> SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.50 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -28.25 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -28.25 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -26.95 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]........((((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -26.35 ((((((.........((....))..((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -25.70 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]........(((((.........))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.85 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.40 ((((((...((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.13 (((((((..((((..((....))))))..((((((.(((((........)))))))))))....))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -24.00 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[..((((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -23.96 ((((((...((((........))))((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -23.80 ..((((...((((..((....)))))).....))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.64 ((((((...((((..[[[[[...))))....]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.16 ((((((.........((....))..((((((.......))))))((((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.00 (((((((..((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -22.83 (((((((..((((..((....))))))....(((((......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.80 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -22.70 ((((((...((((..((....))))))((((.......))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.70 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -22.50 .........((((..[[[[[...))))....]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -22.16 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[((((.(((......)))))))))))))]]]] New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -22.16 New CC F-measure-avg: 0.628, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -28.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.39 .........((((........)))).((((((.....)))))).(((.(((((.......))))).))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -24.50 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -24.30 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((.(((.....))).(((((((...))))))).............)))).....))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.44 .........((((...[[[[.)))).(((((((...))))))).(((.(((((.......))))).)))]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.22 (((((((..((((........))))...((((.....))))(((((..............)))))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -23.03 New CC F-measure-avg: 0.692, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -25.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.00 (((((((..((((....[[[.)))).............]]].......(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -24.70 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -23.60 ((((((((.((((....[[[.)))).............]]]........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -23.20 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -22.80 New CC F-measure-avg: 0.892, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... Energy of known structure: -17.39 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -21.76 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -21.76 (((((((.((((....)))).....(((((((.....)))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -21.40 ((((((((((.(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -21.40 ((((((((((......((((((...((((((((...)))))))).....))))))......))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.75 ((((((((((.(((((.........((((((((...))))))))........)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -20.38 (((((((....(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.26 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -20.05 (((((((....(((((.........((((((((...))))))))........)))))........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -19.24 (((((((..(((..........)))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -18.79 (((((((.((((....))))...((((....)))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -18.40 (((((((..(((....[[[[[[)))((((((((...)))))))).....]]]]]]..........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -18.09 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... Energy of known structure: -26.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -28.80 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -28.80 (((((((((((.((...((((...))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -27.60 ((((((((.....(((......))).((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.80 ((((((((.(((.....)))......((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.60 ((((((((.....(((......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).)))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.80 ((((((((((...(((......)))..)))).......((((..((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -25.65 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.30 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -25.30 ((((((((((...(((......)))...))))..((.(....).))....(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -24.55 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.50 ..(((.((((...(((......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).))).....(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -24.40 ((((((((.....(((......))).............((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -23.95 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).......(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -23.90 ((((((((.....(((......))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.80 ((((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))....)))...)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.70 ((((((((.(((.....)))......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.60 ((((((((((...(((......))).))))........((((..((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -23.60 New CC F-measure-avg: 0.475, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -25.20 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -25.20 (((((((..((((.[[[[[..))))...(((((...((((....))))...)))))....]]]]]))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -23.73 (((((((..((((........))))...(((((...((((....))))...))))).........))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.35 (((.(((((.(......).)))))))).(((((...((((....))))...)))))...(((((....))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.60 (((((((...(((........)))(((((((((...((((....))))...)))))...))))..))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -22.05 (((.(((((.(......).))))))))..((((...((((....))))(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.75 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.39 (((((((.....(((((.......[[[[.)))))..((((....))))...........]]]]..))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -20.54 New CC F-measure-avg: 0.472, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... Energy of known structure: -29.60 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -34.68 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.68 ((((((((.((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -31.69 ((((((((.((...(((.....))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -31.39 ((((((((........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....))))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.76 ((((((((.(((((((((.(.((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.70 ((((((((.(((((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.50 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -29.75 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -28.90 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.19 ((((((((.((((...[[[[[))))............((((((...))))))......]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.79 ((((((((...(((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))......)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -27.67 ..((((...[[[[))))....]]]]((.(((...))).)).((((.(.(((((.......))))).).)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -27.60 ((((((((.((.......(.(((((....))))).).((((((...))))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.15 ((((((((.((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))............)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.10 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.85 ((((((((.((...(((.....))).(((((.......))))).((((........))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.40 ((((((((..(((......)))..(.(((((.......))))).)....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -25.70 .((((....)))).((..(.(((((....))))).)..)).((((...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -25.65 .((((....)))).....((((....(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...............)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -25.59 .((((....)))).....((((..(.(((((.......))))).)...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -25.50 New CC F-measure-avg: 0.530, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -3.10 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -10.64 New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -10.64 ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -10.61 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -10.45 ((((((((.(((((......)))))..(((..(.......)..))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -9.49 ((((((((.(((((......)))))..((((((.......)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -9.30 (((((((((.(....).))))))).))((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.50 .........((((...((..((...(.(((..(.......)..))))..))...))...)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.49 ((((((((....(((((.............(((((....)))))..)))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -7.17 ..(((((((........)))))))...(((..(.......)..))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.89 ..(((((((........)))))))...((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.70 New CC F-measure-avg: 0.251, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -7.00 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -11.35 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -11.35 (((((........((((..[[[[[))))...]]]]].....((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -8.76 (((((...(((((((((........)))))))))......(((.........)))...))))).... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -7.50 New CC F-measure-avg: 0.517, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.550, Initial Energy: -32.25 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -32.25 (((((((..((((((....)).)))).....((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -32.22 ((((((...((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -31.19 (((((((..((((.........)))).....((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -30.32 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -29.86 (((((((..((((((....)).))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -28.39 (((((((..((((...........))))...((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -28.11 ..(((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]].........))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -27.95 (((((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.90 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -27.79 (((((((..((((..[[[[[[.)))).((((.........)))).]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -27.32 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -27.29 (((((((..((((((....)).))))..((((((((......)))).(((......)))))))...))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((.........))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((....[[[[.)))).....((((..............)))).....]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -26.79 (((((((..((((....[[[[...)))).(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -26.77 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -26.00 (((((((..((((...........)))).(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.98 ..(((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -25.89 New CC F-measure-avg: 0.532, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -4.16 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.80 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -9.80 ((((((((....(((((.[[[[..)))))......]]]]...)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -9.69 ((((((((.((((......((((((.....))))))))))..)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -9.45 ((((((((........(((.(((((.....))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.828, New CC Energy: -9.01 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -8.10 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -7.83 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -7.07 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.00 ((((((((.((((...(((..............)))))))..)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.28 New CC F-measure-avg: 0.595, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -13.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -26.60 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -26.60 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -22.60 New CC F-measure-avg: 0.908, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -30.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -32.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -32.20 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -29.10 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -26.40 ..((....))...((((((.(((....)))))))))..(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -25.90 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.60 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -20.60 .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.20 .(((((..(....)..))))).........(((...)))(((((....))))).. New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -17.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((((....))))).. New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -17.00 New CC F-measure-avg: 0.894, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -13.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -30.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -30.30 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -25.40 New CC F-measure-avg: 0.769, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -41.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -47.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -47.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((((.....).))))))))). New CC sens: 0.944, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -42.30 ...((((((....))))))((((.(((((....))))).[[[[[[[[[))))....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -40.44 New CC F-measure-avg: 0.807, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). Energy of known structure: -34.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -34.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -34.80 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -34.40 .((((((((....))))))))((.(((.....)))))..(((((((....))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -34.00 .((((((((.......(((((...))))).)))))))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -31.04 ..((((.((((....)))))))).(((.....)))....(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -29.90 ..((((.((((....))))))))...(((.......)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -29.70 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... ...((((((....))))))... Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.50 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -24.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -24.30 .((((((((....)))))))).....(((...[[[[))).....]]]]... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -23.91 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -23.20 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -22.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -22.10 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.00 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) Energy of known structure: -6.29 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -18.05 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -18.05 ((((..(((....)))...)))).(((.(.....).))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.40 .((((.(((....))).))))........((((....))))((((...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -14.80 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -14.19 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... Energy of known structure: -8.15 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -16.60 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -16.60 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -15.00 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -14.90 ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((.(((((....))))).))).... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 0.544, New CC F-measure-best: 0.774, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -8.40 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -17.81 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -17.81 ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -17.80 New CC F-measure-avg: 0.433, New CC F-measure-best: 0.588, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... Energy of known structure: -22.85 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -29.40 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -29.40 .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -27.10 .((((((((....)))))))).....(((....[[[[[[..)))....]]]]]]. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.57 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.90 .((((((((....)))))))).....(((.......[[[[.))).......]]]] New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.71 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))((((((..]]]....)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -24.14 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.10 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]]..((((......)))) New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -24.00 .((((((((....)))))))).....(((.(((....))).)))........... New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -23.20 ...((((((....))))))(((....))).......((((.(((....))))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -22.80 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))........]]]........... New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -22.13 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.10 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. Energy of known structure: -37.60 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -41.79 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -41.79 .(((.(((((....)))))))).................(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -39.90 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -38.00 .....(((((....)))))..((....))..((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.09 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.(....)))))...)))))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.94 .(((.(((((....)))))))).........((((...(((((((.(((.(.....).))).)).))))).....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -32.49 New CC F-measure-avg: 0.622, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -30.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -30.40 .((((((((....))))..(((....)))..))))....((((((....)))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -27.60 New CC F-measure-avg: 0.774, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 .((((((((....))))))))((((....(..((....))..).))))....... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -10.65 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -10.50 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .(((((..(....)..))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -16.40 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.40 .((((((((....)))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.929, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -34.50 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -40.40 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -40.40 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -38.80 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -38.10 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -37.40 .((((((((....))))))))(((......)))........((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -36.10 .((((((((....))))))))((([[[[[.)))....]]]]](((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.97 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -33.06 New CC F-measure-avg: 0.813, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -23.70 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.54 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.54 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.70 .((((((((....)))))...[[[[[....[[[[[)))...]]]]]...]]]]] New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.16 New CC F-measure-avg: 0.622, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -19.00 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -19.00 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.80 New CC F-measure-avg: 0.932, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -16.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). Energy of known structure: -31.95 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -34.30 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.755, New CC Energy: -34.30 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -32.90 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -31.80 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -31.35 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -31.10 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -30.74 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.25 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -30.00 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -29.95 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -29.70 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -28.86 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.84 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -28.61 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -28.45 .((((((((....)))................(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -28.30 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -28.05 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -27.76 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -27.65 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). Energy of known structure: -24.05 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -24.71 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -24.71 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((.(....).)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -24.65 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -23.54 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[...))))))....]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -22.31 .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((...]]]]]]....)))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -21.52 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -20.30 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -19.81 New CC F-measure-avg: 0.586, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -33.10 New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -33.10 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -32.05 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -31.70 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -31.44 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -30.65 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -30.50 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -30.40 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -30.15 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.85 ....(((((((..............((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -29.25 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.44 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -28.05 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -27.70 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -27.65 .((((((((....)))..((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -27.40 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -27.25 .((((((((....)))................(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.20 .(((((.......)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -27.05 ....(((((((.......((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -26.79 New CC F-measure-avg: 0.368, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -16.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -16.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.941, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -20.30 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -38.15 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -38.15 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -35.35 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -32.55 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -44.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -44.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.((.......))))))))). New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -40.40 ...((((((.((.(((.....)))..))..))))))...(((((((.(((....))).))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -35.65 New CC F-measure-avg: 0.714, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -45.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -45.50 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -45.50 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -44.31 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -41.41 .((((.......((((..(((.((((((....)))))).)))..........)))).......((((....)))).)))). New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -39.01 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -37.60 ............((((......((((((....))))))..............))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -36.41 New CC F-measure-avg: 0.763, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.70 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .(((((.....))))). Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -6.50 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -6.50 New CC F-measure-avg: 0.909, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.22 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -15.15 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -15.15 .(((.......[[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.65 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -13.40 ........(((((((((.....))))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -11.40 ..........(((((....)))))....................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.20 New CC F-measure-avg: 0.755, New CC F-measure-best: 0.950, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... Energy of known structure: -19.07 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -31.24 New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -31.24 ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -28.54 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((((..(((((....)))))....)).....)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.84 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -27.44 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -26.80 ....(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -26.60 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((....)))))...........)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -26.01 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))................. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.94 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))....................))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.79 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -25.70 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -25.70 ....((((..(((....)))(((((....[[[[[[[[.)))))..(((((....)))))........]]]]].]]]...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -25.65 ....((((.((((....))))........((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -25.50 ....(((((((((.......))))).......(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.50 ....((((.((((....))))...........(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.60 .........((((....))))...((((.((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).))))..... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -24.44 ....((((.((((....))))...........(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -24.40 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....))))(((.((.((.......)))).))).....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -23.99 ....((((..(((....)))(((((.......[[[[[.)))))..(((((....)))))........]]]]].......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.81 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..((((....))))((((.((.((.......)))).))))....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -23.69 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -38.22 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -46.20 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.920, New CC Energy: -46.20 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -45.40 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -43.70 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -41.24 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -41.00 ....((((((.......))))).)...(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -40.80 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -40.44 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -39.90 .((((..((((...((.((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -39.70 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -39.30 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -38.89 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -38.80 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -38.70 .((((((((..(.(((.((((((......))))))))).).((((((....)))))).......))))........)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -38.39 .((((..........(((((......[[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]].]]]]...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -37.69 .(((((.((.....)).((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))).......... New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.00 New CC F-measure-avg: 0.611, New CC F-measure-best: 0.920, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -13.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.85 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.85 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -10.90 New CC F-measure-avg: 0.935, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -19.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -19.79 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -18.29 .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -18.21 .((((..[[[[[[[)))).....((((((........]]]]]]].))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -17.11 .((((..[[[[[[[)))).....((((((.{{{{{..]]]]]]].))))))...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -15.88 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). (((((.[[[[.))))).......]]]]..... (((((.[[[[.))))).......]]]]..... Energy of known structure: 0.41 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -6.13 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -6.13 (((((.[[[[.)))))....]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.39 ......((((.(((......)))))))..... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -4.10 ...............((((....))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.90 ........(((.....)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.80 (((((......)))))(((....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.50 ......((((.............))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.21 ......((((..........))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.19 ........(((.....)))..(((.....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.10 ........(((.[[[.)))..(((.]]].))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.82 New CC F-measure-avg: 0.207, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -3.54 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.90 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.90 (((([[[[))))...(((.((((]]]].))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.68 ((((....)))).......((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.60 .((((((((((..........))))....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.59 (((([[[[)))).......((((]]]].)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.43 ........(((....))).((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 .((((((......................)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.54 New CC F-measure-avg: 0.250, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL guggguGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCC .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). Energy of known structure: -21.40 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -21.50 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -21.50 .(((((..((((....))))....)))))...((((.....))))((((((....)))))). New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -20.80 .((((((((.((....)))))...)))))...((((.....))))((((((....)))))). New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -20.10 New CC F-measure-avg: 0.844, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00650; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.saccatum.C1.SSU.1512; ORGANISM=NULL UUCCGUUAACACACCUAGCGGAU .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL auggguGGUUUUCCAUCAGCAUUACCCAACACAGCUUUCAAGCUAGUA .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). Energy of known structure: -10.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.99 .((((((((...........))))))))....((((....)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.49 .((((((((........[[[)))))))).............]]].... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -9.87 ...(((((....))))).............((((((....)))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -9.00 .((((((((........[[[)))))))).....]]]............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -8.64 (((((......)))))..............((((((....)))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -8.60 .((((((((........[[[)))))))).....(((.....]]]))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -8.54 ...(((((....)))))...............((((....)))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -8.50 .((((((((...........)))))))).....(((........))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -8.19 (((((......)))))................((((....)))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -8.10 New CC F-measure-avg: 0.607, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00672; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.P.carinii.Pc3.C1.LSU.1921; ORGANISM=NULL UAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUG .(((((((..........))))))). ((((((((..........)))))))) ((((((((..........)))))))) Energy of known structure: -6.69 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -6.89 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -6.89 .....(((((....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.90 New CC F-measure-avg: 0.467, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL guggugguAGAACUACAUGUGCCACCUACAGCUUAUAUUGCUAGUCUAUCGUAACUGAUGGGCA .((((((((..........................))))))))((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.16 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -21.20 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -21.20 ..(((((((..........)))))))...(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -19.59 (((((((((..........))))))).))(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -18.79 (((((((((.(......).))))).))))(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -18.10 New CC F-measure-avg: 0.448, New CC F-measure-best: 0.471, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00697; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.T.malaccensis.C1.LSU.1925; ORGANISM=NULL ACUCUCUAAAUUGUAAAAUUUCCUUUGGAGGGA .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). Energy of known structure: -8.11 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.11 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.11 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00715; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.m.S.luteus.A1.LSU.2504; ORGANISM=NULL cgauAGUUUAAAUGUCGCUUAAAUUAGAAAUAAUUUAU (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). Energy of known structure: -6.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.90 (((((.[[[[[.)))))......]]]]].......... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -6.19 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00002; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=17RA; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUAAGGAUUACCUAUGCC (((((.(((....)))))))) ((((((.((....)))))))) ((((((.((....)))))))) Energy of known structure: -7.90 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -7.90 ((((((.........)))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -4.90 New CC F-measure-avg: 0.795, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00007; TYPE=Other Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1AFX; ORGANISM=NULL GGUGUGAACACC ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -5.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00012; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ANR; ORGANISM=SYNTHETIC GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC ..(((....((((......)))).))).. ((((((...((((......)))))))))) ((((((...((((......)))))))))) Energy of known structure: -5.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -13.10 New CC F-measure-avg: 0.824, New CC F-measure-best: 0.824, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00015; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ATV; ORGANISM=SYNTHETIC GGGACCAGAAGGUCCCG ((((((....)))))). ((((((....)))))). ((((((....)))))). Energy of known structure: -12.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00028; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1C0O; ORGANISM=TETRAHYMENA THERMOPHILA GGGUCUUCGGGUCC (((((....))))) ((..(....)..)) ((..(....)..)) Energy of known structure: -4.20 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -6.59 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -6.59 (((((....))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.20 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00049; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EOR; ORGANISM=NULL GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -4.90 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -5.97 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -5.97 .((((......))))....(....).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 (((......(((......)))...))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -2.92 New CC F-measure-avg: 0.462, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -13.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -3.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) (((((((...((((....))))..))))))) Energy of known structure: -10.49 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -33.30 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -37.25 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -37.25 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -35.95 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -35.55 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -34.15 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -33.15 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -32.45 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.936, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -7.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) Energy of known structure: -25.45 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -28.10 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.10 (((((.((((...(((((.((..((((.....))))..)).[[[[[[[.)))))....]]]]]]]...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -27.61 (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -27.53 (((((.((((...(((((.....((((.....)))).....[[[[[[[.)))))....]]]]]]]...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -26.86 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -25.17 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -25.10 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -24.65 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((..........)))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -24.04 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.80 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((..........)))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.19 (((((.((((.....((((......))))...((.....))(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -22.90 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -7.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -19.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -19.80 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -18.10 New CC F-measure-avg: 0.926, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -10.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -11.50 New CC F-measure-avg: 0.933, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -7.90 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -7.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -11.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -13.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -13.50 ((((...((((((....))...))))...)))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -10.70 New CC F-measure-avg: 0.895, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.90 ((((((...(((((....))))).........)))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -17.36 ((((((..((((((....))).))).......)))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.22 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -26.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -53.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -53.80 ((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -53.05 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -50.05 ((((((((((((..........((((....))))..))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -47.61 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -46.46 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -44.09 New CC F-measure-avg: 0.718, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -15.74 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.05 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.05 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). Energy of known structure: -28.24 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -31.60 New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -31.60 .(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -31.04 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.55 .(((((((((.......)))))....((((((((.((((((((........)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.40 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.10 .....(((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -27.54 .(((((((((.......))))).......(((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).......)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -27.54 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -27.20 .(((((((((.......))))).......(((((.((((.((((((....)))))).).)))..))))).......)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -27.15 .((((.......((((....))))..((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -26.70 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -26.54 .((((.......((((....))))..((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -26.14 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -26.05 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -26.05 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -25.85 .(((((((((.......)))))....(((((((((((....)))...((..........))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.79 New CC F-measure-avg: 0.685, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -9.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) Energy of known structure: -45.11 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -50.85 New CC sens: 0.967, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.967, New CC Energy: -50.85 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -50.19 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -47.96 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -47.94 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -47.68 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -47.65 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -47.04 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -47.02 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -46.99 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....)))))...(((....)))..........]]]]]]..... New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.793, New CC Energy: -46.60 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -46.60 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -46.42 (((((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).)))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -46.21 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[.....)))))...(((....)))..........]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -45.94 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -45.76 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.633, New CC Energy: -45.31 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -45.15 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -44.74 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -44.67 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -44.49 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) Energy of known structure: -15.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.00 ((((((((...........)))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -13.69 New CC F-measure-avg: 0.944, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) Energy of known structure: -10.79 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -10.80 New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -10.80 ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -10.79 ..(((((((....(((...((.....))......)))...))))))) New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.56 ..(((((((((.(....).))..((((........)))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.10 ..(((((((..........(((.[[[[..)))...]]]].))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.93 ........(((.[.[[.[[)))........]].]].].......... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -8.00 ..((((((((((..((....)).[[[[..)))...]]]].))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -7.54 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -21.10 (((((((.((((....))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -18.90 New CC F-measure-avg: 0.905, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -26.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.70 .....((((((((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -22.00 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -5.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.50 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) Energy of known structure: -18.10 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -26.50 New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -26.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -25.35 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -24.86 ((((..........[[[.[[[.))))((((((.......))))))....]]].]]]....(((....))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -24.84 ....((((......))))(((.....((((((.......))))))...(((((.......))))).))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -24.40 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.00 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -23.45 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.25 ((((..........[[[.[[[.))))((((((.......))))))....]]].]]]...((((...)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.04 .((((((((.....))))........((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -22.70 ..............(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))....(((....))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -22.57 ...(((((.((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -22.55 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -22.05 ...(((((......(((.(((.....((((((.......))))))....))).))).........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -22.04 ..((((((((((.(((((....((...))..)))))...)))))....(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -21.85 .((((.........(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))..........)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.83 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...)))))......((((...)))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -21.45 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))....(((((....)))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -21.30 New CC F-measure-avg: 0.493, New CC F-measure-best: 0.757, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -29.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -29.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -29.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -19.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -21.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -21.50 New CC F-measure-avg: 0.963, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -9.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -16.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) Energy of known structure: -4.52 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -9.85 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.85 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -8.47 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -7.04 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -7.00 .........(((((((((((.......))))...))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -6.30 New CC F-measure-avg: 0.623, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) Energy of known structure: -14.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). Energy of known structure: -22.00 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -25.99 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.99 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -25.10 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -24.79 ((((((..((((.[[[[.......[[[.......))))....((......)).....]]]....]]]].)))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -22.92 ((((((((((....))))......((.(......).))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -22.20 ((((((..((((.[[[[((......)).......))))..........((((......))))..]]]].)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -21.92 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -21.34 ((((((((((...[[[[((......))........)))).........((((......))))..]]]].)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -21.21 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -33.30 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -33.30 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -32.10 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -31.70 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -31.10 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -31.09 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -30.74 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -30.64 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -29.90 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -29.50 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -29.44 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -29.30 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -28.99 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -28.90 ((((((((.(((((...........[[[[.)))))......]]]].((((......)))).......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -28.71 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -28.50 ((((((((.....(((((......))))).((((.......((((.....))))..)))).......)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -28.47 ((((((((.......((((((.......)))))).......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -26.70 ((((((((...(((((.........[[[[...)))))....]]]].((((......)))).......)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.65 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -20.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -20.64 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -20.64 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.44 New CC F-measure-avg: 0.967, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -19.83 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -19.83 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.44 New CC F-measure-avg: 0.967, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -14.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -21.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -21.80 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -18.40 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -17.50 New CC F-measure-avg: 0.767, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -17.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -17.00 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.60 New CC F-measure-avg: 0.802, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -10.45 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -15.60 New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -15.60 (((((((...((((((.....[[[.)))))).........]]]....))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -14.47 (((((((......((((....))))...(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.70 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.95 (((((((...((((((.........))))))((((.....))))...))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -12.60 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -12.10 New CC F-measure-avg: 0.531, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -17.66 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.66 .....((((((((...)))))..)))..(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -17.36 ........(((((...))))).......(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.46 (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -16.30 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.00 ....(((..((((...))))))).....(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -15.76 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -15.20 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.10 ....(((..((((...))))))).....(((((......))))).......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 0.648, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). Energy of known structure: -11.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -14.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -14.70 .((((((..(((.......)))......(((((......)))))...)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -11.30 .....((((((((...)))))..)))(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.29 ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -11.09 .((((((..(((..[[[[.)))......]]]]...............)))))). New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -10.71 New CC F-measure-avg: 0.558, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -15.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -35.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -35.60 ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).)).))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -35.20 ((((((.(((((((.....))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -34.94 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -30.50 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).)).))))...))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -30.10 ..(((..(((((((.....))))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -29.84 .......(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -28.80 ((((((.(((((((.....))))))).............(((((((((....))))).)))).((....))....)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -28.60 ((((((.(((((((.....)))))))..........(((((..(((((....)))))....))))).........)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -28.55 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.732, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -21.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -25.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -25.70 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -22.60 New CC F-measure-avg: 0.777, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -13.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -19.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -19.10 .....((((((((...)))))..)))..(((((.[[[[.))))).....]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -16.59 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.70 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -15.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -20.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -20.30 (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.60 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.705, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -32.21 New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -32.21 ((((((((...((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -31.40 New CC F-measure-avg: 0.636, New CC F-measure-best: 0.682, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -21.79 New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.79 ((((((((...........((((((.(((((........)))))..))....)))))))))))) New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.85 ((((((((.(((..........(((.(((((........)))))..)))....))))))))))) New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -19.74 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -19.50 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.92 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -18.50 ((((((((..............(((.(((((........)))))..))).......)))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -18.35 ((((((((..((((((...[[[[[........)))))).............]]]]])))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -18.21 ((((((((.(((((.........)).(((((........))))).........))))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -17.90 ..(((([[[[[[[[[.......[[[.[[[[[..))))..]]]]]..]]].....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -17.76 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -17.60 New CC F-measure-avg: 0.538, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). Energy of known structure: -23.73 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -24.43 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -24.43 (((((((.(((.......((((.......(((((......)))))..)))).....)))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -20.68 New CC F-measure-avg: 0.847, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -14.61 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -13.18 (((.[[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}]]]]].... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -12.27 ....((((((........((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]])))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.15 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -11.01 ....(((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -11.00 (((.[[[[[[..(((((..((........)).)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.97 (((.[[[[[[..(((((..(((....)))...)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.92 ....(((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -10.89 (((..[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.89 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -10.54 .....((((.........((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.25 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -10.09 ....(((((....((((....))))...(((.((((((........)))))).)))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -9.85 .....((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]....)))). New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.114, New CC Energy: -9.59 (((.[[[[[[..((((((.(((....)))((......)).))))))..)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -9.52 ..................((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -9.45 (((.[[[[[[...((((....))))...(((......)))........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.42 (((.[[[[[[..((((((.........[[[[.........))))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -9.36 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -8.90 New CC F-measure-avg: 0.381, New CC F-measure-best: 0.649, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -14.61 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -13.18 (((..[[[[...(((((..........[[[[.))))).....{{{{..)))]]]]}}}}.]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -11.65 ....((((((..(((((..((........)).)))))...((((.....))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.35 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -11.01 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -11.00 (((.[[[[[[..(((((..((........)).)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.97 (((.[[[[[[..(((((..(((....)))...)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.92 (((..[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.89 ....((((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -10.80 ....((((((..(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -10.65 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))((.((((.....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -10.60 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -10.54 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -10.09 .....((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]....)))). New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.114, New CC Energy: -9.59 (((.[[[[[[...((((....))))...(((......)))........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.42 (((.[[[[[[.(((((...........[[[[..........)))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -9.19 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -8.90 ..................((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -8.79 .....((((...(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))).....)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.75 New CC F-measure-avg: 0.329, New CC F-measure-best: 0.649, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00651; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 M18895.1/367-303; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGGAAUUAA ....(.(((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))).).... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... Energy of known structure: 3.50 Initial sens: 0.353, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.364, Initial Energy: -13.15 New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -13.15 (((...[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.]]]]..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -12.37 (((..........((((....))))..((((..(((((........)))))))))..)))..... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -11.80 (((.........(((((..........[[[[.)))))..............]]]]..)))..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -11.54 (((...............((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]].)))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -11.49 (((..........((((....))))...(((.((((((........)))))).))).)))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -11.25 (((.........(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]....)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.21 ......((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))..... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.80 ......((((........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]))))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.118, New CC Energy: -9.69 ......((((........((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].))))..... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.45 ..................((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -9.45 (((.........(((((..((........)).)))))((.((((.....))))))..)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.35 ..................((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -8.79 ......((((...((((....))))...(((.((((((........)))))).)))))))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.118, New CC Energy: -8.65 ......((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]...))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.51 .............((((....))))..((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -8.50 .............((((....))))...(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -8.15 (((...[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]].]]]]..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -7.85 ............(((((..........[[[[.)))))..............]]]].......... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -7.84 ......((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]].))))..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -7.84 New CC F-measure-avg: 0.214, New CC F-measure-best: 0.400, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00661; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036392.1/168-121; ORGANISM=NULL AUCCAACUGACGAGCGCCAAAUAGGAGGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.((...........(......)......((....)).....)).)) .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ Energy of known structure: 6.95 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.07 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.07 .(((...[[[[[.[[[((.....)).)))..]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.34 .......(((((.(((((........))...))).)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.40 .......(((((.(((((.....))......))).)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.20 .(((...[[[[[.[[[.....{{{..)))..]]].]]]]]..}}}... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.45 .(((...[[[[[...........)))(....)...]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.87 .(((...[[[[[.{{{.......)))(....)...]]]]]...}}}.. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.67 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00666; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036397.1/166-119; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUCCCAAACAGCACGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.(((.......((.(......).))...((....))....))).)) ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... Energy of known structure: 2.80 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.250, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -6.47 New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -6.47 .....((((............))))(((....[[[))).....]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.12 .....((((............)))).........(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.39 .....((((............)))).......(((........))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.09 ...(((.(((((...........((.......)).)))))..)))... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -4.03 .....(((....)))..........(((....[[[))).....]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.63 .....((((...[[[......))))................]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.97 .......(((((...........((.......)).)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.76 New CC F-measure-avg: 0.072, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00671; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036404.1/166-122; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUGCCAAAUAGGACGAAAUGCGCAUCCUGGAU ((((((.......((.(......).))...((....)).)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -10.94 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.94 ((((((.((.((..((((.....)).)).....))))..)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -10.04 (((((((((....[[[[....)))..........]]]].)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.16 ((((((.((.((.((.((.....))))......))))..)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -7.29 ((((((.......((((...............))))...)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -7.10 ((((((........((((.....)).))...........)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.41 New CC F-measure-avg: 0.544, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00672; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036740.1/159-117; ORGANISM=NULL AUCCAGCUCACGAGUCCCAAAUAGGACGAAACGCGUCCUCCAU ((..((.......((((......))))...(....).))..)) .....(((....))).......((((((.....)))))).... .....(((....))).......((((((.....)))))).... Energy of known structure: 3.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 .............((((......))))................ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -5.40 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00680; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036754.1/138-91; ORGANISM=NULL AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU ((((((.......((((......))))...((....))....)))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.77 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -16.77 ((((((((((((....(((...)))..........)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -13.29 New CC F-measure-avg: 0.579, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) Energy of known structure: -1.10 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -10.75 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -10.75 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -8.25 (((((((((......(((.....))).....)).))....))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -7.40 ((((((.((...(((((......)))))...))......)))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -7.24 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00723; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 Z69690.1/390-342; ORGANISM=NULL GCCCCGCUGAUGAGGUCAGGGAAGACCGAAAGUGUCGACUCUACGGGGC ((((((.......((((......))))...((.(....).)).)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -16.60 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -20.30 New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -20.30 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -18.31 ((((((.....(((.........((((....).)))..)))..)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -17.49 ((((((.((.........(((..((((....).)))..))))))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.67 ((((((.((..(((.........((((....).)))..))))))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.55 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -16.50 ((((((.((....((((......((((....).))))))).)))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.436, New CC F-measure-best: 0.462, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -8.89 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -10.09 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.09 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.40 .....(((..[[[.)))(((......)))..]]]......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -7.26 .(((((((..[[[.)))(((......)))..]]]...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.06 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.00 ..(((((((.((.((.....)).)).)))........)))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -6.99 ..((((....(((.(((.........)))..)))...)))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.89 .((((.....(((....(((......)))..)))...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -6.54 ..........(((....(((......)))..)))......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.10 ......(((.((.((.....)).)).))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.10 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.89 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.39 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.39 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.00 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -12.19 New CC F-measure-avg: 0.486, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) Energy of known structure: -12.19 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -13.09 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -13.09 ((((((....(((...((......))......)))...)))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -12.56 New CC F-measure-avg: 0.755, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. Energy of known structure: -7.69 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -16.19 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.19 ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.69 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.19 .....(((((....))))).(((.......[[[)))....]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.95 ((((((((((....))))...................)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -11.76 .....(((((....))))).........((((......)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.70 .....(((((....))))).(((.......[[[)))...]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.65 .....(((((....)))))...........(((.......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.50 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -10.95 .....(((((....)))))...........(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.60 .....(((((....))))).(((.......[[[)))..]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.45 .....(((((....)))))...........(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.40 ((((((....(((..................)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 0.216, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -14.39 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.79 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.40 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -12.59 New CC F-measure-avg: 0.486, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -11.59 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -16.43 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -16.43 ((((((.........(((..[[[))).......]]].)))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -13.45 ((((((....(((.......[[[))).......]]].)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.10 ((((((..((((...)))).(((..(....)..))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -13.00 New CC F-measure-avg: 0.554, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -12.70 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -12.70 ((((((....(((.((((.....))..))..)))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -11.89 ((((((....(((...((.....))......)))...)))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -11.66 ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.99 ((((((...(.((.((((.....))..)).)).)...)))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -10.70 ((((((...(((...))).((.....)).........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -9.30 New CC F-measure-avg: 0.729, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -9.99 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -12.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -12.79 ..(((((((..((((.....)).)).))).))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 0.320, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.29 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -14.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -14.79 ((((((..(((....[[[........)))..]]]...)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -11.80 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -11.40 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -11.25 New CC F-measure-avg: 0.468, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -6.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.40 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -31.50 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -31.50 ((((((((((....(.((((.....((((((.....)))))).))))).(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.35 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -29.20 ((((.....)))).((((.......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -28.50 ((((((((((.......((((((.[[[[.)))))).....((....)).]]]]........)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.07 ((((.....))))....((((((......))))))..((.((((.(.(((((.......))))).).)))).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -27.75 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -27.50 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -27.40 ((((.....))))..((((......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))....)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -27.00 ((((((((((.......((((((......))))))..(((....(((...))).....))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.37 ((((.....))))..((((......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))..)))) New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -26.10 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -25.86 ((((.....)))).((((....(((((((((.....)))))).))).(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.40 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... Energy of known structure: -30.90 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -36.48 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -36.48 ((((((...((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].............)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -32.19 ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -31.20 ((((((.((((...))))..(((.(.(((((.......))))).).)))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -31.05 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.99 ..((((...))))...((((((.((((.....(((..(((((.....)))))...)))....)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.82 ((((((..........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....)))))...)))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -29.81 ((((((...((((...[[[[[))))............((((((...))))))......]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -29.59 ..((((...))))...((((((.((((..........(((((.....)))))..........)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.01 ((((((...((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))..............)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -27.60 ..((((...))))...((((((....(((((.[[[[[.))))).....]]]]]..............))))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -27.59 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -26.60 ((((((....(((......))).((((..........((((((...))))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -26.51 ((((((.((((...))))..(((((....)))))...(((.((.((((........))))))))).)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -25.80 .((((((.........[[[[[[.[[[[.))))))...((((((...))))))..........]]]].]]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.66 .((((...........[[[[[[....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....)))).....]]]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -25.46 ((((((...((((........))))............((((((...))))))..............)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -25.30 New CC F-measure-avg: 0.427, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -30.13 New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -30.13 ((((((((.((.......)).))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -28.65 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -27.40 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -27.05 ((((((((.............))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -26.16 ..((((.((.((....)).)))))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -25.20 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.20 ((((((((.((.......)).))))))))((((....[[[[.))))..(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -24.85 ((((((((.............))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.56 (((((....(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -24.14 (((((....(((([[[[[[..))))(((.....))).{{{........(((((.]]]]]])))))..))))).}}} New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.87 ..((((.((((...))))...)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -23.75 ......((((......(((..((.(.(((((.......))))).)))..)))(((((....)))))....)))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -23.20 .........((((........)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.95 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -22.95 New CC F-measure-avg: 0.425, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -28.80 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -29.90 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -29.90 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.40 .(((......)))...((((.(((..(((((.......))))).....(((((.......)))))...))).)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -25.35 (((((((..((((........)))).(((((...[[[[)))))..............]]]]....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.04 New CC F-measure-avg: 0.736, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... Energy of known structure: -26.00 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -28.90 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -28.90 (((((((..(((.....))).......((((((......))).)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.90 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -27.40 ((((((((.(((.....))).......(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.20 (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.75 ((((((((((.................(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.60 ((((((((((...(((.......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.80 (((((((((((.((.................)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.77 ..(((.((((...(((.......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.90 ...((((((.....))))))..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))...))..)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -23.80 ((((((((.(((.....))).......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.60 ((((((((.........((((....))))..........((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.35 New CC F-measure-avg: 0.496, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -29.37 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -29.37 (((((((..........(((..((((.((((........(((....)))))))))))..)))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -28.78 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.70 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -27.62 (((((((................(((.(((((.......)))))..)))..((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.21 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -27.07 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.60 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -25.40 (((.............((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -25.34 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -25.32 (((((((..((((.........)))).....(((((...(((....))))))))............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -24.30 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -24.27 (((((((..((((.........)))).((((........(((....))))))).............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -23.69 (((......((((.........))))....)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -23.65 ......((.((((.........))))))...........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.57 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -19.80 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.80 (((((((..((((......))))((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.50 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.00 .......(((.....)))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.70 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -17.60 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.10 New CC F-measure-avg: 0.276, New CC F-measure-best: 0.524, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -5.00 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -5.00 ......(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -4.45 ......(((((((.....................)))))))....(((((.....)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -4.29 (((((((.................(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -3.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -3.60 ......(((((((...........[[[[...[[[)))))))........]]]...]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.42 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -3.39 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -3.30 .((((((((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -3.25 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.19 (((((.(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -3.05 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -3.00 .(((((...((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -2.90 .((((((((((((.....................)))))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.79 .((((((((((((...........[[[[...[[[)))))))........]]]...]]]]...))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.62 (((((.(((((((.....................)))))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.59 .....(((((..............))))).........(((((((((((((...)))))).)))))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.43 ......(((((((....[[[[[..[[[[......)))))))..............]]]]..]]]]]..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.42 .......((((((...((...((....)).))..))))))((((((((((.....)))..))))))).... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.150, New CC F-measure: 0.146, New CC Energy: -2.35 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -2.30 New CC F-measure-avg: 0.371, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... Energy of known structure: -24.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -26.90 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.90 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -26.40 ((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -26.40 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -25.49 ((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.24 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((......)))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -24.90 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((........))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -23.30 ((((((((...................((((.....))))........((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -23.30 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((......)))..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.24 ((((((((........((((.......((((.....))))....))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.10 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.64 New CC F-measure-avg: 0.428, New CC F-measure-best: 0.632, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.40 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -25.25 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -25.25 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -24.15 .((((....((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -22.95 (((((((..((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -22.55 .((((....((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -22.15 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -21.75 (((((((..((((..[[[[...))))...((((((...))))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -20.53 ..((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -20.35 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -16.94 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -16.94 (((((((..(((([[[[[)))).((((.........]]]]].....[[[[......)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -16.54 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -15.99 (((((((..(((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))............)))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -15.74 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))..........)))))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.19 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -12.99 (((((((..((((.....)))).((((....((..(((((.....)))))..))..)))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.25 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]]...........(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -12.04 (((((((.......(((((...((((((.......)))))).)))))((.......))...))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -11.75 (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.70 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -11.45 (((((((..((((.....)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.30 (((((((......(((((.....[[[[....[[[[.)))))....]]]].......]]]].))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.26 (((((((..((((.....)))).((((........(((((.....)))))......)))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -11.14 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....)))))...........)))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -10.99 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....))))).........)))))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -10.94 (((((((......(((((.....((((....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -10.70 (((((((......(((((.....[[[[.........))))).....{{{{......]]]].)))))))}}}} New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -10.52 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -10.52 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... Energy of known structure: -26.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -29.44 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -29.44 ((((((((((...........(((.(((((((((((......))))))))....))).))))))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.25 .((((((.....))))))...((.(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -28.20 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))...........)))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -27.30 (((((((((((((........)))...((((......(((.(....))))....))))...)))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -27.25 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -27.00 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...((((.....)))))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -26.70 .((((((.....))))))......(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.60 .......((((((...........(((((((.......))))))).((((((.......))))))...)).)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.60 .((((((.....))))))............(((((..((....)).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -24.00 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.80 .((((((.....))))))......(((((........((....)).((((((.......)))))).))))).... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -23.70 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -29.20 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.20 ((((((((......((.(..(..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)..))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.03 ((((((((..(((((....)))))......(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.70 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.40 ((((((((......(((((...[[[[[[[[[[...)))))........]]]]]]....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.31 ((((((((..............((((((((((.((((......)))).))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.25 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 ((((((((..(((((....)))))..((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -27.75 ((((((((..(((((....)))))..((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -26.70 ((((((((...(..((((.......))))..)(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.35 ((((((((.........((((.[[[[.(((((.......))))).)))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.19 ((((((((..(((((....)))))...(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -25.10 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.79 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))........))))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.59 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.59 ((((((((......(((((.......[[[[[[...)))))........]]]]]]..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -24.57 ((((((((......(((((...........[[[[[))))).....(((....))).]]]]]...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.17 ((((((((.((((.(((((................)))))....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.03 ...(((.((..(.....)..)).)))(((((((((((....)))))..))))))..(.((.(((....))).))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.89 ((((((((.........((((.....[[[[[[.((((....)))))))).....]]]]]]....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -23.78 New CC F-measure-avg: 0.401, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.756, Initial Energy: -28.13 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -28.13 ((((((((.((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]])))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.53 ((((((((.........((((.(((..[[[[[.)))...]]]]].))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.43 (((((((...............(((..[[[[[.)))...]]]]]....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -26.13 ((((((((..............(((..[[[[[.)))...]]]]].....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.93 ((((((((((((....[[[[..[[[[....))))...(((((.......)))))....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -23.93 (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -23.55 (((((((..((((...[[[[..(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -23.39 ((((((((.((((.(.....).))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.25 ((((((((.((((..((((...(((........)))...)))).)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.95 ((((((((.........((((.[[[[.(((((.......))))).)))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.49 ((((((((.((((...[[[[..[[[[...........[[[[[..)))).]]]]]....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -22.48 ((((((((.((((...[[[[..[[[[.(((((.......)))))))))..........]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -22.43 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -22.39 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -22.25 ((((((((.((((...[[[[..[[[[[[[[[[............))))]]]]]]....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -22.06 ((((((((.....((((((...[[[[..))))))...(((((.......)))))....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -22.05 ((((((((.((((((((((...[[[[..))))))...[[[[[..)))).]]]]]....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -21.89 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -21.59 ((((((((.((((...[[[[..(((..[[[[[.)))...]]]]])))).((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -21.56 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -29.65 New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -29.65 (((((((((((..((((............))))...))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -27.19 ((((.((((((..((((.(........).))))...)))))).....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -27.05 (((((((.((((..(((((.(((.........))).)))))...))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.80 (((((((((((...((.(........).))......))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -26.07 (((((((.(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -25.60 .(((.(((.((...(((((.(((.........))).))))).)).))).))).....(((((.....)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.10 (((((((((((..((((............))))...)))))))....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -24.69 ((((....(((((........)))))(((((.......))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -24.40 ((((((((((....((.(........).))....))))))....((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -24.19 (((((((.((((..............(((((.......))))).))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.02 ((((..(((((.....(((.(((.........))).))))))))((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -23.90 (((((((.((((..(((((.................)))))...))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.82 .....((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.75 New CC F-measure-avg: 0.374, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -31.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -31.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -31.50 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.90 (((((((.((((((((((..........))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -29.59 (((((((.(((..((((((..((.(((((((.(....)))))).))))......))))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.74 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((........))))...((((.............))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.21 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.79 (((((((.((((((((((.((.....)))))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.20 (((((((.((((((((((..........)))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.89 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -26.80 (((((((.(((..((((((.......(((((.......)))))...........))))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.62 (((((((....(((((((.((.....))))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.50 (((((((....(((((((..........))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -26.19 (((((((..((((........)))).....((((..[[[[[))))..........]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.79 (((((((..((((........))))...........((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -25.40 (((((((..((((........))))...((((....[[[[[....))))......]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.25 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).(((((..............)))))..)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -25.23 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -32.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -34.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -34.20 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.17 ((((((((.((((........))))..(((((((((.....(((......))))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -33.40 ((((((((.....((((((.((..((((((((.....)))))).))..))....))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -33.27 ((((((((.((((........)))).((((((.....))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -32.90 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).................]]]])))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -30.69 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -30.57 ((((((((.......((((.((..((((((((.....)))))).))..))..........)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -30.04 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -29.70 ((((((((.((((..[[[[..)))).((((........))))........{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -29.57 ((((((((.....((((((.......(((((((...)))))))...........))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.34 ((((((((.((((........)))).((((........)))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -28.40 New CC F-measure-avg: 0.691, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.40 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -32.26 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -32.26 (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]]..........(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -28.96 (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......)))))...]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -26.54 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -26.49 (((((((..((((.[[[[[[[)))).(((((.......))))).]]]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -25.82 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -25.10 (((((((..((((........))))...((((((................)))))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -25.08 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -24.50 (((((((......((((((..((...(((((.(....))))))...))......)))))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.44 (((((((....((((((............))))))..........(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -23.19 New CC F-measure-avg: 0.693, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... Energy of known structure: -12.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -12.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -12.50 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -11.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -11.00 .....(((.((((......)))).(((((.......)))))....((((......)))).....)))... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -10.90 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))(((....)))..))))............. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -9.70 ((((.(((.[[[[[.......)))(((((.......)))))...]]]]]....))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -9.65 ...(((...((((......)))).(((((.......)))))......))).................... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -9.60 (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))(((....)))........))).))).... New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -9.10 (((((......)))))........(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -9.00 New CC F-measure-avg: 0.647, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... Energy of known structure: -23.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -25.50 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -25.50 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]].............)))))))).... 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New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -23.53 ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).((((........))))....)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.50 ((((((.....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.45 ((((((...((((.[[[[[[.)))).(((((.......)))))..........]]]]]].......)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.41 ((((((((........((((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -23.25 ((((((((......((.(((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.19 ((((((...((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...............]]]]....)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -22.66 ((((((((...((((((.((......)).)))))).....((((..............))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.58 ((((((.....((((((....[[[[[[..)))))).((((....))))..]]]]]]..........)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -22.50 ((((((((.((((........))))....((((.......[[[[))))..........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.12 ((((((((...((((((.((......)).)))))).........((((........))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.05 ((((((((.((((.[[[[[[.))))....((((...........)))).....]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.70 ((((((...((((........)))).(((((.......))))).((((........))))......)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -21.20 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.30 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -29.20 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.20 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.80 ((((((((((.((((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -28.30 ((((((((((((.((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 ((((((((((..............((((((..[[[[.))))))....]]]]........)).)))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -27.70 (((((((.((((...[[[[........))))......]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.69 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.49 ((((((((.((((.......))))((((((..[[[[.))))))....]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -27.40 (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.30 ((((((((((((...[[[[........))))......]]]]......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -27.09 ((((((((.((((.......))))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -26.80 ((((((((((.((((((......))))))...((.((.(((......))).)).))...)).)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -26.50 (((((((....((((((......)))))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.60 ((((((((...((((((......))))))...((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -25.50 ((((((((((.....((((.............[[[[.))))......]]]]........)).)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.41 ((((((((((.((((((......)))))))).((((...........))))...........)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.29 (((((((........((((......((((....)))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.20 (((((((((((((((((......))))))...[[[[.))))......]]]]............))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -25.12 ((((((((((((.((((......)))))))).((((...........))))...........)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.89 ((((((((.......((((......((((....))))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.70 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -22.80 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -22.80 ...(((((..................((((((.....)))))).((.(((((.......)))))..)).))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -19.95 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -19.40 New CC F-measure-avg: 0.659, New CC F-measure-best: 0.895, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -20.39 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -20.39 .((((((.............((((.((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -19.90 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -19.40 .((((((((..(((((((............)))))))...((((((.(....))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -19.29 .((((((....(((((((............)))))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -18.99 .((((((((...........((((.((((....))))))))(((((.(....))))))......)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -18.60 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -18.20 .((((((((........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.00 .((((((.....(((((........((((....)))))))))......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.89 .((((((((................((((....))))...((((((.......)))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -17.20 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -17.20 .((((((..........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -17.10 .((((((((.(..(((.(((((((.((((....)))))))).....))))))...)........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -17.07 .((((((.((((...(((.......))).........)))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -16.51 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.41 .((((((.((((.............((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.37 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00144; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7631; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAUCGUUGUGGCCGAUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGAUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -20.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -21.80 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -21.80 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -21.40 .((((((((......(((.......))).((((((....))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.80 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -19.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -19.20 .((((((.........((((((.............)))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -18.51 .((((((((.((((........))))..((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.20 .((((((((................((((....)))).....((((.(....))))).......)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -18.10 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -17.99 .((((((....(((((((((........)))))))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.90 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.81 .((((((((........((((........((((((....))))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.79 .((((((((.......((((((......[[[[...)))))).........{{{{.]]]].....))))))))}}}} New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -17.76 .((((((((......(((.......)))........(((((.........))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -17.60 .((((((((......(((.......)))((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.60 .((((((((.......((((((......[[[[...))))))....(((....)))]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.58 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.10 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -27.75 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.75 .((((((((......(((((((..((.....))..))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -26.05 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.41 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.40 .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.10 (((((..(.((((.((((.....)))).)))))..)))))........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.70 .((((((((((....(((((((..((.....))..))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -24.65 .((((((((......(((((((.............))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -23.71 .((((((((.(((.((((.....)))).)))(((((....)))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -23.30 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.29 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.90 (((((((((.(((.((((.....)))).))))))))))))...((...(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -22.49 .((((((((((....(((((((.............))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -22.31 New CC F-measure-avg: 0.546, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -28.69 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -28.69 (((((((.......(((((...((((.(((((((.((....)).)))..))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -28.48 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).......{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -27.40 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.30 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((((.((....)).)))..))))........]]]]]))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.79 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.40 (((((((..((((.[[[[[...))))....((((....)))).........{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.00 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).................]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.59 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.40 .(((.....)))..(((((...((.(.(((((.......))))).).)).((((.......))))......))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -23.95 ..((((.(((((.....))))))))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.80 ..((((.(((((.....)))))))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.40 (((((((..((((.[[[[[...)))).....(((.((....)).)))....{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -23.10 (((((((..((((.........)))).(((((((.((....)).)))..)))).............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.10 (((((((.......(((((........(((((((.((....)).)))..))))........)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.09 New CC F-measure-avg: 0.499, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... Energy of known structure: -16.90 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -19.38 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -19.38 ((((((((((.......((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -18.49 ((((((((((.......(((((((.(.(((...((((....))))....))).)))).))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -17.98 (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -17.40 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.90 (((((((..........((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -16.68 (((((((..........((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.79 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.60 ((((((((((.................(((((.......)))))........(((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -15.60 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.455, Initial Energy: -31.57 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -31.57 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -30.28 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -30.07 (((.((((((((.....)))))))).)))..((.......)).((((((...[[[[.))))))......]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.14 (((((((.(((...((((((...(....)..))))))......((((((........)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.05 (((((((..((...((((((...(....)..))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -27.90 (((((((..(((..[[[[[[...)))(((((]]]]]]......[[[[[[.)))))..]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.80 (((((((..(((..[[[[[[...)))(((((]]]]]]...[[[[[[....)))))....]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -26.69 (((((((...(((.((((.....(((.....)))..))))..)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.54 (((((((.(((.....((((......))))((((.........[[[[[[))))....]]]]]])))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.52 (((((((..(((...........)))....((((.........[[[[[[))))....]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 ((((((((((((.....)))))........((((.........[[[[[[))))....]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.11 ((((((((((((.....)))))....(((((.........[[[[[[....)))))....]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.05 ((((((((((((.....))))).....(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).(((.....)))......((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -25.81 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -25.77 (((((((.(((...(((......))).(((((.......)))))(((((........))))).)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.70 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.59 (((((((.(((.....((((......)))).((.......)).((((((........)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.50 New CC F-measure-avg: 0.453, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -19.00 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -25.00 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.00 ((((((...((.((.((((.(((((....).))))...)))))).))((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -24.50 ((((((..............((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.06 ((((((....(((((((...((((..[[[[[))))...]]]]].)))))))((........))...)))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.26 ((((((........(((((.(((((....).))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.80 (((((((.......(((((.(((((....).))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.70 ((((((...((((.....))...)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -20.10 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -29.40 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -29.40 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))((((((......))).)))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.50 ....((((.((((........)))).((((((.....))))))....((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -26.19 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -25.85 ..((((((.....))))))..((.(.((((((.....)))))).).))..((.(((.(((.....))).))).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -25.55 ....((((.((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))........)))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -25.40 ..((((((.....)))))).......(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.10 ...(((((.((((........)))).(((((((...))))))).))))).((.(((.(((.....))).))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -25.00 .(((.....((((........)))).((((((.....))))))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -24.14 ((((((((.((((........)))).((((((.....)))))).))))).))).......((((...))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -24.10 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.95 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -23.90 .((((....((((........)))).(((((((...)))))))......))))...(.(((((.....))).))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.70 ....((((.(((((..(....((.(.((((((.....)))))).).))...)..).))))((((...)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.58 New CC F-measure-avg: 0.517, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00216; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1141; ORGANISM=NULL CCCCAAGUGGCGGAAUAGGUAGACGCAUUGGACUUAAAAUCCAACGGGCUUAAUAUCCUGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCUUGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -31.10 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -31.10 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -28.84 (((((((..(((...........))).((((((((.......(((.(((............))).))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -28.07 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).(((.......)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -27.89 (((((((.......(((((.((.(.(.(((((.......))))).).)))......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -27.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -27.59 (((((((...((((...((((......(((((.......))))).(((.......)))..))))........))))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.60 (((((((..((((.(((..........(((((.......))))).........))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -26.31 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -25.36 (((((((...((((..........((((((((.......))))..(((.......))).)))).........))))..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -25.21 (((((((.......(((((........(((((.......)))))[[[[[[[.....)))))........]]]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -25.17 (((((((..........((((......[[[[[[[[..........(((.......)))..)))).....]]]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.15 New CC F-measure-avg: 0.642, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... Energy of known structure: -17.85 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -24.10 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -22.95 (((((((..(.(((..(((.....((((((.......))))))......)))..(((.(.....).))).))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -21.80 (((((((..(.(((.......((.((((((.......)))))).))...(((.....)))..........))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -21.60 (((((((.........(((.....((((((.......))))))......)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -20.65 (((((((..(.(((..........((((((.......))))))((((..(((.....)))...))))...))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -20.50 (((((((..............((.((((((.......)))))).))........((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -20.30 (((((((..(((.........)))..............(((((((((....))))..)))))............))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -20.20 (((((((..(((.........))).(((((.......)))))(((((....))))).((.((.....))..)).))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -19.90 (((((((..(((.........)))((((((.......)))))).(((....)))((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.70 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.........))).....))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -19.45 New CC F-measure-avg: 0.619, New CC F-measure-best: 0.727, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... Energy of known structure: -24.09 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -28.45 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -28.45 ((((((((.............(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -27.50 ((((((((.................(((((((.......)))))))...((((......))))........)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -27.10 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -26.20 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -25.60 ((((((((.........(((((.....)))))....(((....((((....))))((((...)))))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -25.30 ((((((((.......((((((......((((((....).)))))))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -25.30 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.22 ((((((((.......((((((......((((((....).))))))))))).....((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -24.20 ((((...)))).....((((.(.(.((((((((...(((....((((....))))((((...))))))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.90 ((((((((........[[[[.(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...))))))))]]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -23.87 (((.....))).....((((.....((((((((...(((....((((....))))((((...)))))))))))))))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.59 ((((((((.((......(((((.....)))))........)).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.49 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.40 ((((((((.(((...........)))...((((....(((.((((((....))).)).).)))))))....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.24 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.02 (((.....))).....((((.....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))...)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.90 New CC F-measure-avg: 0.490, New CC F-measure-best: 0.711, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -12.30 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -22.07 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -22.07 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -19.04 (((((((([[[))))))))..(((.{{{{.....)))........]]]((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.44 (((((((((((...........[[[.{{{{....{{{........)))]]]......}}}..))))))))}}}} New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -15.10 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.74 ((((((((.((((.......)))).(((((....[[[)))))...............]]]..)))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.72 ((((((((.((((.......))))..........((((((((.....))))).....)))..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.60 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.30 (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]].........}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -13.85 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -13.80 ........(((..(((.....[[[.{{{{)))..]]]........)))((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.69 (((((((([[[))))))))...............(((........]]][[[[[[...)))........]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.61 ((((((((.((((.......))))...(((....[[[.......)))..........]]]..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -13.04 (((((((([[[))))))))......((((................]]][[[[[[....))))......]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.01 ((((((((.(((.....(((..(((..(((.((.(....).)).))).))))))...)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -12.80 ((((((((...))))))))......((((((....).)))))......((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -12.73 ((((((((.((((.......)))).............(((((.....)))))..........)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -12.50 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -12.50 ((((((((...))))))))..(((...[[[....))).......]]].((((((..............)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.18 ((((((((...))))))))........(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.11 New CC F-measure-avg: 0.319, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -29.45 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -29.45 (((((((.((((....))))....(((...((((..((..(.((((((....)))))).)..))..)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -29.45 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -28.10 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))...(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -27.74 .(((((..((((....))))..))).)).((((.....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))...)))) New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -27.74 (((((((.((((....))))....(((...((((........((((((....))))))........)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.45 (((((((((((((.(((........))).))))))........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -27.25 (((((((.((((....))))....(((...((((..(..((.((((((....)))))).).)..).)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -27.19 (((((((....((((...((.((..(((.(((.......))).(((((....))))))))..)).))..)))).))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -27.15 (((((((.((((....))))......((((((.......)))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -26.75 .......((((((.(((........))).)))))).(((((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -26.25 (((......)))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.05 (((((..((((((.(((........))).)))))).......((((((....)))))).......)))))....((......)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.95 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))..((((((....))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -25.94 (((......)))...((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.86 (((((((.......((((......[[[[.{{{{..{{{{))))..(((....)))]]]]........}}}}...)))))))}}}} New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -25.83 (((((...((((....)))).....(((.(((.......))).(((((....)))))))).....)))))....((......)). New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.136, New CC F-measure: 0.140, New CC Energy: -25.80 (((((((.((((....))))..........((((........((((((....))))))........))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.65 (((......)))..(((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))...))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.57 New CC F-measure-avg: 0.347, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00254; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7662; ORGANISM=NULL GGCUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUAGGGUAAGGUCCUAGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAGUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -23.99 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -34.85 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -34.85 (((((((.((((....))))......(((((((.....)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -33.50 (((((((.((((....))))......(((((((.....))))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -32.15 (((((((.((((....))))........(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -31.50 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -30.45 ((((....))))...((((.......(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -30.40 (((((((...(((((........((.(((((((.....))))))).)))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -30.29 ((((....))))(.((((.((.....(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))..))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -30.10 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))((.....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -29.65 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))((((((..((....))..)))).))......)))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -29.55 (((((((..(((.((((........))))..))).((((....(((((....))))).((....)).))))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -28.95 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))......((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.90 .((.((..((((....))))..))))..(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -28.85 ........((((....))))...(((.((((((.....)))))).(((....))).((((((.......))))))...))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -28.80 (((((((...(((((...........(((((((.....)))))))...)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -28.49 ((((....))))..............(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -28.40 ((((....))))......(((((((.(((((((.....))))))).)))).)))..((((((.......))))))((.....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -28.20 (((((((.....))).)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..((......)). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -28.15 (((((((.((((....))))..........((((.((.((...(((((....)))))..)).))...))))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 New CC F-measure-avg: 0.499, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -30.50 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -30.50 (((((((.((((....))))........(((((....).))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.70 (((((((.(((((...(((((...[[[[[))))).......)))))(((....)))]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -27.14 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -26.90 (((((((.((((....))))((((........)))).......((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -26.70 (((((((.........(((((........))))).........((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -26.10 (((((((........((((.......)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.50 (((((((((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.35 (((((((.((((....)))).......((((((....).)))))((((...))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -25.10 (((((((.........(((((...[[[[[)))))..........(((.....))).]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.91 New CC F-measure-avg: 0.538, New CC F-measure-best: 0.723, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -23.49 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -37.10 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.226, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -37.10 (((((((.((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.......((.(((.......))).)).(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).))))....(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -35.30 ((((((((((...((((........))))(((((..(((.((((((((....))))).)))))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -32.92 ((((((((((((.((((........)))))).........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -32.90 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.80 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))..(((.......))).))))))...... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.130, New CC F-measure: 0.136, New CC Energy: -32.70 ((((((((((.......((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -32.60 (((((((....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -32.31 (((((((.((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -32.30 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -32.30 ((((((((((...((((........))))...........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -31.70 (((((((.(((((.(((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -31.60 (((((((......((((........))))((.((..(((.((((((((....))))).))))))..)).))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -31.40 ((((((.....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).)))))))).......))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.16 (((((((.((((....))))....((.((......)))).((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -31.10 ((((((..(((((.(((........))))))))...((..((((((((....))))).)))..))........))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.10 ((((((((((.(((((..........((((((.......))))))(((....)))......)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -31.00 ((((((..((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).)))............))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.00 New CC F-measure-avg: 0.307, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -25.80 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -25.80 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......)))))..]]]]((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -24.63 (((((((..((((.........))))..............((((.....[[[[[))))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -22.58 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -21.90 New CC F-measure-avg: 0.869, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -20.90 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.90 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.80 (((((((..((((.[[.[[..))))...........]].]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.23 (((((((..((((........)))).............(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -17.00 (((((((..((((........))))...(((..(.......)..))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.99 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -16.80 New CC F-measure-avg: 0.685, New CC F-measure-best: 0.780, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -23.80 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.80 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.56 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -20.56 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -20.30 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.77 New CC F-measure-avg: 0.563, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -31.60 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -32.20 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -32.20 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))....)))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -31.50 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.00 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -28.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -27.90 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -27.80 ((((((((((.......(((.((((((((((.......))))))........))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -27.68 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -27.65 (((((((((((((........))).((((((.......)))))).((((.......)))).)).)))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -26.70 New CC F-measure-avg: 0.606, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -26.25 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -26.25 ((((((((((.....((((((((((.....))).)))))))...(.(((......))).).)))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -25.95 ((((((((((......((((.((((...(((((...........)))))...)))).)))))))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -25.84 (((((((..(((...((((((((((.....))).)))))))...))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -25.20 ((((((((((.....(((((((.......[[[[.)))))))................]]]])))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.55 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.50 ((((..(..(((...((((((((((.....))).)))))))...)))..)))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.80 (((((((........((((((((((.....))).))))))).(((((((......)))..)))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.70 (((((((........((((((((((.....))).))))))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.50 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))....(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.00 ((((((((((......((((.((((.(((((.......))))).........)))).)))))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.95 (((....(((((....)))))...[[[[.))).....]]]]..........(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.14 ((((.....((((........)))).(((((.......))))).......))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.10 (((((((........(((((((.......[[[[.)))))))................]]]]....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -21.86 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).(.(((......))).).)))).)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -21.85 (((......((((........))))....))).....(((....)))....(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -21.85 (((((((.........((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -21.37 (((((((..((((..((((((((((.....))).)))))))...............)))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.32 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........(((((....))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -21.30 (((((((..((((........))))...((((((((....)))).))))..(((....)))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.20 New CC F-measure-avg: 0.385, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. Energy of known structure: -27.60 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -31.30 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -31.30 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -30.10 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))....)))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -29.90 ((((((((......((((.....(((((((.......))))))).))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.80 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -28.70 ((((((((......(((((.((((((((((.......))))))).........))).))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -28.46 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -28.20 ((((((((((....((((......))))..((((((..(....)..))))))........)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.45 ((((((((((.....(((.....(((((((.......)))))))..)))...........)).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -26.24 ((((((((((....((((.....(((((((.......))))))).))))...........)).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -26.12 ((((((((......((((......))))..((((((..(....)..))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.45 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))).............))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -25.17 ((((((((......(((((..(((((((((.......)))))).)))..........))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -25.10 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -21.80 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -26.00 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -23.70 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -22.90 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -22.30 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).((((((.......))))))..(....).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.00 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).....((((....(((......))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.00 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -29.76 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.76 (((((((.(((((.((((....)))).(((((((...)))))))))))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((.[[[[[[..))))......((((.((((....)))).)))).]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.25 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -27.60 (((((((..((((.........))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -27.30 (((((((.(((((..((((((.((((.....))))...)))))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 (((((((..((((.[[[[[[..))))...........((((....))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -25.35 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.60 (((((((.......((((....)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -24.40 (((((((.(((((.[[[[[[.......(((((((...))))))))))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -24.39 (((((((.......((((....))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -24.10 (((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((((...)))))))...........]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -23.85 (((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -23.10 (((((((.......((((((..((((.....))))..((((....))))......)))))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.01 (((((((..((((.........))))..((((((...))))))(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -22.99 New CC F-measure-avg: 0.641, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -26.74 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -26.74 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.)))))))...(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.46 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -24.50 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -24.30 .(((((........)))))..............(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.65 ((((....)))).(((((((...))).))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.15 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.14 (((((..........(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))).....))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -22.89 .(((((........)))))....(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.77 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.))))))).....(((......)))......]]]]}}}} New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -22.76 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.64 ((((....)))).(((((........)))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.55 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -22.40 .(((((........)))))...(((((((...)))))))....(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -22.20 .(((((........)))))....(((((((.[[[[[[)))))))....((((.......))))]]]]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.16 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -22.10 .(((((........)))))....(((((((.[[[[[[))))))).....(((......)))..]]]]]]...... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -21.96 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -21.60 .(((((........)))))...(((((((...)))))))(.(.(((((((((.......)))))...))))).). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.60 ((((....))))...(((.....(((((((..[[[[.)))))))..)))(((......)))..........]]]] New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -21.60 New CC F-measure-avg: 0.409, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00325; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP8560; ORGANISM=NULL GGGACAUUGGUCUAGUGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGAGUUCGAUUCUCGGAUGUCCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -26.60 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -26.60 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -24.70 (((((((((..((.(.((.....(((((((.......)))))))..))).))..)........)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -22.52 ((((((.................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -22.16 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -21.90 (((.(((((...)))))......(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]]))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.80 (((.(((((...)))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -21.70 (((((....(((.........)))((((((.......)))))).)))))..((((((...))))))......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -21.70 .((((....))))..(((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -21.30 New CC F-measure-avg: 0.638, New CC F-measure-best: 0.872, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.49 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.732, Initial Energy: -21.07 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.07 (((((((..(((.....)))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.60 (((((((..(((..........)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -18.44 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.49 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.40 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -17.20 (((((((..((((...))))((((......((((.((((((.....))...)))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -16.50 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.40 (((((((..((((...))))...((((........[[[[.....)))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.53 (((((((..((((...))))..[[[..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]. New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -15.38 (((((((..(((....[[[[..)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -14.84 .........((((...))))..(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -14.70 (((.......))).(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -14.70 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -14.63 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... Energy of known structure: -28.00 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -31.08 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -31.08 (((((((..((((((((((........)))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -30.48 (((((((..((((...[[[[.......[[[[[[.{{{{{{))))]]]]]].}}}}}}........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -30.36 (((((((..((((((((((((...))).))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -29.74 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -29.14 (((((((..((((...[[[[.))))..(((....)))]]]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.60 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -28.00 (((((((......((((((((...))).)))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -26.60 (((((((......((((((((...))).))))).((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.49 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.00 (((((((......((((((........)))))).((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.89 (((((((..((((...[[[[..(((.....))).[[[[[[)))).......]]]]]]........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.36 (((((((..((((........)))).........((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -24.29 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.20 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -31.40 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -31.40 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((...........{{{...)))))...]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -30.91 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......)))))(((((...)))))..]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -30.90 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -29.12 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((.......))))).{{{.....]]]]]].......)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((....[[[[.))))..((((.......))))((((((...)))))).]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((((((......)))..((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((.......))))).........]]]]]].......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.67 (((((((..((((..[[[[[..))))........]]]]]..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -28.35 ((((((((((.....((((((...((.(((((.......)))))..)).....))))))...))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.93 (((((((..(((((......(((((........))))).....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.75 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.23 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -27.22 (((((((..(((((...[[[[.......((((.......)))))))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.25 (((((((..((((..[[[[[..)))).(((((..]]]]]))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -26.20 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -26.20 (((((((..(((((.[[[[[[.......((((.......))))))))).....]]]]]].......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.19 ((((.....((((...........((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).)))))))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -25.85 (((((((..((((..[[[[[..))))........]]]]]....((((((...))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.85 ((((.....((((.........)))).(((((.......))))).(.(((((((.......))))).)).))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.70 New CC F-measure-avg: 0.667, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -5.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -12.20 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -12.20 ...............(((...((((((.......(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.39 .((((...........))))........(((((.(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]..))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.38 ..........(((((((......)))))))....(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.29 ..........(((((((......)))))))....((((...(((.((((((.......)))))).))))))).. New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.80 ...............(((................(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.69 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.60 (((((((........(((((...)))))......(((((((......))))))).........))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -8.50 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -8.50 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -8.40 New CC F-measure-avg: 0.240, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. Energy of known structure: -10.15 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -14.91 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.91 (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.03 ...(((......[[[.[[[[..........)))]]]].((((((..]]].)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.59 ......................((((......))))..((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.50 .........((((.....))))((((......))))..((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -12.50 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -12.10 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -11.95 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -11.90 .(((.....((((.....)))).((((((.....))))))......)))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -11.40 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -11.20 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -11.04 ...........((((..(((...((((((.....)))))).....))).)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -10.66 (((.........(((...((...((((((.....))))))...)).)))....))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -10.62 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -10.00 ............(((...((...((((((.....))))))...)).)))........ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -10.00 (((......((((.....)))).((((((.[[[[)))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -10.00 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -9.72 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -9.70 ...(((...((((.....))))........))).....((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -9.55 ................((((.............)))).((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.51 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... Energy of known structure: -26.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -29.00 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.00 ((((((((.((((...[[[[.)))).((((((((..(((......)))..))))))))]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -28.16 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -26.50 ((((((((.((((...[[[[.)))).((((((((................))))))))]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.24 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((.........)))))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.16 ((((((((.((((........))))...((((((......................))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -26.04 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))...))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -25.90 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((................)))))......]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.94 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -24.88 (((......((((........))))....((((((.............(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -23.29 New CC F-measure-avg: 0.511, New CC F-measure-best: 0.698, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... Energy of known structure: -21.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -27.19 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -27.19 (((((((((((((...[[[....))))).......(((((....)))))..{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.79 ((((((((.(((....[[[...))).((((((....).)))))........{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -26.77 ((((((((.(((..........)))(((.((((..(((((....)))))..)))).))).....)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.54 (((((((((((((...[[[....)))))......(((((((((....))).))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.59 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -24.58 ((((((((.(((..........))).........(((((((((....))).)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.99 .((((((.(((((..........)))))......(((((((((....))).))))))....))))))((....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.99 ((((((((.(((....[[[...)))..........(((((....)))))..{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.57 ((((((((.(((....[[[...)))(((.((((..(((((....)))))..)))).)))]]]..)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -23.48 ((((((((........(((......(((.((((..(((((....)))))..)))).))))))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -23.25 ((((((((.(((....[[[...))).........(((((((((....))).))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -23.13 (((((((((((((..........))))).......(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.99 (((((((((((((...[[[....)))))......((((((...........))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.98 New CC F-measure-avg: 0.396, New CC F-measure-best: 0.698, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -24.79 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -34.49 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -34.49 (((((((.((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))...))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -33.59 ((((((((((.(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....))).......))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -33.49 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -33.29 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).[[[[[.)))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.62 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -32.59 (((((((....(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....)))...........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -32.29 ...((((.(((...(((........))).((..((((..(((...((((((....))))))....)))))))..))....)))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.39 (((((((....(((.((((.......)))).)))...........((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.20 ((((((((((.................(((((.......))))).((((((....))))))..............))).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -30.70 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))....))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -30.22 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))...........((((((....))))))..............))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -30.00 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((...((((........))))......[[[[[.)))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -29.12 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -29.02 ...((((....(((.((((.......)))).)))........(((.(((((....)))))..(((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -28.80 ((((((((((.................(((((..[[[..))))).((((((....)))))).......]]]....))).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -28.62 ((((((([[[[(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).[[[[[.)))...]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -28.56 ...((((.....(((((..(.......(((((.......))))).)..))))).(((((....((((.......)))))))))..)))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -28.53 ((((((([[[[(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -28.32 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -28.18 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -32.15 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -32.15 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -31.15 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))...(((((...)))))..(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -30.15 ((.((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))))).)).......((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -28.99 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))....(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -28.95 (((((((.......(((((.((....((((((.......))))))...)).....)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -28.34 ((((....))))....(((((.....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))......))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.30 (((((((.......(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -28.23 (((((((((((......)))).....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -27.20 ((((....)))).(((.((((.......))))..)))..((((....(((((...)))))..(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -27.10 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.45 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))....(((((.(((.....)))))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -26.05 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))....(((((.(((.....)))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.05 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.95 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.95 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))....(((((.(((...)))..))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -25.90 ...((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))))..........((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.89 New CC F-measure-avg: 0.451, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -37.95 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -37.95 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -37.75 (((((((.......(((.((....)).)))((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -37.64 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -36.65 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -34.05 (((((((.......(((.((....)).)))............((.((((((......))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -33.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -33.80 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -32.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -32.70 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.35 (((((((...........(((((...((((((((...))))))))((((((......))))))......))))).......))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -32.07 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))..............(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -31.15 (((......)))..((((.....((((((.((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))...)))))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.04 (((......)))...((((....((((((.((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))...))))))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.64 New CC F-measure-avg: 0.428, New CC F-measure-best: 0.720, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -33.80 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -33.80 ..((((((((((....))))))))))...(((((.........(((((...))))).((((.......)))).)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -33.20 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).((((...))))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -33.00 ..((((((((((....)))))))))).((((.......)))).(((((...))))).(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -32.70 ....((((((((....))))))))(((((((.......))))))).(((.((.((..(((((.......))))).)).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -31.30 (((((((.......(((.(((((((....))))..))).)))..((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.90 ..((((((((((....))))))))))......((((.......(((((...))))).(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -30.70 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).((((...))))..((((.......))))...(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -30.20 ..((((((((((....)))))))))).((((.......)))).(((((...))))).((((.......))))...(((...))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -29.90 (((((((.......(((.(((((((....))))..))).))).(((((...))))).((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -29.30 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.00 ((((((((((((....)))))((((....))))..........(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.90 ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........(((((((....((....))..))))))).))))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.55 ..((((((((((....))))))))))...(((((..........(((((((....((....))..))))))).)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.05 ..((((((((((....))))))))))......((((.......(((((...))))).((((.......))))...))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.00 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -27.80 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -27.80 ((((((((((((....)))))((((....))))..........(((((...))))).((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -27.70 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).(((((((....((....))..)))))))...(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.185, New CC F-measure: 0.208, New CC Energy: -27.60 ......((((((....))))))(((((..(((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.55 New CC F-measure-avg: 0.273, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -30.09 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -30.09 .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -28.99 .((((((((((((....)))))....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.70 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.50 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -27.30 ........((((...((((((.....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.60 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.40 ........((((...((((((..((((..(((...(((......(((((...)))))......)))...))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.71 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -25.57 ........((((...((((((......(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -25.20 ........(((((....))))).(((((((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -25.10 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -24.71 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((.((.....((.(((((.......)))))))...)).))) New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -24.28 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.24 .(((((((......(((((.....................)))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.09 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((((...))))).(((((.......)))))........... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -23.94 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((.((.....((.(((((.......)))))))...)).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.69 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -23.58 ....(((((((((....))))...)))))((..(((.........((((...))))..(((((.......)))))...)))..)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.35 ........((((...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.35 New CC F-measure-avg: 0.552, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -36.55 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -36.55 (((((((.(((..((((((....((((.(((((.......)))))..)))).)))....)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -35.25 (((((((.(((..(((.......((((.(((((.......)))))..))))........)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -33.92 (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -33.80 (((((((.((......)).....((((.(((((.......)))))..))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -32.50 (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -32.29 (((((((.(((............((((.(((((.......)))))..)))).............)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -31.57 (((((((.(((..(((((((........(((((.......)))))...)))).......)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.84 (((((((........((((....(((.(....).)))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.50 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -34.10 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -34.10 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -31.70 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -31.40 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -29.90 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((((......)))))))...((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -29.62 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -28.12 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -28.10 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -27.90 New CC F-measure-avg: 0.533, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... Energy of known structure: -26.90 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -31.09 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.09 (((((((..((((........))))..(((((...........[[[[.))))).....]]]]...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -30.81 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))).)))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......)))))...]]]]](((....)))....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.04 (((((((..(((((((((........(((((.......))))).......))))).)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.86 (((((((...(((.(((..(((.((....)))))...))).)))....(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.80 (((((((...(((.(((..(((.((....)))))...))).))).....((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.10 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((.......)))....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -26.00 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))((((...........))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.69 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -25.30 .(((......))).(((..(((.((....)))))...))).((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -25.10 New CC F-measure-avg: 0.610, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... Energy of known structure: -9.60 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -13.20 New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.20 ......(((((.....[[[{{{{{..[[[[[.))))).]]]]]..............]]]...}}}}}.... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -12.22 .((((.(((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((....))))))).)))).... New CC sens: 0.947, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.20 .(((((....((((.......)))))))))...........((((..(((((....)))))..))))..... New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -10.71 .((((.....((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...)))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -10.40 ...(((((.....)))))........(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -9.80 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -9.60 New CC F-measure-avg: 0.618, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -23.15 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -23.14 (((((((..(((..(((((......)))))...)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -22.80 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -22.65 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -22.45 (((((((..((((((...))).))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.80 (((((((..(((.((((.......))))[[[[[)))......]]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -21.78 ((((((((.((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]].............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -21.56 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.55 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -21.35 (((((((..(((....[[[[......[[[[[..)))..]]]]].]]]](((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -21.14 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -21.00 ((((((((.(((..(((((......)))))...)))..(((....))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.00 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -20.70 (((((((..(((....(((.........)))..)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -20.60 ((((((((.((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]]..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -20.55 (((((((..((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]]....((.....)).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -20.46 (((((((..(((..............[[[[[..)))..]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -20.12 (((((((..((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]]...((((...))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -19.86 ((((((((.(((...[[[..........[[[[[)))......]]]]].]]].............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -19.81 (((((((..(((...[[[........[[[[[..)))..]]]]].....]]]....((.....)).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -19.75 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -27.76 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -27.76 ((((((((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))...))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -27.65 (((((((...((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -25.90 (((((((.....((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.12 (((((((.(((((....[[[[[))))).................]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -24.00 (((((((..........(((((...((((((....).)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.95 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.90 (((((..(((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).......)))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -23.49 (((((((.(((((.........)))))........(((..(((.((...)).)))..)))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.10 (((((((.(((((....(((((...(((((.......)))))..))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -22.95 .....(((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))..((.....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -22.36 .....(((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))..((.....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -22.25 New CC F-measure-avg: 0.507, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -23.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.20 (((((((..((((....[[[.))))...{{{.......]]].......(((((.......))))))))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -22.87 (((((((..((((....[[[.)))).............]]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.80 (((((((..........(((...[[[[.{{{.......)))..]]]].(((((.......))))))))))))}}}. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -20.84 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -20.80 (((((((..........(((...[[[[...........)))..]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -20.17 (((((((..((((....[[[.)))).((((........]]].......[[[[[.))))..]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.27 ..(((.....)))....(((((....(((((.......)))))..((.(((((.......))))).))..))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -18.60 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -28.00 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -28.00 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -24.45 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.20 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -23.75 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.50 (((((((.(((((.........[[[[[[))))).........]]]]]](..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.41 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... Energy of known structure: -23.00 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -24.10 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))..(((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -23.00 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.00 ((((((((((...............(((((.[[[[..))))).....]]]]........))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -22.79 ((((((((((.....(((....((((((((.......)))))...)))....)))....))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.46 (((((((..((((.......)))).(((((.[[[[..))))).....]]]]............))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.89 ................(((((....(((((.......))))).((((((((.......))))).))).))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -20.90 ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.10 ................(((((....(((((.......)))))(((((.(((......))))))))...))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -19.90 ...((((.........(((((..(.(((((.......))))).)....(((......)))..)))))..)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -19.70 ((((((((((......((.(((.......)))))..(((((.......)))))......))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -19.60 New CC F-measure-avg: 0.584, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -10.00 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -10.00 ..((((....((((.....)))).[[.[[))))...]].]]((((((((......)))....)))))... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -8.12 .(((((((..((((.....))))...........((((.................))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -7.72 ..(((((((.((((.....)))).)))..)))).((((...[[[[[.........))))...]]]]]... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -7.69 .(((((((..((((.....))))..((((..........................))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -7.66 ..((((....((((.....)))).[[.[[))))...]].]](((((................)))))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -7.00 ..((((....((((.....))))..[[[[))))........(((((.........]]]]...)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -6.95 ..((((....((((.....))))......))))........((((((((......)))....)))))... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.85 ..(((((((.((((.....)))).)))..))))........(((((................)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -6.83 .(((((((.(((......................[[[[)))..............]]]]))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.412, New CC Energy: -6.81 ..((((....((((.....))))......)))).((((...[[[[[.........))))...]]]]]... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -6.59 ..((((...[[[.............{{{{)))).....]]](((((.........}}}}...)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.23 .(((((((..((((.....))))....................................))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -6.16 ..((((....((((.....))))..[[[[))))......................]]]]........... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.00 New CC F-measure-avg: 0.408, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -27.00 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -26.60 (((((((......((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..)))))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.25 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.60 (((((((..(((.........(((((((((((....).)))))....)))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.91 (((((((..((((((((........(((((....))))).....)))))))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.64 (((((((.(((((..........)))))....................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -22.39 (((((((.(((((.....[[[[[))))).................]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -21.82 (((((((...........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.65 (((((((..............(((((((((((....).)))))....))))).............))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.63 New CC F-measure-avg: 0.615, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -34.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -34.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -34.00 .((((((..((((........))))...((((((..((((.((....).).)))).))))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -31.45 .((((((..((((...((((.....)))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -28.75 .((((((....((((......((((((((((.......)))))............))))).))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -27.95 .((((((....((((...(..(((..(((((.......))))).)))..)...........))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -27.94 ..((((...((((..(((((.....)))))))))....))))..((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -27.29 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] Energy of known structure: -28.60 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -29.86 New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.86 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -28.60 .(((((((.((((....[[[[.))))...(((........)))......[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -25.86 .(((((((.((((......(..((...(((((.......)))))..))..)..))))..)))))))........... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -25.40 .((((((..((((.........))))...(((........)))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -24.90 .(((((((.((((.........)))).(((((.......)))))...............)))))))........... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.20 .(((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]]..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -23.00 New CC F-measure-avg: 0.510, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -27.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -27.35 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -27.35 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.00 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -25.70 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.35 .((((((......((((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))))..........))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.65 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.15 .((((((..((((......[[[[[[......))))..........]]]]]](((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.99 .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -22.85 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.50 .((((((..((((.((...)).))))....(((((.((((......)))).)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -22.20 New CC F-measure-avg: 0.673, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -24.60 New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.60 .((((((....(((((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))..))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -24.30 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.90 .((((((..((((.........))))......((((.[[[[[)))).....]]]]]..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -23.26 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -23.00 .((((((.......((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))).....))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -22.71 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -22.18 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.01 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.00 .((((((....((((..........(....).((((.[[[[[)))).....]]]]]......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -21.76 .((((((..((((.[[[[[[..)))).....((((...(((....)))...))))]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.40 .((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((.......)))))...........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.15 .((((((..((((.........))))......((((......)))).....((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -21.10 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -20.95 ..((((((.((((.(((....))).(....)))))...)))))).(((..((((..((.....))..))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.65 .((((((..((((.[[[[[[...........))))...((((((....)).))))]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -20.58 .((((((..((((.[[[[[[..))))......((((......)))).........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.25 .((((((....((((....(.(((.(....)))))..(((((.........)))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -20.00 .((((((..((((..................))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -19.76 New CC F-measure-avg: 0.471, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] Energy of known structure: -11.00 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -17.14 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.14 .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].......(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -16.20 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.((((..]]]]]]............))))..)))))).}}}. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -14.48 .((((((..((((((((((............[[[.[[[[.)))))))))).........]]]]..)))))).]]]. New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -14.45 .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].........(((.......)))..)))))).}}}. New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -14.10 .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -13.90 .((((((..(((((((((((((..............))))).))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -13.13 .((((((....(((((((((((((........))..))))).))))))(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.10 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]].(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.06 .((((((..((((((((((................[[[[.)))))))))).........]]]]..))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -12.51 .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))...............))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -12.38 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -12.11 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -11.80 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -11.40 .((((((.(((((.........)))))(((((...[[[[)))))...............]]]]..))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -11.29 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]]...(((.......)))..)))))).}}}. New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -11.06 .((((((.(((((...[[[[[.)))))(((((.......))))).............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -10.87 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....(((....)))]]]]]].(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.55 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].........(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.51 .((((((.(((((...[[[[[.)))))...((((....))))...............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.47 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.20 (((((((....((((..........(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -21.50 (((((((..((((.[[[[..))))..............]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -20.83 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.50 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -27.70 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -27.70 (((((((((((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.37 ((((((((.((((..[[[[.)))).(((((.......)))))...]]]](((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -27.15 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -25.30 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -23.97 ((((((((.......((((......(((((.......)))))...))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -23.12 ((((((((.((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -22.90 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -22.39 ((((((((.((((.[[[[..)))).......]]]]........((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.35 ((((((((.((((.[[[[..)))).......]]]]......(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.32 ...........((((.(.(((.((.(((((.......))))).((((....))))...))))).).))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -22.25 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -25.30 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -25.30 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.30 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.80 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.10 ......((((((.(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))...)))))).. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -22.40 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((..((......))))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.20 (((((((..((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -21.20 (((((((..((((.[[[[..)))).......]]]]........((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -20.65 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((..((......))))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -20.30 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -29.17 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -29.17 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -28.00 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.10 (((((((..((((..[[[[.)))).(((((.......)))))...]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -26.35 ((((((((((.(.............(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.60 (((((((..((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -25.57 ((((((((((.((..((((......(((((.......)))))...))))..)........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.31 ((((((((((.....((((......(((((.......)))))...))))............)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -24.20 (((((((((((((.......)))...((((((...........))))))............)))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.59 New CC F-measure-avg: 0.641, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.92 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.92 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))...((.(((....))).))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.82 (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))....((((............))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -21.31 (((((((.((((((((((.((...(((((((.......)))))))..)).))).).))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -21.15 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -21.10 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.02 New CC F-measure-avg: 0.406, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). Energy of known structure: -3.70 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.87 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.87 ((((((([[[[[....[[[[[[..))))))).......]]]]]].(((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.97 ((((((([[[[[....[[[[[...)))))))......]]]]]...(((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.56 ((((((([[[[[....[[[[[[..)))))))........]]]]]](((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.18 ((((((([[[[[............))))))).......((((...{{{.]]]]]))))}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.14 ((((((..((((((..[[[[[[.))))))..........]]]]]].......)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -8.01 ((((((...((((((.....))))))....(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.00 ((((((..((((((..[[[[[[.))))))...........]]]]]]......)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -7.83 ((((((..((((((..[[[[[[.)))))).........]]]]]]........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -7.83 ((((((...((((((.....)))))).(((((((...)))))))........)))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -7.80 ((((((...((((((.....))))))...(((((((....))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -7.60 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.91 ((((((..((((((..[[[[[[[)))))).......]]]]]]].........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.90 ((((((.....(((((((((((...................))))))))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.30 ((((((..((((((.........)))))).(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.00 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]](((((.....))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.72 ((((((..((((((.........))))))(((((((....))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -5.50 .........((((((.....)))))).(((((((...))))))).(((..........))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -5.29 ((((((...(((((((...))))))).(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -5.27 ((((((..((((((..[[[[[[.)))))).........]]]]]].[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -5.20 New CC F-measure-avg: 0.314, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -40.60 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -40.60 ((((((((.....(((((((....((((.((.......))))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -38.25 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -38.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).........((..(((((((((.......))))..)))))..)). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -38.15 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -37.86 (((((((((((((.((((......).)))))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -37.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....((((.((.....))))))..........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -37.75 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((..(.(((((((.......))))).)).))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -37.70 ((((((((.....((((((.........)))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -37.40 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -37.21 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -36.50 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((......(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -35.30 (((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).........))))))).......((((....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -34.80 ((((((((.((((.((...)).)))).............((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -34.40 ((((..........))))........(((((((((........(....)...(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -34.19 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -34.15 (((((((((((((...........[[[[.)))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -33.91 (((((....((((.((...)).)))).(((((.......)))))....))))).(((......))).((((....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -33.90 ((((..........))))(((...((((.((.......))))))....(((((((((.......))))..))))).))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -33.69 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((.........((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -33.22 New CC F-measure-avg: 0.422, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -38.50 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -42.50 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -42.50 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -41.65 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))..((((((...(((......)))))))))........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.167, New CC Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((....)).(((......))).((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).))))..((((.....((((((...(((......))))))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -40.95 ((((.....)))).............(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -40.90 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -40.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -40.35 ((((((((.....(((((((.(((((.....)))))...(((....)))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -40.29 ((((((((.((((.((...)).))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -39.97 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -39.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -39.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..(((......)))((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -39.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..(((......)))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -39.35 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -38.75 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -38.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -38.59 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]]..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -38.26 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -38.20 (((((((..((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).)))))))))))).......((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -38.15 New CC F-measure-avg: 0.402, New CC F-measure-best: 0.851, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... Energy of known structure: -4.60 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.10 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.39 (((((((......((((((((....)))))))).((((((......))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.60 ((((((((((((((.......((.(((((....))))))).....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.46 (((((((((((((((((((((....)))))))).............))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.17 (((((((..((((.......))))..........((((((......))))))..))))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -10.60 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -10.30 New CC F-measure-avg: 0.506, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... Energy of known structure: -19.19 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -31.20 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -31.20 ((((((((((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -31.10 (((((((.(((..((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))...)))....))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.85 ((((((((((...((((((((......((((((.....)))))).(((....))).)))))))).....)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -29.44 ((((((((((...((((((((......(((((((...)))))))((((....)))))))))))).....)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.34 (((((((...((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -28.95 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.85 (((((((((.((....)).))......((((((.....))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -27.65 (((((((......((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.30 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.20 ((((((((((.....((((..(.(((.((((((.....)))))).(((....)))))).)...))))..)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -25.74 New CC F-measure-avg: 0.540, New CC F-measure-best: 0.756, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... Energy of known structure: -38.20 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -41.05 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -41.05 (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -40.55 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -38.85 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -38.35 (((((.(..((((.((...)).))))..).))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -36.90 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -34.60 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -34.10 (((((....((((.((...)).))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -32.99 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -33.39 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -46.09 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -46.09 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -45.19 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -44.25 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -42.15 ((((((..((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..)))))...)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -41.75 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -39.65 ((((((........((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))..........)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -39.35 ((((((((((((((((...))).))))).(((.(((((....))))).)))(((((....))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -39.10 ((((((.........(((((.......[[[[[[(((((....)))))..)))))........]]]]]])))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -38.57 ((((((((.(((((((...))).)))...(((((...((((((((.....))))))))..)))))))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -38.55 ((((((...(((((((...))).))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -38.40 ((((((........((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -38.15 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -38.00 ((((((((.(((((((...))).))))(((((((.....))))))).....(((((....))))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -37.80 ((((((...(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -37.60 ((((((((......((((.((......)).))))))))).)))...(((((((((........))).))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -37.05 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -2.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.64 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.64 ((((((..........((((((....))))))))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.35 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.86 ((((((.........(((((.......)))))))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.27 ....((((...(((((((.........)))))))....))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.94 ....((((.......))))....(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -4.90 ....((((.......)))).......................((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.90 ((((((....((((.(..(((........)))..).))))........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -4.76 ((((((...((((.....))))..........))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.67 ................((((((....))))))..........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.60 ....((((.......)))).(((((.......))))).....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 ...............(((((.......)))))..........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 ....((((.......))))....(((((...[[[[)))))..............]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -3.34 .........((((.....))))....................((((((...)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -3.30 ....((((........((((((....))))))......))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.19 .........((((.....)))).(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -3.00 ..(((.....((((.(..(((........)))..).))))......)))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.80 ....((((.......))))........((((((...))))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.80 New CC F-measure-avg: 0.120, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -25.20 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -25.20 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.40 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -22.58 ((((((((......(((.....)))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -22.10 ((((((((((((....[[[[..))))(((((.......))))).]]]]((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -21.14 ((((((((..((.((((.....)))).))...((((((((..........)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -20.99 ((((((((......(((.....)))(((((((((...............))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -20.45 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -36.60 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -38.45 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -38.45 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -36.10 (((((((.......((((..((.(((((((.......))))))).)).............))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -33.91 ...((((..((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -33.60 ...((((..((((.......))))..))))(((((..[[[[[[[[..)))))........]]]]]]]]....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -33.60 (((((((.......((((.....(((((((.......))))))).(((......)))...))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -33.14 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -33.00 ...(((((............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.75 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -32.75 ...(((((......))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -32.70 (((((.(.....).)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))).))))....... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -31.20 ((((.....((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -31.09 ((((.....((((.......))))..))))(((((..[[[[[[[[..)))))........]]]]]]]]....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -31.09 ...((((..((((.......))))..)))).......(((((((((((......)))...))))))))....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -31.05 (((((.(.....).))))).((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -30.95 New CC F-measure-avg: 0.437, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... Energy of known structure: -37.00 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -41.20 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -41.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -39.15 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -39.00 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -38.50 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -37.70 ((((((...((((.((...)).))))....)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -37.54 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.20 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -35.70 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -35.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -33.25 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -8.80 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.80 (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -8.70 (((((....((((..[[[[.))))...........]]]]............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -8.63 (((((....((((..[[[[.))))..{{{{.....]]]]............)))))}}}} New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -8.25 (((((((((((.....))))))...(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -7.90 (((((.........(((....))).(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.90 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -6.65 (((((....................(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -5.10 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_01117; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1010; ORGANISM=NULL CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... Energy of known structure: -39.39 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -42.15 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -42.15 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -39.60 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -39.50 (((((((((((((.....((.....)).(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -37.40 ((((((((.....((((.((.(.(((.(((((........))))).))).))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -37.14 ......(((((((((((.((.(..((.(((((........))))).))..))))))).........)))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -36.22 ...(((((.((((..(((((.....)))))..))))...)))))..((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -35.70 (((((((((((....)))......((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -35.50 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -35.39 (((((((((((..((((.((.(.....(((((........))))).....)))))))....)))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -34.75 ......(((((((...........((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -34.40 (((((((((((((..............(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -34.35 ((((((((......((((((.(.((((...)))).).......))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -33.99 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -7.20 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -9.69 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -9.69 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -9.09 ((((((((..........)))))....(((....)))))). New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -7.69 (((..........((((....))))..(((....)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -7.20 (((..(((..((.((((....)))).))...)))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.60 New CC F-measure-avg: 0.598, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SRP_00053; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BRU.MAL.; ORGANISM=NULL GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCA ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). Energy of known structure: -11.30 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.692, Initial Energy: -14.00 New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -14.00 (((..((......))...((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -12.70 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -12.60 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -12.10 ((((.(...).))))...((((((.....))))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.90 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.70 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -11.50 ((((.(...).))))....((((....((((......)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.50 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.30 .((((((......))...((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.70 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -10.55 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.50 (((..(((..(((.....))).)))..((((......)))).))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -10.35 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -10.20 New CC F-measure-avg: 0.321, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -3.20 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... Energy of known structure: -24.78 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -39.53 New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -39.53 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -39.33 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.[[[[[[.............))).......]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -37.98 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -36.75 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -36.40 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -35.78 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...))))))....(((((......)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -34.30 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))..........)))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.16 ((((((((((((((((((..[[[[[.....[[[.........)))))).....]]]...]]]]]..........)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -34.14 ((((((((((((((((((................[[[[[[..)))))).((........))..]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -33.87 ((((((((((((.......((((((.........[[[[[[.........))))))........]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -33.41 ((((((((((((..((((((...)))))).........(((....))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -33.40 ((((((((((((((((((..[[[[[...((.((....)).))))))))...........]]]]]..........)))))))))))).... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -33.08 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -33.01 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -32.95 ((((((((((((..((((((...)))))).....((((((.........((........))..)))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -32.65 ((((((((((((.......((((((.............(((....))).))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -32.54 New CC F-measure-avg: 0.461, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -2.40 New CC F-measure-avg: 0.800, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -31.72 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -46.90 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -46.90 (((((((((((.(.(((.....))))....(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).)))))))))))..... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -46.00 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -44.60 (((((((((((..(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))...)))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -44.35 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -43.10 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -41.72 (((((((((((........(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).....)))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -40.62 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -39.59 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -39.52 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -39.47 (((((((((.((((.[[[[[[..)))).........]]]]]]...((((((..((....))..)))...))).....)))))))))..... New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -39.08 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -38.97 (((((((((((....((((((...............))))))...((((((..((....))..)))...)))...)))))))))))..... New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -38.15 (((((((((((..(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))...)))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -38.01 .(((((......(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))..)))))....... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -37.59 New CC F-measure-avg: 0.501, New CC F-measure-best: 0.851, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -35.63 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -45.45 New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -45.45 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -43.95 ((((((((((((...(((((((((..........))))).)))).(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -42.29 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -41.00 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))........((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -40.59 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))..........))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -40.47 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....)))).((((((....))))))...)))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -40.40 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))......((((....))))........))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -39.85 ((((((((((((.(.((...(((((.....(((.....((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -39.83 ((((((((((((.(.((...(((((.......(((...((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -39.25 ((((((((((((.......(((((..........)))))......(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -39.19 ((((((((((((.(.((..(((((.(......).)))))......(((((....((((....))))))))))))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -37.80 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).......)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -37.20 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -36.79 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -36.60 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))..........((((....))))........))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -36.49 New CC F-measure-avg: 0.424, New CC F-measure-best: 0.692, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -52.58 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -56.48 New CC sens: 0.969, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -56.48 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New CC sens: 0.969, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.984, New CC Energy: -54.93 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -54.58 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -52.14 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -51.65 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -49.89 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).((((((..(....)..))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -49.04 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -48.84 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -48.30 ((((((((((((((((((((.........(((((((.....(((....)))..........))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -48.12 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((...........))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -47.78 ((((((((((((((((((((..((((((............((((...........))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -47.38 ((((((((.((((...(((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -47.02 ((((((((.....((.((((...((((....))))))))..(((....))).))(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -46.90 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....(((..(....)..)))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -46.64 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...((((..(....)..)))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -46.50 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....)))).....((....))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -46.34 ((((((((((((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))(((....)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -46.33 ((((((((........(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..))))).......)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -46.31 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -46.30 New CC F-measure-avg: 0.569, New CC F-measure-best: 0.984, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -1.40 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -8.65 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.65 ...........((((((.....))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.70 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). Energy of known structure: -15.20 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -16.10 New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -16.10 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.20 ..((((((((......))))))))...(((....))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -14.60 (((....(((((..[[[[.))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -14.53 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -14.20 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.10 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -13.50 (((((((......)).)))))......(((....))).... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -12.70 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.30 New CC F-measure-avg: 0.415, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). (((((.....((((((......))))))))))). Energy of known structure: -8.14 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -11.20 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -11.20 ((((((.....(((((......))))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -10.80 (((....[[[[.)))..............]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.18 .......(((((((((......)))))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.40 New CC F-measure-avg: 0.150, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... Energy of known structure: -11.90 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -13.60 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -13.60 ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -13.38 .((((((..((.((((...(((((...))))).)))).))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.75 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.29 ..((((((((......))))))))...((((......))))........ New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.80 ..((((((....))).)))(((((...((((......))))..))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.30 ......((((((((.((..(((((...)))))..))..))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.90 ((([[[[[[[..))).]]]]]]]....((((((......)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -9.88 ....(((........))).(((((...((((......))))..))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.70 New CC F-measure-avg: 0.330, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -3.00 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -25.09 New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.09 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....))).))))........))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.63 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.63 ((((((((((.((((.((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))....))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -22.89 ((((((((((......((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))........))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -22.48 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -22.19 ((((((((((((((..((((((((((..............(((....)))............)))).).)))))...)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.607, New CC Energy: -22.17 ((((((((((.......((((((......[[[[[((....(((....)))....)).......)))))).....]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -22.00 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....))).))))........)))))).........))))))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.93 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).........))))))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -21.93 ((((((((((.......((((((......[[[[[......(((....))).............)))))).....]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -21.91 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.79 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -21.49 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -21.23 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -20.92 ((((((((((..............................(((....))).................(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -41.04 New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -41.04 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..)))..))))))))))))...... New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -40.78 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))..)))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -38.69 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -38.49 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -38.14 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..))..)))))))))))))...... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.23 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -36.69 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).)).(((((......))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -35.49 ((((((((((((.....(((((........(((.....(((....))).....)))))))).((.....))...))))))))))))...... New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -35.39 ((((((((((((.....((((..(((........))).(((....))).....)))).(((.......)))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -35.30 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).)).(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -35.29 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...(((((................)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -34.47 ((((((((((((......((((............))))(((....)))....(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -33.79 ((((((((((((.....(((((.(((........))).(((....)))........))))).((.....))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -33.60 ((((((((((((.....((((..(((........))).......))))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -33.52 New CC F-measure-avg: 0.487, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -27.58 New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -27.58 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -26.39 New CC F-measure-avg: 0.799, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) Energy of known structure: -36.59 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -43.64 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -43.64 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.962, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -43.44 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))..))))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -39.89 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -38.54 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))).).)))))))))) New CC sens: 0.808, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -37.61 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -37.41 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..........)))))))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -35.57 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))).).)))))))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -35.41 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -35.21 New CC F-measure-avg: 0.846, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... Energy of known structure: -28.54 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -36.60 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -36.60 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -36.27 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).)......((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -35.00 (((((((((((.....(((.(((........))).)))..........((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -33.75 (((((((((((.((((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))..))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -33.57 (((((((((((..((((((((((.(....).)))..................))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -32.92 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).).........(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -31.25 (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).))).............(((((......))))).....))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -30.50 (((((((((((.(((((((((((.(....).)))..................)))))))...((....))..))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -30.22 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -30.00 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))..........)))))))))))..... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.75 (((((((((((.......(((((.((.((.(((...(((........)))..))).)).))...)))))....)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -29.35 New CC F-measure-avg: 0.367, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -2.50 ...(((....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.80 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.55 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.55 .(((((.((......)).)))))...(((....)))... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -11.40 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.00 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -10.30 .(((((............)))))...(((....)))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -8.99 ....((((.((.((((....)))).))..))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.90 ....(((((........((((((.....))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.59 .(((((............)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -8.59 ....((((......))))........(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.30 ....((((......))))(((((.....)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.10 ....((((......))))........(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 .(((((............)))))...(((......))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -7.89 (((..(((.((.((((....)))).))..)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.80 New CC F-measure-avg: 0.301, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0