> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -35.65 New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -40.12 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))(((((((.........((((.......))))...(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...)).)))))..]]]]]]]]] New CC sens: 0.053, New CC ppv: 0.040, New CC F-measure: 0.045, New CC Energy: -40.08 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))...((((((..(((....)))..)))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -39.15 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))..........)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -38.50 .......(((....)))....((((((((.......((.((...((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).))...))))..((((((.........))))))...)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -38.35 ...........(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -38.12 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -38.02 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -37.97 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........))))))............(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.349, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -37.96 .......(((....)))..........((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))...((((((.......))))))....((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.386, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -37.90 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))...((((((.......))))))..............)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.395, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -37.77 ............(((((((((...........((((.(((((((((((((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))...)))))))))).))))...))))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -37.34 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))....(((.(((((..........))))).)))..(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))...(((....)))]]]]]]]]] New CC sens: 0.237, New CC ppv: 0.180, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -37.31 .....((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.326, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -37.31 ............(((((((((......((((((....))))))......(((((.(((.(((((..........))))).)))..(((((((..((((((.......))))))....((((((.....)))))).)))))))....)))))....))))))))) New CC sens: 0.158, New CC ppv: 0.128, New CC F-measure: 0.141, New CC Energy: -37.19 .....((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..((((((.........)))))).......))))..((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -37.02 .......(((....)))....((((((((.(((....))).......(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))............((((((.........))))))...)))))))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.349, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -36.66 .....((((..(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))..((((((.......))))))..................)))).(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.341, New CC F-measure: 0.354, New CC Energy: -36.57 ..............((((((((........(((....)))))))))))((((...(((.(((((..........))))).)))...)))).(((((((((.......)))))).)))((((((.....))))))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -36.42 ............(((((((((......((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))(((((((((.......)))))).))).(((((.....)))))..((((....))))........))))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -36.26 New CC F-measure-avg: 0.332, New CC F-measure-best: 0.476, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -14.44 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -36.12 New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -40.13 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -39.86 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -39.03 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.523, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -38.97 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -38.77 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -38.12 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))..(((((....)))))(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -37.57 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).))))))....((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.479, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -37.48 ......((((.....))))..((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).......(((((....)))))(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -37.47 ......((((.....))))..((((((..........))))))..((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -37.39 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((..(((.....))))))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.465, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -37.36 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((..(((.....)))))))(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -37.32 .......(((.....((((((.(((((..........))))))))))).((((((((.(((((............)))))..))).)))))..)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -37.02 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -36.80 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.477, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -36.68 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))..(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.490, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -36.48 ...............((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((............)))))..))).))))))....((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -36.38 ......((((.....))))..((((((..........))))))..((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.362, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -36.29 ........((((...((((((.(((((..........)))))))))))...))))...(((((............)))))................((((((.....))))))..((((.............)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -36.26 ...(((.((((...((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((............)))))..))).)))))).))))).))))...)))).))).((((.............))))(((((..(((((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.337, New CC Energy: -36.22 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.591, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -48.37 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -48.09 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -47.78 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -47.72 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -47.41 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........)))))))).((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -46.97 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -46.97 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((....))).......((((((((.(((((....)))))..)))))))).................))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -46.45 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.475, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.437, New CC Energy: -46.32 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....)))))))...((((((((((.((..........)).))).)))))))...(((...(((......)))....)))......))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.475, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -46.01 (((........)))...(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).............(((((((....))))))).... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -45.57 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -45.44 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((((.((((........)))).))............((((((((.(((((....)))))..))))))))..........)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -45.34 (((((((........(((((.......))))).(((((....))))).(((((....))))).......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -45.20 ((((((((((((((((((((.......))))).(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -45.07 (((((((........(((((.......)))))..((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -45.03 (((((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....))))(((((((.............(((((.(((((....)))))..)))))))))))).............))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -44.90 ...((((.....((((.(((((....)))))..(((((....))))).(((((....))))).....)))).))))............((((((((.(((((....)))))..)))))))).......(((((.....))))).......(((((((....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.84 New CC F-measure-avg: 0.573, New CC F-measure-best: 0.787, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.456, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -33.93 ((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -33.88 ((((((....((((((.((((.....(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.473, New CC F-measure: 0.477, New CC Energy: -33.07 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -33.02 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...))))))).....((((.....(((..............)))......))))....)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -32.97 ((((((....((((((.((((.....(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -32.80 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..)))........(((......((.........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..))......)))...)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -32.77 ((((((....((((((.((((.............((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.352, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -32.73 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.71 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....))).(((.....(((......((((..........((((((((....))))))))))))....))).......)))..)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -32.68 ((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))...)))))))..((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.561, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -32.55 ((((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))......))))).((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -32.48 ((((((....((((((..((((............((((((..........)))))).(((((((...))))))).)))).......((((......)))).......(((((...))))).......)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -32.43 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).....(((....(((((((...)))))))..))).......((((......)))).......(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -32.28 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))............((((......)))).......(((((...)))))..)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -32.26 ((((((....((((((.((((.............((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).....)))((((...))))...)))).)))))).......((((((((....)))))))).........((......))....)))))) New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.23 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))((((..((((..(((..........)))...))))...)))).........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -32.21 ((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.(((......)))..)))..........(((((...)))))...((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -32.19 New CC F-measure-avg: 0.519, New CC F-measure-best: 0.660, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). Energy of known structure: -13.51 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -15.05 New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -18.57 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -18.25 .......(((((((((......(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -17.38 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.710, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -17.18 .(((............)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -17.13 .(((...........)))...(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.926, New CC Energy: -16.86 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -16.78 .(((...[[[[[[[[[)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.72 .(((..((....))..)))...(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -16.59 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -16.48 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -16.46 ..((((...)))).........(((((((((...........))))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.31 .(((...........)))....(((((((((...........))))))))).((((((....))))))...((((..((((((......))))))...........)))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -16.27 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -16.16 .......(((((((((.....(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -16.03 ..((((...))))((((.....(((((((((...........))))))))).((((((....)))))).........((((((......)))))).)))).......... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -15.97 .(((............)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -15.74 .((((..((((....))))..))))((((((...........)))))).(((((((((....))))))...)))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -15.68 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))...((((...]]]]]]]]]...................)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.394, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -15.45 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -15.43 New CC F-measure-avg: 0.655, New CC F-measure-best: 0.926, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -35.73 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -48.91 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -50.64 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -50.33 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))............(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.659, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -48.46 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).....((((........)))).(((.((((((((((((((....)))))))).)))))).)))........((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.659, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -47.52 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))......((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -46.53 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -46.42 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -46.39 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -46.22 .((((((...........(((((((((((...))))))))))).................((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -46.08 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))))))))))))....((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.525, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -46.03 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -45.77 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -45.77 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((...((((....)))).)))))(((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -45.71 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -45.46 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))(((((.(....)...((((((((...........))))))))......))))).....))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -45.02 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))....(((((((.(....)........((((....)))).)))))))...............((((((((...........)))))))).(((........))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.439, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -44.99 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))[[[[[[(((((....)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))......((((.....)))).]]]]]]. New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -44.98 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))(((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))).........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -44.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -44.72 ..................(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((.((((((....)))))).((((((((((.(....)...((((((((...........))))))))......)))))))))))))))...((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -44.35 New CC F-measure-avg: 0.632, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -33.12 ...(((.(...........).)))...((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))......((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.525, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -31.12 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -30.99 ..((((...[[[[......[[[[[[..[[[[....[.[[[[...........)))).....]]]].]...]]]]..]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -30.77 ((((.....((.(......).))....((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...)))).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.525, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.27 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -30.11 .........((((......((((((..((((....(.((((.......((((....)))).)))).)...))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -29.97 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]...(((((............[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.89 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........))))))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -29.84 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]]....((((......))))..((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -29.65 .........((((........((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))[[[[[[..)))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.43 ..((((((.[[[[......[[[[[[..........(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -29.41 ...(((.(...........).))).....(((((.(((.....((((..(((.(((((....)).))).)))))))...)))..))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -29.27 .........((((......((((((..((((....(((...)))....((((....))))..........))))..))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -29.13 ..((((((...........[[[[[[....{{{{{.(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))))]]]]]]..}}}}}.................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -28.87 ..((((((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))...[[[[[..))))))....((((((.]]]]].)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -28.73 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -28.47 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))........)))).....(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -28.45 New CC F-measure-avg: 0.534, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -28.74 .........((((.(((..((((((..((((......(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.805, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -28.36 .........((((.(((..((((((..((((......((((......[[[[[..........)))).....))))..))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.732, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -28.29 .........((((.(((..((((((..((((.......)))).....((((((..((......))...))))))...))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -28.17 .........((((.(((..((((((..((((......((((((....[[[[[...........))))))..))))..))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.634, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.72 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..((((.......)))).....{{{{{...((......))......))))))]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.537, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -26.92 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[..........(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -26.89 (((((..............((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.756, New CC ppv: 0.861, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -26.17 ..((((((.[[[[.[[[..[[[[[[............(((((((((..(((...))).)))..))))))..))))))]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -26.14 New CC F-measure-avg: 0.780, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG .(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -37.41 Initial sens: 0.795, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -32.95 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -39.38 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[.[[[[.{{{{{)))).]]]]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.809, New CC F-measure: 0.835, New CC Energy: -37.68 .........((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.932, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.965, New CC Energy: -37.33 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[......{{{{{)))).....]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.791, New CC F-measure: 0.782, New CC Energy: -37.14 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[....[[[[[[.[[[[......)))).]]]]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -32.36 (((((..............((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.819, New CC Energy: -32.32 ..((((...[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[................{{{{{)))).((.......))..]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -32.26 ..((((.............[[[[[[[[[[[[....[[[[[[......{{{{{)))).....]]]]]]...]]]]]]]]]]]]....}}}}}...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -32.19 New CC F-measure-avg: 0.771, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((...(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.79 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -30.49 New CC sens: 0.884, New CC ppv: 0.884, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -35.95 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -34.63 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.843, New CC Energy: -33.90 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -33.20 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -32.94 .........((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.868, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -32.75 (((((.........(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -32.05 ..(((((......))))).(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -31.79 ..(((((......))))).(((((((.((((..........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -31.75 .....((((((((.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).(((.................))).........))))))))... New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -31.71 (((((....(((((.........(((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -31.42 ((((([[[[[[[[.(((..(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))............((((....))))....]]]]]]]]... New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.488, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -31.28 .....((((((((......(((((((.((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.419, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -30.49 .........((((.(((..(((((((.((((..........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -30.17 .....((((((((......(((((((.((((..((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.372, New CC ppv: 0.432, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.34 ..(((((......))))).(((((((.((((..........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -29.21 ..(((((......)))))..(((((((((((...(.(.((((((((((((.(((....(((....)))......))).))))...)))))))).).).......((((....))))....))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.09 (((((....(((((.....(((..((...(((((((.((((...)))).)))))))..)).)))((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -28.92 .((((......((...((.(((..((...(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -28.85 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.884, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.79 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -29.66 New CC sens: 0.310, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -34.00 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -32.25 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -31.28 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -30.57 ((((......((((.......))))..[[[[[..[[[[[[[[.[[[.[[[...........)))).....]]].]]].]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -30.26 (((((.....((((.......)))).........((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.60 ..........((((.......))))....((((..(((((((.(((.(((....((..(....).))...))).))).))))))))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -29.24 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((..............[[[[..))).))).)))))))).)))))...........]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.214, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -29.14 (((((....(((((..((...(((......)))...))...((((((.((....((..(....).))...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -29.05 ((((((((((((((.......))))...(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.513, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.33 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -27.42 .....(((((((((.......))))..[[[[[.........((((((.((....((..(....).))...))))))))..)))))..]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -27.23 New CC F-measure-avg: 0.314, New CC F-measure-best: 0.659, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -29.39 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -27.82 New CC sens: 0.953, New CC ppv: 0.953, New CC F-measure: 0.953, New CC Energy: -30.94 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -30.03 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.884, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.916, New CC Energy: -28.89 .........((((.(((..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -28.82 .........((((.(((..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.837, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -28.34 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[.........(((((..........)))))..)))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -27.54 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))....]]]]]...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.699, New CC Energy: -27.42 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).....]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -27.28 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[..(((.......))).{{{{{..........)))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -27.09 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((.[[[[[......)))))))).))..)))).))))))).....)))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -26.95 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -26.47 ...((((......))))..(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.553, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -26.40 ..........((((.......))))..(((((..(((((((..(((.(((((...((.........)).))))).)))..))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -26.12 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((............)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -25.92 (((((..........((..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.825, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -25.65 ((((.....[[[[.[[[..[[[[[[[....((((((..(((.....)))..)))))).....))))..........]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.649, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.34 .........((((.(((..(((((((.((((..(((.......))).[[[[[...((.........))...)))).)))))))..))).))))..........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -25.12 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -24.91 (((((..............(((((((.((((....(((.((((((..........)))))).)))......)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -24.84 (((((.....((((.......))))..........(((.((((((..........)))))).)))((((......)))).........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -24.79 New CC F-measure-avg: 0.676, New CC F-measure-best: 0.953, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00285; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.minor; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCGUUUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -36.36 Initial sens: 0.814, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.805, Initial Energy: -36.08 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -37.91 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.907, New CC ppv: 0.975, New CC F-measure: 0.940, New CC Energy: -35.86 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.860, New CC ppv: 0.974, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -35.05 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -34.90 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -34.09 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -34.01 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((...........)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -32.65 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((....)).))))..[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -31.79 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...........)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -31.69 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -31.46 .........((((.(((..(((((((................((((..((....)).))))..((((...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -31.10 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............))))........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -31.10 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...........))))..[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -30.98 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[.((.......))...........)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -30.69 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))))))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -30.65 New CC F-measure-avg: 0.758, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00286; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.palmata; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGAAGCUGGCCACGCCCAAAGUCGUUACCCUAACCUUUUGGAGGGGGGCGCCUAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -35.52 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.690, Initial F-measure: 0.690, Initial Energy: -34.14 New CC sens: 0.881, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.881, New CC Energy: -37.98 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -35.93 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -34.54 (((((.........(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -34.08 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -34.01 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[..[[[...........((((..((....))))))))))).....]]]..]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -33.15 ...((((......))))..(((((((..(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -32.62 .((((......((((....).)))....(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.541, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -31.90 .((((((......))))..))......(((((..((((((((((((..((((..((.........)).)))).)))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -31.65 .........((((.(((..(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -31.53 .........((((.(((..(((((((........((.((((.((((..........)))).)))).)).......)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.763, New CC Energy: -31.10 (((((..............(((((((..(((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -31.09 .........((((.(((..(((((((..(((...........((((..((....))..))))........)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -31.02 .........((((.(((..(((((((..(((...........((((..((....)).)))).........)))..)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -30.97 .((((......((((....).)))....(((...((.((((.((((..........)))).)))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -30.51 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.881, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -27.07 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -21.14 New CC sens: 0.977, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.62 ((((((((((.(((.......)))...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -27.20 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.907, New CC ppv: 0.975, New CC F-measure: 0.940, New CC Energy: -26.57 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[.[[[[...........((((((....))))))..))))).....]]]].]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -25.01 (((((.....((((.......)))).........((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.60 ((((((((((((((.......)))).........((.((((.((((..((....)).)))))))).))............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -24.24 ...((((......))))..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.15 (((((.....((((.......))))..(((((..[[[[[[[[((((((....))))))..))))).............]]]]]]]].)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.11 ..........((((.......))))..(((((..((((((((.((((.((..(((((........)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.01 (((((.....((((.......))))....((((((................))))))...))))).((((.......)))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -23.97 (((((....[[[[.[[[..[[[[[[[...((((((................))))))...)))))..........]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -23.82 .((((((......))))..))(((((([[[[[..[[[[[[[[...))))))((((((........)))))).......]]]]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.244, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -23.37 ((((((((((((((.......))))..(((((..........((((((....))))))..)))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -23.27 .........((((.(((..(((((((........((.((((.((((..((....)).)))))))).)).......)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.972, New CC F-measure: 0.886, New CC Energy: -23.03 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .(((.......((((((............................................[[[[[)))))).....]]]]]....)))(((((((((....))))))))).. ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.01 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -10.12 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.43 .(((((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.65 ....((.(...((((((.......(((...(((..(((.......)))..)))....)))......))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -13.43 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 0.792, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((((..................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.82 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -14.85 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -17.73 ....((.(...((((((..(....)................(((((..........)))))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -14.73 New CC F-measure-avg: 0.694, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -14.26 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -14.87 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -17.58 .(((((.(...((((((.....(((....(((............)))...))).....))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -16.80 ...........((((((....(((....)))..........((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -15.12 New CC F-measure-avg: 0.785, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.51 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -13.86 New CC sens: 0.955, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -16.44 .(((((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -15.66 ....((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -13.44 New CC F-measure-avg: 0.885, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.39 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -16.32 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -16.32 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -15.54 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -14.03 New CC F-measure-avg: 0.918, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.37 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -17.31 New CC sens: 0.957, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.863, New CC Energy: -18.82 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -18.51 .(((((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -18.04 .(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -17.60 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -17.31 ...........((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -16.42 ....((.(...((((((..(((.....((((((................))))))......)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -15.82 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -15.76 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))...........]]]]]]...........((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -15.51 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -15.22 .....(((((.........)))))........((((((.(((..(((................))).)))..))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -15.19 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -15.05 .....((((([[[[.....)))))........((((((............................]]]]..))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -14.92 .....(((((.[[[[[[..))))).....(((((((.....................{{{{{{{{.]]]]]].............)))))))............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -14.91 .(((.(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........)))...............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -14.88 New CC F-measure-avg: 0.525, New CC F-measure-best: 0.863, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.09 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -16.09 New CC sens: 0.957, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -18.97 .(((((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -18.19 ....((.(...((((((..(((.((..(((.....................)))..))..)))..))))))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.97 ...........((((((..........(((.....(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -15.33 New CC F-measure-avg: 0.772, New CC F-measure-best: 0.880, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -10.56 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -14.43 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -17.14 .(((((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -16.36 ....((.(...(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))....).))...((((.....((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -14.14 New CC F-measure-avg: 0.738, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.77 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -31.81 New CC sens: 0.881, New CC ppv: 0.860, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -37.27 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -36.19 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -35.22 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -34.52 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.26 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.868, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -34.07 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.738, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -33.37 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((...[[[[[[[[.)))).........)))).)))))))..]]]]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -33.17 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...........)))).)))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -33.11 (((((....(((((.........(((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -32.74 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((...[[[[[[[[)))).)))).))..)))).)))))))..]]]]]]]].(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.356, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -31.79 .........((((.(((..(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -31.30 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -30.82 (((((....(((((..((......))..((((..((.((((.((((..((.....)))))).)))).))......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.425, New CC Energy: -30.62 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((............)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -30.34 .((((......((...((.(((..((....(((((((.((((...)))).)))))))..)).))).))...))..))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -30.34 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((.....))..)))).[[[[[..)))).))))))).....]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -30.20 (((((....(((((((((...........)))).........((((..((.....))..))))..((((......)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -30.00 ..(((((......))))).(((((((.((((........[[[[[[[[..((((((.....)))))).....)))).)))))))...]]]]]]]].............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.525, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -29.98 (((((....(((((..((......))..((((..........((((............))))..((((...)))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -29.90 New CC F-measure-avg: 0.600, New CC F-measure-best: 0.871, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -52.08 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -56.79 New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.849, New CC F-measure: 0.874, New CC Energy: -57.32 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.830, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -56.48 .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.980, New CC ppv: 0.925, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -56.36 ....(((((((.((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -55.32 ....(((((((((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......))))))))......))))))).. New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -54.53 ....(((((((..(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -54.21 ....((((((((((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............))))))))......))))))).. New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.620, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -54.03 .((((((((....(((((((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -53.08 .((((((((...((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -52.84 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -52.53 ...........((((((((..((((........))))......(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.612, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -52.49 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.820, New CC ppv: 0.820, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -52.45 .((((((((...((((.(((((((.............((....))...((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))....(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -52.43 .((((((((........(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.918, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -52.40 .((((((((((((.(.((((((((...............))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).....((..(((....(((((...........)))))....)))...))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -52.18 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........)))))........))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -52.12 ...........(((((((((((((...............)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -51.99 .((((((((....(((((((((((...............))))))..(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.820, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -51.69 .((((((((...((((.(((((((...............))))))).........(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -51.66 ....(((((((.((((.(((((((..((((..((((.((....))......)))).((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))..)))))))))))....(((((...........)))))........))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -50.84 New CC F-measure-avg: 0.720, New CC F-measure-best: 0.951, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -27.46 ((((((((((.................((((...((((..((..(...((((.......))))...).))))))....))))........(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -27.00 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -26.95 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))............((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -26.53 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((....))))((((....))))..)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -25.84 ((((((((((................((((((((.......))))...((((.......))))....(((((....))))))))).....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -25.44 ((((((((((.....((((((.[[[[[.((((.............))))........))))))....(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -25.36 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((...)))))(((....)))...)))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -25.33 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))...............((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -25.32 ((((((((((....................((((.......))))..(((((((..(((....))).(((((....))))).))))))).(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.239, New CC Energy: -25.20 ((((((((((.....((((((.[[[[[.((((.............))))........))))))................(((((...)))))]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -25.19 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............((((...))))(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.645, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -25.14 ((((((((((..........((......))....((((..((..(...((((.......))))...).))))))....((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -25.01 ((((((((((.....((((((.....[[[[((((.......))))............))))))....(((((....)))))]]]].....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.418, New CC Energy: -24.99 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).))..((((....))))((((.....))))............)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -24.79 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))................((((....))))((((....))))..)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -24.63 ((((((((((.....((((((...[[.[[[[((((............))))......))))))...............]]]].]].....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -24.57 New CC F-measure-avg: 0.502, New CC F-measure-best: 0.794, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).((.......((.(((((....))))).)).......))..))))))))). Energy of known structure: -24.25 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -21.24 New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -27.19 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -26.56 (((((((((......((((((.......((((.............))))........))))))...(((.......((.(((((....))))).)).......))).))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.931, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -26.33 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -26.14 (((((((((......((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -25.96 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).))..........((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.885, New CC Energy: -25.92 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -25.74 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....)))(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -25.27 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.16 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((((..........)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -25.14 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -24.99 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.441, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -24.78 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.847, New CC Energy: -24.77 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).............((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.847, New CC Energy: -24.71 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.39 (((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -24.10 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.406, New CC Energy: -24.01 (((((((((.....(((...((.(((....))).))...)))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.95 (((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -23.88 (((((((((...(((((...(....)..))))).((((((((....))).......[[[[[........)))))..((.(((((....))))).)).]]]]].....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -23.66 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.906, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((...........................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]........))).)))).)).... ....((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -11.75 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -8.53 New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -14.58 .(((((.(.....((((((......((..........................))......))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -12.97 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -12.89 .............((((((..........................................))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.69 New CC F-measure-avg: 0.516, New CC F-measure-best: 0.578, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. Energy of known structure: -9.24 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -18.50 New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -19.78 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -18.60 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -18.50 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]].}}}}}. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -18.15 ...(((([[[[(((((((((((....((......................))..)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -17.73 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -17.24 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -17.07 ...((((...((((((((................................[[[[[....)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]]....]]]]]}}}}}. New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -17.01 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New CC sens: 0.519, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -16.94 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.49 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{......)))).............]]]]}}}}}. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -16.45 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -16.24 ....((.(..((((((((((((....((......................))..)))).))))))))...).)).....(((((...)))))............. New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -16.16 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.......(((((...)))))...]]]]))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -16.13 ...(((([[[[(((((((((((................................)))).))))))).{{{{{......))))............]]]].}}}}}. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -16.10 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))(((((.(((((.......))))).....]]]]))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -15.96 ...((((...((((((((................................[[[[[....))))))))......[[[[[))))...]]]]]....]]]]]...... New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -15.65 ...((((...((((((((...........[[[[.................[[[[[....))))))))......[[[[[))))...]]]]]....]]]]]..]]]] New CC sens: 0.296, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.302, New CC Energy: -15.63 .......(((((((((((((((................................)))).))))))).[[[[[.......(((((...)))))..)))).]]]]]. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -15.61 .......(((((((((((((((................................)))).))))))).[[[[[.(((((.......)))))....)))).]]]]]. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -15.44 New CC F-measure-avg: 0.435, New CC F-measure-best: 0.694, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.67 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -16.49 New CC sens: 0.885, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.902, New CC Energy: -16.49 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -14.32 .............(((((..(((...(((...................)))..))).....)))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -12.65 New CC F-measure-avg: 0.777, New CC F-measure-best: 0.902, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(....(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))...)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.70 Initial sens: 0.703, Initial ppv: 0.722, Initial F-measure: 0.712, Initial Energy: -18.28 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -22.31 ......((((....(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...)))..)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.622, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.52 .........((((.(((...(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))...))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.730, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -20.26 ..........(((((((((.[[[[[[[.....................)))))))))]]]]]]]..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -18.78 .........((((.(((......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -18.40 .((.......))........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))..(((.......)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -18.37 New CC F-measure-avg: 0.661, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.27 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -21.91 New CC sens: 0.893, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -21.91 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -20.18 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -19.72 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -19.08 New CC F-measure-avg: 0.812, New CC F-measure-best: 0.893, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -5.11 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -12.21 New CC sens: 0.741, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -13.08 ..........((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -10.82 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..((((..........[[[[[..)))).]]]]] New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -10.42 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -9.78 ....((.(..((((((((((((.....(((..............)))..)))))...)))))))...).))..(((.......))).(((((.......))))) New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -9.26 New CC F-measure-avg: 0.565, New CC F-measure-best: 0.727, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). ....((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -30.15 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -31.87 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.883, New CC Energy: -36.00 .........((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -33.95 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -31.81 New CC F-measure-avg: 0.817, New CC F-measure-best: 0.883, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((..((((.....((.(((((.....)))))...)).))))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.70 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -23.61 New CC sens: 0.906, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -23.61 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -21.88 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.05 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.688, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -19.53 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.951, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA .(..((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))...((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.91 Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -20.45 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.978, New CC Energy: -21.05 .........(((((......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......))))...))))).((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -18.88 ...(((.(....).)))...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.805, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -18.16 ...(((((.[[[[[......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).......))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -17.93 ((.(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))..))..((((((........))))))...... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.791, New CC Energy: -17.86 ...(((((.[[[[[(((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))).))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -17.72 ...(((((.....((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.841, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.860, New CC Energy: -17.08 New CC F-measure-avg: 0.819, New CC F-measure-best: 0.978, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.............[[[[..........)))))).<<<<<]]]]..)))).]]]]]]]]]...}}}}}.>>>>>. ....((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.17 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -12.40 New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -17.30 ...........((((((((((((.......[[[)))))).{{{{{.....]]].............)))))).}}}}}..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -16.64 .(((((.(...((((((..(((((......(((.................))).......))))).))))))....).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.808, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -16.52 ...........((((((.............(((.......[[[[[.....))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -16.16 ..........(((....[[[[[[.......)))]]]]]].(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.01 ...........((((((.............(((..[[[[[..........))).............)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -15.90 ...........((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -15.30 .................((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -14.64 ...........((((((..............((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -14.62 ...........((((((.............(((.................))).............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -14.28 ...........((((((((((((..........)))))).[[[[[.....................)))))).]]]]]..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -14.17 ...........((((((((((((.......[[[))))))...........]]].............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -14.12 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -14.02 ...........((((((.............(((.[[[[..[[[[[.....))).............)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -13.90 ...........((((((.....[[[[.....((((((...[[[[[..........)))))).....)))))).]]]]]........]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -13.73 .(((.............((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))........)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.346, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -13.72 ............((((..............))))......(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.64 .................((((((..........)))))).(((((...((.(((..........))).))...)))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -13.51 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(..(((((((...(((..........((.........))......)))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -13.86 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -16.73 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -16.73 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -15.95 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -14.39 ..........(((((((((((((...........[[[[......))))))........)))))))...............((((((((((]]]])))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -14.23 New CC F-measure-avg: 0.702, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -20.20 New CC sens: 0.943, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -22.12 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -18.41 ...(((((.........)))))((((..((((..((..((....))..))..))))..))))...(((.........))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -18.12 ...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.........)))..)))....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -18.01 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -18.64 New CC sens: 0.946, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.972, New CC Energy: -19.42 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))....((((((..........))))))....... New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.754, New CC Energy: -17.62 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -17.56 .((.....)).........(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..(((((((...........[[[[[[..))))))).]]]]]]....... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -15.94 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.972, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. Energy of known structure: -15.04 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -18.59 New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -20.36 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))........((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.912, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -19.37 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))...........(((((((.......))))))). New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -17.51 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[......{{{{{{{.)))))]]]]]]]]]]]]].......}}}}}}}........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -16.90 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -16.75 ....((.(..((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...).))......((((..........))))......... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -16.51 ...(((((.........)))))((((((((((..((...........))..))))))))))...((.((......)))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -16.06 ...(((((...[[[[[.)))))((((((((((..((...........))..)))))))))).]]]]]..(((....))).........((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -15.77 .((.....)).........(((((((((((((......[[[[[[[......))))))))))))).......]]]]]]]........((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.394, New CC F-measure: 0.388, New CC Energy: -15.74 ......(((((........[[[[[[[[[[[[[..............)))))]]]]]]]]]]]]].....(((....))).......((((.[[[[[[[..)))).]]]]]]]. New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -15.73 New CC F-measure-avg: 0.552, New CC F-measure-best: 0.954, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). Energy of known structure: -33.47 Initial sens: 0.757, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.757, Initial Energy: -37.52 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -39.28 ((((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.757, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -37.91 .....(((((((....((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -36.74 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -36.57 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -35.37 ((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...))))))))))). New CC sens: 0.838, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -34.75 .....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......)))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -34.03 .....(((((......((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).))...(((((.....(((((....)))))....)))))..)))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -33.76 .....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))........ New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -32.30 .....(((((((......((((((.......((((.............))))........))))))......(((((.....(((((....)))))....)))))...)))))))..... New CC sens: 0.730, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -32.21 ((((((...((.(((.((.(((((((...((((((.............))))..))...))))))).)).))).))...))))))....(((((((.............))))))).... New CC sens: 0.216, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -31.90 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -31.77 ((((.(((((((.....((((((((...........))).))))).....((........)).........((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -31.67 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -54.79 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -58.32 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.894, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -58.60 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.956, New CC ppv: 0.956, New CC F-measure: 0.956, New CC Energy: -57.42 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -56.44 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.911, New CC F-measure: 0.911, New CC Energy: -56.22 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -53.60 (((((((((((((((.....))))))).....(((((........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -52.40 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.698, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -52.35 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -51.04 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.659, New CC Energy: -50.97 ((((((((.(((((..((((..(((((..(((..........)))....)))))..)))).)))))(((..(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..)))..)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -50.02 (((((((((((((((.....)))))))......((((.............))))........(((((....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))..)))))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.614, New CC Energy: -49.77 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.822, New CC ppv: 0.881, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -49.71 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.822, New CC ppv: 0.949, New CC F-measure: 0.881, New CC Energy: -49.49 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -49.39 ((((((((..........((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -48.51 ((((((((..........((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -48.29 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))...(((((.......((.....)).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))).))))).)))))))) New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.523, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -48.19 (((((((((((((((.....))))))).........(((....)))....((((........)))).....(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).......)))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -48.14 (((((......)))))..((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))..(((.......))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -48.09 (((((......)))))..((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......))).. New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -47.88 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 0.956, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). Energy of known structure: -37.23 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -41.05 New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.734, New CC Energy: -43.57 (((.(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -42.67 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -42.54 ....(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -41.85 ....(((((((....((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -40.95 (((.(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...)))))))))). New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -40.86 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.685, New CC Energy: -40.82 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -40.60 ....(((((((.......(((((((.....((((((.......))..)))).......)))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -39.14 (((.(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -38.91 ....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -38.88 ....(((((......((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))...(((((.....((((((((.....))))))))...)))))..)))))....... New CC sens: 0.487, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -38.87 (((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.877, New CC Energy: -38.78 ....(((((......((.(((((((.....((((((.......))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -37.88 ....(((((......((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.75 ((((((((((.....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).))....)).))))))))((((((.....)))))).((..((((.(....).)))))). New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.67 ....(((((((......((((((.......((((((.......))..))))........))))))......(((((.....((((((((.....))))))))...)))))...))))))).... New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -37.32 ....(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -37.06 (((.(((((((....((.(((((((...((((((((.......))..))))..))...))))))).)).............((((((((.....))))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -36.51 (((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -36.40 New CC F-measure-avg: 0.669, New CC F-measure-best: 0.877, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))...(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -16.37 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -24.46 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -24.59 ((((((((((((((.....(((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))..(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -24.38 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -23.56 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -22.38 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -21.27 ((((((((((((((......((((((....))...((.......)).....)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.317, New CC Energy: -21.19 ((((((((((((((.........(((....)))((((..[[[[.......))))............]]]].(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -20.70 New CC F-measure-avg: 0.588, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))))))))))).. (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]..(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -31.02 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.784, Initial F-measure: 0.806, Initial Energy: -27.88 New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -34.47 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -33.79 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.27 (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]...((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -31.28 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -31.17 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -30.13 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.63 (((((((((......(((((.......)))))......((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.58 (((((((((......(((((.......))))).......((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -29.13 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -29.08 (((((((((........((((((........))))))...(((.......)))..((((....))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -28.61 (((((((((........((((((........)))))).......((((..........))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -28.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))....(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -28.28 (((((((((........((((((........)))))).((.....(((..........)))..)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -28.24 (((((((((........((((((..[[[[[[))))))...(((.......)))....]]]]]]...((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -28.07 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -27.96 (((((((((........((((((........))))))..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).)).(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -27.80 (((((((((......(((((.......)))))..(((.........)))......((((....))))(((((....)))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -27.54 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))....(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -27.47 (((((((((......(((((.......))))).(((((((((.............((((....))))...........))))))))).......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -27.31 New CC F-measure-avg: 0.463, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).)).((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.95 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -26.33 New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -28.75 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -27.33 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -26.09 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.639, New CC Energy: -25.05 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))..((((((...............)))))).(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.74 (((((((((.................(((((.......)))))..((((............))))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -23.28 New CC F-measure-avg: 0.664, New CC F-measure-best: 0.795, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). Energy of known structure: -27.41 Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -29.91 New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -31.57 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -31.48 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -31.36 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.763, New CC Energy: -31.07 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).((((((........((((((....))))))......)))))).)))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -28.51 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.42 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -28.30 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.01 ((((((((((......((((((...((..(((((..........)))))..))....))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -26.45 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -26.33 ((((((((((........((((............))))(((.......))).....(((((((....((((...........(((((....)))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -25.93 ((((((((((....((((((((.......(((((..........)))))........)))))).))(((((.............)))))....((((((.....)))))))))))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.91 ((((((((((...................(((((..........))))).......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.81 (((.....))).....((((((.......(((((..........)))))........))))))((((((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))).)))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -25.80 ((((((((((....((((((((...((..(((((..........)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -25.34 New CC F-measure-avg: 0.659, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -24.71 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -22.64 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -26.47 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).)).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -25.97 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -25.26 (((((((((....(((((((..(((....(((............)))...)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -22.75 (((((((((......((((((..................)))))).((.(((.......))).))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -22.25 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((....((((((....))))))...)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -22.19 (((((((((..............................(((((.............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -21.79 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.........(((((.(.......)..)))))..((....))..)))))..........))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -21.74 (((((((((......(((((..(((....(((............)))...)))....)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -21.37 New CC F-measure-avg: 0.656, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -25.06 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -26.49 (((((((((....((((((((.......((((............))))......)))).)..)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).(((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -25.52 (((((((((........((((.......((((............))))......)))).......(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -24.77 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((.(((((.........((((((.((....))))))))..))))).)))))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -24.57 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -24.03 ((((((((((...((((((((.......((((............))))......)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -23.53 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((....))..........((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -23.10 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -22.92 (((((((((.........((....))..((((............))))....((((....)))).(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.62 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))..((((((((((.......))))...((....)).)))))).........)))))))))).. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -21.22 New CC F-measure-avg: 0.704, New CC F-measure-best: 0.806, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -28.53 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((((...(((....)))))))))).(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.48 New CC F-measure-avg: 0.698, New CC F-measure-best: 0.767, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............))))))).(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. Energy of known structure: -15.96 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.70 New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -21.94 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).)))))))).. New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -21.60 .(((((((((((((..........))))).........(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -21.56 .((((((((......((((((...................................))))))...((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.862, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.877, New CC Energy: -19.80 .(((((((((((((..........))))).....(((((((...((....(((((.((((......)))).)))))....)).)))))))(((...........)))..)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -19.48 ......((((.....((((((.....((......................))....))))))(((((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).)))..)))) New CC sens: 0.655, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -19.19 .(((((((((((((..........)))))...(((((((((((((.............)))))))..(((((....)))))...))))))(((...........)))..)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -19.07 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............)))))))).(((((....)))))..(((....)))..(((.....)))...)))))))).. New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -18.21 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -18.10 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...)))))))).......... New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -17.97 ....((((.(((((..........)))))))))....((((((((.............))))))))(((((((....(((...(((....)))..)))...))))))).((.....)). New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -17.89 ....((((.(((((..........))))))))).....(((((((.............)))))))((((((((....(((...(((....)))..)))...))))))))((.....)). New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -17.85 New CC F-measure-avg: 0.475, New CC F-measure-best: 0.877, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... Energy of known structure: -22.30 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -22.57 New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.848, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -23.25 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -21.72 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))......(((((((...((((....))))]]]]]]......)))))))....... New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.70 .....((((......((((((.......(((([[[[........))))........))))))))))(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -21.63 .....((((......((((((....(((((((............))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -21.60 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.48 ...............((((((....(((((((............))))..)))...))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -21.33 ....(((((..((((((((((....(((((((............))))..)))...)))))..((((...((.......)).((((....))))))))...)))))...)))))...... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -21.06 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((......((.((((((....)))).))))....)))))))))))...... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -20.80 ...............((((((.......(((([[[[........))))........))))))..(((((((......((.((((((]]]])))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -20.80 .............((((((((.......(((([[[[........))))........)))))).)).(((((......((.((((((]]]])))).))))....)))))............ New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -20.67 ...............((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..(((((((...........((((....))))]]]]]]...))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -20.64 .............((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).(((((...........((((....))))]]]]]]...)))))............ New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -20.52 .....((((......((((((.......((((............))))........))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -20.48 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{{.........]]]]]]...)))))}}}}}}...... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -20.45 .(((((.........((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))..{{{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}}}.......... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -20.45 .(((((.......((((((((.......(((([[[[[[......))))........)))))).)).{{{{{...........))))).......]]]]]]...}}}}}............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -20.44 .............((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((......((.((((((....)))).))))....))))))........... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.28 ...............((((((.......((((............))))........))))))..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -20.21 .....((((..[[[[[(((((....(((((((............))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.441, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -20.09 New CC F-measure-avg: 0.603, New CC F-measure-best: 0.836, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -26.07 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -26.81 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -27.87 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -26.90 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -26.19 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -25.18 (((((((((....(((((((...(((...(((............)))))).......)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.16 .(((((..........)))))..(((...(((............))))))....((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -24.62 .(((((..........))))).......((((............))))......((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -24.51 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -24.15 (((((((((......(((((...(((...(((............)))))).......)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.866, New CC Energy: -24.15 (((((((((.......(((....)))..((((............)))).(((.......)))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -24.04 (((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -23.93 (((((((((.......(((....)))..((((.[[[[.......))))..((.......)).]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -23.54 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -23.44 .((((((................))))))(((............))).......((.((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.19 .(((((..........)))))..((((.((((............)))).(((.......)))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))..))))..... New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.94 (((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -22.64 (((((((((....(((((((...(((...(((............)))))).......)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.41 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. Energy of known structure: -29.66 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -29.87 New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.171, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -31.95 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -31.46 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -30.75 (((((((((....(((((((....((..((((............))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -30.49 .((((((........[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]]].....)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.147, New CC ppv: 0.152, New CC F-measure: 0.149, New CC Energy: -29.89 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -29.78 (((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.289, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -29.15 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -28.79 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -28.77 (((((((((....((.(.((....)).).))((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.289, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -28.38 .((((((..(........)....))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.38 .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))((....))..(((((....)))))............ New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -28.02 (((((((((..............(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).)))...((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.77 (((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.61 (((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.51 .((((((..(........)....))))))....((((..((.....(((......)))..))))))((((.[[[[[[[[[[[[[((....))..))))...]]]]]]]]]]]]]...... New CC sens: 0.059, New CC ppv: 0.057, New CC F-measure: 0.058, New CC Energy: -27.02 (((((((((....((.(.((....)).).))..((((.........(((........)))..))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -26.97 (((((((((......(((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))))....((((.......))))]]]]]].......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.93 (((((((((.......(((....)))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -26.89 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).))).((((.......))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.67 New CC F-measure-avg: 0.539, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. Energy of known structure: -26.56 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -26.78 New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -29.01 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -27.59 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -26.79 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -25.72 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.299, New CC Energy: -25.00 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]....(((((((....))))).))......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -24.98 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))....((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -24.80 ......((((...((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -24.63 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).(((((((((((((..(((......))).......)))))))))...)))). New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -24.53 ((.....))......((((((.......((((............))))........)))))).(((((((..((((((((((..(((......))).......))))))))))))))))) New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -24.37 ((.....))....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((..((((((((((..(((......))).......))))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -24.26 ((((.(((..........))).)))).((((....(.((((....)))).).....))))...(((((((...(((((((((..(((......))).......))))))))).))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.06 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))((((((((((.....((.((.(((....))).)).))...))))))).)))..)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -23.90 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]......(((((....))))).((.....)).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.299, New CC Energy: -23.89 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]......(((((....))))).((.....)).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -23.87 ......(((((..((((((((.......((((............))))........)))))).))...)))))(((((((((..(((......))).......)))))))))........ New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -23.75 ......((((.....((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........))))))..)))).(((....)))]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -23.73 ......(((((..((((((((.......(((([[[[[[[[[...))))........)))))).))...)))))......]]]]]]]]]...(((((.........))))).......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.369, New CC Energy: -23.71 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))).)).))...)))))))......)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -23.59 (((((((((........(((((.....((((....(.((((....)))).).....)))).)))))((.(((....))).))..((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -23.50 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.853, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. ((((((((((((.((((.((((....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))....))))...)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -26.86 Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -26.98 New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.195, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -30.08 (((((((((....((.((((......((((((............))))..))......)))).)).((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -29.60 (((((((((...(((((((((.....((((((............))))..))....)))).[[[[[[)))))............((....))]]]]]]...........))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -29.30 (((((((((.................(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -28.90 (((((((((...(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -28.57 (((((((((.......(((((.....(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -27.96 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -27.88 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -27.55 ((((((((((((.((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.225, New CC Energy: -27.40 (((((((((.......((((......((((((............))))..))......))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -27.36 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.290, New CC Energy: -26.95 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........(((((.(((....))).))))).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.343, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -26.94 ((((((((....(((((.........(((((((((.(((((....))).......)).)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.225, New CC Energy: -26.90 (((((((((.......((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -26.62 (((((((((.......((........))........(((((((((.............)))))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.56 ((((((((((((.((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........)))))))).....(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -26.38 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....))((((((.....)))))).)))))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -25.93 ((((((((....(((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))))))).....(((......)))..(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -25.88 ((((((((........((........))....((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))...(((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -25.83 (((((((((.......((((((....((((((............))))..)).........))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -25.74 New CC F-measure-avg: 0.380, New CC F-measure-best: 0.725, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((............))))..)))....)))).))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). Energy of known structure: -24.01 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -24.21 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.861, New CC F-measure: 0.886, New CC Energy: -25.27 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.912, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -24.72 (((((((((..(((...(.((.((((((((((............)))).........)))))).)).)...)))...((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -23.75 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -23.71 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -23.66 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -23.03 (((((((((......(((((...(((..((((............))))..)))....))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -23.00 (((((((((......(((((........((((............)))).........))))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.83 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -22.10 (((((((((.......((......))..((((............))))((((.......))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -22.00 (((((((((.......((......))..((((.[[[[.......)))).(((.......)))]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -21.11 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -21.07 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -21.02 (((((((((.......((......))..((((............)))).(((.......))).((((..........((((((.((....))))))))...))))....))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -20.60 New CC F-measure-avg: 0.776, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). Energy of known structure: -19.27 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -27.47 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -28.98 (((((((((...((((((((........((((.[[[[.......)))).(((.......)))]]]]...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -26.27 (((((((((...((((((((........((((............))))((((.......))))..............((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -26.23 (((((((((...((((((((.............((((............(((.......)))))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -24.81 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((((((.......))))...)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -24.79 (((((((((...((((((((..((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..................]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.371, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -24.27 (((((((((...((((((((........((((.[[[[[[.....)))).(((...((..((....))....))...)))..]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -24.22 (((((((((...((((((((.....((((.............((((((((((.......))))...)).))))....[[[[[[..))))...]]]]]]...))))))))))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.405, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.73 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -23.66 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((((((.......))))...)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.51 (((((((((...((((((((..((((((....[[[[[....................)))))).................(((.((....)))))]]]]].))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -23.37 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((((((.......))))...)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -23.23 New CC F-measure-avg: 0.473, New CC F-measure-best: 0.758, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. Energy of known structure: -25.98 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -27.33 New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -29.71 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.17 (((((((((...................((((....[[[[[[[.))))............]]]]]]](((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))..))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -27.15 (((((((((....(.((((((..(((..((((............))))..)))...)))))).).(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -25.73 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((.............)))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.19 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.237, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -24.82 (((((((((...................((((............)))).................(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.31 New CC F-measure-avg: 0.594, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).))).((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. Energy of known structure: -23.42 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -24.91 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.97 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -25.00 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.829, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -24.58 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -23.54 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.921, New CC Energy: -22.53 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -22.25 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -20.91 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.963, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -20.79 New CC F-measure-avg: 0.798, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. Energy of known structure: -24.59 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -25.22 New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -27.13 ((((((..((((...(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.171, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -26.17 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -25.94 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -25.15 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -24.70 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -24.68 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -24.17 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))......((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -23.96 ......((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.645, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -23.84 ((((((.........((((((.....((((((............))))..))....))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.83 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..))))((((.....(((((.(((....))).)))))...))))......)))))).. New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -23.51 ((((((((((.....((((((.......((((............))))........))))))..)))).........(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.49 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -23.42 (((((((((((.....(((((((...((((((............)))).......))...))))))).)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.294, New CC Energy: -23.27 ((((((..........(((((((...((((((............))))..))........)))))))(((((.....(((((.(((....))).)))))...))))).....)))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -23.00 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......))))).((((((((.((((......))))......)))))))).)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -22.70 ......((((.....((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((.(((....))).)))))...)))))))......)))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.65 ((((((.........((((((.......((((............))))........))))))....((((.............))))....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -22.64 (((((((((((....((((((.....((((((............))))..))....))))))......)))))....(((......)))..(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.55 ((((((((((.....((((((.....((((((............))))..))....))))))..)))).........(((((.(((....))).))))).............)))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -22.51 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. Energy of known structure: -27.23 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -28.22 New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -29.25 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.943, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -28.50 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -27.46 (((((((((...................((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]]((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -27.24 (((((((((...(((((((...(((((.(....((((.........)).))....).)))))...))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -25.54 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.25 (((((((((.............(((((.((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]]...........)))))((....))...(((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.02 (((((((((...........((((......)))).((((((((.................))))))))((((.....((.((.(((....))))).))....))))...))))))))).. New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -24.54 (((((((((...................((((...[[[[[[[[.))))............]]]]]]]].........((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -24.46 (((((((((...(((((((((...((..((((............))))..))....))..[[[[[))))))).....(((......))).]]]]](((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -24.10 (((((((((...(((((((.........((((............))))............[[[[[))))))).....(((......))).]]]]](((.....)))...))))))))).. New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -24.03 New CC F-measure-avg: 0.627, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.((((...(((.......)))..))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -30.13 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -30.74 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -31.14 .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -30.13 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -27.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -27.45 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -26.78 .(((((.((((((....)))))).((((.......))))..((.((((...(((.......)))..)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -26.71 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.((((...(((.......)))..)))))))))).((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.754, New CC Energy: -26.52 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -26.29 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -24.93 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.((((...(((.......)))..)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.639, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -24.93 New CC F-measure-avg: 0.830, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) ....((.(.((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -43.47 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -43.17 New CC sens: 0.975, New CC ppv: 0.951, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -48.09 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.911, New CC Energy: -45.42 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))((((.......))))..........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -43.71 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -42.85 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -42.84 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]]..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -42.53 .........((((.(((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -42.31 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -41.08 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.575, New CC F-measure: 0.575, New CC Energy: -39.74 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.439, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -39.73 ..(((((..[[[[.[[[..[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]..]]].]]]].(((((((....((((....))))......))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.558, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -39.42 New CC F-measure-avg: 0.724, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -34.60 New CC sens: 0.851, New CC ppv: 0.755, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -38.04 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.851, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -37.40 ....(((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.787, New CC ppv: 0.787, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -35.84 ....(((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.787, New CC ppv: 0.755, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -35.35 .((((((((.....(((((((...(((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).).)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.648, New CC F-measure: 0.693, New CC Energy: -34.95 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.91 ((..(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....))))))).........(((((((((...))))))))).............. New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.63 .((((((((.......((.......))..(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -34.48 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]].......(((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))).. New CC sens: 0.809, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -34.47 .((((((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))..............(((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -34.42 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[..((((((((....)))))))){{{{)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]]........}}}}.((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -34.23 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))...........(((((((((...))))))))).............. New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.766, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -33.99 .(((((((((....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)...............(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -33.90 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[.[[[[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]].....]]]]]]]]...]]]]]]].............((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -33.83 .((((((((.(((.((.........)).)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))..........((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.426, New CC ppv: 0.408, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -33.38 .((((((((........((((((((..(((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))...))).(((((((.((((...........)))).))))...)))..........)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.255, New CC ppv: 0.245, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -33.32 ....(((((.....(((((((....(((((.........(((((((((....))))))))).(((((....))))).............)))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.723, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -33.08 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))....................(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.617, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.624, New CC Energy: -33.05 ....(((((((...[[[[[[[....[[[[[...[[[[[.(((((((((....)))))))))...)))))))......]]]]].......]]]]]...]]]]]]].......(((...((((...(((((((((...)))))))))..))))...))).. New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.729, New CC Energy: -33.03 .((((((((........((((((((....(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))................)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -32.99 New CC F-measure-avg: 0.660, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] Energy of known structure: -4.62 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -26.43 New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -33.57 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.........((.((((((....)))))).))..)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -31.87 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((............((((((....)))))).....)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -31.16 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -30.35 ...((((((((((((((((((......)))))................................(((((...............)))))......................))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.482, New CC Energy: -29.70 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -29.59 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).[[[[[[....))))((.......))............((((((....))))))...((....))...]]]]]] New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -28.73 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -28.65 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))..............(((((((....((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.57 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -28.28 ...((((((((((((((((((......)))))................................(((((...............)))))......................))))))))).[[[[[[....))))..(((((((((.........((.((((((....)))))).))..)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -28.00 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -27.94 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -27.91 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.........((.((((((....)))))).))..))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.89 ...((((.........(((((......))))).................(((..(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))).......[[[[[[....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))]]]]]] New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.64 .((((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))..[[[[[[....(((..........)))...........((((((....))))))..))))))).....]]]]]] New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -27.55 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(....).....))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.50 ...(((([[[[[[[[[.............{{{{{{{..........))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.(((((...)))))}}}}}}}............))))))))))))))) New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.373, New CC F-measure: 0.442, New CC Energy: -27.47 ...((((((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))[[[[[......))))..(((((((((((((((...))))))........]]]]].....)))))))))...... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -27.45 ...((((.(((...(((((((......)))))...))...)))...))))....(((........)))................((((((((((..(...(((.........)))...)))))))))))........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -27.36 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.627, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU .....(((..........(.(......).)......................................((((((((.............))))))))......))).......(((((..........((((((..((((.........((((....))))...))))..)))))))))))........ ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... 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New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -28.81 ((((((((....((((.((((........(((((((.....[[[[[[.........{{{{{.......))))))).................))))))))...)))))))).((((((..........((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))))))))....... New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -28.65 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((........................))).))))))).................))))))))...)))))))).((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -28.22 ((((((((....((((.((((........(((((((...........[[[[[....{{{{{{......))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..)))))).}}}}}}...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -28.15 ((((((((.....(((((...........)))))..................................((((((((.............))))))))......)))))))).((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... New CC sens: 0.906, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -28.10 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.[[[[[[.........{{{{{...))).))))))).................))))))))...)))))))).(((((((((.......((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))....))))))))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.173, New CC F-measure: 0.214, New CC Energy: -27.81 ((.((((.((.......))...)))).)).......................................((((((((.[[[[[[[.....))))))))..]]]]]]]......((((((..........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))))))))....... 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New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.184, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -27.52 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.......[[[[[............))).))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -26.98 ((((((((....((((.((((.(((....(((((((.(((........................))).)))))))...)))...........))))))))...)))))))).(((((((((.......((((((..(((......((.(((((....))))).)))))..))))))....))))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -26.89 ((((((((....((((.((((........(((((((.(((.[[[[[[[[[[[....{{{{{...))).))))))).................))))))))...))))))))...]]]]].........((((((............]]]]]].....}}}}}........))))))............. 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Energy of known structure: -25.19 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.559, Initial F-measure: 0.576, Initial Energy: -28.58 New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -28.86 ...(((((..(((((....)))))...)))))..((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.43 .........((((((....)))))).........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -26.18 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -26.08 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. 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Energy of known structure: -20.95 Initial sens: 0.742, Initial ppv: 0.697, Initial F-measure: 0.719, Initial Energy: -21.00 New CC sens: 0.516, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -21.74 .........((((((....)))))).........((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.516, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.39 .......((((((....))))))...........((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -21.29 ....((((..(((((....)))))...))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -21.28 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. 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New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -19.04 New CC F-measure-avg: 0.645, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00792; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M26526.1/755-655; ORGANISM=NULL GCCUGUACUAGUUGGCUGACUAGACCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGGAGUUCCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -23.27 Initial sens: 0.938, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -23.42 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -23.93 (((..........)))...(((((......)))))(((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -22.62 ............((((((....((((((...((.(((((((.......)))))).).))..))).)))..))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -22.46 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....))))).........))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -21.78 .............(((((.(((((......))))))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -21.19 (((..........)))...(((((......))))).....(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.84 (((..........)))...(((((......)))))((((((.......)))))).......(((.........)))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -20.52 ............((((((.(((((......))))).(((((((......((((....)))))))))))..))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -20.03 ............((((((.(((((......)))))((((((.......))))))................))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -20.03 ............((((((.(((((......))))).............(((((....)))))........))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -19.75 .......((((((....))))))(((..........))).(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -19.66 .......(((...(((((.(((((......))))))))))...)))..(((((....)))))((.........))....((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -19.64 .......((((((....))))))...........((((..........(((((....)))))((.....))..))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -19.17 New CC F-measure-avg: 0.583, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00794; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M93134.1/374-274; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUAGAACUGACGAGUUCGGGAUACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -25.13 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -24.81 New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -25.85 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -25.73 ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.13 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -25.12 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -25.01 .........(((((([[[[)))))).........((((..(((.((((............]]]]..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -24.81 .........((((((....)))))).........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -24.74 ((((((...((((((....))))))..[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -24.22 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -24.02 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))........(((((....))))).]]]]]]..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.603, New CC Energy: -23.69 (((.((.(((...(((((.((((........))))))).)).....))).)).)))....(((((...)))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -23.63 ............((((((.........((((((..(((((.(((..........))).))))))))))).))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -23.60 ((((((...((((((....))))))..[[[[[[.))))))........(((((....))))).]]]]]]..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.413, New CC Energy: -22.79 .......((((((....))))))....((((((.........[[[[[.(((((....))))).))))))...]]]]]..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -22.52 .......((((((....)))))).((((.......))))...(((((.(((((....))))).((....)).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -22.49 ...............((((...............[[[[..[[[.[[[[............))))..]]]]]]]]]]]..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -22.45 .............(((((.((((........))))))).)).(((((.(((((....))))).((....)).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -22.45 .............(((((.((((........))))))).)).(((((.(((((....)))))(((...))).)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.433, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -22.45 ............((((((.........((((((.(((....)))....(((((....))))).)))))).))))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -22.33 .......((((((....))))))....((((((..(((((.(((..........))).)))))))))))..........((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -22.31 New CC F-measure-avg: 0.590, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..((((((((....)))))).)). .......((((((....)))))).((((......(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}} .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) Energy of known structure: -18.48 Initial sens: 0.548, Initial ppv: 0.515, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -17.59 New CC sens: 0.935, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.935, New CC Energy: -21.42 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).)))))).(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.871, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.885, New CC Energy: -20.21 .......((((((....))))))...........((((((........(((((....)))))........)))))).(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -19.79 .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...)))))))))))....((((((....)))))).... New CC sens: 0.871, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.915, New CC Energy: -18.38 ...................((((((....))))))((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))..(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -18.03 .......((((((....))))))............(((((([[.[[[[))))))...........]]]]]]......(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -17.46 .............((((..((((((....)))))).)))).((.(((((((((....)))))...))))))......(((((((((....)))))).))) New CC sens: 0.613, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -17.45 .......((((((....))))))...........(((((..((.((((((((([[[[)))))...))))))))))).(((........]]]].....))) New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -17.30 .......((((((....)))))).((((......(((((..((.((((((((([[[[)))))...))))))))))).{{{........]]]].))))}}} New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -17.30 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))...)))).))))))....((((((....)))))).... New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -17.17 New CC F-measure-avg: 0.792, New CC F-measure-best: 0.935, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..(..(((....)))..)..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.(((.(((((((....)))))))..)))..))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -21.05 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -24.78 New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.540, New CC Energy: -25.24 ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.78 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((...(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -23.34 ....((((.((..(((......)))))))))...((((.((.....(((((((....))))))).......))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -22.76 (((((..((((..(((......)))......)))))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -22.02 ((((((.......(((......))).........))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -21.97 ....((((.((..(((......)))))))))...((((........(((((((....))))))).........))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -21.93 ....((((.((..(((......)))))))))...((((......(((((((((....)))))....))))...))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -21.43 ((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -21.36 ....((((.((..(((......))))))))).((((......(((.(((((((....)))))))..)))...))))...((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.433, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.12 New CC F-measure-avg: 0.581, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... ((((((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... Energy of known structure: -22.64 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -25.27 New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.121, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -27.10 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.80 ....((((((((((((.....)))).))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.219, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -25.33 (((((((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.127, New CC Energy: -24.69 ....(((((((((............)))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -24.47 ((((((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.42 ....(((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).))(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.39 ....(((((((((............)))))))))..((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.15 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....))))))))).......... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -23.92 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((((((.(((........))).)))...))..)))))).))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -23.56 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((.(((.(((........))).))).........((((((((....))))))))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.25 (((((((((((((((....))).(((((...((((((..(((.(((........))).))).......)))))).))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -22.73 ((((....(((((((....)))))))..........((.(((.(((........))).))).)).....(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.121, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.131, New CC Energy: -22.36 ....(((.(((((((....))))))).)))..((((((...)))))).................(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.33 ........(((((((....)))))))........((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.237, New CC Energy: -22.33 (((((((((((((............)))))))))((((..(.(((....)))..).)))).........(((((((((....)))))))))..)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -22.01 ((((((((((((.........(((((..((((((......))).))).....)))))(((................)))......)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.305, New CC Energy: -21.71 New CC F-measure-avg: 0.157, New CC F-measure-best: 0.349, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -22.83 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -24.91 New CC sens: 0.974, New CC ppv: 0.949, New CC F-measure: 0.961, New CC Energy: -24.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -23.58 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -22.42 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))............(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -22.27 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -22.25 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.479, New CC Energy: -21.77 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -21.59 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))..(((((...................)))))..)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -21.51 ..((((((((.....(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))......)))))))).... New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -21.32 ((((((((((((((.(((((..((((((............((((....(((....)))....)))).........))))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -21.17 ((((((((((((((((((.((...(((.......)))...))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -21.02 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))(((.......)))......)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -20.93 ((((((((((((((.........((((.......))))(((((....))))).(((...(((..(((((.......))))).)))....))).)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -20.83 ((((((((((((((((((.....((((.......))))......))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.37 ((((((((((((((.(((((..[[[[[[..........(((((....)))))...)))))...............]]]]]]............)))))))))))))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -20.10 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))........(((((...[[[[[......)))))........]]]]]..)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -20.01 ..((((((((.....(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.132, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.147, New CC Energy: -19.99 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.961, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)))..))))..)))))))))......... Energy of known structure: -30.19 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -32.54 New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -33.23 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).)).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.914, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -32.96 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -31.52 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -30.56 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.53 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.47 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -30.17 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).))).[[[[...))))))))).]]]].... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.84 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -29.63 ((((((((((((((((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).)))..))))..)))))))))......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -29.41 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.83 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.77 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[[..)))))))))....]]]]] New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -28.47 (((((((((.......((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....[[[[...))))))))).]]]].... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -28.14 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -27.70 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((..(((.......)))))))) New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -27.25 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....(((((...((....))...))))). New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -26.74 (((((((((((((...((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -26.74 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.71 (((((((((....(((((((((...........((((..(.(((....)))..).))))..........)))))).))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -26.65 New CC F-measure-avg: 0.742, New CC F-measure-best: 0.928, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... Energy of known structure: -27.45 Initial sens: 0.843, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -47.34 New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -48.62 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.820, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -48.26 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -45.75 .........((((((..((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -45.39 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -45.05 ((((.....((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -44.69 ((((.....((((((..((((..............(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -42.80 ((((.....((((((..((((.......(((((((((....(((((.((((....)))).))))).((((.......))))..(((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))))))........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.549, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -42.55 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))............))))))..)))).... New CC sens: 0.784, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -42.25 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -42.18 ((((.....((((((..........(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))............))))))..)))).... New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.891, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -41.89 .........((((((..((((....(((((((((.(((((....(((((((....))..)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))....)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -41.82 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -41.46 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))(((((((((((((((....(((.......(((........)))......(((....))).)))..))))))).)))))))).........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -41.43 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).)))....))))............)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -41.12 ((((.....((((((..((((........(((...(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))....))).(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))...............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.627, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -40.93 ((((.....((((((..((((.....(((((((........)))))))((((((((((..((((..((((.......)))).)))).((.(((....(((....)))....))).))..)))))))))).........))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.255, New CC ppv: 0.277, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -40.78 ((((.............((((....(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).)))....))))............)))).... New CC sens: 0.686, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -40.76 ((((.....((((((..((((.....(((((((..[[[[[.)))))))(((....)))........]]]]]......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))............))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -40.57 ((((.....((((((..((((....(((((((((((((.........))))...(((((((((..(((.((........)).))).......((...(((....)))..))..)))))))))..)))))).)))....))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -40.11 New CC F-measure-avg: 0.644, New CC F-measure-best: 0.845, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).))))...))))..))))))))))........ Energy of known structure: -30.31 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -32.85 New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.817, New CC Energy: -33.79 ((((((((((..(((((((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -33.08 ((((((((((..((((.(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -32.71 ((((((((((..((((((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -31.63 ((((((((((.....((((.(((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -30.55 ((((((((((......((((.(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -29.83 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((...(.(((....)))..).(((...(((.....)))...)))))))))..))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.479, New CC Energy: -29.54 ((((((((((......(((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)))..)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -29.12 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.896, New CC Energy: -28.60 ((((((((((..((((...((((((.......))))))((((((....(((((.......((.......))........)))))..))))))..))))..))))))))))........ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.412, New CC Energy: -28.54 ((((((((((..((((.(((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...........)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.914, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -28.29 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))...(((....)))....(((...(((.....)))...))))))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -28.11 ((((((((((..((((((((.(((................(((((..(.(((....)))..).((....)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -27.95 ((((((((((..((((((((.(((.................((((..(.(((....)))..).))))..(((.....)))...))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -27.94 ((((((((((..((((..((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))(((....))).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -27.81 ((((((((((......((((.(((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........))).)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -27.67 ((((((((((..((((((((.(((......(((..........)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -27.55 ((((((((((..((((((((.(((................(((((....(((....))).((.......)).......)))))))).))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -27.43 ((((((((((..((((.(((((.((((...............))))..(((((.......((.......))........)))))..)))))...))))..))))))))))........ New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -27.09 New CC F-measure-avg: 0.700, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ 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New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -29.95 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -29.94 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -29.46 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)))..[[[[[..))))))))]]]]]... New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -28.92 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((..((((...((...((....))...)))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.91 ((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -27.66 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....))))...............)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.484, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((((..((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))........))))))...))))))))........ New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -27.42 ((((((((.....(((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).))).[[[[....)))))))).]]]]... New CC sens: 0.710, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -27.40 ((((((((.((((...(((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))..........)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -27.29 .(((((....))))).(((((............((((..[[[[[[[..[[[[[..))))[[[[[..........)))))]]]]]]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.129, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -27.22 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((...(((....)))..))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.18 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((..(((....)))...))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.07 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((...(((....)))..)))))]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -26.60 ((((((((((((((...................((((....(((....)))....)))).......(((....))).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -26.55 ((((((((.((((...((((...((((....))))))))..(((....))).(((...........)))..........))))...))))))))........ New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -26.52 .(((((....)))))..................((((..[[[[[[[..[[[[[..))))(((((..(((....)))...)))))]]]]]...]]]]]]]... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -26.49 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.949, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ Energy of known structure: -25.36 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -21.62 New CC sens: 0.939, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.969, New CC Energy: -25.84 ((((((((.((((((..((((..........(((....))).((....))..))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -23.69 ((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -23.45 ((((((((.((((((.(((((((.((((...(((....)))......)))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -22.91 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.78 ((((((((.((((((.(((((((.......(((((...........))))).(((...........))))))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -22.47 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.469, New CC Energy: -21.60 ((((((((.((((((..((((....((....(((....)))...))...)))).((((........))))........))))))..))))))))........ New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -21.35 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.969, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... (((((((.(((.((.((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).)).)))(((((.......))))).....)))))))....... Energy of known structure: -22.46 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -22.16 New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.219, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -24.73 ((((((((.((((((((((.(...((((...((((((....)))))))))).).)))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -24.01 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((....))..))))...)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -22.84 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((....))..))))........))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -22.32 ((((((((.(((((((((......)))......((((..(.(((....)))..).))))....((((......)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -21.68 ......(((((....(((......)))..(((((((((((.(((....)))((((.((....))..)))).....))))).))))))..)))))....... New CC sens: 0.091, New CC ppv: 0.107, New CC F-measure: 0.098, New CC Energy: -21.27 ((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -20.84 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......))))).....)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -20.52 ((((((((((.....)))....(((((....((((((....)))))).(((((((.((....))..))))...))).))))).....)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -20.36 ((((((((.......(((......)))....((((((....)))))).........((((...((((......))))...))))..))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -20.20 ((((((((((.....)))......((((...((((((....)))))))))).....((((...((((......))))...))))...)))))))....... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -20.12 ((((((((.......(((......)))........(((((((((....)))((((.((....))..))))....))))))......))))))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -19.91 ((((((((.((....)).....(((((....((((((....))))))....((((.((....))..)))).......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -19.80 (((((((((((.((.((((...[[[[[....((((((....)))))).......)))).)).)))............]]]]]....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -19.79 New CC F-measure-avg: 0.315, New CC F-measure-best: 0.677, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))..))))))....... Energy of known structure: -26.98 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -30.25 New CC sens: 0.406, New CC ppv: 0.433, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -32.40 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...((((.((((...)))).).)))))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -30.69 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -30.21 ((((((((((((((((.....)))).))))))..((((.((((((....)))......))).....)))).(((((((....)))))))..))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -29.96 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((....(((((((....)))))))...)))..))))))) 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New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -27.52 New CC F-measure-avg: 0.286, New CC F-measure-best: 0.508, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) Energy of known structure: -33.86 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -31.73 New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -35.47 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -31.39 (((((((((((((((.(((.((...(............)...)).)))(((....))).....(((((((..........)))))))......))))))))))))))) New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.77 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -30.13 (((((((((((((((((((.((...(............)...)).))))......(((((((.((((....)))).)))...)))).......))))))))))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.441, New CC Energy: -29.25 (((((((((((((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -29.11 (((((((((((((((..((((((.................((....))(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -29.00 (((((((((((((((..............((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))(((.(((...)))..))).))))))))))))))) New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -28.76 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). 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New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -42.59 ((((((((..(((((.((((.((((........))))))))..))))).(((.......))).((((((...(((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...))))))))).....)))))))) New CC sens: 0.123, New CC ppv: 0.123, New CC F-measure: 0.123, New CC Energy: -42.58 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))........................)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -42.09 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -41.79 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]](((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -41.57 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.456, New CC ppv: 0.456, New CC F-measure: 0.456, New CC Energy: -41.44 ((((((((........((((.((((........))))))))...(((((......((((((...(((....)))..))))))...)))))..(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.288, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -41.28 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -41.09 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -40.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((............(((.(((.........))).))).....)))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -40.33 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..)))))).(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New CC sens: 0.456, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -40.15 ..((((((((.......)))..)))))..............(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....)))).............))))))))).......... New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.155, New CC Energy: -39.97 ((((((((...(((((...)))))...(((((((...........)))))))...((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............))))))......)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -39.91 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -39.77 (((((...........[[[[.[[[[..))))).]]]]]]]]......(((((((.((((((...(((....)))..))))))..........(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..)))))))))).((((((.............)))))).......))))))) New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.148, New CC Energy: -39.61 ..((((((((.......)))..)))))(((((((...........)))))))...((..(((((((((...((((...((((...((((...(((((((.....(((....(((.(((.........))).)))..))))))))))....))))...))))...)))))))))......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -39.45 ((((((((.((((((.((((.((((........))))))))..))))))......((((((...(((....)))..))))))..........(.(((((...((((.((...(((......)))..))))))...)))))).(((((...))))).......................)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.451, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -39.42 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((...((((((((((....))))))...))))......)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.404, New CC Energy: -39.42 New CC F-measure-avg: 0.284, New CC F-measure-best: 0.468, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19