> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -35.65 New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -40.12 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))(((((((.........((((.......))))...(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...)).)))))..]]]]]]]]] New CC sens: 0.053, New CC ppv: 0.040, New CC F-measure: 0.045, New CC Energy: -40.08 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))...((((((..(((....)))..)))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -39.15 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))..........)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -38.50 .......(((....)))....((((((((.......((.((...((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).))...))))..((((((.........))))))...)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -38.35 ...........(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -38.12 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -38.02 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -37.97 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........))))))............(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.349, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -37.96 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))...((((((.......))))))....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.386, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -37.90 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))...((((((.......))))))..............)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.395, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -37.77 ............(((((((((...........((((.(((((((((((((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))...)))))))))).))))...))))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -37.34 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))....(((.(((((..........))))).)))..(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...(((....)))]]]]]]]]] New CC sens: 0.237, New CC ppv: 0.180, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -37.31 .....((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -37.31 ............(((((((((......((((((....))))))......(((((.(((.(((((..........))))).)))..(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))....)))))....))))))))) New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.128, New CC F-measure: 0.141, New CC Energy: -37.19 .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -37.02 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))............((((((.........))))))...)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.349, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -36.66 .....((((..(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.341, New CC F-measure: 0.354, New CC Energy: -36.57 ..............((((((((........(((....)))))))))))((((...(((.(((((..........))))).)))...)))).(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -36.42 ............(((((((((......((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).))).(((((.....)))))..((((....))))........))))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -36.26 New CC F-measure-avg: 0.332, New CC F-measure-best: 0.476, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -14.44 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -36.12 New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -40.13 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -39.86 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -39.03 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.523, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -38.97 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -38.77 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -38.12 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -37.57 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).))))))....((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.479, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -37.48 ......((((.....))))..((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).......(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -37.47 ......((((.....))))..((((((..........))))))..((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -37.39 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.465, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -37.36 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....)))))))(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -37.32 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -37.02 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -36.80 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.477, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -36.68 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.490, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -36.48 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).))))))....((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -36.38 ......((((.....))))..((((((..........))))))..((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.362, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -36.29 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -36.26 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............))))(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.337, New CC Energy: -36.22 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.591, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -48.37 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -48.09 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -47.78 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -47.72 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -47.41 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........)))))))).((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -46.97 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -46.97 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((....))).......((((((((.(((((....)))))..)))))))).................))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -46.45 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.475, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.437, New CC Energy: -46.32 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....)))))))...((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.475, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -46.01 (((........)))...(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).............(((((((....))))))).... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -45.57 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -45.44 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((((.((((........)))).))............((((((((.(((((....)))))..))))))))..........)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -45.34 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -45.20 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -45.07 (((((((........(((((.......)))))..((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -45.03 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((((((.............(((((.(((((....)))))..)))))))))))).............))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -44.90 ...((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....)))).))))............((((((((.(((((....)))))..)))))))).......(((((.....))))).......(((((((....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.84 New CC F-measure-avg: 0.573, New CC F-measure-best: 0.787, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.456, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -33.93 ((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -33.88 ((((((....((((((.((((.....(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.473, New CC F-measure: 0.477, New CC Energy: -33.07 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -33.02 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...))))))).....((((.....(((..............)))......))))....)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -32.97 ((((((....((((((.((((.....(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -32.80 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..)))........(((......((.........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..))......)))...)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -32.77 ((((((....((((((.((((.............((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.352, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -32.73 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.71 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -32.68 ((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.561, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -32.55 ((((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))......))))).((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -32.48 ((((((....((((((..((((............((((((..........)))))).(((((((...))))))).)))).......((((......)))).......(((((...))))).......)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -32.43 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -32.28 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))............((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -32.26 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....)))((((...))))...)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.23 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -32.21 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -32.19 New CC F-measure-avg: 0.519, New CC F-measure-best: 0.660, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). Energy of known structure: -13.51 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -15.05 New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -18.57 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -18.25 .......(((((((((......(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -17.38 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.710, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -17.18 .(((............)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -17.13 .(((...........)))...(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.926, New CC Energy: -16.86 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -16.78 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.72 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -16.59 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -16.48 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -16.46 ..((((...)))).........(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.31 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -16.27 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -16.16 .......(((((((((.....(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -16.03 ..((((...))))((((.....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......)))))).)))).......... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -15.97 .(((............)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -15.74 .((((..((((....))))..))))((((((...........)))))).(((((((((....))))))...)))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -15.68 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.394, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -15.45 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -15.43 New CC F-measure-avg: 0.655, New CC F-measure-best: 0.926, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -35.73 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -48.91 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -50.64 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -50.33 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))............(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.659, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -48.46 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).....((((........)))).(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.659, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -47.52 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -46.53 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -46.42 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -46.39 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -46.22 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -46.08 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))))))))....((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.525, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -46.03 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -45.77 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -45.77 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -45.71 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -45.46 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))(((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))).....))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -45.02 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))...............((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.439, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -44.99 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))[[[[[[(((((....)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))......((((.....)))).]]]]]]. New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -44.98 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -44.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -44.72 ..................(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))))))))))...((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -44.35 New CC F-measure-avg: 0.632, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -33.12 ...(((.(...........).)))...((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))......((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.525, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -31.12 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -30.99 ..((((...[[[[......[[[[[[..[[[[....[.[[[[...........)))).....]]]].]...]]]]..]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -30.77 ((((.....((.(......).))....((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...)))).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.525, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.27 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -30.11 .........((((......((((((..((((....(.((((.......((((....)))).)))).)...))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -29.97 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]...(((((............[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.89 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........))))))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -29.84 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]....((((......))))..((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -29.65 .........((((........((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))[[[[[[..)))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.43 ..((((((.[[[[......[[[[[[..........(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -29.41 ...(((.(...........).))).....(((((.(((.....((((..(((.(((((....)).))).)))))))...)))..))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -29.27 .........((((......((((((..((((....(((...)))....((((....))))..........))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -29.13 ..((((((...........[[[[[[....{{{{{.(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]..}}}}}.................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -28.87 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))...[[[[[..))))))....((((((.]]]]].)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -28.73 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -28.47 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))........)))).....(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -28.45 New CC F-measure-avg: 0.534, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -28.74 .........((((.(((..((((((..((((......(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.805, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -28.36 .........((((.(((..((((((..((((......((((......[[[[[..........)))).....))))..))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.732, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -28.29 .........((((.(((..((((((..((((.......)))).....((((((..((......))...))))))...))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -28.17 .........((((.(((..((((((..((((......((((((....[[[[[...........))))))..))))..))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.634, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.72 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..((((.......)))).....{{{{{...((......))......))))))]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.537, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -26.92 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..........(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -26.89 (((((..............((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.756, New CC ppv: 0.861, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -26.17 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[............(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -26.14 New CC F-measure-avg: 0.780, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG .(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -37.41 Initial sens: 0.795, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -32.95 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -39.38 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[.[[[[.{{{{{)))).]]]]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.809, New CC F-measure: 0.835, New CC Energy: -37.68 .........((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.932, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.965, New CC Energy: -37.33 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[......{{{{{)))).....]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.791, New CC F-measure: 0.782, New CC Energy: -37.14 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[.[[[[......)))).]]]]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -32.36 (((((..............((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.819, New CC Energy: -32.32 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[................{{{{{)))).((.......))..]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -32.26 ..((((.............[[[[[[[[[[[[....[[[[[[......{{{{{)))).....]]]]]]...]]]]]]]]]]]]....}}}}}...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -32.19 New CC F-measure-avg: 0.771, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((...(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.79 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -30.49 New CC sens: 0.884, New CC ppv: 0.884, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -35.95 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -34.63 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.843, New CC Energy: -33.90 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -33.20 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -32.94 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.868, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -32.75 (((((.........(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -32.05 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -31.79 ..(((((......))))).(((((((.((((..........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -31.75 .....((((((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).(((.................))).........))))))))... New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -31.71 (((((....(((((.........(((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -31.42 ((((([[[[[[[[.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))............((((....))))....]]]]]]]]... New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.488, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -31.28 .....((((((((......(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.419, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -30.49 .........((((.(((..(((((((.((((..........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -30.17 .....((((((((......(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.372, New CC ppv: 0.432, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.34 ..(((((......))))).(((((((.((((..........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -29.21 ..(((((......)))))..(((((((((((...(.(.((((((((((((.(((....(((....)))......))).))))...)))))))).).).......((((....))))....))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.09 (((((....(((((.....(((..((...(((((((.((((...)))).)))))))..)).)))((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -28.92 .((((......((...((.(((..((...(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -28.85 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.884, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.79 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -29.66 New CC sens: 0.310, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -34.00 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -32.25 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -31.28 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -30.57 ((((......((((.......))))..[[[[[..[[[[[[[[.[[[.[[[...........)))).....]]].]]].]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -30.26 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.60 ..........((((.......))))....((((..(((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).))))))))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -29.24 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((..............[[[[..))).))).)))))))).)))))...........]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.214, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -29.14 (((((....(((((..((...(((......)))...))...((((((.((....((..(....).))...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.05 ((((((((((((((.......))))...(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.513, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.33 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -27.42 .....(((((((((.......))))..[[[[[.........((((((.((....((..(....).))...))))))))..)))))..]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -27.23 New CC F-measure-avg: 0.314, New CC F-measure-best: 0.659, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.39 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -27.82 New CC sens: 0.953, New CC ppv: 0.953, New CC F-measure: 0.953, New CC Energy: -30.94 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -30.03 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.884, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.916, New CC Energy: -28.89 .........((((.(((..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -28.82 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.837, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -28.34 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[.........(((((..........)))))..)))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -27.54 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))....]]]]]...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.699, New CC Energy: -27.42 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).....]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -27.28 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[..(((.......))).{{{{{..........)))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -27.09 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).))))))).....)))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -26.95 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -26.47 ...((((......))))..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.553, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -26.40 ..........((((.......))))..(((((..(((((((..(((.(((((...((.........)).))))).)))..))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -26.12 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -25.92 (((((..........((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.825, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -25.65 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[....((((((..(((.....)))..)))))).....))))..........]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.649, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.34 .........((((.(((..(((((((.((((..(((.......))).[[[[[...((.........))...)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -25.12 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -24.91 (((((..............(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -24.84 (((((.....((((.......))))..........(((.((((((..........)))))).)))((((......)))).........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -24.79 New CC F-measure-avg: 0.676, New CC F-measure-best: 0.953, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00285; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.minor; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCGUUUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -36.36 Initial sens: 0.814, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.805, Initial Energy: -36.08 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -37.91 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.907, New CC ppv: 0.975, New CC F-measure: 0.940, New CC Energy: -35.86 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.860, New CC ppv: 0.974, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -35.05 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -34.90 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -34.09 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -34.01 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((...........)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -32.65 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((....)).))))..[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -31.79 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...........)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -31.69 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -31.46 .........((((.(((..(((((((................((((..((....)).))))..((((...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -31.10 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............))))........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -31.10 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...........))))..[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -30.98 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[.((.......))...........)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -30.69 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -30.65 New CC F-measure-avg: 0.758, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00286; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.palmata; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGAAGCUGGCCACGCCCAAAGUCGUUACCCUAACCUUUUGGAGGGGGGCGCCUAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -35.52 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.690, Initial F-measure: 0.690, Initial Energy: -34.14 New CC sens: 0.881, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.881, New CC Energy: -37.98 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -35.93 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -34.54 (((((.........(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -34.08 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -34.01 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[..[[[...........((((..((....))))))))))).....]]]..]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -33.15 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -32.62 .((((......((((....).)))....(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.541, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -31.90 .((((((......))))..))......(((((..((((((((((((..((((..((.........)).)))).)))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -31.65 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -31.53 .........((((.(((..(((((((........((.((((.((((..........)))).)))).)).......)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.763, New CC Energy: -31.10 (((((..............(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -31.09 .........((((.(((..(((((((..(((...........((((..((....))..))))........)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -31.02 .........((((.(((..(((((((..(((...........((((..((....)).)))).........)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -30.97 .((((......((((....).)))....(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -30.51 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.881, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -27.07 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -21.14 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.62 ((((((((((.(((.......)))...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -27.20 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.907, New CC ppv: 0.975, New CC F-measure: 0.940, New CC Energy: -26.57 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[...........((((((....))))))..))))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -25.01 (((((.....((((.......)))).........((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.60 ((((((((((((((.......)))).........((.((((.((((..((....)).)))))))).))............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -24.24 ...((((......))))..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.15 (((((.....((((.......))))..(((((..[[[[[[[[((((((....))))))..))))).............]]]]]]]].)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.11 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.01 (((((.....((((.......))))....((((((................))))))...))))).((((.......)))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -23.97 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[...((((((................))))))...)))))..........]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -23.82 .((((((......))))..))(((((([[[[[..[[[[[[[[...))))))((((((........)))))).......]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.244, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -23.37 ((((((((((((((.......))))..(((((..........((((((....))))))..)))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -23.27 .........((((.(((..(((((((........((.((((.((((..((....)).)))))))).)).......)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.972, New CC F-measure: 0.886, New CC Energy: -23.03 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .(((.......((((((............................................[[[[[)))))).....]]]]]....)))(((((((((....))))))))).. ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.01 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -10.12 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.43 .(((((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.65 ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -13.43 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 0.792, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((((..................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.82 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -14.85 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -17.73 ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -14.73 New CC F-measure-avg: 0.694, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -14.87 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -17.58 .(((((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -16.80 ...........((((((....(((....)))..........((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.12 New CC F-measure-avg: 0.785, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -13.86 New CC sens: 0.955, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -16.44 .(((((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -15.66 ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.44 New CC F-measure-avg: 0.885, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.39 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -16.32 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -16.32 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -15.54 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -14.03 New CC F-measure-avg: 0.918, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.37 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -17.31 New CC sens: 0.957, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.863, New CC Energy: -18.82 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -18.51 .(((((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -18.04 .(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -17.60 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -17.31 ...........((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.42 ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -15.82 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -15.76 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]...........((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -15.51 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -15.22 .....(((((.........)))))........((((((.(((..(((................))).)))..))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -15.19 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -15.05 .....((((([[[[.....)))))........((((((............................]]]]..))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -14.92 .....(((((.[[[[[[..))))).....(((((((.....................{{{{{{{{.]]]]]].............)))))))............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -14.91 .(((.(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........)))...............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -14.88 New CC F-measure-avg: 0.525, New CC F-measure-best: 0.863, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.09 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -16.09 New CC sens: 0.957, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -18.97 .(((((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -18.19 ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.97 ...........((((((..........(((.....(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -15.33 New CC F-measure-avg: 0.772, New CC F-measure-best: 0.880, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -10.56 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -14.43 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -17.14 .(((((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -16.36 ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -14.14 New CC F-measure-avg: 0.738, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.77 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -31.81 New CC sens: 0.881, New CC ppv: 0.860, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -37.27 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -36.19 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -35.22 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -34.52 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.26 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.868, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -34.07 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.738, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -33.37 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -33.17 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -33.11 (((((....(((((.........(((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -32.74 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]].(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.356, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -31.79 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -31.30 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -30.82 (((((....(((((..((......))..((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.425, New CC Energy: -30.62 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -30.34 .((((......((...((.(((..((....(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -30.34 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((.....))..)))).[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -30.20 (((((....(((((((((...........)))).........((((..((.....))..))))..((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -30.00 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[..((((((.....)))))).....)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.525, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -29.98 (((((....(((((..((......))..((((..........((((............))))..((((...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -29.90 New CC F-measure-avg: 0.600, New CC F-measure-best: 0.871, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -52.08 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -56.79 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.849, New CC F-measure: 0.874, New CC Energy: -57.32 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.830, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -56.48 .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.980, New CC ppv: 0.925, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -56.36 ....(((((((.((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -55.32 ....(((((((((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......))))))))......))))))).. New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -54.53 ....(((((((..(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -54.21 ....((((((((((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............))))))))......))))))).. New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.620, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -54.03 .((((((((....(((((((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -53.08 .((((((((...((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -52.84 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -52.53 ...........((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.612, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -52.49 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.820, New CC ppv: 0.820, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -52.45 .((((((((...((((.(((((((.............((....))...((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -52.43 .((((((((........(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.918, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -52.40 .((((((((((((.(.((((((((...............))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).....((..(((....(((((...........)))))....)))...))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -52.18 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -52.12 ...........(((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -51.99 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.820, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -51.69 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).........(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -51.66 ....(((((((.((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -50.84 New CC F-measure-avg: 0.720, New CC F-measure-best: 0.951, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -27.46 ((((((((((.................((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....))))........(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -27.00 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -26.95 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))............((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -26.53 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -25.84 ((((((((((................((((((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))))))).....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -25.44 ((((((((((.....((((((.[[[[[.((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -25.36 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -25.33 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -25.32 ((((((((((....................((((.......))))..(((((((..(((....))).(((((....))))).))))))).(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.239, New CC Energy: -25.20 ((((((((((.....((((((.[[[[[.((((.............))))........))))))................(((((...)))))]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -25.19 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((...))))(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.645, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -25.14 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).))))))....((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -25.01 ((((((((((.....((((((.....[[[[((((.......))))............))))))....(((((....)))))]]]].....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.418, New CC Energy: -24.99 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))..((((....))))((((.....))))............)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -24.79 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))((((....))))..)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -24.63 ((((((((((.....((((((...[[.[[[[((((............))))......))))))...............]]]].]].....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -24.57 New CC F-measure-avg: 0.502, New CC F-measure-best: 0.794, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).((.......((.(((((....))))).)).......))..))))))))). Energy of known structure: -24.25 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -21.24 New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -27.19 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -26.56 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.931, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -26.33 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -26.14 (((((((((......((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -25.96 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.885, New CC Energy: -25.92 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -25.74 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....)))(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -25.27 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.16 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((((..........)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -25.14 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -24.99 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.441, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -24.78 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.847, New CC Energy: -24.77 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).............((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.847, New CC Energy: -24.71 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.39 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -24.10 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.406, New CC Energy: -24.01 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.95 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -23.88 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......[[[[[........)))))..((.(((((....))))).)).]]]]].....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -23.66 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.906, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((...........................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]........))).)))).)).... ....((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -11.75 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -8.53 New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -14.58 .(((((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -12.97 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -12.89 .............((((((..........................................))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.69 New CC F-measure-avg: 0.516, New CC F-measure-best: 0.578, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. Energy of known structure: -9.24 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -18.50 New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -19.78 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -18.60 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -18.50 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -18.15 ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -17.73 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -17.24 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -17.07 ...((((...((((((((................................[[[[[....)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]]]}}}}}. New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -17.01 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New CC sens: 0.519, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -16.94 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.49 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{......)))).............]]]]}}}}}. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.45 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -16.24 ....((.(..((((((((((((....((......................))..)))).))))))))...).)).....(((((...)))))............. New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -16.16 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.......(((((...)))))...]]]]))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -16.13 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -16.10 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.(((((.......))))).....]]]]))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -15.96 ...((((...((((((((................................[[[[[....))))))))......[[[[[))))...]]]]]....]]]]]...... New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -15.65 ...((((...((((((((...........[[[[.................[[[[[....))))))))......[[[[[))))...]]]]]....]]]]]..]]]] New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.302, New CC Energy: -15.63 .......(((((((((((((((................................)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -15.61 .......(((((((((((((((................................)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -15.44 New CC F-measure-avg: 0.435, New CC F-measure-best: 0.694, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.67 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -16.49 New CC sens: 0.885, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.902, New CC Energy: -16.49 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -14.32 .............(((((..(((...(((...................)))..))).....)))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -12.65 New CC F-measure-avg: 0.777, New CC F-measure-best: 0.902, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.70 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -18.28 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -22.31 ......((((....(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))..)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.622, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.52 .........((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.730, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -20.26 ..........(((((((((.[[[[[[[.....................)))))))))]]]]]]]..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -18.78 .........((((.(((......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -18.40 .((.......))........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -18.37 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.27 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -21.91 New CC sens: 0.893, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -21.91 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -20.18 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -19.72 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -19.08 New CC F-measure-avg: 0.812, New CC F-measure-best: 0.893, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -5.11 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -12.21 New CC sens: 0.741, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.08 ..........((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -10.82 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -10.42 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -9.78 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -9.26 New CC F-measure-avg: 0.565, New CC F-measure-best: 0.727, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -30.15 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -31.87 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.883, New CC Energy: -36.00 .........((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -33.95 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -31.81 New CC F-measure-avg: 0.817, New CC F-measure-best: 0.883, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((..((((.....((.(((((.....)))))...)).))))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -23.61 New CC sens: 0.906, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -23.61 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -21.88 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.05 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.688, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -19.53 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.951, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA .(..((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))...((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.91 Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -20.45 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.978, New CC Energy: -21.05 .........(((((......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......))))...))))).((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -18.88 ...(((.(....).)))...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.805, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -18.16 ...(((((.[[[[[......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).......))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -17.93 ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))..((((((........))))))...... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -17.86 ...(((((.[[[[[(((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))).))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -17.72 ...(((((.....((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.841, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.860, New CC Energy: -17.08 New CC F-measure-avg: 0.819, New CC F-measure-best: 0.978, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.............[[[[..........)))))).<<<<<]]]]..)))).]]]]]]]]]...}}}}}.>>>>>. ....((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.17 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -12.40 New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -17.30 ...........((((((((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............)))))).}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -16.64 .(((((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.808, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -16.52 ...........((((((.............(((.......[[[[[.....))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -16.16 ..........(((....[[[[[[.......)))]]]]]].(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.01 ...........((((((.............(((..[[[[[..........))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -15.90 ...........((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -15.30 .................((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -14.64 ...........((((((..............((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -14.62 ...........((((((.............(((.................))).............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -14.28 ...........((((((((((((..........)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -14.17 ...........((((((((((((.......[[[))))))...........]]].............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -14.12 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -14.02 ...........((((((.............(((.[[[[..[[[[[.....))).............)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -13.90 ...........((((((.....[[[[.....((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -13.73 .(((.............((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))........)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.346, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -13.72 ............((((..............))))......(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.64 .................((((((..........)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -13.51 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(..(((((((...(((..........((.........))......)))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -13.86 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -16.73 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -16.73 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -15.95 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -14.39 ..........(((((((((((((...........[[[[......))))))........)))))))...............((((((((((]]]])))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -14.23 New CC F-measure-avg: 0.702, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -20.20 New CC sens: 0.943, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -22.12 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -18.41 ...(((((.........)))))((((..((((..((..((....))..))..))))..))))...(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -18.12 ...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.........)))..)))....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -18.01 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -18.64 New CC sens: 0.946, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.972, New CC Energy: -19.42 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))....((((((..........))))))....... New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.754, New CC Energy: -17.62 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -17.56 .((.....)).........(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..(((((((...........[[[[[[..))))))).]]]]]]....... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -15.94 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.972, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. Energy of known structure: -15.04 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -18.59 New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -20.36 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.912, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -19.37 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -17.51 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[......{{{{{{{.)))))]]]]]]]]]]]]].......}}}}}}}........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -16.90 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -16.75 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((..........))))......... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -16.51 ...(((((.........)))))((((((((((..((...........))..))))))))))...((.((......)))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.06 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).........((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -15.77 .((.....)).........(((((((((((((......[[[[[[[......))))))))))))).......]]]]]]]........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.394, New CC F-measure: 0.388, New CC Energy: -15.74 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[..............)))))]]]]]]]]]]]]].....(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -15.73 New CC F-measure-avg: 0.552, New CC F-measure-best: 0.954, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). Energy of known structure: -33.47 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -37.52 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -39.28 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.757, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -37.91 .....(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -36.74 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -36.57 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -35.37 ((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New CC sens: 0.838, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -34.75 .....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -34.03 .....(((((......((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))..)))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -33.76 .....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))........ New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -32.30 .....(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.730, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -32.21 ((((((...((.(((.((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).)).))).))...))))))....(((((((.............))))))).... New CC sens: 0.216, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -31.90 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -31.77 ((((.(((((((.....((((((((...........))).))))).....((........)).........((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -31.67 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -54.79 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -58.32 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.894, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -58.60 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.956, New CC ppv: 0.956, New CC F-measure: 0.956, New CC Energy: -57.42 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -56.44 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.911, New CC F-measure: 0.911, New CC Energy: -56.22 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -53.60 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -52.40 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.698, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -52.35 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -51.04 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -50.97 ((((((((.(((((..((((..(((((..(((..........)))....)))))..)))).)))))(((..(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..)))..)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -50.02 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.614, New CC Energy: -49.77 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.822, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -49.71 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.822, New CC ppv: 0.949, New CC F-measure: 0.881, New CC Energy: -49.49 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -49.39 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -48.51 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -48.29 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.523, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -48.19 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))....((((........)))).....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -48.14 (((((......)))))..((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..(((.......))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -48.09 (((((......)))))..((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......))).. New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -47.88 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 0.956, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). Energy of known structure: -37.23 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -41.05 New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.734, New CC Energy: -43.57 (((.(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -42.67 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -42.54 ....(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -41.85 ....(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -40.95 (((.(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -40.86 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.685, New CC Energy: -40.82 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -40.60 ....(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -39.14 (((.(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -38.91 ....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -38.88 ....(((((......((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))..)))))....... New CC sens: 0.487, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -38.87 (((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.877, New CC Energy: -38.78 ....(((((......((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -37.88 ....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.75 ((((((((((.....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))....)).))))))))((((((.....)))))).((..((((.(....).)))))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.67 ....(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -37.32 ....(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -37.06 (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).)).............((((((((.....))))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -36.51 (((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -36.40 New CC F-measure-avg: 0.669, New CC F-measure-best: 0.877, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))...(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -16.37 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -24.46 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -24.59 ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))..(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -24.38 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -23.56 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -22.38 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -21.27 ((((((((((((((......((((((....))...((.......)).....)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.317, New CC Energy: -21.19 ((((((((((((((.........(((....)))((((..[[[[.......))))............]]]].(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.70 New CC F-measure-avg: 0.588, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))))))))))).. (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]..(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -31.02 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.784, Initial F-measure: 0.806, Initial Energy: -27.88 New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -34.47 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -33.79 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.27 (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]...((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -31.28 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -31.17 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -30.13 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.63 (((((((((......(((((.......)))))......((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.58 (((((((((......(((((.......))))).......((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -29.13 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -29.08 (((((((((........((((((........))))))...(((.......)))..((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -28.61 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -28.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))....(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -28.28 (((((((((........((((((........)))))).((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -28.24 (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]...((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -28.07 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -27.96 (((((((((........((((((........))))))..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -27.80 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((....)))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -27.54 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))....(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -27.47 (((((((((......(((((.......))))).(((((((((.............((((....))))...........))))))))).......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -27.31 New CC F-measure-avg: 0.463, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.95 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -26.33 New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -28.75 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -27.33 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -26.09 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.639, New CC Energy: -25.05 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))..((((((...............)))))).(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.74 (((((((((.................(((((.......)))))..((((............))))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -23.28 New CC F-measure-avg: 0.664, New CC F-measure-best: 0.795, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). Energy of known structure: -27.41 Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -29.91 New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -31.57 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -31.48 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -31.36 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.763, New CC Energy: -31.07 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((........((((((....))))))......)))))).)))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -28.51 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.42 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -28.30 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.01 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -26.45 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -26.33 ((((((((((........((((............))))(((.......))).....(((((((....((((...........(((((....)))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -25.93 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.91 ((((((((((...................(((((..........))))).......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.81 (((.....))).....((((((.......(((((..........)))))........))))))((((((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))).)))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -25.80 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -25.34 New CC F-measure-avg: 0.659, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.71 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -22.64 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -26.47 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).)).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -25.97 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -25.26 (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -22.75 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -22.25 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((....((((((....))))))...)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -22.19 (((((((((..............................(((((.............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -21.79 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.........(((((.(.......)..)))))..((....))..)))))..........))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -21.74 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -21.37 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -25.06 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -26.49 (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).(((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).......(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -24.77 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -24.57 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -24.03 ((((((((((...((((((((.......((((............))))......)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -23.53 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((....))..........((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -23.10 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -22.92 (((((((((.........((....))..((((............))))....((((....)))).(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.62 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((((((((((.......))))...((....)).)))))).........)))))))))).. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -21.22 New CC F-measure-avg: 0.704, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -28.53 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((((...(((....)))))))))).(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.48 New CC F-measure-avg: 0.698, New CC F-measure-best: 0.767, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............))))))).(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. Energy of known structure: -15.96 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.70 New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -21.94 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -21.60 .(((((((((((((..........))))).........(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -21.56 .((((((((......((((((...................................))))))...((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.862, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.877, New CC Energy: -19.80 .(((((((((((((..........))))).....(((((((...((....(((((.((((......)))).)))))....)).)))))))(((...........)))..)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -19.48 ......((((.....((((((.....((......................))....))))))(((((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).)))..)))) New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -19.19 .(((((((((((((..........)))))...(((((((((((((.............)))))))..(((((....)))))...))))))(((...........)))..)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -19.07 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............)))))))).(((((....)))))..(((....)))..(((.....)))...)))))))).. New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -18.21 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -18.10 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -17.97 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -17.89 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -17.85 New CC F-measure-avg: 0.475, New CC F-measure-best: 0.877, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -22.57 New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.848, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -23.25 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -21.72 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))......(((((((...((((....))))]]]]]]......)))))))....... New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.70 .....((((......((((((.......(((([[[[........))))........))))))))))(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -21.63 .....((((......((((((....(((((((............))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -21.60 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.48 ...............((((((....(((((((............))))..)))...))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -21.33 ....(((((..((((((((((....(((((((............))))..)))...)))))..((((...((.......)).((((....))))))))...)))))...)))))...... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -21.06 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -20.80 ...............((((((.......(((([[[[........))))........))))))..(((((((......((.((((((]]]])))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -20.80 .............((((((((.......(((([[[[........))))........)))))).)).(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -20.67 ...............((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..(((((((...........((((....))))]]]]]]...))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -20.64 .............((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -20.52 .....((((......((((((.......((((............))))........))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -20.48 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{{.........]]]]]]...)))))}}}}}}...... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -20.45 .(((((.........((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..{{{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}}}.......... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -20.45 .(((((.......((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -20.44 .............((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....))))))........... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.28 ...............((((((.......((((............))))........))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -20.21 .....((((..[[[[[(((((....(((((((............))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.441, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -20.09 New CC F-measure-avg: 0.603, New CC F-measure-best: 0.836, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -26.07 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -26.81 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -27.87 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -26.90 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -26.19 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -25.18 (((((((((....(((((((...(((...(((............)))))).......)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.16 .(((((..........)))))..(((...(((............))))))....((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -24.62 .(((((..........))))).......((((............))))......((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -24.51 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -24.15 (((((((((......(((((...(((...(((............)))))).......)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.866, New CC Energy: -24.15 (((((((((.......(((....)))..((((............)))).(((.......)))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -24.04 (((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -23.93 (((((((((.......(((....)))..((((.[[[[.......))))..((.......)).]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -23.54 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -23.44 .((((((................))))))(((............))).......((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.19 .(((((..........)))))..((((.((((............)))).(((.......)))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))..))))..... New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.94 (((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -22.64 (((((((((....(((((((...(((...(((............)))))).......)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.41 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. Energy of known structure: -29.66 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -29.87 New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.171, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -31.95 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -31.46 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -30.75 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -30.49 .((((((........[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]]].....)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.147, New CC ppv: 0.152, New CC F-measure: 0.149, New CC Energy: -29.89 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -29.78 (((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.289, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -29.15 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -28.79 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -28.77 (((((((((....((.(.((....)).).))((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.289, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -28.38 .((((((..(........)....))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.38 .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))((....))..(((((....)))))............ New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -28.02 (((((((((..............(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).)))...((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.77 (((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.61 (((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.51 .((((((..(........)....))))))....((((..((.....(((......)))..))))))((((.[[[[[[[[[[[[[((....))..))))...]]]]]]]]]]]]]...... New CC sens: 0.059, New CC ppv: 0.057, New CC F-measure: 0.058, New CC Energy: -27.02 (((((((((....((.(.((....)).).))..((((.........(((........)))..))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -26.97 (((((((((......(((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))))....((((.......))))]]]]]].......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.93 (((((((((.......(((....)))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -26.89 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).))).((((.......))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.67 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. Energy of known structure: -26.56 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -26.78 New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -29.01 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -27.59 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -26.79 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -25.72 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.299, New CC Energy: -25.00 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -24.98 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -24.80 ......((((...((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -24.63 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).(((((((((((((..(((......))).......)))))))))...)))). New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -24.53 ((.....))......((((((.......((((............))))........)))))).(((((((..((((((((((..(((......))).......))))))))))))))))) New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -24.37 ((.....))....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((..((((((((((..(((......))).......))))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -24.26 ((((.(((..........))).)))).((((....(.((((....)))).).....))))...(((((((...(((((((((..(((......))).......))))))))).))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.06 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))((((((((((.....((.((.(((....))).)).))...))))))).)))..)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -23.90 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]......(((((....))))).((.....)).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.299, New CC Energy: -23.89 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]......(((((....))))).((.....)).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -23.87 ......(((((..((((((((.......((((............))))........)))))).))...)))))(((((((((..(((......))).......)))))))))........ New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -23.75 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -23.73 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.369, New CC Energy: -23.71 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -23.59 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -23.50 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.853, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. ((((((((((((.((((.((((....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))....))))...)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -26.86 Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -26.98 New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.195, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -30.08 (((((((((....((.((((......((((((............))))..))......)))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -29.60 (((((((((...(((((((((.....((((((............))))..))....)))).[[[[[[)))))............((....))]]]]]]...........))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -29.30 (((((((((.................(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -28.90 (((((((((...(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -28.57 (((((((((.......(((((.....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -27.96 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -27.88 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -27.55 ((((((((((((.((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.225, New CC Energy: -27.40 (((((((((.......((((......((((((............))))..))......))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -27.36 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.290, New CC Energy: -26.95 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.343, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -26.94 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.225, New CC Energy: -26.90 (((((((((.......((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -26.62 (((((((((.......((........))........(((((((((.............)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.56 ((((((((((((.((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -26.38 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -25.93 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -25.88 ((((((((........((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))...(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -25.83 (((((((((.......((((((....((((((............))))..)).........))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -25.74 New CC F-measure-avg: 0.380, New CC F-measure-best: 0.725, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((............))))..)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). Energy of known structure: -24.01 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -24.21 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.861, New CC F-measure: 0.886, New CC Energy: -25.27 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.912, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -24.72 (((((((((..(((...(.((.((((((((((............)))).........)))))).)).)...)))...((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -23.75 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -23.71 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -23.66 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -23.03 (((((((((......(((((...(((..((((............))))..)))....))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -23.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.83 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -22.10 (((((((((.......((......))..((((............))))((((.......))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -22.00 (((((((((.......((......))..((((.[[[[.......)))).(((.......)))]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -21.11 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -21.07 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -21.02 (((((((((.......((......))..((((............)))).(((.......))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -20.60 New CC F-measure-avg: 0.776, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). Energy of known structure: -19.27 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -27.47 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -28.98 (((((((((...((((((((........((((.[[[[.......)))).(((.......)))]]]]...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -26.27 (((((((((...((((((((........((((............))))((((.......))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -26.23 (((((((((...((((((((.............((((............(((.......)))))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -24.81 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((((((.......))))...)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -24.79 (((((((((...((((((((..((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..................]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.371, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -24.27 (((((((((...((((((((........((((.[[[[[[.....)))).(((...((..((....))....))...)))..]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -24.22 (((((((((...((((((((.....((((.............((((((((((.......))))...)).))))....[[[[[[..))))...]]]]]]...))))))))))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.405, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.73 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -23.66 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((((((.......))))...)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.51 (((((((((...((((((((..((((((....[[[[[....................)))))).................(((.((....)))))]]]]].))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -23.37 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((((((.......))))...)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -23.23 New CC F-measure-avg: 0.473, New CC F-measure-best: 0.758, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -25.98 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -27.33 New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -29.71 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.17 (((((((((...................((((....[[[[[[[.))))............]]]]]]](((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -27.15 (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -25.73 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.19 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.237, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.82 (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.31 New CC F-measure-avg: 0.594, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).))).((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -23.42 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -24.91 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.97 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.00 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -24.58 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -23.54 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.921, New CC Energy: -22.53 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.25 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -20.91 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.963, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -20.79 New CC F-measure-avg: 0.798, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. Energy of known structure: -24.59 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -25.22 New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -27.13 ((((((..((((...(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.171, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -26.17 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -25.94 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -25.15 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -24.70 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -24.68 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -24.17 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -23.96 ......((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.645, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -23.84 ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.83 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -23.51 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.49 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -23.42 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -23.27 ((((((..........(((((((...((((((............))))..))........)))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...))))).....)))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -23.00 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -22.70 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.65 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -22.64 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.55 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((((.(((....))).))))).............)))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -22.51 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -28.22 New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -29.25 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.943, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -28.50 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -27.46 (((((((((...................((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]]((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -27.24 (((((((((...(((((((...(((((.(....((((.........)).))....).)))))...))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -25.54 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.25 (((((((((.............(((((.((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]]...........)))))((....))...(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.02 (((((((((...........((((......)))).((((((((.................))))))))((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -24.54 (((((((((...................((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]].........((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -24.46 (((((((((...(((((((((...((..((((............))))..))....))..[[[[[))))))).....(((......))).]]]]](((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -24.10 (((((((((...(((((((.........((((............))))............[[[[[))))))).....(((......))).]]]]](((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -24.03 New CC F-measure-avg: 0.627, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.((((...(((.......)))..))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -30.13 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -30.74 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -31.14 .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -30.13 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -27.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -27.45 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -26.78 .(((((.((((((....)))))).((((.......))))..((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -26.71 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.((((...(((.......)))..)))))))))).((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.754, New CC Energy: -26.52 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -26.29 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -24.93 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.((((...(((.......)))..)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.639, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -24.93 New CC F-measure-avg: 0.830, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) ....((.(.((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -43.47 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -43.17 New CC sens: 0.975, New CC ppv: 0.951, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -48.09 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.911, New CC Energy: -45.42 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))((((.......))))..........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -43.71 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -42.85 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -42.84 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -42.53 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -42.31 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -41.08 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.575, New CC F-measure: 0.575, New CC Energy: -39.74 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.439, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -39.73 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]].(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.558, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -39.42 New CC F-measure-avg: 0.724, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -34.60 New CC sens: 0.851, New CC ppv: 0.755, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -38.04 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.851, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -37.40 ....(((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.787, New CC ppv: 0.787, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -35.84 ....(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.787, New CC ppv: 0.755, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -35.35 .((((((((.....(((((((...(((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).).)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.648, New CC F-measure: 0.693, New CC Energy: -34.95 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.91 ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....))))))).........(((((((((...))))))))).............. New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.63 .((((((((.......((.......))..(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -34.48 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]].......(((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))).. New CC sens: 0.809, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -34.47 .((((((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -34.42 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[..((((((((....)))))))){{{{)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]]........}}}}.((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -34.23 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))...........(((((((((...))))))))).............. New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.766, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -33.99 .(((((((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)...............(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -33.90 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]].............((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -33.83 .((((((((.(((.((.........)).)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))..........((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.426, New CC ppv: 0.408, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -33.38 .((((((((........((((((((..(((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))...))).(((((((.((((...........)))).))))...)))..........)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.255, New CC ppv: 0.245, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -33.32 ....(((((.....(((((((....(((((.........(((((((((....))))))))).(((((....))))).............)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.723, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -33.08 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....................(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.617, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.624, New CC Energy: -33.05 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[[...[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]]].......]]]]]...]]]]]]].......(((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))).. New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.729, New CC Energy: -33.03 .((((((((........((((((((....(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))................)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -32.99 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] Energy of known structure: -4.62 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -26.43 New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -33.57 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.........((.((((((....)))))).))..)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -31.87 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((............((((((....)))))).....)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -31.16 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -30.35 ...((((((((((((((((((......)))))................................(((((...............)))))......................))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.482, New CC Energy: -29.70 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -29.59 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))((.......))............((((((....))))))...((....))...]]]]]] New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -28.73 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -28.65 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))..............(((((((....((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.57 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -28.28 ...((((((((((((((((((......)))))................................(((((...............)))))......................))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.........((.((((((....)))))).))..)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.00 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -27.94 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -27.91 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.89 ...((((.........(((((......))))).................(((..(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))).......[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.64 .((((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))..[[[[[[....(((..........)))...........((((((....))))))..))))))).....]]]]]] New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -27.55 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(....).....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.50 ...(((([[[[[[[[[.............{{{{{{{..........))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.(((((...)))))}}}}}}}............))))))))))))))) New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.373, New CC F-measure: 0.442, New CC Energy: -27.47 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))[[[[[......))))..(((((((((((((((...))))))........]]]]].....)))))))))...... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -27.45 ...((((.(((...(((((((......)))))...))...)))...))))....(((........)))................((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -27.36 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.627, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU .....(((..........(.(......).)......................................((((((((.............))))))))......))).......(((((..........((((((..((((.........((((....))))...))))..)))))))))))........ ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... 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New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -28.81 ((((((((....((((.((((........(((((((.....[[[[[[.........{{{{{.......))))))).................))))))))...)))))))).((((((..........((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))))))))....... New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -28.65 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((........................))).))))))).................))))))))...)))))))).((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -28.22 ((((((((....((((.((((........(((((((...........[[[[[....{{{{{{......))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..)))))).}}}}}}...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -28.15 ((((((((.....(((((...........)))))..................................((((((((.............))))))))......)))))))).((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... New CC sens: 0.906, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -28.10 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.[[[[[[.........{{{{{...))).))))))).................))))))))...)))))))).(((((((((.......((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))....))))))))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.173, New CC F-measure: 0.214, New CC Energy: -27.81 ((.((((.((.......))...)))).)).......................................((((((((.[[[[[[[.....))))))))..]]]]]]]......((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... 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New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.184, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -27.52 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.......[[[[[............))).))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -26.98 ((((((((....((((.((((.(((....(((((((.(((........................))).)))))))...)))...........))))))))...)))))))).(((((((((.......((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))....))))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -26.89 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.[[[[[[[[[[[....{{{{{...))).))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))............. 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Energy of known structure: -25.19 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.559, Initial F-measure: 0.576, Initial Energy: -28.58 New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -28.86 ...(((((..(((((....)))))...)))))..((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.43 .........((((((....)))))).........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -26.18 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -26.08 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. 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Energy of known structure: -20.95 Initial sens: 0.742, Initial ppv: 0.697, Initial F-measure: 0.719, Initial Energy: -21.00 New CC sens: 0.516, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -21.74 .........((((((....)))))).........((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.516, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.39 .......((((((....))))))...........((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -21.29 ....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -21.28 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. 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New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -19.04 New CC F-measure-avg: 0.645, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00792; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M26526.1/755-655; ORGANISM=NULL GCCUGUACUAGUUGGCUGACUAGACCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGGAGUUCCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -23.27 Initial sens: 0.938, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -23.42 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -23.93 (((..........)))...(((((......)))))(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -22.62 ............((((((....((((((...((.(((((((.......)))))).).))..))).)))..))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -22.46 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....))))).........))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -21.78 .............(((((.(((((......))))))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -21.19 (((..........)))...(((((......))))).....(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.84 (((..........)))...(((((......)))))((((((.......)))))).......(((.........)))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -20.52 ............((((((.(((((......))))).(((((((......((((....)))))))))))..))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -20.03 ............((((((.(((((......)))))((((((.......))))))................))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -20.03 ............((((((.(((((......))))).............(((((....)))))........))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -19.75 .......((((((....))))))(((..........))).(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -19.66 .......(((...(((((.(((((......))))))))))...)))..(((((....)))))((.........))....((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -19.64 .......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))((.....))..))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -19.17 New CC F-measure-avg: 0.583, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00794; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M93134.1/374-274; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUAGAACUGACGAGUUCGGGAUACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -25.13 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -24.81 New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -25.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -25.73 ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.13 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -25.12 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -25.01 .........(((((([[[[)))))).........((((..(((.((((............]]]]..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -24.81 .........((((((....)))))).........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -24.74 ((((((...((((((....))))))..[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -24.22 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -24.02 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))........(((((....))))).]]]]]]..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -23.69 (((.((.(((...(((((.((((........))))))).)).....))).)).)))....(((((...)))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -23.63 ............((((((.........((((((..(((((.(((..........))).))))))))))).))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -23.60 ((((((...((((((....))))))..[[[[[[.))))))........(((((....))))).]]]]]]..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.413, New CC Energy: -22.79 .......((((((....))))))....((((((.........[[[[[.(((((....))))).))))))...]]]]]..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -22.52 .......((((((....)))))).((((.......))))...(((((.(((((....))))).((....)).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -22.49 ...............((((...............[[[[..[[[.[[[[............))))..]]]]]]]]]]]..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -22.45 .............(((((.((((........))))))).)).(((((.(((((....))))).((....)).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -22.45 .............(((((.((((........))))))).)).(((((.(((((....)))))(((...))).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.433, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -22.45 ............((((((.........((((((.(((....)))....(((((....))))).)))))).))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -22.33 .......((((((....))))))....((((((..(((((.(((..........))).)))))))))))..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -22.31 New CC F-measure-avg: 0.590, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..((((((((....)))))).)). .......((((((....)))))).((((......(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}} .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) Energy of known structure: -18.48 Initial sens: 0.548, Initial ppv: 0.515, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -17.59 New CC sens: 0.935, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.935, New CC Energy: -21.42 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.871, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.885, New CC Energy: -20.21 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........)))))).(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -19.79 .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...)))))))))))....((((((....)))))).... New CC sens: 0.871, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -18.38 ...................((((((....))))))((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -18.03 .......((((((....))))))............(((((([[.[[[[))))))...........]]]]]]......(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -17.46 .............((((..((((((....)))))).)))).((.(((((((((....)))))...))))))......(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.613, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -17.45 .......((((((....))))))...........(((((..((.((((((((([[[[)))))...))))))))))).(((........]]]].....))) New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -17.30 .......((((((....)))))).((((......(((((..((.((((((((([[[[)))))...))))))))))).{{{........]]]].))))}}} New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -17.30 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).))))))....((((((....)))))).... New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -17.17 New CC F-measure-avg: 0.792, New CC F-measure-best: 0.935, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..(..(((....)))..)..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -21.05 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -24.78 New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.540, New CC Energy: -25.24 ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.78 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((...(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -23.34 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.....(((((((....))))))).......))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -22.76 (((((..((((..(((......)))......)))))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -22.02 ((((((.......(((......))).........))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -21.97 ....((((.((..(((......)))))))))...((((........(((((((....))))))).........))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -21.93 ....((((.((..(((......)))))))))...((((......(((((((((....)))))....))))...))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -21.43 ((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -21.36 ....((((.((..(((......))))))))).((((......(((.(((((((....)))))))..)))...))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.12 New CC F-measure-avg: 0.581, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... ((((((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... Energy of known structure: -22.64 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -25.27 New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.121, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -27.10 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.80 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.219, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -25.33 (((((((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.127, New CC Energy: -24.69 ....(((((((((............)))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -24.47 ((((((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.42 ....(((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.39 ....(((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.15 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -23.92 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((((((.(((........))).)))...))..)))))).))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -23.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.(((.(((........))).))).........((((((((....))))))))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.25 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -22.73 ((((....(((((((....)))))))..........((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.131, New CC Energy: -22.36 ....(((.(((((((....))))))).)))..((((((...)))))).................(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.33 ........(((((((....)))))))........((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.237, New CC Energy: -22.33 (((((((((((((............)))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -22.01 ((((((((((((.........(((((..((((((......))).))).....)))))(((................)))......)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.305, New CC Energy: -21.71 New CC F-measure-avg: 0.157, New CC F-measure-best: 0.349, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -22.83 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -24.91 New CC sens: 0.974, New CC ppv: 0.949, New CC F-measure: 0.961, New CC Energy: -24.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -23.58 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -22.42 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))............(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -22.27 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -22.25 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.479, New CC Energy: -21.77 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -21.59 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))..(((((...................)))))..)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -21.51 ..((((((((.....(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))......)))))))).... New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -21.32 ((((((((((((((.(((((..((((((............((((....(((....)))....)))).........))))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -21.17 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))(((.......)))......)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -20.93 ((((((((((((((.........((((.......))))(((((....))))).(((...(((..(((((.......))))).)))....))).)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -20.83 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.37 ((((((((((((((.(((((..[[[[[[..........(((((....)))))...)))))...............]]]]]]............)))))))))))))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -20.10 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))........(((((...[[[[[......)))))........]]]]]..)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -20.01 ..((((((((.....(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.132, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.147, New CC Energy: -19.99 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.961, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... Energy of known structure: -30.19 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -32.54 New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -33.23 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.914, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -32.96 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -31.52 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -30.56 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.53 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.47 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.17 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[...))))))))).]]]].... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.84 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -29.63 ((((((((((((((((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).)))..))))..)))))))))......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -29.41 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.83 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.77 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))....]]]]] New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.47 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[...))))))))).]]]].... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -28.14 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -27.70 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((..(((.......)))))))) New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -27.25 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((...((....))...))))). New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -26.74 (((((((((((((...((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -26.74 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.71 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.65 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.928, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... Energy of known structure: -27.45 Initial sens: 0.843, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -47.34 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -48.62 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.820, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -48.26 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -45.75 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -45.39 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -45.05 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -44.69 ((((.....((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -42.80 ((((.....((((((..((((.......(((((((((....(((((.((((....)))).))))).((((.......))))..(((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))))))........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.549, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -42.55 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))............))))))..)))).... New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -42.25 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -42.18 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))............))))))..)))).... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -41.89 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -41.82 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -41.46 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))(((((((((((((((....(((.......(((........)))......(((....))).)))..))))))).)))))))).........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -41.43 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))............)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -41.12 ((((.....((((((..((((........(((...(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....))).(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))...............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.627, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -40.93 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))((((((((((..((((..((((.......)))).)))).((.(((....(((....)))....))).))..)))))))))).........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.255, New CC ppv: 0.277, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -40.78 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))............)))).... New CC sens: 0.686, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -40.76 ((((.....((((((..((((.....(((((((..[[[[[.)))))))(((....)))........]]]]]......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -40.57 ((((.....((((((..((((....(((((((((((((.........))))...(((((((((..(((.((........)).))).......((...(((....)))..))..)))))))))..)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -40.11 New CC F-measure-avg: 0.644, New CC F-measure-best: 0.845, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ Energy of known structure: -30.31 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -32.85 New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.817, New CC Energy: -33.79 ((((((((((..(((((((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -33.08 ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -32.71 ((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -31.63 ((((((((((.....((((.(((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -30.55 ((((((((((......((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -29.83 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((...(.(((....)))..).(((...(((.....)))...)))))))))..))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.479, New CC Energy: -29.54 ((((((((((......(((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -29.12 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.896, New CC Energy: -28.60 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((....(((((.......((.......))........)))))..))))))..))))..))))))))))........ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.412, New CC Energy: -28.54 ((((((((((..((((.(((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...........)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.914, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -28.29 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))...(((....)))....(((...(((.....)))...))))))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -28.11 ((((((((((..((((((((.(((................(((((..(.(((....)))..).((....)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.95 ((((((((((..((((((((.(((.................((((..(.(((....)))..).))))..(((.....)))...))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.94 ((((((((((..((((..((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))(((....))).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -27.81 ((((((((((......((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -27.67 ((((((((((..((((((((.(((......(((..........)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -27.55 ((((((((((..((((((((.(((................(((((....(((....))).((.......)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -27.43 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))..(((((.......((.......))........)))))..)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -27.09 New CC F-measure-avg: 0.700, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ 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New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -29.95 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -29.94 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -29.46 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)))..[[[[[..))))))))]]]]]... New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -28.92 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((..((((...((...((....))...)))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.91 ((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -27.66 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....))))...............)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.484, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((((..((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))........))))))...))))))))........ New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -27.42 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).[[[[....)))))))).]]]]... New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -27.40 ((((((((.((((...(((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))..........)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -27.29 .(((((....))))).(((((............((((..[[[[[[[..[[[[[..))))[[[[[..........)))))]]]]]]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.129, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -27.22 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((...(((....)))..))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.18 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((..(((....)))...))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.07 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((...(((....)))..)))))]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -26.60 ((((((((((((((...................((((....(((....)))....)))).......(((....))).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -26.55 ((((((((.((((...((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))..........))))...))))))))........ New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -26.52 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((..(((....)))...)))))]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -26.49 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.949, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ Energy of known structure: -25.36 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -21.62 New CC sens: 0.939, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.969, New CC Energy: -25.84 ((((((((.((((((..((((..........(((....))).((....))..))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -23.69 ((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -23.45 ((((((((.((((((.(((((((.((((...(((....)))......)))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -22.91 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.78 ((((((((.((((((.(((((((.......(((((...........))))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -22.47 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.469, New CC Energy: -21.60 ((((((((.((((((..((((....((....(((....)))...))...)))).((((........))))........))))))..))))))))........ New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -21.35 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.969, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... (((((((.(((.((.((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).)).)))(((((.......))))).....)))))))....... Energy of known structure: -22.46 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -22.16 New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.219, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -24.73 ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -24.01 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((....))..))))...)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -22.84 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((....))..))))........))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -22.32 ((((((((.(((((((((......)))......((((..(.(((....)))..).))))....((((......)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -21.68 ......(((((....(((......)))..(((((((((((.(((....)))((((.((....))..)))).....))))).))))))..)))))....... New CC sens: 0.091, New CC ppv: 0.107, New CC F-measure: 0.098, New CC Energy: -21.27 ((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -20.84 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......))))).....)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -20.52 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....)))))).(((((((.((....))..))))...))).))))).....)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -20.36 ((((((((.......(((......)))....((((((....)))))).........((((...((((......))))...))))..))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -20.20 ((((((((((.....)))......((((...((((((....)))))))))).....((((...((((......))))...))))...)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -20.12 ((((((((.......(((......)))........(((((((((....)))((((.((....))..))))....))))))......))))))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -19.91 ((((((((.((....)).....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -19.80 (((((((((((.((.((((...[[[[[....((((((....)))))).......)))).)).)))............]]]]]....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -19.79 New CC F-measure-avg: 0.315, New CC F-measure-best: 0.677, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))....... Energy of known structure: -26.98 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -30.25 New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.433, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -32.40 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...((((.((((...)))).).)))))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -30.69 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -30.21 ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((.((((((....)))......))).....)))).(((((((....)))))))..))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -29.96 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.212, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -29.75 ((((((..((((((......)))))).(((....((((....(((....)))....))))....).))...(((((((....)))))))..))))))....... New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -29.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((....(((((((....)))))))...)))......... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -28.96 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))......... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -28.91 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((...(.(((....)))..).((.(....).)))))))..(((....)))))))))))))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -28.79 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........))))))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -28.32 ((((((((((((((((.....)))).))))))((((((...)))))).(((.......)))..........(((((((....)))))))..))))))....... New CC sens: 0.188, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -28.18 ((((((((((((((((.....)))).))))))(((((...(.(((....)))..).((.(....).)))))))(((((....)))))....))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -27.92 ....((((((((((((.....)))).)))))))).((......))((((((.....((.(....).))...(((((((....))))))).........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.85 ((((((((((((((((.....)))).))))).((((((...))))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.82 ((((((..((((((......))))))........((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))..))))))....... New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -27.79 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))...........(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.237, New CC Energy: -27.79 ....((((((((((((.....))).)))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -27.74 (((((((.((((((......))))))........((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -27.73 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((..(.(((....)))..).))))......((((......)))).....))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -27.66 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((..(.(((....)))..).))))........((((...))))......))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -27.52 New CC F-measure-avg: 0.286, New CC F-measure-best: 0.508, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) Energy of known structure: -33.86 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -31.73 New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -35.47 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -31.39 (((((((((((((((.(((.((...(............)...)).)))(((....))).....(((((((..........)))))))......))))))))))))))) New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.77 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -30.13 (((((((((((((((((((.((...(............)...)).))))......(((((((.((((....)))).)))...)))).......))))))))))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -29.25 (((((((((((((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -29.11 (((((((((((((((..((((((.................((....))(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -29.00 (((((((((((((((..............((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((.(((...)))..))).))))))))))))))) New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -28.76 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). 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New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -42.59 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).(((.......))).((((((...(((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...))))))))).....)))))))) New CC sens: 0.123, New CC ppv: 0.123, New CC F-measure: 0.123, New CC Energy: -42.58 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))........................)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -42.09 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -41.79 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]](((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -41.57 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.456, New CC ppv: 0.456, New CC F-measure: 0.456, New CC Energy: -41.44 ((((((((........((((.((((........))))))))...(((((......((((((...(((....)))..))))))...)))))..(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.288, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -41.28 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -41.09 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -40.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((............(((.(((.........))).))).....)))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -40.33 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..)))))).(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New CC sens: 0.456, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -40.15 ..((((((((.......)))..)))))..............(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.155, New CC Energy: -39.97 ((((((((...(((((...)))))...(((((((...........)))))))...((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -39.91 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -39.77 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]]......(((((((.((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............)))))).......))))))) New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -39.61 ..((((((((.......)))..)))))(((((((...........)))))))...((..(((((((((...((((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...)))))))))......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -39.45 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.451, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -39.42 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.404, New CC Energy: -39.42 New CC F-measure-avg: 0.284, New CC F-measure-best: 0.468, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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Energy of known structure: -82.19 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -122.20 New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.504, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -124.44 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).(((((((..(((..((((((.(.((..........)).)))))))....)))(((((..((...(....((......))...)...))...)))))..))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. 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New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -118.14 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.629, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -118.07 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -117.97 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))[[[[[...((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -117.57 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))........((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -117.18 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))..(....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.598, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -117.14 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))..(....((((.......))))....)..((((((((...)))))))).....[[[[[...((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. 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New CC sens: 0.598, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -116.97 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.582, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -116.90 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...)))))))).....[[[[[...((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -116.86 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.551, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -116.80 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))[[[[[...((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -116.40 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))........((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -116.01 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))..(....((((.......))))....)..((((((((...)))))))).....[[[[[...((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -115.88 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))..(....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((....(((........)))..))(((((((...)))))))...........((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.598, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -115.74 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...)))))))).....[[[[[...((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -115.69 New CC F-measure-avg: 0.554, New CC F-measure-best: 0.627, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...[[[[...[[[[[[[.))))).))))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). Energy of known structure: -14.05 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.39 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.633, New CC Energy: -23.70 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((.((....)).)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -21.36 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((..........)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -20.84 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))...........(((((((.......(((.........))).....))))))).. New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -20.64 ((((((((((...........[[[[...[[[[[[[.........))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -20.47 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))...........(((((((.......(((.........))).....))))))).. New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.264, New CC Energy: -20.21 ((((((((.(((((((((...[[[[...[[[[[[[.))))).))))))))))))........................]]]]]]]....]]]]............... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -19.34 ((((((((.(((((((((..........[[[[[[[.))))).))))))))))))..........((((((((......]]]]]]]..............)))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -18.93 ((((((((.(((((((((..........[[[[[[[.))))).))))))))))))........................]]]]]]]....((((.((....)).)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -18.04 ((((((((.(((((((((..........[[[[[[[.))))).))))))))))))........................]]]]]]]....((((..........)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -17.52 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))............((.((........))))......((((..........)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -17.04 ((((((((((...........((((....))))...........))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -16.94 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))............((.((........))))......((((..........)))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -16.61 ((((((((.(((((((((..........[[[[[[[.))))).))))))))))))..............(((((.....]]]]]]].......)))))........... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -16.52 New CC F-measure-avg: 0.488, New CC F-measure-best: 0.731, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. Energy of known structure: -32.59 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -48.31 New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -54.42 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....((((........))))...((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]]]...]]]]]].........]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.446, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -54.17 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))).........)))))))))))))).. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -52.71 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((.....(((((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))..))).)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -52.65 ...((((.....)))).(((((((((((((((((.((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..)))))))))).(((...)))..))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -52.54 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.((((......((((((.((((........))))..))))))..(.((((((.....((((.(((((.................))))).)))))))))))..))))..)))))))))...((((......))))...........(((((...)))))....]]]]]]]]]]]]]].. 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New CC sens: 0.449, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -51.12 ..........(((((((((..........((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...))))))))))))))).((((....)))). New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.290, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -51.07 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[...((((......((((((.((((........))))..))))))..(.((((((.....((((.(((((.................))))).)))))))))))..))))..)))))))))...((((......))))...........(((((...)))))......]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -50.90 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((....((((........)))).((((((.(.(.((((((.....((((.(((((.................))))).)))))))))))..)))))))...........((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -50.79 .......((((((.(((((.......((((((.(.((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..)))))))))).).)))))))))))......))))))...... New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.295, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -50.61 ...((((.....)))).(((((((((((((((((.((((((((((...........((.(((((.....(((((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))..))).)))))))..((((......))))..))))))))))((((...)))).))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.551, New CC ppv: 0.397, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -50.49 ...((((.....)))).((((((((((((......((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))((((...)))).......)))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -50.46 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[....((((........))))...((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]]]((((...)))).]]].]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.456, New CC F-measure: 0.530, New CC Energy: -50.17 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((....))...((((.(((((.................))))).)))).........)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -50.03 New CC F-measure-avg: 0.429, New CC F-measure-best: 0.561, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -21.56 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -24.17 New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -24.17 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -22.97 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -22.34 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -21.99 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -21.94 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -21.16 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.00 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.697, New CC Energy: -20.96 .(((........)))((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -20.81 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -20.80 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -20.75 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -20.45 .(((........)))..(((((..(((((((((...)))))))))(((..((...(((.....(((.((((.......)))).)))))).)))))....))))). New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -20.45 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -20.40 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -20.18 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -20.18 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -20.02 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -20.01 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -19.91 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......))))......((((.....)))).... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -19.86 New CC F-measure-avg: 0.626, New CC F-measure-best: 0.871, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -41.01 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.738, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -40.93 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -40.80 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))............((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -40.68 ....(((((..((..((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...)).)))))...(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.386, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -40.63 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...((((((.....(((((((((...)))))))))))))..)).........((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.534, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -40.58 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -40.45 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -40.02 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((.......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).)))).........))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -39.87 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -39.67 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).)))))))))).....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.414, New CC ppv: 0.518, New CC F-measure: 0.460, New CC Energy: -39.59 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))........(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.603, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -39.56 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -39.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).))))...((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -39.51 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -39.42 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....)))).((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).(((..............))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -39.36 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -39.32 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.............)))).)))))))))).....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.496, New CC Energy: -39.31 New CC F-measure-avg: 0.593, New CC F-measure-best: 0.718, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.514, Initial F-measure: 0.468, Initial Energy: -19.75 New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -22.16 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -21.59 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -21.27 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -20.70 (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.75 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -19.65 .((((((((([[[[..........)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.64 ...(((((((..............)))))))..((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -19.47 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.38 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.25 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.08 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -19.08 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -19.00 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -18.94 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.79 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................)))))))))))).....(((((((....)))...))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -18.67 (((((((((.[[[[.)))))))))..................((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.56 ...(((((((..............)))))))..((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]..............}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -18.49 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.43 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]..............}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.40 New CC F-measure-avg: 0.568, New CC F-measure-best: 0.795, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). 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New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -41.28 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.807, New CC ppv: 0.836, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -40.86 (((((.....(((...((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....)))).))........((((......))))......)))((......))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -40.79 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.540, New CC Energy: -40.57 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -40.27 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -40.16 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.737, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -40.15 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -40.00 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.754, New CC ppv: 0.843, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -39.58 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -39.56 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -39.45 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -38.99 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.644, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -38.88 .((((.....))))......((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))..........((.......(((((.(((...))).)))))........)).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.551, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -38.76 .((((.....))))....((((((...))))))..(((((..((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......)))..))))).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -38.56 (((((...............(((.....)))(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -38.43 (((((...............((((..........((((....((((....))))....))))........))))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.608, New CC Energy: -38.37 (((((....(((.........)))....((((((((((....((((....))))....)))).((.......)).....................)))))).......((......))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -38.18 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.821, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. 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New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -33.83 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -33.77 .((((((........)))))).(((((....((((((...[[[[[...{{{{{.)))))).........{{{{{{{{{{...........]]]]]...))))).....}}}}}}}}}}...}}}}}.............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.339, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -33.66 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((......(((...((......))..)))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.566, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -33.27 ((((((.......[[[[((((((....)))))).......(((((...[[[[[................[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -33.23 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]].............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -33.18 ((((((.......[[[[..((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.475, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.98 .((((((........))))))......((((((((((....)))))..[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))..)))))......]]]]]]]]]]...]]]]].............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -32.97 ((((((.......[[[[((((((....))))))((((....))))...[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.475, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.95 .............((((..((((....))))((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.92 .............((((((((((....))))))((((....))))...(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.89 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((................((((((((((..((..(((.........)))....))..))))))))))...)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.547, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -32.77 .((((.....(((((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..))))...))).....))))...((((.....((((((.((.........)))))))).....)))). 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New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.527, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -32.39 New CC F-measure-avg: 0.462, New CC F-measure-best: 0.593, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.510, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -49.32 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -48.66 (((((........((((((((((.....))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......)))))))))))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -48.62 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -48.36 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -48.15 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))......((((....))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -47.27 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).................((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.330, New CC Energy: -47.17 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.248, New CC Energy: -46.96 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......))).....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -46.64 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))((..........)).((((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -46.51 (((((.....((.((...(((((.....)))))...))))..(((..........)))..........((((.((((.......))))))))((......))....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.612, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -46.49 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.077, New CC F-measure: 0.075, New CC Energy: -46.00 ((((....)))).((...(((((.....)))))...))....((((((.....[[[[[[[........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......[[[[[[..........))))))..]]]]]]......]]]]]]]..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.352, New CC ppv: 0.358, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -45.89 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))((......))....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -45.85 (((((.....((.((...(((((.....)))))...))))..[[[[[[.....{{{{{{{.(((....((((.((((.......))))))))......))).....)))))............((((((..........]]]]]]..))))))......}}}}}}}..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.426, New CC ppv: 0.442, New CC F-measure: 0.434, New CC Energy: -45.69 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((............(((((((...((((.....(((..........)))......)))).....(((..((......)).))).)))))))..........)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.354, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -44.98 (((((........((((((((((.....))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......)))))))))))))............((((((.....((((...))))..))))))(((.......)))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.648, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -44.91 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).................((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.082, New CC F-measure: 0.078, New CC Energy: -44.81 New CC F-measure-avg: 0.426, New CC F-measure-best: 0.722, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). Energy of known structure: -31.90 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -29.22 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -38.25 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.787, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -37.14 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -36.96 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))........((((.....)))).((((....))))..))))).. New CC sens: 0.646, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -36.81 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -36.70 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -36.66 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))............[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.809, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -36.09 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.646, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -35.85 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))(((..(((...((((.....))))...)))....)))..))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -35.74 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.))))))).((((..((((...)))).......))))....]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -35.74 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....[[[[[...)))))))(((((..((((...))))))))).......]]]]]...((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.938, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.918, New CC Energy: -35.46 ...........((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -35.38 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -35.27 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))...(((....(((((.....(...((((((..((((...))))))))))...)..))))).....)))...((((.....))))(((((....))))).))))).. New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -35.22 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.......((((((..((((...))))))))))....))))).((((........))))....]]]]](((((....)))))........ New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -35.21 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((.......((((((..((((...)))))))))).........)))))........((((.....))))(((((....))))).))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -35.05 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))............[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -34.98 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...)))))))))).....(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -34.88 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))....))))).....((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -34.86 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))......(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -34.84 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.918, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -38.65 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -43.02 New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -44.12 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.849, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -43.52 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -43.19 .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -41.66 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -41.53 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -40.95 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -40.77 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.839, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -39.68 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -39.29 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.894, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -38.53 .....((((((((................))))))))..(((((....(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).(((((((((((....))).))))))))..)))))...(((((((((((........)))))).))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.528, New CC Energy: -38.47 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.736, New CC Energy: -38.40 ........((((((((...(((..(((((...))))).)))....(((.........)))))))))))...(....).((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.521, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -37.88 .....((((((((................))))))))....((((...(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))...))))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -37.84 .(((((((((..............(((((...))))).(((....(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -37.76 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -37.31 ......(((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...))))....[[[[[[..((((((.......))))))..)))))....]]]]]]........... New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -37.02 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -37.02 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).))))......(((((...[[[[[[..((((((.......))))))...)))))...]]]]]]........... New CC sens: 0.536, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -37.00 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).)))))).....((((((.......))))))((((((........))))))........ New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.608, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -37.00 New CC F-measure-avg: 0.719, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... Energy of known structure: -24.24 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -45.09 New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.373, New CC F-measure: 0.388, New CC Energy: -47.01 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.347, New CC Energy: -45.70 ...........((((((..(((((((.....))))))).)))))).....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -45.63 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -44.34 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -44.06 ..(((.(((..((((((..(((((((.....))))))).)))))).(((((((..((......)).))))).))................)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.447, New CC Energy: -44.05 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -44.04 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.380, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -43.75 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.449, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -43.54 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.277, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -43.42 ..((((((...[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.277, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -43.28 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -43.24 ...((((((.(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.68 ....(((((((((.(((.......))).))))))))).....((.(((...............))).)).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.68 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -42.44 ..((((((..(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.37 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))((((((((((((((((..((......)).))))).))))..........)).)))))....(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.213, New CC ppv: 0.204, New CC F-measure: 0.208, New CC Energy: -42.13 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.234, New CC ppv: 0.212, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -42.11 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...........(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.106, New CC ppv: 0.100, New CC F-measure: 0.103, New CC Energy: -42.10 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]].....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.234, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.224, New CC Energy: -42.04 New CC F-measure-avg: 0.267, New CC F-measure-best: 0.463, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -29.95 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -29.86 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.48 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...))))...........(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.851, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -29.39 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -29.22 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.837, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -28.75 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -27.94 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))))))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -27.55 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -27.43 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....)))))))))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -27.41 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -27.32 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -27.19 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....))))))........(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.634, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.11 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -26.96 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -26.93 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -26.80 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.587, New CC Energy: -26.69 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -26.49 New CC F-measure-avg: 0.667, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ Energy of known structure: -48.07 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -41.32 New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -49.63 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.661, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -49.58 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.726, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -48.31 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -48.26 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.661, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.713, New CC Energy: -47.65 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.887, New CC F-measure: 0.817, New CC Energy: -47.18 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -47.00 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -46.33 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.726, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -45.86 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[....[[[[[[[.......)))))))]]]]]]].......(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -45.86 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -45.68 .((((((((......))))))))..........(((((.[[[[[[)))))..(((.....))).....]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -45.65 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].........(((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))............... 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New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -45.26 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -45.21 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..(((.....))).....]]]]]].........(((((.......))))).)))))))...(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.607, New CC Energy: -45.09 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((.(((((.(((.((((....))))))).))))).........))))))).... New CC sens: 0.597, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -45.03 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[(((((.......))))).)))))))...((....))...(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -44.97 New CC F-measure-avg: 0.674, New CC F-measure-best: 0.817, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.746, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -50.59 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -49.69 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -49.48 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -49.32 .(((((((((((.(.........).)))))))).))).(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.717, New CC ppv: 0.729, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -49.26 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))((((((....)))))).((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -48.88 .(((((((((((.............)))))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -48.60 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.717, New CC ppv: 0.782, New CC F-measure: 0.748, New CC Energy: -47.99 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))..((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -47.94 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))........((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -47.74 (((((........))))).........(((((((((..(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))..(((...((((....))))..)))...))))))))).......(((.......))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -47.06 .(((((((((((.............)))))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -47.06 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))........((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -46.20 .....((((((((((.((.......))..)).......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).(((.......))).... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -45.78 (((((........))))).........(((((((((..(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))).(((...((((....))))..)))...))))))))).......(((.......))).... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -45.66 ...(((((((((.........))))....((((...(.(((((((........))))))).)......))))....)))))..((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -44.47 .....((((((((((.((.......))..)).......(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))...........))))))))(((((((((.....))))))))).(((.......))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.555, New CC Energy: -44.45 .(((((((((((.(.........).)))))))).))).(((((((........))))))).(((((((((((....)))))..(((.((.(((((((((((....))))))))).)).))..))).....))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.517, New CC ppv: 0.534, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -43.95 ...(((((((((.((.((.......))..)).))))..(((((((........))))))).((....)).......)))))..((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.527, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -43.58 New CC F-measure-avg: 0.623, New CC F-measure-best: 0.765, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. (((((........))))).....((....(((......((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...)))....)).. Energy of known structure: -40.16 Initial sens: 0.694, Initial ppv: 0.642, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -44.61 New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -47.09 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.549, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -46.39 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -45.95 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -45.18 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -45.07 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.01 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.698, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -43.57 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.549, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -43.25 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))...(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -42.85 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -42.81 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -42.80 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.624, New CC Energy: -42.69 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....))))))))..(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.527, New CC Energy: -42.58 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -42.04 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))....((((.((((((((....)))))))))))).(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -42.02 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -41.93 (((((........)))))....................((((((.........)))))).((.((((((((....))))))))..)).((.((((((((....))))))))))...(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -41.88 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....))))))))..(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.388, New CC ppv: 0.442, New CC F-measure: 0.413, New CC Energy: -41.81 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....))))))))...((((.((((((((....)))))))))))).(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -41.75 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))...(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.535, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -41.53 New CC F-measure-avg: 0.565, New CC F-measure-best: 0.708, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.(.((((........))))..).))))))).................... Energy of known structure: -12.13 Initial sens: 0.452, Initial ppv: 0.483, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -17.58 New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -21.49 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -18.91 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -18.70 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -17.58 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((........))))....)))))))..)))))............. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -17.45 (((((......)))))...(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))..................... New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -17.39 New CC F-measure-avg: 0.381, New CC F-measure-best: 0.467, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... Energy of known structure: 28.22 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.93 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.00 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.93 .((((((....[[[[[...))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))....]]]]].....[[[[[............))))))))....]]]]]..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.28 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))............]]]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.98 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.92 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.85 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.72 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..................((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.47 .((((((............))))))..((((((...[[[[[[[[..(((.(((((((((...))))))))).))).)))))).........(((((............]]]]]]]]....)))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.34 ...(((((...)))))........((((...(((..(((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...(((.((......)).)))...........))))))).....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.15 .((((((............))))))..((((((...[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).....)))))).........(((((............]]]]]]]]....)))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.03 ...(((((...))))).((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))....(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.94 .((((((...[[[[.....))))))..((((((........]]]].....(((((((((...))))))))).....))))))((........))...((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.93 .((((((............))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))...(((.((......)).)))..........)))))))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.87 ...(((((...)))))...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))..(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.82 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))......)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.76 ..........((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.70 .((((((............))))))...(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...(((.(((.............((((.......)))).............))).))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.69 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))......)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.69 .((((((...[[[[.....))))))..((((((........]]]].....(((((((((...))))))))).....))))))((........))..........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.68 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. Energy of known structure: -19.58 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -17.89 New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -26.89 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))...[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -26.77 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.....((....(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).)....))...))))). New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.344, New CC Energy: -23.15 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -22.65 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))................. New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -22.19 (((((.....))))).......................((((...((((.......)))).......)))).............(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -21.80 (((((.....))))).......(((...........((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))..))).......((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -21.41 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).)............... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.40 ((((([[[[[)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -21.37 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......))))....((((((.......))......))))............[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -21.16 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))............((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -20.90 ((((([[[[[))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.89 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((...........(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).).........))))). New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -20.87 ....(((((....(((....))).............((((.........))))......((....)))))))............(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -20.86 (((((.....))))).......(((.(((....(((((((.........))))...)))....))).))).(((((.(((((((((((........)).))))...))))).)))))..((((............)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.132, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -20.82 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))..........)))))))))...(((............))). New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -20.82 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.............(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........))))). New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -20.79 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..((........))...((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -20.72 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))...(((............))). New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.172, New CC F-measure: 0.164, New CC Energy: -20.71 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((............)))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.317, New CC Energy: -20.50 New CC F-measure-avg: 0.426, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) Energy of known structure: -11.78 Initial sens: 0.435, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -19.53 New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -24.26 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....((((((((....)))..........(((..........))).))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -24.09 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -22.55 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((......(((((...)))))..{{{{.]]]]].....))))))................}}}}. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -22.51 ...........(((((.((((.(((((.(((..............))))))).).))))[[[[.)))))..........(((..........))).]]]]. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -22.40 (((((((((........))))))))).((((.[[[[[[.......)))).....((((((((....))).....]]]]]]................))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.02 (((((((((..[[[[[.))))))))).((((.{{{{{{.......)))).....(((((.....]]]]].....}}}}}}................))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.81 (((((((((..[[[[[.))))))))).((((.{{{{{{.......))))..........((((.]]]]].....}}}}}}................)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.157, New CC Energy: -21.80 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...))))..........((((..((...((........))...)).........)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.72 (((((((((........)))))))))....(.((((((......(((((...)))))..(((....))).....))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.72 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.69 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -20.90 (((((((((........)))))))))..((......))......(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -20.84 (((((((((........))))))))).((((..............)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.84 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((([[[[.(.(((........))).)......))))..............]]]].. New CC sens: 0.565, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -20.81 (((((((((........))))))))).((((..............)))).....((((((((....)))..........(((..........))).))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.67 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((..((...((........))...)).........)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -20.63 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...))))..........(((....)))..........(((..........)))...... New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -20.32 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]............((((((((....)))..........(((..........))).))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -20.28 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.19 New CC F-measure-avg: 0.176, New CC F-measure-best: 0.520, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... .........((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))((((((((.......))))))))........ Energy of known structure: -16.19 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -15.89 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.49 ((((...........((....))..((((((.......)))))).(((((((.......))))))).)))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -17.51 .(((.......))).(((((.....[[[[[[)))))..]]]]]]((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.29 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -17.06 ((((.....((((........))))((((((.......))))))((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -16.93 ((((.....((((..[[[[[.))))......]]]]]........((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -16.70 ((((.....((((..((....))))))((((.......))))..((((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -16.56 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.50 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.19 .........((((..[[[[[.))))......]]]]].....(((((((((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -15.99 ((((.....((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[((((((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -15.93 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -15.79 .(((.......))).((....))..((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.74 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.58 (((((((..((((..((....))))))((((.......)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -15.44 ((((.....((((....[[[[[.))))..((((((.(((((........))))))))))).]]]]].)))).... New CC sens: 0.182, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -15.22 (((((((........((....))..((((((.......))))))(((((.........))))).))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -14.76 .(((.......))).(((((...........)))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.73 .........((((..[[[[[.))))......]]]]]....((((((((((((.......))))))))....)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -14.68 .........((((........))))((((((.......))))))((((((((.......))))))))........ New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -14.67 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -20.04 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -20.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -20.37 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))(((.(..........).)))..))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.80 .((((....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.29 (((((((..((((........))))...((((((........))))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.11 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.01 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -16.86 (((((((..((((........))))...(((((...)))))(((((..............)))))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.57 New CC F-measure-avg: 0.737, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -15.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.89 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -16.58 (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.89 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -15.38 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -14.69 ...(((...((((........))))...(((.......))).......(((((.......))))))))..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.82 New CC F-measure-avg: 0.894, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((...(((..........))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -13.74 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -11.13 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.905, New CC Energy: -14.64 (((((((.((((....)))).....((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.29 ((((((..((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -14.22 ((((((...(((..........)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -13.80 ((.((...((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.96 ...(((((.[[[.)))))....]]]((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -12.91 ...((...((((....))))..)).((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.90 ....((((((((....))))..))))(((((((...)))))))....((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.43 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -11.81 ...(((((.[[[.)))))....]]]....(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.32 ((.((...((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -11.20 (((((((........[[[.......((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -11.18 (((((((.((((....)))).(((...............)))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -11.00 .....((((......))))...(((((((((((...)))))).....((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -10.98 ((((((([[[.......((....))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -10.96 ((((((..((((....)))).(((...............))).....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -10.93 ........((((....)))).....((((((((...))))))))...((((((.......)))))).((....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -10.92 ((((((([[[.(((((.((....))((((((((...))))))))........)))))........))))))).]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -10.74 ((((((...(((...[[[....)))((((((((...))))))))...((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -10.71 ....((((((((....))))..))))...(((((((.............((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -10.67 New CC F-measure-avg: 0.596, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.38 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -19.11 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.38 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -20.07 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).((((....))))....)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.23 (((((((((((.((...((.........)))).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -18.04 ((((((((((...(((......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.67 (((((((([[[((((..((.........))...)))).((((..((((....))))...)))).))))))))]]]. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -17.29 ((((((((.((((........))))....(((......)))........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -17.29 (((((((.[[[..(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.14 (((((((([[[..(((......))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -17.09 (((((((.....[[[...........(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.99 ((((((((.((((........)))).)..(((......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.95 ((((((((....[[[...........(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.94 ((((((((((..[[[...........(((((.......))))).((((....))))....)))..)))))))]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -16.39 New CC F-measure-avg: 0.677, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -17.74 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -16.36 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.86 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -17.85 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......)))))..(.((((((.......)))))..).)... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -17.63 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).(((.(((((.......)))))..)))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -17.39 ((((((...[[[[))))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.17 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...((((....))))(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -16.89 ((((((...[[[[))))))..]]]]...(((((...((((....))))...)))))...(((((....))))) New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -16.39 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...........))))((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.37 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.30 ((((((...[[[[))))))..]]]]....((((...........))))(((((.......)))))........ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.[[[[[..))))...((((((..((((....))))..))))))....]]]]]))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -15.42 (((((((..((((........))))...((((((..((((....))))..)))))).........))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.17 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.84 (((((((.....(((((.......[[[[.)))))..((.((..........)).))...]]]]..))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -14.82 ((((((.......)))))).......(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -14.21 ((((((.......))))))..((.(.(((((.......))))).).))(((((.......)))))........ New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.16 (((((((...(((........)))((((((((((..((((....))))..))))))...))))..))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.09 (((((((.....(((((............)))))..((((....))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.05 .........((((........)))).(((((.......))))).....((((([[[[[..)))))...]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -13.91 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.96 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -19.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.96 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -20.41 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.99 ..((((..[[[[.))))....((.(.(((((.......))))).).)).((((.......))))..]]]]...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.49 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.16 ((((((((.((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.16 ..((((..[[[[.))))......((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).]]]]...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.07 (((((....((((........))))....))))).......((((...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.96 ..((((..[[[[.)))).........(((((.......))))).....(((((.......))))).]]]]...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.12 .((((....)))).....((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -18.02 ((((((((.((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))............)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.88 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.55 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.50 .((((....))))........((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -17.41 ..((((.......)))).((((.((.(((((.......)))))..)).(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.21 .((((....)))).....((((....(((((.......))))).....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -16.93 ((((((((........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....))))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -16.88 (((((((..((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -16.87 (((((((..((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........)).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -16.77 New CC F-measure-avg: 0.580, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... Energy of known structure: -2.82 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -3.71 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.95 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -6.63 .(((((((((......................)))).)))))..((((...)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.69 ............(((((.......((((((([[[))))))).....))))).]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.67 ..(((((((...[[[[[)))))))...((((((.......))))))]]]]]((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.66 ..(((((((...[[[[[)))))))((((((({{{))))))).....]]]]].}}}.......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -5.29 ..(((((((...[[[[[)))))))(((((((...))))))).....]]]]]((.........)). New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -5.25 .(((((......[[[[[.....{{{{{..........)))))....]]]]]...}}}}}...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.99 ((((((((.(((((......)))))..((((((.......)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -4.96 (((............)))......((((((([[[)))))))]]]((((...)))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -4.89 ..(((((((........)))))))((((((([[[)))))))]]]((((...)))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -4.83 ............(((((.....[[[[[((((((.......)))))))))))...]]]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.81 (((............)))......((((((([[[)))))))...........]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -4.77 .(((((((((......................)))).)))))..(((....)))........... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.194, New CC Energy: -4.75 ..(((((((........)))))))((((((([[[)))))))...........]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -4.71 ((((((((....(((((......................[[[....)))))..)))))))).]]] New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -4.57 ((((...)))).(((((.......((((((([[[))))))).....))))).]]].......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -4.39 ..(((((((........)))))))...((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.34 ...((((((........)))))).(((((((...)))))))...(((.....))).......... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -4.24 .........(((((......)))))..((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.17 New CC F-measure-avg: 0.220, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((........))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -5.62 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -6.07 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.30 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]]...((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -5.99 (((((....(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.944, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -5.80 ....(((.[[[[[[[[[))).....]]]]]]]]].......((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -5.68 ........(((((((((........)))))))))...((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -4.98 ........(((((((((........))))))))).......((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.67 (((((...(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -4.43 ....((..........)).(((((.......))))).....((((.......))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -4.38 ....((..........)).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -4.37 .........(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -4.20 .........(((...))).(((((.......))))).((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.19 ....(((..........)))((((.......))))..((..((((.......)))).))........ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -3.66 ....(((..........)))....((((......))))...((((.......))))........... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -3.66 ........(((((.......((((.......))))))))).((((.......))))........... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -2.68 New CC F-measure-avg: 0.515, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... ((((((...((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.33 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.550, Initial Energy: -17.72 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.82 ((((((...((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.........))).)))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -20.17 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.54 (((((((..((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -19.48 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.89 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -18.87 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -18.78 ..(((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.49 ..(((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -18.40 ..(((((..((((..[[[[[[.))))..(((.........)))..]]]]]](((.........))).....))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.84 (((((((..((((((....)).))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -17.25 ....((((((...((..((((...((...(((((((......)))))))....))...))))...))....)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.17 (((((((..((((.........))))...((.........)).(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -17.16 (((((((..((((...........)))).(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -17.07 ..(((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]].........))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -16.88 New CC F-measure-avg: 0.469, New CC F-measure-best: 0.791, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... (((((((.....(((((.......)))))....(((....)))))))))).... Energy of known structure: -1.05 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -3.20 New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.71 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.55 ((((((((....(((((.......))))).....((....)))))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -5.38 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -4.38 ............(((((.......)))))...((((((..........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.24 (((((((((((((((((.......))))).......)))))..))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -4.10 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -3.53 ((((((((........(((..............)))......)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -3.02 ............(((((.......))))).......(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.00 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -2.77 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.12 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.12 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -15.55 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -17.43 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -17.43 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -15.58 New CC F-measure-avg: 0.908, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.54 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.54 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -18.85 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -18.85 .((((((((....)))))))).(((.(((.......))))))((((....))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -18.54 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -16.92 ...((((((....))))))((((....)))).......(((((((....))))))). New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -16.18 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -15.32 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -8.73 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.59 .((((((((....)))))))).............(((.[[[[[[))).]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -10.99 .((((((((....)))))))).............(((..[[[..)))]]]..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -8.90 New CC F-measure-avg: 0.825, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -8.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.99 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.25 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -6.84 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.84 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.84 ....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.58 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -18.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -20.64 .((((((((....))))))))............((((....[[[[))))]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -18.39 .((((((((....))))))))............((((....[[[[)))).]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.38 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -16.99 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -30.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -30.15 ...((((((....))))))((((.(((((....))))).[[[[[[[[[))))....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -26.53 New CC F-measure-avg: 0.796, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). Energy of known structure: -22.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -22.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -23.74 New CC F-measure-avg: 0.909, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... .(.((((((....)))))).). Energy of known structure: -7.23 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -7.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.23 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. Energy of known structure: -15.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -16.50 New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -16.77 .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.50 .((((((((....)))))))).....(((...[[[[))).....]]]]... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -15.73 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -14.71 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.15 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.........))).(((((...))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -9.18 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -11.35 ((((..(((....)))...)))).(((.........))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -9.80 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -8.11 .(((..(((....)))....))).(((.........))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -7.59 New CC F-measure-avg: 0.470, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.29 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.29 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.29 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....)))))..)))... Energy of known structure: -4.24 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.56 New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -10.52 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -9.96 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -8.85 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((......)))))..... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.01 .((((((((....)))))))).......((((......))))...(((((........)))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.71 .((((((((....)))))))).....((((.................))))............... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -6.66 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.839, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -5.03 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -8.44 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -10.35 ........(((((.....(((.......)))..)))))..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -8.65 .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.44 .(((((.((....)).))))).......((((......)))).(((((((.........))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.88 .(((((.((....)).)))))...................(((((((((....))))).))))... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -7.70 .......((....)).(((((..........)))))....(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -7.35 .(((((..[[[[[...))))).....((((...]]]]]..[[[[...)))).....]]]]...... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -6.43 New CC F-measure-avg: 0.518, New CC F-measure-best: 0.774, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) Energy of known structure: -12.82 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -15.97 New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -16.09 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -15.25 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -14.75 .((((((((....)))))))).........(((....)))((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -14.74 .((((((((....))))))))(((......(((....))).(((....)))))). New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -14.52 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -14.12 .((((((((....))))))))(((..(((.(((....))).))).......))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -13.55 .(((((((([[[.))))))))(((......)))((((((....]]]..)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -13.29 ...((((....))))..(((((....(((.(((....))).)))....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.12 New CC F-measure-avg: 0.618, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. .(((.(((((....)))))))).....((........))(((((((((...((((.......))))...))))))))). Energy of known structure: -24.27 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -25.16 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -25.67 .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.16 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.......))))...))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -24.60 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.......))))...)))))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.22 .....(((((....)))))..((....))..((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -22.11 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....)))))))).(((........)))...((((((....)))))). Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -19.53 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 0.903, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.99 .((((((((....))))))))..........((((.......))))......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.95 .((((((((....))))))))........(((((....)))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -6.55 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.00 .((((((((....))))))))...................(((....)))..... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -4.82 .((((((((....))))....((((...((((.....))))...))))..)))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -4.42 .((((((((....))))))))...........((((...))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.11 New CC F-measure-avg: 0.621, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -11.43 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.76 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.43 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -25.50 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -25.50 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -24.65 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -24.58 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -24.27 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -23.51 .((((((((....))))))))(((......)))((((....[[[[[[[[))))]]]]]]]].... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.36 .((((((((....)))))))).....(((((((([[[[[))))))))((....)).]]]]].... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.69 .((((((((....))))))))(((......))).(((((.......(((....)))))))).... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -20.57 New CC F-measure-avg: 0.745, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.42 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.42 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.42 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -15.06 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -16.26 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.26 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.06 .((((((((....))))))))(((((.......................))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.03 .((((((((....))))))))...............(((............))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -12.80 New CC F-measure-avg: 0.717, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -10.64 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -11.57 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -11.57 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.64 .((((((((....))))))))....((((((..(((((.[[[))))))))))).......]]]. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -10.00 .((((((((....))))))))............(((((.[[[))))).............]]]. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.79 ..(((((((....)))))))((((......)))).........((((((....))))))..... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -8.46 ..(((((((....)))))))((((......))))..(((((.....)))))............. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.73 .((((((((....))))))))..........((.......)).((((((....))))))..... New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.733, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.46 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.46 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.46 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....)))))))...................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -21.92 New CC sens: 0.960, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.980, New CC Energy: -22.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.23 ..(((((((....)))))))...................(.(((..((((((((..(((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -21.71 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -21.23 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -20.12 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -19.62 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -19.42 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.40 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -19.35 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -19.12 .(((((.......))))).....................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -18.89 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -18.78 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.69 .(((((...(((.......)))..........(((((....)))))((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -18.62 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -18.53 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -18.42 .(((((.......)))))..............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -18.41 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -18.30 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.27 New CC F-measure-avg: 0.551, New CC F-measure-best: 0.980, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. Energy of known structure: -15.12 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -16.91 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -19.32 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........)))))). New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -16.24 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[....{{{...))))))..]]]}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -15.85 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[....))))))...]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.60 .((((((((....)))))))).((((((.....[[[..........))))))..]]]... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.07 .((((((((....)))))))).((((((............[[[...)))))).....]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 .((((((((....)))))))).((((((..................))))))........ New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -12.90 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -12.90 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -12.49 New CC F-measure-avg: 0.573, New CC F-measure-best: 0.848, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....)))))))...................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). Energy of known structure: -19.52 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -21.06 New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -21.99 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -21.41 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -19.80 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -19.33 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -19.13 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.89 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -18.88 .(((((...(((.......)))..........(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -18.87 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -18.48 .(((((.......))))).....................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -18.17 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.01 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.87 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -17.72 .(((((......((((.((....((......)).....)).)))).((((((((..(((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -17.69 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -17.68 .(((((((((((.......)))............))))))))((.((.(((((..((((((....))))))))))))).)).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -17.67 New CC F-measure-avg: 0.429, New CC F-measure-best: 0.898, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -9.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.54 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -12.54 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -22.75 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -22.75 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.71 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.94 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -24.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -29.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -29.07 New CC F-measure-avg: 0.878, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -29.06 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -29.02 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -29.06 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -28.58 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -25.75 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.55 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((........))))............. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -23.28 New CC F-measure-avg: 0.804, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.28 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.28 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .((((((...)))))). Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -2.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((.......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -7.87 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -10.95 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.08 ........((([[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -9.02 ....((.(..((((((.......))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -8.42 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -8.13 .((.....)).((((((..........))))))...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -7.78 ........((((((((.......)))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -7.30 ....((.(..((((((.......))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -7.26 New CC F-measure-avg: 0.646, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... Energy of known structure: -12.27 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -17.73 New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -17.73 ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -17.51 ....(((((((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.76 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -16.58 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -15.83 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((....)))))..[[[[[....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -15.73 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -15.59 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((((..(((((....)))))....)).....)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.55 (((((...(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))....)))))........ New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -15.38 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))..(((((...........))))).... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -14.95 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))................. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -14.89 ....((((.((((....))))...........(((((..((....(((((....)))))...))...))))).......))))... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -14.84 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -14.66 ........(((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).......... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -14.59 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))(((.........))).....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -14.56 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....)))).........(((.........))).....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -14.53 (((((...(((((.......))))).......(((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -14.32 ........(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))..[[[[[.))))).))).]]]]].... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -14.27 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((......)))))......))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -14.14 ........(((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....))))...........(((((...........))))).... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.05 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.51 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -24.37 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -28.31 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.920, New CC Energy: -28.31 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -28.12 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -27.59 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.74 .....(((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -25.61 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -25.37 .((((..........(((((......[[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]].]]]]...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -25.34 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.18 .((((..........(((((.......[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]]]]].....)))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -24.98 .((((.........((((...)))).((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -24.22 .((((.........((((...))))..(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.17 .((((..((((......((((.....))))((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -24.10 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -24.05 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -23.81 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.72 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....)))))).......))))........)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.49 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -23.33 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -23.10 .((((..((((...((((...)))).....((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))))....)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -22.97 .....(((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -22.80 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.920, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -8.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.30 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -6.87 New CC F-measure-avg: 0.935, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). Energy of known structure: -12.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -12.78 New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -14.68 ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -12.78 .((((..[[[[[[[)))).....((((((........]]]]]]].))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -12.02 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -11.13 ((((...(((((((.(((((....[[[....))))).))))))).)))).]]]((((((......))))))... New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -10.97 .......(((((((.........[[[[[[........))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -10.97 .((((.[[[[[[..)))).....((((((....]]]]]]......))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.348, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -10.20 .((((..[[[[[[[)))).....((((((.{{{{{..]]]]]]].))))))...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -9.84 .......(((((((.(((((....[[[....))))).)))))))......]]]((((((......))))))... New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -9.07 .......(((((((.........[[[[[[.{{{{{..))))))).]]]]]]...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -8.79 New CC F-measure-avg: 0.672, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). (((((.[[[[.))))).......]]]]..... ......((((.(((......)))))))..... 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.19 New CC F-measure-avg: 0.174, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -1.94 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -5.59 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.59 .((((..........[[[.[[[[.))))]]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 ((((....)))).......((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.61 .((((..............[[[[.))))]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.52 .((((((((((..........))))....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -3.36 ((((....))))........((((........)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.63 New CC F-measure-avg: 0.125, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL guggguGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCC .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). 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New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.71 .((((((.((((....))))...)))))).....(((...(((......)))..)))..... New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.67 .((((((..(((.......))).)))))).....((((...(((..........))))))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.64 .((((((..(((.......))).)))))).....((((..(((......))).....)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.47 .((((((.((((....))))...))))))...((((.....))))....((((....)))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -11.37 .((((((.((((....))))...)))))).....(((............[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...))))))............(((.....[[[[.)))]]]]. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.23 .((((((.((((....))))...)))))).....((((...(((..........))))))). New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.16 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00650; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.saccatum.C1.SSU.1512; ORGANISM=NULL UUCCGUUAACACACCUAGCGGAU .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). Energy of known structure: -3.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.99 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL auggguGGUUUUCCAUCAGCAUUACCCAACACAGCUUUCAAGCUAGUA .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))....((((....)))).... Energy of known structure: -7.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.86 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -7.86 ...(((((....)))))...............((((....)))).... 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.87 New CC F-measure-avg: 0.207, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00672; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.P.carinii.Pc3.C1.LSU.1921; ORGANISM=NULL UAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUG .(((((((..........))))))). ((((((((..........)))))))) .(((((((..........))))))). Energy of known structure: -5.39 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -4.77 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.39 .....(((((....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.92 ..........(((....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.61 New CC F-measure-avg: 0.333, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL guggugguAGAACUACAUGUGCCACCUACAGCUUAUAUUGCUAGUCUAUCGUAACUGAUGGGCA .((((((((..........................))))))))((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). ..(((((((..........)))))))....((.......))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -6.91 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -11.23 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -12.71 (((((.[[[[.))))).........]]]](((.......))).((((((((....)))))))). 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New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.85 ..(((((((..........)))))))............((((.(((..........))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.70 (((((.[[[[.))))).........]]]].........((((.(((..........))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.68 (((((([[[[.{{{{....))))))]]]].((((((.....}}}}............)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.44 (((((([[[[.........))))))]]]].........((((.(((..........))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.36 (((((......))))).............(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.83 New CC F-measure-avg: 0.182, New CC F-measure-best: 0.500, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_00697; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.T.malaccensis.C1.LSU.1925; ORGANISM=NULL ACUCUCUAAAUUGUAAAAUUUCCUUUGGAGGGA .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). Energy of known structure: -6.22 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.22 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.22 .((((..(((((....))))).....))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.46 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00715; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.m.S.luteus.A1.LSU.2504; ORGANISM=NULL cgauAGUUUAAAUGUCGCUUAAAUUAGAAAUAAUUUAU (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). Energy of known structure: -5.17 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.17 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.17 ....(((.........)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -3.32 ...((((((((.......))))))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.78 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00002; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=17RA; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUAAGGAUUACCUAUGCC (((((.(((....)))))))) ((((((.((....)))))))) ((((((.((....)))))))) Energy of known structure: -4.58 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -4.58 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -4.58 ((((((.........)))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -2.93 ......(((....)))..... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -0.96 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00007; TYPE=Other Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1AFX; ORGANISM=NULL GGUGUGAACACC ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -2.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00012; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ANR; ORGANISM=SYNTHETIC GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC ..(((....((((......)))).))).. ((((((...((((......)))))))))) ((((((...((((......)))))))))) Energy of known structure: -3.61 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -8.71 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -8.71 (((((((((.......)))....)))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -5.32 New CC F-measure-avg: 0.599, New CC F-measure-best: 0.824, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00015; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ATV; ORGANISM=SYNTHETIC GGGACCAGAAGGUCCCG ((((((....)))))). ((((((....)))))). ((((((....)))))). Energy of known structure: -7.78 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.78 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.78 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00028; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1C0O; ORGANISM=TETRAHYMENA THERMOPHILA GGGUCUUCGGGUCC (((((....))))) ((..(....)..)) (((((....))))) Energy of known structure: -4.34 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -3.17 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.34 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00049; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EOR; ORGANISM=NULL GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) Energy of known structure: -6.68 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.68 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.68 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -2.75 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -4.22 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -4.22 .((((......))))(((......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.74 (((...........)))..(....).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.58 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.59 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -2.59 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.59 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.59 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -9.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.03 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.03 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -3.44 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.44 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.44 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -1.81 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.81 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.81 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) .((((((.((.(((....))))).)))))). Energy of known structure: -6.63 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -7.81 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -8.07 (((((((...((((....))))..))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -7.81 ..........((((....))))((....)). New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.11 New CC F-measure-avg: 0.728, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -9.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.01 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.01 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -21.04 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -23.58 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -23.58 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -23.16 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -22.41 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -21.85 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.14 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -20.68 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.936, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -4.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.86 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.86 ......(((.....)))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -1.54 ...(((.........)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.97 New CC F-measure-avg: 0.515, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -8.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.51 .((((.....[[[))))]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.61 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -13.80 New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -17.54 (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -15.24 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -14.34 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -13.82 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -13.78 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -13.78 New CC F-measure-avg: 0.505, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.05 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.05 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -4.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -11.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -12.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -12.21 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -11.04 New CC F-measure-avg: 0.926, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -6.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.79 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -6.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -7.08 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -7.08 New CC F-measure-avg: 0.933, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -0.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -4.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -4.65 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -5.01 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.01 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.01 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -7.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -8.75 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -8.75 ((((...((((((....))...))))...)))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -6.71 ((((......(((....))).........)))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -5.14 (((.......))).....(((...)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.02 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -10.06 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.06 ((((((...(((((....))))).........)))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -9.19 New CC F-measure-avg: 0.958, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -17.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -35.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -35.79 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -32.52 ((((((((((((...[[[[[...(((....)))...))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -31.15 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -30.43 .......(((((..(.((((.......)))).)...))))).((((..[[[[.))))..]]]]....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -29.67 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))......]]]].........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.27 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -9.88 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -11.54 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -11.54 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((.(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))....))). Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -19.06 New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.09 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -18.56 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -17.57 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -17.11 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -17.07 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -16.52 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -16.50 .(((((((((...[[[[)))))............((.((.((((((....)))))).))))....]]]].......)))). New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -16.49 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -16.43 .....(((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))........ New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -15.62 .(((((((((.......)))))....((((((((....(((((........)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.43 .....(((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...)))))............ New CC sens: 0.391, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -15.15 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... Energy of known structure: -29.43 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -33.89 New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -34.20 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.967, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.967, New CC Energy: -33.89 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -32.54 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -32.31 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -32.31 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -32.21 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -31.97 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.644, New CC Energy: -30.75 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -30.65 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.931, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -30.40 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -30.37 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))....)))))..[[[[[[.....))))).(.(((....)))..).......]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -30.04 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))....)))))..((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -29.72 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.475, New CC Energy: -29.53 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((....((....))(((....))).....))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -29.25 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......))))))).(((((.....(((....))).....)))..))......... New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -29.05 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....((....))(((....)))..........))))))..... New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -28.82 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -28.82 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -28.72 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....((....))(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -28.48 New CC F-measure-avg: 0.730, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -13.03 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.03 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.03 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((...........)))))))) Energy of known structure: -9.08 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.08 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -9.28 New CC F-measure-avg: 0.889, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) Energy of known structure: -6.36 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -4.14 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -7.03 ..(((((((((........))..((((........)))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -4.73 ..(((((((....(((..................)))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -4.38 ........(((........))).((((........))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.21 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -11.87 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.66 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.66 (((((((.((((....))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -12.23 New CC F-measure-avg: 0.905, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -17.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.65 .....((((((((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -15.40 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -3.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.51 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -15.02 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -18.82 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -17.09 ..(((((..((((...[[[[[.))))((((((.......)))))).....]]]]]..........))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -17.04 ...(((((.((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -16.62 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.24 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -16.02 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -15.92 ..(((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.88 .((((....((((.........))))((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -15.87 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.72 .........((((...[[[[[.))))((((((.......)))))).....]]]]].....(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -15.32 New CC F-measure-avg: 0.621, New CC F-measure-best: 0.914, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.24 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.24 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.24 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -12.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -13.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -13.51 New CC F-measure-avg: 0.963, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -8.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -10.94 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.94 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((..((((.((((.......)))))))))))))))) Energy of known structure: -4.08 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -5.27 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.44 (((((.(((.....((((((.......))))))..)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -6.10 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -5.77 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -4.50 .........((((((((................)))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.99 (((((((((.......))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -3.83 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -3.52 ...........((((.((((.......))))))))........ New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -2.55 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((.....(((....)))....))))) Energy of known structure: -8.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.71 New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -9.15 (((((((((........))))...))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -5.72 New CC F-measure-avg: 0.748, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -11.12 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -11.12 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.12 (((((...((((....).)))..))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -7.26 New CC F-measure-avg: 0.816, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). (((((.((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...)))..))))). Energy of known structure: -15.11 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -17.74 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -17.84 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -17.22 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.93 ((((((......(((.........)))...............(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -14.52 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -14.49 ((((((..(((((((.........))).......))))..........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -13.97 ((((((((((....))))......((..........))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.91 New CC F-measure-avg: 0.672, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))((....((((......))))....))......)))))))) Energy of known structure: -19.54 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -20.02 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -21.47 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -20.57 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -20.48 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -19.82 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -19.58 ((((((((.((((.(((.((.....)).)))))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -19.10 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -18.99 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....(((.......))).((....))....)))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -18.93 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -18.92 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -18.77 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -18.34 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -18.20 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -18.11 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -17.93 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -17.86 ((((((((.....(((((......)))))(((...((....((((......))))....)))))...)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -17.58 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -17.39 New CC F-measure-avg: 0.568, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -4.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.93 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.93 ....(((....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.94 New CC F-measure-avg: 0.500, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -12.94 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -9.27 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -12.97 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.83 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -9.80 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) (((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))))) Energy of known structure: -11.45 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -10.28 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -11.48 (((((((..........)))))))....(((....((....))...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.41 .((((((.....)))))).((.((....((......))......)).)) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.46 ((((((((((...........(((....)))........)))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -8.34 (((((((((((((......)))((....)).........)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -8.31 (((((((.......[[[)))))))....(((....]]]........))) New CC sens: 0.188, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.207, New CC Energy: -8.18 .((((((.....))))))...(((....)))....((....))...... New CC sens: 0.188, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -7.59 New CC F-measure-avg: 0.438, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -9.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.91 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.91 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -14.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -14.21 (((((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -11.77 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -11.63 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -11.19 New CC F-measure-avg: 0.747, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -7.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -10.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -10.33 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -8.04 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.62 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -7.32 New CC F-measure-avg: 0.658, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -6.30 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.51 New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.51 (((((((...((((((.........))))))(((.......)))...))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -8.38 .....((((.(((((([[[......))))))....))))..]]].......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -7.62 ..........(((((([[[......))))))..........]]].......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.56 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.35 (((((((....(((((.........)))))(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -6.95 ..........(((...))).........(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -6.48 .....((((.(((...))).........[[[[[..))))]]]]].......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -6.24 (((((((...(((...)))...........(((((.....)))))..))))))) New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -5.94 New CC F-measure-avg: 0.431, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -7.73 New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.21 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -9.86 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -9.77 .....((((((((...))))........[[[[[..))))]]]]].......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -9.15 .....((((((((...)))))..)))....(((((.....)))))......... New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -6.66 ...((((.(((((...))))).........(((((.....)))))..))))... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -6.29 ........(((((...))))).........(((((.....)))))......... New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.22 New CC F-measure-avg: 0.624, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... Energy of known structure: -6.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -8.48 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -8.55 .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -8.48 .....((((((((...))))......[[[[[[[.......))))]]]]]]]... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -8.16 ....(((.[[[)))..]]].......(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.43 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -5.92 ........(((.....))).......(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.88 .((((((.(((.....))).........(((((......)))))...)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -5.77 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -5.20 ....(((....)))............(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.18 New CC F-measure-avg: 0.369, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -9.56 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -19.84 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -20.19 ((((((.((((((((...)))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -19.89 ((((((.((((((.......)))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -19.77 ((((((.((((((.......)))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.72 ((((((.((((((((...)))))))).......((((((((.((((((....)))...)))))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -19.47 ((((((.((((((((...)))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.42 ..(((..((((((.......)))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.15 ..(((..((((((.......)))))))))....((((((((.((((((....)))...)))))))...))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -17.73 ..(((..((((((.......)))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -17.68 .......((((((.......)))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.44 ((((((.((((((.......))))))..........((((((((((((....))))).)).))))).........)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -16.39 ((((((............((((...))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.29 New CC F-measure-avg: 0.606, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -11.93 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -15.13 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -15.13 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -13.80 ........(((((((....)))))))(((....((((....))))....)))... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -13.60 ........(((((((....))))))).......((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -12.57 ....(((((((((((....)))))..)))))).((((....)))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -12.00 ........((((((([[[[))))))).......((((....))))......]]]] New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -11.95 New CC F-measure-avg: 0.670, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -8.77 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -11.75 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -11.75 .....(((.(((.......))).)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -9.39 (((((((.(((.....))).........(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.04 .....(((.(((.......))).)))..(((((.[[[[.))))).....]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -8.51 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -9.55 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -12.69 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -12.69 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -10.02 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -9.58 New CC F-measure-avg: 0.767, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. ((((((((.((((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))..))).)))))))).. Energy of known structure: -11.60 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -16.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.71 ((((((((...((((((((((......(....(((((((.(((((...))))).)))))))..).....)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -20.19 ((((((((.((((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))..))).)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -18.33 ((((((((...((((((((((...................(((((...))))).((((.....))))..)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.81 ((((((((.(((..((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).))).)))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.88 ((((((((......((((((............(((((((.(((((...))))).)))))))............)))))).....)))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -16.57 New CC F-measure-avg: 0.571, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -7.93 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -13.84 New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.84 ..(((([[[[[[[[[...........[[[[[..))))..]]]]]..........]]]]]]]]]. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -13.80 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -13.04 (((((((((...((...(((...(((.......)))...)))....))...)....)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -12.36 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -12.02 ((((((((..((((.........))))((((........))))..(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.81 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -11.37 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.28 ((((((((......((((.....(((.......)))...))))..(((....))).)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.97 ..(((.[[[[[[[[[........)))(((((........)))))..........]]]]]]]]]. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -10.94 ((((((((..((((((................)))))).......(((....))).)))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.53 ((((((((..((((((...[[[[[........)))))).............]]]]])))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -10.14 ...((((.(...((...(((...(((.......)))...)))....))...).))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.13 New CC F-measure-avg: 0.348, New CC F-measure-best: 0.571, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). (((((((.(((........(...((((..(((((......)))))..))))...).)))))))))) Energy of known structure: -13.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -14.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -14.62 (((((((..(((...........[[[[..[[[[[.)))..]]]]]..]]]]........))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -12.83 (((((((..........(.(...((((..(((((......)))))..))))...).)..))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -12.37 (((((((.(((...........(((((...........))))).............)))))))))) New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -12.34 (((((((.(((......(((............)))...(((((...))))).....)))))))))) New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -11.49 (((((((..((.............))...(((((......)))))...(((....))).))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -11.35 (((((((..(((.................[[[[[.)))..]]]]]..((((....))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.24 (((((((..((.............))......((((..(((((...)))))..))))..))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.22 (((((((.(((............((((((((..........))))..)))).....)))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -11.17 (((((((................((((..(((((......)))))..))))........))))))) New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -11.10 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.919, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -7.05 New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -7.53 (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.05 ....(((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.51 ............((((((.........[[[[..[[[[[..))))))]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -6.47 ..........((((......))))...((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -6.24 .....((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -6.21 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.20 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -5.81 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -5.79 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.78 (((.[[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}]]]]].... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -5.67 ............(((((..[[[[[....[[[.)))))]]]........]]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.56 .....((((.((((......))))....(((.((((((........)))))).)))....)))). New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.51 ............((((((..........[[[.[[[[[[..))))))]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -5.46 (((.[[[[[[..((((((.........[[[[.........))))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -5.35 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -5.35 ......((((..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]....))))}}}}.......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -5.33 ............(((((..[[[[[....{{{.)))))...........]]]]]}}}......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.24 ............(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]]........}}}}.......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -5.19 (((.........(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]].......... New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -5.15 New CC F-measure-avg: 0.364, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... ....(((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))).... 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New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -6.23 .....((((.((((......))))...((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -6.21 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.20 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -6.14 ....((((((..(((((..((........)).)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -6.05 ...........(((((............[[[.[[[[[[...)))))]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.125, New CC Energy: -5.99 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -5.81 .......(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -5.78 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -5.76 New CC F-measure-avg: 0.375, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00651; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 M18895.1/367-303; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGGAAUUAA ....(.(((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))).).... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... (((.......((((......))))...((((..(((((........)))))))))..)))..... Energy of known structure: 3.42 Initial sens: 0.353, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.364, Initial Energy: -4.28 New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -7.08 ..........((((......))))...((((..(((((.[[[[[[[))))))))).]]]]]]].. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -6.93 .......(((((((......)))).)))(((.((((((.[[[[[[[)))))).)))]]]]]]].. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.83 ............((((((.........[[[[..[[[[[..))))))]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.47 (((....(((((((......)))).)))(((.((((((........)))))).))).)))..... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -6.44 ............((((((.[[[[[......{{{{......))))))..]]]]]..}}}}...... 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New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -5.33 ......((((((((......))))...((((..(((((........))))))))).))))..... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -5.27 ............((((((.[[[[[........{{{{{...))))))..]]]]]...}}}}}.... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.25 New CC F-measure-avg: 0.212, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00661; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036392.1/168-121; ORGANISM=NULL AUCCAACUGACGAGCGCCAAAUAGGAGGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.((...........(......)......((....)).....)).)) .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ .......(((((.(((((........))...))).)))))........ Energy of known structure: 6.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.84 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.78 .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.84 .............((((...............))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.05 .(((...[[[[[.[[[..........)))..]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.68 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00666; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036397.1/166-119; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUCCCAAACAGCACGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.(((.......((.(......).))...((....))....))).)) ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... .......(((((.((........[[[......)).)))))...]]].. Energy of known structure: 2.86 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.250, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -4.39 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.91 ...(((.(((((.((.................)).)))))..)))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -5.69 .......(((((.((......[[[........)).)))))..]]]... 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.89 New CC F-measure-avg: 0.075, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00671; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036404.1/166-122; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUGCCAAAUAGGACGAAAUGCGCAUCCUGGAU ((((((.......((.(......).))...((....)).)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) ((((((..((...((((...............)))).)))))))) Energy of known structure: -1.00 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -2.49 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -5.83 .............((((....[[[[[......)))).]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.16 ((((((.......((((...............))))...)))))) 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.98 New CC F-measure-avg: 0.208, New CC F-measure-best: 0.571, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00672; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036740.1/159-117; ORGANISM=NULL AUCCAGCUCACGAGUCCCAAAUAGGACGAAACGCGUCCUCCAU ((..((.......((((......))))...(....).))..)) .....(((....))).......((((((.....)))))).... ......................((((((.....)))))).... Energy of known structure: 3.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -5.49 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.64 .....(((....))).......((((((.....)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.49 .............((((......))))................ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -3.57 New CC F-measure-avg: 0.205, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00680; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036754.1/138-91; ORGANISM=NULL AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU ((((((.......((((......))))...((....))....)))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) Energy of known structure: -6.15 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -10.23 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -10.23 ((((((((((((....(((...)))..........)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.40 ((((((((.....((((......)))).............)))))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -6.92 ((((((((........(((...)))(((.......)))..)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.43 New CC F-measure-avg: 0.613, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).)))....)))) Energy of known structure: -0.58 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -5.93 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -5.98 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ 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New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -3.96 ....(((.....(((((......)))))......)))........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -3.81 ...........(((([[[[[..............)))).]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.41 ....(((..............[[[[[........)))]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.21 (((((((((......(((.....))).....)).)))....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -3.11 ....(((((......(((.....))).....)).)))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.96 .((([[[[[..............))).....]].]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.84 (((((((........(((.....)))........)))....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -2.34 .....................(((((...........)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.32 ((((((......(((((......)))))...........)))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -2.25 ....(((........(((.....)))........)))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.19 New CC F-measure-avg: 0.243, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=RFA_00723; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 Z69690.1/390-342; ORGANISM=NULL GCCCCGCUGAUGAGGUCAGGGAAGACCGAAAGUGUCGACUCUACGGGGC ((((((.......((((......))))...((.(....).)).)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -9.54 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -11.15 New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -11.15 .((([[[[.....[[[[.)))..]]]]...]]]]....(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -10.77 ((((((.......((((......))))...(((....)))...)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -10.72 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -9.95 (((((((((((...)))))(((.((((....).)))...))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -9.69 ..(((........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -9.26 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -9.19 ((((((.(((((.((((......)))).....)))))......)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -8.90 ..((((((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.82 ((((((.......((((..[[[.))))............]]].)))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -8.62 ....((((.....((((......))))...))))....(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.49 .(((.(((.....)))..)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.25 ..(((.............)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.07 .(((.........[[[[.)))..]]]]...........(((....))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -7.87 ......(((((...)))))....((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.69 .(((..............)))..((((....).)))..(((....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.41 New CC F-measure-avg: 0.330, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -5.68 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -6.56 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.56 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.03 ..........(((....(((......)))..)))......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -3.54 New CC F-measure-avg: 0.255, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.51 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.63 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.62 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -7.03 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.01 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -8.28 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.72 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.71 ..(((((..(((...)))((.......))..)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.38 ..(((((...[[[....(((.......))).)))))..]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.73 New CC F-measure-avg: 0.222, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -5.35 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.99 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -9.33 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -8.50 .....(((((....)))))...........(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.01 .....(((((....))))).........((((......)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.86 .....((((([[[.)))))....(((.....]]]......))) New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -6.76 .....((((([[[.)))))....((((....]]]...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -6.75 ((((((....(((..................)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -6.68 .....(((((....)))))....(((..............))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.42 .....(((((....)))))...........(((.......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.16 .....(((((....)))))....((((..........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.99 .....((((([[[.)))))............]]]......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -5.92 New CC F-measure-avg: 0.251, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -9.74 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -9.26 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.25 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -7.66 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -7.67 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -10.55 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -10.55 (((((((.(((((..........))).))..).....)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -8.19 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.17 ((((((.........(((.....)))...........)))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.97 ((((((.(((....)))...(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.63 New CC F-measure-avg: 0.547, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((....(((....(((......)))..)))...))))). Energy of known structure: -8.31 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -6.09 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -9.08 New CC F-measure-avg: 0.696, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -6.75 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -7.32 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.31 ((((((...(((...)))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -5.30 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) Energy of known structure: -7.42 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -8.54 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.53 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -6.46 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -4.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -4.14 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.14 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.55 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.60 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.91 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.92 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))........ New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -19.12 (((((((((((((..(((..(....(((((((...)))))))...))))))).........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -18.80 (((([[[[.)))).]]]].......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -18.68 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -18.66 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......((((....)))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.32 (((([[[[.)))).]]]]....((((((((((...))))))).))).(((((.......)))))(((.....))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -18.26 ((((((.........[[[[...((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -18.09 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -18.08 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -17.91 ((((.....)))).((((....((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -17.78 New CC F-measure-avg: 0.577, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... Energy of known structure: -21.75 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -21.77 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -21.98 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.77 ((((((...((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].............)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.68 ..((((...)))).(.((((((.((.(((((.......)))))......((((.......)))))).)))))).). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.57 ..((((...))))...((((((.((.(((((.......)))))..))..((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.36 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.33 ..((((...))))...((((((.((((((((.......))))..((((........))))..)))).))))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -19.07 ..((((...))))...((((((.((((..........((((((...))))))..........)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.82 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.27 ((((((...((..(((.((.......)).)))..)).((((((...))))))((........))..)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -17.90 ((((((...((((...[[[[[))))((.......)).((((((...))))))......]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.79 ((((((...((((........))))((((((.......))...)))).(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -17.65 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} ((((((((..((....))...))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... Energy of known structure: -18.00 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -14.63 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.49 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -18.44 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.01 ((((((((.....[[[[[[..))))))))........((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -17.17 ((((((((..((....))...)))))..)))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -17.10 (((((....((((........)))).(((((.......))))).(((((..((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.83 .........((((........)))).(((((.......))))).((.((((((.......)))))...).)).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -16.79 ((((((((..((....))...))))))))((((....[[[[.))))..(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -16.79 (((.....((((([[[[[[....))))))))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -16.76 ((((((((.....[[[[[[..))))))))((((....{{{{.))))..(((((.]]]]]])))))....}}}}... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.185, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -16.34 ((([[[[[.((((........))))...)))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -16.20 ((([[[[[(((((..........))))))))...]]]]]((((((...(((((.......)))))))).))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -16.20 ..(((([[[[...[[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]]))))).....]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -15.97 (((......(((([[[[[[..))))...)))......((((.(((...(((((.]]]]]])))))))).))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -15.95 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -15.85 ..((((....((....))...)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -15.77 ((((((((..((....))...))))))))((((.........))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.75 (((.....(((((..........))))))))......((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.64 ((((((((..((....))...))))))))........((((...(((((..((.......)))))))..))))... New CC sens: 0.100, New CC ppv: 0.095, New CC F-measure: 0.098, New CC Energy: -15.62 ((((((((..((....))...))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.30 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.43 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -20.42 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.43 (((((((..((((........)))).(((((...[[[[)))))..............]]]]....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.12 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.14 .........((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -17.01 (((((((.........[[[[...((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.84 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.73 .........((((........)))).(((((.......))))).((..(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -16.67 .........((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.805, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.26 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -18.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.26 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -19.95 (((((((((((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -18.20 ((((((((((...(((.......)))...))).......((((..((((....))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.95 (((((((....[[[[............(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.89 ((((((((...[[[[............(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.85 ((((((((((((....[[[[.[[[[..(((((.......)))))........))))).....]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -16.68 (((((((....[[[[......((((..(((((.......))))).((((....)))).....)))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.52 (((((((.((...(((.......)))...))((((...)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.44 ((((((((........[[[[.......(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.39 ((((((((..............[[[[.(((((.......)))))......((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.37 ((((((((((....))).....[[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -16.32 New CC F-measure-avg: 0.683, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -18.88 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -21.05 New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -21.59 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -20.31 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.79 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -19.17 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.88 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -18.51 ..(((((.....))))).(.(((.((...)).))).)..(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.37 (((((((.....))))((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -17.92 (((((((.....))))((((......)))).))).....(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -17.79 (((((((...........(.(((.((...)).))).)..(((....)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.68 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.42 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -17.40 (((......((((.........)))).....))).....(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -17.37 (((((((.............(((....(((((.......)))))...))).((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -17.34 New CC F-measure-avg: 0.363, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -9.15 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -11.50 ....................((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.66 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.17 .......((((...))))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.92 (((((((..((((......)))).((((.........))))....((((((.....))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -9.21 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -9.19 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.99 (((((((..((((......)))).((((....)))).........((((((.....))))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -7.95 ....................((((((((........(((((.....)))))......))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.94 ....................((((((((...................[[[[[[....))))))))..]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 .....((((((((..............[[[[[[..........))))))))..]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.71 .........((((......))))....((((((...(((((.....)))))..)))))).............. New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -7.69 .....((((((((..............[[[[[[......{{{{))))))))..]]]]]].....}}}}..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.64 New CC F-measure-avg: 0.243, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... ((((((((((....(((.......(((((.......)))))........)))...))))).)))))..... Energy of known structure: -1.19 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -2.09 New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -3.89 .........((((......))))...............(((((((((((((...)))))).)))))))... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -3.53 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.48 ......(((((((...((............))..)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.37 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -2.93 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -2.63 ......(((((((.....................)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -2.61 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -2.54 .........(((((((........[[[[..........{{{{{{{)))))))...]]]]..}}}}}}}... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.40 .........((((......)))).((((..........[[[[[[[..........))))..]]]]]]]... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -1.87 .......((((((...((............))..))))))(((((((.............))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.82 .........((((......)))).((((............[[[[[[[........)))).]]]]]]].... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -1.50 .....(((((............................[[[[[[[..........))))).]]]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.33 .....(((((...............((((.......))))[[[[[[[........)))))]]]]]]].... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -1.25 .........(((((((........[[[[.................)))))))...]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.51 .........(((((((........(((((.......)))))....)))))))................... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -0.35 (((((((..((((......))))..............((((.....))))..........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -0.34 .........((((......))))..............((((.....))))..................... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -0.22 (((((((..((((......)))).((((.........((((.....)))).....)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -0.12 New CC F-measure-avg: 0.319, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... (((((((...................(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.57 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -12.37 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -16.70 (((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.63 ((((((((..................(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -16.24 ((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.10 (((((((........((((........((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.76 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.30 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...)).(((........)))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -14.73 .((((.........))))........(((((.......))))).((.(((((.......)))))))......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -14.52 ((((((((.............((...(((((.......)))))...)).(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -14.51 .((((.........))))........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.19 (((((((....................((((.....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -14.13 (((((((........[[[[........((((.....)))).......(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -13.90 ((((((((...................((((.....))))........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -13.67 ((((((((.............((...(((((.......)))))...))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -13.64 ((((((((.......[[[[..((...(((((.......)))))...))((((......)))).))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.62 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -13.60 ...............((((.......(((((.......))))).((.(((((.......))))))).....)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -13.47 .((((.........)))).........((((.....)))).((....(((((.......)))))....))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -13.45 ((((((((..................(((((.......)))))......(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -13.43 ((((((((.......[[[[........((((.....))))........((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -13.37 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.895, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.49 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.57 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.16 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -16.06 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.54 .((((....((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.11 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.59 ..((((...((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -14.30 .........((((.........)))).((((([[[[[[.)))))....(((((.......)))))]]]]]]..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.88 (((((((..((((.........))))...((((((...))))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.64 ((((((.......((.(((.......))).))......))).)))...(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -13.49 ..((((...((((.........))))...((((((...))))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -13.35 .((((....((((.........)))).(((((.......)))))....(((((......)))))..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.35 New CC F-measure-avg: 0.612, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} ((((((...(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))).))))))}}}} Energy of known structure: -7.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -10.35 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -10.12 ((((((...((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))).))))))}}}} New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.37 ((((((...((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -9.27 ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -9.03 .........((((.[[[[))))((((((...]]]]))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -8.78 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -8.76 .........(((([[[[[))))..............]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.48 ....((((...[[[[..)))).((((((..]]]].))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.40 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -8.21 (((([[[[....)))).]]]].((((((.......))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.15 (((((((((.....(((((...((((........))))....)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -8.15 (((([[[[....)))).]]]].((((........))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -8.06 .........((((.[[[[))))..((((...]]]].........(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -8.01 ((((((...(((([[[[[)))).((((.........]]]]].....[[[[......))))..))))))]]]] New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.96 ..............((((....[[[[[[...))))]]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -7.92 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -7.78 .........((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -7.75 .........(((([[[[[)))).((((....)))).]]]]]...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -7.68 ((((........))))......((((........))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -7.58 ((((((...((((.....)))).((((....)))).........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -7.52 New CC F-measure-avg: 0.560, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ........(((((...[[[[.)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).....]]]]. Energy of known structure: -18.38 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -14.24 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.12 ((((((((((......((...((((((..(((((((......)))))))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -19.93 .((((((.....))))))...((..((((((.......))))))..((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.03 .((((((.....)))))).......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -18.92 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.34 ((((((((((...........((((((..(((((((......)))))))))))))......)))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -17.59 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.52 .((((((.....))))))...((((((..(((((((......)))))))))))))..((((.......))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.07 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...(((((...))))))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -17.05 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.92 .(((((([[[[.))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).)))))]]]] New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -16.42 .((((((.....))))))......(((((..(((........))).((((((.......)))))).))))).... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -16.06 ........(((((........)))))(((((.......)))))...((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -15.94 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... (((((((....((.((((.......)))).))(((((....)))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.38 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -14.92 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -18.15 ((((((((......((.((((..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)))))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -17.45 ((((((((......((((.......)))).(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -17.45 (((((((..(((..((((.......)))).)))((((......)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.42 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.38 (((((((.((((..((((.......)))).))))(((......)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.18 ((((((((...((.((((.......)))).))(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.84 ((((((((.((((.........))))(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.66 ((((((((((((..((((.......)))).))))((((((((.......)))))..))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -16.61 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.54 (((((((..((((.(((((................)))))....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -16.07 ((((((((.(((..((((.......)))).)))((((......))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.96 (((((((..((((.........))))..(((((((..(((((.......)))))..)))..))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.91 ((((((((.((((.........))))((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.88 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -15.80 ((((((((((((..((((.......)))).))))...(((((.......)))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.44 ((((((((.((((.........))))((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.23 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.15 (((((((.......(((((................)))))........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -15.07 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.756, Initial Energy: -16.46 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -15.52 (((((((..(.(......).)......(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -14.78 ((((((((.((((...[[[[..........[[[[...[[[[[..)))).]]]]]...]]]]...))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -14.77 (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.26 ((((((((((((....[[[[..[[[[....))))...(((((.......)))))....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -14.15 ((((((((.(.(......).).((...(((((.......)))))...))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.14 ((((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).]]]]((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -13.92 ((((((((........[[[[..((...(((((.......)))))...))((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.91 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -13.56 (((((((..((((...[[[[.......(((((.......)))))))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -13.51 ((((((((.(.(......).).........((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -13.41 ((((((((.((((.........))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.35 ((((((((........[[[[..........((((...(((((.......)))))...))))...))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.35 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -13.25 (((((((..((((((((((.........))))))..........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.23 ((((((((.(.(......).)......(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -13.15 ((((((((.((((...[[[[..[[[[....[[[[[.........))))..]]]]]...]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -13.08 (((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -12.96 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -12.95 (((((((..((((...[[[[........[[[[.....[[[[[..)))).]]]]].......]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -12.90 New CC F-measure-avg: 0.631, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((((..(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.43 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -14.46 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.96 ((((((..(((((.[[[[[..))))).............]]]]]...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -18.90 ((((((..((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -18.21 ((((((..((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.61 ((((((........(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -17.43 (((((((((((.....(((..(((........))).))))))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.24 ((((((.[[[[..........((...(((((.......)))))...))((((.......))))..))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.09 ((((((((((((..(((((..(((........))).)))))...))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.08 ((((((........(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.99 .((((((....)))).))...(((((((((((..........)))..))))))))..(((((.....)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.81 ((((((.[[[[...(((((...((..........))...)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.78 ((((((((((((..(((((..(((........)))....)))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.48 ((((((.[[[[...(((((..(((........)))....)))))...(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.36 (((((((((((((........)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -16.10 ........(((((..[[[[[.)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))......]]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -16.09 (((((((((((((.[[[[[..))))).............]]]]]....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -16.04 ((((((..((((..............(((((.......))))).))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.82 ((((((.[[[[...(((((..(((........))).)))))......(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.80 ((((((.[[[[...............(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -15.80 ((((((..(((((.[[[[[..)))))..........]]]]]......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -15.68 New CC F-measure-avg: 0.598, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.54 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.25 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -22.54 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.00 (((((((..((((........))))...((((((.......))..))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -19.87 (((((((....(((((((.....[[[[.)))))))........]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -18.91 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -18.66 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.62 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -18.08 New CC F-measure-avg: 0.759, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -21.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -22.23 ((((((((.((((........)))).(((((((...)))))))........((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -20.77 ((((((((.(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{]]]]]]....))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -20.56 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.05 ((((((((.....((((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[))))))....))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -19.81 ((((((((.....((((((.((.((((((((((...))))))).))).))....))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -19.12 ((((((((.......((((..(.((((((((((...))))))).))).).[[[[......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.85 ((((((((.((((........))))..(((((((((.................)))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.45 ((((((((.....((((((.......(((((((...))))))).......[[[[))))))....))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -18.37 ((((((((.((((........)))).(((((((...))))))).......[[[[..........))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.34 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.33 ((((((((.((((........)))).((((((.............))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -18.31 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).................]]]])))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.06 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.95 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -16.18 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.95 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -17.80 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -17.16 (((((((..((((........))))...((((((.....((.......)))))))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.84 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -6.97 New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -8.29 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -8.07 ((((.....(((((..........(((((.......)))))...)))))....))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -5.14 ((((.(((.............)))(((((.......)))))............))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -5.03 .....(((.............)))(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -4.85 ((((.....((((......)))).((((...................))))..))))............. New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.69 New CC F-measure-avg: 0.473, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -14.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.89 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...............]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.49 ((((((((.((((.[[[[[[.)))).(((((.......)))))..........]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -16.25 (((((((..((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]](((.......))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -15.94 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -15.92 (((((((....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.50 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -15.22 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]].............)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.91 (((((((..((((..[[[[[.)))).............]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.90 ((((((((...((((((.((......)).)))))).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -14.26 ((((((((.((((...[[[[.))))....((((...........))))..........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.19 ((((((((......((((((((.((.(((((.......)))))..)).))...)))))).....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.97 ((((((((.((((.[[[[[[.))))....((((...........)))).....]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.95 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -19.02 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.69 (((((((..((((..[[[[.)))).((((....))))]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -20.01 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -19.89 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -19.09 (((((((..((((..[[[[.))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -18.81 ((((((((.((((..[[[[.)))).((((....))))]]]]......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -18.36 (((((((..((((.......)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.16 ((((((((.((((.......))))((((((..[[[[.))))))....]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.99 (((((((........[[[[.....((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.90 ((((((((.((((..[[[[.))))((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -17.84 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -17.78 ((((((([[[[.............((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.76 ((((((((((((.((((......))))))))................((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -17.57 ((((((((.((((.......)))).((((....))))..........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.37 ((((((((.......[[[[.....((((((.......))))))....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.25 (((((((....((((((......)))))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.93 (((((((.((((...[[[[........))))......]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.83 (((((((........((((......((((....)))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -16.79 ((((((((.......[[[[.(((.((((((.......))))))..)))(((.......))).))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -16.69 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((........)))..((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.68 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -14.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -14.66 (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -14.60 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -11.98 ..((((((((((.........)))))).)))).....(((.((....(((((.......)))))....)).))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.79 New CC F-measure-avg: 0.669, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.66 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -11.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.66 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -12.74 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -12.66 .(((((((...(((((((............)))))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -12.26 .(((((((.....(((((((((.............)))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.20 .(((((....((...(((.......))).))...)))))(((((....(((((.......)))))...)))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -12.00 ((((((.........))))))..............(((.(((((....(((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.85 ((((((.........))))))....((((....))))..(((((....(((((.......)))))...)))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -11.72 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.55 ((((((....((...(((.......))).))...))))))........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -11.48 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -11.46 .(((((((....(((((........((((....)))))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.34 ((((((.........(((.......)))......))))))((((....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -11.30 ((((((....((...(((.......))).))...))))))((((((..[[[[[)))))).]]]]].(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -11.28 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.11 ((((((.........))))))......(((((.......)))))....(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.96 .(((((((........[[[[.....((((....))))...........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -10.69 New CC F-measure-avg: 0.543, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00144; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7631; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAUCGUUGUGGCCGAUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGAUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.41 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -14.09 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.41 .(((((((.......(((.......))).((((((....))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.30 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.49 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -13.38 .(((((((.................((((....))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.87 .(((((((...(((((((((........)))))))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.84 .((((((((......(((.......))).((((((....))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -12.70 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -12.30 .(((((((........((((((.............)))))).......(((((.......)))))))))))).... 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New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -11.49 .(((((((........[[[[.........((((((....))))))...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -11.48 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -17.26 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.32 .(((((((.......((((........))))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.43 .(((((((.......((((........))))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.34 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.84 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -16.67 .(((((((........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.39 (((((((((......((((........)))))))))))))...((...(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -16.34 .((((((((......((((........))))(((((.......))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.29 .((((((((......((((........))))(((((....)))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.97 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.75 .((((((((......(((((((.............))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.38 .((((((((.......[[[[.......(((((.......))))).....((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.99 (((((((((......((((........)))))))))))))........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.92 New CC F-measure-avg: 0.625, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.64 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -15.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.64 ...........(((((.(((........))))))))....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -18.49 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -18.45 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -18.40 (((((((.......(((((...((((.(((((((..........)))..))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -18.04 .........((((.........)))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.88 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).......{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -17.46 .........((((.........))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -17.31 .........((((.[[[[....)))).]]]].........(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.24 (((((((....(((((.(((........)))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -17.02 .........((((.[[[[....)))).]]]](((....)))...((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.70 .((((((..((((...[[[[..)))).((((........[[[[[{{{{{))))...))))))]]]]].}}}}}]]]] New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -16.69 (((((((.......(((((...((.(.(((((.......))))).).))..[[[[......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.66 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).................]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.64 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.25 (((((((..((((.[[[[[...))))....((((....)))).........{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.07 (((((((.........[[[[....((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -15.96 ...........(((((.(((........))))))))........((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -15.93 .........((((.[[[[[...)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..)))]]]]]. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -15.87 .((((...))))((((.(((........))))))).........((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -15.84 New CC F-measure-avg: 0.532, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((...((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -11.65 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -9.03 New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -11.93 (((((((.........[[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -11.08 ((((.....((((.........)))).....)))).....(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -10.50 .((((............))))..........((((.....[[[......[[[[[...))))]]]]]...]]]..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -10.22 (((((((..((((.........))))....((((......)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -10.14 (((((((.........((((........)))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -9.92 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -9.85 (((((((.........[[[[..........((((......)))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -9.45 (((((...)))))....(((........)))((((.....[[[......[[[[[...))))]]]]]...]]]..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -9.22 .((((............)))).......((((.......))))......(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -9.03 ((((.............(((........))))))).....((((.....(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.93 (((((...)))))....((((......(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.86 ((((.............(((........))))))).....(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -8.83 ((((((...((((.........))))..((((.......))))..............)))))).............. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -8.81 .((((............)))).......((((.......))))......(((((((............))))))).. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -8.49 ((((............[[[[...........)))).....(((......(((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.27 (((((...)))))...((((........))))........((((.....(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -8.11 ((((((.........[[[[[.......(((((.......))))).............)))))).]]]]]........ New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -8.03 (((((...)))))...((((.......(((((.......))))).....(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.03 (((((...)))))...((((........))))........(((......(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -8.01 New CC F-measure-avg: 0.459, New CC F-measure-best: 0.950, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.32 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.455, Initial Energy: -17.85 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -18.35 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -17.85 (((((((..((...((((((...........))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.50 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.21 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -17.00 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -16.61 (((((((...(((....(((......)))..((.......)).)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.43 (((((((.......((((((...........))))))...(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -16.07 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -15.99 (((((((...(((.((((((...........)))))).....)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.67 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))...(((((((.......))))).))........ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.67 (((.((((((((.....)))))))).)))..((.......)).((((((........)))))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.51 ....((((((((.....)))))))).(((((((.......)).[[[[[[.)))))..]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.47 (((((((...((((((((((......)))).)))........)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.44 ....((((((((.....))))))))..(((((.......)))))((.(((((((.......))))).))..)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -15.34 (((((((.......((((((...........))))))......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.22 (((((((..(((...........)))..............((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -15.16 ((((((((((((.....))))).((((...)))).........((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.14 ((((.(((((((.....)))))))...(((((.......))))).))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.03 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.00 New CC F-measure-avg: 0.464, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((..............((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -14.19 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.14 (((((((.............((((..[[[[[))))...]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -15.97 ((((((........(((((.((((.......))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.47 (((((((.......(((((.((((.......))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.30 (((((((...(((((((...((((..[[[[[))))...]]]]].)))))))((........))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.07 ((((((...((............)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -14.89 ((((((..........[[[.((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -14.75 (((((((..((............)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -14.72 ..............(((((.((((...[[[[))))...)))))....((((((.......))))))]]]]...... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.68 (((((((.........[[[.((((..[[[[[))))...]]]]].....(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -14.40 (((((((..((.......))...((((((.(((.......))).))))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.35 .((((..............))))((.(((((.......)))))..(.((((((.......)))))).)..)).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -13.83 .((((.((((.....))))))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.62 ...............((((.((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.19 .((((..............))))...(((((.......)))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -13.14 (((.(..........).)))((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -12.72 .((((.........[[[[[))))....((((.......]]]]]....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -12.65 ((((((.........((((.((((.......))))...))))[[[..((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.54 (((((((..((............))...((((((.........))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.42 ((((((..........[[[.......(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -12.41 New CC F-measure-avg: 0.614, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). Energy of known structure: -19.29 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -18.74 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -21.13 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -20.36 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -19.42 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..............((((((..[[[[[[)))))).]]]]]].......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.31 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.22 ..((((((.[[[[))))))..]]]].............((((((...((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.12 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......)).)))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.05 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -18.97 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -18.97 (((((((..((((........))))..((((((...))))))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.88 (((((((..((((........))))....((((((.......))))))..((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.03 ....((((.((((........)))).(((((((...)))))))....((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -17.88 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((((......)).)))))............. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -17.71 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.31 ..((((((.[[[[))))))..]]]]..((((((...))))))(((((....[[[[[..))))).......]]]]]. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -17.17 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))...(((((..............))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -17.07 ..((((((.[[[[))))))..]]]]....((((((.......))))))..((((....)))).............. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -16.96 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))...(((......)))..((((...))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.95 ..((((((.[[[[))))))..((.(.(((((((...))))))).).))(((((...]]]])))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -16.75 ..((((((.[[[[)))))).......(((((((...)))))))....((((((...]]]])))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -16.68 New CC F-measure-avg: 0.476, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00216; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1141; ORGANISM=NULL CCCCAAGUGGCGGAAUAGGUAGACGCAUUGGACUUAAAAUCCAACGGGCUUAAUAUCCUGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCUUGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((........)))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -20.74 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -21.05 (((((((..(((...........))).((((((((..((((..(((((........)))))...)))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.00 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -20.69 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((((.....((......))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.12 (((((((.......(((((.....((.(((((.......)))))...)).......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -19.92 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -19.11 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -17.65 .(((.....(((...........))).(((((.......))))).))).......((((..(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -17.59 (((((((..(((...........))).((((((((..........(((((..............))))))))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.05 (((((((...((((.............(((((.......))))).(((((..............)))))...))))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -16.98 New CC F-measure-avg: 0.663, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(((.........))).(((((.......))))).((((....))))..((.((.......)).))))))))).... Energy of known structure: -14.88 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -17.52 .........(((.........)))((((((.......)))))).((((..((..((.((.((.......))))))...)).)))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -13.79 New CC F-measure-avg: 0.710, New CC F-measure-best: 0.884, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... (((((((..(((...........)))..((((((..((........)))))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -16.32 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -18.68 (((((((...........((.....((((((((....).))))))).....))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -18.58 ((((((((((((....((((......(((((((....).))))))))))...)))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -18.01 (((((((..................(((((((.......))))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.97 (((((((..(((...........)))..((((((..............)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -17.67 ((((((((.................(((((((.......)))))))..........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -17.34 (((((((.........[[[[.....(((((((.......))))))).........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.29 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.92 .......(((((.......(((...((((((((....).))))))))))..((..(((((.......)))))..))..))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.73 .......(((((.............(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))..))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.31 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -16.29 ((((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.05 (((((((.........[[[[........((((((..............)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -15.99 (((((((..........(((((.....)))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.91 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -15.68 ((((((((((((...............((((((....).))))))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -15.53 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.48 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -15.25 ..(((....)))....((((.....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))...)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.21 ((((((((((((.............)))))((((..((........))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -15.04 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -9.04 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -10.29 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -10.29 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -10.07 .........((((.......)))).(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -9.74 ((((((((.((((.......)))).((((((....).))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -9.16 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -9.12 ((((((((.((((.......)))).(((((....[[[)))))..((....)).....]]]..)))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -9.07 .........((((.......))))...(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -9.01 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -9.00 ((((((((...))))))))......(((((...[[[.)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.79 ((((((((...))))))))..(((.[[[[[....)))]]]]]......((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.78 (((((((([[[))))))))......(((((.......)))))...]]]((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.51 .........((((.......)))).((((((....).)))))......((((((..............)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.24 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -8.22 ((((((((.((((.......))))..[[[[....((((((((.....))))).....)))..))))))))]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.22 .........((((.......))))...(((....[[[[[[[[..)))]]]]].....]]].............. New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -8.00 ((((((((...))))))))........(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.92 (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]].........}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -7.89 ((((((((...))))))))..(((.[[[[[....)))]]]]].....((((.......))))............ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -7.85 ((((((((.((((.......))))..........((((((((.....))))).....)))..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -7.66 (((((((([[[))))))))..(((.{{{{.....)))........]]]((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.62 New CC F-measure-avg: 0.366, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... Energy of known structure: -16.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -17.59 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -21.75 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.56 (((((((..(((...........))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -21.21 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.06 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.72 (((((((.((((....)))).......(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -20.68 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -20.61 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -20.19 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -19.81 (((((((.((((....))))......((((((...[[[[))))))(((....)))............]]]]...))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -19.66 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -19.39 .(((....((((....))))...))).(((((.......))))).(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.28 (((((((..(((...........)))((((((...[[[[))))))(((....)))............]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.21 ........((((....))))...((.((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.87 (((((((..(((...[[[[....))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...)))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -18.75 ........((((....))))......((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -18.75 ((((....))))...((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.72 (((((((.((((....))))....((((((((.......)))).....[[[[[[.))))...]]]]]]......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.34 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((............))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -18.34 ((((....))))..((((.((..(((.....)))..)).))))..(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -18.18 New CC F-measure-avg: 0.617, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00254; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7662; ORGANISM=NULL GGCUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUAGGGUAAGGUCCUAGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAGUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((..(((.((....))..))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -17.95 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -23.37 (((((((..(((...........))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.83 (((((((.((((....)))).......(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.30 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.97 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -21.47 (((((((.((((....))))......((((((((...))))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -21.42 (((((((..(((.((....))..)))....(((......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -21.39 (((((((.((((....))))..(((.(((.......)))))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.13 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -21.13 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -21.02 (((((((..(((...........)))((((((((...))))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -20.97 (((((((..(((...........)))....(((......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -20.85 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -20.60 (((((((...(((((.((.(((.(((.((......))))).))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.28 (((((((..(((...[[[[....))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...)))))))]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.21 .(((....((((....))))...))).(((((.......))))).(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -19.74 .(((....((((....))))...))).(((((...[[[[)))))((((....))))...........]]]]...((......)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.64 ((((....))))..((((((......((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).)).)))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -19.53 .(((((...(((.((....))..)))...)))))....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -19.32 .(((....((((....))))...)))((((((((...))))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -19.24 New CC F-measure-avg: 0.636, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... (((((....(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))..))))).... Energy of known structure: -16.91 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.70 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.27 (((((((..(((.((....))..))).(((((.......))))).((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -22.04 (((((...((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -21.82 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -21.54 (((((....(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -21.43 (((((....(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -21.32 (((((((..(((...........))).(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -21.20 (((((....(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -21.18 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))((((....))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -21.09 (((((...((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.95 (((((((..(((.((....))..)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -20.95 (((((((.((((....)))).......(((((.......)))))(((((....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.67 (((((....(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -20.41 (((((....(((....[[[[[..)))...]]]]].........((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.29 (((((...((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -20.16 (((((((..(((....[[[[[..)))...]]]]].........((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -20.06 (((((((.((((....))))........((((.......))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -19.88 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.30 (((((..((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.17 New CC F-measure-avg: 0.718, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -17.67 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -21.94 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -24.60 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -23.42 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....))))).((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -23.05 (((((((...(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -22.85 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -21.92 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -21.75 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((.(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -21.32 (((((((......((((........))))(((.......))).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.25 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -21.01 ........((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -20.82 ((((((..((((....))))......((((((.......))))))(((....)))...((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -20.79 (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -20.48 ((((((..((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).((((.((......))..)))).))))))...... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -20.43 ((((((..(((((.(((........))))))))..........(((((....))))).((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -20.41 ........((((....)))).((((.((((((.......)))))).)))).(((((..((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -20.36 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))((((...)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -20.20 ((((((....(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).))))).....((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -20.17 ((((....((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....))))).((((.......))))))))........ New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -20.16 ..........(((((.((.((..((.(((.......))).)))).)).)))))(((.(((((.......))))).)))....... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -20.06 (((((((.((((....))))...((.(((.......))).))..((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -20.00 New CC F-measure-avg: 0.434, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.42 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -19.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.42 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......)))))..]]]]((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -16.95 (((((((..(((.....)))..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.52 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.10 New CC F-measure-avg: 0.870, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -13.39 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -10.53 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.39 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.83 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.04 (((((((..((((.............(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -11.07 (((((((..((((........))))...(((.......))).(((..............)))...))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -11.07 (((((((..((((((((((......))))))............)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -11.01 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -10.12 (((((((..((((........))))...((((((.......))))))...[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -9.71 .........(((([[[[[[..))))]]]]]].......(((....)))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -9.66 New CC F-measure-avg: 0.683, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.......)).(((((.......)))))))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -14.56 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -12.01 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -14.75 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.56 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.02 (((((((.(((((.............(((((.......))))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.87 (((((((((((((.((.......)).(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -13.71 (((((((((((((...[[[.......(((((.......)))))))))))((((.......)))).)))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.65 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.54 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -13.39 (((((((((((((.............(((((.......))))))))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.27 (((((((.(((((...[[[.......(((((.......))))))))))(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -13.14 (((((((.........[[[..((...(((((.......)))))...)).((((.......)))).)))))))]]]. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -12.93 (((((((((((((((((((......))))))............)))))).[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -12.79 (((((((.........[[[.......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -12.66 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.38 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.34 (((((((..((((...[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -12.23 ((([[[[[{{{{{...)))..]]]]](((((.......)))))}}}}}(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -11.39 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).......[[[[...........)))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -11.29 ...((((([[[[[...{{{..)))))(((((.......)))))]]]]](((((.......))))).......}}}. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -11.12 (((((((.((((....[[[..((...(((((.......)))))...))...))))..........)))))))]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.04 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.95 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -23.08 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -23.08 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.45 ((((((((.((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))....)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.93 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.87 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -19.72 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.51 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.88 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -18.76 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.96 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -16.28 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -18.45 (((((((..((((..[[[[..((.(.(((((.......))))).).))[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -16.14 (((((((..((((..[[[[..((((...(((((...........)))))...)))))))).....)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -15.85 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.24 (((((((..((((........))))....((((...((((...........))))..))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.04 ((((((.......(((((...((((...(((((...........)))))...)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -15.04 (((((((..((((..[[[[.......(((((.......))))).....[[[[[...))))]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -14.90 (((((((..((((........((((...(((((...........)))))...)))))))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -14.76 ((((.....((((........))))...(((((...........))))).))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -14.49 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........((((......)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -14.49 New CC F-measure-avg: 0.531, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))..))))).. Energy of known structure: -18.54 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -16.85 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -19.84 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.76 ((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.74 ((((....))))..((((......((((((.......)))))).((((.(((.......)))))))....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -19.73 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -19.65 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.96 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))))))))(((.......))).))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.31 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -18.24 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -18.19 ((((....))))............((((((..[[[[.)))))).((((.(((.......))))))).....]]]] New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.80 ((((((........[[[[[.....((((((...{{{{)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}..}}}}... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -17.48 ((((....))))..(((((.....((((((.......)))))).[[[[.{{{{{{..)))))]]]]}}}}}}... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -17.35 ((((((........[[[[[.....((((((..{{{{.)))))).{{{{))))))...]]]]]}}}}.....}}}} New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -16.51 ((((((((......(((((....(((((((..[[[[.))))))).............))))).))))))))]]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -16.35 ((((....))))..(((((.....((((((...[[[[)))))).[[[[.........)))))]]]]..]]]]... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.501, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((...((((.......)))).....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -15.21 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -16.44 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -17.40 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -16.49 (((((((((((.......)))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.38 ((((..((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -16.30 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -15.90 ..((((((.[[[[))))))...]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -15.84 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((((...))))))).]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -15.54 .......((((.......)))).....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.12 ((((.....((((..[[[[[[.)))).(((((((...))))))).]]]]]](((.......))).....)))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -14.58 ..((...((((.......)))).....((((((.....)))))).)).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -14.57 .......((((.......)))).....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -14.47 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]].(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.45 (((((....((((...(((..........)))....))))..))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.32 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -14.12 ..........(((((............[[[[[[)))))]]]]]]....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -13.80 .........((((.........)))).(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.72 ......((((((.....))))))....(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.47 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.67 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -20.01 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -20.01 (((((((..((((.........))))...........((((....)))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -20.00 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -19.15 (((((((..((((.[[[[[[..)))).......(((.((((....)))).)))..]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.14 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.73 (((((((..((((....[[[[.))))...........((((....))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -16.57 (((((((..((((.[[[[[[..))))...........((((....))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.57 .........((((..[[[[[[.))))............]]]]]].(((((((((.......))))......))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -16.56 .........((((..[[[[[[.))))............]]]]]](((..(((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.46 .........((((.........))))....((((.((((((....)))).((((.......))))....)).)))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.410, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.596, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] Energy of known structure: -14.02 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -9.99 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.87 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.85 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.77 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.)))))))...(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.16 (((((.((((...((((......)))).(((((((((.......)))))))))........)))).))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -16.01 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -15.95 ((((....))))...........(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.75 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -15.67 .(((((........)))))....(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.33 ((((....)))).(((((........))))).((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.96 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -14.93 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -14.71 .(((((........))))).............((((.......(((((((((.......)))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -14.51 ((((....))))...........(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.31 .(((((..[[[[..)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))...]]]].... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.26 ((((....)))).(((((........)))))..((((..(((.....(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -14.05 .(((((........)))))...(((((((...)))))))....(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -13.98 .(((((..[[[[..))))).......(((((({{{{...))))))..(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -13.97 ((((((..[[[[.(((((........))))).{{{{.....))))))(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -13.93 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.))))))).....(((((......]]]]...)))))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -13.93 New CC F-measure-avg: 0.440, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00325; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP8560; ORGANISM=NULL GGGACAUUGGUCUAGUGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGAGUUCGAUUCUCGGAUGUCCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... (((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -16.32 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -16.66 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.08 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -16.02 ((((((((((.((...........((((((.......)))))))).))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -16.01 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.87 (((.(((.......)))......(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]]))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.44 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.04 (((((((................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -14.98 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.85 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]].... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.69 .((((....))))..(((......((((((.......))))))((.((((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -14.60 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).....]]]... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.39 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))......]]].. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.31 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -14.26 ((((((((...............(((((((...[[[.)))))))....((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.85 .((((....))))..........(((((((...[[[.)))))))(.((((((.......)))))..).)..]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.79 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).....)))... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.67 (((.(((.......)))......(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.65 ((((((((..((((((((........)))).))))...((((((.............)))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -13.58 (((.(((.......)))......(((((((...[[[.)))))))((((.(((.......)))))))..]]]))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -13.58 ((((((((.....(((((........)))))..(((..[[[[[[..)))........]]]]]])))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -13.52 New CC F-measure-avg: 0.591, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.92 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.732, Initial Energy: -9.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.92 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -14.12 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.52 (((((((..(((.[[[[[[...)))........]]]]]].........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -13.03 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -12.74 (((((((.........[[[[...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -12.58 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -12.58 (((((((.........[[[[...((((((((.......))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -12.51 ..((......))..(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -12.10 ..((......))..(((((....((((((((.......))))..))))(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -11.82 (((((((..(((..........)))......(((((...........))))).............))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.70 (((((((..(((....[[[[..))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -11.68 (((((((.........[[[[......(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -11.41 (((((((..((((...))))((((.......(((((...........)))))........)))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.39 (((((((.........[[[[((((.......(((((...........)))))........)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -11.26 (((((((..((((...))))..((((............))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -11.25 (((((((.((((....[[[[[[[[..(((((.......)))))........)))).....]]]].)))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -11.15 ..((......))..........(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.05 ..((......))..(((((.......(((((.......))))).....(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -11.04 (((((((.((((....[[[[...((((........[[[[.....))))...))))..]]]]....)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -11.02 New CC F-measure-avg: 0.639, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... (((((((..((((.(...((((.........))))...).))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.74 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -16.63 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -20.35 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -19.84 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.74 (((((((......((((((........)))))).((.......))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -17.51 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.41 (((((((..((((((((((........)))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -17.29 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -16.52 (((((((.........[[[[.((...(((((.......)))))...))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -22.18 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -22.38 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -22.38 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -21.44 (((((((..((((.........)))).....(((..........)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -20.50 (((((((..(((((((((.......))))(((.......))).))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.20 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......)))))(((((...)))))..]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -19.97 ((((.....((((.........)))).(((((.......)))))..((((((((.......)))))..))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -18.61 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -18.46 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -18.44 (((((((..((((....[[[[.))))..((((.......))))((((((...)))))).]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -18.33 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -18.19 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -18.08 New CC F-measure-avg: 0.728, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -6.62 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -7.67 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -7.67 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -7.30 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -6.62 ........................((((((.......))))))..((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -6.56 (((((((........[[[......((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).]]] New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -6.48 ..........(((((((......)))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -5.85 ..........(((((((......)))))))...............((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.67 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.62 (((((((........[[[................(((((((......))))))).........))))))).]]] New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -5.30 ...............(((................(((((((......))))))).................))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 .....((((((.............))))))......((((.....((((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -3.83 New CC F-measure-avg: 0.406, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. ................(((((.[[[)))))...]]]..((((((......)))))). Energy of known structure: -5.88 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -9.39 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.78 .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.39 .(((.....((((.....)))).....)))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -9.25 .........((((.....))))(((........)))..((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -9.24 ................(((((....)))))...((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.65 .........((((.....))))...........((((.[[[[[[.)))).]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -8.59 (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.00 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -7.75 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -7.68 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -7.68 ...........((((..(((...(((((((...))))))).....))).)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -7.43 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -7.19 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.79 ................((((.............)))).((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.66 ................(((((....)))))........((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.50 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -6.34 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -6.16 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..(.(((....))).). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -6.03 .........((((.....)))).(((((((...)))))))..((((....))))... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -5.67 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -5.48 New CC F-measure-avg: 0.363, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.46 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.14 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.47 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.46 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.40 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((..((((....))))..))))))..]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -17.39 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.75 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.18 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((..(((....))).(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -16.14 (((((((.....(((((.......)))))...................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -16.11 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((................)))))......]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -16.01 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((.........)))))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -15.97 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..(((((.........))))).)))))).((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -15.69 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]...((((((..........[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -15.63 ((((((...((((........))))...))).................(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -15.59 ...(((((.[[[[.)))))..]]]]....((((((.............(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -15.57 (((......((((........))))....((((((..(((....))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -15.55 ((((((((....(((((.......)))))....................((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -15.50 ...(((((.[[[[.)))))..]]]].(((((.......))))).....(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.25 New CC F-measure-avg: 0.559, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((..(((..........))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -17.99 ((((((((.(((..........))).((((((....).))))).......(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -17.64 (((((((((((((..........))))).......(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.55 (((((((.(((((..........)))))((((....).))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -17.13 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.92 .(((((([[[[[.............(((.((((..(((((....)))))..)))).)))..))))))....]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.15 ((((((((.......(((((.....))))).....(((((....))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -14.39 (((((((..(((..........)))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -14.19 .((((((.(((((..........)))))...(((.(((((....)))))))).........))))))((....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.04 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.81 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -20.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -24.00 ...((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -22.46 ((((((([[[[...(((......))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -21.51 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -20.17 (((((((........[[[[........(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -19.68 ...((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -19.59 New CC F-measure-avg: 0.643, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.49 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -20.45 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.45 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -20.29 (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -19.36 (((((((.......(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -18.91 ((((....))))....(((((.....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))......))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.63 (((((((.......((((((((....((((((.......))))))...)))....)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -18.54 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.94 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.86 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]]..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -17.74 ((((.....(((...........)))...))))......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -17.70 ((((....)))).....((((.......)))).......(((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.13 ((((....))))...((((((.....[[[[[[.))))))]]]]]].((.......))((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -17.11 ((((....)))).......(((....((((((.......))))))...)))......((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -16.70 (((((((..........((((.......))))((....)).......(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -16.62 ((((....))))..(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.48 ((((...........[[[[[[........))))]]]]]](((((((((..((.(((.(((......))).))).))..))))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.46 ((((....))))..............((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.45 New CC F-measure-avg: 0.509, New CC F-measure-best: 0.894, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))..((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -17.54 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -23.65 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -24.71 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -24.56 (((((((........((((((........))))))..........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.30 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.05 (((((((.(.((....)).)...(((((((((((...)))))))...........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.94 ........(.((....)).)...(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -20.76 (((((((........((((((.....((((((((...))))))))...))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -20.25 (((((((........((((((..[[[[..))))))...(((((....)))))...]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.06 (((((((........[[[[.......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -19.99 (((......)))...((((....(((((((((((...)))))))..(((((......))))).((((((.......))))))..)))))))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.80 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.766, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).((((.......))))..((((...))))..(((((.......))))).(((...))). Energy of known structure: -17.28 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.22 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -22.48 ..((((((((((....))))))))))..((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.63 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.76 (((((((.((((....)))).((((....))))..........(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -19.73 ..((((((((((....))))))))))....((((.........)))).......((((((((.......)))))..)))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.57 ..((((((((((....))))))))))...((((............)))).....((((((((.......)))))..)))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.49 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.40 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -19.37 ..((((((((((....))))))))))....((((.........))))..........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.34 ......((((((....))))))(((((.((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.29 ..((((((((((....))))))))))...((((............))))........(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -19.26 ((((((([[[[....((((..((((....))))))))......(((((...))))).(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -18.15 New CC F-measure-avg: 0.368, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.33 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -16.07 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -22.13 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -20.33 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -20.12 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -19.28 .(((((((.((((..((.......)).(((((.......)))))...)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -18.72 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -18.49 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -18.10 .((((((([[[[.............(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -17.94 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.93 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -17.84 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.72 New CC F-measure-avg: 0.706, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.10 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -19.40 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -23.73 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -22.77 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.06 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -20.91 (((..[[[[[..............(((.(((((.......)))))..))).((((.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -20.39 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.78 .....(((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -19.75 (((..[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -19.70 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -19.33 .((((((.........))))))......(((((.......))))).(((((((((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.14 New CC F-measure-avg: 0.597, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.91 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -22.57 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -22.57 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.35 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((((......)))))))...((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -21.63 ((((((([[[[...(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -20.69 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -20.49 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -20.04 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -19.94 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -19.83 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.38 (((((((..........[[[[.......(((((((......)))))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -19.37 ((((((([[[[...(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -18.71 (((.[[[[[[......((((((......(((((.......))))).))))))(((.......))).)))...]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -18.31 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -18.18 (((((((.(((...(((.......)))))).((((.........))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.11 New CC F-measure-avg: 0.541, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.48 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -18.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.48 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))).)))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.23 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....))).))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.06 (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -18.92 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -18.09 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.22 (((((((..(((((((((........(((((.......))))).......))))).)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -17.16 ((.((((..((((........)))))))).)).........((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -17.11 (((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......)))))...]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -17.11 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -16.88 (((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...((((....)))).]]]]..))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -16.79 .((((....((((........)))).....)))).......((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -16.49 (((((((..((((........))))....(((((........))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.30 (((((((..((((...[[[[.))))..(((((................)))))......]]]]..))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.00 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -15.83 (((((((..((((........))))..(((((...........[[[[.))))).....]]]]...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.62 (((((((..((((.(((((.......(((((.......)))))...))))).....)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.61 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))).............)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -15.55 (((((((..((((.(((.....))).(((((.......))))))))).(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -15.49 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... ......(((((.................[[[.)))))....((((...((((....))))...))))..]]] Energy of known structure: -5.94 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -7.41 New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.171, New CC Energy: -8.53 .((((([[[[[..............)))))..]]]]]....((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.162, New CC Energy: -8.46 .((((([[[[[........{{{{{.)))))..]]]]]..........(((((....)))))..}}}}}.... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -8.12 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -7.78 ......(((((.................[[[.)))))..........(((((....)))))........]]] New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.52 .((((([[[[[..............)))))..]]]]]..........(((((....)))))........... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -7.45 ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -7.41 ......(((((...............[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -6.94 .(((((....((((.......)))))))))...........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.69 .(((((.............[[[[[.))))).................(((((....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -6.63 ......(((((........[[[[[..[[[[[.))))).]]]]]....(((((....)))))..]]]]].... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.28 .(((((....((((.......))))))))).................(((((....)))))........... New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -5.68 .....((((.........))))....(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -5.37 .....((((.[[[.....)))).......]]].........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -5.00 ......(((((........[[[[[....{{{.)))))..........(((((....)))))..]]]]].}}} New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -4.67 ......(((.[[[..........)))...]]].........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -4.49 ......(((..............)))(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -4.13 .....((((.[[[.....)))).......]]]...............(((((....)))))........... New CC sens: 0.211, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -3.99 ......(((((.....................)))))....((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -3.96 ..........(((................))).........((((...((((....))))...))))..... New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -3.91 New CC F-measure-avg: 0.335, New CC F-measure-best: 0.788, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.90 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -10.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.90 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -15.39 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -14.50 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -14.30 ((((((((.((((...(((.........)))...))))...........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -13.79 (((((((..(((..........)))...(((((.........))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -13.61 (((((((.........((((......(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -13.52 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -13.13 ((((((((........((((...((.(((((.......)))))..))....)))).........)))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -13.05 ((((((((.(((..........))).(((((.......)))))(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -13.00 ((((((((.((((.(((((......)))))....))))...........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.90 ((((((((........((((......(((((.......))))).)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -12.48 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -12.45 (((((((.......(((((......)))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.42 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -12.38 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((.............)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -12.24 ......(((((......))))).((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).(((....))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.19 ((((((((.(((..........)))...(((((.........)))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -12.18 ((((((((........((((......(((((.......)))))........)))).........)))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.05 (((((((.........(((.........))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -11.97 New CC F-measure-avg: 0.644, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.43 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -13.81 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.43 (((((((..((((.......))))(((((....)))))(((....)))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -17.36 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.79 (((((((..........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -16.19 (((((((.(((((.........)))))......(((.........)))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.01 .........((((.......))))...(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.410, New CC Energy: -15.83 (((((((.(((((....[[[[[)))))(((.......)))....]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -15.67 (((((((.(((((.........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.07 ........(((((.........)))))(((((((....(((....)))((((.......))))..)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -14.87 New CC F-measure-avg: 0.629, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -15.92 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.92 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -13.63 (((((((..((((........))))...[[[...(((.(((((((.......))))).)).))).)))))))]]]. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -12.95 ...((((.....(((((((..((((.((((.((((......))).).).)))))))....)))))))....)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.19 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.90 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -13.95 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -18.92 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... 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New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -15.24 New CC F-measure-avg: 0.673, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -16.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -13.24 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -16.40 .((((....((((.......)))).[[[[[))))...]]]]].((((.((((............)))).)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -14.64 .((((...........[[[[[....[[[[[))))...]]]]].((((((((.......))))).))).]]]]]. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -13.14 ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.71 .(((((...((((.......))))....)))))..........((((.((((............)))).)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -12.68 (((((((.........((.(((.......)))))..(((((.......)))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -12.45 New CC F-measure-avg: 0.519, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))....((((......))))))))))).... Energy of known structure: -7.11 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.04 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -7.36 .(((((((.(((................)))..............((((......))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -5.23 ..((((....((((.....)))).[[[[.))))............((((......))))...]]]].... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -4.83 ..((((....((((.....))))......))))...((....((.((((......))))..))...)).. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -4.81 .(((((((.(((...............((.......)))))....((((......))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -3.94 ..((((....((((.....))))......))))........(((((................)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -3.71 ..........((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))........... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -3.38 New CC F-measure-avg: 0.609, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -18.44 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -13.86 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.44 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.80 (((((((..((((........))))...(((((...........)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.05 (((((((.(((((..........)))))(((.......))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.03 New CC F-measure-avg: 0.806, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -24.28 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.28 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.28 .((((((..((((........))))...((((((..((((...........)))).))))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.21 .((((((..((((...[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -20.18 .((((((..((((...((((.....)))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.58 New CC F-measure-avg: 0.733, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... Energy of known structure: -19.51 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -17.84 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -19.55 .((((((..((((.........))))...(((........)))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -18.21 .((((((..((((...(((........))).))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -15.79 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -15.55 New CC F-measure-avg: 0.813, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -19.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -19.85 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -17.74 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.17 .((((((..((((..((((........))))))))..(((((.........)))))..........))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -16.17 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -15.96 New CC F-measure-avg: 0.696, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -13.29 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.15 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -16.52 .((((((....(((((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))..))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -16.42 .((((((.......((((((..((((((((((.......)))))......))))))))))).....))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -15.85 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.22 .((((((..((((...(((........))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -15.12 .((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((.......)))))...........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -15.01 .........((((....[[[[.)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...]]]] New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -14.77 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -14.73 .((((((....((((..[[[[(((((((((((.......)))))......))))))......)))))))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -14.70 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -14.54 .........((((.........)))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -14.52 .((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -14.29 New CC F-measure-avg: 0.638, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].......(((((.......))))))))))).}}}. Energy of known structure: -8.84 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -9.15 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -9.06 .((((((.(((((...[[[[[.)))))(((((.......))))).............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -8.42 .((((((..((((((((((....(((.........)))..))))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -8.42 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....(((....)))]]]]]].(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.33 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -7.98 .((((((.........[[[[.......(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -7.97 .((((((.(((((...[[[[..)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -7.66 .((((((.(((((...[[[[[.)))))...((((....))))...............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.44 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]].(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.29 .((((((........((((........(((((.......)))))..........)))).......))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -6.92 .((((((.(((((..[[[[...)))))(((((.......)))))..........]]]].......))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -6.88 ..((((........)))).........(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -6.83 .((((((..........(((((..............))))).......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -6.73 .((((((.((((((..[[[[.......(((((.......))))).....))))))..........)))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -6.66 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -6.60 ................((((.......(((((.......)))))....(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -6.58 .((((((.........[[[[..........((((....))))......(((((.......))))))))))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -6.51 ........(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))........... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -6.49 ........(((((....[[[[[)))))....(((..]]]]].......(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -6.49 New CC F-measure-avg: 0.668, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... .((((.[[[[[.)))).........(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).]]]]].. Energy of known structure: -17.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.31 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -17.42 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.31 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......))))....)))).((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -15.18 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......)))....))))).((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -15.10 .((((.[[[[[.))))......((((((((.......)))....)))))(((.......)))......]]]]].. New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -15.01 .((((.[[[[[.))))............((((...........))))(((((.......)))))....]]]]].. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.68 .((((.[[[[[.)))).........(((((.......)))))........((((........))))..]]]]].. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -14.66 .((((.[[[[[.))))...........(((.......)))((((((............))))))....]]]]].. New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -14.31 .((((.[[[[[.))))........((((((.............((((....))))....))))))...]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.11 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -14.03 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -13.97 (((((((..((((.......))))...(((.......)))((((((............))))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -13.68 New CC F-measure-avg: 0.394, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -17.80 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -19.19 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -19.19 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.29 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.52 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((............))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -15.71 New CC F-measure-avg: 0.710, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.48 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -15.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.48 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.32 ......(.(((.(((((......))))).))))......((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.41 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.29 (((((((.(((((.((....))))))).((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -14.69 .......((((((.[[[[....))))))...]]]]....((((((..[[[[[...........))))))]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.50 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((............))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -14.40 (((((((((((((.........))))))((((...........)))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -14.37 (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -14.14 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).....[[[[[.......)))))))...]]]]]. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -14.05 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((............))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.87 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).....(((((.................))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.85 ...((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))....)))))))......... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.69 New CC F-measure-avg: 0.487, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((((((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).......))))))))).... Energy of known structure: -19.45 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -16.81 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.45 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -18.53 (((((((((((((.......))))..((((((...........)))))).((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -16.42 ......(.(((.(((((......))))).))))......(((((...(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.63 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((.........((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -14.74 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -14.35 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -16.46 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.62 ....((((((..((.(((.((...(((((((.......)))))))..)).)))))...((.(((....))).))...)))))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -14.15 ....((((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -13.94 (((((((.((((((..((.((...(((((((.......)))))))..)).))....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -13.62 .....(((((......((.((...(((((((.......)))))))..)).))...(((((.......))))))))))...... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -13.21 (((((((..(((..........)))....((.......)).(((((((..(((....))).....)))))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -13.14 ((((((((((((....)))))..((((((((.......))))........)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.01 (((((((........[[[[.....(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -12.99 ....((((((....((((......(((((((.......)))))))..........(((((.......))))))))).)))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.71 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). (((((((....[[[[[[[[[[[..)))))))..........]]]]]]]]]]].......... Energy of known structure: -0.77 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.83 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.40 ((((....((((((.........))))))....)))).((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.82 (((((((.................))))))).......((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.57 ((((((.....(((((((((((.....((((......))))))))))))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -4.37 ((((((..........(((((((.............)))))))..[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -4.09 ((((((..((((((.........)))))).(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -3.50 ((((((.....................(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -3.49 ((((....((((((..[[[[[[[))))))))))...]]]]]]]..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.44 ((((....((((((.........))))))....))))........(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.36 ((((.....(((((((...)))))))...)))).....((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -3.32 ((((((...(((((((...))))))).(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -3.17 ((((((..................(((..(((((((....)))))))..))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -3.13 ........((((((.........)))))).........((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.11 ((((((...(((((((...)))))))....(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.09 (((((((.................)))))))..............(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.05 ((((((..........(((((((.............))))))).........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -2.90 .........(((((((...)))))))............((((...[[[......))))]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -2.77 ................(((((((.............)))))))..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.69 ...........................(((((((...))))))).(((..........))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.69 ((((((..((((((.........))))))................[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.63 New CC F-measure-avg: 0.264, New CC F-measure-best: 0.789, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.73 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -22.21 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.73 ((((.....[[[[.))))....]]]](((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -26.00 ((((((((.((((.........)))).)))))))).......((((...((((((((.......))))..)))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -25.12 ((((((((.((((.........)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -25.10 (((((((......((((((.....[[[[))))))......]]]]........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.07 (((((((..(((......)))...((((.((.......))))))........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.06 (((((((......((((((.........))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.60 ((((..........))))........(((((((((..(((........))).(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -24.46 (((((((.(((((.(((.........))))))))...(((........))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -24.42 ((((((((.((((.........))))..((((.......((((.(((...))))))).......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.90 (((((((..((((...[[[[..)))){{{{{{{{{..(((........)))..))))))).....]]]].}}}}}}}}}. New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.167, New CC Energy: -23.82 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.76 ((((((((.((((.........)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -23.70 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))....(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -23.69 ((((.....[[[[.))))....]]]].(((((.......)))))((..(((((((((.......))))..)))))..)). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -23.67 ((((((((.....((((((.........))))))...(((........)))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.46 ((((((((.(((......)))...((((.((.......)))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.43 ((((((((.((((.........))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -23.35 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.34 (((((((.(((((...........[[[[.)))))......]]]]........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.12 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -28.20 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -28.81 ((((..........))))........(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -27.90 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -27.72 ((((((((.((((.........))))...((((((((..(((....)))))).)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -27.38 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.18 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -27.06 ((((((((.((((.........))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -26.85 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -26.72 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -26.67 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -26.27 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.17 ((((((((.(((([[[[[[[..)))).))))))))....(((....)))........]]]]]]]........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -25.94 ((((((((.((((.........)))).(((((.......)))))...(((.....)))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -25.91 ((((((((.....((((((.........))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.43 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((((...(((.....)))((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -25.37 ((((((((.....((((((.........)))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.88 ((((((((.((((.........)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -24.72 ((((((((.((((.........))))..((((.....((((((.((.........)).)))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -24.62 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]]..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -24.32 ((((((((.((((.........)))).))))))))..((((((....(((.....)))))))))........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -24.12 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((..((((.......))))...........((((((....))))))...))))))).... Energy of known structure: -4.95 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -7.18 New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -9.73 ((((((((((((((((.((((((........)))))).)).....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -9.24 (((((((......((((((((....)))))))).(((((((....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -8.92 (((((((.......((.((((((........)))))).)).......[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -8.19 ((((((.(((((((((.((((((........)))))).)).....))))))).))).)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 (((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -7.29 ((((((((((((((.(.((((((........)))))).)[[[...)))))))..))))))).]]] New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -7.28 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -7.19 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.73 (((((((.......((.((((((........)))))).)).....[[[......))))))).]]] New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.70 .((((....)))).((.((((((........)))))).))((....((((......))))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.52 ..((((...((((.......))))....(((...(((((((....)))))))....))).)))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -6.25 (((((((......((((((((....))))))))..............[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.23 .((((....)))).((.((((((........)))))).)).....((((.........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.12 (((((((..((((.......)))).....(((((((...)))))))........))))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -6.08 (((((((..((((.......)))).....(((((((...))))))).[[[....)))))))]]]. New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -6.05 .((((....))))..(.((((((........)))))).)(((....((((......))))..))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.92 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))...[[[......))))))).]]] New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -5.80 .((((....)))).((.((((((........)))))).))(((....[[[.......))).]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.74 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... (((((((.((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...))...))))))).... Energy of known structure: -13.66 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -18.17 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -18.83 (((((((....................(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -18.74 (((((((......(((((((.......)))))))..........((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.26 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -17.07 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.[[[[[.))))).]]]]]..... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -16.10 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -15.74 (((((..........))))).......(((((((...)))))))((((....)))).(((((.......)))))(....)..... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -15.42 (((((((.........((((......................))))...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -14.92 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.810, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.50 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -23.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -27.95 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -26.63 (((((((..((((.........))))((((((.......))))))....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -26.18 (((((....((((.........))))....))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -25.37 (((((((...(((.........)))(((((((.......)))))))...((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -24.86 (((((....((((.........))))....))))).......(((((..(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -23.34 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.23 (((((....((((.........))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -23.03 (((((....((((.........))))....)))))......((((....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.39 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... (((((((.((((((((...))).)))))(((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -23.47 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -28.97 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -29.00 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -28.38 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -26.59 (((((((..(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -25.40 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))(((((....)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.08 (((((((.((((((((...))).)))))(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -24.85 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -24.81 ((((..........))))((((.....((((((....((((((((.....))))))))....)))))).))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.44 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -24.43 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -24.33 (((((((.(((...((((.((......)).)))))))((((((((.....)))))))).........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.62 New CC F-measure-avg: 0.488, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((...((........))...))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -1.08 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.03 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.76 ((((((.................(((((...[[[[)))))........))))))]]]] New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -2.83 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.73 .......................(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -2.49 ((((((.........................[[[[.............))))))]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -2.47 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.04 ((((((....................[[[[[[)))))).]]]]]]............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.83 ...............................((((...................)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.49 .......................(((((...[[[[)))))..............]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -1.33 ((((((....................((((((.......))))))...)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -1.06 ..........................((((((.......))))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.06 ((((((.....(((((((.........)))))))..............)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -0.84 ((((((.................(((((.......)))))........)))))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -0.30 ...(((((...............(((((.......))))))))))............. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: 0.06 New CC F-measure-avg: 0.295, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -18.05 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -13.64 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -18.05 (((((((......(((((...)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -16.66 ((((((((.(((..........))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -16.45 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -16.05 ((((((((.....(((((...)))))(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -15.38 (((((((.((((..........))))..............((((...[[[[[))))...]]]]]))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.36 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -15.26 (((((...((((..........))))..))))).....(((......(((((.......)))))..)))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -14.29 ((((((((.....(((((...)))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -14.29 (((((...((((..........))))..))))).......((((...[[[[[))))...]]]]]........ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -14.24 (((((((......(((((...)))))..............((((...[[[[[))))...]]]]]))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -14.07 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.38 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -24.94 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -26.83 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -25.51 (((((....[[[[.))))).]]]]((((((.......)))))).((((((((.......)))).))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -23.20 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -22.70 ...(((((.((((.......))))((((((.......))))))....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -21.93 (((((((..((((.......))))..(((((............)))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.83 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.48 New CC F-measure-avg: 0.684, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.19 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -24.98 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.60 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.19 (((((((..((((.........))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -25.97 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -25.39 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -24.83 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.52 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -24.42 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -22.75 ...(((((.((........))...)))))(((.......)))...(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.158, New CC F-measure: 0.150, New CC Energy: -21.95 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((........))))).......... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -21.90 .........((((.........)))).(((((.......))))).(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -21.83 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -21.81 ((((((((.((((.........)))).)).)))))).((((....)))).((((((...........)))))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -21.78 (((((((.(((((.(((.........)))))))).....((((.....))))((.......))...))))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -21.41 New CC F-measure-avg: 0.427, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... Energy of known structure: -3.59 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -4.55 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -5.32 (((((....(((([[[[[[.))))..{{{{............]]]]]]...)))))}}}} New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -5.00 .........(((([[[[[[.)))).(((((((...)))))))]]]]]]............ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -3.97 .........((((.......)))).(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -3.67 (((((....((((.......))))..[[[[.....................)))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -3.42 ((((((((((((...)))))))...(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -3.38 (((((........((((((.......[[[[............))))))...)))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -3.26 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -3.15 .........(((([[[[[[.))))..((((............]]]]]]........)))) New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -2.79 (((((....((((.......))))...((((((........))))))....))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -2.66 ........((((((((........))))))))............................ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.48 .............((((((......(((((((...)))))))))))))............ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -2.30 .....(((((((...)))))))...(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -2.18 (((((...((((((((........))))))))...................))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -2.08 (((((.(((((..[[[[[[.....))))).............]]]]]]...))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -1.94 ((((((((((((...)))))))....[[[[.....................)))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -1.91 ..(((((((...)))))))......(((((((...))))))).................. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -1.75 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_01117; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1010; ORGANISM=NULL CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... (((((((..(((((........))))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.58 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -23.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -29.05 (((((((..(((((........)))))(((((........))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.43 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -28.15 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -27.53 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -25.32 (((((((((((((.....((....)).(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.08 (((((((((((((.((.......))..(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.93 (((((((((((((.....((....))..(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -24.85 ((((((((((((.(((((............)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.30 ((((((((((((.(((((((....))....)))))......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -23.83 (((((((.......((((((.(.((((...)))).).......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -23.25 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -3.34 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -5.87 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -5.87 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -4.89 .(((..........)))..(((((.....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.22 .....(((...................[[[.)))]]].... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -2.41 New CC F-measure-avg: 0.393, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SRP_00053; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BRU.MAL.; ORGANISM=NULL GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCA ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). ((((((((((......))))))).....(((......)))..))). Energy of known structure: -7.15 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.692, Initial Energy: -6.87 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -7.86 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -7.34 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -7.16 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.15 ..((((((((.[[[..))))))))....]]].((.........)). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -7.14 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.04 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -6.91 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.89 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -6.72 .((((......(((.....[[[[.....))).....)))).]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.62 ((((.......))))...((((((.....))))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.43 ...(((((((......)))))))((...(((......)))...)). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -5.91 .((((.((([[[.)))..((((((.....)))))).))))...]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.42 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -5.28 .((((......(((........[[[...))).....))))...]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.10 ((((.......)))).......(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 ....((((((......))))))(((..(((.........))).))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -4.71 ((((.......))))....((((....((((......)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.70 ......(((....)))((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.29 .........(((..(.((((((((.....)))))).)).)...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.27 New CC F-measure-avg: 0.295, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -2.02 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.02 .(((((...))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -1.72 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -23.48 New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -25.08 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -22.26 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.[[[[[[.............))).......]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -21.87 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))(((....))))))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -21.81 ((((((((((((.(......((((((...(((.........)))...)).)))).(((((......)))))..))))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -21.46 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -21.37 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....))....(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -21.30 ((((((((((((((((((.(((((..........)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.264, New CC Energy: -20.84 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -20.60 ((((((((((((.(......(((((.....(((.....(((....))).....)))...))))).........))))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -20.26 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -20.26 ((((((((((((((.....((((((.............)))))).....)).(((((......)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -20.13 New CC F-measure-avg: 0.469, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.52 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.54 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -1.54 New CC F-measure-avg: 0.800, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -20.93 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -29.93 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -29.93 ((((((((((((.(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))..))))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -29.44 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -28.82 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))....))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -26.86 (((((((((...(((((.....((((....(((.....(((....))).....)))......))))......))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.34 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -26.19 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -25.84 ((((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..))))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -25.54 ((((((((((((...((((((.((.........)).))))))...((((((..((....))..)))...)))..))))))))))))..... New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -25.39 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -24.97 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -24.94 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.60 ((((((((((((.......(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))....))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -24.36 ((((((((((((..(((.....))).....(((.....(((....))).....)))...(((........))).))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -24.10 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).))..))))))))))))...... Energy of known structure: -28.21 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -24.51 New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -30.18 ((((((((((((.((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)..)))))))))))))...... New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.902, New CC Energy: -27.36 ((((((((((((((.(((((((((..........))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -26.73 ((((((((((((........(((((.....(((.....((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -26.07 ((((((((((((.(......((((..........))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -25.55 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -25.22 ((((((((((((.......(((((..........)))))...[[[[[.....((((((....))))))......))))))))))))]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -25.05 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -24.32 New CC F-measure-avg: 0.580, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -32.99 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -35.05 New CC sens: 0.969, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -35.05 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -34.93 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New CC sens: 0.969, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.984, New CC Energy: -34.60 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((.(.......).))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.258, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -33.00 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -31.83 ((((((((...(((..........)))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -31.66 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...(((((((....))))))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.54 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((.(.......).))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -31.16 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -30.06 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....((((((....))))))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -29.88 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...(((((((....)))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -29.75 ((((((((........((((...((((....)))))))).((((...........)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -29.69 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -29.67 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((....))).((.(((..(((((((((....)))))))))....)))..)). New CC sens: 0.094, New CC ppv: 0.100, New CC F-measure: 0.097, New CC Energy: -29.58 .(((((....))))).................((((((((((((....))).........(((((((((....))))))))).))))))))).. New CC sens: 0.094, New CC ppv: 0.115, New CC F-measure: 0.103, New CC Energy: -29.36 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))).((((...........))))....((((((....))))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -29.33 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....))).........(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -29.30 ((((((((.((((...((((...((((....)))))))))))).((..((.....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -29.28 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((.......(((((((((....)))))))))..)))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.23 ((((((((((((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..........))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -28.99 New CC F-measure-avg: 0.448, New CC F-measure-best: 0.984, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -0.95 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -4.64 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.64 ...........((((((.....))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.51 .....(((....))).....(((.........))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -2.00 .....(((....))).....((((......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.38 (((((((.......)))))))(((......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.68 New CC F-measure-avg: 0.100, New CC F-measure-best: 0.500, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (.((((((((......)))))))).).(((....))).... Energy of known structure: -8.56 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -9.09 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -9.25 (((((((......)).))))).((((.(((....))))))) New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -9.16 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.56 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -8.38 (((....(((((..[[[[.))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -8.20 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -8.16 (((......(((........[[[[[.)))...]]]]]))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.42 (((((((......)).)))))......(((....))).... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -7.32 .....(((.....((...((.......))...))...))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.95 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.90 ((((([[[........)))))......(((....)))]]]. New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.84 .(((((((((......)))))).....[[[...)))]]].. New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -6.79 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.75 (((..((......))....(((((.....)))))...))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -6.74 (((((((......)).)))))......(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.68 ((((([[[.[[[....))))).....]]]........]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.67 .......(((((..[[[[.)))))...(((.]]]])))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.36 (((....(((((.......)))))...(((....)))))). New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.08 (((......))).((....)).((((.(((....))))))) New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -6.02 .......(((((..[[[[.)))))...(((.]]]].))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.72 New CC F-measure-avg: 0.284, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). ((((((.(.((.((......)))).).)))))). Energy of known structure: -5.63 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -6.61 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -8.06 ..((((((([[[.....))))))).......]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -5.82 ((((...[[[[))))..............]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.37 ..(((((((........))))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.94 .......((((((((........))))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.69 (((([[[....))))............]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.54 New CC F-measure-avg: 0.280, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... Energy of known structure: -7.98 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -9.92 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -10.70 ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -9.92 (((([[[....))))]]].........((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -8.39 ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.98 ......((((((((.((...((((...))))...))..))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.80 ((((((((((..[[[[)))))))................]]]]..))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.73 .((((((.(((((...((..........))...)))))..))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.51 ....(((.[[[[[..))).........((((((]]]]].)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.34 ..((((((((..[[[[)))))))).........(((((.]]]].))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -7.26 ..(((..[[[[[{{{{)))]]]]]...((((((}}}}..)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -7.21 ....((([[[[[...))).]]]]]...((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.17 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.06 .......((((([[[[...)))))...((((((]]]]..)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -6.86 ..((((((((..[[[[)))))))).........]]]]............ New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.84 ((((((((((..[[[[)))))))......))).(((((.]]]].))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.82 .((((((.(((((..(((...........))).)))))..))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.77 ......((((((((.....(((((...)))))......))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.57 ((((.......))))............((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -6.50 ....(((........))).........((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -6.48 ..(((..[[[[[....)))]]]]]...((((((......)))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.46 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .(((.......))). Energy of known structure: -1.96 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -1.61 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.96 .(((((...))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -1.66 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((...(((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).))))....)))).))))))))))..... Energy of known structure: -8.26 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -13.56 New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -13.59 ((((((((((((((...((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -12.80 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -12.27 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -12.07 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -11.93 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........((((.......))))))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -11.76 ((((((((((.....((((((((.......))).......(((....)))....)))))........((((.......))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -11.43 ((((((((((((((......(((.......))).......(((....)))((((.......))))............)))).))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -11.34 ((((((((((.....(((((.........[[[[[......(((....)))....)))))...............]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -11.04 ((((((((((.((((..((((..(((......((((....(((....)))....))))....))))))))))).........))))))))))..... New CC sens: 0.931, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -10.93 ((((((((((..........(((.......))).......(((....)))((((.......))))..(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -10.84 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -10.72 ((((((((((...................(((((......(((....)))((((.......)))).........)))))...))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -10.17 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -9.80 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....)))..))))))))))))...... Energy of known structure: -21.69 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -21.35 New CC sens: 0.926, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.926, New CC Energy: -24.91 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -22.72 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))............((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -22.25 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -22.12 ((((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.815, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -22.01 .((((((((((..(((...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).....))).))))).)))))........ New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.96 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.68 ((((((((((((......((((............)))).......((((((((.......)))...)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -20.49 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))..........(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -19.94 New CC F-measure-avg: 0.530, New CC F-measure-best: 0.926, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -11.57 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -17.62 New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -17.62 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -16.51 (((((((((((((..........((((..(((......)))....))))..........))))))).)))))).... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -14.47 New CC F-measure-avg: 0.750, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) Energy of known structure: -26.24 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -26.61 New CC sens: 0.962, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -28.21 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -24.01 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((....))))))))))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -23.78 .(((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..))))).)))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -23.41 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -23.17 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -22.94 New CC F-measure-avg: 0.826, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(((((.((((((.....(((....(((........)))..)))..))))))...)))))..)))))))))))..... Energy of known structure: -21.07 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -18.32 New CC sens: 0.852, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -23.08 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -22.59 (((((((((((..((((((((((........)))..................)))))))...((....))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -20.21 ...(((((.....(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))..[[[[[[.)))))......]]]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.90 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))(((....))))))))))))))..... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -19.11 (((.......)))(((((((..((....(((.........))).....))..)))))))..((((((.(((....))).)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.98 (((((((((((.......((((((.....(((((......))..........)))..))))))(((....))))))))))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -18.90 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -18.68 New CC F-measure-avg: 0.396, New CC F-measure-best: 0.836, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .((.......)). Energy of known structure: -1.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -1.36 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.71 .((((...)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.41 ...(((....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 1.36 New CC F-measure-avg: 0.556, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. .(((((.((......)).)))))...(((....)))... Energy of known structure: -4.05 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.04 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.95 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.53 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.31 .....((((((..((.((.......)).)).)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.16 ....((((...(((....))).....[[[))))..]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.88 ....((((...[[[))))]]].....(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.68 ....((((...(((....))).....[[[))))]]]... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -5.60 ....((((...(((....))).....[[[)))).]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.54 .(((((............)))))...(((....)))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -5.46 ....((((..........[[[[.......))))..]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.27 ....((((...[[[))))]]].....(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.26 ....((((......)))).(((((.......)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.18 ....((((......))))........(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -5.17 .(((((............)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -5.04 ....((((...[[[))))]]].....(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.04 (((.((((......))))........[[[...)))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.94 ....((((......))))(((((.....)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.83 .(((((............)))))...(((......))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -4.82 ....(((....)))..((.(((((.......))))).)) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.77 ....(((....)))...((((((.....))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.76 New CC F-measure-avg: 0.224, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -0.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -0.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -0.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=Bt_PrP; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCCCAUGGAGGUGGCUGGGGCCAGCCUCAUGGAGGUGGCUGGGG ...[[[[[[............((((((]]]]]]....)))))).. ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ ((((((((.(((((((....)))).)))))))).)))........ Energy of known structure: -11.64 Initial sens: 0.417, Initial ppv: 0.385, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -12.27 New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -14.04 ((([[[[[[....))).....((((((]]]]]]....)))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -13.89 ((((((..[[[[[...))))))..]]]]].(((......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.14 ((((((..........))))))(((((..........)))))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -12.98 .(((((..........)))))((((((..........)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -12.98 ((((((((.(((((((....)))).))))))))....)))..... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -12.66 (((((((((.((((((....)))).))))))))....)))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -12.38 (((.....[[[[[)))...(((((]]]]].......))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.76 (((((.....)).)))...(((((.((((...))))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.66 ...((((((............[[[[[[))))))....]]]]]].. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.64 ((([[[[[[....)))...(((((...]]]]]]...))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -11.51 .(((((..((((((((....)))).))))...........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.99 ((((((..........))))))...(((((..........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.97 ...((((((.((((((....)))).))))))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.95 .(((((......((((....))))(((((...)))))...))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.92 .((((((....)))...))).((((((..........)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.90 ((((((..........))))))..(((((...)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.85 (((((((((...((((....))))...))))))....)))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -10.83 (((..........))).....((((((..........)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -10.53 ..(((.(((......))).(((((.((((...))))))))).))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.50 New CC F-measure-avg: 0.327, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=BWYV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCGGCACCGUCCGCGGAACAAACGG ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((..[[[[)))))......]]]] Energy of known structure: -8.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.79 ..(((((......))))).......... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -5.14 .(((.....[[[[.))).......]]]] New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -4.24 .........(((.[[[)))......]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.14 ((.......))..(((.........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.03 .........(((....)))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.77 ((((......))))..((.......)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.67 .(((..........)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.59 .........((((...........)))) New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -1.39 New CC F-measure-avg: 0.314, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=Ec_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGC [[[[[.((((((..]]]]].....)))))) (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] ((((([[[......)))))......]]].. Energy of known structure: -6.98 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.98 New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -6.99 (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.98 ...((([[[[[[..))).......]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -5.73 ...(((((.....)))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.08 ......((((((............)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -5.02 (((((.........)))))........... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -4.66 ((.....))..((((..........)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.96 ......((((.[[[[.)))).....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.38 .....(((((....)).........))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.92 ...(((........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.16 New CC F-measure-avg: 0.346, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=Ec_PK4; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGAC ((((((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]] ((((((((((.(((........))).))))))))))................ ((((((((((.(((........))).))))))))))................ Energy of known structure: -12.24 Initial sens: 0.684, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.812, Initial Energy: -11.01 New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -11.01 ((((((((((((((....)))).[[[))))))))))...]]].......... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -9.04 ((((((((((((((....))))....))))))))))................ New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -8.41 ((((((((((.[[[[...........))))))))))..]]]].......... New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -7.52 New CC F-measure-avg: 0.645, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=EC_S15; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GGGAUCGCUGAAUUAGAGAUCGGCGUCCUUUCAUUCUAUAUACUUUGGAGUUUUAAAAUGUCUCUAA ((((.((((((.[[[[[[[))))))))))...............................]]]]]]] ((((.((((((.[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]................... ((((.((((((..[[[[[.))))))))))....]]]]]......((((((...........)))))) Energy of known structure: -6.11 Initial sens: 0.588, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.606, Initial Energy: -8.56 New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -11.98 (((..((((((..[[[[[.))))))))).....]]]]]......((((((...........)))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -10.90 ((((.((((((........))))))))))...............((((((...........)))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -10.69 (((..((((((.[[[[[[.)))))))))..............]]]]]]................... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -10.07 (((((((((((.[[[[[[.)))))).................]]]]]]...........)))))... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.77 ((((.((((((........))))))))))...((((((.......))))))................ New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -9.38 (((((.(((((........))))))))))...............((((((...........)))))) New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -9.33 (((..((((((........)))))))))................((((((...........)))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -9.31 ((((.((((((..[[[[[.))))))))))....]]]]]........(((...........))).... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -8.66 ((((.((((((.[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]................... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -8.56 .....((((((..[[[[[.))))))........]]]]]......((((((...........)))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -8.55 .....((((((.[[[[[[.)))))).................]]]]]]................... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -8.14 (((((((((((........)))))).......((((((.......))))))........)))))... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -8.10 (((((.(((((........))))))))))...((((((.......))))))................ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -8.02 (((..((((((........)))))))))....((((((.......))))))................ New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -8.00 .....((((((........))))))...................((((((...........)))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -7.89 (((((((((((........)))))).......))))).......((((((...........)))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -7.80 (((((...[[[[{{{{{{{{....)))))]]]].((((.......))))..........}}}}}}}} New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -7.79 (((((..[[[[[{{{{{{{{....)))))..............]]]]]...........}}}}}}}} New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -7.76 (((..((((((..[[[[[.))))))))).....]]]]]........(((...........))).... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -7.58 New CC F-measure-avg: 0.463, New CC F-measure-best: 0.629, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV; TYPE=hepatitis delta virus ribozyme; EXT_SOURCE=Isambert and Siggia 2000; ggccggcatggtcccagcctcctcgctggcgccggctgggcaacauuccgaggggaccguccccucgguaauggcgaaugggaccca [[[[[[[..((((((((((........)))]]]]]]]......(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{{..)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))...}}}}}..]]]]]]].. Energy of known structure: -27.20 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -30.58 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.710, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -31.20 .((((((..[[[[[[[[[[[..........)))))).]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -28.32 .((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -28.18 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)..(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -28.06 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.02 .((((((..[[[[[[[.......[[[[[..))))))..(....)...(((((((((...)))))))))...]]]]]..]]]]]]].. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -27.33 .((((((......(((((......))))).))))))((((...(((((((((((((...)))))))))........))))...)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -26.91 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -26.45 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.793, New CC Energy: -26.40 .((((((..[[[[[[[(((........)))))))))...((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.967, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -26.39 .((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -26.26 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -26.14 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -26.08 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -26.03 .((((((..[[[[[[[(((........))))))))).......(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.967, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.983, New CC Energy: -25.68 .........(((((((((((((..((....)).))..))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -25.61 .((((((......(((((......))))).)))))).......(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -25.58 .........(((((((((((....((((....)))).))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -25.38 .((((((..[[[[[[[[[[[..........)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -25.23 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.93 New CC F-measure-avg: 0.647, New CC F-measure-best: 0.983, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV_anti; TYPE=anti-genomic HDV; EXT_SOURCE=Ferre-D'Amareand et al 1998; GGGUCGGCAUGGCAUCUCCACCUCCUCGCGGUCCGACCUGGGCAUCCGAAGGAGGACGCACGUCCACUCGGAUGGCUAAGGGAGAGCCACU .((((((........[[[[(((.......)))))))))....(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]....... .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. Energy of known structure: -14.38 Initial sens: 0.167, Initial ppv: 0.143, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -23.91 New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -26.51 (((((((..[[[[.[[[[[...[[[[[.....)))))))...(((((((..]]]]]...........)))))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -24.07 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -24.02 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -23.91 ((((((...[[[[.[[[[[.[[[[[[..))))))........(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -23.16 ...((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[....{{{{{{..{{{{{..))))]]]]]]......}}}}}.}}}}}}.......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -23.14 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))((....))..]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -22.31 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.160, New CC Energy: -22.29 (((((((.......[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]...... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -22.18 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.157, New CC Energy: -21.94 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]].....(((((....)))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -21.91 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))((.(((((((....((((....))))..))))))).))...]]]]]]]]].. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -21.27 (((((((..[[[[.......[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))...........]]]].. New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -21.11 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))...(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.87 ((((((...[[[[.[[[[[.[[[[[[[[))))))............]].]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -20.67 ((((((...[[[[.[[[[[.[[[[[[[[))))))....(((((...]].]]]]]]......)))))..............]]]]]]]]].. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -20.33 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -20.32 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))((....))..]]]]]].....(((((....)))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -20.19 ((((((...[[[[.[[[[[.[[[[[[..))))))....(((((......]]]]]]......)))))..............]]]]]]]]].. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.160, New CC Energy: -19.94 .........((((.(((((.((...(((.....)))...)).(((((((....((((....))))..)))))))......))))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -19.91 New CC F-measure-avg: 0.402, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HIVRT32; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUCAACGGGAAAAUGAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.92 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.92 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.92 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -7.16 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -5.22 ...(((.[[[[[..)))...]]]]].......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -3.81 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -2.60 .......((((...........))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.28 New CC F-measure-avg: 0.571, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=HIVRT322; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGGGUAACGGGAAAAUGCCCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.41 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.41 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.41 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.65 .........((....))....(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.71 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -4.65 .....(((((....)))))..(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 ....(((((((....))....[[[..)))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.73 .........((....))....(((.......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.66 ........(((...)))....(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.62 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -2.60 .....(((((....)))))..(((.......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.05 ....(((((.....[[[.........)))))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.97 New CC F-measure-avg: 0.264, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=HIVRT33; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUUGACGGGAAAAUAAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. ((((((.[[[[[..))))))]]]]].......... Energy of known structure: -6.09 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.09 New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -6.32 .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.09 ((((((.[[[[...))))))..]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.87 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.33 ((((((........))))))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.94 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -2.84 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -2.60 .......((((...........))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.28 ...(((.(((((........)))))......))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -1.22 ...(((.((((...........)))).....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.56 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=Hs_Prp; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCUCAUGGUGGUGGCUGGGGGCAGCCUCAUGGUGGUGGCUGGGG ...((((((.............[[[[[))))))....]]]]]... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... Energy of known structure: -3.89 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.44 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.44 .((((.((((....))))))))(((((..........)))))... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -10.59 (((((.......[[[[[[))))).(((....)))..]]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.37 .(((((..........))))).(((((..........)))))... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -10.10 .((((((.((((.(((((....))))))))).)))......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.93 (((((..(((....))).)))))..(((((..........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.63 New CC F-measure-avg: 0.149, New CC F-measure-best: 0.476, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=LP_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGAAGGAGAUCUCUCGUAAAUAAGACUC [[[[[..(((.((]]]]].......))))) .((((..[[[.))))............]]] (((((.(....).)))))............ Energy of known structure: -3.70 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -2.50 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -3.13 .((((......))))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.23 ......(((....))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.38 New CC F-measure-avg: 0.208, New CC F-measure-best: 0.625, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=minimalIBV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGUAUCAGUCAGGCUCGGCUGGUACCCCUUGCAAAGCGAGCCU (((((((((((..[[[[[[)))))))))))........]]]]]]. ((((((((((((......))))))))))))............... ((((((((((((..[[[.))))))))))))......]]]...... Energy of known structure: -19.10 Initial sens: 0.647, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -14.35 New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -15.44 ((((((((((((......))))))))))))..((.......)).. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -14.65 .(((((((((((......)))))))))))(((((...)))))... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -13.10 New CC F-measure-avg: 0.668, New CC F-measure-best: 0.710, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=MMTV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCAGUCCCCUAGCCCCACUCAAAAGGGGGAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -16.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -15.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -15.15 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -14.71 ((((....))))...((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.43 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.40 (((((..[[[[...)))))........]]]]... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.46 (((((.........))))).(((....))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -8.39 ((((....))))...((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.38 ((((.....))))..((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.49 .(((...[[[[[[...))).......]]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.39 ((((....))))...(((.........))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.98 (((((.....[[[.)))))..........]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -6.96 (((...[[[[[[[..))).........]]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.92 .(((..[[[[[[[...)))........]]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.88 ((((...))))....((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.51 ((((.....))))..((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.44 ......(((((((..............))))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -6.41 ((((....))))....(((..........))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.28 .(((......)))..((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.69 ((((...))))....((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.46 New CC F-measure-avg: 0.278, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=MMTV_vpk; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCAGUGGGUCAGCGCCACUCAAAAGGCCCAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -14.41 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -13.31 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -13.31 (((((..[[[[[..)))))]]]]].......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -8.02 (((((.........)))))............... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -6.54 (((....(((((.......)))))....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.02 ......(((((((..............))))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -5.96 (((..(((((.......)))))......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.21 .......(((((....[[[)))))...]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.99 .....(((((.......)))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.19 (((.......)))...(((........))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 (((......(((....))).........)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.67 New CC F-measure-avg: 0.272, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=pKA_A; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCCGCCAGGCUCCAGCGGCCUUGCAAAAGGAGCCU [[[[[[..((((((.]]]]]]........)))))). ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] Energy of known structure: -18.55 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.923, Initial F-measure: 0.960, Initial Energy: -16.76 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -16.75 ....((([[[[[[[...))).........]]]]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -9.26 ........((((((....((...))....)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -8.84 ((((((.........))))))..((.......)).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -8.82 ((((....))))...((..((((....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.66 .......(((((((.((......))....))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -7.50 ((((....)))).....((((((....)))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.25 (((.((.((((.......)))).)).......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.96 ((((((.........))).((((....)))).))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -6.27 ((((....)))).......((((....))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.02 (((([[[.)))).....]]](((....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.78 New CC F-measure-avg: 0.323, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=satRPV; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; ACAGAGCGCGUACUGUCUGACGACGUAUCCGCGCGGACUAGAAGGCUGGUGCCUCGUCCAACAAAUAGAUACA ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. .....(((((....(((....)))[[[[[)))))((((..((.(((....)))))))))........]]]]]. Energy of known structure: -13.06 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -13.47 New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -14.14 .....(((((....(((....)))[[[[[)))))((((....((((....)))).))))........]]]]]. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -14.03 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((..((.(((....)))))))))........))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -13.92 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -13.81 ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]]..(((((....)))))...))))).........}}}}}. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -13.65 ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -13.47 ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((..((.(((....)))))))))........))))). New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -13.17 ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.06 .....((((((((.(((....))))))..)))))((((..((.(((....))))))))).............. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -13.04 ((((..[[[[[.))))..(((((.{{{{{.]]]]].(((((....)))))...))))).........}}}}}. New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -13.03 .....((((((((.(((....))))))..)))))((((....((((....)))).)))).............. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -12.93 .....(((((....(((....))).....)))))((((..((.(((....))))))))).............. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.86 .....(((((....(((....))).....)))))((((....((((....)))).)))).............. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -12.75 .(((([[[[[.....))))..........]]]]]((((..((.(((....))))))))).............. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -12.70 ((((..[[[[[.))))..............]]]]].......((((....))))................... New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -12.69 .(((([[[[[.....))))..........]]]]]((((....((((....)))).)))).............. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -12.59 .....(((((....(((....)))[[[[[)))))........((((....)))).............]]]]]. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -12.56 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))..(((((....)))))...]]]]].........}}}}}. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -12.46 ((((..[[[[[.))))..............]]]]].....((.(((....))))).................. New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -12.33 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))(((((((....))))).))]]]]].........}}}}}. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.28 New CC F-measure-avg: 0.648, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRV_1; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCCAGCCCCAGGCCCCGAAACAAGCUUAUGGGGCA ((((((.[[[[[.)))))).............]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. Energy of known structure: -18.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -16.78 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -16.78 ((((....))))..((((((...........)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.47 ((((((.......)))))).......((.......)). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -11.34 (((((([[[{{{.)))))).......]]]....}}}.. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -11.33 ((((((.......)))))).......((((...)))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.20 .(((..[[[)))..((((((......]]]..)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.63 ((((((...[[[.))))))..............]]].. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -10.19 .......(((((((((..........)))..)))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.03 (((((([[[....)))))).......]]]......... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -9.63 .(((...[[[[[[...)))............]]]]]]. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.29 .((((..[[[[[[.............)))).]]]]]]. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -9.27 .(((.....)))..((((((...........)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.40 .((((.........[[[[[[......)))).]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.26 (((.....)))...((((((...........)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.24 New CC F-measure-avg: 0.383, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=T2_gene32; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; CUGACCAGCUAUGAGGUCAUACAUCGUCAUAGC .[[[[[.(((((((]]]]].......))))))) .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -6.67 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.67 .......(((((((.(........).))))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -6.42 .(((((........))))).............. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -4.00 New CC F-measure-avg: 0.763, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=T4_gene32; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGCCAGCUAUGAGGUAAAGUGUCAUAGC [[[[.(((((((]]]].....))))))) ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] .....(((((((.........))))))) Energy of known structure: -1.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.71 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -5.48 ((((.[[[....)))).]]]........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -2.15 ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.71 New CC F-measure-avg: 0.741, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=TMV.L; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; AUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGG ............[[[.((((]]].....))))[[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))....((((........]]]].)))) Energy of known structure: -15.98 Initial sens: 0.160, Initial ppv: 0.160, Initial F-measure: 0.160, Initial Energy: -10.81 New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -13.47 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))....((((]]]].........)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.78 ..........(((...((((........))))))).((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -12.58 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -12.45 ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).)))).....(((........]]]]..))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -12.17 ..........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -12.06 ................((((........))))....((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -12.03 ..........((((((...))))))........(((((((((......)))))..........[[[[)))).........]]]] New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -11.53 ..........(((...((((........))))))).((((((.[[[[.))))))((((......{{{.))))...]]]]..}}} New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.28 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.))))))((((......{{{.))))...]]]]..}}} New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -11.15 ..........(((...((((........))))))).((((((.[[[[.)))))).........((((........]]]].)))) New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -11.06 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..)))).....(((]]]]..........))) New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -11.03 ..........((((((...))))))....(((([[[[......{{{{........))))....((((]]]]....}}}}.)))) New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -10.95 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.)))))).........((((........]]]].)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -10.93 ................((((........)))).(((((((((......)))))..........[[[[)))).........]]]] New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -10.92 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))........]]]]......(....). New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -10.82 ................((((........))))....((((((.[[[[.))))))((((......{{{.))))...]]]]..}}} New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -10.73 ................(((((........)))))..((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -10.55 ................((((........))))....((((((.[[[[.)))))).........((((........]]]].)))) New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -10.51 ..........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((.....[[[[.))))........]]]] New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -10.47 New CC F-measure-avg: 0.562, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Tt_LSU_P3P7; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; AGACCGUCAAACACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGG .(((((.((....[.[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]]]. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. .(((((.((.............)).))))).(((((((.....)))))))............... Energy of known structure: -11.87 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -12.29 New CC sens: 0.700, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -12.98 .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -12.29 .(((((.((.............)).)))))((((((......))))))................. New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -10.47 .(((((......(((.......)))))))).(((((((.....)))))))............... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -10.23 .(((((.........[[[[[.....))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -10.21 .(((((.((.............)).)))))(((((...[[[[[[.)))))....]]]]]]..... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -10.14 ...(((.........((((..[[[[[)))).(((((((.....)))))))....]]]]]...))) New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -10.06 ...............(((((...(((.....(((((((.....)))))))....))).))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -9.79 .(((((.((......[[[[[..)).)))))((((((......))))))..........]]]]].. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -9.78 ...............((((..[[[[[)))).(((((((.....)))))))....]]]]]...... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -9.44 .....(((.......)))...(((((.....(((((((.....)))))))....)))))...... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -9.06 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=TYMV; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=Deiman et al 1997; UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))[[[...((((((]]]...))))))... (((((([[[[)))))).((((((((((.......))))))......]]]].....[[[...))))((((((]]]...))))))... ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.......)))((((...[[[[[[))))..]]]]]]... Energy of known structure: -21.87 Initial sens: 0.480, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -15.40 New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.960, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -20.01 ....(((((......))))).((((((.......))))))....((((.......)))).(((((....)))))............ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.67 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]..........((((...[[[[[[))))..]]]]]]... New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -19.02 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((.......)))))..((((((......))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -18.94 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))......((((((......))))))... New CC sens: 0.880, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -18.85 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((.((.......)))))..((((((]]]...))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -18.84 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]......(((.(.(((((....))))).)...))).... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -18.67 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))...((((.......))))......((((((]]]...))))))... New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -18.57 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.......[[[..)))..((((((]]]...))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -18.54 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((((.......)))))...((((((......))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -18.29 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((((.......)))))...((((((]]]...))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -18.13 ....(((((......))))).......(((...............(((.((.......)))))..[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.32 ....(((((......))))).......(((..............((((.......))))......[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -17.23 ....(((((......)))))......(((................(((.((.......)))))..[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.20 ....(((((......)))))......(((...............((((.......))))......[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -17.11 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]]............(((((....)))))............ New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -17.07 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((............)))..((((((......))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -17.00 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....(((............)))..((((((]]]...))))))... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -16.90 ((((((....)))))).((((((((((.......))))))....((((.......))))..))))((((((......))))))... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -16.86 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]].......(((.......[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -16.85 New CC F-measure-avg: 0.711, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > AKV-MuLV GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCACUGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))...(((((......)).)))..]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))...(((((......)).)))..]]]]]]] Energy of known structure: -14.37 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.647, Initial F-measure: 0.688, Initial Energy: -17.79 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -17.79 ...(((((..[[[[[.)))))...(((((......)).)))..]]]]].. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -16.88 ((((((((.[[[[[[[)))).))))(((.....))).......]]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -14.23 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -13.45 ((((((((..[[[[[.)))).))))(((.....))).......]]]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -13.32 ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.18 (((.......)))((((((((...(((((......)).))))))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.16 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.81 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -12.62 .........(((((((((((....))))...............))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -12.22 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -12.02 (((.(....).)))..((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.36 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((......))))).. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -11.16 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.15 (((.(....).)))..((((....))))....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.72 ((((((((........)))).))))........((((........)))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -10.67 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((.......))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -10.52 ((((.....))))...((((....))))....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.51 (((..........)))((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.48 ((((.........[[[[[[[[))))(((.....))).....]]]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -10.01 New CC F-measure-avg: 0.328, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > BaEV GGGCUCUGGAGCCCCCCCCGAGCCCCGGCUAACUCUAUCUGUAGGGGGGC ((((((.((.[[[[[[[))))))))..................]]]]]]] ((((((......[[[[[[.))))))..................]]]]]]. ((((((...[[[[{{{{{{)))))).]]]].............}}}}}}. Energy of known structure: -14.61 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -14.45 New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -16.43 (((((([[[[[..{{{{{{)))))).......]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -15.93 (((((([[[[[.{{{{{{.)))))).......]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -15.76 ((((((......[[[[[[.))))))..................]]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.45 ((((((...[[[[.{{{{{)))))).]]]]..............}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -14.39 (((((([[[[[{{{{{...)))))).......]]]]]......}}}}}.. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -14.35 ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] New CC sens: 0.867, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -14.13 (((((....))))).......(((((..(((..........))).))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.07 (((((([[[[[...{{{{{)))))).......]]]]].......}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -13.88 ((((((.((.......)).))))))..(((..(((((....))))).))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -12.77 ((((((.......[[[[[[))))))..................]]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -12.59 ((((((...[[[[..{{{{)))))).]]]]...............}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -12.52 ((((([[[[)))))(((((.....]]]]................))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.23 .((((.[[[[[..{{{{{{.......))))..]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.86 ((((((...[[[[......)))))).]]]]..((((.......))))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -11.80 .((((.[[[[[.{{{{{{........))))..]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.69 ((((((...[[[[......)))))).]]]]..(((((....))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -11.64 ((((((.((.......)).)))))).......(((((....))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -11.22 .((((....))))((((((.(((....))).............)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.06 (((((....)))))(((((.(((....)))..............))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.86 New CC F-measure-avg: 0.309, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > BLV GGGGGGACUUAGCGCCCCCCAAACCGU ((((((.....[[[))))))....]]] ((((((........))))))....... ((((((........))))))....... Energy of known structure: -6.45 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -9.98 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -9.98 .(((((.....[[[.)))))....]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -7.51 .(((((.........)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.21 ((((((.....[[[))))))....]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.45 (((((.........)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.39 New CC F-measure-avg: 0.431, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 4 > Bp_PK2 CCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGGGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGCAACCCCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAAU .((((((..(((....[[[[[[..))).((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... .((((((.((((((((....))))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... Energy of known structure: -26.02 Initial sens: 0.793, Initial ppv: 0.852, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -29.53 New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -30.15 .((((((.((((((((....))))))))....((((((....)))))).((((....))))........))))))............... New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -28.04 .((((((.((((((((....))))))))((((((((((....))))))..((((...))))...)))).))))))............... New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.33 ..(((((.((((((((....))))))))....((((((....)))))).((((....)))).....)))))................... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.88 ...((((.((((((((....))))))))))))((((((....)))))).((((....))))....(((....)))............... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -25.74 .((((((.((((((((....))))))))....((((((....))))))..((((...))))........))))))............... New CC sens: 0.517, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -25.22 ...((((.((((((((....))))))))))))((((((....)))))).((((....))))(((.(((....)))...)))......... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.456, New CC Energy: -24.89 New CC F-measure-avg: 0.599, New CC F-measure-best: 0.807, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > BVDV_IRES GGGUAGCAACAGUGGUGAACAGCCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUGUAUUGCUACUAAAAAUCUCUGCU .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. Energy of known structure: -20.66 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.66 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.66 .((((((((((((((((....((((....))))....)).....)))))))..)))))))............. New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -16.32 .((((((((((((((((....((((....))))....)).....))))))..))))))))............. New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -16.21 .((((((((((((((....((((((....))..)))).......)))))))..)))))))............. New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -15.75 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))............. New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -15.75 .((((((((((((((......((((...............)))))))))))..)))))))............. New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -15.17 New CC F-measure-avg: 0.783, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > BYDV-NY-RPV GGCGGCGGCGUCCGCCGUAACAAACGC (((((..[[[[))))).......]]]] (((((..[[[[))))).......]]]] (((((..[[[[))))).......]]]] Energy of known structure: -10.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.31 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.30 .(((((((...)))))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.22 (((((......)))))........... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -5.81 .((((((((....)))))......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.17 ....(((((....)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.46 New CC F-measure-avg: 0.343, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > Cas-Br-E-MuLv GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] Energy of known structure: -14.37 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -16.95 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -16.95 ...(((((..[[[[[.)))))....(((.....))).......]]]]].. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -16.04 ((((((((.[[[[[[[)))).))))(((.....))).......]]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -14.23 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -13.45 ((((((((..[[[[[.)))).))))(((.....))).......]]]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -13.32 (((.......)))((((((((....(((.....))).....)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.18 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.81 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -12.62 .........(((((((((((....))))...............))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -12.22 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -12.02 (((.(....).)))..((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.36 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((......))))).. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -11.16 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.15 (((.(....).)))..((((....))))....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.72 ((((((((........)))).))))........((((........)))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -10.67 ((([[[[[.....)))]]]]]...........(((((.......))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -10.52 ((((.....))))...((((....))))....(((((.......))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.51 (((..........)))((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.48 ((((.........[[[[[[[[))))(((.....))).....]]]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -10.01 (((.(....).)))..((((....))))....((((.......))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.93 New CC F-measure-avg: 0.331, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > CoxB3 ACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)).... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.680, Initial ppv: 0.895, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -18.06 New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -18.06 .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -17.49 (((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -14.84 .((((((((((((................)))))))))))).....(((((((....)))...))))...... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -14.57 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.773, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > CSFV_IRES GACUAGCCGUAGUGGCGAACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAUUAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGCUG .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. Energy of known structure: -20.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.14 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.14 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))................ New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -15.35 ........(((((((......((((....))))[[[{{{{{{{.)))))))..]]]...........}}}}}}}.. New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -14.13 .....(((...((((((.....[[[[[[[[..))))))...)))...]]]]]]]]..((((..........)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.97 .((((((((((((((............[[[[[.(((.....))))))))))..)))))))........]]]]]... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -13.14 .....(((.....)))......((((((((((.(((.....))))).))))))))..((((..........)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.74 .....(((...(((((.....((((....)))))))))...))).........(((.((...........))))). New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -12.73 .....(((.....))).....((((....))))...(((((((((........)))............)))))).. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -12.65 .....((((...)))).....((((....))))((([[[[[[[..........)))...........]]]]]]].. New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -12.59 .(((((((.....((.......)).....((((.........)))).......)))))))................ New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -12.14 .....(((...((((((.....(((....)))))))))...))).........(((.((...........))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -11.98 .....(((.....))).....((((....))))...(((((((...((((......)))).......))))))).. New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -11.43 New CC F-measure-avg: 0.448, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > EIAV GGGGCUCAAGGGAGGCCCCAGAAACAAACUUUCCC ((((((...[[[[))))))............]]]] (((((((....)).)))))................ ((((((.......))))))................ Energy of known structure: -9.22 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -6.80 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -8.04 .(((.....[[[[[[.))).........]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.72 .(((.....[[[[[[.)))..........]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -6.94 (((.(((....))).)))................. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.37 (((......[[[[[[)))...........]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -5.18 (((......[[[[[.)))..........]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.71 (((......[[[[[[)))..........]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 New CC F-measure-avg: 0.227, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > FeLV GGGCCAGGACCCCCCCCCCUGAGCCCAGGAUAACCUUAAGAAUAGGGGGG ((((((((...[[[[[[)))).))))..................]]]]]] ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] ((((((((...[[[[[[)))).))))(((....)))........]]]]]] Energy of known structure: -15.15 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.471, Initial F-measure: 0.516, Initial Energy: -14.28 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -15.05 ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -14.28 ....((((...[[[[[[)))).....(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -13.66 ((((.........[[[[[[[[.))))(((....)))......]]]]]]]] New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -13.41 ....((((..[[[[[[.)))).....(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -12.88 ((((((((.[[[[[[..)))).))))(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -12.56 (((......))).(((((((...(..(((....)))...)...))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.40 ((((((((.........)))).)))).......((((.......)))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.17 ((((((((.........)))).)))).......(((((....)))))... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -12.13 (((......))).((((((((.....(((....)))......)))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.09 ((((((((.........)))).)))).......((((........)))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -11.33 ....((((.[[[[[[..)))).....(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -11.17 (((.[[[[.))).....]]]]..(((.......(((.......)))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -11.14 ((((((((.[[[[[...)))).))))(((....)))........]]]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -10.76 (((.[[[[.))).....]]]]............((((.......)))).. New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -10.71 (((.[[[[.))).....]]]]............(((((....)))))... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -10.67 (((.[[[[.{{{{{)))]]]].....(((....)))........}}}}}. New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -10.54 ((((((((.........)))).)))).......((((.........)))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -10.26 ((.......))((((((((((....))))...............)))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -9.99 (((......)))..((((((......(((....)))........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.92 New CC F-measure-avg: 0.409, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > FIV GGGGCGAGCUGCAGCCCCAGUGAAUCAAAUGCAGC [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] Energy of known structure: -13.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.15 (((....[[[[[[.)))............]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -10.74 (((((........)))))..((.........)).. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -7.62 (((((........))))).(((.......)))... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -7.36 .(((...[[[[[[..)))...........]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -7.09 .......((((((................)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -6.07 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > HCV_229E CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAACAGUUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[))))))))))))................]]]]]........ ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) Energy of known structure: -20.85 Initial sens: 0.708, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.829, Initial Energy: -15.39 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.85 ((((((((((((........))))))))))))........((((((........)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -19.51 New CC F-measure-avg: 0.929, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > HCV_Ires CCUCCCGGGAGAACUGCCUGAUAGGGUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUCGUAG (((((((((......(((......)))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]. (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ (((((((((.....(((((....))))).[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] Energy of known structure: -14.63 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -16.09 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -17.34 (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -16.09 (((((((((......((((....))))(((....)))..)))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.47 (((((((((.......(((...)))(((((....))))))))))))))........ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -14.26 (((((((((.....(((((....)))))...........)))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -13.92 (((((((((.......(((...)))....[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -13.71 ........((((.((.((((...(((((((....))))))))))))).)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.56 ........((((....((((...(((((((....)))))))))))...)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.48 .....(((((...((.((((...(((((((....))))))))))))).)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.01 (((((((((.(.....(((...)))..(((....))).))))))))))........ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.76 .....(((((......((((...(((((((....)))))))))))...)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.49 .(((....)))....((((....(((((((....)))))))[[[[))))]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.32 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > HDV-It_g UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).(((((((((((((...))))))))).)))).............. Energy of known structure: -28.96 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -26.97 New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -28.41 ..((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -28.18 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -28.02 ((((((((......(((((......))))).)))))))).((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.00 ((((((((......(((((......))))).)))))))).....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -27.42 ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -26.58 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).............. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -26.45 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -26.40 ..((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].......(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -26.26 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))............ New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -26.08 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -26.03 ..........(((((((((((((..((....)).))..))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.61 ..........(((((((((((....((((....)))).))))..(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.38 ..((((((......(((((......))))).))))))((((...(((((((((((((...))))))))).))))..........)))) New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.633, New CC Energy: -25.25 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -24.93 ...(((((..[[[[[[[......[[[[[[......)))))........(((((((((...)))))))))...]]]]]].]]]]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -24.85 ..........(((((((.........(((((....)))))....(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -24.77 ((((((((......(((((......))))).))))))))(....)...(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -24.53 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))........(((((((((...)))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -24.53 ..........(((((((.........(((((....)))))((..(((((((((((((...))))))))).))))))...))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -24.52 New CC F-measure-avg: 0.559, New CC F-measure-best: 0.767, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-1 ucaagAAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAACAa .......[[[[[..((((((]]]]]...))))))... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... Energy of known structure: -6.88 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.88 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.88 .......((((...[[[[[[..))))..]]]]]]... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.80 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -3.56 ..............((((((........))))))... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -3.35 ............(((((..[[[[))))).]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.97 ....(((.......)))..((((......)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.95 .......((((...........))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.28 ...........(((((.........)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.01 ............(((((......)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.47 ............(((((....)))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.43 ............(((((.....))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.33 New CC F-measure-avg: 0.264, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > HIV-1-RT-1-3a gAAUAUCUUCCGAAGCCGAACGGGAAAACCGGCaucu .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... .......(((([[.[[[[....))))...]]]].]]. Energy of known structure: -3.71 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.71 New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -6.34 ...........((.((((...........)))).)). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -4.82 ..............((((...........)))).... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.39 .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.71 ..............((((....[[[....)))).]]] New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -3.67 .....((((..[[.[[[[...))))....]]]].]]. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -3.04 .....(((([[[.........))))....]]]..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.67 .......((((...[[[[....))))...]]]].... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -2.63 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -2.46 ....................(((.....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.17 .......((((...........))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.14 .........(((...((....))......)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.05 New CC F-measure-avg: 0.390, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > HIV-1-RT-1-6 gAAGAAGAUUACCCAAGCGCAGGGGAGAAGCGCaucu ...........[[[..((((.]]].....)))).... ...........(((..[[[[.))).....]]]].... ...........(((..[[[[.))).....]]]].... Energy of known structure: -9.24 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.24 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.24 .....((((..(((..[[[[.))).....]]]])))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -8.32 ................((((.........)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -4.70 ................((((...[[[...)))).]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.79 .....((((.......((((.........)))))))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -3.56 ...........(((..[[[[..)))....]]]].... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.52 ...........(((.......)))............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -3.21 .....((((..(((..[[[[..)))....]]]])))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -2.60 ...........(((........)))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.22 .....((((..(((.......))).........)))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -1.33 New CC F-measure-avg: 0.565, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > HIV-1-RT-1-7 agGAAUCGACCCAAGCCAAAGGGGAUAAUGCGGCauc .........[[[..(((...]]]........)))... .........(((..[[[...)))........]]]... .((.......))..(((..............)))... Energy of known structure: -1.09 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.09 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -3.71 .........(((........))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.15 .........(((.........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.10 .........(((..[[[...)))........]]]... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.08 .........(((..[[[....))).......]]]... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -0.94 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 4 > HIV-1-RT-1-8 ucaagGAUUAACCGACGCCAACGGGAGAAUGGCAGGGau ...........[[[..((((.]]].....))))...... ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... Energy of known structure: -8.04 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.04 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.04 ...........((...((((.........)))).))... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.53 ....((.....))...((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.01 ...........(((.......)))............... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -2.08 New CC F-measure-avg: 0.708, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > HIV-1-RT-1-9b gAGAGUAUCAUCCGUGCCGGCGGGAUAUCGGCGaucu ..........[[[[((((((]]]]...)))))).... ((..((....(((((....)))))......))..)). .........((((.[[[[[[..)))).]]]]]].... Energy of known structure: -6.63 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -4.37 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -6.00 ..............((((((..[[[[.))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -5.24 (...(((((..((((....)))))))))...)..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -5.23 ..............((((((.......)))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.26 ..........(((((....)))))............. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -3.43 ....(((((..(((...)))...)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.77 ....(((((..[[[.........)))))]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.35 ....(((((...[[[........)))))..]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.14 ...........(((...)))(((....)))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.78 ...........(((..............)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.73 ............(((.......[[[[....)))]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.61 .........((((.........))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.45 ............(((.....(((....)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.38 New CC F-measure-avg: 0.214, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 12 > HIV-1-RT-2-10 agUAAAUGAGUCCGUAGGAGGCGGGAUAUCUCCaAcu ..........[[[[..(((((]]]]...))))).... .............((.(((((.......))))).)). .........(((([[.[[[[[..)))).]]]]].]]. Energy of known structure: -6.66 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -4.67 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.57 .........((((...[[[[[..)))).]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -6.15 .............((.(((((.......))))).)). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -4.67 ................(((((.......))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -4.31 ..........(((((.[[[.)))))...]]]...... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -3.94 .........(((.......))).(((....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.14 ..........(((...)))....(((....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.01 .........((((...[[[....)))).]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.87 ..........(((((.....)))))............ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -1.72 .........((((..........)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.44 ..........(((...)))((.((....)).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.16 New CC F-measure-avg: 0.312, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 10 > HIV-1-RT-2-11 gUCAUAUUACCGUUACUCCUCGGGAUAAAGGAGaucu .........[[[...(((((]]].....))))).... .........(((...[[[[[))).....]]]]].... .........(((...[[[[[))).....]]]]].... Energy of known structure: -8.63 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.63 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.63 ...............(((((..[[[[..)))))]]]] New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -5.10 ...............(((((........))))).... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -3.81 .........(((........))).............. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -2.98 New CC F-measure-avg: 0.726, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > HIV-1-RT-2-12 ucaagAAUAAUCCGACUCGCGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[.((((]]]]....))))...... ..........((((.[[[[))))....]]]]...... .........((((..[[[[..))))..]]]]...... Energy of known structure: -2.98 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -2.98 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -4.57 ..........((((.[[[[))))....]]]]...... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -2.98 ..........((...((((........))))..)).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -2.73 ...............((((........))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -2.63 ..........((((.....)))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -2.20 .........((((........))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.82 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > HIV-1-RT-2-1b caagAAUAUAUCCGAACUCGACGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[..((((.]]]]....))))...... ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... ........(((((...[[[[...))))).]]]]...... Energy of known structure: -3.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.79 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -4.69 ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.79 ........(((((..........)))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.18 ................((((.........))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -2.18 ..........((((.......)))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.83 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > HIV-1-RT-2-2b gacaaucaagUACCUAGGUGAUAAAAGGGAGAACACGUGUGa ............[[[..(((.....]]].....)))...... .....(((....(((..[[[.....))).....]]]...))) .(((........(((...........)))........))).. Energy of known structure: 0.82 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: 2.07 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.87 ............(((..........))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.58 ............(((...........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.10 ....((((..........)))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.43 ....((((....[[[...))))...]]].............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: 1.62 New CC F-measure-avg: 0.226, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > HIV-1-RT-2-3a gUUAAACAUAAUCCGUGAUCUUUCACACGGGAGaucuaugaaaga ...........[[[[[[.(((((((]]]]]].......))))))) ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -6.67 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.67 ...........((...((((((((....))))))))...)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.30 ................((((((((....))))))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.87 ..............(((([[[[))))..]]]]............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.92 ...........((((((........)))))).............. New CC sens: 0.462, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -4.58 ..................(((((((...((....))..))))))) New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -4.13 ...........(((((((....))))...)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.42 ..............((((....))))..((....))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.77 New CC F-measure-avg: 0.283, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > HIV-1-RT-2-4a agUAGAUAUCCGAAGCUCAACGGGAUAAUGAGCaucu ........[[[[..(((((.]]]]....))))).... ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. Energy of known structure: -6.25 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.25 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -7.71 ......(((((...[[[[[...))))).]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -7.23 ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.25 ..............(((((...[[[[..)))))]]]] New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -5.23 ...........((.(((((.........))))).)). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -5.16 ..............(((((.........))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -4.73 ...((((.((((..[[[[[.))))....]]]]])))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -4.64 ...((((.......(((((.........))))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -3.33 ......(((((...........))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.08 ........((((........))))............. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -1.77 ((([[[[.[[[[..)))...]]]].........]]]] New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -1.64 New CC F-measure-avg: 0.571, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > HIV-1-RT-2-5a ucaagAUAGUAUCCGUUCUUGAUCAUCGGGACAAAUGaucu ...........[[[[.....((((((]]]]....)))))). ...((((...(((.[[[[[.)))....]]]]].....)))) ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. Energy of known structure: -3.83 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -2.77 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -7.40 ((((((..........))))))..((((.......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.74 ...........((((.....[[[[[[))))....]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.83 ..((((..........))))((((((........)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -3.55 ((((((..........))))))......(((.......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.54 ...((((.......(((((........))))).....)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.42 ..............(((((........)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.41 ...........(((......[[[[[[..)))...]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -2.92 ((((((.....[[[[.))))))....]]]]........... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -2.80 ...((((....((((...........)))).......)))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -2.47 ...........((((...........))))........... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -2.40 ................((((((...)))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.84 ...((((.........((((((...))))))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.13 ...((((....(((..............)))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.84 New CC F-measure-avg: 0.301, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > HIV-1-RT-2-6b agUGAAACUUAACCGUUAUCAUAGAUCGGGACAAaucuauga ............[[[...((((((((]]].....)))))))) ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] Energy of known structure: -8.39 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.39 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.39 ..................((((((((........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -4.33 ............(((...........)))............. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -2.65 .(((((((......))).))))......(((....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.41 .((((.............)))).....((......))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.50 New CC F-measure-avg: 0.454, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > HIV-1-RT-2-7a agAUAUGAUCCGUAAGAGGACGGGAUAAACCUCAac ........[[[[...((((.]]]].....))))... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... Energy of known structure: -4.34 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -6.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -6.33 ...............((((..........))))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.35 ........(((......))).(((......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.69 ........(((((......)))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -2.00 ........(((......))).(((.....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.95 .......((((...........)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.23 .......((((....[[[[...))))...]]]]... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -0.62 New CC F-measure-avg: 0.389, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-9 ucaagGUUUCCGAAAGAAAUCGGGAAAACUGucu .......(((((..[[[...)))))......]]] .((...(((((((......)))))))...))... ...((.(((((((......)))))))..)).... Energy of known structure: 3.33 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -4.89 New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -4.96 ....(((((((((......))))..))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -4.69 ......(((((((......)))))))........ New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -4.12 ....((((((.....))))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.03 ....((((((.....)))))).(((......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.28 ......(((((...........)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.85 ....(((((.............[[[))))).]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.29 New CC F-measure-avg: 0.230, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > Hs_SRP_pkn GCCGGGCGCGGUGGCGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCU (((.((((((.[[[[.)))))).....((((.]]]]...))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). ..((((((((......))))))))...(((([[[[....))))]]]] Energy of known structure: 0.13 Initial sens: 0.765, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -11.71 New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -13.44 ..((((((((......))))))))...((((........)))).... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -12.15 ((((((((((......)))))))....((((........))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -11.95 .....(((([[[[)))).]]]].....(((([[[[....))))]]]] New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -11.50 (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -11.27 ((((((((((......)))))))(((((....)))))......))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -11.14 (((..((((....))))...((((((((....)))))..))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -10.81 (((..(((((....))))).((((((((....))))..)))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -10.52 ...(((((((....)))).[[[[[[[[[))).]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.49 .....(((([[[[)))).]]]].((..((((........)))).)). New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -10.47 ..((((((((......)))))))).......((((........)))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -10.34 ..((((((((......)))))))).((((((........))..)))) New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -10.26 .....(((([[[[)))).]]]].....((((........)))).... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -10.21 (((..(((((....)))))....(((((....)))))......))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -10.06 (((..((((....))))...((((((((....))))..)))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -10.06 (((..(((((....)))))........((((........))))))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -9.96 .....((((....))))..((((.....(((........))))))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.214, New CC Energy: -9.77 ...((((..[[[[[[....{{{{...))))..]]]]]]....}}}}. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -9.72 .....(((((....)))))........(((([[[[....))))]]]] New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -9.67 ((((....))))(((....))).....(((([[[[....))))]]]] New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -9.61 New CC F-measure-avg: 0.341, New CC F-measure-best: 0.839, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > MMTVgag-pro GGGGCAGUCCCCUAGCCCCGCUCAAAAGGGGGAU [[[[[.(((((((.]]]]]........))))))) (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -15.26 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.26 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.26 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -14.82 ((((....))))...((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.67 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -9.51 .(((..[[[[[[[[[[)))]]].....]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -9.15 (((((..[[[[...)))))........]]]]... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -8.57 (((((.........))))).(((....))).... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.50 ((((....))))...((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.42 ((((....)))).((([[[))).......]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.77 ((((.....))))..((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.73 .(((...[[[[[[[[[)))]]]....]]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.70 .(((...[[[[[[...))).......]]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.50 .((((..[[[[[[......))))...]]]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.29 (((((.....[[[.)))))..........]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.08 .(((..[[[[[[[...)))........]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -6.99 ((((....))))...(((.........))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.98 (((...[[[[[[[..))).........]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -6.92 ((((...))))....((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.75 ((((.....))))..((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.48 ......(((((((..............))))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -6.41 New CC F-measure-avg: 0.298, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > Ni_VS GGGCGUCGUCGCCCCGAGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUG ((((...[[[)))).....(((((((((.]]].))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) Energy of known structure: -9.40 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -11.09 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -11.09 (((....[[[[.)))....(((((((((]]]].))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -8.72 (((((....)))))......((((.......))))....... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -8.69 (((.[[[[....)))....(((((((((]]]].))))))))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -8.53 (((((....)))))..(((((.......)))))......... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -8.00 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 0.867, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > PEMV UUCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((..[[[[))))))......]]]] Energy of known structure: -6.04 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.04 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.04 .(((((......)))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -5.74 New CC F-measure-avg: 0.833, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > PLRV-S GCGGCACCGUCCGCCAAAACAAACGG [[[[..((((]]]]........)))) ((((..[[[[))))........]]]] ((((..[[[[))))........]]]] Energy of known structure: -7.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.35 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.35 ..(((.......)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.13 ((((......))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -2.91 ..(((.[[[[..))).......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -2.83 ......((((............)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.29 ..........(((..........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.09 (((....)))(((..........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.98 New CC F-measure-avg: 0.410, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > PRRSV-16244B GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGUCGCGGCGGCUUGGUUGUUACUGAGACAGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))(..((....))..).]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. Energy of known structure: -15.77 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.864, Initial F-measure: 0.927, Initial Energy: -10.39 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -17.74 (((((([[[[[[[....{{{{{{{......))))))..]]]]]]]......}}}}}}} New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -17.43 (((((.[[[[[[[....{{{{{{{....))))).....]]]]]]]......}}}}}}} New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -15.51 (((((((((((......)))))).....)))))......((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.75 ((((....)))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]...((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.62 ((((....)))).....((((((((((.(((((......))))).)))...))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -14.55 (((((((((((......)))))).....)))))(.((((((....)))))).)..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.43 (((((............[[[[[[[....)))))..((((((....))))))]]]]]]] New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -14.43 ((((....)))).....(((((((....)))))))((((((....))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.28 ((((....)))).....(((((((....)))))))....((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.28 ((((((..(((((....[[[[[[[))))).))))))(((((....))))).]]]]]]] New CC sens: 0.947, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -14.27 (((((([[[[[[[.((((......))))..))))))..]]]]]]].(((......))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -14.17 (((((..(((((.......)))))....)))))......((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.04 ((((((.(((((.......)))))......))))))...((((((.....)))))).. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.86 New CC F-measure-avg: 0.281, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 13 > PRRSV-LV GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGCCGCGGCGGCCUAGUUGUGACUGAAACGGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[)))))))))))).((((....))))..]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. Energy of known structure: -16.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.826, Initial F-measure: 0.905, Initial Energy: -15.82 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.48 ((((((.(((((.......))))).[[[[.))))))................]]]].. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -16.67 ((((((..(((((....[[[[[[[))))).))))))...............]]]]]]] New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -16.32 (((((((((((......)))))).....))))).(((..(((........)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.59 New CC F-measure-avg: 0.498, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 3 > SARS-CoV UGCGGUGUAAGUGCAGCCCGUCUUACACCGUGCGGCACAGGCACUAGUACUGAUGUCGUCUACAGGGCU (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))((((((((.........))).)))))...]].]]]]] (((((((((((...[[[[[..)))))))))))((((((((((....)).))).)))))......]]]]] (((((((((((...[[[[[..)))))))))))((((((((.........))).)))))......]]]]] Energy of known structure: -20.75 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.923, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -16.04 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -16.61 .((((((((((..........)))))))))).((((((((.........))).)))))........... New CC sens: 0.692, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -16.33 (((((((((((..........))))))))))).(((((((.........))).))))((((...)))). New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.74 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]].(((.........))).....(((.....))). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -14.77 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]..(((.........))).....(((.....))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -14.65 (((((((((((....[[[...))))))))))).......]]]....((.(((..........))).)). New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -14.60 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]]...((((..........))))((((...)))). New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -14.51 .((((((((((....[[[...))))))))))((((((..]]]...........)))))).......... New CC sens: 0.577, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -14.40 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]....((((..........))))((((...)))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -14.30 (((((((((((....[[[...))))))))))).......]]]...............((((...)))). New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.65 .((((((((((...[[[[[..))))))))))(((((((((.........))).)))))).....]]]]] New CC sens: 0.885, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.920, New CC Energy: -13.51 (((((((((((....[[[...))))))))))).]]]..((((...............))))........ New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.05 (((((((((((...[[[[[..)))))))))))......((((...............))))...]]]]] New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -12.93 ...((((((((..........))))))))((((.......))))..((.(((..........))).)). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -12.84 .((((((((((......[[[[))))))))))]]]]...((((...............))))........ New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -12.84 (((((((((((..........)))))))))))......((((...............))))........ New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -12.36 New CC F-measure-avg: 0.607, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SNV GGGUUCUCCCGCCCUCCGUGAACCCAGGCUAAAAGUUAAGGUAGGGGGGC [[[[[[.[..(((((((].]]]]]]..................))))))) ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] (((....)))(((((((.....((...(((...)))...))..))))))) Energy of known structure: -13.48 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -11.29 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -11.96 ((((.[[[[[)))).......(((...(((...)))...)))..]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.69 ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] New CC sens: 0.929, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -11.29 ((((((.[[[.[[[[....)))))).................]]]]]]]. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -10.03 (((....)))..(((((....(((...(((...)))...)))..))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.81 (((([[[[[[)))).......(((...(((...)))...))).]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.54 (((....))).((((((...(((...........)))..)).)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.32 ((((..[[[[)))).......(((...(((...)))...)))...]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.24 (((....))).(((((.....(((...(((...)))...))).))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.22 ((((......))))........(((..(((.........)))..)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.08 .......(((.((((((...(((...........)))..)).))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.04 (((((([[[[[[[......)))))).]]]................]]]]. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -8.44 ((((...[[[))))........(((..(((.........))).)))]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.03 (((....)))...((((....(((...(((...)))...)))...)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.99 New CC F-measure-avg: 0.167, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > TMV-L GGGAUUCGAAUUCCCCCGGAACCCCCGGUUGGGGCCCA ...............[[[...((((]]]..)))).... (((........((((((((.....))))..))))))). ((((.......))))..((..((((.....)))).)). Energy of known structure: -6.90 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -8.32 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -9.99 ((((.......))))((((..[[[))))..]]]..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -9.94 (((........[[[[[[[[..)))]]]]..]]]].... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.74 (((..........))).((..((((.....)))).)). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.48 (((........((((((((.....))))..))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.32 (((((....))))).((((..[[[))))..]]]..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -8.25 (((...........)))((..((((.....)))).)). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.14 (((((....)))))...((..((((.....)))).)). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -8.06 (((.......[[[[)))]]]].((((....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.01 (((.......[[[[.[[[[..)))]]]]..]]]].... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -7.57 ((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.50 ((((.......))))......((((.....)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -7.42 (((.......[[[[)))]]]]((((.....)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.31 ((((.......))))....(((([[[)))).]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.24 (((.........(((((((.....)))...))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -7.23 ...........((((((((.....))))..)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.20 (((.......((((.((((.....))))..))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -6.94 (((...........))).....((((....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.82 (((...........)))....((((.....)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.74 ((((.......))))((((.....)))).......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.59 New CC F-measure-avg: 0.324, New CC F-measure-best: 0.571, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > BChV GCGGCGCCGACCGCCAAACAACCGGC [[[[.((((.]]]]........)))) ((((.[[[[.))))........]]]] ((((.[[[[.))))........]]]] Energy of known structure: -8.67 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.67 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.67 ((((......))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.49 ..((((.....))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.35 .....((((.............)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.21 ............(((........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.20 .(((.................))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.46 ..........(((.........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.05 New CC F-measure-avg: 0.333, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > CABYV GGCGGCGGCGACCGCCGAAACAACCGC (((((..[[[.)))))........]]] (((((..[[[.)))))........]]] (((((..[[[.)))))........]]] Energy of known structure: -8.62 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.62 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.62 (((((......)))))........... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -6.39 ..((((((...)))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.29 .((((((((....))))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.26 .....((((....)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.53 ....((((...............)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.93 New CC F-measure-avg: 0.295, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > GaLV GGGUUCGGACCCCCUCCCCGAACCUAGGGUAACACUGACUGUGGAGGGG ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] Energy of known structure: -13.89 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.89 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.89 ((((((((...[[[[..))))))))]]]]...(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -12.22 (((((((([[[[{{{{.)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -11.94 (((((((([[[[.{{{{)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -11.94 ((((((((..[[[{{{{)))))))).]]]...(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -11.53 (((((((([[[[.....)))))))).]]]]..(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -11.08 ((((((((..[[[....)))))))).]]]...(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -10.73 ((((((((.[[[.....)))))))).......(((.....)))..]]]. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -9.85 ((((((((.........)))))))).......(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -9.23 (((........))).((((...(((((...........))).)).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.36 ..........(((((((((.......))..............))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -8.30 ((((....))))...((((...(((((...........))).)).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.19 (((........[[[[))).......]]]]...(((.....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.07 ((((....))))(((((((.......)))...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.91 (((.......)))..((((...(((((...........))).)).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.81 .(((....)))(((([[[[......))))...(((.....)))..]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.74 .........((((...(((.......)))...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.51 (((.....[[[[{{{{))).......]]]]..(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.99 (((........)))..(((.......)))...(((.....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.95 .........((((..(((........)))...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.90 New CC F-measure-avg: 0.290, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-17 agUAAUGACCAGAGGCCCAACUGGUAAACGGGCGGuc .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... (((...[[[[....[[[[.))).......]]]]]]]] ......((((....((((...........)))))))) Energy of known structure: -5.50 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -6.97 New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -5.64 .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.50 ..............((((...........)))).... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -4.95 .............((((...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -3.69 .......(((((.[[[[...)))))........]]]] New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -3.43 ......((((....(((.....)))........)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.37 New CC F-measure-avg: 0.479, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > PLRV-W GCGGCACCGCCCGCCAAAACAAACGG ((((..[[[.)))).........]]] ((((..[[[.)))).........]]] ((((..[[[.)))).........]]] Energy of known structure: -5.27 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.27 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.27 ..(((.[[[...)))........]]] New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -3.92 ..(((.......)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.13 ((((......))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -2.89 (((....)))(((..........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.07 ..(((...)))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.06 ......(((..............))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -0.81 New CC F-measure-avg: 0.398, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_00716; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1SJF; ORGANISM=HOMO SAPIENS AUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACACCAUUGCACUCCGGUGGUGAAUGGGAC ..(((((((...[[[[[[(((.{{.....))))))))))}}....((((..........)))).....]]]]]] .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))...]]]]. Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.37 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.16 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).(((((((.......)))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.72 .((((((((......(((((.[[[[.))))).)))))))).....((((((((.....))))))))...]]]]. New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -21.27 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))...(((((.(((....)))...)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.65 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....(((((((.......)))))))........ New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -20.59 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((..........))))......]]]]. New CC sens: 0.182, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.78 .(((((((([[[[[.(((((.{{{{.))))).))))))))......]]]]]..(((....)))......}}}}. New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -19.43 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).))....((((((......))))))...]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.43 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((.....))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.27 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((..........))))........... New CC sens: 0.182, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -19.17 ....(((((...[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((.....))))))))..]]]]]] New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -18.99 .((((((((......(((((.[[[[.))))).)))))))).....((((..........))))......]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -18.89 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....((((((......))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.82 .(((((((([[[[[.(((((......))))).))))))))......]]]]]......(((........)))... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -18.60 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))......(((((.(((....)))...)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.46 .((((((((......(((((......))))).))))))))(....).(((((.(((....)))...)))))... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -18.37 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((..........))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -18.04 New CC F-measure-avg: 0.201, New CC F-measure-best: 0.564, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_00944; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B57; ORGANISM=SYNTHETIC GACAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGAUUAUGUC ((((((.....(((((..[..[[)))))..........((((((]]...].))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) Energy of known structure: 1.82 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.919, Initial Energy: -12.89 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -12.89 ((((((.....(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]..)))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.21 ..(((((....[[[[[.))))).]]]]]..........((((((.......))))))........ New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -12.19 ...........(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))........ New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -11.37 ...........(((((.......)))))..........((((((.......))))))........ New CC sens: 0.550, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -11.08 ...........((((([[[[[[[)))))..........((((((.......)))))).]]]]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -10.62 ((((((.....(((((..[[[[[)))))..(((.......))).]]]]]..........)))))) New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.47 ...........(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]........ New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -10.17 (((((......(((((..[[[[[)))))..(((.......))).]]]]].))))).......... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -9.69 New CC F-measure-avg: 0.617, New CC F-measure-best: 0.919, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=PDB_01009; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DU3; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GCCAGGGUGGCAGAGGGGCUUUGCGGCGGACUGCAGAUCCGCUUUACCCCGGUUCGAAUCCGGGCCCUGGC ((((((([.(((.].......)))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) (((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))) Energy of known structure: -6.53 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -23.22 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -24.04 ((((((((((.((((.((.(((((((....))))))).)).)))).))((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -22.99 ((((((((.((((((...))))))((((((.......)))))).....((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -22.63 (((((((..((((...........[[[[[[))))...]]]]]]....(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -22.03 (((((((.......((((((((((((....)))))))...)))))..(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -21.80 ((((((((......((((......((((((.......))))))...))))((.......))..)))))))) New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -21.46 (((((((..((((....(((....)))...)))).............(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.33 ((((((((......((((((((((((....)))))))...)))))...((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.03 ((((((((.((((....(((....)))...))))..............((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -20.43 ((((((((......((((....((((............))))....))))((.......))..)))))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -20.36 ((((((((.((((...........[[[[[[))))...]]]]]].....((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -20.27 (((((((..((((.[[[[[...........))))......]]]]]..(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -20.11 ((((((((.((((((...))))))..((((.....((.(((........))).))...)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -19.84 New CC F-measure-avg: 0.619, New CC F-measure-best: 0.884, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=PDB_01021; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EET; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUGUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACCAUGUCCa .((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..)))))).. (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: 0.90 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -17.43 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -17.43 (((((((.....(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]..))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -16.75 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..(((.......))).]]]]]..........))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -15.02 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 0.872, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_01023; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EEV; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUACAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUGCCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGUCCa (((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -0.53 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.900, Initial Energy: -16.20 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -16.20 (((((((.....(((............(((......)))[[[[[[.)))...]]]]]]..))))))). New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -14.33 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..(((.......))).]]]]]..........))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.79 (((((((.....(((((..[[[[[))))).......(((...)))]]]]]..........))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.30 (((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..))))))). New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -12.51 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00632; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 AB037947.1/775-685; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGCCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACGAUCCGAGGGGACUGUCCCUCUCGAGAAUCGGCAAAUGGGGCCCC ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((.(((((((...).))))))..).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....(((((((((......))))))).))...(((.......))).. Energy of known structure: -17.19 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.367, Initial F-measure: 0.386, Initial Energy: -25.19 New CC sens: 0.259, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -26.00 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))......(((((((......)))))))......(((.......))).. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -25.93 ..(((((((.((((.(((((......))))).)))))))..((..((((((((((((......))))))).).))))))......)))).. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -25.23 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]......(((((((((......))))))).))...(((.......))).. New CC sens: 0.259, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -25.08 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]........(((((((......)))))))......(((.......))).. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -25.01 ...(((((...[[[[[[[((((((..((....)).))..)))).....(((((((((......))))))).)).)))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -24.99 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((..((((((((((((......))))))).).)))).........)))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -24.95 ...(((((...[[[[[[[((((((..((....)).))..)))).......(((((((......)))))))....)))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -24.94 .((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((......))))))).).))))))............ New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -24.39 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((.....(((((((((......))))))).)).(((.....))).)))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -24.38 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).......((((((....)))))).........(((.......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.22 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((.......(((((((......)))))))....(((.....))).)))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -24.21 ....(((((..(((.(((((......))))).))).))))).......(((((((((......))))))).))...(((.......))).. New CC sens: 0.259, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -23.95 ....(((((..(((.(((((......))))).))).))))).........(((((((......)))))))......(((.......))).. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -23.88 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((......))))))).).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.741, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.87 ...........(((((((((((((..((....)).))..))))..((((((((((((......))))))).).)))).....))))))).. New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -23.72 .((((((((......(((((......))))).))))))))(....)..(((((((((......))))))).))...(((.......))).. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -23.30 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].........((((((....)))))).........(((.......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.30 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((......))))))).).))))))............ New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -23.23 .((((((((......(((((......))))).))))))))(....)....(((((((......)))))))......(((.......))).. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -23.23 New CC F-measure-avg: 0.384, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00636; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 M84917.1/773-684; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCUCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((((((((((...).)))))))).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. Energy of known structure: -20.27 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -27.01 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -27.01 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]]...((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -26.78 .((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -26.60 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -26.02 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....((((((((......))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.291, New CC Energy: -25.18 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -25.05 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -24.92 ...((((((.....[[[[[[[.....))))))...]]]]]]].......((((((((......))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -24.86 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -24.68 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -24.55 ...........(((((((((((((..((....)).))..))))..((((((((((((......)))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -24.21 ....(((((..[[[[[[[......[[[[[[......)))))........((((((((......))))))))...]]]]]].]]]]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -23.45 ...........(((((((.........(((((....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -23.37 ...((((((.....[[[[[[[{{{{{))))))...]]]]]]]...........}}}}}..(((((..(((.......)))..)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.35 .((.(((((.((((.(((((.[[[[[))))).))))))))).)).........]]]]]..(((((..(((.......)))..)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.15 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))........((((((((......))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -23.13 .((((((((......(((((......))))).))))))))(....)...((((((((......))))))))...(((..........))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.528, New CC Energy: -23.13 ...........(((((((.........(((((....)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))...))))))).. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -23.12 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))........((((((((......))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.607, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -22.91 ....(((((......(((((......))))).....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -22.62 New CC F-measure-avg: 0.486, New CC F-measure-best: 0.764, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGGGGGGUGGGCACCCGUAAUCGCUCGCA [[[[..((((((.]]]].....)))))). ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. Energy of known structure: -9.75 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.632, Initial Energy: -11.40 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -11.40 ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.75 ...((([[[[[[.)))......]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -8.05 (((([[[[[[...))))...]]]]]]... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -7.94 ..(.((((((..........)))))).). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.43 ......((((((..........)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -5.41 ((((.........))))............ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -4.29 ((((((((....)))).......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 ...(((.......)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.52 ....((((....))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.51 ..(((........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.46 ((((..((((....)))).....)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.52 New CC F-measure-avg: 0.332, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 11