -23.20 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -20.80 ..(((.....)))....(((((....(((((.......)))))..((.(((((.......))))).))..))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -18.60 New DP F-measure-avg: 0.756, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -28.00 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -28.00 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(..((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.950, New DP Energy: -24.45 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.20 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(..((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -23.75 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -23.50 New DP F-measure-avg: 0.761, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... Energy of known structure: -23.00 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -24.10 New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -24.10 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))..(((.(((......))))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -23.00 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -23.00 ((((((((((.....(((....((((((((.......)))))...)))....)))....))).))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -22.46 ................(((((....(((((.......))))).((((((((.......))))).))).))))). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.513, New DP Energy: -20.90 ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((((((.......))))).)))..)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -20.10 ................(((((....(((((.......)))))(((((.(((......))))))))...))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -19.90 ...((((.........(((((..(.(((((.......))))).)....(((......)))..)))))..)))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -19.70 ((((((((((......((.(((.......)))))..(((((.......)))))......))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -19.60 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -10.00 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -10.00 .(((((((..((((.....))))...........((((.................))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -7.72 .(((((((..((((.....))))..((((..........................))))))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -7.66 ..((((....((((.....))))..[[[[))))........(((((.........]]]]...)))))... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.216, New DP Energy: -6.95 ..((((....((((.....))))......))))........((((((((......)))....)))))... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -6.85 ..(((((((.((((.....)))).)))..))))........(((((................)))))... New DP sens: 0.200, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -6.83 ..((((...[[[.............{{{{)))).....]]](((((.........}}}}...)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.23 .(((((((..((((.....))))....................................))))))).... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -6.16 New DP F-measure-avg: 0.456, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -27.00 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -27.00 (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.955, New DP F-measure: 0.977, New DP Energy: -26.60 (((((((......((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..)))))).....))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -25.25 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.60 (((((((..(((.........(((((((((((....).)))))....)))))..........)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -22.91 (((((((..((((((((........(((((....))))).....)))))))).............))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -22.64 (((((((.(((((..........)))))....................(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -22.39 (((((((...........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -21.65 (((((((..............(((((((((((....).)))))....))))).............))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -21.63 New DP F-measure-avg: 0.629, New DP F-measure-best: 0.977, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -34.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -34.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -34.00 .((((((..((((........))))...((((((..((((.((....).).)))).))))))...))))))..... 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New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -27.29 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] Energy of known structure: -28.60 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -29.86 New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -29.86 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... 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New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -23.00 New DP F-measure-avg: 0.510, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -27.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -27.35 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -27.35 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -27.00 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.579, New DP F-measure: 0.564, New DP Energy: -25.70 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -25.35 .((((((......((((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))))..........))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.524, New DP Energy: -23.65 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))((((....))))...))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -23.15 .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -22.85 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -22.50 .((((((..((((.((...)).))))....(((((.((((......)))).)))))..........))))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -22.20 New DP F-measure-avg: 0.696, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -24.60 New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -24.60 .((((((....(((((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))..))))))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -24.30 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -23.90 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -23.00 .((((((.......((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))).....))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -22.71 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -22.18 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.524, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -22.01 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.789, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -22.00 .((((((..((((.........))))......((((......)))).....((((....))))...))))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -21.10 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -20.95 ..((((((.((((.(((....))).(....)))))...)))))).(((..((((..((.....))..))))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.65 .((((((....((((....(.(((.(....)))))..(((((.........)))))......))))))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -20.00 .((((((..((((..................))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -19.76 New DP F-measure-avg: 0.473, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))(((.......)))..))))))..... .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))(((.......)))..))))))..... Energy of known structure: -11.00 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.409, Initial Energy: -13.90 New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -13.90 .((((((..(((((((((((((..............))))).))))))))(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -13.13 .((((((....(((((((((((((........))..))))).))))))(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -13.10 .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))...............))))))..... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -12.38 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.952, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -11.80 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -11.40 .((((((..((((((((((.....................))))))))))(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -10.39 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))......(((.......)))..))))))..... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -10.20 .((((((..........(((((..............))))).......(((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -10.13 ((((......))))..((((...((..(((((.......)))))....(((((.......)))))...))..)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.05 New DP F-measure-avg: 0.585, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.20 (((((((....((((..........(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -21.50 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -19.50 New DP F-measure-avg: 0.691, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -27.70 New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -27.70 (((((((((((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -27.37 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -25.30 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -23.97 ((((((((.......((((......(((((.......)))))...))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -23.12 ((((((((.((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....))))........)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -22.90 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -22.39 ...........((((.(.(((.((.(((((.......))))).((((....))))...))))).).))))..... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -22.25 New DP F-measure-avg: 0.601, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -25.30 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -25.30 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -25.30 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.80 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -24.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.10 ......((((((.(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))...)))))).. New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -22.40 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((..((......))))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.20 (((((((..((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....)))).........))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -21.20 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((..((......))))))))))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.450, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -20.30 New DP F-measure-avg: 0.563, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -29.17 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -29.17 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -28.00 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -27.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -27.10 ((((((((((.(.............(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -25.60 (((((((..((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -25.57 ((((((((((.((..((((......(((((.......)))))...))))..)........))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -24.31 ((((((((((.....((((......(((((.......)))))...))))............)))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -24.20 (((((((((((((.......)))...((((((...........))))))............)))))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.59 New DP F-measure-avg: 0.616, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.92 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -25.92 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))...((.(((....))).))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.82 (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))....((((............))))))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -21.31 (((((((.((((((((((.((...(((((((.......)))))))..)).))).).))))))..........))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -21.15 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -21.10 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -21.02 New DP F-measure-avg: 0.406, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). Energy of known structure: -3.70 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.87 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.87 ((((((([[[[[....[[[[[[..))))))).......]]]]]].(((.]]]]]....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.97 ((((((([[[[[....[[[[[...)))))))......]]]]]...(((.]]]]]....))). 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New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -4.05 New DP F-measure-avg: 0.261, New DP F-measure-best: 0.882, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -40.60 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -40.60 ((((((((.....(((((((....((((.((.......))))))........))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -38.25 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -38.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).........((..(((((((((.......))))..)))))..)). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -38.15 (((((((((((((.((((......).)))))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -37.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....((((.((.....))))))..........((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -37.75 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((..(.(((((((.......))))).)).))))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.383, New DP Energy: -37.70 ((((((((.....((((((.........)))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.341, New DP Energy: -37.40 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -37.21 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -36.50 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((......(((((.......))))).....)))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -35.30 (((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).........))))))).......((((....)))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -34.80 ((((((((.((((.((...)).)))).............((((.((.....))))))...........)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -34.40 ((((..........))))........(((((((((........(....)...(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -34.19 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -34.15 (((((....((((.((...)).)))).(((((.......)))))....))))).(((......))).((((....)))). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -33.90 ((((..........))))(((...((((.((.......))))))....(((((((((.......))))..))))).))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -33.69 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((.........((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.348, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -33.22 (((((((..((((.((...)).))))...((((((((........))))))))))))))).......((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -33.10 ((((((((.....(((((((....((((............))))........))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -32.94 New DP F-measure-avg: 0.397, New DP F-measure-best: 0.909, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -38.50 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -42.50 New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -42.50 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).))))).(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -41.65 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))..((((((...(((......)))))))))........((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.148, New DP F-measure: 0.167, New DP Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((....)).(((......))).((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.170, New DP Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).))))..((((.....((((((...(((......))))))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -40.95 ((((.....)))).............(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -40.90 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -40.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.731, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -40.35 ((((((((.....(((((((.(((((.....)))))...(((....)))........))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -40.29 ((((((((.((((.((...)).))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -39.97 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -39.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -39.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..(((......)))((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -39.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..(((......)))((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -39.35 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.423, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -38.75 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -38.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -38.59 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.356, New DP Energy: -38.20 (((((((..((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).)))))))))))).......((((....)))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.163, New DP Energy: -38.15 ((((((((.((((.((...)).))))..((((.......(((....)))..(((.(....).)))....)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -38.05 New DP F-measure-avg: 0.404, New DP F-measure-best: 0.851, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... Energy of known structure: -4.60 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.10 New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -13.10 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -12.39 (((((((......((((((((....)))))))).((((((......))))))..))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -11.60 ((((((((((((((.......((.(((((....))))))).....)))))))..))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -11.46 (((((((((((((((((((((....)))))))).............))))))..))))))).... New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -11.17 (((((((..((((.......))))..........((((((......))))))..))))))).... New DP sens: 0.611, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -10.60 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New DP sens: 0.889, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -10.30 New DP F-measure-avg: 0.506, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... Energy of known structure: -19.19 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -31.20 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -31.20 ((((((((((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...)))..))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -31.10 (((((((.(((..((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))...)))....))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -30.85 ((((((((((...((((((((......((((((.....)))))).(((....))).)))))))).....)))..))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -29.44 ((((((((((...((((((((......(((((((...)))))))((((....)))))))))))).....)))..))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -29.34 (((((((...((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -28.95 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.511, New DP Energy: -28.85 (((((((((.((....)).))......((((((.....))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.895, New DP ppv: 0.654, New DP F-measure: 0.756, New DP Energy: -27.65 (((((((......((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))..........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -26.30 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -26.20 ((((((((((.....((((..(.(((.((((((.....)))))).(((....)))))).)...))))..)))..))))))).... New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -25.74 New DP F-measure-avg: 0.540, New DP F-measure-best: 0.756, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... Energy of known structure: -38.20 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -41.05 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -41.05 (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -40.55 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((......))))).))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -38.85 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -38.35 (((((.(..((((.((...)).))))..).))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.178, New DP Energy: -36.90 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -34.60 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -34.10 (((((....((((.((...)).))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -32.99 New DP F-measure-avg: 0.523, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -33.39 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -46.09 New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -46.09 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -45.19 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.440, New DP Energy: -44.25 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -42.15 ((((((..((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..)))))...)))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -41.75 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -39.65 ((((((........((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))..........)))))).... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -39.35 ((((((((((((((((...))).))))).(((.(((((....))))).)))(((((....))))).)))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.440, New DP Energy: -39.10 ((((((((.(((((((...))).)))...(((((...((((((((.....))))))))..)))))))))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.408, New DP Energy: -38.55 ((((((...(((((((...))).))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -38.40 ((((((........((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......))))..)))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -38.15 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -38.00 ((((((((.(((((((...))).))))(((((((.....))))))).....(((((....))))).)))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -37.80 ((((((...(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......))))).)))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -37.60 ((((((((......((((.((......)).))))))))).)))...(((((((((........))).))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -37.05 New DP F-measure-avg: 0.454, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -2.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.64 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.64 ((((((..........((((((....))))))))))))....((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.35 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.86 ((((((.........(((((.......)))))))))))....((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.27 ....((((...(((((((.........)))))))....))))((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.94 ....((((.......))))....(((((.......)))))..((((((...)))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -4.90 ....((((.......)))).......................((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.90 ((((((....((((.(..(((........)))..).))))........)))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.414, New DP Energy: -4.76 ((((((...((((.....))))..........))))))....((((((...)))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -4.67 ................((((((....))))))..........((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.60 ....((((.......)))).(((((.......))))).....((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.30 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.00 ...............(((((.......)))))..........((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.40 .........((((.....))))....................((((((...)))))). New DP sens: 0.267, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.320, New DP Energy: -3.30 ....((((........((((((....))))))......))))((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.19 .........((((.....)))).(((((.......)))))..((((((...)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -3.00 ..(((.....((((.(..(((........)))..).))))......)))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.80 ....((((.......))))........((((((...))))))((((((...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.80 New DP F-measure-avg: 0.107, New DP F-measure-best: 0.600, New DP best-subopt: 15, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -25.20 New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.292, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -25.20 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -23.40 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -22.58 ((((((((......(((.....)))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -22.10 ((((((((..((.((((.....)))).))...((((((((..........)))))))).....)))))))). New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -20.99 ((((((((......(((.....)))(((((((((...............))))))))).....)))))))). New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.350, New DP Energy: -20.45 New DP F-measure-avg: 0.502, New DP F-measure-best: 0.780, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -36.60 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -38.45 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -38.45 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -36.10 (((((((.......((((..((.(((((((.......))))))).)).............))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -33.91 ...((((..((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -33.60 (((((((.......((((.....(((((((.......))))))).(((......)))...))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -33.14 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -33.00 ...(((((............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))..))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -32.75 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -32.75 ...(((((......))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.391, New DP F-measure: 0.409, New DP Energy: -32.70 (((((.(.....).)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))).))))....... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -31.20 ((((.....((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -31.09 ...((((..((((.......))))..)))).......(((((((((((......)))...))))))))....... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -31.05 (((((.(.....).))))).((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))........... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -30.95 New DP F-measure-avg: 0.475, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... Energy of known structure: -37.00 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -41.20 New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -41.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -39.15 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -39.00 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -38.50 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -37.70 ((((((...((((.((...)).))))....)))))).........(((((((((........)))))))))...... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -37.54 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -37.20 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.558, New DP Energy: -35.70 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -35.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.391, New DP Energy: -33.25 New DP F-measure-avg: 0.458, New DP F-measure-best: 0.933, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -8.80 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -8.80 (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -8.70 (((((((((((.....))))))...(((((((...))))))).........))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -7.90 (((((.........(((....))).(((((((...))))))).........))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -7.90 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -6.65 (((((....................(((((((...))))))).........))))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -5.10 New DP F-measure-avg: 0.685, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_01117; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1010; ORGANISM=NULL CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... Energy of known structure: -39.39 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -42.15 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -42.15 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.952, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.930, New DP Energy: -39.60 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -39.50 (((((((((((((.....((.....)).(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -37.40 ((((((((.....((((.((.(.(((.(((((........))))).))).))))))).........)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -37.14 ......(((((((((((.((.(..((.(((((........))))).))..))))))).........)))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -36.22 ...(((((.((((..(((((.....)))))..))))...)))))..((..(((((.......)))))..))....... New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.238, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -35.70 (((((((((((....)))......((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.512, New DP Energy: -35.50 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -35.39 (((((((((((..((((.((.(.....(((((........))))).....)))))))....)))..)))))))).... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.318, New DP Energy: -34.75 ......(((((((...........((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))..... New DP sens: 0.190, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.205, New DP Energy: -34.40 (((((((((((((..............(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New DP sens: 0.476, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -34.35 ((((((((......((((((.(.((((...)))).).......))))))..((((.......)))))))))))).... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.478, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -33.99 New DP F-measure-avg: 0.445, New DP F-measure-best: 0.930, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -7.20 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -9.69 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -9.69 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -9.09 ((((((((..........)))))....(((....)))))). New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -7.69 (((..........((((....))))..(((....)))))). 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New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -12.70 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.240, New DP Energy: -12.60 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -12.10 ((((.(...).))))...((((((.....))))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.90 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.70 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -11.50 ((((.(...).))))....((((....((((......)))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.50 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -11.30 .((((((......))...((((((.....)))))).))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.70 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -10.55 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.50 (((..(((..(((.....))).)))..((((......)))).))). New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -10.35 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -10.20 New DP F-measure-avg: 0.321, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -3.20 New DP F-measure-avg: 0.857, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... Energy of known structure: -24.78 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -39.53 New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -39.53 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.846, New DP Energy: -39.33 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.259, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -36.75 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.259, New DP Energy: -36.40 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.808, New DP Energy: -35.78 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...))))))....(((((......)))))......)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.259, New DP Energy: -34.30 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))..........)))))))))))).... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -34.16 ((((((((((((..((((((...)))))).........(((....))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -33.40 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -33.01 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -32.95 ((((((((((((..((((((...)))))).....((((((.........((........))..)))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -32.65 ((((((((((((.......((((((.............(((....))).))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -32.54 New DP F-measure-avg: 0.487, New DP F-measure-best: 0.846, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -2.40 New DP F-measure-avg: 0.800, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -31.72 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -46.90 New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -46.90 (((((((((((.(.(((.....))))....(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).)))))))))))..... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -46.00 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -44.60 (((((((((((..(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))...)))))))))))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -44.35 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.415, New DP Energy: -43.10 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.519, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -41.72 (((((((((((........(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).....)))))))))))..... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -40.62 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -39.59 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -39.52 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -39.47 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -38.97 (((((((((((....((((((...............))))))...((((((..((....))..)))...)))...)))))))))))..... New DP sens: 0.360, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -38.15 (((((((((((..(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))...)))))))))))..... New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -38.01 .(((((......(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))..)))))....... New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -37.59 New DP F-measure-avg: 0.514, New DP F-measure-best: 0.851, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -35.63 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -45.45 New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.351, New DP Energy: -45.45 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -43.95 ((((((((((((...(((((((((..........))))).)))).(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -42.29 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -41.00 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))........((((((....))))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -40.59 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))..........))))))))))))...... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -40.47 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....)))).((((((....))))))...)))))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -40.40 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))......((((....))))........))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -39.85 ((((((((((((.(.((...(((((.....(((.....((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.692, New DP Energy: -39.83 ((((((((((((.(.((...(((((.......(((...((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -39.25 ((((((((((((.......(((((..........)))))......(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -39.19 ((((((((((((.(.((..(((((.(......).)))))......(((((....((((....))))))))))))))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -37.80 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).......)))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -37.20 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -36.79 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).....)))))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -36.60 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))..........((((....))))........))))))))))))...... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -36.49 New DP F-measure-avg: 0.424, New DP F-measure-best: 0.692, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -52.58 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -56.48 New DP sens: 0.969, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.954, New DP Energy: -56.48 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New DP sens: 0.969, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.984, New DP Energy: -54.93 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -54.58 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -52.14 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.844, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -51.65 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -49.89 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).((((((..(....)..))))))....)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -49.04 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -48.84 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.656, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -48.30 ((((((((((((((((((((.........(((((((.....(((....)))..........))))))).)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.656, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -48.12 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((...........))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.267, New DP Energy: -47.78 ((((((((((((((((((((..((((((............((((...........))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -47.38 ((((((((.((((...(((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).......)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.656, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -47.02 ((((((((.....((.((((...((((....))))))))..(((....))).))(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.355, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -46.90 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....(((..(....)..)))))))...)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -46.64 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...((((..(....)..)))))))))))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -46.50 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....)))).....((....))..)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.469, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.517, New DP Energy: -46.34 ((((((((((((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))(((....)))))))))...)))))))) New DP sens: 0.844, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -46.33 ((((((((........(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..))))).......)))))))) New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.276, New DP Energy: -46.31 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New DP sens: 0.344, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -46.30 New DP F-measure-avg: 0.569, New DP F-measure-best: 0.984, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -1.40 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -8.65 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.65 ...........((((((.....))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.70 New DP F-measure-avg: 0.000, New DP F-measure-best: 0.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). Energy of known structure: -15.20 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -16.10 New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -16.10 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -15.20 ..((((((((......))))))))...(((....))).... New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -14.60 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -14.20 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.10 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -13.50 (((((((......)).)))))......(((....))).... New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -12.70 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.30 New DP F-measure-avg: 0.436, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). (((((.....((((((......))))))))))). Energy of known structure: -8.14 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -11.20 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -11.20 ((((((.....(((((......))))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.300, New DP Energy: -10.80 .......(((((((((......)))))..)))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.40 New DP F-measure-avg: 0.200, New DP F-measure-best: 0.300, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... Energy of known structure: -11.90 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -13.60 New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -13.60 ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -13.38 .((((((..((.((((...(((((...))))).)))).))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.75 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.29 ..((((((((......))))))))...((((......))))........ New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.80 ..((((((....))).)))(((((...((((......))))..))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.30 ......((((((((.((..(((((...)))))..))..))))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.90 ((([[[[[[[..))).]]]]]]]....((((((......)))))).... New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -9.88 ....(((........))).(((((...((((......))))..))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.70 New DP F-measure-avg: 0.330, New DP F-measure-best: 0.897, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.00 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -3.00 New DP F-measure-avg: 0.857, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -25.09 New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -25.09 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....))).))))........))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -23.63 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -23.63 ((((((((((.((((.((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))....))))))))))))))..... New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -22.89 ((((((((((......((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))........))))))))))..... New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -22.48 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New DP sens: 0.724, New DP ppv: 0.808, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -22.19 ((((((((((((((..((((((((((..............(((....)))............)))).).)))))...)))).))))))))))..... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.607, New DP Energy: -22.17 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....))).))))........)))))).........))))))))))))))..... New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -21.93 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).........))))))))))))))..... New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -21.93 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........(((((.....)))))))))))))))..... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.79 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -21.49 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -21.23 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -20.92 ((((((((((..............................(((....))).................(((((.....)))))))))))))))..... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.553, New DP Energy: -20.20 New DP F-measure-avg: 0.670, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -41.04 New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -41.04 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..)))..))))))))))))...... New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -40.78 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))..)))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -38.69 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -38.49 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.370, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -38.14 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..))..)))))))))))))...... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.536, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -37.23 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -36.69 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).)).(((((......))))).....)))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -35.49 ((((((((((((.....(((((........(((.....(((....))).....)))))))).((.....))...))))))))))))...... New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -35.39 ((((((((((((.....((((..(((........))).(((....))).....)))).(((.......)))...))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -35.30 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).)).(((((......)))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -35.29 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...(((((................)))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.392, New DP Energy: -34.47 ((((((((((((......((((............))))(((....)))....(((((......)))))......))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -33.79 ((((((((((((.....(((((.(((........))).(((....)))........))))).((.....))...))))))))))))...... New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -33.60 ((((((((((((.....((((..(((........))).......))))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.370, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.385, New DP Energy: -33.52 New DP F-measure-avg: 0.487, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -27.58 New DP sens: 0.913, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -27.58 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New DP sens: 0.739, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -26.39 New DP F-measure-avg: 0.799, New DP F-measure-best: 0.875, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) Energy of known structure: -36.59 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -43.64 New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.906, New DP Energy: -43.64 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) New DP sens: 0.962, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -43.44 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))..))))))))))) New DP sens: 0.923, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.906, New DP Energy: -39.89 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).))))))))). New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.731, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -38.54 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))).).)))))))))) New DP sens: 0.808, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -37.61 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -37.41 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..........)))))))))) New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -35.57 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))).).)))))))))) New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -35.41 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.905, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -35.21 New DP F-measure-avg: 0.846, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... Energy of known structure: -28.54 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -36.60 New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -36.60 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -36.27 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).)......((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -35.00 (((((((((((.....(((.(((........))).)))..........((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -33.75 (((((((((((.((((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))..))))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -33.57 (((((((((((..((((((((((.(....).)))..................))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -32.92 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).).........(((((......)))))......)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -31.25 (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).))).............(((((......))))).....))))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -30.50 (((((((((((.(((((((((((.(....).)))..................)))))))...((....))..))))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.346, New DP Energy: -30.22 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.409, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -30.00 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))..........)))))))))))..... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -29.75 (((((((((((.......(((((.((.((.(((...(((........)))..))).)).))...)))))....)))))))))))..... New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.346, New DP F-measure: 0.340, New DP Energy: -29.35 New DP F-measure-avg: 0.367, New DP F-measure-best: 0.600, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.50 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -2.50 ...(((....))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 0.80 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.55 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.55 .(((((.((......)).)))))...(((....)))... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -11.40 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -11.00 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -10.30 .(((((............)))))...(((....)))... New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -8.99 ....((((.((.((((....)))).))..))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.90 ....(((((........((((((.....))))))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.59 .(((((............)))))...(((.....))).. New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -8.59 ....((((......))))........(((....)))... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -8.30 ....((((......))))(((((.....)))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.10 ....((((......))))........(((.....))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.90 .(((((............)))))...(((......))). New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -7.89 (((..(((.((.((((....)))).))..)))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.80 New DP F-measure-avg: 0.301, New DP F-measure-best: 0.857, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.20 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -1.20 New DP F-measure-avg: 1.000, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=Bt_PrP; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCCCAUGGAGGUGGCUGGGGCCAGCCUCAUGGAGGUGGCUGGGG ...[[[[[[............((((((]]]]]]....)))))).. ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ Energy of known structure: -11.27 Initial sens: 0.417, Initial ppv: 0.385, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -21.64 New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -21.64 ((((((((..(.((((....)))).)..)))))....)))..... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -20.44 (((((.....)).)))...(((((.((((...))))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.60 (((((((((....(((((....)))))))))))....)))..... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -18.50 ((((((((.....(((((....))))).))))).)))........ New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.385, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -18.30 .(((((..((((((((....)))).))))...........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.02 (((((.....)).))).....((((((..........)))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -17.79 ((((((..........))))))(((((.(......).)))))... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -17.69 .(((((..((((((((....))).)))))...........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.62 New DP F-measure-avg: 0.289, New DP F-measure-best: 0.522, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=BWYV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCGGCACCGUCCGCGGAACAAACGG ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((......))))).......... ..(((((......))))).......... Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -8.10 New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -8.10 ..(((((..[[[[)))))......]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.30 .(((.(((...))))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.30 .(((((....))..)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.40 New DP F-measure-avg: 0.429, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=Ec_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGC [[[[[.((((((..]]]]].....)))))) (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] Energy of known structure: -8.39 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.39 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.39 ...(((((.....)))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.20 ......((((((............)))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -6.89 (((((.........)))))........... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -5.80 ((((([[[......)))))......]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -5.13 New DP F-measure-avg: 0.571, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=Ec_PK4; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGAC ((((((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]] ((((((((((.(((........))).))))))))))................ ((((((((((.(((........))).))))))))))................ Energy of known structure: -14.15 Initial sens: 0.684, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.812, Initial Energy: -16.55 New DP sens: 0.684, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -16.55 ((((((((((((((....))))....))))))))))................ New DP sens: 0.526, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -14.10 New DP F-measure-avg: 0.709, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=EC_S15; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GGGAUCGCUGAAUUAGAGAUCGGCGUCCUUUCAUUCUAUAUACUUUGGAGUUUUAAAAUGUCUCUAA ((((.((((((.[[[[[[[))))))))))...............................]]]]]]] ((((.((((((........))))))))))...............((((((...........)))))) ((((.((((((........))))))))))...............((((((...........)))))) Energy of known structure: -10.05 Initial sens: 0.588, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.606, Initial Energy: -15.19 New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -15.19 ((((.((((((........))))))))))...((((((.......))))))................ New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -14.60 (((((.(((((........))))))))))...............((((((...........)))))) 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New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -11.50 New DP F-measure-avg: 0.494, New DP F-measure-best: 0.606, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=HDV; TYPE=hepatitis delta virus ribozyme; EXT_SOURCE=Isambert and Siggia 2000; ggccggcatggtcccagcctcctcgctggcgccggctgggcaacauuccgaggggaccguccccucgguaauggcgaaugggaccca [[[[[[[..((((((((((........)))]]]]]]]......(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. Energy of known structure: -42.04 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -48.85 New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.733, New DP Energy: -48.85 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)..((((((((((((.....)))))))).)))).............. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -45.95 .........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((.....)))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -44.45 .((((((..[[[[[[[[[[[((.....)).)))))).]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.820, New DP Energy: -43.00 .((((((..[[[[[[[(((........)))))))))...((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.933, New DP Energy: -42.59 .((((((......(((((......))))).)))))).((((..((((((((((((.....)))))))).))))........).))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -42.59 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.644, New DP Energy: -42.37 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)......(((((((((...)))))))))................... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -41.85 .((((((..[[[[[[[(((........))))))))).......((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.933, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.966, New DP Energy: -41.49 .........(((((((((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))..........))))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -40.35 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -39.95 .((((((......(((((......))))).)))))).......((((((((((((.....)))))))).)))).............. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -39.84 .((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.633, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.655, New DP Energy: -39.47 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -39.15 .((((....[[[[[[[((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))...))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -38.95 .((((((..[[[[[[[[[[[((.....)).)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -38.90 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.772, New DP Energy: -38.74 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.733, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -38.54 .........(((((((((......))...(((((....(....)...(((((((((...)))))))))...)))))..))))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -38.50 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -38.27 New DP F-measure-avg: 0.646, New DP F-measure-best: 0.966, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV_anti; TYPE=anti-genomic HDV; EXT_SOURCE=Ferre-D'Amareand et al 1998; GGGUCGGCAUGGCAUCUCCACCUCCUCGCGGUCCGACCUGGGCAUCCGAAGGAGGACGCACGUCCACUCGGAUGGCUAAGGGAGAGCCACU .((((((........[[[[(((.......)))))))))....(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]....... .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. Energy of known structure: -24.51 Initial sens: 0.167, Initial ppv: 0.143, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -40.20 New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.143, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -40.20 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -39.42 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.160, New DP Energy: -37.80 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.148, New DP F-measure: 0.157, New DP Energy: -37.00 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))((.(((((((.(..((((....)))).)))))))).))...]]]]]]]]].. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -36.89 (((((((..[[[[.[[[[[...[[[[[.....)))))))...(((((((..]]]]]...........)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.708, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -35.73 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -35.18 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.163, New DP Energy: -34.60 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))((....))..]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.323, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -34.45 ..(((.....))).(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....)))))...... New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.148, New DP F-measure: 0.157, New DP Energy: -34.30 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))...(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -32.94 .........((((.(((((.((...(((.....)))...)).(((((((....((((....))))..)))))))......))))))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -32.90 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]].....(((((....)))))......]]]]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.377, New DP Energy: -32.78 (((((((.((.((..............)).))))))))).....(((((.(..((((....)))).))))))(((((.......))))).. New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -32.68 .........((((.......((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....))))))).........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -32.40 .........((((.(((((...(((((...((((.....))))........))))).((.(((((....)))))))....))))))))).. New DP sens: 0.167, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.163, New DP Energy: -32.25 New DP F-measure-avg: 0.394, New DP F-measure-best: 0.889, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=HIVRT32; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUCAACGGGAAAAUGAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.40 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.40 .............((((((.........)))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -6.50 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.92 (((....(((((........)))))...))).... 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New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -1.30 New DP F-measure-avg: 0.383, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=Hs_Prp; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCUCAUGGUGGUGGCUGGGGGCAGCCUCAUGGUGGUGGCUGGGG ...((((((.............[[[[[))))))....]]]]]... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... Energy of known structure: -5.94 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.60 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.60 New DP F-measure-avg: 0.000, New DP F-measure-best: 0.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=LP_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGAAGGAGAUCUCUCGUAAAUAAGACUC [[[[[..(((.((]]]]].......))))) (((((........)))))............ (((((........)))))............ Energy of known structure: -1.82 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -4.80 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -4.80 .((((......))))............... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.10 .......(((....)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.70 New DP F-measure-avg: 0.222, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=minimalIBV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGUAUCAGUCAGGCUCGGCUGGUACCCCUUGCAAAGCGAGCCU (((((((((((..[[[[[[)))))))))))........]]]]]]. ((((((((((((......))))))))))))............... ((((((((((((......))))))))))))............... Energy of known structure: -21.98 Initial sens: 0.647, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -21.80 New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -21.80 ((((((((((((......))))))))))))((((...)))).... New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.30 .(((((((((((......)))))))))))(((((...)))))... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -20.20 New DP F-measure-avg: 0.677, New DP F-measure-best: 0.759, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=MMTV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCAGUCCCCUAGCCCCACUCAAAAGGGGGAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -13.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -14.35 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -14.35 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -13.44 ((((....))))...((((.((....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.40 ((((....))))...((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.30 ((((...))))....((((.((....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.30 ((((...))))....((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.20 ((((....))))...((((.........)))).. 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New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -10.90 ((((.....))))..((((.........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.20 (((....))).....((((.((....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.90 (((....))).....((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.80 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -9.76 New DP F-measure-avg: 0.176, New DP F-measure-best: 0.957, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=MMTV_vpk; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCAGUGGGUCAGCGCCACUCAAAAGGCCCAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -11.82 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -12.28 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -12.28 (((((.........)))))............... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -9.30 ......(((((((..............))))))) New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -8.53 ((((.((((((....).)))))).....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.90 (((....(((((.......)))))....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.74 (((..(((((.......)))))......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.74 (((((..[[[[[..)))))]]]]].......... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -7.03 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 0.957, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=pKA_A; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCCGCCAGGCUCCAGCGGCCUUGCAAAAGGAGCCU [[[[[[..((((((.]]]]]]........)))))). ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] Energy of known structure: -16.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.923, Initial F-measure: 0.960, Initial Energy: -16.59 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.960, New DP Energy: -16.59 .......(((((((....((...))....))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -12.69 .......(((((((.(((....)))....))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -12.10 ((((((.........))))))............... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -11.60 ((((....))))...((..((((....)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.10 (((.((.(((((.....))))).)).......))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.34 ((((....)))).....((((((....)))..))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.00 ((((((..(....).))).((((....)))).))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -8.80 New DP F-measure-avg: 0.376, New DP F-measure-best: 0.960, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=satRPV; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; ACAGAGCGCGUACUGUCUGACGACGUAUCCGCGCGGACUAGAAGGCUGGUGCCUCGUCCAACAAAUAGAUACA ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. Energy of known structure: -20.80 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -23.65 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -23.65 ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]]..(((((....)))))...))))).........}}}}}. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -23.55 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -23.07 .....((((((((.(((....))))))..)))))((((....((((....)))).)))).............. New DP sens: 0.591, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -21.85 ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -20.80 .....(((((....[[[[{{{{{.<<<<<)))))........]]]].......}}}}}.........>>>>>. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.526, New DP F-measure: 0.488, New DP Energy: -20.60 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))(((((((....))))).))]]]]].........}}}}}. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -18.84 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))..(((((....)))))...]]]]].........}}}}}. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -18.74 .....(((((....[[[[......{{{{{)))))((((....]]]].........))))........}}}}}. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -18.46 .....((((((((.(((....))))))..)))))........((((....))))................... New DP sens: 0.409, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -17.80 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]........((((....)))).............))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -17.72 New DP F-measure-avg: 0.632, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SRV_1; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCCAGCCCCAGGCCCCGAAACAAGCUUAUGGGGCA ((((((.[[[[[.)))))).............]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. Energy of known structure: -16.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -18.66 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -18.66 ((((....))))..((((((.((.....)).)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.60 ((((....))))..((((((...........)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.99 ((((((.......)))))).......(((.....))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -16.30 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 0.957, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=T2_gene32; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; CUGACCAGCUAUGAGGUCAUACAUCGUCAUAGC .[[[[[.(((((((]]]]].......))))))) .......(((((((.(........).))))))) .......(((((((.(........).))))))) Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -9.55 New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -9.55 .......((((((((((.....))).))))))) New DP sens: 0.583, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -8.30 .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.99 .(((((........))))).............. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -6.10 New DP F-measure-avg: 0.731, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=T4_gene32; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGCCAGCUAUGAGGUAAAGUGUCAUAGC [[[[.(((((((]]]].....))))))) .....(((((((.(.....).))))))) .....(((((((.(.....).))))))) Energy of known structure: -5.64 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.737, Initial Energy: -7.80 New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -7.80 ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.64 New DP F-measure-avg: 0.868, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=TMV.L; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; AUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGG ............[[[.((((]]].....))))[[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) Energy of known structure: -4.28 Initial sens: 0.160, Initial ppv: 0.160, Initial F-measure: 0.160, Initial Energy: -25.22 New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.160, New DP F-measure: 0.160, New DP Energy: -25.22 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -20.98 ..............(((((((.((((.......[[[[))))..{{{{...)))))))......((((]]]]....}}}}.)))) New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.174, New DP F-measure: 0.167, New DP Energy: -20.89 ................((((..[[[[..)))).((((]]]]..[[[[(((((...)))))...{{{{))))....]]]].}}}} New DP sens: 0.320, New DP ppv: 0.320, New DP F-measure: 0.320, New DP Energy: -19.93 ................(((((.((((.......[[[[))))..{{{{.)))))..........((((]]]]....}}}}.)))) New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -19.63 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))....((((]]]].........)))) New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.522, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -19.42 ................(((((........[[[[{{{{......<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -19.13 ..........((((((...))))))....(((([[[[......{{{{........))))....((((]]]]....}}}}.)))) New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -18.62 ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))....((((........]]]].)))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -18.38 ..........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))) 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New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -16.05 ..........((((((...))))))........((((......[[[[(((((...)))))...{{{{))))....]]]].}}}} New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.304, New DP F-measure: 0.292, New DP Energy: -15.53 ..............(((((((............[[[[......{{{{...)))))))......((((]]]]....}}}}.)))) New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.211, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -14.80 ......................((((.......[[[[))))..(((((((((...)))))...{{{{]]]]....)))).}}}} New DP sens: 0.160, New DP ppv: 0.190, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -14.62 New DP F-measure-avg: 0.386, New DP F-measure-best: 0.766, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=Tt_LSU_P3P7; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; AGACCGUCAAACACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGG .(((((.((....[.[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]]]. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. Energy of known structure: -17.05 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -18.11 New DP sens: 0.950, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.974, New DP Energy: -18.11 .(((((.((.............)).))))).(((((((.....)))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -17.11 ...............(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -17.07 .(((.(((.......)))...(((((.....(((((((.....)))))))....))))).))).. New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -16.67 .(((((.........[[[[[.....))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -15.19 .(((((...................))))).(((((((.....)))))))............... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -15.10 .(((...........((((.......)))).(((((((.....)))))))..........))).. New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.412, New DP Energy: -14.50 .(((...........(((.....))).....(((((((.....)))))))..........))).. 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New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.579, New DP Energy: -13.52 New DP F-measure-avg: 0.596, New DP F-measure-best: 0.974, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=TYMV; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=Deiman et al 1997; UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))[[[...((((((]]]...))))))... ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((....[[[)))))..((((((]]]...))))))... ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((....[[[)))))..((((((]]]...))))))... Energy of known structure: -23.64 Initial sens: 0.720, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -27.73 New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -27.73 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((.......)))))..((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -27.50 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((((.......)))))...((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -27.30 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((.((.......)))))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -27.20 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((((.......)))))...((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -26.90 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......)))).(((((....)))))............ New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -26.50 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......))))))... New DP sens: 0.880, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.936, New DP Energy: -26.20 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))...((((.......))))......((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -25.60 (((((([[[[))))))....((((((({{{....))))))).....]]]]...............((((((}}}...))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -25.27 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.......[[[..)))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -24.82 ((((((....))))))....(((((((.......)))))))....(((.((....[[[)))))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.62 ((((((....))))))....(((((((.......)))))))....(((.((.......)))))..((((((......))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -23.40 ((((((....)))))).((((((((((.......))))))....((((.......))))..))))((((((......))))))... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -23.40 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((............)))..((((((......))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -23.29 ((((((....))))))....(((((((.......)))))))....(((((.......)))))...((((((......))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -23.20 ((((((....))))))....((((((([[[....)))))))....(((.((.......)))))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -23.10 ......((((......(((.(((((((.......)))))))..)))))))......(((.(((((....)))))....)))..... New DP sens: 0.280, New DP ppv: 0.318, New DP F-measure: 0.298, New DP Energy: -23.00 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((............)))..((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -22.99 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((......))).((((...[[[[[[))))..]]]]]]... New DP sens: 0.840, New DP ppv: 0.840, New DP F-measure: 0.840, New DP Energy: -22.91 ((((((....))))))....((((((([[[....)))))))....(((((.......)))))...((((((]]]...))))))... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -22.80 New DP F-measure-avg: 0.661, New DP F-measure-best: 0.936, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > AKV-MuLV GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCACUGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). Energy of known structure: -18.68 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.37 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.37 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -20.60 ((((.....))))((((((((...(((((......)).))))))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.50 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -19.10 .........(((((((((((....))))...............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -18.12 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -18.02 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.20 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -17.20 New DP F-measure-avg: 0.343, New DP F-measure-best: 0.593, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 7 > BaEV GGGCUCUGGAGCCCCCCCCGAGCCCCGGCUAACUCUAUCUGUAGGGGGGC ((((((.((.[[[[[[[))))))))..................]]]]]]] (((((....)))))(((((.(((....))).((.......)).))))).. (((((....)))))(((((.(((....))).((.......)).))))).. Energy of known structure: -19.03 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -20.80 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.80 (((((....)))))(((((.(((....))).............))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.44 ((((((.((.......)).)))))).......(((((....))))).... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.462, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -17.60 ((((((.((......))..))))))..(((..(((((....))))).))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -17.55 .((((....))))((((((.(((....))).............)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.54 (((((....)))))(((((.(((....)))..............))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.47 ..........(((((((...(((....))).............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.560, New DP Energy: -17.30 ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] New DP sens: 0.867, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.929, New DP Energy: -17.15 New DP F-measure-avg: 0.288, New DP F-measure-best: 0.929, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 7 > BLV GGGGGGACUUAGCGCCCCCCAAACCGU ((((((.....[[[))))))....]]] ((((((........))))))....... ((((((........))))))....... Energy of known structure: -8.36 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -13.90 New DP sens: 0.667, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -13.90 .(((((.........)))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.00 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > Bp_PK2 CCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGGGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGCAACCCCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAAU .((((((..(((....[[[[[[..))).((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... Energy of known structure: -41.52 Initial sens: 0.793, Initial ppv: 0.852, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -49.20 New DP sens: 0.793, New DP ppv: 0.852, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -49.20 .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....))))))..((((...))))...)))).))))))............... New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -44.20 .((((((.(((((((......)))))))....((((((....)))))).((((....))))........))))))............... New DP sens: 0.655, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -43.60 ..(((((.(((((((......)))))))....((((((....)))))).((((....)))).....)))))................... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.510, New DP Energy: -41.70 ...((((.(((((((......)))))))))))((((((....)))))).((((....))))....(((....)))............... New DP sens: 0.448, New DP ppv: 0.542, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -40.30 New DP F-measure-avg: 0.646, New DP F-measure-best: 0.821, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > BVDV_IRES GGGUAGCAACAGUGGUGAACAGCCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUGUAUUGCUACUAAAAAUCUCUGCU .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. Energy of known structure: -24.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.51 .((((((((((((((.(..((((((.....)).))))......))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -24.19 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -23.60 .((((((((((((((.(..((((((.....)).))))......)))))))..))))))))............. New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -23.39 .((((((((((((((.(....((((....))))..........))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.947, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -22.24 .((((((((((((((......((((...............)))))))))))..)))))))............. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -22.15 .((((((((((((((....((((..........)))).......)))))))..)))))))............. New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -21.74 New DP F-measure-avg: 0.725, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > BYDV-NY-RPV GGCGGCGGCGUCCGCCGUAACAAACGC (((((..[[[[))))).......]]]] .(((((((...)))))))......... .(((((((...)))))))......... Energy of known structure: -7.73 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -12.20 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.20 (((((......)))))........... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -9.20 .((((((((....)))))......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.90 ....(((((....)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.60 New DP F-measure-avg: 0.179, New DP F-measure-best: 0.714, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 3 > Cas-Br-E-MuLv GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). Energy of known structure: -18.68 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.37 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.37 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -20.60 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -19.10 .........(((((((((((....))))...............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -18.12 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -18.02 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -17.20 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -17.20 New DP F-measure-avg: 0.392, New DP F-measure-best: 0.593, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 6 > CoxB3 ACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)).... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -28.36 Initial sens: 0.680, Initial ppv: 0.895, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -28.48 New DP sens: 0.680, New DP ppv: 0.895, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -28.48 (((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -24.98 New DP F-measure-avg: 0.675, New DP F-measure-best: 0.773, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > CSFV_IRES GACUAGCCGUAGUGGCGAACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAUUAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGCUG .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. Energy of known structure: -24.19 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.19 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -24.19 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))................ New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -23.30 .((((((((((((((......((((....))))...........)))))))..)))))))................ New DP sens: 0.720, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.837, New DP Energy: -20.63 .....((((...))))..((..((((((((((.(((.....))))).))))))))...))................ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.50 .....(((.....)))......((((((((((.(((.....))))).))))))))..................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.20 .....((((...))))......((((((((((.(((.....))))).)))))))).(((((..........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.79 ...(((((((....))).((..((((((((((.(((.....))))).))))))))...))............)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.90 New DP F-measure-avg: 0.374, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > EIAV GGGGCUCAAGGGAGGCCCCAGAAACAAACUUUCCC ((((((...[[[[))))))............]]]] (((((((....)).)))))................ (((((((....)).)))))................ Energy of known structure: -10.65 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -11.50 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -11.50 ((((((.......))))))................ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -11.40 (((((((....)).))))).((((.....)))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -11.10 ((((((.......)))))).((((.....)))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -11.00 (((.(((....))).)))................. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.80 (((.(((....))).)))..((((.....)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.60 New DP F-measure-avg: 0.402, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > FeLV GGGCCAGGACCCCCCCCCCUGAGCCCAGGAUAACCUUAAGAAUAGGGGGG ((((((((...[[[[[[)))).))))..................]]]]]] (((......))).((((((((..(..(((....)))...)..)))))))) (((......))).((((((((..(..(((....)))...)..)))))))) Energy of known structure: -17.50 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -19.90 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.90 ((((((((.........)))).)))).......(((((....)))))... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -17.60 ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -17.20 ((((((((...[[[[[[)))).))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -17.20 ((((((((.[[[[[[..)))).))))(((....)))........]]]]]] New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -17.11 (((........)))(((((((..(..(((....)))...)..))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -16.50 New DP F-measure-avg: 0.421, New DP F-measure-best: 0.903, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > FIV GGGGCGAGCUGCAGCCCCAGUGAAUCAAAUGCAGC [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] Energy of known structure: -12.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.51 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -12.51 (((((........)))))................. New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -11.60 New DP F-measure-avg: 0.812, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > HCV_229E CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAACAGUUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) Energy of known structure: -28.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -28.72 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -28.72 ((((((((((((........)))))))))))).......(((((((........))))))) New DP sens: 0.792, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -28.50 New DP F-measure-avg: 0.942, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > HCV_Ires CCUCCCGGGAGAACUGCCUGAUAGGGUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUCGUAG (((((((((......(((......)))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]. (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ Energy of known structure: -19.98 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -24.29 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -24.29 (((((((((.......(((...)))(..((....))..))))))))))........ New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -21.80 ........((((.((.((((...(((..((....))..))))))))).)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.35 (((((((((......((((....))))............)))))))))........ New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.923, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -20.27 (((((((((......((((....))))..[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -20.25 (((((((((.(.(((.(((...))).........))).))))))))))........ New DP sens: 0.450, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -19.75 ........((((....((((...(((..((....))..)))))))...)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.59 New DP F-measure-avg: 0.470, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 6 > HDV-It_g UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. Energy of known structure: -47.24 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -46.15 New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -46.15 ..........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((.....)))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.644, New DP Energy: -44.45 ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.906, New DP ppv: 0.906, New DP F-measure: 0.906, New DP Energy: -43.39 ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....(((((((((...)))))))))................... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -42.55 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.623, New DP Energy: -42.37 ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.906, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.935, New DP Energy: -42.29 ((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.644, New DP Energy: -41.24 ((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -40.74 ..........(((((((((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))..........))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -40.35 ..((((((......(((((......))))).))))))((((...((((((((((((.....)))))))).))))..........)))) New DP sens: 0.562, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -40.31 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -39.95 ..((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.633, New DP Energy: -39.47 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.407, New DP Energy: -39.15 ..........(((((((......((((((..(((.....)))......(((((((((...)))))))))...)))))).))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.561, New DP Energy: -38.94 ((((((((..[[[[[[[......[[[[[...))))))))(....)...(((((((((...)))))))))....]]]]].]]]]]]].. New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.767, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -38.89 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -38.74 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.721, New DP Energy: -38.54 ..........(((((((((......))...(((((....(....)...(((((((((...)))))))))...)))))..))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -38.50 ..........(((((((......((((((..(((.....)))..)...(((((((((...)))))))))....))))).))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.561, New DP Energy: -38.44 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.615, New DP F-measure: 0.552, New DP Energy: -38.27 New DP F-measure-avg: 0.612, New DP F-measure-best: 0.935, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-1 ucaagAAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAACAa .......[[[[[..((((((]]]]]...))))))... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... Energy of known structure: -5.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.31 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.31 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -5.00 (((....(((((........))))).....))).... New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -4.97 ..............((((((........))))))... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -4.40 ....(((.......)))..((((......)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.80 .......((((...[[[[[[..))))..]]]]]]... New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -3.53 .......(((..(((((......)))))...)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.85 (((....((((...........))))....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.78 .......((((...........))))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.19 .......(((.(((((.........))))).)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.90 ............(((((......)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.60 ....((([[[[[..)))...]]]]]............ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -1.49 .......(((..(((((.....)))))....)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.45 ...(((((...)))))...((((......)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.30 New DP F-measure-avg: 0.282, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > HIV-1-RT-1-3a gAAUAUCUUCCGAAGCCGAACGGGAAAACCGGCaucu .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... ...........((.((((...........)))).)). ...........((.((((...........)))).)). Energy of known structure: -6.11 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -6.64 New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -6.64 .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.11 ..............((((...........)))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -5.89 (((....))).((.((((...........)))).)). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -5.34 .......(((([[.[[[[....))))...]]]].]]. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -5.05 (((....)))....((((...........)))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -4.69 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -4.40 .......((((...[[[[....))))...]]]].... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -4.33 ....................(((.....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.30 .....((((..[[.[[[[...))))....]]]].]]. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -3.82 (((....)))..........(((.....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.10 .....((((.....[[[[...))))....]]]].... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -3.00 New DP F-measure-avg: 0.466, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 11 > HIV-1-RT-1-6 gAAGAAGAUUACCCAAGCGCAGGGGAGAAGCGCaucu ...........[[[..((((.]]].....)))).... ...........(((..[[[[.))).(((.]]]].))) ...........(((..[[[[.))).(((.]]]].))) Energy of known structure: -6.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -7.55 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -7.55 ...........(((..[[[[..)))(((.]]]].))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -6.25 ................((((.........)))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -6.20 ...........(((..[[[[.))).....]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.01 ...........(((..[[[[..)))....]]]].... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.81 .....((((.......((((.........)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -4.64 ...........(((........)))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.00 ...........(((.......)))............. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -4.00 ...........(((.......))).(((......))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -2.90 .....((((..(((.......))).........)))) New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -2.40 ..(((...........((((.........)))).))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -2.21 New DP F-measure-avg: 0.563, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > HIV-1-RT-1-7 agGAAUCGACCCAAGCCAAAGGGGAUAAUGCGGCauc .........[[[..(((...]]]........)))... .((.......))..(((...(.(.....).))))... .((.......))..(((...(.(.....).))))... Energy of known structure: -3.44 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -4.75 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -4.75 .........(((........))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -4.30 .((.......))..(((..............)))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -4.03 ....(((..(((........))))))........... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -3.70 .........(((..[[[...)))(((.....]]]))) New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -3.44 .........(((..[[[...)))........]]]... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.44 .........(((..[[[....))).......]]]... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -3.24 .........(((.........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.20 ....(((..(((..[[[...)))))).....]]]... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -3.02 .........(((........)))....(((...))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -1.70 .....(((.(((........))).......))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -1.39 .........(((........)))(((........))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -1.20 .....(((.(((.........)))......))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.14 ....(((..(((........)))))).(((...))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -0.80 New DP F-measure-avg: 0.512, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 13 > HIV-1-RT-1-8 ucaagGAUUAACCGACGCCAACGGGAGAAUGGCAGGGau ...........[[[..((((.]]].....))))...... ...........((...((((.(....)..))))..)).. ...........((...((((.(....)..))))..)).. Energy of known structure: -4.83 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -6.36 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.36 ....((.....))...((((.........))))...... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -5.20 ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.83 ...........(((.......)))............... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -2.70 New DP F-measure-avg: 0.697, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > HIV-1-RT-1-9b gAGAGUAUCAUCCGUGCCGGCGGGAUAUCGGCGaucu ..........[[[[((((((]]]]...)))))).... ((..((....(((((....)))))......))..)). ((..((....(((((....)))))......))..)). Energy of known structure: -6.54 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -6.95 New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -6.95 ..............((((((.......)))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -6.70 ....(((((..((((....)))))))))......... New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -6.20 .((((((((..((((....)))))))))......))) New DP sens: 0.300, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -5.30 .........((((.[[[[[[..)))).]]]]]].... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -5.10 ..........(((((....)))))............. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -5.00 ....(((((..(((...)))...)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.90 .........(((...(((((.......)))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -4.80 ......(((..(((..((....))....))).))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.80 ....((((.....))))((.(((....))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.40 ...........(((..((....))....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.30 .(((.......(((..((....))....)))...))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 .((((((((..(((...)))...)))))......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.00 ..............((((((..[[[[.))))))]]]] New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -3.91 .(((..........((((((.......)))))).))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -3.65 .(((......(((((....)))))..........))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -3.55 .(((((((.....))))((.(((....))).)).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.50 New DP F-measure-avg: 0.301, New DP F-measure-best: 0.750, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 16 > HIV-1-RT-2-10 agUAAAUGAGUCCGUAGGAGGCGGGAUAUCUCCaAcu ..........[[[[..(((((]]]]...))))).... .............((.(((((.......))))).)). .............((.(((((.......))))).)). Energy of known structure: -5.60 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -5.95 New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -5.95 .......((((((((.....)))))....)))..... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -5.90 ................(((((.......))))).... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -5.40 .........(((([[.[[[[[..)))).]]]]].]]. New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -5.27 (((....((((((((.....)))))....)))..))) New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -5.25 ..........(((((.....)))))............ New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.20 .........((((...[[[[[..)))).]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -4.71 (((.......(((((.....))))).........))) New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -4.25 ..........(((...)))...(((.....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.20 ...........((......)).(((.....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.20 (((.......(((...)))...(((.....))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.60 (((........((......)).(((.....))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.60 ........(((((......)).(((.....))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.20 .........(((.......))).(((....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.10 ........(((.....(((((.......))))).))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -3.05 .........(((.......)))(((.....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.90 .........((((..........)))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.69 ..........(((...)))....(((....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.60 (((......(((.......))).(((....))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.50 (((......(((.......)))(((.....))).))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.30 New DP F-measure-avg: 0.245, New DP F-measure-best: 0.714, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-2-11 gUCAUAUUACCGUUACUCCUCGGGAUAAAGGAGaucu .........[[[...(((((]]].....))))).... ...............(((((........))))).... ...............(((((........))))).... Energy of known structure: -5.55 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -6.10 New DP sens: 0.625, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -6.10 .........(((...[[[[[))).....]]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.55 ....((((.(((...[[[[[))))))).]]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -5.11 (((......(((...[[[[[))))))..]]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -3.75 ....((((.(((........))))))).......... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -3.60 .........(((........))).............. New DP sens: 0.375, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -3.40 ...............(((((..[[[[..)))))]]]] New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -2.87 New DP F-measure-avg: 0.706, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-12 ucaagAAUAAUCCGACUCGCGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[.((((]]]]....))))...... ...............((((........))))...... ...............((((........))))...... Energy of known structure: -2.90 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -4.00 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -4.00 ..........((((.....)))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.50 .........((((........))))............ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.30 ..........((((.[[[[))))....]]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -2.90 .........((((..[[[[..))))..]]]]...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -2.87 ...............(((.((......))....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.50 New DP F-measure-avg: 0.472, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > HIV-1-RT-2-1b caagAAUAUAUCCGAACUCGACGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[..((((.]]]]....))))...... ........(((((..........)))))........... ........(((((..........)))))........... Energy of known structure: -3.20 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -3.79 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.79 ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -3.20 ................((((.........))))...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.20 ........(((((...[[[[...))))).]]]]...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -3.15 ..........((((.......)))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.00 ................(((..((......))....))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.90 ........(((((...[[[....))))).......]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.56 ..........((((..[[[..))))..........]]]. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: 0.19 New DP F-measure-avg: 0.417, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > HIV-1-RT-2-2b gacaaucaagUACCUAGGUGAUAAAAGGGAGAACACGUGUGa ............[[[..(((.....]]].....)))...... .(((........(((..........))).........))).. .(((........(((..........))).........))).. Energy of known structure: -0.35 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -2.22 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -2.22 .(((........(((...........)))........))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.59 ............(((..........))).............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.19 ..........(((....)))...................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.00 ............(((...........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.89 ....((((....[[[...))))...]]].............. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -0.43 ............(((..[[[.....))).....]]]...... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -0.35 .................(((.............)))...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -0.31 ............(((..[[[......)))....]]]...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -0.15 ....((((....[[[...))))....]]]............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -0.13 ....((((..........)))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 0.11 .(((......(((....))).................))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 0.14 .....(((..(((....)))...................))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: 0.65 ..........(((....(((.............)))..))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: 0.69 .....(((....(((..........)))...........))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: 0.74 New DP F-measure-avg: 0.320, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 14 > HIV-1-RT-2-3a gUUAAACAUAAUCCGUGAUCUUUCACACGGGAGaucuaugaaaga ...........[[[[[[.(((((((]]]]]].......))))))) .............((((((((..(....)..))))).)))..... .............((((((((..(....)..))))).)))..... Energy of known structure: -7.81 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -9.69 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.69 ................((((((((....))))))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.40 ......((((......((((((((....))))))))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -8.40 ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.81 ......((((.((((((........)))))).....))))..... New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -7.80 ...........((((((........)))))).............. New DP sens: 0.462, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -7.60 ((((....)))).((((((((..(....)..))))).)))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.49 .............((((((((..(....)..)))).))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.49 ...........((((((........))))))...(((.....))) New DP sens: 0.462, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -6.80 ((((....))))....((((((((....))))))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.30 ......((((.(((((((....))))...)))....))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.20 ......(((.....))).(((((((...(((...))).))))))) New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -5.70 New DP F-measure-avg: 0.270, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 11 > HIV-1-RT-2-4a agUAGAUAUCCGAAGCUCAACGGGAUAAUGAGCaucu ........[[[[..(((((.]]]]....))))).... ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. Energy of known structure: -6.08 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.476, Initial Energy: -6.74 New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -6.74 ...........((.(((((.........))))).)). New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -6.55 ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -6.08 ......(((((...[[[[[...))))).]]]]].... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.526, New DP Energy: -6.02 ..............(((((.........))))).... New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -5.80 ...((((.......(((((.........))))))))) New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -4.04 ......(((((...........))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.69 ........((((........))))............. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -3.30 New DP F-measure-avg: 0.564, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 7 > HIV-1-RT-2-5a ucaagAUAGUAUCCGUUCUUGAUCAUCGGGACAAAUGaucu ...........[[[[.....((((((]]]]....)))))). ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. Energy of known structure: -4.43 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.545, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -6.05 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -6.05 ((((((.....[[[..))))))..((((]]]....)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.62 ....................((((((........)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -4.90 ...........((((.....[[[[[[))))....]]]]]]. New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.43 ((((((..........))))))((((........))))... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -4.29 ....(((...))).(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -4.25 ((((((..........))))))..((((.......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.19 ((((((..........)))))).....(((........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.19 ((((((.....[[[[.))))))....]]]]........... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -3.89 ...((((.......(((((........))))).....)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.71 ..............(((((........)))))......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.40 ...((((.........((((((...))))))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.32 ....(((...))).......((((((........)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -3.20 ((((((..........))))))......(((.......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.19 ...((((....((((...........)))).......)))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -3.14 ................((((((...)))))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.70 ...........((((...........))))........... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -2.69 ...........(((......[[[[[[..)))...]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -2.68 ...((((.((.((((...........)))))).....)))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -2.54 (((.....((.((((...........))))))...)))... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -2.43 New DP F-measure-avg: 0.336, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-2-6b agUGAAACUUAACCGUUAUCAUAGAUCGGGACAAaucuauga ............[[[...((((((((]]].....)))))))) ..................((((((((........)))))))) ..................((((((((........)))))))) Energy of known structure: -5.91 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.842, Initial Energy: -6.90 New DP sens: 0.727, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -6.90 .....(((......))).((((((((........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -6.20 ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.91 (((...))).........((((((((........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -4.60 ..............(((.[[[[[[[[...)))..]]]]]]]] New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -3.98 (((...)))...(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -3.61 .((((..........))))(((((((........))))))). New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -3.09 New DP F-measure-avg: 0.791, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-7a agAUAUGAUCCGUAAGAGGACGGGAUAAACCUCAac ........[[[[...((((.]]]].....))))... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... Energy of known structure: -4.05 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -6.08 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -6.08 ........(((((......)))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -5.20 ........(((......))).((......))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.30 ...............((((..........))))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -4.29 ........(((......))).(((......)))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.20 .....((((((((......))))).......))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -4.14 .......((((....[[[[...))))...]]]]... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -3.62 ........(((......))).(((.....))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.30 ...((((...)))).((((..........))))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -3.09 .....((((((......))).((......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.80 .(((...))).....((((..........))))... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -2.59 .......((((...........)))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -2.39 New DP F-measure-avg: 0.355, New DP F-measure-best: 0.941, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > HIV-1-RT-2-9 ucaagGUUUCCGAAAGAAAUCGGGAAAACUGucu .......(((((..[[[...)))))......]]] .((...(((((((......)))))))...))... .((...(((((((......)))))))...))... Energy of known structure: 0.11 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -7.30 New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -7.30 ......(((((((......)))))))........ New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -7.20 ....(((((((((......))))..))))).... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -6.30 ...((((((((((......))))))).....))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -5.10 ....((((((.....))))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.40 ....(((((.(....)))))).(((......))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.70 New DP F-measure-avg: 0.361, New DP F-measure-best: 0.667, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > Hs_SRP_pkn GCCGGGCGCGGUGGCGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCU (((.((((((.[[[[.)))))).....((((.]]]]...))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). Energy of known structure: -11.55 Initial sens: 0.765, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -19.80 New DP sens: 0.765, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -19.80 ..((((((((......))))))))...((((........)))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -18.60 (((..((((....))))...((((((((....)))))..))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -18.00 (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -18.00 ((((((((((......)))))))(((((....)))))......))). New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -18.00 (((..((((....))))...((((((((....))))..)))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.188, New DP Energy: -17.20 (((..(((((....))))).((((((((....))))..)))).))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -17.20 (((..(((((....)))))........((((........))))))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.483, New DP Energy: -16.70 ....((((((......)))))).((..((((........)))).)). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -16.50 (((..((((....))))..........((((........))))))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -16.50 (((..(((((....)))))....(((((....)))))......))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.200, New DP Energy: -16.20 (((..((((....))))......(((((....)))))......))). New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.207, New DP Energy: -16.00 New DP F-measure-avg: 0.411, New DP F-measure-best: 0.867, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 11 > MMTVgag-pro GGGGCAGUCCCCUAGCCCCGCUCAAAAGGGGGAU [[[[[.(((((((.]]]]]........))))))) (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -14.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.35 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -14.35 ((((....))))...((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.00 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -13.44 ((((...))))....((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.90 ((((....))))...((((.........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.40 ((((.....))))..((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.00 ((((...))))....((((.........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.30 (((((.........))))).(((....))).... New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -10.90 (((....))).....((((........))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.50 ((((.....))))..((((.........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.40 New DP F-measure-avg: 0.193, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > Ni_VS GGGCGUCGUCGCCCCGAGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUG ((((...[[[)))).....(((((((((.]]].))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) Energy of known structure: -13.21 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -18.00 New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -18.00 New DP F-measure-avg: 0.867, New DP F-measure-best: 0.867, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 0 > PEMV UUCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((......)))))).......... ((((((......)))))).......... Energy of known structure: -5.12 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -8.40 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -8.40 ((((((..[[[[))))))......]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -5.12 New DP F-measure-avg: 0.875, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 1 > PLRV-S GCGGCACCGUCCGCCAAAACAAACGG [[[[..((((]]]]........)))) ((((......))))............ ((((......))))............ Energy of known structure: -4.41 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -5.00 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -5.00 ((((..[[[[))))........]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.41 ..(((.......)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 ..(((.[[[[..))).......]]]] New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -2.92 (((....)))(((..........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.99 ......((((............)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -1.89 New DP F-measure-avg: 0.478, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > PRRSV-16244B GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGUCGCGGCGGCUUGGUUGUUACUGAGACAGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. Energy of known structure: -24.09 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -26.99 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -26.99 ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))(..((....))..).]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.927, New DP Energy: -24.64 ((((....)))).....((((((((((.(((((......))))).)))...))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -24.20 (((((((((((......)))))).....)))))......((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.10 .((((((((((......))))))..(((.(((..((......))..))).))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.85 ((((....))))..((.(((((((....))))))).)).((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.65 ((((....)))).....(((((((....)))))))....((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.60 (((((.(((((......))))))))))(((.....((..((....))..))...))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.04 (((((((((((......)))))).....)))))..((((((....))))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.70 (((((..(((((.......)))))....)))))......((((((.....)))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.85 ((((....)))).....(((((((....)))))))((((((....))))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.60 New DP F-measure-avg: 0.177, New DP F-measure-best: 0.927, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 10 > PRRSV-LV GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGCCGCGGCGGCCUAGUUGUGACUGAAACGGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. Energy of known structure: -25.35 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -27.99 New DP sens: 0.632, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.99 ((((((.((((((....[[[[[[[)))))))))))).((((....))))..]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.905, New DP Energy: -26.95 ((((....)))).....(((((((((.((((((......)))))).))...))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.368, New DP Energy: -24.60 ((((....)))).....((((((((((((...)))))((((....))))..))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.350, New DP F-measure: 0.359, New DP Energy: -24.40 ((((....)))).....(((((((...((((((......))))))......))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -23.62 .(((((.((((((....(((((((....)))))))...)))))).........))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.49 .(((((.((((......))))...(((((...)))))................))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.30 (((((((((((......)))))).....))))).(((((((....))))....))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.30 (((((.(((((......))))))))))..((.((...((((....))))...)).)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.25 ((((...((((((....(((((((....)))))))...))))))........)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.19 ((((.((((((......)))))).(((((...)))))((((....))))...)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.10 ((((....)))).....((((((((((((...)))))..............))))))) New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -22.89 (((((((((((......)))))).....)))))......(((((.......))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.80 (((((((((((......)))))).)..((((((......)))))).......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.40 New DP F-measure-avg: 0.221, New DP F-measure-best: 0.905, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 13 > SARS-CoV UGCGGUGUAAGUGCAGCCCGUCUUACACCGUGCGGCACAGGCACUAGUACUGAUGUCGUCUACAGGGCU (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))((((((((.........))).)))))...]].]]]]] .((((((((((.((.....))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).......... .((((((((((.((.....))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).......... Energy of known structure: -22.33 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -24.00 New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.783, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -24.00 .((((((((((.(([[[[[))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).....]]]]] New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -23.78 (((((((((((.((.....)))))))))))))((((((((((....)).))).)))))........... 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New DP sens: 0.577, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -19.83 New DP F-measure-avg: 0.800, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 7 > SNV GGGUUCUCCCGCCCUCCGUGAACCCAGGCUAAAAGUUAAGGUAGGGGGGC [[[[[[.[..(((((((].]]]]]]..................))))))) (((....)))(((((((....(((..(((.....)))..))).))))))) (((....)))(((((((....(((..(((.....)))..))).))))))) Energy of known structure: -14.12 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -18.10 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -18.10 (((....)))(((((((.((..((..(((.....)))..))))))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -15.85 (((....)))(((((((....(((...............))).))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.519, New DP Energy: -15.00 New DP F-measure-avg: 0.479, New DP F-measure-best: 0.519, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 2 > TMV-L GGGAUUCGAAUUCCCCCGGAACCCCCGGUUGGGGCCCA ...............[[[...((((]]]..)))).... (((........((((((((.....))))..))))))). (((........((((((((.....))))..))))))). Energy of known structure: -4.05 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.29 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.333, New DP Energy: -13.29 ((((.......))))..((..(((......)))..)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.95 (((.........(((((((.....)))...))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -11.77 (((.((((........))))..((((....))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -11.70 (((.((((........)))).((((.....))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -11.30 ((((.......))))......((((.....)))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -11.00 ((((.......)))).......((((....)))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.90 (((((....)))))...((..(((......)))..)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.65 ...........((((((((.....))))..)))).... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -10.30 (((..........))).((..(((......)))..)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.24 (((.......((((...)))).((((....))))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.00 ((((.......))))((((.....)))).......... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -9.70 (((.((((........)))).(((......))).))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.50 (((...........)))((..(((......)))..)). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -9.34 New DP F-measure-avg: 0.168, New DP F-measure-best: 0.533, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 13 > BChV GCGGCGCCGACCGCCAAACAACCGGC [[[[.((((.]]]]........)))) ..((((.....))))........... ..((((.....))))........... Energy of known structure: -4.91 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.00 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.00 ((((......))))............ New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -5.60 ((((.[[[[.))))........]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -4.91 .....((((.............)))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -3.91 .((....))...(((........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.70 New DP F-measure-avg: 0.467, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > CABYV GGCGGCGGCGACCGCCGAAACAACCGC (((((..[[[.)))))........]]] ..((((((...)))))).......... ..((((((...)))))).......... Energy of known structure: -5.71 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -10.40 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.40 .((((((((....))))......)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -10.20 (((((......)))))........... New DP sens: 0.625, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -9.80 .....((((....)))).......... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.80 New DP F-measure-avg: 0.192, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 3 > GaLV GGGUUCGGACCCCCUCCCCGAACCUAGGGUAACACUGACUGUGGAGGGG ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] (((((((([[[[.{{{{)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} (((((((([[[[.{{{{)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} Energy of known structure: -16.87 Initial sens: 0.533, Initial ppv: 0.421, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -18.11 New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -18.11 (((((((([[[[{{{{.)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -18.11 ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -16.87 ((((((((..[[[{{{{)))))))).]]]...(((.....)))..}}}} New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -16.58 ((((((((..[[[[[[.)))))))).......(((.....)))]]]]]] New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.875, New DP Energy: -16.13 ..........(((((((((.......)))...(((.....))))))))) New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -14.60 ((((....))))...((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -14.60 ((((((((.........)))))))).......(((.....)))...... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -14.40 ((((....))))...((((....(((.(((.......))).))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.70 (((........))).((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -13.20 ((((((((...[[[[..))))))))]]]]...(((.....)))...... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -13.20 ((((((((.[[[[....)))))))).......(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -13.20 .........((((...(((.......)))...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.90 (((((((([[[[.....)))))))).]]]]..(((.....)))...... New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -12.68 (((.......)))..((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.60 (((........))).((((....(((.(((.......))).))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.30 ((((((((...[[[[..)))))))).......(((.....)))..]]]] New DP sens: 0.533, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -12.30 ((((....))))(((((((.......)))...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.20 ..........(((((((((.......))..............))))))) New DP sens: 0.467, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -12.09 .........((((..(((........)))...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -12.00 New DP F-measure-avg: 0.354, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-17 agUAAUGACCAGAGGCCCAACUGGUAAACGGGCGGuc .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... ......((((....((((...........)))))))) ......((((....((((...........)))))))) Energy of known structure: -7.85 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -9.19 New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -9.19 .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -7.85 .............((((...(((.....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.60 ..............((((...........)))).... New DP sens: 0.444, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -6.59 .......(((((........)))))............ New DP sens: 0.556, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -5.80 New DP F-measure-avg: 0.560, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 4 > PLRV-W GCGGCACCGCCCGCCAAAACAAACGG ((((..[[[.)))).........]]] ((((......))))............ ((((......))))............ Energy of known structure: -2.38 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.727, Initial Energy: -5.20 New DP sens: 0.571, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -5.20 ..(((.......)))........... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.10 (((....)))(((..........))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -3.39 ((((..[[[.)))).........]]] New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -2.38 ..(((...)))............... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -1.90 New DP F-measure-avg: 0.345, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_00716; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1SJF; ORGANISM=HOMO SAPIENS AUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACACCAUUGCACUCCGGUGGUGAAUGGGAC ..(((((((...[[[[[[(((.{{.....))))))))))}}....((((..........)))).....]]]]]] .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ Energy of known structure: -27.19 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -35.05 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -35.05 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))...]]]]. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -30.27 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((..........))))........... New DP sens: 0.182, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.190, New DP Energy: -29.74 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((.....))))))))........ New DP sens: 0.318, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -29.64 ............((((((((((....((((....)))).))))..((((((((.....))))))))..)))))) New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -28.95 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((.....))))))))........ New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.55 New DP F-measure-avg: 0.131, New DP F-measure-best: 0.326, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00944; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B57; ORGANISM=SYNTHETIC GACAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGAUUAUGUC ((((((.....(((((..[..[[)))))..........((((((]]...].))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) Energy of known structure: -9.47 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.919, Initial Energy: -19.30 New DP sens: 0.850, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.919, New DP Energy: -19.30 ...........(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))........ New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -16.32 ((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..)))))) New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.905, New DP Energy: -16.02 ((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..)))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -15.44 New DP F-measure-avg: 0.790, New DP F-measure-best: 0.919, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_01009; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DU3; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GCCAGGGUGGCAGAGGGGCUUUGCGGCGGACUGCAGAUCCGCUUUACCCCGGUUCGAAUCCGGGCCCUGGC ((((((([.(((.].......)))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) Energy of known structure: -13.66 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -36.15 New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -36.15 ((((((((((.((((.((.(((((((....))))))).)).)))).))((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.468, New DP Energy: -36.10 ((((((((...((((.((.(((((((....))))))).)).))))...((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.489, New DP Energy: -34.95 (((((((..((((((...))))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -32.30 ((((((((.((((((...))))))((((((.......)))))).....((((.......)))))))))))) New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -31.10 ((((((((.((((((...))))))..((((.....((.(((........))).))...)))).)))))))) New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.435, New DP F-measure: 0.465, New DP Energy: -30.04 ((((((((......((((......((((((.......))))))...))))((.......))..)))))))) New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -29.92 New DP F-measure-avg: 0.612, New DP F-measure-best: 0.864, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01021; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EET; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUGUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACCAUGUCCa .((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..)))))).. (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -9.70 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -25.60 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.872, New DP Energy: -25.60 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..))))))). New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.826, New DP F-measure: 0.864, New DP Energy: -22.32 (((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -21.74 ...............(((((((((.((....))......((((((.......)))))).))))))))) New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.353, New DP F-measure: 0.316, New DP Energy: -20.80 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.872, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_01023; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EEV; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUACAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUGCCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGUCCa (((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -12.50 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.900, Initial Energy: -24.20 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -24.20 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..))))))). New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -20.92 New DP F-measure-avg: 0.894, New DP F-measure-best: 0.900, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00632; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 AB037947.1/775-685; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGCCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACGAUCCGAGGGGACUGUCCCUCUCGAGAAUCGGCAAAUGGGGCCCC ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((.(((((((...).))))))..).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) Energy of known structure: -25.40 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.367, Initial F-measure: 0.386, Initial Energy: -43.00 New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -43.00 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))......(((((((......)))))))......(((.......))).. New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -41.40 ...........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((......))))))).).)))).....))))))).. New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.630, New DP Energy: -41.15 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).......((((((....)))))).........(((.......))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -41.10 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((..((((((((((((......))))))).).)))).........)))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -40.49 ..(((((((.((((.(((((......))))).)))))))..((..((((((((((((......))))))).).))))))......)))).. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -40.40 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......))))))).).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.963, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.881, New DP Energy: -39.93 ..(((((((.((((.(((((......))))).)))))))......((((((((((((......))))))).).))))........)))).. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -39.90 ...........((((((((((........)))(((((...(....)..(((((((((......))))))).)).)))))...))))))).. New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -38.90 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((......))))))).).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.963, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -38.83 ...........((((((((((........)))(((((..(((......)))((((((....)))))).......)))))...))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.375, New DP F-measure: 0.353, New DP Energy: -38.20 ..((((........(((((((.((.....))....)))))))...((((((((((((......))))))).).))))........)))).. New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.423, New DP Energy: -38.00 ...........((((((((((........)))(((((...(....)....(((((((......)))))))....)))))...))))))).. New DP sens: 0.556, New DP ppv: 0.652, New DP F-measure: 0.600, New DP Energy: -37.90 ...(((((...[[[[[[[((((....((((....)))).)))).....(((((((((......))))))).)).)))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.448, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -37.77 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....(((....)))..(((((..(((.....))).....)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -37.39 ...((((((..[[[[[[[........))))))(((((...(....)..(((((((((......))))))).)).)))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -37.31 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((........((((((....))))))(((.....)))........)))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.231, New DP Energy: -37.14 .((((((((......(((((......))))).))))))))(((..((((((((((((......))))))).).)))).........))).. New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -36.99 ...(((((...[[[[[[[((((....((((....)))).)))).......(((((((......)))))))....)))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.444, New DP Energy: -36.77 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).........((((.....(((..(((.....))).....))).)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -36.69 New DP F-measure-avg: 0.433, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00636; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 M84917.1/773-684; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCUCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((((((((((...).)))))))).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. Energy of known structure: -31.55 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -42.95 New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -42.95 ...........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((......)))))))).)))).....))))))).. New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.655, New DP Energy: -41.05 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))...]]]]]]].. New DP sens: 0.964, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.900, New DP Energy: -40.19 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....((((((((......))))))))................... New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -39.65 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.964, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.931, New DP Energy: -39.09 ...((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -38.97 .((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.655, New DP Energy: -38.04 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).............. New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -37.54 ...........(((((((((((....((((....)))).))))......((((((((......))))))))..........))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -37.25 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((......)))))))).)))).............. New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -36.55 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....(((....)))..(((((..(((.......)))..)))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -36.40 ...((((((..[[[[[[[[[[[....))))))(((((..]]]]........(((((.....))))).))))).........]]]]]]].. New DP sens: 0.214, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.218, New DP Energy: -36.32 ...((((((..[[[[[[[........))))))(((.....)))..((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.643, New DP Energy: -36.07 .((((((((..[[[[[[[......[[[[[...))))))))(....)...((((((((......))))))))....]]]]].]]]]]]].. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -35.99 ...........(((((((......((((((..(((.....)))......((((((((......))))))))...)))))).))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -35.84 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -35.75 ...........(((((((((......))...(((((....(....)...((((((((......))))))))...)))))..))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.609, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -35.40 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -35.34 ...........(((((((......((((((..(((.....)))..)...((((((((......))))))))....))))).))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -35.34 ...((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......((((((((......))))))))..........]]]]]]].. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.560, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -35.17 New DP F-measure-avg: 0.555, New DP F-measure-best: 0.931, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGGGGGGUGGGCACCCGUAAUCGCUCGCA [[[[..((((((.]]]].....)))))). ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. Energy of known structure: -8.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.02 New DP sens: 1.000, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 1.000, New DP Energy: -8.02 ((((.(((((....))...))).)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -7.90 ......((((((..........)))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -7.59 ...((([[[[[[.)))......]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -7.22 ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -7.12 (((([[[[[[...))))...]]]]]]... New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -6.64 ((((((((....)))).......)))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.24 ....((((....))))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -6.10 ((((.........))))............ New DP sens: 0.400, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -5.60 ..(((........)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.10 ....((((((..........))))))... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -5.09 ...(((.......)))............. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.80 (((.((((....))))....)))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -4.75 New DP F-measure-avg: 0.307, New DP F-measure-best: 1.000, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 12