> SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... .........((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))((((((((.......))))))))........ Energy of known structure: -16.19 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -15.89 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.49 ((((...........((....))..((((((.......)))))).(((((((.......))))))).)))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -17.51 .(((.......))).(((((.....[[[[[[)))))..]]]]]]((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.29 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -17.06 ((((.....((((........))))((((((.......))))))((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -16.93 ((((.....((((..[[[[[.))))......]]]]]........((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -16.70 ((((.....((((..((....))))))((((.......))))..((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -16.56 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.50 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.19 .........((((..[[[[[.))))......]]]]].....(((((((((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -15.99 ((((.....((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[((((((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -15.93 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -15.79 .(((.......))).((....))..((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.74 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.58 (((((((..((((..((....))))))((((.......)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -15.44 ((((.....((((....[[[[[.))))..((((((.(((((........))))))))))).]]]]].)))).... New CC sens: 0.182, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -15.22 (((((((........((....))..((((((.......))))))(((((.........))))).))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -14.76 .(((.......))).(((((...........)))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.73 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))....)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -14.68 .........((((........))))((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -14.67 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -20.04 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -20.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -20.37 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))(((.(..........).)))..))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.80 .((((....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.29 (((((((..((((........))))...((((((........))))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.11 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.01 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -16.86 (((((((..((((........))))...(((((...)))))(((((..............)))))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.57 New CC F-measure-avg: 0.737, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -15.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.89 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -16.58 (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.89 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -15.38 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -14.69 ...(((...((((........))))...(((.......))).......(((((.......))))))))..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.82 New CC F-measure-avg: 0.894, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((...(((..........))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -13.74 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -11.13 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.905, New CC Energy: -14.64 (((((((.((((....)))).....((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.29 ((((((..((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -14.22 ((((((...(((..........)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -13.80 ((.((...((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.96 ...(((((.[[[.)))))....]]]((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -12.91 ...((...((((....))))..)).((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.90 ....((((((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.43 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -11.81 ...(((((.[[[.)))))....]]]....(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.32 ((.((...((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -11.20 (((((((........[[[.......((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -11.18 (((((((.((((....)))).(((...............)))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -11.00 .....((((......))))...(((((((((((...)))))).....((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -10.98 ((((((([[[.......((....))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -10.96 ((((((..((((....)))).(((...............))).....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -10.93 ........((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -10.92 ((((((([[[.(((((.((....))((((((((...))))))))........)))))........))))))).]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -10.74 ((((((...(((...[[[....)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -10.71 ....((((((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -10.67 New CC F-measure-avg: 0.596, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.38 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -19.11 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.38 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -20.07 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).((((....))))....)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.23 (((((((((((.((...((.........)))).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -18.04 ((((((((((...(((......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.67 (((((((([[[((((..((.........))...)))).((((..((((....))))...)))).))))))))]]]. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -17.29 ((((((((.((((........))))....(((......)))........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -17.29 (((((((.[[[..(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.14 (((((((([[[..(((......))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -17.09 (((((((.....[[[...........(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.99 ((((((((.((((........)))).)..(((......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.95 ((((((((....[[[...........(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.94 ((((((((((..[[[...........(((((.......))))).((((....))))....)))..)))))))]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -16.39 New CC F-measure-avg: 0.677, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -17.74 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -16.36 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.86 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -17.85 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......)))))..(.((((((.......)))))..).)... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -17.63 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).(((.(((((.......)))))..)))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -17.39 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.17 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...((((....))))(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -16.89 ((((((...[[[[))))))..]]]]...(((((...((((....))))...)))))...(((((....))))) New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -16.39 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...........))))((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.37 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.30 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...........))))(((((.......)))))........ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.[[[[[..))))...((((((..((((....))))..))))))....]]]]]))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -15.42 (((((((..((((........))))...((((((..((((....))))..)))))).........))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.17 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.84 (((((((.....(((((.......[[[[.)))))..((.((..........)).))...]]]]..))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -14.82 ((((((.......)))))).......(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -14.21 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))(((((.......)))))........ New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.16 (((((((...(((........)))((((((((((..((((....))))..))))))...))))..))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.09 (((((((.....(((((............)))))..((((....))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.05 .........((((........)))).(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -13.91 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.96 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -19.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.96 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -20.41 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.99 ..((((..[[[[.))))....((.(.(((((.......))))).).)).((((.......))))..]]]]...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.49 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.16 ((((((((.((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.16 ..((((..[[[[.))))......((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).]]]]...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.07 (((((....((((........))))....))))).......((((...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.96 ..((((..[[[[.)))).........(((((.......))))).....(((((.......))))).]]]]...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.12 .((((....)))).....((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -18.02 ((((((((.((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))............)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.88 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.55 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.50 .((((....))))........((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -17.41 ..((((.......)))).((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.21 .((((....)))).....((((....(((((.......))))).....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -16.93 ((((((((........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....))))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -16.88 (((((((..((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -16.87 (((((((..((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........)).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -16.77 New CC F-measure-avg: 0.580, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... Energy of known structure: -2.82 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -3.71 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.95 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -6.63 .(((((((((......................)))).)))))..((((...)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.69 ............(((((.......((((((([[[))))))).....))))).]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.67 ..(((((((...[[[[[)))))))...((((((.......))))))]]]]]((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.66 ..(((((((...[[[[[)))))))((((((({{{))))))).....]]]]].}}}.......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -5.29 ..(((((((...[[[[[)))))))(((((((...))))))).....]]]]]((.........)). New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -5.25 .(((((......[[[[[.....{{{{{..........)))))....]]]]]...}}}}}...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.99 ((((((((.(((((......)))))..((((((.......)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -4.96 (((............)))......((((((([[[)))))))]]]((((...)))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -4.89 ..(((((((........)))))))((((((([[[)))))))]]]((((...)))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -4.83 ............(((((.....[[[[[((((((.......)))))))))))...]]]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.81 (((............)))......((((((([[[)))))))...........]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -4.77 .(((((((((......................)))).)))))..(((....)))........... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.194, New CC Energy: -4.75 ..(((((((........)))))))((((((([[[)))))))...........]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -4.71 ((((((((....(((((......................[[[....)))))..)))))))).]]] New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -4.57 ((((...)))).(((((.......((((((([[[))))))).....))))).]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -4.39 ..(((((((........)))))))...((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.34 ...((((((........)))))).(((((((...)))))))...(((.....))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -4.24 .........(((((......)))))..((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.17 New CC F-measure-avg: 0.220, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((........))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -5.62 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -6.07 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.30 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]]...((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -5.99 (((((....(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.944, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -5.80 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]].......((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -5.68 ........(((((((((........)))))))))...((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -4.98 ........(((((((((........))))))))).......((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.67 (((((...(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -4.43 ....((..........)).(((((.......))))).....((((.......))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -4.38 ....((..........)).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -4.37 .........(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -4.20 .........(((...))).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.19 ....(((..........)))((((.......))))..((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -3.66 ....(((..........)))....((((......))))...((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -3.66 ........(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))........... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -2.68 New CC F-measure-avg: 0.515, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... ((((((...((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.33 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.550, Initial Energy: -17.72 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.82 ((((((...((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.........))).)))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -20.17 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.54 (((((((..((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -19.48 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.89 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -18.87 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -18.78 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.49 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -18.40 ..(((((..((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.........))).....))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.84 (((((((..((((((....)).))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -17.25 ....((((((...((..((((...((...(((((((......)))))))....))...))))...))....)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.17 (((((((..((((.........))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -17.16 (((((((..((((...........)))).(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -17.07 ..(((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]].........))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -16.88 New CC F-measure-avg: 0.469, New CC F-measure-best: 0.791, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... (((((((.....(((((.......)))))....(((....)))))))))).... Energy of known structure: -1.05 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -3.20 New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.71 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.55 ((((((((....(((((.......))))).....((....)))))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -5.38 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -4.38 ............(((((.......)))))...((((((..........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.24 (((((((((((((((((.......))))).......)))))..))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -4.10 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -3.53 ((((((((........(((..............)))......)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -3.02 ............(((((.......))))).......(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.00 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -2.77 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.12 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.12 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -15.55 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -17.43 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -17.43 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -15.58 New CC F-measure-avg: 0.908, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.54 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.54 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -18.85 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -18.85 .((((((((....)))))))).(((.(((.......))))))((((....))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -18.54 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -16.92 ...((((((....))))))((((....)))).......(((((((....))))))). New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -16.18 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -15.32 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -8.73 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.59 .((((((((....)))))))).............(((.[[[[[[))).]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -10.99 .((((((((....)))))))).............(((..[[[..)))]]]..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -8.90 New CC F-measure-avg: 0.825, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -8.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.99 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.25 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -6.84 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.84 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.84 ....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.58 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -18.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -20.64 .((((((((....))))))))............((((....[[[[))))]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -18.39 .((((((((....))))))))............((((....[[[[)))).]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.38 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -16.99 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -30.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -30.15 ...((((((....))))))((((.(((((....))))).[[[[[[[[[))))....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -26.53 New CC F-measure-avg: 0.796, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). Energy of known structure: -22.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -22.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -23.74 New CC F-measure-avg: 0.909, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... .(.((((((....)))))).). Energy of known structure: -7.23 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -7.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.23 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. Energy of known structure: -15.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -16.50 New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -16.77 .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.50 .((((((((....)))))))).....(((...[[[[))).....]]]]... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -15.73 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -14.71 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.15 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.........))).(((((...))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -9.18 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -11.35 ((((..(((....)))...)))).(((.........))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -9.80 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -8.11 .(((..(((....)))....))).(((.........))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -7.59 New CC F-measure-avg: 0.470, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.29 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.29 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.29 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....)))))..)))... Energy of known structure: -4.24 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.56 New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -10.52 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -9.96 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -8.85 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((......)))))..... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.01 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((........)))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.71 .((((((((....)))))))).....((((.................))))............... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -6.66 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.839, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -5.03 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -8.44 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -10.35 ........(((((.....(((.......)))..)))))..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -8.65 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.44 .(((((.((....)).))))).......((((......)))).(((((((.........))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.88 .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))).))))... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -7.70 .......((....)).(((((..........)))))....(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -7.35 .(((((..[[[[[...))))).....((((...]]]]]..[[[[...)))).....]]]]...... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -6.43 New CC F-measure-avg: 0.518, New CC F-measure-best: 0.774, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) Energy of known structure: -12.82 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -15.97 New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -16.09 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -15.25 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -14.75 .((((((((....)))))))).........(((....)))((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -14.74 .((((((((....))))))))(((......(((....))).(((....)))))). New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -14.52 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -14.12 .((((((((....))))))))(((..(((.(((....))).))).......))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -13.55 .(((((((([[[.))))))))(((......)))((((((....]]]..)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -13.29 ...((((....))))..(((((....(((.(((....))).)))....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.12 New CC F-measure-avg: 0.618, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. .(((.(((((....)))))))).....((........))(((((((((...((((.......))))...))))))))). Energy of known structure: -24.27 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -25.16 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -25.67 .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.16 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.......))))...))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -24.60 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.......))))...)))))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.22 .....(((((....)))))..((....))..((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -22.11 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....)))))))).(((........)))...((((((....)))))). Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -19.53 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 0.903, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.99 .((((((((....))))))))..........((((.......))))......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.95 .((((((((....))))))))........(((((....)))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -6.55 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.00 .((((((((....))))))))...................(((....)))..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -4.82 .((((((((....))))....((((...((((.....))))...))))..)))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -4.42 .((((((((....))))))))...........((((...))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.11 New CC F-measure-avg: 0.621, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -11.43 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.76 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.43 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -25.50 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -25.50 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -24.65 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -24.58 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -24.27 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -23.51 .((((((((....))))))))(((......)))((((....[[[[[[[[))))]]]]]]]].... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.36 .((((((((....)))))))).....(((((((([[[[[))))))))((....)).]]]]].... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.69 .((((((((....))))))))(((......))).(((((.......(((....)))))))).... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -20.57 New CC F-measure-avg: 0.745, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.42 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.42 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.42 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -15.06 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -16.26 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.26 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.06 .((((((((....))))))))(((((.......................))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.03 .((((((((....))))))))...............(((............))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -12.80 New CC F-measure-avg: 0.717, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -10.64 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -11.57 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -11.57 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.64 .((((((((....))))))))....((((((..(((((.[[[))))))))))).......]]]. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -10.00 .((((((((....))))))))............(((((.[[[))))).............]]]. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.79 ..(((((((....)))))))((((......)))).........((((((....))))))..... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -8.46 ..(((((((....)))))))((((......))))..(((((.....)))))............. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.73 .((((((((....))))))))..........((.......)).((((((....))))))..... New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.733, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.46 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.46 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.46 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....)))))))...................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -21.92 New CC sens: 0.960, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.980, New CC Energy: -22.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.23 ..(((((((....)))))))...................(.(((..((((((((..(((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -21.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -21.23 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -20.12 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -19.62 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -19.42 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.40 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -19.35 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -19.12 .(((((.......))))).....................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -18.89 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -18.78 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.69 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -18.62 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -18.53 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -18.42 .(((((.......)))))..............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -18.41 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -18.30 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.27 New CC F-measure-avg: 0.551, New CC F-measure-best: 0.980, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. Energy of known structure: -15.12 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -16.91 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -19.32 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........)))))). New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -16.24 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[....{{{...))))))..]]]}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -15.85 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[....))))))...]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.60 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[..........))))))..]]]... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).((((((............[[[...)))))).....]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 .((((((((....)))))))).((((((..................))))))........ New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -12.90 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -12.90 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -12.49 New CC F-measure-avg: 0.573, New CC F-measure-best: 0.848, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....)))))))...................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -19.52 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -21.06 New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -21.99 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -21.41 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -19.80 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -19.33 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -19.13 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.89 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -18.88 .(((((...(((.......)))..........(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -18.87 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -18.48 .(((((.......))))).....................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -18.17 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.01 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.87 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -17.72 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -17.69 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -17.68 .(((((((((((.......)))............))))))))((.((.(((((..((((((....))))))))))))).)).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -17.67 New CC F-measure-avg: 0.429, New CC F-measure-best: 0.898, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -9.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.54 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -12.54 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -22.75 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -22.75 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.71 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.94 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -24.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -29.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -29.07 New CC F-measure-avg: 0.878, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -29.06 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -29.02 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -29.06 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -28.58 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -25.75 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.55 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((........))))............. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -23.28 New CC F-measure-avg: 0.804, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.28 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.28 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .((((((...)))))). Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -2.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((.......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -7.87 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -10.95 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.08 ........((([[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -9.02 ....((.(..((((((.......))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -8.42 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -8.13 .((.....)).((((((..........))))))...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -7.78 ........((((((((.......)))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -7.30 ....((.(..((((((.......))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -7.26 New CC F-measure-avg: 0.646, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... Energy of known structure: -12.27 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -17.73 New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -17.73 ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -17.51 ....(((((((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.76 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -16.58 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -15.83 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((....)))))..[[[[[....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -15.73 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -15.59 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((((..(((((....)))))....)).....)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.55 (((((...(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))....)))))........ New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -15.38 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))..(((((...........))))).... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -14.95 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))................. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -14.89 ....((((.((((....))))...........(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -14.84 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -14.66 ........(((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).......... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -14.59 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))(((.........))).....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -14.56 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....)))).........(((.........))).....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -14.53 (((((...(((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -14.32 ........(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))..[[[[[.))))).))).]]]]].... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -14.27 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((......)))))......))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -14.14 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....))))...........(((((...........))))).... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.05 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.51 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -24.37 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -28.31 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.920, New CC Energy: -28.31 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -28.12 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -27.59 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.74 .....(((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -25.61 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -25.37 .((((..........(((((......[[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]].]]]]...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -25.34 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.18 .((((..........(((((.......[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]]]]].....)))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -24.98 .((((.........((((...)))).((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -24.22 .((((.........((((...))))..(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.17 .((((..((((......((((.....))))((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -24.10 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -24.05 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -23.81 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.72 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....)))))).......))))........)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.49 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -23.33 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -23.10 .((((..((((...((((...)))).....((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -22.97 .....(((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -22.80 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.920, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -8.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.30 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -6.87 New CC F-measure-avg: 0.935, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -12.78 New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -14.68 ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -12.78 .((((..[[[[[[[)))).....((((((........]]]]]]].))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -12.02 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -11.13 ((((...(((((((.(((((....[[[....))))).))))))).)))).]]]((((((......))))))... New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -10.97 .......(((((((.........[[[[[[........))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -10.97 .((((.[[[[[[..)))).....((((((....]]]]]]......))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.348, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -10.20 .((((..[[[[[[[)))).....((((((.{{{{{..]]]]]]].))))))...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -9.84 .......(((((((.(((((....[[[....))))).)))))))......]]]((((((......))))))... New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -9.07 .......(((((((.........[[[[[[.{{{{{..))))))).]]]]]]...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -8.79 New CC F-measure-avg: 0.672, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). (((((.[[[[.))))).......]]]]..... ......((((.(((......)))))))..... Energy of known structure: -0.48 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -3.15 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -3.82 (((((.[[[[.))))).......]]]]..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -3.15 (((((...[[[)))))]]]............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.08 ...........(((.[[[[.)))]]]]..... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.78 ........((([[[..))).]]]......... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -2.70 (((((...[[[)))))]]]..(((.....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.58 .((((......))))((((....))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.56 ........((([[[[.)))...]]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.41 (((((.[[[[.)))))....]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.12 (((((......)))))(((....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.86 ......((((..........))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.61 ...........(((......)))......... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -1.07 (((((......))))).....(((.....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.90 ...........((((.......))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.80 ........(((.....)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.69 ........(((.....)))..(((.....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.19 New CC F-measure-avg: 0.174, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -1.94 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -5.59 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.59 .((((..........[[[.[[[[.))))]]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 ((((....)))).......((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.61 .((((..............[[[[.))))]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.52 .((((((((((..........))))....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -3.36 ((((....))))........((((........)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.63 New CC F-measure-avg: 0.125, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL guggguGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCC .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). Energy of known structure: -15.05 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -14.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.05 .((((((.((((....))))...))))))...((((.....))))((((((....)))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -14.57 .((((((..(((.......))).)))))).....(((...(((......)))..)))..... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -12.15 .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))....((((....)))). New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -11.85 .((((((..(((.......))).)))))).....(((............[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.71 .((((((..(((.......))).))))))............(((.....[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.71 .((((((.((((....))))...)))))).....(((...(((......)))..)))..... New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.67 .((((((..(((.......))).)))))).....((((...(((..........))))))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.64 .((((((..(((.......))).)))))).....((((..(((......))).....)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.47 .((((((.((((....))))...))))))...((((.....))))....((((....)))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -11.37 .((((((.((((....))))...)))))).....(((............[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...))))))............(((.....[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...)))))).....((((...(((..........))))))). New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.16 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00650; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.saccatum.C1.SSU.1512; ORGANISM=NULL UUCCGUUAACACACCUAGCGGAU .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). Energy of known structure: -3.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.99 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL auggguGGUUUUCCAUCAGCAUUACCCAACACAGCUUUCAAGCUAGUA .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))....((((....)))).... Energy of known structure: -7.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.86 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -7.86 ...(((((....)))))...............((((....)))).... 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.87 New CC F-measure-avg: 0.207, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00672; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.P.carinii.Pc3.C1.LSU.1921; ORGANISM=NULL UAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUG .(((((((..........))))))). ((((((((..........)))))))) .(((((((..........))))))). Energy of known structure: -5.39 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -4.77 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.39 .....(((((....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.92 ..........(((....)))...... 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New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.83 New CC F-measure-avg: 0.182, New CC F-measure-best: 0.500, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00697; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.T.malaccensis.C1.LSU.1925; ORGANISM=NULL ACUCUCUAAAUUGUAAAAUUUCCUUUGGAGGGA .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). Energy of known structure: -6.22 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.22 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.22 .((((..(((((....))))).....))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.46 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00715; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.m.S.luteus.A1.LSU.2504; ORGANISM=NULL cgauAGUUUAAAUGUCGCUUAAAUUAGAAAUAAUUUAU (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). Energy of known structure: -5.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.17 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.17 ....(((.........)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -3.32 ...((((((((.......))))))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.78 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00002; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=17RA; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUAAGGAUUACCUAUGCC (((((.(((....)))))))) ((((((.((....)))))))) ((((((.((....)))))))) Energy of known structure: -4.58 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -4.58 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -4.58 ((((((.........)))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -2.93 ......(((....)))..... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -0.96 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00007; TYPE=Other Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1AFX; ORGANISM=NULL GGUGUGAACACC ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -2.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00012; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ANR; ORGANISM=SYNTHETIC GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC ..(((....((((......)))).))).. ((((((...((((......)))))))))) ((((((...((((......)))))))))) Energy of known structure: -3.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -8.71 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -8.71 (((((((((.......)))....)))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -5.32 New CC F-measure-avg: 0.599, New CC F-measure-best: 0.824, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00015; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ATV; ORGANISM=SYNTHETIC GGGACCAGAAGGUCCCG ((((((....)))))). ((((((....)))))). ((((((....)))))). Energy of known structure: -7.78 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.78 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.78 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00028; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1C0O; ORGANISM=TETRAHYMENA THERMOPHILA GGGUCUUCGGGUCC (((((....))))) ((..(....)..)) (((((....))))) Energy of known structure: -4.34 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -3.17 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.34 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00049; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EOR; ORGANISM=NULL GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) Energy of known structure: -6.68 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.68 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.68 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -2.75 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -4.22 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -4.22 .((((......))))(((......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.74 (((...........)))..(....).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.58 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.59 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.59 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -9.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.03 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.03 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -3.44 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.44 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.44 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -1.81 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.81 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.81 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) .((((((.((.(((....))))).)))))). Energy of known structure: -6.63 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -7.81 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -8.07 (((((((...((((....))))..))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -7.81 ..........((((....))))((....)). New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.11 New CC F-measure-avg: 0.728, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -9.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.01 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.01 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -21.04 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -23.58 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -23.58 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -23.16 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -22.41 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -21.85 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.14 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -20.68 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.936, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -4.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.86 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.86 ......(((.....)))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -1.54 ...(((.........)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.97 New CC F-measure-avg: 0.515, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -8.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.51 .((((.....[[[))))]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.61 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -13.80 New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -17.54 (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -15.24 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -14.34 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -13.82 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -13.78 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -13.78 New CC F-measure-avg: 0.505, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.05 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.05 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -4.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -11.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -12.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -12.21 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -11.04 New CC F-measure-avg: 0.926, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -6.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.79 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -6.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -7.08 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -7.08 New CC F-measure-avg: 0.933, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -0.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -4.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -4.65 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -5.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.01 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.01 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -7.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -8.75 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -8.75 ((((...((((((....))...))))...)))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -6.71 ((((......(((....))).........)))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -5.14 (((.......))).....(((...)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.02 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -10.06 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.06 ((((((...(((((....))))).........)))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -9.19 New CC F-measure-avg: 0.958, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -17.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -35.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -35.79 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -32.52 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -31.15 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -30.43 .......(((((..(.((((.......)))).)...))))).((((..[[[[.))))..]]]]....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -29.67 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))......]]]].........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.27 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -9.88 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -11.54 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -11.54 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((.(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))....))). Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -19.06 New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.09 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -18.56 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -17.57 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -17.11 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -17.07 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -16.52 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -16.50 .(((((((((...[[[[)))))............((.((.((((((....)))))).))))....]]]].......)))). New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -16.49 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -16.43 .....(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))........ New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -15.62 .(((((((((.......)))))....((((((((....(((((........)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.43 .....(((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...)))))............ New CC sens: 0.391, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -15.15 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... Energy of known structure: -29.43 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -33.89 New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -34.20 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.967, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.967, New CC Energy: -33.89 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -32.54 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -32.31 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -32.31 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -32.21 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -31.97 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.644, New CC Energy: -30.75 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -30.65 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.931, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -30.40 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -30.37 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))....)))))..[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -30.04 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))....)))))..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -29.72 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.475, New CC Energy: -29.53 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((....((....))(((....))).....))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -29.25 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -29.05 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........))))))..... New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -28.82 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -28.82 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -28.72 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -28.48 New CC F-measure-avg: 0.730, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -13.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.03 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.03 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((...........)))))))) Energy of known structure: -9.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.08 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -9.28 New CC F-measure-avg: 0.889, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) Energy of known structure: -6.36 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -4.14 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -7.03 ..(((((((((........))..((((........)))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -4.73 ..(((((((....(((..................)))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -4.38 ........(((........))).((((........))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.21 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -11.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.66 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.66 (((((((.((((....))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -12.23 New CC F-measure-avg: 0.905, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.65 .....((((((((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -15.40 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -3.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.51 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -15.02 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -18.82 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -17.09 ..(((((..((((...[[[[[.))))((((((.......)))))).....]]]]]..........))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -17.04 ...(((((.((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -16.62 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.24 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -16.02 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -15.92 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.88 .((((....((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -15.87 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.72 .........((((...[[[[[.))))((((((.......)))))).....]]]]].....(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -15.32 New CC F-measure-avg: 0.621, New CC F-measure-best: 0.914, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.24 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.24 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.24 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -12.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -13.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -13.51 New CC F-measure-avg: 0.963, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -8.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -10.94 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.94 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((..((((.((((.......)))))))))))))))) Energy of known structure: -4.08 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -5.27 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.44 (((((.(((.....((((((.......))))))..)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -6.10 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -5.77 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -4.50 .........((((((((................)))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.99 (((((((((.......))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -3.83 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -3.52 ...........((((.((((.......))))))))........ New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -2.55 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((.....(((....)))....))))) Energy of known structure: -8.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.71 New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -9.15 (((((((((........))))...))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -5.72 New CC F-measure-avg: 0.748, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -11.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -11.12 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.12 (((((...((((....).)))..))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -7.26 New CC F-measure-avg: 0.816, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). (((((.((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...)))..))))). Energy of known structure: -15.11 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -17.74 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -17.84 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -17.22 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.93 ((((((......(((.........)))...............(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -14.52 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -14.49 ((((((..(((((((.........))).......))))..........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -13.97 ((((((((((....))))......((..........))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.91 New CC F-measure-avg: 0.672, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))((....((((......))))....))......)))))))) Energy of known structure: -19.54 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -20.02 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -21.47 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -20.57 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -20.48 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -19.82 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -19.58 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -19.10 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -18.99 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....(((.......))).((....))....)))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -18.93 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -18.92 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -18.77 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -18.34 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -18.20 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -18.11 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -17.93 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -17.86 ((((((((.....(((((......)))))(((...((....((((......))))....)))))...)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -17.58 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -17.39 New CC F-measure-avg: 0.568, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -4.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.93 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.93 ....(((....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.94 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -12.94 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -9.27 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -12.97 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.83 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -9.80 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -11.45 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -10.28 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -11.48 (((((((..........)))))))....(((....((....))...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.41 .((((((.....)))))).((.((....((......))......)).)) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.46 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -8.34 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -8.31 (((((((.......[[[)))))))....(((....]]]........))) New CC sens: 0.188, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.207, New CC Energy: -8.18 .((((((.....))))))...(((....)))....((....))...... New CC sens: 0.188, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -7.59 New CC F-measure-avg: 0.438, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -9.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.91 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.91 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -14.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -14.21 (((((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -11.77 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -11.63 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -11.19 New CC F-measure-avg: 0.747, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -7.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -10.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -10.33 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -8.04 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.62 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -7.32 New CC F-measure-avg: 0.658, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -6.30 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.51 New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.51 (((((((...((((((.........))))))(((.......)))...))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -8.38 .....((((.(((((([[[......))))))....))))..]]].......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -7.62 ..........(((((([[[......))))))..........]]].......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.56 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.35 (((((((....(((((.........)))))(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -6.95 ..........(((...))).........(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -6.48 .....((((.(((...))).........[[[[[..))))]]]]].......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -6.24 (((((((...(((...)))...........(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -5.94 New CC F-measure-avg: 0.431, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -7.73 New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.21 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -9.86 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -9.77 .....((((((((...))))........[[[[[..))))]]]]].......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -9.15 .....((((((((...)))))..)))....(((((.....)))))......... New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -6.66 ...((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -6.29 ........(((((...))))).........(((((.....)))))......... New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.22 New CC F-measure-avg: 0.624, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... Energy of known structure: -6.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -8.48 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -8.55 .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -8.48 .....((((((((...))))......[[[[[[[.......))))]]]]]]]... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -8.16 ....(((.[[[)))..]]].......(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.43 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -5.92 ........(((.....))).......(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.88 .((((((.(((.....))).........(((((......)))))...)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -5.77 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -5.20 ....(((....)))............(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.18 New CC F-measure-avg: 0.369, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -9.56 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -19.84 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -20.19 ((((((.((((((((...)))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -19.89 ((((((.((((((.......)))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -19.77 ((((((.((((((.......)))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.72 ((((((.((((((((...)))))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -19.47 ((((((.((((((((...)))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.42 ..(((..((((((.......)))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.15 ..(((..((((((.......)))))))))....((((((((.((((((....)))...)))))))...))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -17.73 ..(((..((((((.......)))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -17.68 .......((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.44 ((((((.((((((.......))))))..........((((((((((((....))))).)).))))).........)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -16.39 ((((((............((((...))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.29 New CC F-measure-avg: 0.606, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -11.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -15.13 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -15.13 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -13.80 ........(((((((....)))))))(((....((((....))))....)))... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -13.60 ........(((((((....))))))).......((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -12.57 ....(((((((((((....)))))..)))))).((((....)))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -12.00 ........((((((([[[[))))))).......((((....))))......]]]] New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -11.95 New CC F-measure-avg: 0.670, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -8.77 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -11.75 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -11.75 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -9.39 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.04 .....(((.(((.......))).)))..(((((.[[[[.))))).....]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -8.51 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -9.55 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -12.69 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -12.69 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -10.02 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -9.58 New CC F-measure-avg: 0.767, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. ((((((((.((((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))..))).)))))))).. Energy of known structure: -11.60 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -16.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.71 ((((((((...((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -20.19 ((((((((.((((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))..))).)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -18.33 ((((((((...((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.81 ((((((((.(((..((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).))).)))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.88 ((((((((......((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).....)))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -16.57 New CC F-measure-avg: 0.571, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -7.93 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -13.84 New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.84 ..(((([[[[[[[[[...........[[[[[..))))..]]]]]..........]]]]]]]]]. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -13.80 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -13.04 (((((((((...((...(((...(((.......)))...)))....))...)....)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -12.36 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -12.02 ((((((((..((((.........))))((((........))))..(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.81 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -11.37 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.28 ((((((((......((((.....(((.......)))...))))..(((....))).)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.97 ..(((.[[[[[[[[[........)))(((((........)))))..........]]]]]]]]]. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -10.94 ((((((((..((((((................)))))).......(((....))).)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.53 ((((((((..((((((...[[[[[........)))))).............]]]]])))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -10.14 ...((((.(...((...(((...(((.......)))...)))....))...).))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.13 New CC F-measure-avg: 0.348, New CC F-measure-best: 0.571, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). (((((((.(((........(...((((..(((((......)))))..))))...).)))))))))) Energy of known structure: -13.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -14.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -14.62 (((((((..(((...........[[[[..[[[[[.)))..]]]]]..]]]]........))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -12.83 (((((((..........(.(...((((..(((((......)))))..))))...).)..))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -12.37 (((((((.(((...........(((((...........))))).............)))))))))) New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -12.34 (((((((.(((......(((............)))...(((((...))))).....)))))))))) New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.49 (((((((..((.............))...(((((......)))))...(((....))).))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -11.35 (((((((..(((.................[[[[[.)))..]]]]]..((((....))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.24 (((((((..((.............))......((((..(((((...)))))..))))..))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.22 (((((((.(((............((((((((..........))))..)))).....)))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -11.17 (((((((................((((..(((((......)))))..))))........))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -11.10 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.919, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -7.05 New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -7.53 (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.05 ....(((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.51 ............((((((.........[[[[..[[[[[..))))))]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -6.47 ..........((((......))))...((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -6.24 .....((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -6.21 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.20 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -5.81 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -5.79 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.78 (((.[[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}]]]]].... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -5.67 ............(((((..[[[[[....[[[.)))))]]]........]]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.56 .....((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))....)))). New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.51 ............((((((..........[[[.[[[[[[..))))))]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -5.46 (((.[[[[[[..((((((.........[[[[.........))))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -5.35 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -5.35 ......((((..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]....))))}}}}.......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -5.33 ............(((((..[[[[[....{{{.)))))...........]]]]]}}}......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.24 ............(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]........}}}}.......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -5.19 (((.........(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]].......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -5.15 New CC F-measure-avg: 0.364, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -7.02 New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -7.53 (((.[[[[[[.(((((.(((.......[[[[....)))...)))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -7.28 ..........((((......))))...((((..(((((....[[[[)))))))))]]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -7.24 ............(((((..[[[[[....[[[.)))))]]]..((((..]]]]]..))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.12 ......((((.(((((.(((.......[[[[....)))...))))).))))]]]].......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -7.05 (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.02 ...........(((((...........[[[[..[[[[[...)))))]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -7.01 ....(((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.51 (((..[[[[..(((((.(((.......[[[[....)))...)))))..)))]]]].....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -6.34 ............(((((..[[[[[........))))).....((((..]]]]]..))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.25 ..........((((......))))...((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -6.24 (((.[[[[[..(((((.(((........[[[....)))...)))))..)))..]]]]]]]].... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -6.23 .....((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -6.21 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.20 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -6.14 ....((((((..(((((..((........)).)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -6.05 ...........(((((............[[[.[[[[[[...)))))]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.125, New CC Energy: -5.99 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -5.81 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.78 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -5.76 New CC F-measure-avg: 0.375, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00651; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 M18895.1/367-303; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGGAAUUAA ....(.(((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))).).... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... (((.......((((......))))...((((..(((((........)))))))))..)))..... Energy of known structure: 3.42 Initial sens: 0.353, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.364, Initial Energy: -4.28 New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -7.08 ..........((((......))))...((((..(((((.[[[[[[[))))))))).]]]]]]].. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -6.93 .......(((((((......)))).)))(((.((((((.[[[[[[[)))))).)))]]]]]]].. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.83 ............((((((.........[[[[..[[[[[..))))))]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.47 (((....(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).))).)))..... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -6.44 ............((((((.[[[[[......{{{{......))))))..]]]]]..}}}}...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.30 ..........((((......))))...((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -6.24 ............(((((..[[[[[........)))))..(((((((..]]]]]...))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.02 ............((((((.[[[[[....(((.{{{{{)))))))))..]]]]]...}}}}}.... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.89 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -5.78 ............((((((.[[[[[....(((..{{{{)))))))))..]]]]]....}}}}.... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.73 ......((((..((((((.........[[[[..{{{{...)))))).))))]]]]..}}}}.... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -5.71 ............(((((..[[[[[....{{{.)))))..(((((((..]]]]]}}}))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.69 ............(((((..[[[[[....[[[.)))))]]]........]]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.56 (((.........(((((..........[[[[.)))))..............]]]]..)))..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -5.55 ............((((((..........[[[.[[[[[[..))))))]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.125, New CC Energy: -5.46 ...................(((((......[[[[..............)))))..]]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.38 ......((((..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]....))))}}}}.......... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -5.33 ......((((((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))..... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -5.27 ............((((((.[[[[[........{{{{{...))))))..]]]]]...}}}}}.... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.25 New CC F-measure-avg: 0.212, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00661; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036392.1/168-121; ORGANISM=NULL AUCCAACUGACGAGCGCCAAAUAGGAGGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.((...........(......)......((....)).....)).)) .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ .......(((((.(((((........))...))).)))))........ Energy of known structure: 6.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.84 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.78 .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.84 .............((((...............))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.05 .(((...[[[[[.[[[..........)))..]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.68 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00666; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036397.1/166-119; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUCCCAAACAGCACGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.(((.......((.(......).))...((....))....))).)) ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... .......(((((.((........[[[......)).)))))...]]].. Energy of known structure: 2.86 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.250, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -4.39 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.91 ...(((.(((((.((.................)).)))))..)))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -5.69 .......(((((.((......[[[........)).)))))..]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.69 .......(((((...........[[[.........)))))...]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.43 ...(((.(((((...........((.......)).)))))..)))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -4.04 .....((((............))))(((.......))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.51 .......(((((.........[[[...........)))))..]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.21 .......(((((.((.................)).)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.89 New CC F-measure-avg: 0.075, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00671; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036404.1/166-122; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUGCCAAAUAGGACGAAAUGCGCAUCCUGGAU ((((((.......((.(......).))...((....)).)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) ((((((..((...((((...............)))).)))))))) Energy of known structure: -1.00 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -2.49 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -5.83 .............((((....[[[[[......)))).]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.16 ((((((.......((((...............))))...)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.15 ((((((.......((((.................)))).)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.61 .....(((....)))......(((((...........)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.37 .............((((...............))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.54 .....(((....))).(((....(((.(.......).)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.06 .(((.(((....))).[[[....)))..............]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.98 New CC F-measure-avg: 0.208, New CC F-measure-best: 0.571, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00672; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036740.1/159-117; ORGANISM=NULL AUCCAGCUCACGAGUCCCAAAUAGGACGAAACGCGUCCUCCAU ((..((.......((((......))))...(....).))..)) .....(((....))).......((((((.....)))))).... ......................((((((.....)))))).... Energy of known structure: 3.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -5.49 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.64 .....(((....))).......((((((.....)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.49 .............((((......))))................ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -3.57 New CC F-measure-avg: 0.205, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00680; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036754.1/138-91; ORGANISM=NULL AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU ((((((.......((((......))))...((....))....)))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) Energy of known structure: -6.15 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -10.23 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -10.23 ((((((((((((....(((...)))..........)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.40 ((((((((.....((((......)))).............)))))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -6.92 ((((((((........(((...)))(((.......)))..)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.43 New CC F-measure-avg: 0.613, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).)))....)))) Energy of known structure: -0.58 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -5.93 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -5.98 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -5.83 .((([[[[[......{{{{{...))).....]].]]]..}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.59 .((([[[........{{{{{...)))........]]]..}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.52 ....(((((......[[[[[...........)).)))..]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.44 ....(((((............[[[[[.....)).)))]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.28 ((((((.((...(((((......)))))...))......)))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -4.26 .(((.......[[[[{{{{{...)))........]]]].}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.21 (((((((.....(((((......)))))......)))....)))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -3.96 ....(((.....(((((......)))))......)))........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -3.81 ...........(((([[[[[..............)))).]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.41 ....(((..............[[[[[........)))]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.21 (((((((((......(((.....))).....)).)))....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -3.11 ....(((((......(((.....))).....)).)))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.96 .((([[[[[..............))).....]].]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.84 (((((((........(((.....)))........)))....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -2.34 .....................(((((...........)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.32 ((((((......(((((......)))))...........)))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -2.25 ....(((........(((.....)))........)))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.19 New CC F-measure-avg: 0.243, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=RFA_00723; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 Z69690.1/390-342; ORGANISM=NULL GCCCCGCUGAUGAGGUCAGGGAAGACCGAAAGUGUCGACUCUACGGGGC ((((((.......((((......))))...((.(....).)).)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -11.15 New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -11.15 .((([[[[.....[[[[.)))..]]]]...]]]]....(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -10.77 ((((((.......((((......))))...(((....)))...)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -10.72 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -9.95 (((((((((((...)))))(((.((((....).)))...))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -9.69 ..(((........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -9.26 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -9.19 ((((((.(((((.((((......)))).....)))))......)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -8.90 ..((((((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.82 ((((((.......((((..[[[.))))............]]].)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -8.62 ....((((.....((((......))))...))))....(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.49 .(((.(((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.25 ..(((.............)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.07 .(((.........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -7.87 ......(((((...)))))....((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.69 .(((..............)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.41 New CC F-measure-avg: 0.330, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -5.68 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -6.56 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.56 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.03 ..........(((....(((......)))..)))......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -3.54 New CC F-measure-avg: 0.255, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.51 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.63 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.62 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -7.03 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.01 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.72 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.71 ..(((((..(((...)))((.......))..)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.38 ..(((((...[[[....(((.......))).)))))..]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.73 New CC F-measure-avg: 0.222, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -5.35 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.99 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -9.33 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -8.50 .....(((((....)))))...........(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.01 .....(((((....))))).........((((......)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.86 .....((((([[[.)))))....(((.....]]]......))) New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -6.76 .....((((([[[.)))))....((((....]]]...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -6.75 ((((((....(((..................)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -6.68 .....(((((....)))))....(((..............))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.42 .....(((((....)))))...........(((.......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.16 .....(((((....)))))....((((..........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.99 .....((((([[[.)))))............]]]......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -5.92 New CC F-measure-avg: 0.251, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -9.74 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -9.26 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.25 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -7.66 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -10.55 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -10.55 (((((((.(((((..........))).))..).....)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -8.19 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.17 ((((((.........(((.....)))...........)))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.97 ((((((.(((....)))...(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.63 New CC F-measure-avg: 0.547, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((....(((....(((......)))..)))...))))). Energy of known structure: -8.31 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -6.09 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -9.08 New CC F-measure-avg: 0.696, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -6.75 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.32 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.31 ((((((...(((...)))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -5.30 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.42 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.54 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.53 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.46 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -4.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.14 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.14 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.55 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.60 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.91 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.92 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))........ New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -19.12 (((((((((((((..(((..(....(((((((...)))))))...))))))).........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -18.80 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -18.68 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -18.66 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......((((....)))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.32 (((([[[[.)))).]]]]....((((((((((...))))))).))).(((((.......)))))(((.....))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -18.26 ((((((.........[[[[...((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -18.09 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -18.08 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -17.91 ((((.....)))).((((....((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -17.78 New CC F-measure-avg: 0.577, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... Energy of known structure: -21.75 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -21.77 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -21.98 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.77 ((((((...((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].............)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.68 ..((((...)))).(.((((((.((.(((((.......)))))......((((.......)))))).)))))).). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.57 ..((((...))))...((((((.((.(((((.......)))))..))..((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.36 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.33 ..((((...))))...((((((.((((((((.......))))..((((........))))..)))).))))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -19.07 ..((((...))))...((((((.((((..........((((((...))))))..........)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.82 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.27 ((((((...((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........))..)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -17.90 ((((((...((((...[[[[[))))((.......)).((((((...))))))......]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.79 ((((((...((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -17.65 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} ((((((((..((....))...))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... Energy of known structure: -18.00 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -14.63 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.49 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -18.44 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.01 ((((((((.....[[[[[[..))))))))........((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -17.17 ((((((((..((....))...)))))..)))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -17.10 (((((....((((........)))).(((((.......))))).(((((..((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.83 .........((((........)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -16.79 ((((((((..((....))...))))))))((((....[[[[.))))..(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -16.79 (((.....((((([[[[[[....))))))))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -16.76 ((((((((.....[[[[[[..))))))))((((....{{{{.))))..(((((.]]]]]])))))....}}}}... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.185, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -16.34 ((([[[[[.((((........))))...)))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -16.20 ((([[[[[(((((..........))))))))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -16.20 ..(((([[[[...[[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]]))))).....]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -15.97 (((......(((([[[[[[..))))...)))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -15.95 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -15.85 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -15.77 ((((((((..((....))...))))))))((((.........))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.75 (((.....(((((..........))))))))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.64 ((((((((..((....))...))))))))........((((...(((((..((.......)))))))..))))... New CC sens: 0.100, New CC ppv: 0.095, New CC F-measure: 0.098, New CC Energy: -15.62 ((((((((..((....))...))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.30 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.43 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -20.42 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.43 (((((((..((((........)))).(((((...[[[[)))))..............]]]]....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.12 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.14 .........((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -17.01 (((((((.........[[[[...((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.84 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.73 .........((((........)))).(((((.......))))).((..(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -16.67 .........((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.805, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.26 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -18.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.26 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -19.95 (((((((((((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -18.20 ((((((((((...(((.......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.95 (((((((....[[[[............(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.89 ((((((((...[[[[............(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.85 ((((((((((((....[[[[.[[[[..(((((.......)))))........))))).....]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -16.68 (((((((....[[[[......((((..(((((.......))))).((((....)))).....)))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.52 (((((((.((...(((.......)))...))((((...)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.44 ((((((((........[[[[.......(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.39 ((((((((..............[[[[.(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.37 ((((((((((....))).....[[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -16.32 New CC F-measure-avg: 0.683, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -18.88 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -21.05 New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -21.59 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -20.31 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.79 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -19.17 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.88 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -18.51 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.37 (((((((.....))))((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -17.92 (((((((.....))))((((......)))).))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -17.79 (((((((...........(.(((.((...)).))).)..(((....)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.68 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.42 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -17.40 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -17.37 (((((((.............(((....(((((.......)))))...))).((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -17.34 New CC F-measure-avg: 0.363, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -9.15 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -11.50 ....................((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.66 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.17 .......((((...))))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.92 (((((((..((((......)))).((((.........))))....((((((.....))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -9.21 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -9.19 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.99 (((((((..((((......)))).((((....)))).........((((((.....))))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -7.95 ....................((((((((........(((((.....)))))......))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.94 ....................((((((((...................[[[[[[....))))))))..]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 .....((((((((..............[[[[[[..........))))))))..]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.71 .........((((......))))....((((((...(((((.....)))))..)))))).............. New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -7.69 .....((((((((..............[[[[[[......{{{{))))))))..]]]]]].....}}}}..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.243, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... ((((((((((....(((.......(((((.......)))))........)))...))))).)))))..... Energy of known structure: -1.19 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -2.09 New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -3.89 .........((((......))))...............(((((((((((((...)))))).)))))))... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -3.53 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.48 ......(((((((...((............))..)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.37 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -2.93 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -2.63 ......(((((((.....................)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -2.61 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... 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New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -1.25 .........(((((((........[[[[.................)))))))...]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.51 .........(((((((........(((((.......)))))....)))))))................... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -0.35 (((((((..((((......))))..............((((.....))))..........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -0.34 .........((((......))))..............((((.....))))..................... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -0.22 (((((((..((((......)))).((((.........((((.....)))).....)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -0.12 New CC F-measure-avg: 0.319, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.57 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -12.37 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -16.70 (((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.63 ((((((((..................(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -16.24 ((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.10 (((((((........((((........((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.76 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.30 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...)).(((........)))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -14.73 .((((.........))))........(((((.......))))).((.(((((.......)))))))......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -14.52 ((((((((.............((...(((((.......)))))...)).(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -14.51 .((((.........))))........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.19 (((((((....................((((.....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -14.13 (((((((........[[[[........((((.....)))).......(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -13.90 ((((((((...................((((.....))))........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -13.67 ((((((((.............((...(((((.......)))))...))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -13.64 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...))((((......)))).))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.62 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -13.60 ...............((((.......(((((.......))))).((.(((((.......))))))).....)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -13.47 .((((.........)))).........((((.....)))).((....(((((.......)))))....))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -13.45 ((((((((..................(((((.......)))))......(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -13.43 ((((((((.......[[[[........((((.....))))........((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -13.37 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.895, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.49 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.57 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.16 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -16.06 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.54 .((((....((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.11 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.59 ..((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -14.30 .........((((.........)))).((((([[[[[[.)))))....(((((.......)))))]]]]]]..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.88 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.64 ((((((.......((.(((.......))).))......))).)))...(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -13.49 ..((((...((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -13.35 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......)))))..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.35 New CC F-measure-avg: 0.612, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} ((((((...(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))).))))))}}}} Energy of known structure: -7.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -10.35 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -10.12 ((((((...((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))).))))))}}}} New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.37 ((((((...((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -9.27 ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -9.03 .........((((.[[[[))))((((((...]]]]))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -8.78 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -8.76 .........(((([[[[[))))..............]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.48 ....((((...[[[[..)))).((((((..]]]].))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.40 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -8.21 (((([[[[....)))).]]]].((((((.......))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.15 (((((((((.....(((((...((((........))))....)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -8.15 (((([[[[....)))).]]]].((((........))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -8.06 .........((((.[[[[))))..((((...]]]].........(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -8.01 ((((((...(((([[[[[)))).((((.........]]]]].....[[[[......))))..))))))]]]] New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.96 ..............((((....[[[[[[...))))]]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -7.92 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -7.78 .........((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -7.75 .........(((([[[[[)))).((((....)))).]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -7.68 ((((........))))......((((........))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -7.58 ((((((...((((.....)))).((((....)))).........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -7.52 New CC F-measure-avg: 0.560, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ........(((((...[[[[.)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).....]]]]. Energy of known structure: -18.38 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -14.24 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.12 ((((((((((......((...((((((..(((((((......)))))))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -19.93 .((((((.....))))))...((..((((((.......))))))..((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.03 .((((((.....)))))).......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -18.92 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.34 ((((((((((...........((((((..(((((((......)))))))))))))......)))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -17.59 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.52 .((((((.....))))))...((((((..(((((((......)))))))))))))..((((.......))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.07 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...(((((...))))))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -17.05 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.92 .(((((([[[[.))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).)))))]]]] New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -16.42 .((((((.....))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).))))).... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -16.06 ........(((((........)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -15.94 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... (((((((....((.((((.......)))).))(((((....)))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.38 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -14.92 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -18.15 ((((((((......((.((((..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)))))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -17.45 ((((((((......((((.......)))).(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -17.45 (((((((..(((..((((.......)))).)))((((......)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.42 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.38 (((((((.((((..((((.......)))).))))(((......)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.18 ((((((((...((.((((.......)))).))(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.84 ((((((((.((((.........))))(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.66 ((((((((((((..((((.......)))).))))((((((((.......)))))..))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -16.61 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.54 (((((((..((((.(((((................)))))....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -16.07 ((((((((.(((..((((.......)))).)))((((......))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.96 (((((((..((((.........))))..(((((((..(((((.......)))))..)))..))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.91 ((((((((.((((.........))))((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.88 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -15.80 ((((((((((((..((((.......)))).))))...(((((.......)))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.44 ((((((((.((((.........))))((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.23 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.15 (((((((.......(((((................)))))........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -15.07 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.756, Initial Energy: -16.46 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -15.52 (((((((..(.(......).)......(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -14.78 ((((((((.((((...[[[[..........[[[[...[[[[[..)))).]]]]]...]]]]...))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -14.77 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.26 ((((((((((((....[[[[..[[[[....))))...(((((.......)))))....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -14.15 ((((((((.(.(......).).((...(((((.......)))))...))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.14 ((((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).]]]]((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -13.92 ((((((((........[[[[..((...(((((.......)))))...))((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.91 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -13.56 (((((((..((((...[[[[.......(((((.......)))))))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -13.51 ((((((((.(.(......).).........((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -13.41 ((((((((.((((.........))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.35 ((((((((........[[[[..........((((...(((((.......)))))...))))...))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.35 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -13.25 (((((((..((((((((((.........))))))..........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.23 ((((((((.(.(......).)......(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -13.15 ((((((((.((((...[[[[..[[[[....[[[[[.........))))..]]]]]...]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -13.08 (((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -12.96 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -12.95 (((((((..((((...[[[[........[[[[.....[[[[[..)))).]]]]].......]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -12.90 New CC F-measure-avg: 0.631, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((((..(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.43 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -14.46 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.96 ((((((..(((((.[[[[[..))))).............]]]]]...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -18.90 ((((((..((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -18.21 ((((((..((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.61 ((((((........(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -17.43 (((((((((((.....(((..(((........))).))))))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.24 ((((((.[[[[..........((...(((((.......)))))...))((((.......))))..))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.09 ((((((((((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.08 ((((((........(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.99 .((((((....)))).))...(((((((((((..........)))..))))))))..(((((.....)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.81 ((((((.[[[[...(((((...((..........))...)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.78 ((((((((((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.48 ((((((.[[[[...(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.36 (((((((((((((........)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -16.10 ........(((((..[[[[[.)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))......]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -16.09 (((((((((((((.[[[[[..))))).............]]]]]....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -16.04 ((((((..((((..............(((((.......))))).))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.82 ((((((.[[[[...(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.80 ((((((.[[[[...............(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -15.80 ((((((..(((((.[[[[[..)))))..........]]]]]......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -15.68 New CC F-measure-avg: 0.598, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.25 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -22.54 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.00 (((((((..((((........))))...((((((.......))..))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.87 (((((((....(((((((.....[[[[.)))))))........]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -18.91 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -18.66 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.62 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -18.08 New CC F-measure-avg: 0.759, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -22.23 ((((((((.((((........)))).(((((((...)))))))........((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -20.77 ((((((((.(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{]]]]]]....))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -20.56 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.05 ((((((((.....((((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[))))))....))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -19.81 ((((((((.....((((((.((.((((((((((...))))))).))).))....))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -19.12 ((((((((.......((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.85 ((((((((.((((........))))..(((((((((.................)))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.45 ((((((((.....((((((.......(((((((...))))))).......[[[[))))))....))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -18.37 ((((((((.((((........)))).(((((((...))))))).......[[[[..........))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.34 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.33 ((((((((.((((........)))).((((((.............))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -18.31 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).................]]]])))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.06 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.95 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -16.18 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.95 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -17.80 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -17.16 (((((((..((((........))))...((((((.....((.......)))))))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.84 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -6.97 New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -8.29 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -8.07 ((((.....(((((..........(((((.......)))))...)))))....))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -5.14 ((((.(((.............)))(((((.......)))))............))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -5.03 .....(((.............)))(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -4.85 ((((.....((((......)))).((((...................))))..))))............. New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.69 New CC F-measure-avg: 0.473, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -14.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.89 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...............]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.49 ((((((((.((((.[[[[[[.)))).(((((.......)))))..........]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -16.25 (((((((..((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]](((.......))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -15.94 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -15.92 (((((((....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.50 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -15.22 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]].............)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.91 (((((((..((((..[[[[[.)))).............]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.90 ((((((((...((((((.((......)).)))))).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -14.26 ((((((((.((((...[[[[.))))....((((...........))))..........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.19 ((((((((......((((((((.((.(((((.......)))))..)).))...)))))).....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.97 ((((((((.((((.[[[[[[.))))....((((...........)))).....]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.95 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -19.02 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.69 (((((((..((((..[[[[.)))).((((....))))]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -20.01 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -19.89 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -19.09 (((((((..((((..[[[[.))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -18.81 ((((((((.((((..[[[[.)))).((((....))))]]]]......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -18.36 (((((((..((((.......)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.16 ((((((((.((((.......))))((((((..[[[[.))))))....]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.99 (((((((........[[[[.....((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.90 ((((((((.((((..[[[[.))))((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -17.84 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.78 ((((((([[[[.............((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.76 ((((((((((((.((((......))))))))................((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -17.57 ((((((((.((((.......)))).((((....))))..........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.37 ((((((((.......[[[[.....((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.25 (((((((....((((((......)))))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.93 (((((((.((((...[[[[........))))......]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.83 (((((((........((((......((((....)))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.79 ((((((((.......[[[[.(((.((((((.......))))))..)))(((.......))).))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -16.69 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((........)))..((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.68 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -14.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -14.66 (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -14.60 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.98 ..((((((((((.........)))))).)))).....(((.((....(((((.......)))))....)).))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.79 New CC F-measure-avg: 0.669, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.66 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.66 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -12.74 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -12.66 .(((((((...(((((((............)))))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -12.26 .(((((((.....(((((((((.............)))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.20 .(((((....((...(((.......))).))...)))))(((((....(((((.......)))))...)))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -12.00 ((((((.........))))))..............(((.(((((....(((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.85 ((((((.........))))))....((((....))))..(((((....(((((.......)))))...)))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -11.72 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.55 ((((((....((...(((.......))).))...))))))........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.48 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -11.46 .(((((((....(((((........((((....)))))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.34 ((((((.........(((.......)))......))))))((((....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -11.30 ((((((....((...(((.......))).))...))))))((((((..[[[[[)))))).]]]]].(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -11.28 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.11 ((((((.........))))))......(((((.......)))))....(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.96 .(((((((........[[[[.....((((....))))...........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -10.69 New CC F-measure-avg: 0.543, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00144; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7631; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAUCGUUGUGGCCGAUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGAUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.41 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -14.09 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.41 .(((((((.......(((.......))).((((((....))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.30 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.49 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -13.38 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.87 .(((((((...(((((((((........)))))))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.84 .((((((((......(((.......))).((((((....))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -12.70 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -12.30 .(((((((........((((((.............)))))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.29 .(((((((........[[[[.....((((....))))...........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -12.07 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.83 ((((((.........))))))......(((((...[[[.)))))....(((((.......)))))........]]] New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -11.63 ((((((.........(((.......)))......))))))........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -11.49 .(((((((........[[[[.........((((((....))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -11.48 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -17.26 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.32 .(((((((.......((((........))))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.43 .(((((((.......((((........))))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.34 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.84 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -16.67 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.39 (((((((((......((((........)))))))))))))...((...(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -16.34 .((((((((......((((........))))(((((.......))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.29 .((((((((......((((........))))(((((....)))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.97 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.75 .((((((((......(((((((.............))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.38 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.99 (((((((((......((((........)))))))))))))........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.92 New CC F-measure-avg: 0.625, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.64 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -15.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.64 ...........(((((.(((........))))))))....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.49 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.45 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -18.40 (((((((.......(((((...((((.(((((((..........)))..))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -18.04 .........((((.........)))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.88 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).......{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -17.46 .........((((.........))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -17.31 .........((((.[[[[....)))).]]]].........(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.24 (((((((....(((((.(((........)))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -17.02 .........((((.[[[[....)))).]]]](((....)))...((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.70 .((((((..((((...[[[[..)))).((((........[[[[[{{{{{))))...))))))]]]]].}}}}}]]]] New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -16.69 (((((((.......(((((...((.(.(((((.......))))).).))..[[[[......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.66 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).................]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.64 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.25 (((((((..((((.[[[[[...))))....((((....)))).........{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.07 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -15.96 ...........(((((.(((........))))))))........((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.93 .........((((.[[[[[...)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..)))]]]]]. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -15.87 .((((...))))((((.(((........))))))).........((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -15.84 New CC F-measure-avg: 0.532, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((...((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -11.65 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -9.03 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -11.93 (((((((.........[[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -11.08 ((((.....((((.........)))).....)))).....(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -10.50 .((((............))))..........((((.....[[[......[[[[[...))))]]]]]...]]]..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -10.22 (((((((..((((.........))))....((((......)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -10.14 (((((((.........((((........)))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -9.92 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -9.85 (((((((.........[[[[..........((((......)))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -9.45 (((((...)))))....(((........)))((((.....[[[......[[[[[...))))]]]]]...]]]..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -9.22 .((((............)))).......((((.......))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -9.03 ((((.............(((........))))))).....((((.....(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.93 (((((...)))))....((((......(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.86 ((((.............(((........))))))).....(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -8.83 ((((((...((((.........))))..((((.......))))..............)))))).............. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -8.81 .((((............)))).......((((.......))))......(((((((............))))))).. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -8.49 ((((............[[[[...........)))).....(((......(((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.27 (((((...)))))...((((........))))........((((.....(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -8.11 ((((((.........[[[[[.......(((((.......))))).............)))))).]]]]]........ New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.03 (((((...)))))...((((.......(((((.......))))).....(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.03 (((((...)))))...((((........))))........(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -8.01 New CC F-measure-avg: 0.459, New CC F-measure-best: 0.950, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.455, Initial Energy: -17.85 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -18.35 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -17.85 (((((((..((...((((((...........))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.50 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.21 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -17.00 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -16.61 (((((((...(((....(((......)))..((.......)).)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.43 (((((((.......((((((...........))))))...(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -16.07 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -15.99 (((((((...(((.((((((...........)))))).....)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.67 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))...(((((((.......))))).))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.67 (((.((((((((.....)))))))).)))..((.......)).((((((........)))))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.51 ....((((((((.....)))))))).(((((((.......)).[[[[[[.)))))..]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.47 (((((((...((((((((((......)))).)))........)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.44 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))((.(((((((.......))))).))..)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -15.34 (((((((.......((((((...........))))))......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.22 (((((((..(((...........)))..............((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -15.16 ((((((((((((.....))))).((((...)))).........((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.14 ((((.(((((((.....)))))))...(((((.......))))).))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.03 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.00 New CC F-measure-avg: 0.464, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((..............((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -14.19 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.14 (((((((.............((((..[[[[[))))...]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -15.97 ((((((........(((((.((((.......))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.47 (((((((.......(((((.((((.......))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.30 (((((((...(((((((...((((..[[[[[))))...]]]]].)))))))((........))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.07 ((((((...((............)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -14.89 ((((((..........[[[.((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -14.75 (((((((..((............)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -14.72 ..............(((((.((((...[[[[))))...)))))....((((((.......))))))]]]]...... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.68 (((((((.........[[[.((((..[[[[[))))...]]]]].....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -14.40 (((((((..((.......))...((((((.(((.......))).))))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.35 .((((..............))))((.(((((.......)))))..(.((((((.......)))))).)..)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -13.83 .((((.((((.....))))))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.62 ...............((((.((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.19 .((((..............))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -13.14 (((.(..........).)))((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -12.72 .((((.........[[[[[))))....((((.......]]]]]....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -12.65 ((((((.........((((.((((.......))))...))))[[[..((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.54 (((((((..((............))...((((((.........))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.42 ((((((..........[[[.......(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -12.41 New CC F-measure-avg: 0.614, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). Energy of known structure: -19.29 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -18.74 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -21.13 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -20.36 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -19.42 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..............((((((..[[[[[[)))))).]]]]]].......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.31 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.22 ..((((((.[[[[))))))..]]]].............((((((...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.12 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......)).)))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.05 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -18.97 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -18.97 (((((((..((((........))))..((((((...))))))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.88 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))..((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.03 ....((((.((((........)))).(((((((...)))))))....((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -17.88 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((((......)).)))))............. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -17.71 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.31 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((....[[[[[..))))).......]]]]]. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -17.17 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))...(((((..............))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -17.07 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))..((((....)))).............. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -16.96 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))...(((......)))..((((...))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.95 ..((((((.[[[[))))))..((.(.(((((((...))))))).).))(((((...]]]])))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -16.75 ..((((((.[[[[)))))).......(((((((...)))))))....((((((...]]]])))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -16.68 New CC F-measure-avg: 0.476, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00216; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1141; ORGANISM=NULL CCCCAAGUGGCGGAAUAGGUAGACGCAUUGGACUUAAAAUCCAACGGGCUUAAUAUCCUGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCUUGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((........)))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -20.74 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -21.05 (((((((..(((...........))).((((((((..((((..(((((........)))))...)))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.00 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -20.69 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((((.....((......))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.12 (((((((.......(((((.....((.(((((.......)))))...)).......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -19.92 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -19.11 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -17.65 .(((.....(((...........))).(((((.......))))).))).......((((..(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -17.59 (((((((..(((...........))).((((((((..........(((((..............))))))))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.05 (((((((...((((.............(((((.......))))).(((((..............)))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -16.98 New CC F-measure-avg: 0.663, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(((.........))).(((((.......))))).((((....))))..((.((.......)).))))))))).... Energy of known structure: -14.88 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -17.52 .........(((.........)))((((((.......)))))).((((..((..((.((.((.......))))))...)).)))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -13.79 New CC F-measure-avg: 0.710, New CC F-measure-best: 0.884, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... (((((((..(((...........)))..((((((..((........)))))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -16.32 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -18.68 (((((((...........((.....((((((((....).))))))).....))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -18.58 ((((((((((((....((((......(((((((....).))))))))))...)))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -18.01 (((((((..................(((((((.......))))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.97 (((((((..(((...........)))..((((((..............)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.67 ((((((((.................(((((((.......)))))))..........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -17.34 (((((((.........[[[[.....(((((((.......))))))).........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.29 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.92 .......(((((.......(((...((((((((....).))))))))))..((..(((((.......)))))..))..))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.73 .......(((((.............(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))..))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.31 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -16.29 ((((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.05 (((((((.........[[[[........((((((..............)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -15.99 (((((((..........(((((.....)))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.91 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -15.68 ((((((((((((...............((((((....).))))))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -15.53 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.48 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -15.25 ..(((....)))....((((.....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))...)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.21 ((((((((((((.............)))))((((..((........))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -15.04 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -9.04 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -10.29 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -10.29 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -10.07 .........((((.......)))).(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -9.74 ((((((((.((((.......)))).((((((....).))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -9.16 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -9.12 ((((((((.((((.......)))).(((((....[[[)))))..((....)).....]]]..)))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -9.07 .........((((.......))))...(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -9.01 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -9.00 ((((((((...))))))))......(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.79 ((((((((...))))))))..(((.[[[[[....)))]]]]]......((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.78 (((((((([[[))))))))......(((((.......)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.51 .........((((.......)))).((((((....).)))))......((((((..............)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.24 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.22 ((((((((.((((.......))))..[[[[....((((((((.....))))).....)))..))))))))]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.22 .........((((.......))))...(((....[[[[[[[[..)))]]]]].....]]].............. New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -8.00 ((((((((...))))))))........(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.92 (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]].........}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -7.89 ((((((((...))))))))..(((.[[[[[....)))]]]]].....((((.......))))............ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -7.85 ((((((((.((((.......))))..........((((((((.....))))).....)))..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -7.66 (((((((([[[))))))))..(((.{{{{.....)))........]]]((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.62 New CC F-measure-avg: 0.366, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... Energy of known structure: -16.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -17.59 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -21.75 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.56 (((((((..(((...........))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -21.21 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.06 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.72 (((((((.((((....)))).......(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -20.68 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -20.61 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -20.19 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -19.81 (((((((.((((....))))......((((((...[[[[))))))(((....)))............]]]]...))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -19.66 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -19.39 .(((....((((....))))...))).(((((.......))))).(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.28 (((((((..(((...........)))((((((...[[[[))))))(((....)))............]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.21 ........((((....))))...((.((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.87 (((((((..(((...[[[[....))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...)))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -18.75 ........((((....))))......((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -18.75 ((((....))))...((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.72 (((((((.((((....))))....((((((((.......)))).....[[[[[[.))))...]]]]]]......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.34 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((............))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -18.34 ((((....))))..((((.((..(((.....)))..)).))))..(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -18.18 New CC F-measure-avg: 0.617, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00254; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7662; ORGANISM=NULL GGCUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUAGGGUAAGGUCCUAGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAGUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -17.95 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -23.37 (((((((..(((...........))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.83 (((((((.((((....)))).......(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.30 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.97 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.47 (((((((.((((....))))......((((((((...))))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -21.42 (((((((..(((.((....))..)))....(((......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -21.39 (((((((.((((....))))..(((.(((.......)))))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.13 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -21.13 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -21.02 (((((((..(((...........)))((((((((...))))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -20.97 (((((((..(((...........)))....(((......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.85 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -20.60 (((((((...(((((.((.(((.(((.((......))))).))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.28 (((((((..(((...[[[[....))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...)))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.21 .(((....((((....))))...))).(((((.......))))).(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.74 .(((....((((....))))...))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...((......)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.64 ((((....))))..((((((......((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).)).)))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -19.53 .(((((...(((.((....))..)))...)))))....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -19.32 .(((....((((....))))...)))((((((((...))))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -19.24 New CC F-measure-avg: 0.636, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... (((((....(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))..))))).... Energy of known structure: -16.91 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.70 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.27 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -22.04 (((((...((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -21.82 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -21.54 (((((....(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -21.43 (((((....(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -21.32 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.20 (((((....(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -21.18 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -21.09 (((((...((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.95 (((((((..(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -20.95 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.67 (((((....(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -20.41 (((((....(((....[[[[[..)))...]]]]].........((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.29 (((((...((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -20.16 (((((((..(((....[[[[[..)))...]]]]].........((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -20.06 (((((((.((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -19.88 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.30 (((((..((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.17 New CC F-measure-avg: 0.718, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.67 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -21.94 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -24.60 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -23.42 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....))))).((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -23.05 (((((((...(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -22.85 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -21.92 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -21.75 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -21.32 (((((((......((((........))))(((.......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.25 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -21.01 ........((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -20.82 ((((((..((((....))))......((((((.......))))))(((....)))...((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -20.79 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -20.48 ((((((..((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..)))).))))))...... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -20.43 ((((((..(((((.(((........))))))))..........(((((....))))).((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -20.41 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((..((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -20.36 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))((((...)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -20.20 ((((((....(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).))))).....((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -20.17 ((((....((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....))))).((((.......))))))))........ New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -20.16 ..........(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).)))))(((.(((((.......))))).)))....... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -20.06 (((((((.((((....))))...((.(((.......))).))..((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -20.00 New CC F-measure-avg: 0.434, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.42 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -19.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.42 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......)))))..]]]]((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.95 (((((((..(((.....)))..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.52 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.10 New CC F-measure-avg: 0.870, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.39 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -10.53 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.39 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.83 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.04 (((((((..((((.............(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -11.07 (((((((..((((........))))...(((.......))).(((..............)))...))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -11.07 (((((((..((((((((((......))))))............)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -11.01 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -10.12 (((((((..((((........))))...((((((.......))))))...[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -9.71 .........(((([[[[[[..))))]]]]]].......(((....)))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -9.66 New CC F-measure-avg: 0.683, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.......)).(((((.......)))))))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -14.56 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -12.01 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -14.75 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.56 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.02 (((((((.(((((.............(((((.......))))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.87 (((((((((((((.((.......)).(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -13.71 (((((((((((((...[[[.......(((((.......)))))))))))((((.......)))).)))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.65 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.54 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.39 (((((((((((((.............(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.27 (((((((.(((((...[[[.......(((((.......))))))))))(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -13.14 (((((((.........[[[..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).)))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -12.93 (((((((((((((((((((......))))))............)))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -12.79 (((((((.........[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -12.66 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.38 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.34 (((((((..((((...[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -12.23 ((([[[[[{{{{{...)))..]]]]](((((.......)))))}}}}}(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -11.39 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -11.29 ...((((([[[[[...{{{..)))))(((((.......)))))]]]]](((((.......))))).......}}}. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -11.12 (((((((.((((....[[[..((...(((((.......)))))...))...))))..........)))))))]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.04 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.95 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -23.08 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -23.08 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.45 ((((((((.((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))....)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.93 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.87 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -19.72 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.51 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.88 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.76 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.96 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -16.28 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -18.45 (((((((..((((..[[[[..((.(.(((((.......))))).).))[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -16.14 (((((((..((((..[[[[..((((...(((((...........)))))...)))))))).....)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -15.85 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.24 (((((((..((((........))))....((((...((((...........))))..))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.04 ((((((.......(((((...((((...(((((...........)))))...)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -15.04 (((((((..((((..[[[[.......(((((.......))))).....[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -14.90 (((((((..((((........((((...(((((...........)))))...)))))))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -14.76 ((((.....((((........))))...(((((...........))))).))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -14.49 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........((((......)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -14.49 New CC F-measure-avg: 0.531, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))..))))).. Energy of known structure: -18.54 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -16.85 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.84 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.76 ((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.74 ((((....))))..((((......((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.73 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -19.65 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.96 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))))))))(((.......))).))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.31 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -18.24 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -18.19 ((((....))))............((((((..[[[[.)))))).((((.(((.......))))))).....]]]] New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.80 ((((((........[[[[[.....((((((...{{{{)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}..}}}}... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -17.48 ((((....))))..(((((.....((((((.......)))))).[[[[.{{{{{{..)))))]]]]}}}}}}... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -17.35 ((((((........[[[[[.....((((((..{{{{.)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}.....}}}} New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -16.51 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))).............))))).))))))))]]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -16.35 ((((....))))..(((((.....((((((...[[[[)))))).[[[[.........)))))]]]]..]]]]... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.501, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((...((((.......)))).....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -16.44 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.40 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -16.49 (((((((((((.......)))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.38 ((((..((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -16.30 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -15.90 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -15.84 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((((...))))))).]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -15.54 .......((((.......)))).....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.12 ((((.....((((..[[[[[[.)))).(((((((...))))))).]]]]]](((.......))).....)))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -14.58 ..((...((((.......)))).....((((((.....)))))).)).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -14.57 .......((((.......)))).....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -14.47 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]].(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.45 (((((....((((...(((..........)))....))))..))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.32 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -14.12 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]]....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -13.80 .........((((.........)))).(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.72 ......((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.47 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.67 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -20.01 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -20.01 (((((((..((((.........))))...........((((....)))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -20.00 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -19.15 (((((((..((((.[[[[[[..)))).......(((.((((....)))).)))..]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.14 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.73 (((((((..((((....[[[[.))))...........((((....))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -16.57 (((((((..((((.[[[[[[..))))...........((((....))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.57 .........((((..[[[[[[.))))............]]]]]].(((((((((.......))))......))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.56 .........((((..[[[[[[.))))............]]]]]](((..(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.46 .........((((.........))))....((((.((((((....)))).((((.......))))....)).)))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.410, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.596, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] Energy of known structure: -14.02 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -9.99 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.87 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.85 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.77 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.)))))))...(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.16 (((((.((((...((((......)))).(((((((((.......)))))))))........)))).))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -16.01 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.95 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.75 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -15.67 .(((((........)))))....(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.33 ((((....)))).(((((........))))).((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.96 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -14.93 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -14.71 .(((((........))))).............((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -14.51 ((((....))))...........(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.31 .(((((..[[[[..)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))...]]]].... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.26 ((((....)))).(((((........)))))..((((..(((.....(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -14.05 .(((((........)))))...(((((((...)))))))....(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -13.98 .(((((..[[[[..))))).......(((((({{{{...))))))..(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -13.97 ((((((..[[[[.(((((........))))).{{{{.....))))))(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -13.93 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.))))))).....(((((......]]]]...)))))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -13.93 New CC F-measure-avg: 0.440, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00325; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP8560; ORGANISM=NULL GGGACAUUGGUCUAGUGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGAGUUCGAUUCUCGGAUGUCCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... (((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.32 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -16.66 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.08 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -16.02 ((((((((((.((...........((((((.......)))))))).))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -16.01 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.87 (((.(((.......)))......(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]]))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.44 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.04 (((((((................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -14.98 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.85 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]].... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.69 .((((....))))..(((......((((((.......))))))((.((((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -14.60 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).....]]]... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.39 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))......]]].. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.31 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -14.26 ((((((((...............(((((((...[[[.)))))))....((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.85 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))(.((((((.......)))))..).)..]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.79 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).....)))... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.67 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.65 ((((((((..((((((((........)))).))))...((((((.............)))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -13.58 (((.(((.......)))......(((((((...[[[.)))))))((((.(((.......)))))))..]]]))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -13.58 ((((((((.....(((((........)))))..(((..[[[[[[..)))........]]]]]])))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -13.52 New CC F-measure-avg: 0.591, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.92 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.732, Initial Energy: -9.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.92 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.12 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.52 (((((((..(((.[[[[[[...)))........]]]]]].........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -13.03 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -12.74 (((((((.........[[[[...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.58 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -12.58 (((((((.........[[[[...((((((((.......))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -12.51 ..((......))..(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -12.10 ..((......))..(((((....((((((((.......))))..))))(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -11.82 (((((((..(((..........)))......(((((...........))))).............))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.70 (((((((..(((....[[[[..))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -11.68 (((((((.........[[[[......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -11.41 (((((((..((((...))))((((.......(((((...........)))))........)))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.39 (((((((.........[[[[((((.......(((((...........)))))........)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.26 (((((((..((((...))))..((((............))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -11.25 (((((((.((((....[[[[[[[[..(((((.......)))))........)))).....]]]].)))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -11.15 ..((......))..........(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.05 ..((......))..(((((.......(((((.......))))).....(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -11.04 (((((((.((((....[[[[...((((........[[[[.....))))...))))..]]]]....)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -11.02 New CC F-measure-avg: 0.639, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... (((((((..((((.(...((((.........))))...).))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.74 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -16.63 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -20.35 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -19.84 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.74 (((((((......((((((........)))))).((.......))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -17.51 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.41 (((((((..((((((((((........)))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -17.29 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.((...(((((.......)))))...))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.18 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -22.38 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -22.38 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -21.44 (((((((..((((.........)))).....(((..........)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -20.50 (((((((..(((((((((.......))))(((.......))).))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.20 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......)))))(((((...)))))..]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -19.97 ((((.....((((.........)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.61 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -18.46 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -18.44 (((((((..((((....[[[[.))))..((((.......))))((((((...)))))).]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -18.33 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.19 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -18.08 New CC F-measure-avg: 0.728, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -6.62 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -7.67 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -7.67 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -7.30 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -6.62 ........................((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -6.56 (((((((........[[[......((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -6.48 ..........(((((((......)))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -5.85 ..........(((((((......)))))))...............((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.67 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.62 (((((((........[[[................(((((((......))))))).........))))))).]]] New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -5.30 ...............(((................(((((((......))))))).................))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 .....((((((.............))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -3.83 New CC F-measure-avg: 0.406, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. ................(((((.[[[)))))...]]]..((((((......)))))). Energy of known structure: -5.88 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -9.39 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.78 .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.39 .(((.....((((.....)))).....)))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -9.25 .........((((.....))))(((........)))..((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -9.24 ................(((((....)))))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.65 .........((((.....))))...........((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -8.59 (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.00 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -7.75 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -7.68 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -7.68 ...........((((..(((...(((((((...))))))).....))).)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -7.43 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -7.19 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.79 ................((((.............)))).((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.66 ................(((((....)))))........((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.50 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -6.34 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -6.16 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..(.(((....))).). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -6.03 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..((((....))))... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -5.67 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -5.48 New CC F-measure-avg: 0.363, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.46 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.14 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.47 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.46 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.40 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((..((((....))))..))))))..]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -17.39 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.75 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.18 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((..(((....))).(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -16.14 (((((((.....(((((.......)))))...................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -16.11 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((................)))))......]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.01 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((.........)))))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.97 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..(((((.........))))).)))))).((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -15.69 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..........[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -15.63 ((((((...((((........))))...))).................(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.59 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((.............(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -15.57 (((......((((........))))....((((((..(((....))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -15.55 ((((((((....(((((.......)))))....................((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -15.50 ...(((((.[[[[.)))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.25 New CC F-measure-avg: 0.559, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((..(((..........))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.99 ((((((((.(((..........))).((((((....).))))).......(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.64 (((((((((((((..........))))).......(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.55 (((((((.(((((..........)))))((((....).))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -17.13 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.92 .(((((([[[[[.............(((.((((..(((((....)))))..)))).)))..))))))....]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.15 ((((((((.......(((((.....))))).....(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.39 (((((((..(((..........)))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -14.19 .((((((.(((((..........)))))...(((.(((((....)))))))).........))))))((....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.04 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.81 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -20.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -24.00 ...((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -22.46 ((((((([[[[...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -21.51 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -20.17 (((((((........[[[[........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -19.68 ...((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -19.59 New CC F-measure-avg: 0.643, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.49 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.45 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.45 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -20.29 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -19.36 (((((((.......(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -18.91 ((((....))))....(((((.....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))......))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.63 (((((((.......((((((((....((((((.......))))))...)))....)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -18.54 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.94 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.86 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]]..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -17.74 ((((.....(((...........)))...))))......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -17.70 ((((....)))).....((((.......)))).......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.13 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]].((.......))((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -17.11 ((((....)))).......(((....((((((.......))))))...)))......((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.70 (((((((..........((((.......))))((....)).......(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -16.62 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.48 ((((...........[[[[[[........))))]]]]]](((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.46 ((((....))))..............((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.45 New CC F-measure-avg: 0.509, New CC F-measure-best: 0.894, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))..((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -17.54 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -23.65 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -24.71 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -24.56 (((((((........((((((........))))))..........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.30 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.05 (((((((.(.((....)).)...(((((((((((...)))))))...........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.94 ........(.((....)).)...(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -20.76 (((((((........((((((.....((((((((...))))))))...))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -20.25 (((((((........((((((..[[[[..))))))...(((((....)))))...]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.06 (((((((........[[[[.......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -19.99 (((......)))...((((....(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))))))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.80 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.766, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).((((.......))))..((((...))))..(((((.......))))).(((...))). Energy of known structure: -17.28 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.22 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -22.48 ..((((((((((....))))))))))..((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.63 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.76 (((((((.((((....)))).((((....))))..........(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -19.73 ..((((((((((....))))))))))....((((.........)))).......((((((((.......)))))..)))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.57 ..((((((((((....))))))))))...((((............)))).....((((((((.......)))))..)))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.49 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.40 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.37 ..((((((((((....))))))))))....((((.........))))..........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.34 ......((((((....))))))(((((.((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.29 ..((((((((((....))))))))))...((((............))))........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.26 ((((((([[[[....((((..((((....))))))))......(((((...))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -18.15 New CC F-measure-avg: 0.368, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.33 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -16.07 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -22.13 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -20.33 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -20.12 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -19.28 .(((((((.((((..((.......)).(((((.......)))))...)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -18.72 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -18.49 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.10 .((((((([[[[.............(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -17.94 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.93 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.84 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.72 New CC F-measure-avg: 0.706, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -19.40 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -23.73 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -22.77 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.06 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.91 (((..[[[[[..............(((.(((((.......)))))..))).((((.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -20.39 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.78 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -19.75 (((..[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -19.70 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -19.33 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.14 New CC F-measure-avg: 0.597, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.91 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -22.57 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -22.57 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.35 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((((......)))))))...((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -21.63 ((((((([[[[...(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -20.69 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -20.49 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -20.04 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -19.94 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.83 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.38 (((((((..........[[[[.......(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -19.37 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -18.71 (((.[[[[[[......((((((......(((((.......))))).))))))(((.......))).)))...]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -18.31 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.18 (((((((.(((...(((.......)))))).((((.........))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.11 New CC F-measure-avg: 0.541, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.48 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -18.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.48 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))).)))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.23 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....))).))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.06 (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -18.92 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -18.09 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.22 (((((((..(((((((((........(((((.......))))).......))))).)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.16 ((.((((..((((........)))))))).)).........((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.11 (((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......)))))...]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.11 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -16.88 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...((((....)))).]]]]..))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -16.79 .((((....((((........)))).....)))).......((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -16.49 (((((((..((((........))))....(((((........))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.30 (((((((..((((...[[[[.))))..(((((................)))))......]]]]..))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.00 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.83 (((((((..((((........))))..(((((...........[[[[.))))).....]]]]...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.62 (((((((..((((.(((((.......(((((.......)))))...))))).....)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.61 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))).............)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -15.55 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -15.49 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... ......(((((.................[[[.)))))....((((...((((....))))...))))..]]] Energy of known structure: -5.94 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -7.41 New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.171, New CC Energy: -8.53 .((((([[[[[..............)))))..]]]]]....((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.162, New CC Energy: -8.46 .((((([[[[[........{{{{{.)))))..]]]]]..........(((((....)))))..}}}}}.... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -8.12 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -7.78 ......(((((.................[[[.)))))..........(((((....)))))........]]] New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.52 .((((([[[[[..............)))))..]]]]]..........(((((....)))))........... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -7.45 ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -7.41 ......(((((...............[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -6.94 .(((((....((((.......)))))))))...........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.69 .(((((.............[[[[[.))))).................(((((....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -6.63 ......(((((........[[[[[..[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.28 .(((((....((((.......))))))))).................(((((....)))))........... New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -5.68 .....((((.........))))....(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -5.37 .....((((.[[[.....)))).......]]].........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -5.00 ......(((((........[[[[[....{{{.)))))..........(((((....)))))..]]]]].}}} New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -4.67 ......(((.[[[..........)))...]]].........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -4.49 ......(((..............)))(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -4.13 .....((((.[[[.....)))).......]]]...............(((((....)))))........... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -3.99 ......(((((.....................)))))....((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -3.96 ..........(((................))).........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -3.91 New CC F-measure-avg: 0.335, New CC F-measure-best: 0.788, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.90 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -10.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.90 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -15.39 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -14.50 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -14.30 ((((((((.((((...(((.........)))...))))...........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.79 (((((((..(((..........)))...(((((.........))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -13.61 (((((((.........((((......(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -13.52 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -13.13 ((((((((........((((...((.(((((.......)))))..))....)))).........)))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -13.05 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -13.00 ((((((((.((((.(((((......)))))....))))...........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.90 ((((((((........((((......(((((.......))))).)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -12.48 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -12.45 (((((((.......(((((......)))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.42 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -12.38 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -12.24 ......(((((......))))).((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).(((....))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.19 ((((((((.(((..........)))...(((((.........)))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -12.18 ((((((((........((((......(((((.......)))))........)))).........)))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.05 (((((((.........(((.........))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -11.97 New CC F-measure-avg: 0.644, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.43 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -13.81 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.43 (((((((..((((.......))))(((((....)))))(((....)))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -17.36 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.79 (((((((..........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -16.19 (((((((.(((((.........)))))......(((.........)))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.01 .........((((.......))))...(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.410, New CC Energy: -15.83 (((((((.(((((....[[[[[)))))(((.......)))....]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -15.67 (((((((.(((((.........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.07 ........(((((.........)))))(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -14.87 New CC F-measure-avg: 0.629, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.92 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.92 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -13.63 (((((((..((((........))))...[[[...(((.(((((((.......))))).)).))).)))))))]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -12.95 ...((((.....(((((((..((((.((((.((((......))).).).)))))))....)))))))....)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.19 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.90 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -13.95 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -18.92 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -16.98 .((((....((((........)))).(((((.......)))))..((.(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -16.79 .((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -16.59 (((((((..((((........))))...((((((..((((((.......)))))).))))))...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.26 .(((((...((((........)))).....)))))......(((.((.(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.24 New CC F-measure-avg: 0.673, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -13.24 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -16.40 .((((....((((.......)))).[[[[[))))...]]]]].((((.((((............)))).)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -14.64 .((((...........[[[[[....[[[[[))))...]]]]].((((((((.......))))).))).]]]]]. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -13.14 ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.71 .(((((...((((.......))))....)))))..........((((.((((............)))).)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -12.68 (((((((.........((.(((.......)))))..(((((.......)))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -12.45 New CC F-measure-avg: 0.519, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))....((((......))))))))))).... Energy of known structure: -7.11 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.04 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -7.36 .(((((((.(((................)))..............((((......))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -5.23 ..((((....((((.....)))).[[[[.))))............((((......))))...]]]].... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -4.83 ..((((....((((.....))))......))))...((....((.((((......))))..))...)).. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -4.81 .(((((((.(((...............((.......)))))....((((......))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -3.94 ..((((....((((.....))))......))))........(((((................)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -3.71 ..........((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))........... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -3.38 New CC F-measure-avg: 0.609, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.44 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -13.86 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.44 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.80 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.05 (((((((.(((((..........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.03 New CC F-measure-avg: 0.806, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -24.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.28 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.28 .((((((..((((........))))...((((((..((((...........)))).))))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.21 .((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -20.18 .((((((..((((...((((.....)))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.58 New CC F-measure-avg: 0.733, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -17.84 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -19.55 .((((((..((((.........))))...(((........)))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -18.21 .((((((..((((...(((........))).))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -15.79 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -15.55 New CC F-measure-avg: 0.813, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -19.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.85 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -17.74 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.17 .((((((..((((..((((........))))))))..(((((.........)))))..........))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -16.17 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -15.96 New CC F-measure-avg: 0.696, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -13.29 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.15 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -16.52 .((((((....(((((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))..))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.42 .((((((.......((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))).....))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.85 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.22 .((((((..((((...(((........))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.12 .((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((.......)))))...........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.01 .........((((....[[[[.)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...]]]] New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -14.77 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -14.73 .((((((....((((..[[[[(((((((((((.......)))))......))))))......)))))))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -14.70 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -14.54 .........((((.........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -14.52 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -14.29 New CC F-measure-avg: 0.638, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].......(((((.......))))))))))).}}}. Energy of known structure: -8.84 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -9.15 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -9.06 .((((((.(((((...[[[[[.)))))(((((.......))))).............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -8.42 .((((((..((((((((((....(((.........)))..))))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -8.42 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....(((....)))]]]]]].(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.33 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -7.98 .((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -7.97 .((((((.(((((...[[[[..)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -7.66 .((((((.(((((...[[[[[.)))))...((((....))))...............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.44 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]].(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.29 .((((((........((((........(((((.......)))))..........)))).......))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -6.92 .((((((.(((((..[[[[...)))))(((((.......)))))..........]]]].......))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -6.88 ..((((........)))).........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -6.83 .((((((..........(((((..............))))).......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -6.73 .((((((.((((((..[[[[.......(((((.......))))).....))))))..........)))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -6.66 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -6.60 ................((((.......(((((.......)))))....(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -6.58 .((((((.........[[[[..........((((....))))......(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -6.51 ........(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -6.49 ........(((((....[[[[[)))))....(((..]]]]].......(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -6.49 New CC F-measure-avg: 0.668, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... .((((.[[[[[.)))).........(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).]]]]].. Energy of known structure: -17.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.31 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.42 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.31 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......))))....)))).((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -15.18 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......)))....))))).((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -15.10 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......)))....)))))(((.......)))......]]]]].. New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -15.01 .((((.[[[[[.))))............((((...........))))(((((.......)))))....]]]]].. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.68 .((((.[[[[[.)))).........(((((.......)))))........((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.66 .((((.[[[[[.))))...........(((.......)))((((((............))))))....]]]]].. New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -14.31 .((((.[[[[[.))))........((((((.............((((....))))....))))))...]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.11 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -14.03 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -13.97 (((((((..((((.......))))...(((.......)))((((((............))))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.68 New CC F-measure-avg: 0.394, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -17.80 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -19.19 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.19 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.29 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.52 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((............))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -15.71 New CC F-measure-avg: 0.710, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -15.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.48 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.32 ......(.(((.(((((......))))).))))......((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.41 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.29 (((((((.(((((.((....))))))).((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -14.69 .......((((((.[[[[....))))))...]]]]....((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.50 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((............))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -14.40 (((((((((((((.........))))))((((...........)))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -14.37 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -14.14 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).....[[[[[.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -14.05 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((............))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.87 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).....(((((.................))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.85 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))....)))))))......... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.69 New CC F-measure-avg: 0.487, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((((((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).......))))))))).... Energy of known structure: -19.45 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.81 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.45 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.53 (((((((((((((.......))))..((((((...........)))))).((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -16.42 ......(.(((.(((((......))))).))))......(((((...(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.63 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((.........((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.74 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -14.35 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -16.46 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.62 ....((((((..((.(((.((...(((((((.......)))))))..)).)))))...((.(((....))).))...)))))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -14.15 ....((((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.94 (((((((.((((((..((.((...(((((((.......)))))))..)).))....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -13.62 .....(((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.21 (((((((..(((..........)))....((.......)).(((((((..(((....))).....)))))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.14 ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))........)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.01 (((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -12.99 ....((((((....((((......(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))).)))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.71 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). (((((((....[[[[[[[[[[[..)))))))..........]]]]]]]]]]].......... Energy of known structure: -0.77 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.83 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.40 ((((....((((((.........))))))....)))).((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.82 (((((((.................))))))).......((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.57 ((((((.....(((((((((((.....((((......))))))))))))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -4.37 ((((((..........(((((((.............)))))))..[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -4.09 ((((((..((((((.........)))))).(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -3.50 ((((((.....................(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -3.49 ((((....((((((..[[[[[[[))))))))))...]]]]]]]..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.44 ((((....((((((.........))))))....))))........(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.36 ((((.....(((((((...)))))))...)))).....((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -3.32 ((((((...(((((((...))))))).(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -3.17 ((((((..................(((..(((((((....)))))))..))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -3.13 ........((((((.........)))))).........((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.11 ((((((...(((((((...)))))))....(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.09 (((((((.................)))))))..............(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.05 ((((((..........(((((((.............))))))).........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -2.90 .........(((((((...)))))))............((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -2.77 ................(((((((.............)))))))..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.69 ...........................(((((((...))))))).(((..........))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.69 ((((((..((((((.........))))))................[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.63 New CC F-measure-avg: 0.264, New CC F-measure-best: 0.789, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.73 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -22.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.73 ((((.....[[[[.))))....]]]](((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -26.00 ((((((((.((((.........)))).)))))))).......((((...((((((((.......))))..)))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -25.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -25.10 (((((((......((((((.....[[[[))))))......]]]]........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.07 (((((((..(((......)))...((((.((.......))))))........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.06 (((((((......((((((.........))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.60 ((((..........))))........(((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -24.46 (((((((.(((((.(((.........))))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -24.42 ((((((((.((((.........))))..((((.......((((.(((...))))))).......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.90 (((((((..((((...[[[[..)))){{{{{{{{{..(((........)))..))))))).....]]]].}}}}}}}}}. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.167, New CC Energy: -23.82 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.76 ((((((((.((((.........)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -23.70 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))....(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -23.69 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))((..(((((((((.......))))..)))))..)). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -23.67 ((((((((.....((((((.........))))))...(((........)))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.46 ((((((((.(((......)))...((((.((.......)))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.43 ((((((((.((((.........))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -23.35 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.34 (((((((.(((((...........[[[[.)))))......]]]]........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.12 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -28.20 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -28.81 ((((..........))))........(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -27.90 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -27.72 ((((((((.((((.........))))...((((((((..(((....)))))).)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -27.38 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.18 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -27.06 ((((((((.((((.........))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -26.85 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -26.72 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -26.67 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -26.27 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.17 ((((((((.(((([[[[[[[..)))).))))))))....(((....)))........]]]]]]]........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -25.94 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))...(((.....)))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -25.91 ((((((((.....((((((.........))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.43 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((...(((.....)))((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -25.37 ((((((((.....((((((.........)))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.88 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -24.72 ((((((((.((((.........))))..((((.....((((((.((.........)).)))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -24.62 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]]..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -24.32 ((((((((.((((.........)))).))))))))..((((((....(((.....)))))))))........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -24.12 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((..((((.......))))...........((((((....))))))...))))))).... Energy of known structure: -4.95 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -7.18 New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -9.73 ((((((((((((((((.((((((........)))))).)).....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -9.24 (((((((......((((((((....)))))))).(((((((....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -8.92 (((((((.......((.((((((........)))))).)).......[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -8.19 ((((((.(((((((((.((((((........)))))).)).....))))))).))).)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 (((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -7.29 ((((((((((((((.(.((((((........)))))).)[[[...)))))))..))))))).]]] New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -7.28 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -7.19 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.73 (((((((.......((.((((((........)))))).)).....[[[......))))))).]]] New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.70 .((((....)))).((.((((((........)))))).))((....((((......))))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.52 ..((((...((((.......))))....(((...(((((((....)))))))....))).)))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -6.25 (((((((......((((((((....))))))))..............[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.23 .((((....)))).((.((((((........)))))).)).....((((.........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.12 (((((((..((((.......)))).....(((((((...)))))))........))))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -6.08 (((((((..((((.......)))).....(((((((...))))))).[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -6.05 .((((....))))..(.((((((........)))))).)(((....((((......))))..))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.92 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))...[[[......))))))).]]] New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -5.80 .((((....)))).((.((((((........)))))).))(((....[[[.......))).]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.74 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... (((((((.((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...))...))))))).... Energy of known structure: -13.66 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.17 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -18.83 (((((((....................(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -18.74 (((((((......(((((((.......)))))))..........((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.26 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -17.07 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.[[[[[.))))).]]]]]..... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -16.10 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.74 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))(....)..... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.42 (((((((.........((((......................))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -14.92 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.810, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.50 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -23.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -27.95 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -26.63 (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -26.18 (((((....((((.........))))....))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -25.37 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -24.86 (((((....((((.........))))....))))).......(((((..(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -23.34 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.23 (((((....((((.........))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -23.03 (((((....((((.........))))....)))))......((((....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.39 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... (((((((.((((((((...))).)))))(((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -23.47 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -28.97 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -29.00 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -28.38 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -26.59 (((((((..(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -25.40 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))(((((....)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.08 (((((((.((((((((...))).)))))(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -24.85 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -24.81 ((((..........))))((((.....((((((....((((((((.....))))))))....)))))).))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.44 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -24.43 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -24.33 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))((((((((.....)))))))).........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.62 New CC F-measure-avg: 0.488, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((...((........))...))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -1.08 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.03 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.76 ((((((.................(((((...[[[[)))))........))))))]]]] New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -2.83 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.73 .......................(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -2.49 ((((((.........................[[[[.............))))))]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -2.47 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.04 ((((((....................[[[[[[)))))).]]]]]]............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.83 ...............................((((...................)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.49 .......................(((((...[[[[)))))..............]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -1.33 ((((((....................((((((.......))))))...)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -1.06 ..........................((((((.......))))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.06 ((((((.....(((((((.........)))))))..............)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -0.84 ((((((.................(((((.......)))))........)))))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -0.30 ...(((((...............(((((.......))))))))))............. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: 0.06 New CC F-measure-avg: 0.295, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -18.05 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -13.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.05 (((((((......(((((...)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.66 ((((((((.(((..........))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -16.45 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.05 ((((((((.....(((((...)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.38 (((((((.((((..........))))..............((((...[[[[[))))...]]]]]))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.36 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -15.26 (((((...((((..........))))..))))).....(((......(((((.......)))))..)))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -14.29 ((((((((.....(((((...)))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -14.29 (((((...((((..........))))..))))).......((((...[[[[[))))...]]]]]........ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -14.24 (((((((......(((((...)))))..............((((...[[[[[))))...]]]]]))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -14.07 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.38 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -24.94 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -26.83 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -25.51 (((((....[[[[.))))).]]]]((((((.......)))))).((((((((.......)))).))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -23.20 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -22.70 ...(((((.((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -21.93 (((((((..((((.......))))..(((((............)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.83 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.48 New CC F-measure-avg: 0.684, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.19 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -24.98 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.60 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.19 (((((((..((((.........))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -25.97 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -25.39 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -24.83 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.52 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -24.42 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -22.75 ...(((((.((........))...)))))(((.......)))...(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.158, New CC F-measure: 0.150, New CC Energy: -21.95 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((........))))).......... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -21.90 .........((((.........)))).(((((.......))))).(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -21.83 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -21.81 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....)))).((((((...........)))))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -21.78 (((((((.(((((.(((.........)))))))).....((((.....))))((.......))...))))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -21.41 New CC F-measure-avg: 0.427, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... Energy of known structure: -3.59 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -4.55 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -5.32 (((((....(((([[[[[[.))))..{{{{............]]]]]]...)))))}}}} New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -5.00 .........(((([[[[[[.)))).(((((((...)))))))]]]]]]............ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -3.97 .........((((.......)))).(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -3.67 (((((....((((.......))))..[[[[.....................)))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -3.42 ((((((((((((...)))))))...(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -3.38 (((((........((((((.......[[[[............))))))...)))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -3.26 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -3.15 .........(((([[[[[[.))))..((((............]]]]]]........)))) New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -2.79 (((((....((((.......))))...((((((........))))))....))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -2.66 ........((((((((........))))))))............................ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.48 .............((((((......(((((((...)))))))))))))............ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -2.30 .....(((((((...)))))))...(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -2.18 (((((...((((((((........))))))))...................))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -2.08 (((((.(((((..[[[[[[.....))))).............]]]]]]...))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -1.94 ((((((((((((...)))))))....[[[[.....................)))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -1.91 ..(((((((...)))))))......(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -1.75 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_01117; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1010; ORGANISM=NULL CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... (((((((..(((((........))))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.58 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -23.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -29.05 (((((((..(((((........)))))(((((........))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.43 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -28.15 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -27.53 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -25.32 (((((((((((((.....((....)).(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.08 (((((((((((((.((.......))..(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.93 (((((((((((((.....((....))..(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -24.85 ((((((((((((.(((((............)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.30 ((((((((((((.(((((((....))....)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -23.83 (((((((.......((((((.(.((((...)))).).......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -23.25 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -3.34 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -5.87 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -5.87 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -4.89 .(((..........)))..(((((.....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.22 .....(((...................[[[.)))]]].... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -2.41 New CC F-measure-avg: 0.393, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SRP_00053; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BRU.MAL.; ORGANISM=NULL GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCA ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). ((((((((((......))))))).....(((......)))..))). Energy of known structure: -7.15 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.692, Initial Energy: -6.87 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -7.86 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -7.34 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -7.16 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.15 ..((((((((.[[[..))))))))....]]].((.........)). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -7.14 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.04 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -6.91 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.89 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -6.72 .((((......(((.....[[[[.....))).....)))).]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.62 ((((.......))))...((((((.....))))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.43 ...(((((((......)))))))((...(((......)))...)). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -5.91 .((((.((([[[.)))..((((((.....)))))).))))...]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.42 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -5.28 .((((......(((........[[[...))).....))))...]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.10 ((((.......)))).......(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 ....((((((......))))))(((..(((.........))).))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -4.71 ((((.......))))....((((....((((......)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.70 ......(((....)))((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.29 .........(((..(.((((((((.....)))))).)).)...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.27 New CC F-measure-avg: 0.295, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -2.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.02 .(((((...))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -1.72 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -23.48 New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -25.08 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -22.26 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.[[[[[[.............))).......]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -21.87 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))(((....))))))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -21.81 ((((((((((((.(......((((((...(((.........)))...)).)))).(((((......)))))..))))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -21.46 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -21.37 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....))....(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -21.30 ((((((((((((((((((.(((((..........)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.264, New CC Energy: -20.84 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -20.60 ((((((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).........))))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -20.26 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -20.26 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....)).(((((......)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -20.13 New CC F-measure-avg: 0.469, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.54 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -1.54 New CC F-measure-avg: 0.800, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -20.93 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -29.93 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -29.93 ((((((((((((.(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))..))))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -29.44 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -28.82 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))....))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -26.86 (((((((((...(((((.....((((....(((.....(((....))).....)))......))))......))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.34 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -26.19 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -25.84 ((((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..))))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -25.54 ((((((((((((...((((((.((.........)).))))))...((((((..((....))..)))...)))..))))))))))))..... New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -25.39 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -24.97 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -24.94 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.60 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))....))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -24.36 ((((((((((((..(((.....))).....(((.....(((....))).....)))...(((........))).))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -24.10 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))))...... Energy of known structure: -28.21 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -24.51 New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -30.18 ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)..)))))))))))))...... New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.902, New CC Energy: -27.36 ((((((((((((((.(((((((((..........))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -26.73 ((((((((((((........(((((.....(((.....((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -26.07 ((((((((((((.(......((((..........))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -25.55 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -25.22 ((((((((((((.......(((((..........)))))...[[[[[.....((((((....))))))......))))))))))))]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -25.05 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -24.32 New CC F-measure-avg: 0.580, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -32.99 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -35.05 New CC sens: 0.969, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -35.05 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -34.93 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New CC sens: 0.969, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.984, New CC Energy: -34.60 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((.(.......).))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.258, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -33.00 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -31.83 ((((((((...(((..........)))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -31.66 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...(((((((....))))))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.54 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((.(.......).))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -31.16 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -30.06 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....((((((....))))))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -29.88 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...(((((((....)))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -29.75 ((((((((........((((...((((....)))))))).((((...........)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -29.69 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -29.67 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((....))).((.(((..(((((((((....)))))))))....)))..)). New CC sens: 0.094, New CC ppv: 0.100, New CC F-measure: 0.097, New CC Energy: -29.58 .(((((....))))).................((((((((((((....))).........(((((((((....))))))))).))))))))).. New CC sens: 0.094, New CC ppv: 0.115, New CC F-measure: 0.103, New CC Energy: -29.36 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))).((((...........))))....((((((....))))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -29.33 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....))).........(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -29.30 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))))))).((..((.....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -29.28 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((.......(((((((((....)))))))))..)))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.23 ((((((((((((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..........))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -28.99 New CC F-measure-avg: 0.448, New CC F-measure-best: 0.984, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -0.95 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.64 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.64 ...........((((((.....))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.51 .....(((....))).....(((.........))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -2.00 .....(((....))).....((((......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.38 (((((((.......)))))))(((......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.68 New CC F-measure-avg: 0.100, New CC F-measure-best: 0.500, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (.((((((((......)))))))).).(((....))).... Energy of known structure: -8.56 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -9.09 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -9.25 (((((((......)).))))).((((.(((....))))))) New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -9.16 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.56 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -8.38 (((....(((((..[[[[.))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -8.20 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -8.16 (((......(((........[[[[[.)))...]]]]]))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.42 (((((((......)).)))))......(((....))).... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -7.32 .....(((.....((...((.......))...))...))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.95 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.90 ((((([[[........)))))......(((....)))]]]. New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.84 .(((((((((......)))))).....[[[...)))]]].. New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -6.79 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.75 (((..((......))....(((((.....)))))...))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -6.74 (((((((......)).)))))......(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.68 ((((([[[.[[[....))))).....]]]........]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.67 .......(((((..[[[[.)))))...(((.]]]])))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.36 (((....(((((.......)))))...(((....)))))). New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.08 (((......))).((....)).((((.(((....))))))) New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -6.02 .......(((((..[[[[.)))))...(((.]]]].))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.72 New CC F-measure-avg: 0.284, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). ((((((.(.((.((......)))).).)))))). Energy of known structure: -5.63 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -6.61 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -8.06 ..((((((([[[.....))))))).......]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -5.82 ((((...[[[[))))..............]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.37 ..(((((((........))))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.94 .......((((((((........))))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.69 (((([[[....))))............]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.54 New CC F-measure-avg: 0.280, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... Energy of known structure: -7.98 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.92 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -10.70 ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.92 (((([[[....))))]]].........((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -8.39 ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.98 ......((((((((.((...((((...))))...))..))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.80 ((((((((((..[[[[)))))))................]]]]..))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.73 .((((((.(((((...((..........))...)))))..))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.51 ....(((.[[[[[..))).........((((((]]]]].)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.34 ..((((((((..[[[[)))))))).........(((((.]]]].))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.26 ..(((..[[[[[{{{{)))]]]]]...((((((}}}}..)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -7.21 ....((([[[[[...))).]]]]]...((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.17 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.06 .......((((([[[[...)))))...((((((]]]]..)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -6.86 ..((((((((..[[[[)))))))).........]]]]............ New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.84 ((((((((((..[[[[)))))))......))).(((((.]]]].))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.82 .((((((.(((((..(((...........))).)))))..))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.77 ......((((((((.....(((((...)))))......))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.57 ((((.......))))............((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.50 ....(((........))).........((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -6.48 ..(((..[[[[[....)))]]]]]...((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.46 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -1.96 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.61 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.96 .(((((...))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -1.66 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((...(((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).))))....)))).))))))))))..... Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -13.56 New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -13.59 ((((((((((((((...((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -12.80 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -12.27 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -12.07 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -11.93 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........((((.......))))))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -11.76 ((((((((((.....((((((((.......))).......(((....)))....)))))........((((.......))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -11.43 ((((((((((((((......(((.......))).......(((....)))((((.......))))............)))).))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -11.34 ((((((((((.....(((((.........[[[[[......(((....)))....)))))...............]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -11.04 ((((((((((.((((..((((..(((......((((....(((....)))....))))....))))))))))).........))))))))))..... New CC sens: 0.931, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -10.93 ((((((((((..........(((.......))).......(((....)))((((.......))))..(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -10.84 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -10.72 ((((((((((...................(((((......(((....)))((((.......)))).........)))))...))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -10.17 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -9.80 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))...... Energy of known structure: -21.69 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -21.35 New CC sens: 0.926, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.926, New CC Energy: -24.91 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -22.72 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))............((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -22.25 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -22.12 ((((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.815, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -22.01 .((((((((((..(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))).))))).)))))........ New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.96 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.68 ((((((((((((......((((............)))).......((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -20.49 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))..........(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -19.94 New CC F-measure-avg: 0.530, New CC F-measure-best: 0.926, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -11.57 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -17.62 New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -17.62 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -16.51 (((((((((((((..........((((..(((......)))....))))..........))))))).)))))).... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -14.47 New CC F-measure-avg: 0.750, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) Energy of known structure: -26.24 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -26.61 New CC sens: 0.962, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -28.21 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -24.01 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....))))))))))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -23.78 .(((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).)))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -23.41 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -23.17 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -22.94 New CC F-measure-avg: 0.826, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(((((.((((((.....(((....(((........)))..)))..))))))...)))))..)))))))))))..... Energy of known structure: -21.07 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -18.32 New CC sens: 0.852, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -23.08 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -22.59 (((((((((((..((((((((((........)))..................)))))))...((....))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -20.21 ...(((((.....(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))..[[[[[[.)))))......]]]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.90 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))(((....))))))))))))))..... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -19.11 (((.......)))(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))..((((((.(((....))).)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.98 (((((((((((.......((((((.....(((((......))..........)))..))))))(((....))))))))))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -18.90 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -18.68 New CC F-measure-avg: 0.396, New CC F-measure-best: 0.836, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .((.......)). Energy of known structure: -1.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.36 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.71 .((((...)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.41 ...(((....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 1.36 New CC F-measure-avg: 0.556, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. .(((((.((......)).)))))...(((....)))... Energy of known structure: -4.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.04 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.95 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.53 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.31 .....((((((..((.((.......)).)).)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.16 ....((((...(((....))).....[[[))))..]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.88 ....((((...[[[))))]]].....(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.68 ....((((...(((....))).....[[[))))]]]... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.60 ....((((...(((....))).....[[[)))).]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.54 .(((((............)))))...(((....)))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -5.46 ....((((..........[[[[.......))))..]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.27 ....((((...[[[))))]]].....(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.26 ....((((......)))).(((((.......)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.18 ....((((......))))........(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -5.17 .(((((............)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -5.04 ....((((...[[[))))]]].....(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.04 (((.((((......))))........[[[...)))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.94 ....((((......))))(((((.....)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.83 .(((((............)))))...(((......))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -4.82 ....(((....)))..((.(((((.......))))).)) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.77 ....(((....)))...((((((.....))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 New CC F-measure-avg: 0.224, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -0.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -0.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0