> SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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New DP sens: 0.292, New DP ppv: 0.233, New DP F-measure: 0.259, New DP Energy: -30.15 New DP F-measure-avg: 0.302, New DP F-measure-best: 0.393, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. 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New DP sens: 0.794, New DP ppv: 0.964, New DP F-measure: 0.871, New DP Energy: -30.59 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -30.49 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........)))).....((((.....)))).... New DP sens: 0.676, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.742, New DP Energy: -30.39 .(((........)))..(((((..(((((((((...)))))))))(((..((..........((((.((((.......)))).)))).))..)))....))))). New DP sens: 0.382, New DP ppv: 0.433, New DP F-measure: 0.406, New DP Energy: -30.35 New DP F-measure-avg: 0.641, New DP F-measure-best: 0.871, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New DP sens: 0.671, New DP ppv: 0.758, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -63.74 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.683, New DP F-measure: 0.647, New DP Energy: -63.49 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.643, New DP ppv: 0.726, New DP F-measure: 0.682, New DP Energy: -63.44 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.543, New DP ppv: 0.603, New DP F-measure: 0.571, New DP Energy: -63.20 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.651, New DP F-measure: 0.617, New DP Energy: -63.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.600, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -62.85 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.567, New DP F-measure: 0.523, New DP Energy: -62.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.614, New DP ppv: 0.694, New DP F-measure: 0.652, New DP Energy: -62.35 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.712, New DP F-measure: 0.651, New DP Energy: -62.34 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New DP sens: 0.443, New DP ppv: 0.508, New DP F-measure: 0.473, New DP Energy: -62.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -62.10 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.678, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -62.04 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.514, New DP ppv: 0.621, New DP F-measure: 0.562, New DP Energy: -61.95 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.586, New DP ppv: 0.672, New DP F-measure: 0.626, New DP Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((((.....(((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New DP sens: 0.414, New DP ppv: 0.475, New DP F-measure: 0.443, New DP Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New DP sens: 0.500, New DP ppv: 0.574, New DP F-measure: 0.534, New DP Energy: -61.69 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New DP sens: 0.486, New DP ppv: 0.586, New DP F-measure: 0.531, New DP Energy: -61.65 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New DP sens: 0.557, New DP ppv: 0.639, New DP F-measure: 0.595, New DP Energy: -61.59 New DP F-measure-avg: 0.591, New DP F-measure-best: 0.712, New DP best-subopt: 2, New DP num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -24.26 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.935, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -35.88 New DP sens: 0.690, New DP ppv: 0.935, New DP F-measure: 0.795, New DP Energy: -35.88 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.619, New DP ppv: 0.929, New DP F-measure: 0.743, New DP Energy: -34.18 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.595, New DP ppv: 0.781, New DP F-measure: 0.676, New DP Energy: -32.38 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -31.48 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.405, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -31.31 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New DP sens: 0.571, New DP ppv: 0.800, New DP F-measure: 0.667, New DP Energy: -30.98 ..............(((((((((....))))))))).....(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New DP sens: 0.524, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.620, New DP Energy: -30.98 New DP F-measure-avg: 0.639, New DP F-measure-best: 0.795, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). 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New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.552, New DP F-measure: 0.557, New DP Energy: -72.25 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.509, New DP F-measure: 0.491, New DP Energy: -71.98 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.571, New DP F-measure: 0.566, New DP Energy: -71.59 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.564, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -71.18 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.538, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -71.04 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...................(((((.(((...))).)))))........)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.562, New DP F-measure: 0.514, New DP Energy: -70.94 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.528, New DP F-measure: 0.509, New DP Energy: -70.78 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.679, New DP F-measure: 0.673, New DP Energy: -70.70 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.529, New DP F-measure: 0.500, New DP Energy: -70.63 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.561, New DP ppv: 0.593, New DP F-measure: 0.577, New DP Energy: -70.40 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.579, New DP ppv: 0.589, New DP F-measure: 0.584, New DP Energy: -70.39 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.544, New DP ppv: 0.544, New DP F-measure: 0.544, New DP Energy: -70.19 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New DP sens: 0.667, New DP ppv: 0.704, New DP F-measure: 0.685, New DP Energy: -70.04 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New DP sens: 0.509, New DP ppv: 0.558, New DP F-measure: 0.532, New DP Energy: -69.84 (((((....(((.(.....).))).......(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New DP sens: 0.474, New DP ppv: 0.500, New DP F-measure: 0.486, New DP Energy: -69.80 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). 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New DP sens: 0.596, New DP ppv: 0.680, New DP F-measure: 0.636, New DP Energy: -69.49 New DP F-measure-avg: 0.557, New DP F-measure-best: 0.685, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. Energy of known structure: -29.23 Initial sens: 0.283, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.275, Initial Energy: -59.09 New DP sens: 0.283, New DP ppv: 0.268, New DP F-measure: 0.275, New DP Energy: -59.09 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....)))))..[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.410, New DP F-measure: 0.439, New DP Energy: -57.45 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.310, New DP F-measure: 0.324, New DP Energy: -57.32 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.345, New DP F-measure: 0.352, New DP Energy: -57.25 ((((((.......[[[[[......{{{{{..((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]].((.((..((((.....))))..)).))}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.377, New DP ppv: 0.351, New DP F-measure: 0.364, New DP Energy: -56.65 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. 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New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -54.62 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....))))).......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New DP sens: 0.472, New DP ppv: 0.431, New DP F-measure: 0.450, New DP Energy: -54.58 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New DP sens: 0.491, New DP ppv: 0.464, New DP F-measure: 0.477, New DP Energy: -54.43 ...((((((((..(((((....((((((....))))))...(((.(..(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))...).)))....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). 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New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.345, New DP Energy: -54.02 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....))))))......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New DP sens: 0.453, New DP ppv: 0.414, New DP F-measure: 0.432, New DP Energy: -53.98 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New DP sens: 0.358, New DP ppv: 0.358, New DP F-measure: 0.358, New DP Energy: -53.80 New DP F-measure-avg: 0.352, New DP F-measure-best: 0.505, New DP best-subopt: 16, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New DP sens: 0.074, New DP ppv: 0.077, New DP F-measure: 0.075, New DP Energy: -72.48 New DP F-measure-avg: 0.349, New DP F-measure-best: 0.696, New DP best-subopt: 4, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). 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New DP sens: 0.688, New DP ppv: 0.733, New DP F-measure: 0.710, New DP Energy: -56.50 New DP F-measure-avg: 0.717, New DP F-measure-best: 0.875, New DP best-subopt: 1, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -59.16 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -72.56 New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.821, New DP F-measure: 0.821, New DP Energy: -72.56 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.804, New DP F-measure: 0.804, New DP Energy: -71.66 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.857, New DP ppv: 0.828, New DP F-measure: 0.842, New DP Energy: -71.66 .((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). 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New DP sens: 0.750, New DP ppv: 0.778, New DP F-measure: 0.764, New DP Energy: -64.86 .((((((((((((((((.[[[[[.{{{{{...{{{{{{....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))]]]]]..}}}}}}}}}}}((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.518, New DP ppv: 0.492, New DP F-measure: 0.504, New DP Energy: -63.58 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))........(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.736, New DP F-measure: 0.716, New DP Energy: -62.85 ...........((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New DP sens: 0.821, New DP ppv: 0.979, New DP F-measure: 0.893, New DP Energy: -62.45 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))...........(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.696, New DP ppv: 0.765, New DP F-measure: 0.729, New DP Energy: -61.65 .((((((((((((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.918, New DP F-measure: 0.857, New DP Energy: -61.46 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((.(......)..)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New DP sens: 0.554, New DP ppv: 0.554, New DP F-measure: 0.554, New DP Energy: -61.26 ............(((((..(((..((((.....)))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).))))....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New DP sens: 0.804, New DP ppv: 0.957, New DP F-measure: 0.874, New DP Energy: -61.25 New DP F-measure-avg: 0.779, New DP F-measure-best: 0.893, New DP best-subopt: 15, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... Energy of known structure: -35.76 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -70.35 New DP sens: 0.404, New DP ppv: 0.388, New DP F-measure: 0.396, New DP Energy: -70.35 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))......... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.454, New DP Energy: -69.46 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))......... New DP sens: 0.468, New DP ppv: 0.440, New DP F-measure: 0.454, New DP Energy: -69.08 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.396, New DP F-measure: 0.420, New DP Energy: -68.26 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.424, New DP Energy: -68.26 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((.............)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New DP sens: 0.362, New DP ppv: 0.362, New DP F-measure: 0.362, New DP Energy: -68.16 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))....((((..((......)).))))(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... 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New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.420, New DP F-measure: 0.433, New DP Energy: -66.11 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........)))))))))..((((........)))) New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.412, New DP F-measure: 0.429, New DP Energy: -66.11 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((..(.(.....).)..))).))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -66.09 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((.......(((((.........)))))..........)))))))))..((((........)))) New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.420, New DP F-measure: 0.433, New DP Energy: -65.89 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((.......(((((.........)))))..........)))))))))..((((........)))) New DP sens: 0.447, New DP ppv: 0.429, New DP F-measure: 0.438, New DP Energy: -65.89 New DP F-measure-avg: 0.406, New DP F-measure-best: 0.468, New DP best-subopt: 11, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New DP sens: 0.740, New DP ppv: 0.841, New DP F-measure: 0.787, New DP Energy: -45.81 ((((((((.((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.640, New DP F-measure: 0.640, New DP Energy: -45.34 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New DP sens: 0.720, New DP ppv: 0.818, New DP F-measure: 0.766, New DP Energy: -44.61 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((((((((((.....))))).)))...)).... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -43.71 ((((((((...[[[[[((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))........]]]]] New DP sens: 0.660, New DP ppv: 0.660, New DP F-measure: 0.660, New DP Energy: -43.28 ....((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))((((((.....)))))).(((.......))).......(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New DP sens: 0.600, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.632, New DP Energy: -43.21 ((((((((...((((((.......[[[[[.........))))))(((((((....))))))).....[[[[[..))))))))((((..((((....))))...)))).......]]]]]...((((((((.....))))).)))..]]]]].. New DP sens: 0.800, New DP ppv: 0.851, New DP F-measure: 0.825, New DP Energy: -43.10 (((((((([[[[(((((..(((((((....))))))).))))).............{{{{{{{....[[[[[..))))))))((((..((((....))))...)))).......]]]]].]]]].(((((.....)))))...}}}}}}}... 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New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.727, New DP F-measure: 0.681, New DP Energy: -42.01 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........((((((((((.(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((.....)).......)))....)))))))... New DP sens: 0.340, New DP ppv: 0.415, New DP F-measure: 0.374, New DP Energy: -42.01 ...........(((((...(((((((....)))))))......((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.619, New DP F-measure: 0.565, New DP Energy: -42.00 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))............[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New DP sens: 0.640, New DP ppv: 0.667, New DP F-measure: 0.653, New DP Energy: -41.94 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........(((((((....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))......(((((.....)))))...)))))))... New DP sens: 0.440, New DP ppv: 0.537, New DP F-measure: 0.484, New DP Energy: -41.91 ((((((((...........(((((((....)))))))......((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.814, New DP F-measure: 0.753, New DP Energy: -41.65 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).)).))))) New DP sens: 0.520, New DP ppv: 0.565, New DP F-measure: 0.542, New DP Energy: -41.40 New DP F-measure-avg: 0.664, New DP F-measure-best: 0.825, New DP best-subopt: 0, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ Energy of known structure: -50.93 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -72.10 New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.129, New DP F-measure: 0.129, New DP Energy: -72.10 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.220, New DP F-measure: 0.215, New DP Energy: -71.75 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -71.25 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) 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New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.133, New DP Energy: -66.90 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.236, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -66.55 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).....(((....)))(((((((....(((((...(((((.(((.......))).))).)).(((((((((((................)))))))))))...))))))))))))...... New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.411, New DP F-measure: 0.390, New DP Energy: -66.38 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New DP sens: 0.290, New DP ppv: 0.360, New DP F-measure: 0.321, New DP Energy: -66.18 .((((((((......))))))))(((((((...((((..((((...((((((((..(((((((........)))..))))))))))))))).)..))))..)))))))...(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New DP sens: 0.290, New DP ppv: 0.333, New DP F-measure: 0.310, New DP Energy: -66.12 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).))))))))))))..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))...(((((......((((...))))....((....))...))))). New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.404, New DP F-measure: 0.387, New DP Energy: -66.10 .((((((((......))))))))((((((...........[[[[[[[...{{{{{)))))).....(((....)))(((((((....(((((((...]]]]]]]....))))))).......(((((((((((........}}}}}...)))))))))))........)))))))...... New DP sens: 0.371, New DP ppv: 0.426, New DP F-measure: 0.397, New DP Energy: -65.81 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New DP sens: 0.129, New DP ppv: 0.145, New DP F-measure: 0.137, New DP Energy: -65.80 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((........((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..))))........)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.241, New DP F-measure: 0.224, New DP Energy: -65.70 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((........((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))......)))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New DP sens: 0.210, New DP ppv: 0.236, New DP F-measure: 0.222, New DP Energy: -65.69 .((((((((......))))))))((((((...((((...))))...[[[[[[[[.))))))..((((.((((((((((((]]]]]]]]((((((.(.((....)).).))))))..))))))))...))))))))...(((((......((((...))))....((....))...))))). New DP sens: 0.290, New DP ppv: 0.290, New DP F-measure: 0.290, New DP Energy: -65.47 New DP F-measure-avg: 0.262, New DP F-measure-best: 0.586, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.712, New DP F-measure: 0.706, New DP Energy: -79.44 (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.695, New DP F-measure: 0.689, New DP Energy: -78.80 (((((........))))).....(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.724, New DP F-measure: 0.712, New DP Energy: -78.10 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.550, New DP ppv: 0.569, New DP F-measure: 0.559, New DP Energy: -77.74 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -77.54 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.737, New DP F-measure: 0.718, New DP Energy: -77.40 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. 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New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.607, New DP F-measure: 0.586, New DP Energy: -75.30 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New DP sens: 0.567, New DP ppv: 0.618, New DP F-measure: 0.591, New DP Energy: -74.94 ....((((((.................)))))).(((((((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))))..........((((((((((((.....))))))))))))............... New DP sens: 0.700, New DP ppv: 0.750, New DP F-measure: 0.724, New DP Energy: -74.82 (((((........))))).....(((............(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New DP sens: 0.683, New DP ppv: 0.759, New DP F-measure: 0.719, New DP Energy: -74.70 New DP F-measure-avg: 0.684, New DP F-measure-best: 0.752, New DP best-subopt: 13, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. 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New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -23.00 New DP F-measure-avg: 0.201, New DP F-measure-best: 0.467, New DP best-subopt: 8, New DP num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. Energy of known structure: 27.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -28.50 New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -28.50 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -27.45 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -26.77 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -25.25 ..((((.(((.(((((.......((((.....))))[[[[[[[[((((..(((((((((...)))))))))..))))....)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.71 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.54 ...(((((...)))))........((((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..)))) New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.24 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... 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((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) Energy of known structure: -20.41 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -37.91 New DP sens: 0.156, New DP ppv: 0.135, New DP F-measure: 0.145, New DP Energy: -37.91 (((((.....))))).......((............((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..)). New DP sens: 0.531, New DP ppv: 0.486, New DP F-measure: 0.507, New DP Energy: -37.30 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New DP sens: 0.375, New DP ppv: 0.324, New DP F-measure: 0.348, New DP Energy: -37.20 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))) 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Energy of known structure: -11.80 Initial sens: 0.174, Initial ppv: 0.138, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -36.36 New DP sens: 0.174, New DP ppv: 0.138, New DP F-measure: 0.154, New DP Energy: -36.35 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -34.18 (((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....))))))).................... New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -34.00 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New DP sens: 0.000, New DP ppv: 0.000, New DP F-measure: 0.000, New DP Energy: -32.43 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) 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