> SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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Energy of known structure: -82.19 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -122.20 New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.504, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -124.44 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).(((((((..(((..((((((.(.((..........)).)))))))....)))(((((..((...(....((......))...)...))...)))))..))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))..(.((((((((....)))))))).).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. 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New CC sens: 0.598, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -116.97 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...))))))))))))).((((..((.....(((........)))..)).((((((...))))))...)))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.582, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -116.90 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...)))))))).....[[[[[...((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -116.86 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....((((.......))))....)..((((((((...))))))))((((...))))..((......)).......((((.(((((.((((((........))))))....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).))))).))))....((((((((....)))))))).........))))))))...............(((((...........)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.551, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -116.80 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.((......)).((((((((...)))))))))))))[[[[[...((......))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).))))....((((((((....)))))))).........)))))))).......]]]]]...(((((...........)))))......)))))))))).. 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New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -115.69 New CC F-measure-avg: 0.554, New CC F-measure-best: 0.627, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...[[[[...[[[[[[[.))))).))))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). Energy of known structure: -14.05 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -19.39 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.633, New CC Energy: -23.70 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((.((....)).)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -21.36 ((((((((.(((((((((..[[[[[...{{{{{{{.))))).))))))))))))..........]]]]].........}}}}}}}....((((..........)))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -20.84 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))...........(((((((.......(((.........))).....))))))).. New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -20.64 ((((((((((...........[[[[...[[[[[[[.........))))))))))..........((((((((......]]]]]]]....]]]]......)))))))). 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New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -16.52 New CC F-measure-avg: 0.488, New CC F-measure-best: 0.731, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))))).........)))))))))))).. Energy of known structure: -32.59 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -48.31 New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -54.42 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[....((((........))))...((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]]]...]]]]]].........]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.446, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -54.17 ...((((.....)))).((((((((((((((((((((((((((((...........((.(((((..((((((.(...((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...)))))))..)))))))..((((......))))..))))))))))...)))).........)))))))))))))).. 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New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -50.03 New CC F-measure-avg: 0.429, New CC F-measure-best: 0.561, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -21.56 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -24.17 New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -24.17 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -22.97 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -22.34 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -21.99 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -21.94 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -21.16 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -21.00 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.697, New CC Energy: -20.96 .(((........)))((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -20.81 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -20.80 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -20.75 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -20.45 .(((........)))..(((((..(((((((((...)))))))))(((..((...(((.....(((.((((.......)))).)))))).)))))....))))). New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -20.45 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -20.40 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -20.18 .(((........)))((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -20.18 ..((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -20.02 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -20.01 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........))))....((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -19.91 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......))))......((((.....)))).... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.964, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -19.86 New CC F-measure-avg: 0.626, New CC F-measure-best: 0.871, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -41.01 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.738, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -40.93 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -40.80 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))............((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -40.68 ....(((((..((..((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...)).)))))...(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.386, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -40.63 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).))))))))))...((((((.....(((((((((...)))))))))))))..)).........((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.534, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -40.58 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -40.45 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -40.02 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((.......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).)))).........))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -39.87 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -39.67 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).)))))))))).....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.414, New CC ppv: 0.518, New CC F-measure: 0.460, New CC Energy: -39.59 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))........(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.603, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -39.56 ((((.(((((.....))))).)))).........(((...((((........))))))).((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -39.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).))))...((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).................((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -39.51 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))((((..........))))..((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -39.42 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((..((((........))))....((((((......))))))((((..........))))..((((....)))).((.((((.......)))).)).(((((((((...))))))))).(((..............))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -39.36 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((...(((...((((....)))))))....)))....((((.....(((((((((...)))))))))))))..((..........))..((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -39.32 ...............((((((((((.........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.............)))).)))))))))).....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.496, New CC Energy: -39.31 New CC F-measure-avg: 0.593, New CC F-measure-best: 0.718, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -7.99 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.514, Initial F-measure: 0.468, Initial Energy: -19.75 New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -22.16 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -21.59 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -21.27 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -20.70 (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.75 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -19.65 .((((((((([[[[..........)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.64 ...(((((((..............)))))))..((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -19.47 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.38 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.25 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]].....((((.....}}}}}}..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -19.08 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -19.08 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -19.00 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -18.94 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.79 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................)))))))))))).....(((((((....)))...))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -18.67 (((((((((.[[[[.)))))))))..................((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.56 ...(((((((..............)))))))..((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]..............}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -18.49 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((((.....]]]]]]..))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.43 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]..............}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -18.40 New CC F-measure-avg: 0.568, New CC F-measure-best: 0.795, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). 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New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -41.28 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.807, New CC ppv: 0.836, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -40.86 (((((.....(((...((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....)))).))........((((......))))......)))((......))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -40.79 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.540, New CC Energy: -40.57 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.648, New CC Energy: -40.27 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.653, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -40.16 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.737, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -40.15 (((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -40.00 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).((...((((((...(...((..((((......)))).))...)..)))..)))))....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.754, New CC ppv: 0.843, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -39.58 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -39.56 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -39.45 (((((.........((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...(((....((((................))))......))))))).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -38.99 (((((....((((.....(((((.....))))).))))....((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......))).....)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.644, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -38.88 .((((.....))))......((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))..........((.......(((((.(((...))).)))))........)).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.551, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -38.76 .((((.....))))....((((((...))))))..(((((..((((....))))....(((..........)))...(((....((((................))))......)))..))))).....((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -38.56 (((((...............(((.....)))(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -38.43 (((((...............((((..........((((....((((....))))....))))........))))...(((....((((................))))......))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.608, New CC Energy: -38.37 (((((....(((.........)))....((((((((((....((((....))))....)))).((.......)).....................)))))).......((......))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -38.18 New CC F-measure-avg: 0.616, New CC F-measure-best: 0.821, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. 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New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -33.83 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -33.77 .((((((........)))))).(((((....((((((...[[[[[...{{{{{.)))))).........{{{{{{{{{{...........]]]]]...))))).....}}}}}}}}}}...}}}}}.............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.339, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -33.66 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((......(((...((......))..)))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.566, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -33.27 ((((((.......[[[[((((((....)))))).......(((((...[[[[[................[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -33.23 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]].............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -33.18 ((((((.......[[[[..((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.475, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.98 .((((((........))))))......((((((((((....)))))..[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))..)))))......]]]]]]]]]]...]]]]].............(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -32.97 ((((((.......[[[[((((((....))))))((((....))))...[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]..]]]].......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.528, New CC ppv: 0.475, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.95 .............((((..((((....))))((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.92 .............((((((((((....))))))((((....))))...(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.89 .............((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((................((((((((((..((..(((.........)))....))..))))))))))...)))))..)))).......(((((((....[[[[.....[[[[[[.[[.))))))).]]]]]]]].....]]]]. New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.547, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -32.77 .((((.....(((((((.(((((....)))))(((((....)))))..(((((..(((.........)))(((((((((..((..(((.........)))....))..)))))))))....)))))..))))...))).....))))...((((.....((((((.((.........)))))))).....)))). 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New CC sens: 0.547, New CC ppv: 0.527, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -32.39 New CC F-measure-avg: 0.462, New CC F-measure-best: 0.593, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.510, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -49.32 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -48.66 (((((........((((((((((.....))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......)))))))))))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -48.62 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -48.36 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -48.15 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))......((((....))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -47.27 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).................((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.347, New CC F-measure: 0.330, New CC Energy: -47.17 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.248, New CC Energy: -46.96 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......))).....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -46.64 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))((..........)).((((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -46.51 (((((.....((.((...(((((.....)))))...))))..(((..........)))..........((((.((((.......))))))))((......))....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.612, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -46.49 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.077, New CC F-measure: 0.075, New CC Energy: -46.00 ((((....)))).((...(((((.....)))))...))....((((((.....[[[[[[[........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......[[[[[[..........))))))..]]]]]]......]]]]]]]..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.352, New CC ppv: 0.358, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -45.89 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).((.......))..........((((.((((.......))))))))((......))....)))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -45.85 (((((.....((.((...(((((.....)))))...))))..[[[[[[.....{{{{{{{.(((....((((.((((.......))))))))......))).....)))))............((((((..........]]]]]]..))))))......}}}}}}}..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.426, New CC ppv: 0.442, New CC F-measure: 0.434, New CC Energy: -45.69 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((............(((((((...((((.....(((..........)))......)))).....(((..((......)).))).)))))))..........)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.354, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -44.98 (((((........((((((((((.....))))).((((....)))).((.......))...(((....((((.((((.......))))))))......)))))))))))))............((((((.....((((...))))..))))))(((.......)))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.648, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -44.91 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).................((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.082, New CC F-measure: 0.078, New CC Energy: -44.81 New CC F-measure-avg: 0.426, New CC F-measure-best: 0.722, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). Energy of known structure: -31.90 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -29.22 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -38.25 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.787, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -37.14 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -36.96 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))........((((.....)))).((((....))))..))))).. New CC sens: 0.646, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -36.81 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -36.70 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -36.66 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))............[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.809, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -36.09 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.646, New CC ppv: 0.689, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -35.85 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))(((..(((...((((.....))))...)))....)))..))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.681, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -35.74 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.))))))).((((..((((...)))).......))))....]]]]]((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -35.74 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....[[[[[...)))))))(((((..((((...))))))))).......]]]]]...((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.938, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.918, New CC Energy: -35.46 ...........((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((...(...((((((..((((...))))))))))....)....)))))((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -35.38 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -35.27 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))...(((....(((((.....(...((((((..((((...))))))))))...)..))))).....)))...((((.....))))(((((....))))).))))).. New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -35.22 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......[[[[[.......((((((..((((...))))))))))....))))).((((........))))....]]]]](((((....)))))........ New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -35.21 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((.......((((((..((((...)))))))))).........)))))........((((.....))))(((((....))))).))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -35.05 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))............[[[[[.)))))))(((((..((((...)))))))))..........]]]]]........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -34.98 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...)))))))))).....(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -34.88 ..(((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))....))))).....((((....((((.....)))).((((....))))....)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -34.86 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..((((...)))))))))......(((((......(((...((((.....))))...)))...)))))........ New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -34.84 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.918, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -38.65 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -43.02 New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -44.12 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.849, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -43.52 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -43.19 .(((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -41.66 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -41.53 ....((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).)))...((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -40.95 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -40.77 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.839, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.913, New CC Energy: -39.68 .(((((((((.((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -39.29 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.894, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -38.53 .....((((((((................))))))))..(((((....(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).(((((((((((....))).))))))))..)))))...(((((((((((........)))))).))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.528, New CC Energy: -38.47 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.736, New CC Energy: -38.40 ........((((((((...(((..(((((...))))).)))....(((.........)))))))))))...(....).((((...........))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.521, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -37.88 .....((((((((................))))))))....((((...(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))...))))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -37.84 .(((((((((..............(((((...))))).(((....(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -37.76 ...........((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -37.31 ......(((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...))))....[[[[[[..((((((.......))))))..)))))....]]]]]]........... New CC sens: 0.446, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -37.02 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -37.02 ((((((((((.((((((..(((..(((((...))))).))).)))))).((.(((((.(((.....)))))))).))..........))).))).))))......(((((...[[[[[[..((((((.......))))))...)))))...]]]]]]........... New CC sens: 0.536, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -37.00 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((...........)))).((((...)))).)))))).....((((((.......))))))((((((........))))))........ New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.608, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -37.00 New CC F-measure-avg: 0.719, New CC F-measure-best: 0.913, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... Energy of known structure: -24.24 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -45.09 New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.373, New CC F-measure: 0.388, New CC Energy: -47.01 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.347, New CC Energy: -45.70 ...........((((((..(((((((.....))))))).)))))).....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -45.63 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -44.34 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -44.06 ..(((.(((..((((((..(((((((.....))))))).)))))).(((((((..((......)).))))).))................)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.447, New CC Energy: -44.05 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -44.04 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.380, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -43.75 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..(((.....)))..... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.449, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -43.54 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.277, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -43.42 ..((((((...[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((..((......)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.277, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -43.28 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -43.24 ...((((((.(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.68 ....(((((((((.(((.......))).))))))))).....((.(((...............))).)).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.68 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((....((....)).)))))(((((((((............))))))))).((((((...((((((((.(((..((((.......)))).)))))))....))))..))))))...... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -42.44 ..((((((..(((.(((.......))).)))))))))...((((.(((...............))).))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -42.37 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))((((((((((((((((..((......)).))))).))))..........)).)))))....(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))(.(......).)...... New CC sens: 0.213, New CC ppv: 0.204, New CC F-measure: 0.208, New CC Energy: -42.13 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]]...(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.234, New CC ppv: 0.212, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -42.11 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...........(((((....((....)).)))))((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))..... New CC sens: 0.106, New CC ppv: 0.100, New CC F-measure: 0.103, New CC Energy: -42.10 ...((((((..[[[[[[..((........))))))))..]]]]]].....(((..((......)).))).(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.234, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.224, New CC Energy: -42.04 New CC F-measure-avg: 0.267, New CC F-measure-best: 0.463, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -29.95 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -29.86 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -29.48 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...))))...........(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.851, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -29.39 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -29.22 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.837, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -28.75 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -27.94 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))))))))................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -27.55 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....)))).((((((............)))))).(((...(..........)...)))... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -27.43 .(((((.....((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....)))))))))))..................(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -27.41 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -27.32 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -27.19 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....))))))........(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.634, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.11 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))............(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -26.96 ....((((...((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).............))))((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.580, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -26.93 ...........((((((..(((((((....))))))).)))))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....))))))....((((.........))))..(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -26.80 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))(((.........))).((((((.....)))))).....................(((((.((((((((.....))))).))).)))..)). New CC sens: 0.540, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.587, New CC Energy: -26.69 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))......(((.((...((((((.....))))))...)).)))..............(((.((((((((.....))))).))).)))..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -26.49 New CC F-measure-avg: 0.667, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ Energy of known structure: -48.07 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -41.32 New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -49.63 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.661, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -49.58 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.726, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -48.31 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -48.26 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.661, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.713, New CC Energy: -47.65 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.887, New CC F-measure: 0.817, New CC Energy: -47.18 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -47.00 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......))))).(((.......)))........(((((((((((................)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -46.33 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.726, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -45.86 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[....[[[[[[[.......)))))))]]]]]]].......(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -45.86 .((((((((......))))))))((((((....(((((.[[[[[[))))).....)))))).......]]]]]]..(((((((....(((((((..............))))))).((....(((((((((((................)))))))))))....))..)))))))...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -45.68 .((((((((......))))))))..........(((((.[[[[[[)))))..(((.....))).....]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.721, New CC Energy: -45.65 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]].........(((((.......))))).(((.......)))..((....(((((((((((................)))))))))))....))............... 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New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -45.26 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -45.21 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..(((.....))).....]]]]]].........(((((.......))))).)))))))...(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.607, New CC Energy: -45.09 .((((((((......))))))))((((((((..(((((.[[[[[[)))))..)).)))))).......]]]]]]..((((((.(((((.......))))).))))))....((....))...(((((((.(((((.(((.((((....))))))).))))).........))))))).... New CC sens: 0.597, New CC ppv: 0.627, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -45.03 .((((((((......))))))))(((((((...(((((.[[[[[[)))))..{{{{{{{.........]]]]]]..[[[[[[[(((((.......))))).)))))))...((....))...(((((((((((.}}}}}}}........)))))))))))........]]]]]]]...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -44.97 New CC F-measure-avg: 0.674, New CC F-measure-best: 0.817, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.746, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -50.59 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -49.69 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -49.48 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -49.32 .(((((((((((.(.........).)))))))).))).(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.717, New CC ppv: 0.729, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -49.26 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))((((((....)))))).((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -48.88 .(((((((((((.............)))))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -48.60 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.717, New CC ppv: 0.782, New CC F-measure: 0.748, New CC Energy: -47.99 ((((((((((((.(.........).)))))))......(((((((........))))))).)))))..((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.610, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -47.94 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))........((((((.....((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -47.74 (((((........))))).........(((((((((..(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))..(((...((((....))))..)))...))))))))).......(((.......))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -47.06 .(((((((((((.............)))))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -47.06 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........)))))))........((((((.........((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -46.20 .....((((((((((.((.......))..)).......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))(((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))............))))))))(((((((((.....))))))))).(((.......))).... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -45.78 (((((........))))).........(((((((((..(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..))))))))).(((...((((....))))..)))...))))))))).......(((.......))).... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -45.66 ...(((((((((.........))))....((((...(.(((((((........))))))).)......))))....)))))..((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -44.47 .....((((((((((.((.......))..)).......(((((((........))))))).....(((((((....)))))))((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))...........))))))))(((((((((.....))))))))).(((.......))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.555, New CC Energy: -44.45 .(((((((((((.(.........).)))))))).))).(((((((........))))))).(((((((((((....)))))..(((.((.(((((((((((....))))))))).)).))..))).....))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.517, New CC ppv: 0.534, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -43.95 ...(((((((((.((.((.......))..)).))))..(((((((........))))))).((....)).......)))))..((((((((((((((((((....))))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.483, New CC ppv: 0.527, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -43.58 New CC F-measure-avg: 0.623, New CC F-measure-best: 0.765, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. (((((........))))).....((....(((......((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...)))....)).. Energy of known structure: -40.16 Initial sens: 0.694, Initial ppv: 0.642, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -44.61 New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -47.09 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.549, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -46.39 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -45.95 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -45.18 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -45.07 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.01 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.698, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -43.57 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.549, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -43.25 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))...(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -42.85 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -42.81 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -42.80 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.624, New CC Energy: -42.69 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....))))))))..(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.527, New CC Energy: -42.58 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -42.04 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))....((((.((((((((....)))))))))))).(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.367, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -42.02 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.((((((((....))))))))((((.(((((....)))))...(((((...)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -41.93 (((((........)))))....................((((((.........)))))).((.((((((((....))))))))..)).((.((((((((....))))))))))...(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -41.88 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....))))))))..(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.388, New CC ppv: 0.442, New CC F-measure: 0.413, New CC Energy: -41.81 (((((........)))))....................((((((.........))))))....((((((((....))))))))...((((.((((((((....)))))))))))).(((((....)))))..(((((....)))))....(((....))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -41.75 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))...(((((.((((((((....)))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))).................. New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.535, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -41.53 New CC F-measure-avg: 0.565, New CC F-measure-best: 0.708, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.(.((((........))))..).))))))).................... Energy of known structure: -12.13 Initial sens: 0.452, Initial ppv: 0.483, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -17.58 New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -21.49 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -18.91 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -18.70 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -17.58 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((........))))....)))))))..)))))............. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -17.45 (((((......)))))...(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))..................... New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -17.39 New CC F-measure-avg: 0.381, New CC F-measure-best: 0.467, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... Energy of known structure: 28.22 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -15.93 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.00 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -15.93 .((((((....[[[[[...))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))....]]]]].....[[[[[............))))))))....]]]]]..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.28 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))............]]]]]]]].............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.98 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.92 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.85 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))...........((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.72 ...........(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..................((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.47 .((((((............))))))..((((((...[[[[[[[[..(((.(((((((((...))))))))).))).)))))).........(((((............]]]]]]]]....)))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.34 ...(((((...)))))........((((...(((..(((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...(((.((......)).)))...........))))))).....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.15 .((((((............))))))..((((((...[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).....)))))).........(((((............]]]]]]]]....)))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.03 ...(((((...))))).((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))....(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.94 .((((((...[[[[.....))))))..((((((........]]]].....(((((((((...))))))))).....))))))((........))...((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.93 .((((((............))))))...........(((((((((((((.(((((((((...))))))))).)))))...(((.((......)).)))..........)))))))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.87 ...(((((...)))))...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))..(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.82 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))......)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.76 ..........((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.70 .((((((............))))))...(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...(((.(((.............((((.......)))).............))).))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.69 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))(((.(((((((((...))))))))).)))......)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.69 .((((((...[[[[.....))))))..((((((........]]]].....(((((((((...))))))))).....))))))((........))..........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.68 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. Energy of known structure: -19.58 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -17.89 New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -26.89 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))...[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -26.77 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.....((....(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).)....))...))))). New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.344, New CC Energy: -23.15 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -22.65 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))................. New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -22.19 (((((.....))))).......................((((...((((.......)))).......)))).............(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -21.80 (((((.....))))).......(((...........((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))..))).......((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -21.41 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).)............... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -21.40 ((((([[[[[)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -21.37 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......))))....((((((.......))......))))............[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -21.16 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..)))............((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -20.90 ((((([[[[[))))).....................((((.........)))).....(((....(((((.........)))))..))).]]]]]......((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.89 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((...........(.(((((((.((((((.......))).))).))))))).).........))))). New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -20.87 ....(((((....(((....))).............((((.........))))......((....)))))))............(.(((((((.((((((.[[[[[[))).))).))))))).)........]]]]]]. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -20.86 (((((.....))))).......(((.(((....(((((((.........))))...)))....))).))).(((((.(((((((((((........)).))))...))))).)))))..((((............)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.132, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -20.82 (((((.....)))))..................(((((((((...((((.......)))).....(((((.........)))))..((........))..........)))))))))...(((............))). New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -20.82 (((((.....))))).....................((((.........))))......((....)).(((((.............(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........))))). New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -20.79 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..((........))...((((((((...((........))...))...)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -20.72 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))...(((............))). New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.172, New CC F-measure: 0.164, New CC Energy: -20.71 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((.........)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((............)))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.317, New CC Energy: -20.50 New CC F-measure-avg: 0.426, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) Energy of known structure: -11.78 Initial sens: 0.435, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -19.53 New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -24.26 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...)))).....((((((((....)))..........(((..........))).))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -24.09 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -22.55 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((......(((((...)))))..{{{{.]]]]].....))))))................}}}}. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -22.51 ...........(((((.((((.(((((.(((..............))))))).).))))[[[[.)))))..........(((..........))).]]]]. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -22.40 (((((((((........))))))))).((((.[[[[[[.......)))).....((((((((....))).....]]]]]]................))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.02 (((((((((..[[[[[.))))))))).((((.{{{{{{.......)))).....(((((.....]]]]].....}}}}}}................))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.81 (((((((((..[[[[[.))))))))).((((.{{{{{{.......))))..........((((.]]]]].....}}}}}}................)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.157, New CC Energy: -21.80 (((((((((..[[[[[[))))))))).((((.....]]]]]]...))))..........((((..((...((........))...)).........)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.72 (((((((((........)))))))))....(.((((((......(((((...)))))..(((....))).....))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.72 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.69 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -20.90 (((((((((........)))))))))..((......))......(((((...)))))..((((((((...((........))...))......)).)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -20.84 (((((((((........))))))))).((((..............)))).....(((((((....((...((........))...))......)).))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.84 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((([[[[.(.(((........))).)......))))..............]]]].. 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New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -20.28 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.19 New CC F-measure-avg: 0.176, New CC F-measure-best: 0.520, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19