> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -24.43 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -61.44 New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -61.44 ............(((((((((......((((((....))))))......(.(((((((.........((((.......))))...((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...)).))))).)))))))))) New DP sens: 0.053, New DP ppv: 0.047, New DP F-measure: 0.049, New DP Energy: -59.70 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((..((.....))..))...((((((..(((....)))..)))))). New DP sens: 0.395, New DP ppv: 0.357, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -59.64 ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....))).)))))).. 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New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.354, New DP F-measure: 0.395, New DP Energy: -58.49 ............(((((((((...........((((.(..(((..(((((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))((((((((((....).)))))).)))((..((.....))..))...))..)))..).))))...))))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.261, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -58.27 ....(((((..((.((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))....((.((....)).)).)).........))))).((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.255, New DP F-measure: 0.282, New DP Energy: -58.19 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).)).(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) 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New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.255, New DP F-measure: 0.282, New DP Energy: -57.15 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).))..(((((......((....))..((..((.....))..))....)))))..(((....)))))))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -56.94 ............(((((((((......((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))....(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.227, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -56.74 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))...((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.289, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -56.73 ...........(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))..(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -56.69 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............)))))(((((((..(((....)))..))))))) New DP sens: 0.421, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.376, New DP Energy: -56.68 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............))))).((((((..(((....))).)))))).. New DP sens: 0.289, New DP ppv: 0.239, New DP F-measure: 0.262, New DP Energy: -56.38 ............(((((((((..((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...(((....)))))))))))) New DP sens: 0.237, New DP ppv: 0.205, New DP F-measure: 0.220, New DP Energy: -56.18 New DP F-measure-avg: 0.272, New DP F-measure-best: 0.395, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -20.29 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -62.90 New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.218, New DP F-measure: 0.255, New DP Energy: -62.90 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.264, New DP Energy: -62.34 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.226, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -61.29 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((............))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.240, New DP F-measure: 0.270, New DP Energy: -60.73 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -60.60 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.288, New DP F-measure: 0.330, New DP Energy: -60.04 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).))))).))))..(..((....))..)(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.436, New DP ppv: 0.340, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -59.94 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.549, New DP Energy: -59.79 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((.(((....))).))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.479, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -59.69 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.....((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.258, New DP Energy: -59.30 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.510, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -59.23 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.511, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -59.13 .......(((.....((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))(((.(((........))))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.590, New DP ppv: 0.434, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -59.09 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -58.99 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -58.79 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.385, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -58.43 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -58.23 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -58.18 ...............((((((.(((((.....))))).....))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.538, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -58.15 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New DP sens: 0.308, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.264, New DP Energy: -58.10 New DP F-measure-avg: 0.402, New DP F-measure-best: 0.568, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.655, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -76.42 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.729, New DP Energy: -76.22 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -75.61 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -75.41 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.589, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -75.32 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -75.12 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -75.01 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.648, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -74.81 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.809, New DP Energy: -74.72 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -74.62 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.425, New DP ppv: 0.327, New DP F-measure: 0.370, New DP Energy: -74.53 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -74.52 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -74.42 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.350, New DP ppv: 0.280, New DP F-measure: 0.311, New DP Energy: -74.33 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -73.91 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.577, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -73.71 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.950, New DP ppv: 0.731, New DP F-measure: 0.826, New DP Energy: -73.31 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New DP sens: 0.975, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -73.21 New DP F-measure-avg: 0.719, New DP F-measure-best: 0.848, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -57.34 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).).....(.((......)).)..)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.467, New DP Energy: -57.14 ((((((((((((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)......))))...........)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -57.09 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.631, New DP Energy: -56.78 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).........((((..(((.....))).((((.(((.........(((..(((((((.(((..(((((...)))))...))).)).)).)))..)))(((((((....))))))).......))).))))..))))...)))))) New DP sens: 0.389, New DP ppv: 0.362, New DP F-measure: 0.375, New DP Energy: -56.75 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.472, New DP Energy: -56.69 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -56.64 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -56.38 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).......((((((((....))))))))(.((.....((....)))).)..)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.463, New DP Energy: -56.14 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.490, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -55.99 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.431, New DP F-measure: 0.446, New DP Energy: -55.94 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -55.78 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -55.73 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.......(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -55.64 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))((((.....(((...(((...)))..)))......))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New DP sens: 0.593, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -55.39 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))..(((..((((......))))..)))..(((((...)))))....((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -55.39 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New DP sens: 0.463, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.459, New DP Energy: -55.29 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New DP sens: 0.648, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -55.08 New DP F-measure-avg: 0.501, New DP F-measure-best: 0.660, New DP best-subopt: 19, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. Energy of known structure: -19.11 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -29.10 New DP sens: 0.560, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -29.10 .......(((((((((......((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -28.90 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.536, New DP Energy: -28.35 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -28.30 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). 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New DP sens: 0.240, New DP ppv: 0.214, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -26.05 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.760, New DP ppv: 0.633, New DP F-measure: 0.691, New DP Energy: -25.99 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New DP sens: 0.480, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -25.85 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.395, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -25.69 .(((............)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -25.69 .(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -25.59 New DP F-measure-avg: 0.584, New DP F-measure-best: 0.906, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -56.16 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -78.15 New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -78.15 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.864, New DP ppv: 0.623, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -77.90 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -77.44 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).........(((.((.(((..(((((((((....)))))))).)..))).)))))......((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.659, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.569, New DP Energy: -74.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.523, New DP F-measure: 0.624, New DP Energy: -72.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...((((((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).)))).(((((((.........))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.492, New DP F-measure: 0.587, New DP Energy: -71.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).....((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.604, New DP Energy: -71.54 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.635, New DP Energy: -70.84 ........((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.582, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -70.70 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.538, New DP Energy: -69.65 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.654, New DP Energy: -69.44 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.491, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -69.40 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.19 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.19 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))((((((((((....)))))))).))................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.596, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -69.09 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.682, New DP ppv: 0.545, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -69.09 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.705, New DP ppv: 0.508, New DP F-measure: 0.590, New DP Energy: -69.04 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))................(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.772, New DP Energy: -68.94 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((((..((.(((((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))).))....((((.....)))).)))))). New DP sens: 0.477, New DP ppv: 0.328, New DP F-measure: 0.389, New DP Energy: -68.89 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -68.74 New DP F-measure-avg: 0.631, New DP F-measure-best: 0.772, New DP best-subopt: 17, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -50.34 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.244, Initial F-measure: 0.247, Initial Energy: -54.50 New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -54.50 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -52.85 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -52.29 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -52.00 ((((.(((............((((......)))).(((..(((.(...((((....))))....).))).)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -51.89 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -51.80 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -51.69 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))........)))).....(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -51.66 ..(((.....(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))....)))(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -51.15 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -50.95 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -50.85 ..(((..(..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........)..)))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.274, New DP Energy: -50.84 .....(((((..........((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -50.52 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -50.22 ..((((....(((((....[[[[[[....{{{{{.....)))))....[[[[))))]]]]......((.....)).]]]]]]..}}}}}(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.405, New DP Energy: -49.95 ((((.(((............((((......)))).(((...)))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -49.65 ..((((....(((((..............[[[[[.....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..]]]]](((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -49.63 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -49.37 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -49.20 ....................((((......))))..(((((.(((...((((....))))....((((......)))).))).))))).(((....))).......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.250, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.274, New DP Energy: -48.75 New DP F-measure-avg: 0.289, New DP F-measure-best: 0.711, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -49.09 Initial sens: 0.780, Initial ppv: 0.744, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -52.20 New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -52.20 ......((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.780, New DP F-measure: 0.780, New DP Energy: -51.91 ......((((.((.(((..((((((..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -50.46 (((((.........(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.780, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.790, New DP Energy: -49.18 ......((((.((.(((..((((((....((((..(.((((..(((..((.....)).))).)))).).....))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.585, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.608, New DP Energy: -41.96 New DP F-measure-avg: 0.701, New DP F-measure-best: 0.810, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG .(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -53.39 Initial sens: 0.795, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -56.05 New DP sens: 0.795, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -56.05 ......((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.795, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -55.76 ......((((.((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.841, New DP ppv: 0.860, New DP F-measure: 0.851, New DP Energy: -55.20 ..(((((......))))).((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -53.51 (((((..........((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.421, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -46.86 New DP F-measure-avg: 0.640, New DP F-measure-best: 0.851, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((...(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -46.27 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -52.55 New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -52.55 ..(((((......)))))..((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -50.75 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -50.50 .....((((((((((((...((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......))))............)))).......))))))))... New DP sens: 0.372, New DP ppv: 0.432, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -49.59 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.535, New DP ppv: 0.605, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -48.01 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.349, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.380, New DP Energy: -47.05 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.146, New DP Energy: -46.55 ((((((((((..........(((((...)))))((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).)))).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.308, New DP F-measure: 0.293, New DP Energy: -46.40 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.302, New DP ppv: 0.382, New DP F-measure: 0.338, New DP Energy: -45.14 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New DP sens: 0.349, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.380, New DP Energy: -45.00 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((...........))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.093, New DP ppv: 0.108, New DP F-measure: 0.100, New DP Energy: -44.64 ((((([[[[[[[[.(((..(((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))..))))))))............((((....))))....]]]]]]]]... New DP sens: 0.465, New DP ppv: 0.476, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -44.61 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New DP sens: 0.140, New DP ppv: 0.154, New DP F-measure: 0.146, New DP Energy: -44.50 (((((....(((((......(((((...))))).(((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.316, New DP F-measure: 0.296, New DP Energy: -44.49 .....((((((((........((((..((((..((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))...((((.......)))).......))))))))........))))))))... New DP sens: 0.047, New DP ppv: 0.059, New DP F-measure: 0.052, New DP Energy: -44.15 ((((((((((...((((...(((((...)))))..))))..((((...........))))....((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -43.99 New DP F-measure-avg: 0.400, New DP F-measure-best: 0.627, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -42.11 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -50.29 New DP sens: 0.310, New DP ppv: 0.342, New DP F-measure: 0.325, New DP Energy: -50.29 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -49.19 (((((.....((((.(....))))).........(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.260, New DP Energy: -48.34 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((.(((..(((..((....(((((...((((...))))..)))))..)).)))..))).))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -47.94 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -47.34 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..((((((.((......(((......)))..))))))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -46.99 (((((((...((((.(....))))).))......(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.238, New DP ppv: 0.270, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -46.84 ((((((((((((((.(....)))))..(..((..((.(((..((((..((....))))))..))).))..))..).....)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -43.96 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -48.50 New DP sens: 0.698, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -48.50 ......((((.(((.(...(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.721, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -47.96 ((((((((...(....)..((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..)))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.698, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -47.66 ((((((((((.....(((((((((......))).....))))))....((((((....)))))).((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -47.10 ......((((.(((.(...(((((((.((((.((((....))))....((((((....)))))).......)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -52.90 Initial sens: 0.814, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.805, Initial Energy: -56.99 New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.805, New DP Energy: -56.99 ......((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -56.70 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.814, New DP ppv: 0.854, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -53.97 ......((((.((.(((..(((((((.((((...........((((..((....))..))))........)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.605, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.658, New DP Energy: -53.51 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -51.36 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.690, Initial F-measure: 0.690, Initial Energy: -58.04 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.690, New DP Energy: -58.04 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -57.75 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.585, New DP Energy: -56.05 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.707, New DP Energy: -55.70 (((((.........(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -55.02 ((((((((((.((((....).)))....((((..((.(((..((((..((....))))))..))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.381, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.395, New DP Energy: -53.49 ...((((......))))..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -53.35 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -52.70 ((((((((((.((((....).)))....((((..........((((..((....))))))....(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -51.30 .........((((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.590, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -51.10 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.458, New DP Energy: -51.00 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.475, New DP Energy: -50.65 .((((......((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.452, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.487, New DP Energy: -50.50 ......((((.((.(((..(((((((..(((...........((((..((....))))))..........)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -50.40 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.341, New DP F-measure: 0.337, New DP Energy: -50.10 (((((..............(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -49.61 New DP F-measure-avg: 0.561, New DP F-measure-best: 0.716, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -36.65 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -44.19 New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.233, New DP Energy: -44.19 ...((((......)))).....(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.244, New DP F-measure: 0.238, New DP Energy: -43.49 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -43.25 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -42.90 ...((((......))))..........(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -42.00 ((((((((((...((((...(.((.....)).)...))))...((((.((..(((((.(....).)))))))))))....)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.256, New DP F-measure: 0.244, New DP Energy: -41.30 (((((((((((((...((..(.((.....)).)...))..((((((..((.....))..)))))).....))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -40.34 ((((((((((...((((...(.((.....)).)...))))((((((..((....))...))))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.279, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -39.00 ((((((((((((((.(....)))))..(((((..........((((((....))))))..)))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.278, New DP F-measure: 0.253, New DP Energy: -38.16 ...((((...(((.((...((.(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..)))..)).))).(((.........))))))).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -37.29 ..((((....((((.(....)))))..........(((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..))))))))))).................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -37.15 ((((((((((...........((((((..................))))))((((((.(....).)))))).........)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.303, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -37.01 (((((..............(((((((.((((...((....((((((..((.....))..)))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.512, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -36.76 ((((((((((((((.(....)))))....((((((................))))))......((((...))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.233, New DP ppv: 0.286, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -36.68 ...((((......))))..(((((((.((((...((....((((((..((.....))..)))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.512, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.537, New DP Energy: -36.65 (((((.....((((.(....)))))[.[[[[[..[[[[[[[[.[[[[.[[..[[[[[...)))))]]]]]]]]]]]..]]]]]]]].]]]]].]............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -21.31 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -24.68 New DP sens: 0.833, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -24.68 ...........((((((.......................((((((..........)))))).))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -21.75 ...........((((((......(((((..............)))))................))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.711, New DP Energy: -21.48 .....((((..[[[[[[...........................))))..........(((((]]]]]].....)))))......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -21.40 ...........((((((.((...(((((..............)))))..)).......[[[[[)))))).....]]]]]......((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -20.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -24.70 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.696, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -24.70 ...((((....((((((......(((........)))....((((......))))...))))))............))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -22.80 ........(((((((((......(((........)))....((((......))))...))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.99 ...........((((((........................((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -21.43 .(((.......((((((......(((........)))....((((......))))...))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -21.25 New DP F-measure-avg: 0.712, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.89 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -23.25 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -23.25 ...........((((((................((((..........))))............))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -20.78 ........(((((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.773, New DP ppv: 0.708, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -20.54 .(((.......((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. 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Energy of known structure: -23.25 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -24.45 New DP sens: 0.952, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.976, New DP Energy: -24.45 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.895, New DP Energy: -24.00 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.905, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.884, New DP Energy: -23.45 ...((((...(((((((........................................)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -22.39 .(((......(((((((........................................))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -20.81 New DP F-measure-avg: 0.873, New DP F-measure-best: 0.976, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -30.94 New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.200, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -30.94 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].............}}}}}((((((((....))))))))... New DP sens: 0.609, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.528, New DP Energy: -29.55 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......)))))).....((((..]]]]]].[[[[[.......}}}}}.............))))]]]]]. New DP sens: 0.261, New DP ppv: 0.194, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -28.82 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}...(((((....)))))))))). New DP sens: 0.478, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -28.34 ...........((((((..(((.....((((((..((........))..))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.435, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.417, New DP Energy: -22.27 New DP F-measure-avg: 0.438, New DP F-measure-best: 0.760, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.59 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -27.55 New DP sens: 0.826, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.745, New DP Energy: -27.55 ...........((((((..............(((.(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -24.72 ...........((((((..........(((.....................)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -24.54 .(((.......((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.783, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -24.10 ...........((((((..........(((.((...............)).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.762, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -23.75 New DP F-measure-avg: 0.719, New DP F-measure-best: 0.762, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.66 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -24.69 New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -24.69 ...........(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.810, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.739, New DP Energy: -23.65 .(((...............(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.449, New DP Energy: -21.54 .(((.......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -21.24 ...................(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).........((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.762, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -19.83 New DP F-measure-avg: 0.596, New DP F-measure-best: 0.739, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.94 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -55.45 New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -55.45 ..(((((......)))))..((((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.634, New DP Energy: -53.65 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -53.40 ((((((((((.((((....)).))....((((..........((((..((.....))..))))..(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.286, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.304, New DP Energy: -52.20 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.548, New DP ppv: 0.561, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -46.88 New DP F-measure-avg: 0.446, New DP F-measure-best: 0.634, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -76.51 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -89.33 New DP sens: 0.860, New DP ppv: 0.768, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -89.33 .((((((((..((((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.980, New DP ppv: 0.875, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -86.92 .((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.880, New DP ppv: 0.786, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -86.58 .((((((((....(((((((((((..((((..(.(..((....))..).).....(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). 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New DP sens: 0.620, New DP ppv: 0.585, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -81.88 ....(((((((..(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -81.88 .((((((((........(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.900, New DP ppv: 0.865, New DP F-measure: 0.882, New DP Energy: -81.28 .((((((((..(((((((((((((..((.(....).)).))))))).[[[[[...[[[[[.[[[[[[[..)))))).(((((...]]]]]]].]]]]].]]]]]...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.463, New DP F-measure: 0.481, New DP Energy: -80.25 .((((((((((((.(.((((((((..((.(....).)).))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.755, New DP F-measure: 0.777, New DP Energy: -80.03 .((((((((....(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -79.88 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...)).......)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -79.78 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -79.58 New DP F-measure-avg: 0.702, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -41.38 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -41.34 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).............(((((...))))).............)))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -41.05 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((....(((...)))....(((((...)))))...))))))....)))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.371, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -40.90 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). 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New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -38.85 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.657, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -38.53 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((....(((...)))....((((....))))....))))))....)))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.235, New DP F-measure: 0.239, New DP Energy: -38.50 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.576, New DP ppv: 0.514, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -38.49 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -38.25 ((((((((((...(.(((..((.....))..))).).(((((...((....))...(((....))).....)))))...(((((...))))).............)))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -38.15 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -38.03 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).))(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.485, New DP Energy: -37.99 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...(((...)))...((((((....))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.581, New DP Energy: -37.73 New DP F-measure-avg: 0.513, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). Energy of known structure: -33.97 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -41.95 New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.444, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -41.95 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.474, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -41.55 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -40.65 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.522, New DP Energy: -40.35 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.441, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -40.25 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -39.30 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......(((((((((((((...))).)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -39.10 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -38.65 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.406, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -38.10 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -37.83 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((((....))))...(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -37.80 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -37.75 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.545, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -37.53 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New DP sens: 0.394, New DP ppv: 0.382, New DP F-measure: 0.388, New DP Energy: -37.45 (((((..........((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))(((((..(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.405, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -37.35 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -37.15 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))......((((((((((...))).)))))))........(((((....)))))..))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.222, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -37.05 (((((((((...(((((.(.(....).))))))......(((....)))..))))....((((((((((...))).))))))).(((((..(((((....))))).)))))))))). New DP sens: 0.152, New DP ppv: 0.128, New DP F-measure: 0.139, New DP Energy: -36.60 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...))))))...(((...)))....(((((....)))))..............))))))))). New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -36.55 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...(((((...((.(((((....))))).))..((......)).))))).....))))))))). New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.229, New DP F-measure: 0.235, New DP Energy: -35.95 New DP F-measure-avg: 0.441, New DP F-measure-best: 0.781, New DP best-subopt: 7, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... Energy of known structure: -15.29 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.04 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -22.04 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.417, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -21.49 .....((((((.(((...........................((((((((...........))))))))...........((((....))))))).)))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -21.34 .......((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -20.64 .....((((((.(((.........((((..((..........((((((((...........)))))))).((....))..))...))))...))).)))).)).... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -19.95 ........................(((((.............((((((((...........))))))))...........((((....))))....)))))...... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.59 New DP F-measure-avg: 0.079, New DP F-measure-best: 0.476, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.379, Initial F-measure: 0.393, Initial Energy: -31.83 New DP sens: 0.407, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -31.83 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -29.08 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.480, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -27.63 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New DP sens: 0.222, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -25.73 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). 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New DP sens: 0.481, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -23.59 New DP F-measure-avg: 0.446, New DP F-measure-best: 0.549, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -21.10 New DP sens: 0.885, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.902, New DP Energy: -21.10 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -20.30 .(((((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.846, New DP ppv: 0.815, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -19.80 .......((((.(((.((...(((..((((.((.(((((.((..((.(.....).))...)).))))).)).).)))..)))...))....))).))))....... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -18.00 ..........((((......(((..............................)))......))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.744, New DP Energy: -17.62 .(((......((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).)))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.760, New DP Energy: -17.16 New DP F-measure-avg: 0.678, New DP F-measure-best: 0.902, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.59 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -33.28 New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -33.28 ......((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -32.99 ......((((.(((.(....(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -32.99 .........((((.......(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.811, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -30.99 .........((((.......(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -30.99 ......((((.(((.(.......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.419, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -30.91 ......((((..........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.541, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -29.97 ......((((..........(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -29.97 .........((((..........((((((((...(((((........)))))..)))))))).........))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -28.64 ......((((.............((((((((...(((((........)))))..))))))))..........)))).............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -28.21 ...((((......))))..((((((((((((..((((.((.....)).))))..)))))))........)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -28.09 ...((((......))))......((((((((...(((((........)))))..))))))))...........................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -27.80 ...((((..[[[[))))......((((((((...(((((........)))))..)))))))).........]]]]..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.459, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -26.94 New DP F-measure-avg: 0.630, New DP F-measure-best: 0.896, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -27.33 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -32.59 New DP sens: 0.893, New DP ppv: 0.893, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -32.59 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.830, New DP Energy: -31.84 .(((((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.828, New DP Energy: -31.59 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.741, New DP Energy: -31.43 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -31.42 ..........((((((((..............(((.....)))..............))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -30.84 ...((((...((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.786, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.772, New DP Energy: -30.53 ...((((...((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -30.11 ..........((((((((((............(((.....)))...........)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.870, New DP F-measure: 0.784, New DP Energy: -29.96 ...((((...((((((((..............(((.....)))..............))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.720, New DP F-measure: 0.679, New DP Energy: -29.53 .(((......((((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -28.95 ...((((...((((((((((............(((.....)))...........)).))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -28.65 .(((......((((((((......((......(((.....))).....)).......)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -28.53 .(((......((((((((..............(((.....)))..............)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -27.95 .(((......((((((((((............(((.....)))...........)).)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.679, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.717, New DP Energy: -27.07 New DP F-measure-avg: 0.758, New DP F-measure-best: 0.893, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.36 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -20.15 New DP sens: 0.741, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -20.15 ..........((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -19.50 ..........((((((((((((.......((((((...)))))).....)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -18.86 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.630, New DP ppv: 0.773, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -17.12 New DP F-measure-avg: 0.639, New DP F-measure-best: 0.694, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.66 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -56.94 New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.841, New DP Energy: -56.94 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -52.49 .........((((......((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.768, New DP ppv: 0.878, New DP F-measure: 0.819, New DP Energy: -52.00 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.780, New DP F-measure: 0.736, New DP Energy: -51.25 .........((((......((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.768, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.843, New DP Energy: -50.76 .........((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -49.75 ..((((........))))..........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))......(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).))))).....((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.393, New DP ppv: 0.449, New DP F-measure: 0.419, New DP Energy: -49.15 .....((((((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......)))))).))).......))))).....................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.393, New DP ppv: 0.489, New DP F-measure: 0.436, New DP Energy: -48.94 .........((((.((((((........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))............))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.591, New DP F-measure: 0.520, New DP Energy: -48.45 ..((((........)))).......((((((........(((((..(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).)))))....))))).(((((....))))))))))) New DP sens: 0.304, New DP ppv: 0.309, New DP F-measure: 0.306, New DP Energy: -47.95 .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))).. New DP sens: 0.661, New DP ppv: 0.740, New DP F-measure: 0.698, New DP Energy: -47.73 .........((((..((((((.......(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))))))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.464, New DP ppv: 0.553, New DP F-measure: 0.505, New DP Energy: -47.45 .........((((.((((...........))))..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.602, New DP Energy: -47.44 ..((((........)))).((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.607, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -46.69 .........((((.((((...........))))..((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.705, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -46.20 .........((((......((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -33.00 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -35.44 New DP sens: 0.906, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.951, New DP Energy: -35.44 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.812, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -34.69 .(((........(((((..((((........(((((.....)))))......))))...))))))))..............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.814, New DP Energy: -34.28 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.594, New DP ppv: 0.760, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -31.53 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -24.34 New DP F-measure-avg: 0.869, New DP F-measure-best: 0.966, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... Energy of known structure: -21.63 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -27.77 New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.182, New DP F-measure: 0.203, New DP Energy: -27.77 .(((.......((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}....)))]]]]]]]]]...}}}}}....... New DP sens: 0.231, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.207, New DP Energy: -26.62 ...........((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}......((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -25.75 ...........((((((.(((((.((....)).))))).....((((..(.....)..))))....))))))................((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.615, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.593, New DP Energy: -24.71 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). 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Energy of known structure: -18.75 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -24.38 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -24.38 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -23.38 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New DP sens: 0.731, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -23.38 ...((((...(((((((((((((.....................))))))........)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -22.32 .(((........(((((((((((.....................))))))........))))))))..............((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.654, New DP ppv: 0.630, New DP F-measure: 0.642, New DP Energy: -19.83 New DP F-measure-avg: 0.659, New DP F-measure-best: 0.769, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.85 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -36.93 New DP sens: 0.886, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -36.93 ..........(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -35.08 ..........(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -33.79 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....((.(((.....))).))...((((((((((....)))))))))). New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.735, New DP Energy: -31.65 .((((.(((....)))............((((..((..((....))..))..)))).)))).((.(.((((((....)))))).).)).((((((((((....)))))))))). 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New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -30.55 New DP F-measure-avg: 0.708, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -27.80 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -29.00 New DP sens: 0.973, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.986, New DP Energy: -29.00 ..........((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.865, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -26.90 ..........((((.....(((((((((((((.....((((....)))).....))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.811, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -25.65 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New DP sens: 0.730, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -24.70 ........((((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..)).............((((((.((.....))))))))))))... 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New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -23.22 New DP F-measure-avg: 0.750, New DP F-measure-best: 0.986, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -24.55 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -28.89 New DP sens: 0.941, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.970, New DP Energy: -28.89 ..........((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.824, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.903, New DP Energy: -26.79 ..........((((.....(((((((((((((...................))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.867, New DP Energy: -24.60 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -24.59 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..((..(((......(((((...))))))))..)).......))))... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.517, New DP F-measure: 0.476, New DP Energy: -24.04 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..(((((((......(((((...)))))))))))).......))))... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.484, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -23.59 New DP F-measure-avg: 0.727, New DP F-measure-best: 0.970, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). Energy of known structure: -55.93 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -63.33 New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -63.33 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -61.84 .....(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.686, New DP Energy: -59.53 ((((.(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -59.53 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -58.64 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.649, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -58.04 ((((.(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -56.33 .....(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... 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New DP sens: 0.757, New DP ppv: 0.903, New DP F-measure: 0.824, New DP Energy: -52.89 ((((.(((((((......(((((((.....))).........(((....)))........)))).......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -52.57 .....(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -52.53 ((((.(((((((......(((((((......)).........(((....)))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -52.37 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New DP sens: 0.703, New DP ppv: 0.839, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -51.83 ((((.((((((((((.((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).)).))).........(((((....)))))............))))))))))). New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -51.11 New DP F-measure-avg: 0.689, New DP F-measure-best: 0.928, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -86.73 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -97.35 New DP sens: 0.933, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.894, New DP Energy: -97.35 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.820, New DP F-measure: 0.863, New DP Energy: -93.95 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.956, New DP ppv: 0.956, New DP F-measure: 0.956, New DP Energy: -92.13 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New DP sens: 0.911, New DP ppv: 0.911, New DP F-measure: 0.911, New DP Energy: -89.53 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) 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New DP sens: 0.644, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -78.15 New DP F-measure-avg: 0.783, New DP F-measure-best: 0.956, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). Energy of known structure: -61.93 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -73.79 New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.732, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -73.79 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.769, New DP Energy: -72.30 (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.683, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -71.39 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -70.39 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.718, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -69.90 (((.(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.737, New DP Energy: -69.10 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.769, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -68.96 ....(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -68.90 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... 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New DP sens: 0.872, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.907, New DP Energy: -66.06 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.718, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.757, New DP Energy: -65.76 ....(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.641, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.685, New DP Energy: -65.70 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New DP sens: 0.692, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -65.56 ....(((((......((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.533, New DP Energy: -65.29 ....(((((......((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New DP sens: 0.513, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -63.80 (((.(((((((......((((((.......((((..((.....))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -63.66 (((.(((((((.(((((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...)))))))..((....))))))).((((((.((....))))))))...........)))))))))). New DP sens: 0.564, New DP ppv: 0.550, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -63.40 New DP F-measure-avg: 0.710, New DP F-measure-best: 0.907, New DP best-subopt: 12, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -25.73 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -39.26 New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -39.26 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -39.10 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -38.21 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New DP sens: 0.812, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -36.62 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -36.16 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -35.73 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -35.45 ((((((((((((((......((((((....)....(((....)))........)))))......(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.312, New DP ppv: 0.312, New DP F-measure: 0.312, New DP Energy: -34.25 (((((((((((((((...((((((((.......((((.............))))........))))))))..(((......((((....)))).....))).).)))))))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -34.08 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.467, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -33.76 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).(((.(((........))).)))...((((....))))...........)))))))))))))) New DP sens: 0.438, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -32.30 New DP F-measure-avg: 0.586, New DP F-measure-best: 0.800, New DP best-subopt: 3, New DP num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -49.45 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -48.52 (((((((((......(((((.......)))))(((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))).........))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -46.65 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.697, New DP Energy: -46.28 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -45.93 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -45.62 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.719, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -45.61 (((((((((.......(((((.......((((((((((((((..((..(......((((....))))....)..))..))))))))).))))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -45.56 (((((((((......(((((.......))))).......................((((....))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -45.20 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -44.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -44.00 (((((((((........(((.......)))(((((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))))).......))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -43.85 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((...(((..((((....))))(((((....)))))))).)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -43.45 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -43.38 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -43.37 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -43.23 New DP F-measure-avg: 0.545, New DP F-measure-best: 0.841, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. Energy of known structure: -41.76 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -52.38 New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.725, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -52.38 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -50.57 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -48.57 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.817, New DP Energy: -47.66 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -47.42 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -46.51 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.841, New DP Energy: -46.43 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -45.92 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -45.66 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.649, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -44.77 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -44.51 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -44.43 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -43.92 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.906, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -43.52 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.629, New DP F-measure: 0.629, New DP Energy: -42.77 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))..((((((...............))))))..((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -42.07 New DP F-measure-avg: 0.749, New DP F-measure-best: 0.866, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). Energy of known structure: -43.26 Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -54.59 New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.674, New DP F-measure: 0.734, New DP Energy: -54.59 ((((((((((......((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.659, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -54.59 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.707, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -52.78 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -51.46 (((((((((((...((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -51.09 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -50.81 ((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.709, New DP Energy: -49.29 ((((((((((..................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..)))))))((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.436, New DP F-measure: 0.453, New DP Energy: -49.05 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.744, New DP F-measure: 0.773, New DP Energy: -49.03 (((((((((((.....((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.703, New DP Energy: -47.42 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -47.06 ((((((((((.((...((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.722, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.693, New DP Energy: -46.12 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -46.09 (((((((((((.................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..))))))).(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.427, New DP Energy: -45.95 ((((((((((........((((............))))...(((..(((.........))))))..(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.459, New DP F-measure: 0.466, New DP Energy: -45.94 ((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).....)))))))))))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.632, New DP F-measure: 0.649, New DP Energy: -45.09 ((((((((((........((((......)))).(((((..................((((....)))).......((.((.((((((....)))))).)).))..))))))))))))))). New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -44.85 ((((((((((.((...............(((((.((.(((..(((.....)))..)))..))))))).(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New DP sens: 0.444, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.421, New DP Energy: -44.65 ((((((((((........((((............))))...(((..(((.........))))))..(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.479, New DP Energy: -44.13 New DP F-measure-avg: 0.628, New DP F-measure-best: 0.773, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -40.80 New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.472, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -40.80 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -40.21 (((((((((......((((((..................))))))...(.((((((....)))))).).(((.....((((((.((....))))))))......)))..))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -38.81 (((((((((....................(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))....))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -38.46 (((((((((................................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -37.70 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))...........((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -36.66 (((((((((.......(((((..................)))))((((..((((((....))))))..............(((.((....)).))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.355, New DP Energy: -36.36 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).((((..((((((....))))))..............(((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.297, New DP F-measure: 0.314, New DP Energy: -35.70 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -35.59 (((((((((...((.((.(((...........(((((....(((((....((((((....))))))...))))).......((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -35.49 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).....(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.459, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -35.30 (((((((((......(((((.....(((..(((...))).)))..............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -35.21 (((((((((...............(((((............(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))..(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.290, New DP F-measure: 0.281, New DP Energy: -34.36 (((((((((...((.((.(((...(((((............(((((....((((((....))))))...))))).......)))))....((....))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.269, New DP Energy: -34.35 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.......(((((......)))))..........((....))..)))))..........))))))))).. New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.367, New DP Energy: -34.16 .(((((..........)))))........(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))............... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.267, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -33.79 (((((((((........................((((((..(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -33.57 (((((((((...((.((.(((............((((((..(((((....((((((....))))))...))))).......))))))...((....))..))).)).))))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -33.56 .(((((..........)))))...................((((......((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))....)))).... New DP sens: 0.364, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -33.04 (((((((((....................(((((..............(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..)))))....))))))))).. New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -32.86 New DP F-measure-avg: 0.420, New DP F-measure-best: 0.788, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -35.01 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -42.74 New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -42.74 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -41.98 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -41.51 ((((((((((.......((((....((.((((((......))..))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -41.19 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -40.58 ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -40.49 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.656, New DP Energy: -40.11 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -39.73 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -39.43 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.697, New DP ppv: 0.793, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -39.26 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -38.96 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -38.08 ((((((((((...(((.((((...(.((((....)))))...............))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. 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New DP sens: 0.333, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -36.64 ((((((((((......(((((....((.((((............))))))....)))).).....((((...)))).((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -36.28 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -36.04 ((((((((((........((....))..((((............))))...............(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.677, New DP Energy: -35.89 New DP F-measure-avg: 0.683, New DP F-measure-best: 0.831, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -47.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -57.12 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -57.12 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -55.31 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -54.72 ((((((((((...(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -54.62 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -53.91 (((((((((.((.(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.692, New DP F-measure: 0.730, New DP Energy: -53.12 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.824, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -52.40 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -51.81 ((((((((((...(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.761, New DP Energy: -51.71 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.794, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -51.61 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.811, New DP Energy: -51.32 ((((((((((.....(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -50.72 (((((((((.((.(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -50.21 (((((((((.((...(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.703, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -49.42 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((.....))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.694, New DP Energy: -49.32 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -48.70 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -48.41 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((((...((.....)).)))))))..((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -47.97 ((((((((((.....(((((((......((((............)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.754, New DP Energy: -47.81 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -47.62 New DP F-measure-avg: 0.758, New DP F-measure-best: 0.833, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -32.84 New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.344, New DP F-measure: 0.361, New DP Energy: -32.84 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.367, New DP F-measure: 0.373, New DP Energy: -31.44 .((((((((........(((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).)))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -30.84 .((((((((.........((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -30.16 .((...(((......)))..))....(((((...........(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.111, New DP F-measure: 0.107, New DP Energy: -28.88 ..........(((((((.(.....).))..............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.120, New DP F-measure: 0.111, New DP Energy: -28.85 .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -28.71 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -28.59 .((...(((......)))..))....(((((...((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))........)))))........ 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New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -27.90 ....((((.(((((..........))))))))).........(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))...(((.(...).)))... New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.100, New DP F-measure: 0.102, New DP Energy: -27.84 .((((((((......((((((..............(((.((....)).))).....))))))...((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New DP sens: 0.759, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -27.37 .((...(((......)))..))....(((((...................(((((.((((......)))).))))).((.(..(((....)))..).)).......)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.120, New DP F-measure: 0.111, New DP Energy: -27.36 .((((((((.((((..........))))..............((.((...(((((.((((......)))).)))))..)))).(((....)))................)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.393, New DP F-measure: 0.386, New DP Energy: -27.34 .((((((((.((((..........))))......................(((((.((((......)))).))))).......(((....)))................)))))))).. New DP sens: 0.379, New DP ppv: 0.458, New DP F-measure: 0.415, New DP Energy: -27.14 .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((..........(((....)))........)))))))))))))))).. New DP sens: 0.552, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -26.92 .((...(((......)))..))....(((((...........((.((...(((((.((((......)))).)))))..)))).(((....))).............)))))........ New DP sens: 0.103, New DP ppv: 0.115, New DP F-measure: 0.109, New DP Energy: -26.80 New DP F-measure-avg: 0.369, New DP F-measure-best: 0.767, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... Energy of known structure: -34.18 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -38.79 New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.789, New DP Energy: -38.79 ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -38.24 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.722, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -37.09 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -36.51 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -36.26 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{((....))..]]]]]]...))))).}}}}}...... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -35.25 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))....(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -35.24 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -35.11 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))))))).(((..(((((((...((((....))))..((....))..)))))))))).... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.464, New DP Energy: -34.89 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -34.09 .............(.((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -33.79 ...............((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))..(((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))).......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -33.79 ....(((((..((((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))..((((...............((((....))))))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.606, New DP Energy: -33.76 ....(((((..(((((...........((((...(((((((((..(((((.((.....)).)).)))...)))))....)))).((....))..))))...)))))...)))))...... New DP sens: 0.206, New DP ppv: 0.219, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -33.74 .............((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))........... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.687, New DP Energy: -33.59 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.656, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -33.54 .....((((..[[[[[(((((....(((((((((......))..))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.417, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -33.54 ...............((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))((.((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.636, New DP F-measure: 0.627, New DP Energy: -33.39 ....(((((..(((((................(((((.(((((..(((((.((.....)).)).)))...))))).......((((....)))).))))).)))))...)))))...... New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.258, New DP F-measure: 0.246, New DP Energy: -33.28 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))....(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -33.26 New DP F-measure-avg: 0.621, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -39.86 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -44.42 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.861, New DP Energy: -44.42 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.849, New DP Energy: -42.32 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -40.74 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -40.32 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -39.97 (((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.389, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -38.80 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.968, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -38.74 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.771, New DP Energy: -38.45 .(((((..........)))))...((((.(((((((......(((((((..(((((....)))))))).))))......((((.((....))))))))))..)))..))))......... New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -37.89 (((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.618, New DP Energy: -37.57 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -37.54 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -36.93 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -36.87 .((((.((((......(((....)))....)))).))))..((((....))))....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -36.59 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -36.45 .(((((..........))))).......((((............))))......((.((((..(.(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).).)))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -36.28 (((((((((....((.(((....)))...))..((((((...(((((((..(((((....)))))))).))))........)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.254, New DP Energy: -35.95 .(((((..........)))))...((..((((((......))..))))..)).....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -35.78 New DP F-measure-avg: 0.663, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. Energy of known structure: -46.01 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -50.67 New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -50.67 (((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.289, New DP F-measure: 0.306, New DP Energy: -50.64 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.838, New DP F-measure: 0.873, New DP Energy: -49.59 .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.171, New DP F-measure: 0.174, New DP Energy: -47.92 (((((((((.......(((....))).....((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.314, New DP Energy: -47.80 (((((((((.................(((((.((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....))))))))))....)))))))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -47.78 (((((((((......(((((....((..((((((......))..))))..)).....)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -47.59 (((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. 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New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -46.54 .((((((................))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -45.83 (((((((((....((.(.((....)).).)).((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....)))))))))).........))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.435, New DP Energy: -45.05 (((((((((....((.(.((....)).).))..((((((...((((((...(((((....)))))..))))))........)))))).......(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -44.95 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.968, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -44.89 (((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -44.84 (((((((((.......(((....))).((((((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..))))...........))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -44.60 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).))).((((.......))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -44.52 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -44.02 New DP F-measure-avg: 0.496, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. Energy of known structure: -42.76 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -51.85 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.827, New DP Energy: -51.85 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.816, New DP F-measure: 0.861, New DP Energy: -50.22 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.763, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -49.79 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -48.22 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.899, New DP Energy: -47.15 (((((((((........(((((.....((((......((((....)))).......)))).)))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.543, New DP Energy: -46.37 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.925, New DP Energy: -45.58 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.879, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -45.15 ((.....))....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -44.95 (((((((((..................((((((((..((((....)))).........))))))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -44.85 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((..((....)).(....)....))))))))))..)))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.412, New DP Energy: -44.65 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.629, New DP F-measure: 0.638, New DP Energy: -44.39 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(.(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..))))))).)....)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.580, New DP Energy: -44.10 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New DP sens: 0.853, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.892, New DP Energy: -43.58 ((.....))......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(((((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))))) New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.338, New DP Energy: -43.45 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -42.82 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.606, New DP F-measure: 0.597, New DP Energy: -42.39 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))....(((....))).((.(((....)))))((((....))))..))))))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.684, New DP F-measure: 0.722, New DP Energy: -42.15 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((((((....))........)).))))))))))..)))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -42.04 New DP F-measure-avg: 0.671, New DP F-measure-best: 0.925, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.343, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -50.44 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -49.92 (((((((((....(((.((((..((.((((((..((....))..))))..))))..)))).).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.822, New DP Energy: -49.84 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -49.75 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -49.69 (((((((((.........((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).)))).........((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -48.70 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.471, New DP Energy: -48.10 (((((((((....((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.328, New DP Energy: -48.01 (((((((((....((((....................((((....)))).(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.328, New DP Energy: -46.55 (((((((((.................((((.......((((....)))).........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -46.34 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -46.25 (((((((((.......................((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.265, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -46.20 (((((((((.......(((((................((((....)))).(((((.((((......)))).))))).((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New DP sens: 0.353, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -45.99 (((((((((.......(((((....((..((....))..)).((((((..(((((.((((......)))).)))))........((....))..))))))....)))))))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.314, New DP F-measure: 0.319, New DP Energy: -45.49 (((((((((....((((...........((((............))))..(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.441, New DP ppv: 0.455, New DP F-measure: 0.448, New DP Energy: -44.64 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.324, New DP ppv: 0.379, New DP F-measure: 0.349, New DP Energy: -44.60 (((((((((.......((((((...............((((....))))............))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -44.28 New DP F-measure-avg: 0.389, New DP F-measure-best: 0.822, New DP best-subopt: 5, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -42.94 New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.795, New DP F-measure: 0.849, New DP Energy: -42.94 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.845, New DP Energy: -40.94 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -40.59 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.783, New DP Energy: -40.19 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.912, New DP ppv: 0.912, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -40.02 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -39.12 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -38.51 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -38.19 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -38.02 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.900, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -37.27 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.677, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -36.37 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -35.76 (((((((((....((.((......))...)).(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))). New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.418, New DP Energy: -35.55 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -35.27 (((((((((.......((......))..((((............))))....((((....)))).(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -34.74 New DP F-measure-avg: 0.767, New DP F-measure-best: 0.912, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). 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New DP sens: 0.636, New DP ppv: 0.583, New DP F-measure: 0.609, New DP Energy: -44.89 (((((((((...((((((((.............((((....((((....)))).........))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.515, New DP F-measure: 0.515, New DP Energy: -43.47 (((((((((...((((((((.............((((((..((((....))))....(((((...((....)))))))...))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.261, New DP Energy: -43.10 (((((((((...((((((((........((((............)))).........(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -42.99 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.378, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -42.67 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((....((((....))))..)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.257, New DP Energy: -42.24 (((((((((....((((.(((..(((..((((((......))..))))..)))...))).)))).((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -42.00 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((....((((....))))..)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.257, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -41.75 (((((((((...((((((((............(((((....((((....))))....(((((...((....)))))))..(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.368, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -41.32 (((((((((...((((((((........................(((((............)))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.540, New DP Energy: -40.69 (((((((((...((((((((........((((.[[[[.......)))).........(((((]]]].......)))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.541, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -39.82 New DP F-measure-avg: 0.493, New DP F-measure-best: 0.765, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -40.11 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -49.10 New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.231, New DP F-measure: 0.243, New DP Energy: -49.10 (((((((((....(.((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.711, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -48.94 (((((((((................((((.((((....(((((((((((.(((....))).))))...))))))).....)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.243, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -47.27 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.237, New DP F-measure: 0.247, New DP Energy: -42.09 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))....((.(((....))).))..((....))((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.568, New DP F-measure: 0.583, New DP Energy: -42.00 (((((((((...........((.(((....))).)).........((((.(((....))).))))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -41.19 (((((((((.......((.((....)).))......(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))......((....)).(((((.....))))).))))))))).. New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.306, New DP F-measure: 0.310, New DP Energy: -39.70 (((((((((................((((.((((...........((((.(((....))).))))...............)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New DP sens: 0.257, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -39.32 New DP F-measure-avg: 0.393, New DP F-measure-best: 0.740, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -37.31 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -42.20 New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.833, New DP Energy: -42.20 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.833, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -40.61 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.829, New DP Energy: -40.20 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.853, New DP F-measure: 0.866, New DP Energy: -38.61 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -38.19 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -37.75 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -37.35 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -36.74 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.879, New DP ppv: 0.967, New DP F-measure: 0.921, New DP Energy: -36.19 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -35.35 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -35.09 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.758, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.781, New DP Energy: -34.74 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -34.73 (((((((((.............((((..((((((......))..)))).......))))......(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -34.49 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -34.48 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -34.32 (((((((((.............((((..((((............)))).......))))......(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -33.88 (((((((((...........((((....((((((......))..))))..))))...........(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -33.82 New DP F-measure-avg: 0.779, New DP F-measure-best: 0.923, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. Energy of known structure: -40.06 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -44.92 New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.167, New DP F-measure: 0.171, New DP Energy: -44.92 ((((((.......((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.824, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -43.61 ((((((.........((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.788, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -43.61 ((((((..((((.....(((((........((((......))))))))).(((((.(((........))).)))))......)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -41.04 ......((((.((((.(((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))....(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))..)))))))). New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -40.27 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..))))......((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -39.93 ((((((..((((...((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))....((.(((....))).)))))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -39.22 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..)))).......................(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.581, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -39.16 ((((((...........(((((........((((......)))))))))................(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -38.83 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).))).....((....))((((((.....))))))...)))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -38.81 ......((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.645, New DP F-measure: 0.615, New DP Energy: -38.61 ......((((...((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New DP sens: 0.647, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -38.61 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).))))).((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New DP sens: 0.235, New DP ppv: 0.229, New DP F-measure: 0.232, New DP Energy: -38.07 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.176, New DP F-measure: 0.176, New DP Energy: -38.02 ((((((..........(((((((...((((((..((....))..))))..))........)))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))).....)))))).. New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -38.00 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))............(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.194, New DP F-measure: 0.185, New DP Energy: -37.81 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).)))))..................(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.176, New DP ppv: 0.188, New DP F-measure: 0.182, New DP Energy: -37.50 (((((((((.................))).......(((((....(....).....)))))....(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.452, New DP Energy: -37.43 ((((((.........((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))((..((.(((....))).)).))......(((((((.....)))))))..)))))).. New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.529, New DP Energy: -37.17 (((...)))......((((((....(.(((.((((..((((....)))).(((((.(((........))).)))))....))))))).)..(((((((.....)))))))...)))))). New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -36.95 New DP F-measure-avg: 0.422, New DP F-measure-best: 0.812, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. Energy of known structure: -44.21 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -52.66 New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.846, New DP F-measure: 0.892, New DP Energy: -52.66 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.892, New DP F-measure: 0.917, New DP Energy: -50.39 ((((((((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.842, New DP F-measure: 0.877, New DP Energy: -50.06 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.886, New DP Energy: -48.39 (((((((((.((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.865, New DP Energy: -48.26 ((((((((((...((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.901, New DP Energy: -47.79 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.943, New DP ppv: 0.943, New DP F-measure: 0.943, New DP Energy: -47.48 (((((((((.((.((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.865, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -45.99 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -45.48 ((((((((((..(((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........).))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.563, New DP Energy: -45.25 ((((((((((...((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -44.88 ((((((((((((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..))).......((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -44.19 ((((((((((.....((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.882, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -44.09 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -43.60 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).)))))))))))........((.(((....))))).((.....))....))))))))).. New DP sens: 0.400, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.418, New DP Energy: -43.35 (((((((((.(((((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........))))))))))).. New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.541, New DP F-measure: 0.556, New DP Energy: -43.15 (((((((((.((.((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -43.08 (((((((((.((...((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -42.79 ......((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))......)))). New DP sens: 0.686, New DP ppv: 0.706, New DP F-measure: 0.696, New DP Energy: -42.56 New DP F-measure-avg: 0.798, New DP F-measure-best: 0.943, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -46.65 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -47.55 New DP sens: 0.972, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.986, New DP Energy: -47.55 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.917, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.957, New DP Energy: -41.42 .(((((.((((((....)))))).(((((.....)))))..((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.730, New DP F-measure: 0.740, New DP Energy: -41.40 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.(((((((((....)))))....)))))))))).((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.861, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.873, New DP Energy: -41.25 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -41.20 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.889, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.941, New DP Energy: -40.95 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -40.60 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.778, New DP ppv: 0.848, New DP F-measure: 0.812, New DP Energy: -38.80 .((((..((((((....))))))..)))).....(((....)))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.906, New DP F-measure: 0.853, New DP Energy: -38.15 .((((..((((((....)))))).(((((.....))))).))))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.694, New DP ppv: 0.735, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -38.10 New DP F-measure-avg: 0.852, New DP F-measure-best: 0.986, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) Energy of known structure: -63.90 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -72.00 New DP sens: 0.875, New DP ppv: 0.921, New DP F-measure: 0.897, New DP Energy: -72.00 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))...((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.732, New DP Energy: -70.00 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.810, New DP Energy: -69.80 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.917, New DP F-measure: 0.868, New DP Energy: -69.06 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -68.30 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.779, New DP Energy: -67.26 ..(((((..[[[[))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.825, New DP ppv: 0.805, New DP F-measure: 0.815, New DP Energy: -67.00 .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -62.99 .....((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.675, New DP ppv: 0.675, New DP F-measure: 0.675, New DP Energy: -62.45 (((((.......((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -61.10 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -60.79 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......)))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.693, New DP Energy: -60.05 .((((((............)))))).((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))).((((.......))))...............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.657, New DP F-measure: 0.613, New DP Energy: -59.44 .((((((.....[[[[[[.))))))(((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))).]]]]]]..((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.558, New DP F-measure: 0.578, New DP Energy: -59.31 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.513, New DP F-measure: 0.506, New DP Energy: -59.29 ..(((((..[[[[......[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.769, New DP F-measure: 0.759, New DP Energy: -58.88 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....))))).(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.575, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.605, New DP Energy: -58.25 ..(((((..[[[[))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......]]]].(((((((..............((....))))))))). New DP sens: 0.650, New DP ppv: 0.650, New DP F-measure: 0.650, New DP Energy: -57.99 ............((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))..((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New DP sens: 0.625, New DP ppv: 0.658, New DP F-measure: 0.641, New DP Energy: -57.80 New DP F-measure-avg: 0.700, New DP F-measure-best: 0.897, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). Energy of known structure: -48.01 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -63.43 New DP sens: 0.723, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -63.43 .((((((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -61.93 ((..(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.809, New DP ppv: 0.745, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -61.45 .(((((((......(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.766, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.720, New DP Energy: -60.74 ....(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.809, New DP ppv: 0.776, New DP F-measure: 0.792, New DP Energy: -60.05 .(((((((......(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -58.64 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............)))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -58.63 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............))))..(((((((((...)))))))))......))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.588, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -58.53 .(((((((......(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -58.29 .((((((((.....(((((((...(((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).).)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.700, New DP Energy: -58.00 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New DP sens: 0.851, New DP ppv: 0.784, New DP F-measure: 0.816, New DP Energy: -57.66 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -57.44 .((((((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -57.09 .(((((((......(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.702, New DP ppv: 0.673, New DP F-measure: 0.688, New DP Energy: -56.77 (((..((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....))))......)))...(((((((((...))))))))).............. New DP sens: 0.723, New DP ppv: 0.723, New DP F-measure: 0.723, New DP Energy: -56.69 .((((((((.......(((.....)))..(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.471, New DP F-measure: 0.490, New DP Energy: -56.24 .(((((((.................((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((...........)))).((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.638, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.619, New DP Energy: -55.94 .((((((((........((((((((..(((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))...))).(((((((.((((...........)))).))))...)))..........)))))))).....)))))))). New DP sens: 0.255, New DP ppv: 0.245, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -55.91 .(((((((..(((.((.(....)..)).)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....((((..((((...)))).......))))...((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.511, New DP ppv: 0.453, New DP F-measure: 0.480, New DP Energy: -55.77 .((((((((.....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New DP sens: 0.681, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.674, New DP Energy: -55.57 New DP F-measure-avg: 0.651, New DP F-measure-best: 0.816, New DP best-subopt: 10, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} Energy of known structure: -11.22 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -52.13 New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -52.13 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]..]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.302, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -50.85 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.....[[[[))))))))..)))))))..]]]].]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -49.20 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.........))))))))..))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.302, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -47.93 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.407, New DP F-measure: 0.494, New DP Energy: -47.16 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((...((((......(((........)))..))))...)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]...........)))).)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -46.80 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]................)))))))))}}}}}} New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.360, New DP Energy: -46.73 ...((((((((((((([[[[[[..............(((((.......................{{{{{{{......)))))......{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....)))).........]]]]]].((((}}}}}}}}..}}}}}}}..))))..........>>>>>> New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.102, New DP F-measure: 0.119, New DP Energy: -46.38 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{..............[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[.................}}}}}}.[[[[))))))))..)))))))..]]]]..........]]]]]] New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.102, New DP F-measure: 0.119, New DP Energy: -46.38 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.326, New DP Energy: -46.18 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....[[[[[[[[.....{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....))))....]]]]]]]]....((((}}}}}}}}..]]]]]]]..))))..........>>>>>> New DP sens: 0.229, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.97 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.377, New DP F-measure: 0.455, New DP Energy: -45.62 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.481, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -45.61 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{.......<<<<<<<[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((.................}}}}}}.((((.....>>>>>>>.......))))..........)))))) New DP sens: 0.143, New DP ppv: 0.109, New DP F-measure: 0.123, New DP Energy: -45.60 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.520, New DP F-measure: 0.612, New DP Energy: -45.35 ...(((([[[[[[[[[.............{{{{{{{[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]](((((((.....))...[[[[[[[[[.(((((...)))))}}}}}}}..))))).....]]]]]]]]]...... New DP sens: 0.229, New DP ppv: 0.157, New DP F-measure: 0.186, New DP Energy: -45.23 ...((((.........(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]..((((((((((...................[[[[[.))))))))))........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]].]]]]] New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -44.93 ...((((.........(((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))..((((((((((...................{{{{{.))))))))))..))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......))))))))).}}}}} New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.216, New DP F-measure: 0.256, New DP Energy: -44.93 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))){{{{{......))))..(((((((((.........]]]]]]]]......}}}}}.....)))))))))...... New DP sens: 0.314, New DP ppv: 0.208, New DP F-measure: 0.250, New DP Energy: -44.49 ...(((......))).(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New DP sens: 0.429, New DP ppv: 0.268, New DP F-measure: 0.330, New DP Energy: -44.38 New DP F-measure-avg: 0.321, New DP F-measure-best: 0.612, New DP best-subopt: 14, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU .....(((..........(.(......).)......................................((((((((.............))))))))......))).......(((((..........((((((..((((.........((((....))))...))))..)))))))))))........ 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New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.489, New DP F-measure: 0.582, New DP Energy: -41.50 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New DP sens: 0.719, New DP ppv: 0.442, New DP F-measure: 0.548, New DP Energy: -41.07 ..((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))....)))))).....((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... New DP sens: 0.781, New DP ppv: 0.595, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -40.10 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........))))))))))))....... 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Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -39.70 New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.762, New DP Energy: -39.70 .............(((......))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.889, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -37.70 ((((((.......(((......))).........))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.678, New DP Energy: -36.75 ((((((..(((..(((......))))))......))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.625, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -36.29 ((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. 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New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.702, New DP Energy: -32.20 New DP F-measure-avg: 0.645, New DP F-measure-best: 0.842, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... Energy of known structure: -36.06 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -41.46 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.939, New DP Energy: -41.46 ....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -40.64 ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..))))..)))))))))))).... New DP sens: 0.909, New DP ppv: 0.909, New DP F-measure: 0.909, New DP Energy: -40.46 (((((((((((((..(((.(((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...)))..).)))..).)))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.738, New DP Energy: -39.16 (((((((((((((((..(.....)..))))....((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...))))))))))))))).... New DP sens: 0.485, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -38.53 ((((((((((((((((.....(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..))))))))..))))))))))).... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -38.05 ....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....)))).........(((((((((....))))))))).......... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.237, New DP Energy: -37.94 (((((((((((((((..(.....)..))))..(((((.....)))))...((....((((..((.(....).))..))))..))..))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -37.39 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)).....))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -36.75 ((((((((((((.........(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..)))......)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.321, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -36.65 ((((((((((((.....((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))........)))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.897, New DP F-measure: 0.839, New DP Energy: -36.53 ((((((((((((((((.......(((((......((((....(((....)))....))))...)))))...........)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -36.48 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -36.22 ....(((((((((............)))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New DP sens: 0.212, New DP ppv: 0.250, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -36.18 ((((((((((((((((.((.(((...........((((....(((....)))....))))...........))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.788, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -36.14 (((((((((((..........(((((......(((((.....))))).....))))).....((((..((((...))))...))))))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -36.10 (((((((((((((((....))))(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)).....))))).)))))......))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -36.05 ((((((((((((((((.((.((((((((....(((((.....)))))................)))))...))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.727, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.750, New DP Energy: -36.01 ((((((((((((((((.((.((((((((....((......))(((....)))...........)))))...))).))..)))))..))))))))))).... New DP sens: 0.818, New DP ppv: 0.871, New DP F-measure: 0.844, New DP Energy: -36.00 (((((((((((((((....))))(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).)))))......))))))))))).... New DP sens: 0.273, New DP ppv: 0.281, New DP F-measure: 0.277, New DP Energy: -35.52 New DP F-measure-avg: 0.516, New DP F-measure-best: 0.939, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -35.59 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -39.29 New DP sens: 0.974, New DP ppv: 0.949, New DP F-measure: 0.961, New DP Energy: -39.29 ((((((((((((((.(((((..((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...))))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.974, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.987, New DP Energy: -37.94 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.466, New DP Energy: -37.76 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((......))(((....))).........)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.868, New DP ppv: 0.892, New DP F-measure: 0.880, New DP Energy: -36.25 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -36.05 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..........(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -35.05 ((((((((((((((.(((((...((((...(((..((.((......))))..)))...))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.543, New DP F-measure: 0.521, New DP Energy: -34.55 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.842, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -34.39 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..(((((....)))))...............)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.789, New DP ppv: 0.811, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -34.33 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.531, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -34.26 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))((......))(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -34.25 ((((((((((((((...((((..((((...(((..((.((......))))..)))...))))..)))).........(((.....))).....)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -34.00 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))..(.((((.............))))).......)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -33.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New DP sens: 0.368, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.394, New DP Energy: -33.90 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......((((.............))))........)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -33.87 ((((((((((((((...((((..............)))).((......(((....))).(((..(((((.......))))).))).)).....)))))))))))))). New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.493, New DP Energy: -33.73 ((((((((((((((.(((((................((((.......))))........(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.613, New DP F-measure: 0.551, New DP Energy: -33.65 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))...................)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.684, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -33.59 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.535, New DP Energy: -33.38 ((((((((((((((.(((((...............((((.(((.....(((....))))))...(((((.......))))))))))))))...)))))))))))))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.647, New DP F-measure: 0.611, New DP Energy: -33.27 New DP F-measure-avg: 0.617, New DP F-measure-best: 0.987, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... Energy of known structure: -47.48 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -51.98 New DP sens: 0.882, New DP ppv: 0.857, New DP F-measure: 0.870, New DP Energy: -51.98 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))))..))))..)))))))))......... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.725, New DP Energy: -50.98 (((((((((((((((((((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.576, New DP F-measure: 0.567, New DP Energy: -48.90 ((((((((((((((((((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.765, New DP Energy: -48.90 (((((((((((((((((((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.706, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.727, New DP Energy: -48.19 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.844, New DP F-measure: 0.818, New DP Energy: -47.50 (((((((((((((((((((((((((.....)))........(((....)))..................)))).)))).)))))...)))))))))......... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.714, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -44.50 (((((((((((((...((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.742, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.471, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........))))))......))))..)))))))))......... New DP sens: 0.618, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -43.71 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.676, New DP F-measure: 0.704, New DP Energy: -43.41 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -42.69 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -42.59 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....((((((.((.....))))))))... New DP sens: 0.559, New DP ppv: 0.594, New DP F-measure: 0.576, New DP Energy: -41.98 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New DP sens: 0.735, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.714, New DP Energy: -41.69 New DP F-measure-avg: 0.694, New DP F-measure-best: 0.870, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... 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New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.788, New DP Energy: -69.35 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.843, New DP ppv: 0.878, New DP F-measure: 0.860, New DP Energy: -69.19 .........((((((((.(((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).))))))))...)))))).......... New DP sens: 0.863, New DP ppv: 0.880, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -67.49 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.680, New DP Energy: -67.12 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.765, New DP ppv: 0.886, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -65.51 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.739, New DP F-measure: 0.701, New DP Energy: -65.14 ((((.....(((.(((...........))).))).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..)))).)))).... New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.447, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -64.68 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.792, New DP F-measure: 0.768, New DP Energy: -64.58 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.545, New DP Energy: -63.53 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New DP sens: 0.588, New DP ppv: 0.682, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -63.44 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.756, New DP F-measure: 0.708, New DP Energy: -63.28 ((((.............((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))............)))).... New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.787, New DP F-measure: 0.755, New DP Energy: -62.56 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.810, New DP F-measure: 0.731, New DP Energy: -61.30 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....)))))).......... New DP sens: 0.745, New DP ppv: 0.864, New DP F-measure: 0.800, New DP Energy: -60.74 ..((.....))......((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))..(((.......)))..... New DP sens: 0.725, New DP ppv: 0.771, New DP F-measure: 0.747, New DP Energy: -60.29 ((((.((....))..))))(((.....))).....(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..))))......... New DP sens: 0.412, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.433, New DP Energy: -60.14 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))(((..(((......))).)))..))))))..)))).... New DP sens: 0.627, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.646, New DP Energy: -59.73 .........((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......)))))).......... New DP sens: 0.529, New DP ppv: 0.614, New DP F-measure: 0.568, New DP Energy: -59.69 New DP F-measure-avg: 0.707, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ Energy of known structure: -47.22 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -54.52 New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.919, New DP F-measure: 0.944, New DP Energy: -54.52 ((((((((((..((((((((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.914, New DP F-measure: 0.914, New DP Energy: -51.27 ((((((((((.....((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.746, New DP Energy: -49.16 ((((((((((..((((((((((((.................((((....(((....)))....))))..(((.....)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.812, New DP F-measure: 0.776, New DP Energy: -48.44 ((((((((((..((((((((((((................(((((....(((....)))....((....)).......))))))).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.688, New DP F-measure: 0.657, New DP Energy: -46.95 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.896, New DP Energy: -46.82 ((((((((((........((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).((((.....))))...))))))))))........ New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.697, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -45.02 ((((((((((.........(((((((....).))))))((((((.....(((....)))....(((.(.(((.....))).).)))))))))........))))))))))........ New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.394, New DP F-measure: 0.382, New DP Energy: -45.00 ((((((((((..((((((((((((......(((.(......).)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.611, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -44.80 ((((((((((..((((((((((((......((((((.............(((....)))..........))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.903, New DP F-measure: 0.848, New DP Energy: -44.75 New DP F-measure-avg: 0.746, New DP F-measure-best: 0.944, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ Energy of known structure: -49.03 Initial sens: 0.968, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -52.93 New DP sens: 0.968, New DP ppv: 0.938, New DP F-measure: 0.952, New DP Energy: -52.93 ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.903, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.918, New DP Energy: -51.68 ((((((((((((((..((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..))))....))))))...))))))))........ New DP sens: 0.968, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.984, New DP Energy: -51.38 ((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)))..))))...))))))))........ New DP sens: 0.774, New DP ppv: 0.774, New DP F-measure: 0.774, New DP Energy: -51.03 ((((((((((((((((((((..((.(((...((......))(((....)))..........))).))..)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.839, New DP ppv: 0.867, New DP F-measure: 0.852, New DP Energy: -48.10 ((((((((((((((((((((.............((((....(((....)))....))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.806, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -47.90 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.677, New DP ppv: 0.700, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -47.29 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New DP sens: 0.581, New DP ppv: 0.643, New DP F-measure: 0.610, New DP Energy: -47.09 ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...)))...)))))..... 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Energy of known structure: -41.28 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -41.53 New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -41.53 ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ New DP sens: 0.939, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.969, New DP Energy: -40.23 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.469, New DP F-measure: 0.462, New DP Energy: -38.93 ((((((((.(((((((.((((..........(((....)))(((....))).)))))..((((((...))))))....))))))..))))))))........ New DP sens: 0.515, New DP ppv: 0.548, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -38.25 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ 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New DP sens: 0.455, New DP ppv: 0.556, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -33.53 New DP F-measure-avg: 0.601, New DP F-measure-best: 0.969, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... Energy of known structure: -40.18 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -40.55 New DP sens: 0.606, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.588, New DP Energy: -40.55 ((((((((.((((((((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.424, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -40.50 ((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... New DP sens: 0.424, New DP ppv: 0.438, New DP F-measure: 0.431, New DP Energy: -39.74 (((((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).)))(((((.......)))))....))))))))....... New DP sens: 0.242, New DP ppv: 0.242, New DP F-measure: 0.242, New DP Energy: -39.00 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).))))........))))))..))))))))....... 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -32.45 New DP F-measure-avg: 0.333, New DP F-measure-best: 0.615, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... Energy of known structure: -43.71 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -50.84 New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.457, New DP F-measure: 0.478, New DP Energy: -50.84 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.485, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -48.54 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.230, New DP Energy: -47.59 ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -47.35 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))........((((...)))).......)))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.516, New DP F-measure: 0.508, New DP Energy: -46.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......))).((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -46.35 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))........((((...))))......))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.516, New DP Energy: -45.99 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))..))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.206, New DP F-measure: 0.212, New DP Energy: -45.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).))))))).((((....)))))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.369, New DP Energy: -45.50 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -45.29 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))........(((....)))..........((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.387, New DP F-measure: 0.381, New DP Energy: -45.25 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).)))))))............))))))))))))....... New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.400, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -44.80 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......)))..(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.265, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -44.75 ((((((((((((((((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))......(.((((...)))).)..).))))))))))))....... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -44.69 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........))))))) New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -44.19 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.269, New DP F-measure: 0.241, New DP Energy: -43.79 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).........((((......((....))..))))......)))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -43.09 ((((((((((((((((.....)))))..((..(((((.....)))))..)).....((((......((....))..))))......)))))))))))....... New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.295, New DP Energy: -42.79 (((((((.((((((......))))))......(((((.....)))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -42.75 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))......... New DP sens: 0.219, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.226, New DP Energy: -42.69 New DP F-measure-avg: 0.306, New DP F-measure-best: 0.516, New DP best-subopt: 6, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) Energy of known structure: -50.54 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -56.24 New DP sens: 0.914, New DP ppv: 0.941, New DP F-measure: 0.928, New DP Energy: -56.24 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.971, New DP ppv: 0.944, New DP F-measure: 0.958, New DP Energy: -55.99 ((((((((..(((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.743, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -54.46 (((((((((((((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.757, New DP F-measure: 0.778, New DP Energy: -54.21 ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -51.81 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -51.56 ((((((((..(((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.743, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -50.41 (((((((((((((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.933, New DP F-measure: 0.862, New DP Energy: -50.16 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.829, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.879, New DP Energy: -49.73 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.886, New DP ppv: 0.939, New DP F-measure: 0.912, New DP Energy: -49.48 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........)))))..)))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.806, New DP F-measure: 0.758, New DP Energy: -48.30 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New DP sens: 0.771, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.794, New DP Energy: -48.05 ((((((((..(((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............)))))..)))))))) New DP sens: 0.800, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.889, New DP Energy: -47.49 ((((((((..(((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.690, New DP F-measure: 0.625, New DP Energy: -47.35 (((((((((((((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............))))))))))))))) New DP sens: 0.857, New DP ppv: 1.000, New DP F-measure: 0.923, New DP Energy: -47.24 (((((((((((((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.629, New DP ppv: 0.710, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -47.10 ((((((((..(((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.657, New DP ppv: 0.920, New DP F-measure: 0.767, New DP Energy: -46.71 ((((((((..(((((.(((.((....................)).)))(((....))).(((.(.(((((....))))).).)))........)))))..)))))))) New DP sens: 0.457, New DP ppv: 0.533, New DP F-measure: 0.492, New DP Energy: -46.59 (((((((((((((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....))))))))))))))) New DP sens: 0.714, New DP ppv: 0.926, New DP F-measure: 0.806, New DP Energy: -46.46 ((((((((..(((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....)))))..)))))))) New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.741, New DP F-measure: 0.645, New DP Energy: -46.41 New DP F-measure-avg: 0.802, New DP F-measure-best: 0.958, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). Energy of known structure: -47.54 Initial sens: 0.316, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.324, Initial Energy: -72.74 New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -72.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.((..((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....))))..........)).)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.263, New DP F-measure: 0.263, New DP Energy: -71.99 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.273, New DP F-measure: 0.268, New DP Energy: -71.09 ((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).)))))))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.276, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -70.69 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((((.((((((((((....))))))......)))))).)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.383, New DP F-measure: 0.393, New DP Energy: -70.10 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((((.((((((((((....))))))......)))))).)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.351, New DP F-measure: 0.351, New DP Energy: -69.65 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..)))))..(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.(((((......((((.(((....))))))).....((..(((((......)))))..)).)))))..)))))))....)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.305, New DP F-measure: 0.310, New DP Energy: -69.00 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).......((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.(((((......((((.(((....))))))).....((..(((((......)))))..)).)))))..)))))))....)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.268, New DP F-measure: 0.265, New DP Energy: -67.75 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -67.65 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((.(.((((((((((....))))))...)))).)....)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.397, New DP F-measure: 0.400, New DP Energy: -67.45 (((((...((.((((.....)))))).))))).......((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....))))))))))....(((((.((((...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))...))))))))).. New DP sens: 0.158, New DP ppv: 0.164, New DP F-measure: 0.161, New DP Energy: -67.35 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.294, New DP F-measure: 0.278, New DP Energy: -67.20 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...(((....)))((((((.((((((((((....))))))......)))))).))))((.(((((...)))))..))........)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.342, New DP Energy: -67.05 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((.(.((((((((((....))))))...)))).)....)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.364, New DP F-measure: 0.357, New DP Energy: -67.00 ((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))...(((((...((..(((((......)))))..))........)))))......)))))))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.296, New DP F-measure: 0.288, New DP Energy: -66.99 ((((((((..........((((((((((.((...........(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))...)).))).)))))))((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).)))))))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.291, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -66.49 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...(((....)))((((((.((((((((((....))))))......)))))).))))...(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New DP sens: 0.351, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -66.45 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..)))))..(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).((((.(((...(((.....))).))))))).)))))))) New DP sens: 0.316, New DP ppv: 0.300, New DP F-measure: 0.308, New DP Energy: -66.30 ((((((((...((((.....)))).(((((..............(((((......((((((...(((....)))..))))))...)))))..(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....))))).(((((.....))).))......)))))))) New DP sens: 0.263, New DP ppv: 0.283, New DP F-measure: 0.273, New DP Energy: -66.27 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).......((((((...(((....)))..))))))...(((....)))...........((((((....))))))..((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).)))))))) New DP sens: 0.281, New DP ppv: 0.291, New DP F-measure: 0.286, New DP Energy: -65.90 New DP F-measure-avg: 0.305, New DP F-measure-best: 0.400, New DP best-subopt: 9, New DP num-subopt: 19