> SSTRAND_ID=A.tum.RNaseP; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; CCAGUUGGCCGGGCAGCCGCGCCUUACCAAUGUCGAAAGACGGUAAGGUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAAUACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCAUGCCUUGCAUGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCUGGUGACAGUGGUGGCAAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUGACACGGGGCGGGCGAAAGCCUGUUCACAGCCGGUUUCCGGGCCCGUCAUCCGGGUGGGUUGCGAGAGGCGGCAUGCAAAUGCCGUCCCAGAUGAAUGGCUGCCACGUUCCGGGUCAAACCGGGGCCAUACAGAACCCGGCUUACAGGCCAACUGGCG ((((((((((([[[[[[[.(((((((((...(((....))))))))))))....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.]]]]]]])))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........]]]]]]]..(((((((......))))))).........)))))))).).)))))))))).. ((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))......(((.(((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))....)))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. ((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))......(((.(((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))....)))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. Energy of known structure: -165.09 Initial sens: 0.773, Initial ppv: 0.823, Initial F-measure: 0.797, Initial Energy: -202.49 New CC sens: 0.773, New CC ppv: 0.823, New CC F-measure: 0.797, New CC Energy: -202.49 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((.....((((((.....((((((((....)))))))).(((((.((..((.(.((((.....))))).))..))..(.((((((((....)))))))).)........)))))...)))))).))))...(((((..(.....)..)))))......)))))))))).. New CC sens: 0.583, New CC ppv: 0.616, New CC F-measure: 0.599, New CC Energy: -200.99 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....))).((((((((.((....(((((....).))))....(((((((((((...)))))))((((....))))........(((........))).)))))).)))))))).)))))))).......((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -197.14 ((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...)))).((((((.((......))..(((((((...)))))))((((....))))..)))....)))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(..(((............(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))....(((((....(.((((((((....)))))))).)...((.((((((........((((......)))))))))).)).))))).)))..).)))))))))).. New CC sens: 0.553, New CC ppv: 0.579, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -192.29 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).......(((((....).)))).......((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))(((.((((..(((.....(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))...))).)))).....(((((((....)))))))))).......))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.591, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.614, New CC Energy: -189.34 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).........(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.521, New CC F-measure: 0.498, New CC Energy: -181.04 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........(((....[[[[[[[[........))).....((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -180.84 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........(((....[[[[[[[[........))).....((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -180.70 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))((...(((..((.....))..))))).((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.512, New CC F-measure: 0.494, New CC Energy: -180.43 ((((((((((.((((((((..((((((((.((((....)))).................[[[[[[[..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))]]]]]]].......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.424, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.446, New CC Energy: -180.31 ((((((((((.((((((((..((((((((..(((....)))...............[[[.[[......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).[[[[[[[[.)))))))).......((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....))))))))]].]]]...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.477, New CC ppv: 0.521, New CC F-measure: 0.498, New CC Energy: -180.19 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((.((..((....))...)).))...........(((....[[[[[[[[........))).....((((((((...{{{{{{{{.((((((((....))))))))]]]]]]]].))))))))((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.590, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -180.12 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.492, New CC ppv: 0.546, New CC F-measure: 0.518, New CC Energy: -179.79 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.595, New CC F-measure: 0.569, New CC Energy: -179.13 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -178.93 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -178.77 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))..((((.((....))....(((........)))...)))).((((((((................[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....)))))))))))))))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.545, New CC ppv: 0.590, New CC F-measure: 0.567, New CC Energy: -178.41 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((.((......((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((...........((((((((((...)))))))...))).....[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((........))......(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....))))))).}}}}}}}}......((((((((....)))))))))).)))...))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.621, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.643, New CC Energy: -178.05 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).(.....(((((....).))))....)..((((((((...))))))))...(((((((.........(((........))).((((((((((...)))))))...))).....((((((((....(((...(.((((((((....)))))))))...)))..))))))))....(..(..((.....))..)..)....(((((((......(((....)))((((...)))))))))))........)))))))....((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.485, New CC ppv: 0.547, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -176.32 ((((((((((.(((((((((((((((((...(((....)))))))))))).........(((((((..((......)).((((((((...))))))))((((...))))........((((..............(((((((...)))))))...........[[[[[[[[...{{{{{{{{.((((((((....))))))))....)))).]]]]]]]]((((((....((.....)).........((((((((....)))))))).......))))))))))))).......}}}}}}}}......((((((((....)))))))).........))))))))..(((((((......)))))))....................)))))))))).. New CC sens: 0.568, New CC ppv: 0.641, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -176.03 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.797, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=Ec_alpha; TYPE=mRNA; EXT_SOURCE=van Batenburg et al 2001; UGUGCGUUUCCAUUUGAGUAUCCUGAAAACGGGCUUUUCAGCAUGGAACGUACAUAUUAAAUAGUAGGAGUGCAUAGUGGCCCGUAUAGCAGGCAUUAACAUUCCUGA (((((((.(((((........[[[[....[[[[....{{{{.))))))))))))..........................]]]].....]]]]...........}}}} ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). Energy of known structure: -17.93 Initial sens: 0.458, Initial ppv: 0.297, Initial F-measure: 0.361, Initial Energy: -37.10 New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.297, New CC F-measure: 0.361, New CC Energy: -37.10 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.237, New CC Energy: -34.65 ((((((((.(((((((((...((((....))))...))))).))))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New CC sens: 0.458, New CC ppv: 0.344, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -34.11 ((((((((((...(((((...((((....))))...)))))...))))))))))..........((((((((.......(((.........))).....)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -31.66 ((((((((((...........((((....))))...........))))))))))..........((((((((..(((((.((.(.....).))))))).)))))))). New CC sens: 0.292, New CC ppv: 0.233, New CC F-measure: 0.259, New CC Energy: -30.15 New CC F-measure-avg: 0.302, New CC F-measure-best: 0.393, New CC best-subopt: 2, New CC num-subopt: 4 > SSTRAND_ID=telo.human; TYPE=telomerase RNA; EXT_SOURCE=Chen et al 2000; GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGA .................((((((((((((((.(((((...........................((((((((.....(((((.......(((.(((((........[[[[[[[[[))))).)))..)))))....))))).))).............................]]].]]]]]]...)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. Energy of known structure: -58.05 Initial sens: 0.714, Initial ppv: 0.556, Initial F-measure: 0.625, Initial Energy: -87.54 New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -87.54 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -85.42 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)..............(((..(((.....)))..)))..)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.614, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -85.09 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))....................)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -84.99 ...(..(.....)..).((((((((((((((......((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))).(((((...)))))....)))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -84.04 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[(((.((((........))))..)))..((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]..........]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.471, New CC F-measure: 0.547, New CC Energy: -83.76 ...(..(.....)..).((((((((((((((((((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........))).))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -83.39 ...(..(.....)..).(((((((((((((((((...((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))).(((((...)))))))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -83.04 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)..............(((..(((.....)))..)))..)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -82.97 ...(..(.....)..).((((((((((((((.(((((......................(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))....................)))))...)))))))))))))).. New CC sens: 0.714, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.686, New CC Energy: -82.87 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[......(((((.((((........))))..)))))((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))..............(((..(((.....)))..)))..]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -82.59 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[[[[[[[[[....((((........))))....((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..)))))).)))))))))...((((......))))..]]]]]]]]..........]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.552, New CC Energy: -82.41 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.((((.......(((((.((((........))))..)))))...(.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).)))))))))))..))))..)))))))))..........(((((((..(((.....)))..))).)))).....]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.551, New CC ppv: 0.422, New CC F-measure: 0.478, New CC Energy: -82.03 ...(..(.....)..).((((((((((((((......((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))).(((((...)))))....)))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -81.92 .......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.[[[[[......(((((.((((........))))..)))))((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))...)))))))))...((((......))))....................]]]]]...]]]]]]]]]]]]]].. New CC sens: 0.653, New CC ppv: 0.516, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -81.80 ..........(((((((((.(((..(((((((((((.......(((((.((((........))))..)))))...(.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).)))))))))))..)))).)))))))..).))...........(((..(((.....)))..)))...))))))))).((((....)))). New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.217, New CC F-measure: 0.239, New CC Energy: -81.79 ...(..(.....)..).(((((((((((((((((.((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))))............))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.476, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -81.71 .......((((((.(((((.(((..(((((((((((.......(((((.((((........))))..)))))...(.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).)))))))))))..)))).)))))))..).))...........(((..(((.....)))..)))...)))))......))))))...... New CC sens: 0.265, New CC ppv: 0.224, New CC F-measure: 0.243, New CC Energy: -81.63 ...(..(.....)..).((((((((((((((.((.((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..)))))))))).).((.....))...))))))))))))))).. New CC sens: 0.612, New CC ppv: 0.469, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -81.44 ...(..(.....)..).((((((((((((((((((((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))..........))).))).)))))))))))))).. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.532, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -81.27 New CC F-measure-avg: 0.550, New CC F-measure-best: 0.686, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMV.R; TYPE=viral RNA; EXT_SOURCE=van Belkum et al 1985; UGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA .((((((....[[[[((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))........]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... .((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... Energy of known structure: -37.61 Initial sens: 0.676, Initial ppv: 0.742, Initial F-measure: 0.708, Initial Energy: -36.29 New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.742, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -36.29 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.438, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -36.29 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.656, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -35.79 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.529, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -34.99 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.794, New CC ppv: 0.844, New CC F-measure: 0.818, New CC Energy: -34.79 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.594, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -34.70 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.735, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.758, New CC Energy: -34.49 (((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).)))).((((.....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.719, New CC F-measure: 0.697, New CC Energy: -33.40 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -32.10 ((((((((((((((.[[[[............))))))).......]]]])))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.467, New CC F-measure: 0.438, New CC Energy: -32.09 ...............((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.441, New CC ppv: 0.556, New CC F-measure: 0.492, New CC Energy: -31.80 .......(((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]].(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.235, New CC ppv: 0.296, New CC F-measure: 0.262, New CC Energy: -31.79 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.412, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.452, New CC Energy: -31.59 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -31.49 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.676, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.742, New CC Energy: -31.39 ((((((((((((((.[[[[[[..........))))))).....]]]]]])))))))...........((((........))))......((((....)))).... New CC sens: 0.294, New CC ppv: 0.357, New CC F-measure: 0.323, New CC Energy: -31.39 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((.........)))).....((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -31.29 ...............((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -31.20 (((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))...........((((........))))......((((....)))).... New CC sens: 0.559, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.613, New CC Energy: -31.19 (((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))...........((((.......)))).......((((....)))).... New CC sens: 0.618, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.677, New CC Energy: -31.09 New CC F-measure-avg: 0.561, New CC F-measure-best: 0.818, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... Energy of known structure: -65.94 Initial sens: 0.600, Initial ppv: 0.667, Initial F-measure: 0.632, Initial Energy: -64.59 New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -64.59 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.635, New CC F-measure: 0.602, New CC Energy: -64.29 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.671, New CC ppv: 0.758, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -63.74 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.683, New CC F-measure: 0.647, New CC Energy: -63.49 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.643, New CC ppv: 0.726, New CC F-measure: 0.682, New CC Energy: -63.44 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((.....((((....))))((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.543, New CC ppv: 0.603, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -63.20 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.651, New CC F-measure: 0.617, New CC Energy: -63.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -62.85 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).(((.........((((.((((.......)))).))))...(((....)))))).. New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.567, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -62.55 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))....((((.(.........).)))).(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.614, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.652, New CC Energy: -62.35 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.651, New CC Energy: -62.34 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((......)))).)))))).((((....)))).... New CC sens: 0.443, New CC ppv: 0.508, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -62.19 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...(((((((......(((....)))(((((((..((((.....))))..(((((((((...)))))))))....)))))))......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -62.10 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......))))))........(((((((.....((((....))))((((((........((((((.....(((((((...))))))))))))))))))).......((((.((((.......)))).))))......)).))))).... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.678, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -62.04 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((.....(((((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.514, New CC ppv: 0.621, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -61.95 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((.....(((((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.586, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.626, New CC Energy: -61.89 ((((.(((((.....))))).)))).......((((((...(((((((....((((....((((((......)))))).........((((.(.........).)))).))))...)))).)))((((.....(((((((((...))))))))))))).....(((......))).((((.......)))))))))).((((....)))).... New CC sens: 0.500, New CC ppv: 0.574, New CC F-measure: 0.534, New CC Energy: -61.69 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).)))).......((((....((((....))))......))))....((((((.....(((((((...))))))))))))).............((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.486, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.531, New CC Energy: -61.65 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))....((((...((((((......)))))).))))...((((((......((((....))))((((((........((((((.....(((((((...)))))))))))))))))))..........)))))).......(((((((.......)))..)))).... New CC sens: 0.557, New CC ppv: 0.639, New CC F-measure: 0.595, New CC Energy: -61.59 ((((.(((((.....))))).)))).........((((((...))))))...........((((((......)))))).........((((.(.........).)))).(((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))))......((((.((((.......)))).))))..((((....)))).... New CC sens: 0.671, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.734, New CC Energy: -61.49 New CC F-measure-avg: 0.605, New CC F-measure-best: 0.734, New CC best-subopt: 19, New CC num-subopt: 19 > Coxsackie UUUUAGAUUAgAGACAAUUUGAAAUAAUUUAGAUUGGCUUAACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA ((((....(.(((.(((((((((....))))))))).))).)((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)))))) (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ (((((((((.[[[[.))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ Energy of known structure: -24.26 Initial sens: 0.429, Initial ppv: 0.514, Initial F-measure: 0.468, Initial Energy: -36.43 New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -36.43 .((((((((([[[[..........)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.{{{{{{)))).....]]]]]]]]]]]]......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -36.06 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.690, New CC ppv: 0.935, New CC F-measure: 0.795, New CC Energy: -35.88 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.714, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -34.65 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.619, New CC ppv: 0.929, New CC F-measure: 0.743, New CC Energy: -34.18 ..............(((((((((....)))))))))......((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.643, New CC ppv: 1.000, New CC F-measure: 0.783, New CC Energy: -32.95 ..........(((.(((((((((....))))))))).))).(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.595, New CC ppv: 0.781, New CC F-measure: 0.676, New CC Energy: -32.38 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[..))))..........]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -31.86 (((((((((......))))))))).........((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -31.74 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -31.48 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((................))))))))))))........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -31.31 ..........(((((((((((((....)))))))))......((((((((((((................))))))))))))......))))(((((...)))))......... New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -30.98 ..............(((((((((....))))))))).....(((((((((((((................)))))))).)))))......(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.524, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.620, New CC Energy: -30.98 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[..))))..........]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -30.79 .((((((((([[[[..........))))))))).........((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -30.78 .(((((((((..............)))))))))((((.....[[[[[[[[[[[[.......)))).....]]]]]]]]]]]]........(((((((...)))))))....... New CC sens: 0.405, New CC ppv: 0.531, New CC F-measure: 0.459, New CC Energy: -30.67 (((((((((......)))))))))..................((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.25 (((((((((.[[[[.)))))))))..................((((((((((((.{{{{{{.........))))))))))))......]]]]....}}}}}}............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.493, New CC Energy: -30.25 ..........(((.(((((((((....))))))))).)))..((((((((((((..[[[...........)))))))))))).........(((....)))..]]]........ New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -30.09 .(((((((((..............))))))))).........((((((((((((.[[[[[[.........))))))))))))..............]]]]]]............ New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -30.08 New CC F-measure-avg: 0.578, New CC F-measure-best: 0.833, New CC best-subopt: 3, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00131; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=volunteer ESH26-4; ORGANISM=NULL gcUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAG .((((...[[[[..(((((((((.....))))).((((..(.((((....)))).)..))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))).))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). Energy of known structure: -51.53 Initial sens: 0.544, Initial ppv: 0.525, Initial F-measure: 0.534, Initial Energy: -73.19 New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.525, New CC F-measure: 0.534, New CC Energy: -73.19 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.552, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -72.25 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.491, New CC Energy: -71.98 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -71.59 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -71.18 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.538, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -71.04 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...................(((((.(((...))).)))))........)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.514, New CC Energy: -70.94 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.528, New CC F-measure: 0.509, New CC Energy: -70.78 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.679, New CC F-measure: 0.673, New CC Energy: -70.70 (((((....(((.(.....).)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))........(((........(((((.(((...))).)))))))).....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.500, New CC Energy: -70.63 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.593, New CC F-measure: 0.577, New CC Energy: -70.40 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))..((((......(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.579, New CC ppv: 0.589, New CC F-measure: 0.584, New CC Energy: -70.39 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.544, New CC F-measure: 0.544, New CC Energy: -70.19 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.704, New CC F-measure: 0.685, New CC Energy: -70.04 (((((...((..(((...(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.558, New CC F-measure: 0.532, New CC Energy: -69.84 (((((....(((.(.....).))).......(((((((....((((....))))....(((..........))).........)))))))...(((((.(((...))).)))))........)))))..((((..((..((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..)).)))). New CC sens: 0.474, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.486, New CC Energy: -69.80 (((((.............((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).)))))........)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.561, New CC ppv: 0.615, New CC F-measure: 0.587, New CC Energy: -69.74 (((((....(((.(.....).)))...((((...((((....((((....))))....))))........))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.564, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -69.53 (((((....(((.........)))...((((.((((((....((((....))))....)))).....)).))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))..((((......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).....)))). New CC sens: 0.544, New CC ppv: 0.554, New CC F-measure: 0.549, New CC Energy: -69.53 (((((.............((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).(((.....(((........).)).......(((((.(((...))).))))).)))....)))))............((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).......... New CC sens: 0.596, New CC ppv: 0.680, New CC F-measure: 0.636, New CC Energy: -69.49 New CC F-measure-avg: 0.557, New CC F-measure-best: 0.685, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00360; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Wastewater SL-C; ORGANISM=NULL ccAUCAUACAGAACCGUGAUGCCAGCAGGCAUCUGCUGAGAAGCAGGACACUGGAGCAGAAACGAUAUGUUUUCUAAUGGACGAACAUGAUGCUUAAAUGCUGAUGGACAUUAGAAAAAUACAGUGAAACGGCUAUUCCACGGGAUGCAAGGACAAAUACUGUUUAUGGAUCCUGUAUGAAACAGAGGUAGUCCG .((((.[[[[[..((((((((((....)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((((............((......)).......))))))))))...)).........))).)))))))))))...((((.....(((((.....(..]]]]])..))))).....)))). ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. Energy of known structure: -29.23 Initial sens: 0.283, Initial ppv: 0.268, Initial F-measure: 0.275, Initial Energy: -59.09 New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.268, New CC F-measure: 0.275, New CC Energy: -59.09 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....)))))..[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.410, New CC F-measure: 0.439, New CC Energy: -57.45 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.310, New CC F-measure: 0.324, New CC Energy: -57.32 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]....((..((((.....))))..))..}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.345, New CC F-measure: 0.352, New CC Energy: -57.25 ((((((.......[[[[[......{{{{{..((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]].((.((..((((.....))))..)).))}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.377, New CC ppv: 0.351, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -56.65 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]](((.((..((((.....))))..)).)))((((.....)))).))))))).. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.393, New CC F-measure: 0.421, New CC Energy: -56.35 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.278, New CC F-measure: 0.280, New CC Energy: -55.64 .((((((........)))))).(((((....((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.259, New CC F-measure: 0.270, New CC Energy: -55.04 ((((((...........((((((....))))))((((....))))...[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -54.62 ((((((.......[[[[[(((((....)))))(((((....))))).......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New CC sens: 0.472, New CC ppv: 0.431, New CC F-measure: 0.450, New CC Energy: -54.58 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.491, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.477, New CC Energy: -54.43 ...((((((((..(((((....((((((....))))))...(((.(..(((((..(((.........)))(((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))....)))))...).)))....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.396, New CC ppv: 0.368, New CC F-measure: 0.382, New CC Energy: -54.39 .((((((........)))))).((((((....)))))).......(((((((..(((....((..(((.((((((((((......(((.(.((......))).)))..)))))))))))))..))......))).(((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))).....))).)))). New CC sens: 0.226, New CC ppv: 0.203, New CC F-measure: 0.214, New CC Energy: -54.35 ((((((.......((..((((((....)))))).(((....))).)).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((..(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..........))))))).. New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.316, New CC F-measure: 0.327, New CC Energy: -54.09 .((((((........)))))).(((((.[[[[[[........{{{{{{[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))...))))).....]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.....]]]]]]..(((((.....))))).....}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.189, New CC ppv: 0.182, New CC F-measure: 0.185, New CC Energy: -54.07 ((((((.......[[[[[....((((((....))))))....{{{{{{.....(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....<<<<<<<.]]]]]..............)))))).......}}}}}}..........>>>>>>>.. New CC sens: 0.283, New CC ppv: 0.294, New CC F-measure: 0.288, New CC Energy: -54.05 ...((((((((..(((((..(((........((((((....)))))).(((((................((((((((((......(((.(.((......))).)))..))))))))))...)))))....))).....)))))(((.((..((((.....))))..)).)))))))))))......((....)). New CC sens: 0.509, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -54.04 ((((((.............((((....))))((((((....)))))).[[[[[(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]...(((((((..((((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........)..)))).))) New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.345, New CC Energy: -54.02 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((....))))))......(((((...........[[[[[[[[[[...........)))))......)))))).]]]]]]]]]]..((((((....{{{{{{{.]]]]][[[.[[........))))))...]].]]]((((.....)))).}}}}}}}.. New CC sens: 0.453, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.432, New CC Energy: -53.98 ((((((.......[[[[[.((((....))))((((((.....{{{{{{[[[[[.)))))).........[[[[[[[[[[......................)))))).]]]]]]]]]]...]]]]]....(((((((.]]]]]........((((.....))))......}}}}}}..........))))))).. New CC sens: 0.358, New CC ppv: 0.358, New CC F-measure: 0.358, New CC Energy: -53.80 New CC F-measure-avg: 0.352, New CC F-measure-best: 0.505, New CC best-subopt: 16, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=ASE_00429; TYPE=Ribonuclease P RNA; EXT_SOURCE=RNase P Database; EXT_ID=Thiobacillus thioparus, strain ATCC 8158; ORGANISM=NULL gcUCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGACGCCGCGAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUCAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCCGGAGCAACACCAAAUAGGCAGGCGAUGAAGCGGCUCGCUGAGUCUGCGGGUAGGUGGCUUGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCC .((((...[[[[.((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.]]]])))..)))))).....))))......((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). ((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))..((((((((....)))))))). Energy of known structure: -61.88 Initial sens: 0.481, Initial ppv: 0.473, Initial F-measure: 0.477, Initial Energy: -78.23 New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.473, New CC F-measure: 0.477, New CC Energy: -78.23 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.481, New CC F-measure: 0.481, New CC Energy: -77.18 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((....((..((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))..))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -76.92 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.309, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -76.75 (((((........((((((((((.....))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))...))))))))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.722, New CC ppv: 0.672, New CC F-measure: 0.696, New CC Energy: -76.39 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.241, New CC Energy: -76.17 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.309, New CC F-measure: 0.312, New CC Energy: -75.90 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((.((((..(((((.(((...))).)))))((((....))))........)))).))..((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.073, New CC F-measure: 0.073, New CC Energy: -75.74 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.283, New CC F-measure: 0.298, New CC Energy: -75.70 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.510, New CC F-measure: 0.495, New CC Energy: -75.49 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.481, New CC ppv: 0.464, New CC F-measure: 0.473, New CC Energy: -75.29 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.073, New CC F-measure: 0.073, New CC Energy: -74.89 (((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((...........(((((....)).))).(((((.(((...))).))))).)))....)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.667, New CC ppv: 0.655, New CC F-measure: 0.661, New CC Energy: -74.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....))))....(((...(((((.(((((.(......))))))..)))))..)))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.067, New CC F-measure: 0.070, New CC Energy: -74.69 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))......((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.255, New CC F-measure: 0.248, New CC Energy: -74.48 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((.(((((....)).))).(((((.(((...))).)))))((((....)))).............((((((.....((((...))))..))))))......)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.241, New CC ppv: 0.232, New CC F-measure: 0.236, New CC Energy: -74.28 ((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))..((((((((....)))))))). New CC sens: 0.315, New CC ppv: 0.327, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -73.49 (((((.............((((((...))))))..((((((.(((..........))).........(.((((......)))).)....))))))...........)))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.630, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -72.84 ((((....))))......((((((...)))))).((((....))))..(((((.(..(........)..).))))).(((((.(((...))).)))))((((....))))...((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))......((((((((....)))))))). New CC sens: 0.556, New CC ppv: 0.526, New CC F-measure: 0.541, New CC Energy: -72.80 ((((....)))).....((((((((..((((((.((((....)))).......(((((((........((((.((((.......))))))))(((...((((....))))....)))..........((......)).((((((.......))))))..)))))))...)))))).....)))))))). New CC sens: 0.074, New CC ppv: 0.077, New CC F-measure: 0.075, New CC Energy: -72.48 New CC F-measure-avg: 0.349, New CC F-measure-best: 0.696, New CC best-subopt: 4, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00611; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.b.S.hofmanii.C3.tMET; ORGANISM=NULL ACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUA .[[[[[[....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...(.(((((...]]]]]]((((((..((.......))))))))......))))))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). Energy of known structure: -42.24 Initial sens: 0.604, Initial ppv: 0.604, Initial F-measure: 0.604, Initial Energy: -61.00 New CC sens: 0.604, New CC ppv: 0.604, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -61.00 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.875, New CC ppv: 0.875, New CC F-measure: 0.875, New CC Energy: -60.40 .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.706, New CC F-measure: 0.727, New CC Energy: -60.23 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.854, New CC ppv: 0.854, New CC F-measure: 0.854, New CC Energy: -60.20 (((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.686, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -59.56 (((((((.......(((([[[[[............))))..(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.604, New CC ppv: 0.592, New CC F-measure: 0.598, New CC Energy: -58.32 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -58.20 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....))).(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).. New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -58.00 .((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.))))))((((((..(((.....))))))))).....(((((....<<<<.....]]]]]..}}}}}.........)))))...>>>>. New CC sens: 0.646, New CC ppv: 0.646, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -57.87 .((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.833, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.833, New CC Energy: -57.70 (((((((.......((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.761, New CC F-measure: 0.745, New CC Energy: -57.61 (((((((...(((.((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..)))...))).......)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.729, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.722, New CC Energy: -57.56 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))...(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.773, New CC F-measure: 0.739, New CC Energy: -57.54 (((((((....((((((..(((........)))..))))))......(((((....)))))..(((......)))....)))))))(((((..(((.....))))))))...(((....)))..((((....((((.....))))(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.812, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.812, New CC Energy: -57.50 .((((((....((((((.[[[[[............))))))......(((((....)))))............{{{{{.))))))((((((.<<<<<.......))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}.........>>>>>...)))). New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.581, New CC Energy: -57.49 (((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))....(((....((((........))))....)))..(((((....)))))........ New CC sens: 0.688, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.717, New CC Energy: -57.34 (((((((....((((((.[[[[[............))))))(((...(((((....)))))..))).......{{{{{.)))))))(((((..(((.....))))))))......(((((....<<<<.....]]]]]..}}}}}.........)))))...>>>>. New CC sens: 0.625, New CC ppv: 0.625, New CC F-measure: 0.625, New CC Energy: -57.20 .((((((....((((((.[[[[[............))))))......(((((....)))))............{{{{{.))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..((((.....]]]]]..}}}}}(((((....)))))...)))). New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.708, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -56.73 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....))).(((((.....))))).......(((((....)))))........ New CC sens: 0.708, New CC ppv: 0.756, New CC F-measure: 0.731, New CC Energy: -56.70 .((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))..(((....)))..........((((.....))))(((((....)))))........ New CC sens: 0.792, New CC ppv: 0.864, New CC F-measure: 0.826, New CC Energy: -56.50 New CC F-measure-avg: 0.722, New CC F-measure-best: 0.875, New CC best-subopt: 1, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00641; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.C.grayi.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCG .[[[[[[....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...(.(((((...]]].]]](((((((((((....))).))))))))......)))))).((((((((........)))))).....)). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). .((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). Energy of known structure: -54.73 Initial sens: 0.821, Initial ppv: 0.821, Initial F-measure: 0.821, Initial Energy: -72.56 New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.821, New CC F-measure: 0.821, New CC Energy: -72.56 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.804, New CC F-measure: 0.804, New CC Energy: -71.66 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.828, New CC F-measure: 0.842, New CC Energy: -71.66 .((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.839, New CC ppv: 0.810, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -71.26 (((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))((((.......))))..((((((........))))))........ New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.830, New CC F-measure: 0.807, New CC Energy: -67.86 .((((((((((((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.811, New CC Energy: -67.56 .((((((((((.(((((.......(((((...))))).....)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.786, New CC ppv: 0.800, New CC F-measure: 0.793, New CC Energy: -67.16 .((((((((((........(((..(((((...))))).)))....(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -66.55 ..(((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))((((((((((((....))).)))))))))..............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.900, New CC F-measure: 0.849, New CC Energy: -65.56 .((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.857, New CC ppv: 0.923, New CC F-measure: 0.889, New CC Energy: -65.56 ...........((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))......((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.679, New CC ppv: 0.731, New CC F-measure: 0.704, New CC Energy: -65.51 .((((((((((........(((..(((((...))))).))).......(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.808, New CC F-measure: 0.778, New CC Energy: -65.35 ...........((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((.(......)..))))((((((((((((....))).))))))))).......(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.750, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.764, New CC Energy: -64.86 .((((((((((((((((.[[[[[.{{{{{...{{{{{{....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))]]]]]..}}}}}}}}}}}((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.518, New CC ppv: 0.492, New CC F-measure: 0.504, New CC Energy: -63.58 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))........(.((((.(((((.(((.....)))))))).)))))......)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.736, New CC F-measure: 0.716, New CC Energy: -62.85 ...........((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.821, New CC ppv: 0.979, New CC F-measure: 0.893, New CC Energy: -62.45 .((((((((((.((.....))...(((((...)))))...........(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))........(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.696, New CC ppv: 0.765, New CC F-measure: 0.729, New CC Energy: -61.65 .((((((((((((((((.......(((((...))))).....))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(((((((((((....))).))))))))...............((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.918, New CC F-measure: 0.857, New CC Energy: -61.46 .....((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))((((.(......)..)))).((((...)))).))))))((((.....))))....(.(((((((((((........)))))).)))))). New CC sens: 0.554, New CC ppv: 0.554, New CC F-measure: 0.554, New CC Energy: -61.26 ............(((((..(((..((((.....)))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).))))....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))....((((((........))))))........ New CC sens: 0.804, New CC ppv: 0.957, New CC F-measure: 0.874, New CC Energy: -61.25 New CC F-measure-avg: 0.779, New CC F-measure-best: 0.893, New CC best-subopt: 15, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00659; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.L.dispersa.UNK.SSU.1046; ORGANISM=NULL CACCCUCCCUGUGCUGGAAGCUCCCCACCGCGGGGGGCACCAGCAGCCCAGCGUACCCCUCAAGGCCGCUGCGGUUCACAGACUACGCGUGGUGUGGGCCGGGGCUCAAGGCGACGGCUUCGAGAUAUAGUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCGGGUCGAGUGAGUCGUUUCG .[[[[.[....((((((...((((((.....))))))..))))))((((((((..((......)).))))).)))...(.(((((...].]].]]((((((.............))).)))......)))))).((..((.((((........)))).)).......)). ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((..((......)).)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... Energy of known structure: -32.38 Initial sens: 0.404, Initial ppv: 0.388, Initial F-measure: 0.396, Initial Energy: -70.35 New CC sens: 0.404, New CC ppv: 0.388, New CC F-measure: 0.396, New CC Energy: -70.35 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -69.46 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -69.08 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -68.26 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -68.26 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))...(((((.............)))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New CC sens: 0.362, New CC ppv: 0.362, New CC F-measure: 0.362, New CC Energy: -68.16 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))....((((..((......)).))))(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.383, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -67.96 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.396, New CC F-measure: 0.420, New CC Energy: -67.88 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -67.88 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))....((((..((......)).))))(((((((((...((((((...)))))).(((((((((..(((..(((((.........))))).......)))))))))))).....))))))))).... New CC sens: 0.383, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.367, New CC Energy: -67.58 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.458, New CC F-measure: 0.463, New CC Energy: -67.31 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))((((...((((((...)))))).(((((((((.......(((((.........)))))..........))))))))).....))))......... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.468, New CC F-measure: 0.468, New CC Energy: -67.09 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))...((.((((....)))).))..(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.66 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).)))...((.((((....)))).))..(((((((((..(((..(((((.........))))).......))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.28 ...........((((((..(((((((.....))))))).))))))((((((((..((......)).))))).))).......((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....))))))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.454, New CC Energy: -66.26 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........)))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.420, New CC F-measure: 0.433, New CC Energy: -66.11 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((..(....)..((.(((.......)))))........)))))))))..((((........)))) New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -66.11 ....(((((((((.(((.......))).)))))))))...((((.(((..(.(.....).)..))).))))((..((((...((((((...)))))).(((((((((..(((.....((.(((.......))))).....)))))))))))).....))))..))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -66.09 ........(((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))..)))).((((((...)))))).(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.424, New CC Energy: -66.07 ..(((.(((((((((((..(((((((.....))))))).))))).((((((((..((......)).))))).)))...........))).)).).)))(((((((((.....[[[[[[[[(((.......)))..........))))))))).......]]]]]]]]... New CC sens: 0.447, New CC ppv: 0.412, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -66.07 New CC F-measure-avg: 0.405, New CC F-measure-best: 0.468, New CC best-subopt: 11, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=CRW_00687; TYPE=Group I Intron; EXT_SOURCE=Gutell Lab CRW Site; EXT_ID=a.I1.e.S.paniceum.UNK.SSU.1052; ORGANISM=NULL CAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCG .[[[[[[....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...(.(((((...]]]]]](((((..((((....))))...)))))......))))))((((((((((.....))))).)))......)). ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))..........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))..........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... Energy of known structure: -30.68 Initial sens: 0.800, Initial ppv: 0.851, Initial F-measure: 0.825, Initial Energy: -47.46 New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.851, New CC F-measure: 0.825, New CC Energy: -47.46 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.800, New CC ppv: 0.833, New CC F-measure: 0.816, New CC Energy: -46.26 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))......((((....))))................(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.740, New CC ppv: 0.841, New CC F-measure: 0.787, New CC Energy: -45.81 ((((((((.((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.640, New CC F-measure: 0.640, New CC Energy: -45.34 ((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))......((((....))))................(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.720, New CC ppv: 0.818, New CC F-measure: 0.766, New CC Energy: -44.61 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((((((((((.....))))).)))...)).... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -43.71 ((((((((...[[[[[((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))........]]]]] New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.660, New CC F-measure: 0.660, New CC Energy: -43.28 ....((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))((((((.....)))))).(((.......))).......(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.600, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.632, New CC Energy: -43.21 (((((((([[[[(((((..(((((((....))))))).))))).............{{{{{{{....[[[[[..))))))))((((..((((....))))...)))).......]]]]].]]]].(((((.....)))))...}}}}}}}... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.714, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -42.84 ...((....)).(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((((((((((.....))))).)))...)).... New CC sens: 0.620, New CC ppv: 0.674, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -42.61 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.591, New CC F-measure: 0.553, New CC Energy: -42.60 ((((((((...((((((.......[[[[[.........))))))(((((((....))))))).....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))......]]]]].. New CC sens: 0.660, New CC ppv: 0.717, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -42.26 ...........((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).))...... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.727, New CC F-measure: 0.681, New CC Energy: -42.01 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........((((((((((.(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....))))).((.....)).......)))....)))))))... New CC sens: 0.340, New CC ppv: 0.415, New CC F-measure: 0.374, New CC Energy: -42.01 ...........(((((...(((((((....)))))))......((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))...((((((((.....))))).)))....))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.619, New CC F-measure: 0.565, New CC Energy: -42.00 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))............[[[[[[[....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))...]]]]]]]... New CC sens: 0.640, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.653, New CC Energy: -41.94 .........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).........(((((((....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))......(((((.....)))))...)))))))... New CC sens: 0.440, New CC ppv: 0.537, New CC F-measure: 0.484, New CC Energy: -41.91 ((((((((...........(((((((....)))))))......((((((((....))))))))...........))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((.((((((((.....))))).))).)))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.814, New CC F-measure: 0.753, New CC Energy: -41.65 ...........(((((((.(((((((....))))))).))...((((((((....))))))))....(((((......((((((.....)))))).(((.......))).....)))))((.((((((((.....))))).))).)).))))) New CC sens: 0.520, New CC ppv: 0.565, New CC F-measure: 0.542, New CC Energy: -41.40 ((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).....[[[[[..))))))))......((((....)))).((((((.......]]]]]))))))(((((.....)))))............. New CC sens: 0.780, New CC ppv: 0.812, New CC F-measure: 0.796, New CC Energy: -41.32 New CC F-measure-avg: 0.662, New CC F-measure-best: 0.825, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00007; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.caps._TRW-240015_1-352; ORGANISM=NULL CGCAGCUUAAUUAAAUAAGUUGCCGUCCUCUGAGGCUUCGCCUGUGGGCCGAGGCAGGACGUCAUACAGCAGGCUGGUUCCUUCGGCUGGGUCUGGGCCGCGGGGAUGAGAUCCACGGACUAGCAUUCUGCGUAUCUUGUCGCUUCUAAGCGCAGAGUGCGAAACCUAAAGGAAUGCGACU .((((((((......))))))))(((((.((..(((((.[[[[[[)))))..))..))))).......]]]]]]..((((((.((((([[.[[..))))).)))))).........]].]].((((((((((...((([[[[[[[[.)))))))))))))...........]]].]]]]]. .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ Energy of known structure: -50.93 Initial sens: 0.129, Initial ppv: 0.129, Initial F-measure: 0.129, Initial Energy: -72.10 New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.129, New CC F-measure: 0.129, New CC Energy: -72.10 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.220, New CC F-measure: 0.215, New CC Energy: -71.75 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -71.25 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.081, New CC ppv: 0.088, New CC F-measure: 0.084, New CC Energy: -70.90 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.133, New CC F-measure: 0.131, New CC Energy: -70.24 .................((((((..((((...(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((.......(((((((...((....))...))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).)))..))))..)))))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -69.39 .((((((((......))))))))((((((..........[[[[[[.....{{{{{)))))).......]]]]]]..(((((((...((((((....))).))).((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))}}}}}...]]]]]]]]]]]........)))))))...... New CC sens: 0.468, New CC ppv: 0.509, New CC F-measure: 0.487, New CC Energy: -69.02 .((((((((......))))))))((((((..........[[[[[[.....{{{{{)))))).......]]]]]]..((((((((((((.......)))))....((((((((..........[[[[[[[[[[[))))))))}}}}}...]]]]]]]]]]]........)))))))...... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -68.62 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).......(((..((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....))).))).... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.630, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -68.42 .((((((((......))))))))((((((.....((((((.[[[[[[[.))))))))))))............((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).]]]]]]]....(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.548, New CC ppv: 0.642, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -68.26 .((((((((......))))))))((((((.....((((((.[[[[[[[.))))))))))))............((.((((((.(((((.......))))).)))))).)).]]]]]]]....(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New CC sens: 0.387, New CC ppv: 0.414, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -67.88 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.(((((((((((((....).(((((((.(.((....)).).))))))).))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.133, New CC Energy: -66.90 .((((((((......)))))))).........(((.(((((((.((.((.(((((..((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..)))))))))...)).)).)).))))).))).............. New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.236, New CC F-measure: 0.222, New CC Energy: -66.55 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).)))))))))))).....(((....)))(((((((....(((((...(((((.(((.......))).))).)).(((((((((((................)))))))))))...))))))))))))...... New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.411, New CC F-measure: 0.390, New CC Energy: -66.38 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((((((................)))))))))))....((....))......... New CC sens: 0.290, New CC ppv: 0.360, New CC F-measure: 0.321, New CC Energy: -66.18 .((((((((......))))))))(((((((...((((..((((...((((((((..(((((((........)))..))))))))))))))).)..))))..)))))))...(((..((....(((((((((((................)))))))))))....))....)))........ New CC sens: 0.290, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.310, New CC Energy: -66.12 .((((((((......))))))))((((((.....((((((((....)).))))))))))))..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))...(((((......((((...))))....((....))...))))). New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.387, New CC Energy: -66.10 .((((((((......))))))))((((((...........[[[[[[[...{{{{{)))))).....(((....)))(((((((....(((((((...]]]]]]]....))))))).......(((((((((((........}}}}}...)))))))))))........)))))))...... New CC sens: 0.371, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.397, New CC Energy: -65.81 .((((((((......)))))))).((((......((((((((....)).)))))).(((..((((...((.((((.(..(((......)))..).))))))....))))..)))..))))..(((((((.(((((..((.((((....))))))..))))).........))))))).... New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.145, New CC F-measure: 0.137, New CC Energy: -65.80 .((((((((......))))))))..((((...(((.(((((((.((.((........((((..((((.((((((((((((...(((((.......))))).(((.......)))..))))))))...))))))))..))))........)).)).)).))))).)))..))))........ New CC sens: 0.210, New CC ppv: 0.241, New CC F-measure: 0.224, New CC Energy: -65.70 New CC F-measure-avg: 0.286, New CC F-measure-best: 0.591, New CC best-subopt: 9, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00009; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Acid.ferr._TRW-243159_1-364; ORGANISM=NULL AGAGCUGCGGUUCGCUCUUAAAACUGGUCGCAGAUUCAUAAUUGCCAACGACAGCAAUUACGCUCUCGCUGCUUAAGCAGUGAGCCCUCUGCCCGGAUUUGUCUGUGGAUCCGGAGCCGAAAGGCGCGCGGAGGGUCAUGAAACACGGAAUCGUGCGCAUUCUAGUCUGUGGGAUGCGCGCUAAAUUAAAGCAGAA [[[[[(((((((.]]]]].......)))))))................................((((((((....))))))))(((((((.(((((((..[[[[[[))))))).(((....)))...)))))))........]]]]]].(.((((((((((((.[[[[)))))))))))).)........]]]]. (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. Energy of known structure: -55.81 Initial sens: 0.700, Initial ppv: 0.712, Initial F-measure: 0.706, Initial Energy: -79.90 New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -79.90 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.712, New CC F-measure: 0.706, New CC Energy: -79.44 (((((........))))).....(((......(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.695, New CC F-measure: 0.689, New CC Energy: -78.80 (((((........))))).....(((((..((......(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))..)).)))....((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.724, New CC F-measure: 0.712, New CC Energy: -78.10 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.569, New CC F-measure: 0.559, New CC Energy: -77.74 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -77.54 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.737, New CC F-measure: 0.718, New CC Energy: -77.40 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.576, New CC Energy: -77.34 (((((........)))))..............(((((.(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))............)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -77.20 ....((((((.................)))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.764, New CC F-measure: 0.730, New CC Energy: -76.52 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -76.44 (((((........)))))..............(((((.(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))...........)))))((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.732, New CC F-measure: 0.707, New CC Energy: -76.10 (((((........))))).....(((............(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -75.80 ....((((((((.............)))))))).....(((((((........))))))).(((((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))........))).... New CC sens: 0.733, New CC ppv: 0.772, New CC F-measure: 0.752, New CC Energy: -75.61 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))).................((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.778, New CC F-measure: 0.737, New CC Energy: -75.50 (((((.(((..(.(.........).)..))).......(((((((........))))))).)))))..((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.550, New CC ppv: 0.600, New CC F-measure: 0.574, New CC Energy: -75.34 (((((........))))).....(((....))).....(((((((........)))))))........((((((.....((((.((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.607, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -75.30 .((((((((..(.(.........).)..))))).))).(((((((........)))))))........((((((.........(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....)))))))))))).......)))))).. New CC sens: 0.567, New CC ppv: 0.618, New CC F-measure: 0.591, New CC Energy: -74.94 ....((((((.................)))))).(((((((((((........)))))))....((((((((....))))))))((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..))))))))...))))..........((((((((((((.....))))))))))))............... New CC sens: 0.700, New CC ppv: 0.750, New CC F-measure: 0.724, New CC Energy: -74.82 (((((........))))).....(((............(((((((........))))))).....(((((((....)))))))(((((((((((((((((......)))))))).(((....)))..)))))))))................((((((((((((.....))))))))))))..........))).. New CC sens: 0.683, New CC ppv: 0.759, New CC F-measure: 0.719, New CC Energy: -74.70 New CC F-measure-avg: 0.684, New CC F-measure-best: 0.752, New CC best-subopt: 13, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL CGAGCACCAGUACGCUCGUUAAACCACUGGAACACUACAAACGCCAACGACGAGCGUUUCGCUCUCGCCGCUUAAGCGGUGAGCCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGAGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGGCAACCCUCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAA [[[[[.(((((..]]]]].......))))).................................((((((((....)))))))).((((((.((((((..[[[[[[))))))((((.(((((....))))).((((......))))....)))).)))))).......]]]]]]. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. (((((........))))).....((..((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))...)).. Energy of known structure: -65.09 Initial sens: 0.694, Initial ppv: 0.642, Initial F-measure: 0.667, Initial Energy: -74.95 New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.642, New CC F-measure: 0.667, New CC Energy: -74.95 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.560, New CC F-measure: 0.566, New CC Energy: -74.60 ..(((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...)))((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.580, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -74.10 (((((........))))).........((((.......(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))....... New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.667, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -73.10 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))(((...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))..........))). New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.580, New CC F-measure: 0.586, New CC Energy: -72.68 (((((........)))))..........(((((.((.....((....))...)).)))))...((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.694, New CC F-measure: 0.694, New CC Energy: -72.54 (((((........)))))....................(((((((......).))))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.694, New CC ppv: 0.723, New CC F-measure: 0.708, New CC Energy: -72.50 ...........(((((((((.......(((.............)))..)))))))))......((((((((....)))))))).((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.592, New CC ppv: 0.617, New CC F-measure: 0.604, New CC Energy: -72.38 (((((........))))).........((((....................(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).))))))...))))....... New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.688, New CC F-measure: 0.680, New CC Energy: -70.50 (((((........))))).........(((.............))).....(((((...)))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......)))))))((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).............. New CC sens: 0.673, New CC ppv: 0.702, New CC F-measure: 0.688, New CC Energy: -70.21 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))..))))....... New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.500, New CC F-measure: 0.515, New CC Energy: -68.30 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -68.10 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New CC sens: 0.429, New CC ppv: 0.429, New CC F-measure: 0.429, New CC Energy: -67.98 (((((........))))).........((((........((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))..))))....... New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.480, New CC F-measure: 0.485, New CC Energy: -67.80 ..(((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...)))((((((((....)))))))).((((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....)))))........)))))).............. New CC sens: 0.510, New CC ppv: 0.543, New CC F-measure: 0.526, New CC Energy: -67.60 ...........(((((((((.......(((.............)))..))))))))).(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New CC sens: 0.388, New CC ppv: 0.404, New CC F-measure: 0.396, New CC Energy: -67.48 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))))))))............. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.542, New CC F-measure: 0.536, New CC Energy: -67.30 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))..((((((.........[[[[[[......((((.(((((....)))))..(((((....)))))...)))).)))))).......]]]]]]. New CC sens: 0.571, New CC ppv: 0.571, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -66.95 (((((........))))).....................((((((......).)))))(((((((((((((....))))))))..(((((.(((((((......))))))).....(((((....)))))..(((((....))))).....))))))))))............. New CC sens: 0.490, New CC ppv: 0.522, New CC F-measure: 0.505, New CC Energy: -66.80 .((((......(((((((((.......(((.............)))..)))))))))...))))(((((((....)))))))...(((((.(((((((......)))))))..((.(((((....)))))..(((((....)))))...))))))).................. New CC sens: 0.408, New CC ppv: 0.426, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -66.70 New CC F-measure-avg: 0.567, New CC F-measure-best: 0.708, New CC best-subopt: 6, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00027; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Alca.visc._AY911519_1-389; ORGANISM=NULL GGUUUGAACUGGGGUCACACGGUUCAAAUUUAAAUUACGUGAAUCGCUCUGGUCCGGCCUGUCGGUUGGCUAAGUCCAGGGUUAAAACCAAAUAGAUCGACU .(((((((.(.([.[[[[......).).)))))))...]]]].]..((((((.(.((((.[[[[.[[))))..).))))))............]]..]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))............]]]]]]]. Energy of known structure: -9.99 Initial sens: 0.452, Initial ppv: 0.483, Initial F-measure: 0.467, Initial Energy: -32.68 New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -32.68 (((((.((((..((.(...(((((((..(.......)..)))))))...(((.((((((....))))))))).).))..)))).)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.31 (((((((((((........)))))))))))........((.....(((((((.(.((((........))))..).)))))))....)).............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.440, New CC F-measure: 0.393, New CC Energy: -27.64 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((........))))....)))))))..)))))............. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -27.59 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((.((((((....)))))))))..))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.15 (((((((((((........))))))....................(((((((.((((((....))))))......)))))))..)))))............. New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -27.14 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((...((((........))))....))))))).................... New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.377, New CC Energy: -27.09 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((.((((((....))))))......))))))).................... New CC sens: 0.194, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.218, New CC Energy: -26.64 (((((.((((.((..((..(((((((..(.......)..)))))))...))..))((((.[[[[[[[))))........)))).))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.250, New CC F-measure: 0.254, New CC Energy: -26.61 (((((((((((........))))))....................(((((((...((((.[[[[[[[))))....)))))))..))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.452, New CC ppv: 0.483, New CC F-measure: 0.467, New CC Energy: -26.48 ((((((((((([[[[[...)))))))))))...............(((((((...]]]]][[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.333, New CC F-measure: 0.328, New CC Energy: -26.17 (((..((.(..((((..((((................))))....))))..)))..))).(((((((((......))..(((....))).....))))))). New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.154, New CC F-measure: 0.140, New CC Energy: -25.88 (((((((((((........))))))))))).........................((((.[[[[[[[))))........(((....))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.320, New CC F-measure: 0.286, New CC Energy: -24.76 (((((.((((.((..((..(((((((..(.......)..)))))))...))..))((((........))))........)))).)))))............. New CC sens: 0.129, New CC ppv: 0.160, New CC F-measure: 0.143, New CC Energy: -24.75 (((((((((((........)))))))))))...............(((((((........[[[[[[[........)))))))............]]]]]]]. New CC sens: 0.323, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.357, New CC Energy: -24.58 (((((...(((((......(((((((.............))))))).......((((((....)))))).....))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.55 (((((...(((((......(((((((.............)))))))...(((((.((((....)))))))))..))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.45 (((((...(((((.(((..(((((((..(.......)..)))))))...))).((((((....)))))).....))))).....)))))............. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.40 (((((.((((.((((((..(((((((..(.......)..)))))))...))))))((((.[[[[[[[))))........)))).))))).....]]]]]]]. New CC sens: 0.258, New CC ppv: 0.235, New CC F-measure: 0.246, New CC Energy: -24.22 (((((..............(((((((.............)))))))((((((.(.((((........))))..).))))))...)))))............. New CC sens: 0.355, New CC ppv: 0.478, New CC F-measure: 0.407, New CC Energy: -24.18 New CC F-measure-avg: 0.234, New CC F-measure-best: 0.467, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00047; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.G._TRW-12333_1-312; ORGANISM=NULL CAAUAGAGUUGCUCUAACAUCUAUUUGAGGUUCAAAGAUUUGAGCUAUUUCUUACUUUAGAAUAAAGUAAGUGGUGGAGCCUAGAGAAAACGCUGUAGAAACUAACUAUUCAAAUUGUAAAUGGUAUCAA .(.(((.(.....((.(...[[[[[[[.............).)).....).))).)...........]]]]]]]...((..(.((.(........[.[.[.[....).)).)..))......].].].]. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. Energy of known structure: 27.53 Initial sens: 0.000, Initial ppv: 0.000, Initial F-measure: 0.000, Initial Energy: -28.50 New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -28.50 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -27.45 ..((((.(((.(((((...((((((...(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -26.77 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -25.25 ..((((.(((.(((((.......((((.....))))[[[[[[[[((((..(((((((((...)))))))))..))))....)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.71 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.54 ...(((((...)))))........((((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..)))) New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.24 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.20 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).)))).((.((((..(((.......)))..)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -24.10 ..((((.(((.(((((.((((.......(((((((....)))))))....(((((((((...))))))))).)))).....)))))..))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.52 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.49 ..........((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))(((.((......)).)))......((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.40 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))((..(((((((((...)))))))))..))......)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.15 ..((((.(((.(((((...((((((...........[[[[[[[[......(((((((((...))))))))).))))))...)))))..))).)))).((.((((....]]]]]]]].....)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.13 ..((((.(((.(((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))..........)))))..))).))))........((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.05 .((((((............))))))(((...(((..((((((((((((..(((((((((...)))))))))..))))...(((.((......)).)))..........)))))))).....)))..))). New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -23.03 ..........((((((...[[[[[....(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))..............]]]]].....((((((.........))))))..... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.84 ..((((.(((((((((............(((((((....)))))))....(((((((((...)))))))))...))))))........))).)))).((.((((.................)))).)).. New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -22.81 New CC F-measure-avg: 0.000, New CC F-measure-best: 0.000, New CC best-subopt: 0, New CC num-subopt: 18 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CGAGAGGCGAUCUCGUAAAAACGCACCUAAAUAUAACUGGCAAAUCUAACCAGAACUUAGCACUAGCUGCCUAAUUAGCGCAGCGAGCUCUUGCCCGCAUCGCCUAUGUGCCGGUUAAGAGCCCAUAACGAAGUAGGCU (((((.[[[.)))))......]]].........................................(((((((....)).)))))..(..((((.((((((.[[[[[[)))).)).)..)))..)........]]]]]]. ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.((.((((........)))).)).((((....]]]]]....)))).....)))))))))..((((.......}}}}.)))) Energy of known structure: -20.41 Initial sens: 0.156, Initial ppv: 0.135, Initial F-measure: 0.145, Initial Energy: -37.91 New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.135, New CC F-measure: 0.145, New CC Energy: -37.91 (((((.....))))).......((............((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..)). New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.30 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.324, New CC F-measure: 0.348, New CC Energy: -37.20 (((((.....))))).....................((((.........)))).....(((.((((((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))...........)))))) New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.507, New CC Energy: -37.00 (((((.....)))))..................(((((((((.................((....(((((((....)).)))))..((....))..))...[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.581, New CC F-measure: 0.571, New CC Energy: -36.80 ((((([[[[[)))))..................(((((((((................(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -36.73 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........)))).....(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.486, New CC F-measure: 0.522, New CC Energy: -36.56 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New CC sens: 0.719, New CC ppv: 0.657, New CC F-measure: 0.687, New CC Energy: -36.18 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((.((......)).)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.156, New CC F-measure: 0.156, New CC Energy: -36.15 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.515, New CC F-measure: 0.523, New CC Energy: -35.50 ((((([[[[[))))).......((((....................{{{{{.......(((....(((((((....)).)))))..))).]]]]]......[[[[[[)))).}}}}}...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.514, New CC F-measure: 0.537, New CC Energy: -35.35 ((((([[[[.))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((........{{{{{{.]]]]...)))))))..........}}}}}}. New CC sens: 0.594, New CC ppv: 0.576, New CC F-measure: 0.585, New CC Energy: -35.26 (((((.....)))))..................(((((((((...............((((....))))........(((..(((.((....)).)))..))).....)))))))))..((((............)))) New CC sens: 0.156, New CC ppv: 0.167, New CC F-measure: 0.161, New CC Energy: -34.99 ((((([[[[[)))))..................(((((((((............{{{{.......(((((((....)).)))))......]]]]].............)))))))))..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.375, New CC ppv: 0.353, New CC F-measure: 0.364, New CC Energy: -34.80 ((((([[[[[)))))..................(((((((((.......................(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[.)))))))))...............]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.562, New CC F-measure: 0.562, New CC Energy: -34.23 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((.........)))))..(((((((((.((((.[[[[[[)))).)).)))))))..........]]]]]]. New CC sens: 0.656, New CC ppv: 0.636, New CC F-measure: 0.646, New CC Energy: -34.18 (((((.....))))).....................((((.........))))............(((((((....)).)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))................. New CC sens: 0.531, New CC ppv: 0.586, New CC F-measure: 0.557, New CC Energy: -34.10 ....(((((((......................[[[[[[[[[............{{{{.((....(((((((....)).)))))..((....))..)))))))))...]]]]]]]]]..((((.......}}}}.)))) New CC sens: 0.219, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.209, New CC Energy: -34.08 ((((([[[[[))))).......((((..........((((.........))))............(((((((....)).)))))......]]]]]......[[[[[[)))).(((.....))).........]]]]]]. New CC sens: 0.562, New CC ppv: 0.529, New CC F-measure: 0.545, New CC Energy: -34.06 (((((.....))))).....................((((.........)))).((((.......(((((.........)))))..(((((((((.((((.......)))).)).)))))))........))))..... New CC sens: 0.469, New CC ppv: 0.484, New CC F-measure: 0.476, New CC Energy: -33.50 New CC F-measure-avg: 0.457, New CC F-measure-best: 0.687, New CC best-subopt: 7, New CC num-subopt: 19 > SSTRAND_ID=TMR_00049; TYPE=Transfer Messenger RNA; EXT_SOURCE=tmRNA Database; EXT_ID=Baci.lich._CP000002_1-356; ORGANISM=NULL CUUGCGCCCCCGUCUGAGGGCGCAGGAAGAGACUCAUCAGACUAGCUCUCCUAGGGCCCGCCCGCAGGCACGAAGAUGAGCGAAACUAAAUAUGCAGGGCU .[[...[[...((((((]].....]]..........))))))..((((..((...(((.[[[[...)))....))..))))...............]]]]. (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] Energy of known structure: -22.38 Initial sens: 0.435, Initial ppv: 0.370, Initial F-measure: 0.400, Initial Energy: -38.69 New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.370, New CC F-measure: 0.400, New CC Energy: -38.69 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))..((........)).............)))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.207, New CC F-measure: 0.231, New CC Energy: -37.72 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((.....))))..(((((((..........................))).)))). New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.385, New CC F-measure: 0.408, New CC Energy: -37.53 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((.(((.(((....)))..))).........)))).................... New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.400, New CC F-measure: 0.417, New CC Energy: -36.17 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]].(((((((((.(((....)))..)))...........................)))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.222, New CC F-measure: 0.240, New CC Energy: -36.10 (((((((((........)))))))))......((((((.....[[[[[[(((.(((....)))..)))......))))))...............]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -35.42 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((......(((((...)))))..{{{{.]]]]].....))))))................}}}}. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.138, New CC F-measure: 0.154, New CC Energy: -35.19 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((.....{{{{{{....(((....))).]]]]].....))))))...............}}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -34.18 (((((((((........)))))))))....(.((((((......((((.....))))..(((....))).....))))))).................... New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -34.00 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((...........[[[[..............))))...............]]]]. New CC sens: 0.609, New CC ppv: 0.609, New CC F-measure: 0.609, New CC Energy: -33.70 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]............((((((((....)))...........................))))) New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -32.55 (((((((((..[[[[[.)))))))))......((((((...((((.....)))){{{{{.....]]]]].....))))))................}}}}} New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -32.43 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..((((...........(((....)))........)))).................... New CC sens: 0.435, New CC ppv: 0.455, New CC F-measure: 0.444, New CC Energy: -32.33 (((((((((..[[[[[[)))))))))..........]]]]]]..(((((...)))))..(((....)))................................ New CC sens: 0.261, New CC ppv: 0.261, New CC F-measure: 0.261, New CC Energy: -32.27 (((((((((........)))))))))......((((((.....[[[[[[..........(((....))).....))))))...............]]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.47 (((((((((........)))))))))..................((((......[[[[[(((....)))........))))...............]]]]] New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.190, New CC F-measure: 0.182, New CC Energy: -31.32 (((((((((........)))))))))......((((((...((((.....))))[[[[[(((....))).....))))))................]]]]] New CC sens: 0.000, New CC ppv: 0.000, New CC F-measure: 0.000, New CC Energy: -31.29 (((((((((........)))))))))......((((((......((((.....))))..[[[[...........))))))................]]]]. New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.174, New CC F-measure: 0.174, New CC Energy: -30.49 .....((((..((((((((((.(.....).).))).))))))..((((..((.(.(((.(....).))).)..))..))))...............)))). New CC sens: 0.652, New CC ppv: 0.577, New CC F-measure: 0.612, New CC Energy: -30.30 (((((((((........)))))))))..................((((.....))))..(((((((..........................))).)))). New CC sens: 0.174, New CC ppv: 0.200, New CC F-measure: 0.186, New CC Energy: -30.16 New CC F-measure-avg: 0.229, New CC F-measure-best: 0.612, New CC best-subopt: 18, New CC num-subopt: 19