> Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....)))..)))))). Energy of known structure: -24.43 Initial sens: 0.395, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -61.44 New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -61.44 ............(((((((((......((((((....))))))......(.(((((((.........((((.......))))...((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...)).))))).)))))))))) New CC sens: 0.053, New CC ppv: 0.047, New CC F-measure: 0.049, New CC Energy: -59.70 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((..((.....))..))...((((((..(((....)))..)))))). New CC sens: 0.395, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -59.64 ....(((((.....((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))..(((..(.........)..))).......))))).((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -59.54 .......((((([[[[[[[[[......((((((....))))))...)))))(((((((.........((((.......))))...((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...)).)))))..]]]]]]]]] New CC sens: 0.053, New CC ppv: 0.043, New CC F-measure: 0.047, New CC Energy: -58.84 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))...((((((..(((....)))..)))))). New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.356, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -58.73 ....(((((..((.((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))....((.((....)).)).)).........)))))(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.354, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -58.49 ............(((((((((...........((((.(..(((..(((((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))((((((((((....).)))))).)))((..((.....))..))...))..)))..).))))...))))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -58.27 ....(((((..((.((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))....((.((....)).)).)).........))))).((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.282, New CC Energy: -58.19 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).)).(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -58.14 ..............((((((((.....((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))..))))))))......((....))..((..((.....))..))...((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -57.64 .......((((([[[[[[[[[[[[[[[[[((((....)))).....)))))....(((.(((((..........))))).)))..((((((((((((((((....).)))))).))...........]]]]]]]])))))))...(((....)))]]]]]]]]] New CC sens: 0.289, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -57.44 ...........(((((((.........((((((....)))))).(((..((((((((.....)).)))).))..)))........)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.282, New CC Energy: -57.15 ............(((((((((......((((((....)))))).((.(((((...(((.(((((..........))))).)))...))))).))..(((((......((....))..((..((.....))..))....)))))..(((....)))))))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -56.94 ............(((((((((......((((((....))))))....(((((...(((.(((((..........))))).)))...)))))....(((((((.....((....))..((..((.....))..))..)))))))..(((....)))))))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -56.74 ...........(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))...((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.289, New CC ppv: 0.244, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -56.73 ...........(((((((.........((((((....))))))............(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).)).((..((.....))..))..(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -56.69 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............)))))(((((((..(((....)))..))))))) New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.376, New CC Energy: -56.68 ....(((((..(((((((.....((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..)))))))(((((((((....).)))))).))...............))))).((((((..(((....))).)))))).. New CC sens: 0.289, New CC ppv: 0.239, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -56.38 ............(((((((((..((..((((((....))))))......))....(((.(((((..........))))).)))..((((..(..(((((((....).))))))....((..((.....))..)).)..))))...(((....)))))))))))) New CC sens: 0.237, New CC ppv: 0.205, New CC F-measure: 0.220, New CC Energy: -56.18 New CC F-measure-avg: 0.272, New CC F-measure-best: 0.395, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > Arabidopsis UUACUUACCUGGACGGGGUCAACUUGUGAUCAAUAAGACGAGUGGCCUAGGCUAGUGACCUCCAUUGCACAUAACGGAGGGGUGCUUAGCUUAAGGUCUCCCCAAGUGGGAGAGCCUGCGUCAUUAUUUGUGGCAGAGGGGGCCUGCGUUCGCGCGGUCCCUAC ...........((((((((((.(((((..........)))))))))))(((......(((.((............))..)).)......))).((((.(((......))))...))).))))...............((((..(((((....))))).)))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. Energy of known structure: -20.29 Initial sens: 0.308, Initial ppv: 0.218, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -62.90 New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.218, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -62.90 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.264, New CC Energy: -62.34 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.226, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -61.29 .......(((....)))......((((.((.(((((((((...(((.((((((((...(((((............))))).....))))))))...((((((.....)))))))))..)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -60.73 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -60.60 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.288, New CC F-measure: 0.330, New CC Energy: -60.04 ..............((((...((((((..........))))))((((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).))))).))))..(..((....))..)(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.436, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -59.94 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -59.79 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((.(((....))).))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.479, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -59.69 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.....((((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -59.30 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.510, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -59.23 .......(((((...((((((.(((((..........)))))))))))...)))).).(((((............))))).............(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.511, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -59.13 .......(((.....((((((.(((((..........)))))))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).)))((((((.....))))))(((.(((........))))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.590, New CC ppv: 0.434, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -59.09 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -58.99 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -58.79 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((...(((((............))))).....))))))))(((((((((.....)))))).))).)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.337, New CC Energy: -58.43 .......(((....)))((((.(((((..........))))))))).((((((((((.(((((............)))))..))).)))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -58.23 ................(((((.(((((..........))))))))))((((((((...(((((.(((....))).))))).....))))))))(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -58.18 ...............((((((.(((((.....))))).....))))))(((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))).(((((((((.....)))))).)))..(((((.....)))))...(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -58.15 .......(((....)))......((((.((.(((((((((.......((((((((((.(((((.(((....))).)))))..))).)))))))...((((((.....)))))).....)))).))))).)).)))).(((((((.(((....)))))))))).. New CC sens: 0.308, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.264, New CC Energy: -58.10 New CC F-measure-avg: 0.402, New CC F-measure-best: 0.568, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL CGAGACAACAAUCGCCAGGGGCUUCGGCCCUGAUUCUCGUGAGAGAAGCCGCUGGAAAGCGGUUGUGGGCGCUGUCAUCAGAAAUACACAUGUUGGCCGGCGCUAUCGCCGCACCAAUGUGAUGGGAAAGGCAGCGGAUGUCUCGUUUGACUUUGCCUUAGGGUAAAGGUCU .((((((..........................(((((....)))))((((((....))))))......(((((((...............((((..(((((....)))))...))))...........)))))))..))))))....((((((.(.....)..))).))). 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New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -76.42 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.729, New CC Energy: -76.22 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.975, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -75.61 (((((((....((((..(((((....)))))..(((((....)))))((((((....)))))).)))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -75.41 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.589, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -75.32 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -75.12 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -75.01 (((((((....((((..(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))))))).(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.648, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -74.81 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -74.72 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.975, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -74.62 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.425, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -74.53 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -74.52 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((..........((((((((((.(((((....)))))..)))))))).)).....)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -74.42 (((((((..........(((((....)))))..(((((....))))).((((((....(((((....((((((((((.((..........)).))).)))))))...))))).(((......)))......)))))).))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -74.33 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -73.91 (((((((((((((((..(((((....)))))..(((((....)))))...........))))))))...(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..))))))).....(((((((....))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -73.71 (((((((..........(((((....)))))...((((....))))(((((((....))))))).....(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -73.31 (((((((..........(((((....)))))..(((((....)))))((((((....))))))......(((((((............((((((((.(((((....)))))..))))))))........)))))))..)))))))...(((((((((....)))))).))). New CC sens: 0.975, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -73.21 New CC F-measure-avg: 0.719, New CC F-measure-best: 0.848, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL gcUAGCACCGGCUGUGAUGCUGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAACAAAUAAGCCUAGGGAUGUGUUUGACACAUUACGGCGAGUGAAAAGGCUAAGUCCUUGAUAUGCCAGAGUAGCUCUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGC .(((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((((...))))))).)((.((((.....(((...(((...)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).)))))))). ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) 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New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -57.34 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).).....(.((......)).)..)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -57.14 ((((((((((((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)......))))...........)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.463, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -57.09 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New CC sens: 0.648, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.631, New CC Energy: -56.78 ((((((((((((......))))))..(((((((.....))))))).........((((..(((.....))).((((.(((.........(((..(((((((.(((..(((((...)))))...))).)).)).)))..)))(((((((....))))))).......))).))))..))))...)))))) New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.362, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -56.75 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.472, New CC Energy: -56.69 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.463, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -56.64 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.561, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -56.38 ((((((....((((((..(((..(((.(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((......((((......))))....)))).....))).)))..)))..)))))).......((((((((....))))))))(.((.....((....)))).)..)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.463, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -56.14 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.490, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -55.99 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.431, New CC F-measure: 0.446, New CC Energy: -55.94 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((.((.......(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))............((((((((....)))))))))).))))))).))))).......)))))) New CC sens: 0.648, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -55.78 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..))))).......)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -55.73 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.......(((..(((..((((......))))..)))..(((((...))))).....)))............((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -55.64 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))((((.....(((...(((...)))..)))......))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -55.39 ((((((....(((((((((.((..((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))...)))))))))))..(((..((((......))))..)))..(((((...)))))....((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))..........)))))) New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -55.39 ((((((((((((......))))))...(((((..((((((..........))))))...(((((((....((((..(((.......((((......)))).......(((((...))))).....)))..))))....(.((((((((....)))))))).).))))))).))))).......)))))) New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -55.29 ((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...(((((((.((.((((..(((((((.....(((...(((...)))..)))......)))).......)))..))))......((((((((....)))))))))).))))))).............)))))) New CC sens: 0.648, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -55.08 New CC F-measure-avg: 0.501, New CC F-measure-best: 0.660, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00320; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Streptococcus equi, strain equi; ORGANISM=NULL ACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUUGACAAACAgUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAUACCUAGUUAUUUCUG .(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. Energy of known structure: -19.11 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.475, Initial Energy: -29.10 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.475, New CC Energy: -29.10 .......(((((((((......((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -28.90 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -28.35 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -28.30 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -28.15 .......(((((((((.....(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -27.80 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -27.55 .(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -27.11 .(((..((....))..)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.710, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -27.05 .(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -26.91 .......(((((((((......((((((((((....)).....))))))))..(((((...........)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -26.89 .(((...........)))....((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -26.79 .(((...........)))....((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.960, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -26.59 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))....]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.395, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -26.31 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((...........)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -26.14 .......(((((((((.....(((((((((((....).....)))))))))).(((((...........)))))....)))))))))((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -26.09 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))...((((((......))))))............... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -26.05 .(((...........)))...(((((((((((....).....)))))))))).(((((.((.....)).)))))............(((((((((.....))))))))). New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -25.99 .(((..((....))..)))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....)))))).........((((((......))))))............... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -25.85 .(((...[[[[[[[[[)))..(((((((((((....).....))))))))))((((((....))))))..........]]]]]]]]]((((((((.....)))))))).. New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -25.81 New CC F-measure-avg: 0.590, New CC F-measure-best: 0.906, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL UCCAUCCAGACUUAUAGAUUGAAACUUUCCUUGAAAGUUUCGGCUUAUGAGUUACAAACUGCUCUUGAGAGCGUCCUUAGCGUGCAAACGCUGGGCGGUGCUAUCAGAAAUUUACCAGUCCUUACUUCGUAUUGGGACUGGAUGGGAAUGGCACUGCGGAUGGUUGGCCCUCUGAAUGAGAGAGAGGGCU .((((((....................................................(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((............(((((((((((...)))..))))))))........))))))).))))))...(((((((.........))))))). .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) Energy of known structure: -56.16 Initial sens: 0.864, Initial ppv: 0.594, Initial F-measure: 0.704, Initial Energy: -78.15 New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -78.15 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.864, New CC ppv: 0.623, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -77.90 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))).))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -77.44 .((((((.((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).........(((.((.(((..(((((((((....)))))))).)..))).)))))......((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.659, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -74.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))........(((....)))(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.523, New CC F-measure: 0.624, New CC Energy: -72.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))...((((((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).)))).(((((((.........))))))). New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.587, New CC Energy: -71.64 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....)))).(((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))).....((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -71.54 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.635, New CC Energy: -70.84 ........((((((((..(((((((((((...)))))))))))..)))))))).......((((....)))).....((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))........((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.582, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -70.70 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -69.65 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.654, New CC Energy: -69.44 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))................(((((.............)))))..((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.491, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -69.40 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))...((((((((....))))))))...................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -69.19 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))........((((((....)))))).((((((((((..........((((((((...........))))))))......))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -69.19 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))......(((((....)))))((((((((((....)))))))).))................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.596, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -69.09 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))((((..(((((....)))))))))..................((((((((...........))))))))................))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -69.09 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))((((.((((........)))).))))..(((((..(((((....))))))))))((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).)))))))...))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.705, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -69.04 .((((((...........(((((((((((...)))))))))))................(((((....)))))....((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.772, New CC Energy: -68.94 ........(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((((..((.(((((.((((((....)))))).(((((((((((....((...((((((((...........))))))))))..).))))))))))))))).))....((((.....)))).)))))). New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.328, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -68.89 .((((((.(((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))).......((((....))))(((((((((((....)))))).[[[[[[[[[[.............................))))).........]]]]]]]]]]))))))..((((((((.........)))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -68.80 New CC F-measure-avg: 0.626, New CC F-measure-best: 0.772, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00154; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.M.leprae.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGUCAUGAAAGUCGGUAACACCCGAAGCCAGUGGCCUAACCCUCGGGAGGGAGCUGUCCAAGGUGGGAUCGGCGAUUGGGACGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -50.34 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.244, Initial F-measure: 0.247, Initial Energy: -54.50 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.244, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -54.50 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -52.85 ...................((((((..((((....(.((((..(((..((....)))))..)))).)...))))..))))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -52.29 ..........(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -52.00 ((((.(((............((((......)))).(((..(((.(...((((....))))....).))).)))..))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -51.89 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -51.80 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -51.69 ..((((....(((((.....((((......)))).....)))))........)))).....(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -51.66 ..(((.....(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))....)))(((....))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -51.15 ((((......(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -50.95 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -50.85 ..(((..(..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....))))..........)..)))....((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.274, New CC Energy: -50.84 .....(((((..........((((......)))).....)))))....((((....)))).(((((((......))).))))..(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -50.52 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((....))))....((((......)))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -50.22 ..((((....(((((....[[[[[[....{{{{{.....)))))....[[[[))))]]]]......((.....)).]]]]]]..}}}}}(((....))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -49.95 ((((.(((............((((......)))).(((...)))....((((.(((((....)).))).))).).))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -49.65 ..((((....(((((..............[[[[[.....)))))....[[[[))))]]]].(((((((......))).))))..]]]]](((....))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -49.63 ((((.(((((..........((((......)))).....)))))....((((.(((((....)).))).))).).....)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -49.37 ((((.(((..(((((..............[[[[[.....))))).......]]]]].(((.....))).......))).)))).(((..(((....)))..)))..((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -49.22 ((((.(((..(((((.....((((......)))).....)))))....((((....)))).(((......)))..))).))))......(((....))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -49.20 New CC F-measure-avg: 0.289, New CC F-measure-best: 0.711, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00197; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.S.aureus.GEN; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -49.09 Initial sens: 0.780, Initial ppv: 0.744, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -52.20 New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -52.20 ......((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -51.91 ......((((.((.(((..((((((..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -50.46 (((((.........(((..((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.790, New CC Energy: -49.18 ......((((.((.(((..((((((....((((..(.((((..(((..((.....)).))).)))).).....))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -46.45 ......((((.((.(((..((((((..((((.......)))).(((.[[[[[[.....))).......]]]]]]...))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.537, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -46.08 (((((..............((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -46.02 ......((((.((.(((..((((((..((((.......)))).....((((((..((......))...))))))...))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.463, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -45.95 ......((((.((.(((..((((((..(((((((.........(((..((.....)).))).....)))..))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -45.30 (((((..............((((((..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....))))..)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -44.57 ..((((.............((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))...)))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -44.16 (((((...(((..((....)).)))..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..)))).............)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -43.96 ......((((.((.(((..((((((..((((............(((..((.....)).)))..........))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -43.36 ......((((.((.(((..((((((..(((((((...((((..(((.[[[[[......))).)))))))..))))..))))))..))))))))).........]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -43.11 (((((((.(((..((....)).))).)).((((..(.((((..(((..((.....)).))).)))).).....))))...........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -43.05 ....(((......)))...((((((..(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..))))))..(((.((.....)).))).....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -42.96 ..((((.............((((((..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....))))..))))))...)))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.707, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -42.71 ......((((.((.(((..((((((......(((...((((..(((..((.....)).))).)))))))........))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -42.70 (((((...(((..((....)).)))..((((......((((..(((..((.....)).))).)))).....)))).............)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -42.51 ......((((.((.(((..........(((((((...((((..(((..((.....)).))).)))))))..))))..........))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.634, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -42.22 New CC F-measure-avg: 0.699, New CC F-measure-best: 0.810, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00257; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.b.V.cholerae; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGCUGCAAAAGAAGCAGGUAGUUUAACCUUCGGGAGGACGCUUGCCACUUUGUGGUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGCUAGGGGAACCUGGCGCUGG .(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -53.39 Initial sens: 0.795, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.795, Initial Energy: -56.05 New CC sens: 0.795, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -56.05 ......((((.((.(((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.795, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -55.76 ......((((.((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.841, New CC ppv: 0.860, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -55.20 ..(((((......))))).((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -53.51 (((((..........((..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -53.06 ..(((((......))))).((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.791, New CC F-measure: 0.782, New CC Energy: -52.95 ......((((.((.(((..((((((((((((....((((((.......((....)).....))))))...))))))))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -52.35 ..(((((......)))))...((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))((((((.......)))))).......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -51.81 ..(((((......))))).((((((((((((....((((((.......((....)).....))))))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -50.10 (((((..............((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.872, New CC F-measure: 0.819, New CC Energy: -49.96 (((((.....((((..(.(((((.((((.......))))...((((..((....)).)))).....))))))..))))..[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.390, New CC F-measure: 0.376, New CC Energy: -49.16 .(((((((.(.....).)).)))))..........((((((.((((..((....)).)))))))))).(((((((.....((((((.......)))))).)))))))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -48.76 .(((((((.(.....).)).)))))..........((((((.((((..((....)).))))))))))..((((((.....((((((.......)))))).))))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -48.66 .(((((..............))))).(((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))).(((.((((((.......)))))))))....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.628, New CC Energy: -48.39 (((((.....((((((((.((((.((((.......))))...((((..((....)).)))).....)))))))))))).........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.432, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -47.90 (((((.....((((((((.((((.((((.......))))...((((..((....)).)))).....))))))))))))..[[[[[[.))))).]]]]]].......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.372, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -47.46 (((((..............((((((.(((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))).)))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -47.42 ..(((((......))))).((((((..........((((((.((((..((....)).)))))))))).[[[[[[[.))))))((((.......))))...]]]]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.628, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -47.14 (((((..............((((((((((((....((((((.......((....)).....))))))...)))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -47.11 ((((((((...((..(((..((((((((...........)))))))).)))..))...)))....(((((...))))).........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -46.89 New CC F-measure-avg: 0.651, New CC F-measure-best: 0.851, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00272; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((...(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -46.27 Initial sens: 0.581, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -52.55 New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -52.55 ..(((((......)))))..((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -50.75 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -50.50 .....((((((((((((...((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......))))............)))).......))))))))... New CC sens: 0.372, New CC ppv: 0.432, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -49.59 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.535, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -48.59 ((((((((((...........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -48.45 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.535, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.575, New CC Energy: -48.44 ..(((((......)))))...(((((.((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -48.30 (((((....(((((.........(((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.535, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -48.01 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.349, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.380, New CC Energy: -47.05 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.146, New CC Energy: -46.55 ((((((((((..........(((((...)))))((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).)))).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.279, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -46.40 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((...........))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.302, New CC ppv: 0.382, New CC F-measure: 0.338, New CC Energy: -45.14 .....((((((((........(((((.((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))..((((.......)))).......((((....))))....))))))))... New CC sens: 0.349, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.380, New CC Energy: -45.00 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((...........))))..))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New CC sens: 0.093, New CC ppv: 0.108, New CC F-measure: 0.100, New CC Energy: -44.64 ((((([[[[[[[[.(((..(((((((.((((..((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))..))))))))............((((....))))....]]]]]]]]... New CC sens: 0.465, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -44.61 ..(((((......)))))..(((((((((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))....(((..(.(((.(((...((.........))..))).))))..)))...))))))))))) New CC sens: 0.140, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.146, New CC Energy: -44.50 (((((....(((((......(((((...))))).(((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.279, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -44.49 .....((((((((........((((..((((..((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))...((((.......)))).......))))))))........))))))))... New CC sens: 0.047, New CC ppv: 0.059, New CC F-measure: 0.052, New CC Energy: -44.15 ((((((((((...((((...(((((...)))))..))))..((((...........))))....((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -43.99 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.627, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00279; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.H.akashiwo; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -42.11 Initial sens: 0.310, Initial ppv: 0.342, Initial F-measure: 0.325, Initial Energy: -50.29 New CC sens: 0.310, New CC ppv: 0.342, New CC F-measure: 0.325, New CC Energy: -50.29 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -49.19 (((((.....((((.(....))))).........(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -48.34 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -48.19 (((((((((((((.(((..(((..((....(((((...((((...))))..)))))..)).)))..))).))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -47.94 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -47.34 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((..((((((.((......(((......)))..))))))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -46.99 (((((((...((((.(....))))).))......(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -46.84 ((((((((((((((.(....)))))..(..((..((.(((..((((..((....))))))..))).))..))..).....)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -46.15 (((((.....((((.(....))))).........(((((..((((((.((......(((......)))..))))))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -46.14 (((((((...((((.(....))))).))......((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -45.84 (((((....(((((.........(((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -45.81 ((((......((((.(....)))))..[[[[[..[[[[[..[.[[[.[[[......[[[..))))]]]..]]].]]].]..]]]]].]]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -45.07 ((((((((((......((...(((......)))...))...(.(((.(((......(((......)))..))).))).).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -44.94 (((((((...((((.(....))))).))......(((((..((((((.((......(((......)))..))))))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -44.64 ..........((((.(....)))))....((((..((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..)))))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -44.24 .....((...((((.(....))))).)).((((..((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..)))))))).................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -44.04 (((((..............(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -43.26 ...((((......))))..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -43.15 ((((((((((((((.(....)))))................(.(((.(((......(((......)))..))).))).).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.260, New CC Energy: -43.14 New CC F-measure-avg: 0.321, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00284; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.littoralis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.(((.(...((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..))))))..)))).))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -43.96 Initial sens: 0.698, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -48.50 New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -48.50 ......((((.(((.(...(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -47.96 ((((((((...(....)..((((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..)))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -47.66 ((((((((((.....(((((((((......))).....))))))....((((((....)))))).((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -47.10 ......((((.(((.(...(((((((.((((.((((....))))....((((((....)))))).......)))).)))))))..)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -46.15 ((((((((((...........((((..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))..)))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.651, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -46.01 ((((((((((((((.(....)))))..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.585, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -45.91 ((((((((((((((.(....))))).....((((((..(((.....)))..))))))........((((......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -45.85 ..........((((.(....)))))..(((((..(((((.........((((((....)))))).((((......))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -44.25 ((((((((((((((.(....)))))..((((.((((....))))....((((((....)))))).......))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.326, New CC ppv: 0.359, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -44.10 (((((..............(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -44.02 ...((((......))))..(((((((.((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -43.91 ((((((((((.....(((((((((......))).....))))))...(((((...((.(.....).)).))))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -42.65 (((((..............(((((((.((((.((((....))))....((((((....)))))).......)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -42.21 ...((((......))))..(((((((.((((.((((....))))....((((((....)))))).......)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -42.10 ((((((((((((((.(....))))).........((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.465, New CC ppv: 0.541, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -41.96 .(((..((..((((.(....))))).....((((((..(((.....)))..)))))).))..)))((((......))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.270, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -41.90 (((((.....((((.(....)))))..((((...((.(((((.(((..((.....)).)))))))).))..)))).............)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.558, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.608, New CC Energy: -41.41 ((((((((..((((.(....))))).....((((((..(((.....)))..)))))).....)))((((......)))).........)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -41.25 ((((..[[[[.[[[.[...[[[[[[[.[[[[.((((....))))...{{{{{..........)))).....]]]].]]]]]]]..]]]].]]]].........}}}}}(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.465, New CC ppv: 0.488, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -41.20 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 0.765, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00285; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.minor; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCGUUUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -52.90 Initial sens: 0.814, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.805, Initial Energy: -56.99 New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.805, New CC Energy: -56.99 ......((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -56.70 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.814, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -53.97 ......((((.((.(((..(((((((.((((...........((((..((....))..))))........)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -53.51 ..(((((......))))).(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -53.35 ......((((.((.(((..(((((((.((((...........((((..((....)).)))).........)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -52.96 ......((((.((.(((..(((((((................((((..((....))..)))).((((...)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.512, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -51.75 ((((((((((...........(((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.698, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -50.30 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((....))..))))........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.535, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -50.16 ......((((.((.(((..(((((((................((((..((....)).))))..((((...)))).)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.605, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -50.15 .........((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.674, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -50.05 ......((((.((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))))(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -49.95 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((....)).)))).........)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.628, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -49.61 ((((((((((.((((....).)))...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -49.15 ......((((.((.(((..(((((((........((.((((.((((..((....)).)))))))).)).......)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.721, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -48.87 (((((..............(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.744, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.790, New CC Energy: -48.56 ..(((((......))))).(((((((................((((..((....))..)))).((((...)))).)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.442, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -48.40 ..(((((......))))).(((((((.((((...........((((..((....))..)))).[[[[[..)))).)))))))((((.......))))......]]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.488, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -48.21 (((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -48.02 ((((((((((......((.((.......))))..........((((..((....))..)))).((((...))))......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.279, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -47.60 New CC F-measure-avg: 0.658, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00286; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.P.palmata; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGAAGCUGGCCACGCCCAAAGUCGUUACCCUAACCUUUUGGAGGGGGGCGCCUAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). ((....((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))...))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -51.36 Initial sens: 0.690, Initial ppv: 0.690, Initial F-measure: 0.690, Initial Energy: -58.04 New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -58.04 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -57.75 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -56.05 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -55.70 (((((.........(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -55.02 ((((((((((.((((....).)))....((((..((.(((..((((..((....))))))..))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -53.49 ...((((......))))..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -53.35 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.475, New CC Energy: -52.70 ((((((((((.((((....).)))....((((..........((((..((....))))))....(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -52.60 (((((..............(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -51.66 ......((((.((.(((..(((((((........((.(((..((((..((....))))))..))).)).......)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -51.62 ((((((((((.((((....).)))....((((..((.(((..((((..((....))..))))))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -51.44 ...((((......))))..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..)))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -51.30 .........((((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..))).)))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.590, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -51.10 ......((((.((.(((..(((((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..)))))))..)))))))))(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.463, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -51.00 ((((((((((.((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..))).......)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.475, New CC Energy: -50.65 .((((......((((....).)))....(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))).))))....((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -50.50 ......((((.((.(((..(((((((..(((...........((((..((....))))))..........)))..)))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -50.40 ((((((((((....(....).(((((..(((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))..))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.341, New CC F-measure: 0.337, New CC Energy: -50.10 (((((..............(((((((..(((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))..))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -49.61 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 0.716, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00291; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.c.S.pseudocostatum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCAUUACUCUAACCAUUUGGGGGAGGGUGCCUAAGGUAGAAUUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGG .(..((.(.((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). .((((((......))))..)).(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -36.65 Initial sens: 0.233, Initial ppv: 0.233, Initial F-measure: 0.233, Initial Energy: -44.19 New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -44.19 ...((((......)))).....(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.244, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -43.49 (((((.....((((.(....))))).........((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -43.25 ..........((((.(....)))))..(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -42.90 ...((((......))))..........(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.256, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -40.17 ((((((((((...((((...(.((.....)).)...))))((((((..((....))...))))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.279, New CC ppv: 0.343, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -39.00 ((((((((((((((.(....)))))..(((((..........((((((....))))))..)))))...............)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.253, New CC Energy: -38.16 ((((((((((((((.(....)))))....((((((........[[[[.[[.))))))......{{{{{..]]]]]]....)))))..)))))...........}}}}}((((((((....))))))))... New CC sens: 0.186, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.193, New CC Energy: -38.06 ...((((...(((.((...((.(..(.(((((..((((((((.((((.((..(((((.(....).)))))))))))..)))))))).))))).)..)))..)).))).(((.........))))))).... 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New CC sens: 0.233, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -36.17 New CC F-measure-avg: 0.264, New CC F-measure-best: 0.557, New CC best-subopt: 15, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00418; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.A.cahirinus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAACUAAUCUUCAAGUAAAAUAAAUAAAAUUAAACUAACUAGAAUACGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((.................................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .(((.......((((((............................................[[[[[)))))).....]]]]]....)))(((((((((....))))))))).. .(((.......((((((............................................[[[[[)))))).....]]]]]....)))(((((((((....))))))))).. 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New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -22.07 .(((.......((((((.............(((.................)))........[[[[[)))))).....]]]]]....)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -21.49 ...........((((((....((.(((..............................))).))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.40 ...........((((((.............(((.................))).............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -20.99 ...........((((((.................................................))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.78 ...........((((((......[[[[[.................................[[[[[)))))).....]]]]]..]]]]](((((((((....))))))))).. 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New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -19.75 New CC F-measure-avg: 0.657, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00426; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.dugon; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUUCAUAACCAUUCCACCAUAUAUGAUCCUAAUAGCAUAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((((..................................))))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((((((((..............)))))..........))))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.31 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.816, Initial Energy: -24.68 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -24.68 .....((((..[[[[[[...........................))))...............]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -23.02 ...........((((((.......................((((((..........)))))).))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -21.75 ...........((((((.........................[[[[[[...............))))))....]]]]]]......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -21.67 ...........((((((......(((((..............)))))................))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -21.48 .....((((..[[[[[[...........................))))..........(((((]]]]]].....)))))......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -21.40 ...........((((((......(((((..............)))))...........[[[[[)))))).....]]]]]......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -21.25 ...........((((((.((...(((((..............)))))..)).......[[[[[)))))).....]]]]]......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.11 New CC F-measure-avg: 0.694, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_00427; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.geoffroii; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCGAUAAAGUAACCUUCAAUACCUAAUUAGAAUACGCUAAAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((.........................................))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((......(((........)))....((((......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.696, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -24.70 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -24.70 ...........((((((.........[[[............((((..[[[[))))...))))))......]]]]....]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -24.04 ...........((((((.................[[[[...((((..[[[[))))...))))))......]]]]....]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.72 ...((((....((((((......(((........)))....((((......))))...))))))............))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -22.80 ...........((((((....[[[[.........[[[[...((((..[[[[))))...))))))......]]]]((((]]]].))))(((....)))..]]]].. 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New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -20.82 .(((.......((((((....[[[[................((((..[[[[))))...))))))......]]]]....)))....(((((....)))))]]]].. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -20.80 ........(((((((((........................((((..[[[[))))...))))))......]]]]....)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -20.32 ...........((((((.........[[[............((((......))))...))))))..............]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -20.30 ...........((((((....[[[[.........[[[[...((((..[[[[))))...))))))......]]]]....]]]]...(((((....)))))]]]].. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -20.23 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00444; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.M.putorius; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAACACACUCAAAUACUACAUAAUAAAAGUAAACCUAAAGCAAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..((......................................))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..((............((((..........))))........))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -21.89 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.818, Initial F-measure: 0.818, Initial Energy: -23.25 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -23.25 ...........((((((................((((..........))))............))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -20.78 ........(((((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -20.54 ...........((((((................((((..........)))).[[[[.......)))))).............]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.22 .(((.......((((((..((............((((..........))))........))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -19.80 New CC F-measure-avg: 0.745, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00447; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.N.typhlops; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCUCAAUAAGCACUCAAAUUUAAAUAAAACAAAUAGACAAUAAAGAGGAGAAAAGUCGUAACAUGGUAAGCGUACUGGAAAGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((........................................)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((........................................)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -23.25 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -24.45 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -24.45 ..........(((((((........................................)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -24.00 .(((((.(..(((((((........................................)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -23.45 ...((((...(((((((........................................)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -22.39 .(((......(((((((........................................))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -20.81 New CC F-measure-avg: 0.873, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00451; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.O.cuniculus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUGACAAAUAUUUACUUAUACCUAAUUACAUAAAUAGACAAGCAUAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((.......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))..((((((((.]]]]]].............}}}}}..............)))))))). Energy of known structure: -21.01 Initial sens: 0.261, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.226, Initial Energy: -30.94 New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -30.94 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].............}}}}}((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.528, New CC Energy: -29.55 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......)))))).....((((..]]]]]].[[[[[.......}}}}}.............))))]]]]]. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.194, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -28.82 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}...(((((....)))))))))). New CC sens: 0.478, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -28.34 ...........((((((..(((.....((((((..((........))..))))))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -27.41 .(((.(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........)))...............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -26.91 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......))))))...........]]]]]].(((((.......}}}}}.((((........))))))))). New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.194, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.34 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((............................]]]]]]))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -25.30 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((...............{{{{{{{{.]]]]]].............)))))..............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -24.77 .(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((..((........))..))))))..{{{{{{{{.]]]]]]..............)))...............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -24.36 .(((.......((((((..(((.....((((((..((........))..))))))......)))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -23.96 .....(((((.[[[[[[..)))))........((((((...................{{{{{{{{.]]]]]]))))))........((((....))))......}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -23.79 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((....{{{{{.......)))))).....((((..]]]]]].............}}}}}.............))))...... New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -23.53 .....(((((.[[[[[[..))))).............(((((........................]]]]]].............)))))((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -23.38 .(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((..((........))..))))))...........]]]]]]..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -23.19 .....(((((.[[[[[[..)))))...((((((..((........))..))))))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -23.19 .(((.(((((.........)))))........((((((.(((.........................)))..))))))........)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.391, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -23.15 ...........((((((..........((((((....[[[[[.......))))))...........)))))).............]]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -22.94 .(((.(((((.[[[[[[..)))))...((((((................))))))..{{{{{{{{.]]]]]]..............)))...............}}}}}}}}. New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -22.88 .....(((((.........)))))........((((((.(((.........................)))..))))))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -22.75 New CC F-measure-avg: 0.413, New CC F-measure-best: 0.760, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00458; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.aquaticus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUACUAAAGCCAGUCAAUAUACAUAAUAUAUAGGCAAUAAAUACAAGAGGAGAUAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...((((((..(((......................................)))..))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). ...........((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -20.59 Initial sens: 0.826, Initial ppv: 0.679, Initial F-measure: 0.745, Initial Energy: -27.55 New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -27.55 .(((.......[[[[[[..................................)))...........]]]]]]................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -25.77 ...........((((((..............(((.(((((.....))))).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -24.72 ...........((((((..........(((.....................)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.54 .(((.......((((((..(((.....(((.((..((((.....)))))).)))......)))..))))))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -24.10 ...........((((((...[[[[.......(((.(((((.....))))).)))...........))))))..............]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.86 ...........((((((..........(((.((...............)).)))...........))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -23.75 ...........((((((..........[[[.(((.(((((.....))))).)))...........))))))..............]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -23.73 ...........((((((...[[[[...(((.....................)))...........))))))..............]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -22.50 New CC F-measure-avg: 0.686, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_00459; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.S.scrofa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGCAUGUAGUAAUAAAAAUAACCUAUAUUCAAUUACACAACCAUGCAAGAAGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGG .(..((.(...(((.((..((.........................................))..)).)))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). ...........(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -15.66 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.586, Initial F-measure: 0.680, Initial Energy: -24.69 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -24.69 ...........(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -23.65 .(((...............(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -21.54 ...........(((.((..(((((..............[[[[.................)))))..)).))).............]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -21.46 .(((.......(((.((..(((((..(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)).)))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.24 ...................(((((..(((((...((((.....))))..))))).....))))).......((....)).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -21.04 .(((...............(((((..(((((..................))))).....))))).......((....)).......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -20.50 ...................(((((..(((((.......[[[[.......))))).....))))).......((....))......]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -20.28 .(((.......(((.((..(((((..(((((..................))))).....)))))..)).)))..............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.20 ...................(((((..(((((..................))))).....))))).......((....)).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -20.00 ...........(((.((..(((((..(((((.......[[[[.......))))).....)))))..)).))).............]]]](((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -19.83 New CC F-measure-avg: 0.597, New CC F-measure-best: 0.739, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_00466; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.y.C.paradoxa; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGG .(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.94 Initial sens: 0.595, Initial ppv: 0.595, Initial F-measure: 0.595, Initial Energy: -55.45 New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -55.45 ..(((((......)))))..((((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -53.65 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -53.40 ((((((((((.((((....)).))....((((..........((((..((.....))..))))..(((...))).))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -52.20 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((...........))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.575, New CC Energy: -51.49 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -51.35 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.(((..((((...........))))..))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.622, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -51.34 ..(((((......)))))...(((((.((((...((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))..((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -51.20 ((((((((((....((((...........)))).((((....((((..((.....))..)))).((((...)))).)))).)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -50.99 (((((....(((((.........(((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.605, New CC F-measure: 0.575, New CC Energy: -50.91 ((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.349, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -49.50 (((((....(((((..((......))..((((..........((((..((.....))..))))..(((...))).)))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.343, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -49.19 ((((((((((.((((....)).))....((((..........((((...........))))...((((...))))))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -48.49 ((((((((((....((((...[[[[[...)))).........((((..((.....))..)))).((((...)))).]]]]])))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -48.33 ((((((((((.((((....)).))....((((..((.(((..((((...........))))..))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.354, New CC Energy: -48.28 ((((((((((.((((....)).))....((((..((.(((..((((..((.....))..))))))).))......))))..)))))..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -48.14 (((((....(((((((((...........))))..(((....((((..((.....))..)))).((((...)))).))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -47.48 ((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..))))).(((((((....((((....))))......))))))).. New CC sens: 0.357, New CC ppv: 0.366, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -47.45 (((((......((((....)).))....((((..........((((..((.....))..))))..(((...))).)))).(....)..)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -47.20 (((((.........((((...........)))).(((((...((((..((.....))..))))..((((......))))...))))).)))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -47.19 New CC F-measure-avg: 0.440, New CC F-measure-best: 0.634, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGG .((((((((..((((..(((((((...............))))))).(((((...(((....(((((((((((....))))))...)))))....))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). .((((((((.(..(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))....).))))))))..((((.....)))). Energy of known structure: -76.51 Initial sens: 0.860, Initial ppv: 0.768, Initial F-measure: 0.811, Initial Energy: -89.33 New CC sens: 0.860, New CC ppv: 0.768, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -89.33 .((((((((..((((..(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.980, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -86.92 .((((((((....(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -86.58 .((((((((....(((((((((((..((((..(.(..((....))..).).....(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))).....(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.566, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -84.09 .((((((((((((.(.((((((((..((.(....).)).))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).)))))..((.((..(((....(((((...........)))))....)))..)))).....))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.702, New CC F-measure: 0.748, New CC Energy: -83.43 ....(((((((((((((((.((((..((.(....).)).))))(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......))))))))......))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -82.88 .((((((((.((.((..(((((((..((((..(.(..((....))..).).....(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))....)).))............(((((...))))).........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -82.60 .((((((((....(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))..........(((((...........))))).......)))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -82.49 ....((((((((((((((((((((..((.(....).)).)))))((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...)).......))))))))......))))))).. New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.590, New CC Energy: -82.08 ....((((((((((((((((((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............))))))))......))))))).. New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.585, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -81.88 ....(((((((..(((((((((((..((.(....).)).))))))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))........(((......))).))))))).. New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -81.88 .((((((((........(((((((..((.(....).)).))))))).(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -81.28 .((((((((..(((((((((((((..((.(....).)).))))))).[[[[[...[[[[[.[[[[[[[..)))))).(((((...]]]]]]].]]]]].]]]]]...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -81.05 ...........((((((((.((((..((.(....).)).))))(((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))..))).......)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -80.58 .((((((((.(((((.....)))))....(....)..((....))..(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -80.53 .((((((((........(((((((..((((..(.(..((....))..).).....(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))))))))..............(((((..(((((...)))))....)))))))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.463, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -80.25 .((((((((((((.(.((((((((..((.(....).)).))))))).).).))))(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).........(((....(((((...........)))))....)))...........))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.755, New CC F-measure: 0.777, New CC Energy: -80.03 .((((((((....(((((.(((((..((.(....).)).)))))...(((((.........((((((((((((....)))))...))))))).......)))))...(((....(((((...........)))))....))))))))......))))))))..((((.....)))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -79.88 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))((.(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))...)).......)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -79.78 ...........(((((((((((((..((.(....).)).)))))...(((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).)))))...(((....(((((...........)))))....)))............)))))))).((((.....)))). New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -79.58 New CC F-measure-avg: 0.702, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.B.subtilis; ORGANISM=Bacillus subtilis CUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((...))))).))....)).))...)))))))). ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). 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New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.232, New CC Energy: -41.50 ((((((((((...((((((((.......((((.............))))........)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -41.38 ((((((((((...((((((((......((.((((.......))))..))........)))))).)).((.((......((((((....)))))).....)).)).)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -41.34 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).............(((((...))))).............)))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -41.05 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((....(((...)))....(((((...)))))...))))))....)))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.371, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -40.90 ((((((((((.....((((((.[[[[[.((((.....[[[[[...))))........))))))........]]]]]...(((((...)))))]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -40.68 ((((((((((...((((((((.[[[[[.((((.....[[[[[...))))........)))))).)).....]]]]]...((((....)))).]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.580, New CC Energy: -40.64 ((((((((((...((((((((.(.((..((((((.......))..))))..))..).)))))).)).(((((....)))))(((...)))(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.575, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -40.45 ((((((((((...((((((((.....[[[[.........(((....)))........)))))).)).(((((....)))))]]]].....(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -40.37 ((((((((((...((((((((.[[[[[............(((....)))........)))))).)).(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -40.24 ((((((((((...((((((((......[[[[......[[[[[...((....))....)))))).)).....]]]]]..]]]]........(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -40.19 ((((((((((.((((.....((..((....))..))...(((....)))..)))).((((((.....(((((....)))))(((.....)))...))))))....)))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.229, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -39.80 ((((((((((...((((((((.[[[[[.((((.............))))........)))))).)).(((((....)))))(((....))).]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -39.75 ((((((((((...((((((((.[[[[[............(((....)))........)))))).))(((...)))....(((((...)))))]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -39.74 ((((((((((.....((((((.......((((.....[[[[[...))))........))))))........]]]]]..((((((....))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -39.73 ((((((((((...((((((((.[[[[[.((((.............))))........)))))).))(((...)))....(((((...)))))]]]]]........)))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -39.25 ((((((((((.....((((((.......((((.............))))........))))))..(.(((((....))))).).......(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -39.23 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00556; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.G.stearothermophilus.1; ORGANISM=NULL CCUAGUGACAAUAGCGGAGAGGAAACACCCGUUCCCAUCCCGAACACGGAAGUUAAGCUCUCCAGCGCCGAUGGUAGUUGGGGCCAGCGCCCCUGCAAGAGUAGGUCGUUGCUAGGC ((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.((....((.(((((....))))).))....)).))...)))))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). (((((..((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))..))))). Energy of known structure: -33.97 Initial sens: 0.485, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.464, Initial Energy: -41.95 New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -41.95 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))..))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -41.55 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -40.65 (((((((((......((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -40.35 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.441, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -40.25 (((((((((......((((((.......((((..[[[[[......))))........))))))......]]]]]..((.(((((....))))).))...........))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -39.66 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -39.30 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......(((((((((((((...))).)))))))..)))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.232, New CC Energy: -39.10 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).(((((........(((((.....)).))).[[[[.)))))............]]]].(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.229, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -38.78 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).............(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -38.65 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...))))).....(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -38.10 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((((...((((.......)))))))).(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -37.83 (((((((((...(((((.(.(....).)))))).((((((((....))).......(((....)))...)))))..((((....))))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.232, New CC Energy: -37.80 (((((((((...(((((...(....)..)))))......(((....))).......((((((((.......)))..((.(((((....))))).)).))))).....))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -37.75 (((((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).((.(((((....))))).)).......(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -37.53 (((((((((......((((((.......((((..[[[[[......))))........))))))......]]]]].....(((((....)))))..............))))))))). New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -37.51 (((((((((.....(((.((((.(((....))).)).)))))...((....))...((((((((.......))).....(((((....)))))....))))).....))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.382, New CC F-measure: 0.388, New CC Energy: -37.45 (((((..........((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).((.(((((....))))).))(((((..(((((....))))).)))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.405, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -37.35 (((((((((......((((((.......((((..[[[[[......))))........))))))......]]]]]..((((....))))...(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.21 (((((((((....((((((((..(((..((((((.......))..))))..)))...)))))).)).....((((.......)))).....(((((....)))))..))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -37.15 New CC F-measure-avg: 0.491, New CC F-measure-best: 0.781, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00767; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.A.platyrhynchos; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAUAAGCCACACCCCCACAUAAUUAAUACCUCGUAAAUGCCAAAGAUGAGGUAAGUCGUAACAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...........((.....))...........))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). .....((((((.(((...........................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]........))).)))).)).... .....((((((.(((...........................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]........))).)))).)).... Energy of known structure: -15.29 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -22.52 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.52 .....((((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).)))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.04 ..........................................((((((((...........)))))))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -21.49 .....((((((.(((...........................((((((((...........))))))))...........((((....))))))).)))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.34 .....((((((.(((.........((((..............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]].))))...))).)))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.33 .......((((.(((.(((..(((..................((((((((...........)))))))).((....))..)))..)))....))).))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.64 ..........................................((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -19.97 .....((((((.(((.........((((..((..........((((((((...........)))))))).((....))..))...))))...))).)))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.95 ........................(((((.............((((((((...........))))))))...........((((....))))....)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.59 ........................((((..............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]].))))(((....)))........ New CC sens: 0.125, New CC ppv: 0.158, New CC F-measure: 0.140, New CC Energy: -18.27 ........................(((((.............((((((((...[[[[....))))))))...........]]]]............)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.97 New CC F-measure-avg: 0.089, New CC F-measure-best: 0.476, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_00769; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.carpio; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUCAAAACGCACCAAAAAUACAUAAUACAACAGCACUGACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACACGGUAAGUUACCGGAAGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((((....((.....(......).........))..)))).))))))))...).))...)....((((((((.....))).))))). ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).)))))))){{{{{.[[[[[))))...]]]]].....]]]]}}}}}. Energy of known structure: -14.54 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -31.48 New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -31.48 ...........(((((((((((....((......................))..)))).))))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -29.08 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -27.63 ...........(((((((((((.......[[[[.....................)))).)))))))(((..(((((((.......)))))..))..)))..]]]] New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -26.17 ...((((...((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))......[[[[[))))...]]]]].....]]]]...... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -26.12 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))............(((((...)))))...]]]]...... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -25.89 .........((((((..(((((....((......................))..))))).)))))).(((((.(((...(((((...)))))....)))))))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -25.73 ..........((((((((((((....((......................))..)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New CC sens: 0.519, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -25.63 ...((((....(((((((((((....[[[[........................)))).))))))).{{{{{......)))).............]]]]}}}}}. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -24.75 ..........((((((((((((.......[[[[.....................)))).))))))))......(((...(((((...)))))....)))..]]]] New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -24.53 ..........((((((((((((................................)))).))))))))(((((.......(((((...))))).......))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -24.48 ..........((((((((((((....[[[[........................)))).))))))))......(((((.......))))).....]]]]...... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -24.19 .(((........((((((((((....((......................))..)))).)))))))))((((.(((...(((((...)))))....))))))).. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.97 .......(((((((((((((((....((......................))..)))).))))))).............(((((...)))))..))))....... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -23.59 New CC F-measure-avg: 0.457, New CC F-measure-best: 0.549, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=CRW_00770; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.coscoroba; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAAAGCCACGUUCUACAUACCUAAUACCAACAACAUGCUGAAGAUGAGGUAAGUCGUAAUAAGGUAAGUGUACCGGAAGGUGUACUUAG .(..((.(..((((.((....((...((.....((.....)).......))..))....)).))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.05 Initial sens: 0.885, Initial ppv: 0.920, Initial F-measure: 0.902, Initial Energy: -21.10 New CC sens: 0.885, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.902, New CC Energy: -21.10 ..........((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -20.30 .(((((.(..((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -19.80 .......((((.(((.((...(((..((((.((.(((((.((..((.(.....).))...)).))))).)).).)))..)))...))....))).))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.00 ..........((((......(((..............................)))......))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -17.62 ..........((((......(((...........[[[[[..............)))......))))............]]]]]((((((((....))))))))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -17.35 .(((......((((.((...(((...(((...................)))..)))...)).)))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -17.16 New CC F-measure-avg: 0.668, New CC F-measure-best: 0.902, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00772; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.crispus; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((...((((.(((...(((((((.(((..((((.(((...))).))))..))))))))))...))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.811, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.896, New CC Energy: -30.99 .........((((.......(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -30.99 ......((((.(((.(.......((((((((...(((((........)))))..)))))))).....)))).)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -30.91 ......((((..........(((((((.(((...(((((........)))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -29.97 ......((((..........(((((((.(((..((((.((.....)).))))..))))))))))........)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -29.97 .........((((..........((((((((...(((((........)))))..)))))))).........))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -29.16 ...((((......))))...(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -29.00 ...((((......))))...(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -29.00 ......((((.............((((((((...(((((........)))))..))))))))..........)))).............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.406, New CC Energy: -28.21 ...((((......))))..((((((((((((..((((.((.....)).))))..)))))))........)))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -28.09 ...((((......))))......((((((((...(((((........)))))..))))))))...........................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.406, New CC Energy: -27.80 ...((((..[[[[))))...(((((((.(((..((((.((.....)).))))..)))))))))).......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.811, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -27.04 ...((((..[[[[))))...(((((((.(((...(((((........)))))..)))))))))).......]]]]..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -27.04 New CC F-measure-avg: 0.638, New CC F-measure-best: 0.896, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00773; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.lacustre; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCUGUAAUAGCAAUCAAUGUAAAUAACAACAAAGCACCAACAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCACUUGG .(..((.(..((((((((((....((.....((....)).........))....)).))))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -27.33 Initial sens: 0.893, Initial ppv: 0.893, Initial F-measure: 0.893, Initial Energy: -32.59 New CC sens: 0.893, New CC ppv: 0.893, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -32.59 ..........((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.830, New CC Energy: -31.84 .(((((.(..((((((((((....((......(((.....))).....))....)).))))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.828, New CC Energy: -31.59 .(((........((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -31.43 ..........((((((((......((......(((.....))).....)).......))))))))...............((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -29.53 .(((......((((((((((....((......(((.....))).....))....)).)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -28.95 ...((((...((((((((((............(((.....)))...........)).))))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.65 .(((......((((((((......((......(((.....))).....)).......)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.679, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -28.53 .(((......((((((((..............(((.....)))..............)))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.607, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.95 ..........((((((((((..............................[[[[)).))))))))............]]]](((((((((....))))))))).. 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New CC sens: 0.679, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -27.07 New CC F-measure-avg: 0.745, New CC F-measure-best: 0.893, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_00775; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.C.parallelus.ESC; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCAUUAUUGAUUAAUCUAUUUUAAUUUAAAGUUAGUUUCAGUUUAGAUGAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((.(..(((((((...((((((...........))..))))............)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -8.36 Initial sens: 0.741, Initial ppv: 0.588, Initial F-measure: 0.656, Initial Energy: -20.15 New CC sens: 0.741, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -20.15 ..........((((((((((((..(((..((((((...))))))..))))))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -19.50 ..........((((((((((((.......((((((...)))))).....)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -18.86 ..........((((((((((((...........................)))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -17.12 New CC F-measure-avg: 0.639, New CC F-measure-best: 0.694, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00789; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.N.olivacea; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGG .(..((.(.((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((...((((((.(((((((((....))))))))).))).)))))).......))).))...))))))))))))..))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -48.66 Initial sens: 0.804, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.841, Initial Energy: -56.94 New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.841, New CC Energy: -56.94 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -52.49 .........((((......((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.768, New CC ppv: 0.878, New CC F-measure: 0.819, New CC Energy: -52.00 ..((((........)))).((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.780, New CC F-measure: 0.736, New CC Energy: -51.25 .........((((......((((((((((((....((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))...))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.768, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.843, New CC Energy: -50.76 .........((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.464, New CC ppv: 0.553, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -49.75 ..((((........))))..........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))......(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).))))).....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.393, New CC ppv: 0.449, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -49.15 .....((((((((.((((((........(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).......)))))).))).......))))).....................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.393, New CC ppv: 0.489, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -48.94 .........((((.((((((........(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))............))))))((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.464, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -48.45 ..((((........)))).......((((((........(((((..(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).(((((((((((.((((((......)))))).)).)))).)))))....))))).(((((....))))))))))) New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.309, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -47.95 .........((((..((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))).. New CC sens: 0.661, New CC ppv: 0.740, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -47.73 .........((((..((((((.......(((....)))........(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))))))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.464, New CC ppv: 0.553, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -47.45 .........((((.((((...........))))..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -47.44 ..((((........)))).((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.607, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -46.69 .........((((.((((...........))))..((.(((..........(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))).))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.705, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -46.20 .........((((......((((((((((((....................(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))...................))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.679, New CC ppv: 0.927, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -46.20 .........((((..((((((.......(((....))).............(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..........))))))..((((((......)))))).))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.464, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -46.15 New CC F-measure-avg: 0.620, New CC F-measure-best: 0.843, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_00791; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.O.mykiss; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACUCUCCCCAAGUUCAACCUGUCCUUCUAACUAAGAAGUUAACCGAACAAAGGGGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACCGGAAGGUGCGCUUGG .(..((.(..(((((((..((((.....((.(((((.....)))))...)).))))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.00 Initial sens: 0.906, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.951, Initial Energy: -35.44 New CC sens: 0.906, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.951, New CC Energy: -35.44 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -34.69 .(((........(((((..((((........(((((.....)))))......))))...))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -34.28 .........((((((....((((........(((((.....)))))......))))...))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -31.53 ..........(((((((..............(((((.....))))).............)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.688, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -31.28 .(((........((((...((((........(((((.....)))))......))))...)))).)))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -29.51 ..........(((((((..((((........(((((.....)))))......))))...)))))))(((((...............(((((....)))))))))). New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -28.81 New CC F-measure-avg: 0.789, New CC F-measure-best: 0.951, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00797; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.minor; ORGANISM=NULL UGCUCGUCACAUGUCGAAAUUUAUUUAUAUCUUAAAUAUUAAUUACUAAAUUUUAUAUUUAUUAAAAUUUUUCUAUUAAUCUGAAUUCUAUAAAUAAUGAUUGAGAUGAAGUCGAAACAUGGUGGUUGUAGUGGAAGCUGCAGCUGA .(..((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).))...)....((((((((((....)))))))))). ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. ...(((.(.(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..).)))........(((((((((....))))))))).. Energy of known structure: -26.75 Initial sens: 0.955, Initial ppv: 0.977, Initial F-measure: 0.966, Initial Energy: -30.25 New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.977, New CC F-measure: 0.966, New CC Energy: -30.25 ...(((((.[[[[[......(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).......))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -28.86 ...(((((.[[[[[(((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...))).))))).......]]]]].((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -28.76 .........(((.((((...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........)))))))))...)))).)))..............((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.59 .........(((.((((...(((((((((..................((((((((.......))))))))..................)))))))))...)))).)))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.773, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -24.87 ...(((.(....).)))...(((((((((........((((((....((((((((.......))))))))....))))))........))))))))).((((.......)))).........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.805, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -24.34 New CC F-measure-avg: 0.831, New CC F-measure-best: 0.966, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00799; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.P.troglodytes; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCCUCAAGUAUACUUCAAAGGAUACUUAACUUAAACCCCCUACGUAUUUAUAUAGAGGAGAUAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(...((((((..(((........(((.................))).......)))...))))))....).))...)....((((((((((....)))))))))). ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.............[[[[..........)))))).<<<<<]]]]..)))).]]]]]]]]]...}}}}}.>>>>>. ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.............[[[[..........)))))).<<<<<]]]]..)))).]]]]]]]]]...}}}}}.>>>>>. Energy of known structure: -21.63 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.203, Initial Energy: -28.32 New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.203, New CC Energy: -28.32 ...((((....((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..)))).]]]]]]]]]...}}}}}....... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.203, New CC Energy: -27.77 ...((((....((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.......[[[[..........)))))).{{{{{]]]]..))))]]]]](((((....)))))}}}}}. New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -27.56 .(((.......((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.............[[[[..........)))))).<<<<<]]]]....)))]]]]]]]]]...}}}}}.>>>>>. New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.207, New CC Energy: -27.17 .(((.......((((((.[[[[[[[[[.......{{{{{.[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}....)))]]]]]]]]]...}}}}}....... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.207, New CC Energy: -26.62 ...((((....((((((((((((..........)))))).[[[[[.......[[[[..........)))))).{{{{{]]]]..))))]]]]](((((....)))))}}}}}. New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -25.90 ...........((((((((((((.((....)).)))))).[[[[[.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -25.75 ...........((((((.(((((.((....)).))))).....((((..(.....)..))))....))))))................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -24.71 ...((((....((((((((((((.((....)).)))))).............[[[[..........))))))......]]]]..))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -24.24 ...........((((((((((((.((....)).))))))...........................))))))................((((((((((....)))))))))). 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New CC sens: 0.577, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -23.44 ...((((..........((((((.((....)).)))))).(((((...((.(((..(....)..))).))...)))))......))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.385, New CC ppv: 0.303, New CC F-measure: 0.339, New CC Energy: -23.31 ...((((....((((((.....[[[[[......[[[[[[[............[[[[..........)))))).{{{{{]]]]..))))]]]]]]]......]]]]].}}}}}. New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.194, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -23.11 ...((((....((((((.(((((.((....)).))))).....((((..(.....)..))))....))))))............))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -22.81 ...........((((((((((((.((....)).)))))).............[[[[..........))))))......]]]]......((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -22.74 ...((((....((((((..................[[[[[{{{{{.......{{{{..........)))))).]]]]]}}}}..))))}}}}}(((((....)))))...... New CC sens: 0.423, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -22.66 New CC F-measure-avg: 0.392, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00801; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=b.16.m.R.catesbeiana; ORGANISM=NULL CGCCCGUCACCCUCUUCGAUAGUAUCUCACCCCGUUCCUAACCCACUAUUACAUUUUAGAAGAGGCAAGUCGUAACAUGGUAAGUGUACUGGAAAGUGCACUUGG .(..((.(..(((((((...(((..........((.........))......)))...)))))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -18.75 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.769, Initial Energy: -24.38 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -24.38 ..........(((((((((((((.....................))))))........)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -23.38 .(((((.(..(((((((((((((.....................))))))........)))))))...).))......)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -23.38 ...((((...(((((((((((((.....................))))))........)))))))...........))))((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -22.32 ..........(((((((..............[[[[.......................)))))))...........]]]]((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -20.91 .(((........(((((((((((.....................))))))........))))))))..............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.577, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -20.77 .(((......(((((((((((((.....................))))))........))))))).............)))(((((((((....))))))))).. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -20.74 ...((((...(((((((((((((...........[[[[......))))))........)))))))...........))))((((((((((]]]])))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -19.93 ..........(((((((((((((........[[[[.........))))))........)))))))...........]]]]((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.654, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -19.83 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01214; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.H.anguillarum; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGUUAUCGAAGAUGGAGUCAGGCGCGAACAAGCGAGAGCGAGUGAGUGCAGGGUUCUAGAUGUGAUACAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUAGGAGAACCUGUAGCUGG .(..((.(..(((((.(..(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))..).)))))...).))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -33.85 Initial sens: 0.886, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -36.93 New CC sens: 0.886, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -36.93 ..........(((((....((((..(..((((..((..((....))..))..))))..)..))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -35.08 ..........(((((....(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....)))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -33.79 ......(((....)))...(((((((..((((..((..((....))..))..))))..)))))))....((.(((.....))).))...((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -31.65 .((((.(((....)))............((((..((..((....))..))..)))).)))).((.(.((((((....)))))).).)).((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -31.40 .(((((((.........))))).))...((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.((...)).)))..)))....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -31.05 ...(((((.........)))))..((..((((..((..((....))..))..))))..))..((.(.((((((....)))))).).)).((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.580, New CC Energy: -30.90 ...(((((.........)))))......((((..((..((....))..))..))))...(((...(((.((...)).)))..)))....((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.55 New CC F-measure-avg: 0.708, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01241; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.apis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGAUAUGUGUUGUGAAAUUAGUGCAAGCUACUUGAACAAUAUGUAUUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAUGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -27.80 Initial sens: 0.973, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -29.00 New CC sens: 0.973, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.986, New CC Energy: -29.00 ..........((((.....(((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.865, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -26.90 ..........((((.....(((((((((((((.....((((....)))).....))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.811, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.896, New CC Energy: -25.65 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New CC sens: 0.730, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -24.70 ........((((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..)).............((((((.((.....))))))))))))... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -24.35 ........((((.......(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..(((((((......(((((...)))))))))))).......))))... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.528, New CC Energy: -23.70 ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((.((((....)))).))..)))))))))))))..)..))))...).))....((((((..........))))))....... New CC sens: 0.730, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -23.59 ........(((((.....(((((..(((((((..((.((((....)))).))..)))))))((((((....))))))..)))))...)))))(((((.(((....))).))))).. New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -23.49 ........(((((...((((((((((((((((..((.((((....)))).))..))))))))))))..))))...............)))))(((((.(((....))).))))).. New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -23.22 New CC F-measure-avg: 0.750, New CC F-measure-best: 0.986, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=CRW_01242; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.e.N.bombycis.02; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUAUCUAAGAUGGUAUUAUCUAUGAACAAAUUUAUAAAGUGAAUAGAUAGUACUAGAUCUGAUAUAAGUCGUAACAAGGUUGCUGUUGGAGAACCAUUAGCAGG .(..((.(..((((..(..(((((((((((((..((..(....)...))..)))))))))))))..)..))))...).))...)....((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). ....((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))........((((((.(((....))).)))))). Energy of known structure: -24.55 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.970, Initial Energy: -28.89 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.970, New CC Energy: -28.89 ..........((((.....(((((((((((((..((...........))..))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.824, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -26.79 ..........((((.....(((((((((((((...................))))))))))))).....))))...............((((((.(((....))).)))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -24.60 .(((((.(..((((..(..(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..)..))))...).))......)))..(((((((.......))))))). New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -24.59 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..((..(((......(((((...))))))))..)).......))))... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -24.04 ........((((.......(((((((((((((..((...........))..)))))))))))))..(((((((......(((((...)))))))))))).......))))... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -23.59 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 0.970, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=CRW_01494; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.M.jannaschii.rrnA; ORGANISM=Methanocaldococcus jannaschii UGGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCAUCCCGAACUCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUGCCCCGAGUACUGCCAUCUGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCAC ((((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.(((((....))))).)..))))))..))))))))))). ((((.(((((((....((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). 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New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -59.53 ((((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -58.64 .....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.649, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -58.04 ((((.(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -56.33 .....(((((((....((.(((((((................(((....))).......))))))).))..((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.541, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -55.73 ((((.(((((((......((((((.......((((.............))))........)))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.865, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -55.60 .....(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -54.84 .....(((((......((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).))..((((((.....(((((....)))))....)))))).)))))........ New CC sens: 0.459, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -54.43 ((((.(((((((......((((((..................(((....)))........)))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.757, New CC ppv: 0.903, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -52.89 ((((.(((((((......(((((((.....))).........(((....)))........)))).......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -52.57 .....(((((((.......(((((((................(((....))).......))))))).....((((((.....(((((....)))))....))))))..)))))))..... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -52.53 ((((.(((((((......(((((((......)).........(((....)))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -52.37 ((((.(((((((......(((((........((((.............))))........)))))......((((((.....(((((....)))))....))))))..))))))))))). New CC sens: 0.703, New CC ppv: 0.839, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -51.83 ((((.((((((((((.((.(((((((.((..((((.............))))..))...))))))).)).))).........(((((....)))))............))))))))))). New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -51.11 New CC F-measure-avg: 0.689, New CC F-measure-best: 0.928, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=CRW_01502; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.occultum; ORGANISM=NULL UGGCCCGACCCGGCCAUAGCGGCCGGGCAACACCCGGACUCAUGUCGAACCCGGAAGUUAAGCCGGCCGCGUUGGGGGAUGCUGUGGGGUCCGCGAGGCCCCGCAGCGCCCCCAAGCCGGGAUCGGGCCG ((((((((((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))))).(((((((...((((((((.((....))))))))))..))))))))))))).)))))))) .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). .(((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).))))))). Energy of known structure: -86.73 Initial sens: 0.933, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.894, Initial Energy: -97.35 New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -97.35 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.820, New CC F-measure: 0.863, New CC Energy: -93.95 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.956, New CC ppv: 0.956, New CC F-measure: 0.956, New CC Energy: -92.13 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.911, New CC ppv: 0.911, New CC F-measure: 0.911, New CC Energy: -89.53 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...)).((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))).)))))).)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.698, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -84.00 ((((((((((((((........(((((.....)))))........((...((((........))))...))(((((((.((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))).)))))))) New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -80.90 (((((......)))))..((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....))))))))))))))))))).(((....))).... New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -78.35 (((((......)))))..((((((((..(((..((((..((.....))..))))..)))...)))))))).(((((((.((((((((((.((....)))))))))))))))))))(((.......))).. New CC sens: 0.644, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -78.15 New CC F-measure-avg: 0.783, New CC F-measure-best: 0.956, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01503; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.a.P.woesei; ORGANISM=NULL GGUACGGCGGUCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGCUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAACCGGGGACGCCGCCGGCCA (((.(((((((....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).))..((((((...(.((((((.((....)))))))).).))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). Energy of known structure: -61.93 Initial sens: 0.769, Initial ppv: 0.732, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -73.79 New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -73.79 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -72.30 (((.(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.683, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -71.39 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -70.39 (((.(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.718, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -69.90 (((.(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -69.10 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -68.96 ....(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -68.90 ....(((((((....((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -67.99 (((.(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -66.70 (((.(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -66.56 ....(((((((....((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -66.50 (((.(((((((......((((((.......((((..((.....))..))))........)))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.872, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.907, New CC Energy: -66.06 (((.(((((((.......(((((((.....((((.............)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.718, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -65.76 ....(((((((.......(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).....((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.641, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.685, New CC Energy: -65.70 ....(((((((....((.(((((((.....((((.............)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...))))))..))))))).... New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -65.56 ....(((((......((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -65.29 ....(((((......((.(((((((.....((((..((.....))..)))).......))))))).))..((((((.....((((((.((....))))))))...)))))).)))))....... New CC sens: 0.513, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -63.80 (((.(((((((......((((((.......((((..((.....))..))))........)))))).....((((((.....((((((((.....))))))))...))))))..)))))))))). New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -63.66 (((.(((((((.(((((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...)))))))..((....))))))).((((((.((....))))))))...........)))))))))). New CC sens: 0.564, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -63.40 New CC F-measure-avg: 0.710, New CC F-measure-best: 0.907, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01521; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.b.M.genitalium; ORGANISM=NULL UUUUGUUUGGUGCUAAUAUCGCUGUGGAAACACCUGGAACCAUCCCGAACCCAGCAGUUAAGCACAGUGGAGCUAAAUGUAGGUAGUAAUACUGAGAAUAGGUAAGCACCAAGCAAAA ...((((((((((.....((((((((.....((((((.............))))..))....)))))).)).((.(.(...((((....))))...).).))...))))))))))... ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))..(((......((((....)))).....)))...)))))))))))))) Energy of known structure: -25.73 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -39.26 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -39.26 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -39.10 ((((((((((((((....((((((((..(((..((((.............))))..)))...))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -38.21 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........)))))))).(((.......((((....)))).......))).)))))))))))))) New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -36.62 ((((((((((((((......((((((....)))((((.............))))......))).(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -36.16 ((((((((((((((....((((((((.......((((.............))))........))))))))...........((((....))))...........)))))))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -35.73 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -35.45 ((((((((((((((......((((((....)....(((....)))........)))))......(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.312, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -34.25 (((((((((((((((...((((((((.......((((.............))))........))))))))..(((......((((....)))).....))).).)))))))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -34.08 ((((((((((((((.........(((....)))((((.............))))..........(((((..((((........))))..)))))..........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -33.76 ((((((((((((((......((((((....))...(((....)))......)))).(((.(((........))).)))...((((....))))...........)))))))))))))) New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -32.30 New CC F-measure-avg: 0.586, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=CRW_01535; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.A.equina; ORGANISM=NULL GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. 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New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -49.45 (((((((((........((((((..[[[[[[))))))....................]]]]]]..(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -49.04 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -48.52 (((((((((......(((((.......)))))(((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))).........))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -46.65 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.697, New CC Energy: -46.28 (((((((((......(((((.......)))))............((((..........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -45.93 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -45.62 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((....))))))..((....))..(..((....))..).))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -45.61 (((((((((.......(((((.......((((((((((((((..((..(......((((....))))....)..))..))))))))).))))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -45.56 (((((((((......(((((.......))))).......................((((....))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -45.20 (((((((((....((((((((.......((((..[[[[[[[[..))))........)))))).)).............]]]]]]]]......(((.((.....)).)))))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -44.36 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((........((((....))))(((((....)))))....)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -44.30 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((.........(((....)))((((((....))))))...)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -44.00 (((((((((........(((.......)))(((((((..((.(((((........((((....))))(((((....)))))....))))).))..))))))).......))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -43.85 (((((((((......(((((.......)))))..........(((((...(((..((((....))))(((((....)))))))).)))))..(((.((.....)).)))))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -43.45 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))....((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -43.38 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).((((((............((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -43.37 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 0.841, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01553; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.D.mauritiana; ORGANISM=NULL GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGGGCGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((..((.((((..(((....)))..)))).)))))))))))))))))).. Energy of known structure: -41.76 Initial sens: 0.829, Initial ppv: 0.725, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -52.38 New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.725, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -52.38 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -50.57 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -48.57 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.817, New CC Energy: -47.66 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -47.42 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -46.51 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.841, New CC Energy: -46.43 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -45.92 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -45.66 (((((((((....((((((((.....(((((.......))))).............)))))).))(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.686, New CC ppv: 0.649, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -44.77 (((((((((......((((((......(((((............))))).......))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -44.51 (((((((((......((((((......(((((..((....))..))))).......))))))...(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -44.43 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((.....((((..(((....)))..))))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -43.92 (((((((((....((((((((......(((((............))))).......)))))).))(((((((...........(((....))).........)))))))))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.906, New CC F-measure: 0.866, New CC Energy: -43.52 (((((((((......((((((.....(((((.......))))).............))))))...(((((((..((.((((...((....))...)))).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.629, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -42.77 (((((((((....((((((((......(((((..((....))..))))).......)))))).))..((((((...............))))))..((.....))....))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -42.07 New CC F-measure-avg: 0.749, New CC F-measure-best: 0.866, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_01559; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.E.gracilis.2; ORGANISM=NULL GGCGUACGGCCAUACUACCGGGAAUACACCUGAACCCGUUCGAUUUCAGAAGUUAAGCCUGGUCAGGCCCAGUUAGUACUGAGGUGGGCGACCACUUGGGAACACUGGGUGCUGUACGCUU .(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).))))))))).. ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). Energy of known structure: -43.26 Initial sens: 0.806, Initial ppv: 0.674, Initial F-measure: 0.734, Initial Energy: -54.59 New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.734, New CC Energy: -54.59 ((((((((((......((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.659, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -54.59 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.707, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -52.78 ((((((((((......((((((.......(((((..........)))))........))))))...(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -51.46 (((((((((((...((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -51.09 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -50.81 ((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].................(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -50.16 ((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].......((((....))))(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))..)))))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -49.96 ((((((((((........((((......[[[[[.))))........(((.........))).]]]]]((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -49.57 ((((((((((.((.((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))..(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.709, New CC Energy: -49.29 ((((((((((..................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..)))))))((((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.436, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -49.05 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).))(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.744, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -49.03 ((((((((((........((((.......[[[[[))))......]]]]].................(((((((.....((.((((((....)))))).))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -48.35 (((((((((((.....((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -47.42 ((((((((((......((((((.......(((((..(....)..)))))........))))))...(((((((........((((((....))))))......))))))))))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -47.06 (((((((((((.......((((......[[[[[.))))........(((.........))).]]]]].(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -46.47 ((((((((((.((...((((((.......(((((..(....)..)))))........)))))).....(((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.693, New CC Energy: -46.12 ((((((((((....((((((((...((..(((((..(....)..)))))..))....)))))).)).........((.((.((((((....)))))).)).)).......)))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -46.09 (((((((((((.................(((((.((.(((..(((.....)))..)))..))))))).(((((..((.((.((((((....)))))).)).)))))))).)))))))))). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.427, New CC Energy: -45.95 ((((((((((........((((............))))...(((..(((.........))))))..(((((((..((.((.((((((....)))))).)).))))))))))))))))))). New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.459, New CC F-measure: 0.466, New CC Energy: -45.94 New CC F-measure-avg: 0.632, New CC F-measure-best: 0.773, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01564; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.arboreum; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAACCACCGGAUUCCAUCAGUGCUCCCCAGUUAAGCGUGCUUGGCCGAGAGUAGAACUAGGGUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCCCU (((((((((....(((((((......((.(((............)))...)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. (((((((((...((.((.(((....................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.515, Initial ppv: 0.472, Initial F-measure: 0.493, Initial Energy: -40.80 New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.472, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -40.80 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -40.21 (((((((((......((((((..................))))))...(.((((((....)))))).).(((.....((((((.((....))))))))......)))..))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -38.81 (((((((((....................(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))....))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -38.46 (((((((((...((.((.(((...(((((...[[[[[....(((((....((((((....))))))...))))).......))))).........]]]]]))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -38.23 (((((((((................................(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -37.70 (((((((((...............(((((...[[[[[....(((((..(.((((((....)))))).).))))).......))))).........]]]]].........))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.290, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -36.79 (((((((((......((((((..................)))))).....((((((....))))))...........((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -36.66 (((((((((.......(((((..................)))))((((..((((((....))))))..............(((.((....)).))))))).........))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.355, New CC Energy: -36.36 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).((((..((((((....))))))..............(((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.314, New CC Energy: -35.70 .(((((..........)))))....(((.(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))..))).......... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -35.59 (((((((((...((.((.(((...........(((((....(((((....((((((....))))))...))))).......((.((....)).)))))))))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -35.49 (((((((((...((.((.(((....(((..(((...))).))).....(.((((((....)))))).).........((((((.((....))))))))..))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.459, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -35.30 (((((((((......(((((.....(((..(((...))).)))..............)))))....((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -35.21 (((((((((...............(((((............(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))..(((.((....)).))).....))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.290, New CC F-measure: 0.281, New CC Energy: -34.36 (((((((((...((.((.(((...(((((............(((((....((((((....))))))...))))).......)))))....((....))..))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -34.35 (((((((((......((((((..................)))))).(((((.......(((((......)))))..........((....))..)))))..........))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -34.16 .(((((..........)))))........(((((.......(((((..(.((((((....)))))).).)))))...((((((.((....))))))))..)))))............... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -33.79 (((((((((........................((((((..(((((..(.((((((....)))))).).))))).......)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -33.57 (((((((((...((.((.(((............((((((..(((((....((((((....))))))...))))).......))))))...((....))..))).)).))))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -33.56 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.788, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01566; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.G.gnemon; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUAAUACCACCGCUAACGUAUCGGAUCCGAUCAGAACUCCGUAAUUAAGCGCGCUUGGGCUAGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCUCGGGAAGUCCUAGUGUUGCACCCAC (((((((((....(((.(((......((((((............))))..)).....))).).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -35.01 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -42.74 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -42.74 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -41.98 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -41.51 ((((((((((.......((((....((.((((((......))..))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -41.19 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -40.58 ((((((((((...((((((((....((.((((((......))..))))))....)))).)..)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -40.49 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -40.11 ((((((((((...(((.((((....((.((((............))))))....))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -39.73 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -39.43 ((((((((((...(((.((((.......((((............))))......))))....)))............((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -39.26 ((((((((((.......((((.......((((............))))......))))........((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -38.96 ((((((((((.......((((....((.((((............))))))....)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -38.08 ((((((((((...(((.((((...(.((((....)))))...............))))....))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.697, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -38.07 ((((((((((...(((..((....))..((((............))))..............))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.831, New CC Energy: -37.64 ((((((((((.......((((.......((((............))))......)))).((((......))))....((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -37.61 ((((((((((.......((((...(.((((....)))))...............)))).....(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -36.67 ((((((((((...((...((....))...)).(((((((((.(((((....(((((....)))))....).).))).))))...((....))..))))).........)))))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -36.64 ((((((((((......(((((....((.((((............))))))....)))).).....((((...)))).((((((.((....))))))))..........)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -36.28 ((((((((((........((....))..((((............))))...(((((....))))).((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -36.04 ((((((((((........((....))..((((............))))...............(((((.........((((((.((....))))))))..)))))...)))))))))).. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -35.89 New CC F-measure-avg: 0.683, New CC F-measure-best: 0.831, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01570; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.rufipes; ORGANISM=NULL GUCAACGGCCAUAGCACGCUGUAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCAGCGUUGCGCGCGGUUAGUACCUGGAUGGGUGACCGCUUGGGAACACCGCGUGCCGUUGACAU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. Energy of known structure: -47.31 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.737, Initial F-measure: 0.767, Initial Energy: -57.12 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -57.12 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -55.31 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -54.72 ((((((((((...(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -54.62 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).)))(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -53.91 (((((((((.((.(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -53.12 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -52.40 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))...(((((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -51.81 ((((((((((...(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.761, New CC Energy: -51.71 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.794, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -51.61 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -51.32 ((((((((((.....(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -50.72 (((((((((.((.(((((((((......((((............)))).......)))))).)))..(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -50.21 (((((((((.((...(((((((......((((..((....))..)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))))))))))))).. New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.703, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -49.42 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).))).((((((...(((((....))))).((.....))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -49.32 (((((((((......(((((((......((((............)))).......)))))))....((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))).))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -48.70 (((((((((....(((((((((......((((............)))).......)))))).))).((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -48.41 (((((((((....(((((((((......((((..((....))..)))).......)))))).)))..(((((((...((.....)).)))))))..((.....))....))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -47.97 ((((((((((.....(((((((......((((............)))).......))))))).....(((((..((.((..(.(((....))).)..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.754, New CC Energy: -47.81 (((((((((......(((((((......((((..((....))..)))).......)))))))....((((((..((.((.((.(((....)))))..)).)))))))).))))))))).. New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -47.62 New CC F-measure-avg: 0.758, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01572; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.H.sapiens.1; ORGANISM=Homo sapiens AUCUAUGGCUGUACCGCUCUGAACGUGCACUAUCUCUUCUGAUCUCAAAAGCUAAGCAGGGUCAGGCCUGGUUAGUACUGGAAUGGGAGACCACAUGGGAAAACUGGGUGCUGUAGGCU .((((((((....(.((((((.....((...(............).....))....))))))..).(((((......(((...(((....)))..))).....))))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. .((((((((.((((..........)))).....(((......(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).....))).)))))))).. Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.379, Initial ppv: 0.344, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -32.84 New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -32.84 .(((((((((((((..........))))).............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..))))).........)))))))).. New CC sens: 0.379, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.373, New CC Energy: -31.44 .((((((((........(((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).)))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -30.84 ......((.....))..(((((....[[[[[...[[[[[[..{{{{{...[[[[[.[[[[.)))))]]]].]]]]]........]]]]]].....}}}}}......]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.82 ......((.....))..(((((....[[[[[.[[[[[[....{{{{{...[[[[[.[[[[.)))))]]]].]]]]]........]]]]]].....}}}}}......]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.80 .((((((((.........((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -30.16 .((((((((.((((...[[[[[..))))....((((((....{{{{{...(((((.((((.]]]]])))).)))))........)))))).....}}}}}.........)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -30.10 .((((((((.((((...[[[[[..))))......((((((..{{{{{...(((((.((((.]]]]])))).)))))........)))))).....}}}}}.........)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -29.82 .((((((((.((((.[[[[[[...)))).......(((.((....)).))).....]]]]]]...(((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..))))))))))).. New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -29.60 .((...(((......)))..))....(((((...........(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New CC sens: 0.103, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.107, New CC Energy: -28.88 ..........(((((((.(.....).))..............(((((...(((((.((((......)))).))))).......(((....)))..)))))......)))))........ New CC sens: 0.103, New CC ppv: 0.120, New CC F-measure: 0.111, New CC Energy: -28.85 .((((((((.((((..........))))..........(((((((.............)))))))((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -28.71 .(((((((((((((..........)))))........((((((((.............))))))))((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..)).)))))))).. New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -28.59 .((...(((......)))..))....(((((...((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))........)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.55 .((((((((.((((.[[[[[[...)))).......(((.((....)).))).....]]]]]]...((((((((....((.(..(((....)))..).))..)))))))))))))))).. New CC sens: 0.759, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.52 .((((((((......((((((..............(((.((....)).))).....))))))...(((..(((....(((...(((....)))..)))...)))..))))))))))).. New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -28.45 .((((((((.........((((.(.(((.......(((.((....)).)))....))).).))))((((((((..........(((....)))........)))))))))))))))).. New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -28.37 .((...(((......)))..))....(((((...((((((..[[[[[...(((((.((((......)))).)))))........)))))).....]]]]]......)))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.30 .(((((((((((((..........))))).....((((((..((.((...(((((.((((......)))).)))))..))))..))))))((....))...........)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -28.29 .(((((((((((((..........))))).....((((((..[[[[[...(((((.((((......)))).)))))........)))))).....]]]]].........)))))))).. New CC sens: 0.276, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -28.04 New CC F-measure-avg: 0.337, New CC F-measure-best: 0.767, New CC best-subopt: 15, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01583; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.edodes; ORGANISM=NULL AUCCACGGCCAUAGGACUCUGAAAGAACCGCAUCCCGUCUGAUCUGCGCAGUUAACCAGAGUGCCGCCUAGUUAGUACCACGGUGGGGGACCACGCGGGAAUCCUAGGUGCUGUAGUUUU (.(.(((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))).).).. ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))).)))))...... Energy of known structure: -34.18 Initial sens: 0.824, Initial ppv: 0.757, Initial F-measure: 0.789, Initial Energy: -38.79 New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -38.79 ....(((((....((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -38.24 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -37.09 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -36.51 ....(((((....((((((((.......((((............))))........)))))).)).(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -36.26 .....((((......((((((.......(((([[[[[[......))))........))))))))))(((((........{{{{{((....))..]]]]]]...))))).}}}}}...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -35.25 ....(((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))....(((((......((.((((((....)))).))))....))))).)))))...... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -35.24 ....(((((......((((((.......((((............))))........))))))...((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))))))))...... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -35.11 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))))))).(((..(((((((...((((....))))..((....))..)))))))))).... New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -34.89 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((...((.((.((((((....)))).)))).)).)))))............ New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -34.09 ....((((.......[[[[[[.......[[[[..))))......]]]]........]]]]]]..(((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -33.99 .............(.((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).)(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -33.79 ...............((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))..(((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))).......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -33.79 ....(((((..((((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))..((((...............((((....))))))))...)))))...)))))...... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -33.76 ....(((((..(((((...........((((...(((((((((..(((((.((.....)).)).)))...)))))....)))).((....))..))))...)))))...)))))...... New CC sens: 0.206, New CC ppv: 0.219, New CC F-measure: 0.212, New CC Energy: -33.74 .............((((((((....(((((((((......))..))))..)))...)))))).))((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))........... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -33.59 ....((((.......[[[[[[.......[[[[..))))......]]]]........]]]]]]((.((((((...((.((.((((((....)))).)))).)).))))))))......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -33.59 .....((((......((((((....(((((((((......))..))))..)))...))))))))))(((((......((.((((((....)))).))))....)))))............ New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -33.54 .....((((..[[[[[(((((....(((((((((......))..))))..)))...))))).))))......(((((((.((((((....)))).))....]]]]])))))))....... New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -33.54 ....((((.......[[[[[[.......[[[[..))))......]]]]........]]]]]]..(((((((......((.((((((....)))).))))....))))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -33.44 New CC F-measure-avg: 0.624, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01586; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.L.luteus; ORGANISM=NULL AGGUGCGAUCAUACCAGCACUAAUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUCGUGUUGCACCUCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -39.86 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.816, Initial F-measure: 0.861, Initial Energy: -44.42 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.861, New CC Energy: -44.42 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.849, New CC Energy: -42.32 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -40.74 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -40.32 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -39.97 (((((((((.......(((....)))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -39.18 (((((((((....((.(((....)))...)).(((((.....(((((((..(((((....)))))))).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -38.80 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -38.74 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.771, New CC Energy: -38.45 .(((((..........)))))...((((.(((((((......(((((((..(((((....)))))))).))))......((((.((....))))))))))..)))..))))......... New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -37.89 (((((((((....((.(((....)))...))..((((.........(((......)))....))))((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -37.57 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -37.54 (((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).)))((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....))))))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -36.96 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -36.93 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -36.87 .((((.((((......(((....)))....)))).))))..((((....))))....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -36.59 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -36.45 .(((((..........))))).......((((............))))......((.((((..(.(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).).)))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -36.28 (((((((((....((.(((....)))...))..((((((...(((((((..(((((....)))))))).))))........)))))).(((.((....)).))).....))))))))).. New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -35.95 .(((((..........)))))...((..((((((......))..))))..)).....((((....(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))...)))).... New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -35.78 New CC F-measure-avg: 0.663, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01590; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.M.glyptostroboides; ORGANISM=NULL GGGUGCGAUCAUACCAGCGUUAGUGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGCAGUUAAGCGCGCUUGGGCCGGAGUAGUACUGGGAUGGGUGACCUCCCGGGAAGUCCCGGUAUUGCACCCUU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. ((((((((.....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....)))))).)))))))).. Energy of known structure: -46.01 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.811, Initial F-measure: 0.845, Initial Energy: -50.67 New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -50.67 (((((((((....((((...((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.289, New CC F-measure: 0.306, New CC Energy: -50.64 (((((((((....(((((((....((..((((((......))..))))..)).....)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.838, New CC F-measure: 0.873, New CC Energy: -49.59 .((((((......[[[[[[[...))))))..((((((.....((((((.........]]]].]]]..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.171, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -47.92 (((((((((.......(((....))).....((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.314, New CC Energy: -47.80 (((((((((.................(((((.((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....))))))))))....)))))))))))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -47.78 (((((((((......(((((....((..((((((......))..))))..)).....)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -47.59 (((((((((.................(((((...........((((((...(((((....)))))..))))))....((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -47.53 .((((((.....((....))...))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -47.24 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -46.89 (((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).))).((((.......))))]]]]]].......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -46.76 (((((((((..........(((((((.((((..((((..((.....(((......)))..))))))))))....)))))))...((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.314, New CC Energy: -46.74 (((((((((...........((.(((.((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).))).))((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -46.54 .((((((................))))))..((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))(((((.....(((((....))))).....))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -45.83 (((((((((....((.(.((....)).).)).((((......((((((...(((((....)))))..))))))......((((.((....)))))))))).........))))))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -45.05 (((((((((......(((((...........[[[[[[.....[[[[[[.........))))).....]]]]]].....]]]]]]((....))..(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -45.02 (((((((((....((.(.((....)).).))..((((((...((((((...(((((....)))))..))))))........)))))).......(((((....))))).))))))))).. New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -44.95 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......((((((.((....))))))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.968, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -44.89 (((((((((.......(((....))).((((..((((..((.....(((......)))..)))))))))).......((((((.((....))))))))...........))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -44.84 (((((((((.......(((....))).((((((((((.....((((((...(((((....)))))..)))))).....))))))((....))..))))...........))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -44.60 New CC F-measure-avg: 0.476, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01594; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.N.viridescens; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCACCCUGAAAGCACCUGAUCUCGUCUGAUCUCAGAAGUUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACCUGGAUGGGAGACCGCCUUGGAAUACCAGGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......(..((.(((....)))))..).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))))))))))))).. Energy of known structure: -42.76 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.756, Initial F-measure: 0.827, Initial Energy: -51.85 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.827, New CC Energy: -51.85 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.816, New CC F-measure: 0.861, New CC Energy: -50.22 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.763, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -49.79 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -48.22 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.899, New CC Energy: -47.15 (((((((((........(((((.....((((......((((....)))).......)))).)))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.543, New CC Energy: -46.37 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.925, New CC Energy: -45.58 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.879, New CC F-measure: 0.866, New CC Energy: -45.15 ((.....))....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -44.95 (((((((((..................((((((((..((((....)))).........))))))))((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..)))))).))))))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -44.85 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((..((....)).(....)....))))))))))..)))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.412, New CC Energy: -44.65 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.629, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -44.39 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(.(((((((...(.((.((.(((....)))))..)))..))))))).)....)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.580, New CC Energy: -44.10 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((........((.(((....))))).......)))))))))))))))).. New CC sens: 0.853, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.892, New CC Energy: -43.58 ((.....))......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).(((((((..((((((((((..((....)).(....)....))))))))))))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.338, New CC Energy: -43.45 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))(((((((........((.(((....))))).......)))))))......)))). New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -42.82 ......((((.....((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))...(((((((.....((.((.(((....)))))..))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.597, New CC Energy: -42.39 (((((((((....((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).))....(((....))).((.(((....)))))((((....))))..))))))))).. New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -42.15 ......((((...((((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)).......((((((((((((((....))........)).))))))))))..)))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.406, New CC Energy: -42.04 New CC F-measure-avg: 0.671, New CC F-measure-best: 0.925, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=CRW_01596; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.mykiss; ORGANISM=NULL GCUUACGGCCAUACCAGCCUGAAUACGCCCGAUCUCGUCCGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAAGCUU (((((((((....(((.((((.....((((((............))))..))....)))).).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. Energy of known structure: -43.51 Initial sens: 0.324, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.293, Initial Energy: -53.00 New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.268, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -53.00 (((((((((....((((.((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).))))...))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.282, New CC F-measure: 0.301, New CC Energy: -52.25 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).((...)).))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.314, New CC Energy: -50.67 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).((...)).)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.343, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -50.44 (((((((((...(((((.........(((((((((..((((....)))).........))))))))))))))............((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -49.92 (((((((((....(((.((((..((.((((((..((....))..))))..))))..)))).).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.822, New CC Energy: -49.84 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -49.75 (((((((((.......(((((.....(((((((((..((((....)))).........)))))))))..........((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -49.69 (((((((((.........((((.((.(((((((((..((((....)))).........))))))))).)).)))).........((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -48.70 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........)))))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -48.10 (((((((((....((((.........(((((((((..((((....)))).........)))))))))...........))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -48.01 (((((((((....((((....................((((....)))).(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -46.55 (((((((((.................((((.......((((....)))).........))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -46.34 (((((((((.................(((((((((..((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -46.25 (((((((((.......................((((((((((........(((((.((((......)))).)))))..))))))))))....((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -46.20 (((((((((.......(((((................((((....)))).(((((.((((......)))).))))).((..(.(((....))).)..)).....)))))))))))))).. New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -45.99 (((((((((.......(((((....((..((....))..)).((((((..(((((.((((......)))).)))))........((....))..))))))....)))))))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.314, New CC F-measure: 0.319, New CC Energy: -45.49 (((((((((....((((...........((((............))))..(((((.((((......)))).)))))..))))..((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.448, New CC Energy: -44.64 (((((((((.......((((((.....(((.......((((....)))).........))))))))).................((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.324, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -44.60 (((((((((.......((((((...............((((....))))............))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))..))))))))).. New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -44.28 New CC F-measure-avg: 0.389, New CC F-measure-best: 0.822, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01597; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.1; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). Energy of known structure: -38.16 Initial sens: 0.912, Initial ppv: 0.795, Initial F-measure: 0.849, Initial Energy: -42.94 New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.795, New CC F-measure: 0.849, New CC Energy: -42.94 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.845, New CC Energy: -40.94 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))............((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -40.59 (((((((((....(((((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -40.19 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.912, New CC ppv: 0.912, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -40.02 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -39.12 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -38.51 (((((((((......(((((...(((..((((((......))..))))..)))....)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -38.19 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -38.02 (((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))).))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -37.68 (((((((((....(((((((........((((.[[[[[[.....)))).........)))).)))((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....))))))))). New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -37.36 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -37.27 (((((((((.............((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -36.37 (((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]...........((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -35.83 (((((((((.............((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -35.76 (((((((((.............((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]].(((.((....)).))).....))))))))). New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.406, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -35.57 (((((((((....((.((......))...)).(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).........))))))))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.418, New CC Energy: -35.55 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -35.27 (((((((((.......((......))..((((............))))....((((....)))).(((((.(.....((((((.((....)))))))).....))))))))))))))). New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -34.74 (((((((((....((((.....((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]].......))))...........))))))))). New CC sens: 0.382, New CC ppv: 0.419, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -34.69 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01598; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.O.sativa.2; ORGANISM=Oryza sativa GGAUGCGAUCAUACGAGGACGAAAGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUAGGAUGGGUGACCUCCUGGGAAGUCCUUGUGUUGCAUCCC (((((((((....(.((.(((.....((((((............))))..))....))).))..).((((.......((((((.((....))))))))......)))).))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). (((((((((...((((((((..((((((((((((......))..)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). Energy of known structure: -31.08 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -49.27 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -49.27 (((((((((...((((((((..((((((((((............)))).........))))))..((....))....((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -48.66 (((((((((...((((((((........((((.[[[[.......))))..............]]]]...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -47.73 (((((((((...((((((((..((((((((((.[[[[[[.....)))).........))))))..((....))........]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.351, New CC F-measure: 0.371, New CC Energy: -45.92 (((((((((...((((((((...(((..((((((......))..))))..)))....(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -44.90 (((((((((...((((((((........((((............)))).......((.(((((......))))))).((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -44.89 (((((((((...((((((((.............((((....((((....)))).........))))...........((((((.((....))))))))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -43.47 (((((((((...((((((((........((((.[[[[[[.....)))).........(((((...((....)))))))...]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.394, New CC ppv: 0.361, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -43.41 (((((((((...((((((((.............((((((..((((....))))....(((((...((....)))))))...))))))...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -43.10 (((((((((...((((((((........((((............)))).........(((((...((....)))))))(((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -42.99 (((((((((...((((((((.....((((...[[[[[.....((((((....((((....))))..)).))))............))))......]]]]].))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -42.88 (((((((((...((((((((............(((((.....((((((....((((....))))..)).)))).......(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.378, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -42.67 (((((((((...((((((((.....((((..((((.......((((((....((((....))))..)).)))).......)))).)))).((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -42.24 (((((((((....((((.(((..(((..((((((......))..))))..)))...))).)))).((....))....((((((.((....))))))))...........))))))))). New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -42.00 (((((((((...((((((((.....((((...[[[[[....((((....))))....(((((...((....))))))).......))))......]]]]].))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -41.93 (((((((((...((((((((.............((((((...((((((....((((....))))..)).))))........))))))...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.257, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -41.75 (((((((((...((((((((.....((((.............((((((....((((....))))..)).))))....[[[[[[..))))...]]]]]]...))))))))))))))))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.405, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -41.49 (((((((((...((((((((.............((((....((((....))))....[[[[[)))).......]]]]](((((.((....)))))))....))))))))))))))))). New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.432, New CC F-measure: 0.457, New CC Energy: -41.34 (((((((((...((((((((............(((((....((((....))))....(((((...((....)))))))..(((.((....)))))))))).))))))))))))))))). New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -41.32 (((((((((...((((((((..((((((.....[[[[[[..((((....))))....))))))..((....))........]]]]]]...((....))...))))))))))))))))). New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.257, New CC Energy: -41.06 New CC F-measure-avg: 0.442, New CC F-measure-best: 0.765, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01599; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.brevicirris; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUACGUUGAAAACACCGGUUCUCGUCUGAUCACCGAAGUUAAGCAACGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCUGUAGGUUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. (((((((((................((((.((((..(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))..)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. Energy of known structure: -40.11 Initial sens: 0.257, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.243, Initial Energy: -49.10 New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.243, New CC Energy: -49.10 (((((((((....(.((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).).(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.711, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -48.94 (((((((((................((((.((((....(((((((((((.(((....))).))))...))))))).....)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -47.27 (((((((((...................(((((((((((((((((((((.(((....))).))))...))))).......))))))).)))))(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.237, New CC F-measure: 0.247, New CC Energy: -42.09 (((((((((......((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...))))))....((.(((....))).))..((....))((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.568, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -42.00 (((((((((...........((.(((....))).)).........((((.(((....))).))))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))))))))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -41.19 (((((((((.......((.((....)).))......(((((((((((((.(((....))).))))...))))))).))......((....)).(((((.....))))).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.310, New CC Energy: -39.70 (((((((((................((((.((((...........((((.(((....))).))))...............)))).))))...((((((.....))))))))))))))).. New CC sens: 0.257, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.277, New CC Energy: -39.32 New CC F-measure-avg: 0.393, New CC F-measure-best: 0.740, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=CRW_01602; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.P.hybrida.1; ORGANISM=NULL GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAACGCACCGGAUCCCAUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACUGGAAUGGGUGACCCUCCGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUCCCU (((((((((....(((((((......((((((............))))..)).....))))).)).((((.......(((((..((....)).)))))......)))).))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. Energy of known structure: -37.31 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 0.769, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -42.20 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -42.20 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -40.61 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...(((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -40.20 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.853, New CC F-measure: 0.866, New CC Energy: -38.61 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -38.19 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))............(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -37.75 (((((((((....(((((((((((....((((((......))..))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -37.35 (((((((((.......((......))..((((.[[[[.......))))..............]]]]((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -36.83 (((((((((....(((((((((((....((((............))))..))))...)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -36.74 (((((((((......(((((........((((............)))).........)))))...(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.879, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.921, New CC Energy: -36.19 (((((((((...........(((([[[[((((.{{{{.......))))..))))...]]]].}}}}((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.649, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -36.09 (((((((((...........((((....((((.[[[[.......))))..))))........]]]]((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -35.98 (((((((((......(((((((((....((((((......))..))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -35.35 (((((((((...............((((((((((......))..)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -35.09 (((((((((......(((((((((....((((............))))..))))...)))))...((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.758, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -34.74 (((((((((.......((......)).(((((.((((((((.(((((.((((.......)))).)).......))).)))..)))))......)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -34.73 (((((((((.............((((.......[[[[....((((....))))..))))...]]]]((((.(.....(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).. New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.606, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -34.59 (((((((((.............((((..((((((......))..)))).......))))......(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.49 (((((((((...............((((((((............)))).........))))....(((((.......(((((..((....)).)))))......)))))))))))))).. New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -34.48 (((((((((....(((((((........((((............)))).........)))).)))((....))....(((((..((....)).)))))...........))))))))).. New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -34.32 New CC F-measure-avg: 0.764, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01614; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.canicula; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACUAGUCUGAAAACGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGAUUCAGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCAGGUGCAGUAGGCUU ((((((.((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)).)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. ((((((..((((...(((((((..(.(((.((....(((((....(....).....))))))).))).)..)))).)))...)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. Energy of known structure: -40.06 Initial sens: 0.176, Initial ppv: 0.167, Initial F-measure: 0.171, Initial Energy: -44.92 New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.171, New CC Energy: -44.92 ((((((.......((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.824, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -43.61 ((((((.........((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.788, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -43.61 ((((((..((((.....(((((........((((......))))))))).(((((.(((........))).)))))......)))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -41.04 ......((((.((((.(((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))....(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..)))))))..)))))))). New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -40.27 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..))))......((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -39.93 ((((((..((((...((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))....((.(((....))).)))))).....(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -39.22 ((((((((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))..)))).......................(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -39.16 ((((((...........(((((........((((......)))))))))................(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -38.83 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).))).....((....))((((((.....))))))...)))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -38.81 ((((((...........(((((..........[[[[[[[[[[..))))).(((((.(((........))).)))))..]]]]]]]]]]...(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.171, New CC Energy: -38.80 ......((((...((((((((.....((((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -38.61 ......((((.....((((((.....((((((..((....))..))))..))....))))))...(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))......)))). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.645, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -38.61 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).))))).((((((((..((....))...........)))))))).)))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.229, New CC F-measure: 0.232, New CC Energy: -38.07 (((((((((.................)))...((((((((((........(((((.(((........))).)))))..))))))))))...(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.176, New CC F-measure: 0.176, New CC Energy: -38.02 ((((((..........(((((((...((((((..((....))..))))..))........)))))))(((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))).....)))))).. New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -38.00 ((((((((((.......(((((..............[[[[[...))))).......]]]]]...))))......((((((((..((....)).(....)....)))))))).)))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.258, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -37.92 ((((((.........(((((((....(((.((....(((((....(....).....))))))).)))....)))).)))............(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.194, New CC F-measure: 0.185, New CC Energy: -37.81 (((((((((((.....(((((((...((..((((......)))).(....)....))...))))))).)))))..................(((((((.....)))))))..)))))).. New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -37.50 (((((((((.................))).......(((((....(....).....)))))....(((((((.....((..(.(((....))).)..))...)))))))...)))))).. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -37.43 New CC F-measure-avg: 0.416, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_01617; TYPE=5S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.5.e.S.kowalevskii; ORGANISM=NULL GCCUACGGCCAUACCACGUAGAAUGCACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUUAAGCUGCGUCGGGCGUGGUUAGUACUUGCAUGGGAGACCGGCUGGGAAUACCACGUGCUGUAGGCUU (((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. (((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. Energy of known structure: -44.21 Initial sens: 0.943, Initial ppv: 0.846, Initial F-measure: 0.892, Initial Energy: -52.66 New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.892, New CC Energy: -52.66 (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.892, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -50.39 ((((((((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.877, New CC Energy: -50.06 (((((((((......((((((.......((((..((....))..))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.886, New CC Energy: -48.39 (((((((((.((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -48.26 ((((((((((...((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.901, New CC Energy: -47.79 (((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.943, New CC ppv: 0.943, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -47.48 (((((((((.((.((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.865, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -45.99 (((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -45.48 ((((((((((..(((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........).))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.563, New CC Energy: -45.25 ((((((((((...((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -44.88 ((((((((((((.((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))..))).......((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -44.19 ((((((((((.....((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).))))))))).. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -44.09 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).....((.((.(((....))))).))...........))))))))).. New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -43.60 (((((((((...(((((((.........(((.......)))....((((.((......)).)))))))))))........((.(((....))))).((.....))....))))))))).. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.418, New CC Energy: -43.35 (((((((((.(((((((((...((((..((((..((....))..)))).((.....))))))...))))))).....((.((.(((....))))).)).........))))))))))).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.541, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -43.15 (((((((((.((.((((((((.......((((............))))........)))))).))..(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.914, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -43.08 (((((((((.((...((((((.......((((..((....))..))))........)))))).....(((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))))))))))).. New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -42.79 ((((((((((..(((((((...[[[[[.(((.......)))....((((.((......)).))))))))))).......]]]]]((....))...(((.....))).).))))))))).. New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.306, New CC F-measure: 0.310, New CC Energy: -42.62 ......((((...((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))))......)))). New CC sens: 0.686, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -42.56 New CC F-measure-avg: 0.773, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00213; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1S9S; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUACUAGUUGAGAAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGUGAAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGAGGUCCCAGGGUU .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). .((((..((((((....))))))..)))).....((((..(((.(((((((((....)))))....))))))))))).(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -46.65 Initial sens: 0.972, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.986, Initial Energy: -47.55 New CC sens: 0.972, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.986, New CC Energy: -47.55 .((((..((((((....))))))..)))).....((((......(((((((((....)))))....))))...))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -41.42 .(((((.((((((....)))))).(((((.....)))))..((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.730, New CC F-measure: 0.740, New CC Energy: -41.40 .((((..((((((....))))))..))))...((((.....((.(((((((((....)))))....)))))))))).((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.861, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.873, New CC Energy: -41.25 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -41.20 .((((..((((((....))))))..))))...........(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -40.95 .(((((.((((((....)))))).(((((.....))))).....(((((((((....)))))....))))..)))))((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -40.60 .......((((((....)))))).(((((.....))))).(((.(((((((((....)))))....)))))))....((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.848, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -38.80 .((((..((((((....))))))..)))).....(((....)))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.906, New CC F-measure: 0.853, New CC Energy: -38.15 .((((..((((((....)))))).(((((.....))))).))))(((((((((....)))))....)))).......((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.735, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -38.10 New CC F-measure-avg: 0.852, New CC F-measure-best: 0.986, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=PDB_00645; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PNX; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGUAACCUACGGGAAGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(..((.(..(((.(((..(((((((((((((...(.((((...(..((....))..)..)))).)..)))))))))))))..))).)))...).))...).....(((((((((....))))))))). .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))) Energy of known structure: -63.90 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.921, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -72.00 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.921, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -72.00 ..(((((......))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))...((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -70.00 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -69.80 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.868, New CC Energy: -69.06 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -68.30 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.779, New CC Energy: -67.26 .........((((..((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..))..)))).(((((((..............((....))))))))). New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -62.99 .....((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.675, New CC ppv: 0.675, New CC F-measure: 0.675, New CC Energy: -62.45 (((((.......((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))....)))))..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -61.10 (((((..........((..(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))..)).))))).(((((((..............((....))))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -60.79 .........((((......(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......)))).(((((((..............((....))))))))). New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.693, New CC Energy: -60.05 .((((((............)))))).((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))).((((.......))))...............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -59.44 (((((((((((...........((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))))..))))).(((((((..............((....))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.513, New CC F-measure: 0.506, New CC Energy: -59.29 ..(((((..[[[[......[[[[[[[[[[[[[...[.[[[[((....)).))))).....]]]].]..]]]]]]]]]]]]]......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -58.88 (((((..............(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))).....))))).(((((((..............((....))))))))). New CC sens: 0.575, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -58.25 ..(((((..[[[[))))).(((((((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..)))))))))))))......]]]]..............((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.825, New CC ppv: 0.805, New CC F-measure: 0.815, New CC Energy: -57.86 ............((((((......((((((((...(.((((..((..((....))..)).)))).)..))))))))))))))..((..(((....)))..))...((((((((((....)))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.658, New CC F-measure: 0.641, New CC Energy: -57.80 New CC F-measure-avg: 0.711, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=PDB_01255; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2R8S; ORGANISM=MUS MUSCULUS GGAAUUGCGGGAAAGGGGUCAACAGCCGUUCAGUACCAAGUCUCAGGGGAAACUUUGAGAUGGCCUUGCAAAGGGUAUGGUAAUAAGCUGACGGACAUGGUCCUAACACGCAGCCAAGUCCUAAGUCAACAGAUCUUCUGUUGAUAUGGAUGCAGUUCA .....((((.(...((((((.....(((.((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))....)))......)))))))....))))))..).))))((...((((...((((((((.....))))))))..))))...))... .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). .(((((((......(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..))).............((((...((((((((.....))))))))..))))))))))). Energy of known structure: -48.01 Initial sens: 0.723, Initial ppv: 0.680, Initial F-measure: 0.701, Initial Energy: -63.43 New CC sens: 0.723, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -63.43 .((((((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.702, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -61.93 ((..(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))))..((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.809, New CC ppv: 0.745, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -61.45 .(((((((......(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.766, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -60.74 ....(((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.809, New CC ppv: 0.776, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -60.05 .(((((((......(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.702, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -58.64 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............)))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.638, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -58.63 .(((((((((((..(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))..............))))..(((((((((...)))))))))......))))))). New CC sens: 0.638, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -58.53 .(((((((......(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...))))))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.702, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -58.29 .((((((((.....(((((((...(((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).).)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -58.00 ....(((((.....(((((((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...)))))))....)))))....((((...(((((((((...)))))))))..))))........ New CC sens: 0.851, New CC ppv: 0.784, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -57.66 .((((((((.....(((((((....((((.((((.....(((((((((....))))))))).(((((....)))))..........))))))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -57.44 .((((((((.....(((((((....(((((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).))))).......)))))...)))))))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -57.09 .(((((((......(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......))).............((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.702, New CC ppv: 0.673, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -56.77 (((..((((.....(((..((....((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...))..)))....))))......)))...(((((((((...))))))))).............. New CC sens: 0.723, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -56.69 .((((((((.......(((.....)))..(((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))).((((.((((...........)))).))))...(((((((((...))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -56.24 .(((((((.................((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....))))))))...((((...........)))).((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.638, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -55.94 .((((((((........((((((((..(((...(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))...))).(((((((.((((...........)))).))))...)))..........)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.255, New CC ppv: 0.245, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -55.91 .(((((((..(((.((.(....)..)).)))..(((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))))....((((..((((...)))).......))))...((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.511, New CC ppv: 0.453, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -55.77 .((((((((.....(((........((((.((((((((.(((((((((....))))))))).(((((....))))).)))).....)))))))).......)))..............(((...((((((((.....))))))))..))))))))))). New CC sens: 0.681, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.674, New CC Energy: -55.57 New CC F-measure-avg: 0.651, New CC F-measure-best: 0.816, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00606; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 M33461.1/346-140; ORGANISM=NULL AUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUC .(((((........((.(((........)))....))..........................................((((.((.........)).))))......))))).........(((((..........((((((.((.((..........((((......))))...)).)).))))))))))). ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]..]]]]]]]..)))).)))))))))}}}}}} Energy of known structure: -11.22 Initial sens: 0.457, Initial ppv: 0.281, Initial F-measure: 0.348, Initial Energy: -52.13 New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -52.13 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]..]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.302, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -50.85 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.....[[[[))))))))..)))))))..]]]].]]]]]]]]]]]]]]] New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -49.20 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[..........[[[[[[[[[.........))))))))..))))))).......]]]]]]]]]]]]]]] New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.302, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -47.93 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -47.16 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((...((((......(((........)))..))))...)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]...........)))).)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.281, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -46.80 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.........]]]]]]]]................)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -46.73 ...((((((((((((([[[[[[..............(((((.......................{{{{{{{......)))))......{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....)))).........]]]]]].((((}}}}}}}}..}}}}}}}..))))..........>>>>>> New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.102, New CC F-measure: 0.119, New CC Energy: -46.38 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{..............[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]......((((((((...............]]]]]]]]].[[[[[[.................}}}}}}.[[[[))))))))..)))))))..]]]]..........]]]]]] New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.102, New CC F-measure: 0.119, New CC Energy: -46.38 ...((((.........(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))..))))..(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -46.18 ...((((((((((((((((((......)))))................................[[[[[[[....[[[[[[[[.....{{{{{{{{...............))))))))).<<<<<<....))))....]]]]]]]]....((((}}}}}}}}..]]]]]]]..))))..........>>>>>> New CC sens: 0.229, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -45.97 ...(((([[[[[[[[[(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.377, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -45.62 ...(((([[[[[[[[[{{{{{{.......<<<<<<<[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]].((((((.................}}}}}}.((((.....>>>>>>>.......))))..........)))))) New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.109, New CC F-measure: 0.123, New CC Energy: -45.60 .......((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -45.35 ...(((([[[[[[[[[.............{{{{{{{[[[[[.....))))..............(((((........]]]]]..)))))......................]]]]]]]]](((((((.....))...[[[[[[[[[.(((((...)))))}}}}}}}..))))).....]]]]]]]]]...... New CC sens: 0.229, New CC ppv: 0.157, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -45.23 ...((((.........(((((......)))))....(((((.......................[[[[[[[......)))))..((((((((((...................{{{{{.))))))))))..))))..(((((((((((((((...))))))....]]]]]]].......))))))))).}}}}} New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -44.93 ...((((.........(((((......)))))....[[[[[.....))))..............(((((((......]]]]]..((((((((((...................[[[[[.))))))))))........[[[[[[[[[((((((...))))))....))))))).......]]]]]]]]].]]]]] New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.216, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -44.93 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))......[[[[[[[[...............))))))))){{{{{......))))..(((((((((.........]]]]]]]]......}}}}}.....)))))))))...... New CC sens: 0.314, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -44.49 ...(((......))).(((((......)))))....(((((.(.((((......(((........)))..)))).).)))))..((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.268, New CC F-measure: 0.330, New CC Energy: -44.38 ...((((((((((((((((((......)))))....(((((.............(((........))).........)))))......[[[[[[[[...............))))))))).{{{{{{....))))..(((((((((.....((((]]]]]]]]...........)))).)))))))))}}}}}} New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.302, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -44.37 New CC F-measure-avg: 0.310, New CC F-measure-best: 0.612, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00608; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U10566.1/260-72; ORGANISM=NULL AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCUUGAUUACUCUUUAAAUUAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUGGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU .....(((..........(.(......).)......................................((((((((.............))))))))......))).......(((((..........((((((..((((.........((((....))))...))))..)))))))))))........ 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New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -43.30 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.691, New CC Energy: -42.87 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -41.70 ((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.489, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -41.50 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.442, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -41.07 ..((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))....)))))).....((((((..........((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))))))))....... New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -40.10 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........))))))))))))....... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -39.85 ((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........))))))))))))....... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.703, New CC Energy: -39.65 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((.......((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))..))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.395, New CC Energy: -39.50 ((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).((((((.......((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))..))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.340, New CC F-measure: 0.405, New CC Energy: -39.30 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).((((((..........((((((..............(((((....)))))........))))))))))))....... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.553, New CC F-measure: 0.658, New CC Energy: -39.22 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).((((((.......((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))..))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -38.87 ((((((((...............((((((.((([[[[[[.................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).((((((.((..((((((..(((((....)))))...)))).))..)).........]]]]]]..))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -38.50 ..((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))....)))))).....(((((((((.......((((((..(..(........(((((....)))))..)..)..))))))....))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -38.30 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).(((((((((.......((((((..............(((((....)))))........))))))....))))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -38.05 ((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).(((((((((.......((((((..............(((((....)))))........))))))....))))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.85 ((((((((..((...........((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))..))..)))))))).((((((.............(((((....)))))...(((((....)))))..............))))))....... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.465, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -37.70 ((((((((...............((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............))))))))......)))))))).((((((.............(((((....)))))...(((((....)))))..............))))))....... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.488, New CC F-measure: 0.548, New CC Energy: -37.50 ((((((((.........(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).))))))))))))).(((((((((.......((((((..............(((((....)))))........))))))....))))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.420, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -37.42 New CC F-measure-avg: 0.566, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00612; TYPE=Ciliate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00025 U22350.1/211-52; ORGANISM=NULL UUAUACCCGCAAAUUCAUUCAGGUCUGUAAUAGAUCUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAAAUAUUACCUUCACCAAUUAGGUAUAAUCAAUGGUAUCGCGGGACAAAAGACUAUCGACAUUUGGUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUU .....(((((.........(((.(((.....))).)))......................................((((.(.(.......).).))))...)))))....(((((.(((..(((.(((((.......))))))))))))))))...... .....(((((.........((((((((...))))))))...............................(((((..[[[[...))))).......]]]]...)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))...... .....(((((.........((((((((...))))))))...............................(((((..[[[[...))))).......]]]]...)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))...... 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Energy of known structure: -22.48 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.581, Initial F-measure: 0.621, Initial Energy: -26.70 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -26.70 .((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -26.10 .((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((..............((((...))))..)))))..)))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -24.29 .((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((.(((((.((.((((.......))))..)).).)))).....)))))))). New CC sens: 0.519, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -24.00 ........(((((((((...........))))))..)))...........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))). 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New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -21.45 New CC F-measure-avg: 0.541, New CC F-measure-best: 0.643, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00782; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 AF033811.1/112-12; ORGANISM=NULL GUCGGUACUAGUUAGCUAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCGGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ...(((((.((((((....))))))..)))))..((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. ...(((((.((((((....))))))..)))))..((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -39.45 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.559, Initial F-measure: 0.576, Initial Energy: -45.80 New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.559, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -45.80 ...(((((.((((((....))))))..)))))..((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -45.60 ...(((((.....((((....))))..)))))..((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.594, New CC Energy: -42.69 ...(((((.....((((....))))..)))))..((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -42.49 ((((((((.((((((....))))))..))).)))))....(((.((((...((((.....))))..)))))))......((((((((....)))))))).. 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New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.525, New CC Energy: -37.46 New CC F-measure-avg: 0.646, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00787; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 J02266.1/818-718; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCAGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. Energy of known structure: -34.15 Initial sens: 0.742, Initial ppv: 0.697, Initial F-measure: 0.719, Initial Energy: -37.20 New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -37.20 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.935, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.967, New CC Energy: -35.00 .........((((((....)))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -34.40 ....((((.....((((....))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..(((.((((....)))).))).. New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -34.09 (((.((((.((((((....))))))..))))..)))....(((.(((((((((....)))))....)))))))......(((.((((....)))).))).. 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New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -30.00 New CC F-measure-avg: 0.658, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00792; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M26526.1/755-655; ORGANISM=NULL GCCUGUACUAGUUGGCUGACUAGACCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGGAGUUCCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCGGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ((..((.((((((....))))))))..)).....((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -37.85 Initial sens: 0.938, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -39.90 New CC sens: 0.938, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -39.90 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -39.40 ....((.((((((....)))))))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.938, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -39.40 ((..((.((((((....))))))))..)).....((((((....(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.831, New CC Energy: -36.55 .......((((((....))))))...........((((((....(((((((((....)))))....)))).))))))..((((((((....)))))))).. 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New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -32.85 New CC F-measure-avg: 0.703, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00794; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 M93134.1/374-274; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUGGCCGACUAGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUAGAACUGACGAGUUCGGGAUACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -39.25 Initial sens: 0.594, Initial ppv: 0.576, Initial F-measure: 0.585, Initial Energy: -42.05 New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -42.05 .......((((((....))))))...........((((..(((.((((...((((.....))))..)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.862, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -41.25 ....((((.((((((....))))))..))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -40.90 .......((((((....))))))...........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.938, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -40.10 ((((((.((((((....))))))....[[[[[[.))))))..(((((.(((((....))))).]]]]]]...)))))..((((((((....)))))))).. 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New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -36.61 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00798; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 U13766.1/392-293; ORGANISM=NULL AUCUGUACUAGUUAGCUAACUAGAUCUGUAUCUGGCGGUUCCGUGGAAGAACUGACGAGUUCGUAUUCCCGACCGCAGCCCUGGGAGACGUCUCAGAGGC ..(.(..((((((....))))))..).)......((((...((.(((((((((....)))))...)))))).))))..((((((((....)))))).)). .......((((((....)))))).((((......(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}} .......((((((....)))))).((((......(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}} Energy of known structure: -26.10 Initial sens: 0.548, Initial ppv: 0.515, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -36.67 New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -36.67 .((((..((((((....))))))...........(((((.........((((([[[[)))))...[[[[[[))))).{{{.]]]]]].]]]].))))}}} New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -36.17 .......((((((....))))))...........(((((..((.(((((((((....)))))...))))))))))).(((((((((....)))))).))) 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New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -26.70 New CC F-measure-avg: 0.698, New CC F-measure-best: 0.935, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=RFA_00800; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00374 V01185.1/821-721; ORGANISM=NULL GUCUGUACUAGUUAGCUAACAUGCUCUGUAUCUGGCGGACCCGUGGUGGAACUGACGAGUUCUGAACACCCGGCCGCAACCCUGGGAGACGUCCCAGGGAC ..(.(..(..(((....)))..)..).)......((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. ....((((.((..(((......)))))))))...((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -39.70 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -39.70 .............(((......))).........((((..(((.(((((((((....)))))....)))))))))))..((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -37.70 ((((((.......(((......))).........))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.678, New CC Energy: -36.75 ((((((..(((..(((......))))))......))))))(((.(((((((((....)))))....)))))))......((((((((....)))))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -36.29 ((((((.......(((......))).........))))))..(((((((((((....)))))).........)))))..((((((((....)))))))).. 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New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -32.20 New CC F-measure-avg: 0.645, New CC F-measure-best: 0.842, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00038; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BAR.HEN.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGCACUGCUCGCCAACCGGGUCAGGUCUGGAAAGAAGCAGCCCUAACGAGUUCUGGUACGGGUCAUCGUACCAGCCUCCUAUUU ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))))..))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..)))))..))))))))))).... Energy of known structure: -36.06 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.939, Initial Energy: -41.46 New CC sens: 0.939, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -41.46 ....(((((((((..(.....)..).))))))))((((....(((....)))....))))....(((..(((((((((....))))))))).)))...... New CC sens: 0.212, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -40.64 ((((((((((((((((.((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))..))))..)))))))))))).... New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -40.46 (((((((((((((..(((.(((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...)))..).)))..).)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.738, New CC Energy: -39.16 ((((((((((((((((.....(((((.[[[[.(((((.....))))).....))))).............]]]].....)))))..))))))))))).... 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New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.305, New CC Energy: -36.83 (((((((((((((((....))).(((((...(((((((.(((.(((........))).))).)).....))))).))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -36.75 ((((((((((((.........(((((......(((((.....))))).....)))))(((..((.(....).))..)))......)))))))))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.321, New CC F-measure: 0.295, New CC Energy: -36.65 ((((((((((((.....((.((((((((......((((....(((....)))....))))...)))))...))).))........)))))))))))).... New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -36.53 ((((((((((((((((.......(((((......((((....(((....)))....))))...)))))...........)))))..))))))))))).... New CC sens: 0.788, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -36.48 ((((((((((((((((.....(((((.....[[[[[[.....(((....))))))))...........]]]]]].....)))))..))))))))))).... 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New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -36.05 New CC F-measure-avg: 0.487, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00067; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAM.JEJ.; ORGANISM=NULL AGCCUUUUCUUAGACCUGUGCAAUGCUAUUUUUAAGCACCGCUUCAGGGUGGGAACACAGCAGAGCACUUGAUUUUAGUGUGUGCCGCAGUUAUCUGGGGAAGGGUUA ((((((((((((((.((((((.((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))))...)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). Energy of known structure: -35.59 Initial sens: 0.974, Initial ppv: 0.949, Initial F-measure: 0.961, Initial Energy: -39.29 New CC sens: 0.974, New CC ppv: 0.949, New CC F-measure: 0.961, New CC Energy: -39.29 ((((((((((((((.(((((..((((((...(((((....((((....(((....)))....)))).)))))...))))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.974, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.987, New CC Energy: -37.94 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....))).(((..(((((.......))))).)))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.466, New CC Energy: -37.76 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..((......))(((....))).........)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.868, New CC ppv: 0.892, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -36.25 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....))))).......(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -36.05 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..........(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.579, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -35.05 ((((((((((((((.(((((...((((...(((..((.((......))))..)))...))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.521, New CC Energy: -34.55 ((((((((((((((.(((((((((((((............((((....(((....)))....)))).........)))))).)).)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -34.39 ((((((((((((((.(((((((((((((...(((((..(((((....)))))...............)))))...)))))).)).)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.811, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -34.33 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -34.26 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))((......))(((....))).(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.579, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -34.25 ((((((((((((((...((((..((((...(((..((.((......))))..)))...))))..)))).........(((.....))).....)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -34.00 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))..(.((((.............))))).......)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -33.91 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))(((((....)))))...)))))....(((((.......)))))............)))))))))))))). New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.394, New CC Energy: -33.90 ((((((((((((((((((.((..((((.......))))..))..))))(((....)))......((((.............))))........)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -33.87 ((((((((((((((...((((..............)))).((......(((....))).(((..(((((.......))))).))).)).....)))))))))))))). New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -33.73 ((((((((((((((.(((((................((((.......))))........(((..(((((.......))))).))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.551, New CC Energy: -33.65 ((((((((((((((.(((((...((((.......))))..((((....(((....)))....))))...................)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -33.59 ((((((((((((((.(((((...((((...........(((((....)))))......))))..(((((.......)))))....)))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.535, New CC Energy: -33.38 ((((((((((((((.(((((...............((((.(((.....(((....))))))...(((((.......))))))))))))))...)))))))))))))). New CC sens: 0.579, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -33.27 New CC F-measure-avg: 0.617, New CC F-measure-best: 0.987, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00084; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CHR.VIO.; ORGANISM=NULL GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... Energy of known structure: -47.48 Initial sens: 0.882, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.870, Initial Energy: -51.98 New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -51.98 ((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))))..))))..)))))))))......... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.725, New CC Energy: -50.98 (((((((((((((((((((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........)))).)))).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -48.90 ((((((((((((((((((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..)))).)))).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -48.90 (((((((((((((((((((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........)))).)))).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -48.19 (((((((((((((...((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -47.50 (((((((((((((((((((((((((.....)))........(((....)))..................)))).)))).)))))...)))))))))......... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -44.50 (((((((((((((...((((((((((((...(((....)))(((....)))..........))))))..))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.((..((((....))))((....))..)).)))...........))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.471, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.42 (((((((((((((...(((((((((.....)))((((....(((....)))....))))..........))))))......))))..)))))))))......... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -43.71 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[[.)))))))))]]]]]]... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.676, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -43.41 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))..]]]]].. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -42.69 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))...]]]]]. New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -42.59 .(((((....))))).((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).....((((((.((.....))))))))... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -41.98 (((((((((....(((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).))))).[[[[[..)))))))))....]]]]] New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -41.69 New CC F-measure-avg: 0.694, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00119; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ENC.CUN.; ORGANISM=NULL GGGCAGUAAGCAUGGGCCUGGAUGAUCUCCUUGUGGGCAGUUGGGGAGCCUGUAGGGGUGCUCCACCUGCCAUUAAAGCGGAGGGGAACGCAUGAGGGCGGAAACGCAGCAAUGAGUACCUCCUGCAGGGUAGAGUCGCCAGCAGACCAUGCCAGUCCUUUU (((..((..((((((.(...(.((.(((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).))))).(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))).)))..)).).)....))))))..))..))). ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... 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New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -69.35 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New CC sens: 0.843, New CC ppv: 0.878, New CC F-measure: 0.860, New CC Energy: -69.19 .........((((((((.(((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).))))))))...)))))).......... New CC sens: 0.863, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -67.49 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -67.12 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.886, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -65.51 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.701, New CC Energy: -65.14 ((((.....(((.(((...........))).))).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..)))).)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.447, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -64.68 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.768, New CC Energy: -64.58 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......))))))..)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -63.53 ((((.....((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))).))).)))))))....))))))..)))).... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -63.44 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((....(((((..........)))))..)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))....)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -63.28 ((((.............((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))............)))).... New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.787, New CC F-measure: 0.755, New CC Energy: -62.56 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......(((........)))......(((....))).................)))))).))).)))))))....)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -61.30 .........((((((..((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))................((.(((....(((....)))....))).)).......)))))).))).)))))))....)))))).......... New CC sens: 0.745, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -60.74 ..((.....))......((((.((((((((((((.(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).))))).)))))).))).)))))))..(((.......)))..... New CC sens: 0.725, New CC ppv: 0.771, New CC F-measure: 0.747, New CC Energy: -60.29 ((((.((....))..))))(((.....))).....(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..((((..(((.......)))..))))......... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -60.14 ((((.....((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))........(((((...((.(((....(((....)))....))).)).)))))(((..(((......))).)))..))))))..)))).... New CC sens: 0.627, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -59.73 .........((((((((..(((.....)))..)).(((((.(((((.((((....)))).))))).)))))......((((.((((.((.(((....(((....)))....))).)).))))))))..(((......)))......)))))).......... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.568, New CC Energy: -59.69 New CC F-measure-avg: 0.707, New CC F-measure-best: 0.871, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00165; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEG.PN-B; ORGANISM=NULL GGUGACUCUAUUGGUCCCCUCGCGACGAUAGAUUGUGAACCCCGUCAGGCCCGGAAGGGAGCAGCGGUAGCAAUUGAUGCGGGCGCCGGGGUGUGGCUCUUAGAGUCGCCGCCCAACU ((((((((((..((((.((((((..((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....)).)...)))))...))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ ((((((((((..((((((((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).).))))..))))))))))........ Energy of known structure: -47.22 Initial sens: 0.971, Initial ppv: 0.919, Initial F-measure: 0.944, Initial Energy: -54.52 New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.919, New CC F-measure: 0.944, New CC Energy: -54.52 ((((((((((..((((((((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.914, New CC F-measure: 0.914, New CC Energy: -51.27 ((((((((((.....((((..(((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..))).)))).........))))))))))........ New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -49.16 ((((((((((..((((((((((((.................((((....(((....)))....))))..(((.....)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -48.44 ((((((((((..((((((((((((................(((((....(((....)))....((....)).......))))))).))))).).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.657, New CC Energy: -46.95 ((((((((((.......(((((((.((...((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))....))..)).))))).........))))))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.896, New CC Energy: -46.82 ((((((((((........((((((......((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))).((((.....))))...))))))))))........ New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.697, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -45.02 ((((((((((.........(((((((....).))))))((((((.....(((....)))....(((.(.(((.....))).).)))))))))........))))))))))........ New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.394, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -45.00 ((((((((((..((((((((((((......(((.(......).)))...(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))).).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -44.80 ((((((((((..((((((((((((......((((((.............(((....)))..........))))))........)).))))).).))))..))))))))))........ New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.903, New CC F-measure: 0.848, New CC Energy: -44.75 New CC F-measure-avg: 0.746, New CC F-measure-best: 0.944, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SRP_00227; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-B; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCAAUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCCGCCCUAUU (((((((((((((((.((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))))...))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ Energy of known structure: -49.03 Initial sens: 0.968, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -52.93 New CC sens: 0.968, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -52.93 ((((((((((((((((((((.....(((.....((((....(((....)))....))))..))).....)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.903, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.918, New CC Energy: -51.68 ((((((((((((((..((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..))))....))))))...))))))))........ New CC sens: 0.968, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.984, New CC Energy: -51.38 ((((((((.(((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)))..))))...))))))))........ New CC sens: 0.774, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -51.03 ((((((((((((((((((((..((.(((...((......))(((....)))..........))).))..)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -48.10 ((((((((((((((((((((.............((((....(((....)))....))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -47.90 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((...........))))))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -47.29 ((((((((((((((((((((...((((....)))).....((((...........))))..........)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -47.09 ((((((((((((((((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).)).))))))...)))...)))))..... New CC sens: 0.806, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -45.53 ((((((((.((((...(((((....(((.....((((....(((....)))....))))..)))..........)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.581, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -44.57 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....))))...............)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.484, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -43.97 ((((((((((((((((((((..((.(((............((((...........))))..))).))..)))).)).))))))...))))))))........ New CC sens: 0.742, New CC ppv: 0.793, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -43.83 .(((((....)))))..(((...((((....))))))).(((((((..(((((..((((...((...(((....))).)))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -43.80 ((((((((.((((...(((((..((((....))))......(((....))).(((...........))).....)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -43.59 .(((((....))))).((((...((((....))))))))(((((((..(((((......(((((...(((....)))..))))))))))...)))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -43.50 ((((((((.((((...(((((.((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).)).......)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.645, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -43.47 ((((((((((((((...................((((....(((....)))....))))........(((....)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.677, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -43.34 (((((..(((((.(((((((..((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))..)))).))).))))).........)))))..... New CC sens: 0.516, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -43.28 ((((((((((((((........((.(((.....((((....(((....)))....))))..))).))(((....)))))))))...))))))))........ New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.897, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -42.78 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))........(((....)))..))))...))))))))........ New CC sens: 0.484, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -42.54 New CC F-measure-avg: 0.657, New CC F-measure-best: 0.984, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00233; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NOS.SPE.; ORGANISM=NULL GACCUGGAUCUAUGCGACUGCAACGCCUAAACCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAACACAGGAUGCUUGUGGUAGGCGUAGUCUCCGGGUCGCCCUAUU ((((((((.((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))))))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ ((((((((.((((((.((..((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).)))..))..))))))..))))))))........ Energy of known structure: -41.28 Initial sens: 0.939, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.969, Initial Energy: -41.53 New CC sens: 0.939, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.969, New CC Energy: -41.53 ((((((((.((((((.(((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))....)))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.939, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.969, New CC Energy: -40.23 ((((((((.......((((((...(((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))))))))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -38.93 ((((((((.(((((((.((((..........(((....)))(((....))).)))))..((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -38.25 ((((((((....(((....)))(((((((....((((....(((....)))....))))((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.469, New CC Energy: -38.19 ((((((((.........((((.[[[[[[[............(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -37.82 ((((((((.........((((.[[[[[[[..(((....)))(((....))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.344, New CC Energy: -37.82 ((((((((.((((((.(((((((..........((((....(((....)))....))))..........)))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.848, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.918, New CC Energy: -37.40 ((((((((.((((((..((((...((((...(((....)))......)))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.452, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -36.62 ((((((((.((((((..((((((.(......).))).))).(((....)))........((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.540, New CC Energy: -36.40 ((((((((....(((....)))(((((((..(((....)))(((....)))........((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -36.30 ((((((((.((((((..................((((....(((....)))....))))((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -35.44 ((((((((.((((((.(((((((........(((....)))(((....)))....(((.(....).))))))))))..))))))..))))))))........ New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.774, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -35.05 ((((((((.........((((.[[[[[[[.(((((...........))))).))))...((((((...)))))).]]]]]]]....))))))))........ New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -34.91 ((((((((.((((((..((((....................(((....))).))))...((((((...))))))....))))))..))))))))........ New CC sens: 0.515, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -34.85 ((((((((....(((....)))(((((((.(((((...........)))))........((((((...)))))).)))))))....))))))))........ New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -33.79 ((((((((.......((((((............((((....(((....)))....))))((((((...))))))......))))))))))))))........ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -33.53 New CC F-measure-avg: 0.552, New CC F-measure-best: 0.969, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SRP_00269; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.MA-A; ORGANISM=NULL GACUCGGGCCCAUGCGGCUUCGACGCCUAAAUCUGGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCCACAAGGGAUGCUUGAAUCUGGCGUGGAUUCCGGGUCACCUAAA ((((((((.((((((((.((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... ((((((((.((((((((.((((..((((...((((((....)))))))))).(((.((.....)).))).)))).)).))))))..))))))))....... Energy of known structure: -40.18 Initial sens: 0.606, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -40.55 New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -40.55 ((((((((.((((((((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).....((((......)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -40.50 ((((((((.((((((((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.431, New CC Energy: -39.74 (((((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).)))(((((.......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.242, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -39.00 ((((((((.((((((.........((((...((((((....))))))))))((((.((.....)).))))........))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -38.40 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....))))))((((((((.((.....)).))))...)))).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.424, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -38.10 ((((((((.((((((((.((((.........((((((....))))))....((((.((.....)).)))))))).)).))))))..))))))))....... New CC sens: 0.606, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -37.65 ((((((((.(((((((((......)))....((((((....)))))).....(((.((.....)).))).........))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -37.20 ......(((((....((..((.(((((....((((((....)))))).(((((((.((.....)).))))...))).))))).))..)))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -35.65 ((((((((.......((((...[[[[[....((((((....)))))).......)))).((((.....)))).....]]]]]....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -34.40 ((((((((.((((((((((............((((((....)))))).......)))).((((.....))))......))))))..))))))))....... New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -33.61 ...((((((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).)).))...))))))...((((.(((...))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -33.45 ((((((((.......(((......)))........(((((((((....))).(((.((.....)).))).....))))))......))))))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.379, New CC Energy: -33.25 ((((((((.......((((.....((((...((((((....))))))))))...)))).......(((((.......)))))....))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -33.09 ((((((((........(((.....((((...((((((....))))))))))))).((((((((.....))))....))))......))))))))....... New CC sens: 0.242, New CC ppv: 0.276, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -32.80 ......(((((.((.((((..(..((((...((((((....))))))))))..))))).))..........((((((.....)))))).)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -32.45 New CC F-measure-avg: 0.329, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00306; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=SIN.MEL.; ORGANISM=NULL GGGAGGUUGGUGGUGGACGAGCCACUCGCCAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAACGAGCCCCGGCACGGGUCAUCGUGCCAGCCUCCCACCUUCU ((((((((((((((((.((.(((.((((......((((....(((....)))....))))...))))....))).))..)))))))..)))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))..((((..((((...))))...)))))))))))))))....... Energy of known structure: -43.71 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.457, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -50.84 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.457, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -50.84 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))...(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.485, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -48.54 (((.((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....)))).......))).(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.230, New CC Energy: -47.59 ((((((((((((((((.....)))).))))).(((((.....)))))..(((.((.((.(....).))...(((((((....))))))).)).))).))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -47.35 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((........[[[[[[.....[[[[..{{{{..)))))...]]]]..}}}}))))))))))).]]]]]] New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.243, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -46.72 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....))))........((((...)))).......)))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -46.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......))).((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -46.35 ((((((((((((.(((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))........((((...))))......))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -45.99 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))..))))))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.206, New CC F-measure: 0.212, New CC Energy: -45.69 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).))))))).((((....)))))))))))))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.369, New CC Energy: -45.50 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))....(((.(..(((((((....))))))).).)))......... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -45.29 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))........(((....)))..........((((..((((...))))...)))))))))))))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -45.25 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....(((....)))....((.(....).)))))))............))))))))))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -44.80 ((((((((((((.(((.((((...))))))).(((((.....))))).(((.......)))..(((..((((...))))...)))))))))))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.265, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -44.75 ((((((((((((((((.((((...)))))))...((((....(((....)))....))))......(.((((...)))).)..).))))))))))))....... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -44.69 ((((((((((((((((.....)))).)))))...((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))........))))))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -44.19 ....((((((((((((.....)))).))))))))((((....(((....)))....))))...........(((((((....)))))))............... New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -43.79 (((((((((((..(((.((((...))))))).(((((.....))))).........((((......((....))..))))......)))))))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.310, New CC F-measure: 0.295, New CC Energy: -43.09 ((((((((((((((((.((((...)))))).)))((((....(((....)))....[[[[......))))......]]]]......)))))))))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -42.81 ((((((((((((((((.....)))))..((..(((((.....)))))..)).....((((......((....))..))))......)))))))))))....... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.310, New CC F-measure: 0.295, New CC Energy: -42.79 New CC F-measure-avg: 0.327, New CC F-measure-best: 0.516, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00369; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=XYL.FA-A; ORGANISM=NULL GGUGGCCCUGCCGGUCCCUCGCAACGCUAGAUCGAAAACCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUUGAUUGAUGCGGGUGCCGAGAUCAACCGGUGGGGCCAUC (((((((((((((((..(((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...))))....))))))))))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) Energy of known structure: -50.54 Initial sens: 0.914, Initial ppv: 0.941, Initial F-measure: 0.928, Initial Energy: -56.24 New CC sens: 0.914, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.928, New CC Energy: -56.24 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.971, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -55.99 ((((((((..(((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.743, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -54.46 (((((((((((((((..((((((.(((...(((((.((..(((.....(((....))).....)))..))..))))))))..)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.757, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -54.21 ((((((((..(((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -51.81 (((((((((((((((..((((((.(((..((((((.............(((....)))..........))))))...)))..)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -51.56 ((((((((..(((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.743, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -50.41 (((((((((((((((..((((((.(((.............(((.....(((....))).....)))...........)))..)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.862, New CC Energy: -50.16 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.829, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.879, New CC Energy: -49.73 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))........)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.886, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -49.48 ((((((((..(((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........)))))..)))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -48.30 (((((((((((((((..((((((......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..))))))...........))))))))))))))) New CC sens: 0.771, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.794, New CC Energy: -48.05 ((((((((..(((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............)))))..)))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -47.49 ((((((((..(((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -47.35 (((((((((((((((.........(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).............))))))))))))))) New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -47.24 (((((((((((((((..((((((.........................(((....))).(((.((((....)))).)))...)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.629, New CC ppv: 0.710, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -47.10 ((((((((..(((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.657, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.767, New CC Energy: -46.71 ((((((((..(((((.(((.((....................)).)))(((....))).(((.(.(((((....))))).).)))........)))))..)))))))) New CC sens: 0.457, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -46.59 (((((((((((((((..((((((.(((.....................(((....)))...................)))..)).))))....))))))))))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.806, New CC Energy: -46.46 ((((((((..(((((..((((((................(((((....(((....)))...................))))))).))))....)))))..)))))))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -46.41 New CC F-measure-avg: 0.802, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL UGGGUCUAGUGCUACAAACUGUGGACCACCCAUUCCAAGUUGCGUAGUGGGUUUCGGAUGCCUUGGCGAAAGCUUUGCAUCCCAACACUAAAGUGGCGGACAUUGCGUGAGGCUGGCUUCAUAGAGCAGCGAGUACCGCCCGCCACCAGCGGUGGAAGGAUAAUGAGUCGCUAUGCUAUAGGCCCA .((((((((.((...(....((((..((.((.(((((.((((.((.((..(((..(((((.(..(((....)))..)))))).))).(....).(((((....(.(((....(((......)))....))).)..))))).)).))))))..)))))))....))..)))))..))).))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). .(((((((..((......((((((((((.((........(..(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))..))).))).)))))))...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))..))..))))))). Energy of known structure: -47.54 Initial sens: 0.316, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.324, Initial Energy: -72.74 New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -72.74 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.((..((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....))))..........)).)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -71.99 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...((((...(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))).............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.268, New CC Energy: -71.09 ((((((((...((((.....)))).(((((...........[[[[[[[[[(((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..))))))))))....)))))............]]]]]]]]]..)))))))) 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New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.268, New CC F-measure: 0.265, New CC Energy: -67.75 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))......(((((((.....(((....(((.(((.(.....).))).)))..)))))))))).....................)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.316, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -67.65 ((((((((........((((.((((........))))))))((((((((((((..((((((...(((....)))..)))))).)))........(((((.(.((((((((((....))))))...)))).)....)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.397, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -67.45 (((((...((.((((.....)))))).))))).......((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....))))))))))....(((((.((((...(((((.(....((..(((((...)))))..))......).)))))...))))))))).. 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New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.342, New CC Energy: -67.05 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))............(((((.(.((((((((((....))))))...)))).)....)))))..(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -67.00 ((((((((..........((((((((((.((........((((((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))))))).))).)))))))...(((((...((..(((((......)))))..))........)))))......)))))))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.288, New CC Energy: -66.99 ((((((((..........((((((((((.((...........(((((((......((((((...(((....)))..))))))...(((....))).....)))))))...)).))).)))))))((((((((.(....((..(((((...)))))..))......).))))..)))).)))))))) New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.291, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -66.49 ((((((((........((((.((((........))))))))(((((((((.....((((((...(((....)))..))))))...(((....)))((((((.((((((((((....))))))......)))))).))))...(((((...)))))............)))))))))..)))))))) New CC sens: 0.351, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -66.45 New CC F-measure-avg: 0.307, New CC F-measure-best: 0.400, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. 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Energy of known structure: -165.09 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -202.49 New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.823, New CC F-measure: 0.797, New CC Energy: -202.49 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((.....((((((.....((((((((....)))))))).(((((.((..((.(.((((.....))))).))..))..(.((((((((....)))))))).)........)))))...)))))).))))...(((((..(.....)..)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.616, New CC F-measure: 0.599, New CC Energy: -200.99 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).((((((((.((....(((((....).))))....(((((((((((...)))))))((((....))))........(((........))).)))))).)))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -197.14 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...)))).((((((.((......))..(((((((...)))))))((((....))))..)))....)))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(..(((............(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))....(((((....(.((((((((....)))))))).)...((.((((((........((((......)))))))))).)).))))).)))..).)))))))))).. New CC sens: 0.553, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -192.29 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).......(((((....).)))).......((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.614, New CC Energy: -189.34 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).........(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. 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New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -180.70 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))((...(((..((.....))..))))).((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.512, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -180.43 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).................[[[[[[[..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))]]]]]]].......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.446, New CC Energy: -180.31 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))...............[[[.[[......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....))))))))]].]]]...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.521, New CC F-measure: 0.498, New CC Energy: -180.19 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........(((....[[[[[[[[........))).....((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.590, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -180.12 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -179.79 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. 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New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -178.77 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.590, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -178.41 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -178.05 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))...(((((((.........(((........))).((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....(..(..((.....))..)..)....(((((((......(((....)))((((...)))))))))))........)))))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.547, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -176.32 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((..............(((((((...)))))))...........[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -176.03 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.797, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). Energy of known structure: -17.93 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -37.10 New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -37.10 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.237, New CC Energy: -34.65 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -34.11 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -31.66 ((((((((((...........((((....))))...........))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -30.15 New CC F-measure-avg: 0.302, New CC F-measure-best: 0.393, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. Energy of known structure: -58.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -87.54 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -87.54 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -85.42 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)..............(((..(((.....)))..)))..)))))...)))))))))))))).. 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New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -82.97 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))....................)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -82.87 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[......(((((.((((........))))..)))))((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))..............(((..(((.....)))..)))..]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -82.59 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[....((((........))))....((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..)))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]..........]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. 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New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.224, New CC F-measure: 0.243, New CC Energy: -81.63 ...(..(.....)..).((((((((((((((.((.((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))))).).((.....))...))))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -81.44 ...(..(.....)..).((((((((((((((((((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........))).))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -81.27 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.686, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -37.61 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -36.29 New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -36.29 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... 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New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -34.49 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.697, New CC Energy: -33.40 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -32.10 ((((((((((((((.[[[[............))))))).......]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -32.09 ...............((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -31.80 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. 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New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -31.29 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -31.20 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -31.19 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -31.09 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... 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New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -62.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -62.35 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -62.34 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -62.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -62.10 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.678, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -62.04 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -61.95 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.534, New CC Energy: -61.69 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -61.65 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -61.59 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......)))))).........((((.(.........).)))).(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.671, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.734, New CC Energy: -61.49 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 0.734, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ Energy of known structure: -24.26 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.514, Initial F-measure: 0.468, Initial Energy: -36.43 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -36.43 .((((((((([[[[..........)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -36.06 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -35.88 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.714, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -34.65 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -34.18 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.643, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.95 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -32.38 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[..))))..........]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -31.86 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -31.74 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... 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New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -30.79 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -30.78 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -30.67 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.25 (((((((((.[[[[.)))))))))..................((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -30.25 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((..[[[...........)))))))))))).........(((....)))..]]]........ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -30.09 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.08 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). 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New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -71.98 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -71.59 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -71.18 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -71.04 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...................(((((.(((...))).)))))........)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -70.94 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -70.78 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -70.70 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -70.63 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -70.40 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.579, New CC ppv: 0.589, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -70.39 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.544, New CC F-measure: 0.544, New CC Energy: -70.19 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.685, New CC Energy: -70.04 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.558, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -69.84 (((((....(((.(.....).))).......(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -69.80 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.587, New CC Energy: -69.74 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -69.53 (((((....(((.........)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.554, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -69.53 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.596, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -69.49 New CC F-measure-avg: 0.557, New CC F-measure-best: 0.685, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. 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New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.310, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -57.32 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.352, New CC Energy: -57.25 ((((((.......[[[[[......{{{{{..((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]].((.((..((((.....))))..)).))}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.377, New CC ppv: 0.351, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -56.65 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -56.35 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -55.64 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -55.04 ((((((...........((((((....))))))((((....))))...[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -54.62 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....))))).......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.431, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -54.58 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.477, New CC Energy: -54.43 ...((((((((..(((((....((((((....))))))...(((.(..(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))...).)))....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.396, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -54.39 .((((((........)))))).((((((....)))))).......(((((((..(((....((..(((.((((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))))))..))......))).(((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))).....))).)))). New CC sens: 0.226, New CC ppv: 0.203, New CC F-measure: 0.214, New CC Energy: -54.35 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((..(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..........))))))).. New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -54.09 .((((((........)))))).(((((.[[[[[[........{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.....]]]]]]..(((((.....))))).....}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.189, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.185, New CC Energy: -54.07 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{.....(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....<<<<<<<.]]]]]..............)))))).......}}}}}}..........>>>>>>>.. New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.288, New CC Energy: -54.05 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((................((((((((((......(((.(.((......))).)))..))))))))))...)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -54.04 ((((((.............((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -54.02 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....))))))......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -53.98 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.358, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -53.80 New CC F-measure-avg: 0.352, New CC F-measure-best: 0.505, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). 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New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -76.92 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.309, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -76.75 (((((........((((((((((.....))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))...))))))))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -76.39 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -76.17 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.309, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -75.90 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.073, New CC F-measure: 0.073, New CC Energy: -75.74 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -75.70 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.510, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -75.49 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -75.29 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.073, New CC F-measure: 0.073, New CC Energy: -74.89 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((...........(((((....)).))).(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.661, New CC Energy: -74.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.067, New CC F-measure: 0.070, New CC Energy: -74.69 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.248, New CC Energy: -74.48 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -74.28 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -73.49 (((((.............((((((...))))))..((((((.(((..........))).........(.((((......)))).)....))))))...........)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -72.84 ((((....))))......((((((...)))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))((((....))))...((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -72.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.077, New CC F-measure: 0.075, New CC Energy: -72.48 New CC F-measure-avg: 0.349, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). Energy of known structure: -42.24 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -61.00 New CC sens: 0.604, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -61.00 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -60.40 .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -60.23 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.854, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -60.20 (((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -59.56 (((((((.......(((([[[[[............))))..(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.604, New CC ppv: 0.592, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -58.32 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. 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New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -57.54 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -57.50 .((((((....((((((.[[[[[............))))))......(((((....)))))............{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -57.49 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ 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New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -56.70 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -56.50 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -54.73 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -72.56 New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -72.56 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.804, New CC F-measure: 0.804, New CC Energy: -71.66 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -71.66 .((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -71.26 (((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.830, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -67.86 .((((((((((((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -67.56 .((((((((((.(((((.......(((((...))))).....)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.793, New CC Energy: -67.16 .((((((((((........(((..(((((...))))).)))....(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -66.55 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.849, New CC Energy: -65.56 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -65.56 ...........((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))......((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.679, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -65.51 .((((((((((........(((..(((((...))))).))).......(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -65.35 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((.(......)..))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -64.86 .((((((((((((((((.[[[[[.{{{{{...{{{{{{....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))]]]]]..}}}}}}}}}}}((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.518, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -63.58 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))........(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -62.85 ...........((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.979, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -62.45 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))...........(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.729, New CC Energy: -61.65 .((((((((((((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.918, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -61.46 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((.(......)..)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.554, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -61.26 ............(((((..(((..((((.....)))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).))))....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.874, New CC Energy: -61.25 New CC F-measure-avg: 0.779, New CC F-measure-best: 0.893, New CC best-subopt: 15, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... Energy of known structure: -32.38 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -70.35 New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.388, New CC F-measure: 0.396, New CC Energy: -70.35 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -69.46 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -69.08 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -68.26 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -68.26 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((.............)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.362, New CC F-measure: 0.362, New CC Energy: -68.16 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))....((((..((......)).))))(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.383, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -67.96 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -67.88 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -67.88 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))....((((..((......)).))))(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.383, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -67.58 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -67.31 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((.......(((((.........)))))..........))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -67.09 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))...((.((((....)))).))..(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.66 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))...((.((((....)))).))..(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.28 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.26 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........)))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.420, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -66.11 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........)))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -66.11 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((..(.(.....).)..))).))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -66.09 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -66.07 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -66.07 New CC F-measure-avg: 0.405, New CC F-measure-best: 0.468, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). 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New CC sens: 0.740, New CC ppv: 0.841, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -45.81 ((((((((.((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -45.34 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -44.61 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((((((((((.....))))).)))...)).... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -43.71 ((((((((...[[[[[((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))........]]]]] New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -43.28 ....((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))((((((.....)))))).(((.......))).......(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -43.21 (((((((([[[[(((((..(((((((....))))))).))))).............{{{{{{{....[[[[[..))))))))((((..((((....))))...)))).......]]]]].]]]].(((((.....)))))...}}}}}}}... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -42.84 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((((((((((.....))))).)))...)).... New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -42.61 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -42.60 ((((((((...((((((.......[[[[[.........))))))(((((((....))))))).....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))......]]]]].. New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -42.26 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).))...... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -42.01 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........((((((((((.(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((.....)).......)))....)))))))... New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.415, New CC F-measure: 0.374, New CC Energy: -42.01 ...........(((((...(((((((....)))))))......((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -42.00 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))............[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -41.94 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........(((((((....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))......(((((.....)))))...)))))))... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -41.91 ((((((((...........(((((((....)))))))......((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.814, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -41.65 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).)).))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -41.40 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))............. New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -41.32 New CC F-measure-avg: 0.662, New CC F-measure-best: 0.825, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ Energy of known structure: -50.93 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -72.10 New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.129, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -72.10 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.220, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -71.75 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -71.25 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.081, New CC ppv: 0.088, New CC F-measure: 0.084, New CC Energy: -70.90 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.131, New CC Energy: -70.24 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -69.39 .((((((((......))))))))((((((..........[[[[[[.....{{{{{)))))).......]]]]]]..(((((((...((((((....))).))).((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))}}}}}...]]]]]]]]]]]........)))))))...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -69.02 .((((((((......))))))))((((((..........[[[[[[.....{{{{{)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......)))))....((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))}}}}}...]]]]]]]]]]]........)))))))...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -68.62 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -68.42 .((((((((......))))))))((((((.....((((((.[[[[[[[.))))))))))))............((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).]]]]]]]....(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.642, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -68.26 .((((((((......))))))))((((((.....((((((.[[[[[[[.))))))))))))............((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).]]]]]]]....(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New CC sens: 0.387, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -67.88 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -66.90 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.236, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -66.55 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).....(((....)))(((((((....(((((...(((((.(((.......))).))).)).(((((((((((................)))))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.411, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -66.38 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.290, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -66.18 .((((((((......))))))))(((((((...((((..((((...((((((((..(((((((........)))..))))))))))))))).)..))))..)))))))...(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.290, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.310, New CC Energy: -66.12 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).))))))))))))..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))...(((((......((((...))))....((....))...))))). New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -66.10 .((((((((......))))))))((((((...........[[[[[[[...{{{{{)))))).....(((....)))(((((((....(((((((...]]]]]]]....))))))).......(((((((((((........}}}}}...)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.397, New CC Energy: -65.81 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.145, New CC F-measure: 0.137, New CC Energy: -65.80 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((........((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..))))........)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.224, New CC Energy: -65.70 New CC F-measure-avg: 0.286, New CC F-measure-best: 0.591, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. 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New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -79.44 (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.695, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -78.80 (((((........))))).....(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -78.10 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.569, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -77.74 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -77.54 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -77.40 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -77.34 (((((........)))))..............(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -77.20 ....((((((.................)))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.764, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -76.52 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -76.44 (((((........)))))..............(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -76.10 (((((........))))).....(((............(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -75.80 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.772, New CC F-measure: 0.752, New CC Energy: -75.61 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -75.50 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -75.34 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -75.30 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -74.94 ....((((((.................)))))).(((((((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))))..........((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -74.82 (((((........))))).....(((............(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -74.70 New CC F-measure-avg: 0.684, New CC F-measure-best: 0.752, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. Energy of known structure: -65.09 Initial sens: 0.694, Initial ppv: 0.642, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -74.95 New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.642, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -74.95 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -74.60 ..(((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...)))((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.580, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -74.10 (((((........))))).........((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))....... New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -73.10 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))(((...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))..........))). New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.580, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -72.68 (((((........)))))..........(((((.((.....((....))...)).)))))...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -72.54 (((((........)))))....................(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -72.50 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.617, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -72.38 (((((........))))).........((((....................(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))....... New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -70.50 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.702, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -70.21 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))..))))....... New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -68.30 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -68.10 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -67.98 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))..))))....... New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -67.80 ..(((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...)))((((((((....)))))))).((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -67.60 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New CC sens: 0.388, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.396, New CC Energy: -67.48 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -67.30 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.........[[[[[[......((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).......]]]]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -66.95 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -66.80 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))...(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))).................. New CC sens: 0.408, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -66.70 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.708, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. Energy of known structure: -9.99 Initial sens: 0.452, Initial ppv: 0.483, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -32.68 New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -32.68 (((((.((((..((.(...(((((((..(.......)..)))))))...(((.((((((....))))))))).).))..)))).)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.31 (((((((((((........)))))))))))........((.....(((((((.(.((((........))))..).)))))))....)).............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -27.64 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((........))))....)))))))..)))))............. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -27.59 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((.((((((....)))))))))..))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.15 (((((((((((........))))))....................(((((((.((((((....))))))......)))))))..)))))............. New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -27.14 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((........))))....))))))).................... New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -27.09 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -26.64 (((((.((((.((..((..(((((((..(.......)..)))))))...))..))((((.[[[[[[[))))........)))).))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -26.61 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))..))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -26.48 ((((((((((([[[[[...)))))))))))...............(((((((...]]]]][[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -26.17 (((..((.(..((((..((((................))))....))))..)))..))).(((((((((......))..(((....))).....))))))). New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.140, New CC Energy: -25.88 (((((((((((........))))))))))).........................((((.[[[[[[[))))........(((....))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.76 (((((.((((.((..((..(((((((..(.......)..)))))))...))..))((((........))))........)))).)))))............. New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -24.75 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((........[[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -24.58 (((((...(((((......(((((((.............))))))).......((((((....)))))).....))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.55 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((((.((((....)))))))))..))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.45 (((((...(((((.(((..(((((((..(.......)..)))))))...))).((((((....)))))).....))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.40 (((((.((((.((((((..(((((((..(.......)..)))))))...))))))((((.[[[[[[[))))........)))).))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -24.22 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -24.18 New CC F-measure-avg: 0.234, New CC F-measure-best: 0.467, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. Energy of known structure: 27.53 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -28.50 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.50 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.45 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.77 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.25 ..((((.(((.(((((.......((((.....))))[[[[[[[[((((..(((((((((...)))))))))..))))....)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.71 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.54 ...(((((...)))))........((((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.24 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.10 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.52 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.49 ..........((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.40 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.15 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.13 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.05 .((((((............))))))(((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.03 ..........((((((...[[[[[....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))..............]]]]].....((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.84 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.81 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) Energy of known structure: -20.41 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -37.91 New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.135, New CC F-measure: 0.145, New CC Energy: -37.91 (((((.....))))).......((............((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..)). New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.30 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -37.20 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))) New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.00 (((((.....)))))..................(((((((((.................((....(((((((....)).)))))..((....))..))...[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -36.80 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -36.73 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........)))).....(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -36.56 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -36.18 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((.((......)).)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.156, New CC F-measure: 0.156, New CC Energy: -36.15 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -35.50 ((((([[[[[))))).......((((....................{{{{{.......(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).}}}}}...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -35.35 ((((([[[[.))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((........{{{{{{.]]]]...)))))))..........}}}}}}. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -35.26 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((............)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.161, New CC Energy: -34.99 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.......(((((((....)).)))))......]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -34.80 ((((([[[[[)))))..................(((((((((.......................(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -34.23 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -34.18 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))................. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -34.10 ....(((((((......................[[[[[[[[[............{{{{.((....(((((((....)).)))))..((....))..)))))))))...]]]]]]]]]..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.209, New CC Energy: -34.08 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........))))............(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -34.06 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -33.50 New CC F-measure-avg: 0.457, New CC F-measure-best: 0.687, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. 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New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -36.17 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))...........................)))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -36.10 (((((((((........)))))))))......((((((.....[[[[[[(((.(((....)))..)))......))))))...............]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -35.42 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((......(((((...)))))..{{{{.]]]]].....))))))................}}}}. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -35.19 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -34.18 (((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -34.00 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((...........[[[[..............))))...............]]]]. New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -33.70 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]............((((((((....)))...........................))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -32.55 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -32.43 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((...........(((....)))........)))).................... New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -32.33 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..(((....)))................................ New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -32.27 (((((((((........)))))))))......((((((.....[[[[[[..........(((....))).....))))))...............]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.47 (((((((((........)))))))))..................((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -31.32 (((((((((........)))))))))......((((((...((((.....))))[[[[[(((....))).....))))))................]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.29 (((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..[[[[...........))))))................]]]]. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -30.49 .....((((..((((((((((.(.....).).))).))))))..((((..((.(.(((.(....).))).)..))..))))...............)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -30.30 (((((((((........)))))))))..................((((.....))))..(((((((..........................))).)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -30.16 New CC F-measure-avg: 0.229, New CC F-measure-best: 0.612, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGCGAAUAGUGUCAGCGGGAGCACACCAGACUUGCAAUCUGGUAGGGAGGGUUCGAGUCCCUCUUUGUCCACCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -22.50 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -28.25 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -28.25 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]...........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -26.95 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]........((((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -26.35 ((((((.........((....))..((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -25.70 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]........(((((.........))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.85 (((((((........((....))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.40 ((((((...((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.13 (((((((..((((..((....))))))..((((((.(((((........)))))))))))....))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -24.00 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[..((((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -23.96 ((((((...((((........))))((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -23.80 ..((((...((((..((....)))))).....))))....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.64 ((((((...((((..[[[[[...))))....]]]]]..........((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.16 ((((((.........((....))..((((((.......))))))((((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.00 (((((((..((((..[[[[[.))))((((((]]]]]..))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -22.83 (((((((..((((..((....))))))....(((((......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.80 (((((((..((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[...(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -22.70 ((((((...((((..((....))))))((((.......))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -22.70 (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -22.50 .........((((..[[[[[...))))....]]]]]....((((((((((((.......))))))))).)))... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -22.16 ((((((...((((..[[[[[.))))......]]]]]....[[[[((((.(((......)))))))))))))]]]] New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -22.16 New CC F-measure-avg: 0.628, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=DA1280; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GGGGGUUUAGCUCAGUUGGAAGAGCAUCGGCUUUGCAAGCCGAGGGUCAAGGGUUCGAGUCCCUUAACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -28.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.39 .........((((........)))).((((((.....)))))).(((.(((((.......))))).))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -24.50 ((((.....((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))..)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -24.30 .........((((........)))).(((((((...)))))))((((.(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((.(((.....))).(((((((...))))))).............)))).....))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.44 .........((((...[[[[.)))).(((((((...))))))).(((.(((((.......))))).)))]]]] New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.22 (((((((..((((........))))...((((.....))))(((((..............)))))))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -23.03 New CC F-measure-avg: 0.692, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=DC0010; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GUCGGGGUAGCUCAAAAGGUAGAGUGCAGGCCAACAUAGCCAGCAGAUCUCGGUUCAAACCCGAGCCCUGACC (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). (((((((..((((........))))((.(((.......))).))....(((((.......)))))))))))). Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -25.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.00 (((((((..((((....[[[.)))).............]]].......(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -24.70 ((((((((.((((........))))((.(((.......))).)).....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -23.60 ((((((((.((((....[[[.)))).............]]]........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -23.20 ((((((((.((((........))))...(((.......)))........((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.947, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -22.80 New CC F-measure-avg: 0.892, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=DC0262; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CGACCGUUGGCUGAAUGGCUUAGGCGAAGGAUUGCAAAUCCUUUUUAUGUGAGUUCAAAUCUCAUGCGGUCGUCCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... ((((((((((......((((((.(.(((((((.....)))))))...).))))))......))).))))))).... Energy of known structure: -17.39 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.542, Initial F-measure: 0.578, Initial Energy: -21.76 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -21.76 (((((((.((((....)))).....(((((((.....)))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -21.40 ((((((((((.(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -21.40 ((((((((((......((((((...((((((((...)))))))).....))))))......))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.75 ((((((((((.(((((.........((((((((...))))))))........)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -20.38 (((((((....(((((.((.(((..(((((((.....)))))))))).))..)))))........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -20.26 (((((((.........((((((...((((((((...)))))))).....))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -20.05 (((((((....(((((.........((((((((...))))))))........)))))........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -19.24 (((((((..(((..........)))((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -18.79 (((((((.((((....))))...((((....)))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -18.40 (((((((..(((....[[[[[[)))((((((((...)))))))).....]]]]]]..........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -18.09 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=DD0260; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; GCGACCGGGGCTGGCTTGGTATGGTACTCCCCTGTCACGGGAGAGAATGTGGGTTCAAATCCCATCGGTCGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... ((((((((((...(((......)))...))))......((((..((((....))))...))))...)))))).... Energy of known structure: -26.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.286, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -28.80 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -28.80 (((((((((((.((...((((...))))..)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -27.60 ((((((((.....(((......))).((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.80 ((((((((.(((.....)))......((((((......))).))).....(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.60 ((((((((.....(((......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).)))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.80 ((((((((((...(((......)))..)))).......((((..((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -25.65 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.30 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -25.30 ((((((((((...(((......)))...))))..((.(....).))....(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -24.55 ((((((((((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.50 ..(((.((((...(((......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.40 ((((((.......(((......))).((((((......))).))).....(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -24.40 ((((((((.....(((......))).............((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -23.95 ((((((.......(((......))).(((((.......))))).......(((.......)))...)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -23.90 ((((((((.....(((......))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.80 ((((((.(((...(((......))).(((((.......))))).((((....))))....)))...)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.70 ((((((((.(((.....)))......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.60 ((((((((((...(((......))).))))........((((..((((....))))...))))...)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -23.60 New CC F-measure-avg: 0.475, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=DY4441; TYPE=tRNA (pseudoknot free); EXT_SOURCE=Sprinzl et al 1998; CCGACUUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAAGUCGGA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). ((((((...((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))).)))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -25.20 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -25.20 (((((((..((((.[[[[[..))))...(((((...((((....))))...)))))....]]]]]))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -23.73 (((((((..((((........))))...(((((...((((....))))...))))).........))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.35 (((.(((((.(......).)))))))).(((((...((((....))))...)))))...(((((....))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.60 (((((((...(((........)))(((((((((...((((....))))...)))))...))))..))))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -22.05 (((.(((((.(......).))))))))..((((...((((....))))(((((.......))))).))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.75 (((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.39 (((((((.....(((((.......[[[[.)))))..((((....))))...........]]]]..))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -20.54 New CC F-measure-avg: 0.472, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]].)))))))).... Energy of known structure: -29.60 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.593, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -34.68 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.68 ((((((((.((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -31.69 ((((((((.((...(((.....))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -31.39 ((((((((........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....))))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -30.76 ((((((((.(((((((((.(.((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.70 ((((((((.(((((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))....)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.50 .((((....))))...(((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -29.75 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -28.90 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.19 ((((((((.((((...[[[[[))))............((((((...))))))......]]]]].)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.79 ((((((((...(((((((..(((.(.(((((.......))))).).))).))))).))......)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -27.67 ..((((...[[[[))))....]]]]((.(((...))).)).((((.(.(((((.......))))).).)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -27.60 ((((((((.((.......(.(((((....))))).).((((((...))))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.15 ((((((((.((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))............)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.10 ..((((.......))))((..((((.(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))..)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -26.85 ((((((((.((...(((.....))).(((((.......))))).((((........))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.40 ((((((((..(((......)))..(.(((((.......))))).)....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -25.70 .((((....)))).((..(.(((((....))))).)..)).((((...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -25.65 .((((....)))).....((((....(((((.[[[[[.))))).....]]]]]...............)))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -25.59 .((((....)))).....((((..(.(((((.......))))).)...(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -25.50 New CC F-measure-avg: 0.530, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... ((((((((....(((((..........(((..(.......)..))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -3.10 Initial sens: 0.368, Initial ppv: 0.412, Initial F-measure: 0.389, Initial Energy: -10.64 New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -10.64 ((((((((....(((((.......(((((((...))))))).....)))))..)))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -10.61 ((((((((....(((((..........((((((.......)))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -10.45 ((((((((.(((((......)))))..(((..(.......)..))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -9.49 ((((((((.(((((......)))))..((((((.......)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -9.30 (((((((((.(....).))))))).))((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.50 .........((((...((..((...(.(((..(.......)..))))..))...))...)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.49 ((((((((....(((((.............(((((....)))))..)))))..)))))))).... New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -7.17 ..(((((((........)))))))...(((..(.......)..))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.89 ..(((((((........)))))))...((((((.......)))))).....((.........)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.70 New CC F-measure-avg: 0.251, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... (((((...(((((((((.(....).))))))))).......((((.......))))..))))).... Energy of known structure: -7.00 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.474, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -11.35 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -11.35 (((((........((((..[[[[[))))...]]]]].....((((.......))))..))))).... New CC sens: 0.778, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -8.76 (((((...(((((((((........)))))))))......(((.........)))...))))).... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -7.50 New CC F-measure-avg: 0.517, New CC F-measure-best: 0.778, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... (((((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.550, Initial Energy: -32.25 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -32.25 (((((((..((((((....)).)))).....((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -32.22 ((((((...((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -31.19 (((((((..((((.........)))).....((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -30.32 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((((......))))))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -29.86 (((((((..((((((....)).))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -28.39 (((((((..((((...........))))...((((........[[[[[.))))......]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -28.11 ..(((((..((((....[[[[.))))...(..((((......))))..).........]]]].........))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -27.95 (((((((..((((((....)).))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.90 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -27.79 (((((((..((((..[[[[[[.)))).((((.........)))).]]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -27.32 ..(((((..((((((....)).))))...(..((((......))))..)(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -27.29 (((((((..((((((....)).))))..((((((((......)))).(((......)))))))...))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((.........))))..(((.........)))(((((((......)).)))))..))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((....[[[[.)))).....((((..............)))).....]]]]....))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -26.79 (((((((..((((....[[[[...)))).(..((((......))))..).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -26.77 (((((((..((((.........))))...(((((((......)))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -26.00 (((((((..((((...........)))).(..((((......))))..)(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.98 ..(((((..((((.........))))...(..((((......))))..)(((((.........)))))...))))). New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -25.89 New CC F-measure-avg: 0.532, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... ((((((((..((....(((.(((((.....))))))))))..)))))))).... Energy of known structure: -4.16 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -9.80 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -9.80 ((((((((....(((((.[[[[..)))))......]]]]...)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -9.69 ((((((((.((((......((((((.....))))))))))..)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.839, New CC Energy: -9.45 ((((((((........(((.(((((.....))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.828, New CC Energy: -9.01 ((((((((........(((((............)))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -8.10 ((((((((((((((((..............))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -7.83 ((((((((..........(((((((.....))))))).....)))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -7.07 ............(((((.......)))))....(((....)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.00 ((((((((.((((...(((..............)))))))..)))))))).... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.28 New CC F-measure-avg: 0.595, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=ASE_00006; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Aeromicrobium erythreum, strain NRRL B-3381; ORGANISM=NULL AGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -13.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00076; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap A49; ORGANISM=NULL AUCCCGAUUGCAAAGUCGGGACUAGAUAAAUGGCAAGAGCCCAUUUUCCCUCGUGGAAAAUGGGAUa .((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).). .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... .((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -26.60 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -26.60 .((((((((....))))))))..........(((....)))((((((((.....))))))))..... New CC sens: 0.842, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -22.60 New CC F-measure-avg: 0.908, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00084; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Pile A63; ORGANISM=NULL AGGUCUGUGGUGACACAGAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00090; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Compost Heap B70; ORGANISM=NULL AACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUa .((((((((....)))))))).................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))). Energy of known structure: -30.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -32.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -32.20 .((((((((....))))))))(((......)))..(((...((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -29.10 ....(((((....)))))((((((......)))..)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -26.40 ..((....))...((((((.(((....)))))))))..(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -25.90 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL AGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). .(((((..(....)..))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -20.60 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -20.60 .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.20 .(((((..(....)..))))).........(((...)))(((((....))))).. New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -17.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((((....))))).. New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -17.00 New CC F-measure-avg: 0.894, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00160; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Kluyveromyces thermotolerans, strain NRRL Y-2233; ORGANISM=NULL AGGCCGCUUUAUGGUGGCCA .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). .(((((((....))))))). Energy of known structure: -13.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00171; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #2; ORGANISM=NULL AGGCCGUCGGCAACGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -17.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00172; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy A #6; ORGANISM=NULL AACCGCCGAGCAAUCGUCGGUC .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). .((((.(((....))).)))). Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00182; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Lake Griffy W #17; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGUGACGGCAGGCCUAGAGGAAUGAUUGCCGAACCCCGCAAGGGGG .((((((((....))))))))....................((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). .((((((((....)))))))).....((........))...((((....)))). Energy of known structure: -29.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -30.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -30.30 .((((((((....)))))))).....((........))...((((.....)))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -25.40 New CC F-measure-avg: 0.769, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00198; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Micrococcus luteus, strain S66; ORGANISM=NULL AGCCCGCCAGCGAUGGCGGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCACCUCGCGCGGGGCAACGCGCGCGAGGC .((((((((....))))))))..................(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((((.(....).))))))))). Energy of known structure: -41.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -47.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -47.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((((.....).))))))))). New CC sens: 0.944, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -42.30 ...((((((....))))))((((.(((((....))))).[[[[[[[[[))))....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -40.44 New CC F-measure-avg: 0.807, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00203; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Microlunatus phosphovorus, strain JCM 9380; ORGANISM=NULL AGGCGGUCGGCAACGGCCGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCACUCGGGCUUCGGCCCGAGC .((((((((....))))))))..................(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). .((((((((....))))))))...(((.....)))....(((((((....))))))). Energy of known structure: -34.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -34.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -34.80 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((((((....))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -34.40 .((((((((....))))))))((.(((.....)))))..(((((((....))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -34.00 .((((((((.......(((((...))))).)))))))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -31.04 ..((((.((((....)))))))).(((.....)))....(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -29.90 ..((((.((((....))))))))...(((.......)))(((((((....))))))). New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -29.70 New CC F-measure-avg: 0.654, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00218; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides flavus, strain IFO 14396; ORGANISM=NULL AGACCAUCGGCAACGAUGGCCC .(.((((((....)))))).). ...((((((....))))))... ...((((((....))))))... Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.50 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00229; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Nocardoides pyridinolyticus, strain KCTC 0074BP; ORGANISM=NULL AGGGCGUCGGCAACGGCGCUCGUAGAUGGAUGGUCGCCACGCUUCGGCGUU .((((((((....)))))))).................((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). .((((((((....))))))))...(((.....)))...((((....)))). Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.889, Initial Energy: -24.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -24.30 .((((((((....)))))))).....(((...[[[[))).....]]]]... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -23.91 .((((((((....)))))))).....(((.......)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -23.20 .((((((((....)))))))).............((((.......)))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -22.40 .((((((((....)))))))).........(((...)))(((....))).. New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -22.10 .((((((((....))))))))...........((((........))))... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.00 New CC F-measure-avg: 0.751, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00240; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Parachlamydia acanthamoebae, strain Berg-17; ORGANISM=NULL AGGGUUUCGGUGACGGCGCCCCUAGAGGAAUGAUUGCUCGUCUGCUUUGCAGA .((((.(((....))).))))...................(..........). .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) .((((.(((....))).))))...(((.(.....).))).(((((...))))) Energy of known structure: -6.29 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.438, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -18.05 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -18.05 ((((..(((....)))...)))).(((.(.....).))).(((((...))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -15.40 .((((.(((....))).))))........((((....))))((((...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -14.80 .((((.(((....))).))))............((((...........)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -14.19 New CC F-measure-avg: 0.545, New CC F-measure-best: 0.737, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00254; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Propioniferax innocua, strain DSM 8251; ORGANISM=NULL AGGCCGUCAGCAAUGACGGUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00272; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain NATL2; ORGANISM=NULL AGGCUAGCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCGCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .((((((((....)))))))).................(.(((.(((........))).).)).). .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... .((((((((....))))))))...................(((.(((((....))))).))).... Energy of known structure: -8.15 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -16.60 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -16.60 .((((((((....)))))))).......((((......))))..((((((.........)))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -15.00 .((((((((....)))))))).......((((......))))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -14.90 ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((.(((((....))))).))).... New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.229, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 0.544, New CC F-measure-best: 0.774, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=ASE_00273; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Prochlorococcus sp., strain PAC1A; ORGANISM=NULL AGGCUACCGGUAACGUUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCUCUUUCUAAAGAAAGAGGAAAGA .(((((.((....)).))))).................(.(((((((........))))).)).). .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... .(((((..[[[[[...)))))............]]]]]..(((((((((....))))))))).... Energy of known structure: -8.40 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -17.81 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -17.81 ........(((((((((.(((...))).)))).)))))..(((((((((....))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -17.80 New CC F-measure-avg: 0.433, New CC F-measure-best: 0.588, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00280; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #2; ORGANISM=NULL AGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGa .((((((((....)))))))).................(.((((....)))).). .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]].((((....))))... Energy of known structure: -22.85 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.774, Initial Energy: -29.40 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -29.40 .((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -27.10 .((((((((....)))))))).....(((....[[[[[[..)))....]]]]]]. New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.57 .((((((((....)))))))).....(((.......))).((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.90 .((((((((....)))))))).....(((.......[[[[.))).......]]]] New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.71 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))((((((..]]]....)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -24.14 .((((((((....))))))))(((......))).......((((....))))... New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -24.10 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))...]]]..((((......)))) New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -24.00 .((((((((....)))))))).....(((.(((....))).)))........... New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -23.20 ...((((((....))))))(((....))).......((((.(((....))))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -22.80 .((((((((....))))))))(((..[[[.)))........]]]........... New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -22.13 .((((((((....))))))))(((......)))((((((.........)))))). New CC sens: 0.615, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.10 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=ASE_00283; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #26; ORGANISM=NULL AGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCa .(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..))))))))))). .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. .(((.(((((....)))))))).........((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. Energy of known structure: -37.60 Initial sens: 0.682, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -41.79 New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -41.79 .(((.(((((....)))))))).................(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -39.90 .....(((((....))))).(((.........)))....(((((((((...((((.(....)))))...))))))))). New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -38.00 .....(((((....)))))..((....))..((((((..[[[[[[[[[.))))))..............]]]]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.09 .(((.(((((....)))))))).........((((.......((((((...((((.(....)))))...)))))))))) New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.94 .(((.(((((....)))))))).........((((...(((((((.(((.(.....).))).)).))))).....)))) New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -32.49 New CC F-measure-avg: 0.622, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00286; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #33; ORGANISM=NULL AGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGa .((((((((....))))))))..................((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). .((((((((....))))))))(((......)))......((((((....)))))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.824, Initial F-measure: 0.903, Initial Energy: -30.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -30.40 .((((((((....))))..(((....)))..))))....((((((....)))))). New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.645, New CC Energy: -27.60 New CC F-measure-avg: 0.774, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00288; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Pond Scum #8; ORGANISM=NULL AGUUGCGUAGUGAUACGUAAUCGAGAUAAAUGGCAGACGUUGUGCUUGCACAAUa .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). .((((((((....)))))))).................((((((....)))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 .((((((((....))))))))((((....(..((....))..).))))....... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -10.65 .((((((((....))))))))...........((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -10.50 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00290; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer PurpleX; ORGANISM=NULL AGCCAGUGCGUGAGUGCUGGCC .((((((((....)))))))). .(((((..(....)..))))). .(((((..(....)..))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -16.40 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -16.40 .((((((((....)))))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.929, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00323; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Saccharomonospora glauca, strain K194; ORGANISM=NULL AGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAUCGUCCGCCGCGAGGCGGGCGUGGa .((((((((....)))))))).................(..((((((((....))))))))..). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). .((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -34.50 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -40.40 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -40.40 .((((((((....))))))))...(((((........)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -38.80 .((((((((....)))))))).......(((((....)))))(((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -38.10 .((((((((....))))))))....((((........))))((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -37.40 .((((((((....))))))))(((......)))........((((((((....)))))))).... New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -36.10 .((((((((....))))))))((([[[[[.)))....]]]]](((((((....)))))))..... New CC sens: 0.882, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.97 .((((((((....))))))))(((......)))(((([[[.[[[[[[[[))))]]]]]]]]]]]. New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -33.06 New CC F-measure-avg: 0.813, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00367; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A07; ORGANISM=NULL AGGUGUGUGGUGACACACAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00374; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A15(19); ORGANISM=NULL AGGCCGCCGGUGACGGCGGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCACAGAUUAACUUCUGG .((((((((....))))))))..................((((......)))). .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) .((((((((....))))))))(((((....(((((......)))))...))))) Energy of known structure: -23.70 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.54 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.54 .((((((((....))))))))..................((((......)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.70 .((((((((....)))))...[[[[[....[[[[[)))...]]]]]...]]]]] New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.16 New CC F-measure-avg: 0.622, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00375; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A16(21); ORGANISM=NULL AUCCUGAUUGUGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGGCAAGAAUCCUUUUGGUUUAUAUCAGAUGGAA .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). ..(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))). Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.941, Initial ppv: 0.800, Initial F-measure: 0.865, Initial Energy: -19.00 New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -19.00 .((((((((....))))))))..................(((.((((((....)))))).))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.80 New CC F-measure-avg: 0.932, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=ASE_00378; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A19(32); ORGANISM=NULL AGGUAGCCGGUGACGGCUAUCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -16.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -16.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00391; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A37(61); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCCUGUGUCGGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))...))). Energy of known structure: -31.95 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.755, Initial Energy: -34.30 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.755, New CC Energy: -34.30 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -32.90 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -31.80 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -31.35 ....(((((((......((.((((((......(((((....))))))))))))).((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -31.10 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -30.74 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.25 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -30.00 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -29.95 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -29.70 .(((((((((((.......)))............))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -28.86 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.84 .(((((((((((.......)))............))))))))(((.(((((((..((((((....)))))))))))))...))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -28.61 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -28.45 .((((((((....)))................(((((....)))))(((((((..((((((....))))))))))))).))))). New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -28.30 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -28.05 .(((((((((((.......)))............))))))))....((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -27.76 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -27.65 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=ASE_00400; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A55(84); ORGANISM=NULL AGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGG .((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((((.]]]]]].)))))). Energy of known structure: -24.05 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.629, Initial Energy: -24.71 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -24.71 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((((.(....).)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -24.65 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[[[.)))))).]]]]]]. New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -23.54 .((((((((....)))))))).((((((...........[[[[...))))))....]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -22.31 .((((((((....)))))....[[[[[[....)))....((((...]]]]]]....)))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -21.52 .((((((((....))))))))...((((......))))..(((..(((......)))))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -20.30 .((((((((....))))))))...((((......)))).((((.............)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -19.81 New CC F-measure-avg: 0.586, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=ASE_00401; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh A58(88); ORGANISM=NULL AGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCa .((((((((....))))))).).................(.(((..(((((((..((((((....))))))))))))).))).). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). ..(((((((....))))))).....(((....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....))). Energy of known structure: -29.70 Initial sens: 0.760, Initial ppv: 0.704, Initial F-measure: 0.731, Initial Energy: -33.10 New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -33.10 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -32.05 ..(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -31.70 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -31.44 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -30.65 ..(((((((....)))))))............(((((....)))))((((((((..(((((....)))))))))))))....... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.760, New CC Energy: -30.50 ....(((((((....(((.......)))....(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))))))))). New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -30.40 ..(((((((....))))))).....((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.520, New CC Energy: -30.15 ....(((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....(((....)))...))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.85 ....(((((((..............((((...(((((....)))))...))))..((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -29.25 ..(((((((((.......((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).))))))))).((((.......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.44 .((((((((....)))..((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))))))). New CC sens: 0.120, New CC ppv: 0.111, New CC F-measure: 0.115, New CC Energy: -28.05 ..(((((((....)))))))((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))(((.......))). New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.80 ....(((((((.........((((((......(((((....)))))))))))...((((((....))))))......))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -27.70 ..(((((((....)))))))((...((((...(((((....)))))...))))..)).......((((((...))))))...... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -27.65 .((((((((....)))..((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).))))...))))). New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -27.40 ....(((((....)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..)))).....((((((...))))))...... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.204, New CC Energy: -27.25 .((((((((....)))................(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))..))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.20 .(((((.......)))))((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))......... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.245, New CC Energy: -27.05 ....(((((((.......((((..........(((((....))))).........((((((....)))))).)))).))))))). New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -26.79 New CC F-measure-avg: 0.368, New CC F-measure-best: 0.776, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00406; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Salt Marsh B-A3; ORGANISM=NULL AGGUGUGCGGGGACGCACAUCU .((((((((....)))))))). (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -16.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -16.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.941, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00415; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thermoleophilum album, strain NM; ORGANISM=NULL AGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGA .((((((....))))))(((((((((...(......)...)...)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). .((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))). Energy of known structure: -20.30 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.778, Initial Energy: -38.15 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -38.15 .((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -35.35 .((((((....))).)))(((((((.((((((....)))).)).))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -32.55 New CC F-measure-avg: 0.716, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00430; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Terrabacter tumescens, strain KCTC 9133; ORGANISM=NULL AGCCGGCCAGCAAUGGUCGGCCCAGAUGGAUGGCCGUCGCCGCGCCACCGGUAACGGGGGCGCGGA .((((((((....))))))))..................(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.(((....))).))))))). Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.783, Initial F-measure: 0.878, Initial Energy: -44.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -44.00 .((((((((....))))))))...(((((....))))).(((((((.((.......))))))))). New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -40.40 ...((((((.((.(((.....)))..))..))))))...(((((((.(((....))).))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -35.65 New CC F-measure-avg: 0.714, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=ASE_00438; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Verrocomicribium spinosum; ORGANISM=NULL ACCUCGCGCAAAGCGGGGAGCACGGGGCGCAAGCCCCGGGCUAGAGAAAUGACCGCCACCUUUUGCGGCAACGCGGGAGGC .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). .((((((.....)))))).((.((((((....)))))).)).................(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -45.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -45.50 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -45.50 .((((((.....))))))....((((((....))))))(((.............))).(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -44.31 ............((((..(((.((((((....)))))).)))..........))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -41.41 .((((.......((((..(((.((((((....)))))).)))..........)))).......((((....)))).)))). New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -39.01 .((((((.....))))))(((.((((((....)))))).)))..........((((..((......))....))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -37.60 ............((((......((((((....))))))..............))))..(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -36.41 New CC F-measure-avg: 0.763, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=ASE_00441; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer Hge3-5; ORGANISM=NULL AGCUGUACAGAAAUGUAUGGCC .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). .((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.70 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=ASE_00443; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wickerhamia fluorescens, strain NRRL Y-4819; ORGANISM=NULL ACUUGGAUAUUCCAAGA .((((((...)))))). .(((((.....))))). .(((((.....))))). Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.909, Initial Energy: -6.50 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -6.50 New CC F-measure-avg: 0.909, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00429; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.16.m.D.virilis; ORGANISM=NULL CGCCCGUCGCUCUUAUUAUUAAGGUAAGAUAAGUCGUAACAUAGUAGAUGUACUGGAAAGUGUAUCUAG .(..((....(((((((.....))))))).....))...)....((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). ....((.(..(((((((.....)))))))...).))........((((((((((....)))))))))). Energy of known structure: -12.22 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.950, Initial Energy: -15.15 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -15.15 .(((.......[[[[[[.....)))..]]]]]]...........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -13.65 ..........(((((((.....)))))))...............((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -13.40 ........(((((((((.....))))))...)))..........((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -11.40 ..........(((((....)))))....................((((((((((....)))))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.20 New CC F-measure-avg: 0.755, New CC F-measure-best: 0.950, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00512; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.R.prowazekii; ORGANISM=NULL AUUAGAGCCGUGGAAGACCACCACGUUGAUAGGUCGGGUGUGGAAGCACAGUAAUGUGUGUAGCUAACCGAUACUAAUAGCUCGAU .(..(((((((((.......)))))....((((((((..(.....(((((....)))))....)...))))).)))...)))).). ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))..........))))... Energy of known structure: -19.07 Initial sens: 0.583, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -31.24 New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -31.24 ....(((((((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -28.54 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((((..(((((....)))))....)).....)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.84 ....((((.((((....))))........((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).)))...))))... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -27.44 ....(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -26.80 ....(((((((((.......)))))....((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.880, New CC F-measure: 0.898, New CC Energy: -26.60 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]].(((((....(((((....)))))...........)))))....))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -26.01 ........(((((..[[[[.)))))......]]]].(((.(((..(((((....)))))....))))))................. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -25.94 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..........(((((....)))))....................))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.79 ....(((((((((.......))))).......(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -25.70 ....((((.((((....))))........((((((((........(((((....)))))........))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -25.70 ....((((..(((....)))(((((....[[[[[[[[.)))))..(((((....)))))........]]]]].]]]...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -25.65 ....((((.((((....))))........((((((((...(((..(((((....)))))....))).))))).)))...))))... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -25.50 ....(((((((((.......))))).......(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -25.50 ....((((.((((....))))...........(((((........(((((....)))))........))))).......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.60 .........((((....))))...((((.((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).))))..... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -24.44 ....((((.((((....))))...........(((((...(((..(((((....)))))....))).))))).......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.622, New CC Energy: -24.40 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]...((((....))))(((.((.((.......)))).))).....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -23.99 ....((((..(((....)))(((((.......[[[[[.)))))..(((((....)))))........]]]]].......))))... New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.81 ....(((((((((..[[[[.)))))......]]]]..((((....))))((((.((.((.......)))).))))....))))... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -23.69 New CC F-measure-avg: 0.678, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGUCACGGCCCCGCAAGGGGUUGUGGCG .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). .(((((((((((....))))))))))). Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00519; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=d.233.b.T.thermophilus; ORGANISM=Thermus thermophilus AGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCG .(((((((((.......)))))....((((((((.((.....(((((....)))))....))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))...)))). Energy of known structure: -38.22 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 0.885, Initial F-measure: 0.920, Initial Energy: -46.20 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 0.885, New CC F-measure: 0.920, New CC Energy: -46.20 .(((((((((.......))))).....(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -45.40 .....(((((.......))))).(((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).....)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -43.70 .(((((((((.......)))))....((((((((.......((((((....)))))).......)))).))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -41.24 .....(((((.......)))))....((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -41.00 ....((((((.......))))).)...(((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))))).......... New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -40.80 .(((((((((.......))))).....(((((((.......((((((....)))))).......))))))).....)))). New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -40.44 .....(((((.......)))))((((((((((((.(((...((((((....))))))..)))..))))).....))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -39.90 .((((..((((...((.((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -39.70 .((((..((((......((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))......))))....)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -39.30 .((((((((........((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))..))))........)))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -38.89 .((((..((((..(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...........))))....)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -38.80 .((((((((....(((.((((((......)))))))))...((((((....))))))...)))...))))).......... New CC sens: 0.208, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -38.70 .((((((((..(.(((.((((((......))))))))).).((((((....)))))).......))))........)))). New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -38.39 .((((..........(((((......[[[[[[[[)))))..((((((....)))))).......]]]].]]]]...)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -37.69 .(((((.((.....)).((((((......))))))(((...((((((....))))))..)))....))))).......... New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.00 New CC F-measure-avg: 0.611, New CC F-measure-best: 0.920, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=CRW_00609; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.P.hollandica.1.C3.trnL; ORGANISM=NULL ACUUAGAUAAACUGGGCCUUGGUGGAGAAAUCCGCGAAGU .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). .(((((.....))))).(((.(((((....))))).))). Energy of known structure: -13.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.85 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.85 .(((((.....))))).....(((((....)))))..... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -10.90 New CC F-measure-avg: 0.935, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUG (((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). ((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......)))))))). Energy of known structure: -19.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.958, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -19.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -19.79 .......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -18.29 .......(((((((.(((((...[[[[[[..))))).))))))).]]]]]]((((((((......)))))))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -18.21 .((((..[[[[[[[)))).....((((((........]]]]]]].))))))((((((((......)))))))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -17.11 .((((..[[[[[[[)))).....((((((.{{{{{..]]]]]]].))))))...........}}}}}....... New CC sens: 0.304, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -15.88 New CC F-measure-avg: 0.732, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=CRW_00628; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.A.capsulatus.CBS213.53.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUG (.....((((.(((......)))))))...). (((((.[[[[.))))).......]]]]..... (((((.[[[[.))))).......]]]]..... Energy of known structure: 0.41 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.471, Initial Energy: -6.13 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -6.13 (((((.[[[[.)))))....]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.39 ......((((.(((......)))))))..... New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -4.10 ...............((((....))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.90 ........(((.....)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.80 (((((......)))))(((....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.50 ......((((.............))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.21 ......((((..........))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.19 ........(((.....)))..(((.....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.10 ........(((.[[[.)))..(((.]]].))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.82 New CC F-measure-avg: 0.207, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00636; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.B.yamatoana.JCM2896.C1.SSU.943; ORGANISM=NULL agguguAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUG .((((((......................)))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). ((((....))))...(((.((((.....))))))). Energy of known structure: -3.54 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.90 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.90 (((([[[[))))...(((.((((]]]].))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.68 ((((....)))).......((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.60 .((((((((((..........))))....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.59 (((([[[[)))).......((((]]]].)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.43 ........(((....))).((((.....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 .((((((......................)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.54 New CC F-measure-avg: 0.250, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL guggguGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCC .((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). .(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....)))))). Energy of known structure: -21.40 Initial sens: 0.947, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.973, Initial Energy: -21.50 New CC sens: 0.947, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.973, New CC Energy: -21.50 .(((((..((((....))))....)))))...((((.....))))((((((....)))))). New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -20.80 .((((((((.((....)))))...)))))...((((.....))))((((((....)))))). New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -20.10 New CC F-measure-avg: 0.844, New CC F-measure-best: 0.973, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=CRW_00650; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.saccatum.C1.SSU.1512; ORGANISM=NULL UUCCGUUAACACACCUAGCGGAU .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). .(((((((.......))))))). Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL auggguGGUUUUCCAUCAGCAUUACCCAACACAGCUUUCAAGCUAGUA .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). .((((((((...........))))))))..((((((....)))).)). Energy of known structure: -10.99 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.99 .((((((((...........))))))))....((((....)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.49 .((((((((........[[[)))))))).............]]].... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -9.87 ...(((((....))))).............((((((....)))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -9.00 .((((((((........[[[)))))))).....]]]............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -8.64 (((((......)))))..............((((((....)))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -8.60 .((((((((........[[[)))))))).....(((.....]]]))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -8.54 ...(((((....)))))...............((((....)))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -8.50 .((((((((...........)))))))).....(((........))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -8.19 (((((......)))))................((((....)))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -8.10 New CC F-measure-avg: 0.607, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=CRW_00672; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.P.carinii.Pc3.C1.LSU.1921; ORGANISM=NULL UAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUG .(((((((..........))))))). ((((((((..........)))))))) ((((((((..........)))))))) Energy of known structure: -6.69 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -6.89 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -6.89 .....(((((....)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.90 New CC F-measure-avg: 0.467, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL guggugguAGAACUACAUGUGCCACCUACAGCUUAUAUUGCUAGUCUAUCGUAACUGAUGGGCA .((((((((..........................))))))))((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). (((((((((.(......).))))))).)).((.......))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -10.16 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -21.20 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -21.20 ..(((((((..........)))))))...(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -19.59 (((((((((..........))))))).))(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -18.79 (((((((((.(......).))))).))))(((.......))).((((((((....)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -18.10 New CC F-measure-avg: 0.448, New CC F-measure-best: 0.471, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=CRW_00697; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.T.malaccensis.C1.LSU.1925; ORGANISM=NULL ACUCUCUAAAUUGUAAAAUUUCCUUUGGAGGGA .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). .(((((((((.............))))))))). Energy of known structure: -8.11 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.11 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.11 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=CRW_00715; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.m.S.luteus.A1.LSU.2504; ORGANISM=NULL cgauAGUUUAAAUGUCGCUUAAAUUAGAAAUAAUUUAU (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). (((((.......)))))..(((((((....))))))). Energy of known structure: -6.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.90 (((((.[[[[[.)))))......]]]]].......... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -6.19 New CC F-measure-avg: 0.727, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00002; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=17RA; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUAAGGAUUACCUAUGCC (((((.(((....)))))))) ((((((.((....)))))))) ((((((.((....)))))))) Energy of known structure: -7.90 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -7.90 ((((((.........)))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -4.90 New CC F-measure-avg: 0.795, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00007; TYPE=Other Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1AFX; ORGANISM=NULL GGUGUGAACACC ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -5.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00012; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ANR; ORGANISM=SYNTHETIC GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC ..(((....((((......)))).))).. ((((((...((((......)))))))))) ((((((...((((......)))))))))) Energy of known structure: -5.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.824, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -13.10 New CC F-measure-avg: 0.824, New CC F-measure-best: 0.824, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00015; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ATV; ORGANISM=SYNTHETIC GGGACCAGAAGGUCCCG ((((((....)))))). ((((((....)))))). ((((((....)))))). Energy of known structure: -12.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.10 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00028; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1C0O; ORGANISM=TETRAHYMENA THERMOPHILA GGGUCUUCGGGUCC (((((....))))) ((..(....)..)) ((..(....)..)) Energy of known structure: -4.20 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.750, Initial Energy: -6.59 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -6.59 (((((....))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -4.20 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00049; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EOR; ORGANISM=NULL GGCGAAGUCGAAAGAUGGCGCC ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) ((((..(((....)))..)))) Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00073; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FQZ; ORGANISM=HEPATITIS C VIRUS GCCGAGUAGUGUUGGGUCGCGAAAGGC (((...(.(((......))).)..))) (((.....(((......)))....))) (((.....(((......)))....))) Energy of known structure: -4.90 Initial sens: 0.857, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -5.97 New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -5.97 .((((......))))....(....).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 (((......(((......)))...))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -2.92 New CC F-measure-avg: 0.462, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00083; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS1; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUUAACUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00087; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1HS8; ORGANISM=SYNTHETIC GCGUCAAUUCGCA (((......))). (((......))). (((......))). Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00089; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I3X; ORGANISM=NULL GGCUGGCUGUUCGCCAGCC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -13.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00091; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1I46; ORGANISM=SYNTHETIC GGUGCGUAGCACC (((((...))))) (((((...))))) (((((...))))) Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00097; TYPE=Internal Ribosome Entry Site; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1IDV; ORGANISM=NULL GGGCGUGCCC (((....))) (((....))) (((....))) Energy of known structure: -3.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00107; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1JO7; ORGANISM=SYNTHETIC AGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU (((((((....(((....)))...))))))) (((((((...((((....))))..))))))) (((((((...((((....))))..))))))) Energy of known structure: -10.49 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -13.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -13.40 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00121; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K6H; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUUCAGAAGAACGCGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -14.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00131; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KOS; ORGANISM=YEAST CUGUGuUCGAUcCACAG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -3.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00136; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1KXK; ORGANISM=YEAST GUCUACCUAUCGGGCUAAGGAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUCUAUGCCCGGGGGAAAAC ...(.(((..(((((...(((((((((((((((....)))))..))))))))))..)))))))).).... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))))..... Energy of known structure: -33.30 Initial sens: 0.792, Initial ppv: 0.792, Initial F-measure: 0.792, Initial Energy: -37.25 New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -37.25 .....(((..(((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))))...... New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -35.95 .....(((.((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..)))))))))..... New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.792, New CC Energy: -35.55 .........((((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -34.15 .....(((...((((...(((((((((((((((....))))))..)))))))))..)))))))....... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -33.15 .........((((((...(((((((((((((((....))))..)))))))))))..))))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -32.45 New CC F-measure-avg: 0.832, New CC F-measure-best: 0.936, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00141; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LC6; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACC (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) (((((.(((.....)))..))))) Energy of known structure: -7.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00153; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1MFK; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGGUUGCAGGUCUGCACCGCC ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) ((((((.(((....))))))))) Energy of known structure: -14.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00185; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1P5O; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUGUGAGGAACUACUGUCUUCACGCAGAAAGCGUCUAGCCAUGGCGUUAGUAUGAGUGUCGUGCAGCCUCCAGCC (((((.((((.....(((((..(((.((.(..(((((.......)))))...).)).)))..).))))))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) (((((.((((.....((((......))))..((((((.......)))))).(((((.....)))))..))))))))) Energy of known structure: -25.45 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.583, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -28.10 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.10 (((((.((((...(((((.((..((((.....))))..)).[[[[[[[.)))))....]]]]]]]...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -27.61 (((((.((((.....((((...(((.((...((((((.......))))))....)).)))....))))))))))))) New CC sens: 0.920, New CC ppv: 0.958, New CC F-measure: 0.939, New CC Energy: -27.53 (((((.((((...(((((.....((((.....)))).....[[[[[[[.)))))....]]]]]]]...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -26.86 (((((.((((.............((((.....((.....))....))))..((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -25.17 (((((.((((.............((((.....))))...((....))....((((((...))))))..))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -25.10 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -24.65 (((((.((((.........((..((((.....))))..)).(((((((..........)))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -24.04 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -23.80 (((((.((((.............((((.....)))).....(((((((..........)))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.19 (((((.((((.....((((......))))...((.....))(((((((((......)))))))))...))))))))) New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -22.90 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.939, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=PDB_00190; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1PJY; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCUUCCCACAAGGGAAGGCC (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) (((((((((....))))))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00191; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1Q75; ORGANISM=SYNTHETIC GGCUCUCAGUGAGCC (((((.....))))) (((((.....))))) (((((.....))))) Energy of known structure: -7.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.60 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00202; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1R2P; ORGANISM=NULL GAGCCGUAUGCGAUGAAAGUCGCACGUACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) ((((((((((((((....))))))..)))))))) Energy of known structure: -18.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -19.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -19.80 ((((((((((((((....))))..)))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -18.10 New CC F-measure-avg: 0.926, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00224; TYPE=Small nuclear RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1U2A; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGUCAGUGUAACAACUGACC (((((((......))))))) (((((((......))))))) (((((((......))))))) Energy of known structure: -10.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.30 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00225; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1UUU; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUACGUUUCGUACGCC (((((((.....))))))) ((((((((...)))))))) ((((((((...)))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -11.50 New CC F-measure-avg: 0.933, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00231; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIF; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGAAAGCCU (((......))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -7.90 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00233; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZIH; ORGANISM=SYNTHETIC GGGCGCAAGCCU ((((....)))) ((((....)))) ((((....)))) Energy of known structure: -7.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00359; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1EHT; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUACCAGCCGAAAGGCCCUUGGCAGCGUC ((((...((.(((....)))....))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) ((((...((((((....)))...)))...)))) Energy of known structure: -11.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.900, Initial F-measure: 0.947, Initial Energy: -13.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -13.50 ((((...((((((....))...))))...)))) New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -10.70 New CC F-measure-avg: 0.895, New CC F-measure-best: 0.947, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00378; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1F1T; ORGANISM=SYNTHETIC GGAuCCCGACuGGCGAGAGCCAGGuAACGAAuGGAuCC ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) ((((((((.(((((....)))))....))...)))))) Energy of known structure: -17.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.90 ((((((...(((((....))))).........)))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.917, New CC Energy: -17.36 ((((((..((((((....))).))).......)))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -15.22 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=PDB_00409; TYPE=16S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FKA; ORGANISM=THERMUS THERMOPHILUS GCGGGCUCUACCAAGUCGCCGCUGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAAAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUG .(((.(((((((....((...........)).....))))))).)))....................((.((((((....)))))).)). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). ((((((((((((..(.((((.......)))).)...))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). Energy of known structure: -26.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -53.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -53.80 ((((((((((((...(((.((((....)))).))).))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -53.05 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))((((..]]]]]))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -50.05 ((((((((((((..........((((....))))..))))))))))))((((.......))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -47.61 ((((((((((((.....(((...)))...[[[[...))))))))))))((((..]]]].))))....(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -46.46 ((((((((((((...[[[[[..((((....))))..))))))))))))......]]]]]........(((((((((....))))))))). New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -44.09 New CC F-measure-avg: 0.718, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_00411; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1FMN; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGUGUAGGAUAUGCUUCGGCAGAAGGACACGCC (((((((....(.(((....))).)...))))))) (((((((......(((....))).....))))))) (((((((......(((....))).....))))))) Energy of known structure: -15.74 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -18.05 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -18.05 New CC F-measure-avg: 0.952, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00477; TYPE=23S Ribosomal RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1J5A; ORGANISM=DEINOCOCCUS RADIODURANS AGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCG .(((..((((.......)))).....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))....))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). .(((((((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). Energy of known structure: -28.24 Initial sens: 0.783, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.735, Initial Energy: -31.60 New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -31.60 .(((((((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.920, New CC F-measure: 0.958, New CC Energy: -31.04 .(((((((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.55 .(((((((((.......)))))....((((((((.((((((((........)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.783, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.40 .....(((((.......)))))....((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.10 .....(((((.......)))))....((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))........ New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -27.54 .(((((((((.......))))).......(((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).......)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -27.54 .(((((((((.......)))))....((((((((........(((((....)))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.870, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -27.20 .(((((((((.......))))).......(((((.((((.((((((....)))))).).)))..))))).......)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -27.15 .((((.......((((....))))..((((((((.(((..((((((....))))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -26.70 .(((((((((.......)))))....((((((((......((((((....))))))........))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -26.54 .((((.......((((....))))..((((((((.(((....(((((....)))))...)))..))))).)))...)))). New CC sens: 0.826, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -26.14 .(((((((((.......))))).......(((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).......)))). New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -26.05 .....(((((.......)))))....((((((((((.((.((((((....)))))).))))...))))).)))........ New CC sens: 0.522, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -26.05 .....(((((.......)))))............((.((.((((((....)))))).)))).(((((((....))))))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -25.85 .(((((((((.......)))))....(((((((((((....)))...((..........))...))))).)))...)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.79 New CC F-measure-avg: 0.685, New CC F-measure-best: 0.958, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=PDB_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1K8W; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGCAACGGUuCGAUCCCGUUGC .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) .(((((((.......))))))) Energy of known structure: -9.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.40 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00547; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1LNG; ORGANISM=METHANOCOCCUS JANNASCHII UCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUC ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.(....((.....(((....))).....)).).)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) Energy of known structure: -45.11 Initial sens: 0.967, Initial ppv: 0.967, Initial F-measure: 0.967, Initial Energy: -50.85 New CC sens: 0.967, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.967, New CC Energy: -50.85 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.814, New CC Energy: -50.19 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.548, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -47.96 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).)))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -47.94 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -47.68 ........(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.962, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -47.65 (((((((.((((..(((((((((....)))))))))..))))......)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -47.04 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -47.02 ........((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -46.99 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....[[[[[[.....)))))...(((....)))..........]]]]]]..... New CC sens: 0.767, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.793, New CC Energy: -46.60 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))....)))))))..((.(((...(((....))).((....)).))).))..... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -46.60 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.947, New CC Energy: -46.42 (((((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))...))).)))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.613, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -46.21 ..(((((.((((..(((((((((....)))))))))..)))).....[[[[[[.....)))))...(((....)))..........]]]]]]..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -45.94 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....((((((.............(((....)))..........)))))).)))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.846, New CC F-measure: 0.786, New CC Energy: -45.76 (((((((.(((((.(((((((((....)))))))))..))))).....)))))))...(((.....(((....))).....)))..(((.....))) New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.633, New CC F-measure: 0.633, New CC Energy: -45.31 ..((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -45.15 ........(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -44.74 ..(((((.(((((.(((((((((....)))))))))...)))))...[[[[[[[....)))))...(((....))).....]]]]]]]......... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -44.67 ..((((..((((..(((((((((....)))))))))..)))).....(((((((......((....(((....))).))..))))))).....)))) New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -44.49 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 0.967, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=PDB_00728; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1T4L; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGGAUACCAUGUUCAGAAGAACGUGGUAUCUC ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) ((((((((((((((....)))))))))))))) Energy of known structure: -20.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00737; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1TOB; ORGANISM=SYNTHETIC GGCACGAGGUUUAGCUACACUCGUGCC ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) ((((((((((......)).)))))))) Energy of known structure: -15.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.00 ((((((((...........)))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -13.69 New CC F-measure-avg: 0.944, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00810; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XJR; ORGANISM=SYNTHETIC gGAGUUCACCGAGGCCACGCGGAGUACGAUCGAGGGUACAGUGAAUU ..(((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) ..(((((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))))) Energy of known structure: -10.79 Initial sens: 0.786, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -10.80 New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -10.80 ..(((((((....(((...(((.......)))..)))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -10.79 ..(((((((....(((...((.....))......)))...))))))) New CC sens: 0.857, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -10.56 ..(((((((((.(....).))..((((........)))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.10 ..(((((((..........(((.[[[[..)))...]]]].))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -8.93 ........(((.[.[[.[[)))........]].]].].......... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -8.00 ..((((((((((..((....)).[[[[..)))...]]]].))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -7.54 New CC F-measure-avg: 0.582, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_00820; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1XSH; ORGANISM=NULL GGAAGCUCGGUCUUCGGACCGGCUUCC .(((((.(((((....)))))))))). ((((((.(((((....))))))))))) ((((((.(((((....))))))))))) Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -21.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -21.10 (((((((.((((....))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -18.90 New CC F-measure-avg: 0.905, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00885; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1ZC5; ORGANISM=SYNTHETIC GGCGAUCUGGCCUUCCUACAAGGGAAGGCCAGGGAAUUGCC (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) (((((((((((((((((....)))))))))))...)))))) Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -26.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.70 .....((((((((((((....))))))))))))........ New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -22.00 New CC F-measure-avg: 0.879, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_00948; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B6G; ORGANISM=SACCHAROMYCES CEREVISIAE GGAGGCUCUGGCAGCUUUC (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) (((((((.....))))))) Energy of known structure: -5.50 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.50 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_00999; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DET; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GUCCCCUUCGUCUAGAGGCCCAGGACACCGCCCUUUCACGGCGGUAACAGGGGUUCGAAUCCCCUAGGGG ..((.....((((.........))))((((((.......))))))....((((.......))))...)). ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) ..(((((.......(((.(((.(...((((((.......))))))..).))).))).........))))) Energy of known structure: -18.10 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -26.50 New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -26.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -25.35 ..(((((.........(((((.....((((((.......)))))).....)))))..........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -24.86 ((((..........[[[.[[[.))))((((((.......))))))....]]].]]]....(((....))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -24.84 ....((((......))))(((.....((((((.......))))))...(((((.......))))).))). New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -24.40 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.00 ((((((((......))))....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))..... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.50 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -23.45 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...))))).......(((....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.25 ((((..........[[[.[[[.))))((((((.......))))))....]]].]]]...((((...)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.04 .((((((((.....))))........((((((.......))))))...(((((.......))))).)))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -22.70 ..............(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))....(((....))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -22.57 ...(((((.((((.(.....).))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.757, New CC Energy: -22.55 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))....((((........))))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -22.05 ...(((((......(((.(((.....((((((.......))))))....))).))).........))))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -22.04 ..((((((((((.(((((....((...))..)))))...)))))....(((((.......)))))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -21.85 .((((.........(((.(((.....((((((.......))))))....))).)))..........)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.83 ..(((((..((((.(.....).))))((((((.......))))))...)))))......((((...)))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -21.45 ((((.((((.....))))....))))((((((.......))))))....(((((....)))))....... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -21.30 New CC F-measure-avg: 0.493, New CC F-measure-best: 0.757, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=PDB_01008; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DRB; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GGCCCGGGGCGGUUCGAUUCCGCCCUGGGCCACCA ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... ((((((((((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -29.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -29.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -29.80 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01042; TYPE=Group II Intron; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2F88; ORGANISM=NULL GAGCCGUGUGCGAUGAAAGUCGCAAGCACGGUUC ((((((((.(((((....)))))...)))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) ((((((((((((((....)))))..))))))))) Energy of known structure: -19.60 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -21.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -21.50 New CC F-measure-avg: 0.963, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01050; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FDT; ORGANISM=SYNTHETIC GGUUGUACGUCGCUUUGGAUAAAAGCGUCUGCGACC ((((((..(.(((((.......))))).).)))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) (((((((.(.((((((.....)))))).)))))))) Energy of known structure: -9.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.857, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -16.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -16.20 New CC F-measure-avg: 0.923, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01051; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2FEY; ORGANISM=SYNTHETIC GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC (((((......(((..((((.......)))).)))...))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) (((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))) Energy of known structure: -4.52 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -9.85 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -9.85 (((((......((((.((((.......))))))))...))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -8.47 (((((.........((((((.......)))))).....))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -7.04 (((((((((((...))))))..(((((....)))))..))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -7.00 .........(((((((((((.......))))...))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -6.30 New CC F-measure-avg: 0.623, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01071; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIO; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUGCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) (((((...(.(((....))).)..))))) Energy of known structure: -14.65 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.65 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.65 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01072; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2GIP; ORGANISM=SYNTHETIC GGCCAUCUUCUCUUCGGAGGAUUUGGCC (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) (((((..(((((....)))))..))))) Energy of known structure: -17.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -17.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01114; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2HOM; ORGANISM=SYNTHETIC GCGACUCGGGGUGCCCUGCGUGAAGGCUGAGAAAACCCGUAACCUGAUCUGGAUAAUGCCAGCGAGGGAAGUCGCA ((((((((((.((((.........)))......).))))...(((...((((......))))..)))..)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). ((((((((((...(.(.((......)).).)....))))...(((...((((......))))...))).)))))). Energy of known structure: -22.00 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -25.99 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.99 ((((((((((..(((.........)))........))))...(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -25.10 ((((((..(((((((.........))).......))))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -24.79 ((((((..((((.[[[[.......[[[.......))))....((......)).....]]]....]]]].)))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -22.92 ((((((((((....))))......((.(......).))....(((...((((......))))...))).)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -22.20 ((((((..((((.[[[[((......)).......))))..........((((......))))..]]]].)))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -21.92 ((((((((((...(.(.((......)).).)....)))).........((((......)))).......)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -21.34 ((((((((((...[[[[((......))........)))).........((((......))))..]]]].)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -21.21 New CC F-measure-avg: 0.601, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=PDB_01128; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2IHX; ORGANISM=SYNTHETIC CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....))))(((....)))...)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) Energy of known structure: -32.50 Initial sens: 0.958, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.979, Initial Energy: -33.30 New CC sens: 0.958, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.979, New CC Energy: -33.30 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -32.10 ((((((((...((((.(((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -31.70 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.....)))).((....))....)))))))) New CC sens: 0.917, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.936, New CC Energy: -31.10 ((((((((.(((((((((......))))..)))))((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -31.09 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((......))))...)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -30.74 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.....))))....)))).....)))))))) New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -30.64 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -29.90 ((((((((...(((((.((((.......)))))))))....((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -29.50 ((((((((..((((.((((((.......)))))).......((((.......))))..)))).....)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -29.44 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -29.30 ((((((((.......((((((.......)))))).((....((((......))))....))......)))))))) New CC sens: 0.542, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -28.99 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((......))))((....))....)))))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -28.90 ((((((((.(((((...........[[[[.)))))......]]]].((((......)))).......)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -28.71 ((((((((.(((((((((......))))..)))))......((((.......))))...........)))))))) New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.381, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -28.50 ((((((((.....(((((......))))).((((.......((((.....))))..)))).......)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -28.47 ((((((((.......((((((.......)))))).......((((.....))))(((....)))...)))))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -26.70 ((((((((...(((((.........[[[[...)))))....]]]].((((......)))).......)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.65 New CC F-measure-avg: 0.637, New CC F-measure-best: 0.979, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > SSTRAND_ID=PDB_01147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2JR4; ORGANISM=NULL CCUCCCUUACAAGGAGG (((((.......))))) (((((.......))))) (((((.......))))) Energy of known structure: -6.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=PDB_01208; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXB; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGUGCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGUGCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -20.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -20.64 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -20.64 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.44 New CC F-measure-avg: 0.967, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01210; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2PXE; ORGANISM=ESCHERICHIA COLI GGGUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGGUCC ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) ((..((((((....(((....(((....)))....))).))))))..)) Energy of known structure: -17.44 Initial sens: 0.875, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -19.83 New CC sens: 0.875, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -19.83 ((((((((((....(((....(((....)))....))).)))))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.44 New CC F-measure-avg: 0.967, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=PDB_01238; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2QH3; ORGANISM=SYNTHETIC GGAGUGCCUUACUGUGGCACUCC ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) ((((((((.......)))))))) Energy of known structure: -14.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.90 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.90 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=RFA_00388; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170499.1/3-56; ORGANISM=NULL CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -21.80 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -21.80 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -18.40 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -17.50 New CC F-measure-avg: 0.767, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00390; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170504.1/337-284; ORGANISM=NULL GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -11.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -17.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -17.00 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.60 New CC F-measure-avg: 0.802, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00391; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AF170509.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG .((((((.(.(((...))).).......((((........))))...)))))). (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) (((((((...(((...))).........(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -10.45 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 0.867, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -15.60 New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -15.60 (((((((...((((((.....[[[.)))))).........]]]....))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -14.47 (((((((......((((....))))...(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.70 (((.(((...(((...))).))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.95 (((((((...((((((.........))))))((((.....))))...))))))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -12.60 ..(((((....)))))............(((((......))))).......... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -12.10 New CC F-measure-avg: 0.531, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00413; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241831.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUCUG .(.((((.(((((...))))).......((((........))))...)))).). (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. (((.(((..((((...))))))).))).(((((..[[[.)))))......]]]. Energy of known structure: -12.80 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -17.66 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -17.66 .....((((((((...)))))..)))..(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -17.36 ........(((((...))))).......(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.46 (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -16.30 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -16.00 ....(((..((((...))))))).....(((((..[[[.)))))......]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -15.76 ...((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))... New CC sens: 0.929, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -15.20 ........(((((...))))).......(((((......))))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -15.10 ....(((..((((...))))))).....(((((......))))).......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -14.40 New CC F-measure-avg: 0.648, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00419; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ241847.1/334-281; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUUUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). .((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))). Energy of known structure: -11.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.938, Initial F-measure: 0.968, Initial Energy: -14.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.938, New CC F-measure: 0.968, New CC Energy: -14.70 .((((((..(((.......)))......(((((......)))))...)))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -11.30 .....((((((((...)))))..)))(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.29 ........(((((...))))).....(((((((...........)))))))... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -11.09 .((((((..(((..[[[[.)))......]]]]...............)))))). New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -10.71 New CC F-measure-avg: 0.558, New CC F-measure-best: 0.968, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00424; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ247123.1/52-132; ORGANISM=NULL UCCAGUCGAGACCUGAAGUGGGUUUCCUGAUGAGGCUGUGGAGAGAGCGAAAGCUUUACUCCCGCACAAGCCGAAACUGGA ((((((.(((((.........))))).......((((...............................))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))...)))))) Energy of known structure: -15.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.536, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -35.60 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -35.60 ((((((.(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).)).))))...))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -35.20 ((((((.(((((((.....))))))).......((((..(((((((((....))))).))))......))))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -34.94 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -30.50 ..(((..(((((((.....))))))))))....(((((((((((((((....))))).)).))))...))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -30.10 ..(((..(((((((.....))))))))))....((((..(((((((((....))))).))))......))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -29.84 .......(((((((.....))))))).......(((((((((((((((....))))).))))...)).))))......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -28.80 ((((((.(((((((.....))))))).............(((((((((....))))).)))).((....))....)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -28.60 ((((((.(((((((.....)))))))..........(((((..(((((....)))))....))))).........)))))) New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -28.55 New CC F-measure-avg: 0.570, New CC F-measure-best: 0.732, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=RFA_00427; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 AJ536612.1/152-206; ORGANISM=NULL UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC ..(((((.(((((........))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. ..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).. Energy of known structure: -21.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.875, Initial F-measure: 0.933, Initial Energy: -25.70 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -25.70 ....(((((((((((....)))))))..)))).((((....)))).......... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -22.60 New CC F-measure-avg: 0.777, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00447; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/335-282; ORGANISM=NULL GAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -13.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -19.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -19.10 .....((((((((...)))))..)))..(((((.[[[[.))))).....]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -16.59 (((((((..(((.......)))......(((((......)))))...))))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -15.70 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00448; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00008 M83545.1/3-56; ORGANISM=NULL CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUCGCUGAAAUGCGACGAAACUUAUG .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))). (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...))))))) Energy of known structure: -15.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.882, Initial F-measure: 0.938, Initial Energy: -20.30 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.882, New CC F-measure: 0.938, New CC Energy: -20.30 (((.(((..((((...))))))).))).(((((......))))).......... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.60 .....((((((((...)))))..)))..(((((......))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -16.30 New CC F-measure-avg: 0.705, New CC F-measure-best: 0.938, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00589; TYPE=Y RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00019 L32608.1/376-283; ORGANISM=NULL GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU ((((((((.....(((((((..................................................))))))).......)))))))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. (((..(((.((((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))..))).)))..))).. Energy of known structure: -17.71 Initial sens: 0.867, Initial ppv: 0.448, Initial F-measure: 0.591, Initial Energy: -32.21 New CC sens: 0.867, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -32.21 ((((((((...((((((((((...........(((((((.((((.....)))).)))))))........)))))))))).....)))))))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -31.40 New CC F-measure-avg: 0.636, New CC F-measure-best: 0.682, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00598; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221913.1/520-109; ORGANISM=NULL AGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCU .((((((.((((..........(((..((((........))))...)))....)))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). ......(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.412, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -21.79 New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.79 ((((((((...........((((((.(((((........)))))..))....)))))))))))) New CC sens: 0.706, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -19.85 ((((((((.(((..........(((.(((((........)))))..)))....))))))))))) New CC sens: 0.941, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -19.74 ((((((((...(((.........)))(((((........))))).(((....))).)))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -19.50 ((((((((...........(((((..(((((........))))).......))))))))))))) New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -18.92 ((((((((.........(((...(((.......)))...)))..((((....)))))))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -18.50 ((((((((..............(((.(((((........)))))..))).......)))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -18.35 ((((((((..((((((...[[[[[........)))))).............]]]]])))))))) New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -18.21 ((((((((.(((((.........)).(((((........))))).........))))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -17.90 ..(((([[[[[[[[[.......[[[.[[[[[..))))..]]]]]..]]].....]]]]]]]]]. New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -17.76 ......(((((((((...........(((((........)))))..........))))))))). New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -17.60 New CC F-measure-avg: 0.538, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=RFA_00600; TYPE=Vertebrate Telomerase RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00024 AF221935.1/602-112; ORGANISM=NULL UGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCA .((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). .((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....))))))))). Energy of known structure: -23.73 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.971, Initial Energy: -24.43 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.971, New CC Energy: -24.43 (((((((.(((.......((((.......(((((......)))))..)))).....)))))))))) New CC sens: 0.765, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -20.68 New CC F-measure-avg: 0.847, New CC F-measure-best: 0.971, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00640; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB169770.1/1705-1641; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -14.61 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -13.18 (((.[[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}]]]]].... New CC sens: 0.278, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -12.27 ....((((((........((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]])))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -12.15 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -11.01 ....(((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -11.00 (((.[[[[[[..(((((..((........)).)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.97 (((.[[[[[[..(((((..(((....)))...)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.92 ....(((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -10.89 (((..[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.89 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -10.54 .....((((.........((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.25 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -10.09 ....(((((....((((....))))...(((.((((((........)))))).)))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -9.85 .....((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]....)))). New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.114, New CC Energy: -9.59 (((.[[[[[[..((((((.(((....)))((......)).))))))..)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -9.52 ..................((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]].......... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -9.45 (((.[[[[[[...((((....))))...(((......)))........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.42 (((.[[[[[[..((((((.........[[[[.........))))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -9.36 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -8.90 New CC F-measure-avg: 0.381, New CC F-measure-best: 0.649, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00641; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 AB188279.1/1668-1604; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUCUUCAGGAGCGCAAGAUAGAUU ....(((((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))))).... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... (((.[[[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}]]]]]].... Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.455, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -14.61 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.61 (((..[[[[...(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.....]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -13.18 (((..[[[[...(((((..........[[[[.))))).....{{{{..)))]]]]}}}}.]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.211, New CC Energy: -11.65 ....((((((..(((((..((........)).)))))...((((.....))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -11.35 ....((((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -11.01 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))...(((((...)))))..)))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -11.00 (((.[[[[[[..(((((..((........)).)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -10.97 (((.[[[[[[..(((((..(((....)))...)))))...........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -10.92 (((..[[[[...(((((.[[[[......{{{.)))))..]]]].....)))..}}}....]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.89 ....((((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -10.80 ....((((((..(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -10.65 ....((((((..(((((..(((....)))...)))))((.((((.....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -10.60 ....((((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]])))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -10.54 (((.[[[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -10.09 .....((((.........((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]....)))). New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.114, New CC Energy: -9.59 (((.[[[[[[...((((....))))...(((......)))........)))....]]]]]].... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -9.42 (((.[[[[[[.(((((...........[[[[..........)))))..)))]]]]]]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -9.19 .....((((....((((....))))..((((..(((((........))))))))).....)))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.343, New CC Energy: -8.90 ..................((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]]......... New CC sens: 0.111, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -8.79 .....((((...(((((..((........)).)))))((.((((.....)))))).....)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.75 New CC F-measure-avg: 0.329, New CC F-measure-best: 0.649, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00651; TYPE=Cis-regulatory element; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00109 M18895.1/367-303; ORGANISM=NULL UCCAUAUCUUAAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUGCAGUUUUUCAGGAGCGCAAGGAAUUAA ....(.(((((((........)))...((((.(((.((........))))))))))))).).... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... (((...............((((.....[[[[..[[[[[.))))...]]]]]]]]]..)))..... Energy of known structure: 3.50 Initial sens: 0.353, Initial ppv: 0.375, Initial F-measure: 0.364, Initial Energy: -13.15 New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -13.15 (((...[[[[..(((((.[[[[.....{{{{.)))))..]]]].....)))}}}}.]]]]..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -12.37 (((..........((((....))))..((((..(((((........)))))))))..)))..... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -11.80 (((.........(((((..........[[[[.)))))..............]]]]..)))..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -11.54 (((...............((((......[[[.[[[[[[.))))...]]]]]].]]].)))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -11.49 (((..........((((....))))...(((.((((((........)))))).))).)))..... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.125, New CC F-measure: 0.121, New CC Energy: -11.25 (((.........(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]....)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.21 ......((((...((((....))))..((((..(((((........))))))))).))))..... 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New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.118, New CC F-measure: 0.118, New CC Energy: -8.65 ......((((..(((((..[[[[[........)))))...........]]]]]...))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.51 .............((((....))))..((((..(((((........))))))))).......... New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -8.50 .............((((....))))...(((.((((((........)))))).)))......... New CC sens: 0.118, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -8.15 (((...[[[[..(((((..........[[[[.)))))...........)))]]]].]]]]..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.242, New CC Energy: -7.85 ............(((((..........[[[[.)))))..............]]]].......... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -7.84 ......((((..(((((..........[[[[.)))))..............]]]].))))..... New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -7.84 New CC F-measure-avg: 0.214, New CC F-measure-best: 0.400, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00661; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036392.1/168-121; ORGANISM=NULL AUCCAACUGACGAGCGCCAAAUAGGAGGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.((...........(......)......((....)).....)).)) .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ .(((...[[[[[.[[[.......))).....]]].]]]]]........ Energy of known structure: 6.95 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -13.07 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.07 .(((...[[[[[.[[[((.....)).)))..]]].]]]]]........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.34 .......(((((.(((((........))...))).)))))........ 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.67 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00666; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036397.1/166-119; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUCCCAAACAGCACGAAACGCGCGUCAAACUGCAU ((.(((.......((.(......).))...((....))....))).)) ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... ...(((.(((((.((.....)).((.......)).)))))..)))... Energy of known structure: 2.80 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.250, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -6.47 New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -6.47 .....((((............))))(((....[[[))).....]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.12 .....((((............)))).........(((......))).. 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.76 New CC F-measure-avg: 0.072, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=RFA_00671; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036404.1/166-122; ORGANISM=NULL AUCCAGCUGACGAGUGCCAAAUAGGACGAAAUGCGCAUCCUGGAU ((((((.......((.(......).))...((....)).)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) (((((((((....[[[[....)))........]]]]...)))))) Energy of known structure: -3.65 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.462, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -10.94 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.94 ((((((.((.((..((((.....)).)).....))))..)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -10.04 (((((((((....[[[[....)))..........]]]].)))))) 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Energy of known structure: 3.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -7.90 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 .............((((......))))................ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -5.40 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00680; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF036754.1/138-91; ORGANISM=NULL AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU ((((((.......((((......))))...((....))....)))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) ((((((((((((.((((......))))........)))).)))))))) Energy of known structure: -10.70 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -16.77 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -16.77 ((((((((((((....(((...)))..........)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -13.29 New CC F-measure-avg: 0.579, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00684; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 AF213692.1/397-353; ORGANISM=NULL AUCCAGCCGAUGAGUUCCAAACAGGACUAAACGCGCUUCUUGGAU ((((((.......((((......))))...(......).)))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) (((((((((...(((((......)))))...)).))....))))) Energy of known structure: -1.10 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 0.643, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -10.75 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -10.75 ....(((((...(((((......)))))...)).)))........ New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.381, New CC Energy: -8.25 (((((((((......(((.....))).....)).))....))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -7.40 ((((((.((...(((((......)))))...))......)))))) New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -7.24 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00723; TYPE=Hammerhead Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00163 Z69690.1/390-342; ORGANISM=NULL GCCCCGCUGAUGAGGUCAGGGAAGACCGAAAGUGUCGACUCUACGGGGC ((((((.......((((......))))...((.(....).)).)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) (((((((((((...)))))....((((....).))).......)))))) Energy of known structure: -16.60 Initial sens: 0.462, Initial ppv: 0.400, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -20.30 New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -20.30 ((((((...........((((..((((....).)))..)))).)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -18.31 ((((((.....(((.........((((....).)))..)))..)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -17.49 ((((((.((.........(((..((((....).)))..))))))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.67 ((((((.((..(((.........((((....).)))..))))))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -16.55 ((((((.......((((......((((....).)))))))...)))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -16.50 ((((((.((....((((......((((....).))))))).)))))))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -16.50 New CC F-measure-avg: 0.436, New CC F-measure-best: 0.462, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=RFA_00732; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AB046864.1/2353-2311; ORGANISM=NULL CUUUCCCGAGGCCACGGCGAGUAGCAUCGAGGGUACAGGAAUG ..((((....(((.((((.....))..))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. ..((((....(((....(((......)))..)))...)))).. Energy of known structure: -8.89 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.700, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -10.09 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.09 ...((((((.((.((.....)).)).))).))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.40 .....(((..[[[.)))(((......)))..]]]......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -7.26 .(((((((..[[[.)))(((......)))..]]]...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -7.06 ....(((((.((.((.....)).)).))..))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.00 ..(((((((.((.((.....)).)).)))........)))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -6.99 ..((((....(((.(((.........)))..)))...)))).. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -6.89 .((((.....(((....(((......)))..)))...)))).. New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -6.54 ..........(((....(((......)))..)))......... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.10 ......(((.((.((.....)).)).))).............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.10 New CC F-measure-avg: 0.308, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=RFA_00736; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AF257226.1/467-425; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.89 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.39 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.39 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.00 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -12.19 New CC F-measure-avg: 0.486, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00745; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY179509.1/6548-6505; ORGANISM=NULL ACUACCCGAGGCCACGCCGAGUUAGGAUCGAGGGUACAGGUAGU .(((((....(((.((((......))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((.......))).))))...)))))) Energy of known structure: -12.19 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -13.09 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -13.09 ((((((....(((...((......))......)))...)))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -12.56 New CC F-measure-avg: 0.755, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00748; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188191.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAGACCGCGGCCACGCGGAGUAGGAUCGAGGGUACAGUCUCC .(((((....(((.(((.......)..))..)))...))))). .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. .....(((((....))))).(((.....[[[[.)))..]]]]. Energy of known structure: -7.69 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -16.19 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.19 ((((((....(((...(((.......)))..)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -13.69 ((((((((((....))))..(((..........))).)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.19 .....(((((....))))).(((.......[[[)))....]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.95 ((((((((((....))))...................)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -11.76 .....(((((....))))).........((((......)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.70 .....(((((....))))).(((.......[[[)))...]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.65 .....(((((....)))))...........(((.......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.50 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -10.95 .....(((((....)))))...........(((......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.60 .....(((((....))))).(((.......[[[)))..]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.45 .....(((((....)))))...........(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.40 ((((((....(((..................)))...)))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 0.216, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=RFA_00750; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY188199.1/232-190; ORGANISM=NULL GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCU .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -14.39 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -15.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -15.79 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.40 ((((((..((((...)))).(((..........))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -12.59 New CC F-measure-avg: 0.486, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=RFA_00752; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 AY304457.1/239-197; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGCACGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) ((((((....(((..(((.....))).....)))...)))))) Energy of known structure: -11.59 Initial sens: 0.833, Initial ppv: 0.833, Initial F-measure: 0.833, Initial Energy: -16.43 New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -16.43 ((((((.........(((..[[[))).......]]].)))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -13.45 ((((((....(((.......[[[))).......]]].)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -13.10 ((((((..((((...)))).(((..(....)..))).)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -13.00 New CC F-measure-avg: 0.554, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00763; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15936.2/6913-6871; ORGANISM=NULL UGAUGCCGAGGCCACGCCGGGUAGGAUCGAGGGUACAGCAUCG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). .(((((.(.(.((.((((.....))..)).)).).).))))). Energy of known structure: -12.69 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.720, Initial Energy: -12.70 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -12.70 ((((((....(((.((((.....))..))..)))...)))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -11.89 ((((((....(((...((.....))......)))...)))))) New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -11.66 ((((((....(((....(((......)))..)))...)))))) New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.99 ((((((...(.((.((((.....))..)).)).)...)))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -10.70 ((((((...(((...))).((.....)).........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -9.30 New CC F-measure-avg: 0.729, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=RFA_00764; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Y15937.2/6400-6358; ORGANISM=NULL CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -9.99 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -12.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -12.79 ..(((((((..((((.....)).)).))).))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.25 New CC F-measure-avg: 0.320, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=RFA_00766; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00164 Z66541.1/2368-2326; ORGANISM=NULL GGAAGCCGCGACCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUUCC .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))). ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) ((((((....(((.(..(((......))).))))...)))))) Energy of known structure: -11.29 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.615, Initial F-measure: 0.640, Initial Energy: -14.79 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -14.79 ((((((..(((....[[[........)))..]]]...)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -11.80 ((((((.(((....)))(((......)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -11.40 ((((((..(((((((.....)).)).)))........)))))) New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -11.25 New CC F-measure-avg: 0.468, New CC F-measure-best: 0.640, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=RFA_00804; TYPE=RNAIII; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00503 AF230358.1/4-492; ORGANISM=Staphylococcus aureus GAUCACAGAGAUGUGAUG .((((((....)))))). .((((((....)))))). .((((((....)))))). Energy of known structure: -6.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.00 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SPR_00004; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA0502; ORGANISM=NULL GGGCCCAUAGCUCAGUGGUAGAGUGCCUCCUUUGCAAGGAGGAUGCCCAGGGUUCGAAUCCCUGUGGGUCCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.40 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 0.952, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -31.50 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -31.50 ((((((((((....(.((((.....((((((.....)))))).))))).(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.35 (((((((((((((.......)))..(((((((...))))))).......(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -29.20 ((((.....)))).((((.......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))..)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -28.50 ((((((((((.......((((((.[[[[.)))))).....((....)).]]]]........)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.07 ((((.....))))....((((((......))))))..((.((((.(.(((((.......))))).).)))).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -27.75 ((((((...((((.......))))...((((((....))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -27.50 ((((.....)))).((((.......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..))))))))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -27.40 ((((.....))))..((((......((((((.....))))))...(((((((.......))))).))....)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -27.00 ((((((((((.......((((((......))))))..(((....(((...))).....))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.37 ((((.....))))..((((......(((((((...)))))))..((((((((.......)))..)))))..)))) New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -26.10 ((((((...((((..[[[[.)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))]]]] New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -25.86 ((((.....)))).((((....(((((((((.....)))))).))).(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.40 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00009; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA1661; ORGANISM=NULL GGGGGCAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCGCGCUCCCACCA ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....]]]]]...)))))).... Energy of known structure: -30.90 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -36.48 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -36.48 ((((((...((((........)))).(((((.[[[[[.))))).....]]]]].............)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -32.19 ((((((...((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -31.20 ((((((.((((...))))..(((.(.(((((.......))))).).)))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -31.05 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...............]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.99 ..((((...))))...((((((.((((.....(((..(((((.....)))))...)))....)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.82 ((((((..........(((((.....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....)))))...)))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -29.81 ((((((...((((...[[[[[))))............((((((...))))))......]]]]]...)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -29.59 ..((((...))))...((((((.((((..........(((((.....)))))..........)))).))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -29.01 ((((((...((..(((.(((......))))))..)).((((((...))))))..............)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -27.60 ..((((...))))...((((((....(((((.[[[[[.))))).....]]]]]..............))))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -27.59 ..((((...))))...((((((....(((((.......)))))......((((.......))))...))))))... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -26.60 ((((((....(((......))).((((..........((((((...))))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -26.51 ((((((.((((...))))..(((((....)))))...(((.((.((((........))))))))).)))))).... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -25.80 .((((((.........[[[[[[.[[[[.))))))...((((((...))))))..........]]]].]]]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.66 .((((...........[[[[[[....(((((.[[[[[.))))).....]]]]].....)))).....]]]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -25.46 ((((((...((((........))))............((((((...))))))..............)))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -25.30 New CC F-measure-avg: 0.427, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00012; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA7630; ORGANISM=NULL GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCACCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))).... (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} (((((....(((([[[[[[..))))....((((....{{{..))))..(((((.]]]]]])))))..))))).}}} Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.596, Initial Energy: -30.13 New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -30.13 ((((((((.((.......)).))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -28.65 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -27.40 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -27.05 ((((((((.............))))))))........(((..((.(..(((((.......)))))..).))..))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -26.16 ..((((.((.((....)).)))))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -25.20 (((((....((((........)))).(((((.......)))))........((((((....))))))))))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.20 ((((((((.((.......)).))))))))((((....[[[[.))))..(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -24.85 ((((((((.............))))))))........((((.(((...(((((.......)))))))).))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.56 (((((....(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))..))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -24.14 (((((....(((([[[[[[..))))(((.....))).{{{........(((((.]]]]]])))))..))))).}}} New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.87 ..((((.((((...))))...)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -23.75 ......((((......(((..((.(.(((((.......))))).)))..)))(((((....)))))....)))).. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -23.20 .........((((........)))).(((((.......))))).(((...(((((((....))))).))...))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.95 ((((((((.((.......)).))))))))........((((.......(((((.......)))))....))))... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -22.95 New CC F-measure-avg: 0.425, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00017; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RA9991; ORGANISM=HUMAN GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCGCAUUCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -28.80 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -29.90 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -29.90 (((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))..... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.40 .(((......)))...((((.(((..(((((.......))))).....(((((.......)))))...))).)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -25.35 (((((((..((((........)))).(((((...[[[[)))))..............]]]]....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.04 New CC F-measure-avg: 0.736, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00022; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD0260; ORGANISM=NULL GCGACCGGGGCUGGCUUGGUAAUGGUACUCCCCUGUCACGGGAGAGAAUGUGGGUUCAAAUCCCAUCGGUCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))..((((..((((....))))...))))..))))))).... Energy of known structure: -26.00 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -28.90 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -28.90 (((((((..(((.....))).......((((((......))).)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.90 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -27.40 ((((((((.(((.....))).......(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.20 (((((((.(((.((...((((....))))..)).)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.75 ((((((((((.................(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.60 ((((((((((...(((.......))).(((((.......))))).((((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.80 (((((((((((.((.................)).)))..((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.77 ..(((.((((...(((.......)))...)))).)))..((((..((((....))))...))))...((.....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.90 ...((((((.....))))))..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))...))..)))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -23.80 ((((((((.(((.....))).......(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -23.60 ((((((((.........((((....))))..........((((..((((....))))...)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.35 New CC F-measure-avg: 0.496, New CC F-measure-best: 0.829, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00027; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD2640; ORGANISM=NULL GGGAUUGUAGUUCAAUUGGUCAGAGCACCGCCCUGUCAAGGCGGAAGCUGCGGGUUCGAGCCCCGUCAGUCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). Energy of known structure: -27.70 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.372, Initial Energy: -29.37 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -29.37 (((((((..........(((..((((.((((........(((....)))))))))))..)))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -28.78 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.70 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -27.62 (((((((................(((.(((((.......)))))..)))..((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.21 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -27.07 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -26.60 (((...((.((((.........))))))..)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -25.40 (((.............((((......)))))))......(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -25.34 (((......((((.........))))....)))......(((((..((((.((((....))))...)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -25.32 (((((((..((((.........)))).....(((((...(((....))))))))............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -24.30 .((((....))))...((((......)))).........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -24.27 (((((((..((((.........)))).((((........(((....))))))).............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -23.69 (((......((((.........))))....)))......(((((.....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -23.65 ......((.((((.........))))))...........(((((..((((((((.......)))).)))).))))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -23.57 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00029; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4670; ORGANISM=NULL AAGAAACUAGUUAAACUAAUAACACUGGAUUGUCAGACCGGAGUAACUGGUAAACAAUCAGUGUUUCUUGCCA (((((((..((((......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... (((((((..((((......))))....((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -19.80 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.80 (((((((..((((......))))((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -18.50 .......((((...))))..(((((((.(((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.00 .......(((.....)))..((((((((.((((...(((((.....)))))..))))))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.70 (((((((((((...)))).....((((.(((((...(((((.....)))))..)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -17.60 (((((((((((...)))).........((((((...(((((.....)))))..))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.10 New CC F-measure-avg: 0.276, New CC F-measure-best: 0.524, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00030; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD4800; ORGANISM=NULL AAAAAAUUAGUUUAAUCAAAAACCUUAGUAUGUCAAACUAAAAAAAUUAGAUCAUCUAAUAUUUUUUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... .........((((......))))...............((((((((((((.....))))).)))))))... Energy of known structure: -3.60 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.562, Initial F-measure: 0.486, Initial Energy: -5.00 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -5.00 ......(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.263, New CC Energy: -4.45 ......(((((((.....................)))))))....(((((.....)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.303, New CC Energy: -4.29 (((((((.................(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -3.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))........... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -3.60 ......(((((((...........[[[[...[[[)))))))........]]]...]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.42 .....(((((..............(((((.......)))))..............)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -3.39 (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -3.30 .((((((((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -3.25 ((((((((((..............(((((.......)))))..............))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -3.19 (((((.(((((((...((...((....)).))..)))))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -3.05 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -3.00 .(((((...((((......)))).(((((.......)))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -2.90 .((((((((((((.....................)))))))....((((((...))))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.79 .((((((((((((...........[[[[...[[[)))))))........]]]...]]]]...))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.62 (((((.(((((((.....................)))))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.59 .....(((((..............))))).........(((((((((((((...)))))).)))))))... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -2.43 ......(((((((....[[[[[..[[[[......)))))))..............]]]]..]]]]]..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.42 .......((((((...((...((....)).))..))))))((((((((((.....)))..))))))).... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.150, New CC F-measure: 0.146, New CC Energy: -2.35 .................(((((..(((((.......)))))....((((((...)))))).)))))..... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -2.30 New CC F-measure-avg: 0.371, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00035; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RD7630; ORGANISM=NULL UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... ((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).)))))))).... Energy of known structure: -24.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.304, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -26.90 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.90 ((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -26.40 ((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -26.40 ((((((((.......((((........((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -25.49 ((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.24 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((......)))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -24.90 ((((((((.......(((((....(((((((.....)))).))))))))(((........))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -23.30 ((((((((...................((((.....))))........((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -23.30 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((......)))..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.24 ((((((((........((((.......((((.....))))....))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.10 ((((((((.......(((((......(((((.......))))).)))))(((........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.64 New CC F-measure-avg: 0.428, New CC F-measure-best: 0.632, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00050; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE2640; ORGANISM=NULL GCCCCUAUCGUCUAGUGGUUCAGGACAUCUCUCUUUCAAGGAGGCAGCGGGGAUUCGACUUCCCCUGGGGGUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.40 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.714, Initial Energy: -25.25 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -25.25 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -24.15 .((((....((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -22.95 (((((((..((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -22.55 .((((....((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -22.15 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -21.75 (((((((..((((..[[[[...))))...((((((...))))))....(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -20.53 ..((((...((((.(.....).))))...(((((.....)))))....(((((.......)))))..))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -20.35 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00053; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE5360; ORGANISM=NULL GUUCUUGUAGUUGAAUGACAACGAUGGUUUUUCAUAUCAUUAGUCAUGGUUAGAUUCCAUGUAAGAAUACCA (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} (((((((..(((([[[[[))))..{{{{........]]]]]...(((((.......))))))))))))}}}} Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 0.727, Initial ppv: 0.640, Initial F-measure: 0.681, Initial Energy: -16.94 New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -16.94 (((((((..(((([[[[[)))).((((.........]]]]].....[[[[......)))).)))))))]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -16.54 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]].........(((((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -15.99 (((((((..(((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))............)))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -15.74 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{...((((.]]]]]....))))..........)))))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -15.69 (((((((..((((.[[[[)))).........]]]].........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -14.19 ((((((((((((([[[[[))))..{{{{........]]]]].....(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -12.99 (((((((..((((.....)))).((((....((..(((((.....)))))..))..)))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -12.25 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]]...........(((.......))))))))))))}}}} New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -12.04 (((((((.......(((((...((((((.......)))))).)))))((.......))...))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -11.75 (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.70 (((((((((.....(((((...((((((.......)))))).)))))((.......)).))))))))).... New CC sens: 0.682, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -11.45 (((((((..((((.....)))).((((....)))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -11.30 (((((((......(((((.....[[[[....[[[[.)))))....]]]].......]]]].))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -11.26 (((((((..((((.....)))).((((........(((((.....)))))......)))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -11.14 (((((((..((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....)))))...........)))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -10.99 (((((((((((((.[[[[))))..{{{{...]]]](((((.....))))).........)))))))))}}}} New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -10.94 (((((((......(((((.....((((....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -10.70 (((((((......(((((.....[[[[.........))))).....{{{{......]]]].)))))))}}}} New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -10.52 .........(((([[[[[))))..((((........]]]]]...(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -10.52 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00055; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE7640; ORGANISM=NULL UCCGUUGUGGUCCAACGGCUAGGAUUCGUCGCUUUCACCGACGGGAGCGGGGUUCGACUCCCCGCAACGGAGCCA (((((((..((((........))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... ((((((((((...........(((.((((((((..(......)..)))))....))).))))))))))))).... Energy of known structure: -26.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -29.44 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -29.44 ((((((((((...........(((.(((((((((((......))))))))....))).))))))))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.25 .((((((.....))))))...((.(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......)). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -28.20 (((((((((((((........)))....((((((((......))))))))...........)))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -27.30 (((((((((((((........)))...((((......(((.(....))))....))))...)))))))))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -27.25 ...((((.....))))((((....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -27.00 (((((((((((((........)))(((((((.......)))))))...((((.....)))))))))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -26.70 .((((((.....))))))......(((((((.......))))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.60 .......((((((...........(((((((.......))))))).((((((.......))))))...)).)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.60 .((((((.....))))))............(((((..((....)).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -24.00 .(((((([[[[.))))))......(((((((.......))))))).((((((.......))))))......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.80 .((((((.....))))))......(((((........((....)).((((((.......)))))).))))).... New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -23.70 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00057; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8521; ORGANISM=NULL UCCGUCGUAGUCUAGGUGGUUAGGAUACUCGGCUCUCACCCGAGAGACCCGGGUUCGAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... ((((((((..((.....))...(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -29.20 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.20 ((((((((......((.(..(..((.(((((((((((....)))))..)))))))).)..))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.03 ((((((((..(((((....)))))......(((((..(((((.......)))))..)))))...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.70 ((((((((..............(((((((((((((((....)))))..))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.40 ((((((((......(((((...[[[[[[[[[[...)))))........]]]]]]....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -28.31 ((((((((..............((((((((((.((((......)))).))))))....))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.25 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))..))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 ((((((((..(((((....)))))..((((((.((((......)))).))))))..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -27.75 ((((((((..(((((....)))))..((((((.....(((((.......)))))))))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -26.70 ((((((((...(..((((.......))))..)(((((....)))))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.35 ((((((((.........((((.[[[[.(((((.......))))).)))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.19 ((((((((..(((((....)))))...(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -25.10 ((((((((.((((..............(((((.......))))))))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.79 ((((((((..(((((....)))))..(((((((((((....)))))........))))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.59 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.59 ((((((((......(((((.......[[[[[[...)))))........]]]]]]..........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -24.57 ((((((((......(((((...........[[[[[))))).....(((....))).]]]]]...)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.17 ((((((((.((((.(((((................)))))....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.03 ...(((.((..(.....)..)).)))(((((((((((....)))))..))))))..(.((.(((....))).))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.89 ((((((((.........((((.....[[[[[[.((((....)))))))).....]]]]]]....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -23.78 New CC F-measure-avg: 0.401, New CC F-measure-best: 0.762, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00058; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE8560; ORGANISM=NULL UCCGUUGUAGUCUAGUUGGUCAGGAUAUUCGGCUCUCACCCGAAAGACCCGGGUUCAAGUCCCGGCGACGGAACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.756, Initial Energy: -28.13 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -28.13 ((((((((.((((.........(((..[[[[[.)))...]]]]])))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.53 ((((((((.........((((.(((..[[[[[.)))...]]]]].))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.43 (((((((...............(((..[[[[[.)))...]]]]]....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -26.13 ((((((((..............(((..[[[[[.)))...]]]]].....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.93 ((((((((((((....[[[[..[[[[....))))...(((((.......)))))....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -23.93 (((((((..((((..((((...(((........)))...)))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -23.55 (((((((..((((...[[[[..(((..[[[[[.)))...]]]]]))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -23.39 ((((((((.((((.(.....).))))....((((...(((((.......)))))...))))...)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -23.25 ((((((((.((((..((((...(((........)))...)))).)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.95 ((((((((.........((((.[[[[.(((((.......))))).)))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.49 ((((((((.((((...[[[[..[[[[...........[[[[[..)))).]]]]]....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -22.48 ((((((((.((((...[[[[..[[[[.(((((.......)))))))))..........]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -22.43 ((((((((.........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -22.39 (((((((..((((.(.....).)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -22.25 ((((((((.((((...[[[[..[[[[[[[[[[............))))]]]]]]....]]]]..))))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -22.06 ((((((((.....((((((...[[[[..))))))...(((((.......)))))....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -22.05 ((((((((.((((((((((...[[[[..))))))...[[[[[..)))).]]]]]....]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -21.89 (((((((..((((..............(((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -21.59 ((((((((.((((...[[[[..(((..[[[[[.)))...]]]]])))).((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -21.56 New CC F-measure-avg: 0.592, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00061; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE9330; ORGANISM=NULL UCCCUGGUGGUCUAGUGGUUAGGAUUCGGCGCUCUCACCGCCGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUCAGGGAACCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... ((((.((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).)))).)))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.190, Initial ppv: 0.182, Initial F-measure: 0.186, Initial Energy: -29.65 New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -29.65 (((((((((((..((((............))))...))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -27.19 ((((.((((((..((((.(........).))))...)))))).....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -27.05 (((((((.((((..(((((.(((.........))).)))))...))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.80 (((((((((((...((.(........).))......))))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -26.07 (((((((.(((((........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -25.60 .(((.(((.((...(((((.(((.........))).))))).)).))).))).....(((((.....)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.10 (((((((((((..((((............))))...)))))))....(((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -24.69 ((((....(((((........)))))(((((.......))))).((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -24.40 ((((((((((....((.(........).))....))))))....((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.195, New CC Energy: -24.19 (((((((.((((..............(((((.......))))).))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.02 ((((..(((((.....(((.(((.........))).))))))))((((.(((......))).)))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -23.90 (((((((.((((..(((((.................)))))...))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.82 .....((((((..((((.(........).))))...))))))..((((.(((......))).))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.75 New CC F-measure-avg: 0.374, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00066; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1580; ORGANISM=NULL GCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -31.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -31.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -31.50 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -29.90 (((((((.((((((((((..........))))))).((((((.......)))))).......)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -29.59 (((((((.(((..((((((..((.(((((((.(....)))))).))))......))))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.74 (((((((..((((........)))).....((((.......))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((........))))...((((.............))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.21 (((((((....(((((((..........))))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -27.79 (((((((.((((((((((.((.....)))))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.20 (((((((.((((((((((..........)))))))..........(((((....)))))...)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.89 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -26.80 (((((((.(((..((((((.......(((((.......)))))...........))))))..)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.62 (((((((....(((((((.((.....))))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.50 (((((((....(((((((..........))))))).((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -26.19 (((((((..((((........)))).....((((..[[[[[))))..........]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.79 (((((((..((((........))))...........((((((.......))))))..........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -25.40 (((((((..((((........))))...((((....[[[[[....))))......]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -25.25 (((((((.((((((((((.((.....))))))))).(((((..............)))))..)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -25.23 New CC F-measure-avg: 0.520, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00067; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF1660; ORGANISM=NULL GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -32.80 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.955, Initial F-measure: 0.977, Initial Energy: -34.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -34.20 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).......{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -34.17 ((((((((.((((........))))..(((((((((.....(((......))))))))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -33.40 ((((((((.....((((((.((..((((((((.....)))))).))..))....))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -33.27 ((((((((.((((........)))).((((((.....))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -32.90 ((((((((.((((..[[[[..)))).(((((((...))))))).................]]]])))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -30.69 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -30.57 ((((((((.......((((.((..((((((((.....)))))).))..))..........)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -30.04 (((((((..((((........)))).((((........))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -29.70 ((((((((.((((..[[[[..)))).((((........))))........{{{{......]]]]))))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -29.57 ((((((((.....((((((.......(((((((...)))))))...........))))))....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.34 ((((((((.((((........)))).((((........)))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -28.40 New CC F-measure-avg: 0.691, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00070; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF2120; ORGANISM=NULL GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]].............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.40 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -32.26 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -32.26 (((((((..((((..[[[[[.)))).....]]]]]..........(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -28.96 (((((((..((((........)))).(((((.(....)))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((.[[[[[..)))).(((((.......)))))...]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -26.54 (((((((....((((((............)))))).............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -26.49 (((((((..((((.[[[[[[[)))).(((((.......))))).]]]]]]]((.......))...))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -25.82 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -25.10 (((((((..((((........))))...((((((................)))))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -25.08 (((((((..(((([[[[[[..)))).(((((.......))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -24.50 (((((((......((((((..((...(((((.(....))))))...))......)))))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.44 (((((((....((((((............))))))..........(((((....)))))......))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -23.19 New CC F-measure-avg: 0.693, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00080; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF6210; ORGANISM=BOS TAURUS GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... (((.(((..((((......)))).(((((.(....))))))....((((......))))))).))).... Energy of known structure: -12.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.950, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -12.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.950, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -12.50 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))............))))............. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -11.70 .........((((......)))).(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -11.00 .....(((.((((......)))).(((((.......)))))....((((......)))).....)))... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -10.90 ((((.....((((......)))).(((((.......)))))(((....)))..))))............. New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -9.70 ((((.(((.[[[[[.......)))(((((.......)))))...]]]]]....))))............. New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.278, New CC Energy: -9.65 ...(((...((((......)))).(((((.......)))))......))).................... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -9.60 (((.(((..((((......)))).(((((.......)))))(((....)))........))).))).... New CC sens: 0.789, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -9.10 (((((......)))))........(((((.......)))))....((((......))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -9.00 New CC F-measure-avg: 0.647, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00084; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RF7631; ORGANISM=NULL GCGGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAGUUCGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... ((((((.....((((((.((......)).))))))...((((..((((........))))..)))))))))).... Energy of known structure: -23.80 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.279, Initial Energy: -25.50 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -25.50 ((((((((.((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]].............)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -25.13 ((((((((.((((.[[[[[[.)))).(((((.......)))))..........]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -25.01 ((((((((...((((((....[[[[[[..)))))).((((....))))..]]]]]]........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -25.00 ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -24.40 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...............]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.26 ((((((((...((((((.((......)).)))))).((((.(((.(.....).)))))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.75 ((((((...((((...[[[[[)))).(((((.......)))))...]]]]]...............)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -23.53 ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).((((........))))....)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.50 ((((((.....((((((.((......)).)))))).((((....))))(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.45 ((((((...((((.[[[[[[.)))).(((((.......)))))..........]]]]]].......)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.41 ((((((((........((((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -23.25 ((((((((......((.(((.((((((..((((..(....)...))))..))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.19 ((((((...((((...[[[[.)))).(((((.......)))))...............]]]]....)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -22.66 ((((((((...((((((.((......)).)))))).....((((..............))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.58 ((((((.....((((((....[[[[[[..)))))).((((....))))..]]]]]]..........)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -22.50 ((((((((.((((........))))....((((.......[[[[))))..........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.12 ((((((((...((((((.((......)).)))))).........((((........))))....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.05 ((((((((.((((.[[[[[[.))))....((((...........)))).....]]]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.70 ((((((...((((........)))).(((((.......))))).((((........))))......)))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -21.20 New CC F-measure-avg: 0.548, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00108; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG0503; ORGANISM=NULL GCACCGGUGGUCUAAUGGUAAGACAUUGGCCUUCCAAGCCAAUUAUCUGGGUUCGAUUCCCAGCCGGUGCACCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((.((((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -27.30 Initial sens: 0.545, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -29.20 New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.20 (((((((.((((.((((......))))))))...............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -28.80 ((((((((((.((((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -28.30 ((((((((((((.((((......)))))))).((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 ((((((((((..............((((((..[[[[.))))))....]]]]........)).)))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -27.70 (((((((.((((...[[[[........))))......]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.69 (((((((((((((((((......))))))........)))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.49 ((((((((.((((.......))))((((((..[[[[.))))))....]]]]...........)))))))).... New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -27.40 (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.30 ((((((((((((...[[[[........))))......]]]]......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -27.09 ((((((((.((((.......))))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.955, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -26.80 ((((((((((.((((((......))))))...((.((.(((......))).)).))...)).)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -26.50 (((((((....((((((......)))))).................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.60 ((((((((...((((((......))))))...((.((.(((......))).)).))......)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -25.50 ((((((((((.....((((.............[[[[.))))......]]]]........)).)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.41 ((((((((((.((((((......)))))))).((((...........))))...........)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.29 (((((((........((((......((((....)))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -25.20 (((((((((((((((((......))))))...[[[[.))))......]]]]............))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -25.12 ((((((((((((.((((......)))))))).((((...........))))...........)))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -24.89 ((((((((.......((((......((((....))))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.70 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00113; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RG1380; ORGANISM=NULL GCGGGAGUAUUUCAACUUUUAGAAUACGUUCCUUCCCGGAACGAGAUAUAGGUGCAAAUCCUAUCUUCCGCUCCA (((((((...(((........)))..(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... (((((((...................((((((.....))))))....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -19.70 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.895, Initial Energy: -22.80 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -22.80 ...(((((..................((((((.....)))))).((.(((((.......)))))..)).))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -19.95 ...(((((..................((((((.....))))))....(((((.......))))).....))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -19.40 New CC F-measure-avg: 0.659, New CC F-measure-best: 0.895, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=SPR_00143; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7630; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAACAUUGUGGCUGUUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGGUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... .((((((.((((((((((............)))))).)))).......(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -18.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.524, Initial F-measure: 0.524, Initial Energy: -20.39 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -20.39 .((((((.............((((.((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -19.90 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -19.40 .((((((((..(((((((............)))))))...((((((.(....))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -19.29 .((((((....(((((((............)))))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -18.99 .((((((((...........((((.((((....))))))))(((((.(....))))))......)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -18.60 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -18.20 .((((((((........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.00 .((((((.....(((((........((((....)))))))))......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.89 .((((((((................((((....))))...((((((.......)))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -17.20 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -17.20 .((((((..........(((((((.((((....))))))).....))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -17.10 .((((((((.(..(((.(((((((.((((....)))))))).....))))))...)........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -17.07 .((((((.((((...(((.......))).........)))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -16.51 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -16.41 .((((((.((((.............((((....)))))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -16.37 New CC F-measure-avg: 0.542, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00144; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH7631; ORGANISM=NULL GGCCAUCUUAGUAUAGUGGUUAGUACACAUCGUUGUGGCCGAUGAAACCCUGGUUCGAUUCUAGGAGAUGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... .((((((........(((.......))).((((((....))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -20.80 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.550, Initial F-measure: 0.537, Initial Energy: -21.80 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -21.80 .((((((...((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -21.40 .((((((((......(((.......))).((((((....))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -19.80 .((((((..................((((....))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.611, New CC Energy: -19.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -19.20 .((((((.........((((((.............)))))).......(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -18.51 .((((((((.((((........))))..((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -18.20 .((((((((................((((....)))).....((((.(....))))).......)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -18.10 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -17.99 .((((((....(((((((((........)))))))))...........(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.90 .((((((((........((((....((((....))))........))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.81 .((((((((........((((........((((((....))))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -17.79 .((((((((.......((((((......[[[[...)))))).........{{{{.]]]].....))))))))}}}} New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -17.76 .((((((((......(((.......)))........(((((.........))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.378, New CC Energy: -17.60 .((((((((......(((.......)))((((....(((((.........))))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -17.60 .((((((((.......((((((......[[[[...))))))....(((....)))]]]].....)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -17.58 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00147; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RH9460; ORGANISM=NULL GGCCGUGAUCGUAUAGUGGUUAGUACUCUGCGUUGUGGCCGCAGCAACCUCGGUUCGAAUCCGAGUCACGGCACCA .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... .(((((((.......(((((((..((.....))..)))))))......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.10 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -27.75 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -27.75 .((((((((......(((((((..((.....))..))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -26.05 .(((((((.......(((((((.............)))))))......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -25.41 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((....)))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.40 .(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.10 (((((..(.((((.((((.....)))).)))))..)))))........(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -24.70 .((((((((((....(((((((..((.....))..))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -24.65 .((((((((......(((((((.............))))))).......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -23.71 .((((((((.(((.((((.....)))).)))(((((....)))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.60 .((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -23.30 .((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.29 .(((((((..(((.((((.....)))).)))(((((.......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.90 (((((((((.(((.((((.....)))).))))))))))))...((...(((((.......))))).....)).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -22.49 .((((((((((....(((((((.............))))))).(.(((....)))).....)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -22.31 New CC F-measure-avg: 0.546, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00157; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI1660; ORGANISM=NULL AGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... (((((((.......(((((((.((((.(((((((.((....)).)))..)))))))).)).)))))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.259, Initial F-measure: 0.292, Initial Energy: -28.69 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -28.69 (((((((.......(((((...((((.(((((((.((....)).)))..))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -28.48 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).......{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -27.40 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.30 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((((.((....)).)))..))))........]]]]]))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -25.79 .((((...))))((((.(((........))))))).....(((.((((((((((.......)))))..)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.40 (((((((..((((.[[[[[...))))....((((....)))).........{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.00 (((((((..((((.[[[[[...)))).(((((.......))))).................]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.59 (((((((..((((.........))))....((((....)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.40 .(((.....)))..(((((...((.(.(((((.......))))).).)).((((.......))))......))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -23.95 ..((((.(((((.....))))))))).(((((.......)))))((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.80 ..((((.(((((.....)))))))))....((((....))))..((((((((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.40 (((((((..((((.[[[[[...)))).....(((.((....)).)))....{{{{......]]]]])))))))}}}} New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -23.10 (((((((..((((.........)))).(((((((.((....)).)))..)))).............))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.10 (((((((.......(((((........(((((((.((....)).)))..))))........)))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.09 New CC F-measure-avg: 0.499, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00164; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI4310; ORGANISM=NULL GGGCUUAUAGUUUAAUUGGUUGAAACGUACCGCUCAUAACGGUGAUAUUGUAGGUUCGAGCCCUACUAAGCCUACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... ((((((((((.......((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))))).))))))).... Energy of known structure: -16.90 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.311, Initial Energy: -19.38 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -19.38 ((((((((((.......((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -18.49 ((((((((((.......(((((((.(.(((...((((....))))....))).)))).))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -17.98 (((((((....................(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.895, New CC Energy: -17.40 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.90 (((((((..........((((..(((.(((...((((....))))....))).)))..))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -16.68 (((((((..........((((..(((.(((((((......)))).....))).)))..))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -15.79 (((((((.........((((........)))).((((....))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -15.60 ((((((((((.................(((((.......)))))........(((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -15.60 New CC F-measure-avg: 0.521, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00169; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RI7630; ORGANISM=NULL GGUCUCUUGGCCCAGUUGGUUAAGGCACCGUGCUAAUAACGCGGGGAUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGAGACCACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...(((((.(((........)))))))).))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.417, Initial F-measure: 0.455, Initial Energy: -31.57 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -31.57 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]...((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -30.28 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]......((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -30.07 (((.((((((((.....)))))))).)))..((.......)).((((((...[[[[.))))))......]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.14 (((((((.(((...((((((...(....)..))))))......((((((........)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -28.05 (((((((..((...((((((...(....)..))))))...)).((((((........))))))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -27.90 (((((((..(((..[[[[[[...)))(((((]]]]]]......[[[[[[.)))))..]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -27.43 ((((((((((((.....))))).((((...))))......(((((.(((........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.80 (((((((..(((..[[[[[[...)))(((((]]]]]]...[[[[[[....)))))....]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -26.69 (((((((...(((.((((.....(((.....)))..))))..)))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.54 (((((((.(((.....((((......))))((((.........[[[[[[))))....]]]]]])))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.52 (((((((..(((...........)))....((((.........[[[[[[))))....]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 ((((((((((((.....)))))........((((.........[[[[[[))))....]]]]]]...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.11 ((((((((((((.....)))))....(((((.........[[[[[[....)))))....]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -26.05 ((((((((((((.....))))).....(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).(((.....)))......((((((.............)))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -25.81 (((((((..(((..[[[[[[...))).....]]]]]]............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -25.77 (((((((.(((...(((......))).(((((.......)))))(((((........))))).)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.70 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.59 (((((((.(((.....((((......)))).((.......)).((((((........)))))))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.50 New CC F-measure-avg: 0.453, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00176; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1140; ORGANISM=NULL GUCUGAUUAGCGCAACUGGCAGAGCAACUGACUCUUAAUCAGUGGGUUGUGGGUUCGAUUCCCACAUCAGGCACCA (((((((..((.(........).)).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... ((((((..(((.((.((((.(((((....).))))...)))))).)))(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -19.00 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -25.00 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -25.00 ((((((...((.((.((((.(((((....).))))...)))))).))((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -24.50 ((((((..............((((..[[[[[))))...]]]]]....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -24.06 ((((((....(((((((...((((..[[[[[))))...]]]]].)))))))((........))...)))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.26 ((((((........(((((.(((((....).))))...)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.80 (((((((.......(((((.(((((....).))))...))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.70 ((((((...((((.....))...)).(((((.......)))))....((((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.878, New CC Energy: -20.10 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 0.878, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00186; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4811; ORGANISM=NULL UCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCACGAGAUUCUUAAUCUCGGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGAGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))..))))))).... Energy of known structure: -26.70 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.652, Initial F-measure: 0.682, Initial Energy: -29.40 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -29.40 (((((((..((((........)))).(((((((...)))))))((((((......))).)))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -27.50 ....((((.((((........)))).((((((.....))))))....((((((.......)))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((........)))).(((((((...))))))).......((((....))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((........))))..(((((.....)))))(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -26.19 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.596, New CC Energy: -25.85 ..((((((.....))))))..((.(.((((((.....)))))).).))..((.(((.(((.....))).))).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -25.55 ....((((.((((........))))..(((((.....)))))(((((((......))).))))........)))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -25.40 ..((((((.....)))))).......(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.10 ...(((((.((((........)))).(((((((...))))))).))))).((.(((.(((.....))).))).)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -25.00 .(((.....((((........)))).((((((.....))))))))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((........((.(.((((((.....)))))).).))........)))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -24.14 ((((((((.((((........)))).((((((.....)))))).))))).))).......((((...))))..... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -24.10 ..((((((.[[[[))))))..]]]].(((((((...)))))))....((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -23.95 ..((((((.[[[[))))))..]]]]......((((((((...(((((((......))).))))..))))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -23.90 .((((....((((........)))).(((((((...)))))))......))))...(.(((((.....))).))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.70 ....((((.(((((..(....((.(.((((((.....)))))).).))...)..).))))((((...)))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.58 New CC F-measure-avg: 0.517, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00216; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1141; ORGANISM=NULL CCCCAAGUGGCGGAAUAGGUAGACGCAUUGGACUUAAAAUCCAACGGGCUUAAUAUCCUGUGCCGGUUCAAGUCCGGCCUUGGGGACCA (((((((..(((...........))).(((((.......))))).................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.(((...((.(.(.(((((.......))))).).)))...))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -25.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.607, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -31.10 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -31.10 (((((((..(((...........))).((((((((........(((((........)))))........)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -28.84 (((((((..(((...........))).((((((((.......(((.(((............))).))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -28.07 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).(((.......)))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -27.89 (((((((.......(((((.((.(.(.(((((.......))))).).)))......)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -27.64 (((((((..(((...........)))..((((.......))))(((((........)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -27.59 (((((((...((((...((((......(((((.......))))).(((.......)))..))))........))))..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.60 (((((((..((((.(((..........(((((.......))))).........))).))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -26.31 (((((((.......(((((........(((((.......)))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -25.36 (((((((...((((..........((((((((.......))))..(((.......))).)))).........))))..))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -25.21 (((((((.......(((((........(((((.......)))))[[[[[[[.....)))))........]]]]]]]..))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -25.17 (((((((..........((((......[[[[[[[[..........(((.......)))..)))).....]]]]]]]].))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.15 New CC F-measure-avg: 0.642, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SPR_00223; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2020; ORGANISM=NULL GCCUUUGUAGCGGAAUGGUAACGCGGCAGACUCAAAAUCUGCUUUGGUAACCCAGGUGGUAGUUCGACUCUCCCCAAAGGCACCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))..............((.((.......)).))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... (((((((..(.(((..(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.(.....).))).))))))))))).... Energy of known structure: -17.85 Initial sens: 0.650, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.565, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -24.10 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -22.95 (((((((..(.(((..(((.....((((((.......))))))......)))..(((.(.....).))).))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -21.80 (((((((..(.(((.......((.((((((.......)))))).))...(((.....)))..........))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -21.60 (((((((.........(((.....((((((.......))))))......)))..((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -20.65 (((((((..(.(((..........((((((.......))))))((((..(((.....)))...))))...))))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -20.50 (((((((..............((.((((((.......)))))).))........((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -20.30 (((((((..(((.........)))..............(((((((((....))))..)))))............))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -20.20 (((((((..(((.........))).(((((.......)))))(((((....))))).((.((.....))..)).))))))).... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -19.90 (((((((..(((.........)))((((((.......)))))).(((....)))((..(.((.....)))..))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.70 (((((((.........(((..((.((((((.......)))))).))...)))..(((.........))).....))))))).... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -19.45 New CC F-measure-avg: 0.619, New CC F-measure-best: 0.727, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00229; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL2842; ORGANISM=NULL GCCGCUAUGGUGAAAUUGGUAGACACGCUGCUCUUAGGAAGCAGUGCUAGAGCAUCUCGGUUCGAGUCCGAGUAGCGGCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..........(((((.......)))))))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... ((((((((...((............((((((((....).)))))))...((((......))))...))...)))))))).... Energy of known structure: -24.09 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.591, Initial F-measure: 0.605, Initial Energy: -28.45 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -28.45 ((((((((.............(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -27.50 ((((((((.................(((((((.......)))))))...((((......))))........)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -27.10 ((((((((..........((.....((((((((....).))))))).....))..((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -26.20 ((((((((.................(((((((.......))))))).........((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -25.60 ((((((((.........(((((.....)))))....(((....((((....))))((((...)))))))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -25.30 ((((((((.......((((((......((((((....).)))))))))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -25.30 ((((((((.(((...........)))..((((((..............))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -24.22 ((((((((.......((((((......((((((....).))))))))))).....((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -24.20 ((((...)))).....((((.(.(.((((((((...(((....((((....))))((((...))))))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.90 ((((((((........[[[[.(((.((((((((....).)))))))...((((......))))..)))...))))))))]]]] New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -23.87 (((.....))).....((((.....((((((((...(((....((((....))))((((...)))))))))))))))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.59 ((((((((.((......(((((.....)))))........)).((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.49 ((((((((.........(((((.....)))))...........((((....)))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.40 ((((((((.(((...........)))...((((....(((.((((((....))).)).).)))))))....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.24 ((((((((.(((...........)))..((((((..............)))))).((((...)))).....)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.02 (((.....))).....((((.....(((((((.......))))))).....((..(((((.......)))))..))...)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.90 New CC F-measure-avg: 0.490, New CC F-measure-best: 0.711, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00242; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL5280; ORGANISM=NULL ACUUUUAUAGGAUAGAAGUAAUCCAUUGGUCUUAGGAACCAAAAACCUUGGUGCAACUCCAAAUAAAAGUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))).))))))).... (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]]((((((...}}}........)))))) Energy of known structure: -12.30 Initial sens: 0.250, Initial ppv: 0.200, Initial F-measure: 0.222, Initial Energy: -22.07 New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -22.07 (((((((([[[))))))))...((((((((....{{{)))))...]]])))......}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -19.04 (((((((([[[))))))))..(((.{{{{.....)))........]]]((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.44 (((((((((((...........[[[.{{{{....{{{........)))]]]......}}}..))))))))}}}} New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -15.10 ((((((((.((((.......)))).((((........(((((.....)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -14.74 ((((((((.((((.......)))).(((((....[[[)))))...............]]]..)))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -14.72 ((((((((.((((.......))))..........((((((((.....))))).....)))..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -14.60 ((((((((...))))))))......(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -14.30 (((((((([[[))))))))......(((((....{{{)))))...]]].........}}}.............. New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -13.85 .........((((.......)))).(((((....[[[)))))......((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.474, New CC Energy: -13.80 ........(((..(((.....[[[.{{{{)))..]]]........)))((((((....}}}}......)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.69 (((((((([[[))))))))...............(((........]]][[[[[[...)))........]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.61 ((((((((.((((.......))))...(((....[[[.......)))..........]]]..)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -13.04 (((((((([[[))))))))......((((................]]][[[[[[....))))......]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.01 ((((((((.(((.....(((..(((..(((.((.(....).)).))).))))))...)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -12.80 ((((((((...))))))))......((((((....).)))))......((((((..............)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -12.73 ((((((((.((((.......)))).............(((((.....)))))..........)))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -12.50 ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -12.50 ((((((((...))))))))..(((...[[[....))).......]]].((((((..............)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.18 ((((((((...))))))))........(((....[[[.......))).((((((...]]]........)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.11 New CC F-measure-avg: 0.319, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 17, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00253; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7661; ORGANISM=NULL GGUUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCAUGGUUAAGGUCCAUGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAAUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.((((((.......)))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.481, Initial F-measure: 0.542, Initial Energy: -29.45 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -29.45 (((((((.((((....))))....(((...((((..((..(.((((((....)))))).)..))..)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -29.45 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -28.10 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))...(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -27.74 .(((((..((((....))))..))).)).((((.....(((..(((((....)))))(((((.......))))).)))...)))) New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -27.74 (((((((.((((....))))....(((...((((........((((((....))))))........)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.45 (((((((((((((.(((........))).))))))........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -27.25 (((((((.((((....))))....(((...((((..(..((.((((((....)))))).).)..).)))).)))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -27.19 (((((((....((((...((.((..(((.(((.......))).(((((....))))))))..)).))..)))).))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -27.15 (((((((.((((....))))......((((((.......)))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -26.75 .......((((((.(((........))).)))))).(((((..(((((....)))))(((((.......))))).)))....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -26.25 (((......)))..(((((.......((((((.......))))))(((....))).((((((.......))))))...))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 ...(((..((((....))))..))).((((((.......))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.05 (((((..((((((.(((........))).)))))).......((((((....)))))).......)))))....((......)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.95 (((((((.((((..(((((.....)).)))......))))..((((((....))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -25.94 (((......)))...((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.86 (((((((.......((((......[[[[.{{{{..{{{{))))..(((....)))]]]]........}}}}...)))))))}}}} New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -25.83 (((((...((((....)))).....(((.(((.......))).(((((....)))))))).....)))))....((......)). New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.136, New CC F-measure: 0.140, New CC Energy: -25.80 (((((((.((((....))))..........((((........((((((....))))))........))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -25.65 (((......)))..(((((......(((..((((..((..(.((((((....)))))).)..))..))))..)))...))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.57 New CC F-measure-avg: 0.347, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00254; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL7662; ORGANISM=NULL GGCUCUCUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUAGGGUAAGGUCCUAGUCUCUUCGGAGGCGCGAGUUCGAACCUCGCGGGAGUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... (((((((.((((....)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..))))))).... Energy of known structure: -23.99 Initial sens: 0.619, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.531, Initial Energy: -34.85 New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -34.85 (((((((.((((....))))......(((((((.....)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -33.50 (((((((.((((....))))......(((((((.....))))))).......((((..((....))..))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -32.15 (((((((.((((....))))........(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -31.50 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -30.45 ((((....))))...((((.......(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -30.40 (((((((...(((((........((.(((((((.....))))))).)))))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -30.29 ((((....))))(.((((.((.....(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))..))))))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -30.10 .((.((..((((....))))..))))(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......))))))((.....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -29.65 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))((((((..((....))..)))).))......)))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -29.55 (((((((..(((.((((........))))..))).((((....(((((....))))).((....)).))))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -28.95 ((((....))))...((((..((((.(((((((.....))))))).))))......((((((.......))))))......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.90 .((.((..((((....))))..))))..(((((.....)))))(((((....)))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -28.85 ........((((....))))...(((.((((((.....)))))).(((....))).((((((.......))))))...))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -28.80 (((((((...(((((...........(((((((.....)))))))...)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -28.49 ((((....))))..............(((((((.....)))))))(((....))).((((((.......)))))).......... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -28.40 ((((....))))......(((((((.(((((((.....))))))).)))).)))..((((((.......))))))((.....)). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -28.20 (((((((.....))).)))).((((.(((((((.....))))))).))))..((((..((....))..))))..((......)). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -28.15 (((((((.((((....))))..........((((.((.((...(((((....)))))..)).))...))))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -27.90 New CC F-measure-avg: 0.499, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 14, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00260; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL8720; ORGANISM=NULL GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCCAGACUUAAGUUCUGGUCCUCUAAGGAGGGCGUGGGUUCAAAUCCCACUUCUGACACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))..............(((((.......)))))))))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((..((((....))))......(((((((....).))))))((((....))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -30.50 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -30.50 (((((((.((((....))))........(((((....).))))((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.70 (((((((.(((((...(((((...[[[[[))))).......)))))(((....)))]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -27.14 ........((((....))))...((.(.((((...........((((((....))))))(((((.......))))).)))).).)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -26.90 (((((((.((((....))))((((........)))).......((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -26.70 (((((((.........(((((........))))).........((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -26.10 (((((((........((((.......)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.50 (((((((((((...............)))).............((((((....))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -25.35 (((((((.((((....)))).......((((((....).)))))((((...))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -25.10 (((((((.........(((((...[[[[[)))))..........(((.....))).]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -24.91 New CC F-measure-avg: 0.538, New CC F-measure-best: 0.723, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00263; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL9200; ORGANISM=NULL GGAGAGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCCCUUCGGGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUCUCUUCACCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -23.49 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.226, Initial F-measure: 0.269, Initial Energy: -37.10 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.226, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -37.10 (((((((.((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.......((.(((.......))).)).(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -35.40 ((((((((((.(((((.((((.((((....)))).))))....(((((....)))))....)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -35.30 ((((((((((...((((........))))(((((..(((.((((((((....))))).)))))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -32.92 ((((((((((((.((((........)))))).........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -32.90 (((((((.((((....))))......((((((.......))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.80 ((((((..((((....))))...((.(((.......))).)).(((((....)))))..(((.......))).))))))...... New CC sens: 0.143, New CC ppv: 0.130, New CC F-measure: 0.136, New CC Energy: -32.70 ((((((((((.......((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -32.60 (((((((....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).))))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -32.31 (((((((.((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -32.30 (((((((.(((((.(((........))))))))..........(((((....)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -32.30 ((((((((((...((((........))))...........((((((((....))))).))).........))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -31.70 (((((((.(((((.(((........)))))))).......((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -31.60 (((((((......((((........))))((.((..(((.((((((((....))))).))))))..)).))...))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -31.40 ((((((.....(((((.((((.((((....)))).)))).((((((((....))))).)))))))).......))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.16 (((((((.((((....))))....((.((......)))).((((((((....))))).))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -31.10 ((((((..(((((.(((........))))))))...((..((((((((....))))).)))..))........))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.10 ((((((((((.(((((..........((((((.......))))))(((....)))......)))))....))).))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -31.00 ((((((..((((.((((........)))))))).......((((((((....))))).)))............))))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.00 New CC F-measure-avg: 0.307, New CC F-measure-best: 0.783, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00277; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM2560; ORGANISM=NULL GCCUGCUUAGCUCAGUUGGCCAGAGCAUCCGUUUCAUACGCGGAAAGUCACUAGUUCGAAUCUAGUAGCAGGCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -25.80 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -25.80 (((((((..((((...[[[[..)))).(((((.......)))))..]]]]((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -24.63 (((((((..((((.........))))..............((((.....[[[[[))))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -22.58 (((((((..(((.....))).......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -21.90 New CC F-measure-avg: 0.869, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00278; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA ACCUACUUAACUCAGCGGUUAGAGUAUUGCUUUCAUACGGCGGGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.((.((.((((.....))))...)).))..)))).(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -15.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -20.90 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.90 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -17.80 (((((((..((((.[[.[[..))))...........]].]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -17.23 (((((((..((((........)))).............(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -17.00 (((((((..((((........))))...(((..(.......)..))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -16.99 (((((((..((((........))))...((((((.......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -16.80 New CC F-measure-avg: 0.685, New CC F-measure-best: 0.780, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00280; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM4400; ORGANISM=NULL ACCUACUUGACUCAGCGGUUAGAGUAUCGCUUUCAUACGGCGAGAGUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAGUAGGUACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... (((((((.(((((.((.((.((((.....))))...)).))..))))).((((.......)))).))))))).... Energy of known structure: -18.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -23.80 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -23.80 (((((((((((((((((((......))))))............))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.56 (((((((.(((((((((((......))))))............)))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -20.56 (((((((......((((((......)))))).......(((....))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -20.30 (((((((((((((.............(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -19.77 New CC F-measure-avg: 0.563, New CC F-measure-best: 0.744, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SPR_00290; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN0380; ORGANISM=NULL GCCGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGUGGUUGUUACCCACGUUGUCCCAGGUUCGGACCCUGGUGGCGGCGAAC (((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -31.60 Initial sens: 0.909, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -32.20 New CC sens: 0.909, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -32.20 ((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))....)))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -31.50 ((.(((((.((((........))))..))))).))......((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.00 ((((((...((((........))))((((((.......)))))).((((.......))))......)))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))..((((.......))))..)))))))....... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -28.00 (((((....((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -27.90 ..((((...((((........)))).(((((.......)))))..((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -27.80 ((((((((((.......(((.((((((((((.......))))))........))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -27.68 ...(((((.((((........))))..))))).........((((((((((((.......))))).)))))))... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -27.65 (((((((((((((........))).((((((.......)))))).((((.......)))).)).)))))))).... New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -26.70 New CC F-measure-avg: 0.606, New CC F-measure-best: 0.952, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00300; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RN8560; ORGANISM=NULL GCCUCAGUAGCUCAGUGGUUAGAGCGGUCGGCUGUUAACCGAUAGGUCGUAGGUUCGAGCCCUACUUGGGGCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... ((((((((((......((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).)))))))).)))))).... Energy of known structure: -24.50 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.255, Initial Energy: -26.25 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -26.25 ((((((((((.....((((((((((.....))).)))))))...(.(((......))).).)))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -25.95 ((((((((((......((((.((((...(((((...........)))))...)))).)))))))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -25.84 (((((((..(((...((((((((((.....))).)))))))...))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -25.20 ((((((((((.....(((((((.......[[[[.)))))))................]]]])))).)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.55 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.50 ((((..(..(((...((((((((((.....))).)))))))...)))..)))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.80 (((((((........((((((((((.....))).))))))).(((((((......)))..)))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -23.70 (((((((........((((((((((.....))).))))))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -23.50 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))....(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -23.00 ((((((((((......((((.((((.(((((.......))))).........)))).)))))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.95 (((....(((((....)))))...[[[[.))).....]]]]..........(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.14 ((((.....((((........)))).(((((.......))))).......))))....(((((....))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.10 (((((((........(((((((.......[[[[.)))))))................]]]]....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -21.86 (((((((((((((........)))..(((((.......))))).(.(((......))).).)))).)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -21.85 (((......((((........))))....))).....(((....)))....(((....(((((....)))))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -21.85 (((((((.........((((.((((...((((((((....)))).))))...)))).))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -21.37 (((((((..((((..((((((((((.....))).)))))))...............)))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.32 ((((.....((((........)))).(((((.......)))))))))...........(((((....))))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -21.30 (((((((..((((........))))...((((((((....)))).))))..(((....)))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.20 New CC F-measure-avg: 0.385, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00307; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0181; ORGANISM=NULL GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUUGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))..))))).. Energy of known structure: -27.60 Initial sens: 0.286, Initial ppv: 0.261, Initial F-measure: 0.273, Initial Energy: -31.30 New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -31.30 ((((....))))..(((((....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))....))))).. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -30.10 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))((((.(((......))).))))....)))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -29.90 ((((((((......((((.....(((((((.......))))))).))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.80 ((((....))))..((((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -28.70 ((((((((......(((((.((((((((((.......))))))).........))).))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -28.46 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -28.20 ((((((((((....((((......))))..((((((..(....)..))))))........)).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.45 ((((((((((.....(((.....(((((((.......)))))))..)))...........)).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -26.24 ((((((((((....((((.....(((((((.......))))))).))))...........)).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -26.12 ((((((((......((((......))))..((((((..(....)..))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.45 ((((((((......(((((....(((((((.......))))))).............))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -25.17 ((((((((......(((((..(((((((((.......)))))).)))..........))))).)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -25.10 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00309; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP0260; ORGANISM=NULL CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... ((((..((((((.....))))))....((((((.....))))))....((((((.......))))))..)))).... Energy of known structure: -21.80 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.636, Initial F-measure: 0.651, Initial Energy: -26.00 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -26.00 ((((((((((((.....))))).....(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -23.70 ((((.....((((.........)))).(((((((...)))))))....((((((.......))))))..)))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -22.90 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -22.30 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).((((((.......))))))..(....).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.00 ..((..((((((.....))))))....((((((.....)))))).)).....((((....(((......))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......))))))......))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.30 ......((((((.....))))))....(((((((...))))))).(((((((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.00 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00313; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1140; ORGANISM=NULL CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCAUUCGGUUUGGGACCGAAGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((..[[[[[[.))))............]]]]]].....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.727, Initial F-measure: 0.744, Initial Energy: -29.76 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -29.76 (((((((.(((((.((((....)))).(((((((...)))))))))))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -28.70 (((((((..((((.[[[[[[..))))......((((.((((....)))).)))).]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.25 (((((((..((((.........)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.913, New CC F-measure: 0.955, New CC Energy: -27.60 (((((((..((((.........))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -27.30 (((((((.(((((..((((((.((((.....))))...)))))))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -26.20 (((((((..((((.[[[[[[..))))...........((((....))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -25.35 (((((((..((((.........))))....(((((((((((....)))......))))))))....))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -24.60 (((((((.......((((....)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.739, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -24.40 (((((((.(((((.[[[[[[.......(((((((...))))))))))))......]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -24.39 (((((((.......((((....))))...........((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -24.10 (((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((((...)))))))...........]]]]]].....))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -23.85 (((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((((...))))))).....(((((.]]]]]])))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -23.10 (((((((.......((((((..((((.....))))..((((....))))......)))))).....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -23.01 (((((((..((((.........))))..((((((...))))))(((((...........)))))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -22.99 New CC F-measure-avg: 0.641, New CC F-measure-best: 0.955, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_00324; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP7650; ORGANISM=NULL GGCCGCGUGGUCUAGUGGUAUGAUACUCGCUUUGGGUGUGAGUGGUCCAGGGUUCAAUUCCCUGCUCGGCCCCCA (((((.(..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... (((((.(..(.....(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))))..).))))).... Energy of known structure: -21.50 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.600, Initial F-measure: 0.600, Initial Energy: -26.74 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -26.74 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.)))))))...(((((.......)))))...]]]]}}}} New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.46 .(((((........))))).....((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -24.50 (((((..................(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.941, New CC F-measure: 0.865, New CC Energy: -24.30 .(((((........)))))..............(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.65 ((((....)))).(((((((...))).))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.15 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))...(((((.......))))).......]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.14 (((((..........(((.....(((((((.......)))))))..)))(((......))).....))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -22.89 .(((((........)))))....(((((((...[[[[)))))))...(((((.......)))))....]]]]... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.77 .(((((..[[[[..)))))....(((((((..{{{{.))))))).....(((......)))......]]]]}}}} New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -22.76 .(((((........)))))....(((((((..[[[[.)))))))((((((((.......)))))...))).]]]] New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.64 ((((....)))).(((((........)))))..(((..((((..(....(((......))))..))))..))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.55 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))))...)))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -22.40 .(((((........)))))...(((((((...)))))))....(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -22.20 .(((((........)))))....(((((((.[[[[[[)))))))....((((.......))))]]]]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.16 .(((((........)))))....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -22.10 .(((((........)))))....(((((((.[[[[[[))))))).....(((......)))..]]]]]]...... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -21.96 ((((....))))............((((((.......))))))(((((((((.......)))))...)))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -21.60 .(((((........)))))...(((((((...)))))))(.(.(((((((((.......)))))...))))).). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.60 ((((....))))...(((.....(((((((..[[[[.)))))))..)))(((......)))..........]]]] New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -21.60 New CC F-measure-avg: 0.409, New CC F-measure-best: 0.865, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00325; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP8560; ORGANISM=NULL GGGACAUUGGUCUAGUGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGAGUUCGAUUCUCGGAUGUCCCCCCA (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... ((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -26.60 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -26.60 ((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -24.70 (((((((((..((.(.((.....(((((((.......)))))))..))).))..)........)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -22.52 ((((((.................(((((((...[[[.)))))))...(((((.......))))).))))))]]]. New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -22.16 (((.....((.(...........(((((((.......)))))))...(((((.......)))))..).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -21.90 (((.(((((...)))))......(((((((...[[[.)))))))...(((((.......)))))....]]]))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -21.80 (((.(((((...)))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -21.70 (((((....(((.........)))((((((.......)))))).)))))..((((((...))))))......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -21.70 .((((....))))..(((.....(((((((.......)))))))...(((((.......)))))........))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -21.30 New CC F-measure-avg: 0.638, New CC F-measure-best: 0.872, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00326; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ0220; ORGANISM=NULL UGGGAAUUAGCCAAGUUGGUAAGGCAUAGCACUUUGACUGCUAGAUGCAAAGGUUCGAGUCCUUUAUUCCCAGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((...[[[[[[.))).............]]]]]]....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.49 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.732, Initial Energy: -21.07 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.07 (((((((..(((.....)))...((((((((.......)))))..))).((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -18.60 (((((((..(((..........)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -18.44 (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -17.49 (((((((..((((...))))...((((((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -17.40 (((((((..((((...))))...((((((((.......))))..))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -17.20 (((((((..((((...))))((((......((((.((((((.....))...)))).)))))))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -16.50 (((((((..((((...))))......(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -16.40 (((((((..((((...))))...((((........[[[[.....)))).........]]]]....))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -15.53 (((((((..((((...))))..[[[..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]. New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -15.38 (((((((..(((....[[[[..)))..((.((((.((((((.....))...)))).)))).))..)))))))]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -14.84 .........((((...))))..(((.(((((.......))))).....(((((.......))))).......))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.588, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -14.70 (((.......))).(((((....((((((((.......)))))..))).((((.......)))).....))))).. New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -14.70 (((((((..((((...))))..[[[.(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -14.63 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00354; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1660; ORGANISM=NULL GCAUCCGUAGCUCAGCUGGUAGAGUACUCGGCUACGAACCGAGCGGUCGGAGGUUCGAAUCCUCCCGGAUGCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... (((((((..((((((((((((...))).))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... Energy of known structure: -28.00 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -31.08 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -31.08 (((((((..((((((((((........)))))).[[[[[[)))).......]]]]]]........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -30.48 (((((((..((((...[[[[.......[[[[[[.{{{{{{))))]]]]]].}}}}}}........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -30.36 (((((((..((((((((((((...))).))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -29.74 (((((((..((((((((((........)))))).......))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -29.14 (((((((..((((...[[[[.))))..(((....)))]]]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -28.60 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -28.00 (((((((......((((((((...))).)))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -26.60 (((((((......((((((((...))).))))).((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -26.49 (((((((......((((((........))))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -26.00 (((((((......((((((........)))))).((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -25.89 (((((((..((((...[[[[..(((.....))).[[[[[[)))).......]]]]]]........)))))))]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.36 (((((((..((((........)))).........((((((...........))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -24.29 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00357; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR1663; ORGANISM=NULL GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... ((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -30.20 Initial sens: 0.952, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.976, Initial Energy: -31.40 New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -31.40 (((((((..((((....[[[[.))))...(((((...........{{{...)))))...]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -30.91 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......)))))(((((...)))))..]]]]...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -30.90 (((((((..((((....[[[[.)))).(((((.......))))).{{{...........]]]]...)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -29.12 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((.......))))).{{{.....]]]]]].......)))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((....[[[[.))))..((((.......))))((((((...)))))).]]]]...))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -28.90 (((((((..((((((((......)))..((((.......))))))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -28.80 (((((((..((((..[[[[[[.)))).(((((.......))))).........]]]]]].......))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -28.67 (((((((..((((..[[[[[..))))........]]]]]..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -28.35 ((((((((((.....((((((...((.(((((.......)))))..)).....))))))...))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -27.93 (((((((..(((((......(((((........))))).....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.75 (((((((..(((((.(((((..............)))))....))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.23 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).[[[.(((((.......))))))))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -27.22 (((((((..(((((...[[[[.......((((.......)))))))))...........]]]]...))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -26.25 (((((((..((((..[[[[[..)))).(((((..]]]]]))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.894, New CC Energy: -26.20 ..((((...((((.........)))).(((((.......))))))))).(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.683, New CC Energy: -26.20 (((((((..(((((.[[[[[[.......((((.......))))))))).....]]]]]].......))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.19 ((((.....((((...........((.(((((.......)))))..)).(((((.......))))).)))))))).. New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -25.85 (((((((..((((..[[[[[..))))........]]]]]....((((((...))))))........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.85 ((((.....((((.........)))).(((((.......))))).(.(((((((.......))))).)).))))).. New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -25.70 New CC F-measure-avg: 0.667, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00360; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4000; ORGANISM=NULL AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... (((((((...(((((((......)))))))....(((((((......))))))).........))))))).... Energy of known structure: -5.20 Initial sens: 0.318, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.326, Initial Energy: -12.20 New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -12.20 ...............(((...((((((.......(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.39 .((((...........))))........(((((.(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]..))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.38 ..........(((((((......)))))))....(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.29 ..........(((((((......)))))))....((((...(((.((((((.......)))))).))))))).. New CC sens: 0.227, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -8.80 ...............(((................(((((((.[[[[[)))))))......]]]]]......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.69 ..........(((((((......)))))))....(((((((......))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.60 (((((((........(((((...)))))......(((((((......))))))).........))))))).... New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -8.50 ...............(((......((((((.......))))))..((((((.......)))))).......))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -8.50 (((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -8.40 New CC F-measure-avg: 0.240, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00363; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR4641; ORGANISM=NULL GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))......).))))).... .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. .................(((..((((......))))..[[[[[[.)))..]]]]]]. Energy of known structure: -10.15 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -14.91 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.91 (((........((((...((...((((((.....))))))...))....))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.03 ...(((......[[[.[[[[..........)))]]]].((((((..]]].)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.59 ......................((((......))))..((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.50 .........((((.....))))((((......))))..((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -12.50 (((((.............((...((((((.....))))))...))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -12.10 (((........((((..(((...(((((((...))))))).....))).))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -11.95 (((((....((((.....)))).(((((((...)))))))........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -11.90 .(((.....((((.....)))).((((((.....))))))......)))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -11.40 (((((............(((...(((((((...))))))).....)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -11.20 ...........((((...((...((((((.....))))))...))....)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -11.04 ...........((((..(((...((((((.....)))))).....))).)))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -10.66 (((.........(((...((...((((((.....))))))...)).)))....))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -10.62 (((......((((.....)))).(((((((...))))))).............))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.643, New CC F-measure: 0.621, New CC Energy: -10.00 ............(((...((...((((((.....))))))...)).)))........ New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -10.00 (((......((((.....)))).((((((.[[[[)))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -10.00 (((........((((........(((((((...))))))).........))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -9.72 (((((....((((.....))))((((......))))............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -9.70 ...(((...((((.....))))........))).....((((((......)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -9.55 ................((((.............)))).((((((......)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.51 New CC F-measure-avg: 0.388, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00375; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9282; ORGANISM=NULL GGCUCCGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAAUUCAAAGGUUCCGGGUUCGAGUCCCGGCGGAGUCGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))))).... Energy of known structure: -26.60 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.478, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -29.00 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.00 ((((((((.((((...[[[[.)))).((((((((..(((......)))..))))))))]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -28.16 ((((((((.((((........))))...((((((.........))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -26.50 ((((((((.((((...[[[[.)))).((((((((................))))))))]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.24 ((((((((.((((...[[[[.))))...((((((.........)))))).........]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -26.16 ((((((((.((((........))))...((((((......................))))))..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -26.04 ((((((((.((((........))))...((((((..(((((.........))))).))))))..)))))...))). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -25.90 ((((((((.((((...[[[[.)))).(((((................)))))......]]]]..)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -24.94 ((((((((.((((........)))).((((((((................))))))))......)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -24.88 (((......((((........))))....((((((.............(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -23.29 New CC F-measure-avg: 0.511, New CC F-measure-best: 0.698, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00376; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RR9330; ORGANISM=NULL GGGCCAGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCUAGGUUCGACUCCUGGCUGGCUCGCCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... (((((((((((((..........)))))......(((((((((....))).)))))).......)))))))).... Energy of known structure: -21.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.318, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -27.19 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -27.19 (((((((((((((...[[[....))))).......(((((....)))))..{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -26.79 ((((((((.(((....[[[...))).((((((....).)))))........{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -26.77 ((((((((.(((..........)))(((.((((..(((((....)))))..)))).))).....)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -25.54 (((((((((((((...[[[....)))))......(((((((((....))).))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.311, New CC Energy: -24.59 (((((((((((((..........)))))......((((((...........)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -24.58 ((((((((.(((..........))).........(((((((((....))).)))))).......)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.99 .((((((.(((((..........)))))......(((((((((....))).))))))....))))))((....)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.99 ((((((((.(((....[[[...)))..........(((((....)))))..{{{.....]]]..))))))))}}}. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -23.57 ((((((((.(((....[[[...)))(((.((((..(((((....)))))..)))).)))]]]..)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -23.48 ((((((((........(((......(((.((((..(((((....)))))..)))).))))))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -23.25 ((((((((.(((....[[[...))).........(((((((((....))).))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -23.13 (((((((((((((..........))))).......(((((....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -22.99 (((((((((((((...[[[....)))))......((((((...........))))))..]]]..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.98 New CC F-measure-avg: 0.396, New CC F-measure-best: 0.698, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00378; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS0220; ORGANISM=NULL GGAGGCGUGGCAGAGUGGUUUAAUGCACCGGUCUUGAAAACCGGCAGUCGCUCCGGCGACUCAUAGGUUCAAAUCCUAUCGCCUCCGCCA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))..................(((((.......)))))))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))....))).))))))).... Energy of known structure: -24.79 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.241, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -34.49 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -34.49 (((((((.((.(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))...))...))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -33.59 ((((((((((.(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....))).......))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -33.49 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -33.29 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).[[[[[.)))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.62 (((((((..(((...........))).(((((.......))))).((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -32.59 (((((((....(((.((((.......)))).))).....(((...((((((....))))))....)))...........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -32.29 ...((((.(((...(((........))).((..((((..(((...((((((....))))))....)))))))..))....)))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.39 (((((((....(((.((((.......)))).)))...........((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.20 ((((((((((.................(((((.......))))).((((((....))))))..............))).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -30.70 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))....))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -30.22 ((((((((((.(((.((((.......)))).)))...........((((((....))))))..............))).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -30.00 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((...((((........))))......[[[[[.)))...]]]]]))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -29.12 (((((((....(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).......)))........))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -29.02 ...((((....(((.((((.......)))).)))........(((.(((((....)))))..(((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -28.80 ((((((((((.................(((((..[[[..))))).((((((....)))))).......]]]....))).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -28.62 ((((((([[[[(((.((((.......)))).)))(((........((((((....)))))).[[[[[.)))...]]]]])))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -28.56 ...((((.....(((((..(.......(((((.......))))).)..))))).(((((....((((.......)))))))))..)))). New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -28.53 ((((((([[[[(((.((((.......)))).)))(((..(((...((((((....))))))....))))))........)))))))]]]] New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -28.32 (((((((........((((((................))))))..((((((....)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -28.18 New CC F-measure-avg: 0.397, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00383; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1140; ORGANISM=NULL GGGUUAAUACUCAAGUUGGUGAAGAGGACACCCUGCUAAGGUGUUAGGUCGGUCUCCGGCGCGAGGGUUCGAGUCCCUCUUAACCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......)))))).................(((((.......)))))))))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... ((((((........(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......))))).)))))).... Energy of known structure: -21.79 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.654, Initial F-measure: 0.723, Initial Energy: -32.15 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -32.15 (((((((.......(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -31.15 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))...(((((...)))))..(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -30.15 ((.((((((((..(((.((((.......))))..)))..)))))))).)).......((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -28.99 (((((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))....(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -28.95 (((((((.......(((((.((....((((((.......))))))...)).....)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -28.34 ((((....))))....(((((.....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))......))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -28.30 (((((((.......(((((.......((((((.......))))))..........)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -28.23 (((((((((((......)))).....((((((.......))))))..(((((...)))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -27.20 ((((....)))).(((.((((.......))))..)))..((((....(((((...)))))..(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -27.10 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -26.45 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))....(((((.(((.....)))))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -26.05 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))....(((((.(((.....)))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.05 ((((....))))..(((((.((....((((((.......)))))).......)).)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -25.95 ....(((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))).(((((...)))))..(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.95 ((((....))))..(((((.((.((.((((((.......))))))...))..)).)))))....(((((.(((...)))..))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -25.90 ...((((((((..(((.((((.......))))..)))..))))))))..........((((.(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -25.89 New CC F-measure-avg: 0.451, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SPR_00388; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS1542; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGAGCUGUCCGAGUGGUCGAAGGAGCACGAUUGGAAAUCGUGUAGGCGGUCAACUCCGUCUCAAGGGUUCGAAUCCCUUGCUCUCCGCCA (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...................(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).....((.((((((......)))))))).(((.......)))..))))))).... Energy of known structure: -25.59 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.357, Initial F-measure: 0.408, Initial Energy: -37.95 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -37.95 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.490, New CC Energy: -37.75 (((((((.......(((.((....)).)))((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -37.64 (((((((..((((((((.((....)).)))..)))))........((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -36.65 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -34.05 (((((((.......(((.((....)).)))............((.((((((......))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -33.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......)))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.720, New CC Energy: -33.80 (((((((.......(((.((....)).)))...............((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -32.95 (((((((.(.((....)).)......((((((((...))))))))((((((......))))))...(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -32.70 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.35 (((((((...........(((((...((((((((...))))))))((((((......))))))......))))).......))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -32.07 (((((((..((((((((.((....)).)))..))))).(((((....)))))..............(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -31.15 (((......)))..((((.....((((((.((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))...)))))))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.04 (((......)))...((((....((((((.((((.(((..(.((.((((((......)))))))).)..))).))))...))))))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.64 New CC F-measure-avg: 0.428, New CC F-measure-best: 0.720, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00416; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS8602; ORGANISM=NULL GUCGCCUUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUGUGCCUGCUAAGUACAUGGGGUUUCCCCGCGAGAGUUCGAAUCUCUCAGGCGACGCCA (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).)).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -33.80 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -33.80 ..((((((((((....))))))))))...(((((.........(((((...))))).((((.......)))).)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -33.20 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).((((...))))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -33.00 ..((((((((((....)))))))))).((((.......)))).(((((...))))).(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -32.70 ....((((((((....))))))))(((((((.......))))))).(((.((.((..(((((.......))))).)).)).))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -31.30 (((((((.......(((.(((((((....))))..))).)))..((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -30.90 ..((((((((((....))))))))))......((((.......(((((...))))).(((((.......))))).))))...... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -30.70 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).((((...))))..((((.......))))...(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.192, New CC F-measure: 0.213, New CC Energy: -30.20 ..((((((((((....)))))))))).((((.......)))).(((((...))))).((((.......))))...(((...))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -29.90 (((((((.......(((.(((((((....))))..))).))).(((((...))))).((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -29.30 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -29.00 ((((((((((((....)))))((((....))))..........(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.90 ..((((((((((....)))))))))).(((((((..........(((((((....((....))..))))))).))))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.55 ..((((((((((....))))))))))...(((((..........(((((((....((....))..))))))).)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.05 ..((((((((((....))))))))))......((((.......(((((...))))).((((.......))))...))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.00 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -27.80 ....((((((((....))))))))(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).(((...))). New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -27.80 ((((((((((((....)))))((((....))))..........(((((...))))).((((.......))))..))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -27.70 ..((((((((((....))))))))))(((((.......))))).(((((((....((....))..)))))))...(((...))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.185, New CC F-measure: 0.208, New CC Energy: -27.60 ......((((((....))))))(((((..(((((..........((((...))))..((((.......)))).))))).))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.55 New CC F-measure-avg: 0.273, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00422; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RS9162; ORGANISM=NULL AGUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUAGAAAUCCAUUGGGGUCUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACGCCA .(((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... .(((((((..(((.[[[[[....)))..............]]]]]((((...))))..(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.69 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -30.09 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -30.09 .(((((((..(((..........))).(((((.......))))).((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -28.99 .((((((((((((....)))))....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.70 .((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -28.50 .((((((((((((....))))).....(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -27.30 ........((((...((((((.....((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.60 ........((((...((((((....(((((((.......)))))))(((....)))..(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -26.40 ........((((...((((((..((((..(((...(((......(((((...)))))......)))...))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.71 .(((((((.((((............(((((((.......))))))).)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -25.57 ........((((...((((((......(((((.......)))))(((((...))))).(((((.......))))).)))))))))) New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -25.20 ........(((((....))))).(((((((((.......)))))(((((...))))).(((((.......)))))......)))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -25.10 .((((((([[[[...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -24.71 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((.((.....((.(((((.......)))))))...)).))) New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.372, New CC Energy: -24.28 .(((((((.((((.(((((.....................)))))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.24 .(((((((......(((((.....................)))))((((...))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.09 ..(((((((.(((..........))).)).))))).........(((((...))))).(((((.......)))))........... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -23.94 ....(((.(((((....))))).))).(((((.......))))).((.((.....((.(((((.......)))))))...)).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.69 .(((((((..(((...[[[[...)))((((((.......))))))((((...))))..(((((.......))))))))))))]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -23.58 ....(((((((((....))))...)))))((..(((.........((((...))))..(((((.......)))))...)))..)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.227, New CC Energy: -23.35 ........((((...((((...((((((((((.......))))))...))))..))))(((((.......))))).......)))) New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.35 New CC F-measure-avg: 0.552, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00445; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0380; ORGANISM=NULL GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... (((((((.(((..(((.(..((.((((.(((((.......)))))..))))..))..).)))..)))))))))).... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -36.55 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -36.55 (((((((.(((..((((((....((((.(((((.......)))))..)))).)))....)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -35.25 (((((((.(((..(((.......((((.(((((.......)))))..))))........)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -33.92 (((((((.((......))......(((.(((((.......)))))..)))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -33.80 (((((((.((......)).....((((.(((((.......)))))..))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -32.50 (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -32.29 (((((((.(((............((((.(((((.......)))))..)))).............)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -31.57 (((((((.(((..(((((((........(((((.......)))))...)))).......)))..)))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -29.84 (((((((........((((....(((.(....).)))..)))).......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.50 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SPR_00449; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV0501; ORGANISM=NULL GGGUUGGUGGUCUAGUCUGGUUAUGACACCUCCUUGACAUGGAGGAGGCCGGCAGUUCAAAUCUGCCCCAACCCACCA (((((((..(((............))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... (((((((.((((..(((.......))).(((((.......))))).))))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -28.89 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 0.708, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -34.10 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -34.10 (((((((((((((.(((.......))).(((((.......)))))))))))((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -31.70 (((((((.......(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -31.40 (((((((.......(((.......))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -29.90 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((((......)))))))...((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -29.62 (((.[[[[[[....(((.......))).(((((.......)))))......((((.......)))))))...]]]]]] New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -28.12 ....((((((....(((.......))).(((((((......)))))))..(((((.......))))).....)))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -28.10 ....((((((....(((.......))).(((((.......))))).((..(((((.......)))))))...)))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -27.90 New CC F-measure-avg: 0.533, New CC F-measure-best: 0.850, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00452; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS GGAGGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCAUCUGCCUUACAAGCAGAGGGUCGGCGGUUCGAGCCCGUCAUCCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... (((((((..(((((((((...((.(.(((((.......))))).).))..))))).)))).....))))))).... Energy of known structure: -26.90 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -31.09 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -31.09 (((((((..((((........))))..(((((...........[[[[.))))).....]]]]...))))))).... 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New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -26.00 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))((((...........))))...))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.69 (((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -25.30 .(((......))).(((..(((.((....)))))...))).((((((.(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -25.10 New CC F-measure-avg: 0.610, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00461; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV5281; ORGANISM=NULL ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA .((((.((..((((.......)))).(((((.......)))))....((((......)))))).)))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... ...(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))....(((((....)))))..))))).... Energy of known structure: -9.60 Initial sens: 0.474, Initial ppv: 0.450, Initial F-measure: 0.462, Initial Energy: -13.20 New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -13.20 ......(((((.....[[[{{{{{..[[[[[.))))).]]]]]..............]]]...}}}}}.... New CC sens: 0.263, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -12.22 .((((.(((.((((.......)))).(((((.......))))).....((((....))))))).)))).... New CC sens: 0.947, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -11.20 .(((((....((((.......)))))))))...........((((..(((((....)))))..))))..... New CC sens: 0.421, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -10.71 .((((.....((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))...)))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -10.40 ...(((((.....)))))........(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.529, New CC Energy: -9.80 ..........((((.......)))).(((((.......)))))....(((((....)))))........... New CC sens: 0.684, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.788, New CC Energy: -9.60 New CC F-measure-avg: 0.618, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00464; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RV7631; ORGANISM=NULL GUUCCAAUAGUGUAGCGGCUAUCACGUUGCCUUCACACGGCAAAGGUCCCGAGUUCGAUCCUCGGUUGGAACACCA (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]].(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -20.69 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -23.15 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -23.14 (((((((..(((..(((((......)))))...)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -22.80 (((((((..((((.(((((......)))))....))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -22.65 (((((((..((((...(((.........)))...))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -22.45 (((((((..((((((...))).))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -21.80 (((((((..(((.((((.......))))[[[[[)))......]]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -21.78 ((((((((.((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]].............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -21.56 ((((((((.((((.(((((......)))))....)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -21.55 ((((((((.((((...(((.........)))...)))).....(((...((....))..)))..)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -21.35 (((((((..(((....[[[[......[[[[[..)))..]]]]].]]]](((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -21.14 ((((((((.(((..(((((......)))))...))).(((........))).............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -21.00 ((((((((.(((..(((((......)))))...)))..(((....))).((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -21.00 (((((((....((((((.......))))))..................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -20.70 (((((((..(((....(((.........)))..)))............(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -20.60 ((((((((.((((((((.......))))[[[[[.))))....]]]]]..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -20.55 (((((((..((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]]....((.....)).))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -20.46 (((((((..(((..............[[[[[..)))..]]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.850, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.850, New CC Energy: -20.12 (((((((..((((..[[[..........[[[[[.))))....]]]]].]]]...((((...))))))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -19.86 ((((((((.(((...[[[..........[[[[[)))......]]]]].]]].............)))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -19.81 (((((((..(((...[[[........[[[[[..)))..]]]]].....]]]....((.....)).))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -19.75 New CC F-measure-avg: 0.536, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00476; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW0140; ORGANISM=NULL GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... ((((((((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))...))))).... Energy of known structure: -25.60 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -27.76 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -27.76 ((((((((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))...))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -27.65 (((((((...((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((.......)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -25.90 (((((((.....((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.12 (((((((.(((((....[[[[[))))).................]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -24.00 (((((((..........(((((...((((((....).)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.95 (((((((..((((.......))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.90 (((((..(((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).......)))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.426, New CC Energy: -23.49 (((((((.(((((.........)))))........(((..(((.((...)).)))..)))....))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -23.10 (((((((.(((((....(((((...(((((.......)))))..))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -22.95 .....(((((..((((((((((.(.((((((....).))))).)))))).)))).)..)))))..((.....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.208, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -22.36 .....(((((((.(((((((((.(.((((((....).))))).)))))).))))))..)))))..((.....)). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.217, New CC Energy: -22.25 New CC F-measure-avg: 0.507, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SPR_00479; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1141; ORGANISM=NULL AGGGGCAUAGUUCAGUAGGUAGAACAUCGGUCUUCAAAACCGAGUGUCACGAGUUCGAGUCUUGUUGCCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -23.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -23.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.20 (((((((..((((....[[[.))))...{{{.......]]].......(((((.......))))))))))))}}}. New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -22.87 (((((((..((((....[[[.)))).............]]].......(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.842, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -22.80 (((((((..........(((...[[[[.{{{.......)))..]]]].(((((.......))))))))))))}}}. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -20.84 (((((((................((((((((.......)))).)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -20.80 (((((((..........(((...[[[[...........)))..]]]].(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -20.17 (((((((..((((....[[[.)))).((((........]]].......[[[[[.))))..]]]]]))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -19.27 ..(((.....)))....(((((....(((((.......)))))..((.(((((.......))))).))..))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -18.60 New CC F-measure-avg: 0.712, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00480; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1250; ORGANISM=NULL AGGGGUAUAGUUCAAUCGGUAGAACACCGGACUUCAAAUCCGGGUGUUGUGGGUUCAAGUCCUGCUACCCCUGCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... (((((((..((((........))))...((((((..((((((.(...).)))))).))))))...))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.458, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -28.00 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -28.00 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.950, New CC Energy: -24.45 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.20 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -23.75 (((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.50 (((((((.(((((.........[[[[[[))))).........]]]]]](..((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -22.41 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00482; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1540; ORGANISM=BACILLUS SUBTILIS AGGGGCAUAGUUUAACGGUAGAACAGAGGUCUCCAAAACCUCCGGUGUGGGUUCGAUUCCUACUGCCCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... ((((((...((((.......)))).(((((.......))))).((((.(((......))))))))))))).... Energy of known structure: -23.00 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.682, Initial F-measure: 0.698, Initial Energy: -24.10 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -24.10 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))..(((.(((......))))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -23.00 (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.00 ((((((((((...............(((((.[[[[..))))).....]]]]........))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -22.79 ((((((((((.....(((....((((((((.......)))))...)))....)))....))).))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.46 (((((((..((((.......)))).(((((.[[[[..))))).....]]]]............))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -21.89 ................(((((....(((((.......))))).((((((((.......))))).))).))))). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -20.90 ...((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((((((.......))))).)))..)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -20.10 ................(((((....(((((.......)))))(((((.(((......))))))))...))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -19.90 ...((((.........(((((..(.(((((.......))))).)....(((......)))..)))))..)))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -19.70 ((((((((((......((.(((.......)))))..(((((.......)))))......))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -19.60 New CC F-measure-avg: 0.584, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00491; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW5280; ORGANISM=NULL AAGAAGUUUAGGAUAUACAGUCCAAGAGCCUUCAAAGCCCUUAGAAAACAAACAAGUUUAACUUCUGCCA .(((((((..((((.....))))(((.((.......)).)))...((((......))))))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... .(((((((..((((.....)))).((.((.......)).))..................))))))).... Energy of known structure: -9.20 Initial sens: 0.750, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -10.00 New CC sens: 0.750, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -10.00 ..((((....((((.....)))).[[.[[))))...]].]]((((((((......)))....)))))... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -8.12 .(((((((..((((.....))))...........((((.................))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -7.72 ..(((((((.((((.....)))).)))..)))).((((...[[[[[.........))))...]]]]]... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -7.69 .(((((((..((((.....))))..((((..........................))))))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -7.66 ..((((....((((.....)))).[[.[[))))...]].]](((((................)))))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -7.00 ..((((....((((.....))))..[[[[))))........(((((.........]]]]...)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -6.95 ..((((....((((.....))))......))))........((((((((......)))....)))))... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -6.85 ..(((((((.((((.....)))).)))..))))........(((((................)))))... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -6.83 .(((((((.(((......................[[[[)))..............]]]]))))))).... New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.412, New CC Energy: -6.81 ..((((....((((.....))))......)))).((((...[[[[[.........))))...]]]]]... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.216, New CC Energy: -6.59 ..((((...[[[.............{{{{)))).....]]](((((.........}}}}...)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.23 .(((((((..((((.....))))....................................))))))).... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.710, New CC Energy: -6.16 ..((((....((((.....))))..[[[[))))......................]]]]........... New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.00 New CC F-measure-avg: 0.408, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SPR_00494; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW8530; ORGANISM=NULL GGAUCCGUGGCGCAAUUGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCGAUUCACGUCGGGUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... (((((((..(((.((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..))))))..)))))))))).... Energy of known structure: -26.30 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -27.00 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -27.00 (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.955, New CC F-measure: 0.977, New CC Energy: -26.60 (((((((......((((((..(((((((((((....).)))))....)))))..)))))).....))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.25 (((((((..((((........))))(((((....))))).........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -24.60 (((((((..(((.........(((((((((((....).)))))....)))))..........)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -22.91 (((((((..((((((((........(((((....))))).....)))))))).............))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -22.64 (((((((.(((((..........)))))....................(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -22.39 (((((((.(((((.....[[[[[))))).................]]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -21.82 (((((((...........(((((...(((((.......)))))..)))))(((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.65 (((((((..............(((((((((((....).)))))....))))).............))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -21.63 New CC F-measure-avg: 0.615, New CC F-measure-best: 0.977, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00503; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1140; ORGANISM=NULL CGCGGGGUAGAGCAGUUGGUAGCUCGCCGGGCUCAUAACCCGGAGGUCGCAGGUUCGAGUCCUGCCCCCGCAACCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -34.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -34.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -34.00 .((((((..((((........))))...((((((..((((.((....).).)))).))))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -31.45 .((((((..((((...((((.....)))).))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -28.75 .((((((....((((......((((((((((.......)))))............))))).))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -27.95 .((((((....((((...(..(((..(((((.......))))).)))..)...........))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -27.94 ..((((...((((..(((((.....)))))))))....))))..((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -27.29 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00513; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX2560; ORGANISM=NULL CGCAGGAUAGAGCAGUCUGGUAGCUCGUGGGGCUCAUAAUCCCAAUGUCGCAGGUUCAAAUCCUGCUCCUGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] .(((((((.((((....[[[[.)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] Energy of known structure: -28.60 Initial sens: 0.450, Initial ppv: 0.360, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -29.86 New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -29.86 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -28.60 .(((((((.((((....[[[[.))))...(((........)))......[[[[[.....))))))).]]]]].]]]] New CC sens: 0.200, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -25.86 .(((((((.((((......(..((...(((((.......)))))..))..)..))))..)))))))........... New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.256, New CC Energy: -25.40 .((((((..((((.........))))...(((........)))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -24.90 .(((((((.((((.........)))).(((((.......)))))...............)))))))........... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.20 .(((((((.((((.........)))).(((((.......))))).....[[[[[.....))))))).]]]]]..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -23.00 New CC F-measure-avg: 0.510, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00514; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3160; ORGANISM=NULL CGCGGAGUAGAGCAACUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAAGUUACGGGUUCAAAUCCCGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... Energy of known structure: -27.00 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.909, Initial F-measure: 0.952, Initial Energy: -27.35 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.952, New CC Energy: -27.35 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.00 .((((((..((((..((((........))))))))..............(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.564, New CC Energy: -25.70 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.35 .((((((......((((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))))..........))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -23.65 .((((((............((((((..(((((.......))))).))))))((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -23.15 .((((((..((((......[[[[[[......))))..........]]]]]](((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.474, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -22.99 .((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -22.85 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.50 .((((((..((((.((...)).))))....(((((.((((......)))).)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -22.20 New CC F-measure-avg: 0.673, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00515; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX3280; ORGANISM=SPINACIA OLERACEA CGCGGGGUAGAGCAGUUUGGUAGCUCGCAAGGCUCAUAACCUUGAGGUCACGGGUUCAAAUCCUGUCUCCGCAACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... .((((((....((((..(...((((((...(.((((......)))).)..))))))...)..))))))))))..... Energy of known structure: -23.90 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.286, Initial Energy: -24.60 New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.60 .((((((....(((((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))..))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -24.30 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -23.90 .((((((..((((.........))))......((((.[[[[[)))).....]]]]]..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.513, New CC Energy: -23.26 .((((((..((((.........))))......((((......))))...(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -23.00 .((((((.......((((((..(((((...(.((((......)))).)..))))))))))).....))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -22.71 .((((((....((((......((((((.....((((......))))....))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -22.18 .((((((....((((......(((((((((((.......)))))......))))))......))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.01 .((((((..((((.........)))).(((((.......))))).......((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -22.00 .((((((....((((..........(....).((((.[[[[[)))).....]]]]]......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -21.76 .((((((..((((.[[[[[[..)))).....((((...(((....)))...))))]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -21.40 .((((((..((((.[[[[[[..)))).(((((.......)))))...........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -21.15 .((((((..((((.........))))......((((......)))).....((((....))))...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -21.10 .((((((..((((.........))))....(((((...(((....)))...)))))..........))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -20.95 ..((((((.((((.(((....))).(....)))))...)))))).(((..((((..((.....))..))))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.65 .((((((..((((.[[[[[[...........))))...((((((....)).))))]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -20.58 .((((((..((((.[[[[[[..))))......((((......)))).........]]]]]].....))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -20.25 .((((((....((((....(.(((.(....)))))..(((((.........)))))......))))))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -20.00 .((((((..((((..................))))...(((....))).(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -19.76 New CC F-measure-avg: 0.471, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00517; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX4000; ORGANISM=NULL UGCAAUAUGAUGUAAUUGGUUAACAUUUUAGGGUCAUGACCUAAUUAUAUACGUUCAAAUCGUAUUAUUGCUACCA .((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] .((((((.((((((..[[[[.......(((((...[[[[))))).....))))))....]]]]..)))))).]]]] Energy of known structure: -11.00 Initial sens: 0.550, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.489, Initial Energy: -17.14 New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -17.14 .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].......(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -16.20 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.((((..]]]]]]............))))..)))))).}}}. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -14.48 .((((((..((((((((((............[[[.[[[[.)))))))))).........]]]]..)))))).]]]. New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -14.45 .((((((.(((((....[[[[[)))))....{{{..]]]]].........(((.......)))..)))))).}}}. New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -14.10 .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -13.90 .((((((..(((((((((((((..............))))).))))))))(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -13.13 .((((((....(((((((((((((........))..))))).))))))(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -13.10 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]].(((((.......))))))))))).}}}. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -13.06 .((((((..((((((((((................[[[[.)))))))))).........]]]]..))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -12.51 .((((((..(((((((((((((((........))..))))).))))))))...............))))))..... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -12.38 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -12.11 .((((((.(((((.........)))))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.952, New CC F-measure: 0.976, New CC Energy: -11.80 .((((((.(((((.........)))))...((((....))))......(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -11.40 .((((((.(((((.........)))))(((((...[[[[)))))...............]]]]..))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -11.29 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....{{{.......]]]]]]...(((.......)))..)))))).}}}. New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -11.06 .((((((.(((((...[[[[[.)))))(((((.......))))).............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -10.87 .((((((.(((((...[[[[[[)))))....(((....)))]]]]]].(((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.55 .((((((.(((((....[[[[[))))).........]]]]].........(((.......)))..))))))..... New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -10.51 .((((((.(((((...[[[[[.)))))...((((....))))...............]]]]]...))))))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.47 New CC F-measure-avg: 0.575, New CC F-measure-best: 0.976, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00523; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX7560; ORGANISM=NULL AGCUGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGAUGGGCUCAUAACCCAUAGGUCACAGGAUCGAAACCUGUCUCAGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -24.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.20 (((((((....((((..........(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -21.50 (((((((..((((.[[[[..))))..............]]]].....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -20.83 .((((.......))))((.(((...(((((.......)))))..(..(((((.......)))))..).))).)). New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -19.50 New CC F-measure-avg: 0.713, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SPR_00532; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9240; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... ((((((((.((((.......)))).(((((.......))))).((((....))))........)))))))).... Energy of known structure: -25.00 Initial sens: 0.762, Initial ppv: 0.762, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -27.70 New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -27.70 (((((((((((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -27.37 ((((((((.((((..[[[[.)))).(((((.......)))))...]]]](((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -27.15 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -25.30 ((((((((.((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -23.97 ((((((((.......((((......(((((.......)))))...))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.732, New CC Energy: -23.12 ((((((((.((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -22.90 ((((((((.((((.......))))..((((((...........))))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -22.39 ((((((((.((((.[[[[..)))).......]]]]........((((....))))........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -22.35 ((((((((.((((.[[[[..)))).......]]]]......(((((.((.....))..))))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -22.32 ...........((((.(.(((.((.(((((.......))))).((((....))))...))))).).))))..... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -22.25 New CC F-measure-avg: 0.608, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00533; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9270; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... (((((((.(((.((((........)))).)))...........((((....)))).........))))))).... Energy of known structure: -24.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.389, Initial F-measure: 0.359, Initial Energy: -25.30 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -25.30 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -25.30 (((((((......(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.80 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -24.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.10 ......((((((.(((((.......(((((.......))))).((((....))))....)))))...)))))).. New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.244, New CC Energy: -22.40 .........((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).(((.((((((..((......))))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.20 (((((((..((((.[[[[..)))).(((((.]]]]..))))).((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.711, New CC Energy: -21.20 (((((((..((((.[[[[..)))).......]]]]........((((....)))).........))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.550, New CC Energy: -20.65 .........((((.......)))).(((((.......))))).(((.((((((..((......))))))))))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -20.30 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00537; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX9360; ORGANISM=NULL AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUCGCUCUGCUACCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... (((((((.(((.((((........)))).))).........(((((.((.....))..))))).))))))).... Energy of known structure: -27.10 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.333, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -29.17 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -29.17 (((((((((((((.......)))..(((((.......))))).((((....))))......)))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -28.00 (((((((.(((.((((........)))).)))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -27.20 (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -27.10 (((((((..((((..[[[[.)))).(((((.......)))))...]]]](((.......)))..))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -26.35 ((((((((((.(.............(((((.......))))).((((....)))).....))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.60 (((((((..((((.......))))..((((.......))))(((((.((.....))..))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -25.57 ((((((((((.((..((((......(((((.......)))))...))))..)........))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -24.31 ((((((((((.....((((......(((((.......)))))...))))............)))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -24.20 (((((((((((((.......)))...((((((...........))))))............)))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.59 New CC F-measure-avg: 0.641, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_00548; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RY3800; ORGANISM=NULL GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).))).......(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -17.89 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -25.92 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -25.92 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))...((.(((....))).))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.82 (((((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))....((((............))))))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -21.31 (((((((.((((((((((.((...(((((((.......)))))))..)).))).).))))))..........))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -21.15 ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))..........(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -21.10 ..(((((..(((.(((((.....((((....))))....))))).)))..)))))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.227, New CC F-measure: 0.233, New CC Energy: -21.02 New CC F-measure-avg: 0.406, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=SPR_00629; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RE4640; ORGANISM=NULL GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA ((((((...((((.........)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). ((((((([[[[[....[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((.]]]]]....))). Energy of known structure: -3.70 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.87 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.87 ((((((([[[[[....[[[[[[..))))))).......]]]]]].(((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.97 ((((((([[[[[....[[[[[...)))))))......]]]]]...(((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.56 ((((((([[[[[....[[[[[[..)))))))........]]]]]](((.]]]]]....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.18 ((((((([[[[[............))))))).......((((...{{{.]]]]]))))}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.14 ((((((..((((((..[[[[[[.))))))..........]]]]]].......)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -8.01 ((((((...((((((.....))))))....(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.00 ((((((..((((((..[[[[[[.))))))...........]]]]]]......)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -7.83 ((((((..((((((..[[[[[[.)))))).........]]]]]]........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -7.83 ((((((...((((((.....)))))).(((((((...)))))))........)))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.789, New CC F-measure: 0.882, New CC Energy: -7.80 ((((((...((((((.....))))))...(((((((....))))))).....)))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -7.60 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]]..(((..........))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.91 ((((((..((((((..[[[[[[[)))))).......]]]]]]].........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.90 ((((((.....(((((((((((...................))))))))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -6.30 ((((((..((((((.........)))))).(((((((...))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.00 (((((((.........[[[[[[[.))))))).....]]]]]]](((((.....))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.72 ((((((..((((((.........))))))(((((((....))))))).....)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -5.50 .........((((((.....)))))).(((((((...))))))).(((..........))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -5.29 ((((((...(((((((...))))))).(((((((...))))))).[[[....))))))]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.789, New CC Energy: -5.27 ((((((..((((((..[[[[[[.)))))).........]]]]]].[[[....))))))]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -5.20 New CC F-measure-avg: 0.314, New CC F-measure-best: 0.882, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00759; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCCGGCAGAGCGGCGGGCUUUUACCCCGCGGAAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).))))..((((.(((...((((.((.....))))))...))).)))))))))))).... Energy of known structure: -38.10 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.407, Initial F-measure: 0.458, Initial Energy: -40.60 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -40.60 ((((((((.....(((((((....((((.((.......))))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -38.25 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......))))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.909, New CC Energy: -38.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).........((..(((((((((.......))))..)))))..)). New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -38.15 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -37.86 (((((((((((((.((((......).)))))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -37.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....((((.((.....))))))..........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -37.75 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((..(.(((((((.......))))).)).))))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.383, New CC Energy: -37.70 ((((((((.....((((((.........)))))).....((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.341, New CC Energy: -37.40 ((((((((.....(((((((.......(((((.......)))))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -37.21 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((........))))))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -36.50 ((((((((.((((.((...)).)))).)))))))).......((((......(((((.......))))).....)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -35.30 (((((((..((((.((...)).)))).(((((.......))))).........))))))).......((((....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.419, New CC Energy: -34.80 ((((((((.((((.((...)).)))).............((((.((.....))))))...........)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.550, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -34.40 ((((..........))))........(((((((((........(....)...(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.263, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -34.19 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))...((....))..(((((((((.......))))..)))))..... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -34.15 (((((((((((((...........[[[[.)))))......]]]].........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.524, New CC F-measure: 0.524, New CC Energy: -33.91 (((((....((((.((...)).)))).(((((.......)))))....))))).(((......))).((((....)))). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -33.90 ((((..........))))(((...((((.((.......))))))....(((((((((.......))))..))))).))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -33.69 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((.........((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.348, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -33.22 New CC F-measure-avg: 0.422, New CC F-measure-best: 0.909, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00760; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((..((((((((.......))))..))))...)). Energy of known structure: -38.50 Initial sens: 0.381, Initial ppv: 0.296, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -42.50 New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -42.50 ((((((((.((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).))))).(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -41.65 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))..((((((...(((......)))))))))........((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.167, New CC Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).((....)).(((......))).((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.170, New CC Energy: -41.00 ((((((((.((((.((...)).))))..((((.....((((((...(((......))))))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.458, New CC Energy: -40.95 ((((.....)))).............(((((((((....(((....)))........(((((.......))))).))))))))). New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -40.90 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..((((.....))))(((.......))).)))))....... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -40.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -40.35 ((((((((.....(((((((.(((((.....)))))...(((....)))........))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -40.29 ((((((((.((((.((...)).))))...(((((.....(((....)))....)))))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -39.97 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....)))........(((((.......)))))..((....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -39.80 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).....((((((((.......))))..))))...... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -39.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((((..(((......)))((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -39.40 ((((((((.((((.((...)).)))).(((((.......)))))..(((......)))((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -39.35 (((((((((((((.(((.........))))))))(((..(((....)))...)))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.423, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -38.75 (((((((((((((.(((.........)))))))).....(((....))).........((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -38.70 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........(((((((..........)))))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -38.59 ((((((((.....((((((.....[[[[))))))......]]]]..((((.....))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -38.26 ((((((((.((((.((...)).)))).))))))))....(((....))).........((((.......))))(((....))).. New CC sens: 0.381, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -38.20 (((((((..((((.((...)).))))...((((((((..(((....)))))).)))))))))))).......((((....)))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -38.15 New CC F-measure-avg: 0.402, New CC F-measure-best: 0.851, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SPR_00768; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RK4640; ORGANISM=NULL GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....((....))))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... (((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..))))))))))..))))))).... Energy of known structure: -4.60 Initial sens: 0.389, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.10 New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.10 ((((((((((((((...........(((((((...)))))))...)))))))..))))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -12.39 (((((((......((((((((....)))))))).((((((......))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.60 ((((((((((((((.......((.(((((....))))))).....)))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.46 (((((((((((((((((((((....)))))))).............))))))..))))))).... New CC sens: 0.389, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -11.17 (((((((..((((.......))))..........((((((......))))))..))))))).... New CC sens: 0.611, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.629, New CC Energy: -10.60 (((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))............))))))).... New CC sens: 0.889, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -10.30 New CC F-measure-avg: 0.506, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_00810; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RL1664; ORGANISM=NULL GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA (((((((..(.(...........).).(((((.......))))).............(((((.......)))))))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... ((((((((((((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))...)))..))))))).... Energy of known structure: -19.19 Initial sens: 0.632, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.500, Initial Energy: -31.20 New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -31.20 ((((((((((((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))...)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.387, New CC F-measure: 0.480, New CC Energy: -31.10 (((((((.(((..((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))...)))....))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.85 ((((((((((...((((((((......((((((.....)))))).(((....))).)))))))).....)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -29.44 ((((((((((...((((((((......(((((((...)))))))((((....)))))))))))).....)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -29.34 (((((((...((((.((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -28.95 (((((((...((((.((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))))........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.511, New CC Energy: -28.85 (((((((((.((....)).))......((((((.....))))))((((....)))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.895, New CC ppv: 0.654, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -27.65 (((((((......((((((((......((((((.....)))))).(((....))).))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -26.30 (((((((......((((((((......(((((((...)))))))((((....))))))))))))..........))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -26.20 ((((((((((.....((((..(.(((.((((((.....)))))).(((....)))))).)...))))..)))..))))))).... New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -25.74 New CC F-measure-avg: 0.540, New CC F-measure-best: 0.756, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=SPR_00868; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RM1021; ORGANISM=NULL GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((......))))).))))))).... Energy of known structure: -38.20 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.571, Initial F-measure: 0.571, Initial Energy: -41.05 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -41.05 (((((((...............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -40.55 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((......))))).))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -38.85 (((((((...(((.((...)).)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -38.35 (((((.(..((((.((...)).))))..).))))).......((((((((((((........)))))))..))))). New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -36.90 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -34.60 (((((((......((((.(((.....))).))))....(((....))).((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -34.10 (((((....((((.((...)).))))....)))))......((((...((((((........)))))).)))).... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -32.99 New CC F-measure-avg: 0.523, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_00912; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RP1020; ORGANISM=NULL GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... ((((((...(((((((...))).))))((((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... Energy of known structure: -33.39 Initial sens: 0.476, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.417, Initial Energy: -46.09 New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -46.09 ((((((((((((((((...))).))))).((((....((((((((.....))))))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.449, New CC Energy: -45.19 ((((((((((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -44.25 ((((((((......((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -42.15 ((((((..((((((((...))).))))).(((((...((((((((.....))))))))..)))))...)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -41.75 ((((((((......((((.((......)).))))...(((((....)))))((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -39.65 ((((((........((((.((......)).))))...((((((((.....))))))))..........)))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.293, New CC Energy: -39.35 ((((((((((((((((...))).))))).(((.(((((....))))).)))(((((....))))).)))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.440, New CC Energy: -39.10 ((((((.........(((((.......[[[[[[(((((....)))))..)))))........]]]]]])))))).... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.279, New CC Energy: -38.57 ((((((((.(((((((...))).)))...(((((...((((((((.....))))))))..)))))))))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -38.55 ((((((...(((((((...))).))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.870, New CC Energy: -38.40 ((((((........((((.((......)).))))...(((((....)))))((((.......))))..)))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -38.15 ((((((((.(((......))).....((((((((.....))))))))....((((......)))).)))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -38.00 ((((((((.(((((((...))).))))(((((((.....))))))).....(((((....))))).)))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -37.80 ((((((...(((......))).....((((((((.....))))))))...(((((.......))))).)))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.744, New CC Energy: -37.60 ((((((((......((((.((......)).))))))))).)))...(((((((((........))).))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -37.05 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 0.870, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SPR_00938; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ4640; ORGANISM=NULL UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........)))))).... ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). ((((((..((.....(((.....)))..))..))))))....((((((...)))))). Energy of known structure: -2.10 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -6.64 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.64 ((((((..........((((((....))))))))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.35 ((((((..........................))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.86 ((((((.........(((((.......)))))))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.27 ....((((...(((((((.........)))))))....))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.94 ....((((.......))))....(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -4.90 ....((((.......)))).......................((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.90 ((((((....((((.(..(((........)))..).))))........)))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.414, New CC Energy: -4.76 ((((((...((((.....))))..........))))))....((((((...)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -4.67 ................((((((....))))))..........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.60 ....((((.......)))).(((((.......))))).....((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 ...........(((((((.........)))))))........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 ...............(((((.......)))))..........((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 ....((((.......))))....(((((...[[[[)))))..............]]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -3.34 .........((((.....))))....................((((((...)))))). New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -3.30 ....((((........((((((....))))))......))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.19 .........((((.....)))).(((((.......)))))..((((((...)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -3.00 ..(((.....((((.(..(((........)))..).))))......)))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.80 ....((((.......))))........((((((...))))))((((((...)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.80 New CC F-measure-avg: 0.120, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=SPR_00943; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RQ7550; ORGANISM=NULL GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). ((((((((.....((((.....))))..(((.((((((((.(......).)))))))))))..)))))))). Energy of known structure: -23.59 Initial sens: 0.350, Initial ppv: 0.292, Initial F-measure: 0.318, Initial Energy: -25.20 New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -25.20 ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -23.40 ((((((((((((..........))))..(((.((((((((..........)))))))))))..)))))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -22.58 ((((((((......(((.....)))((((((.......))))))....((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.762, New CC F-measure: 0.780, New CC Energy: -22.10 ((((((((((((....[[[[..))))(((((.......))))).]]]]((((.......)))))))))))). New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.844, New CC Energy: -21.14 ((((((((..((.((((.....)))).))...((((((((..........)))))))).....)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -20.99 ((((((((......(((.....)))(((((((((...............))))))))).....)))))))). New CC sens: 0.350, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.350, New CC Energy: -20.45 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.844, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=SPR_01040; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RT1023; ORGANISM=NULL GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... (((((((.............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))))).... Energy of known structure: -36.60 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.810, Initial F-measure: 0.810, Initial Energy: -38.45 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.810, New CC Energy: -38.45 (((((((...(((.......)))(((((((.......)))))))...(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -36.10 (((((((.......((((..((.(((((((.......))))))).)).............))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -33.91 ...((((..((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -33.60 ...((((..((((.......))))..))))(((((..[[[[[[[[..)))))........]]]]]]]]....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -33.60 (((((((.......((((.....(((((((.......))))))).(((......)))...))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -33.14 (((((.........))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -33.00 ...(((((............((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))..))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -32.75 ((((((((......))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))))))....... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -32.75 ...(((((......))))).((((((((((.......)))))).((((((((.......)))).)))).)))).. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.391, New CC F-measure: 0.409, New CC Energy: -32.70 (((((.(.....).)))))....(((((((.......)))))))((((((((.......)))).))))....... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -31.20 ((((.....((((.......))))..))))......(((((.(((.((.(((......)))))))).)))))... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -31.09 ((((.....((((.......))))..))))(((((..[[[[[[[[..)))))........]]]]]]]]....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -31.09 ...((((..((((.......))))..)))).......(((((((((((......)))...))))))))....... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.211, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -31.05 (((((.(.....).))))).((.(((((((.......))))))).))(((((.......)))))........... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -30.95 New CC F-measure-avg: 0.437, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SPR_01088; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW1010; ORGANISM=NULL GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... (((((((..((((.((...)).))))..((((((((.((((....)))).))))))))........))))))).... Energy of known structure: -37.00 Initial sens: 0.524, Initial ppv: 0.440, Initial F-measure: 0.478, Initial Energy: -41.20 New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -41.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -39.15 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -39.00 (((((((..((((.((...)).)))).((((((....).))))).....((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.762, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -38.50 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -37.70 ((((((...((((.((...)).))))....)))))).........(((((((((........)))))))))...... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -37.54 (((((((.(((((.(((.........))))))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -37.20 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))(((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.558, New CC Energy: -35.70 (((((((......((((..((......)).))))...((((....))))((((((....)))))).))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -35.20 ((((((((.((((.((...)).)))).)).)))))).((((....))))(((((.......))))).((.....)). New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.391, New CC Energy: -33.25 New CC F-measure-avg: 0.458, New CC F-measure-best: 0.933, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=SPR_01103; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RW4640; ORGANISM=NULL ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... (((((...(((((.(((....))).((((((.....)))))).)))))...))))).... Energy of known structure: -5.30 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.526, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -8.80 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -8.80 (((((....((((.......)))).(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -8.70 (((((....((((..[[[[.))))...........]]]]............))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -8.63 (((((....((((..[[[[.))))..{{{{.....]]]]............)))))}}}} New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -8.25 (((((((((((.....))))))...(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -7.90 (((((.........(((....))).(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.90 (((((........((((((......(((((((...)))))))))))))...))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -6.65 (((((....................(((((((...))))))).........))))).... New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.741, New CC Energy: -5.10 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=SPR_01117; TYPE=Transfer RNA; EXT_SOURCE=Sprinzl tRNA Database; EXT_ID=RX1010; ORGANISM=NULL CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... (((((((((((..((((.((.(..((.(((((........))))).))..)))))))....)))..)))))))).... Energy of known structure: -39.39 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.280, Initial F-measure: 0.304, Initial Energy: -42.15 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.280, New CC F-measure: 0.304, New CC Energy: -42.15 ((((((((.(((((........))))).(((((.......)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.952, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.930, New CC Energy: -39.60 ((((((((.(((((........)))))(((((........)))))......((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.698, New CC Energy: -39.50 (((((((((((((.....((.....)).(((((.......)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -37.40 ((((((((.....((((.((.(.(((.(((((........))))).))).))))))).........)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -37.14 ......(((((((((((.((.(..((.(((((........))))).))..))))))).........)))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -36.22 ...(((((.((((..(((((.....)))))..))))...)))))..((..(((((.......)))))..))....... New CC sens: 0.238, New CC ppv: 0.238, New CC F-measure: 0.238, New CC Energy: -35.70 (((((((((((....)))......((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.512, New CC Energy: -35.50 ((((((((.(((((........))))).(((((((...........)))))))((.......))..)))))))).... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.605, New CC Energy: -35.39 (((((((((((..((((.((.(.....(((((........))))).....)))))))....)))..)))))))).... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.318, New CC Energy: -34.75 ......(((((((...........((.(((((........))))).))...((((.......)))))))))))..... New CC sens: 0.190, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.205, New CC Energy: -34.40 (((((((((((((..............(((((........)))))..)))))(((.......))).)))))))).... New CC sens: 0.476, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -34.35 ((((((((......((((((.(.((((...)))).).......))))))..((((.......)))))))))))).... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -33.99 New CC F-measure-avg: 0.445, New CC F-measure-best: 0.930, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRP_00015; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ARA.TH-G; ORGANISM=NULL GUCGAGCUAUGUAACGAGAGCUUGUAACCCAAGUGGGGACU ((((((((.(......).)))))....(((....)))))). ..((((((..........))))))...(((....))).... ..((((((..........))))))...(((....))).... Energy of known structure: -7.20 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.762, Initial Energy: -9.69 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -9.69 ..((((((..........))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -9.09 ((((((((..........)))))....(((....)))))). New CC sens: 0.917, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -7.69 (((..........((((....))))..(((....)))))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -7.20 (((..(((..((.((((....)))).))...)))...))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -6.60 New CC F-measure-avg: 0.598, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=SRP_00053; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=BRU.MAL.; ORGANISM=NULL GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCA ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). (((.((((((......)))))).....((((......)))).))). Energy of known structure: -11.30 Initial sens: 0.692, Initial ppv: 0.692, Initial F-measure: 0.692, Initial Energy: -14.00 New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -14.00 (((..((......))...((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -12.70 (((...(((....)))..((((((.....)))))).......))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -12.60 (((...(((....)))((((((((.....)))))).))....))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.214, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -12.10 ((((.(...).))))...((((((.....))))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.90 .((((.(((....)))..((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.70 ..((((((((......))))))))...((((......))))..... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -11.50 ((((.(...).))))....((((....((((......)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.50 ((((((((((......)))))))....(((.........)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.30 .((((((......))...((((((.....)))))).))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.70 ....((((((......))))))(((..((((......))))..))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.462, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -10.55 ((((.......)))).((((((((.....)))))).))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.50 (((..(((..(((.....))).)))..((((......)))).))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -10.35 ..((((((((......))))))))...(((.........))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -10.20 New CC F-measure-avg: 0.321, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=SRP_00070; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=CAN.GLA.; ORGANISM=NULL AGGCUGUAAUGGCUA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.90 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -3.20 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00095; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=COR.EFF.; ORGANISM=NULL GGAUCCCGUGCGGCGUUUAUCUUGUGAACUCCCCCAGGGCAGGAAUGCAGCAAGGGUCAGCGAGCUCUGACGGGUGCGCGGGAUCCCCUU ((.((((((((..((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))).)..)))))))))..... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))).).)))))))))))).... Energy of known structure: -24.78 Initial sens: 0.840, Initial ppv: 0.778, Initial F-measure: 0.808, Initial Energy: -39.53 New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -39.53 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....))))..)))))))))))).... New CC sens: 0.880, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.846, New CC Energy: -39.33 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.[[[[[[.............))).......]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -37.98 ((((((((((((.......((((((...((.((....)).)).......))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.269, New CC Energy: -36.75 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...)))))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -36.40 ((((((((((((.((((...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....)))..))))))))))))).... New CC sens: 0.840, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.808, New CC Energy: -35.78 ((((((((((((((((((.(((((.(......).)))))...))))))....(((((......)))))......)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -34.30 ((((((((((((........(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))..........)))))))))))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -34.16 ((((((((((((((((((..[[[[[.....[[[.........)))))).....]]]...]]]]]..........)))))))))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -34.14 ((((((((((((((((((................[[[[[[..)))))).((........))..]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -33.87 ((((((((((((.......((((((.........[[[[[[.........))))))........]]]]]].....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -33.41 ((((((((((((..((((((...)))))).........(((....))).......(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -33.40 ((((((((((((((((((..[[[[[...((.((....)).))))))))...........]]]]]..........)))))))))))).... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -33.08 ((((((((((((.......((((((.............))))))...........(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -33.01 ((((((((((((..((((((...)))))).(((.....(((....))).....)))((((......))))....)))))))))))).... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -32.95 ((((((((((((..((((((...)))))).....((((((.........((........))..)))))).....)))))))))))).... New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.269, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -32.65 ((((((((((((.......((((((.............(((....))).))))))(((((......)))))...)))))))))))).... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -32.54 New CC F-measure-avg: 0.461, New CC F-measure-best: 0.846, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 16 > SSTRAND_ID=SRP_00158; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=KLU.LAC.; ORGANISM=NULL CCCUGUCGAAGGA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -0.30 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -2.40 New CC F-measure-avg: 0.800, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00170; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=LEI.XYL.; ORGANISM=NULL GCUCCCCACGUGGCGCCAUCCAGGCCAACUCCCCCAGGGUGGAAACGCAGCAAGGGUAACCGGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGUCUUUU ((.((((((((..(((((.((.((......(((.....(((....))).....)))...)).))...))))).)..))))))).))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..))))))))))))))..... Energy of known structure: -31.72 Initial sens: 0.560, Initial ppv: 0.519, Initial F-measure: 0.538, Initial Energy: -46.90 New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -46.90 (((((((((((.(.(((.....))))....(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).)))))))))))..... New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -46.00 ((((((((((((.(.((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).)))))))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -44.60 (((((((((((..(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).)))))...)))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.769, New CC F-measure: 0.784, New CC Energy: -44.35 (((((((((.((((.........)))).(.(((((((.(((....))).((..((....))..)).)))).))).).)))))))))..... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.415, New CC Energy: -43.10 (((((((((...(((((..(((((((....(((.....(((....))).....))).....))..)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -41.72 (((((((((((........(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).)))).....)))))))))))..... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -40.62 ..(((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))...)))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -39.59 (((((((((...(((((..(((((......(((.....(((....))).....))).........)))))..))))))))))))))..... New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.560, New CC Energy: -39.52 (((((((((....(((((....((((....(((.....(((....))).....)))......)))).))))).....)))))))))..... New CC sens: 0.760, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -39.47 (((((((((.((((.[[[[[[..)))).........]]]]]]...((((((..((....))..)))...))).....)))))))))..... New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -39.08 ...((((.....(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))....))))...... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -38.97 (((((((((((....((((((...............))))))...((((((..((....))..)))...)))...)))))))))))..... New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.360, New CC Energy: -38.15 (((((((((((..(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))...)))))))))))..... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.851, New CC Energy: -38.01 .(((((......(((((..(((((((....(((.....(((....))).....)))......))).))))..)))))..)))))....... New CC sens: 0.240, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.250, New CC Energy: -37.59 New CC F-measure-avg: 0.501, New CC F-measure-best: 0.851, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00213; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=MYC.BOV.; ORGANISM=NULL GGACCCCGCGCGGCGUCUAUCCUGUGAACUCCCCCAGGGCUGGAAGGCAGCAAGGGUCAACGGGCUCUGUCGGGUGCGCGGGGUCCCCUUCA (((((((((((..((.(...(((((.....(((.....(((....))).....)))...)))))....).)).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.(((((((((.(......).))))).)))).(((((....((((....))))))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -35.63 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.312, Initial F-measure: 0.351, Initial Energy: -45.45 New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.312, New CC F-measure: 0.351, New CC Energy: -45.45 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))....((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -43.95 ((((((((((((...(((((((((..........))))).)))).(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -42.29 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....)))).((((((....)))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -41.00 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))........((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -40.59 ((((((((((((........(((((.......(((...((((.....))))..)))...)))))..........))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -40.47 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....)))).((((((....))))))...)))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -40.40 ((((((((((((((.(((((((((.(......).))))).))))..))......((((....))))........))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -39.85 ((((((((((((.(.((...(((((.....(((.....((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.692, New CC Energy: -39.83 ((((((((((((.(.((...(((((.......(((...((((.....))))..)))...))))).......)))))))))))))))...... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -39.25 ((((((((((((.......(((((..........)))))......(((((....((((....)))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -39.19 ((((((((((((.(.((..(((((.(......).)))))......(((((....((((....))))))))))))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -37.80 ((((((((((((.(......((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).......)))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -37.20 ((((((((((((.......(((((..........)))))(((.....)))..((((((....))))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -36.79 ((((((((((((.(.((...((((.(......).))))((((.....))))...((((....)))).....)))))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -36.60 ((((((((((((...(((((((((..........))))).))))..........((((....))))........))))))))))))...... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -36.49 New CC F-measure-avg: 0.424, New CC F-measure-best: 0.692, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00226; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=NEI.ME-A; ORGANISM=NULL GGCGGGUCUCCCCGCAUGGCAAAUCGGAACACCGGGUCAGGGGCGGAAGCCAGCAGCCCACUCCGGUGCGCCAGUGCCGGGGGUUUGGCCCGCC (((((((((((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))...))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) ((((((((((((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) Energy of known structure: -52.58 Initial sens: 0.969, Initial ppv: 0.939, Initial F-measure: 0.954, Initial Energy: -56.48 New CC sens: 0.969, New CC ppv: 0.939, New CC F-measure: 0.954, New CC Energy: -56.48 ((((((((((((((..((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..))))....))))))...)))))))) New CC sens: 0.969, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.984, New CC Energy: -54.93 ((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))).)))..))))...)))))))) New CC sens: 0.781, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.781, New CC Energy: -54.58 ((((((((.((((...(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.258, New CC Energy: -52.14 ((((((((((((((((((((..((((((...((......))(((....)))..........))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.871, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -51.65 ((((((((((((((((((((.........(((((((....((((...........))))..))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -49.89 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).((((((..(....)..))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.508, New CC Energy: -49.04 ((((((((...(((.((.....)))))......((((....(((....)))....)))).(((((((((....)))))))))....)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.517, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -48.84 ((((((((((((((((((((...((((....))))......(((....))).(((.((......))))))))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.656, New CC Energy: -48.30 ((((((((((((((((((((.........(((((((.....(((....)))..........))))))).)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -48.12 ((((((((.((((...(((((........(((((((....((((...........))))..)))))))......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.286, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -47.78 ((((((((((((((((((((..((((((............((((...........))))..))))))..)))).)).))))))...)))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.774, New CC Energy: -47.38 ((((((((.((((...(((((.((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))).......)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -47.02 ((((((((.....((.((((...((((....))))))))..(((....))).))(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.355, New CC F-measure: 0.349, New CC Energy: -46.90 ((((((((.((((....................((((....(((....)))....))))....(((..(....)..)))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -46.64 .(((((....))))).((((...((((....))))))))..(((((..(((((..((((...((((..(....)..)))))))))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -46.50 ((((((((.((((...(((((............((((....(((....)))....)))).....((....))..)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.517, New CC Energy: -46.34 ((((((((((((((........((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))(((....)))))))))...)))))))) New CC sens: 0.844, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.871, New CC Energy: -46.33 ((((((((........(((((....((..(((((((....((((...........))))..)))))))..))..))))).......)))))))) New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -46.31 ((((((((........((((...((((....))))))))..(((....)))...(((((...((((..(....)..))))))))).)))))))) New CC sens: 0.344, New CC ppv: 0.379, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -46.30 New CC F-measure-avg: 0.569, New CC F-measure-best: 0.984, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=SRP_00236; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ONC.VOL.; ORGANISM=NULL GUUGUGGCGAGCGCUUGUGAUCCAAGUGACUGGGAG (((......)))........(((.........))). .......(.((((((((.....)))))).)).)... .......(.((((((((.....)))))).)).)... Energy of known structure: -1.40 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -8.65 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.65 ...........((((((.....))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.70 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00240; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ORY.SA-B; ORGANISM=Oryza sativa GCCGAGCCAGGUAGCGUUGGCUUGUCACCCGAGCGGGGGCA ((((((((((......)))))))....(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). (((((((......)).)))))..(((.(((....)))))). Energy of known structure: -15.20 Initial sens: 0.231, Initial ppv: 0.231, Initial F-measure: 0.231, Initial Energy: -16.10 New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -16.10 ((((((((((......)))))))....(((....)))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.20 ..((((((((......))))))))...(((....))).... New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -14.60 (((....(((((..[[[[.))))).......]]]]..))). New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -14.53 ..((((((((......))))))))...(((.....)))... New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -14.20 (((......))).((.((.(((((.....))))).)).)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.10 ..((((((((......))))))))...(((......))).. New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -13.50 (((((((......)).)))))......(((....))).... New CC sens: 0.231, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -12.70 (((((((......)).)))))......(((.....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.30 New CC F-measure-avg: 0.415, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00247; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHA.MEI.; ORGANISM=NULL GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCG (((((((((........)))))).......))). (((((.....((((((......))))))))))). (((((.....((((((......))))))))))). Energy of known structure: -8.14 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.300, Initial Energy: -11.20 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -11.20 ((((((.....(((((......))))))))))). New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.300, New CC Energy: -10.80 (((....[[[[.)))..............]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.18 .......(((((((((......)))))..)))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.40 New CC F-measure-avg: 0.150, New CC F-measure-best: 0.300, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > SSTRAND_ID=SRP_00252; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PHY.RAM.; ORGANISM=NULL GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUA ((((((((((......)))))))....((((((......))))))))). ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).... Energy of known structure: -11.90 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.897, Initial Energy: -13.60 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.897, New CC Energy: -13.60 ..((((((((..[[[[))))))))...((((((]]]]..)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.765, New CC Energy: -13.38 .((((((..((.((((...(((((...))))).)))).))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.75 .((((((.....((((...(((((...))))).))))...))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.29 ..((((((((......))))))))...((((......))))........ New CC sens: 0.438, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.80 ..((((((....))).)))(((((...((((......))))..))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.30 ......((((((((.((..(((((...)))))..))..))))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.90 ((([[[[[[[..))).]]]]]]]....((((((......)))))).... New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -9.88 ....(((........))).(((((...((((......))))..))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.70 New CC F-measure-avg: 0.330, New CC F-measure-best: 0.897, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00265; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POD.ANS.; ORGANISM=NULL CGGCUGUAAUGGUCA .(((.......))). .((((.....)))). .((((.....)))). Energy of known structure: -1.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.750, Initial F-measure: 0.857, Initial Energy: -3.00 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -3.00 New CC F-measure-avg: 0.857, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=SRP_00266; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=POR.PUR.CL.; ORGANISM=NULL GCCCGAAAGUAUAUAAUUGUAGAAACUAAAUCUUGUCAGAACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAUGUUUACAUAUAGAAGAUAUGAUUUUCGGGUGUUUU ((((((((((.((((..(((..(((((.....((((....(((....)))....))))..).))))))))))).........))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... ((((((((((((((..((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))...)))).))))))))))..... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.724, Initial ppv: 0.677, Initial F-measure: 0.700, Initial Energy: -25.09 New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -25.09 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....))).))))........))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -23.63 ((((((((((((((...((((((.........((((....(((....)))....)))).....))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -23.63 ((((((((((.((((.((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))....))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.677, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -22.89 ((((((((((......((((((((((......((((....(((....)))....))))....)))).).)))))........))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -22.48 ((((((((((............((((......((((....(((....)))....))))....)))).(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.724, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -22.19 ((((((((((((((..((((((((((..............(((....)))............)))).).)))))...)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.607, New CC Energy: -22.17 ((((((((((.......((((((......[[[[[((....(((....)))....)).......)))))).....]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -22.00 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....))).))))........)))))).........))))))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -21.93 ((((((((((.((((..((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).........))))))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.741, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -21.93 ((((((((((.......((((((......[[[[[......(((....))).............)))))).....]]]]]...))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -21.91 ((((((((((......................((((....(((....)))....)))).........(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.79 ((((((((((.......((((((.........((((....(((....)))....)))).....)))))).............))))))))))..... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -21.49 ((((((((((((((..................((((....(((....)))....))))...................)))).))))))))))..... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -21.23 ((((((((((((((...((((((.................(((....))).............))))))........)))).))))))))))..... New CC sens: 0.552, New CC ppv: 0.696, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -20.92 ((((((((((..............................(((....))).................(((((.....)))))))))))))))..... New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.722, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 0.665, New CC F-measure-best: 0.769, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 15 > SSTRAND_ID=SRP_00268; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=PRO.ACN.; ORGANISM=NULL GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU (((((((((((..(((.(.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...).))).)..))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....)))))).).))))))))))))...... Energy of known structure: -32.29 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.464, Initial F-measure: 0.473, Initial Energy: -41.04 New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -41.04 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..)))..))))))))))))...... New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -40.78 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))..)))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -38.69 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).))...((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -38.49 ((((((((((((......((((............)))).(((((((.((((........)))).))))..))).))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.370, New CC Energy: -38.14 ((((((((((((.(((.....((.(.((((..(((...(((....))).....)))..)))).).))..))..)))))))))))))...... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.536, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -37.23 ((((((((((((......((((............))))(((....)))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -36.69 ((((((((((((.(.((.((((............))))(((....))).)).(((((......))))).....)))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -35.49 ((((((((((((.....(((((........(((.....(((....))).....)))))))).((.....))...))))))))))))...... New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -35.39 ((((((((((((.....((((..(((........))).(((....))).....)))).(((.......)))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -35.30 ((((((((((((((....((((............))))(((....))).)).(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -35.29 ((((((((((((.(((..((((............)))).)))...(((((................)))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.392, New CC Energy: -34.47 ((((((((((((......((((............))))(((....)))....(((((......)))))......))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.510, New CC Energy: -33.79 ((((((((((((.....(((((.(((........))).(((....)))........))))).((.....))...))))))))))))...... New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.520, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -33.60 ((((((((((((.....((((..(((........))).......))))......((((((.....))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.370, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.385, New CC Energy: -33.52 New CC F-measure-avg: 0.487, New CC F-measure-best: 0.615, New CC best-subopt: 8, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=SRP_00310; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.AG-A; ORGANISM=NULL GGAGCAACAUUUACUCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUGCUAAAUGUGUGCUCUUUUU ((((((.(((((((.(((.....((((....(((....)))....))))...)))..).))))))))..)))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... ((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))).).))))))).)))))).... Energy of known structure: -15.78 Initial sens: 0.913, Initial ppv: 0.840, Initial F-measure: 0.875, Initial Energy: -27.58 New CC sens: 0.913, New CC ppv: 0.840, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -27.58 (((((((((((((.((((.....((((..(((......)))....))))...))))...))))))).)))))).... New CC sens: 0.739, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.723, New CC Energy: -26.39 New CC F-measure-avg: 0.799, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00313; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=STR.COE.; ORGANISM=NULL CCCUCACGCGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGGCAGCAAGGGUAGGUCGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGG (((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).)))))))))) Energy of known structure: -36.59 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.906, Initial Energy: -43.64 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -43.64 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.962, New CC ppv: 0.926, New CC F-measure: 0.943, New CC Energy: -43.44 ((((((((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))..))))))))))) New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -39.89 ((((.(((((.(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).).))))))))). New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -38.54 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))).).)))))))))) New CC sens: 0.808, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.840, New CC Energy: -37.61 ((((((((((.(((((.((((((.............(((....)))..........))))))...)))))..)))))))))) New CC sens: 0.846, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -37.41 ((((((((((.......((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))..........)))))))))) New CC sens: 0.769, New CC ppv: 0.909, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -35.57 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))).).)))))))))) New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -35.41 ((((((((((.(((((............(((.....(((....))).....)))...........)))))..)))))))))) New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -35.21 New CC F-measure-avg: 0.846, New CC F-measure-best: 0.943, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=SRP_00350; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=TRO.WH-A; ORGANISM=NULL GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC ((((((((((..(((((.((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))))).)..)))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).)))..........((.(((((......))))).)).).)))))))))))..... Energy of known structure: -28.54 Initial sens: 0.333, Initial ppv: 0.346, Initial F-measure: 0.340, Initial Energy: -36.60 New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -36.60 (((((((((((..(((((((..((....(((.........))).....))..))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -36.27 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).)......((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -35.00 (((((((((((.....(((.(((........))).)))..........((.(((((......))))).))...)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -33.75 (((((((((((.((((((((..((....(((.........))).....))..)))))))...((....))..))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -33.57 (((((((((((..((((((((((.(....).)))..................))))))).(.((....)).).)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -32.92 (((((((((((.(.(.(((.(((.(....).))).))).).).........(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -31.25 (((((((((((.(...(((.(((.(....).))).))).............(((((......))))).....))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -30.50 (((((((((((.(((((((((((.(....).)))..................)))))))...((....))..))))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.346, New CC Energy: -30.22 (((((((((((.....(((.(((........))).))).............(((((......)))))......)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.409, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -30.00 (((((((((((.......((((((.......(((..(((........)))..)))..))))))..........)))))))))))..... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -29.75 (((((((((((.......(((((.((.((.(((...(((........)))..))).)).))...)))))....)))))))))))..... New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.346, New CC F-measure: 0.340, New CC Energy: -29.35 New CC F-measure-avg: 0.367, New CC F-measure-best: 0.600, New CC best-subopt: 10, New CC num-subopt: 11 > SSTRAND_ID=SRP_00371; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=YAR.LI-A; ORGANISM=NULL AGCUGUAAUGGCA .((.......)). .(((.....))). .(((.....))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -2.50 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -2.50 ...(((....))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.80 New CC F-measure-avg: 0.400, New CC F-measure-best: 0.800, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=SRP_00381; TYPE=Signal Recognition Particle RNA; EXT_SOURCE=SRP Database; EXT_ID=ZEA.MA-H; ORGANISM=NULL CCGAGCUCUGUAGCGAGUGCUUGUAACCCGAGCGGGGGC ((((((.((......)).))))....(((....))))). ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. ((..((((.((.((((....)))).))..))))..)).. Energy of known structure: -7.30 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -11.55 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.55 .(((((.((......)).)))))...(((....)))... New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -11.40 .(((((.((......)).)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.00 .(((((.((......)).)))))...(((......))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -10.30 .(((((............)))))...(((....)))... New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -8.99 ....((((.((.((((....)))).))..))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.90 ....(((((........((((((.....))))))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.59 .(((((............)))))...(((.....))).. New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -8.59 ....((((......))))........(((....)))... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -8.30 ....((((......))))(((((.....)))))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.10 ....((((......))))........(((.....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 .(((((............)))))...(((......))). New CC sens: 0.364, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -7.89 (((..(((.((.((((....)))).))..)))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.80 New CC F-measure-avg: 0.301, New CC F-measure-best: 0.857, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CGUAAAGCAUACGU ((((.....)))). ((((.....)))). ((((.....)))). Energy of known structure: -1.20 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -1.20 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -1.20 New CC F-measure-avg: 1.000, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=Bt_PrP; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCCCAUGGAGGUGGCUGGGGCCAGCCUCAUGGAGGUGGCUGGGG ...[[[[[[............((((((]]]]]]....)))))).. ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ ((((((((..(.((((....)))).)..))))).)))........ Energy of known structure: -11.27 Initial sens: 0.417, Initial ppv: 0.385, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -21.64 New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -21.64 ((((((((..(.((((....)))).)..)))))....)))..... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -20.44 (((((.....)).)))...(((((.((((...))))))))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.60 (((((((((....(((((....)))))))))))....)))..... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.50 ((((((((.....(((((....))))).))))).)))........ New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -18.30 .(((((..((((((((....)))).))))...........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.02 (((((.....)).))).....((((((..........)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -17.79 ((((((..........))))))(((((.(......).)))))... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -17.69 .(((((..((((((((....))).)))))...........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.62 New CC F-measure-avg: 0.289, New CC F-measure-best: 0.522, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=BWYV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCGGCACCGUCCGCGGAACAAACGG ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((..[[[[)))))......]]]] ..(((((..[[[[)))))......]]]] Energy of known structure: -13.69 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.69 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.69 .(((.....[[[[.))).......]]]] New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.54 ..(((((......))))).......... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -8.10 .(((.(((...))))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.30 .(((((....))..)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 New CC F-measure-avg: 0.443, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=Ec_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGC [[[[[.((((((..]]]]].....)))))) (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] Energy of known structure: -14.19 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.19 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.19 ...(((((.....)))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.20 ......((((((............)))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -6.89 (((((.........)))))........... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -5.80 ((((([[[......)))))......]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -5.13 New CC F-measure-avg: 0.571, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=Ec_PK4; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGAC ((((((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]] ((((((((((.(((........))).))))))))))................ ((((((((((.(((........))).))))))))))................ Energy of known structure: -14.15 Initial sens: 0.684, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.812, Initial Energy: -16.55 New CC sens: 0.684, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -16.55 ((((((((((((((....))))....))))))))))................ New CC sens: 0.526, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -14.10 New CC F-measure-avg: 0.709, New CC F-measure-best: 0.812, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=EC_S15; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GGGAUCGCUGAAUUAGAGAUCGGCGUCCUUUCAUUCUAUAUACUUUGGAGUUUUAAAAUGUCUCUAA ((((.((((((.[[[[[[[))))))))))...............................]]]]]]] ((((.((((((.[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]................... ((((.((((((.[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]................... Energy of known structure: -16.80 Initial sens: 0.588, Initial ppv: 0.625, Initial F-measure: 0.606, Initial Energy: -16.84 New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -16.84 ((((.((((((.[[[[[[.))))))))))....(((((.......)))))]]]]]]........... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -16.11 (((((((((((.[[[[[[.)))))).................]]]]]]...........)))))... 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New CC sens: 0.353, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -11.32 New CC F-measure-avg: 0.435, New CC F-measure-best: 0.606, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=HDV; TYPE=hepatitis delta virus ribozyme; EXT_SOURCE=Isambert and Siggia 2000; ggccggcatggtcccagcctcctcgctggcgccggctgggcaacauuccgaggggaccguccccucgguaauggcgaaugggaccca [[[[[[[..((((((((((........)))]]]]]]]......(((((((((((((...))))))))).)))).....))))))).. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. .((((((..[[[[[[[[[[[...{{{{...)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))....}}}}..]]]]]]].. Energy of known structure: -39.24 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -48.85 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -48.85 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)..((((((((((((.....)))))))).)))).............. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -45.95 .........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((.....)))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -44.45 .((((....[[[[[[[((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))...))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -44.29 .((((((..[[[[[[[[[[[((.....)).)))))).]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.806, New CC F-measure: 0.820, New CC Energy: -43.00 .((((((......(((((......))))).)))))).((((..((((((((((((.....)))))))).))))........).))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -42.59 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.633, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.644, New CC Energy: -42.37 (.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)......(((((((((...)))))))))................... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -41.85 .........(((((((((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))..........))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -40.35 .((((((..[[[[[[[(((........)))))))))...((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.933, New CC F-measure: 0.933, New CC Energy: -40.23 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -39.95 .((((((......(((((......))))).)))))).......((((((((((((.....)))))))).)))).............. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -39.84 .((((((..[[[[[[[(((........))))))))).......((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.933, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.966, New CC Energy: -39.73 ..(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -39.15 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.772, New CC Energy: -39.03 .((((((..[[[[[[[[[[[((.....)).)))))).]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -38.90 .........(((((((((......))...(((((....(....)...(((((((((...)))))))))...)))))..))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -38.50 .((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -38.27 ..(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -38.23 .........(((((((((((.........[[[[[...))))......(((((((((...)))))))))...]]]]]..))))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.582, New CC Energy: -38.19 New CC F-measure-avg: 0.643, New CC F-measure-best: 0.966, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=HDV_anti; TYPE=anti-genomic HDV; EXT_SOURCE=Ferre-D'Amareand et al 1998; GGGUCGGCAUGGCAUCUCCACCUCCUCGCGGUCCGACCUGGGCAUCCGAAGGAGGACGCACGUCCACUCGGAUGGCUAAGGGAGAGCCACU .((((((........[[[[(((.......)))))))))....(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]....... .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. Energy of known structure: -19.93 Initial sens: 0.167, Initial ppv: 0.143, Initial F-measure: 0.154, Initial Energy: -40.20 New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.143, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -40.20 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))...(((((((]]]]]]............)))))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.642, New CC Energy: -39.42 .........((((.(((((.((((((((..((((.....))))...)).)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.160, New CC Energy: -37.80 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......))))))..((.(((((....)))))))....))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.157, New CC Energy: -37.00 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -35.18 .........((((.(((((.((((((....(((((...)))))......)))))).....(((((....)))))......))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -34.60 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[......)))))))((....))..]]]]]]..((.(((((....)))))))....]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.323, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -34.45 ..(((.....))).(((((.((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....)))))))....)))))...... New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.148, New CC F-measure: 0.157, New CC Energy: -34.30 .........((((.(((((.((...(((.....)))...)).(((((((....((((....))))..)))))))......))))))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -32.90 (((((((..[[[[.[[[[[.[[[[[[[[....))))))).......]].]]]]]].....(((((....)))))......]]]]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -32.78 (((((((.((.((..............)).))))))))).....(((((.(..((((....)))).))))))(((((.......))))).. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -32.68 .........((((.......((((((((..((((.....))))...)).))))))..((.(((((....))))))).........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -32.40 (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))((.(((((((.(..((((....)))).)))))))).))...]]]]]]]]].. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -32.37 .........((((.(((((...(((((...((((.....))))........))))).((.(((((....)))))))....))))))))).. New CC sens: 0.167, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.163, New CC Energy: -32.25 New CC F-measure-avg: 0.340, New CC F-measure-best: 0.842, New CC best-subopt: 12, New CC num-subopt: 13 > SSTRAND_ID=HIVRT32; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUCAACGGGAAAAUGAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.40 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.40 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.40 ((((((.[[[[[..)))...]]]]]...))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -6.62 ...(((.[[[[[..)))...]]]]].......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -6.52 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -6.50 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.92 (((....(((((........)))))...))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -4.84 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -4.60 ((((((.[[[[...))).....]]]]..))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.37 ...(((.[[[[...))).....]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.27 ...(((.(((((........)))))......))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -3.14 New CC F-measure-avg: 0.494, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=HIVRT322; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGGGUAACGGGAAAAUGCCCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -7.48 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.48 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.48 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -6.60 .........((....))....(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.30 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.00 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -4.60 .....(((((....)))))..(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 ....((((((((........)))...))))).... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -4.00 .........((....))....(((.......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.80 .......(((((..[[[...)))))......]]]. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -3.66 ........(((...)))....(((......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.10 New CC F-measure-avg: 0.374, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > SSTRAND_ID=HIVRT33; TYPE=HIV-1-RT ligand RNA; EXT_SOURCE=Turek et al 1992; UCAAGUAUUCCGAAGCUUGACGGGAAAAUAAGCUA .......[[[[[.((((((.]]]]]...)))))). .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. .......(((((.[[[[[[.)))))...]]]]]]. Energy of known structure: -5.24 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.24 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.24 ((((((........))))))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.90 ((((((.[[[[[..))))))]]]]].......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -4.86 .......(((((........))))).......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -4.60 .......((((..[[[[[[...))))..]]]]]]. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.76 ((((((.[[[[...))))))..]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.48 .............((((((.........)))))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -3.40 ...(((.(((((........)))))......))). New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -3.14 .......((((...........))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.19 ...(((.((((...........)))).....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.39 .....(((((((........)))...))))..... New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -1.30 New CC F-measure-avg: 0.383, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > SSTRAND_ID=Hs_Prp; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; GCCUCAUGGUGGUGGCUGGGGGCAGCCUCAUGGUGGUGGCUGGGG ...((((((.............[[[[[))))))....]]]]]... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... (((((((.((((.(((((....))))))))).)))).)))..... Energy of known structure: -9.11 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -21.60 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.60 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > SSTRAND_ID=LP_PK1; TYPE=tmRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CGAGAAGGAGAUCUCUCGUAAAUAAGACUC [[[[[..(((.((]]]]].......))))) .((((..[[[.))))............]]] .((((..[[[.))))............]]] Energy of known structure: -7.63 Initial sens: 0.300, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.353, Initial Energy: -5.03 New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -5.03 (((((........)))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -4.80 (((((..[[[...))))).........]]] New CC sens: 0.800, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -3.68 .((((......))))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.10 .......(((....)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.70 New CC F-measure-avg: 0.382, New CC F-measure-best: 0.889, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=minimalIBV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGUAUCAGUCAGGCUCGGCUGGUACCCCUUGCAAAGCGAGCCU (((((((((((..[[[[[[)))))))))))........]]]]]]. ((((((((((((......))))))))))))............... ((((((((((((......))))))))))))............... Energy of known structure: -21.98 Initial sens: 0.647, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.759, Initial Energy: -21.80 New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -21.80 ((((((((((((......))))))))))))((((...)))).... New CC sens: 0.647, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -21.30 .(((((((((((......)))))))))))(((((...)))))... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.606, New CC Energy: -20.20 New CC F-measure-avg: 0.677, New CC F-measure-best: 0.759, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 2 > SSTRAND_ID=MMTV; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCAGUCCCCUAGCCCCACUCAAAAGGGGGAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -23.85 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -25.74 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -25.74 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -23.03 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -18.39 .(((..[[[[[[[...)))........]]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -15.46 (((((.....[[[.)))))..........]]].. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -14.36 (((...[[[[[[[..))).........]]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -14.13 (((((..[[[[...)))))........]]]]... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.05 ((((....))))...((((.((....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.40 ((((....))))...((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.30 ((((...))))....((((.((....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.30 ((((....))))...((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.20 ((((...))))....((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.20 (((((((....)).))))).(((....))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -11.60 ((((([[[.{{{{.)))))]]]......}}}}.. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -11.53 ((((.....))))..((((.((....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.40 ((((.....))))..((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.30 ((((.[[[))))...((((]]].....))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.20 ((((...))))....((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.10 ((((.[[[))))...((((]]]......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.90 (((((.........))))).(((....))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -10.90 New CC F-measure-avg: 0.276, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=MMTV_vpk; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCGCAGUGGGUCAGCGCCACUCAAAAGGCCCAU [[[[[..((((((.]]]]]........)))))). (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -21.35 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -23.24 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -23.24 (((..[[[[[)))....]]]]]............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.43 (((((.........)))))............... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -9.30 ......(((((((..............))))))) New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -8.53 ((((.((((((....).)))))).....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 (((....(((((.......)))))....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.74 (((..(((((.......)))))......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.74 (((((..[[[[[..)))))]]]]].......... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -7.03 New CC F-measure-avg: 0.341, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=pKA_A; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGCCGCCAGGCUCCAGCGGCCUUGCAAAAGGAGCCU [[[[[[..((((((.]]]]]]........)))))). ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] ((((((.[[[[[[[.))))))........]]]]]]] Energy of known structure: -25.76 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.923, Initial F-measure: 0.960, Initial Energy: -27.25 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.960, New CC Energy: -27.25 .......(((((((....((...))....))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -12.69 .......(((((((.(((....)))....))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -12.10 ((((((.........))))))............... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -11.60 ((((....))))...((..((((....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.10 (((.((.(((((.....))))).)).......))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.34 ((((....)))).....((((((....)))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.00 ((((((..(....).))).((((....)))).))). New CC sens: 0.250, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -8.80 New CC F-measure-avg: 0.376, New CC F-measure-best: 0.960, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SSTRAND_ID=satRPV; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; ACAGAGCGCGUACUGUCUGACGACGUAUCCGCGCGGACUAGAAGGCUGGUGCCUCGUCCAACAAAUAGAUACA ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]](((((((....))))).))))))).........}}}}}. Energy of known structure: -20.80 Initial sens: 0.636, Initial ppv: 0.538, Initial F-measure: 0.583, Initial Energy: -23.65 New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -23.65 ((((.[[[[[..))))..(((((.{{{{{]]]]]..(((((....)))))...))))).........}}}}}. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -23.55 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -23.07 .....((((((((.(((....))))))..)))))((((....((((....)))).)))).............. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -21.85 ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))). New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.80 .....(((((....[[[[{{{{{.<<<<<)))))........]]]].......}}}}}.........>>>>>. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.488, New CC Energy: -20.60 ((((.[[[[[..)))).............]]]]]((((....((((....)))).)))).............. New CC sens: 0.773, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -19.88 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))(((((((....))))).))]]]]].........}}}}}. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.455, New CC Energy: -18.84 .....(((((........[[[[[.{{{{{)))))..(((((....)))))...]]]]].........}}}}}. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -18.74 .....(((((....[[[[......{{{{{)))))((((....]]]].........))))........}}}}}. New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -18.46 .....(((((....(((....)))[[[[[)))))((((....((((....)))).))))........]]]]]. New CC sens: 0.818, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -18.20 .....((((((((.(((....))))))..)))))........((((....))))................... New CC sens: 0.409, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -17.80 .(((([[[[[.....)))).....(((((]]]]]........((((....)))).............))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -17.72 New CC F-measure-avg: 0.666, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 12 > SSTRAND_ID=SRV_1; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; GGGGCCAGCCCCAGGCCCCGAAACAAGCUUAUGGGGCA ((((((.[[[[[.)))))).............]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]]. Energy of known structure: -28.13 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.917, Initial F-measure: 0.957, Initial Energy: -28.69 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.917, New CC F-measure: 0.957, New CC Energy: -28.69 ((((....))))..((((((.((.....)).)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.60 ((((....))))..((((((...........)))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.99 ((((((...[[[.))))))..............]]].. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -17.64 ((((((.......)))))).......(((.....))). New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -16.30 ((((((..[[[..)))))).............]]]... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -15.01 New CC F-measure-avg: 0.459, New CC F-measure-best: 0.957, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=T2_gene32; TYPE=viral ribosomal RNA frame-shifting signals; EXT_SOURCE=Giedroc et al 2000; CUGACCAGCUAUGAGGUCAUACAUCGUCAUAGC .[[[[[.(((((((]]]]].......))))))) .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] .(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -16.32 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -16.32 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.32 .......(((((((.(........).))))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.700, New CC Energy: -9.55 .......((((((((((.....))).))))))) New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -8.30 .(((((....[[[[)))))....]]]]...... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -6.48 .(((((........))))).............. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -6.10 New CC F-measure-avg: 0.680, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=T4_gene32; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGCCAGCUAUGAGGUAAAGUGUCAUAGC [[[[.(((((((]]]].....))))))) ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] Energy of known structure: -13.16 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.16 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.16 .....(((((((.(.....).))))))) New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -7.80 New CC F-measure-avg: 0.868, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > SSTRAND_ID=TMV.L; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; AUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGG ............[[[.((((]]].....))))[[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) ................(((((.((((...[[[[{{{{))))..<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) Energy of known structure: -24.15 Initial sens: 0.160, Initial ppv: 0.160, Initial F-measure: 0.160, Initial Energy: -25.22 New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.160, New CC Energy: -25.22 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -20.98 ..............(((((((.((((.......[[[[))))..{{{{...)))))))......((((]]]]....}}}}.)))) New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.167, New CC Energy: -20.89 ..........((((((...))))))...........((((((......))))))((((.....[[[[.))))........]]]] New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.850, New CC F-measure: 0.756, New CC Energy: -20.71 ................((((..[[[[..)))).((((]]]]..[[[[(((((...)))))...{{{{))))....]]]].}}}} New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.320, New CC Energy: -19.93 ................(((((.((((.......[[[[))))..{{{{.)))))..........((((]]]]....}}}}.)))) New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.63 ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))................]]]]..... New CC sens: 0.360, New CC ppv: 0.450, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.58 ..........((((((...))))))....(((([[[[(((((......)))))..))))....((((]]]].........)))) New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.42 ................(((((........[[[[{{{{......<<<<.)))))..]]]]....((((}}}}....>>>>.)))) New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -19.13 ..........((((((...))))))........(((((((((......)))))..........[[[[)))).........]]]] New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -19.01 ..........((((((...))))))....(((([[[[......{{{{........))))....((((]]]]....}}}}.)))) New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.318, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -18.62 ..........((((((...))))))....((((...((((((.[[[[.)))))).))))....((((........]]]].)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -18.38 ..........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -18.30 ......................((((...[[[[{{{{))))..((((........]]]]....[[[[}}}}....)))).]]]] New CC sens: 0.160, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.178, New CC Energy: -18.12 ................(((((........)))))..((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.583, New CC Energy: -17.57 ................(((((.((((..(((.....)))..))))...))))).((((.....[[[[.))))........]]]] New CC sens: 0.320, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.356, New CC Energy: -17.56 ................((((........))))....((((((.[[[[.))))))((((.....{{{{.))))...]]]].}}}} New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -17.38 ................(((((........)))))..((((((......))))))((((.....[[[[.))))........]]]] New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -17.31 ................((((........))))....((((((......))))))((((.....[[[[.))))........]]]] New CC sens: 0.720, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -17.11 ..........((((((...))))))...........((((((.[[[[.))))))((((..........))))...]]]]..... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -16.54 New CC F-measure-avg: 0.461, New CC F-measure-best: 0.837, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Tt_LSU_P3P7; TYPE=ribozyme; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; AGACCGUCAAACACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGG .(((((.((....[.[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]]]. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. .(((((.((......[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]].. Energy of known structure: -16.60 Initial sens: 0.950, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.974, Initial Energy: -17.66 New CC sens: 0.950, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.974, New CC Energy: -17.66 .(((((.((.............)).))))).(((((((.....)))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -17.11 ...............(((((..((((.....(((((((.....)))))))....))))))))).. 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New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.611, New CC F-measure: 0.579, New CC Energy: -13.52 New CC F-measure-avg: 0.551, New CC F-measure-best: 0.974, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > SSTRAND_ID=TYMV; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=Deiman et al 1997; UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......))))[[[...((((((]]]...))))))... (((((([[[[)))))).((((((((((.......))))))......]]]].....[[[...))))((((((]]]...))))))... (((((([[[[)))))).((((((((((.......))))))......]]]].....[[[...))))((((((]]]...))))))... Energy of known structure: -31.08 Initial sens: 0.480, Initial ppv: 0.414, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -28.18 New CC sens: 0.480, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -28.18 ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....(((.((....[[[)))))..((((((]]]...))))))... 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New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -23.43 ((((((....))))))....(((((((.......)))))))....(((.((.......)))))..((((((......))))))... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -23.40 ((((((....)))))).((((((((((.......))))))....((((.......))))..))))((((((......))))))... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.627, New CC Energy: -23.40 ....(((((......)))))((((((([[[....)))))))....]]].......(((.......[[[[[[)))...]]]]]]... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -23.39 New CC F-measure-avg: 0.653, New CC F-measure-best: 0.936, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > AKV-MuLV GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCACUGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))...(((((......)).)))..]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))...(((((......)).)))..]]]]]]] Energy of known structure: -29.80 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.647, Initial F-measure: 0.688, Initial Energy: -25.23 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.647, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -25.23 ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -24.53 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -23.94 ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). 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Energy of known structure: -30.40 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.500, Initial F-measure: 0.444, Initial Energy: -23.86 New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -23.86 ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] New CC sens: 0.867, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.929, New CC Energy: -23.63 ((((((.......[[[[[[))))))..................]]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -22.37 ((((((...[[[[{{{{{{)))))).]]]].............}}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -22.13 (((((([[[[[..{{{{{{)))))).......]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -21.74 (((((([[[[[.{{{{{{.)))))).......]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -21.64 (((((....)))))(((((.(((....))).((.......)).))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.80 (((((([[[[[{{{{{...)))))).......]]]]]......}}}}}.. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -19.70 ((((((...[[[[.{{{{{)))))).]]]]..............}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -19.20 (((...[[[[[..{{{{{{.[[[))).]]]..]]]]]......}}}}}}. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.05 (((((([[[[[...{{{{{)))))).......]]]]].......}}}}}. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -18.80 ((((((........[[[[[))))))...................]]]]]. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -18.61 (((((....)))))(((((.(((....))).............))))).. 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New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.47 New CC F-measure-avg: 0.320, New CC F-measure-best: 0.929, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > BLV GGGGGGACUUAGCGCCCCCCAAACCGU ((((((.....[[[))))))....]]] ((((((........))))))....... ((((((........))))))....... Energy of known structure: -11.44 Initial sens: 0.667, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -13.90 New CC sens: 0.667, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -13.90 ((((((.....[[[))))))....]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.44 .(((((.....[[[.)))))....]]] New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -11.44 .(((((.........)))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.00 New CC F-measure-avg: 0.538, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 3 > Bp_PK2 CCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGGGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGCAACCCCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAAU .((((((..(((....[[[[[[..))).((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... Energy of known structure: -41.52 Initial sens: 0.793, Initial ppv: 0.852, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -49.20 New CC sens: 0.793, New CC ppv: 0.852, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -49.20 .((((((.(((((((......)))))))((((((((((....))))))..((((...))))...)))).))))))............... 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New CC sens: 0.448, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -40.30 New CC F-measure-avg: 0.696, New CC F-measure-best: 0.945, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 5 > BVDV_IRES GGGUAGCAACAGUGGUGAACAGCCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUGUAUUGCUACUAAAAAUCUCUGCU .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. Energy of known structure: -24.51 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.51 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.51 .((((((((((((((.(..((((((.....)).))))......))))))))..)))))))............. New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -24.19 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))............. 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New CC sens: 0.560, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -21.74 New CC F-measure-avg: 0.725, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > BYDV-NY-RPV GGCGGCGGCGUCCGCCGUAACAAACGC (((((..[[[[))))).......]]]] (((((..[[[[))))).......]]]] (((((..[[[[))))).......]]]] Energy of known structure: -14.83 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.83 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.83 .(((((((...)))))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.20 (((((......)))))........... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -9.20 .((((((((....)))))......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.90 ....(((((....)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.60 New CC F-measure-avg: 0.343, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > Cas-Br-E-MuLv GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] ...(((((.[[[[[[[)))))....(((.....))).......]]]]]]] Energy of known structure: -29.80 Initial sens: 0.733, Initial ppv: 0.733, Initial F-measure: 0.733, Initial Energy: -24.53 New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.733, New CC F-measure: 0.733, New CC Energy: -24.53 ((((.....[[[[[[[((((....))))...))))........]]]]]]] New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -23.94 ((((.....))))((((((((....(((.....))).....)))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.37 ((((((((........)))).)))).......(((((......))))).. New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -20.60 ((((((((........)))).)))).......(((((.......))))). New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -19.10 ((((.....[[[[[[[.....))))(((.....))).......]]]]]]] New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.759, New CC Energy: -18.25 ((((.........[[[[[[[[..........))))......]]]]]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.14 .........(((((((((((....))))...............))))))) New CC sens: 0.467, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -18.12 ((((.........[[[[[[[[))))(((.....))).....]]]]]]]]. New CC sens: 0.267, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.267, New CC Energy: -18.09 ((((.....))))...((((....))))....(((((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -17.20 ((((((((........)))).)))).......((((.......))))... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -17.20 New CC F-measure-avg: 0.409, New CC F-measure-best: 0.759, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 10 > CoxB3 ACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)).... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... .((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... Energy of known structure: -28.36 Initial sens: 0.680, Initial ppv: 0.895, Initial F-measure: 0.773, Initial Energy: -28.48 New CC sens: 0.680, New CC ppv: 0.895, New CC F-measure: 0.773, New CC Energy: -28.48 .((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.720, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -27.25 (((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.578, New CC Energy: -24.98 New CC F-measure-avg: 0.729, New CC F-measure-best: 0.837, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > CSFV_IRES GACUAGCCGUAGUGGCGAACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAUUAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGCUG .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. Energy of known structure: -24.19 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -24.19 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -24.19 .((((((((((((((......((((....))))(((.....))))))))))..)))))))................ New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -23.30 .(((((((.[[[[[[.........((((((((.(((.....))))).)))))))))))))..........]]]]]] New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.292, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -21.75 .((((((((((((((......((((....))))...........)))))))..)))))))................ New CC sens: 0.720, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.837, New CC Energy: -20.63 .....((((...))))..((..((((((((((.(((.....))))).))))))))...))................ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.50 .....(((.....)))......((((((((((.(((.....))))).))))))))..................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.20 .....((((...))))......((((((((((.(((.....))))).)))))))).(((((..........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.79 .....(((.....)))......((((((((......[[[[[[[....))))))))............]]]]]]].. New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.389, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -19.61 .(((((((....[[[[[.......((((((((.(((.....))))).)))))))))))))...........]]]]] New CC sens: 0.280, New CC ppv: 0.304, New CC F-measure: 0.292, New CC Energy: -19.24 ...(((((((....))).((..((((((((((.(((.....))))).))))))))...))............)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -18.90 New CC F-measure-avg: 0.352, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 9 > EIAV GGGGCUCAAGGGAGGCCCCAGAAACAAACUUUCCC ((((((...[[[[))))))............]]]] (((((((....)).)))))................ (((((((....)).)))))................ Energy of known structure: -16.73 Initial sens: 0.500, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -11.50 New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -11.50 ((((((.......))))))................ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -11.40 (((((((....)).))))).((((.....)))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -11.10 ((((((.......)))))).((((.....)))).. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -11.00 (((......[[[[[[)))...........]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -10.16 ((((((.[[[[..)))))).........]]]]... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -9.82 (((.(((....))).)))................. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.80 (((.(((....))).)))..((((.....)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.60 New CC F-measure-avg: 0.429, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > FeLV GGGCCAGGACCCCCCCCCCUGAGCCCAGGAUAACCUUAAGAAUAGGGGGG ((((((((...[[[[[[)))).))))..................]]]]]] ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] ((((((((..[[[[[[.)))).))))(((....)))........]]]]]] Energy of known structure: -27.06 Initial sens: 0.571, Initial ppv: 0.471, Initial F-measure: 0.516, Initial Energy: -26.50 New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -26.50 ((((((((...[[[[[[)))).))))(((....)))........]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.903, New CC Energy: -25.86 ((((((((.[[[[[[..)))).))))(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.516, New CC Energy: -24.00 ((((((((.[[[[[...)))).))))(((....)))........]]]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -22.00 ((((.........[[[[[[[[.))))(((....)))......]]]]]]]] New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.267, New CC F-measure: 0.276, New CC Energy: -21.79 (((......))).((((((((..(..(((....)))...)..)))))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.90 ((((((((.........)))).)))).......(((((....)))))... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.593, New CC Energy: -17.60 ((((((((.[[[[....)))).))))(((....)))........]]]].. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -17.40 (((........)))(((((((..(..(((....)))...)..))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -16.50 ((((.....[[[[[[.......))))(((....)))........]]]]]] New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.308, New CC F-measure: 0.296, New CC Energy: -16.07 New CC F-measure-avg: 0.419, New CC F-measure-best: 0.903, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 9 > FIV GGGGCGAGCUGCAGCCCCAGUGAAUCAAAUGCAGC [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] (((((..[[[[[[)))))...........]]]]]] Energy of known structure: -20.91 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -20.91 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -20.91 (((....[[[[[[.)))............]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -14.53 .(((...[[[[[[..)))...........]]]]]] New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -12.60 (((((........)))))................. New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -11.60 New CC F-measure-avg: 0.706, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > HCV_229E CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAACAGUUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((...[[[[[))))))))))))................]]]]]........ ((((((((((((...[[[[[))))))))))))................]]]]]........ Energy of known structure: -28.72 Initial sens: 0.708, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.829, Initial Energy: -29.65 New CC sens: 0.708, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.829, New CC Energy: -29.65 ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -28.72 ((((((((((((........)))))))))))).......(((((((........))))))) New CC sens: 0.792, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.884, New CC Energy: -28.50 New CC F-measure-avg: 0.904, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 2 > HCV_Ires CCUCCCGGGAGAACUGCCUGAUAGGGUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUCGUAG (((((((((......(((......)))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]. (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ (((((((((.(.(((((((....)))).......))).))))))))))........ Energy of known structure: -19.98 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.706, Initial F-measure: 0.649, Initial Energy: -24.29 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -24.29 (((((((((.......(((...)))(..((....))..))))))))))........ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -21.80 ........((((.((.((((...(((..((....))..))))))))).)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -20.35 (((((((((......((((....))))............)))))))))........ New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -20.27 (((((((((......((((....))))..[[[[[[[...))))))))).]]]]]]] New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -20.25 (((((((((.(.(((.(((...))).........))).))))))))))........ New CC sens: 0.450, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -19.75 ........((((....((((...(((..((....))..)))))))...)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -19.59 New CC F-measure-avg: 0.470, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 6 > HDV-It_g UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((.....)))))))).)))).............. Energy of known structure: -47.24 Initial sens: 0.375, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -46.15 New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -46.15 ..........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((.....)))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.644, New CC Energy: -44.45 ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((.....)))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.906, New CC ppv: 0.906, New CC F-measure: 0.906, New CC Energy: -44.15 ((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.906, New CC ppv: 0.967, New CC F-measure: 0.935, New CC Energy: -43.65 ((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....(((((((((...)))))))))................... New CC sens: 0.281, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -42.55 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.623, New CC Energy: -42.37 ((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.644, New CC Energy: -41.24 ((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.760, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -40.74 ..........(((((((((((....((((....)))).))))......(((((((((...)))))))))..........))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -40.35 ..((((((......(((((......))))).))))))((((...((((((((((((.....)))))))).))))..........)))) New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.610, New CC Energy: -40.31 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).............. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -39.95 ((((((((..[[[[[[[(((........)))))))))))(....)...(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -39.75 ...(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((.....)))))))).))))))............ New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -39.15 ...(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((.....)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.815, New CC F-measure: 0.746, New CC Energy: -39.03 ..........(((((((......((((((..(((.....)))......(((((((((...)))))))))...)))))).))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -38.94 ((((((((..[[[[[[[......[[[[[...))))))))(....)...(((((((((...)))))))))....]]]]].]]]]]]].. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.767, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -38.89 ..........(((((((((((..[[[[[(((....)))))))......(((((((((...)))))))))....]]]]].))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -38.74 ..........(((((((((......))...(((((....(....)...(((((((((...)))))))))...)))))..))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -38.50 ..........(((((((......((((((..(((.....)))..)...(((((((((...)))))))))....))))).))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.561, New CC Energy: -38.44 ..((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]......(((((((((...)))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -38.27 New CC F-measure-avg: 0.614, New CC F-measure-best: 0.935, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-1 ucaagAAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAACAa .......[[[[[..((((((]]]]]...))))))... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... Energy of known structure: -5.31 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -5.31 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -5.31 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -5.00 (((....(((((........))))).....))).... New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -4.97 ..............((((((........))))))... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -4.40 ....(((.......)))..((((......)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.80 .......((((...[[[[[[..))))..]]]]]]... New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -3.53 .......(((..(((((......)))))...)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.85 (((....((((...........))))....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.78 .......((((...........))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.19 .......(((.(((((.........))))).)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.90 ............(((((......)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.60 ....((([[[[[..)))...]]]]]............ New CC sens: 0.455, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -1.49 .......(((..(((((.....)))))....)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.45 ...(((((...)))))...((((......)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.30 New CC F-measure-avg: 0.282, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > HIV-1-RT-1-3a gAAUAUCUUCCGAAGCCGAACGGGAAAACCGGCaucu .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... Energy of known structure: -9.79 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.79 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.79 .......((((...[[[[....))))...]]]].... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -8.20 .....((((..[[.[[[[...))))....]]]].]]. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -7.61 .....(((...[[.[[[[...))).....]]]].]]. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -7.57 ...........((.((((...........)))).)). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -6.64 .....((((.....[[[[...))))....]]]].... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -6.12 .....(((......[[[[...))).....]]]].... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.08 ..............((((...........)))).... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -5.89 (((....))).((.((((...........)))).)). New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -5.34 .......(((([[.[[[[....))))...]]]].]]. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -5.05 (((....)))....((((...........)))).... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -4.69 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -4.40 ....................(((.....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 (((....)))..........(((.....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.10 New CC F-measure-avg: 0.467, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > HIV-1-RT-1-6 gAAGAAGAUUACCCAAGCGCAGGGGAGAAGCGCaucu ...........[[[..((((.]]].....)))).... ...........(((..[[[[.))).....]]]].... ...........(((..[[[[.))).....]]]].... Energy of known structure: -15.07 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -15.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -15.07 .....((((..(((..[[[[.))).....]]]])))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -14.17 ..(((......(((..[[[[.))).....]]]].))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -13.77 ...........(((..[[[[..)))....]]]].... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -11.23 .....((((..(((..[[[[..)))....]]]])))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -10.33 ..(((......(((..[[[[..)))....]]]].))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -9.93 ...........(((..[[[[.))).(((.]]]].))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.824, New CC Energy: -7.55 ...........(((..[[[[..)))(((.]]]].))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -6.25 ................((((.........)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -6.20 .....((((.......((((.........)))))))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -4.64 ...........(((.......)))............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -4.00 ...........(((........)))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 ...........(((.......))).(((......))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -2.90 .....((((..(((.......))).........)))) New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -2.40 ..(((...........((((.........)))).))) New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -2.21 New CC F-measure-avg: 0.580, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > HIV-1-RT-1-7 agGAAUCGACCCAAGCCAAAGGGGAUAAUGCGGCauc .........[[[..(((...]]]........)))... .........(((..[[[...)))........]]]... .........(((..[[[...)))........]]]... Energy of known structure: -7.33 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -7.33 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -7.33 .........(((..[[[....))).......]]]... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -7.25 .((.......))..(((...(.(.....).))))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -4.75 .........(((........))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -4.30 .((.......))..(((..............)))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -4.03 ....(((..(((..[[[...)))))).....]]]... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -3.77 ....(((..(((........))))))........... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -3.70 .........(((..[[[...)))(((.....]]]))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -3.44 .........(((.........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.20 ....(((.......[[[......))).....]]]... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -2.99 .........(((........)))....(((...))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -1.70 .....(((.(((........))).......))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -1.39 .........(((........)))(((........))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -1.20 .....(((.(((.........)))......))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.14 ....(((..(((........)))))).(((...))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -0.80 New CC F-measure-avg: 0.512, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 14 > HIV-1-RT-1-8 ucaagGAUUAACCGACGCCAACGGGAGAAUGGCAGGGau ...........[[[..((((.]]].....))))...... ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... Energy of known structure: -13.27 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.27 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.27 ...........((...((((.(....)..))))..)).. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.36 ....((.....))...((((.........))))...... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -5.20 ...........(((.......)))............... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -2.70 New CC F-measure-avg: 0.697, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > HIV-1-RT-1-9b gAGAGUAUCAUCCGUGCCGGCGGGAUAUCGGCGaucu ..........[[[[((((((]]]]...)))))).... ((..((....(((((....)))))......))..)). ((..((....(((((....)))))......))..)). Energy of known structure: -6.54 Initial sens: 0.400, Initial ppv: 0.444, Initial F-measure: 0.421, Initial Energy: -6.95 New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -6.95 ..............((((((.......)))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -6.70 ....(((((..((((....)))))))))......... New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -6.20 .((((((((..((((....)))))))))......))) New CC sens: 0.300, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -5.30 .........((((.[[[[[[..)))).]]]]]].... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -5.10 ..........(((((....)))))............. New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -5.00 ....(((((..(((...)))...)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.90 ......(((..(((..((....))....))).))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.80 .........(((...(((((.......)))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -4.80 ....((((.[[[[)))).....]]]]........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.56 ....((((.....))))((.(((....))).)).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 .(((((((.[[[[)))).....]]]]........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.36 ...........(((..((....))....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 .(((.......(((..((....))....)))...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 .((((((((..(((...)))...)))))......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.00 ..............((((((..[[[[.))))))]]]] New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -3.91 .(((..........((((((.......)))))).))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -3.65 .(((......(((((....)))))..........))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -3.55 .(((((((.....))))((.(((....))).)).))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.50 New CC F-measure-avg: 0.270, New CC F-measure-best: 0.750, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 18 > HIV-1-RT-2-10 agUAAAUGAGUCCGUAGGAGGCGGGAUAUCUCCaAcu ..........[[[[..(((((]]]]...))))).... .............((.(((((.......))))).)). .............((.(((((.......))))).)). Energy of known structure: -11.66 Initial sens: 0.556, Initial ppv: 0.714, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -5.95 New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -5.95 .......((((((((.....)))))....)))..... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -5.90 ................(((((.......))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -5.40 .........(((([[.[[[[[..)))).]]]]].]]. New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -5.27 (((....((((((((.....)))))....)))..))) New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -5.25 ..........(((((.....)))))............ New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.20 .........((((...[[[[[..)))).]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -4.71 (((.......(((((.....))))).........))) New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -4.25 ..........(((...)))...(((.....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.20 ...........((......)).(((.....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.20 (((.......(((...)))...(((.....))).))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.60 (((........((......)).(((.....))).))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.60 (((......(((...[[[.)))......]]]...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.57 .........(((...[[[.)))......]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.47 ........(((((......)).(((.....))).))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.20 .........(((.......))).(((....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.10 (((......(((....[[[)))......]]]...))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.07 ........(((.....(((((.......))))).))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -3.05 .........(((....[[[)))......]]]...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.97 .........(((.......)))(((.....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.90 New CC F-measure-avg: 0.245, New CC F-measure-best: 0.714, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-2-11 gUCAUAUUACCGUUACUCCUCGGGAUAAAGGAGaucu .........[[[...(((((]]].....))))).... .........(((...[[[[[))).....]]]]].... .........(((...[[[[[))).....]]]]].... Energy of known structure: -13.14 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.14 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.14 ...............(((((........))))).... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -6.10 ....((((.(((...[[[[[))))))).]]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -5.11 (((......(((...[[[[[))))))..]]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -3.75 ....((((.(((........))))))).......... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -3.60 .........(((........))).............. New CC sens: 0.375, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -3.40 ...............(((((..[[[[..)))))]]]] New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -2.87 New CC F-measure-avg: 0.706, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-12 ucaagAAUAAUCCGACUCGCGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[.((((]]]]....))))...... ..........((((.[[[[))))....]]]]...... ..........((((.[[[[))))....]]]]...... Energy of known structure: -6.06 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -6.06 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -6.06 ...............((((........))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -4.00 ..........((((.....)))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.50 .........((((........))))............ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.30 .........((((..[[[[..))))..]]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -2.87 .........((((..[[[...))))........]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.92 ...............(((.((......))....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.50 New CC F-measure-avg: 0.405, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-1b caagAAUAUAUCCGAACUCGACGGGAUAACGAGAAGaGc ..........[[[[..((((.]]]]....))))...... ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... Energy of known structure: -9.86 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -9.86 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.86 ........(((((..........)))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.79 ................((((.........))))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.20 ........(((((...[[[....))))).......]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.19 ........(((((...[[[[...))))).]]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -3.15 ..........((((.......)))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.00 ................(((..((......))....))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.90 ..........((((..[[[..))))..........]]]. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -2.35 New CC F-measure-avg: 0.417, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > HIV-1-RT-2-2b gacaaucaagUACCUAGGUGAUAAAAGGGAGAACACGUGUGa ............[[[..(((.....]]].....)))...... .....(((....(((..[[[.....))).....]]]...))) .....(((....(((..[[[.....))).....]]]...))) Energy of known structure: -3.83 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.800, Initial Energy: -4.43 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -4.43 .....(((....(((..[[[......)))....]]]...))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -4.30 ............(((..[[[.....))).....]]]...... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -3.83 ............(((..[[[......)))....]]]...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -3.70 .(((........(((..[[[.....))).....]]].))).. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.800, New CC Energy: -3.13 .(((........(((..[[[......)))....]]].))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -3.00 .(((((((....[[[...))))...]]].........))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.300, New CC F-measure: 0.375, New CC Energy: -2.43 ....((((....[[[...))))...]]].............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.462, New CC Energy: -2.33 .(((((((....[[[...))))....]]]........))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.23 .(((........(((..........))).........))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -2.22 ....((((....[[[...))))....]]]............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.13 .(((........(((...........)))........))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.59 ............(((..........))).............. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.19 ..........(((....)))...................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.00 ............(((...........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -0.89 .................(((.............)))...... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -0.31 ....((((..........)))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.11 .(((......(((....))).................))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.14 .....(((..(((....)))...................))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: 0.65 ..........(((....(((.............)))..))). New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: 0.69 New CC F-measure-avg: 0.353, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-2-3a gUUAAACAUAAUCCGUGAUCUUUCACACGGGAGaucuaugaaaga ...........[[[[[[.(((((((]]]]]].......))))))) ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] Energy of known structure: -14.49 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -14.49 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -14.49 .............((((((((..(....)..))))).)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.69 ................((((((((....))))))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.40 ......((((......((((((((....))))))))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.40 ......((((.((((((........)))))).....))))..... New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -7.80 ...........(((....[[[[[[[....)))......]]]]]]] New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -7.78 ...........((((((........)))))).............. New CC sens: 0.462, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -7.60 ((((....)))).((((((((..(....)..))))).)))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.49 .............((((((((..(....)..)))).))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.49 ......(((..[[[))).(((((((....]]]......))))))) New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -6.80 ...........((((((........))))))...(((.....))) New CC sens: 0.462, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -6.80 ((((....))))....((((((((....))))))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.30 ......((((.(((((((....))))...)))....))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.20 ......(((.....))).(((((((...(((...))).))))))) New CC sens: 0.538, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -5.70 New CC F-measure-avg: 0.313, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > HIV-1-RT-2-4a agUAGAUAUCCGAAGCUCAACGGGAUAAUGAGCaucu ........[[[[..(((((.]]]]....))))).... ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... Energy of known structure: -13.26 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.26 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.26 ...((((.((((..[[[[[.))))....]]]]])))) New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.692, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -11.76 ......((((([[.[[[[[...))))).]]]]].]]. New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.417, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -6.74 ...........((.(((((.........))))).)). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -6.55 ......(((((...[[[[[...))))).]]]]].... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -6.02 ..............(((((.........))))).... New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -5.80 (((...[[[[[...))).....]]]]].......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.64 ...((((.......(((((.........))))))))) New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -4.04 ......(((((...........))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.69 ........((((........))))............. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -3.30 (((.....[[[[..)))...]]]]............. New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -3.19 New CC F-measure-avg: 0.530, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > HIV-1-RT-2-5a ucaagAUAGUAUCCGUUCUUGAUCAUCGGGACAAAUGaucu ...........[[[[.....((((((]]]]....)))))). ...((((...(((.[[[[[.)))....]]]]].....)))) ...((((...(((.[[[[[.)))....]]]]].....)))) Energy of known structure: -9.78 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -10.02 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.02 ...........((((.....[[[[[[))))....]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -9.78 (((.......(((.[[[[[.)))....]]]]]...)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.22 ((((((.....[[[[.))))))....]]]]........... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -8.66 ..........(((.[[[[[.)))....]]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -8.22 ...........(((......[[[[[[..)))...]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -6.93 ..............(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.545, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -6.05 ((((((.....[[[..))))))..((((]]]....)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.62 ....................((((((........)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -4.90 ....(((.......[[[[[..)))...]]]]]......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.69 (((.(((.......[[[[[..)))...]]]]]...)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.69 ....(((....[[[[......)))..]]]]........... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -4.51 (((.(((....[[[[......)))..]]]].....)))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -4.51 ((((((..........))))))((((........))))... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -4.29 ....(((...))).(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -4.25 ((((((..........)))))).....(((........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.19 ((((((..........))))))..((((.......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.19 ....(((...[[[.[[[[[..)))...]]]]]....]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.83 ...((((.......(((((........))))).....)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.71 ..............(((((........)))))......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.40 New CC F-measure-avg: 0.256, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-2-6b agUGAAACUUAACCGUUAUCAUAGAUCGGGACAAaucuauga ............[[[...((((((((]]].....)))))))) ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] ............(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] Energy of known structure: -13.57 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.57 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.57 (((...)))...(((...[[[[[[[[))).....]]]]]]]] New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.786, New CC F-measure: 0.880, New CC Energy: -11.27 ..................((((((((........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -6.90 .....(((......))).((((((((........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -6.20 (((...))).........((((((((........)))))))) New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -4.60 ..............(((.[[[[[[[[...)))..]]]]]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -3.98 .((((..........))))(((((((........))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -3.09 New CC F-measure-avg: 0.791, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 6 > HIV-1-RT-2-7a agAUAUGAUCCGUAAGAGGACGGGAUAAACCUCAac ........[[[[...((((.]]]].....))))... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... ........(((((..[[[[))))).....]]]]... Energy of known structure: -11.70 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.889, Initial F-measure: 0.941, Initial Energy: -11.99 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.889, New CC F-measure: 0.941, New CC Energy: -11.99 .......((((....[[[[...))))...]]]]... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -6.75 ........(((((......)))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -5.20 ........(((......))).((......))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.30 ...............((((..........))))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -4.29 ........(((......))).(((......)))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.20 .....((((((((......))))).......))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -4.14 ........(((......))).(((.....))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.30 ...((((...)))).((((..........))))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -3.09 .....((((((......))).((......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.80 .(((...))).....((((..........))))... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -2.59 .......((((...........)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -2.39 New CC F-measure-avg: 0.355, New CC F-measure-best: 0.941, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > HIV-1-RT-2-9 ucaagGUUUCCGAAAGAAAUCGGGAAAACUGucu .......(((((..[[[...)))))......]]] .((...(((((((......)))))))...))... .((...(((((((......)))))))...))... Energy of known structure: -1.86 Initial sens: 0.625, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.588, Initial Energy: -7.30 New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.588, New CC Energy: -7.30 ......(((((((......)))))))........ New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -7.20 ....(((((((((......))))..))))).... New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -6.30 ...((((((((((......))))))).....))) New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -5.10 ....((((((.....))))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.40 ....(((((.(....)))))).(((......))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.70 New CC F-measure-avg: 0.361, New CC F-measure-best: 0.667, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 5 > Hs_SRP_pkn GCCGGGCGCGGUGGCGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCU (((.((((((.[[[[.)))))).....((((.]]]]...))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). Energy of known structure: -11.55 Initial sens: 0.765, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -19.80 New CC sens: 0.765, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -19.80 ..((((((((......))))))))...((((........)))).... New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -18.60 (((..((((....))))...((((((((....)))))..))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -18.00 (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -18.00 ((((((((((......)))))))(((((....)))))......))). New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -18.00 (((..((((....))))...((((((((....))))..)))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.188, New CC Energy: -17.20 (((..(((((....))))).((((((((....))))..)))).))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.188, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -17.20 (((..(((((....)))))........((((........))))))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.483, New CC Energy: -16.70 ....((((((......)))))).((..((((........)))).)). New CC sens: 0.588, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.690, New CC Energy: -16.50 (((..((((....))))..........((((........))))))). New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -16.50 (((..(((((....)))))....(((((....)))))......))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.200, New CC Energy: -16.20 (((..((((....))))......(((((....)))))......))). New CC sens: 0.176, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.207, New CC Energy: -16.00 New CC F-measure-avg: 0.411, New CC F-measure-best: 0.867, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 11 > MMTVgag-pro GGGGCAGUCCCCUAGCCCCGCUCAAAAGGGGGAU [[[[[.(((((((.]]]]]........))))))) (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] Energy of known structure: -25.74 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -25.74 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -25.74 (((((..[[[[[[.))))).......]]]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.435, New CC Energy: -23.03 (((((....[[[[.))))).........]]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -18.39 .((((.[[[[[[[......))))....]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -15.56 .(((..[[[[[[[...)))........]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -15.46 (((((.....[[[.)))))..........]]].. New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -14.36 (((...[[[[[[[..))).........]]]]]]] New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.700, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -14.13 (((((..[[[[...)))))........]]]]... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -14.05 ((((....))))...((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.00 ((((...))))....((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.90 ((((....))))...((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.40 ((((.....))))..((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.00 ((((...))))....((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.30 .((((..........[[[[))))....]]]]... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.10 .((((..........[[[[)))).....]]]].. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.90 (((((.........))))).(((....))).... New CC sens: 0.417, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -10.90 (((....))).....((((........))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.50 ((((.....))))..((((.........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.40 New CC F-measure-avg: 0.293, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 17 > Ni_VS GGGCGUCGUCGCCCCGAGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUG ((((...[[[)))).....(((((((((.]]].))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) (((((....))))).....(((((((((.....))))))))) Energy of known structure: -13.21 Initial sens: 0.812, Initial ppv: 0.929, Initial F-measure: 0.867, Initial Energy: -18.00 New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.867, New CC Energy: -18.00 New CC F-measure-avg: 0.867, New CC F-measure-best: 0.867, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 0 > PEMV UUCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((..[[[[))))))......]]]] Energy of known structure: -10.10 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -10.10 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -10.10 ((((((......)))))).......... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -8.40 New CC F-measure-avg: 0.875, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 1 > PLRV-S GCGGCACCGUCCGCCAAAACAAACGG [[[[..((((]]]]........)))) ((((..[[[[))))........]]]] ((((..[[[[))))........]]]] Energy of known structure: -11.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -11.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.15 ..(((.[[[[..))).......]]]] New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -8.08 ((((......))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -5.00 ..(((.......)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 (((....)))(((..........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.99 ......((((............)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -1.89 New CC F-measure-avg: 0.478, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > PRRSV-16244B GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGUCGCGGCGGCUUGGUUGUUACUGAGACAGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))(..((....))..).]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))(..((....))..).]]]]]]] Energy of known structure: -31.97 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.864, Initial F-measure: 0.927, Initial Energy: -30.22 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.927, New CC Energy: -30.22 ((((((.((((((...........))))))))))))...((((((.....)))))).. New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.649, New CC Energy: -26.99 ((((....)))).....((((((((((.(((((......))))).)))...))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -24.20 (((((((((((......)))))).....)))))......((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.10 .((((((((((......))))))..(((.(((..((......))..))).))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.85 ((((....))))..((.(((((((....))))))).)).((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.65 ((((....)))).....(((((((....)))))))....((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.60 (((((.(((((......))))))))))(((.....((..((....))..))...))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.04 (((((((((((......)))))).....)))))..((((((....))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.70 (((((..(((((.......)))))....)))))......((((((.....)))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.85 ((((....)))).....(((((((....)))))))((((((....))))))....... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -21.60 New CC F-measure-avg: 0.177, New CC F-measure-best: 0.927, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 10 > PRRSV-LV GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGCCGCGGCGGCCUAGUUGUGACUGAAACGGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[)))))))))))).((((....))))..]]]]]]] ((((((.((((((....[[[[[[[)))))))))))).((((....))))..]]]]]]] Energy of known structure: -33.57 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 0.826, Initial F-measure: 0.905, Initial Energy: -34.07 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.905, New CC Energy: -34.07 ((((((.((((((...........))))))))))))...(((((.......))))).. New CC sens: 0.632, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -27.99 ((((....)))).....(((((((((.((((((......)))))).))...))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.368, New CC Energy: -24.60 ((((....)))).....((((((((((((...)))))((((....))))..))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.350, New CC F-measure: 0.359, New CC Energy: -24.40 ((((....)))).....(((((((...((((((......))))))......))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.389, New CC Energy: -23.62 .(((((.((((((....(((((((....)))))))...)))))).........))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.49 .(((((.((((......))))...(((((...)))))................))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.30 (((((((((((......)))))).....))))).(((((((....))))....))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.30 (((((.(((((......))))))))))..((.((...((((....))))...)).)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.25 ((((...((((((....(((((((....)))))))...))))))........)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.19 ((((.((((((......)))))).(((((...)))))((((....))))...)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.10 ((((....)))).....((((((((((((...)))))..............))))))) New CC sens: 0.368, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -22.89 (((((((((((......)))))).....)))))......(((((.......))))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.80 (((((((((((......)))))).)..((((((......)))))).......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.40 New CC F-measure-avg: 0.221, New CC F-measure-best: 0.905, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 13 > SARS-CoV UGCGGUGUAAGUGCAGCCCGUCUUACACCGUGCGGCACAGGCACUAGUACUGAUGUCGUCUACAGGGCU (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))((((((((.........))).)))))...]].]]]]] (((((((((((...[[[[[..)))))))))))((((((((((....)).))).)))))......]]]]] (((((((((((...[[[[[..)))))))))))((((((((((....)).))).)))))......]]]]] Energy of known structure: -30.58 Initial sens: 0.923, Initial ppv: 0.923, Initial F-measure: 0.923, Initial Energy: -27.78 New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.923, New CC Energy: -27.78 .((((((((((.((.....))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).......... New CC sens: 0.692, New CC ppv: 0.783, New CC F-measure: 0.735, New CC Energy: -24.00 .((((((((((.(([[[[[))))))))))))(((((((((((....)).))).)))))).....]]]]] New CC sens: 0.885, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.852, New CC Energy: -23.78 (((((((((((.((.....)))))))))))))((((((((((....)).))).)))))........... New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -22.10 (((((((((((.(([[[[[)))))))))))))((((((((((....)).))).)))))......]]]]] New CC sens: 0.923, New CC ppv: 0.857, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -21.83 (((((((((((((.....)).)))))))))))((((((((((....)).))).)))))........... New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.776, New CC Energy: -21.20 (((((((((((..........)))))))))))((((((((((....)).))).)))))........... New CC sens: 0.731, New CC ppv: 0.905, New CC F-measure: 0.809, New CC Energy: -20.99 .((((((((((.((.[[[.))))))))))))((((((..]]]...........)))))).......... New CC sens: 0.577, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.638, New CC Energy: -19.83 New CC F-measure-avg: 0.800, New CC F-measure-best: 0.923, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 7 > SNV GGGUUCUCCCGCCCUCCGUGAACCCAGGCUAAAAGUUAAGGUAGGGGGGC [[[[[[.[..(((((((].]]]]]]..................))))))) ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] ((((((....[[[[[[[..))))))..................]]]]]]] Energy of known structure: -22.21 Initial sens: 0.929, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.963, Initial Energy: -19.03 New CC sens: 0.929, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.963, New CC Energy: -19.03 (((....)))(((((((....(((..(((.....)))..))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -18.10 (((....)))(((((((.((..((..(((.....)))..))))))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -15.85 (((....)))(((((((....(((...............))).))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.519, New CC Energy: -15.00 New CC F-measure-avg: 0.600, New CC F-measure-best: 0.963, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 3 > TMV-L GGGAUUCGAAUUCCCCCGGAACCCCCGGUUGGGGCCCA ...............[[[...((((]]]..)))).... (((........((((((((.....))))..))))))). (((........((((((((.....))))..))))))). Energy of known structure: -12.37 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.273, Initial F-measure: 0.333, Initial Energy: -13.29 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.333, New CC Energy: -13.29 ((((.......))))..((..(((......)))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.95 (((.........(((((((.....)))...))))))). New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.235, New CC Energy: -11.77 (((.((((........))))..((((....))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -11.70 (((.((((........)))).((((.....))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -11.30 ((((.......))))......((((.....)))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -11.00 ((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.90 (((((....)))))...((..(((......)))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.65 ...........((((((((.....))))..)))).... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -10.30 (((..........))).((..(((......)))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.24 (((.......((((...)))).((((....))))))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.00 ((((.......))))((((.....)))).......... New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -9.70 (((..........[[[[[[..)))....]]]]]].... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.66 (((.((((........)))).(((......))).))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.50 (((...........)))((..(((......)))..)). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -9.34 New CC F-measure-avg: 0.156, New CC F-measure-best: 0.533, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 14 > BChV GCGGCGCCGACCGCCAAACAACCGGC [[[[.((((.]]]]........)))) ((((.[[[[.))))........]]]] ((((.[[[[.))))........]]]] Energy of known structure: -13.15 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -13.15 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -13.15 ..((((.....))))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.00 ((((......))))............ New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -5.60 .....((((.............)))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -3.91 .((....))...(((........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.70 New CC F-measure-avg: 0.467, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > CABYV GGCGGCGGCGACCGCCGAAACAACCGC (((((..[[[.)))))........]]] (((((..[[[.)))))........]]] (((((..[[[.)))))........]]] Energy of known structure: -12.82 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -12.82 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -12.82 ..((((((...)))))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.40 .((((((((....))))......)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -10.20 (((((......)))))........... New CC sens: 0.625, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.769, New CC Energy: -9.80 .....((((....)))).......... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.80 New CC F-measure-avg: 0.354, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > GaLV GGGUUCGGACCCCCUCCCCGAACCUAGGGUAACACUGACUGUGGAGGGG ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] ((((((((..[[[[[[[)))))))).................]]]]]]] Energy of known structure: -26.72 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -26.72 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -26.72 ((((((((..[[[[[[.)))))))).......(((.....)))]]]]]] New CC sens: 0.933, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -24.40 (((((((([[[[{{{{.)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -18.11 (((((((([[[[.{{{{)))))))).]]]]..(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.421, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -18.11 ((((((((....[[[[.)))))))).......(((.....)))..]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -17.81 ((((((((.[[[[....)))))))).......(((.....)))..]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -17.62 ((((((((.....[[[[)))))))).......(((.....)))..]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -17.28 ((((((((..[[[{{{{)))))))).]]]...(((.....)))..}}}} New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -16.58 ((((((((...[[[[..)))))))).......(((.....)))..]]]] New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -16.46 (((.......[[[[[[)))..(((...)))..(((.....)))]]]]]] New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -15.77 ..........(((((((((.......)))...(((.....))))))))) New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -14.60 ((((....))))...((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -14.60 ((((((((.........)))))))).......(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -14.40 ((((....))))...((((....(((.(((.......))).))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.70 (((........))).((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -13.20 ((((((((...[[[[..))))))))]]]]...(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -13.20 .........((((...(((.......)))...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.90 (((((((([[[[.....)))))))).]]]]..(((.....)))...... New CC sens: 0.533, New CC ppv: 0.533, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -12.68 (((.......)))..((((..(((...)))..(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.60 (((........))).((((....(((.(((.......))).))).)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -12.30 New CC F-measure-avg: 0.398, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > HIV-1-RT-1-17 agUAAUGACCAGAGGCCCAACUGGUAAACGGGCGGuc .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... (((...[[[[....[[[[.))).......]]]]]]]] (((...[[[[....[[[[.))).......]]]]]]]] Energy of known structure: -11.89 Initial sens: 0.444, Initial ppv: 0.364, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -13.69 New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.364, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -13.69 .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -11.89 (((...........[[[[.))).......]]]].... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -9.79 ......((((....((((...........)))))))) New CC sens: 0.444, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.471, New CC Energy: -9.19 .......(((((.[[[[...)))))........]]]] New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.556, New CC Energy: -8.05 .............((((...(((.....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.60 ..............((((...........)))).... New CC sens: 0.444, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -6.59 .......(((((........)))))............ New CC sens: 0.556, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -5.80 New CC F-measure-avg: 0.532, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 7 > PLRV-W GCGGCACCGCCCGCCAAAACAAACGG ((((..[[[.)))).........]]] ((((..[[[.)))).........]]] ((((..[[[.)))).........]]] Energy of known structure: -8.96 Initial sens: 1.000, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 1.000, Initial Energy: -8.96 New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -8.96 ((((......))))............ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -5.20 ..(((.......)))........... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.10 (((....)))(((..........))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -3.39 ..(((...)))............... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -1.90 New CC F-measure-avg: 0.345, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_00716; TYPE=Other Ribozyme; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=1SJF; ORGANISM=HOMO SAPIENS AUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACACCAUUGCACUCCGGUGGUGAAUGGGAC ..(((((((...[[[[[[(((.{{.....))))))))))}}....((((..........)))).....]]]]]] .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))........ Energy of known structure: -27.19 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -35.05 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -35.05 .((((((((...[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((.....))))))))..]]]]]] New CC sens: 0.727, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -30.99 .((.(((((.((((.(((((.[[[[.))))).))))))))).)).((((((((.....))))))))...]]]]. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -30.27 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((..........))))........... New CC sens: 0.182, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.190, New CC Energy: -29.74 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((.....))))))))........ New CC sens: 0.318, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.326, New CC Energy: -29.64 ............((((((((((....((((....)))).))))..((((((((.....))))))))..)))))) New CC sens: 0.273, New CC ppv: 0.273, New CC F-measure: 0.273, New CC Energy: -28.95 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((.....))))))))........ New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.55 New CC F-measure-avg: 0.210, New CC F-measure-best: 0.681, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 6 > SSTRAND_ID=PDB_00944; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2B57; ORGANISM=SYNTHETIC GACAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGAUUAUGUC ((((((.....(((((..[..[[)))))..........((((((]]...].))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) ((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))) Energy of known structure: -9.47 Initial sens: 0.850, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.919, Initial Energy: -19.30 New CC sens: 0.850, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.919, New CC Energy: -19.30 ((((((.....(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]..)))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -18.83 ...........(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))........ New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -16.32 ((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..)))))) New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.905, New CC Energy: -16.02 ((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..)))))) New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.632, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -15.44 New CC F-measure-avg: 0.755, New CC F-measure-best: 0.919, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=PDB_01009; TYPE=Other RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2DU3; ORGANISM=ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS GCCAGGGUGGCAGAGGGGCUUUGCGGCGGACUGCAGAUCCGCUUUACCCCGGUUCGAAUCCGGGCCCUGGC ((((((([.(((.].......)))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) (((((((....((((.((.(((((((....))))))).)).))))..(((((.......)))))))))))) Energy of known structure: -13.66 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.480, Initial F-measure: 0.533, Initial Energy: -36.15 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.533, New CC Energy: -36.15 ((((((((((.((((.((.(((((((....))))))).)).)))).))((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.407, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -36.10 ((((((((...((((.((.(((((((....))))))).)).))))...((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.489, New CC Energy: -34.95 (((((((..((((...........[[[[[[))))...]]]]]]....(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.762, New CC Energy: -34.47 ((((((((.((((...........[[[[[[))))...]]]]]].....((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.682, New CC F-measure: 0.714, New CC Energy: -32.57 (((((((..((((((...))))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.950, New CC ppv: 0.792, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -32.30 ((((((((.((((((...))))))((((((.......)))))).....((((.......)))))))))))) New CC sens: 0.900, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -31.10 ((((((((.((((((...))))))..((((.....((.(((........))).))...)))).)))))))) New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.435, New CC F-measure: 0.465, New CC Energy: -30.04 ((((((((......((((......((((((.......))))))...))))((.......))..)))))))) New CC sens: 0.650, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.650, New CC Energy: -29.92 New CC F-measure-avg: 0.640, New CC F-measure-best: 0.864, New CC best-subopt: 5, New CC num-subopt: 8 > SSTRAND_ID=PDB_01021; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EET; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUGUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACCAUGUCCa .((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..)))))).. (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -9.70 Initial sens: 0.810, Initial ppv: 0.944, Initial F-measure: 0.872, Initial Energy: -25.60 New CC sens: 0.810, New CC ppv: 0.944, New CC F-measure: 0.872, New CC Energy: -25.60 (((((((.....(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]..))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -25.13 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..))))))). New CC sens: 0.905, New CC ppv: 0.826, New CC F-measure: 0.864, New CC Energy: -22.32 (((((((.......(((((......((....)).)))))((((((.......))))))..))))))). New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -21.74 (((((((.....(((((..[[[[[)))))................]]]]]..........))))))). New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.684, New CC Energy: -21.18 ...............(((((((((.((....))......((((((.......)))))).))))))))) New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.316, New CC Energy: -20.80 New CC F-measure-avg: 0.651, New CC F-measure-best: 0.872, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 5 > SSTRAND_ID=PDB_01023; TYPE=Synthetic RNA; EXT_SOURCE=RCSB Protein Data Bank; EXT_ID=2EEV; ORGANISM=SYNTHETIC GGACAUACAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUGCCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGUCCa (((((((...(.(((((..[..[[))))).)........((((((]]...].))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). (((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..))))))). Energy of known structure: -12.50 Initial sens: 0.818, Initial ppv: 1.000, Initial F-measure: 0.900, Initial Energy: -24.20 New CC sens: 0.818, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -24.20 (((((((.....(((.......((.((....)).))...[[[[[[.)))...]]]]]]..))))))). New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.650, New CC F-measure: 0.619, New CC Energy: -23.73 (((((((.....(((............(((......)))[[[[[[.)))...]]]]]]..))))))). New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.684, New CC F-measure: 0.634, New CC Energy: -21.53 (((((((.....(((((..[[[[[)))))..........((((((]]]]]..))))))..))))))). New CC sens: 0.909, New CC ppv: 0.870, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -20.92 (((((((.....(((((..[[[[[)))))................]]]]]..........))))))). New CC sens: 0.636, New CC ppv: 0.824, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -19.79 New CC F-measure-avg: 0.752, New CC F-measure-best: 0.900, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=RFA_00632; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 AB037947.1/775-685; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGCCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACGAUCCGAGGGGACUGUCCCUCUCGAGAAUCGGCAAAUGGGGCCCC ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((.(((((((...).))))))..).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......))))))).).))))......((....)) Energy of known structure: -22.48 Initial sens: 0.407, Initial ppv: 0.367, Initial F-measure: 0.386, Initial Energy: -43.00 New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -43.00 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))......(((((((......)))))))......(((.......))).. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.231, New CC F-measure: 0.226, New CC Energy: -41.40 ...........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((......))))))).).)))).....))))))).. New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.630, New CC Energy: -41.15 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).......((((((....)))))).........(((.......))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -41.10 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......))))))).).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.963, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.881, New CC Energy: -40.55 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((..((((((((((((......))))))).).)))).........)))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -40.49 ..(((((((.((((.(((((......))))).)))))))..((..((((((((((((......))))))).).))))))......)))).. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.367, New CC F-measure: 0.386, New CC Energy: -40.40 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((......))))))).).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.963, New CC ppv: 0.867, New CC F-measure: 0.912, New CC Energy: -40.05 ..(((((((.((((.(((((......))))).)))))))......((((((((((((......))))))).).))))........)))).. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -39.90 ...........((((((((((........)))(((((...(....)..(((((((((......))))))).)).)))))...))))))).. New CC sens: 0.593, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.615, New CC Energy: -38.90 ...........((((((((((........)))(((((..(((......)))((((((....)))))).......)))))...))))))).. New CC sens: 0.333, New CC ppv: 0.375, New CC F-measure: 0.353, New CC Energy: -38.20 ..((((........(((((((.((.....))....)))))))...((((((((((((......))))))).).))))........)))).. New CC sens: 0.407, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.423, New CC Energy: -38.00 ...........((((((((((........)))(((((...(....)....(((((((......)))))))....)))))...))))))).. New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.652, New CC F-measure: 0.600, New CC Energy: -37.90 ...(((((...[[[[[[[((((....((((....)))).)))).....(((((((((......))))))).)).)))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.448, New CC F-measure: 0.464, New CC Energy: -37.77 ...((((((..(((....))).....))))))(((((..[[[[.....(((((((((......))))))).)).))))).......]]]]. New CC sens: 0.259, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -37.77 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....(((....)))..(((((..(((.....))).....)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -37.39 ...((((((..(((....))).....))))))(((((..[[[[.......(((((((......)))))))....))))).......]]]]. New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -37.27 ..(((((((......(((((......))))).)))))))((((........((((((....))))))(((.....)))........)))). New CC sens: 0.222, New CC ppv: 0.240, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -37.14 ..(((((...)))))(((((......))))).(((((..[[[[.....(((((((((......))))))).)).))))).......]]]]. New CC sens: 0.259, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.255, New CC Energy: -37.03 .((((((((......(((((......))))).))))))))(((..((((((((((((......))))))).).)))).........))).. New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.618, New CC Energy: -36.99 New CC F-measure-avg: 0.424, New CC F-measure-best: 0.912, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=RFA_00636; TYPE=Hepatitis Delta Virus Ribozyme; EXT_SOURCE=Rfam Database; EXT_ID=RF00094 M84917.1/773-684; ORGANISM=Hepatitis delta virus GUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCUCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA ...[[[[[[...(((((((((........)))]]]]]].......(((((((((((((...).)))))))).)))).....))))))... .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).)))).............. Energy of known structure: -28.68 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.429, Initial F-measure: 0.429, Initial Energy: -42.95 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -42.95 ...........(((((((((((....((((....)))).))))..((((((((((((......)))))))).)))).....))))))).. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -41.05 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))...]]]]]]].. New CC sens: 0.964, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.900, New CC Energy: -40.70 .((((((((..[[[[[[[(((........))))))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.964, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.931, New CC Energy: -40.20 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).....((((((((......))))))))................... New CC sens: 0.286, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.308, New CC Energy: -39.65 ...((((((..[[[[[[[[[[[....)))))).......]]]]..((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -38.97 .((((((((......(((((......))))).)))))))).((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.655, New CC Energy: -38.04 .((((((((......(((((......))))).)))))))).....((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.720, New CC F-measure: 0.679, New CC Energy: -37.54 ...........(((((((((((....((((....)))).))))......((((((((......))))))))..........))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -37.25 .((((((((..[[[[[[[(((........)))))))))))(....)...((((((((......))))))))..........]]]]]]].. New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.852, New CC F-measure: 0.836, New CC Energy: -36.60 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))....((((((((((((......)))))))).)))).............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.453, New CC Energy: -36.55 .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).))....(((....)))..(((((..(((.......)))..)))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -36.40 ...((((((..[[[[[[[[[[[....))))))(((((..]]]]........(((((.....))))).))))).........]]]]]]].. New CC sens: 0.214, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -36.32 .((((((((..[[[[[[[......[[[[[...))))))))(....)...((((((((......))))))))....]]]]].]]]]]]].. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.690, New CC F-measure: 0.702, New CC Energy: -35.99 ...........(((((((......((((((..(((.....)))......((((((((......))))))))...)))))).))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -35.84 ....(((((..(((.(((((......))))).))).)))))((..((((((((((((......)))))))).))))))............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.444, New CC F-measure: 0.436, New CC Energy: -35.75 ...........(((((((((((..[[[[[(((....)))))))......((((((((......))))))))....]]]]].))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.519, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -35.48 ...........(((((((((......))...(((((....(....)...((((((((......))))))))...)))))..))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -35.40 ...........(((((((......((((((..(((.....)))..)...((((((((......))))))))....))))).))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.583, New CC F-measure: 0.538, New CC Energy: -35.34 ....(((((..[[[[[[[(((........)))....)))))....((((((((((((......)))))))).)))).....]]]]]]].. New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -35.33 New CC F-measure-avg: 0.564, New CC F-measure-best: 0.931, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGGGGGGUGGGCACCCGUAAUCGCUCGCA [[[[..((((((.]]]].....)))))). ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. ..(((.[[[[[[.)))......]]]]]]. Energy of known structure: -16.06 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.632, Initial Energy: -17.60 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -17.60 ((((..[[[[[[.)))).....]]]]]]. New CC sens: 1.000, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 1.000, New CC Energy: -16.06 ((((.(((((....))...))).)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -7.90 ......((((((..........)))))). New CC sens: 0.600, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.750, New CC Energy: -7.59 ...((([[[[[[.)))......]]]]]]. New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -7.22 (((([[[[[[...))))...]]]]]]... New CC sens: 0.400, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -6.64 ((((((((....)))).......)))).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.24 ....((((....))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -6.10 ((((.........))))............ New CC sens: 0.400, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -5.60 ..(((........)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.10 ....((((((..........))))))... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -5.09 ...(((.......)))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.80 (((.((((....))))....)))...... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -4.75 New CC F-measure-avg: 0.307, New CC F-measure-best: 1.000, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 12